Bacteriocinas são peptídeos pequenos sintetizados por bactérias que possuem propriedades antimicrobianas. O presente estudo teve por objetivos identificar e caracterizar uma bacteriocina produzida por Bacillus amyloliquefaciens LBM 5006, isolado de solo da Mata Atlântica, Santa Catarina, Brasil. A produção da substância antimicrobiana tem início na fase exponencial de crescimento e sua atividade máxima ocorre na fase estacionária. O efeito do cocultivo de B. amyloliquefaciens com diferentes bactérias na produção do antimicrobiano foi investigado. O cultivo de células de Escherichia coli intactas ou inativadas pelo calor com a cepa produtora aumentou a síntese da substância antimicrobiana. A bacteriocina LBM 5006 apresentou amplo espectro de ação, produzindo atividade antagonista contra bactérias, fungos e amebas patogênicas. O modo de ação contra células de Listeria monocytogenes e Paenibacillus larvae foi bactericida e bacteriolítico. Atividade esporicida foi observada contra esporos de P. larvae após tratamento com 1600 UA mL-1. Efeitos amebistático e amebicida contra trofozoítos de Acanthamoeba polyphaga com a consequente lise celular foram observados. A bacteriocina não teve efeito inibitório em células Vero nas concentrações que foram efetivas contra as amebas. A substância antimicrobiana foi isolada por precipitação com sulfato de amônio, cromatografia de gel filtração e extração com 1-butanol. O espectro ultravioleta foi típico de um polipeptídeo e o infravermelho indicou a presença de ligações peptídicas e grupamentos acil na sua estrutura. Análises por espectroscopia de massas indicaram que B. amyloquefaciens LBM 5006 produziu dois peptídeos antimicrobianos, com 1058 Da e 1464 Da, correspondentes a peptídeos tipo-iturina e tipo-fengicina, respectivamente. / Bacteriocins are small peptides synthesized by bacteria which have antimicrobiall properties. This study aimed to identify and characterize a bacteriocin produced by Bacillus amyloliquefaciens LBM 5006, isolated from soil of Mata Atlântica, Santa Catarina, Brazil. It has been observed that the antimicrobial substance production starting at the exponencial grown phase and maximum activity occur at stationary phase. The effect of different bacteria on the production of antimicrobial activity by Bacillus amyloliquefaciens LBM 5006 was investigate. It was concluded that the presence of intact or thermally inactivated cells of Escherichia coli enhanced the synthesis of antimicrobial peptides by B. amyloliquefaciens strain. Bacteriocin LBM 5006 showed broad spectrum of action, producing antagonistic activity against bacteria, fungi and pathogenic amoebas. The mode of action against Listeria monocytogenes and Paenibacillus larvae was bactericidal and bacteriolytic. Sporicidal activity was observed against P. larvae spores after treatment whit 1600 AU mL-1. Amoebicidal and amoebistatic effects were detected against throphozoites of Acanthamoeba poliphaga and cell lysis. The bacteriocin had no inhibitory effect on Vero cells at concentrations that were effective against amoebas.The antimicrobial substance was isolated by ammonium sulfate precipitation, gel filtration chromatography and 1-butanol extraction.The ultraviolet spectrum was typical of a polypeptide and the infrared spectrum indicates the presence of peptide bonds and acyl group(s) in its structure. Mass spectroscopy analysis indicated that B. amyloliquefaciens LBM 5006 produces two antimicrobial peptides, with main peaks at m/z 1058 Da and 1464 Da, corresponding to iturinlike and fengycin-like peptides, respectively.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas. Programa de Pós-Graduação em Química. / Made available in DSpace on 2012-10-24T07:40:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 266273.pdf: 1432106 bytes, checksum: a3a0e6a1397546d97078960a9bc7a55f (MD5) / Um estudo fitoquímico de L. corniculatus foi realizado e biomonitorado através de bioensaios de atividade antioxidante, antibacteriana e anti-inflamatória. O estudo fitoquimico foi efetivado através de sucessivas cromatografias em coluna de sílica gel e monitoradas por cromatografia em camada delgada, sendo as estruturas elucidadas através de técnicas de IV, RMN de 1H e 13C e COSY. A atividade antioxidante in vitro foi avaliada nos modelos como a capacidade sequestrante DPPH, potencial redutor e peroxidação lipídica. O efeito antibacteriano foi avaliado através do método de microdiluição o qual produz a Concentração Inibitória Mínima e a Concentração Bactericida Mínima. Finalmente, o efeito anti-inflamatório de Lotus corniculatus foi analisado no modelo in vivo da pleurisia induzida pela carragenina em camundongos, que é um modelo de inflamação aguda. Foram isolados três compostos: dois terpenos, o ?-sitosterol e o ácido oleanólico e um flavonóide glicosilado canferitrina. Após realizados os ensaios de atividades biológicas, nossos resultados demonstraram que Lotus corniculatus cv. São Gabriel possui importante propriedade antibacteriana e anti-inflamatória. Estes efeitos podem ser atribuídos aos compostos isolados como o ácido oleanolico, ?-sitosterol e principalmente ao canferitrina o qual demonstrou o melhor efeito farmacológico.

