Orientador: Eliana Regina Forni Martins / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T14:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Engel_ThaissaBrogliatoJunqueira_M.pdf: 3058703 bytes, checksum: 0c07b7bfd8295f9d32498e3cb53cd894 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O gênero Griffinia Ker Gawl pertence à subfamília Amaryllidoideae que, junto às subfamílias Agapanthoideae e Allioideae, compõem a família Amaryllidaceae, com cerca de 73 gêneros e 1605 espécies. As Amaryllidaceae, incluindo as Griffinia, são apreciadas pelas suas flores e cultivadas para a jardinagem e ornamentação. Endêmico do Brasil, esse importante gênero está ameaçado de extinção pela constante degradação de seu ambiente natural, sendo que muitas espécies não foram mais encontradas na natureza e nem em cultivo. A taxonomia de Griffinia é bastante dificultada pela morfologia floral e vegetativa bastante semelhante entre algumas espécies, e pela variação morfológica dentro de uma mesma espécie, ocasionada pelo isolamento entre populações e pela existência de diferentes citótipos. Os objetivos deste trabalho foram obter o cariótipo de diferentes espécies de Griffinia e de espécies proximamente relacionadas, e fornecer à sistemática informações que auxiliem na compreensão das relações filogenéticas e evolutivas das espécies desse gênero. Foram estudadas 10 espécies e duas morfoespécies não identificadas de Griffinia, bem como quatro espécies de gêneros próximos. Pontas de raízes coletadas dessas espécies foram pré-tratadas em colchicina e fixadas em solução Farmer para a produção de lâminas com metáfases mitóticas. Foram determinados número e morfologia cromossômicos e realizados bandamentos com os fluorocromos cromomicina3 (CMA3) e 4',6-diamidino-2-fenilindol (DAPI), e in situ fluorescent hybridization (FISH) com DNA ribossomal (DNAr 5S). Todas as espécies de Griffinia apresentaram 2n=20. Os números cromossômicos para as espécies analisadas de Eithea, Hippeastrum, Tocantinia e Worsleya foram 2n=18, 44, 22, e 42 respectivamente. Foram observadas espécies de Griffinia com duas, quatro, cinco e seis bandas CMA3+. De um a três sítios de DNAr 5S foram observados em dois a seis pares cromossômicos, em posição terminal, subterminal ou pericentromérica. Para cada espécie, foi observado um padrão único de distribuição de sítios de DNAr 5S, sendo assim possível a delimitação de espécies por meio das técnicas citogenéticas aplicadas. As espécies do grupo reportado na literatura como complexo Liboniana apresentaram semelhanças cariotípicas que podem corroborar a proximidade entre espécies: possuem apenas um par cromossômico com banda CMA3+ e dois pares cromossômicos com sítios de DNAr 5S. Variações cariotípicas foram observadas não apenas entre as espécies, mas também entre populações de uma mesma espécie. Casos de variação intraespecífica são conhecidos para plantas. Contudo, essa variação pode não ser uma variação interpopulacional, mas sim, reflexo da dificuldade taxonômica no gênero. Os resultados obtidos nesse estudo, apontam a citogenética como uma ferramenta útil na delimitação dos gêneros e espécies, e no reconhecimento de grupos dentro de Griffinia. / Abstract: The genus Griffinia Ker Gawl belongs to the subfamily Amaryllidoideae which together with the subfamilies Agapanthoideae and Allioideae, forms the Amaryllidaceae family, with about 73 genera and 1605 species. Amaryllidaceae plants, including Griffinia, are aprecciated because of their flowers and cultivated for gardening and ornamentals. Endemic to Brazil, the genus is endangered by the continuous degradation of their natural environment, and many species have not been found in nature. Taxonomy of Griffinia is very complicated because of its vegetative and floral morphology, which are quite similar between some species. There is also some morphological variation within a single species, caused by the isolation between populations and the existence of different cytotypes. The aim of this study was to obtain the karyotype of different species of Griffinia and closely related species, thus providing for systematic studies some information to assist in the understanding of the evolutionary and phylogenetic relationships of the species of this genus. We studied 10 species and two unidentified morphospecies of Griffinia, as well as four species of closely related genera. Root tips collected from these species were pretreated with colchicine and fixed in Farmer solution for the production of slides with metaphasic cells. We determined the number and chromosomal morphology. We performed banding with chromomicin3 (CMA3) and 4',6-diamidino-2-phenilindole (DAPI) fluorochromes and fluorescent in situ hybridization (FISH) with ribosomal DNA (5S rDNA). All Griffinia species presented 20 chromosomes. Chromosome numbers for the analyzed species of Eithea, Hippeastrum, Tocantinia and Worsleya were 2n= 18, 44, 22 and 42 respectively. Griffinia species presented two, four, five or six CMA3+ bands. One to three 5S rDNA sites were observed in two to six chromosome pairs in the terminal, subterminal or pericentromeric position. For each species, there was a unique pattern of distribution of DNAr 5S sites, so it is possible to delimitate species trough this cytogenetic technique. The species of a group reported in the literature as Liboniana complex showed similar karyotypes that can corroborate the closeness among the species of the group: they have only one chromosome pair with a CMA3+ band and two chromosome pairs with 5S rDNA sites. We observed karyotypic variations not only among species but also between populations of the same species. Cases of intraspecific variation are known for plants. However, this variation may be either an interpopulational variation, or a simple reflection of the difficulty in taxonomy of the genus. The data found at this analysis proved cytogenetic studies to be a quite useful tool in the delimitation of genera and species, and recognition of groups within Griffinia. / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestra em Biologia Vegetal

