Objetivando aferir uma possível relação entre a contaminação de fontes aquáticas com o manejo de animais, o presente estudo buscou detectar a presença de rotavírus em amostras de fezes bovinas e águas coletadas nos municípios de Rolante, Riozinho e Taquara, no Rio Grande do Sul. Nestas localidades, pertencentes ao Vale do Paranhana, foram coletadas 104 amostras de água de diferentes origens, incluindo água de torneira, açude, poço cavado, poço artesiano, arroio, rio e vertente. As coletas de água foram realizadas nas proximidades das propriedades rurais e nas mesmas. Além disso, foram coletadas 38 amostras de fezes bovinas em propriedades de gado de leite. As amostras de água foram submetidas a um processo de concentração de partículas virais e o RNA foi extraído seguindo metodologia padronizada. Para detecção de RNA genômico, foi empregada a reação de transcriptase reversa seguida de reação em cadeia da polimerase (RT-PCR) tendo como alvo o gene mais conservado dos rotavírus, codificante da proteína VP6. Para avaliar a presença de vírus infeccioso, as amostras foram inoculadas em células MA-104, HEp-2 e CRIB. Das amostras de água, 25 (24%) continham genoma de rotavírus, sendo 8,6% amostras do município de Rolante, 4,8% de Riozinho e 10,6% amostras coletadas em Taquara. Estas 25 amostras contendo genoma viral foram subsequentemente submetidas ao isolamento em cultivos celulares, em nenhuma delas foi observado efeito citopático característico de rotavírus (CPE). A extração de RNA desses cultivos, após três passagens consecutivas, não revelou a presença de genoma viral. Em relação às amostras de fezes examinadas, em nenhuma delas foi detectada a presença de genoma de rotavírus. Conclui-se que o isolamento, como empregado no presente estudo, não teve sensibilidade suficiente para viabilizar seu uso como técnica para identificar rotavírus como contaminante de águas. Vinte e quatro por cento das amostras de água continham rotavírus, mas sua origem ainda deve ser determinada. / The aim of present study was to assess a possible relationship between the contamination of water sources with animal husbandry in the region. In the localities belonging to Paranhana valley, the municipalities of Taquara, Rolante e Riozinho, were collected 104 water samples from different sources including tap water, ponds, dug wells, boreholes, streams, river and slopes. The water samplings were conducted in the vicinity of farms and on them. In addition, 38 fecal samples were collected from cattle dung from animals on propertie of dairy in Taquara.Water samples were subjected to a process of viral particles concentration and RNA extraction following standard methodology. For genomic RNA detection, were used reverse transcriptase followed by polymerase chain reaction (RT-PCR) targeting the most conserved gene of rotaviruses, gene encoded the viral protein 6 (VP6).To evaluate the presence of infective viruses samples were inoculated on MA-104 cells, HEp-2 and CRIB. Of all water samples, 25 (24%) contained genome of rotavirus, 8,66% samples from Rolante, 4,81% samples from Riozinho and 10, 59 samples collected on Taquara. The 25 samples containing viral genome which all were subsequently subjected to isolation in cultured cells, none were observed cytopathic effect typical of rotavirus (CPE). RNA extraction of these inoculations after three consecutive passages did not reveal the presence of rotavirus genomes. Regarding the stool samples, none were detected presence of rotavirus genome. Viral isolation, as used in this study did not have sufficient sensitivity to enable its use as a technique for rotavirus identification as water contamination.

A presente tese versa sobre estudos realizados visando a identificação de novos agentes virais em frangos comerciais. No primeiro capítulo, a identificação do girovírus aviário tipo 2 (AGV2) é reportada. Um genoma viral de 2383 nt foi amplificado a partir soros de frangos comerciais por amplificação randômica de DNA. A análise da sequência do produto amplificado, revelou que cerca de 40% das sequencias de nucleotídeos apresentavam similaridade com o genoma do vírus da anemia infecciosa das galinhas (CAV). Dado o baixo grau de identidade com o CAV, o genoma identificado justificou a proposição de um novo tipo de vírus, dentro do gênero gyrovírus foi denominado “girovírus aviário tipo 2” (AGV2). O genoma do AGV2 tem organização semelhante a do CAV, com percentagens de similitude de aminoácidos nas regiões codificantes, correspondentes às proteínas virais VP1, VP2 e VP3 do CAV de 38,8%, 40,3% e 32,2%, respectivamente. A fim de analisar a amplitude da disseminação deste agente, foi realizado um estudo para identificar a ocorrência do AGV2 em granjas de frangos de outras regiões. Para atingir esse objetivo, uma PCR específica ao AGV2 foi desenvolvida para amplificar o DNA viral extraído de bulbos de penas da asa e órgãos de frangos. Essa técnica permitiu a detecção do AGV2 em aves de outros locais na Região Sul do Brasil. O DNA viral foi detectado em 90,7% (98/108) das amostras coletadas no estado do Rio Grande do Sul e 60,4% (29/48) das amostras do estado de Santa Catarina. Os mesmo primers da PCR foram adaptados para examinar tecidos de cérebro de galinhas da Holanda. Nessas amostras o DNA do AGV2 foi detectado em nove das 21 (42,9%) amostras de tecidos cerebrais em aves com lesões hemorrágicas. Essas descobertas fornecem evidências de que infecções de AGV2 são generalizadas e não se restringem a Região Sul do Brasil. Além disso, esses estudos permitiram a identificação de variantes do DNA genômico do