Submitted by Diogo Soares (diogosoaresm@ufam.edu.br) on 2018-07-05T01:17:49Z No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao Diogo Soares - versao final.pdf: 2271441 bytes, checksum: 1934623b13d05486b9b430c7b919a200 (MD5) 306 Folha de Aprovação - Diogo Soares (Digitalizada).pdf: 499834 bytes, checksum: 045cdb18d055bf5fc93c381989437ccc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-07-05T17:24:35Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao Diogo Soares - versao final.pdf: 2271441 bytes, checksum: 1934623b13d05486b9b430c7b919a200 (MD5) 306 Folha de Aprovação - Diogo Soares (Digitalizada).pdf: 499834 bytes, checksum: 045cdb18d055bf5fc93c381989437ccc (MD5) / Approved for entry into archive by Thiago Siqueira (thiagogiordano@ufam.edu.br) on 2018-07-05T17:38:05Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao Diogo Soares - versao final.pdf: 2271441 bytes, checksum: 1934623b13d05486b9b430c7b919a200 (MD5) 306 Folha de Aprovação - Diogo Soares (Digitalizada).pdf: 499834 bytes, checksum: 045cdb18d055bf5fc93c381989437ccc (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-05T17:38:06Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao Diogo Soares - versao final.pdf: 2271441 bytes, checksum: 1934623b13d05486b9b430c7b919a200 (MD5) 306 Folha de Aprovação - Diogo Soares (Digitalizada).pdf: 499834 bytes, checksum: 045cdb18d055bf5fc93c381989437ccc (MD5) Previous issue date: 2018-05-11 / The advance of networking infrastructure technologies has spawned a new range of multi-hop applications, such as sensor networks and wireless mesh networks. The concept of delay and disruption-tolerant networks has emerged as a solution to enable communication in scenarios in which communication is intermittent. However, a basic premise for the good performance of these networks is the collaboration of the nodes during the communication. Such collaboration is a critical issue to the data flow and overall performance. However, due to factors resources constraints (e.g., buffer and energy), the nodes can act selfishly, and stop collaborating with the data flow in the network. The existence of a distributed mechanism to measure the collaboration degree of the network nodes is, therefore, vital to improve the delivery of messages. This work proposes a model of egoism detection using reputation mechanisms, which can qualify other members of the network according to their participation degree in the data flow to identify both selfish and cooperative nodes. The proposed model makes use of a numerical-based ranking method through executed during the contacts. Once qualified, a grouping technique classifies the network nodes, which differs from other works found in the literature. The experimental results, got in the simulation environment The ONE, show that the model proposed and implemented here is promising and the clustering technique can be applied without loss of reliability, and being very precise when the rate of selfish nodes in the network increases. / O avanço das tecnologias em infraestrutura de redes fez emergir uma nova gama de aplicações que se utilizam de múltiplos saltos, tais como as redes de sensores e as redes em malha sem fio. O conceito de redes tolerantes a atrasos e desconexões surgiu como uma solução para possibilitar a comunicação em cenários nos quais a comunicação é intermitente. Todavia, uma premissa básica para o bom desempenho dessas redes é a colaboração dos nós durante a comunicação. Essa colaboração é uma questão fundamental para o fluxo de dados e o desempenho global. Entretanto, devido a fatores como restrições de recursos próprios (por exemplo, buffer e energia), os nós eventualmente agem de maneira egoísta, deixando de colaborar com o fluxo de dados na rede. Portanto, é fundamental que exista um mecanismo distribuído que possa mensurar o grau de colaboração dos membros da rede a fim de melhorar a entrega das mensagens. Este trabalho propõe um modelo de detecção de egoísmo utilizando mecanismos de reputação, que possa qualificar outros membros da rede de acordo com seu grau de participação no fluxo de dados, podendo, desta forma, identificar nós egoístas e nós cooperativos. O ranqueamento é feito através de um método numérico executado durante os contatos. Uma vez qualificados, os membros da rede são classificados através de uma técnica de agrupamento, diferentemente de outros trabalhos encontrados na literatura. Os resultados experimentais, obtidos no ambiente de simulação The ONE, demonstram que o modelo aqui proposto e implementado é promissor e a técnica de agrupamento pode ser aplicada sem perda de confiabilidade, além se ser muito preciso quando a taxa de nós egoístas na rede aumenta.

