Diss. Univ. Freiburg, 2007.

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The detection of non-protein-coding RNA (ncRNA) genes in bacteria and their diverse regulatory mode of action moved the experimental and bio-computational analysis of ncRNAs into the focus of attention. Regulatory ncRNA transcripts are not translated to proteins but function directly on the RNA level. These typically small RNAs have been found to be involved in diverse processes such as (post-)transcriptional regulation and modification, translation, protein translocation, protein degradation and sequestration. Bacterial ncRNAs either arise from independent primary transcripts or their mature sequence is generated via processing from a precursor. Besides these autonomous transcripts, RNA regulators (e.g. riboswitches and RNA thermometers) also form chimera with protein-coding sequences. These structured regulatory elements are encoded within the messenger RNA and directly regulate the expression of their “host” gene. The quality and completeness of genome annotation is essential for all subsequent analyses. In contrast to protein-coding genes ncRNAs lack clear statistical signals on the sequence level. Thus, sophisticated tools have been developed to automatically identify ncRNA genes. Unfortunately, these tools are not part of generic genome annotation pipelines and therefore computational searches for known ncRNA genes are the starting point of each study. Moreover, prokaryotic genome annotation lacks essential features of protein-coding genes. Many known ncRNAs regulate translation via base-pairing to the 5’ UTR (untranslated region) of mRNA transcripts. Eukaryotic 5’ UTRs have been routinely annotated by sequencing of ESTs (expressed sequence tags) for more than a decade. Only recently, experimental setups have been developed to systematically identify these elements on a genome-wide scale in prokaryotes. The first part of this thesis, describes three experimental surveys of exploratory field studies to analyze transcript organization in pathogenic bacteria. To identify ncRNAs in Pseudomonas aeruginosa we used a combination of an experimental RNomics approach and ncRNA prediction. Besides already known ncRNAs we identified and validated the expression of six novel RNA genes. Global detection of transcripts by next generation RNA sequencing techniques unraveled an unexpectedly complex transcript organization in many bacteria. These ultra high-throughput methods give us the appealing opportunity to analyze the complete RNA output of any species at once. The development of the differential RNA sequencing (dRNA-seq) approach enabled us to analyze the primary transcriptome of Helicobacter pylori and Xanthomonas campestris. For the first time we generated a comprehensive and precise transcription start site (TSS) map for both species and provide a general framework for the analysis of dRNA-seq data. Focusing on computer-aided analysis we developed new tools to annotate TSS, detect small protein-coding genes and to infer homology of newly detected transcripts. We discovered hundreds of TSS in intergenic regions, upstream of protein-coding genes, within operons and antisense to annotated genes. Analysis of 5’ UTRs (spanning from the TSS to the start codon of the adjacent protein-coding gene) revealed an unexpected size diversity ranging from zero to several hundred nucleotides. We identified and validated the expression of about 60 and about 20 ncRNA candidates in Helicobacter and Xanthomonas, respectively. Among these ncRNA candidates we found several small protein-coding genes that have previously evaded annotation in both species. We showed that the combination of dRNA-seq and computational analysis is a powerful method to examine prokaryotic transcriptomes. Experimental setups are time consuming and often combined with huge costs. Another limitation of experimental approaches is that genes which are expressed in specific developmental stages or stress conditions are likely to be missed. Bioinformatic tools build an alternative to overcome such restraints. General approaches usually depend on comparative genomic data and evolutionary signatures are used to analyze the (non-)coding potential of multiple sequence alignments. In the second part of my thesis we present our major update of the widely used ncRNA gene finder RNAz and introduce RNAcode, an efficient tool to asses local protein-coding potential of genomic regions. RNAz has been successfully used to identify structured RNA elements in all domains of life. However, our own experience and the user feedback not only demonstrated the applicability of the RNAz approach, but also helped us to identify limitations of the current implementation. Using a much larger training set and a new classification model we significantly improved the prediction accuracy of RNAz. During transcriptome analysis we repeatedly identified small protein-coding genes that have not been annotated so far. Only a few of those genes are known to date and standard proteincoding gene finding tools suffer from the lack of training data. To avoid an excess of false positive predictions, gene finding software is usually run with an arbitrary cutoff of 40-50 amino acids and therefore misses the small sized protein-coding genes. We have implemented RNAcode which is optimized for emerging applications not covered by standard protein-coding gene annotation software. In addition to complementing classical protein gene annotation, a major field of application of RNAcode is the functional classification of transcribed regions. RNA sequencing analyses are likely to falsely report transcript fragments (e.g. mRNA degradation products) as non-coding. Hence, an evaluation of the protein-coding potential of these fragments is an essential task. RNAcode reports local regions of high coding potential instead of complete protein-coding genes. A training on known protein-coding sequences is not necessary and RNAcode can therefore be applied to any species. We showed this with our analysis of the Escherichia coli genome where the current annotation could be accurately reproduced. We furthermore identified novel small protein-coding genes with RNAcode in this extensively studied genome. Using transcriptome and proteome data we found compelling evidence that several of the identified candidates are bona fide proteins. In summary, this thesis clearly demonstrates that bioinformatic methods are mandatory to analyze the huge amount of transcriptome data and to identify novel (non-)coding RNA genes. With the major update of RNAz and the implementation of RNAcode we contributed to complete the repertoire of gene finding software which will help to unearth hidden treasures of the RNA World.

