Orientador: Fábio Cesar Gozzo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-26T16:09:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Koolen_HectorHenriqueFerreira_D.pdf: 16550075 bytes, checksum: 0fafb8ced0640f9080c108d7cb303ac4 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A espectrometria de massas (MS) consiste no estudo de íons na fase gasosa. O grande salto na utilização da MS devido ao desenvolvimento dos métodos de ionização por eletrospray (ESI), por J. B. Fenn e ionização/dessorção a laser auxiliada por matriz (MALDI) por M. Karas e F. Hillenkamp no final da década de 80 abriu espaço para o desenvolvimento de novos equipamentos, desta forma expandindo em muito a capacidade de análise de diversos analitos. Misturas complexas constituem um desafio até hoje, onde diversas técnicas são empregadas com o objetivo de se entender a constituição destas matrizes. Neste contexto a MS vêm sendo utilizada em conjunto com a mobilidade iônica (IM) em estudos com diversos analitos, como por exemplo, em proteômica e petroleômica. Este trabalho é constituído por dois capítulos, onde na primeira parte as técnicas foram utilizadas em experimentos de proteômica estrutural por meio de ligação cruzada. Estudos Fundamentais foram conduzidos de modo a serem exploradas as misturas complexas de peptídeos provenientes de experimentos utilizando-se uma classe pouco explorada de reagentes de ligação cruzada (imidoésteres). Para o segundo capítulo a mesmas técnicas foram utilizadas nas análises da fração pesada (asfaltenos) de petróleos brasileiros. A simplificação das amostras juntamente com a caracterização estrutural destes compostos por meio de suas sessões de choque de colisão (CCS) constituiu a estratégia de análise para este capítulo. Como resultados da primeira parte têm-se o estabelecimento das rotas de fragmentação de peptídeos modificados pelo reagente de ligação cruzada dimetil suberoimidato e a aplicação do mesmo em experimentos com sistemas proteicos reais. A IM foi aplicada de modo a se separar as espécies geradas após os experimentos reacionais dos peptídeos não modificados por meio de seus estados de carga o que possibilitou, uma rápida e simplificação deste tipo de mistura. Como resultados da segunda parte desta tese a IM foi empregada na caracterização das CCS de compostos modelo de asfaltenos e posteriormente em íons representativos da fração pesada. Os resultados foram validados mediante cálculos teóricos e espectrometria de massas de ultra-alta resolução. Os dados obtidos vão de encontro com os modelos de estruturas de arquitetura do tipo ilha previstos no modelo de Yen-Mullins, constituindo desta forma o primeiro estudo estrutural de asfaltenos usando-se estas técnicas combinadas / Abstract: Mass spectrometry (MS) constitutes the study of ions in the gas-phase, being the structural elucidation the main application of MS. With the development of ionization techniques such as electrospray (ESI), by J. B. Fenn and matrix assisted laser desorption by M. Karas and F. Hillenkamp in the later 80¿s allowed the development of new instruments, providing an expansion of the array of analytes suitable for MS analysis. Complex mixtures constitute a challenge nowadays, where diverse techniques are employed with the objective of understanding the chemical composition of such matrixes. In this sense MS have been used along with ion mobility (IM) in the study of different analytes (e.g. in Proteomics and Petroleomics). This works comprises two chapters, where in the first one the techniques were applied in structural proteomics by means of chemical cross-linking experiments. Fundamental studies were carried to explore complex mixtures of tryptic peptides after experiments with imidoesters reagents. For the second chapter the same techniques were applied in the analysis of the polar fraction of Brazilian petroleum¿s (asphaltenes), where beyond separations an structural study was carried out to verify the existing models regarding asphaltene structure. As results of the chapter 1 the behavior at the gas-phase of the peptides upon dissociation techniques was elucidated (fragmentation studies). The validation of imidates as cross-linking reagents was performed to real proteins. IM was applied to separate different charge states created by the modified peptides generated by the imidate reagent. As results from the second chapter IM was successfully applied, were the comparison with model compounds was done employing also other MS techniques such as ultra-high resolution (UHR) MS. The findings of this chapter reinforce the Yen-Mullins model that describes asphaltenes as compounds possessing island structures / Doutorado / Quimica Organica / Doutor em Ciências

Orientador : Anita Jocelyne Marsaioli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-31T18:43:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_UbiratanFloresda_D.pdf: 5706639 bytes, checksum: 94f957d0ed353ee154da5088f0bd3843 (MD5) Previous issue date: 2001 / Doutorado