Orientador: Altair Antoninha Del Bel Cury / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-26T14:52:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bertolini_MartinnadeMendoncae_D.pdf: 3303888 bytes, checksum: 17ca780a99a3e63d87bcf4ed94370ffc (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: O patógeno oportunista Candida albicans e Streptococcus do grupo Mitis formam comunidades complexas em múltiplos sítios da cavidade oral, nos quais o ambiente e a disponibilidade de nutrientes sofrem mudanças constantes. Objetivou-se estudar as características estruturais e de virulência de biofilmes de Candida albicans na presença e ausência de S. oralis crescendo sobre um modelo tri dimensional de mucosa oral humana, em diferentes condições: (1) umidade da superfície mucosa (molhada ou semi seca), (2) disponibilidade de nutrientes (suplementação do meio de cultura com BHI) e (3) morfotipo da hifa (hifa ou pseudo hifa). Para isso foram utilizados modelos tri dimensionais de mucosa oral humana formado por queratinócitos imortalizados (linhagens celulares OKF6-TERT2 ou SCC15) sobre uma matriz colágena com fibroblastos para o crescimento dos biofilmes. Estes foram infectados por Streptococcus oralis 34, e/ou Candida albicans, sendo uma cepa de referência e cepas mutantes para a formação de pseudo-hifas, pela deleção dos genes ndt80 ou tup1. A determinação do biovolume e estrutura do biofilme foram realizadas por microscopia confocal a laser, com os biofilmes sendo corados por imunofluorescência com anticorpo especifico para C. albicans e sonda para Streptococcus. Como determinante de virlência secções de tecido com 5 ?m de espessura foram coradas da mesma maneira anterior ou por hematoxilina e eosina, com o intuito de se detectar a invasão de microorganismos. O dano tecidual também foi mensurado pela liberação de lactato desicrogenase no meio de cultura. Os dados foram avaliados por análises de variâncias (ANOVA) e os procedimentos para comparações múltiplas pareadas por Bonferroni t-test, com ? = 5%. Em condições úmidas C. albicans estendeu hifas longas e entrelaçadas, formando um biofilme de superfície homogênea. Biofilmes mistos apresentaram uma estrutura estratificada, com S. oralis crescendo em contato com a mucosa e a C. albicans cobrindo a superfície bacteriana. Em condições de semi-secas a C. albicans formou densos focos de crescimento localizados a partir dos quais as hifas estenderam-se radialmente para se entrelaçarem com hifas de focos adjacentes. Em biofilmes mistos este fenômeno provocou o acúmulo focal de S. oralis co-localizado com os focos de C. albicans. Embora o biovolume do biofilme de C. albicans tenha sido significativamente maior em condições úmidas (P<0,001), houve uma invasão tecidual mínima em comparação com as condições semi-secas, na qual a barreira epitelial foi completamente destruída. A suplementação do meio de cultura, em condições semi-secas não alterou a arquitetura do biofilme, mas intensificaram o crescimento, o biovolume e a invasão/dano tecidual (P<0,001), proporcionalmente as concentrações testadas. Mutantes para a formação de pseudo-hifas formaram biofilmes defeituosos, nos quais a maioria dos S. oralis estava em contato com a superfície epitelial, abaixo das pseudo-hifas. A presença de S. oralis promoveu invasão e dano tecidual em todas as condições. Conclui-se que a umidade, a disponibilidade de nutrientes, o morfotipo da Candida e a presença de S. oralis afetam fortemente a arquitetura e virulência de biofilmes de C. albicans crescidos sobre nas mucosas / Abstract: The opportunistic pathogen Candida albicans and streptococci of the Mitis group form complex communities in multiple oral sites, where the environment and nutrient availability change constantly. We aimed to study structural and virulence characteristics of Candida albicans biofilms in the presence or absence of S. oralis, growing on a three-dimensional model of human oral mucosa, under different conditions: (1) moisture of mucosal surface (wet or semi dry), (2) nutrient availability (BHI supplementation on culture media) and (3) hyphal morphotype (hyphae or pseudohyphae). For this it was used a three-dimensional model of the human oral mucosa formed by immortalized oral keratinocytes (OKF6-TERT2 or SCC15 cell lines) on a fibroblast-embedded collagenous matrix to grow biofilms. Infections were carried out using Streptococcus oralis 34, a C. albicans reference strain and pseudohyphal mutants with a homozygous deletion of the ndt80, or tup1 gene. Determination of biofilm biovolume and structure was done by confocal scanning laser microscopy with biofilms stained by immunofluorescence using an anti-Candida antibody and a Streptococcus probe. As determinant of virulence, 5-?m-thick tissue sections were stained same way or with hematoxylin and eosin in order to detect invasion of microorganisms. Also tissue damage was measured by lactate dehydrogenase