Orientador: Irene Gyongyver Heidemarie Lorand Metze / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-26T02:52:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rego_MonicaFortesNapoleaodo_D.pdf: 1896028 bytes, checksum: d0c30f6192c810b425474ce94b9f276b (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A Leucemia Mieloide Crônica (LMC) é uma neoplasia mieloproliferativa, caracterizada pela presença do cromossomo Philadelphia, que é o resultado da translocação balanceada entre os braços longos dos cromossomos 9 e 22 que corresponde à formação do gene híbrido BCR-ABL, que codifica uma proteína quimérica com atividade tirosina-quinase, diretamente implicada na patogênese da doença. O mesilato de imatinibe (IM) é um inibidor seletivo dessa enzima e tem sido usado como terapia alvo-específica na LMC com excelentes resultados em estudos clínicos. É controverso na literatura se estes resultados sao reproduzíveis na população em geral e que processos podem ser implementados para otimizá-los. No nosso estudo realizamos uma análise de pacientes com LMC que tomaram IM entre 2002 e 2013, atendidos no Hospital São Marcos, em Teresina-PI. Teve, como objetivo, caracterizar a LMC no Piauí do ponto de visto clínico e laboratorial, avaliar a eficácia do tratamento com IM em portadores de LMC fase crônica e acelerada, através da resposta citogenética aos 12 meses. Investigou-se a influência dos seguintes fatores na resposta citogenética completa aos 12 meses: idade, sexo, fase da doença, tempo entre o diagnóstico e o início do IM, anos de escolaridade, renda per capita (em reais), distância da moradia ao hospital em Km e escores prognósticos. Cento e quarenta e quatro pacientes foram elegíveis, sendo que 130 deles em fase crônica e 14 em fase acelerada. A mediana de idade foi de 41 anos (8-81). Setenta e seis (52,2%) foram do sexo masculino. Oitenta e cinco (59%) pacientes estavam em fase crônica precoce (menos de um ano entre diagnóstico e início do tratamento). A mediana de escolaridade foi de 4 anos (0-17). Em relação aos índices prognósticos, 89% dos casos foram de risco intermediário ou alto no escore de Sokal, 40% o foram no escore de Hasford, enquanto que a maioria foi de baixo risco no de Eutos. Aos doze meses, 68 casos entraram em resposta citogenética completa. Foram significantes para resposta citogenética aos 12 meses, a escolaridade (p=0, 001), o escore de Hasford (p = 0, 007) e o período entre o diagnóstico e o início do imatinibe (p=0, 001). A mediana de seguimento foi de 65 meses (7-149). Ao término da avaliação 60 (52,8%) pacientes ainda faziam uso do mesilato de imatinibe e 41 (29,4%) tinham descontinuado a medicação (35 por perda de resposta e 6 por progressão). O fato de oito pacientes terem critérios de fase acelerada ao diagnóstico não influiu no resultado do tratamento. Desde que o Ministério da Saúde forneceu o medicamento, o tratamento alvo-específico na LMC produziu excelentes resultados em Teresina. Foi mais importante para o resultado a introdução precoce do tratamento, bem como o grau de instrução dos pacientes / Abstract: Chronic myeloid leukemia (CML) is a myeloproliferative neoplasm characterized by the presence of the Philadelphia chromosome, which is the result of a balanced translocation between the long arms of chromosomes 9 and 22 corresponding to the hybrid gene BCR-ABL, which encodes a chimeric protein with tyrosine kinase activity and directly implicated in the pathogenesis of the disease. Imatinib mesylate (IM) is a selective inhibitor of this enzyme and has been used as targeted therapy for CML with excellent results in clinical studies. It is controversial if these results are reproducible in the community based treatment and which strategies could be used to optimize the results. In our study we performed an analysis of CML patients treated IM between 2002 and 2013 at the St. Mark¿s Hospital, Teresina-Pi. We studied the clinical and laboratory features of the patients at diagnosis and evaluated the effectiveness of the IM treatment by complete cytogenetic response (CCR) at 12 months. We also studied the influence of age, sex, stage of disease, time between diagnosis and the start of IM, years of schooling, per capita income, distance from house to hospital in KM and the Sokal, Hasford and Eutos scores on this response. One hundred forty-four patients were eligible: 130 patients in chronic and 14 in accelerated phase. The median age was 41 years (8-81). Seventy-six (52.2%) were male. Eighty-five (59%) patients were classified as early chronic phase (less than one year between diagnosis and start of IM treatment). The median educational level was 4 years (0-17). According to the Sokal score 89% of cases were intermediate or high-risk but this was the case only for 40% in the Hasford score. The majority was low risk in the Eutos score. After twelve months 68 patients achieved CCR. Years of formal education (p=0,001), Hasford risk category (p=0,007) and the period between diagnosis and the start of IM (p=0,001) influenced achievement of CCR. The median follow-up period was 65 months (7-149). At the of this period 60 (52,8%) patients were still using IM. In 41 the medication had been discontinued: in 35 for loss of response and in 6 after disease progression. The fact that 14 patients had criteria of accelerated phase at diagnosis did not affect the outcome of treatment. Since the Ministry of Health provided the drug, the target-specific treatment in CML has produced excellent results in Teresina. The early introduction of treatment as well as the educational level of the patients were the most important factors influencing treatment outcome / Doutorado / Medicina Interna / Doutora em Ciências Médicas