Die Arbeit fragt nach den Kontinuitäten kolonialer bzw. imperialer im Deutschland der Zeit zwischen den Weltkriegen. Dabei werden stellvertretend zwei Fallbeispiele untersucht, die für traditionsreiche Expansionsrichtungen standen: die 'Deutsche Kolonialgesellschaft' mit besonderem Fokus auf Afrika sowie dem 'Deutschen Ostbund' mit Fokus auf Ostmitteleuropa. Dabei erhellt die Studie die Möglichkeiten, aber besonders die politischen und gesellschaftlichen Grenzen dieser Verbände nach dem Ende des deutschen Kaiserreichs bis in weit den Faschismus hinein.:1. Einführung 3 1.1. Forschungslagen, Forschungsfragen 4 1.2. Zur Definition zentraler Begriffe 18 1.3. Methodisches 31 1.4. Quellen 42 2. Vergleichende Sozial- und Kulturgeschichte imperialer Verbände 45 2.1. Vom Kaiserreich zur frühen Weimarer Republik 45 2.1.1. DKG und DOV im deutschen Kaiserreich 45 2.1.2. Kriegszielpolitiken im Ersten Weltkrieg 52 2.1.3. Schock und Reorganisation nach dem Weltkrieg 57 2.1.4. Exkurs: Die imperiale Verbandslandschaft 96 2.2. Struktur der Verbände 109 2.2.1. Aufbau 109 2.2.2. Die Verbandsführungen 112 2.2.3. Mitgliederstruktur 121 2.2.4. Finanzierung 131 2.3. Schlaglichter auf ein vielfältiges Verbandsleben 136 2.3.1. Selbstverständnis(se) der Verbände 136 2.3.2. Ziel beider Verbände: der Siedlungskolonialismus 141 2.3.3. Frauenbilder und -beteiligung 170 2.3.4. Engagement (in) der Jugend 189 2.3.5. Engagement (in) der Arbeiterbewegung 201 2.3.6. Geselligkeit 205 2.3.7. Geschichts- und Erinnerungskultur 213 2.3.8. Bildungspolitik 222 2.3.9. Medien der Verbände 225 2.3.10. Der Blick auf die ehemals ‚Kolonialisierten‘ 234 2.4. Von der späten Weimarer Republik zum Faschismus 258 2.4.1. Status und Rolle der Verbände in der Weimarer Politik 258 2.4.2. Beide Verbände im Urteil zeitgenössischer Kritiken 284 2.4.3. Kritik der Verbände an und während der Weimarer Republik 292 2.4.4. Arrangieren mit dem neuen Regime 303 3. Ausblick und vergleichendes Fazit 323 3.1. Faschismus als Ende der Imperialität 323 3.2. Thesen und Forschungsperspektiven 330 4. Anhang 341 4.1. Verzeichnis der Tabellen 341 4.2. Verzeichnis der Abkürzungen 341 4.2.1. Allgemeine Abkürzungen 341 4.2.2. Abkürzungen von Archivalien und Periodika 342 4.3. Quellenverzeichnis 343 4.3.1. Archivalische Quellen 343 4.3.2. Zeitgenössische Publikationen 347 4.3.3. Edierte Dokumente 355 4.3.4. Amtliche Druckschriften & zeitgenössische Lexika 357 4.4. Literaturverzeichnis 358 4.5. Eigenständigkeitserklärung 410

