Tesis para optar al Título profesional de Ingeniero Agrónomo y Grado de magíster en Enología y Vitivinicultura / El vinagre ha formado parte de la alimentación humana desde la antigüedad, siendo utilizado principalmente como condimento y conservador de alimentos; también ha sido utilizado como base de medicamentos sencillos para hombres y animales, siendo un producto habitual en la mayoría de los países mediterráneos (Morales et al., 2003; Pujolá et al., 2003). En Francia en el siglo XVI, el vinagre se elaboraba a partir de uvas, tanto para el consumo del hogar como para la exportación. En Inglaterra, el vinagre era hecho de malta y en América no se sabe con certeza desde cuando, aunque se piensa que se utilizó desde muy temprano como un producto del hogar, siendo el jugo de manzana el que se ha utilizado para este fin en los Estados Unidos (Proluxsa, 2008).

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-26T05:39:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 296884.pdf: 1035916 bytes, checksum: a1f0e848d18e399790e2d3f00bc35ddb (MD5) / As necessidades de energia global são, na sua maioria, dependentes de combustíveis fósseis. O gás hidrogênio (H2) é uma energia limpa alternativa a esses combustíveis. A produção biológica de H2 é considerada uma tecnologia promissora devido aos baixos impactos ambientais e possibilidade de utilização de resíduos orgânicos como substrato. As bactérias fotoheterotróficas produzem H2 a partir de ácidos orgânicos por meio de processo anaeróbio dependente de luz. Desta forma, o objetivo deste estudo foi a obtenção de um consórcio bacteriano fotoheterotrófico, isolado a partir de sedimento proveniente da Lagoa da Conceição, localizada na cidade de Florianópolis/SC. Para avaliar a produção de H2 pelo consórcio utilizou-se diferentes ácidos orgânicos como substrato. O meio de cultivo utilizado foi o meio RCV modificado, contendo glutamato de sódio (2 mmol/L) como fonte de nitrogênio e a fonte de carbono variou conforme o substrato empregado: ácido acético (30 mmol/L), ácido butírico (15 mmol/L) e ácido málico (15 mmol/L). Os ensaios foram conduzidos em tubos de ensaio contendo 10 mL do meio de cultivo e 2 mL de head space. Após a inoculação, gás argônio foi borbulhado para obtenção da atmosfera anaeróbia e os tubos foram incubados em estufa a 30 ºC sob iluminação constante de lâmpada fluorescente de 15 W (~7000 lux) por um período que variou de 7 a 11 dias, conforme os experimentos. A composição do gás produzido no head space foi analisada a cada 24 h por cromatografia gasosa. O consórcio bacteriano fotoheterotróficotrófico demonstrou potencial para consumir todos os ácidos orgânicos testados como substratos, tanto para o crescimento bacteriano quanto para a produção de H2, sendo que a produção do gás foi máxima quando ácido acético foi empregado como substrato, onde a produção alcançou uma concentração máxima de 7,28 mmol/L. Para o ácido butírico a produção máxima foi de 6,97 mmol/L.. Assim, foi possível concluir que o consórcio fotoheterotrófico enriquecido, foi capaz de utilizar os ácidos orgânicos, nas condições de estudo, para a produção de H2. / The global energy requirements are mostly dependent on fossil fuels. Hydrogen is a clean energy alternative to these fuels. Biological H2 production is generally considered a promising process due to both its low impact on the environment and the possibility to use organic wastes as substrate for the gas production. Phototrophic bacteria produce H2 from organic compounds by an anaerobic light-dependent process. Therefore, this study aimed obtaining a photoheterotrophic consortium, isolated from Lagoa da Conceição lake sediment, located in the city of Florianópolis/SC. H2 production was evaluated by the consortium, used different organic acids as substrate. The culture medium used was RCV modified, and the nitrogen source was the same for all experiments (sodium glutamate - 2 mmol/L) and carbon source varied according to the substrate used: acetic acid (30 mmol/L), butyric acid (15 mmol/L) and malic acid (15 mmol/L). The experiments were conducted in the glass bottles containing 10 mL of culture medium and 2 mL of head space. After inoculation, argon gas was bubbled to obtain anaerobic atmosphere and the bottles were incubated at 30 °C under constant illumination of fluorescent lamp 15 W (~7000 lux) for a period of time ranging from 7 to 11 days, according the experiments. The gas produced in the head space was evaluated every 24 h by gas chromatography. The photoheterotrophic consortium demonstrated the potential to consume all the organic acids tested as substrates, for both: bacterial growth and H2 production, and the gas production was enhanced when the substrate used was acetic acid, where production reached a concentration of 7.28 mmol/L. For butyric acid production was 6.97 mmol/L .Thus, we conclude that the enriched was able to use organic acids for H2 production, in the studies conditions.