Orientador: Luzia Koike / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-20T11:06:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_ArildoJoseBrazde_M.pdf: 10877161 bytes, checksum: 27ce678ac3edb71413485d4dfe287cad (MD5) Previous issue date: 1994 / Mestrado

Orientador: Maria Aparecida Carvalho de Medeiros / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Tecnologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T04:43:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vilella_KellyAdrianaRibeiroTagliaferro_M.pdf: 2403765 bytes, checksum: 91f29c165c5f2b7217d7fc43cb9b5daf (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Os resíduos de herbicidas triazínicos são compostos com moderada toxicidade, altamente persistentes no ambiente, contaminando os mananciais e águas subterrâneas e são muito utilizados em várias culturas, inclusive da cana-de-açúcar. Os herbicidas atrazina e simazina foram oxidados com 'H IND.2O IND.2' na presença de catalisadores biomiméticos (metaloporfirinas de ferro e rutênio) e os produtos gerados na reação foram analisados via cromatografia gasosa (GC, do inglês gás chromatography) associada à espectrometria de massas (MS, do inglês mass spectrometry), buscando elucidar os subprodutos. As reações de oxidação dos herbicidas triazínicos e os subprodutos gerados foram monitoradas por espectrofotometria na região do ultra violeta e visível (UV-Vis) e cromatografia gasosa (GC), utilizando-se o detector de captura de elétrons (ECD, do inglês elétron capture detector). Os rendimentos das reações de oxidação das triazinas com 'H IND.2O IND.2' e catalisadas pelas metaloporfinas de ferro (Fe(FTTPCl)) e rutênio (Ru(OCTTPP)), variaram de acordo com as condições de reações catalíticas. Foi observado que houve degradação significativa dos analitos (94,70% para a atrazina e 92,60% para a simazina utilizando a (Fe(FTTPCl)) e; 94,38% para a atrazina e 67,19% para a simazina utilizando a (Ru(OCTTPP))) e também foi observado a transformação dos herbicidas nos subprodutos desetilatrazina (DEA) e o deisopropilatrazina (DIA). Os dados de monitoramento das reações catalíticas por UV-Vis revelaram as estabilidades dos catalisadores (Fe(FTTPCl)) e (Ru(OCTTPP)), nas condições oxidantes das reações. Os resultados obtidos com a cromatografia gasosa acoplada com a espectrometria de massas (GC-MS), utilizando a técnica de ionização por impacto de elétrons ¿ (EI, do inglês electron ionization), full scan, com o modo positivo (EI+), associado a este pico revelaram o pico do íon molecular (m/z= 215, associado ao herbicida atrazina [M]+ e os principais fragmentos (m/z): 200(associado ao íon [M ¿ CH3]+), 173 e 138; sendo que o espectro de massa obtido após a reação de oxidação revelou o desaparecimento do pico associado aos herbicidas e formação de novos picos, associados a fragmentos de subprodutos. Similarmente, a identificação da simazina foi obtida com o modo positivo (EI+), tendo sido revelado o pico do íon molecular (m/z= 201) e os principais fragmentos (m/z): 186, 173 e 138 / Abstract: Waste triazine herbicides are compounds with moderate toxicity, highly persistent in the environment, contaminating water sources and groundwater are widely used in various cultures, including the cane sugar. The atrazine and simazine herbicides were oxidized with 'H IND.2O IND.2' in the presence of biomimetic catalysts (iron and ruthenium metalloporphyrins) and the products generated in the reaction were analyzed by gas chromatography (GC) associated with mass spectrometry (MS), to elucidate the by-products. The oxidation reaction of the triazine herbicide and by-products generated were monitored by spectrophotometry in the ultraviolet region and visible (UV-Vis) and gas chromatography (GC), using electron capture detector (ECD). Proceeds from the triazines oxidation reactions with 'H IND.2O IND.2' catalyzed by iron and metalloporphyrins (Fe (FTTPCl)) and ruthenium (Ru (OCTTPP)), varied according to the conditions of catalytic reactions. It was observed that there was significant degradation of the analytes (94.70% to 92.60% for atrazine and simazine using the (Fe(FTTPCl)) and; 94.38% to 67.19% for atrazine and simazine using the (Ru(OCTTPP))) and was also observed the transformation of herbicides in desethyl atrazine products (DEA) and the deisopropil atrazine (DIA). The monitoring data of catalytic reactions by UV-Vis revealed the stability of the catalysts (Fe(FTTPCl)) and (Ru(OCTTPP)) in oxidizing conditions of the reactions. The results obtained with gas chromatography coupled with mass spectrometry (GC-MS) using the electron impact ionization technique (EI), full scan, positive mode (EI+), associated this peak revealed molecular ion peak (m/z = 215, associated with atrazine [M]+ and major fragments (m/z): 200 (associated with the ion [M - CH3]+), 173 and 138, and the mass spectrum obtained after the oxidation reaction revealed the disappearance of the peak associated with the herbicides and formation of new peaks associated with byproducts fragments. Similarly, the identification of simazine was obtained in the positive mode (EI+) and been revealed molecular ion peak (m / z = 201) and the principal fragments (m / z): 186, 173 and 138 / Mestrado / Tecnologia e Inovação / Mestra em Tecnologia