AGV2. Análises filogenéticas demostraram que os genomas examinados poderiam ser divididos em três grupos, com base em diferenças nos genes das ORFs das proteínas VP2 e VP3. Em conclusão, a presente tese abrange estudos da identificação de um vírus aviário, até então desconhecido, denominado girovírus aviário tipo 2, que encontra-se amplamente distribuído. A associação deste agente com enfermidades em aves será tema de estudos que estão sendo realizados. / This thesis concerns studies carried out in search for new viral agents in commercial poultry flocks. In the first chapter, the identification of the genome of avian gyrovirus type 2 (AGV2), a new Gyrovirus, is reported. The viral genome the 2383-nucleotide sequence was amplified from sera of commercial broilers by random DNA amplification. Sequence analysis of the amplified product showed that the putative viral sequence had about 40% nucleotide similarity with the genome of its closest relative, chicken anemia virus (CAV). Such low degree of nucleotide similarity justified its classification as a new virus type within the genus, to which the name avian gyrovirus type 2. The amino acid similarity between the predicted viral proteins VP1, VP2 and VP3 of AGV2 and those of CAV was 38.8%, 40.3%, and 32.2%, respectively. In order to examine the amplitude of dissemination of this agent, it became necessary to carry out a search for AGV2 genomes in poultry flocks from other regions. To achieve such objective, an AGV2-specific PCR was designed to amplify viral DNA from nuclei acid extracted from poultry feather shafts. This allowed detection of AGV2 genomes in flocks from other locations in Southern Brazil. Viral DNA was detected in 98/108 (90.7%) of samples collected in the state of Rio Grande do Sul and 29/48 (60.4%) of the samples collected in the state of Santa Catarina. The same PCR primers were adapted to examine brain tissues of chickens from the Netherlands. In such samples, AGV2 DNA was detected in nine out of 21 (42.9%) brain tissue samples from birds with haemorragic lesions. These findings provided evidence that AGV2 infections are widespread and are not restricted to Southern Brazil. In addition, these studies allowed the identification of genomic variants of AGV2. Phylogenetic analyses demonstrated that such genomes could be divided into three clusters. In conclusion, this thesis encompasses studies on the identification of a previously unreported virus, named avian gyrovirus 2, which was later shown to be widely distributed. The relationship between this agent and disease in poultry will be subject of further studies which are being performed in continuation to this work.

O vírus da cinomose canina (CDV) é classificado no gênero Morbillivirus da família Paramyxoviridae e é o agente etiológico de uma das mais importantes doenças virais de canídeos domésticos. A cinomose ocorre em todo o mundo e produz alta mortalidade em populações imunologicamente naïve. Apesar de encontrar-se bem controlada pela vacinação, casos de cinomose ocorrem esporadicamente tanto em cães vacinados quanto em não vacinados. Uma das causas suspeitas desta falha vacinal é a grande variabilidade genética entre cepas de CDV. O objetivo deste trabalho foi detectar e analisar a variabilidade genética do CDV circulante no País. Foram coletados 386 suabes retais de cães em diversas regiões do Brasil, dos quais se detectaram 155 positivos através de uma RT-nested-PCR de um fragmento do gene do nucleocapsídeo. Destes, 23 foram selecionados para amplificação parcial do gene da hemaglutinina, sequenciamento e análise filogenética. A grande maioria das sequências obtidas agrupou no genótipo América do Sul-I, que inclui isolados da Argentina e do Uruguai, com exceção de uma amostra similar à cepa vacinal Rockborn. A análise filogenética sugere a presença de pelo menos sete subgenótipos do genótipo América do Sul-I circulando neste continente. O grupo América do Sul-II é formado somente por isolados da Argentina. Além disso, propõe-se que este grupo e os clados Rockborn-like e Europa Selvagem sejam denominados subgenótipos dentro de um genótipo único. / Canine distemper virus (CDV) is classified in the genus Morbillivirus within the family Paramyxoviridae and is the etiologic agent of one of the most important viral diseases of domestic Canidea. It occurs worldwide and produces high mortality in immunologically naïve populations. Despite being well controlled by vaccination, cases of canine distemper occur sporadically in vaccinated and unvaccinated dogs. One of the suspected causes of this vaccine failure is the great genetic variability between strains of CDV. The objective of this study was to detect and analyze the genetic variability of CDV circulating in our country. Rectal swabs were collected from 386 dogs in various regions of Brazil, of which 155 were found positive by a nested RT-PCR of a fragment of the nucleocapsid gene. Of these, 23 were selected for partial amplification of the hemagglutinin gene, sequencing and phylogenetic analysis. The vast majority of sequences obtained grouped in genotype South America-I, which includes isolates from Argentina and Uruguay, with the exception of a sample similar to the vaccine strain Rockborn. Phylogenetic analysis suggests the presence of at least seven subgenotypes belonging to South America-I genotype, circulating in this continent. The group South America-II consists only of isolates from Argentina. Furthermore, it is proposed that this group and clades Rockborn-like and Europe Wildlife are denominated subgenotypes within a single genotype.