CARNEIRO, Victor Alves. Inibição de formação de biofilme bacteriano através de lectinas vegetais. 2007. 89 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2007. / Submitted by Eric Santiago (erichhcl@gmail.com) on 2016-07-15T13:40:45Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_vacarneiro.pdf: 1083928 bytes, checksum: e8c87c7ccb243cae82022d5153e98560 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-08-02T20:25:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_vacarneiro.pdf: 1083928 bytes, checksum: e8c87c7ccb243cae82022d5153e98560 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-02T20:25:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_vacarneiro.pdf: 1083928 bytes, checksum: e8c87c7ccb243cae82022d5153e98560 (MD5) Previous issue date: 2007 / Natural and complementary medicine, especially phytotherapy, is becoming more and more useful to fulfill the needs of great part of the population when it comes to oral health, particularly in the developing countries. Among the phytotherapics, lectins may be valuable as anti-plaque and antimicrobial agents, since they can be intimately related with inference in biofilm formation, given that these proteins recognize carbohydrates in a specific and reversible way. Within that context, this study aimed to test the ability of five lectins (extracted from Canavalia ensiformis, Canavalia maritima, Cymbosema roseum, Acacia farnesiana and Hypnea cervicornis) in inhibiting the formation of biofilm and killing oral microorganisms(Streptococcus sanguis ATCC10556 e S. mutans UA159). The antimicrobial activity of the five lectins tested was determined by the convetional test of microdilution in polystyrene plaques. The lectin concentrations assayed against the microorganisms varied from 2mg/mL to 31. 5μ g/mL. To evaluate the adherence, a semi -quantitative assay was perfomed within microtitulation plaques (96 wells), to where were added 100μL of each lectin, and then 100μL of bacterial suspension (108 CFU/mL). This material was incubated in 10% CO 2 atmosphere at 37ºC. Adherence was revealed and quantified by violet crystal staining. Absorption of violet crystal was determined by spectophotometry (595nm). Only ConA presented bactericide or bacteriostatic activity against the strains tested. The assay of inhibition of biofilm formation revealed that almost all lectins had this kind of activity, reducing the adherence in a significant way (p<0.05). ConA had no effect on the formation of biofilm for any bacteria tested. / A medicina natural e complementar, especialmente a fitoterapia, se torna cada vez mais utilizada no combate as necessidades de grande parte da população em saúde bucal, particularmente nos países em desenvolvimento. Dentre os fitoterápicos, as lectinas podem ter um valor como agentes antiplaca e antimicrobianos, uma vez que podem estar intimamente relacionadas com a interferência da formação do biofilme dos microrganismos, já que se tratam de proteínas que reconhece carboidratos de forma específica e reversível. O objetivo deste estudo foi testar in vitro a capacidade de inibição das lectinas isoladas das espécies de Canavalia ensiformis, Canavalia maritima, Cymbosema roseum, Acacia farnesiana e Hypnea cervicornis, na formação de biofilmes bacterianos e atividade antimicrobiana contra microrganismos orais (Streptococcus sanguis ATCC10556 e S. mutans UA159). A atividade antimicrobiana das cinco lectinas testadas foi determinada pelo teste convencional da microdiluição em placas de poliestireno, sendo testada as concentrações de 2mg/mL à 31,5μg/mL contra os microrganismos em estudo. Para avaliação de aderência foi feito um ensaio semiquantitativo de aderência em placas de microtitulação de poliestireno (96 poços), onde foi adicionado 100 μL de cada uma das lectinas, em seguida adicionada 100 μL de suspensão bacteriana (108 UFC/mL) e incubado a 37ºC em uma atmosfera de 10% de CO2. A aderência foi revelada e quantificada por tintura com cristal violeta. A absorção do cristal violeta foi determinada através da leitura no espectrofotômetro (595nm). Somente a lectina de ConA apresentou a atividade bactericida ou bacteriostática contra os microorganismos estudados. No teste de inibição da formação do biofilme, todas as lectinas testadas foram favoráveis na inibição, reduzindo significativamente a aderência (p< 0,05). A lectina de ConA não teve ação sobre a formação do biofilme de nenhumas das bactérias testadas.

