Tesis por compendio / [ES] El objetivo inicial de esta tesis era detectar y rastrear virus entéricos en diferentes matrices acuáticas mediante la combinación de protocolos moleculares y metagenómicos. Se establecieron como objetivos principales el desarrollo de procedimientos para la concentración de virus en muestras de aguas residuales, el análisis de virus indicadores de contaminación fecal y la caracterización del viroma de estas muestras. En cuanto al desarrollo de procedimientos para la concentración de virus entéricos emergentes en muestras de aguas residuales, el protocolo de floculación con hidróxido de aluminio, utilizado habitualmente en el grupo para la concentración de otros virus entéricos, resultó muy eficaz para el virus de la Hepatitis E, permitiendo su detección en muestras de aguas de entrada y salida de estaciones depuradoras de aguas residuales (EDAR). Por lo que respecta al seguimiento de la prevalencia de otros virus entéricos e indicadores virales en muestras de entrada y salida de EDARs, esta tesis proporciona información cuantitativa sobre la presencia del indicador crAssphage y otros virus entéricos de cápside intacta en aguas de diferentes EDARs valencianas. Además, los resultados de la correlación indican que crAssphage podría no ser un indicador óptimo de la presencia de virus entéricos infecciosos en las aguas residuales tratadas. En relación a la caracterización del viroma de las muestras de agua de las EDARs analizadas, en la presente tesis se describe un procedimiento de referencia que permite la detección y caracterización de las poblaciones virales en las muestras de aguas residuales recogidas a la entrada y salida de la planta depuradora. También se refleja el sesgo existente en los perfiles del viroma que se obtienen según las librerías de secuenciación que se empleen. En este sentido, esta investigación arroja luz sobre la diversidad de las comunidades virales en influentes y efluentes de aguas residuales, proporcionando información valiosa también en términos de indicadores fecales virales. Con la llegada de la pandemia de COVID-19 a principios de 2020, el SARS-CoV-pasó a ser el protagonista de la segunda parte de la tesis. En este aspecto, se marcaron como objetivos implementar un sistema de monitorización de SARS-CoV-2 en aguas residuales y desarrollar y optimizar métodos moleculares rápidos para inferir la infectividad del SARS-CoV-2. Los resultados obtenidos han demostrado que la aplicación de la epidemiología basada en aguas residuales (WBE) es eficiente para estimar la presencia de COVID-19 en comunidades y puede servir de herramienta para la salud pública como alerta temprana ante situaciones pandémicas. Asimismo, esta tesis incluye el primer estudio publicado en España que realizó un análisis metagenómico de la diversidad del SARS-CoV-2 presente en las aguas residuales en las tres primeras oleadas epidemiológicas, cuyos resultados confirmaron el potencial de la secuenciación masiva de aguas residuales para detectar nuevas mutaciones y linajes del SARS-CoV-2. Además, también se han comparado y optimizado los protocolos de concentración, extracción y detección de ácidos nucleicos de coronavirus a partir de muestras de aguas residuales, superficiales y de mar. Así, este trabajo amplía el conocimiento sobre los procedimientos analíticos para la detección del SARS-CoV-2 en aguas residuales favoreciendo la implementación global del COVID-19 WBE. Finalmente, se ha implementado un protocolo de RT-qPCR de viabilidad basado en el cloruro de platino para evitar la amplificación del ARN del SARS-CoV-2 no infeccioso. Además, los resultados de esta tesis apoyan la idea de que el SARS-CoV-2 presente en las aguas residuales no es infeccioso. En general, en el marco de esta tesis doctoral se ha desarrollado una herramienta analítica rápida basada en la RT-qPCR de viabilidad para inferir la infectividad del SARS-CoV-2 con potencial aplicación en la evaluación de riesgos, la prevención y el control en los programas de salud / [CA] L'objectiu inicial d'esta tesi era detectar i rastrejar virus entèrics en diferents matrius aquàtiques mitjançant la combinació de protocols moleculars i metagenòmics. Es van establir com a objectius específics el desenvolupament de procediments per a la concentració de virus en mostres d'aigües residuals, l'anàlisi de virus indicadors de contaminació fecal i la caracterització del viroma d'estes mostres. Pel que fa al desenvolupament de procediments per a la concentració de virus entèrics emergents en mostres d'aigües residuals, el protocol de floculació amb hidròxid d'alumini, utilitzat habitualment al grup per a la concentració d'altres virus entèrics, va resultar molt eficaç per al virus de l'hepatitis E, permetent-ne la detecció en mostres d'aigües d'entrada i de sortida d'estacions depuradores d'aigües residuals (EDAR). Pel que fa al seguiment de la prevalença d'altres virus entèrics i indicadors virals en mostres d'entrada i de sortida d'EDARs, esta tesi proporciona informació quantitativa sobre la presència de l'indicador crAssphage i altres virus entèrics de càpside intacta en aigües de diferents EDARs valencianes. A més, els resultats de la correlació indiquen que el bacteriòfag crAssphage podria no ser un indicador òptim de la presència de virus entèrics infecciosos a les aigües residuals tractades. Pel que fa a la caracterització del viroma de les mostres d'aigua de les EDARs analitzades, a la present tesi es descriu un procediment de referència que permet la detecció