Atualmente, o Brasil é o segundo maior produtor e exportador mundial de frango. Doenças respiratórias compreendem o principal problema sanitário e levam à condenação de um grande número de carcaças, além de perdas na produtividade. Dentre estes problemas, o vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) tem adquirido grande importância nos últimos anos, devido a surtos da doença clínica, como em Bastos (SP) em 2002. Mais recentemente, VLTI vem sendo isolado de galinhas e perus das regiões Sudeste-Sul do Brasil. Dando continuidade aos trabalhos desenvolvidos no laboratório, um isolado de peru foi inoculado experimentalmente em galinhas e perus susceptíveis reproduzindo a doença de forma branda em ambas as espécies. Também foram testados diferentes cultivos celulares de linhagem CER, CEC-32, HD11, Vero e um primário de embrião de galinha para a efetiva replicação do ILTV, com o propósito de aumentar o título viral e a qualidade do DNA viral extraído. O cultivo primário de fibroblasto de embrião de galinha foi o cultivo mais eficiente na replicação do ILTV dentre todos os estudados. Isolados de perus e galinhas foram seqüenciados a partir das regiões genômicas da timidina kinase e glicoproteína C, e alinhados com uma cepa vacinal e amostras de referência, obtidas no GenBank, demonstrando alta similaridade entre as amostras, sugerindo uma origem comum recente. Com o propósito de desenvolvimento de um recombinante com deleção da glicoproteína E, com o objetivo de atenuar a virulência do ILTV, foi concluído um cassete de clonagem contendo as regiões flanqueadoras da glicoproteína E e um gene marcador EGFP. / Actually, Brazil is the second major poultry producer and exporting country. Respiratory diseases comprising the most important sanitary problems that leads to condemnation of many poultry carcass and productivity losses. Between these problems, the laryngotracheitis virus (ILTV) is displaying great importance following by outbreaks of the disease, such as that occured in Bastos (SP), 2002, Brazil. Epidemiological studies showed the presence of antibodies from avian flocks and the existence of carrier birds without clear clinical signs. More recently, the ILTV has been isolated from chicken and turkeys of the southest-south of Brazil. Continuing the works at laboratory, a turkey isolate was inoculated experimentally in susceptible chicken and turkeys and the reproducible of a mild disease was displayed in both species. Also, different line cell cultures CER, CEC-32, HD11, Vero and a primary fibroblast cell culture were tested for the effective propagation of ILTV with the propose to get greatest titers and the quality of viral DNA extracted. The primary fibroblast cell culture was the most efficient to replicate ILTV. Turkey and chicken isolates was sequenced from de regions of thymidine kinase and glycoprotein C and were alignment with a vaccine strain and reference strains (GenBank) displaying high homology between them, suggesting a common origin. A cloning cassette containing the regions flanking glycoprotein E and a marker gene EGFP was constructed with the purpose to develop a recombinant with deletion of the glycoprotein E.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-05-17T11:50:55Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1288058 bytes, checksum: 45b5a45c90b8a794c2f6a5666113f13e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-17T11:50:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1288058 bytes, checksum: 45b5a45c90b8a794c2f6a5666113f13e (MD5) Previous issue date: 2008-08-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Herpesvirus equino 1 (EHV-1), um importante patógeno de cavalos, foi escolhido como vírus alvo, pois representa uma família altamente patogênica e apesar de já haver vacinas contra ele, elas são pouco eficientes. Assim, um novo tratamento que evite perdas financeiras irreparáveis em criações de cavalos é bastante relevante. Por outro lado, os produtos naturais são alvos das mais diversas pesquisas para formulação de novos medicamentos, dentre eles os antivirais por possuírem um elevado potencial terapêutico. Neste trabalho, realizamos ensaios biológicos em cultivo celular com células Vero para determinar o efeito citotóxico e os potenciais antivirais de 8 compostos (quatro substâncias puras, um extrato de microrganismo e três extratos vegetais de uma mesma espécie). As citotoxicidades foram determinadas por microscopia óptica e confirmadas usando uma variação do método colorimétrico baseado na redução do sal MTT. Com o objetivo de investigar in vitro o potencial antiviral de cada tratamento sobre o EHV-1, foi feita a avaliação da redução de título viral por visualização do efeito citopático seguida de titulação viral em três ensaios antivirais, o de “Inativação Direta”, o “End Point” e o “Timing of Addition”. O primeiro teve como objetivo determinar se os tratamentos possuem ação sobre as partículas virais desestabilizando-as ou se ligando a elas de forma irreversível. O segundo tem como objetivo determinar se as substâncias puras ou presentes nos extratos se ligam aos receptores celulares ou a outras estruturas moleculares causando modificações celulares duradouras. O terceiro foi realizado com o objetivo de determinar a ação dos compostos sobre quatro etapas do ciclo infectivo viral, avaliando se apresentam ação antiviral em fases específicas da infecção. Os resultados dos