In der Studie werden zwei sprachliche Minderheiten in Europa miteinander verglichen: 16- bis 18-jährige sorbischsprachige Jugendliche in Deutschland und schwedischsprachige Jugend¬liche in Finnland. Der jeweilige soziohistorische Kontext schafft verschiedene sprachliche Rahmenbedingungen dieser Minderheiten, die Unterschiede z.B. im Sprach¬gebrauch erwarten lassen. Trotzdem sind Ähnlichkeiten feststellbar. Ein Vergleich zwischen zwei Sprachkontaktsituationen ist durch das von der Sozioprofilmethode angebotene Analyse¬muster möglich, in dem linguistische, geographische, geschichtliche und demo¬graphische Aspekte sowie der gesetzliche Status und die (offizielle) Sprachpolitik, die Präsenz und der Gebrauch der Sprache in verschiedenen Domänen sowie Identitätsaspekte behandelt werden. Als theoretischer Rahmen für die Studie wurde ein Spracheinstellungsmodell entwickelt, das den Sprachkontakt in einem soziohistorischen Kontext betrachtet. Als Einflussfaktoren von Spracheinstellungen gelten demographische Faktoren, Sprachkompetenz und Identitäts¬gefühle. Spracheinstellungen werden als ein Sammelbegriff für verschiedene sprachver¬bundene Einstellungen verstanden, die integrativ und/oder instrumentell oder beides sein können und aus den drei Dimensionen kognitiv, affektiv/evaluativ/normativ und konativ bestehen. Die empirische Untersuchung wurde 2003/2004 in einem sorbischsprachigen (Bautzen/ Budyšin) und drei schwedischsprachigen (Kimito/Kemiö, Pargas/Parainen, Turku/Åbo) Gym¬nasien (Minderheitenschulen) durchgeführt. Der Feldforschungsphase gingen ein umfang¬reiches Literatur¬studium, Multiplikatorengespräche sowie eine Beobachtungsphase voraus. Die Befragung wurde durch strukturierte Interviews mit jeweils ca. 100 Informanten durch¬geführt. Die deutlichsten Unterschiede zwischen den beiden Gruppen sind bezüglich der Sprachkompetenz sowie des Sprachgebrauchs in den offiziellen Domänen zu finden, obwohl keine der Gruppen die Möglichkeiten zur Verwendung der Minderheitssprache ausschöpft. Parallelen sind jedoch zahlreicher als Unterschiede: u.a. die häufige Verwendung der Minderheitssprache in privaten Domänen, Präferenz der Majoritätssprache in offiziellen Domänen sowie die wichtige Stellung der Majoritätssprache und des Englischen in Domänen der Jugendkultur. Beide Gruppen fühlen sich außerdem häufig unter Druck, von der Minderheitssprache zur Majoritätssprache zu wechseln. Weitere Ähnlichkeiten zwischen den beiden untersuchten Gruppen sind die starke Verbundenheit mit der Minderheitssprache, die sehr schwache Verbundenheit mit den Nachbarsprachen und der vor allem instrumentelle Wert der Majoritätssprache. Die Studie leistet einen Beitrag zur Theoriebildung in Spracheinstellungen sowie zur Diskussion über die Mehrsprachigkeit in Europa, in dem sie ausgehend von ihren Ergebnissen Anregungen für Sprachpolitik anbietet.