release in the culture media. Statistical analyses were performed using SigmaPlot 12 software at 5% significance level. Data were evaluated by analysis of variance (ANOVA) and when statistical significances were found, all pairwise multiple comparison procedures were performed with Bonferroni t-test, with ? = 5%. Under wet conditions C. albicans extended long intertwined hyphae, forming a homogeneous surface biofilm. Mixed biofilms had a stratified structure, with S. oralis growing in close contact to the mucosa and C. albicans growing on the bacterial surface. Under semi-dry conditions, C. albicans formed localized foci of dense growth from which hyphae extended radially to intertwine with hyphae from adjacent foci. In mixed biofilms this promoted focal growth of S. oralis co-localizing with C. albicans. Although Candida biofilm biovolume was significantly greater under wet conditions (P<0.001), there was minimal tissue invasion compared to semidry conditions where the epithelial barrier was completely destroyed. Supplementing the infection medium with nutrients under semidry conditions did not change the biofilm architecture but intensified focal growth and increased biofilm biovolume and tissue invasion/damage (P<0.001), proportionally to the tested concentrations. Pseudohyphal mutants formed defective mixed biofilms, with most S. oralis in contact with the epithelial surface, below the pseudohyphal mass. Interestingly, the presence of S. oralis promoted fungal invasion and tissue damage under all conditions. Moisture, nutrient availability, hyphal morphotype and presence of S. oralis strongly affect architecture and virulence of mucosal fungal biofilms / Doutorado / Protese Dental / Doutora em Clínica Odontológica

Orientadores: Francisco Hideo Aoki, Ângela Maria de Assis / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-28T00:12:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_CristinaRodrigues_M.pdf: 1833064 bytes, checksum: 4087a171a36bf726cff1abdcd0bd4cf8 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: O Pneumocystis jirovecii é um fungo ascomiceto que pode causar pneumonia (PPC) em indivíduos imunossuprimidos e eventualmente em imunocompetentes. Os métodos laboratoriais de baixo custo para detecção ainda é a coloração em lâmina. Os métodos moleculares são considerados mais eficientes e tem oferecido alternativas para o entendimento da biologia e da doença causada por esse microrganismo. O objetivo desse estudo foi detectar a presença de Pneumocystis jirovecii em pacientes com doença pulmonar. O método adotado foi a técnica de coloração de lâmina com azul de toluidina para detecção de cistos, PCR para detecção do fragmento mitocondrial pAZ102-H/E, Nested PCR com primers internos pAZ102-X/Y e sequenciamento pelo método de Sanger para detecção de alterações moleculares na região genômica estudada. Foram coletadas 139 amostras, sendo 102 de lavado broncoalveolar (LBA), 7 de escarro, 10 amostras de sangue periférico (fracionadas em hemácias/leucócitos e plasma) e 10 amostras de soro. Nos resultados da coloração pela técnica de azul de toluidina, 2 amostras de escarro e 1 de LBA foram positivas. Através dos métodos moleculares, 6 amostras foram positivas na primeira PCR e 91 amostras foram positivas pela Nested PCR. Os fragmentos pAZ102-X de 51 amostras foram sequenciadas, 18 amostras apresentaram mutação nos seguintes códon/posição 4406/13217, 4419/13257, 4431/13294, 4439/13316, 4440/13321, 4446/13338, 4452/13357, 4456/13367 e 4457/13371. Os pacientes que apresentaram essas alterações tinham um perfil com doenças pulmonares ou fatores de risco associados à infecção por P. jirovecii. Como a detecção de P. jirovecii, diagnóstico e prevenção de PPC são ligadas a história clínica do paciente, os avanços moleculares podem ser um caminho para diagnóstico de PPC, diferenciando essa pneumonia dos casos de colonização por esse fungo / Abstract: Pneumocystis jirovecii is an ascomycete fungus that can cause pneumonia (PCP) in immunocompromised individuals and possibly in immunocompetent. The low cost of laboratory methods for detection is with conventional staining methods. Molecular methods are considered more efficient and have offered alternatives to the understanding of biology and disease caused by this organism. The aim of this study was to detect the target DNA fragment (mtLSUrRNA) of P. jirovecii in patients with lung disease. We compared the staining technique with molecular methods using toluidine blue for microscopy and "in house" DNA extraction, PCR and Nested PCR for molecular detection and sequencing by the Sanger method to detect molecular alterations in the genomic region studied. It was analyzed 139 samples, such as, 102 bronchoalveolar lavage (BAL), 7 sputum, 10 samples of peripheral blood (fractionated in red blood cells / leukocytes and plasma) and 10 serum samples. The results of the toluidine blue staining technique, two