Streptococcus pneumoniae, le pneumocoque, est un pathogène majeur causant plus d'un million de morts par an dans le monde. De plus en plus de souches de pneumocoques sont résistants aux antibiotiques, en faisant un problème majeur de santé publique dans le monde. Une partie des ces antibiotiques sont les peptides anti-microbiens (AMP), qui sont produit aussi bien par l'hôte que des bactéries pathogènes en tant que premier système de défense. On trouve dans le pneumocoque un transporteur ABC (ATP-Binding Cassette) lié à un système de deux composants (TCS) – la kinase d'histidine (HK) et le régulateur de réponse (RR), qui cible les AMP. Récemment, il a été démontré, que l'absence du transporteur ABC augmente la sensibilité à la bacitracine. Dans ce projet, nous avons essayé à comprendre le mécanisme fonctionnel entre le transporteur ABC et TCS en utilisant des outils in vivo et in vitro. / Streptococcus pneumoniae, the pneumococcus, is a major human pathogen causing over a million deaths each year. Many pneumococcal strains display resistance towards antibiotics causing world-wide health concern. Some of these antibiotics are antimicrobial peptides (AMP), which are produced as a primary defense by hosts as well as pathogens. The pneumococcus harbors a system comprised of an ATP-binding cassette (ABC) transporter and a two-component system (TCS) composed of a histidine kinase (HK) and a response regulator (RR), which targets these molecules. It has been shown recently that the removal of this ABC transporter increases the sensitivity of the bacteria towards bacitracin. In this project, we tried to understand the functioning mechanism of the ABC transporter and the co-operation with the TCS using both in vivo and in vitro techniques.

Les entreprises du médicament font partie intégrante de la chaîne de soin et sont en interaction quotidienne avec les médecins. Ce travail doctoral vise à comprendre l’influence du don de cadeaux, le cadeau étant un élément fondamental du processus d’interaction entre les laboratoires pharmaceutiques et les médecins prescripteurs. Cette pratique n’étant pas sans risques, il convient d’en estimer plus précisément les conséquences en matière de prescriptions, mais également en matière de ressenti des médecins. En effet, face aux incitations des laboratoires pharmaceutiques, les médecins peuvent avoir le sentiment que ces derniers cherchent à leur forcer la main et à entraver (par le sentiment d’obligation et de réciprocité lié au don reçu) leur liberté de choix et peuvent ainsi développer une certaine résistance qualifiée de réactance psychologique. Nous avons donc observé, par une expérimentation en terrain réel avec des médecins prescripteurs au Liban, comment un don de cadeau par les entreprises du médicament pouvait impacter le niveau de prescription des médecins (versus un groupe de contrôle sans cadeau). Précisément, l’effet sur les prescriptions des médecins de deux caractéristiques des cadeaux offerts aux médecins à l’occasion du lancement d’un nouveau produit, la valeur du cadeau (faible versus forte) et le rapport du cadeau avec la profession (pas en rapport versus en rapport) a été examiné. L’attention a été centrée sur la compréhension d’un mécanisme médiateur possiblement impliqué dans ce processus, à savoir la réactance situationnelle, mais aussi sur la prise en compte du rôle modérateur des croyances des médecins envers l’influence des cadeaux. Ce travail doctoral confirme premièrement que le cadeau influe sur les prescriptions. Il indique également que la valeur du cadeau offert par les laboratoires, comme son rapport à la pratique médicale, influencent la réactance situationnelle éprouvée par les médecins. Par contre, alors que la réactance situationnelle est médiatrice de l’effet de la valeur du cadeau sur les prescriptions, elle ne joue pas ce rôle médiateur dans le cas du rapport du don avec la profession. Il ressort de ces résultats que les médecins sont moins réactants face à des cadeaux de plus faible valeur et lorsque ceux-ci sont en rapport avec leur pratique médicale. De même, s’il n’est pas constaté d’effet modérateur des croyances des médecins, il apparaît cependant que ces croyances constituent un antécédent de la réactance situationnelle. / Pharmaceutical industry is an integral part of the healthcare system and is in daily interaction with prescribers. This doctoral work aims to understand the influence of gift-giving, the gift as a major element of the interaction process between pharmaceutical companies and prescribing physicians. This practice is not without risks, it is necessary to evaluate accurately the outcome of gift-giving in terms of prescription levels as well as in terms of perceived experience by doctors. Indeed, given the incentives of pharmaceutical companies, physicians may feel impellent and their freedom of choice hindered (by the sense of obligation and reciprocity associated with the received gift) and can develop a form of resistance, namely psychological reactance. So we explored, throughout a real field experiment with prescribing physicians in Lebanon, how a gift donated by pharmaceutical companies could impact the prescription levels of doctors (versus a control group with no gifts). Specifically, we examined the effect, on physicians' prescription levels, of two characteristics of gifts offered to doctors during the launch of a new product, the value of the gift (low versus high) and the relation of the gift with the medical practice (not in relation versus in relation). We focused on the understanding of a mediating mechanism possibly involved in this process, namely situational reactance, but also taking into account the moderating role of the beliefs of physicians about the influence of gifts. This doctoral work confirms at first that gifts influence prescriptions. It also shows that the value of the gift offered by industry to physicians, likewise the relation of the gift with the medical practice, influence the situational reactance aroused by doctors. Per contra, while situational reactance mediates the effect of the value of the gift on the prescription level, it does not play this mediating role in the case of the relation of the gift with the medical practice. It appears from these results that prescribers are less reactant towards gifts of lower value as well as gifts related to their medical practice. Similarly, whereas it is not found a moderating effect of physicians’ beliefs, however, it appears that these beliefs are an antecedent to situational reactance.