Die Neurone der Hirnrinde sind in Mikroschaltkreisen, Modulen und Arealen organisiert. In dieser Doktorarbeit habe ich die Neurobiologie und Hirnrindenstruktur der Etruskerspitzmaus - ein neues Modelltier für neurobiologische Forschung - und die modulare Struktur des entorhinalen Kortex der Ratte untersucht. Die geringe Größe des Gehirns der Etruskerspitzmaus bietet besondere Vorteile für das Verständnis kortikaler Aktivität von Zellgruppen. Die entorhinale Kortex enthält sowohl gut definierte funktionelle als auch anatomische Module und bietet daher eine einzigartige Gelegenheit für das Studium ihrer Wechselbeziehungen. Die Organisation der Hirnrinde der Etruskerspitzmaus reflektiert die Spezialisierung als schnelle, auf taktile Reize spezialisierte Jäger. Mehrere kortikale Regionen, die ein Drittel des kortikalen Volumens ausmachen, reagieren auf taktile Reize. Eine kortikale Hemisphäre enthält nur etwa eine Million Neuronen. Basierend auf der Zellarchitektur und histochemischen Färbungen haben wir 13 kortikale Regionen definiert - eine große Zahl angesichts der geringen Größe des Spitzmausgehirns. Pyramidenzellnester in Schicht 2 des medialen entorhinalen Kortex sind einfach zu identifizieren und eignen sich als Bezugssystem für die verschiedenen modulären Strukturen dieser Hirnregion. Diese Pyramidenzellen bündeln ihre Dendriten hin zu einem Punkt, der sich mit erhöhten Konzentrationen von präsynaptischen cholinergen Markern überschneidet. Cholinerge Transmission ist ein wichtiger Bestandteil des Theta-Rhythmus und unsere Ergebnisse zeigen, daß Pyramidenzellen im Vergleich zu Sternzellen doppelt so stark Theta-moduliert sind. Da fast alle Gitterzellen stark Theta-moduliert sind, ist anzunehmen dass Pyramidenzellen eine wichtige Rolle für die räumliche Navigation spielen. In dieser Arbeit wurden an der Hirnrinde der Etruskerspitzmaus sowie der entorhinalen Hirnrinde der Ratte modellhaft Struktur-Funktions-Beziehungen in der Großhirnrinde aufgeklärt. / Neurons of the cerebral cortex are collectively organized into microcircuits, modules and cortical areas. Here, I study the neurobiology and cortical structure of the Etruscan shrew - a new model animal for neurobiological research - and the modular structure of the entorhinal cortex of the rat. The small size of the Etruscan shrew''s brain offers particular advantages for understanding cortical activity at the multi-cell level, due to its small number of cortical neurons and its intrinsic advantages for optical imaging approaches. The entorhinal cortex contains well-defined functional and anatomical modules and provides a unique opportunity for studying their interrelation. The organization of the cerebral cortex of the Etruscan shrew reflects their behavioral specialization as fast touch-and-kill hunters. Several cortical areas comprising a third of the cortical volume respond to vibrissal touch. One cortical hemisphere contains only about 1 million neurons. Cytoarchitecture and histochemical staining revealed 13 cortical regions - a large number considering the small size of the shrew''s brain. Pyramidal cell clusters in layer 2 of medial entorhinal are reliably identifiable and thus provide common anatomical framework for entorhinal cortex modularity. These cells form geometrically arranged clusters and bundle their dendrites towards a common point overlapping with presynaptic markers of cholinergic inputs. Cholinergic drive is an important component of theta-rhythmicity which we found to be two-fold stronger in pyramidal than in stellate neurons. Since nearly all grid cells are strongly theta modulated, we suggest that pyramidal cells may play an important role in microcircuits for spatial navigation. In this work, we studied the areal architecture of the Etruscan shrew cortex and the modular architecture of the rat medial entorhinal cortex as contributions towards understanding structure-function relations in the cerebral cortex.

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This research is about local actors' response to problems of uneven development and unemployment. Policies to combat these problems are usually connected to socio-economic regeneration in England and economic and employment promotion (Wirtschafts- und Beschäftigungsförderung) in Germany. The main result of this project is a description of those factors which support the emergence of local socio-economic initiatives aimed at job creation. Eight social and formal economy initiatives have been examined and the ways in which their emergence has been influenced by institutional factors has been analysed. The role of local actors and forms of governance as well as wider regional and national policy frameworks has been taken into account. Socio-economic initiatives have been defined as non-routine local projects or schemes with the objective of direct job creation. Such initiatives often focus on specific local assets for the formal or the social economy. Socio-economic initiatives are grounded on ideas of local economic development, and the creation of local jobs for local people. The