L’un des obstacles majeurs à l’éradication du VIH-1 est sa capacité à faire évoluer rapidement son matériel génétique. Ceci lui permet de contourner le système immunitaire de l’hôte ainsi que la pharmacologie antirétrovirale due à l’émergence de formes mutantes et résistantes des enzymes ciblées. A l’origine de ses recombinaisons génétiques, se trouvent d'une part les erreurs commises par la RT lors de l’étape de transcription inverse et d'autre part les processus de transfert de brins qui sont facilités par la protéine de nucléocapside (NC). Notre objectif est de mieux comprendre les propriétés chaperon de la NC pendant le premier transfert de brin ; au cours de celui-ci, la NC déstabilise les structures secondaires des acides nucléiques impliqués ARN et ADN afin de les hybrider pour former un duplex ARN/ADN. Nous souhaitons notamment savoir si la NC est capable de reconnaître la polarité des chaines d’acides nucléiques selon leur nature et si cette capacité module ses propriétés déstabilisatrices. Nos travaux sur la dynamique interne de la protéine ont permis de montrer que certains mouvements étaient corrélés avec les modalités de fixation sur l’ARN. Nous avons ainsi pu montrer, en comparant les propriétés des différentes formes maturées de la NC au cours du cycle viral, que les domaines p1 et p6 présents dans les formes immatures (NCp9 et NCp15) modulaient les propriétés d’interaction comparé à la forme mature (NCp7). Ceci nous amène à reconsidérer le rôle des différentes parties de la polyprotéine Gag sur les propriétés du domaine NC au sein de ce précurseur Gag. Ce domaine apparaissant largement responsable de la reconnaissance et de la sélection du génome viral ARN pour l’encapsidation dans les particules néosynthétisées. Pour réaliser cette étude, nous avons étudié différents complexes entre la NC avec différents acides nucléiques (ARN et ADN), ce en utilisant principalement la résonance magnétique nucléaire couplée à d’autres méthodes biophysiques et biochimiques dans le but d’obtenir des informations à l’échelle atomique. Ce travail peut également être utile dans la conception d’une nouvelle classe d’inhibiteurs dirigés contre la NC sachant que celle-ci représente une cible thérapeutique attrayante vu qu’elle est très conservée et très importante pour l’infectiosité. / One of the major difficulty in the eradication of HIV-1 is its ability to evolve rapidly its genome. This permit to the virus to escape the host immune response and the antiretroviral pharmacology due to the emergence of mutant and resistant forms of the target enzymes.The origin of these genetic recombination is, in one hand the errors commited by the RT during the reverse transcription stage and in the other hand the strand transfer processes facilitated by the nucleocapsid protein (NC).Our goal is to understand the chaperonnig properties of NC protein during the first strand transfer ; where NC destabilizes the involved RNA and DNA secondary structures to anneal them and form a hybrid RNA/DNA duplex.In order to determine this mecanism, we seek, if NC protein have the property to recognize the polarity of nucleic acids chains and if this modulates its destabilization properties. Also, our work on the internal dynamic of the protein showed that some motions are correlated to its binding to RNA.We compared the properties of different maturated forms of NC protein during the viral life cycle and we concluded that p1 and p6 domains present within the immature forms (NCp9 and NCp15) adjusted differently the interaction properties to nucleic acids compared to the mature form (NCp7). It leads us to reconsider the role of the different parts of the Gag polyprotein on the properties of the NC domain within this Gag precursor. This domain appears to be largely responsible for the recognition and selection of the viral genomic RNA in order to package it in the newly formed viral particles.To permform this study, we studied different complexes between NC and nucleic acids sequences (RNA and DNA) using mainly NMR spectroscopy and biophysical or biochemical methods to obtain informations at the atomic scale. This work can also be useful in the design of a new class of inhibitors against NC protein which is an attractive therapeutic target due to its conservation and importance in viral infectivity.

Le VIH est la cause de la pandémie de SIDA depuis les années 1980. Avec plus d’un million de nouvelles infections chaque année, un vaccin prophylactique est indispensable pour bloquer de façon définitive la propagation du virus. Parmi les stratégies vaccinales, l’induction d’anticorps neutralisants à large spectre est une des plus prometteuses, car ceux-ci pourraient protéger contre l’infection par la grande diversité génétique des souches de VIH circulantes dans le monde. A ce jour, aucun immunogène n’a permis l’induction de tels anticorps, mais ils ont été isolés à partir de personnes infectées par le VIH. En effet, une faible fraction d’individus infectés développe des anticorps neutralisants à large spectre qui ciblent des régions vulnérables et conservées de la glycoprotéine d’enveloppe. La région du patch riche en mannose, centrée autour du glycane en position N332 de la gp120, est la plus fréquemment ciblée, et est à cet égard attractive d’un point de vue vaccinal.Afin de mieux comprendre comment se développent les anticorps ciblant le patch riche en mannose, nous avons étudié un donneur sélectionné de la cohorte du Protocole C de l’International AIDS Vaccine Initiative, et ayant une activité neutralisante sérique exceptionnelle. Nous avons isolé, à partir des cellules sanguines de cet individu, deux lignées d’anticorps ciblant la région N332, que nous avons caractérisées pour leur activité neutralisante et dont nous avons cartographié l’épitope. Nous avons également cartographié le paratope d’une lignée d’anticorps issue d’un autre donneur du Protocole C ciblant également la région N332. Nos résultats font apparaître la diversité de solutions adoptées pour atteindre une neutralisation à large spectre contre cette région. Les études de lignées, telles que nous l’avons entrepris, permettent d’appréhender comment la coévolution anticorps-virus conduit à la sélection d’anticorps neutralisants à large spectre. Le but ultime est d’utiliser les connaissances ainsi générées, pour mettre au point des immunogènes et des protocoles d’immunisations, visant à induire des lignées d’anticorps spécifiques et à conduire leur évolution vers la neutralisation à large spectre. / HIV has been the cause of the AIDS pandemic since the 1980s. With over a million new infections each year, a prophylactic vaccine is needed to stop the virus spread. Among vaccine strategies, the induction of broadly neutralizing antibodies is one of the most promising, as they could protect against infection by the huge genetic diversity of circulating HIV strains. To date, no immunogen has induced such antibodies, but they have been isolated from HIV infected people. Indeed, a small fraction of infected individuals eventually develops broadly neutralizing antibodies that target vulnerable and conserved sites of the envelope glycoprotein. The region of the high-mannose patch, centred around a glycan at position N332 of gp120, is the most frequently targeted, and is therefore attractive from a vaccination standpoint.In order to better understand how antibodies targeting the high-mannose patch develop, we studied a donor selected from the International AIDS Vaccine Initiative Protocol C cohort with exceptional serum neutralizing activity. We isolated two antibody lineages targeting the N332 region from this individual's blood cells, which we characterized for their neutralizing activity and mapped their epitope. We also mapped the paratope of an antibody lineage from another Protocol C donor, also targeting the N332 region. Our results show the great diversity of solutions to achieve broad neutralization against this region. Lineage studies, as we have undertaken, provide an understanding of how antibody-virus coevolution leads to the selection of broadly neutralizing antibodies. The ultimate goal is to use this knowledge to develop immunogens and immunization protocols, to induce specific antibody lineage and drive their evolution towards broad neutralization.