Les biofilms, communautés multicellulaires bactériennes, sont omniprésents. Malgré leur importance pour l’écosystème, ils présentent une menace pour l'industrie autant que pour la santé humaine. La virulence des biofilms procède surtout de leur résistance élevée aux antibiotiques, qui rend leur éradication quasiment impossible. Ainsi, les biofilms sont impliqués dans la plupart des infections bactériennes chroniques, causant chaque année plus de 4000 décès en France. P. stuartii est une bactérie connue pour sa capacité à former des biofilms dans le tractus urinaire humain. Elle est responsable de 10% des INU chroniques et est décrite comme étant la plus résistante de son genre. Malgré ces faits, les études menées sur cette bactérie sont rares, freinant la compréhension du mécanisme de développement et de résistance de ses biofilms et compliquant ainsi l’avancement de nouvelles thérapies pour lutter, prévenir ou éradiquer ces infections. P. stuartii exprime au niveau de sa membrane externe deux porines, Omp-Pst1 et Omp-Pst2, qui constituent 70% du contenu protéique membranaire. Ces porines sont le conduit principal permettant à la bactérie de communiquer et d’échanger avec son milieu environnant. Ainsi, les porines sont vitales pour la bactérie.A ce jour, trois publications sont disponibles qui traitent de ces deux porines, mais aucune n’a exploré leur influence sur la formation des biofilms bactériens. Les travaux effectués au cours de ma thèse ont ainsi visé à réduire le manque de connaissance sur les biofilms de P. stuartii et à dévoiler le rôle des porines dans l’établissement et la résistance de ces biofilms. Pour cela, nous avons segmenté notre travail en quatre parties ayant pour objectifs (1) de comprendre la formation des biofilms de P. stuartii et leur réponse aux stress du milieu environnant ; (2) de décrire l’effet de la suppression ou la surexpression des porines ; (3) d’étudier à l’échelle moléculaire et atomique le comportement des porines isolées ; et (4) de développer des outils pour étudier les porines à l’échelle moléculaire au sein d’un biofilm de P. stuartii. / Biofilms, bacterial multicellular communities, are ubiquitous. Despite their importance to the ecosystem, they pose a threat to both industry and human health. The virulence of biofilms is mainly due to their high resistance to antibiotics, which makes their eradication virtually impossible. Thus, biofilms are involved in most chronic bacterial infections, causing each year more than 4,000 deaths in France. P. stuartii is a bacterium known for its ability to form biofilms in the human urinary tract. It is responsible for 10% of chronic nosocomial urinary infections and is described as the most resistant of its kind. Despite these facts, studies on this bacterium are rare, hampering the understanding of the mechanism of development and resistance of its biofilms and thus complicating the advancement of new therapies to fight, prevent or eradicate these infections. P. stuartii expresses at its outer membrane two porins, Omp-Pst1 and Omp-Pst2, which constitute 70% of the membrane protein content. These porins are the main conduit allowing the bacterium to communicate and exchange with its surrounding environment. Thus, porins are vital for the bacteria.To date, three publications are available that deal with these two porins, but none have explored their influence on the formation of bacterial biofilms. The work carried out during my thesis thus aimed to reduce the lack of knowledge about P. stuartii's biofilm and to unveil the role of porins in the establishment and resistance of these biofilms. For this, we have divided our work into four parts aiming at (1) understanding of P. stuartii's biofilms formation and their response to the stresses of the surrounding environment; (2) describing the effect of suppression or overexpression of porins; (3) studying the behavior of isolated porins on a molecular and atomic scale; and (4) developing tools for studying porins on a molecular scale within a biofilm of P. stuartii.