sputum samples and 1 BAL were positive. Through molecular methods, 6 samples were positive in the first PCR and 91 samples were positive by Nested PCR. The pAZ102-X fragments of 51 samples were sequenced, 18 samples had mutations in codon/position 4406/13217, 4419/13257, 4431/13294, 4439/13316, 4440/13321, 4446/13338, 4452/13357, 4456 / 13367 and 4457/13371. Patients who presented these alterations had a profile with lung diseases or risk factors associated with infection by P. jirovecii. As the detection of P. jirovecii, diagnosis and prevention of PCP are linked to clinical history, molecular advances can be a way for diagnosis of PCP, differentiating this pneumonia cases of colonization by the fungus. OBSERVAÇÃOPor favor manter essa palavra em itálico: Pneumocystis jirovecii / Mestrado / Clinica Medica / Mestra em Ciências

Linfadenopatia pode estar presente em qualquer fase da infecção pelo HIV a apresenta uma variedade de diagnósticos diferenciais possíveis, desde manifestações secundárias ao próprio HIV até doenças oportunistas ou neoplasias. Foi realizado um estudo de corte transversal de pacientes que realizaram biópsias de linfonodo periférico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre entre Janeiro de 2004 a Dezembro de 2008. Foram realizadas 210 biópsias, 131 (61,9%) pacientes eram do sexo masculino, a mediana da idade foi 36 (18-74) anos e da contagem de CD4 149 (1-756) cels/mm3. Cento e seis (50,5%) biópsias foram realizadas na região cervical. Os diagnósticos mais prevalentes incluíram micobacteriose 105 casos (50,2%) sendo que mais de 90% dos casos foram tuberculose; hiperplasia reacional (HR) 48 casos (22,7%), linfoma 19 casos (9,0%) e micoses sistêmicas 12 casos (5,7%) que incluíram a histoplasmose, paracoccidioidomicose e criptococose. Esse estudo demonstra que a biópsia de linfonodos periféricos em pacientes com infecção pelo HIV é uma importante ferramenta no diagnóstico de doenças oportunistas no nosso meio. / Peripheral lymphadenopathy is commonly present in HIV- infected patients and has a wide spectrum of differential diagnoses. We performed a cross-sectional study of peripheral lymph node biopsies performed from 2004 to 2008 in HIV patients assisted in a public hospital in Southern Brazil. Two hundred and ten biopsies were performed, 131(61.9%) patients were male, median of age was 36 years old with a mean of lymphocyte CD4 count of 149 (1-756) cells/mm3. Most of biopsies were performed in the cervical site 106 (50.5%). The most prevalent diagnosis were mycobacteriosis 105 (50.2%), more than 90% was tuberculosis; reactive follicular hyperplasia 48 (22.7%); lymphoma 19 (9.0%); systemic mycosis 12 (5.7%), including histoplasmosis, paracoccidioidomycosis and cryptococcosis. Peripheral lymph node biopsy is a useful tool to diagnose opportunistic diseases such as mycobacteriosis, HIV related malignancies and invasive fungal infections in HIV-infected patients.

Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2017-08-18T14:43:06Z No. of bitstreams: 1 Gilberto.pdf: 2769310 bytes, checksum: 210d2e0115f0c134b325cbf3a2354263 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-18T14:43:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gilberto.pdf: 2769310 bytes, checksum: 210d2e0115f0c134b325cbf3a2354263 (MD5) Previous issue date: 2009-02-13 / CAPES / During the development of Grid middleware systems, researchers often employ simulation tools and techniques for validating new concepts and implementations. Simulation tools play a fundamental role on the development of Grid middleware systems since: (a) researchers often do not have access to huge Grid testbed environments, limiting the capacity for evaluating situations that demand high amount of resources; (b) it is difficult to explore in large scale application and resources scenarios involving several users in a repetitive and controlled way, due to the dynamic nature of Grid environments; (c) real Grid applications usually consume great amount of time, ranging from a few hours to even weeks. This work describes OGST, an object-oriented discrete event simulator whose main objective is to assist developers of opportunistic Grid middleware on validating new concepts and implementations. The preliminary motivation for OGST development was to provide a way for evaluating the behavior of scheduling algorithms commonly used on Grid environments under different execution environment conditions and the investigation of adaptive scheduling approaches. It was carefully designed to take into consideration the dynamics of opportunistic Grids, providing a set of features that hasten the development of simulations that takes into consideration the dynamism of the execution environment. The simulator was developed in the context of the InteGrade project, but was designed to allow the simulation of generic opportunistic Grids in order to be applied by other Grid middleware research