i caracterització de les poblacions virals a les mostres d'aigües residuals recollides a l'entrada i sortida de la planta depuradora. També es reflecteix el biaix existent als perfils del viroma que s'obtenen segons les llibreries de seqüenciació que s'utilitzen. En este sentit, esta investigació aporta coneixement sobre la diversitat de les comunitats virals en influents i efluents d'aigües residuals, proporcionant informació valuosa també en termes d'indicadors fecals virals. Amb l'arribada de la pandèmia de COVID-19 a principis del 2020, el SARS-CoV-va passar a ser el protagonista de la segona part de la tesi. En este aspecte, es van establir com a objectius implementar un sistema de monitorització de SARS-CoV-2 en aigües residuals i desenvolupar i optimitzar mètodes moleculars ràpids per inferir la infectivitat del SARS-CoV-2. Els resultats obtinguts han demostrat que l'aplicació de l'epidemiologia basada en aigües residuals (WBE) és eficient per estimar la presència de COVID-19 a les comunitats i pot servir d'eina per a la salut pública com a alerta primerenca davant de situacions pandèmiques. Així mateix, esta tesi inclou el primer estudi publicat a Espanya que va realitzar una anàlisi metagenòmica de la diversitat del SARS-CoV-2 present a les aigües residuals a les tres primeres onades epidemiològiques, els resultats del qual van confirmar el potencial de la seqüenciació massiva d'aigües residuals per a detectar noves mutacions i llinatges del SARS-CoV-2. A més, també s'han comparat i optimitzat els protocols de concentració, extracció i detecció d'àcids nucleics de coronavirus a partir de mostres d'aigües residuals, superficials i de mar. Així, este treball amplia el coneixement sobre els procediments analítics per a la detecció del SARS-CoV-2 en aigües residuals afavorint la implementació global del COVID-19 WBE. Finalment, s'ha implementat un protocol de RT-qPCR de viabilitat basat en el clorur de platí per evitar l'amplificació de l'ARN del SARS-CoV-2 no infecciós. A més, els resultats d'esta tesi donen suport a la idea que el SARS-CoV-2 present a les aigües residuals no és infecciós. En general, en el marc d'esta tesi doctoral s'ha desenvolupat una eina analítica ràpida basada en la RT-qPCR de viabilitat per inferir la infectivitat del SARS-CoV-2 amb potencial aplicació en l'avaluació de riscos, la prevenció i el control en els programes de Salut Pública. / [EN] The initial aim of this thesis was to detect and monitor the presence of enteric viruses in different aquatic matrices using both molecular and metagenomic protocols. The specific objectives were the development of procedures for the concentration of viruses in wastewater samples, the analysis of viruses indicative of faecal contamination and the characterisation of the virome in these samples. Regarding the development of procedures for the concentration of emerging enteric viruses in wastewater samples, the flocculation protocol with aluminium hydroxide, commonly used in the group for the concentration of other enteric viruses, proved to be very effective for Hepatitis E virus, allowing its detection in influent and effluent water samples from wastewater treatment plants (WWTPs). Regarding the monitoring of the prevalence of other enteric viruses and viral indicators in incoming and outgoing samples from WWTPs, this thesis provides quantitative information on the presence of the indicator crAssphage and other enteric viruses with intact capsid in water from different Valencian WWTPs. Moreover, the correlation results indicate that crAssphage may not be an optimal indicator of the presence of infectious enteric viruses in treated wastewater. In relation to the virome characterisation of the WWTP water samples analysed, the present thesis describes a reference procedure that allows the detection and characterisation of viral populations in wastewater. It also reflects the existing bias in the virome profiles obtained depending on the sequencing libraries used. In this sense, this research sheds light on the diversity of viral communities in influent and effluent wastewater, providing valuable information also in terms of faecal viral indicators. With the advent of the COVID-19 pandemic in the early 2020s, SARS-CoV-2 became the focus of the second part of the thesis. In this aspect, the objectives were to implement a monitoring system for SARS-CoV-2 in wastewater and to develop and optimise rapid molecular methods to infer SARS-CoV-2 infectivity. The results obtained have demonstrated that the application of wastewater-based epidemiology (WBE) is efficient for estimating the presence of COVID-19 in communities and can serve as a Public Health tool for early warning of pandemic situations. Furthermore, this thesis includes the first study published in Spain that performed a metagenomic analysis of the SARS-CoV-2 diversity present in wastewater in the first three epidemiological waves, the results of which confirmed the potential of mass sequencing of wastewater to detect new SARS-CoV-2 mutations and lineages. In addition, protocols for the concentration, extraction and detection of coronavirus nucleic acids from sewage, surface and seawater samples have also been compared and optimised. Thus, this work expands the knowledge on analytical procedures for the detection of SARS-CoV-2 in wastewater favouring the global implementation of the COVID-19 WBE. Finally, a viability RT-qPCR protocol based on platinum chloride has been implemented to avoid amplification of non-infectious SARS-CoV-2 RNA. Furthermore, the results of this thesis support the idea that SARS-CoV-2 present in wastewater is not infectious. Overall, in the framework of this PhD thesis, a rapid analytical tool based on feasibility RT-qPCR has been developed to infer the infectivity of SARS-CoV-2 with potential application in risk assessment, prevention and control in Public Health programmes. / This thesis has been funded by an "Ayudas para contratos predoctorales para la formación de doctores 2018” grant, awarded by the Ministry of Science and Innovation. / Cuevas Ferrando, E. (2022). Detection and tracking of emerging viruses of public health interest in waters through molecular and metagenomic procedures [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/190899 / Compendio