Contexte : Les hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HARSAH) sont plus à risque de présenter des symptômes de dépression et d’anxiété comparativement à leurs pairs hétérosexuels. Le chemsex est une pratique qui consiste en la consommation de gamma-hydroxybutyrate, méthamphétamine, cocaïne, ecstasy et/ou kétamine dans un contexte sexuel. Peu de données probantes existent concernant l’association de cette pratique avec la présence de symptômes d’anxiété et de dépression, et si cette relation est modérée par le statut VIH. Méthode : 1179 HARSAH ont été recrutés lors de la première vague montréalaise de la cohorte ENGAGE par la méthode d’échantillonnage par les répondants (RDS). La présence de symptômes d’anxiété et de dépression a été définie par un score ≥ 8 à chacune des sous échelles d’anxiété et de dépression de l’échelle « Hospital Anxiety and Depression Scale ». L’association de la pratique du chemsex avec la présence de symptômes d’anxiété et de dépression a été mesurée via deux modèles de régression logistiques multivariées. L’interaction statistique du statut VIH autorapporté dans la relation entre la pratique du chemsex et les symptômes d’anxiété et de dépression a été testée en ajustant par les facteurs de confusion potentiels. Les rapports de côtes ajustés (ORa) et d’intervalles de confiance à 95% (IC95%) sont présentés. Les analyses sont ajustées selon le poids RDS des participants. Résultats : Les symptômes d’anxiété ont été positivement associés avec la pratique du chemsex chez les individus séronégatifs en comparaison aux individus séronégatifs qui ne pratiquent pas le chemsex (aOR=1.75, IC95% : 1.14-2.68). Les facteurs de confusion significatifs comprennent : avoir un plus jeune âge (aOR=1.04, IC95% : 1.02-1.05) ; un niveau d’éducation ≤ CEGEP ou Technique (aOR=1.89, IC95% : 1.28-2.82) ; l’abus d’alcool (aOR=1.45, IC95% : 1.08-1.96) ; un historique d’abus sexuel au cours de la vie (aOR=3.47, IC95% : 2.46-4.92) et être positif à une infection gonococcique, à C. trachomatis ou à la syphilis (aOR=0.45, IC95% : 0.27-0.75). Les symptômes de dépression ont été positivement associés à la pratique du chemsex chez les individus séronégatifs en comparaison aux individus séronégatifs qui ne pratiquent pas le chemsex (aOR=1.66, IC95% : 1.11-2.46). Les facteurs de confusion significatifs comprennent : ne pas s’identifier comme un homme cisgenre (aOR=2.77, IC95% : 1.78-4.28) et un historique d’abus sexuel au cours de la vie (aOR=2.85, IC95% : 2.08-3.91). Conclusion : Les résultats suggèrent que la pratique du chemsex est associée à la présence de symptômes d’anxiété et de dépression chez les individus séronégatifs mais pas chez les individus séropositifs. Des analyses longitudinales permettront d’identifier la direction de ces associations. L’implication des résultats pour le développement d’interventions est discutée. / Background: Gay, bisexual and other men who have sex with men (GBM) are at higher risk of anxiety and/or depression symptoms compared to the general population. Chemsex is defined as the use of gamma-Hydroxybutyric acid, methamphetamine, cocaine, ecstasy and ketamine during sex. Little is known regarding the association between chemsex and anxiety and depression symptoms, and if this relation is moderated by HIV status. Methods: Montréal baseline data from the Engage cohort study were used. 1179 sexually active GBM ≥ 16 years old were recruited via respondent-driven sampling (RDS). Presence of anxiety and depression symptoms were defined using a score of ≥ 8 on either the anxiety- or depression-subscale of the Hospital Anxiety and Depression Scale. Using two logistic multivariate models, we assessed the association of chemsex with symptoms of anxiety and depression. Statistical interaction between self-reported HIV status and chemsex were tested in each multivariate model adjusting for potential confounders. Adjusted odds ratios (aOR) and 95% confidence intervals (95%CI) are reported; analyses were RDS-adjusted. Results: Effect modification by self-reported HIV status was statistically significant for anxiety and depression symptoms. Anxiety symptoms were positively associated with HIV-negative GBM engaging in chemsex compared to HIV-negative GBM not engaging in chemsex (aOR=1.75, 95%CI:1.14-2.68); significant confounders included being younger (aOR=1.04, 95%CI:1.02-1.05), education ≤ high school diploma (aOR=1.89, 95%CI:1.28-2.82), alcohol misuse (aOR=1.45, 95%CI:1.08-1.96), lifetime history of sexual abuse (aOR=3.47, 95%CI:2.46-4.92) and being positive to C. trachomatis, gonococcal or syphilis infection (aOR=0.45, 95%CI:0.27-0.75). Depression symptoms were positively associated with HIV-negative GBM engaging in chemsex compared to HIV-negative GBM not engaging in chemsex (aOR=1.66, 95%CI:1.11-2.46); significant confounders included not identifying as a cis-gendered male (aOR=2.77, 95%CI:1.78-4.28) and lifetime history of sexual abuse (aOR=2.85, 95%CI:2.08-3.91). Conclusions: Results suggest that engaging in chemsex is linked to anxiety and depression symptoms among HIV-negative GBM but not for GBM living with HIV. Longitudinal research is needed to understand the directionality of identified associations. Implications of results for intervention strategies are discussed.