projects. / Durante o desenvolvimento de sistemas de middleware de grade, pesquisadores freqüentemente empregam técnicas e ferramentas de simulação para valida- ção de novos conceitos e implementações. Ferramentas de simulação têm um papel fundamental no desenvolvimento de sistemas de middleware de grade uma vez que: (a) pesquisadores freqüentemente não têm acesso a grandes ambientes de grade para testes, limitando a capacidade para avaliar situações que demandam por uma grande quantidade de recursos; (b) é difícil explorar cenários com recursos e aplicações em larga escala envolvendo diversos usuários de forma repetitiva e controlada, devido à natureza dinâmica de ambientes de grade; (c) aplicações reais da grade geralmente consomem muito tempo, de poucas horas até mesmo a semanas. Este trabalho descreve o OGST, um simulador de eventos discretos orientado a objetos cujo principal objetivo é auxiliar desenvolvedores de sistemas de middleware de grade oportunista na validação de novos conceitos e implementações. A motivação preliminar para o desenvolvimento do OGST foi prover um caminho para avaliar o comportamento de algoritmos de escalonamento comumente usados em ambientes de grade sob diferentes condições do ambiente de execução e a investigação de abordagens de escalonamento adaptativo. Ele foi cuidadosamente projetado para levar em consideração a dinâmica de grades oportunistas, provendo um conjunto de funcionalidades que agilizam o desenvolvimento de simulações que consideram o dinamismo do ambiente de execução. O simulador foi desenvolvido no contexto do projeto InteGrade, mas foi projetado para permitir a simulação de grades oportunistas de uma maneira em geral com o propósito de ser aplicado a outros projetos de pesquisa envolvendo middleware de grades.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2016-08-02T17:04:23Z No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Maria Zilma Andrade Rodrigues.pdf: 362908 bytes, checksum: 955f89faa00879f734d767f60a7d4302 (MD5) / Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2016-08-22T13:40:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Maria Zilma Andrade Rodrigues.pdf: 362908 bytes, checksum: 955f89faa00879f734d767f60a7d4302 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-22T13:40:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Maria Zilma Andrade Rodrigues.pdf: 362908 bytes, checksum: 955f89faa00879f734d767f60a7d4302 (MD5) / FAPESB; Center for AIDS Research International Pilot Project Grant-CFAR / A leishmaniose é endêmica em 88 países e estima-se em 12 milhões o número de indivíduos infectados, com 2 milhões de novos casos a cada ano. Cerca de 397 milhões de indivíduos estão em risco de adquirir a doença. Por outro lado, a pandemia do HIV está expandido nas áreas rurais dos países tropicais e contribui para o aumento no número de indivíduos com imunossupressão. Diante desta condição, é provável que ocorra um aumento no número de casos da coinfecção HIV / Leishmania. O objetivo deste estudo foi avaliar o perfil de citocinas do tipo Th1 e Th2 nos pacientes co-infectados HIV / LC. Para a dosagem das citocinas, CMSP foram cultivadas na presença das proteínas viral p24 do HIV ou SLA. O nível de citocinas foi determinado no sistema Luminex® 200 com o software BioRad®. A produção de IL-2 foi significativamente menor em pacientes co-infectados HIV / LC; mediana 0,7 (0,0 – 41,5 pg/mL) comparada à produção dessa citocina nos pacientes com LC; mediana 39,7 (8,4 – 414,0 pg/mL) (p = 0,009); o nível de IFN-γ foi significativamente menor nos pacientes co-infectados HIV / LC; mediana 35,4 (0,0 – 990,9 pg/mL) que nos pacientes com LC; mediana 1269,0 (46,2 – 32744,0 pg/mL) (p = 0,003). Por outro lado, a produção de TNF-α foi semelhante nos dois grupos estudados, co-infectado HIV / LC; mediana 350,0 (0,0 – 2252,0 pg/mL); LC mediana 169,1 (40,0 – 3219,0 pg/mL) (p = 0,17). Em relação ao IL-4 nos pacientes co-infectados HIV / LC; mediana 0,7 (0,0 – 1,4 pg/mL) foi significativamente inferior quando comparado ao nível dessas citocinas em pacientes LC; mediana 2,6 (0,0 – 8,3 pg/mL) (p = 0,03). A produção de IL-13 apresentou-se diminuída no grupo de pacientes co-infectados HIV / LC; mediana 2,3 (0,0 – 5,4 pg/mL) quando comparada à do grupo com LC; mediana 105,6 (2,2 – 1199,0) (p = 0,01). A citocina moduladora IL-10 apresentou-se semelhante em ambos os grupos de pacientes co-infectados HIV / LC; mediana 88,0 (0,0 – 1237,0 pg/mL) e de pacientes com LC; mediana 171,0 (68,4 – 398,8) (p = 0,2). A literatura tem demonstrado que a patogênese da LC é decorrente da forte resposta do tipo Th1. Neste trabalho, contudo, observou-se que os pacientes co-infectados HIV / LC apresentavam diminuição da resposta do tipo Th1 (IL-2 e IFN-γ) e o nível do TNF-α permaneceu elevado. Estes resultados sugerem que o TNF-α tem um papel importante no desenvolvimento da leishmaniose atípica nos indivíduos co-infectados HIV / LC.

