As bactérias Gram-negativas das famílias Enterobacteriaceae e Pseudomonadaceae são os patógenos mais comumente isolados de infecções. Devido ao crescente aparecimento de micro-organismos resistentes aos antimicrobianos disponíveis para terapêutica, a busca de novos compostos tornou-se eminente, principalmente oriundos de fontes naturais cultiváveis. Os actinomicetos são uma das principais fontes de metabólitos secundários com atividade antibacteriana. Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial do actinomiceto endofítico R18(6) em produzir metabólitos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. Para isto, utilizou-se o teste de dupla camada para avaliar a capacidade de produção de metabólitos ativos pelo actinomiceto. As condições de cultivo, como fontes de carbono, temperatura, pH, modo de incubação e tempo de incubação do isolado, sob cultura submersa, foram otimizadas. A atividade antimicrobiana do isolado foi avaliada a cada 24 horas durante 10 dias utilizando a técnica de difusão em poço, na qual foram medidos os halos de inibição. O actinomiceto mostrou melhor atividade contra as bactérias Gram-negativas testadas quando cultivado em meio base contendo glicose como fonte de carbono, pH ajustado para 6.5, incubação a 30ºC sob agitação constante durante 96 horas. No ensaio de concentração inibitória mínima do extrato bruto, esta variou entre 1/32 e 1/256, e mostrou atividade bactericida ou bacteriostática de acordo com o isolado Gram-negativo. O extrato ativo foi avaliado quando à sua estabilidade térmica e enzimática, o qual se apresentou estável a altas temperaturas e instável às enzimas proteolíticas. O extrato bruto foi submetido à extração com solventes e a acetona mostrou-se eficiente como solvente extrator. A micromorfologia do isolado foi observada em microscopia óptica e de varredura, nos quais apresentou características semelhantes ao gênero Streptomyces. O actinomiceto endofítico R18(6) mostrou ser uma nova fonte promissora para a produção de compostos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. / Gram-negative bacteria of the Enterobacteriaceae and Pseudomonadacea family are the most common pathogens isolated from infections. Due to the increase of microorganisms resistant to antimicrobial agents available for treatment, the search for new compounds, mainly from natural and culturable sources, has become an important issue. The actinomycetes are a major source of secondary metabolites with antibacterial activity. The aim of this work was to evaluate the potential production of active metabolites by the endophytic actinomycete R18(6) against Gram-negative bacteria multiresistant. For this, the double layer method was used to assess the ability of production of active metabolites by the isolate. Based on this assay the culture condition growth of the isolate in submerged culture was optimized. For that as carbon source, temperature, pH, incubation way and incubation time were tested looking for a better metabolite production. The antimicrobial activity of the isolate was evaluated every 24 hours for 10 days by the well diffusion assay, where the inhibition halo was measured. The actinomycete showed the best activity against Gram-negative bacteria when cultured in base medium supplemented with glucose, adjusted in pH 6,5, incubation temperature of 30ºC for 96 hours with agitation. In the microdilution assay the concentration of crude extract varied from 1/32 to 1/256, and it showed bactericidal or bacteriostatic activity according to Gram-negative tested isolate. The thermal and enzymatic stability of crude extract were evaluated, where it exhibited thermal stability in high temperature and it was unstable to proteolytic enzymes. The crude extract was subjected to solvent extraction and acetone was efficient as extractor solvent. The isolate showed similar characteristics of the genus Streptomyces when evaluated by optical and scanning microscopy. The endophytic actinomycete R18(6) showed to be a new and a promising source of active metabolites production against Gram-negative bacteria multidrug resistant.

Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. / Made available in DSpace on 2012-10-17T18:39:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / O pectinídeo Nodipecten nodosus (LINNAEUS, 1758) apresenta-se como um molusco de grande potencial para aquicultura. Sua consolidação como alternativa de produção depende da solução de problemas relacionados com a produção de sementes que sofre grandes flutuações, principalmente devido a doenças bacterianas. Neste trabalho buscou-se conhecer a flora bacteriana associada a larviculturas de N. nodosus frente à presença e ausência do antibiótico cloranfenicol (3mg.L-1). O conhecimento desta microbiota pode melhorar as ações sanitárias contra bactérias patogênicas, principalmente nos estágios mais sensíveis do cultivo. Em 3 experimentos efetuados em distintas épocas do ano (outono, primavera e verão) verificou-se os efeitos da presença ou ausência do cloranfenicol sobre a sobrevivência larval de N. nodosus e da flora bacteriana associada. Paralelamente avaliaram-se as fontes de contaminação dos cultivos larvais. Os 3 experimentos revelaram que o uso de antibiótico inibe o crescimento de bactérias do tipo Víbrio proporcionando melhores sobrevivências larvais. O gênero bacteriano dominante na microbiota associada aos cultivos foi Pseudoalteromonas sp. Nos cultivos sem cloranfenicol encontrou-se uma espécie de Vibrio (Vibrio sp. STD3-348-3), que parece patogênica, pois sua presença coincide com os resultados de menor sobrevivência larval. Dentre as possíveis fontes de contaminação ficou evidente que bactérias heterotróficas totais e vibrionáceas são aportadas aos cultivos larvais a partir de larvas véligers "D" e principalmente por meio da água de abastecimento.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T03:38:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 276304.pdf: 711610 bytes, checksum: 7a5fb5196f444c3817919ddce886b8e6 (MD5) / O polissacarídeo quitosana tem demonstrado potencial para o controle de doenças em plantas, e a babosa apresenta em sua composição substâncias que exibem propriedades antimicrobianas e podem atuar como eliciadores na indução de mecanismos de defesa das plantas. O presente trabalho foi conduzido com o intuito de verificar o efeito da quitosana no controle de duas importantes manchas foliares do tomateiro: mancha bacteriana e pinta preta. Adicionalmente, observou-se a atividade de uma fração polissacarídica da babosa (FPA) sobre Xanthomonas gardneri e no controle da doença. Utilizou-se uma quitosana comercial (Qcom), uma de baixo (Qbpm) e outra de médio peso molecular (Qmpm) e evidenciou-se um efeito antimicrobiano desses polissacarídeos sobre X. gardneri e Alternaria solani. Houve uma proteção média das plantas contra a mancha bacteriana de 67 %, conferida pelas quitosanas, com os melhores resultados obtidos com a Qbpm a 3 mg/mL, aplicada aos 3 dias antes da inoculação com a bactéria. O perfil espectrofotométrico de plantas tratadas com Qbpm mostrou um aumento da absorbância entre os comprimentos de onda de 280-300 nm, indicando que a quitosana pode ter induzido as plantas a sintetizarem diferentes classes de compostos em resposta à fitobactéria. A análise de compostos fenólicos totais e flavonóides corroboram os resultados obtidos na varredura espectrofotométrica, mostrando aumento significativo desses metabólitos aos 3 dias após a inoculação. Análises enzimáticas mostraram aumento na atividade de peroxidases e fenilalanina amônia-liase em plantas tratadas com a Qbpm. Não foi observado controle da pinta preta pelas quitosanas. Quanto à atividade da FPA, não houve um efeito antimicrobiano sobre X. gardneri, em contrapartida, o perfil espectrofotométrico de plantas tratadas com a FPA mostrou um aumento da absorbância entre os comprimentos de onda de 420-455 nm, o que pode ter implicado num aumento da biossíntese de compostos como os carotenóides. Os resultados do presente trabalho indicam a capacidade da quitosana de atuar diretamente sobre os patógenos bacteriano e fúngico estudados e que o controle da mancha bacteriana em plantas de tomate pode ter ocorrido tanto por essa atividade antimicrobiana da quitosana sobre a bactéria como pela indução de mecanismos de defesa na planta. / The polysaccharide chitosan has demonstrated potential to control diseases in plants, and the aloe presents substances with antimicrobial properties which can act as elicitors in the induction of defense mechanisms of the plants. The objective of this study was to verify the effect of chitosan in the control of two important diseases of tomato: bacterial spot and early blight. Additionally, the activity of a polysaccharidic fraction from aloe (FPA) was observed on Xanthomonas gardneri and in the control of disease. A commercial chitosan (Qcom), and anothers of low (Qbpm) and medium (Qmpm) molecular weight were evaluated on X. gardneri and A. solani