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos. / Made available in DSpace on 2012-10-24T11:23:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 267123.pdf: 1580855 bytes, checksum: 5daa4affb8d5bbf3d6b7a72f9cac3ba2 (MD5) / Frente aos problemas ocasionados pelo uso dos plásticos de origem petroquímica, surgiu a necessidade de se buscarem alternativas para substituição deste material. Apresentam-se como solução os plásticos biodegradáveis, ou bioplásticos, que são polímeros com as propriedades desejáveis dos plásticos convencionais e rapidamente biodegradados quando descartados no ambiente. Dentre eles, estão os polihidroxialcanoatos (PHAs), poliésteres compostos por monômeros de ácidos 3-hidroxialcanóicos, os quais são acumulados intracelularmente por bactérias, como reserva de carbono e/ou energia, sob limitação de um nutriente essencial ao seu crescimento, e o polímero mais estudado atualmente é o P(3HB) - poli(3-hidroxibutirato). Entretanto, o custo de produção de PHAs é um dos responsáveis pela limitação de sua produção e comercialização. A utilização de substratos de baixo custo se torna um fator importante para a redução do custo de produção, além da busca e obtenção de linhagens eficientes na conversão do substrato em polímero. O objetivo deste trabalho foi selecionar, numa coleção de microrganismos do Laboratório de Microbiologia Aplicada - UNIVALI/SC, uma linhagem bacteriana capaz de produzir PHA a partir de resíduo do processamento de mandioca. Inicialmente, 72 isolados de Bacillus, Paenibacillus e Geobacillus de 21 espécies diferentes foram cultivados em meio com limitação de fósforo e 20g/L de resíduo industrial oriundo do processamento de mandioca, rico em amido e açúcares redutores. Foram avaliados o crescimento dos microrganismos em meio com substrato amiláceo (técnica de MTT), sua capacidade de secretar enzimas no meio (avaliação de degradação de amido) e a produção de PHA (cultivo com corante vermelho do Nilo e observação em microscópio de epifluorescência). Finalmente foram selecionados 4 isolados: LAMA073, LAMA095, LAMA262 e LAMA265, classificados por métodos moleculares como Bacillus megaterium, os quais foram capazes de produzir P(3HB) a partir do resíduo amiláceo. O resíduo industrial utilizado mostrou-se, portanto, um substrato carbônico aplicável à produção de compostos de maior valor agregado, como P(3HB). Os isolados LAMA073, LAMA095, LAMA262 e LAMA265 acumularam 13,04% (p/p), 23,88% (p/p), 5,92% (p/p), e 25,00% (p/p) de P(3HB), respectivamente, a partir de 20% de resíduo hidrolisado adicionado ao meio. Quando adicionado resíduo hidrolisado na concentração de 40%, os isolados LAMA073 e LAMA095 apresentaram aumento na produção de P(3HB), para 30,45% (p/p) e 29,78% (p/p), respectivamente. A espectroscopia na região do infravermelho com transformada de Fourier (FTIR), das amostras de PHAs produzidos, mostraram bandas características da presença de P(3HB), confirmando a produção deste polímero pelos microrganismos. Portanto, os isolados identificados e caracterizados apresentam potencial para a produção de P(3HB) em substrato de baixo custo, sendo um próximo passo avaliá-los em uma escala superior de produção, bem como em outros resíduos amiláceos. There are many problems caused by use of petrochemical plastics, then it is necessary to find alternatives to replace this material. A solution for this problem is the use of biodegradable plastic, or bioplastics, which are polymers with desirable properties of conventional plastics, and they are rapidly biodegraded in the environment when they are discarded. Among the biodegradable plastics, there are the polyhydroxyalkanoates (PHAs), polyester containing hydroxyalkanoic acid monomers. They are accumulated intracellularly by bacteria as carbon or energy reserves, when there is a limitation of an essencial nutrient, and P(3HB) - poly(3-hydroxybutyrate) is the most studied polymer nowadays. However, the use of PHA is limited due to its high cost production. The use of low cost by-products becomes the main factor for the reduction of production cost, besides that it is also necessary to obtain strains for efficient substrate conversion into polymer. The objective of this work was to select a bacterial strain capable of producing PHA from cassava by-products as carbon source. First screening was conduced with 72 strains from culture collection of the Applied Microbiology Laboratory (UNIVALI/SC/Brazil), covering three generas (Bacillus, Geobacillus and Paenibacillus) and 21 different species, which were cultivated in Minimal Medium (MM) with limited phosphate and 20g/L of cassava by-product. It was evaluated microorganisms growth (measuring respiration by MTT assay) in medium with starchy substrate, their ability to secrete enzymes (starch degradation) and PHA production (Nile red dying assay and observation in epifluorescence microscope). Finally 4 isolates were selected: LAMA073, LAMA095, LAMA262 and LAMA265, classified by molecular methods (16S rRNA sequencing) as Bacillus megaterium, which were capable of producing P(3HB) from cassava processing by-products as a sole carbon source. Strains LAMA073, LAMA095, LAMA262 and LAMA265 were able to produce 13,04% of P(3HB) (w/w), 23,88% (w/w), 5,92% (w/w) and 25,00% (w/w) respectively, when cultivated in MM supplemented with 20% of hydrolized cassava by-product. However, when 40% of hydrolized cassava by-product was used, higher P(3HB) percentage, 30,45% and 29,78% (w/w), was observed for LAMA073 and LAMA095, respectively. Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) showed characteristic bands of P(3HB) presence, confirming polymer production by microorganisms. Therefore, the identified and characterized strains have potential to produce P(3HB) in low-cost substrate, and a next study would be evaluate them on a higher scale of production, as well as production in others starchy waste.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-13T18:17:32Z No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 17263 bytes, checksum: 8e51a65fe7d8eecb448411acb64cf05b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T18:17:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 17263 bytes, checksum: 8e51a65fe7d8eecb448411acb64cf05b (MD5) Previous issue date: 2003-02-20 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A estirpe probiótica Lactobacillus UFV H2b20, previamente classificada como Lactobacillus acidophilus por suas características de fermentação de açúcares, apresentou-se mais semelhante à espécie Lactobacillus delbrueckii, quanto à seqüência de rDNA 16S, o que levou ao questionamento acerca da identidade da linhagem. Para o esclarecimento da real classificação da linhagem, o método de hibridização DNA-DNA foi empregado. A linhagem apresentou 75,2% e 77,4% de reassociação com L. delbrueckii subsp. lactis (ATCC 12315) e L. delbrueckii subsp. delbrueckii (ATCC 9649), respectivamente. Dado que a homologia de 70% ou mais, por esse método, tem sido usada como padrão para agrupamento de bactérias em uma mesma espécie, sugere-se, aqui, que Lactobacillus UFV H2b20 seja, daqui para frente, denominado L. delbrueckii UFV H2b20. Identificada a linhagem, outro objetivo do trabalho era desenvolver um protocolo para detecção in situ de L. delbrueckii. Uma sonda de 26 nucleotídeos (SA) foi construída e testada com outras espécies de Lactobacillus relacionadas geneticamente entre si. Estes estudos demonstraram que a seqüência de assinatura (SA) estava presente em L. delbrueckii UFV H2b20, L. delbrueckii UFV H2b21, L. delbrueckii subsp. delbrueckii e L. delbrueckii subsp. lactis, o que indica ser ela eficaz para ser usada como sonda para rRNA 16S espécie-específica pelo método de FISH. A hipótese de existência de polimorfismos, levantada em trabalhos prévios no rDNA 16S da linhagem, foi confirmada após as análises dos segmentos de DNA clonados e selecionados do banco genômico construído para a linhagem L. delbrueckii UFV H2b20. As seqüências analisadas demonstraram, também, presença de segmentos correspondentes a quatro genes codificadores de rRNA 16S distintos, e seis segmentos distintos para uma mesma região de rRNA 23S, indicando seis operons putativos. Há evidência de, pelo menos, um operon putativo completo seguido de região codificadora de seis tRNAs. Não se detectou região espaçadora longa entre rDNA 16 e 23S. / Lactobacillus UFV H2b20, a probiotic strain, previously identified as Lactobacillus acidophilus due to its sugar fermentation pattern, was found to be more closely related to Lactobacillus delbrueckii regarding its 16S rDNA sequence. It was demonstrated by DNA-DNA hybridization that this strain presented 75.2% and 77.4% of reassociation with L. delbrueckii subsp. lactis ATCC 12315 and L. delbrueckii subsp. delbrueckii ATCC 9649, respectively. These results place Lactobacillus UFV H2b20 within the L. delbrueckii species, for 70% reassociation as measured by the method used has been a standard to cluster bacteria within the same species. A protocol for in situ detection of L. delbrueckii was developed by means of Fluorescent in situ Hybridization, FISH. A probe consisting of 26 nucleotides labeled with rhodamine was designed based on the signature sequence within the rDNA, and was tested against genetically related Lactobacillus species. A species- specific method was obtained capable of discriminating L. delbrueckii strains from other Lactobacillus species. Previous studies raised the hypothesis of polymorphism among the copies of 16S rDNA in L. delbrueckii UFV H2b20. This was confirmed by sequence analysis of rDNA from a gene library of this strain cloned in phage lambda and subcloned in pBluescript. Sequence analyses of cloned fragments demonstrated the presence of at least four distinct genes encoding 16S rRNAs. Distinct fragments containing 23S rRNA related genes indicated six putative rrn operons. One complete putative rrn operon displays a region encoding 6 different tRNAs. Long spacer regions between 16S and 23S rDNA were not detected.