Orientador: Luciana Bolsoni Lourenço / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T03:48:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nascimento_Juliana_D.pdf: 2106853 bytes, checksum: f64fce074a208a02085fbde516c48f9c (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Recentes análises filogenéticas e citogenéticas têm revelado grande diversidade dentre leiuperídeos do grupo Physalaemus cuvieri. O parafiletismo de P. cuvieri em relação a Physalaemus ephippifer foi inferido com base na análise de sequências de DNA, e linhagens reconhecidas dentre indivíduos de P. cuvieri parecem representar espécies ainda não descritas. A espécie Physalaemus ephippifer ocorre na foz do Rio Amazonas no Brasil e possivelmente na Guiana, mas sua correta distribuição geográfica permanece desconhecida. Análises citogenéticas de indivíduos de P. ephippifer da localidade-tipo (Belém-PA) revelaram um interessante heteromorfismo entre os homólogos do par cromossômico 8 de fêmeas, caracterizando a presença de um sistema de determinação sexual cromossômico ZZ/ZW. Os cromossomos Z e W apresentam uma NOR distal no braço longo, adjacente a uma banda heterocromática terminal, e o cromossomo W difere do Z por apresentar um segmento terminal no braço curto que inclui uma NOR e uma banda heterocromática. As NORs de P. ephippifer se mostraram co-localizadas, em experimentos de hibridação in situ, com as sequências de DNA repetitivo Pep194. Com o objetivo de contribuir para a investigação da diversidade genética e citogenética de populações amazônicas de Physalaemus do grupo P. cuvieri, analisamos as relações filogenéticas e os cariótipos de indivíduos de P. ephippifer de Santa Isabel-PA e exemplares coletados em localidades do Pará (Monte Alegre, Óbidos, Alenquer, Curuá, Parauapebas e Prainha) e de Roraima (Viruá), cuja identificação taxonômica é incerta. Para tanto, as preparações cromossômicas obtidas de machos a partir de suspensões de células do intestino e testículo foram submetidas à coloração convencional por Giemsa, bandamento C, coloração com DAPI, impregnação por prata e experimentos de hibridação in situ com sondas de DNA repetitivo Pep194 e DNA ribossomal 28S. Além disso, utilizamos uma sonda, chamada de Zqter, produzida a partir de um segmento microdissecado da região terminal do braço longo do cromossomo Z de P. ephippifer. As relações filogenéticas foram inferidas com base em sequências de DNA mitocondrial dos genes 12S, RNAt-val e 16S, utilizando o critério de máxima parcimônia. Os cariótipos dos indivíduos de Physalaemus sp. em análise foram semelhantes entre si, porém três citótipos foram reconhecidos devido ao padrão diferencial na distribuição das NORs no par 8. Os cariótipos dos espécimes de Monte Alegre, Óbidos, Alenquer, Prainha e Curuá (Citótipo I) e Parque Nacional do Viruá (Citótipo II) mostraram uma NOR pericentromérica no braço curto do par 8, porém apenas o Citótipo I foi portador de uma NOR terminal no braço longo desse mesmo par. O exemplar de Parauapebas (Citótipo III) mostrou duas NORs no braço longo dos cromossomos do par 8. Nas inferências filogenéticas, os exemplares de Physalaemus sp. portadores dos Citótipos I e II foram recuperados no mesmo clado (Clado A). Neste clado, foi possível observar uma subestruturação que acompanha a variação cariotípica detectada, no entanto a distância genética entre os dois grupos em questão, inferida com base em sequências parciais do gene 16S, foi baixa (0,1%). É provável, portanto, que os dois citótipos representem uma variação intraespecífica. O exemplar de Parauapebas incluído nas análises filogenéticas (Clado B) apresentou-se como grupo-irmão de um clado que incluiu P. ephippifer (Clado C) e o clado correspondente a uma das linhagens de P. cuvieri (Clado D, equivalente à Linhagem 1 de P. cuvieri, que agrupa indivíduos do norte e do nordeste do Brasil). A alta distância genética do Clado A em relação aos Clados B-D, inferida com base em segmento do gene 16S, sugere que o Clado A possa representar uma espécie ainda não descrita. Nas metáfases de indivíduos de Viruá, Alenquer e Curuá a sonda Zqter foi detectada na região pericentromérica do braço curto do par 8, adjacente às NORs detectadas pela sonda Pep194, sugerindo que esta região é homeóloga a região terminal ao braço longo do Z de P. ephippifer. As homelogias encontradas sugerem um possível evento de inversão cromossômica durante diferenciação desses cariótipos. A sonda Pep194 detectou, além das NORs dos cromossomos Z e W de P. ephippifer e da NOR pericentromérica de Physalaemus sp., as NORs dos cromossomos 8 e 9 de indivíduos de P. cuvieri de Urbano Santos-MA e os cromossomos 8 e 11 de indivíduos de P. cuvieri de Palestina-SP. Em contraste, essa sonda não detectou a NOR pericentromérica do cromossomo 9 de P. centralis, uma espécie mais distantemente relacionada filogeneticamente a P. cuvieri e P. ephippifer / Abstract: Recent phylogenetic and cytogenetic analyses have revealed high diversity among leiuperids of the Physalaemus cuvieri group. The paraphyly of P. cuvieri with respect to Physalaemus ephippifer was inferred based on the analysis of DNA sequences, and genetic lineages that included individuals at first identified as P. cuvieri may represent undescribed species. P. ephippifer occurs at the mouth of the Amazon River in Brazil and possibly in Guyana, but its geographical distribution is unclear. Cytogenetic analyses of individuals of P. ephippifer from the type locality (Belém-PA) revealed an interesting heteromorphism between the homologous chromosomes