Afin d’obtenir des matériaux aux caractéristiques mécaniques, tribologiques et thermiques améliorées, nous avons élaboré des revêtements nanocomposites à base de TiN en utilisant une technique de dépôt physique en phase vapeur. Ces matériaux aux caractéristiques spécifiques peuvent être exploités pour le surfaçage d’outils de coupe de très haute dureté. En ajustant les processus d’élaboration dont dépendent la microstructure et la microchimie des revêtements, il est possible de contrôler les propriétés de ces matériaux. Cette thèse présente les résultats obtenus sur les trois systèmes de revêtement que sont Ti-Al-N, Ti-Al-Y-N et Ti-Si-N, configurés soit en réseaux superposés multicouche soit en nanocomposites. L’accent est mis sur l’étude systématique de la dureté et de la résistance à l’usure et à l'oxydation en fonction des paramètres de dépôt. En combinant la diffraction des rayons X et la microscopie électronique à transmission avec des tests physico-mécaniques sur une large gamme de configurations de revêtement, on établit une matrice processus-performance prédictive permettant de guider la fabrication de surfaces durcies. / TiN-based nanocomposite coatings were prepared using physical vapor deposition to deliver enhanced mechanical, tribological and thermal characters that can be exploited for superhard cutting tool surfacing. These properties are controlled by tailoring processing methods to tune the microstructure and microchemistry. This thesis examined three coating systems, which are Ti-Al-N, Ti-Al-Y-N and Ti-Si-N, configured variously as multilayer superlattices and nanocomposites to comprehensively correlate hardness, wear resistance and oxidation resistance with deposition parameters. Combining X-ray diffraction and transmission electron microscopy with physical-mechanical testing, over a wide range of coating configurations, enabled construction of a predictive process-performance matrix to guide the fabrication of hardened surfaces.In multilayer TiN/TixAl1-xN coatings prepared by cathodic arc deposition, the mechanical properties were controlled by the layer period that was adjusted by varying substrate rotation speed. A hardness of 39 ± 4 GPa was achieved for a superlattice period of 13 nm, where the coatings contain columnar <111> textured rock salt – type crystals connected by low-angle grain boundaries. When yttrium was introduced to the multilayers, by adding a Y - metal target powered by DC magnetron sputtering, the morphology changed from columnar to acicular grains with smaller grain size. Specifically, by fixing the period at 5.5 nm and incorporating Y from 0 to 2.4 at% the grain size decreased (from 100-200 nm to 20-30 nm) and hardness increased (from 29 ± 7 GPa to 41 ± 3 GPa). The improved performance was a consequence of solid solution hardening that arises from the misfit strain field introduced by Y (element atomic radii 2.12 Å) substitution for Ti (1.76 Å) or Al (1.18 Å), and a nanosize effect, where finer grains result in a greater volume fraction of grain boundaries that block dislocation movement. Higher Y additions also retard oxidation as high temperature (800 ºC) annealing generates Ti2O3, rather than TiO2 as in Y-free coatings, and also affects Al oxidation. Adhesion and wear resistance were not compromised by higher Y contents demonstrating that TiN/TixAl1-xN coatings can enhance mechanical properties and thermal stability. Notably, this work employed a pure Y target, instead of a Ti-Al-Y alloy target, and substrate holder rotation speed was the critical parameter, where faster substrate rotation leads to smaller periods and more uniform Y distribution. However, an Y-rich layer became progressively thicker at slower rotation with the period increasing from 5.5 nm to 24 nm. These Y-rich regions seeded crystal nucleation that reduced coherency at layer interfaces and grain boundaries to significantly degrade mechanical properties (41 ± 3 GPa to 30 ± 5 GPa). Therefore, the period and Y content work in tandem in multilayered TiN/TixAl1-xN coatings and the optimized Y content was to be 2.4 at% at a period of 5.5 nm.Nanocrystallite TiN / amorphous (a)-Si3N4 nanocomposites were fabricated by high power impulse magnetron sputtering. The introduction of silicon by controlling the Si target current can be used to modify the coating structure, tailor mechanical properties, improve wear resistance and passivate oxidation. Smaller crystal sizes promoted at higher Si content lead to TiN / amorphous (a)-Si3N4 nanocomposites, with ~10 at% Si/(Si+Ti) yielding maximum hardness (41 ± 3 GPa). Compared to TiN, Ti0.903Si0.097N showed enhanced resistance to oxidation and wear resistance, however, the TiN crystallites were not completely encapsulated by a-Si3N4 intergranular films and further optimization of the structure and property relationship can be realised.