Acinetobacter sp. apresenta altos níveis de resistência intrínseca a muitos antimicrobianos que pode estar relacionada à perda ou à diminuição da expressão de proteínas de membrana externa (OMPs). O presente trabalho teve como objetivos: identificar as espécies e analisar o perfil fenotípico de OMPs de 19 isolados multirresistentes de Acinetobacter sp. (16 de origem clínica e 3 de efluente hospitalar) e seus revertentes cultivados na presença e ausência de imipenem (IMP) e ceftazidima (CAZ), para verificar possível alteração no perfil das OMPs diante destas condições; detectar fenotipicamente sistema de efluxo e avaliar os dados de outros mecanismos de resistência encontrados em trabalhos anteriores com os isolados em estudo. Os isolados foram identificados através da amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB, para verificar qual é mais discriminatório. Para a detecção de bomba de efluxo foi comparada a concentração inibitória mínima (CIM) de IMP e CAZ na presença e ausência de carbonil-cianeto-m-clorofenilhidrazona (CCCP). A extração de OMPs foi realizada conforme Laemmli (1970), com padronização e posterior análise por eletroforese em gel de poliacrilamida dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE). O gene rpoB demonstrou ser mais discriminatório que o gene 16S rRNA, identificando os isolados com 99 a 100% de similaridade com Acinetobacter baumanni. Foi observada alteração no perfil de OMPs em quatro isolados sendo que em três destes, a perda da expressão de proteínas de 34-35-kDa e 53-kDa pôde ser associada à resistência ao IMP. Maioria dos isolados apresentaram mais de um mecanismo de resistência antimicrobiana. / Acinetobacter sp. shows high levels of intrinsic resistance to many antimicrobials which can be associated with the loss or reduced expression of outer membrane proteins (OMPs). This study aimed to: identify the species and analyze the OMPs profile of 19 multirresistant strains of Acinetobacter sp. (16 of clinical origin and 3 of hospital wastewater) and its revertants grown in the presence and absence of imipenem (IMP) and ceftazidime (CAZ) to verify possible changes in the profile of OMPs on these conditions; phenotypically detect efflux system and evaluate data from other resistance mechanisms found in previous studies with the isolates under study. The isolates were identified through amplification by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing of 16S rRNA and rpoB genes to verify which is more discriminatory. For detection of efflux pump was compared the minimal inhibitory concentration (MIC) of IMP and CAZ in the presence and absence of carbonyl-cyanide-m-chlorophenylhydrazone (CCCP). The extraction of OMPs was performed according to Laemmli (1970), with standardization and subsequent analysis by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). The rpoB gene proved to be more discriminating than the 16S rRNA gene, identifying the isolates with 99 to 100% similarity to Acinetobacter baumannii. It was observed changes in OMPs profile in four strains and in three of these, the loss of expression of proteins of 34-35 kDa and 53 kDa, could be associated with resistance to IMP. Most isolates showed more than one mechanism of antimicrobial resistance.

Staphylococcus sp. é reconhecidamente causador de infecções humanas e considerado um dos principais patógenos alimentares. O objetivo deste estudo foi comparar isolados de Staphylococcus sp. quanto à formação de biofilme sob diferentes suplementações (1 %, 5 % e 10 % de glicose, 0,9 % de NaCl, 5 % de glicose com 0,9 % de NaCl e 12,5 % de plasma) e temperaturas (25 ºC, 35 ºC e 40 ºC), bem como avaliar isolados provenientes de morcilha quanto à caracterização molecular por meio da tipagem epidemiológica e produção de proteases e lipases. Um total de 102 Staphylococcus sp. (34 S. aureus clínicos, 26 estafilococos coagulase-positivos (ECP) de carne de frango, e 42 estafilococos coagulase-negativos (ECN) de morcilha) foram selecionados. Os isolados clínicos apresentaram maior formação de biofilme com adição de plasma a 35 ºC, já os alimentares com suplementação combinada de glicose e cloreto de sódio a 40 ºC. Não houve correlação entre os métodos de tipagem molecular, sendo o RAPD-PCR mais discriminatório que o rep-PCR, na análise dos ECN. Dentre os 42 isolados de morcilha, 57,14 % e 28,57 % apresentaram atividades lipolítica e proteolítica, respectivamente. Conclui-se que cada isolado apresentou um comportamento individualizado sob determinado suplemento ou temperatura de incubação, mas, de modo geral, o aumento da temperatura e a adição de glicose e NaCl favorecem a formação de biofilme, bem como a utilização de componentes da matriz do hospedeiro em isolados clínicos. A análise molecular mostrou uma elevada diversidade genética entre os isolados de morcilha. / Staphylococcus sp. is known to cause human infections and considered one of the main food pathogens. The objective of this study was to compare isolates of Staphylococcus sp. as the biofilm formation in different supplements (1 %, 5 % and 10 % glucose, 0.9 % NaCl, 5 % glucose and 0.9 % NaCl, 12.5 % plasm) and temperatures (25 °C, 35 °C and 40 °C) and isolated from black pudding evaluate their molecular characterization by epidemiological typing and production of proteases and lipases. A total of 102 Staphylococcus sp. (34 clinical S. aureus, 26 coagulase-positive staphylococci (ECP) from poultry, and 42 coagulase-negative staphylococci (ECN) from black pudding) were selected. Clinical isolates showed greater biofilm formation with the addition of plasma at 35 °C, as food isolates with combined supplementation of glucose and sodium chloride at 40 ºC. There was no correlation between the molecular typing methods, RAPD-PCR was more discriminatory than rep-PCR. Among the 42 isolates from black pudding, 57.14 % and 28.57 % had lipolytic and proteolytic activities, respectively. We conclude that each strain had an individualized behavior under specific supplement or temperature, but generally, the increase of temperature and the addition of glucose and NaCl favor the formation of biofilm, as well as the use of components of the host matrix from clinical isolates. Molecular analysis showed a high genetic diversity among the isolates from black pudding.