and on the diseases caused by these plant pathogens. The avarage protection of the plants against the bacterial spot was 67%, checked by the chitosans, with the best results obtained with Qbpm to 3 mg/ml, applied 3 days before the inoculation with the bacteria. The spectrofotometric profile of plants sprayed with Qbpm showed an increase of the absorbance among the wavelengths of 280-300 nm, indicating that the chitosan can have conditioned the plants to synthesize different classes of compounds in response to the bacteria. The analysis of total phenolic compounds and flavonoids corroborate the results obtained in the spectrofotometric wavelength scan, showing significant increase of those metabolites 3 days after the inoculation. Enzymatic analyses showed increase of peroxidase and phenylalanine ammonia-lyase activities in plants sprayed with Qbpm. Control of early blight was not observed with the chitosans. There was not an effect antimicrobial of FPA on X. gardneri, by the other hand, the spectrofotometric profile of plants sprayed with FPA showed an increase of the absorbance among the wavelengths of 420-455 nm, which may have implied an increase in the biosynthesis of compounds such as the carotenoids. The results of the present study indicate the capacity of chitosan to act directly on the bacterial and fungic pathogens. Also, the control of the bacterial spot in tomato plants may have occurred due to the antimicrobial activity of chitosan on the bacteria as well as to the induction of defense mechanisms in the plants.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T09:00:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 287919.pdf: 1924427 bytes, checksum: 55bcf2ec008ae72f451f7af48706cbed (MD5) / As bactérias ácido lácticas (BAL) são um dos principais grupos de micro-organismos responsáveis pela deterioração de produtos cárneos embalados a vácuo e em atmosfera modificada, armazenados sob temperatura de refrigeração. A microbiologia preditiva é considerada uma importante ferramenta para quantificar e predizer o comportamento microbiano sob influência de diferentes fatores ambientais, como por exemplo, a temperatura. Assim sendo, o objetivo geral deste trabalho foi modelar o crescimento de BAL em condições isotérmicas e não isotérmicas de cultivo. Primeiramente foram ajustados quatro modelos primários às curvas de crescimento de Lactobacillus plantarum, Lactobacillus viridescens e Lactobacillus sakei em meio de cultivo MRS sob seis diferentes temperaturas isotérmicas (entre 4°C e 30°C), sendo que o modelo primário que apresentou melhor ajuste aos dados experimentais foi o modelo de Gompertz. Foram avaliados também cinco modelos secundários, sendo que a influência da temperatura foi melhor descrita pela equação da potência para a fase lag (.), o modelo da raiz quadrada para a velocidade de crescimento (.) e a equação do tipo Arrhenius para o aumento logarítmico da população (A). Com base nos modelos selecionados, foi estabelecido um modelo de crescimento não isotérmico, baseado na metodologia proposta por Corradini e Peleg. O modelo proposto foi validado com dados experimentais de L. plantarum em meio MRS sob três diferentes perfis de temperatura. A partir de um delineamento composto central rotacional, um modelo de superfície de resposta foi estabelecido para predizer a velocidade de crescimento de L. plantarum em meio MRS, sob diferentes temperaturas (4°C a 16°C), pH (5,5 a 7,5), NaCl (0 a 6%) e Na-lactato (0 a 4%). Todos os fatores estudados foram estatisticamente significativos (p < 0,10) no intervalo de confiança estudado e usados para a construção do modelo, sendo que o fator que apresentou a maior significância foi a temperatura, seguido pelo NaCl, Na-lactato e pH. Este modelo de superfície de resposta foi validado matematicamente com condições adicionais realizadas dentro do domínio do delineamento experimental. O crescimento de L. plantarum também foi analisado quando esta bactéria foi inoculada em um produto cárneo, chopped suíno cozido, embalado a vácuo e armazenado sob diferentes temperaturas isotérmicas (4°C, 10°C e 16°C). O modelo primário de Gompertz ajustou-se bem às curvas de crescimento e os modelos secundários foram os mesmos selecionados no caso do crescimento da bactéria em meio MRS. Não foram observadas mudanças sensoriais no produto quando L. plantarum atingiu a população máxima (107 úteis para predizer, dentro dos limites estabelecidos para cada modelo, o comportamento de bactérias ácido lácticas em produtos cárneos. / Lactic acid bacteria (LAB) are the main microorganism group responsible for the spoilage of modified atmosphere or vacuum-packaged meat products, stored under refrigeration. The predictive microbiology is an important tool to quantify and predict microbial behavior under the influence of different environmental factors, such as temperature. Then, the overall