testes demonstraram que as concentrações máximas não tóxicas obtidas foram respectivamente, 70, 100, 120, 110 e 70 μg/mL para a quercetina, morina, rutina, ácido trans-cinâmico e monascus; 40, 40 e 90 μg/mL para os extratos E1, E2, E3, respectivamente e 3,0% (v/v) para o DMSO. Nas concentrações testadas, o DMSO não causou variação significativa no título viral em nenhum dos testes, sendo, portanto, um composto inerte. A rutina não demonstrou ação antiviral significativa em nenhum dos testes. Os extratos apresentaram maior potencial antiviral contra o EHV-1 in vitro, seguidos das substâncias quercetina e morina. Nos resultados do teste de inativação direta, foi observada a ação dos três extratos, da quercetina e da morina. O E3 foi o único a apresentar ação no teste “End Point”. No “Timing of Addition”, todos os compostos apresentaram ação antiviral em pelo menos uma etapa de infecção, com exceção da rutina. A morina e o monascus sobre a adsorção, o ácido trans- cinâmico sobre os receptores celulares e na adsorção, a quercetina e o E2 nas fases de adsorção e penetração viral, e o E1 e o E3 em todas as fases. O processo de adsorção foi o mais afetado pelos compostos, sugerindo ação principalmente sobre as partículas virais e receptores celulares, impedindo momentos iniciais da infecção. Possivelmente, há nos extratos um efeito sinérgico decorrente da ação de mais de um composto. Com os resultados encontrados neste trabalho, concluímos que estes compostos poderão ser de grande importância nas medicinas veterinária e humana para prevenção e tratamento de infecções virais e para formulação de novos medicamentos. / The Equine herpesvírus 1 (EHV-1), a important pathogen of horses, was chosen as target virus because it represents a highly pathogenic family and although we already have vaccines against it, they are inefficient. Thus, a new treatment that avoid irreparable financial loses in creations of horses is quite relevant. On other hand, due to their high therapeutic potential, the natural products are targets of various researches for formulation of new medicines. In this work, we made biological assays in Vero’s cell culture to determine the cytotoxic effect and antiviral potential of 8 compounds (four pure substances, one microorganism extract and three plant extracts from the same specie). The cytotoxicidates were determined by optical microscopy and confirmed by using a variation of colorimetric method based on MTT salt reducing. In order to investigate in vitro the antiviral potential from each treatment on the EHV-1, we did the viral title reduction evaluation by viewing the cytopathic effect followed by viruses titration in three antiviral assays, "Direct Inactivation", "End Point" and "Timing of Addition". The first aimed to determine whether treatments have action on the viral particles, destabilizing them or binding to them on an irreversible way. The second aims to determine whether the pure substances or those who are in extracts bind to cell receptors or other molecular structures causing lasting cellular changes. The third was carried out to determine the action of the compounds on four stages of the viral infective cycle, assessing whether they have antiviral action in specific stages of infection. The assay results showed that the maximum non-toxic concentrations obtained were respectively, 70, 100, 120, 110 and 70 μg/mL to quercetin, morin, rutin, cinnamic acid and monascus; 40, 40 and 90 μg/mL to extracts E1, E2, E3, respectively and 3.0% (v/v) to DMSO. In the tested concentrations, the DMSO didn’t cause significant variation in viral title in any of the assays, being, therefore, an inert compound. The rutin has not shown significant antiviral action in any of the tests. The extracts had greater antiviral potential against EHV-1 in vitro, followed by quercetin and morin. In the direct inactivation assay results, it was observed the action of three extracts, of quercetin and of morin. The E3 was the single to submit action in the assay ‘’End Point ". In the "Timing of Addition," all compounds showed antiviral action in at least one infection stage, except for rutin. Morin and monascus on adsorption, cinnamic acid on cell receptors and adsorption, quercetin and E2 during the adsorption and viral penetration phases, and E1 and E3 at all stages. The adsorption process was the most affected by compounds, suggesting action mainly on the viral particles and cell receptors, preventing infection initial stages. Possibly, there is in extracts a synergic effect resulted from action of more than one compound. With the results found in this work, we find that these compounds may have great importance in human and veterinary medicines for prevention and treatment of viral infections and for formulation of new medicines. / Dissertação antiga, liberada do sigilo via e-mail em 17/05/2016 pelo Dpto e Orientadora