Linfadenopatia pode estar presente em qualquer fase da infecção pelo HIV a apresenta uma variedade de diagnósticos diferenciais possíveis, desde manifestações secundárias ao próprio HIV até doenças oportunistas ou neoplasias. Foi realizado um estudo de corte transversal de pacientes que realizaram biópsias de linfonodo periférico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre entre Janeiro de 2004 a Dezembro de 2008. Foram realizadas 210 biópsias, 131 (61,9%) pacientes eram do sexo masculino, a mediana da idade foi 36 (18-74) anos e da contagem de CD4 149 (1-756) cels/mm3. Cento e seis (50,5%) biópsias foram realizadas na região cervical. Os diagnósticos mais prevalentes incluíram micobacteriose 105 casos (50,2%) sendo que mais de 90% dos casos foram tuberculose; hiperplasia reacional (HR) 48 casos (22,7%), linfoma 19 casos (9,0%) e micoses sistêmicas 12 casos (5,7%) que incluíram a histoplasmose, paracoccidioidomicose e criptococose. Esse estudo demonstra que a biópsia de linfonodos periféricos em pacientes com infecção pelo HIV é uma importante ferramenta no diagnóstico de doenças oportunistas no nosso meio. / Peripheral lymphadenopathy is commonly present in HIV- infected patients and has a wide spectrum of differential diagnoses. We performed a cross-sectional study of peripheral lymph node biopsies performed from 2004 to 2008 in HIV patients assisted in a public hospital in Southern Brazil. Two hundred and ten biopsies were performed, 131(61.9%) patients were male, median of age was 36 years old with a mean of lymphocyte CD4 count of 149 (1-756) cells/mm3. Most of biopsies were performed in the cervical site 106 (50.5%). The most prevalent diagnosis were mycobacteriosis 105 (50.2%), more than 90% was tuberculosis; reactive follicular hyperplasia 48 (22.7%); lymphoma 19 (9.0%); systemic mycosis 12 (5.7%), including histoplasmosis, paracoccidioidomycosis and cryptococcosis. Peripheral lymph node biopsy is a useful tool to diagnose opportunistic diseases such as mycobacteriosis, HIV related malignancies and invasive fungal infections in HIV-infected patients.

Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-13T18:45:42Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71853.pdf: 2511930 bytes, checksum: c11c765cbeaf1ef6dbaa98b8cb800465 (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-07-25T18:06:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71853.pdf: 2511930 bytes, checksum: c11c765cbeaf1ef6dbaa98b8cb800465 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-25T18:06:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71853.pdf: 2511930 bytes, checksum: c11c765cbeaf1ef6dbaa98b8cb800465 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os herpesvírus humanos (HHV) (herpes simples 1 e 2, varicella-zoster, Epstein-Barr, citomegalovírus humano, herpesvírus humanos 6A, 6B, 7 e 8) estão associados à diversas doenças, porém são nos indivíduos portadores do vírus da imunodeficiência humana (HIV) que estes herpesvírus causam infecção grave e duradoura, podendo levá-los ao óbito. Contudo, no Brasil, pouco é conhecido sobre a verdadeira prevalência das infecções causadas por HHV nesses indivíduos devido a poucos estudos realizados no país. Portanto, este trabalho visou determinar a prevalência desta co-infecção HIV/Herpesvírus humanos através de um diagnóstico diferencial que detecta simultaneamente as nove espécieis de HHV (Pan-herpesvírus). Este método é baseado na amplificação, por reação em cadeia da polimerase (PCR) Nested, de uma região altamente conservada (DPOL) do genoma desses vírus e na identificação da espécie viral por sequenciamento do genoma viral. Além disso, este estudo visou avaliar possíveis fatores associados com a prevalência desta co-infecção, como sexo, idade e taxas de linfócitos T CD4+ (LT CD4+), e destinou-se comparar a prevalência das infecções causadas por HHV entre indivíduos HIV reagentes (grupo teste) e indivíduos não reagentes para este vírus (grupo controle). Para isso, 241 amostras de soro de indivíduos portadores do HIV coletadas durante os anos de 2012 (95 amostras), 2013 (89 amostras) e 2014 (57 amostras), e 94 amostras de soro de indivíduos HIV não reagentes coletadas durante o ano de 2013 foram testadas através de PCR Nested As amostras amplificadas foram sequenciadas para a identificação da espécie viral. Com isso, neste estudo foi encontrada prevalência da co-infecção HIV/HHV de 14,1% (34/241), sendo 13% (31/241), 0,8% (2/241) e 0,4% (1/241) relacionado às co-infecções HIV/HSV-1, HIV/HHV-6 e HIV/HHV-8, respectivamente. Também foi observada diminuição estatisticamente significativa (p-valor < 0,0001) da prevalência da co-infecção HIV/HHV durante os anos estudados. Já o grupo controle obteve menor prevalência da infecção causada por HHV (1,1%; 1/94) e foi referente à infecção causada por HHV-6. Ademais, foi verificada associação estatisticamente significativa da detecção da co-infecção HIV/HSV-1 com as taxas de LT CD4+, evidenciando que a taxa LT CD4+ <500 células/mm³ é um fator de risco para infecções causadas