ROCHA, Rafael dos Santos. Caracterização polifásica da comunidade bacteriana heterotrófica de ambiente de carcinicultura frente às tetraciclinas. 2016. 105 f. Tese (Doutorado em Engenharia de Pesca)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Vitor Campos (vitband@gmail.com) on 2016-10-05T22:40:10Z No. of bitstreams: 1 2016_tese_rsrocha.pdf: 2184416 bytes, checksum: 17a4ecb8bd02fce65742927d2927e854 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-10-05T23:19:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_tese_rsrocha.pdf: 2184416 bytes, checksum: 17a4ecb8bd02fce65742927d2927e854 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-05T23:19:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_tese_rsrocha.pdf: 2184416 bytes, checksum: 17a4ecb8bd02fce65742927d2927e854 (MD5) Previous issue date: 2016 / Antimicrobial agents of tetracycline class has been extensively used in aquaculture for disease control and growth promotion. Thus, the aim of this study was to evaluate the polyphase profile of the bacterial community in shrimp farming environment front antimicrobial classes of tetracyclines, focusing on Vibrio genus. Water and sediment samples were collected four (4) shrimp farms: two (2) in the state of Ceará and two (2) in the state of Rio Grande do Norte, of points: estuary, supply channel, pond and drainage channel. Cultivable heterotrophic bacteria (CHB), with resistance to tetracycline (CHB+TET) and oxytetracycline (CHB+OTC), total Vibrio, positive sucrose Vibrio and sucrose negative Vibrio were surveyed by Standard Plate Count method (SPC). The strains isolated from CHB, CHB+TET, CHB+OTC and Vibrio underwent phenotypic identification. The phenotypic profile of antimicrobial susceptibility of strains of Vibrio and other BHC was compared between the disk diffusion techniques and macrodilution by determining the Minimum Inhibitory Concentration (MIC) and Minimum Bactericidal Concentration (MBC) for tetracycline and oxytetracycline antimicrobials. Resistance genes tet(M), tet(S) otr(A) and otr(B) were investigated in strains characterized as phenotypically resistant. Diversity of heterotrophic bacteria is influenced by wet and rainy seasons and also by the different collection points within the shrimp farms. Overall, the CHB, CHB+TET and CHB+OTC and Vibrio counts differ between the collection seasons, with higher measurements during the rainy season to the points of pond and drainage channel. 146 strains of CHB, 57 of CHB+TET and 45 of CHB+OTC were isolated, of which the most representative genera were Vibrio and Enterobacter. A total of 100 strains of Vibrio were isolated, which V. coralliilyticus was the most representative species. Antimicrobial profile of Vibrio and other CHB differed between disk-diffusion and macrodilution techniques, being the macrodilution the most efficient in the characterization of resistance among isolates. All strains of Vibrio and other CHB, phenotypically resistant, presented the tet(M) gene as a determinant of resistance determinat, but tet(S) otr(A) and otr(B) genes were not observed. Thus, it proves that Vibrio genus is most abundant among herotrotrophic bacteria with resistance to tetracyclines, with the bacterial diversity strongly influenced by seasons. / Antimicrobianos da classe das tetraciclinas têm sido extensivamente usados em aquicultura para o controle de doenças e como promotores de crescimento. Dessa forma, foi traçado como objetivo geral avaliar o perfil polifásico da comunidade bacteriana de ambiente de criação de camarão frente aos antimicrobianos das classes das tetraciclinas, com enfoque no gênero Vibrio. Amostras de água e sedimento foram coletadas de quatro (4) fazendas de carcinicultura: duas (2) no estado do Ceará e duas (2) no estado do Rio Grande do Norte, dos pontos: estuário, canal de abastecimento, viveiro e canal de drenagem. Foram pesquisadas bactérias heterotróficas cultiváveis (BHC), com resistência à tetraciclina (BHC+TET) e oxitetraciclina (BHC+OTC), Vibrio total, sacarose positivos e negativos pelo método de Contagem Padrão em Placas (CPP). As cepas isoladas de BHC, BHC+TET, BHC+OTC e Vibrio foram submetidas à identificação fenotípica. O perfil fenotípico de susceptibilidade antimicrobiana das cepas de Vibrio e demais BHC foi comparado entre as técnicas de disco-difusão e macrodiluição, pela determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM) e Concentração Bactericida Mínima (CBM) para os antimicrobianos tetraciclina e oxitetraciclina. Os genes de resistência tet(M), tet(S), otr(A) e otr(B) foram pesquisados nas cepas fenotipicamente caracterizadas como resistentes. A diversidade de bactérias heterotróficas foi influenciada pelos períodos de estio e chuvoso e também pelos diferentes pontos de coleta dentro das fazendas de carcinicultura. No geral, as contagens de BHC, BHC+TET e BHC+OTC e Vibrio e demais BHC diferiram entre os períodos de coleta, com quantificações superiores no período chuvoso para os pontos de coleta viveiro e canal de drenagem. Foram isoladas 146 cepas de BHC, 57 de BHC+TET, 25 de BHC+OTC, das quais os gêneros mais representativos foram Vibrio e Enterobacter. Foi possível o isolamento de 100 cepas de Vibrio, das quais V. coralliilyticus foi a espécie mais representativa. O perfil antimicrobiano diferiu entre as cepas de Vibrio e demais BHC entre as técnicas de disco-difusão e macrodiluição, sendo a de macrodiluição a mais eficiente na caracterização de resistência dentre os isolados. Todas as cepas de Vibrio e demais BHC, fenotipicamente resistentes, apresentaram o gene tet(M) como determinante de resistência, no entanto os genes tet(S), otr(A) e otr(B) não foram verificados. Com isso, comprovou-se que Vibrio é gênero mais abundante dentre as bactérias heterotróficas com resistência às tetraciclinas, estando a diversidade bacteriana fortemente influenciada pelos períodos do ano.