Responsable d'environ 30000 décès/an en France, le cancer du poumon est un problème de santé publique majeur. Un des enjeux actuels est d'adapter le traitement du cancer du poumon pour proposer des thérapeutiques ciblées plus efficaces et moins agressives. Les inhibiteurs de l'activité tyrosine kinase du récepteur de l'EGF (EGFR-TKI, gefitinib et erlotinib) constituent un réel progrès pour le traitement des cancers du poumon. Cependant, des mécanismes de résistance ont été décrits et des traitements combinés de thérapies ciblées avec des EGFR-TKI pourraient permettre de surmonter les résistances dans les cancers du poumon.Dans ce contexte, nous avons étudié les mécanismes impliqués dans la résistance à ces traitements. Nous montrons que l'activation de la voie de signalisation PI3K/AKT joue un rôle majeur dans la résistance aux EGFR-TKI, en inhibant l'apoptose par des mécanismes dépendant de l'acétylation. Les histones déacétylases (HDACs) et les sirtuines interviennent dans ces mécanismes de résistance, en modulant l'activation de la voie PI3K/AKT et l'apoptose. Ainsi l'utilisation d'inhibiteurs des HDACs (HDACi) et des sirtuines permettent de restaurer la sensibilité aux EGFR-TKI. Ces résultats confirment l'intérêt thérapeutique de l'association EGFR-TKI/HDACi et montrent le potentiel thérapeutique d'associer des inhibiteurs de l'EGFR et de la voie PI3K/AKT pour contourner la résistance aux EGFR-TKI.Les molécules thérapeutiques doivent atteindre spécifiquement le site tumoral, nécessitant parfois de les protéger contre leur dégradation, de réduire leurs effets indésirables, et de contrôler leur libération dans le temps et l'espace, à l'aide de transporteurs. Ainsi dans la deuxième partie de cette thèse, nous avons évalué les capacités de ciblage des tumeurs pulmonaires de nanoparticules à base de copolymère amphiphile, contenant une partie polysaccharidique hydrophile (le hyaluronane) et une partie polypeptidique hydrophobe (le poly(γ‐benzyl L‐glutamate, PBLG). Nos travaux mettent en évidence la capacité de ciblage tumoral de ces nanoparticules injectées par voie intraveineuse, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives thérapeutiques. Notre objectif est de charger les combinaisons de traitements EGFR-TKI/HDACi que nous avons identifiées dans ces vecteurs, afin de traiter les tumeurs pulmonaires résistantes aux EGFR-TKI. / Responsible of 30000 deaths each year in France, lung cancer is a major public health problem. One of the current challenges is to adapt the treatment of lung cancer to offer more effective and less aggressive targeted therapies. EGFR tyrosine kinase inhibitors (EGFR-TKI, gefitinib and erlotinib) represent a real progress in lung cancer therapy. However resistance mechanisms have been described and combination of targeted therapy with EGFR-TKI could overcome resistance in lung cancer.In this context, we studied mechanisms involved in resistance to EGFR-TKI. We show that PI3K/AKT activation is a major pathway leading to EGFR-TKI resistance leading to apoptosis inhibition through acetylation-dependent mechanisms. Histone deacetylase (HADCs) and sirtuin are involved in these mechanisms and modulate PI3K/AKT activation and apoptosis. The use of HDACs inhibitors (HDACi) and sirtuins inhibitors thus restores the sensitivity to EGFR-TKI. Altogether these results confirm the therapeutic effect of the EGFR-TKI/HDACi combination and show the therapeutic potential of the association of EGFR and PI3K/AKT inhibitors to overcome EGFR-TKI resistance.Therapeutic molecules must specifically reach the tumor site, sometimes requiring to protect them against degradation, to reduce their side effects, and to control their release in time and space, using transporters. In the second part of this thesis, we have thus evaluated the lung tumors targeting capabilities of amphiphilic copolymer-based nanoparticles, containing an hydrophilic polysaccharidic block (hyaluronan) and an hydrophobic polypeptidic block (the poly(γ‐benzyl L‐glutamate PBLG). Our work highlights the tumor targeting capability of these nanoparticles injected intravenously, offering new lung cancer therapy perspectives. Our aim is to load the drugs combination (EGFR-TKI/HDACi) in these vectors, to treat the lung tumors resistant to EGFR-TKI.