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-27T06:50:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pudenzi_MarcosAlbieri_M.pdf: 6732140 bytes, checksum: 0b8176e8c477d9dca874d72376dfcae5 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Esse trabalho tem como objetivo conhecer e avaliar a ionização dos compostos polares no petróleo for Espectrometria de Massas por Ressonância Ciclotrônica de Íons com Transformada de Fourier (FTICR MS do inglês Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry), relacionando essa ionização com parâmetros experimentais e características intrínsecas das moléculas. No Capítulo 1 o tipo de amostra de interesse (petróleo) é abordado, tanto em suas características quanto em sua análise, definindo petroleômica e sua função. A espectrometria de massas é apresentada, então, como ferramenta de grande utilidade nos estudos petroleômicos, em especial aquela de ultra alta resolução como FTICR MS (Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry) acoplada a fonte de ionização eletrospray (ESI). No Capítulo 2 a ferramenta estatística do planejamento de experimentos é apresentada e, então, utilizada em uma amostra real de petróleo de forma a relacionar os parâmetros operacionais da fonte de ESI com respostas avaliadas comumente em petroleômica. Aspectos interessantes das relações parâmetro-resposta surgem durante o estudo, mostrando que a análise de petróleo por ESI-FTICR MS, apesar de largamente utilizada na literatura, não é trivial e precauções devem ser tomadas durante a otimização dos parâmetros experimentais. No Capítulo 3 as técnicas de APCI (Atmospheric Pressure Chemical Ionization) e APPI (Atmospheric Pressure PhotoIonization) são abordadas e utilizadas, juntamente com ESI, para avaliar a ionização de padrões de compostos similares àqueles encontrados nas principais classes de compostos polares do petróleo. A análise pelas técnicas que ionizam de forma mais abrangente os compostos apresentaram comportamentos que tornam tais análises inviáveis. Uma reação de metilação que melhora a ionização de compostos sulfurados também é realizada em duas condições, comparando-se tais condições a partir dos espectros obtidos após suas análises. Conhecendo a ionização desses compostos padrões, é possível entender a petroleômica de forma mais ampla dando maior confiabilidade para estabelecer as relações composição-comportamento do petróleo / Abstract: The aim of this work is to know and evaluate the crude oil polar compounds ionization through Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry, relating this ionization with experimental parameters and intrinsic characteristics of molecules. On Chapter 1 the sample of interest (crude oil) is addressed, both in its characteristics and its analysis, defining petroleomics and its function. Mass spectrometry is then presented as a tool of great utility in petroleomic studies, in special the ultra high resolution one as FTICR MS coupled to eletrospray Ionization (ESI). On Chapter 2 the design of experiment statistic tool is presented and used in a real crude oil sample in order to relate operational parameters of ESI source to commonly evaluated responses in petroleomics. Interesting aspects regarding parameter-response relationships arises during the study, showing that the crude oil analysis using ESI-FTICR MS, while it is largely used in literature, it is not trivial and precautions have to be taken during the optimization of experimental parameters. On Chapter 3 APCI (Atmospheric Pressure Chemical Ionization) and APPI (Atmospheric Pressure PhotoIonization) technics are addressed and used, along with ESI, to evaluate the ionization of standard compounds similar to those polar compounds found in crude oil. Analysis using sources that ionizes in the most comprehensive way has shown such behavior that makes the analysis unviable. A methylation reaction that improves the ionization of sulfur compounds is also made on two conditions, comparing these conditions through the obtained spectra after their analysis. By knowing the ionization of these standard compounds it is possible to understand the petroleomics in a much comprehensive way, providing reliability to stablish composition-behavior relations of crude oil / Mestrado / Quimica Organica / Mestre em Química