La thérapie antirétrovirale (ART) a permis d’augmenter l’espérance de vie et sa qualité chez les individus infectés par le VIH-1. Toutefois, l’inflammation chronique persiste et est associée à un excès du « B-cell activating factor » (BAFF). Cette cytokine est un facteur clé de la survie et la différenciation des lymphocytes B, en particulier pour ceux dits de la zone marginale (MZ) qui sont des populations B dites innées possédant un « B-cell receptor » (BCR) polyréactif. Dans le contexte de l’infection au VIH-1, l’excès de BAFF a été associé avec la dérégulation du compartiment B, l’hyperglobulinémie, ainsi que le bris de tolérance et l’apparition de manifestations auto-immunes. De plus, nous avons observé une augmentation de la fréquence d’une population présentant à la fois des caractéristiques de cellules B MZ et transitionnelles immatures (TI) que nous avons nommée « précurseurs des MZ » (MZp) dans le sang des individus infectés. Ces MZp partagent également certains marqueurs phénotypiques avec plusieurs populations B régulatrices (Breg) identifiées chez l’humain. Les objectifs de ce travail sont de 1) caractériser le potentiel Breg des MZp par l’analyse de leur transcriptome et par cytométrie en flux, puis 2) d’étudier l’impact de l’infection au VIH-1 et d’un excès de BAFF sur le potentiel Breg des MZp sanguins d’individus de la cohorte de la primo-infection (PHI) du réseau FRQS, et 3) d’étudier l’impact de l’infection au VIH-1 et d’un excès de BAFF sur la production d’anticorps spécifiques au VIH-1 et la possible contribution des MZp à l’hyperglobulinémie chez ces individus. Dans un premier temps, nos résultats démontrent que les MZp d’individus non infectés possèdent un important phénotype Breg caractérisé par l’expression des molécules régulatrices NR4As, CD83, CD39, CD73 et l’IL-10. Les MZp ont également une fonction régulatrice impliquant CD83 et PD-L1. Dans un deuxième temps, nos résultats démontrent que dans le contexte du VIH-1, ce potentiel est complètement altéré vu la diminution d’expression de ces molécules et par la perte de la fonction régulatrice, et qui est directement affectée par un excès de BAFF. Enfin, nous démontrons que les MZp des individus infectés ont un profil associé à l’épuisement et que les gènes impliqués dans l’activation menant à la production d’anticorps sont augmentés, au détriment de ceux associés à la régulation. De façon intéressante, les MZp provenant du sang d’individus infectés expriment à la hausse des transcrits de gènes IGHV impliqués dans la génération d’anticorps neutralisants du VIH-1. De plus, nous démontrons que la quantité et la qualité des IgG spécifiques au virus sont en lien avec le statut de progression de l’infection et le niveau des taux de BAFF qui y est associés. Ainsi, basé sur nos résultats, il serait possible d’envisager une étude avec des avenues thérapeutiques existantes, ciblant BAFF ou l’expression des NR4As, pour tenter de diminuer les niveaux de BAFF ou restaurer le potentiel Breg des MZp respectivement. De telles avenues, en combinaison avec ART, pourraient être intéressantes dans le but de diminuer l’inflammation chronique et restaurer l’immunocompétence chez ces individus. / Antiretroviral therapy (ART) has increased life quality and longevity of HIV-infected individuals. However, chronic inflammation persists and is associated with increased B-cell activating factor (BAFF). BAFF is a key survival and differentiation factor for B-cells, especially for marginal zone B-cells (MZ). MZ are innate-like B-cells that are known for their quick antibody responses and polyreactive B-cell receptor (BCR). In the context of HIV-1 infection, BAFF is found in excess in the blood of infected individuals and is associated with the dysregulation of the B-cell compartment, hyperglobulinemia, breach of tolerance and autoimmune manifestations. We reported an increase in the frequency of precursor-like MZ (MZp) B-cells in the blood of HIV-infected individuals. Interestingly, these MZp possess a phenotype that is similar to certain Breg populations identified in human. The objective of this work is to first characterize the Breg potential of MZp from HIV-uninfected individuals by RNAseq analyses and flow cytometry, and second to study the impact of HIV-1 infection and excess BAFF on the dysregulation of the Breg potential of MZp from blood samples of individuals from the primo-infection (PHI) cohort of the FRQS. Our third objective is to study the impact of HIV-infection and excess BAFF on HIV-1 specific antibodies and better understand the contribution of MZp to hyperglobulinemia in HIV-1 infected individuals. Our results showed that MZp from HIV-uninfected individuals possess a stong Breg phenotype characterized by high expression of regulatory molecules such as NR4As, CD83, CD39, CD73 and IL-10. They also have an important Breg function that involves CD83 and PD-L1. We also demonstrate that HIV-1 infection impairs the Breg potential of MZp by downregulating the expression of regulatory markers and by altering their function, which high BAFF levels can directly affect. Also, MZp from HIV-infected individuals present an exhausted profile and an increased expression of genes involved in immunoglobulin (Ig) production. Interestingly, MZp from the blood of HIV-infected individuals show increased expression of IGHV gene transcripts associated with broadly neutralizing antibodies. We find that the quantity and quality of HIV-Env specific IgG is linked with disease progression status and associated levels of BAFF. Our results suggest that existing therapeutic strategies targeting BAFF or NR4As expression could be contemplated in order to try reducing BAFF levels or for restoring Breg potential, respectively. As such, such avenues could be envisaged as adjunct to ART to lower the inflammatory burden and restore immune competence of HIV-infected individuals.