FARIAS, P. A. M. Estudo da atividade hipoglicemiante e antibacteriana de um cianoglicosídeo não cianogênico extraído da Bauhinia pentandra a partir de abordagem in silico. 2016. 111 f. Tese (Doutorado em Desenvolvimento e Inovação Tecnológica em Medicamentos) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-10-13T12:05:04Z No. of bitstreams: 1 2016_tese_pamfarias.pdf: 2812621 bytes, checksum: a97ace83d28e05de766402fdc3d83222 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-10-13T12:05:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_tese_pamfarias.pdf: 2812621 bytes, checksum: a97ace83d28e05de766402fdc3d83222 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-13T12:05:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_tese_pamfarias.pdf: 2812621 bytes, checksum: a97ace83d28e05de766402fdc3d83222 (MD5) Previous issue date: 2016-06-24 / The flora presents a number of species with major pharmaceutical potential, however, only a small part of this arsenal is known. The identification of chemical substances of natural origin is a reality, however, the pharmacological potential of this still falls short of what could be done. The use of computational methods can optimize the search for active ingredients more effectively, optimizing time and money, and provide a reduction in the use of laboratory animals. From an isolated chemical of "Bauhinia pentandra" and called (2Z)-[(6S,7S,8R)-8-(β-d- glicopyranosyloxi)-6,7-dihydroxycyclohex-4-en-3-ylidene]ethane-nitrile, later called riachin by researchers who isolated. In an attempt to investigate the pharmacological properties of this substance left is a study in silico prediction comparing the findings with in vitro and in vivo. The objective of this research was to investigate the pharmacological properties of (2Z)-[(6S,7S,8R)-8-(β-d-glicopyranosyloxi)-6,7-dihydroxycyclohex-4-en-3-ylidene]ethane-nitrile using computational prediction models. Molecules that presented a minimum of 80% of similarity were observed for the previously reported activities, which led to reports of activities of similar substances on microorganisms. The MIC determination and modulatory activity was investigated. The molecular structure was analyzed by ChEMBL database for prediction of potential drug targets, which identified the molecule as a likely agent for co-transporters SGLT1 and SGLT2. In vivo studies were initiated in order to analyze the activity of SGLT2 co-carriers, using the dapagliflozin as a positive control and test group riachin as in oral and Intraperitoneal injection. Computational studies indicated the products of SCLC5A1 and SCLC5A2 genes as likely drug targets, as well as a possible antimicrobial activity. The MIC riachin was not clinically significant, however, concomitant use with amikacin decreased the MIC of this antibiotic in P. aeruginosa strains, the same occurred when associated with clindamycin in strains of S. aureus. In the tests in vivo on oral administration riachin had no effect on the excretion of glucose, however, the dose of 0.5mg / kg i.p. showed a significant increase in glucose excretion (p = 0.0039), corroborating the findings in silico. All parenteral doses showed an increase in serum creatinine, without differences in the dapagliflozin in the dose of 0.4 mg / kg, the same happened with serum urea. Our experiments show that riachin presents a potential inhibitor of SGLT2 co-transporters. When combined with certain antibiotics can reduce these CIM. The riachin may have been degraded by g β-glycosidases, which would make its use orally. The computational studies are useful tools for performing pharmacological research. / A flora brasileira apresenta uma série de espécies com potencial farmacêutico importante, no entanto, apenas uma pequena parte deste arsenal é conhecido. A identificação de substâncias químicas de origem natural é uma realidade, no entanto, o potencial farmacológico destas ainda está aquém do que se poderia fazer. O uso de métodos computacionais pode otimizar a busca por princípios ativos de forma mais efetiva, otimizando tempo e dinheiro, além de proporcionar uma redução no uso de animais de laboratório. A partir de uma substância química isolada da Bauhinia pentandra e denominada (2Z)-[(6S,7S,8R)-8-(β-D-glicopiranosiloxi)-6,7- dihidroxiciclohex-4-en-3-ilideno]etano-nitrila, posteriormente chamada riachin pelos pesquisadores que a isolaram. Na tentativa de se investigar as propriedades farmacológicas desta substância partiu-se de um estudo de predição in silico confrontando os achados com estudos in vitro e in vivo. O objetivo desta pesquisa foi investigar as propriedades farmacológicas da (2Z)-[(6S,7S,8R)-8-(β-D- glicopiranosiloxi)-6,7-dihidroxiciclohex-4-en-3-ilideno]etano-nitrila utilizando-se modelos computacionais de predição. As moléculas que apresentassem o mínimo de 80% de similaridade foram observadas quanto às atividades já relatadas, que levou aos relatos de atividades das substâncias similares sobre microrganismos. A determinação da CIM e da atividade moduladora foi investigada. A estrutura molecular foi analisada através do banco de dados ChEMBL para predição dos possíveis alvos farmacológicos, que apontou a molécula como um provável agente sobre co-transportadores SGLT1 e SGLT2. Estudos in vivo foram iniciados com o objetivo de se analisar a atividade sobre co-transportadores SGLT2, usando-se a dapagliflozina como controle positivo e a riachin como grupo teste em administrações orais e intraperitoneais. Os estudos computacionais indicaram os produtos dos genes SCLC5A1 e SCLC5A2 como prováveis alvos farmacológicos, assim como uma provável atividade antimicrobiana. A CIM da riachin não foi clinicamente significante, no entanto, seu uso concomitante com amicacina diminuiu consideravelmente a CIM deste antibiótico em cepas de P. aeruginosas, o mesmo ocorreu quando associada a clindamicina em cepas de S. aureus. Nos testes in vivo a riachin na administração oral não apresentou efeitos na excreção de glicose, no entanto, a dose de 0,5mg/Kg i.p. apresentou aumento significante na excreção de glicose (p=0,0039), corroborando com os achados in silico. Todas as doses parenterais apresentaram elevação no níveis séricos de creatinina, sem diferenças quanto à dapagliflozina na dose de 0,4mg/Kg, o mesmo ocorreu com os níveis séricos de ureia. Nossos experimentos demonstram que a riachin apresenta um potencial inibidor de co-transportadores SGLT2. Quando associada à determinados antibióticos pode reduzir a CIM destes. A riachin pode ter sido degradada por g β- glicosidases, o que inviabilizaria seu uso por via oral. Os estudos computacionais são ferramentas úteis para a realização de pesquisas farmacológicas.