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-11-13T17:28:10Z No. of bitstreams: 1 carlos-correa-netto.pdf: 1990428 bytes, checksum: 3a150480f1f6590c44a4c85210b6ccbb (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-13T17:28:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carlos-correa-netto.pdf: 1990428 bytes, checksum: 3a150480f1f6590c44a4c85210b6ccbb (MD5) Previous issue date: 2007 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Os animais peçonhentos são aqueles capazes de produzir e inocular veneno (peçonha) em suas vítimas. No Brasil, foram catalogadas, até o momento, 326 espécies de serpentes, dentre as quais cerca de 50 são peçonhentas e de grande interesse para a Saúde Publica. A Bothrops jararacussu é a espécie brasileira que possui a capacidade de produzir e inocular a maior quantidade de veneno. Nos acidentes ofídicos causados por estaespécie, a ação do veneno não é totalmente neutralizada pelo soro específico, o antibotrópico, sendo importante nestes casos a adoção de uma conduta terapêutica diferenciada através da administração do soro poliespecífico, o antibotrópico-crotálico. No entanto, considerando-se apenas os sintomas clínicos do paciente, o médico não tem como discriminar se o acidente foi provocado por B. jararacussuou por outra espécie do gênero. Vale ainda ressaltar que para as demais espécies do gênero Bothrops, o soro antibotrópico é o mais indicado, fato que impossibilita o médico de adotarcomo estratégia geral, a utilização do soro antibotrópico-crotálico como umaterapêutica única no acidente botrópico. Esta tese teve como objetivo a caracterização, através de técnicas de imunoquímica, do veneno de B. jararacussu e a identificação de possíveis biomarcadores para este veneno. Para a triagem dos biomarcadores foram produzidos soros espécie-específicos para os venenos de B. jararacussu (soro anti-jararacussu) e para B. jararaca(soro anti-jararaca). Nas análises por “imunoblotting” a partir do fracionamento por 2D-PAGE foi visto um bom reconhecimento por ambos os soros, principalmente das frações de alto peso do veneno de B. jararacussu, mostrando que estas frações são as mais imunogênicas neste veneno. A partir destes dados, foram identificadas no mapa bidimensional, as principais proteínas de baixa imunogenicidade deste veneno. Uma proteína de 60kDa e pI ácido foi identificada como uma serino proteinase. Esta identificação foi obtida a partir da homologia com uma protease com domínio tripsina, denominada BOTIN, presente no banco de dados de ESTs de B. insularis. Esta proteína de pI ácido (denominada Bjssu-pI2,2) foi, pela primeira vez, descrita nesta espécie. Na região básica, foram identificadas duas outras proteínas, as quais demonstraram um baixo reconhecimento tanto pelo soro homólogo (soro anti-jararacussu) como pelo heterólogo (soro anti-jararaca). A proteína de 29kDa foi identificada como uma serino proteinase da família S1 e a de 16kDa foi identificada como Botropstoxina-I (BthTX-I), a principal miotoxina doveneno de B. jararacussu. Desta forma, a abordagem desta tese através de técnicas como eletroforese bidimensional somado a técnicas sensíveis como "imunoblotting” e espectrometria de massas, se mostrou muito interessante para o estudo imunoquímico das frações do veneno de B. jararacussu. As diferenças no reconhecimento dos soros espécie-específicos frenteao veneno de B. jararacussupermitiram a identificação de três proteínas com potencial para serem utilizadas como ferramenta para o desenvolvimento de diagnóstico diferencial para esta espécie. Além disso, os resultados deste trabalho reforçam a questão da ineficiência do soro antibotrópico para a neutralização do veneno no acidente causado por esta espécie, podendo se relacionar a importância da fração crotálica para a neutralização de toxinas pouco imunogênicas do veneno de B.jararacussu, como é o caso da BthTX-I. / Poisonous animals are characterized by the ability to produce and inject venom (poison) in their victims. Until nowadays there are326 different species of snakes catalogued in Brazil and, among them 50 species are venomous and important regarding public health. The Bothrops jararacussuis the Brazilian specie that has the ability to produce and inoculates higher amounts of venom. In the reported cases concerning this specie, the action of this venom can not be efficiently neutralized with specific antivenin,the antibotropic serum. In such cases, the attendant must adopt a differentiated therapeutic conduct that consists in the administration of the antibotropic – crotalic serum. However, in considering just the clinical symptoms of the patient, the doctor is not able to distinguish if the accident was caused by B. jararacussuor another specimen from Bothrops genus. It is important to emphasize the fact that for other specimens from Bothrops genus, the antibotropic serum is the most indicated treatment and for this reason, it is inadequate forthe doctor adopt antibotropic – crotalic serum as a single therapeutic strategy. Inthis study we aimed to characterize specific biomarkers present in the venom of B. jararacussutrough the use 2D-PAGE combined with immunoblotting. To achieve this goal, we produced sera anti-jararacussu and anti-jararaca and cross-reacted this sera against their specific venom as well against each other. 