La thérapie antirétrovirale (TAR) n'éradique pas le VIH de l'organisme. Le VIH persiste grâce à la prolifération de lymphocytes T CD4+ infectés de manière latente. De plus, bien que la plupart des provirus persistent sous une forme latente, un petit nombre de cellules infectées produisent des protéines virales et des virions. Les immunosuppresseurs administrés aux personnes subissant une greffe de rein, pour prévenir le rejet d’organe, inhibent la prolifération des lymphocytes T et l'activation immunitaire. Nous avons émis l'hypothèse que les immunosuppresseurs pourraient réduire à la fois la taille du réservoir viral latent ainsi que les marqueurs associés à la production résiduelle de VIH. Sept participants vivant avec le VIH sous TAR efficace et ayant subi une transplantation rénale suivie de la prise d’un traitement immunosuppresseur ont été recrutés. Des échantillons sanguins longitudinaux ont été prélevés avant et après la greffe (6-7 échantillons/participant, sur 2 ans). Les effets des immunosuppresseurs sur l'activation des lymphocytes T ainsi que les taux d’anticorps plasmatiques dirigés contre l'enveloppe du VIH (un reflet de la production virale résiduelle) ont été évalués par cytométrie en flux et ELISA, respectivement. L'ADN total du VIH et les transcrits d'ARN-gag-LTR associés aux cellules ont été quantifiés par qPCR et la fréquence des cellules p24+ par HIV-Flow. Pour confirmer les résultats obtenus in vivo, nous avons optimisé un protocole de culture cellulaire pour évaluer l'impact des immunosuppresseurs les plus fréquemment utilisés (MMF, tacrolimus, dasatinib) sur les cellules infectées dans un environnement contrôlé. Suite à la transplantation et à l’initiation du traitement immunosuppresseur, nous avons observé une diminution significative des niveaux d'expression des marqueurs d’activation et de prolifération HLA-DR et Ki67 dans les lymphocytes T CD4+, accompagnée d'une augmentation de la fréquence des cellules mémoires centrales et d'une forte diminution de la fréquence des lymphocytes T régulateurs. Les niveaux d'anticorps ciblant l'enveloppe du VIH ont également diminué pendant le traitement immunosuppresseur. Il y avait une diminution modeste et transitoire des niveaux d'ADN et d'ARN du VIH un mois après la transplantation rénale. Les résultats de HIV-Flow n'ont montré aucun impact significatif des immunosuppresseurs sur le réservoir inductible, avec de grandes variations entre les participants. Le modèle de culture cellulaire in vitro a révélé que de faibles doses d'immunosuppresseurs induisent généralement une diminution des marqueurs du VIH, alors que des doses plus élevées conduisent à des variations dépendantes des donneurs. Ainsi, nos résultats montrent que les traitements immunosuppresseurs diminuent la prolifération et l'activation des lymphocytes T CD4+, ce qui est concomitant avec une diminution modeste et transitoire des taux d'ADN et d'ARN du VIH. Nos résultats indiquent que la combinaison des traitements immunosuppresseurs actuels sont toutefois insuffisants pour affecter profondément et durablement le réservoir du VIH et suggèrent que la taille du réservoir est étroitement régulée par des forces homéostatiques difficiles à contrer. / Antiretroviral therapy (ART) does not eradicate HIV from the body. HIV persists through proliferation of latently infected CD4+T-cells. Moreover, although most proviruses persist in a latent form, a small number of infected cells produce viral protein and virions. Immunosuppressants given to people undergoing kidney transplants to prevent rejection inhibit T-cell proliferation and immune activation. We hypothesized that immunosuppressants could reduce both the size of the latent viral reservoir as well as markers associated with residual production of HIV. Seven participants living with HIV on suppressive ART who underwent kidney transplantation and initiated immunosuppressive therapy were enrolled. Longitudinal blood samples were collected before and after the transplant (6-7 samples/participant, over 2years). The effects of immunosuppressants on T-cell activation as well as plasma HIV-envelope antibody responses (a surrogate of residual viral production) were assessed by flow cytometry and ELISA, respectively. Total HIV-DNA and cell-associated LTR-gag-RNA transcripts were quantified by qPCR and the frequency of p24+ cells by HIV-Flow in isolated CD4+T-cells. To confirm the results saw in vivo, we optimized a cell culture protocol to assess the impact of frequently given immunosuppressants (tacrolimus, MMF and dasatinib) on infected cells in a controlled environment. Following organ transplant and initiation of immunosuppressive treatment, we observed a significant decrease in the expression levels of HLA-DR and Ki67 in CD4+T-cells, which was accompanied by an increase in the frequency of central memory cells and a sharp decrease in the frequency of regulatory T-cells. Antibody levels targeting HIV envelope also decreased during immunosuppressive therapy. There was a modest and transient decrease in HIV DNA and RNA levels one month following kidney transplantation. HIV-Flow results showed no significant impact of immunosuppressants on the inducible reservoir, with large variations between participants. The in vitro cell culture model showed that low doses of immunosuppressants generally induces a reduction in HIV markers, but higher doses lead to variations between donors. Immunosuppressive therapy decreases the proliferation and activation of CD4+ T-cells which is concomitant with a modest and transient decrease in HIV DNA and RNA levels. Our results indicate that current immunosuppressive drugs are insufficient to profoundly and durably affect the HIV reservoir and suggest that the size of the reservoir is tightly regulated by homeostatic forces that are difficult to counteract.