aim of this study was to model the LAB growth in isothermal and non-isothermal conditions. Firstly, four primary models were fitted to the growth curves of Lactobacillus plantarum, Lactobacillus viridescens and Lactobacillus sakei in MRS broth under six different isothermal temperatures (4°C to 30°C), being the Gompertz model the primary model that showed the best fit to the experimental data. Five secondary models were also evaluated, and the influence of temperature on the lag phase duration (.) was better described by the power equation, the square root for the maximum specific growth rate (.), and the Arrhenius-type equation for the microbial population increase (A). Based on selected models, the non-isothermal growth model was established, based on the methodology proposed by Corradini and Peleg. The model proposed was validated with experimental growth curves of L. plantarum in MRS obtained under three periodic temperature profiles. From a central composite rotatable design, the response surface model was established to predict L. plantarum growth rate in MRS broth, under different temperatures (4°C to 16°C), pH (5.5 to 7.5), NaCl (0 to 6%) and Na-lactate (0 to 4%). All the factors were statistically significant (p < 0.10) and used to build the model, where the temperature was the most decisive factor, followed by the concentrations of NaCl and Na-lactate and by the pH. This model was mathematically validated with additional conditions within model range. L. plantarum growth was also analyzed when this bacteria was inoculated in a meat product, cooked chopped pork, vacuum packaged and stored under different isothermal temperatures (4°C, 10°C and 16°C).he Gompertz model showed a good fit to growth curves and the secondary models were the same ones selected in the case of growth in MRS broth. There were no sensory changes in the product when L. plantarum reached the maximum population. The predictive models established in this study can be useful for predicting, within the limits set for each model, the behavior of lactic acid bacteria in meat products.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aquicultura, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-25T21:28:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 293184.pdf: 307065 bytes, checksum: 9c2d3ee7559641fd0ec3c33b9550d9b4 (MD5) / A microbiota intestinal de jundiá Rhamdia quelen e tilápia Oreochromis niloticus foi comparada. Foram observadas bactérias capazes de digerir os macro nutrientes (proteína, lipídios e carboidratos) presentes nas dietas, estando, em geral, em maiores números na tilápia. A distribuição de grupos bacterianos variou ao longo do trato intestinal, sendo diferente entre as espécies estudadas. O jundiá apresentou maior crescimento de bactérias proteolíticas e lipolíticas na porção posterior, onde também ambas espécies tinham mais bactérias amilolíticas. Pode haver maior degradação de amido por enzimas exógenas provenientes da microbiota na porção final do intestino, o que aumentaria a disponibilidade deste nutriente para o hospedeiro. Comparou-se também a microbiota intestinal entre as duas espécies, após a administração de dietas contendo milho, trigo, mandioca, arroz ou dextrina. Os jundiás alimentados com dieta contendo arroz apresentaram mais bactérias totais. Por outro lado, quando mandioca ou milho foi utilizado, bactérias amilolíticas foram mais presentes em tilápia. A microbiota da parede intestinal dos peixes foi sensível a dieta administrada, que alterou sua composição. Fusobacterium foi detectada em jundiás alimentados com dietas contendo arroz, e contendo mandioca, dextrina, arroz e milho para tilápia. Foi evidenciada diferenciação da microbiota de jundiá e tilápia, já que foram observadas apenas no primeiro, bactérias do grupo das Spirochaetales, comuns nos tratamentos com milho, mandioca e dextrina. Estudos adicionais são necessários para melhor compreensão da microbiota intestinal na digestão de carboidratos em peixes, associando-se técnicas bacteriológicas convencionais com moleculares.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química / Made available in DSpace on 2012-10-22T13:45:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 233324.pdf: 1977092 bytes, checksum: cb0df61a46155bc6b1380e4d58a71706 (MD5) / Muitas estratégias são adotadas pelas indústrias processadoras de alimentos para garantir a vida útil dos produtos, sendo a temperatura, durante toda a cadeia de produção, um fator extremamente relevante neste aspecto. A microbiologia preditiva é aceita, atualmente, como uma ferramenta útil para predizer o crescimento de microrganismos patogênicos e deteriorantes na avaliação da vida prateleira de carnes e produtos cárneos. As bactérias ácido lácticas (BAL) são importantes deteriorantes destes produtos. Neste trabalho, foi realizado o levantamento microbiológico com amostras retiradas