Les effets d’échelle sur la résistance mécanique des matériaux, i.e. le fait que plus un échantillon de matière est grand, plus, en moyenne, sa contrainte à rupture sera faible, déjà soulignées par Leonardo da Vinci et Edmée Mariotte il y a des siècles, demeurent de nos jours un problème crucial pour établir des règles de sécurité et de conception de grandes structures à partir de données de laboratoire. Ces effets d’échelle sont généralement expliqués soit par une approche déterministe qui prédit une résistance asymptotique non nulle mais, par construction, ne tient pas compte des fluctuations de la résistance moyenne et de leur dépendance vis-à-vis de la taille, ou d'une approche statistique basée sur la théorie du maillon le plus faible qui implique une résistance nulle pour un système de taille infini.Récemment, un cadre alternatif a été proposé sur la base d’une interprétation de la rupture en compression des matériaux hétérogènes comme une transition de phase critique entre un état intact et un état rompu. Cette interprétation libère les hypothèses de base de la théorie du maillon le plus faible comme la fragilité extrême et l’indépendance entre évènements de microfracturation et prédit qu’un système de taille infinie conservera une résistance mécanique non nulle (σ_∞ ) mais une variabilité associée de la résistance nulle. En appliquant ce cadre critique, les effets d’échelle statistique sur la résistance en compression du béton, un matériau quasi-fragile typique et important en génie civil, sont étudiés dans cette thèse.A partir d’une importante série d’expériences de compression uniaxiale (527 essais) qui a été réalisée sur des échantillons du béton de quatre tailles différentes et trois microstructures différentes, nous démontrons (i) l’échec de la théorie du maillon le plus faible dans ce cas ; et au lieu de cela (ii) la pertinence du cadre critique pour tenir compte des effets d’échelle sur la résistance à rupture en compression du béton, en termes de valeur moyenne, de fluctuation associées et de probabilité de défaillance. A partir d’une analyse détaillée de la microstructure de nos matériaux, nous montrons que la structure des pores, plutôt que les aggrégats, joue un rôle important sur les effets d’échelle sur la résistance à rupture en compression. Dans ce cadre, la résistance asymptotique (σ_∞ ) représente la véritable résistance caractéristique en compression (f_ck ), qui est une propriété essentielle pour la conception de structures à grande échelle et pour le contrôle de la qualité du béton.En conséquence du rôle important de la structure des pores sur les effets d’échelle sur la résistance en compression des bétons à faible porosité, lors de l'estimation de la résistance caractéristique à partir d'une série d'essais avec une seule taille d'échantillon, une condition sur cette taille par rapport à la taille caractéristique de la structure des pores est proposée. / Size effects on mechanical strength, i.e. the fact that larger structures fail under lower stresses than smaller ones, already highlighted by Leonardo da Vinci and Edmée Mariotte centuries ago, remain nowadays a crucial problem to establish structural design rules and safety regulations from an upscaling of laboratory data. These size effects are generally explained either from a deterministic energetic approach that predicts a non-vanishing asymptotic strength but, by construction, does not account for fluctuations around the mean strength and their size dependence, or from a statistical approach based on the weakest-link theory that implies a vanishing strength towards large scales.Recently, an alternative framework has been proposed based on an interpretation of compressive failure of heterogeneous materials as a critical transition from an intact to a failed state. This critical interpretation releases the underlying hypotheses of the weakest-link theory, pure brittleness and the independence of damage events, while predicting a non-vanishing asymptotic mean strength (σ_∞ ) but vanishing intrinsic fluctuations at large scales. The application this framework to the statistical size effects on compressive strength of concrete, a typical quasibrittle material of tremendous importance in civil engineering, is investigated in this thesis.From an extensive series of uniaxial compression experiments (527 tests) carried out on concrete samples with four different sizes and three different microstructures, we demonstrate (i) the failure of the weakest-link theory in this case, and instead (ii) the pertinence of the critical framework to account for size effects on compressive strength of concrete, in terms of average strength, associated fluctuations, and probability of failure. From a detailed analysis of the microstructural disorder of our materials, we show that the pore structure, rather than the concrete mix, plays a significant role on size effects on strength. In this framework, the asymptotic strength (σ_∞ ) represents the genuine characteristic compressive strength (f_ck ) of the material, a key property for the dimensioning large-scale structures from an upscaling of small-scale laboratory mechanical tests and for the quality control of concrete.As a consequence of the leading role of the pore structure in controlling the size effects on compressive strength of low-porosity concretes, when estimating the characteristic (asymptotic) strength from a series of tests with a single sample size, a condition on this size with respect to the characteristic scale of pore structure is proposed to be fulfilled.