En el primer capítulo, presentamos un marco teórico para investigar el papel de estos sesgos conductuales en el inicio de conductas de riesgo para la salud. En concreto, demostramos que los sesgos de los amigos en forma de fallos de autocontrol son una parte esencial de los efectos endógenos de contagio entre iguales. Ilustramos estos resultados utilizando datos de Add Health, que contiene información única sobre las redes de amistades de los adolescentes estadounidenses. Empíricamente, encontramos que la contribución del autocontrol de los amigos al comportamiento de riesgo para la salud de los estudiantes no es despreciable. Además, podemos identificar al jugador clave en este escenario. Este estudiante no siempre es el que tiene las medidas de centralidad más altas (no microfundamentadas) o el jugador más activo. Descubrimos que centrarse en el jugador clave conduce a una mayor reducción del comportamiento de riesgo para la salud agregado óptimo que una política centrada en el jugador más activo o en un jugador seleccionado al azar. En el segundo capítulo, utilizamos datos sobre la predisposición genética al TDAH de la encuesta Add Health en las escuelas de EE.UU. para descubrir los estándares relativos en el diagnóstico del TDAH. Estimamos que el rango ordinal de los estudiantes en la predisposición genética al TDAH entre sus compañeros del mismo género tiene un efecto causal positivo, estadísticamente significativo y sustancial en el diagnóstico del TDAH, manteniendo constante la propia predisposición genética de los estudiantes al TDAH. Este efecto está impulsado principalmente por los chicos, lo que contribuye a explicar la mayor tasa de diagnóstico observada en los chicos en relación con las chicas para una predisposición genética dada al TDAH. En el tercer capítulo, presentamos un modelo epidemiológico teórico-juego para la pandemia COVID-19 que tiene en cuenta que: 1) los individuos asintomáticos pueden ser contagiosos, 2) el contagio depende del comportamiento, 3) el comportamiento viene determinado por un juego que depende de las creencias y las interacciones sociales, 4) puede haber sesgos sistemáticos en las percepciones y creencias sobre la pandemia. Incorporamos al modelo las decisiones de bloqueo adoptadas por el gobierno. Las creencias de los ciudadanos y del gobierno pueden presentar varios sesgos que analizamos desde el punto de vista de la economía del comportamiento. Proporcionamos simulaciones para comprender el efecto de las decisiones de bloqueo y la posibilidad de "empujar" a los ciudadanos en la dirección correcta mejorando la exactitud de sus creencias.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mauriciojosecabralruback_dissert.pdf: 5807633 bytes, checksum: a0c4cdc248961c9493b92c90b20f7705 (MD5) Previous issue date: 2010-12-13 / The head and neck surgery service assist patients with malignant tumors of upper aero digestive tract, skin and thyroid. Head and neck cancer is currently the fifth most worldwide common cancer and despite advances in conventional therapies, including surgery, radiotherapy and chemotherapy, the survival rate has not changed in the last three decades. In Brazil, estimatives shows 14.120 new cases of oral cavity cancer in 2010, with 3.790 women and 10.330 men. Objectives: To evaluate the clinical and epidemiological parameters in patients with cancer assisted by head and neck surgery service at the University Hospital of northwest region of São Paulo. Casuistic and Methods: Were retrospectively evaluated medical records of 1.351 patients of head and neck surgery service from january 2000 to may 2010. The variables analyzed were: age, gender, skin color, tobacco and alcohol consumption, primary site, staging and histologic type of tumor, treatment, number of deaths and occupational activity of patients assisted by head and neck surgery service. Results: The disease was more frequent in men (79.70%), smokers (75.15%) and etilist (58.25%). The most frequents sites were oral cavity (29.65%) and larynx (24.12%). The most common histological type was squamous cell carcinoma (84.92%) and 29.04% of individuals had as treatment surgical and 14,19 % radiotherapy Conclusions: This cancer type occurs more common in men smokers and etilists. The primary sites more incident for the patients service are oral cavity and larynx. The high rate of patients with stages III and IV indicates a late diagnosis by the treatment centers, which reflects the need for prevention education campaigns for early diagnosis of the disease. / O serviço de cirurgia de cabeça e pescoço atende pacientes com tumores malignos do trato aéreo digestivo superior, de pele e tireóide. O tumor maligno de cabeça e pescoço é atualmente a quinta neoplasia