Evalúa la actividad antimicrobiana, antioxidante in vitro y determinar la composición química de los aceites esenciales de Senecio nutans Sch. Bip (Wiskataya), Senecio calvus Cuatrec (Huamanripa) y Senecio chiquianensis Cabrera (Remilla). Los aceites esenciales son obtenidos de las partes aéreas por el método de destilación por arrastre de vapor de agua, posteriormente se determinan sus propiedades físicas. Las muestras son sometidos a la determinación de la composición química mediante Cromatografía de Gases /Espectrometría de Masas (CG/EM). La actividad antimicrobiana se evalúa mediante el método de microdilución colorimétrica y se determinó la Concentración Mínima Inhibitoria (CMI). Se evalúa la actividad antioxidante mediante el método de captación del radical 2,2-difeneil-1-picril-hidrazilo (DPPH). Los rendimientos obtenidos para los aceites esenciales de S. nutans Sch. Bip, S. calvus Cuatrec S. chiquianensis Cabrera son 0,97, 0,42 y 0,03% respectivamente. El análisis de CG/EM revela que los hidrocarburos monoterpenos son los componentes mayoritarios, seguidos de los sesquiterpenos. Por el método de microdilución, los aceites esenciales estudiados presentan actividad antimicrobiana frente a Staphylococcus aureus ATCC 25923 y Bacillus subtilis ambiental y escasa actividad frente Escherichia coli cepa clínica y Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853. En el análisis de DPPH, se obtiene un IC50 de 11,06 mg/mL para el aceite esencial de Senecio nutans Sch. Bip, un IC50 de 8,85 mg/mL para Senecio calvus Cuatrec y un IC50 de 4,205 mg/mL para Senecio chiquianensis Cabrera, valores que exhiben capacidad antioxidante como donadores de electrones al radical DPPH menor que la sustancia de referencia Trolox® (IC50=0,0038 mg/mL). Se concluye que los componentes químicos de los aceites esenciales de S. nutans Sch. Bip, S. calvus Cuatrec y S. chiquianensis Cabrera, poseen actividad antimicrobiana frente a las bacterias Gram positivas analizadas, asimismo presentan capacidad antioxidante menor que el estándar Trolox, siendo el aceite esencial de S. chiquianensis Cabrera (Remilla) la que evidencia un prometedor efecto natural. / Tesis

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2013-01-25T17:22:15Z No. of bitstreams: 1 rafael_r_c_cuadrat_ioc_bcm_0020_2010.pdf: 3574577 bytes, checksum: 65d8a71b5e600c5b8c4651cfa407aa78 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-25T17:22:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rafael_r_c_cuadrat_ioc_bcm_0020_2010.pdf: 3574577 bytes, checksum: 65d8a71b5e600c5b8c4651cfa407aa78 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / O uso abusivo de antibióticos nos últimos tempos tem causado o surgimento de cepas multi-resistentes, inclusive em relação às moléculas de última geração, como por exemplo as cepas de Staphylococcus aureusresistentes à Vancomicina. Isto torna importante abusca por novas moléculas com ação antimicrobiana. A indústria farmacêutica, durante décadas, tem trabalhado com a modificação química dos produtos naturais (produzidos a partir de microorganismos cultivados) na tentativa de aumentar a potência destes compostos, para torná-los eficazes contra as cepas resistentes aos atuais fármacos. Porém, a descoberta de novos compostos naturais se mostra mais eficiente emenos onerosa do que a modificação de compostos já conhecidos. Entretanto, estudos vêm demonstrando que somente uma pequena porcentagem (1%-10%) dos microrganismos presentes na natureza pode ser isolada e mantida em meios de cultura artificiais, fazendo com que estes isolados e suas respectivas moléculas sejam sempre “redescobertos”, limitando o desenvolvimento de novos fármacos. Contudo, abordagens moleculares como a metagenômica e ferramentas de bioinformática têm sido utilizadas combinadamente para o acesso direto ao DNA dos microrganismos não cultiváveis. Através da clonagem de fragmentos de DNA ambiental e posterior triagem por hibridização, PCR e sequenciamento, podemos obter informações referentes a genes que codificam moléculas de interesse biotecnológico e farmacológico, como por exemplo: lipases, esterases, celulases, quitinases, policetídeo sintases, etc. As famílias de genes que codificam as enzimas PKSs (polyketides synthases) e halogenases flanqueadoras são consideradas de interesse biotecnológico pois são produzidas no metabolismo secundário de diversos organismos e são fundamentais para a síntese de compostos antimicrobianos e antitumor. Visando a identificação e análise da variabilidade das PKSs, é interessante que se utilize amostras de DNA de ambientes com alta diversidade genética, como é o caso dos ambientes marinhos costeiros. Trabalhos preliminares realizados por nosso grupo mostram considerável diversidade em águas superficiais marinhas, composta por fungos, dinoflagelados, cianobactérias e actinobactérias não cultivados. O objetivo deste trabalho é analisar a diversidade de PKSs em ambientes marinhos, realizando inferências sobre evolução e filogenia destas enzimas. Foi possível sequenciar 5novas regiões KS de PKS tipo I iterativa e modular, além de constatar uma grande diversidade de PKS nos bancos de dados ambientais estudados. / Overuse of antibiotics in recent times has caused the emergence multi-resistents strain, including some molecules of last generation, such as strains of Staphylococcus aureus resistant to Vancomycin. This makes it important tosearch for new molecules with anti-microbial activity. The pharmaceutical industry, for decades, has worked with the chemical modification of natural products (produced from cultivated microorganisms) in an attempt to increase the potency of these compounds to make them effective against strains resistant to current drugs. However, the discovery of new natural compounds is more efficient and less costly than the modification of compounds known. However, research has shown that only a small percentage (1% -10%) of microorganisms in nature can be isolated and kept in artificial culture medium, making these isolates and their molecules are always "rediscovered" by limiting the development of new drugs. However, molecular approaches such as metagenomic and bioinformatics tools have been used in combination for direct access to the DNA of non-cultivable microorganisms. By cloning DNA fragmentsand subsequent environmental screening by hybridization, PCR and sequencing, we can obtain information about the genes that encode molecules of pharmacological and biotechnological interest, for example, lipases, esterases, cellulases, chitinases, polyketide synthases, etc. The families of genes that encode enzymes PKSs (polyketides synthases) and flanking halogenases are considered of biotechnological interest because they are producedin the secondary metabolism of different organisms and are essential for the synthesis of antimicrobial compounds and antitumor. For the identification and analysis of variability of PKSs, it is interesting to use DNA samples from environments with high genetic diversity, as is the case of coastal marine environments. Preliminary work performed by our group show considerable diversity in marine surface waters, composed of fungi, dinoflagellates, cyanobacteria and uncultured actinobacteria. The objective of this study is to analyze the diversityof PKSs in marine environments, making inferences about evolution and phylogeny of these enzymes. It was possible to sequence 5 new regions of KS type I iterative and modular, and seea great diversity of PKSs in environmental databases studied.