Aim: This study aims to assess the association of biomechanical characteristics of carotid walls and carotid intima-media thickness (IMT), as assessed by ultrasound, when incorporated into prediction models for coronary CT plaque burden in both people living with HIV (PLWH) and HIV-negative control individuals. Methods: In this cross-sectional study, 164 participants (mean age 57 years ± 8 years; 134 males) with low to intermediate cardiovascular risk were recruited from the ongoing prospective Canadian HIV and Aging Cohort Study (CHACS). Among the 164 recruited participants, a total of 154 individuals (mean age, 56.5 years ± 7.55 years; 83 PLWH, 54%; 137 males; 88%) were evaluated. Ten participants were excluded due to unavailable coronary plaque data. The mean time interval between coronary CT and carotid ultrasound per participant was 7.69 ± 20.1 months. Using ultrasound, cumulated axial strain, cumulated shear strain, cumulated axial translation, cumulated lateral translation, and IMT of the common and internal carotid arteries were measured. Participants also underwent cardiac CT for coronary plaque assessment. Univariate and multivariate Poisson regression analyses with robust variance were performed to identify independent associations of cardiovascular risk factors, IMT, and elastography parameters with coronary plaque presence. Receiver operating characteristic (ROC) curve analysis and the area under the curve (AUC) were used to compare different prediction models for coronary plaque presence. Results: The study included 83 PLWH and 71 controls (N=154). The median 10-year Framingham risk score was 12% [IQR, 8 - 16] in PLWH and 9% [IQR, 7 - 15] in controls (p = 0.045). In the PLWH group, coronary plaques were observed in 55 participants (61.1%) compared to 42 (56.8%) in the non-HIV control group (p = .46). Carotid IMT and all elastography features for both the internal and common carotid arteries were similar between PLWH and healthy volunteers. 4 After adjusting for cardiovascular risk using multivariate Poisson regression, smoking exposure was significantly associated with coronary plaque presence on CT (prevalence ratio 1.10, 95% CI 1.04 – 1.13, p < 0.001). No significant associations were found with other coronary artery disease risk factors or HIV status in multivariate analysis. Carotid elastography parameters and carotid intima-media thickness were not associated with coronary atherosclerosis after adjustment. AUC analyses did not reveal any significant differences in predictive accuracy between models when adding either elastography parameters, IMT, or both elastography parameters and IMT results to the cardiovascular risk factor model, with AUC ranging from 0.647 to 0.681 in all models. Conclusion: In our study, models incorporating carotid elastography and IMT did not enhance the prediction of coronary plaque presence in PLWH or controls, compared to models including only traditional cardiovascular risk factors. Key words: HIV, computed tomography, angiography, us elastography, atherosclerosis / Objectif: Évaluer l’association des caractéristiques biomécaniques des parois carotidiennes et de l'épaisseur intima-média (EIM) « Intima-media Thickness » (IMT) carotidienne, telles qu'évaluées par échographie, lorsque celles-ci sont incluses dans les modèles de prédiction de la charge de plaque coronarienne évaluée par tomodensitométrie (CT) chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) et les personnes contrôles séronégatives. Méthodes : Dans notre étude transversale, 164 participants (âge moyen 57 ans ± 8 ans ; 134 hommes) présentant un risque cardiovasculaire faible/intermédiaire ont été recrutés, provenant tous de l’étude prospective Cohorte canadienne VIH et vieillissement (CHACS, Canadian HIV an Aging Cohort Study). Parmi les 164 participants recrutés, un total de 154 participants (âge moyen, 56.5 ans ±7.55 ans; 83 PPLWH, 54 %; 137 hommes; 88%) ont été évalués. Dix participants ont été exclus en raison de données de plaques non disponibles. L’intervalle de temps moyen entre le CT et l’élastographie carotidienne était de 7.7 ± 20.1 mois Avec l’imagerie par ultrasons, nous avons mesuré la déformation axiale cumulée, la déformation de cisaillement cumulée, la translation axiale cumulée, la translation latérale cumulée et l'IMT des artères carotides commune et interne. Les participants ont également subi une tomodensitométrie cardiaque pour l'évaluation de la plaque coronarienne. Des analyses de régression de Poisson univariées et multivariées avec une variance robuste ont été réalisées pour identifier comment les facteurs de risque cardiovasculaire, les paramètres IMT et élastographie sont indépendamment associés à la présence de plaque coronarienne. La fonction d’efficacité du récepteur (« caractéristique de fonctionnement du récepteur ») (ROC, receiver operating characteristic) et l'analyse de l'aire sous la courbe (AUC, area under the curve) ont également été utilisées pour comparer différents modèles de prédiction de la présence de plaque coronarienne. Résultats: Il y avait 83 PVVIH et 71 contrôles (N=154). Le score médian de risque de Framingham sur 10 ans était de 12% [IQR, 8 - 16] chez les PLWH and de 9% [IQR,7 -15] chez les témoins (p = 0.045). Dans le groupe PVVIH, des plaques coronaires étaient présentes chez 55 participants (61,1 %) contre 42 (56,8 %) dans le groupe contrôle non VIH (p = 0,46). 2 Après ajustement pour les facteurs de risque cardiovasculaire, on note que le tabagisme est associé à la présence de plaque coronarienne (ratio de prévalence 1.10, 95% CI 1.04 – 1.13, p < 0.001). Aucune autre association significative n’a été démontré avec d’autres facteurs de risque cardiovasculaire, ou avec le statut VIH, dans les analyses multivariées. L’analyse multivariée démontre que l'ajout des données d’IMT ou d’élastographie n'augmente pas la précision des modèles, au-delà du modèle n’incluant que les facteurs de risque traditionnels. Les analyses des courbes ROC et AUC n'ont montré aucune différence significative dans la précision prédictive entre les modèles qui incluent les paramètres d'élastographie, d'IMT et les facteurs de risque cardiovasculaire, versus les modèles qui n’incluent que les facteurs de risque cardiovasculaire, avec des AUC allant de 0,65 à 0,68. Conclusion: Dans notre étude, les modèles incluant l'élastographie carotidienne et l'IMT n'ont pas montré d’augmentation de la prédiction de la présence de plaque coronarienne chez les PVVIH ou les contrôles, en comparaison aux modèles incluant uniquement les facteurs de risque traditionnels.