mais comum de todo o mundo e apesar dos avanços em terapias convencionais, incluindo cirurgia, radioterapia e quimioterapia, a taxa de sobrevida não mudou nas ultimas três décadas. No Brasil, as estimativas revelam 14.120 casos novos de câncer de cavidade oral para 2010, sendo que 3.790 em mulheres e 10.330 em homens. Objetivos: Avaliar os parâmetros clínicos e epidemiológicos em pacientes com câncer atendidos no serviço de cirurgia de cabeça e pescoço em um Hospital Universitário da região noroeste do estado de São Paulo. Casuística e Método: Foram avaliados retrospectivamente prontuários médicos de 1.351 pacientes do serviço de cirurgia de cabeça e pescoço no período de janeiro de 2000 a maio de 2010. As variáveis analisadas foram: idade, gênero, cor da pele, hábitos tabagista e etilista, sítio primário, estadiamento, tipo histológico do tumor, tratamento, número de óbitos e atividade ocupacional dos pacientes atendidos no serviço de cirurgia de cabeça e pescoço. Resultados: Esta doença foi mais frequente em homens (79,70%), tabagistas (75,15%) e elitistas (58,25%). Os sítios primários mais freqüentes foram cavidade oral (29,65%) e laringe (24,12%). O carcinoma espinocelular foi o tipo histológico (84,92%) mais comum e 29,04% dos indivíduos tiveram a cirurgia como tratamento e 14,19% radioterapia. Conclusões: Este tipo de neoplasia é mais freqüente em homens tabagistas e etilistas. Os sítios primários mais acometidos nos pacientes do serviço são cavidade oral e laringe. A alta taxa de pacientes com estadios III e IV indica uma procura tardia dos centros de tratamento, o que reflete a necessidade de campanhas de prevenção educativas para o diagnóstico precoce da doença.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 raphaelraphe_dissert.pdf: 1654822 bytes, checksum: 678de193b930e82d2dafeef1d384be12 (MD5) Previous issue date: 2012-09-24 / Introduction: Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common primary neoplasm of the liver. It constitutes an important cause of cancer mortality in cirrhotic patients. Objective: To evaluate the epidemiological aspects relating them to the risk factors of HCC in a closed population. Methods: We conducted a retrospective cross-sectional study with chart review of patients treated from November 1998 to May 2011 in the Departments of Liver Transplantation, Gastroenterology and Pathology and the Cancer Institute of the Hospital de Base, São José do Rio Preto. The study was approved by the Ethics and Research. Results: A total of 272 patients with HCC, 229(84.2%) were male and 43 (15.8%) were female. The mean age was 57.1 years (SD 10.9 years) and predominantly caucasian (91.5%). Cirrhosis present in 98.2% with Child-Turcotte-Pugh class B in 104 patients (38.9%). The etiology, the most frequent was infection with hepatitis C virus in 145(55.1%) patients being single cause in 88(33.4%). The results suggest that sex is associated with the principal factors in the etiology of HCC, but age was not associated with disease etiology. In 220 patients, the largest nodule, ranged from 6mm to 260mm in diameter with a mean of 61.4mm (SD 41.5mm). In 145(64.2%) patients revealed the presence of a nodule and 46(20.3%) patients multifocal. It was found that 8(3.6%) only nodules had a diameter smaller than 20mm and 74(33.5%) diameters of between twenty and fifty millimeters. Of the 214 patients classified according to staging, 70(32.7%) were early stage and 97 among more advanced stage and terminal (30.4% and 14.9% respectively). Thirty(11%) patients were incidental findings. Regarding the diagnosis of HCC, 175 patients (68.1%) were diagnosed by an imaging study. The time between diagnosis and initial treatment, a total of 224 patients, 86(38.4%) was started in the first month and 46(20.5%) between 30 and 60 days. The average start of treatment was 70.7 days (SD 86.1 days), specific treatment was conducted in 236(86.8%) patients in which chemoembolization 127(46.7%) and liver transplantation in 72(26.5%), of whom 33(45.8%) received chemoembolization as a "bridge" to transplant. Thirty-four patients (12.5%) received only supportive therapy. Level of α-fetoprotein was measured in 209 patients with 29.2% less than 20 ng/ml and 34.9% at above 400 ng/ml. In patients with thyroid nodules diameter greater than or equal to 10 cm, were 67.8% α-fetoprotein levels greater than 400 ng / ml. In 144 patients, histological analysis showed that in 94 (65.3%) nodules were moderately differentiated. Conclusion: Prevalence of male and involvement in the 5th decade of life. Hepatic cirrhosis present in most patients. Infection with hepatitis C followed by alcoholic liver disease were more common etiologies. Diagnosis was delayed or advanced stages, and dosage levels of α-fetoprotein was not good tool diagnostic. Treatment of HCC showed a predominance of non-curative therapies due to late diagnosis. / Introdução: Carcinoma hepatocelular (CHC) é a neoplasia primária mais comum do fígado. Constitui-se em importante causa de mortalidade por câncer em pacientes cirróticos. Objetivo: Avaliar os aspectos epidemiológicos relacionando-os com os fatores de risco do CHC em uma população fechada. Casuística e Métodos: Foi realizado um estudo transversal retrospectivo, com revisão de prontuários de pacientes atendidos de novembro de 1998 a maio de 2011 nos Serviços de Transplante de Fígado, Gastroenterologia, Anatomia Patológica e do Instituto do Câncer do Hospital de Base de São José do Rio Preto. O estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética e Pesquisa. Resultados: Do total de 272 pacientes com CHC, 229(84,2%) eram do sexo masculino e 43(15,8%) do sexo feminino. A idade média foi de 57,1 anos (desvio padrão de 10,9 anos) e predomínio da raça branca (91,5%). Cirrose hepática presente em 98,2% com classificação de Child-Turcotte-Pugh classe B em 104 pacientes (38,9%). Quanto à etiologia, a mais frequente foi infecção por vírus da hepatite C em 145(55,1%) pacientes, sendo causa isolada em 88(33,4%) pacientes. Os resultados sugerem que o sexo esteja associado aos principais fatores da etiologia do CHC, mas a idade não apresentou associação com a etiologia da doença. Em 220 pacientes, o maior nódulo, variou de 6mm a 260mm de diâmetro com média de 61,4mm (desvio padrão de 41,5mm). Em 145 pacientes (64,2%), observou-se presença de um nódulo, dois nódulos em 26(11,5%), três nódulos em 9(4%) e 46 pacientes (20,3%) multifocal. Verificou-se que 8(3,6%) nódulos únicos apresentavam diâmetro menor que 20mm e 74(33,5%) diametros entre dois e cinco cm. Dos 214 pacientes classificados quanto ao estadiamento de acordo com o Barcelona Clinic Liver Cancer (BCLC), 70(32,7%) eram estadio precoce e 97 entre estadios avancado e terminal (30,4% e 14,9% respectivamente). Trinta pacientes (11%) foram achados incidentais. Quanto ao diagnostico de CHC, 175 pacientes (68,1%) foram diagnosticados por meio de um exame de imagem. Quanto ao tempo entre o diagnostico e o primeiro tratamento, de um total de 224 pacientes, 86 (38,4%) foi iniciado no primeiro mes e 46(20,5%) entre 30 e 60 dias. A media para o inicio do tratamento foi de 70,7 dias (desvio padrao de 86,1 dias), Tratamento especifico foi realizado em 236(86,8%) pacientes sendo quimioembolizacao exclusiva em 127(46,7%) e transplante de figado em 72 (26,5%) e destes, 33(45,8%) receberam quimioembolizacao como gponte h para o transplante. Trinta e quatro pacientes (12,5%) receberam apenas terapia de suporte. Nivel de ¿-fetoproteina foi dosado em 209 pacientes, com 29,2% menor que 20 ng/ml e 34,9% niveis superiores a 400 ng/ml. Em pacientes com nodulos de diametro maior ou igual a 100 mm, 67,8% apresentaram ¿-fetoproteina com niveis superiores a 400 ng/ml. Em 144 pacientes, a analise histologica apontou que em 94(65,3%) os nodulos eram moderadamente diferenciados. Conclusao: Predominio do sexo masculino e acometimento na 5a decada de vida. A cirrose hepatica foi o principal fator de risco para CHC. Infeccao do virus da hepatite C seguida de doenca hepatica alcoolica foram etiologias mais frequentes. Diagnostico ocorreu nas fases tardia ou avancada na maioria dos pacientes e a dosagem dos niveis de ¿-fetoproteina nao se mostrou boa ferramenta diagnóstica. Tratamento do CHC apresentou predomínio de terapias não curativas devido ao diagnóstico tardio.

El objetivo principal de esta tesis es la aplicación integrada de enfoques metodológicos de las disciplinas Ingeniería del Software y Auditoría de Sistemas de Información a la Bioinformática, en función de la identificación y caracterización de las aportaciones de esta disciplina a los trabajos de investigación en el área de la Epidemiología Genómica de las Enfermedades Cardiovasculares. Dado que el ámbito de aplicación así definido es demasiado amplio, se ha establecido un tema específico, el cálculo del riesgo cardiovascular a escala individual, sobre el cual giran los trabajos de investigación y se describen las aportaciones concretas de esta tesis.El ámbito de la Epidemiología Genómica de las Enfermedades Cardiovasculares está caracterizado por el Framingham Heart Study (Massachusetts, EE.UU., 1948 ) y los factores de riesgo cardiovascular son de tipo genético y ambiental. Dado que la lista actual de factores genéticos implicados en las enfermedades cardiovasculares contiene casi 3.000 genes, de la misma se han elegido un reducido subconjunto de los cuales se tiene información sobre sus polimorfismos y fenotipos patológicos: CETP, APOE, APOA1, LIPC, SR-BI y PLIN. Este último gen también se ha estudiado comparativamente en población general de la Comunidad Valenciana. Se ha desarrollado un estudio completo de cada uno de los genes relacionados. Los resultados obtenidos permiten descubrir unas interesantes interacciones gen*ambiente, gen*sexo, gen*dieta, gen*diabetes 2 y gen*obesidad, asociados a los polimorfismos de los genes estudiados y que se identifican en cada estudio. En resumen, se ofrecen datos concretos de asociaciones reales observadas entre variaciones genéticas y fenotipos cardiovasculares, así como de interacciones gen*ambiente.En el ámbito de la Bioinformática, se ha desarrollado un modelo para el cálculo del riesgo cardiovascular a escala individual y un modelo para la aplicación de la Auditoría Bioinformática en el análisis y control de las funciones bioinformáticas. También se han desarrollado soluciones específicas para la resolución de problemas planteados en el protocolo científico del laboratorio genómico.En conclusión, la Bioinformática, entendida como una disciplina científico-técnica, es indispensable como instrumento de integración en la investigación genómica cardiovascular en los distintos niveles de adquisición, tratamiento, análisis, almacenamiento y salvaguarda de datos. Sin embargo, debido a su reciente desarrollo, tropieza todavía con las dificultades derivadas de la ausencia de un cuerpo teórico común y consistente, que permita dar respuesta rápida a las grandes demandas de proceso de información ómica que se están detectando en la actualidad.

