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11	Conception de microARNs pour attenuer l'expression de genes Caron, Maxime 09 1900 (has links) Les microARNs appartiennent à la famille des petits ARNs non-codants et agissent comme inhibiteurs des ARN messagers et/ou de leurs produits protéiques. Les mi- croARNs sont différents des petits ARNs interférants (siARN) car ils atténuent l’ex- pression au lieu de l’éliminer. Dans les dernières années, de nombreux microARNs et leurs cibles ont été découverts chez les mammifères et les plantes. La bioinforma- tique joue un rôle important dans ce domaine, et des programmes informatiques de découvertes de cibles ont été mis à la disposition de la communauté scientifique. Les microARNs peuvent réguler chacun des centaines de gènes, et les profils d’expression de ces derniers peuvent servir comme classificateurs de certains cancers. La modélisation des microARNs artificiels est donc justifiable, où l’un pourrait cibler des oncogènes surexprimés et promouvoir une prolifération de cellules en santé. Un outil pour créer des microARNs artificiels, nommé MultiTar V1.0, a été créé et est disponible comme application web. L’outil se base sur des propriétés structurelles et biochimiques des microARNs et utilise la recherche tabou, une métaheuristique. Il est démontré que des microARNs conçus in-silico peuvent avoir des effets lorsque testés in-vitro. Les sé- quences 3’UTR des gènes E2F1, E2F2 et E2F3 ont été soumises en entrée au programme MultiTar, et les microARNs prédits ont ensuite été testés avec des essais luciférases, des western blots et des courbes de croissance cellulaire. Au moins un microARN artificiel est capable de réguler les trois gènes par essais luciférases, et chacun des microARNs a pu réguler l’expression de E2F1 et E2F2 dans les western blots. Les courbes de crois- sance démontrent que chacun des microARNs interfère avec la croissance cellulaire. Ces résultats ouvrent de nouvelles portes vers des possibilités thérapeutiques. / MicroRNAs belong to the family of small non-coding RNAs and act as down regula- tors of messenger RNAs and/or their protein products. microRNAs differ from siRNAs by downregulating instead of shutting down. In recent years, numerous microRNAs and their targets have been found in mammals and plants. Bioinformatics plays a big role in this field, as software has emerged to find new microRNA targets. Each individual microRNA can regulate hundreds of genes, and it has been shown that microRNA expression profiles can classify human cancers. The need for artificially created mi- croRNAs is then justified, as one could target overexpressed oncogenes and promote healthy cell proliferation. MultiTar V1.0, a tool for creating artificial microRNAs, has been implemented and is available as a web application. The tool relies on structural and biological properties of microRNAs and uses a Tabusearch metaheuristic. A typical biological problem is presented and it is shown that an in-silico microRNA has in-vitro effects. The 3’UTR sequences of E2F1, E2F2 and E2F3 were given as input to the tool, and predicted microRNAs were then tested using luciferase essays, western blots and growth curves. At least one microRNA is able to regulate the three genes with luciferase essays and all of the created microRNAs were able to regulate the expres- sion of E2F1 and E2F2 with western blots. Growth curves were also studied in order to investigate overall biological effects, and reduction in growth was observed for all solutions. Results obtained with the predicted microRNAs and the target genes open a new door into therapeutic possibilities. MicroARN E2F Recherche tabou Régulation de l'expression mir20 MicroRNA Tabusearch Downregulation
12	Perceptual Ability is Diminished at Peak Limb Velocity of a Goal-directed Movement But is Unaffected During Motor Preparation Hajj, Joëlle January 2017 (has links) Due to various shortcomings of the visual system, some visual stimuli can only be identified with 100% accuracy if they are shown for a certain amount of time. This time can be measured using the Inspection Time (IT) paradigm. In an IT task, a “pi” figure with differing leg lengths is typically presented briefly (e.g., 20-200 ms) and is then immediately masked to prevent retinal afterimages. Participants are subsequently required to choose which of the two legs was longer. The objective of this task is to determine the shortest amount of time the pi figure needs to be shown for it to be perceived with 80% accuracy. Given that visual processing has been shown to be altered during and /or prior to a movement, the present experiment sought to test how the requirement to perform a motor task