Dans le cadre du projet d'appui à la lutte contre les IST/VIH/SIDA en Haïti (PALIH) visant les travailleuses du sexe (TS), une étude descriptive transversale a été réalisée en 2006 dans quatre villes de la région sanitaire de l’Artibonite (St Marc, Gonaïves, Montrouis, Pontsondé) auprès de 521 TS, afin de connaître la prévalence du VIH, ainsi que les caractéristiques sociodémographiques et comportementales qui y sont associées. La prévalence globale était de 11,8%, soit cinq fois plus élevée que dans la population générale. Les prévalences observées dans les différentes villes, quoi qu'élevées n'étaient pas différentes significativement. Il s'agit principalement d'une prostitution affichée et visible, à couleur nationale, pratiquée majoritairement par des femmes jeunes, peu ou pas scolarisées, exerçant sur plusieurs sites et vivant exclusivement des revenus de leur métier. L'étude montre une utilisation insuffisante du condom lors des rapports sexuels payants (67,9%) et non payants (45,7%) et une forte proportion de TS non dépistées pour le VIH (64,0%). En analyse multivariée par régression logistique, la prévalence du VIH était significativement associée à l'âge plus avancé (p= 0,04; test de tendance), à une faible scolarité [Rapport de cote de prévalence (RCP)= 3,5 ; Intervalle de confiance à 95% (IC9s%): 1,55-8,00), au nombre de clients durant les sept derniers jours (>5) (RCP= 2,5; IC95o/o : 1,07-5,76) et au fait de se croire à risque d'infection (RCP= 3,6; IG^ , : 1,27- 10,02). L'étude confirme les TS de la région sanitaire de l’Artibonite comme des groupes vulnérables et à haut risque d'infection, nécessitant des interventions ciblées afin de limiter la propagation de l'infection.

Contexte : La surveillance de la charge virale (CV) et les dépistages des infections sexuellement transmissibles et par le sang (ITSS) sont indispensables à la prise en charge du VIH. L’utilisation de ces soins pendant la pandémie de la Covid-19 au Québec reste largement inconnue. Objectif : Mesurer et comparer les taux de surveillance de la CV et des dépistages des ITSS en période pré et per-pandémique chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) à Montréal. Méthodes : Dans une étude de cohorte avec devis pré-post, 1702 PVVIH ont été retenues. Des modèles de régression de Poisson avec effet aléatoire sur l'individu ont estimé les taux, les ratios de taux d'incidence (IRR), leurs intervalles de confiance à 95 % (IC95%) ainsi que des termes d’interaction entre la variable de la période et les covariables. Résultats : La période pré-pandémique était associée à une diminution du taux de surveillance de la CV (IRR=0,58, IC95% 0,55-0,60) et du taux de dépistage des ITSS (IRR=0,65, IC95% 0,62-0,68). La diminution de la surveillance de la CV pendant la période per-pandémique était plus importante avec l’utilisation de drogues par injection, une augmentation de la distance et une CV détectable au début de l’étude. La diminution de dépistage des ITSS était plus importante avec une augmentation d’âge et de la distance. La suppression virologique et les pourcentages de positivité des ITSS sont demeurés constants au cours des périodes. Les taux d'incidence des ITSS ont diminué en période per-pandémique. Conclusion : Une diminution du suivi a été observée en période per-pandémique. Nos résultats suggèrent que ces réductions n'ont pas eu d'impact sur la suppression virologique ou l’incidence des ITSS. / Context: Routine viral load (VL) monitoring and sexually transmitted infections (STI) screenings are integral parts of HIV care. In Québec, the effects of the Covid-19 pandemic on accessibility to care and resulting inequalities remain widely unknown. Objective: We aimed to measure and compare rates of VL monitoring and STI screenings before and during the COVID-19 pandemic amongst people living with HIV (PLWHIV) in Montréal. Methods: A cohort study with pre-post design followed 1702 PLWHIV. Poisson regression models with individual clustering were used to estimate testing rates, incidence rate ratios (IRR), their 95 % confidence intervals (95%CI) and interaction terms between the period variable and other covariates. Results: The per-pandemic period was associated with a decrease in VL monitoring (IRR=0.58, 95%CI 0.55-0.60) and STI screening (IRR=0.65, 95%CI 0.62-0.68). The per-pandemic period intensified VL monitoring gaps with intravenous drug use, distance from the testing center and a detectable VL at the beginning of the study. STI screening gaps were amplified during the per-pandemic period by an increase in age and in distance. VL suppression and STI positivity percentages remained unchanged while STI incidence rates decreased. Conclusion: A significant decline in VL monitoring and STI screening was observed during the per-pandemic period. Our findings suggest that these reductions had no impact on the virological suppression or STI incidence in PLWHIV.

La recherche-action participative (RAP) est adoptée en santé publique pour mieux comprendre des problématiques sociosanitaires complexes et leur trouver des solutions adéquates. En outre, la participation à la RAP de personnes marginalisées s'avère fort pertinente pour avoir accès à leur savoir expérientiel sur les enjeux en cause. En retour, la RAP permet de faire entendre leur voix et de développer leur pouvoir d'agir pour améliorer leur situation et les interventions les concernant. La participation des personnes utilisatrices de drogues, qui sont particulièrement affectées par le VIH/Sida, est d'ailleurs devenue un impératif international pour répondre de manière éthique et efficace à l'épidémie. Cependant, peu d'études ont traité de leur appropriation du processus de participation. De plus, devant le caractère polysémique de la RAP, la diversité des orientations épistémiques et des méthodologies, dont l'usage de techniques artistiques, de même que l'étendue de la participation d'une étude à l'autre, il est difficile de conclure à sa réelle portée. Par conséquent, plusieurs doutent de sa crédibilité et de la valeur scientifique des savoirs qu'elle produit. Cette thèse a donc été produite pour examiner comment l'appropriation du processus de participation à une RAP avec des personnes utilisatrices de drogues peut contribuer à construire et mobiliser des connaissances valables. Dans un cadre de reconnaissance de la lutte contre les infections transmises sexuellement et par le sang, ce projet doctoral fut greffé à une RAP élaborée en partenariat avec des organismes communautaires et des institutions universitaires et de santé publique à Montréal et à Québec. En 2011 et 2012, la doctorante a travaillé en tant qu'auxiliaire de recherche pour le comité de réalisation de cette RAP avec six personnes