2D-gel analyses reveled that the high–molecular–weight fractions ofboth venoms were well recognized by each specific anti-sera as well as bythe non-specific one. This suggests that the proteins present in the high–molecular–weight fraction of each venom are the most immunogenic. Also, the 2D PAGE allowed us to identify the less immunogenic proteins in these venoms. Among them is a 60 kDa acid protein identified as a serine protease due to its high homology with a protease called BOTIN that possess a trypsin domain present in ESTs data bank from B. insularis. This acidic protein characterized in this work was called Bjssu-pI2,2 and was for the first time described in this specie. The other proteins displaying low immunogenic properties were a 29 kDa protein identified as a serine protease from S1-family and a 16 kDa protein identified as a Bothropstoxin-I (BthTX-I),the major myotoxin from B. jararacussuvenom. Thus, the approach used in this thesis, based on bidimensional electrophoresis in combination with sensitive techniques such as immunoblotting and mass spectrometry, showed to be interesting for the immunochemistry study of the B. jararacussuvenom proteins. The three proteins here identified in thevenom of B. jararacussu present a potential use as biomarkers. Moreover, this study also shed light into the reasons why the anti-bothropic serum is so ineffective against the B.jararacussuvenom reinforcing the role of the anti-crotalic serum in neutralizing low immunogenic proteins from the B. jararacussuvenom, such as the BthTX-I.

Biotransformação é uma estratégia promissora para a descoberta de novas moléculas de interesse farmacêutico e industrial. Fungos têm demonstrado habilidade para biotransformar muitas moléculas naturais e sintéticas. Um produto natural muito estudado e de potencial para a indústria farmacêutica é o Lapachol, uma naftoquinona que apresenta uma ampla diversidade de atividades biológicas. Existem na literatura muitos estudos de biotransformação utilizando fungos, mas pouco se sabe sobre como esses microrganismos transformam essas moléculas, e quais proteínas e vias metabólicas estão envolvidas nesses processos. A proteômica tornou-se uma das principais abordagens para analisar e compreender os sistemas biológicos. Dessa forma, o objetivo desse estudo foi compreender o processo de biotransformação do lapachol pelo fungo Phanerochaete chrysosporium, identificando os biotransformados, suas atividades biológicas e investigando o proteoma do fungo durante o bioprocesso a fim de identificar as proteínas e as vias metabólicas envolvidas. O fungo foi capaz de biotransformar o lapachol e gerou dois análogos, um já teve sua estrutura elucidada e é inédita na literatura. O proteoma intracelular foi analisado por eletroforese bidimensional e, após análises quanti e qualitativas, as proteínas selecionadas foram submetidas à espectrometria de massas por MALDI-TOF/TOF. Após análises, com a ferramenta de bioinformática BLAST2GO, determinou-se que as enzimas identificadas hiperabundante e ou exclusivas da condição lapachol estavam principalmente envolvidas com processos de detoxicação e resposta ao estresse oxidativo. Além disso, foram detectadas diversas enzimas com atividade de oxirredução. Além do mais, a técnica de Shotgun LC-MS/MS foi realizada. A identificação e quantificação (label-free) das proteínas foram feitas através da análise de dados MS/MS brutos pelo software MaxQuant/Andromeda. As diferenças nas expressões das proteínas identificadas entre os grupos foram computadas usando o software Perseus. Este estudo foi capaz de identificar um total de 221 proteínas intracelulares e 28 extracelulares, sendo que 54 proteínas intracelulares e 4 proteínas extracelulares foram estatisticamente diferentes ou únicas para uma condição (lapachol ou controle). Manganês-peroxidase e ?-glicosidase, ambas enzimas com interesse biotecnológico, foram identificadas exclusivas e aumentada, respectivamente na condição lapachol, desssa forma, o lapachol pode ser um bom agente pró-oxidante, pois estimulou a produção dessas enzimas oxidativas. Époxido desidrogenase e álcool desidrogenase parecem estar envolvidas na rota de biotransformação do lapachol, a primeira catalisando a abertura do epóxido e a segunda, reduzindo regioseletivamente carbonilas. O derivado PC01 mostrou-se mais tóxico para células de adenocarcinoma mamário que o lapachol e 3 e 5 vezes menos tóxico para células epiteliais normais que cisplatina e lapachol, respectivamente, mostrando-se um composto promissor. Esta é a primeira vez que a proteômica foi utilizada para investigar a biotransformação do lapachol. / Biotransformation is a promising strategy to discovery of new molecules with pharmaceutical and industrial interest. Fungi have demonstrated the ability to biotransform many natural and synthetic molecules. A very studied natural product of potential for the pharmaceutical industry