affected IT. Twenty-eight participants took part in the experiment, which was comprised of three conditions: no-movement (NM), peak velocity (PV), and foreperiod (FP). In the NM condition, participants grasped a manipulandum and engaged in the IT paradigm. At the end of every trial, participants verbally stated which leg they believed was longest. In the PV condition participants made a rapid movement to a target, and the IT stimulus was presented when their limb reached peak velocity. Finally in the FP condition the IT stimulus was presented during foreperiod (FP). In all three conditions the IT stimulus was randomly presented from between 15-105 ms (in 15 ms increments) and masked for 400 ms. Results showed no significant differences on the IT task between the NM and FP conditions, suggesting no visual upregulation during foreperiod. However, IT performance was significantly poorer in the PV condition in comparison to both the NM and FP condition, suggesting a visual downregulation at that particular movement kinematic. Perceptual processing speed Ventral stream Dorsal stream Visual upregulation Visual downregulation Inspection time paradigm Peak limb velocity Foreperiod
13	Role of activator protein-1 (AP-1) family in RSV-transformed chicken embryonic fibroblasts (CEF) Wang, Lizhen 05 1900 (has links) <p> Proper gene expression programs cellular activities, while aberrant manipulation of transcription factors often leads to devastating consequences, such as cancer or cell death. The transcription factor family activator protein-1 (AP-1) plays an important role in many cellular activities including cell transformation, proliferation and survival (Shaulian and Karin 2002). However, little has been done to obtain a global view of the role of individual AP-1 members and how they cooperate in many cellular activities. We have discovered that blocking the AP-1 pathway by a c-Jun dominant negative mutant, TAM67, induced cell death in RSV-transformed primary chicken embryo fibroblasts (CEF), suggesting that AP-1 activity is vital for cell survival upon v-Src transformation. In addition, accumulation of cytoplasmic vesicles was observed in the cytoplasm of a proportion of RSV-transformed CEF expressing TAM67. Oil-red staining of these vesicles indicated the presence of lipid droplets in these cells, suggesting that the inhibition of AP-1 promotes the adipogenic conversion of v-Src transformed CEF. To understand the role of individual members of the AP-1 family, a retroviral-based shRNA expressing system was designed to stably downregulate individual AP-1 members. This retroviral-based RNAi system provided sustained gene downregulation of AP-1 family members. Reduction of the c-Jun protein level by shRNA induced senescence in normal CEF, while it modestly downregulated AP-1 activity in RSV -transformed CEF indicating that c-Jun is not the main component of the AP-1 complex in RSV-transformed CEF. Inhibition of JunD expression induced apoptosis and was deleterious to both normal and RSV-transformed CEF, suggesting that JunD is crucial for the survival of CEF. Transient express10n reporter-assays also showed that loss-of-function of JunD by shRNA dramatically repressed AP-1 activity. Hence JunD is the main component of the AP-1 complex that regulates the survival of CEF. Furthermore, we determined that loss of JunD expression resulted in an elevated level of tumour suppressor p53. Co-inhibition of p53 and JunD restored the transforming ability of v-Src transformed CEF, as indicated by foci formation in soft agar assays. Hence, repression of p53 induction was able to bypass the death signal released as a result of AP-1 inhibition in v-Src transformed CEF. Downregulation of Fra-2 (Fos-related antigen 2) level by shRNA did not affect the proliferation of normal CEF. However, RSV -transformed CEFs expressing fra -2 shRNA were transformation-defective with the presence of multiple vesicles in cytoplasm. Oil-red staining of these vesicles indicated the presence of lipid droplets, which resembles the effect of T AM67 in RSV -transformed CEF indicating that Fra-2 blocks differentiation. These findings help us to understand the role of individual members of the AP-1 transcription factor family in normal and RSV -transformed CEF. Importantly, global gene profiling of v-Src transformed CEF expressing shRNA for individual AP-1 members will improve our knowledge of the transformation process. Functional characterization of the cascade will rely on the use of retroviral-based shRNA expressing system as described above. </p> / Thesis / Doctor of Philosophy (PhD) activator protein-1 RSV-transformed CEF chicken embryonic fibroblast transcription factor family retroviral-based shRNA gene downregulation