utilisatrices de drogues et un accompagnateur intervenant de l'organisme communautaire Point de Repères à Québec. Dans une démarche créative, le comité a collecté des données verbales et visuelles avec l'objectif de rendre visibles l'action communautaire de Point de Repères et l'action sociale des participants aux activités de l'organisme. Une étude qualitative longitudinale sur l'appropriation du processus de participations des membres de ce comité a été conduite. Dans ce contexte, la particularité de cette thèse situait l'étudiante-chercheure comme participante à sa propre recherche, donc partie constituante de son objet d'étude. Les objectifs de cette étude étaient d'examiner l'appropriation de l'ensemble des intentions et des stratégies partenariales; de dégager les réalisations du comité; d'examiner les rétroactions réflexives de ses membres; d'examiner la progression du processus. Une analyse interactionnelle fut effectuée sur un corpus diversifié comprenant notamment des enregistrements audio des rencontres du comité et des entretiens individuels tenus à la clôture de la RAP avec les six personnes utilisatrices de drogue. Un bricolage conceptuel fut réalisé à partir du modèle du Modèle Rubicon des phases d'action (Achtzeger et Gollwitzer, 2008). Cette étude révèle que le comité s'est approprié avec authenticité cet espace de parole, de réflexion, de décision et d'action. Même sans détenir entièrement le pouvoir décisionnel, ses membres se sont investis activement dans l'élaboration de la méthodologie de la RAP, la construction de connaissances et la préparation de leur mobilisation. Grâce à la confiance établie depuis longtemps avec Point de Repères, les chercheures de Québec et les personnes utilisatrices de drogue, le comité a notamment appliqué plusieurs critères propres à la méthode qualitative et d'autres spécifiques à la RAP. Ainsi le comité a construit des connaissances valables d'un point de vue scientifique, relationnel et personnel. Comme contribution à l'avancement des connaissances, cette thèse décrit minutieusement les dynamiques et processus à l'étude : dynamique partenariale et transformationnelle, dynamique de groupe, processus de construction et de mobilisation des connaissances, processus de création et processus de réflexivité. En montrant la valeur et la richesse des savoirs des personnes utilisatrices de drogues, elle contribue à l'augmentation de la crédibilité de la RAP. Enfin, elle permet de déconstruire certains préjugés contre ces personnes selon lesquels elles seraient incapables de se plier aux exigences d'une RAP. / Participatory action research (PAR) is used in public health to better understand complex health and social issues and to find appropriate solutions. In addition, the participation of marginalized people in PAR has proven to be highly relevant in gaining access to their experiential knowledge about the issues at stake. In turn, PAR allows their voices to be heard and empowers them to act to improve their situation as well as the interventions that affect them. The participation of people who use drugs, who are particularly vulnerable to HIV/AIDS, has become an international imperative for an ethical and effective response to the epidemic. However, few studies have dealt with their ownership of the participation process. Moreover, given the numerous meanings of PAR, the diversity of its epistemic orientations and methodologies, including artistic techniques, as well as the extent of participation from one study to another, it is difficult to assess its real potential. As a result, many doubt its credibility and the scientific value of the knowledge it produces. This thesis was therefore conducted to examine how the appropriation of the participation process in a PAR with people who use drugs can contribute to the construction and mobilization of valid knowledge. In the context of the fight against sexually transmitted and blood-borne infections, this doctoral project was linked to a PAR developed through a partnership between community organizations, academics as well as public health institutions, in Montreal and Quebec City. In 2011 and 2012, the doctoral student worked as a research assistant for the committee conducting this PAR composed of six people who use drugs and a community organizer from the Point de Repères grass roots organization in Quebec City. Using a creative artistic approach, the committee collected verbal and visual data with the objective of making visible the community actions of Point de Repères as well as the social action of participants in the organization's activities. A longitudinal qualitative study on the appropriation of the participation process by the members of this committee was thus realized. The particularity of this thesis was to position the student-researcher as a participant in her own research, therefore as a part of her object of study. The objectives of the thesis were to examine the committee's ownership of the partnership intentions and strategies; to identify its achievements; to document the reflective feedback of its members; and to establish the progression of the process. An interactional analysis was carried out on a series of audio recordings of the committee meetings as well on individual interviews held at the end of the PAR with the six persons who used drugs. A conceptual framework was developed for the analysis, using mainly the Rubicon Model of action phases (Achtzeger et Gollwitzer, 2008). This study reveals that the committee has authentically embraced this space for discussion, reflection, decision and action. Even without having full decision-making power, its members were actively involved in developing the PAR methodology, building knowledge and preparing for mobilization. Thanks to the trust established over a long period of time between Point de Repères, the Quebec City researchers and people who use drugs, the committee was able to apply several methodological criteria of qualitative research and others more specific to PAR. The committee has thus built knowledge that is valid from a scientific, relational and personal point of view. As a contribution to the advancement of knowledge, this thesis describes in detail the dynamics and processes of the participatory dimension of a specific PAR: partnership and transformational dynamics, group dynamics, knowledge construction and mobilization processes, creation processes and reflexivity processes. By showing the value and richness of the knowledge of people who use drugs, it contributes to increase the credibility of PAR. Finally, it allows to deconstruct certain prejudices against the people who use drugs according to which they would be unable to comply with the requirements of a PAR.