is Lapachol, a naphthoquinone with a great diversity of biological activities. There are many biotransformation studies in the literature using fungi but little is known about how these microorganisms transform these molecules, which proteins and metabolic pathways are involved in these processes. Proteomics has become one of the main approaches for analyzing and understanding biological systems. The objective of the present study was to understand the biotransformation process of lapachol by Phanerochaete chrysosporium, identifying the biotransformed and its biological activities and investigating the fungus proteome during the bioprocess to identify the proteins and the metabolic pathways involved. After 24 h of bioprocessing, the fungus was able to biotransform lapachol and generated two analogues, one already had its structure elucidated and is unpublished in the literature. The intracellular proteome was analyzed by two-dimensional electrophoresis and, after quantitative and qualitative analyzes, the selected proteins were submitted to MALDI-TOF/TOF mass spectrometry. After analysis, with the BLAST2GO bioinformatics tool, it was determined that the enzymes identified as hyperabundant and exclusive to the lapachol condition were mainly involved with detoxification and oxidative stress response processes. Moreover, several enzymes with oxreduction activity were detected. In addition, the Shotgun LC-MS/MS technique was performed on intracellular and extracellular proteins. Identification and quantification (label-free) of the proteins were performed by the analysis of MS/MS raw data using MaxQuant/Andromeda software. Differences in the expressions of the proteins identified between the groups were computed using Perseus software. This study was able to identify a total of 221 intracellular and 28 extracellular proteins. 54 intracellular proteins and 4 extracellular proteins were different or unique statistics for a condition (lapachol or control). Manganese-peroxidase and ?-glycosidase, both enzymes of biotechnological interest, were identified exclusively and increased respectively in the lapachol condition, thus, lapachol may be a good pro-oxidant agent, since it stimulated the production of these oxidative enzymes. Epoxide dehydrogenase and alcohol dehydrogenase appear to be involved in the lapachol biotransformation route, the first catalyzing the epoxide opening and the second, regioselectively reducing carbonyls. The PC01 derivative was shown to be more toxic to mammary adenocarcinoma cells than lapachol and approximately 3 to 5 times less toxic to normal epithelial cells than cisplatin and lapachol, showing a promising compaund. To our best knowledge, this is the first time that proteomics has been used to investigate the biotransformation of lapachol.

A saliva humana é um fluído, que exerce diversas funções na saúde oral e geral. A análise do proteoma das glândulas salivares em especial da glândula parótida, são importantes para a compreensão das proteínas individuais presentes na saliva humana e do seu comportamento na saúde, para desta forma entender a patogênese de certas doenças. Esse trabalho é um catálogo de todas as proteínas expressas na saliva da glândula parótida de indivíduos saudáveis em fluxo contínuo de alta intensidade (1ml/min), de baixa intensidade (0,25ml/min) e na situação de estresse. Também foram realizadas as análises quantitativas e qualitativas da saliva avaliada em pool salivar ou individualmente. As proteínas foram identificadas através de técnicas em espectrometria de massas. Os resultados mostraram uma grande variação individual e as proteínas identificadas estão envolvidas em numerosos processos celulares, desde função estrutural até atividades catalíticas/enzimáticas. Esse estudo tenta, pela primeira vez, criar um padrão ouro para a coleta salivar, possibilitando a comparação entre pesquisas para melhor compreensão da composição salivar. / Human saliva is a fluid that performs various functions in oral and general health. The analysis of the proteome of the salivary glands, especially the parotid gland, are important to understanding the individual proteins present in human saliva and their behavior in health. This work is a catalog of all the proteins expressed in saliva of the parotid gland of healthy individuals in continuous flow of high intensity (1ml / min), low intensity (0.25ml / min) and in the stress situation. Quantitative and qualitative analyzes of saliva evaluated in a salivary pool or individually were also performed. Proteins were identified by mass spectrometric techniques. The results showed a large individual variation and the proteins identified are involved in numerous cellular processes, from structural function to catalytic / enzymatic activities. This study attempts, for the first time, to create a gold standard for salivary collection, making it possible to compare researches for a better understanding of salivary composition.