La résistance à l’insuline (RI) est un processus biologique fondamental impliqué dans la plupart des maladies complexes avec un important impact dans la mortalité des populations humaines et qui reconnaît une composante génétique en interaction avec les facteurs nutritionnels. Les aminoacides ramifiés (BCAA) sont des composantes essentielles de notre diète et ont été reconnus comme de nouveaux acteurs dans la pathogénie de l’obésité et du diabète sucré soit comme des bio-marqueurs soit comme des régulateurs au niveau périphérique ou dans le système nerveux central. Ce travail a été proposé dans le cadre du projet Européen MEDIGENE (FP7-279171) visant le syndrome métabolique dans les populations Méditerranéennes. Dans ce contexte, nous avons utilisé une approche génétique combinant les SNP (single nucleotide polymorphism) et la cartographie dense des haplotypes. Nous avons mis en évidence de nouveaux gènes dans les phases tardives du catabolisme des BCAA, bien que le signal d’association ait été en relation complexe avec les taux plasmatiques de BCAA et la mesure in vivo de la RI. Dans une approche similaire, nous avons identifié sur le chromosome 4p14 un nouveau locus en relation avec la RI et le système de récompense cérébral impliquant le fibroblast growth factor (FGF) 21. Ces données ont soulevé l’intérêt pour une estimation rapide et efficace de l’apport en BCAA dans la diète nous emmenant à développer une nouvelle base de données du contenu des aliments en BCAA. Cette base est intégrée dans un nouveau logiciel pour le recueil des enquêtes alimentaires (rappels de 24h) et qui pourra être utilisée par des praticiens d’une manière sécurisée dans les pays de la Méditerranée, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives en nutrigénomique. / Insulin resistance (IR) is a fundamental biological process involved in majority of complex disorders with high impact on mortality of human populations and with a strong genetic component in interaction with nutritional factors. Branched chain amino acids (BCAA) are essential components of human diet and recognized as new actors in pathogenesis of obesity and diabetes mellitus either as biomarkers or regulators at the peripheral systemic and nervous system. This work was proposed in the frame of the European project MEDIGENE (FP7-279171) studying the metabolic syndrome in several Mediterranean populations. In this context, we have used a genetic approach combining SNP (single nucleotide polymorphism) and fine scale haplotype mapping. We identified new genes in the later steps of BCAA catabolism responsible for IR, albeit displaying a complex signal in relation with BCAA plasma levels and in vivo IR measured by minimal model. With a similar approach, we identified equally a new locus of Chromosome 4p14 for IR in cooperation with the cerebral rewarding system involving fibroblast growth factor (FGF) 21 regulation. These data roused particular interest in estimating BCAA intake leading to the development of a novel database of BCAA content in food. This database is embedded in a new computer program for collecting dietary records (24HDR) and can be used securely by practitioners around Mediterranean countries and opening new perspectives in the nutrigenomic field.

Legionella pneumophila est une bactérie à Gram négatif, intracellulaire facultative, responsable de la légionellose (ou maladie des Légionnaires) chez l'Homme. Les fluoroquinolones et les macrolides sont utilisés en première intention dans le traitement antibiotique de cette maladie. Cependant, les échecs thérapeutiques sont fréquents, et le taux de mortalité demeure élevé (10-15% des cas, plus de 30% chez le patient immunodéprimé). Bien qu'aucune souche de L. pneumophila résistante à ces antibiotiques n'ait été isolée à ce jour, ces échecs peuvent faire évoquer la possibilité d'une sélection in vivo de mutants résistants. Le mécanisme génétique principal d'acquisition de la résistance aux fluoroquinolones correspond à l'accumulation de mutations au niveau des gènes codant pour l'ADN gyrase et la topoisomérase IV ; en particulier celles affectant les codons en positions 83 et 87 du QRDR (quinolone resistance determining region) du gène gyrA entrainent une résistance de haut niveau à ces antibiotiques. Le première aspect de notre projet était d'élaborer un test de PCR en temps réel permettant de détecter chez L. pneumophila des mutants gyrA résistants aux fluoroquinolones et de les différencier des souches sauvages par analyse des températures de fusion des amplifias obtenus. Après optimisation, ce test nommé qPCRgyrALp amplifie spécifiquement une portion du QRDR du gène gyrA de l'espèce L. pneumophila et permet de détecter et de différencier les mutations gyrA83 et gyrA87. Nous avons ensuite utilisé ce test pour la recherche de mutants gyrA directement dans divers prélèvements respiratoires provenant de 82 patients atteints de légionellose, certains en échec thérapeutique après traitement par une