14	Triptorelinazetat 2,1 mg versus Triptorelinazetat 4,12 mg zur ovariellen Suppression im Rahmen der In-vitro-Fertilisation Heinze, Susanne 13 June 2002 (has links) Die GnRH-Agonisten-Applikation zur Downregulation vor IvF ist "gold standard", überwiegend im sogenannten langen Protokoll. Die Behandlung soll den vorzeitigen LH-Anstieg mit vorzeitiger Ovulation verhindern. Die unerwünschten Wirkungen sind dosisabhängig und rechtfertigen die Suche nach der optimal niedrigen Dosis des GnRH-Agonisten. Mit dieser Fragestellung wurde eine prospektive randomisierte Dosisfindungsstudie durchgeführt. 200 sterile Frauen zwischen 18 und 38 Jahren erhielten vor der IvF-Behandlung im langen Protokoll die Standarddosis von 4,12 mg Triptorelinazetat-Depot (1 Amp. i.m. = Gruppe B: n = 100) versus 2,1 mg Triptorelinazetat Depot (1/2 Amp. i.m = Gruppe A. n = 100) zur Downregulation. Folgende Parameter wurden bestimmt: E2, LH, Progesteron. Die Behandlungsergebnisse wurden korreliert mittels der Anzahl der gewonnenen Oocyten, der fertilisierten Oocyten, der transferierten Embryonen und der Schwangerschaftsraten pro Embryotransfer. Abgebrochene IvF-Zyklen wurden einzeln analysiert. Bezüglich der Hormonwerte waren beide Gruppen ohne signifikanten Unterschied. In der Gruppe der Patientinnen mit der halbierten Dosis (A) kam es nur in einem Fall zu einer vorzeitigen Luteinisierung, in der Standartdosisgruppe (B) in keinem Fall. Wegen low response wurde in Gruppe A in 5 Fällen die Therapie abgebrochen, versus 3 Fälle in Gruppe B (ns). Ebenfalls vergleichbar war das IvF-outcome, nur die ET-Rate pro begonnener Stimulation zeigte einen signifikanten Unterschied: 88 % (A) versus 96 % (B), p / The GnRH agonist application for the downregulation prior to IVF is 'gold standard', mainly in the so-called long protocol. This should avoid premature ovulations. The dose-dependent, undesired effects justify the search for the optimal low dose of the GnRH agonist. A prospective randomised dose-finding study was carried out in this respect. Among 200 sterile women (18 and 38 years) for the planned IVF and/or IVF / ICSI treatment in the long protocol, n = 100 in group A received 2.1 mg Triptorelinacetate depot (1/2 amp., i.m.) and n = 100 in group B the standard dose of 4.12 mg (1 amp., i.m.) for the downregulation. The hormone values E2, LH, progesterone were determined. The treatment results were compared by means of the number and quality of the oocoytes, the embryo transfers and the pregnancy rates. Cancelled IVF cycles were analysed. With respect to the hormone values, neither of the two groups showed significant differences. A premature luteinization occurred in group A (reduced dose) in only one case; in the standard dose of group B, none occurred. Due to the low response, the therapy was cancelled in 5 cases in group A, in comparison to 3 cases in group B (ns). The IVF outcome showed a comparable result. The only significant difference was the ET rate per started stimulation (p GnRH-Agonist Triptorelin IvF/ICSI Downregulation GnRH agonist Triptorelin IvF/ICSI down regulation 610 Medizin 33 Medizin YM 8000 ddc:610
15	Neuroprotective Effect Of Thyrotropin-Releasing Hormone (TRH) Against Glutamate Toxicity In Vitro Yard, Michael 13 November 2009 (has links) Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / Acute and chronic activation of both ionotropic and metabotropic glutamate (glut) receptors is implicated in many neurodegenerative disorders including AD, dementia, epilepsy, stroke and neurotrauma. TRH and glut receptors (ionotropic & metabotropic) receptors are differentially coexpressed in granule and pyramidal neurons of the hippocampus. The author shows TRH to be protective when added to cultured pituitary adenoma (GH-3) cells and neuron-like pheochromocytoma (PC12) cells either prior to, during, or after glut-induced toxicity (Endo. Soc. Abs. 01), and also shows that the possible neuroprotective mechanism may involve heterologous downregulation of the metabotropic glut receptors, using superfused hippocampal slices and noting a reduction of Gαq/11 (SFN Abs. 02). He has also demonstrated that TRH protected against glut toxicity in fetal cortical cultures (Endo. Soc. Abs. 04). To extend these studies he used 14-day cultured rat fetal hippocampal neurons (Day E17) to determine if TRH is protective against toxicity induced by specific ionotropic and metabotropic glut agonists. Neuronal viability and integrity were assessed by trypan blue exclusion and LDH release after 18 hrs following 30 min exposure to glut agonists. Ten µM dihydroxyphenylglycine (DHPG, a Group 1 receptor agonist) + 30 µM N-methyl-D-aspartate (NMDA)-induced toxicity (42% vs contr. P<0.05); whereas, concurrent and continued treatment with 10 uM but not 1uM 3Me-HTRH resulted in less neuronal death and damage (86% vs contr P<0.05; 53% vs contr. P>0.05) respectively. DHPG treatment alone (10 µM) for 30 min. was non-toxic by both criteria (90% vs contr. P<0.05). The data suggest that TRH may be a selective modulator of glut-induced toxicity. Heterologous Receptor Downregulation PC12 Cell Culture GH-3 Cell Culture G alpha q/11 Hippocampal Slice Superfusion TRH Neuroprotection Cell culture Thyrotropin releasing factor Glutamic acid