O gênero Lactobacillus é o principal grupo de bactérias contaminantes em dornas de fermentação para produção de etanol em larga escala. A alta proliferação destes microrganismos prejudica a viabilidade de cepas de Saccharomyces cerevisiae selecionadas, podendo diminuir a produção de etanol nas dornas de fermentação. Os métodos mais utilizados para identificação destes microrganismos são bioquímicos e moleculares baseados na sequência do DNA, que são muito demorados, onerosos e muitas vezes remetem a resultados ambíguos. MALDI-TOF MS é uma poderosa ferramenta de identificação microbiana e foi testada neste trabalho para identificação de diferentes isolados de Lactobacillus e S. cerevisiae presentes no processo de produção de etanol. Os métodos de preparo e aplicação da amostra para aquisição espectral foram estabelecidos, tanto para bactérias quanto para leveduras. Vinte e sete isolados de Lactobacillus foram identificados pela região 16S rDNA e dois genes housekeeping, pheS e groEL e, três cepas de leveduras selecionadas do processo foram identificadas pela região ITS e 28S nr-LSU. As identificações genômicas foram contrastadas com as identificações obtidas com o perfil proteico por MALDI-TOF MS e 97% dos Lactobacillus tiveram a mesma classificação molecular que o gene pheS, eleito como o mais discriminatório, e 100% das cepas de leveduras foram classificadas como S. cerevisiae por ambas as técnicas. A técnica MALDI- TOF MS se mostrou altamente eficiente para discriminação intraespecífica de leveduras e interespecífica de Lactobacillus, não havendo apenas discriminação para isolados classificados como L. casei pelos genes housekeeping. Além disso, quando comparado o poder discriminatório da técnica MALDI-TOF MS em relação ao banco de dados espectral disponível no Biotyper e, posteriormente, ao banco de dados complementar criado neste trabalho com os microrganismos próprios do processo de produção de etanol, houve um aumento de 57 a 100% das repetições que foram identificadas ao nível de espécie com alta confiabilidade. Desta forma, os resultados deste estudo mostraram que a técnica MALDI-TOF MS pode ser utilizada como uma alternativa rápida e eficaz para identificação de Lactobacillus e Saccharomyces do processo etanólico. / The genus Lactobacillus is the main group of contaminating bacteria in fermentation tanks for large-scale ethanol production. The high proliferation of these organisms affect the viability of selected strains of Saccharomyces cerevisiae, which can reduce the production of ethanol in fermentation tanks. The most used methods for identifying these microorganisms are biochemical and molecular based on DNA sequence, which are very time-consuming, costly and often revert to ambiguous results. MALDI-TOF MS is a powerful microbial identification tool and it was tested in this work to identify different isolates of Lactobacillus and S. cerevisiae present in the ethanol production process. The sample preparation and application in the MALDI plate for spectral acquisition were established for both bacteria and yeasts. Twenty-seven isolates of Lactobacillus were identified by the 16S rDNA region and two housekeeping genes (pheS and groEL genes) and three yeast strains selected from the process were identified by the ITS and 28S nr-LSU regions. The genomic identifications were compared with the MALDI-TOF MS protein profiles and 97% of the Lactobacillus had the same molecular classification as the pheS gene, which was chosen as the most discriminatory gene, and 100% of the yeast strains were classified as S. cerevisiae by both techniques. The MALDI-TOF MS technique proved highly efficient for intraspecific yeast and interspecific discrimination of Lactobacillus, and there was no discrimination for isolates classified as L. casei by housekeeping genes. Furthermore, when compared to the discriminatory power of MALDI-TOF MS technique in relation to spectral database available on Biotyper and subsequently, the complementary database created in this work with the microorganisms themselves in the ethanol production process, there was an increase from 57 to 100% of the repetitions that were identified at the species level with high reliability. Thus, the results of this study showed that the MALDI-TOF MS technique can be used as a fast and efficient alternative for the identification of Lactobacillus and Saccharomyces of the ethanolic process.