Avec plus de 39 millions de personnes infectées à travers le monde, le virus de l’immunodéficience humaine de type-1 (VIH-1) est un problème majeur de santé publique. Bien que la thérapie antirétrovirale contrôle la réplication virale, améliore la santé et prolongent la vie des personnes vivant avec le VIH-1, elle ne permet pas d’éradiquer complètement le virus. En effet, celui-ci établit des phases de latence en intégrant son génome dans l’ADN cellulaire des cellules cibles, entrainant la formation de ce que l’on appelle le réservoir latent du virus. Ce réservoir se situe principalement dans les lymphocytes T CD4+, bien qu’on le retrouve également dans les cellules myéloïdes, et il constitue le principal obstacle à l’éradication du virus. Il est donc impératif de mieux comprendre les facteurs de l’hôte qui régissent non seulement la susceptibilité de ces cellules à l’infection et qui contribuent également à la persistance du VIH-1. Nous postulons que les micro-ARN (miARN), des petits ARN produits par la cellule et qui régulent l’expression génique, jouent un rôle au cours de l’infection par le VIH-1. Dans un premier temps, nous nous sommes concentrés sur le rôle des miARN dans l’entrée virale. À l’aide d’un séquençage de nouvelle génération des miARN dans les macrophages, nous avons déterminé que le miARN-103, ainsi que son paralogue le miARN-107, ciblent l’ARNm du corécepteur CCR5 utilisé par le VIH-1. Nous montrons que l’induction de l’expression des miARN-103/107 est régulée par le facteur de transcription p53 et rend les macrophages réfractaires à l’entrée du VIH-1. Nous observons que le niveau d’expression des miARN-103/107 est enrichi dans les macrophages résidant dans les tissus intestinaux de donneurs sains et les macrophages alvéolaires des personnes sous thérapie antirétrovirale, ce qui contribue vraisemblablement à leur résistance à l’infection par le VIH-1. Étant donné que les lymphocytes T CD4+ constituent le principal réservoir du VIH-1, nous avons ensuite étendu l’étude du miARN-103 dans ces cellules. Récemment, il a été montré que la latence virale serait la conséquence de l’infection de lymphocytes T CD4+ dans une fenêtre très étroite suite à leur activation. Ces cellules qui 3 transitionnent vers un phénotype mémoire posséderaient des propriétés uniques, comme une augmentation temporaire de l’expression du corécepteur viral CCR5, ainsi qu’une capacité réduite de transcrire l’ADN proviral intégré. Nos résultats montrent que le miARN-103, qui cible également le CCR5 dans les lymphocytes T CD4+, participe à la modulation du CCR5 selon l’état d’activation de la cellule et contribue indirectement à l’établissement de la latence virale dans ces cellules. De plus, nos résultats montrent que les lymphocytes T CD4+ issus d’individus qui contrôlent l’infection par le VIH-1 expriment des niveaux réduits d’ARNm de CCR5 (lorsque comparés à ceux d’individus non-contrôleurs). Cet état étant associé à une tendance à la hausse du miARN-103, suggère que le miARN-103 pourrait participer au contrôle de l’expression de CCR5 in vivo. Dans un deuxième temps, nous avons réalisé un séquençage de nouvelle génération de l’ARN des lymphocytes T CD4+ infectés. À la suite de cette analyse, nous avons déterminé que le miARN-26a participe à la régulation de CD59, une protéine cellulaire incorporée dans les virions jouant un rôle clé dans l’activation du complément en inhibant la formation du complexe d’attaque membranaire. Au cours de l’infection, ce miARN est diminué dans les cellules productivement infectées. Cette diminution est associée à une augmentation de CD59 dans les cellules infectées et à la surface des virions produits par ces cellules, favorisant leur échappement à la lyse médiée par le complément. Nous montrons que l’introduction d’un analogue du miARN-26a dans les cellules rend les virions produits par ces dites cellules plus sensibles à la lyse médiée par le complément. En conclusion, les observations et analyses réalisées dans le cadre de cette thèse nous aident à mieux comprendre le rôle des miARN dans l’infection et la persistance du VIH-1. Ces résultats aident à notre compréhension des facteurs de l’hôte qui régissent la susceptibilité de ces cellules à l’infection ainsi que la persistance virale, et pourraient aider au développement de stratégies thérapeutiques. / With more than 39 million people infected in the world, human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) is a major public health problem. Although antiretroviral therapy controls viral replication, improves the health, and prolongs the lives of people living with HIV-1, it does not completely eradicate the virus. Indeed, the virus has established latency phases by integrating its genome into the cellular DNA of target cells, leading to the formation of what is called the latent reservoir of the virus. This reservoir is located mainly in CD4+ T cells, although it is also found in myeloid cells, and it has become the main obstacle to eradication of the virus. It is therefore imperative to better understand the host factors that not only govern the susceptibility of these cells to infection but also contribute to HIV-1 persistence. We postulate that microRNAs (miRNAs), which are small RNAs produced by the cell involved in regulation of gene expression, have a role during HIV-1 infection. First, we focused on the role of miRNAs in viral entry. Using next generation miRNA sequencing in macrophages, we determined that miRNA-103, as well as its paralogue miRNA-107, target the mRNA of CCR5, the HIV-1 coreceptor. We show that the induction of miRNA-103/107 expression is regulated by the transcription factor p53 and makes macrophages more resistant to HIV-1 entry. We observe that the expression level of miRNAs-103/107 is enriched in resident macrophages in intestinal tissues of healthy donors and alveolar macrophages of people on antiretroviral therapy, which likely contributes to their resistance to infection by HIV-1. Given that CD4+ T cells constitute the main reservoir of HIV-1, we then extended the study of miRNA-103 in these cells. Recently, it has been shown that viral latency is the consequence of the infection of CD4+ T cells within a very narrow window following their activation. These transitioning to memory T cells are thought to possess unique properties, such as a temporary increase in the expression of the viral coreceptor CCR5, as well as a reduced capacity to transcribe integrated proviral DNA. Our results show that miRNA-103, which also targets CCR5 in CD4+ T cells, participates in the modulation of CCR5 depending on the activation state of the cell 5 and indirectly contributes to the establishment of viral latency in these cells. Furthermore, our results show that CD4+ T cells from individuals who control HIV-1 infection express reduced levels of CCR5 mRNA (when compared to those from non- controller individuals), this being associated to a upward trend in miRNA-103 expression, suggesting that miRNA-103 may participate in the control of CCR5 expression in vivo. Secondly, we carried out next generation RNA sequencing of HIV-1 infected CD4+ T cells. Their resulting analyses determined that miRNA-26a participates in the regulation of CD59, a cellular protein that is incorporated into virions and has a key role in complement activation by inhibiting the formation of the membrane attack complex. During infection, this miRNA is decreased in productively infected cells. This decrease is associated with an increase in CD59 in infected cells, as well as on the surface of virions produced by these cells, favoring their escape from complement- mediated lysis. We show that introduction of miRNA-26a mimics in cells makes the virions produced by these cells more sensitive to complement-mediated lysis. In conclusion, the observations and analyses developed in this thesis will help us better understand the role of miRNAs in HIV-1 infection and persistence. These results help in the understanding of host factors that govern the susceptibility of these cells to infection as well as viral persistence and could help in the development of therapeutic strategies.