Utilizando como fuente los libros de defunción del registro civil de Cartagena, se ha extraido una muestra aleatoria de 4040 registros (el 2'5% de todas las defunciones del período). De cada caso se han registrado los datos sociodemográficos (sexo, domicilio, edad, profesión...) que han sido puestos en relación con la causa de defunción. Para alcanzar este objetivo ha sido necesario elaborar un tesauro que permitiera una correcta ordenación y comprensión de las expresiones diagnósticas que informan sobre la causa de muerte. La tasa de mortalidad media fue del 27'5 por mil, con un alto peso de la mortalidad infantil (el 43% de las defunciones se dan en menores de 8 años), infecciosa (33'7%) y respiratoria (22'4%), si bien a lo largo del período se comprueba un desplazamiento hacia edades avanzadas y causas relacionadas con "senilidad" y accidentes vasculares; entre las causas específicas sobresale la tuberculosis (10% de las defunciones), y por su importancia relativa, el paludismo. Con el método de Louis Henry se comprueba una estacionalidad de máximos invernales y mínimos estivales. El método de Dupaquier ha permitido identificar 10 crisis de mortalidad, algunas ya documentadas con anterioridad, como la causada en 1918 y 1919 por la gripe, y en 1885 por el cólera. Esta última se prolonga con dos nuevas crisis en 1887 y 1888 Y viene precedida por una anterior en 1877; otras han sido identificadas y estudiadas en 1897, 1906, 1910 y 1928. / A random sample of 4,040 records (2.5% of all deaths in the period) was obtained from the Death Record at the Register Office in Cartagena (Murcia, Spain). Social and demographic data (sex, address, age, profession, etc) were obtained from each case and related to death cause. In order to reach this objective it was necessary to elaborate a thesaurus that allowed a correct arrangement and understanding of diagnosis terms informing on death cause. Rate of mortality was 27.5 by thousands, with a high percentage of children mortality (43% of deaths occurred below 8 years of age), infectious causes (33.7%) and respiratory diseases (22.4%). A displacement of mortality to middle aged and elderly and to causes related to senility and vascular illnesses was verified throughout the period. Tuberculosis (10% of deaths) and malaria excelled among specific causes of death. Louis Henry's method verifies the maximum rate of mortality in winter and the minimum in summer. The method of Dupaquier allowed us to identify 10 mortality crises, some previously documented -like those in 1918 and 119 by influenza and also in 1885 by cholera. The latter emerged with two new crises in 1887 and 1888, which was preceded by another in 1877. Finally, others have been identified and studied in 1897, 1906, 1910 and 1928.

Aquesta tesi doctoral consisteix en una sèrie de deu articles (8 publicats y 2 en premsa) basats en dades recollides a l'estudi AMICS (Asthma Multicentre Infant Cohort Study), portat a terme a Ashford (UK) a Barcelona y a Menorca. A més dels propis articles, s'inclouen una introducció i una discussió generals per a mostrar de forma conjunta les troballes i posar-les en el context de l'evidència científica actual. També s'inclou un apartat sobre les implicacions dels resultats obtinguts tant per la recerca etiològica de l'asma com per a la salut pública, així com una llista de recomanacions finals. Des de l'any 1997 soc el responsable del estudi de cohort AMICS a Menorca, que ha comptat amb diverses beques del Ministeri de Sanitat i Consum, de la Comunitat Europea i d'una fundació privada. L'objectiu inicial principal del projecte europeu era mesurar el paper del aeroal.lergens domèstics més comuns en el procés d'iniciació de l'atòpia i l'asma. La cohort de Menorca va ampliar el seus objectius incloent dades addicionals sobre dieta i nivells d'organoclorats a la sang. El projecte continua a Menorca i en el moment de presentar la tesi s'està realitzant el seguiment del 9 anys. / The present doctoral thesis consists of a series of ten articles (8 published and 2 in press) based on data collected from the Asthma Multicentre Infant Cohort Study (AMICS), carried out in Ashford (UK) and Barcelona and Menorca (Spain). In addition to the articles themselves, a general introduction and a general discussion are included to put together the findings of the articles in the light of present scientific evidence. A section on the implications for the etiologic research of asthma and for public health and a list of final conclusions are also included. I have been responsible of the AMICS cohort in Menorca since its origin in 1997, which has been funded by different grants from the Spanish Ministry of Health, the European Commission and a private foundation. The main initial objective of the European project was to measure the role of common domestic aeroallergens in the inception of atopy and asthma. The Menorca cohort extended its objectives including additional data on dietary habits and blood levels of organochlorine compounds. The project continues in Menorca and at the moment of presenting this thesis the 9 years follow-up work is being carried out.

Made available in DSpace on 2011-05-04T12:36:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010 / Actualmente la malaria es un problema de salud pública en Bolivia, donde está presente en ocho de los nueve departamentos que la componen. Es así que con la finalidad de describir el contexto y los aspectos epidemiológicos a través de los cuales, tanto la transmisión como las medidas decontrol de la malaria en Bolivia se fueron demarcando, primero se realiza una revisión bibliográfica através de bases de datos de indexación y búsqueda en bibliotecas institucionales de Bolivia y Brasil, para consolidar información referente al proceso de evolución y desarrollo de todos los aspectos históricos concernientes a la malaria en Bolivia. También se describen la evolución y desarrollo de las estrategias de control y diagnóstico de la malaria a través del tiempo, partiendo desde los inicios de la República de Bolivia hasta la actualidad, habiéndose identificado también, factores y determinantes que dieron lugar que Bolivia alcance el mayor número de casos de su historia en 1998 (74.350 casos). De la misma forma se detallan aquellos determinantes que permitieron que después de 1998 se produjera una disminución importante de las infecciones hasta el 2008. Posteriormente se realizó un análisis descriptivo de los datos secundarios de morbilidad de malaria desde el año 1991 al 2008, con la finalidad de analizar la evolución de la transmisión de malaria en Bolivia a nivel de Departamentos y oficinas del Programa Nacional de