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-14T10:00:55Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1540861 bytes, checksum: c42c7004648b800ccaa5bd04bd6ec71e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T10:00:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1540861 bytes, checksum: c42c7004648b800ccaa5bd04bd6ec71e (MD5) Previous issue date: 2006-03-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Durante a coevolução entre vírus e hospedeiro desenvolve-se uma interação complexa envolvendo diversos mecanismos de ataque do patógeno, e de defesa do hospedeiro. A alteração no padrão de expressão gênica do hospedeiro é uma conseqüência desses mecanismos. Entretanto, o conhecimento sobre os efeitos da infecção viral na expressão gênica ainda é limitado. Com o objetivo de identificar genes diferencialmente expressos em uma interação vírus - planta, uma biblioteca subtrativa foi produzida a partir de plantas suscetíveis de tomateiro infectadas pelo potyvírus Pepper yellow mosaic virus (PepYMV), utilizando-se folhas inoculadas, 72 horas após a inoculação. Foram identificados 777 genes diferencialmente expressos durante a infecção viral, que possuem homologia com proteases, proteossomos, diversos fatores de transcrição, proteínas envolvidas na via de ubiquitinação, proteínas de resposta a choque térmico, catalases, proteínas envolvidas em silenciamento gênico, dentre outras. Também foram identificados 104 genes reprimidos, que da mesma forma apresentaram homologia com genes envolvidos em diversas vias celulares. A expressão diferencial dos genes foi validada por RT- PCR quantitativo e análise de macroarranjos. O estudo dos genes identificados, em conjunto com as informações sobre o ciclo de infecção viral, proporciona uma visão global de como o vírus utiliza fatores do hospedeiro para a biossíntese de proteínas virais e infecção de novos tecidos, e também das respostas de defesa do hospedeiro na tentativa de conter, ou ao menos minimizar, os danos causados pela infecção viral. A análise funcional dos genes identificados será necessária para determinar seu papel específico na interação. / During co-evolution between virus and host, a complex interaction has been developed involving several mechanisms of pathogen attack and host defense. Host defense responses cause up- and downward shifts in gene expression. However, the effects of viral infection in the host s gene expression profile are still poorly understood. With the objective of identifying differentially expressed genes in a virus- host interaction, susceptible tomato plants were inoculated with the potyvirus Pepper yellow mosaic virus (PepYMV), and a subtractive library was constructed based on mRNA extracted from inoculated leaves at 72 h after inoculation. A total of 777 genes differentially expressed were identified, including genes involved in a number of plant defense responses as well as transcriptional regulators and signaling proteins, including catalase, aldolase, cystein proteases, heat shock proteins, polyubiquitin, proteassome subunits, proteins involved in gene silencing, among others. A total of 104 down-regulated genes were also identified, which likewise display homology with genes involved in several metabolic pathways. Differential expression of selected genes was validated by quantitative RT-PCR and macroarray analysis. The study of these genes, together with information on the viral infection cycle, provides a global view of the host factors used by the virus to synthesize its proteins and to infect new cells and tissues, as well as the responses from the host, in its attempt to contain or at least minimize the damage caused by the infection. Functional analysis of these genes will be necessary in order to determine their specific role in the interaction. / Não foi encontrado o currículo lattes do autor.

A síndrome da má absorção (SMA), caracterizada pelo mau desenvolvimento e desuniformidade do lote de aves, causa importantes prejuízos econômicos à avicultura comercial. No entanto, por se tratar de uma doença multifatorial e possivelmente polimicrobiana, o envolvimento do parvovírus de galinha (ChPV) na ocorrência da SMA ainda é pouco conhecido. Com o propósito de elucidar a possível associação entre a presença do ChPV e a ocorrência da SMA, foram desenvolvidas e aplicadas ferramentas moleculares para a detecção e quantificação do ChPV em amostras de frangos comerciais no Estado do Rio Grande do Sul. Uma PCR quantitativa foi desenvolvida para detectar e quantificar cópias do genoma (CG) do ChPV em amostras de suabes de cloaca de 59 frangos saudáveis e 68 frangos com sinais clínicos sugestivos de SMA. Os resultados revelaram que todas as amostras dos dois grupos investigados, continham o genoma do ChPV. No entanto, a carga viral em frangos com SMA foi significativamente (p≤0,0001) maior (1x105 CG/100 ng DNA) do que em frangos saudáveis (1,3x103 CG/100 ng DNA). Adicionalmente às amostras de cloaca, o ChPV também foi investigado em amostras de tecidos (fígado, timo, baço, bursa de Fabricius - BF e intestino) e soros provenientes de nove frangos saudáveis e 50 frangos com sinais indicativos da SMA. O ChPV foi encontrado tanto em aves saudáveis como nas aves com SMA, no entanto, observou-se uma diferença na distribuição deste agente nos tecidos analisados. O genoma do vírus foi mais frequentemente detectado na BF, baço e intestino das aves com SMA, sendo que o intestino foi o tecido que apresentou maior carga viral. Os resultados encontrados nestes estudos demonstraram que o genoma viral estava altamente disseminado nas aves investigadas. Além disso, observou-se uma maior carga viral em frangos de corte com SMA quando comparado com aves sadias. Com base nos resultados encontrados, sugere-se que a maior carga viral de ChPV existente em aves com SMA, em relação a aves saudáveis, seja um dos fatores que favoreça a ocorrência da síndrome. / The malabsorption syndrome (MAS), characterized