of pair 8 in females, which characterized the presence of a chromosomal sex determination system ZZ/ZW. The Z and W chromosomes have a distal NOR in the long arm, adjacent to a terminal heterochromatic band, and the W chromosome differs from Z chromosome by a terminal segment in the short arm that comprises a NOR and a heterochromatic band. The NORs of P. ephippifer are shown co-located with DNA repetitive Pep194 in in situ hybridization experiments. Aiming to contribute to the investigation of the genetic and cytogenetic diversity of Amazonian populations belonging to P. cuvieri group, we analyzed the phylogenetic relationships and the karyotypes of individuals of P. ephippifer from Santa Isabel-PA and specimens collected from seven localities in the states of Pará (Monte Alegre, Óbidos, Alenquer, Curuá, Parauapebas and Prainha) and Roraima (Viruá), for which the taxonomic identification is uncertain. Chromosome preparations obtained from male individuals were subjected to conventional staining with Giemsa, C-banding, DAPI staining, silver impregnation and in situ hybridization with probes for the repetitive DNA Pep194 and ribosomal DNA 28S. In addition, we used a probe, named Zqter probe, produced from a segment microdissected from the terminal region of the long arm of the Z chromosome of P. ephippifer. Phylogenetic relationships were inferred based on mitochondrial DNA sequences of 12S, tRNA-val and 16S genes, using the criterion of maximum parsimony. The karyotypes of the individuals of Physalaemus sp. analyzed were similar, but three cytotypes were recognized with differential distribution of NORs in pair 8. Individuals from Monte Alegre, Óbidos, Alenquer, Prainha and Curuá (Cytotype I) showed a pericentromeric NOR in the short arm of pair 8 and a terminal NORin the long arm. In the male karyotypes of Viruá (Cytotype II), the NOR was located in the pericentromeric region of the short arm of pair 8. The individuals from Parauapebas (Cytotype III) showed two NORs in the long arm of chromosome pair 8. In the phylogenetic inferences, the specimens of Physalaemus sp. with Cytotypes I and II were nested in the same clade (Clade A). This clade showed a substructure that reflected the two karyotypic groups detected. The genetic distance between these two groups, however, inferred from partial sequences of the 16S gene, was low 0,1 %. It is likely, therefore, that the two cytotypes represent an intraspecific variation. The exemplar of Parauapebas included in the phylogenetic analysis (Clade B) was the sister group of a clade that included P. ephippifer (Clade C) and the clade corresponding to one of the lineages of P. cuvieri (Clade D, equivalent to Lineage 1 of P. cuvieri, which groups individuals of northern and northeastern Brazil). The high genetic distance between Clade A and clades B-D, inferred from 16S gene segment, suggests that Clade A may represent an undescribed species. In metaphases of individuals from Viruá, Alenquer and Curuá, the Zqter probe was detected in the pericentromeric region of the short arm of pair 8, adjacent to the NOR detected by the probe Pep194, suggesting that this region is homeologous with the terminal region of the long arm of the Z chromosome of P. ephippifer. The inferred homeologies suggest a possible event of chromosomal inversion along the differentiation of these karyotypes. The Pep194 probe detected, beyond the NORs of the Z and W chromosomes of P. ephippifer and the pericentromeric NOR of chromosomes 8 of the cytotypes of Physalaemus sp., the NORs of chromosomes 8 and 9 of individuals of P. cuvieri from Urbano Santos-MA and chromosomes 8 and 11 of individuals P. cuvieri from Palestina-SP. In contrast, this probe did not detect the pericentromeric NOR of chromosome 9 of P. centralis, which is distantly related phylogenetically to P. cuvieri and P. ephippifer / Doutorado / Biologia Celular / Doutora em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Shirlei Maria Recco Pimentel / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T03:30:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bruschi_DanielPacheco_D.pdf: 18653513 bytes, checksum: 6cab8e91377d38b25d3a8a77e634c16a (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Dificuldades na identificação de populações e delimitação taxonômica de espécies, evidências de espécies crípticas e padrões biogeográficos diversos fazem dos anuros gênero Phyllomedusa (Hylidae, Phyllomedusinae) um interessante candidato a estudos taxonômicos e evolutivos. Na presente tese, foram realizados estudos visando acessar diferentes níveis de diferenciação entre os táxons e possibilitar inferência de eventos e processos envolvidos na diversificação das espécies, contribuindo no melhor entendimento das questões taxonômicas e evolutivas do gênero. Utilizando citogenética, filogenia molecular e filogeografia, investigamos aspectos da evolução cromossômica e molecular em representantes do gênero Phyllomedusa. No primeiro capítulo avaliamos o status taxonômico de populações atribuídas à P. hypochondrialis e P. azurea, utilizando dados morfológicos, cromossômicos e filogenia molecular. Reforçamos a dificuldade de distinção entre estas duas espécies baseado somente em seus caracteres de diagnose, já que estes se sobrepõem quando a amostragem é ampliada. Destacamos variações inter- e intrapopulacionais na posição da NOR em P. hypochondrialis. No segundo capítulo, para entender essa variação em P. hypochondrialis, delimitar as populações brasileiras de P. azurea e estimar a diversidade genética entre populações de P. nordestina, foi realizada uma análise filogeográfica dessas três espécies. As inferências filogenéticas indicaram forte estruturação regional entre as populações de P. hypochondrialis amostradas, recuperando quatro clados