Malaria. Las unidades de análisis fueron estratificadas según el nivel de riesgo de contraer malaria, por medio de la visualización del Índice Parasitario Anual agregado a los mapas correspondientes. De esa forma se evidenció que la malaria encuentra las áreas de mayor riesgo en el Departamento de Pando y enlas unidades del Programa Nacional de Malaria correspondientes a Riberalta y Guayaramerín. Para poder determinar por completo el carácter focal de la transmisión de la malaria en Bolivia, finalmente se realiza la comparación de la metodología anterior que es usada actualmente por el Programa Nacional de Malaria de Bolivia, con la metodología pautada en el análisis espacial basado en el cálculo de los índices de Moran Local y Global (LISA). El análisis se realizó a nivel de los municipios de Bolivia durante el periodo de 2004 a 2009, y en base al Índice Parasitario Anual de los municipios, se identificaron a través de los Box Map y Moran Map, a las zonas críticas de Alto Riesgo de transmisión, con autocorrelación estadísticamente significante. Las mismas están quelocalizadas en 8 de los municipios de Pando, y Riberalta y Guayaramerín al norte de Bolivia. Con los resultados se verificó la utilidad de la metodología usada para la identificación de áreas deriesgo con asociación espacial, lo que ayuda a la mejor comprensión de la dinámica espacial de los datos, considerando el riesgo de ocurrencia de la malaria en los municipios vecinos. / Today malaria is a public health problem in Bolivia, where it is present in eight of the nine departments that comprise it. Thus, in order to describe the context and epidemiological aspects through which both the transmission and control measures of malaria in Bolivia have been demarcated, first reviews the literature through databases indexing and searching in institutional libraries Bolivia and Brazil, to consolidate information about the process of evolution and development of all the historical aspects concerning malaria in Bolivia. It also describes the evolution and development of strategies for control and diagnosis of malaria over time, starting from the beginning of the Republic of Bolivia to the present, also been identified, and determining factors that led to the greatest extent Bolivia number of cases in its history in 1998 (74.350 cases). Similarly detailed determinants that allowed those after 1998 there were a significant reduction of infections by 2008. Then performed a descriptive analysis of secondary data on morbidity of malaria from 1991 to 2008, with the aim of analyzing the evolution of malaria transmission in Bolivia at the level of departments and offices of the National Malaria Program. The units of analysis were stratified by level of risk of malaria, through the display of the Annual Parasite Index added to the maps. Thus it was shown that malaria is the highest risk areas in the Department of Pando and the units of the National Program for Malaria and Guayaramerín Riberalta. To completely determine the focal nature of malaria transmission in Bolivia, eventually making the comparison of the above methodology is currently used by the National Malaria Programme in Bolivia, the methodology was based on a spatial analysis based on Index calculation of Local and Global Moran (LISA). The analysis was performed at the level of municipalities of Bolivia during the period 2004-2009, and based on the annual parasite index of municipalities were identified through the Box Map and Moran Map, the critical areas of High Risk transmission, with statistically significant autocorrelation. They are they located in 8 of the municipalities of Pando and, Riberalta and Guayaramerín, in northern Bolivia. With the results showed the usefulness of the methodology used to identify risk areas with spatial association, which helps to better understand the spatial dynamics of the data, considering the risk of occurrence of malaria in the neighboring municipalities.

El ascomiceto Monosporascus cannonballus Pollack et Uecker es uno de los principales hongos asociados al síndrome del "colapso", que afecta al cultivo de cucurbitáceas en España y otros países. Las ascosporas son el inóculo principal del hongo, quedando en el suelo tras la descomposición de las raíces afectadas, pudiendo ser extraídas del suelo mediante un proceso físico, que permite su cuantificación a lo largo del tiempo. Basándose en esta técnica, se han realizado varios estudios epidemiológicos que han permitido obtener resultados innovadores. Se ha estudiado la dinámica poblacional de las ascosporas de M. cannonballus en suelos con diferentes condiciones hídricas y de cultivo. En campos con cultivo de melón, se ha observado que el nivel de ascosporas alcanza un máximo siete meses después de la plantación (3-4 meses después del final del cultivo), para ir disminuyendo después progresivamente, hasta llegar a niveles similares a los iniciales a los doce meses de la plantación. En campos con encharcamiento invernal, se ha observado un descenso progresivo del nivel de ascosporas, constatando que éstas pueden sobrevivir en suelo al menos por un periodo de tres años, sin haber perdido su infectividad. M. cannonballus ha sido considerado como un hongo termófilo, típico de zonas desérticas y semiáridas; en este estudio se ha demostrado que es capaz de sobrevivir en zonas templadas y en condiciones de encharcamiento. Se ha realizado un estudio de cuantificación de ascosporas en suelo de campos de melón de varias zonas productoras de la Comunidad Valenciana, detectándose ascosporas de M. cannonballus en todos ellos. En el momento de aparición de síntomas de "colapso", se han observado diferencias significativas entre los campos y entre las zonas síntomáticas y asintomáticas, a favor de unas u otras, según los campos. Al comparar los niveles iniciales de ascosporas en suelo con los obtenidos dos o tres meses tras el final del cultivo, se han visto situaciones contradictori / Beltrán Martínez, R. (2006). Estudios epidemiológicos y de patogenicidad de Monosporascus cannonballus Pollack et Uecker [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/1865 / Palancia