by the poor development and lack of uniformity of chicken flocks, causes significant economic losses to commercial poultry. However, because it is a multifactorial and possibly polymicrobial disease, the involvement of Chicken parvovirus (ChPV) in the MAS occurrence is still not clear. In order to elucidate the possible association between the presence of ChPV and the occurrence of MAS, molecular tools were developed and applied for the detection and quantification of ChPV DNA in commercial poultry samples in the state of Rio Grande do Sul. A quantitative PCR was developed to detect and quantify the ChPV genome copies (GC) in cloacal swab samples of 59 healthy broilers and 68 broilers with clinical signs suggestive of MAS. The results showed that all investigated samples of the two groups contained the genome ChPV. However, viral loads in MAS-affected animals were significantly (p≤0.0001) higher (1x105 GC/100 ng DNA) than in healthy broilers (1.3x103 GC/100 ng DNA). In addition to the cloacal samples, the presence of ChPV DNA was also investigated in tissue samples (liver, thymus, spleen, bursa of Fabricius - BF and intestine) and sera from nine healthy broilers and 50 broilers with signals indicative of MAS. The ChPV was found in healthy avian as well MAS-affected, however, there was a difference in the distribution of this agent in those tissues. The virus genome was more frequently detected in the BF, spleen and intestines of the MAS-affected broilers, and the intestines contained the highest viral loads, in comparison with other tissues. Our results demonstrated that the viral genome can be found in both healthy and MAS-affected broilers. In addition, higher viral loads were detected in broilers with signs suggestive of MAS compared to healthy birds. Based on these results, it is suggested that the greatest viral load of ChPV existing in MAS-affected broilers when compared to healthy birds, is one of the factors that favor the occurrence of the syndrome.

Os vírus entéricos causam infecções que podem ocasionar uma alta morbidade e mortalidade em cães. A diarreia se destaca como o principal sinal clínico e a subsequente desidratação pode causar a morte do animal. O Carnivore protoparvovirus 1 (CPV-2), Canine mastadenovirus A tipo 1 (CAdV-1), o Canine coronavirus (CCoV), o Canine rotavirus (CRV) e o Canine distemper virus (CDV) são considerados os principais agentes que causam gastroenterite viral aguda em cães jovens. O objetivo deste trabalho foi detectar a presença destas cinco espécies virais na população de cães do Brasil. Para isto, foram coletados 325 suabes retais de cães com ou sem diarreia, jovens (> 6 meses) e adultos (< 6 meses), com ou sem histórico de vacinação e de diversas regiões do Brasil. As amostras foram analisadas através da reação em cadeia da polimerase (PCR) ou transcrição reversa seguida de PCR (RT-PCR) utilizando iniciadores específicos para cada um dos agentes virais. Resultaram 81% (264/325) das amostras positivas para um destes vírus, das quais 30,7% (100/325) foram positivas para o CPV-2, 25,5% (83/325) para o CDV, 17,2% (56/325) para o CCoV, 4,6% (15/325) para o CRV e 2,7% (9/ 325) para o CAdV-1. Algumas amostras apresentaram co-infecções, sendo que as espécies mais predominantemente encontradas em co-infecções foram o CDV e CPV-2 em 15,4% (50/325) e 15,0% (49/325), respectivamente, seguidos do CCoV em 10,1% (33/325,), CRV em 3,0% (10/325) e CAdV-1 em 1,5% (5/325) das amostras. A associação viral mais observada foi CDV e CPV-2 em 31/325 (9,5%) amostras positivas para ambos os vírus. Em conclusão, os resultados demonstram que CPV-2, CDV e CCoV são os principais vírus entéricos patogênicos que circularam no Brasil entre os anos de 2008 e 2014, infectando mais frequentemente animais jovens. / Enteric viruses cause infections that lead to high morbidity and mortality. Diarrhea is the main clinical sign, whose subsequent dehydration can cause death of the animal. Carnivore protoparvovirus 1 (CPV-2), Canine mastadenovirus A (CAdV-1), Canine coronavirus (CCoV), Canine rotavirus (CRV) and Canine distemper virus (CDV) are considered the main agents that cause acute viral gastroenteritis in young dogs. The aim of this study was the detection of these five viral species in dogs from Brazil. Rectal swabs from 325 dogs, puppies (< six months old), adult dogs (> 6 months old), with or without a history of vaccination, were collected from various regions of the country. The samples were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) or reverse transcription following followed by PCR (RT-PCR) using oligonucleotides specific for each one of this virus. As result, 81% (264/325) of the samples were observed to be positive for at least one virus, 30,7% (100/325) were positive for CPV-2, 25,5% (83/325) for CDV, 17,2% (56/325) for CCoV, 4,6% (14/325) for CRV and 2,7% (9/325) for CAdV-1. Some samples showed co-infection, where the species most predominantly found were CDV and CPV-2 with 15,4% (50/325) and 15,0% (49/325), respectively, followed by CCoV with 10,1% (33/325,), CRV with 3,0% (10/325) and CAdV-1 1,5% (5/325). The most observed viral association was CDV and CPV-2, with 31/325 (9,5%) positive samples for both viruses. In conclusion, the results showed that CPV-2, CDV and CCoV are the main pathogenic enteric viruses that circulated in Brazil between the years 2008 and 2014, infecting more frequently puppies.