bem suportados. Processos demográficos históricos foram importantes na distribuição das variações de NOR, sendo que os clados demograficamente estáveis exibiram conservada posição de NOR no par 8, enquanto as populações que experenciaram eventos de rápida expansão demográfica exibiram variação neste marcador. A história evolutiva dessa espécie foi influenciada pela interação entre eventos geomorfológicos na transição Mioceno-Plioceno, que persistiram por episódios de flutuações climáticas ocorridas durante o Pleistoceno. As populações distribuídas dentro de domínios de cerrado demostraram uma recente colonização durante o Pleistoceno, sendo que hipotetizamos que sucessivos ciclos de expansão/retração de matas de galeria permitiram a colonização desta linhagem neste bioma. Recuperamos P. azurea parafilética em relação à P. nordestina. Interessantemente, os dois clados divergentes de P. nordestina estão separados pelo rio São Francisco (SF), definindo um clado localizado na margem esquerda e outro na margem direita desse rio. A estimativa do tempo de divergência entre estes dois grupos são condizentes com o reposicionamento histórico do curso deste rio no nordeste brasileiro, que deve ter contribuído no isolamento destes grupos por um processo de vicariância. Esta barreira geográfica teve papel fundamental na divergência entre as duas linhagens, suportada pelo alto nível de diferenciação entre os grupos de margens opostas do rio e ausência de fluxo gênico entre os grupos. Sugerimos futura reavaliação da taxonomia de populações distribuídas na margem esquerda do rio SF. A história evolutiva de P. azurea, foi marcada por um profundo evento de perda de diversidade genética, que deve ter contribuído para a rápida fixação dos alelos exclusivos encontrados nesta população. No terceiro capítulo, uma abordagem integrativa foi utilizada para descrição de uma nova espécie, filogeneticamente relacionada às espécies do grupo de P. hypochondrialis que habitam ambientes de altitude, condizente com a área na qual o táxon foi encontrado, revelando um interessante padrão biogeográfico. No quarto e quinto capítulo, descrevemos citogeneticamente cinco espécies (P. vaillantii, P. tarsius, P. bahiana, P. distincta e P. ayeaye). Observamos cariótipos conservados, possibilitando o reconhecimento de homeologias cromossômicas. Apesar de ainda existirem lacunas na citogenética do gênero, variações interessantes na posição da NOR reportam uma alta razão de transposição de sítios de rDNA no genoma destes representantes e alertam para seu papel na evolução cromossômica no gênero / Abstract: We conducted cytogenetic, phylogenetic and phylogeographical studies to investigate aspects of chromosomal and molecular evolution in the Neotropical tree frogs of the genus Phyllomedusa genus (Hylidae, Phyllomedusinae), which have been the subject of extensive taxonomical debate. In the first chapter, the study focuses on the morphological variation found in populations attributed to P. hypochondrialis, and examines whether this variation is interspecific or inter-population. The results of this analysis support the need for a thorough revision of the phenotypic features used to discriminate P. azurea and P. hypochondrialis, given the considerable overlap found in these characters when more populations are samples. We also report inter- and intra-population variability in the NOR of P. hypochondrialis. In the second chapter, we use phylogeographic approaches to evaluate the source of the karyotype variation found within P. hypochondrialis, provide a better delimitation of the Brazilian populations of P. azurea, and estimate the genetic diversity within P. nordestina. These three species are closely related, but are associated with distinct South American morphoclimatic domains. Our results reveal a deep genetic structuring in the P. hypochondrialis populations, based four well-supported clades with a low migration signal among haplogroups. The evolutionary history of this species has been influenced by the interaction between the geomorphological changes occurring in the Miocene-Pliocene that have persisted through the episodes of climatic fluctuation that occurred during the Pleistocene. The populations of the Cerrado domain appear to have colonized this region during the Pleistocene period, when successive cycles of forest expansion and retraction may have facilitated expansion into this biome via gallery forests. We were able to recognize two cryptic lineages within the P. nordestina populations, differentiated by the São Francisco River in northeastern of Brazil. Estimates of coalescence time indicated a process of divergence between two geographic clades of P. nordestina during the Pliocene-Pleistocene transition, which is temporally congruent with historical modifications to the course of the São Francisco River. This geographic barrier has had a primary role in the divergence of lineages, supported by the high differentiation between populations from opposite margins of the river and the absence of gene flow between haploclades. A strong signature of genetic decline marks the evolutionary history of the Brazilians populations of P. azurea. While more extensive surveys are needed, Brazilian populations of this species appear to be restricted to the Pantanal biome. In the third chapter, we describe a new species of the P. hypochondrialis group, diagnosed using molecular, morphological and chromosomal approaches. The new species is closely related phylogenetically with all the highland species of the clade, revealing an interesting biogeographical pattern. Finally, in chapters four and five, we present cytogenetic data on four species of the genus Phyllomedusa (P. vaillantii, P. tarsius, P. distincta, P. bahiana and P. ayeaye). We found