Made available in DSpace on 2016-04-07T13:21:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 adriana_froes_ioc_dout_2013.pdf: 5530931 bytes, checksum: 43b710d5483c30787958b55a772f967b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O uso inadequado de antibióticos tem causado um grande impacto na saúde pública devido à seleção e aumento de bactérias patogênicas multirresistentes e de difícil tratamento. Dentre os antibióticos administrados na área clínica, os \03B2-lactâmicos são os mais usados e atuam no bloqueio da síntese da parede celular bacteriana, levando à sua morte. Bactérias desenvolveram resistência a esses antibióticos, devido, inclusive, à produção de \03B2-lactamases que são capazes de clivar o anel \03B2-lactâmico, permitindo que a síntese da parede celular bacteriana ocorra. Os hospitais são uma grande fonte de seleção de bactérias multirresistentes, passando para os esgotos municipais e ambientes, mas pouco se sabe a respeito da prevalência e diversidade desses genes em esgotos hospitalares. Sendo assim, o presente trabalho teve como objetivo a exploração taxonômica e funcional do metagenoma dos esgotos de dois hospitais do Rio (EHRJ), assim como a análise da diversidade de \03B2-lactamases presentes nesses hospitais e em bases de dados metagenômicos públicas (CAMERA e IMG/M). A análise taxonômica das sequências dos esgotos hospitalares do Rio revelou maior abundância de Firmicutes (~55%) e Bacteroidetes (~30%) em ambas as amostras hospitalares. A mineração de \03B2-lactamases foi realizada através de buscas com perfis HMM para cada classe (A, C e D) em bases de dados metagenômicos, incluindo a de EHRJ Os resultados indicaram a presença de prováveis homólogos de \03B2-lactamases nos diferentes ambientes, tendo sua anotação funcional confirmada por similaridade com bases de domínios conservados e filogenia, mostrando ser um método sensível e eficaz. Em relação às amostras de esgotos hospitalares, a filogenia mostrou que essas sequências foram agrupadas próximas às \03B2-lactamases representativas dos grupos Firmicutes e Bacteroidetes, corroborando com os resultados de análise taxonômica. As sequências das amostras EHRJ formaram um clado entre si, na maioria das vezes, distantes das sequências dos diferentes projetos metagenômicos previamente estudados de outros ambientes que agruparam próximas de sequências representativas do grupo Proteobacteria, em sua maioria. O hospital da Zona Sul do Rio apresentou uma maior abundância de \03B2-lactamases da classe A (50%), enquanto no hospital da Zona Norte a classe D (55%). Em relação às subclasses de \03B2-lactamases, ACC (53%), CfxA (65%), OXA-10 (30%) e LCR-1 (27%) foram as subclasses de \03B2-lactamases mais abundantes detectadas no efluente da Zona Sul, enquanto nas amostras da Zona Norte as mais abundantes foram CfxA (28,4%) e CEPA (20%), ACC e FOX (~20%) e OXA-10 (32%). Essa diferença na distribuição dessas subclasses pode estar relacionada com a quantidade e tipos de antibióticos \03B2-lactâmicos administrados em cada hospital. A análise taxonômica revelou que Firmicutes (~55%) e Bacteroidetes (~30%) foram os grupos mais abundantes presentes nas amostras de esgotos hospitalares do Rio / The misuse of antibiotics has caused a huge impact on public health because of the selection and increase of multiresistent pathogenic bacteria , making its treatment extremely hard . Among the antibiotics taught in the clinical area, ß - lactamics are the most used and acts on blocking the bacteria cel l wall synthesis , causing its death. However, bacteria have evolved resistence to these antibiotics due mainly to the production of β - lactamases which are capable of cleaving the β - lactam ring, allowing the cell wall synthesis to occur . Hospitals are a gre at source of multiresistant bacteria selection , and it passes to municipal and environments effluents . However, little is known about the real prevalence of these genes in hospitals sewage. This work applied high - throughput sequenc ing and metagenomic analy ses to explore the diversity and functional analysis in bacterial community from two sewage hospitals in Rio de Janeiro - RJ and also to study the diversity of β - lactamases in those two hospitals environments, including those available in public databases su ch as CAMERA and IMG/M . S earches with pHMMs were performed against metagenomes datasets using appropriate profiles for studies concerning β - lactamases diversity. Besides, functional and taxonomic characterization of β - lactamases was performed using samples from the two hospitals sewage, including phylogenetic analysis of the possible β - lactamases . Results from the searches with pHMMs showed that these profiles were capable of mining β - lactamases from different sources, checked by similarity analysis with conserved patterns databases and phylogeny showing the efficacy and sensitivity of our pHMM - based approach in detecting putative β - l actamases sequences. Phylogeny assisted to classify these enzymes showing the sewage hospitals probable β - lactamases grouped along the same clade and close to Firmicutes and Bacteroidetes sequences, and distant from probable β - lactamases retrieved from met agenomic projects from environmental (especially aquatic and terrestrial), engineered and host - associated ecossystems, which grouped closer to β - lactamases from Proteobacteria, mainly. Hospital from South Zone (SZ) of Rio presented a greater abundance of c lass A β - lactamases (50%), while in the hospital from North Zone (NZ) were class D (55%). Concerning the subclasses of β - lactamases, ACC (53%), CfxA (65%), OXA - 10 (30%) and LCR - 1 (27%) were the most abundant detected on sewage samples from the SZ hospital of Rio as on samples from NZ hospital the most abundant were CfxA (28,4%) and CEPA (20%), ACC and FOX (~20%) and OXA - 10 (32%). Such difference in this subclasses distributions could be related to the quantities and types of β - lactams antibiotics administe red in the two hospitals. Taxonomic analysis revealed that Firmicutes (~55%) and Bacteroidetes (~30%) were the most abundant groups composing the hospital sewage samples from Rio