fluoroquinolone. Les résultats ont montré pour quatre patients un profil de courbe de fusion semblable à celui du mutant gyrA83. Le séquençage du QRDR de gyrA à partir de ces prélèvements respiratoires a confirmé cette mutation chez deux patients. L'utilisation de la technique de séquençage à haut débit a permis de quantifier ces mutants gyrA83 chez ces deux patients, permettant de montrer un remplacement progressif in vivo de la population de L. pneumophila sensible aux fluoroquinolones par une population résistante à ces antibiotiques. Le deuxième aspect de notre travail a été de développer des tests de PCR quantitative en temps réel (qPCR) permettant de quantifier la charge bactérienne à L. pneumophila dans les prélèvements cliniques des patients infectés, avant et au cours du traitement antibiotique, dans la but de prédire l'évolution clinique et le pronostic final de ces patients. Nous avons utilisé deux tests de qPCR, ciblant soit le gène codant pour l'ARNr16s (qPCR16S) soit le gène mip (qPCRmip) dans des prélèvements respiratoires de 116 patients atteints de légionellose. Chez certains patients, nous avons pu déterminer la cinétique de la charge bactérienne au cours du temps, alors que les patients recevaient une antibiothérapie adaptée. Les premières cinétiques recueillies montrent la possibilité de différencier les patients qui répondent rapidement au traitement antibiotique et évoluent favorablement au cours de la 1ère semaine d'hospitalisation, de ceux qui présentent une réponse modeste au traitement et nécessitent une hospitalisation prolongée, voire décèdent. La PCR en temps réel semble donc représenter un outil pronostique d'intérêt au cours de la légionellose. Le type de cinétique observé chez un patient donné semble pouvoir prédire l'évolution des patients et la nécessité d'ajuster le traitement antibiotique. / Legionella pneumophila is a Gram- negative, facultative intracellular bacterium responsible for legionellosis (or Legionnaires' disease ) in humans. The fluoroquinolones and the macrolides are used as first-line antibiotic treatment of this disease. However, treatment failures are common, and the mortality rates remain high (10-15 % of cases, more than 30% in immunocompromised patients). Although L. pneumophila strain resistant to these antibiotics have never been isolated, treatment failures may suggest the possibility of in vivo selection of resistant mutants. The main genetic mechanisms associated with acquired resistance to fluoroquinolones correspond to the accumulation of mutations in the genes encoding DNA gyrase and topoisomerase IV, especially those affecting codons 83 and 87 of the QRDR (quinolone resistance determining region) of the gyrA gene, which are associated with high level resistance to these antibiotics. The first aspect of our project was to develop a real-time PCR test to detect gyrA QRDR mutants and differentiate them from wild-type strains of L. pneumophila by analysis of melting temperatures of the amplified DNA. After optimization, the qPCRgyrALp test specifically amplified a portion of the gyrA QRDR of L. pneumophila and could detect and differentiate gyrA83 and gyrA87 mutations. Then, we checked the presence of gyrA mutants directly in respiratory samples collected in 82 legionellosis patients, including some after treatment failure with a fluoroquinolone. For four patients, results corresponded to a melting curve profile similar to that of the gyrA83 mutant. Amplification and sequencing of the gyrA QRDR directly from these respiratory samples confirmed this mutation in two patients. The use of high-throughput sequencing technology allowed us to quantify the gyrA83 mutants in these two patients, allowing demonstration of in vivo gradual replacement of the fluoroquinolones susceptible population of L. pneumophila by a resistant one. The second aspect of our work was to develop quantitative real-time PCR tests offering the possibility to quantify the L. pneumophila bacterial load in respiratory specimens before and during antibiotic treatment, in order to predict the clinical course and the final prognosis of these patients. We used two qPCR tests, either targeting the gene encoding 16S rRNA (qPCR16S ) or the mip gene (qPCRmip ) in respiratory samples from 116 patients with Legionnaires' disease. In some patients, we determined the kinetics of bacterial loads over time, while patients received appropriate antibiotic therapy. The kinetics we observed allowed differentiation of patients who respond quickly to antibiotic treatment and were released from hospital within the first week following admission, from those with a modest response to treatment and requiring prolonged hospitalization or finally died. Thus, our real-time PCR tests seem to be good prognostic tools for evaluation of legionellosis prognosis. The type of kinetics observed in a given patient may allow the clinician to predict the evolution of patients and the need to adjust the antibiotic treatment.