conservative karyotypes, permitting the recognition of chromosomal homologies. Despite the gaps in the chromosomal studies of this genus, the inter- and intraspecific variation found in the number and location of rDNA sites reflects the rapid rate of evolution of this character in Phyllomedusa, and highlights the important role of this sequence in the chromosomal evolution of this genus / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientadores: Shirlei Maria Recco Pimentel, Luciana Bolsoni Lourenço / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T06:02:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vittorazzi_StenioEder_D.pdf: 3469046 bytes, checksum: 548f412477dbed97bd45f19e26cea793 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Os genomas dos eucariotos são ricos em sequências repetitivas, as quais compreendem sequências dispersas e em tandem. Entre as sequências em tandem, incluem-se os DNA satélites, os DNA ribossomais e cópias parálogas. Os DNA satélites são os principais constituintes da heterocromatina constitutiva e os genes ribossomais transcrevem os RNAr para compor os ribossomos, que dividem-se em duas famílias, DNAr 45S e 5S. Em um mesmo organismo, diferentes tipos de DNAr 5S já foram reconhecidos, mostrando a existência de uma diversidade quanto a esse tipo de sequência. No anuro Physalaemus cuvieri, uma forma de DNA satélite denominada PcP190 foi caracterizada e teve sua origem atribuída a uma derivação do DNAr 5S em uma espécie ancestral. Em diferentes populações de P. cuvieri estudadas previamente com as ferramentas da citogenética convencional, uma acentuada variação interpopulacional nos cromossomos portadores da NOR pôde ser observada, e nas demais espécies do grupo de P. cuvieri, peculiaridades interespecíficas foram evidenciadas, porém, os cariótipos entre essas espécies são muito semelhantes. O objetivo nessa tese foi ampliar o estudo citogenético de espécies do grupo de P. cuvieri que possuíam carência na descrição cromossômica, como P. kroyeri e P. cicada. Objetivou-se também analisar o DNA satélite PcP190 em nível cromossômico e molecular, assim como estudar a organização molecular e a diversidade de sequências do DNAr 5S no genoma das espécies de Physalaemus e espécies de gêneros relacionados. Com os resultados da pesquisa, três capítulos são apresentados, sendo eles: (i) "Long-time evolution and highly dynamic satellite DNA in leptodactylid and hylodid frogs", o qual mostra que o DNA satélite PcP190 é amplamente conservado e pode ser reconhecido em representantes de duas famílias de anuros, Leptodactylidae e Hylodidae; além disso, mostra também que essas sequências são altamente dinâmicas nos cromossomos das espécies do grupo de P. cuvieri. (ii) "Diversidade do DNAr 5S em Leiuperinae (Anura)", os resultados mostram que no genoma desses anuros existe uma diversidade dessa classe de família multigênica maior do que proposto até então, e que essas sequências do DNAr 5S permanecem conservadas desde a divergência evolutiva entre os Actinopterigio e Sarcopterigio. (iii) "Cariótipo e mapeamento de DNA repetitivo em Physalaemus kroyeri e P. cicada (Anura Leptodactylidae)", onde é apresentado que a banda 5p de P. kroyeri tem se mostrado um bom marcador cromossômico para as espécies do grupo de P. cuvieri, o que indica se tratar de uma sinapomorfia cromossômica. Contrariamente, a ausência dessa banda 5p em P. cicada não fornece evidência para a inclusão de P. cicada no grupo de P. cuvieri ou em qualquer outro grupo de espécies / Abstract: The genomes of eukaryotic organisms are rich in repetitive DNA sequences, which can be dispersed or arrayed in tandem. The tandem repeat sequences include the satellite DNA, the ribosomal DNA, and paralogous copies. Satellite DNA is the main component of constitutive heterochromatin, while the ribosomal genes encode the rRNAs that make up the ribosomes; they are divided into two families, the 45S and 5S rRNA. Different types of 5S rDNA have been identified in a single organism, proving that there is diversity in this type of DNA sequence. In the anuran Physalaemus cuvieri, a satellite DNA family called PcP190 has been identified, which is thought to have derived from the 5S rDNA of an ancestor species. In different populations of P. cuvieri that were previously studied with conventional cytogenetic tools, an accentuated interpopulational variation among chromosomes harboring the NOR was observed, while in other species of the P. cuvieri group, interspecific traits were found. However, the karyotypes in these species are very similar. The aim of this thesis was to expand the cytogenetic studies on P. cuvieri species that needed further chromosomal description, such as P. kroyeri and P. cicada. Another objective was to analyze the PcP190 satellite DNA at the chromosomal and molecular level, as well as to study the molecular organization and the diversity of 5S rDNA sequences in the genomes of the Physalaemus species and other species of related genera. We present three chapters as a result of this research: (i) "Long-time evolution and highly dynamic satellite DNA in frogs," which demonstrates that the PcP190 satellite DNA is widely conserved and was recognized in representatives of two anurans families, Leptodactylidae and Hylodidae. Moreover, it also demonstrates that these sequences are highly dynamic within the chromosomes of the P. cuvieri species group. (ii) "5S rDNA in Leiuperinae (Anura): new insights on its evolution." The results show that in the genomes of these anurans there is wider diversity among this multigenic family than previously assumed and that these 5S rDNA sequences have remained conserved since the evolutionary divergence of Actinopterygii and Sarcopterygii. (iii) "Karyotype and repetitive DNA mapping of the