INTRODUÇÃO: A endometriose é doença ginecológica prevalente, com intervalo de tempo longo entre o início dos sintomas e o diagnóstico definitivo. A endometriose profunda intestinal se apresenta com sintomas mais severos, e maior morbidade cirúrgica. Um método minimamente invasivo para o diagnóstico precoce se faz necessário, e impediria a progressão para as formas mais profundas da doença. Estudos de biomarcadores com técnicas em proteômica podem trazer melhor entendimento das bases moleculares da doença, possibilidade de diagnóstico precoce, e do desenvolvimento de terapias-alvo. OBJETIVO: Comparar o perfil de expressão de proteínas do endométrio tópico entre pacientes saudáveis e com endometriose profunda intestinal, por técnica de espectrometria de massas shotgun. MÉTODOS: Estudo caso-controle exploratório, com total de 24 pacientes divididas em dois grupos: pacientes com endometriose profunda intestinal com comprovação cirúrgica, e pacientes do grupo controle saúdavel submetidas a cirurgia de laqueadura tubárea. Amostras de endométrio tópico foram obtidas por meio de auxílio de catéter de aspiração. As amostras foram submetidas a extração, digestão, dessalinização peptídica, e analisadas seguindo uma abordagem de espectrometria de massas shotgun, label-free de DDA (aquisição dependente de dados), utilizando o instrumento Orbitrap Elite (Thermo Fisher, EUA). RESULTADOS: a análise proteômica dos resultados foi realizada através do software Progenesis QI (Nonlinear Dynamics, Newcastle upon Tyne, UK), e resultou em um painel de 595 proteínas diferencialmente expressas entre os grupos controle e endometriose. Os resultados revelaram diferentes moléculas de acordo com a fase do ciclo menstrual, e o estádio da doença. As principais proteínas com expressão aumentada no grupo de pacientes com endometriose incluíram SETSIP, SRRM2, CAPS, H2AFV e SAFB, enquanto moléculas reguladas negativamente incluíram BPIFB1, FAM184A, SLPI, PIGR, JCHAÍNA, HLA-A e LTF. As proteínas diferenciais entre os grupos apresentaram o câncer como principal doença associada (p - valor de 4,14E-02 - 3,91E-08), de acordo com as análises realizadas pelo software IPA (Ingenuity Pathway Analysis System; Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA). As principais proteínas com expressão aumentada nos estádios mais avançados da doença foram CHMP4B, DES, EIF3I, CDH13, LIMS1, HSPA4, HSP90AB1, TUBB, NPM1, MYL6, e foram descritas relacionadas a metástases e pior prognóstico de diversos tipos de cânceres. CONCLUSÃO: CHMP4B, DES, EIF3I, CDH13, LIMS1, HSPA4, HSP90AB1, TUBB, NPM1, MYL6 são proteínas com expressão aumentada no endométrio das pacientes portadoras de endometriose profunda intestinal em estádios avançados. O presente estudo revelou proteínas diferencialmente expressas na endometriose em associação com diversos tipos de cânceres. Os achados constituem possíveis marcadores para o desenvolvimento de técnicas para o diagnóstico minimamente invasivo, e potenciais alvos terapêuticos para a doença / INTRODUCTION: Endometriosis is a prevalent gynecological disease, with a long time elapsed from onset of symptoms to definitive diagnosis. Deep intestinal endometriosis presents with more severe symptoms, and greater surgical morbidity. A minimally invasive method for early diagnosis becomes necessary and would prevent progression to the deeper presentations of the disease. Studies of biomarkers with proteomics techniques can provide a better understanding of the molecular basis of the disease, the possibility of early diagnosis, and the development of targeted therapies. OBJECTIVE: To compare the expression of eutopic endometrial proteins between healthy and deep intestinal endometriosis patients, using a shotgun mass spectrometry technique. METHODS: An exploratory case-control study with a total of 24 patients divided in two groups: patients with intestinal deep endometriosis with surgical confirmation, and patients in the healthy control group submitted to tubal ligation surgery. Eutopic endometrial samples were obtained by aspiration catheter. The samples were submitted to extraction, digestion, peptide desalting and analyzed using a DDA (data-dependent acquisition) label-free mass spectrometry approach by the Orbitrap Elite instrument (Thermo Fisher, USA). RESULTS: Proteomic analysis was performed using the Progenesis QI software (Nonlinear Dynamics, Newcastle upon Tyne, UK) to profile 595 differentially expressed proteins between the control and endometriosis groups. The results revealed different molecules according to the phase of the menstrual cycle and stage of disease. Top upregulated molecules included SETSIP, SRRM2, CAPS, H2AFV, and SAFB, whereas downregulated molecules included BPIFB1, FAM184A, SLPI, PIGR, JCHAIN, HLA-A, and LTF. Among top diseases associated molecules between groups were related to cancer (p - value of 4.14E-02 - 3.91E-08), according to the analysis performed by IPA software (Ingenuity Pathway Analysis System, Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA). Top upregulated proteins among patientes with advanced stage of endomeriosis were CHMP4B, DES, EIF3I, CDH13, LIMS1, HSPA4, HSP90AB1, TUBB, NPM1, MYL6. Those proteins were related to metastasis and poor survival of several cancer types. CONCLUSION: CHMP4B, DES, EIF3I, CDH13, LIMS1, HSPA4, HSP90AB1, TUBB, NPM1, MYL6 are among the top upregulated proteins in patients with advanced stage of deep intestinal endomeriosis. The present study revealed proteins differentially expressed in endometriosis as potential biomarkers for the development of techniques for minimally invasive diagnosis, and potential therapeutic targets for the disease