do processo de produção da lingüiça defumada e mortadela, e o acompanhamento microbiológico e sensorial do produto final em armazenamento isotérmico e não isotérmico. Visando estudar os fatores que podem ser alterados para aumentar a vida de prateleira destes produtos, foram realizados experimentos de crescimento de duas BAL, Lactobacillus plantarum e L. sakey em caldo MRS através dos planejamentos fatorial fracionado e fatorial completo, para análise da influência dos fatores (concentração de sal, de polifosfato (Pfosfato), de lactato, de nitrito/nitrato e de alho). Os experimentos dos planejamentos propostos foram acompanhados pelas curvas de crescimento, através de medidas de absorbância, até a fase estacionária e os resultados foram avaliados com os modelos de Gompertz Modificado e Logistico, através do STATISTICA 6.0. O nitrito/nitrato e o alho não foram considerados estatisticamente significativos nas condições avaliadas. A partir dos resultados obtidos para as culturas puras, foram desenvolvidas novas formulações para mortadela e para lingüiça defumada, alterando as porcentagens dos fatores: concentração de lactato, de Pfosfato e de cloreto de sódio. O acompanhamento do crescimento das BAL foi realizado e os modelos de Gompertz Modificado, Logístico e Logístico Modificado foram ajustados através do STATISTICA 6.0. Os modelos propostos foram avaliados através dos índices estatísticos MSE, fator bias, fator de exatidão e coeficiente de correlação. No armazenamento dos produtos com as novas formulações, verificou-se que as alterações propostas levaram a um aumento de vida de prateleira de aproximadamente 20 dias para lingüiça defumada (10ºC) e 10 dias para mortadela (30ºC). Estes resultados mostram que as conclusões obtidas no planejamento com culturas puras puderam ser utilizadas na obtenção de novas formulações para produtos cárneos onde estão presentes diferentes BAL. A nova formulação e a amostra padrão de mortadela (formulação da indústria) foram submetidas ao armazenamento não isotérmico simulando a variação de temperatura entre o dia e a noite. A partir dos dados de crescimento de BAL obtidos no armazenamento isotérmico, foi testado um Modelo Não Isotérmico. Este modelo mostrou-se capaz de descrever o comportamento dos produtos cárneos industrializados nestas condições. Many strategies are adopted by food processing industries to guarantee the shelf life of products, where temperature, during all the productive chain, is an extremely important factor.predictive microbiology is accepted, nowadays, as a useful tool to predict the growth of pathogenic and spoilage microorganisms in the shelf life evaluation of meats and meat products. Lactic acid bacteria (LAB) are important meat spoilage. In this work, the microbiological map was accomplished with samples obtained in the production process of smoked sausage and mortadella, and the microbiological and sensorial evaluation of the final product in isothermal and non-isothermal storage. Aiming the study of factors that can be changed to increase the shelf life of this products, experiments of growth of two LAB, were accomplished Lactobacillus plantarum and L. sakey in MRS broth trough the factorial design and a full factorial design for the analysis of the influence of the factors (salt concentration, polyphosphate (Pphosphate), lactate, nitrite/nitrate and garlic). The growth curves of the proposed planning were analyzed by optical density, until the stationary phase, and Gompertz Modified model and Logistic model were fitted to the results, through STATISTICA 6.0. Nitrite/nitrate and garlic were not considered statistically significant on the evaluated conditions. Starting from results obtained in pure cultures, new formulations for smoked sausage and mortadella were developed, changing the percentage of the factors: lactate concentration, Pphosphate and sodium chloride. Gompertz Modified model and Logistic model were fitted to the growth curves of LAB through STATISTICA 6.0. The proposed models were evaluated through the statistical indexes: MSE, regression coefficient (R2), bias factor and accuracy factor. During the storage of products with the new formulation, was verified that the proposed changes resulted in an increase of shelf life of approximately 20 days for smoked sausage (10ºC) and 10 days for mortadella (30ºC). These results show that the conclusions obtained in pure cultures could be used to obtain new formulations for meat products where different LAB are present. The new formulation and the standard sample (industry formulation) of smoked sausage were submitted to non-isothermal storage simulating the temperature variation between day and night. Using the data of LAB growth obtained in isothermal storage, a non-isothermal model was tested. This model was capable to describe the behavior of industrialized meat products in these conditions.