Physalaemus kroyeri and P. cicada (Anura Leptodactylidae)," which demonstrates that the 5p chromosomal band of P. kroyeri is a good chromosomal marker for species from the P. cuvieri group, indicating that it is a chromosomal synapomorphy. Conversely, the absence of this 5p band in P. cicada does not provide evidence for the inclusion of this species in the P. cuvieri group or any other species group / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientadores: Eliana Regina Forni Martins, Ana Paula de Moraes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T11:58:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Polido_CarolinedoAmaral_D.pdf: 4429006 bytes, checksum: a6c32402c33fb0d67c72b757af07b400 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital quando for liberada / Abstract: The abstract is available with the full electronic document when available / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutora em Biologia Vegetal

Orientador: Ricardo Barini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:35:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Acacio_GregorioLorenzo_D.pdf: 535867 bytes, checksum: 20a91322410977607d4766de399beaa5 (MD5) Previous issue date: 2004 / Doutorado

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-14T12:58:25Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 712676 bytes, checksum: 43131435394efa66e7de7d847c774520 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-14T12:58:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 712676 bytes, checksum: 43131435394efa66e7de7d847c774520 (MD5) Previous issue date: 2016-06-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Eucalyptus é um grupo extremamente bem sucedido de plantas arbóreas, compreendendo mais 700 espécies. Além de sua importância em regiões endêmicas como a Austrália, o eucalipto é importante na economia global devido a sua alta taxa de crescimento, adaptabilidade a várias condições ecológicas (elevação, clima e solo) e uso variado (matéria prima, carvão, fibra, polpa e papel). O estudo do genoma contribui para o entendimento de aspectos evolutivos e outros aspectos biológicos básicos do grupo. O entendimento da natureza de um genoma requer informação sobre o conteúdo de DNA e deveria ser considerada crucial em qualquer programa de análise genômica comparativa. O presente estudo determinou e reavaliou o tamanho do genoma e a composição de bases de 25 espécies de Eucalyptus. Além disso, o estudo comparou cariogramas de diferentes espécies, por citogenética clássica e molecular, em busca de possíveis alterações ou regiões não homólogas nos cromossomos de espécies que apresentavam maior diferença no conteúdo de DNA nuclear. No primeiro artigo, foi desenvolvido um protocolo citogenético para a obtenção de cromossomos com uma melhor resolução longitudinal. Assim, foi possível a montagem do cariograma de E. citriodora com 2n = 22 cromossomos. No segundo artigo, o valor 2C e a relação AT/CG foram estimados para as 25 espécies de Eucalyptus. A partir dos valores do tamanho do genoma os quais variaram entre 2C = 0,91 pg e 2C = 1,37 pg, foi feita uma análise comparativa do cariograma de quatro espécies e nenhuma diferença foi identificada. Em uma abordagem citomolecular, com o uso da hibridização in situ do genoma nenhuma região de não homologia cromossômica foi discriminada entre as espécies E. baileyana (1,36 pg) e E. citriodora (1,01 pg). Os resultados alcançados no presente trabalho corroboram para considerar pequenas alterações do conteúdo de DNA dispersas no genoma, possivelmente provenientes da atividade de elementos transponíveis, como a principal causa da variação do tamanho do genoma em Eucalyptus. / The genus Eucalyptus represents an extremely successful group of woody plants covering more than 700 species. Besides its importance in the Australian environment, eucalypts are important in the global economy due to their high growth rates, adaptability to various ecological conditions (e.g. elevation, climates, soils) and multiple uses (e.g. raw material, energy wood, timber, pulp and paper). The study of genome contributes to understanding evolutionary aspects of the group and others basic biological processes. A basic understanding of the nature of a given genome requires information regarding the amount of DNA and it should be considered a crucial aspect of any truly comprehensive program of comparative genomic analysis. The present study determinate, as well as revaluate, the size and genomic base composition of 25 Eucalyptus species. Furthermore, this study compared karyotypes of different species by classical and molecular cytogenetic looking for possible chromosomal alterations or chromosomal non-homologous regions correlated with the genome size variation among the species. In the first paper, a cytogenetic protocol was developed to obtain of chromosomes with improved longitudinal resolution. Thus, E. citriodora karyogram was assembly confirming a karyotype with 2n = 22 chromosomes. In the second paper 2C value and base composition were measured for 25 Eucalyptus species. From the genome size differences that range from 2C = 0.91 pg to 2C = 1.37 pg comparative karyological analysis were conducted and no remarkable differences were indentified. In a molecular cytogenetic approach, a genome in situ hybridization experiment was performed and it was not possible discriminate any non- homologous chromosomal regions, between E. baileyana (1.36 pg) and E. citriodora (1.01 pg). The results achieve in the present work corroborate to considerate small and dispersed DNA content changes, possible due transposable elements activity, as the mainly cause of genome size variation in Eucalyptus. / O autor escreveu a tese toda em inglês, por isso o título ficou no mesmo idioma.