A bovinocultura é um dos destaques do agronegócio brasileiro no cenário mundial, uma vez que o País tem o maior rebanho bovino comercial do mundo e é o maior exportador de carne bovina. Para manter e melhorar a competitividade no mercado internacional é fundamental o monitoramento da sanidade animal e a aplicação de programas sanitários adequados e eficientes, especialmente em relação às doenças virais que causam grande impacto na produtividade. As infecções em bovinos causadas por pestivírus resultam em grandes perdas econômicas em todo mundo. Estas podem variar de subclínicas até fatais e pode envolver sinais clínicos respiratórios, reprodutivos e digestivos. As espécies virais pertencentes à família Flaviviridae, gênero Pestivirus, que causam estas infecções são: vírus da diarreia viral bovina tipo 1 (BVDV-1), BVDV tipo 2 (BVDV-2) e vírus da doença da fronteira (BDV), além de um pestivírus atípico, o vírus Hobi-like. O objetivo deste trabalho foi caracterizar filogeneticamente isolados de pestivírus detectados no Brasil entre 1995 e 2014. Para isso, 89 isolados de pestivírus foram amplificadas por RT-PCR, sequenciadas e analisadas filogeneticamente em três regiões genômicas, região 5’ não traduzida (5’UTR), autoprotease N terminal (Npro) e glicoproteína 2 (E2). Estes isolados eram provenientes de amostras biológicas de bovinos, soro fetal bovino e de cultivos celulares contaminados, de seis estados brasileiros (PB, PR, MS, MT, RS, SC). No total, 53,9% das sequências foram identificadas como BVDV-1, 33,7% como BVDV-2 e 12,3% como vírus Hobi-like. Os subgenótipos predominantes foram BVDV-1a (35,9%) e BVDV-2b (31,4%), porém, BVDV-1b (10,1%), 1d (6,7%), 2c (2,2%) e 1e (1,1%) também foram identificados. O BVDV-1e e 2c foram descritos pela primeira vez no Brasil. Estes resultados poderão contribuir para o desenvolvimento de vacinas e testes de diagnósticos mais eficazes, visando futuros programas de controle e erradicação destes vírus no País. / The livestock is one of the highlights of Brazilian agribusiness in the world scenario. Since Brazil has the world’s largest commercial cattle population and is the largest beef exporter. To maintain and improve the competitiveness in the international market, is essential to monitor the animal health and the application of appropriate and efficient disease control programs, especially in relation to viral diseases, which cause major impact on productivity. Infection caused by pestiviruses in cattle results in great economic losses worldwide. It can vary from subclinical to fatal, and may involve respiratory, reproductive and digestive clinical signs. The viral species belongs to the family Flaviviridae, genus Pestivirus, that are the bovine viral diarrhea virus type 1 (BVDV-1), BVDV type 2 (BVDV-2) and border disease virus (BDV), and one atypical pestivirus, the Hobi-like virus. The aim of this study was to phylogenetically characterize pestiviruses detected in Brazil between 1995 and 2014. For this, 89 pestivirus isolates were amplified by RT-PCR, sequencing and phylogenetically analyzed in three genomic regions, 5’ untranslated region (5’UTR), N terminal autoprotease (Npro) and envelope glycoprotein 2 (E2). These isolates were from biological samples of cattle, fetal bovine serum and contaminated cell cultures from six Brazilian Federal States (PB, PR, MS, MT, RS, SC). In total, 53.9% sequences were identified as BVDV-1, 33.7% as BVDV-2 and 12.3% as Hobi-like viruses. The predominant subgenotypes were BVDV-1a (35.9%) and BVDV-2b (31.4%). Furthermore, BVDV-1b (10.1%), 1d (6.7%), 2c (2.2%) and 1e (1.1%) were also identified. The BVDV-1e and 2c were described for the first time in Brazil. These results will contribute for the development of more efficient vaccines and diagnostic tests, aiming future pestivirus control and eradication programs in Brazil.