adopted understanding of governance focuses on the processes of decision taking. Thus, this understanding of governance is broadly construed to include the ways in which actors in addition to traditional government manage urban development. The applied understanding of governance lays a focus on 'strategic' forms of decision taking about both long term objectives and short term action linked to socio-economic regeneration. Four old industrial towns in North England and East Germany have been selected for case studies due to their particular socio-economic background. These towns, with between 10.000 and 70.000 inhabitants, are located outside of the main agglomerations and bear central functions for their hinterland. The approach has been comparative, with a focus on examining common themes rather than gaining in-depth knowledge of a single case. Until now, most urban governance studies have analysed the impacts of particular forms of governance such as regeneration partnerships. This project looks at particular initiatives and poses the question to what extent their emergence can be understood as a result of particular forms of governance, local institutional factors or regional and national contexts. / Viele Klein- und Mittelstädte in Ostdeutschland und Nordengland stehen derzeit vor großen Herausforderungen, die durch demographische und ökonomische Umbrüche hervorgerufen worden sind. Insbesondere die altindustriell geprägten Städte außerhalb der großen Agglomerationsräume sind unter Zugzwang, weil ihre ökonomische Basis in Zeiten verschärfter Globalisierungsprozesse nicht mehr wettbewerbsfähig ist. Gleichzeitig können diese Städte nicht von den Standortvorteilen der Agglomerationsräume profitieren und müssen daher eigene Qualitäten entwickeln. Welche Chancen haben diese Städte vor dem Hintergrund anhaltend hoher Arbeitslosenzahlen und stetiger Rationalisierungsprozesse in der lokalen Industrie? Mit welchen Strategien können neue Potenziale erschlossen werden, die die Stadtentwicklung insgesamt voranbringen? Wie gehen Entscheidungsträger mit den Problemen um und inwiefern passen sie aktuelle Entwicklungsstrategien an neue Rahmenbedingungen an? Wie kann die soziale und ökonomische Entwicklung langfristig stabilisiert werden? Welchen Beitrag können dabei lokale Initiativen der Wirtschafts- und Beschäftigungsförderung leisten, und wie können solche Initiativen verstärkt gefördert werden? Diese Fragen stehen im Zentrum der empirischen Arbeit "Institutional perspectives of local development in Germany and England", die anhand von vier altindustriell geprägten Beispielstädten in Nordengland und Ostdeutschland Entstehungsfaktoren dieser Initiativen untersucht. In allen vier Städten gibt es eine Vielzahl lokaler Initiativen der Wirtschafts- und Beschäftigungsförderung (insgesamt über 40). Durch diese Initiativen verändert sich die lokale Wirtschaftsstruktur und wird dadurch weniger anfällig für negative Begleiterscheinungen der Globalisierung. Neben einer direkten Förderung solcher Initiativen liegen entscheidende Unterstützungsfaktoren vor allem im informellen Bereich. So tragen Netzwerke, die auf gemeinsamen Zielen und Wertvorstellungen basieren, maßgeblich zum Erfolg lokaler Initiativen bei. Die Arbeit zeigt dabei, dass für die Entstehung lokaler Initiativen vor allem auch lokale Faktoren ausschlaggebend sind und der Einfluss nationaler Politik letztlich weniger entscheidend ist. Allerdings kann die nationale Ebene wichtige Debatten anstoßen, die dann auch auf die lokale Ebene einwirken. Dies zeigt sich beispielsweise im Bereich der sozialen Ökonomie, wo die größere Zahl an Initiativen in Großbritannien mit einer verstärkten Förderung auf nationaler Ebene einhergeht, wohingegen die geringe Relevanz solcher Initiativen in Deutschland auf eine fehlende nationale Förderung der sozialen Ökonomie zurückgeführt werden kann.

Im Mittelpunkt der Arbeit steht Bildungssponsoring als organisatorisches Verfahren der Finanzierung. Verfahren regeln in Bildungsorganisationen und im Bildungswesen organisatorische Abläufe - das gilt auch für das Sponsoring. WATERKAMP thematisiert die Tatsache, dass die Abläufe in Bildungsinstitutionen und im Bildungswesen insgesamt durch Verfahren reguliert werden. Er weist auf die erziehungswissenschaftliche Relevanz des Themas "Verfahren" hin, die sich insbesondere in der international vergleichenden Sicht erschließt. Anknüpfend an diese Grundlegungen geht die Arbeit folgenden Fragen nach: Durch welche Besonderheiten ist das Finanzierungsverfahren "Bildungssponsoring" gekennzeichnet? Welche Varianten gibt es in den organisatorischen Abläufen des Bildungssponsorings? Welche Implikationen und Folgen hat diese Verfahren für die organisatorische und pädagogische Gestaltung der Bildung an beruflichen Schulen? Ziel dieser Untersuchung ist zu verdeutlichen, welche legalen, strukturellen und geistigen Voraussetzungen für eine positive Wirksamkeit des Verfahrens geschaffen und welche möglichen Risiken bei der Nutzung des Verfahrens berücksichtigt werden müssen.

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