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2014-08-06T17:55:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2017-06-27T04:15:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 346012.pdf: 2471187 bytes, checksum: d7b397a9776c3d3a34efeb19042bc8af (MD5) Previous issue date: 2016 / A carne é um alimento altamente perecível dado à sua composição. Em armazenamento refrigerado, e sob condição aeróbica, a vida útil desse alimento é limitada pelo crescimento e atividades bioquímicas de bactérias aeróbias psicotróficas, dentre elas destaca-se a Pseudomonas spp. Almeja-se dispor de ferramentas que ajudem a estimar a qualidade de produtos cárneos refrigerados, principalmente em situações fora da normalidade, durante processamento ou transporte, conhecido como abuso de temperatura. A microbiologia preditiva, por meio de modelos matemáticos, pode estimar o nível de contaminação microbiológica de alimentos em condições de armazenamento similares às condições reais. Desse modo, seu emprego pode ser útil para essas indústrias, facilitando a tomada de decisão e tornando possível a antecipação de problemas. Assim sendo, este trabalho foi realizado com o objetivo de modelar a vida útil de peito de peru in natura resfriado armazenado em condições aeróbias, baseado no crescimento de bactérias deteriorantes psicotróficas, presentes na microbiota natural do produto. Para isso, realizou-se o acompanhamento das curvas de crescimento de bactérias aeróbias psicotróficas e Pseudomonas spp. às temperaturas de -2, 0, 2, 4, 7 e 10 °C. Estas temperaturas foram escolhidas com base no armazenamento refrigerado deste produto e na intenção de estender ao máximo a vida útil do alimento na condição de resfriado, considerando que a carne tem o ponto de congelamento entre -2,5 e -4 ºC. Os dados de crescimento foram coletados em diferentes tempos e condições de temperatura. Foi utilizado o modelo de Gompertz modificado (GOM) para avaliar e comparar as curvas de crescimento das bactérias aeróbias psicotróficas e Pseudomonas spp. Através da correlação da avaliação sensorial e dados da literatura, Pseudomonas spp. foi escolhida e determinada como SSO (specific spoilage organism) e o valor de 6,5 log/UFC (15ln UFC/g) foi considerado como valor de referência de tempo de vida útil. Os modelos primários de Gompertz modificado (GOM) e Baranyi e Roberts (BAR) foram ajustados aos dados experimentais para a obtenção dos parâmetros de crescimento: velocidade específica máxima de crescimento (µmax) e duração da fase lag (?). Os dois modelos primários apresentaram bons ajustes aos dados para Pseudomonas spp. No entanto, o modelo de BAR apresentou melhor ajuste, quando ajustados aos modelos secundários. Os modelos secundários descrevem a influência da temperatura sobre os parâmetros de crescimento: velocidade específica máxima de crescimento (µmax) e duração da fase lag (?), consequentemente, o tempo de vida útil (TVU) do produto, na faixa estudada. Conclui-se, efetivamente que a redução da temperatura de refrigeração, causou um aumento de fase lag (?), como consequência da redução da velocidade específica máxima de crescimento (µmax), o que permitiu o aumento do tempo da vida útil do alimento na condição temperatura de -2 °C quando comparado as demais temperaturas.<br> / Abstract : Meat is a highly perishable food due its composition. In refrigerated , and under aerobic conditions, the shelf life of this type of food is limited by the growth and biochemical activities of aerobic psychotrophic bacteria, among them Pseudomonas spp. To minimize losses in the industry, we aim at tools that help to estimate the quality of their refrigerated products, especially in unusual situations during processing or transportation, known as temperature abuse. Predictive microbiology, through mathematical models, can estimate the level of microbiological contamination of food under storage conditions similar to real conditions. Thus way, it can be useful for processing industries, beinf easy the decision making and making possible the anticipation of problems. Therefore, the objective modeling the shelf life of chilled fresh turkey breast stored in aerobic conditions, based on the growth of psychotrophic deteriorating bacteria present in the product's natural microbiota. For this, the growth curves of aerobic psychotrophic bacteria and Pseudomonas spp were monitored at temperatures of -2, 0, 2, 4, 7 and 10 ° C. These temperatures were chosen based on the refrigerated storage of this product and in the intention to extend to the maximum the life of the food in the condition of chilled, considering that the meat has the freezing point between -2,5 and -4 ºC. Growth data were collected at different times and temperature conditions. A modified Gompertz model (GOM) was used to evaluate and compare the growth curves of the aerobic psychotrophic bacteria and Pseudomonas spp. Through the correlation of the sensorial evaluation and data of the literature to Pseudomonas spp. Were chosen and determined as SSO (specific spoilage organism) and the value of 6.5 log / UFC (15ln UFC / g) was considered as the useful life reference value. The primary models of modified Gompertz (GOM) and Baranyi and Roberts (BAR) were adjusted to the experimental data to obtain growth parameters: maximum growth specific velocity (µ) and lag phase duration (?). The two primary models presented good data adjustments for Pseudomonas spp. However, the BAR model presented better adjustment, when the secondary models were adjusted. Secondary models describe the influence of temperature on the growth parameters: maximum specific growth rate (µ) and duration of the lag phase (?), consequently the shelf life of the product in the studied temperature range. In general, the reduction of the cooling temperature, decrease of µ and increase of ? and, which allowed the increase of the shelf life of the turkey breast meat in the temperature of -2 °C, and a condition of shorter service life at 10 °C.