Dissertaçao (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental. / Made available in DSpace on 2012-10-23T21:23:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 258390.pdf: 2500765 bytes, checksum: 3c48a14276f288a91d5bd7ea177d85db (MD5) / Em todo o mundo a preocupação em relação à poluição atmosférica é crescente, mais especificamente com relação à contaminação por substâncias com características de toxicidade e persistência que as tornam perigosas à saúde humana, às plantas e aos animais. A indústria do petróleo e o uso de seus derivados contribuem significativamente na liberação dos compostos orgânicos voláteis. A problemática ambiental da presença de compostos voláteis na atmosfera deve-se ao fato de alguns serem tóxicos, apresentarem forte odor e estarem envolvidos com chuva ácida, smog fotoquímico e efeito estufa. Os tanques de gasolina representam uma grande fonte de emissões atmosféricas, com perdas de 65,64 t.ano-1. O vapor da gasolina consiste em uma mistura de aproximadamente 90 hidrocarbonetos voláteis, incluindo cadeias alifáticas, cicloalcanos e aromáticos. Devido ao problema ambiental desses poluentes, torna-se necessário medidas de redução e tratamento, tanto por métodos físicoquímico quanto por biológicos. A biofiltração é apondada pela EPA como a melhor tecnologia para tratamento de vapores de gasolina emanados de postos de combustíveis e liberados pelos solos contaminados. Essa tecnologia é baseada na transferência do gás para uma fase líquida dentro de um meio suporte contendo microrganismos, onde ocorrerá a oxidação do poluente liberando CO2 e H2O. Este trabalho teve como objetivo isolar microrganismos provenientes de um biofiltro utilizado para tratamento de vapores de gasolina, estudar a abundância, morfologia e avaliar o crescimento utilizando gasolina como fonte de carbono e energia. Foi realizada a contagem das UFC/g, a avaliação do crescimento em meio líquido com diferentes concentrações de gasolina, a produção de biosurfactantes e a determinação para três bactérias com diferentes habilidades na utilização do substrato. Os resultados mostraram que a microbiota predominate em biofiltros de tratamento de vapores de gasolina é Gram negativa, apresentando contagem da ordem de 1,8x107 UFC/g, o que é coerente para esses sistemas. Também foi verificado que nem todos os isolados que utilizam de alguma forma a gasolina são capazes de produzir biosurfactantes. Entretanto, observou-se uma relação positiva entre a produção de biosurfactantes e o crescimento bacteriano. A presença de bactérias na amostra do suporte do biofiltro que isoladamente não cresceram na presença de gasolina sugere uma co-relação inter-específica com bactérias degradadoras de gasolina. Concentrações de gasolina da ordem de 0,2 % e superiores são tóxicas para micorganismos isolados de zonas do biofiltro que operam com baixas concentrações de vapores de gasolina. Os isolados produtores de biosurfactante apresentam maior crescimento, representando um potencial maior para utilização como inoculantes para sistemas de tratamento de vapores de gasolina.

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Flávia Maria de Souza Carvalho / Coorientador: Roberto Hirochi Herai / Banca: Henrique Ferreira / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Alessandro de Mello Varani / Resumo: Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial. Atualmente não há uma maneira eficiente de controle do cancro, e novos métodos devem ser desenvolvidos para o tratamento desta doença. Assim, o estudo dos mecanismos utilizados pela Xac durante o processo infeccioso pode revelar novos alvos para o desenvolvimento de compostos farmacológicos que possam eliminar ou controlar o patógeno. Neste estudo, a técnica de RNA-Seq foi utilizada para a identificação de genes diferencialmente expressos (GDE) na Xac em condições in vivo e in vitro. Para isso, cinco variedades de citros com níveis diferentes de suscetibilidade ao cancro cítrico, e meios de cultura indutores de fatores de virulência foram utilizados. Muitos dos genes que codificam para proteínas relacionadas ao sistema de secreção tipo 3 (T3SS), enzimas extracelulares, resposta ao estresse oxidativo, transportadores de ferro e fósforo foram induzidos pela Xac nas condições in vivo. No entanto, in vitro, os perfis de expressão para estes mesmos genes foram diferentes. Estes dados permitiram compreender melhor o ambiente intracelular do hospedeiro, e como este se relaciona com os mecanismos de ativação dos fatores de virulência e patogenicidade de Xac. Neste sentido, os dados apresentados neste estudo mostraram que o T3SS é o principal fator de virulência expresso por esta bactéria em condições in vivo. Além disso, nossos resultados sugerem t... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a major disease affecting citrus worldwide. Currently there is no effective way of cancer control, and new methods must be developed for the treatment of this disease. Thus, the study of the mechanisms used by Xac during the infectious process can reveal new targets for the development of pharmacologic compounds that can eliminate or control the pathogen. In this study, RNA-Seq technique was used to identify Xac differentially expressed genes (DEG) in vivo and in vitro conditions. For this purpose, five citrus varieties with different levels of susceptibility to citrus canker and culture mediums inducing virulence factors were used. Many of the genes encoding proteins of the type 3 protein secretion system (T3SS), extracellular enzymes, oxidative stress response, iron and phosphorus transport were induced in Xac in vivo conditions. However, the expression profiles for these same genes were different than observed in vitro conditions. These data allowed us to better understand the intracellular environment of the host, and how this relates to the activation mechanisms of pathogenicity and virulence factors in Xac. In this context, the data presented in this study show the T3SS as the main virulence factor expressed by the bacteria in vivo conditions. Furthermore, our results also suggest that low concentrations of inorganic phosphorus (Pi) and nitrogen, that bacteria sense in the plant apoplast, are ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Banca: Flavia Maria de Souza Carvalho / Banca: Fabrício José Jaciani / Resumo: A produção de laranja e de suco concentrado é uma atividade agrícola que tem uma grande importância para o Brasil, em especial para o estado de São Paulo. Entretanto, o cancro cítrico é uma doença que causa grandes prejuízos à citricultura brasileira e mundial, sendo que até o momento não há nenhum método curativo para esta doença e o principal controle é a erradicação das plantas contaminadas. O cancro cítrico é originário da Ásia e tem como agente causal a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual ataca todas as espécies comerciais de citros. Em um estudo de expressão gênica em dois mutantes de Xac que apresentavam diminuição ou ausência total de sintomas de cancro cítrico, a proteína XAC1008 se mostrou altamente expressa, pelo que o objetivo deste trabalho foi a caracterização funcional da ORF XAC1008 de Xac. A estratégia utilizada foi a produção de um mutante desta ORF e avaliação da sua patogenicidade quando comparada com a do isolado 306 de Xac selvagem em plantas de limão 'Cravo' (Citrus limonia Osbek) e laranja Pêra (Citrus sinensis (L.) Osbeck). A técnica utilizada para a obtenção do mutante foi a da mutagênese sítio-dirigida por PCR utilizando o vetor suicida pOK1, seguida de recombinação homóloga. Os ensaios de patogenicidade do mutante ΔXAC1008 mostraram que a mutação alterou a coloração e o formato das colônias e impediu a multiplicação da bactéria in planta, embora ela ainda seja capaz de crescer em meio de cultura. O mutante diminuiu de maneira significativa a formação de biofilme e não foi capaz de causar doença em laranja 'Pêra Rio' (Citrus sinensis (L.) Osbeck) e em limão 'Cravo' (Citrus limonia Osbek), dois de seus hospedeiros citros, enquanto que a Xac 306 selvagem apresentou os sintomas característicos do cancro cítrico nos dois hospedeiros. Os resultados indicam que a proteína XAC1008 não está diretamente relacionada... / Abstract: The production of frozen concentrated juice from sweet orange is an agricultural activity that is of great importance to Brazil, especially for the state of São Paulo. However, citrus canker is a disease that causes bigger losses to the Brazilian and global citrus industry, and to date there is no curative method for this disease and the main control is the eradication of infected plants. The citrus canker originated in Asia and its causal agent is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), which attacks all commercial species of citrus. In a study of gene expression in two Xac mutants with impaired or total absence of symptoms of citrus canker, the ORF XAC1008 was highly expressed, so the aim of this study was the functional characterization of the protein encoded by ORF XAC1008 from Xac. The strategy used was the construction of a mutant of the ORF XAC XAC1008 and evaluation of its pathogenicity in plants of Rangpur lime (Citrus limonia Osbek) and sweet orange 'Pêra Rio' (Citrus sinensis (L.) Osbeck) compared with the wild isolate strain Xac 306. The technique used for obtaining the mutant was PCR-based site-directed mutagenesis using the suicide vector POK1, followed by homologous recombination. Pathogenicity tests of the mutant ΔXAC1008 showed that the mutation affected the color and shape of colonies, and prevent multiplication of bacteria in the plant, though it is still able to grow in the culture medium. The mutant decreased significantly biofilm formation and was not able to cause disease in sweet orange 'Pêra Rio' orange and Rangpur lime, two of its citrus hosts, while the wild isolate strain Xac 306 showed the characteristic symptoms of citrus canker in both hosts. The results indicate that the protein XAC1008 is not directly related to the virulence or pathogenicity of Xac in citrus but is essential for the proliferation and survival of the bacteria in the host. Although the presence of the ... / Mestre

Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Coorientador: Helvécio Della Coletta Filho / Banca: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda / Banca: Eduardo Seite Gomide Mizubuti / Resumo: A pouco mais de uma década a bactéria Xylella fastidiosa passou de um organismo pouco conhecido a uns dos mais conhecidos, ao menos em termos de genômica. No Brasil esta bactéria afeta culturas de importância econômica como citros, causando a clorose variegada dos citros (CVC) e café, na qual causa a requeima da folha do cafeeiro (RFC), também conhecida como atrofia do ramo do cafeeiro (ARC). Em laranjeiras a bactéria acarreta os maiores danos econômicos, na ordem de 100 milhões de dólares anuais. Em relação às plantas de café, estudos demonstraram que a cada 1% de aumento na severidade da doença há perdas de rendimento de 1,22 a 1,34 sacos de 60kg por hectare. Ambas as culturas são afetadas pela Xylella fastidiosa subsp. pauca e transmitida pelos mesmo vetores, porém ainda são incertas as informações se o isolado que causa a CVC pode colonizar cafeeiros e causar doença e vice-versa. Além do mais, em contraste com os diversos estudos já realizados sobre populações de X. fastidiosa infectando laranjeiras, não se tinha informações sobre a diversidade genética e estrutura populacional deste patógeno quando infectando cafeeiros. Um total de 618 estirpes de X. fastidiosa foi isolado de laranjeiras e cafeeiros de quatro regiões geográficas distintas do estado de São Paulo. Esses isolados foram genotipados através de 14 marcadores microssatélites. A alta diversidade genotípica e genética, os altos índices de clonalidade, o forte desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nas populações de X. fastidiosa amostradas de cafeeiros são consistentes com predominância de um modo de reprodução clonal. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica encontrada entre as populações, indicando as populações da região Noroeste e Central como as prováveis fundadoras. Também realizamos ensaios de inoculações recíprocas ... / Abstract: A little over a decade the bacterium Xylella fastidiosa has gone from a little-known body to the most popular ones, at least in terms of genomics. In Brazil this bacterium affects economically important crops such as citrus, which causes citrus variegated chlorosis (CVC) and coffee, causing coffee leaf scorch (CLS), also known as coffee stem atrophy (CSA). In orange this bacteria causes major economic losses in the order of 100 million dollars annually. Regarding the coffee plants, studies have shown that every 1% increase in the severity of disease cause loss of 1.22 to 1.34 bags of 60kg per hectare. Both cultures are affected by subsp. pauca of X. fastidiosa and are transmitted by the same vectors, but informations are still uncertain if isolated causing CVC can colonize and cause disease in coffee plants and vice versa. Moreover, in contrast of many previous work on study about population of X. fastidiosa infecting orange, we had no information about genetic diversity and population structure of this pathogen infecting coffee plants. Thus a total of 618 strains of X. fastidiosa was isolated from orange and coffee in four distinct geographic regions (Central, Northwestern, Center-western and Eastern) of the São Paulo State. These isolates were typed by fourteen microsatellite markers. The high genotypic and genetic diversity, high levels of clonality, strong gametic disequilibrium, and the population subdivision found in X. fastidiosa population are consistent with the predominance of mode of clonal reproduction. The subdivision levels observed could be explained by the asymmetric historical migration between populations, indicating the populations of Central and Northwestern region as the probable founders. We also performed tests of reciprocal inoculations among isolates from orange and coffee plants under controlled conditions. The 99 isolates from orange and 127 isolates from coffee through Bayesian analysis, were grouped on ... / Mestre