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 susilenemariatnardi_tese.pdf: 1061867 bytes, checksum: 8dce282b5fe788e66ffab06d00c915cd (MD5) Previous issue date: 2012-11-09 / Introduction: Leprosy is a chronic infectious, contagious, insidious, but treatable disease that causes dermatoneurologic disorders. The complications resulting from neurological involvement cause sequelae that often affect the eyes, nose, hands and feet and if not treated early, evolve to physical disabilities that are sometimes irreversible and disastrous for the functionally of the individual. In Brazil, the coefficient of severe and visible physical disabilities (Grade 2) at diagnosis is considered high (≥ 10) by the Ministry of health. The drug treatment that eliminates the bacillus does not guarantee the end of the progression of the disability. Thus, ex-patients with severe or mild physical disabilities should remain under the care of a rehabilitation team. Aim: To assess physical disabilities, social participation and activity limitations of individuals affected by leprosy after completing multidrug therapy, describing their relationship with the socio-demographic characteristics of these individuals and estimate the distances between their homes and rehabilitation services. Patients and methods: A cross-sectional descriptive study was carried out of all leprosy patients from 1998 to 2006 who were residents and treated in São José do Rio Preto, SP, Brazil. A specific questionnaire was applied to obtain general and clinical data. The physical disabilities were assessed using the Degree of Disability score of the WHO and the Eyes-Hand-Feet score. The Screening of Activity Limitation and Safety Awareness scale (SALSA) and the scale of participation (version 4.6) were applied to measure social participation. Results: Of the 335 people treated in the period, 223 (66.6%) were contacted and evaluated. Of these, 51.6% were women, the mean age was 54 years (SD 15.7), 66.4% had up to 6 years of schooling, 43.5% worked and 26.9% were retired, and the dimorphous form of the disease predominated (39.9%). The mental and physical healths were considered good in the previous month by 50.2% and 59.2% of the participants, respectively. Pain was reported by 54.7% of respondents; 54.3% suffered from some disease. Disabilities occurred in 32% and limitations of activities as evaluated by the SALSA scale affected 57.8% the participants. Restrictions in social participation occurred in 35.4% of the ex-patients. The presence of disabilities was higher with increasing age, in cases of multibacilar disaease and when individuals considered their physical health was bad. Those who needed preventive measures/rehabilitation travelled a mean distance of 5.5 km to the rehabilitation service. There were significant associations of social restriction with family income of less than 3 minimum wages, associated diseases, hospitalization within the previous year and physical disabilities. There were also associations of activity limitations with being female, household income ≤ 3 minimum wages, reports of significant injury, pain, associated diseases and physical disability. Conclusions: Disabilities are common and were associateed with increasing age, the multibacilar form of the disease and the feeling that the physical health was bad. Social restriction was also common and influenced by the presence of deficiencies, associated diseases, recent hospitalization and low income. The limitation of activities was more common than physical disabilities, and was associated to low incomes, being female, presence of injury, disability, disease and pain. Rehabilitation services are far from patients residences. / Introdução: A hanseníase é uma doença crônica, infecto-contagiosa, insidiosa, tratável e crônica que provoca afecções dermatoneurológicas. As complicações decorrentes do comprometimento neurológico provocam seqüelas que freqüentemente atingem olhos, nariz, mãos e pés e se não tratados precocemente, evolui para deficiências físicas, por vezes irreversíveis e funcionalmente desastrosas para o indivíduo. No Brasil, o coeficiente de deficiências físicas graves e visíveis (Grau 2) no diagnóstico é considerado alto (≥ 10%) pelo Ministério da Saúde. O tratamento medicamentoso que elimina o bacilo, não garante o fim da progressão das deficiências. Assim, ex-pacientes com deficiências físicas graves ou leves devem permanecer sob os cuidados da equipe de reabilitação. Objetivo: Avaliar deficiências físicas, participação social e limitação de atividades em indivíduos afetados pela hanseníase após o término do tratamento medicamentoso com a poliquimioterapia, descrever sua relação com as características sociodemográficas desses indivíduos e estimar as distâncias entre suas residências e serviços de reabilitação do município. Casuística e Métodos: Estudo descritivo transversal que incluiu todas as pessoas acometidas pela hanseníase, residentes e tratadas em São José do Rio Preto-SP no período de 1998 a 2006. Aplicou-se protocolo próprio para obtenção de dados gerais e clínicos. As deficiências físicas foram medidas pelo Grau de Incapacidades da OMS (GI) e pelo Eyes-Hand-Feet (EHF). Aplicou-se a escala Screening of Activity Limitation and Safety Awareness (SALSA) e a escala de Participação (EP) versão 4.6, para medir a participação social. Resultados: Das 335 pessoas tratadas no período, foram localizadas e avaliadas 223 (66,6%). Destes, 51,6% eram do gênero feminino, com idade média de 54 anos (dp15,7), 66,4% tinham até 6 anos de estudo, 43,5% trabalhavam e 26,9% estavam aposentados, a forma dimorfa (39,9%) predominou. A saúde física e mental foi considerada boa no último mês por 50,2% e 59,2%, respectivamente. Dores foram relatadas por 54,7% dos entrevistados; 54,3% sofrem de alguma doença. As deficiências físicas ocorreram em 32% e a limitação de atividades avaliada pela escala SALSA em 57,8% dos participantes. A restrição social ocorreu em 35,4% dos ex-pacientes. A presença de deficiências físicas foi maior com aumento da idade, em casos multibacilares e com julgamento ruim sobre sua saúde física. Os que necessitam de prevenção/reabilitação percorreram distancia média de 5,5 km até o serviço de reabilitação. Houve associação significante da restrição social com renda familiar menor que 3 salários mínimos; doenças associadas; hospitalização no último ano e presença de deficiência física. Houve associação entre limitação de atividades e gênero feminino, renda familiar ≤ que 3 salários mínimos, relato de lesão significante, dores, doenças associadas e presença de deficiência física. Conclusões: As deficiências foram frequentes e associaram-se a aumento da idade, formas multibacilares e julgamento ruim sobre sua própria saúde física. A restrição social foi frequente e influencida pela presença de deficiências, outras doenças associadas, hospitalização recente e baixa renda. A limitação de atividades foi mais frequente que as deficiências físicas, associou-se aos fatores de baixa renda, gênero feminino, presença de lesão, deficiência física, doenças e dores. Os serviços de reabilitação no município estão distantes das residências dos pacientes.