VASCONCELOS, Suyane Maria Luna Cruz de. Avaliação in situ da influência da utilização de diferentes sistemas adesivos no desenvolvimento da cárie secundária em esmalte. 2008. 53 f. Dissertação (Mestrado em Odontologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Farmácia, Odontologia e Enfermagem, Fortaleza, 2008. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2011-12-19T12:32:21Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_smlcvasconcelos.pdf: 1627430 bytes, checksum: dc91483ce3821b1b638f3d470fcb3d52 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T16:12:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_smlcvasconcelos.pdf: 1627430 bytes, checksum: dc91483ce3821b1b638f3d470fcb3d52 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T16:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_smlcvasconcelos.pdf: 1627430 bytes, checksum: dc91483ce3821b1b638f3d470fcb3d52 (MD5) Previous issue date: 2008 / Contemporary adhesives systems present satisfactory bonding to enamel and dentin. However, replacement of the restorations due to secondary caries formation is still a major problem and of great concern in Dentistry. Thus, this study assessed in situ the effects of adhesive systems containing or not fluoride and/or the antibacterial monomer 12-methacryloyloxydodecylpyridinium bromide (MDPB) on the microbiological composition of dental biofilm and on enamel demineralization. During two phases of 14 days each, ten volunteers wore palatal appliances containing four human enamel slabs, which were extra-orally restored using a resin composite (Z250 3M-ESPE) and one of the following adhesive systems: Adper™ Single Bond 2 (total etch, G1); All-Bond SE™ (self-etch, G2); One-Up Bond F Plus (self-etch containing fluoride G3) and Clearfil Protect Bond (self-etch containing fluoride and MDPB, G4). The volunteers were randomly allocated to treatments, and those who received G1 and G2 in the first phase received G3 and G4 in the second one, and vice versa. The volunteers were asked to drop a 20% sucrose solution onto the slabs eight times per day and to use fluoridated dentifrice 3 times per day. The biofilm formed on the slabs was analyzed with regard to total and mutans streptococci as well as lactobacilli counts. Demineralization was determined on enamel around the restorations by cross-sectional microhardness. The data were analyzed by analysis of variance, ANOVA. No differences were found for microbiological composition or enamel demineralization among the studied adhesive systems. It can be concluded that that fluoride or MDPB addition to adhesives systems presented no effect in controlling caries around resin restorations in this in situ model. / Os sistemas adesivos atuais apresentam resultados satisfatórios no que concerne à adesão ao esmalte e à dentina, entretanto, a maior causa de falhas em restaurações estéticas ainda é a ocorrência de recidiva de cárie ao longo de suas margens. Desta forma, este estudo avaliou a ação de sistemas adesivos com flúor e/ou com um novo monômero, brometo de metacriloiloxidodecilpiridinio (MDPB) na composição microbiológica do biofilme dental e no processo de desmineralização do esmalte adjacente à restauração de resina composta, mediante um delineamento in situ, cruzado e duplo-cego. Durante duas fases de 14 dias, dez voluntários utilizaram dispositivos palatinos, contendo, cada um, quatro blocos de esmalte dental humano, restaurados extra-oralmente com resina composta Z250 e um dos seguintes sistemas adesivos: Adper™ Single Bond 2 (condicionamento total, G1), All-Bond SE™ (autocondicionante, G2), One-Up Bond F Plus (autocondicionante com flúor, G3) e Clearfil Protect Bond (autocondicionante com flúor e MDPB, G4). Os voluntários foram aleatoriamente divididos entre os grupos, sendo que os que receberam os sistemas adesivos referentes aos grupos G1 e G2, na 1ª fase, receberam os tratamentos referentes aos grupos G3 e G4 na 2ª fase e vice-versa. Todos os voluntários foram instruídos a gotejar sobre os blocos, oito vezes por dia, uma solução de sacarose a 20%, simulando um desafio cariogênico, e a utilizar um dentifrício fluoretado padronizado três vezes por dia na higienização dentária. Após o término de cada fase o biofilme formado sobre cada bloco foi coletado e utilizado para a contagem de estreptococos totais, estreptococos mutans e lactobacilos. A perda de mineral foi analisada por meio do teste de microdureza em corte longitudinal do esmalte adjacente à restauração. Aplicou-se a análise de variância, ANOVA, não sendo observada diferença estatisticamente significante para a composição microbiológica ou desmineralização do esmalte entre os adesivos estudados. Concluiu-se que a incorporação de MDPB e/ou flúor nos sistemas adesivos autocondicionantes não foi capaz, nas condições deste estudo, de prevenir a ocorrência da cárie secundária.