Doctor en Ciencias mención Microbiología / Piscirickettsia salmonis es una bacteria patógena intracelular facultativa que causa la Septicemia Rickettsial de Salmónidos (SRS). Esta bacteria coloniza diversos tejidos y órganos, lo que culmina con la septicemia y muerte del animal. Es capaz de sobrevivir al interior de macrófagos, y se multiplica en ellos al interior de vacuolas replicativas unidas a la membrana celular. Esta forma de replicación es similar a la observada en bacterias relacionadas filogenéticamente, como las del género Francisella, Coxiella y Legionella. Los patógenos de estos géneros además comparten la presencia de plásmidos que se relacionan con la virulencia de la cepa que los posee, y codifican factores de virulencia (FdeV) como el sistema de secreción Dot/Icm, el cual ha sido descrito en P. salmonis. Mediante secuenciación, se han identificado de plásmidos en P. salmonis, cuya función no ha sido estudiada. En este trabajo se analizaron las secuencias codificantes contenidas en 4 plásmidos de P. salmonis LF-89, se identificaron genes de replicación y mantención, profagos, sistemas toxina-antitoxina, y FdeV. Estos probables FdeV tienen homólogos en todas las cepas secuenciadas de P. salmonis y se expresan en condiciones de infección en cultivos celulares SHK-1 y ASK derivados de Salmo salar y en cultivos primarios de riñón (CPR) de pez cebra (Danio rerio), utilizado como un modelo alternativo de infección. En todos ellos P. salmonis fue capaz de infectar, disminuyó la viabilidad celular y permaneció por al menos 12 días al interior de las líneas celulares, y 5 días en los CPR, según se observó por inmunofluorescencia. En las células de salmón, la bacteria causó un aumento en la expresión de il8, il10 e il12, y una disminución en los transcritos de ifn-γ, generando un ambiente antiinflamatorio. En los CPR infectados, generó un ambiente proinflamatorio producto de un aumento de la expresión de il6, ifn-γ y nos2a, aunque también se observó replicación de P. salmonis en ellos. Esto sugiere que los cultivos celulares responden de forma distinta a la infección por esta bacteria. En P. salmonis aumentó la expresión de genes relacionados sistemas de secreción (Dot/Icm y posiblemente la maquinaria del flagelo), toxinas y proteínas secretadas y genes plasmidiales, lo que indica que los plásmidos cumplen un rol en la infección bacteriana. Destacó la sobreexpresión de 3 copias pipB2, y la expresión diferencial de ficD, que aumentó significativamente sólo en células SHK-1, lo que se correlaciona con la formación de grandes vacuolas citoplasmáticas sólo en este tipo celular. / Piscirickettsia salmonis is a facultative intracellular pathogen, and the etiological agent of Salmonid Rickettsial Septicemia (SRS). This bacterium colonizes fish tissues and organs, causing septicemia and death of the animal. P. salmonis is able to survive inside the macrophages, and replicates in citoplasmic vacuoles attached to the cell membrane. This form of replication is similar to that observed in phylogenetically related bacteria, such as Francisella, Coxiella and Legionella. Pathogens of these genera also contains plasmids that are implicated in the virulence of the strain. These plasmids encode virulence factors (VF) such as the Dot / Icm secretion system, which has been also described in P. salmonis. After long read sequencing of P. salmonis genome, four distinct plasmid sequences were predicted in P. salmonis LF-89 strain, but their function is unknown. In this work, we analyzed the coding sequences of P. salmonis LF-89 plasmids and identified replication and maintenance genes, profagos, toxin-antitoxin systems, and VFs. Homologous genes were identified in all P. salmonis sequenced strains and the putative VFs were expressed in infected salmon cells (SHK-1 and ASK cultures), and in infected primary cell cultures derived from zebrafish kidney (ZFPCC), used as an alternative infection model. In those cultured cell types, P. salmonis was able to infect, decreased cell viability and remained inside the cells for at least 12 days for the cell lines, and 5 days for the ZFPCC, as observed by immunofluorescence assays. In salmon cells, the bacterium caused an increase expression of il8, il10 and il12, and a down-regulation of ifn-γ, generating an anti-inflammatory environment. Although bacterial replication occured in the infected ZFPCC, P. salmonis generated a proinflammatory environment, as a result of the up-regulation of il6, ifn-γ and nos2a. This suggests that cell cultures respond in different ways to P. salmonis infection. During infection, genes related to secretion systems (Dot / Icm and possibly the flagellum structure), toxins and secreted proteins and plasmid genes were overexpressed in the bacteria. These results suggests that P. salmonis plasmids have an important role in bacterial infection. In particular, the overexpression of three pipB2 gene copies, and the differential expression of ficD, which increased significantly only in SHK-1 cells, correlates with the formation of large cytoplasmic vacuoles that took place only in this cell type. / • Beca de Doctorado Nacional CONICYT año 2013, número 21130717, Becas complementarias Pasantía en el Extranjero, y beneficios adicionales de Gastos Operacionales y Extensión de Beca. • Proyecto Fondecyt 1120209 a cargo del Dr. Francisco P. Chávez. • Proyecto Fondecyt 1160802 a cargo de la Dra. Verónica Cambiazo. • FONDAP 15090007, Centro de Regulación del Genoma (CRG). / diciembre 2018