Made available in DSpace on 2016-01-07T13:41:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 jonathan_oliveira_ioc_mest_2014.pdf: 2250142 bytes, checksum: 1ef72016a6815c4200fb3797c82d3e75 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A Mata Atlântica é um dos biomas de maior biodiversidade e um dos mais ameaçados, principalmente pelo processo de fragmentação florestal. Roedores e marsupiais formam o grupo mais diversificado dentre os mamíferos e exercem influência no dinamismo de florestas neotropicais, sendo bons indicadores de alterações na paisagem. Além disso, este grupo é de grande interesse para saúde humana, pois diversas espécies estão envolvidas em ciclos zoonóticos. Os roedores em particular, são hospedeiros específicos dos hantavírus, e o acompanhamento do seu ciclo de transmissão em áreas silenciosas para hantavirose contribui para estudos epidemiológicos sobre a doença. Os objetivos desse estudo foram: a) levantar a fauna de pequenos mamíferos de áreas fragmentadas de Mata Atlântica predominantemente na região noroeste fluminense; b) identificar os indivíduos por taxonomia integrativa; c) avaliar a influência de variáveis geográficas e de habitat na composição de espécies; d) avaliar a infecção por hantavírus nos roedores capturados e a preferência de habitat das espécies infectadas. Foram capturados 128 roedores e 81 marsupiais em 11 fragmentos florestais e em áreas de matriz alterada nos municípios de Cambuci, Miracema, Sumidouro e Varre-sai A identificação taxonômica dos animais capturados foi feita por morfologia externa, cariotipagem e análises moleculares para os gêneros Trinomys, Calomys, Oligoryzomys e Akodon. A composição de espécies foi relacionada ao tamanho, forma e grau de isolamento dos fragmentos florestais, distância entre fragmentos e também a características do habitat (complexidade e heterogeneidade) por regressão múltipla de matrizes de similaridade. A similaridade na composição de espécies nos fragmentos e nos municípios foi então avaliada por dendrogramas de dissimilaridade. As amostras sorológicas dos roedores capturados foram submetidas ao teste imunoenzimático (ELISA) para detectar a infecção por hantavírus. A preferência do hábitat da única espécie sororreativa para infecção por hantavírus (Akodon 2 cursor) foi avaliada por modelo linear generalizado utilizando as variáveis de habitat (os três primeiros componentes de uma análise de componentes principais) como variáveis independentes e a abundância de A. cursor nas estações de captura como variável dependente. A composição de espécies de pequenos mamíferos não foi influenciada pelos descritores geográficos e de hábitat. No dendrograma gerado pela similaridade na composição de espécies nos fragmentos observou-se que fragmentos que continham apenas espécies mais generalistas agruparam-se separadamente dos que continham ao menos uma espécie especialista Similarmente, paisagens amostradas que eram mais conservadas agruparam-se separadamente daquelas mais perturbadas. Akodon cursor, única espécie sororreativa, prefere áreas com dossel mais aberto e mais baixo, com sub-bosques abertos e com mais caules herbáceos e lenhosos, mostrando que esta espécie está adaptada a ambientes alterados. A ocorrência de circulação de hantavírus neste roedor e sua preferência por habitat alterado,sinaliza a importância da continuidade nos estudos sobre a circulação de hantavírus no estado do Rio de Janeiro, especialmente em áreas estudadas onde a paisagem encontra-se fragmentada e composta por espécies em sua maioria generalistas / he Atlantic rainf orest is one of the species’ richest biomes and one of the most threate ned, mainly by forest fragmentation. Marsupials and rodents are most diverse group among the mammals and influence the dynamics of N eotropical forests, being g reat indicators of landscape changes. Furthermore, this group is important to human health,becaus e s ome species are involved in zoonotic cycles . Some rodents , in particular , ar e specific hosts for hantaviru s; the monitoring of such species and the parasite transmission cycle in silent areas for hantavirus contributes to epidemiolog ical studies of the disease. The objectives of this study were: a) to perform an inventory of sm all mammal s in fragmented A tlantic f orest areas predominantly in the northwest region of the Rio de Janeiro state ; b) to identify specimens by integrative taxonomy; c) to evaluate the influence of geographic variables and habitat characteristics in species composition; d) to evaluate the hantavirus infection in rodents and to investigate habitat preference of the infected species. T he captured animals were identified by external mo rphology, karyotyp e and molecular analy s es for the genus Trinomys , Calomys , Akodon and Oligoryzomys . The influence of fragment size, shape and degree of isolation , distance between fragmentsand habitat features (complexity and heterogeneity) on species com position was tested using a multiple regression of dissimilarity matrices . S pecies composition in fragments and fragmented landscapes as a whole was then evaluated by cluster analysis using Jaccard similarity index and Wad’s method of linkage . The serum sa mples of rodents were subjected to enzyme - linked immuno no sorbent assay (ELISA) to detect hantavirus infection. The habitat preference of Akodon cursor (the only species infected with hantavirus) was tested by generalized linear model with habitat features (the first three principal components of a Principal Component Analysis) as independent variables and A. cursor abundance in capture stations as the dependent variable . We obtained 128 rodents and 81 marsupials captured in 11 forest fragments and areas in the disturbed matrix in the municipalities of Cambuci, Miracema, Sumidouro e Varre - sai . The species composition of small mammals was not influenced by any geographic and habitat descriptors. In the dendrogram generated by the similarity in species composit ion in fragments , we observed t hat fragments containing only generalist species w ere clustered separately from those that had at least one specialist species. Similarly, conserved landscapes clustered separately from disturbed ones . A kodon cursor prefer red areas with more open and low canopy height, with open understory , more herbaceous cover and woody stems, showing that this species is adapted to disturbed habitats. The oc currence of hantavirus circulation in this rodent and its preference for altered hab itat, signals the importance of monitoring studies about the this zoonosis in the s tate of Rio de Janeiro, especially in areas where the landscape is fragmented and composed of generalist species