Leukemias are a heterogeneous group of hematologic malignancies. The treatment of these neoplasms has been a challenge to the scientific community due to genetic diversity in leukemic cells. Acquired chromosomal abnormalities as well as modifications of gene expression are involved in the genesis of leukemia. Such facts have increased interest in the development of new effective chemotherapeutic agents that reach specific molecular targets. The compounds of the triazene class like dacarbazine and temozolomide have been used in the clinical treatment of various cancer types, including melanoma, leukemia and glioma. Two new compounds triazenes complexed with copper (CuII) were synthesized to identify new agents with antiproliferative and antibacterial activity. The Compounds 1 - Bis [ 1,3-bis (2-chlorofenyl) triazenido-N11,N13--O-methoxy-pyridine-N-copper(II)] - C36H34N8O2Cl4Cu2 and 2 - Bis [1,3-bis (2-fluorfenyl) triazenido-N11,N13--O-hidroxy-pyridine-N-copper(II)]-C34H28N8O2F4Cu2 were tested in leukaemic cells from AML, ALL, CML and MDS in vitro by MTT colorimetric assay. A higher-capacity of antiproliferative was verified in compound 1 with cytotoxicity (IC50: 3.8 to 28.6 μM) in most cell types at diagnosis, particularly in cells with chromosome abnormalities. This compound also showed in vitro cytotoxicity of relapse of ALL cells with karyotypic alterations. The cytotoxic activity was significantly higher in leukemic cells than in normal cells. The MIC values showed that compound 1 had higher activity than compound 2, showing narrow spectrum antibacterial activity against gram positive ATCCs and multiresistant bacterial strains. It was observed that Compound 1 was more promising in relation to the antiproliferative potential than the antimicrobial activity, even when compared to antineoplastic agents such as etoposide. Additional studies to understand the mechanism of action will soon be developed. / As leucemias formam um grupo heterogêneo de neoplasias hematológicas. O tratamento destas neoplasias vem sendo um desafio à comunidade científica devido à diversidade genética nas células leucêmicas. Alterações cromossômicas adquiridas e modificações da expressão gênica estão envolvidas na gênese das leucemias. Isto tem estimulado o interesse no desenvolvimento de novos agentes quimioterapêuticos eficazes que atinjam alvos moleculares específicos. Os compostos da classe triazeno, tais como a dacarbazina e temozolomida, têm sido usados no tratamento clínico de diversos tipos de câncer, incluindo glioma, leucemia e melanoma. Dois novos compostos triazenos complexados com cobre (CuII) foram sintetizados com o objetivo de identificar novos agentes com atividade antiproliferativa e antibacteriana. Os compostos 1 - Bis[1,3-bis(2-clorofenil)triazenido-N11,N13--O-metóxi-piridina-N-cobre(II)] - C36H34N8O3Cl4Cu2 e 2- Bis[1,3-bis(2-fluorfenil)triazenido-N11,N13--O-hidróxi-piridina-N-cobre(II)] - C36H34N8O3F4Cu2 foram testados em células leucêmicas de LMA, LLA, LMC e SMD in vitro pelo teste colorimétrico MTT. O composto 1 apresentou melhor atividade citotóxica frente à maioria dos tipos celulares avaliados neste estudo (IC50: de 3,8 a 28,6 μM) especialmente em células com alterações cromossômicas. Este composto ainda apresentou citotoxicidade em células de recidiva de LLA com alterações cariotípicas. Ressaltamos que sua atividade citotóxica foi significativamente mais elevada em células leucêmicas do que em células normais. Os valores de CIM demonstraram que o composto 1 apresentou maior atividade antibacteriana que o composto 2, apresentando atividade de estreito espectro frente a cepas bacterianas gram positivas ATCCs e multirresistentes. Observou-se que o composto 1 foi mais promissor em relação ao potencial antiproliferativo do que ao potencial antibacteriano, inclusive quando comparado a agentes antineoplásicos como o etoposide. Estudos adicionais para melhor compreensão do mecanismo de ação deverão ser desenvolvidos.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The meiotic behavior and estimation of pollen viability were studied in seven cultivars of common bean (Phaseolus vulgaris L.), which were IAPAR 44, Guapo Brilhante, BRS Expedito, BRS Valente, Guateian 6662, Pérola e Iraí. Floral buds were collected from cultivars, fixed and stored under refrigeration for the preparation of slides by squashing technique anthers and coloring with acetic orceína 2% and reactive Alexander. It was tried to obtain the greatest possible number of cells of each stage of meiosis. The estimation of pollen viability was observed by counting 800 pollen grains per plant. To verify changes in size, were measured 100 grains of pollen of each cultivar considered mature. There were no cells with abnormalities during the analysis of meiotic behavior in all cultivars. The meiotic index were high and uniform over 90%, indicating that these cultivars have the meiotic process stable and use in plant breeding not present problems. The pollen grains showed no significant differences as to its size, being similar among cultivars. Data on meiotic behavior and pollen viability obtained in this work combined with the literature, emphasize that the bean has a meiotic process uniform, showing high potential fertility of male gametes, which facilitates the use of this species in breeding programs. / O comportamento meiótico e estimativa da viabilidade do pólen foram estudados em sete cultivares de feijão (Phaseolus vulgaris L.), sendo elas, IAPAR 44, Guapo Brilhante, BRS Expedito, BRS Valente, Guateian 6662, Pérola e Iraí. Botões florais foram coletados das cultivares, fixados e armazenados sob refrigeração para o preparo de lâminas pela técnica de esmagamento das anteras e coloração com orceína acética 2% e reativo de Alexander. Procurou-se obter o maior número de células possíveis de cada uma das fases da meiose. A estimativa da viabilidade polínica foi observada contando-se 800 grãos de pólen por planta. Para verificar alterações de tamanho, foram medidos 100 grãos de polens considerados maduros de cada cultivar. Não ocorreram células com anormalidades durante a análise do comportamento meiótico em todas as cultivares. Os índices meióticos encontrados foram elevados e uniformes, acima de 90%, indicando que estas cultivares possuem o processo meiótico estável e o uso em cruzamentos não apresentará problemas. Os grãos de polens não apresentaram diferenças significativas quanto ao seu tamanho, mostrando-se semelhante entre as cultivares. Os dados sobre comportamento meiótico e viabilidade polínica obtidos neste trabalho aliados aos da literatura, reforçam que o feijão possui um processo meiótico uniforme, demonstrando alto potencial de fertilidade dos gametas masculinos, o que facilita o uso dessa espécie em programas de melhoramento.