Cette thèse porte sur les évolutions des médiations dans les musées de la Résistance, plus particulièrement dans ceux de Bondues, Lyon et Nantua. Elle s'intéresse au passage de pratiques testimoniales présentielles à des pratiques numériques utilisant des enregistrements audiovisuels dřanciens résistants-témoins dans des espaces d'exposition. Elle explore la nature de ce lien entre ces deux types de pratiques. Le questionnement, ancré dans la théorie de la trivialité et axé sur la transmission, porte sur les rapports de présence qu'exercent directement ou indirectement les témoins au cours des transformations des trois musées, qui donnent aujourd'hui à voir des enregistrements de témoignage. Les analyses prennent en compte le retrait progressif des témoins et les modalités d'appropriation des vidéos par les médiateurs, au travers, notamment, de leur éventuelle participation aux captations audiovisuelles et à la conception de dispositifs scéniques. L'ensemble de l'étude, qui comprend aussi l'évaluation de la réception de témoignages présentiels et de certains dispositifs numériques, met en exergue trois ressorts transversaux aux médiations testimoniales présentielles, audiovisuelles, et leur mise en oeuvre : la sensibilité, les figures de résistant et le territoire. Les liens ainsi maintenus au travers des médiations avec les témoins disparus passent par lřappropriation que les médiateurs-témoignaires font des enregistrements. Cette dernière constitue lřun des vecteurs essentiels dans les transmissions de témoignages étudiées, et fait ressortir un enjeu au niveau de la diversité des pratiques des témoignaires dans notre capacité à garder vivante une part de ce qui nous relie aux témoins disparus. / This research focuses on the evolution of cultural practices of testimonies in three museums dedicated to the French Resistance, situated in the cities of Bondues, Lyon, and Nantua. In the late decade, the last war witnesses who had used to share their memories in-person, coming to the museums, have been gradually ceasing their activities because of their age. This research aims to understand how this emptiness is being filled with new testimonial practices based on audiovisual technologies and how a link is being kept with the witnesses. The study found out that the history of each museum shapes the way how these institutions consider testimonies today. The analysis also revealed the common processes of mediation within the chain that can be defined as : Ŗtestimonial experiences with the in-person witness Ŕ conception of audiovisual mediations with testimonies Ŕ testimonial experiences with audiovisual devicesŗ: sensitivity, figures of Resistance veterans and territories. Thus, the sensitive connection with the former in-person witnesses is being kept through the way how each mediator pursues the video recordings. The way of handling videos appeared to be a major factor in the way of keeping track with the past witnesses and then, in the transmission of testimonies. As a consequence, it highlighted the importance of maintaining the diversity of cultural practices of mediators to preserve a sensitive connection with the past.

Entre 2008 et 2011, plus de 22 000 cas de rougeole ont été signalés en France. Comment la résurgence de cette « maladie du passé » peut-elle s’expliquer ? Un vaccin efficace existe pour s’en prémunir, mais il apparaît que de plus en plus de Français se méfient de cette méthode jugée dangereuse, inutile et/ou contre-nature. La résistance et l’hésitation face aux vaccinations ont gagné de nombreux pays occidentaux. La territorialisation de récentes épidémies de rougeole en Europe et en France donne à voir les espaces de sous-vaccination, corrélés à l’implantation de populations réfractaires aux vaccins. Comprendre l’inscription géographique du vaccino-scepticisme implique donc de relier les pratiques vaccinales aux contextes socio-territoriaux dans lesquels elles prennent place. L’analyse multiscalaire proposée dans ce travail permet ainsi d’articuler les modalités locales du refus vaccinal avec une approche plus globale du système de santé. Enfin, l’étude des représentations des différents acteurs (patients-citoyens, professionnels de santé, médias, experts et décideurs politiques) montre que la politique vaccinale est devenue plus qu’un investissement de santé publique, un enjeu de société. / Between 2008 and 2011, more than 22 000 cases of measles were reported in France. How can the resurgence of this “disease from the past” be explained? The existing vaccine is effective, yet it seems that more and more French people are wary of this method of protection which they consider dangerous, useless and/or unnatural.The reluctance and hostility to vaccination have spread across numerous western countries. The study of the territories affected by recent epidemics of measles in France and Europe points out spaces of sub-vaccination, correlated to vaccination-resisting populations. To understand the geographical localisation of this resistance, it is therefore necessary to connect the vaccinal practices with the social and territorial contexts of the skeptical populations. A multi-level analysis allows to articulate the local modes of vaccinal refusal with a more global approach to public health policy. Finally, a close study of the perceptions of the different actors involved (patients-citizens, healthcare professionals, media, experts and political decision makers) shows that vaccinal policy has become more than an investment of public health and is now a real societal challenge.