Introdução: A pressão de colonização (PC) representa a estimativa da probabilidade de transmissão cruzada de microrganismos entre pacientes dentro de uma unidade ou hospital. Pouco se sabe sobre a influência das bactérias Gram negativas na pressão de colonização comparativamente às Gram positivas. Ainda assim, alguns estudos realizados com pacientes que adquiriram Acinetobacter baumannii multirresistente (ACMR) em Centros de Terapia Intensiva (CTIs) demonstram a PC como fator de risco associado à aquisição desta bactéria. Além da PC e de outros fatores de risco tradicionais, como presença de comorbidades, procedimentos invasivos e antibioticoterapia prévia, a própria colonização por ACMR representa um fator de risco associado ao desenvolvimento de infecção. A identificação de pacientes portadores de ACMR pode servir tanto como marcador para o desenvolvimento de infecções clínicas subsequentes como para identificar potenciais transmissores desta bactéria a outros pacientes. No entanto, a implantação de estratégias de vigilância sistemática ainda apresenta limitações como a baixa sensibilidade dos métodos de rastreamento e a determinação do melhor sítio anatômico a ser pesquisado. Nosso estudo investigou o papel da PC e outros fatores preditores para aquisição de (ACMR) e também estimou a sensibilidade das culturas de rastreamento e a prevalência de ACMR entre pacientes adultos internados em Centros de Terapia Intensiva (CTI) com baixa endemicidade. Métodos: Estudo realizado com os pacientes internados no CTI adulto de hospital universitário terciário, no período de junho de 2009 a maio de 2012. Para estimar a sensibilidade dos rastreamentos e prevalência de ACMR foi realizado estudo transversal incluindo todos os pacientes adultos consecutivos, admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos, a um rastreamento semanal para ACMR. As amostras foram coletadas através de swabs, de pelo menos três sítios anatômicos: orofaringe, pele e região perianal. No caso de pacientes em ventilação mecânica, o sítio orofaringe era substituído pela aspiração de secreção traqueal e se houvesse ferida operatória e/ou cateter, era coletado um swab de ferida operatória e um swab do sítio de inserção do cateter. Para estimar a sensibilidade foram selecionados os pacientes que, além de submetidos pelo menos a um rastreamento semanal, apresentaram uma cultura positiva para ACMR proveniente de amostra clínica recente, obtida até 10 dias antes ou até 7 dias depois da coleta dos swabs para rastreamento. Para investigar a PC e fatores preditores para aquisição de ACMR foi realizada coorte retrospectiva incluindo-se todos os pacientes adultos, maiores de 18 anos, consecutivamente admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos a uma oportunidade de rastreamento semanal para pesquisa de ACMR durante o período da internação e sem diagnóstico prévio de colonização/infecção por ACMR no momento da admissão. Pacientes em que ACMR foi isolado nas primeiras 48 horas de internação ou com tempo de permanência no CTI igual ou inferior a 48 horas foram excluídos do estudo. Para este delineamento, considerada somente a primeira internação de cada paciente durante o período avaliado. A PC foi estimada em nível individual como a proporção mensal de pacientes-dia identificados como portadores de ACMR no CTI X 100 no mês em que ocorreu a aquisição de ACMR, óbito ou alta da unidade. Além da PC, fatores como a presença de comorbidades, idade, sexo, escore APACHE II, cirurgia, uso de cateter vascular central, sonda vesical de demora, ventilação mecânica, antibioticoterapia com carbapenêmicos e/ou quinolonas e tempo de permanência no CTI foram investigados como preditores durante a hospitalização mediante análise univariável e multivariável. Resultados: Durante o período do estudo, 2561 pacientes foram admitidos no CTI e 1706 (66,6%) foram rastreados para pesquisa de ACMR. Foram realizados 14.638 rastreamentos ao total, dos quais 192 foram positivos (1,3%), identificados em 118 pacientes. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados por ACMR no CTI foi de 9,5% (163/1706 pacientes), considerando isolados obtidos de amostras de rastreamento e amostras clínicas. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados estimada somente por amostras de rastreamento foi de 6,9% (118/1706 pacientes) e a prevalência de pacientes colonizados foi 3,7% (64/1706 pacientes). Os sítios que apresentaram maior sensibilidade foram: aspirado traqueal (41,5%), orofaringe (40%) e ferida operatória (37,5%). A menor sensibilidade constatada foi quanto ao sítio de inserção de cateter (14,5%). A sensibilidade total do método foi de 60%, considerando a abordagem de rastreamento de múltiplos sítios. Entre os 1706 pacientes rastreados para pesquisa de ACMR e incluídos no estudo transversal, 1375 perfizeram os critérios de elegibilidade para o estudo de coorte. Destes, 75 (5,4%) adquiriram ACMR durante a internação no CTI. A densidade de incidência de ACMR no CTI variou entre zero a 10,6 casos/1000 pacientes-dia e os valores mensais da PC entre zero a 26,8%. Manifestações do trato digestivo (RR = 2,13; IC 1,22 – 3,69), diagnóstico de trauma e complicações relacionadas ao mesmo (RR = 2,39; IC 1,01 – 5,66) e a pressão de colonização (RR = 1,08; IC 1,06 – 1,10) foram identificados como fatores de risco independentes