por HSV-1 em indivíduos HIV reagentes (p-valor < 0,0327/ p-valor <0,0186). A partir disto, foi verificado que o Pan-herpesvírus foi eficiente na detecção das co-infecções HIV/HSV-1, HIV/HHV-6 e HIV/HHV-8. Sendo assim, este trabalho contribuiu para a investigação da prevalência das infecções causadas por herpesvírus humanos em indivíduos HIV reagentes no Rio de Janeiro/Brasil / The human herpesviruses (HHV) (herpes simplex 1 and 2, varicella-zoster, Epstein-Barr virus, human cytomegalovirus, human herpesviruses 6A, 6B, 7 and 8) are associated with several diseases, but these herpesviruses cause serious and lasting infection in individuals infected by the human immunodeficiency virus (HIV) and can lead to death. However, in Brazil few is known about the true prevalence of human herpesviruses infection in these individuals because of few studies in the country. Therefore, this study aimed to determine the prevalence of co-infection HIV/human herpesviruses through a differential diagnosis that simultaneously detects nine HHV species (Pan-herpesviruses). This method is based on amplification a highly conserved region (DPOL) genome of these viruses by Nested polymerase chain reaction (PCR) and on viral species identification by sequencing of the viral genome. In addition, this study aimed to evaluate possible factors associated with the prevalence of co-infection, such as sex, age and T CD4+ lymphocytes rates (LT CD4+), and aimed to compare the prevalence of infections caused by HHV among individuals HIV reagents and no reagents for this virus (control group). For this, 241 serum samples from individuals with HIV collected during the years 2012 (95 samples), 2013 (89 samples) and 2014 (57 samples), and 94 serum samples from individuals without HIV collected during the year 2013 were tested by Nested PCR The amplified samples were sequenced for identification of the viral species. This study found prevalence of co-infection HIV/HHV 14,1% (34/241), in which 13% (31/241), 0,8% (2/241) and 0,4% (1/241) were related with the co-infections HIV/HSV-1, HIV/HHV-6 and HIV/HHV-8, respectively. A decrease statistically significant (p-value <0,0001) in the prevalence of co-infection HIV/HHV was observed during the years of study. The control group had lower prevalence of infection caused by HHV (1,1%; 1/94) and was related with the infection caused by HHV-6. In addition, there was a statistically significant association between detection of co-infection HIV/HSV-1 with LT CD4+ rates, showing that LT CD4+ rate <500 cells/mm³ is a risk factor for infections caused by HSV-1 in individuals HIV reagents (p-value <0,0327 / p-value <0,0186). From this, was verified that the Pan-herpesviruses was efficient in the detection of co-infections HIV/HSV-1, HIV/HHV-6 and HIV/HHV-8. Therefore, this study contributed to the investigation of the prevalence of infections caused by human herpesviruses in people living with HIV in Rio de Janeiro/Brazil

Linfadenopatia pode estar presente em qualquer fase da infecção pelo HIV a apresenta uma variedade de diagnósticos diferenciais possíveis, desde manifestações secundárias ao próprio HIV até doenças oportunistas ou neoplasias. Foi realizado um estudo de corte transversal de pacientes que realizaram biópsias de linfonodo periférico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre entre Janeiro de 2004 a Dezembro de 2008. Foram realizadas 210 biópsias, 131 (61,9%) pacientes eram do sexo masculino, a mediana da idade foi 36 (18-74) anos e da contagem de CD4 149 (1-756) cels/mm3. Cento e seis (50,5%) biópsias foram realizadas na região cervical. Os diagnósticos mais prevalentes incluíram micobacteriose 105 casos (50,2%) sendo que mais de 90% dos casos foram tuberculose; hiperplasia reacional (HR) 48 casos (22,7%), linfoma 19 casos (9,0%) e micoses sistêmicas 12 casos (5,7%) que incluíram a histoplasmose, paracoccidioidomicose e criptococose. Esse estudo demonstra que a biópsia de linfonodos periféricos em pacientes com infecção pelo HIV é uma importante ferramenta no diagnóstico de doenças oportunistas no nosso meio. / Peripheral lymphadenopathy is commonly present in HIV- infected patients and has a wide spectrum of differential diagnoses. We performed a cross-sectional study of peripheral lymph node biopsies performed from 2004 to 2008 in HIV patients assisted in a public hospital in Southern Brazil. Two hundred and ten biopsies were performed, 131(61.9%) patients were male, median of age was 36 years old with a mean of lymphocyte CD4 count of 149 (1-756) cells/mm3. Most of biopsies were performed in the cervical site 106 (50.5%). The most prevalent diagnosis were mycobacteriosis 105 (50.2%), more than 90% was tuberculosis; reactive follicular hyperplasia 48 (22.7%); lymphoma 19 (9.0%); systemic mycosis 12 (5.7%), including histoplasmosis, paracoccidioidomycosis and cryptococcosis. Peripheral lymph node biopsy is a useful tool to diagnose opportunistic diseases such as mycobacteriosis, HIV related malignancies and invasive fungal infections in HIV-infected patients.