OLIVEIRA, Lis Christina de. Otite média e externa bilateral em cães : estudo comparativo do perfil microbiológico e susceptibilidade a antimicrobianos das espécies prevalentes. 2004. 114 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina. Fortaleza, 2004. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-05T12:34:31Z No. of bitstreams: 1 2004_dis_lcoliveira.pdf: 1016812 bytes, checksum: baea13a4b2d9667cf7571570c0078119 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T16:25:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2004_dis_lcoliveira.pdf: 1016812 bytes, checksum: baea13a4b2d9667cf7571570c0078119 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T16:25:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2004_dis_lcoliveira.pdf: 1016812 bytes, checksum: baea13a4b2d9667cf7571570c0078119 (MD5) Previous issue date: 2004 / Otitis results from auricular inflammation and represents 8-15% of all cases received in the veterinarian practices. This study was done to outline and compare the isolation profile in external and middle ears from dogs with otitis. Between August/2003 and March/2004, 64 dogs with both otitis externa and media and 50 dogs with bilateral otitis externa were studied. Fifty dogs with healthy ears were used as control group. The collection was done ate the Zoonosis Control Center in Fortaleza-CE and the microbiological analysis at the Microbiological Center - Department of Pathology and Legal Medicine-UFC. Samples from the external ears were collected with sterile swabs and the ones from the middle ears by osteotomy of the tympanic bulla. The microrganisms were cultured and identified according to methods previously described and susceptibility tested by agar diffusion method (NCCLS). In otitic dogs the most frequent alterations were: lesions of the pinna (72%), local pain (12%) and alteration of the pinna position (12%). Sixty-two per cent of the dogs showed entire tympanic membrane with some structural alteration. Microbiogical growth was seen in 48% of the samples fromdogss with otitis media, and the most frequent isolates were: Estafilococos positive-coagulase (62.5%), non-fermentative Gram-negative (10%), Enterobacteriaceae (5%) and Candida albicans (5%). It was observed that there was an increased number and variety of species isolated in external ears comparaed to middle ears. In samples from external ears, the following predominated: Bacillus sp. (27.1%), M. pachydermatis (23.4%) e S. intermedius (21.8%). The most frequent species isolated in dogs with bilateral otitis externa were: Bacillus sp. (27.9% e 31%), M. pachydermatis (25.9% e 24%), S. intermedius (23.8% e 24.6%) e Enterobactérias (6% e 6.1%). There was a significative difference (p<0.0001) in the way the isolates were associated, which showed the individuality from each ear in bilateral otitis externa. In this study, no anaerobic microrganisms were isolated. S. intermedius strains (n=83) showed intermediate resistance to most of the cntimicrobials tested and high resistance to penicillin (36.1%), ampicillin (27.7%), tetracyclin (27.7%), erythromycin (14.5%) and clindamycin (12.0%). These results describe tha variety of bacterial and fungal isolates associated with canine otitis and reveal the need to adopt systematic procedures for the diagnosis and treatment of dogs with otitis. / A otite resulta da inflamação do conduto auditivo e representa 8-15% dos casos na prática veterinária. Com o objetivo de delinear e comparar o perfil de isolamento de microrganismos a partir dos ouvidos médio e externo de cães com otite foi realizado este estudo. No período de agosto/2003 a março/2004 foram analisados 64 cães com otite externa e média associados e 50 cães com conduto auditivo hígido. A coleta de amostras foi realizada no Centro de Controle de Zoonoses de Fortaleza-CE e a análise microbiológica no Setor de Microbiologia do Depto. de Patologia e Medicina Legal/UFC. As amostras do ouvido externo foram coletadas com auxílio de swab estéril eas de ouvido médio através da técnica de osteotomia da bula timpânica. A cultura e identificação de microrganismos foram realizadas segundo metodologia estabelecida e os testes de susceptibilidade através do método de difusão em ágar gel (NCCLS). Em cães otopatas as alterações mais frequentes foram: escoriações no pavilhão auricular (72%), otalgia (12%) e alteração no posicionamento do pavilhão (12%). Em 62% dos animais a membrana timpânica se encontrava íntegra, embora mostrasse alguma alteração estrutural. A cultura foi positiva em 48% das amostras de ouvido médio e os agentes isolados com maior frequência foram: Estafilococos coagulase-positiva (62,5%), bacilos Gram-negativos não fermentadores (10%), enterobactérias (5%) e Candida albicans (5%). Foi verificada diferença no número e variedade de espécies isoladas do ouvido externo quando comparado ao ouvido médio, onde predominaram: Bacillus sp. (27,1%), M. pachydermatis (23,4%) e S. intermedius (21,8%). Os agentes mais isolados nos ouvidos externos de cães com otite bilateral foram: Bacillus sp. (27,9% e 31%), M. pachydermatis (25,9% e 24%), S. intermedius (23,8% e 24,6%) e Enterobactérias (6% e 6,1%). Observou-se diferença significativa (p<0,0001) na forma como os agentes se associam, revelando a individualidade de cada conduto auditivo nesses quadros. A presença de bactérias anaeróbias estritas não foi observada. Cepas de S. intermedius (n=83) mostraram resistência intermediária à maioria dos antimicrobianos testados e altos níveis de resistência a: penicilina (36,1%), ampicilina (27,7%), tetraciclina (27,7%), eritromicina (14,5%) e clindamicina (12%). Os resultados obtidos descrevem a variedade de agentes bacterianos e fúngicos associados aos quadros de otite canina e sugerem a necessidade de se adotar procedimentos sistemáticos e direcionados para o diagnóstico e tratamento de otopatias em cães.