para aquisição de ACMR na análise multivariada. Conclusões: Em nosso estudo, o método utilizado para realizar o rastreamento de portadores de ACMR no CTI apresentou baixa sensibilidade, o que deve certamente subestimar a real prevalência desta bactéria. A pressão de colonização por ACMR esteve associada a risco de aquisição da bactéria em pacientes adultos submetidos à terapia intensiva mesmo num contexto de baixos níveis endêmicos, mesmo considerando-se a presença de outros fatores de risco já tradicionalmente conhecidos. / Introduction: Colonization pressure (CP) can represent an estimation of the probability of cross-transmission of a particular organism within a defined hospital unit or hospital. Few studies have assessed the role of gram-negative bacteria risk of acquisition in CP in comparison to the gram-positive. Some of these studies that are performed on patients who acquired Acinetobacter baumannii multiresistant (MRAB) in intensive care units, have showed that CP is associated at risk to acquire this bacteria. Besides CP and others traditional risk factors like comorbidities, invasive procedures and therapy with antibiotic, colonization by MRAB can be a risk factor to develop an infection. Establishing infection control measures to limit the crosstransmission is recommended when a MRAB carriage is identified and thus reduces the risk of development of clinical infections. The implementation of a screening surveillance policy to MRAB has some limitations including the low sensitivity of the method and the best anatomic site to be screened. The aim of this study is to evaluate the role of CP and other risk factors in the acquisition of multiresitant Acinetobacter baumannii (MRAB), estimate the sensitivity of surveillance cultures and estimate the prevalence of MRAB in adult patients admitted at intensive care unit (ICU) with low endemic levels of the bacteria. Methods: This study was conducted in the ICU at a tertiary hospital from June 2009 to May 2012. A cross-sectional study conducted to estimate the sensitivity of surveillance cultures and the prevalence of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU, who had at least 1weekly surveillance cultures performed during their ICU stay. The samples were collected by swabs at least 3 body sites: pharynx, skin and rectum. In case of mechanical ventilation tracheal aspiration was collected instead of pharynx site. If patient had a surgery wound and/or catheter, a swab of surgical wound and insertion catheter site would be collected. Bacterial cultures of clinical specimens were performed by medical criteria. Patients whom MRAB isolated from a clinical specimen in the preceding 10 days or 7 days after performing surveillance cultures were selected to estimate the sensitivity of surveillance cultures. A retrospective cohort study was conducted to evaluate the role of CP and others risk factors in the acquisition of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU without previous diagnosis of MRAB colonization/infection, who had at least 1 weekly surveillance cultures performed during their stay at ICU. Patients who stayed in the ICU for less than 48 hours, as well as those in whom MRAB was detected within the first 48 hours in the unit, were excluded from the cohort. Only the first ICU admission per patient was included in the analysis. CP was estimated individually as a monthly proportion of the number of patient-days positive to MRAB in ICU X100 in the month of MRAB acquisition, death or discharge. Multivariate analysis to determine risk factors for the MRAB acquisition was performed including additional variables such as patients’ demographic data, comorbidities, APACHE II score, performance of surgery, duration of ICU admission, quinolones or carbapenems antibiotic exposure and the use of mechanical ventilation, arterial/central venous catheter and/or urinary catheter. Results: During the study period, 2,561 patients were admitted to ICU and 1706 (66,6%) were screened to MRAB. A total of 14,638 surveillance cultures were performed, 192 were positive (1.3%) of 118 patients. The true prevalence of MRAB colonized or infected patients in ICU was 9.5% (163/1706 patients), while the prevalence estimated by the surveillance cultures was 6.9% (118/1706 patients). The most sensitivity site was tracheal aspirate (41.5%), pharynx (40%) and surgery wound (37.5%). The less sensitivity was obtained by a swab at the catheter insertion site (14.5%). The overall sensitivity of multisite surveillance approach was 60%. Out of the 1706 patients screened to surveillance cultures and included in a crosssectional study, 1375 met inclusion criteria for the cohort study. Of which, 75 (5.45%) acquired MRAB during ICU stay. The incident rates of MRAB ranged from 0 to 10.6 cases/1000 patient-days. CP ranged from 0 to 26.8%. Trauma (RR = 2.39; IC 1.01 – 5.66), gastrointestinal diseases (RR = 2.13; IC 1.22 – 3.69) and the CP (RR = 1.08; IC 1.06 – 1.10) were identified as independent risk factors for acquisition of MRAD at multivariate analysis. Conclusion: In our study, surveillance cultures to screening MRAB carriages showed low sensitivity. Thus, the true prevalence of MRAB in ICU may be underestimated. The CP was associated to the risk of acquisition of MRAB by the patients admitted to ICU despite the low endemic levels and other risk traditional factors included in the multivariate analysis.