Submitted by Emanuel Varela Cardoso (emanuel.varela@ufcg.edu.br) on 2018-05-09T20:35:48Z No. of bitstreams: 1 TELLES MOTA VIDAL NÓBREGA – DISSERTAÇÃO (PPGEEI) 2016.pdf: 2737490 bytes, checksum: 8a7c4bfc097eaba99e275e3406c16149 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-09T20:35:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TELLES MOTA VIDAL NÓBREGA – DISSERTAÇÃO (PPGEEI) 2016.pdf: 2737490 bytes, checksum: 8a7c4bfc097eaba99e275e3406c16149 (MD5) Previous issue date: 2016-08-12 / Nuvens computacionais oferecem para usuários a facilidade de aquisição de recursos por meio da internet de forma rápida, barata e segura. Entretanto, grande parte das nuvens se mantém ociosa devido à reserva de recursos. Visando a aumentar a utilização da nuvem, provedores de nuvem criaram um modelo de instâncias que reusam recursos ociosos, conhecidas como instâncias oportunistas. Essas instâncias são mais baratas que as instâncias de recursos dedicados, porém voláteis, podendo ser preemptadas do usuário a qualquer momento, o que as torna inadequadas para alguns tipos de aplicação. Processamento de dados, seguindo a tendência de outras aplicações, tem sido migrado para nuvem e pode ser beneficiado por instâncias oportunistas, devido à sua natureza tolerante à falha, resultando na criação de clusters a um custo menor comparado à instâncias com recursos dedicados.Este trabalho propõe a utilização dos recursos ociosos para a criação de um outro modelo de instâncias oportunistas. Esse modelo visa a criação de instâncias oportunistas com qualidade de serviço, que são instâncias criadas baseadas em uma predição do estado da nuvem. A predição é realizada a partir de dados históricos de utilização de recursos como CPU e memória RAM e assim diminuindo o risco de perder instâncias antes do fim do processamento. Ainda com a existência do preditor, o risco de perda de uma máquina existe e para esse caso propomos a utilização de migração viva, movendo a máquina virtual de servidor, evitando assim a destruição da mesma. Com nossa abordagem, utilizando apenas duas instâncias oportunistas durante os experimentos, obtivemos uma diminuição no tempo de processamento de dados de 10% em um cluster com 2 workers e 1 master. Além disso, ao utilizar a migração, temos uma melhora de aproximadamente 70% no tempo de processamento em comparação com os casos onde uma instância é perdida. / Cloud computing offers the users the ease of resources acquisition through the Internet in a fast, cheap and safe manner. However, these clouds have a lot of idle resources due to resource reservation. Aiming to increase resources usage, cloud providers have created an instance model that uses these idle resources, known as opportunistic instances. These instances are cheaper than the dedicated resources instances, but are volatile and can be destroyed at any time, which makes them unsuitable for some types of application. Data processing, following the trend of other applications, have been migrated to the cloud and can be benefited by the use opportunistic instances, due to its fault tolerant nature, resulting in the creation of clusters at a lower cost compared to instances with dedicated resources. In this work, we propose the use of idle resources to create another model of opportunistic instances. This model aims to create opportunistic instances with quality of service, which are created instances based on a prediction of the state of the cloud. The prediction is made from historical data of resource usage such as CPU and RAM, thus reducing the risk of losing instances before the end of the processing. Even with the existence of a predictor, the risk of losing a machine still exists, and for this case we propose the use of live migration, moving the virtual machine to a different server, thus avoiding the its destruction. With our approach, using only two opportunistic instances during the experiments, we found a decrease in 10% in the data processing time in a cluster with 2 workers and 1 master. Furthermore, when using the migration, we have an improvement of approximately 70% in processing time compared with the case where one instance is lost.