16	Klonierung und pharmakologische Charakterisierung des equinen β2-Adrenozeptors im Zusammenhang mit Equinem Asthma in einem stabil transfizierten In-vitro-Säugerzellmodell Kamutzki, Christin Jana 18 September 2023 (has links) Einleitung: Equines Asthma ist eine herausfordernde Erkrankung der Pferde. Gekennzeichnet ist sie durch verengte Atemwege mit massiver Schleimansammlung mit einhergehender Leistungsinsuffizienz des Pferdes. Eines der Therapieziele ist der β2-Adrenozeptor (β2AR) in den Atemwegen, der nach Aktivierung durch β-selektive Pharmaka zur Bronchienerweiterung und verbesserten Ventilation der Lunge führt. Eine Langzeitapplikation dieser Therapeutika führt jedoch zur Downregulation der Rezeptoranzahl mit korrespondierender Abschwächung des Therapieerfolges, wobei es Unterschiede im Ausmaß dieses Effektes zwischen den Pharmaka zu geben scheint. Der genaue Mechanismus dahinter ist nicht geklärt. Ziel der Untersuchung: Die vorliegende Arbeit entwickelt zwei neue In-vitro-Zellsysteme, in denen der equine β2AR stabil transfiziert wird und dessen Genexpression (ADRB2) durch Doxycyclin steuerbar ist. Nach Etablierung der reproduzierbaren Anwendbarkeit wird eines der Systeme unter Zugabe von β-selektiven Agonisten genutzt, um den Einfluss der Pharmaka auf die Rezeptor-Signalkaskade und Downregulation zeit- und dosisabhängig zu bestimmen. Material und Methoden: ADRB2 wurde in den Vektor pSBtet_GP kloniert und HEK293T- und COS-7-Zellen mit dem Konstrukt stabil transfiziert. Zur Bestimmung der Parameter für eine adäquate Genexpression wurden die Zellen mit verschiedenen Doxycyclin-Konzentrationen und Inkubationszeiten induziert und die Rezeptor-mRNA-Bildung, -anzahl und -funktion mittels qPCR, Iodocyanopindolol (ICYP)-Bindungsstudien und AlphaScreen cAMP-Assay bestimmt. Anschließend wurden dem HEK-Zellsystem Agonisten (Isoproterenol, Epinephrin, Norepinephrin, Clenbuterol, Salbutamol, Salmeterol), ebenfalls in zeit- und konzentrationsabhängigen Versuchen, zugegeben. Die Entwicklung der Rezeptor-mRNA und -anzahl wurde mittels qPCR und ICYP-Bindungsstudien verfolgt. Zusätzliche Verdrängungsexperimente wurden zur Affinitätsbestimmung einiger Agonisten zum equinen β2AR genutzt. Der Einfluss von Zeit und Dosis von Doxycyclin wurde mittels Two-way-ANOVA mit Bonferroni-Korrektion ermittelt, wobei das Signifikanzniveau bei p < 0,05 festgelegt wurde. Ergebnisse: Die Bildung von Rezeptor-mRNA konnte über alle Doxycyclin-Konzentrationen hinweg mit einer 48-stündigen Inkubation am besten generiert werden, weshalb weitere Experimente mit dieser Induktionsdauer durchgeführt wurden. qPCR und ICYP-Bindungsstudien zeigten eine maximale mRNA- und Rezeptorproteinbildung bei 8,0 µg/ml Doxycyclin, wohingegen die Rezeptorfunktion in Form von Bildung des second messengers cAMP bei niedrigeren Doxycyclin-Konzentrationen (COS: 2,0 µg/ml; HEK: 0,5 µg/ml) gegeben war. Daher entschieden wir uns für eine Induktion mit 1,0 µg/ml Doxycyclin für 48 Stunden, welche dann als Startpunkt für die anschließende 72-stündige Agonistenzugabe genutzt wurde. Alle Agonisten induzierten nach 8-stündiger Inkubation eine gesteigerte Rezeptor-Genexpression, die jedoch meist nach 24 Stunden unter das Startniveau sank und dort auf einem niedrigen Level bis zum Betrachtungsende verblieb. Korrespondierend dazu stieg zeitversetzt die durch ICYP-Bindungsstudien bestimmte Rezeptoranzahl bis 48 Stunden an, zeigte danach unter Salmeterol und Salbutamol, jedoch nicht unter Clenbuterol, eine leichte Abnahme, ohne unter das Ausgangsniveau zu sinken. Die Affinität der Agonisten zum equinen β2AR zeigte folgende Reihenfolge: Salmeterol > Clenbuterol > Isoproterenol > Salbutamol. Schlussfolgerungen: Beide Zellmodelle eignen sich zur weiteren Erforschung der Rezeptorregulation des equinen β2AR mit den ermittelten Parametern für eine stabile Genexpression. Im HEK-System konnte erstmalig nach Agonisten-Zugabe gezeigt werden, dass es einen pharmakainduzierten Zusammenhang zwischen Rezeptor-mRNA-Bildung und dichte gibt, bevor die downregulierenden Prozesse unter Dauertherapie die Überhand bekommen. Salmeterol zeigte dabei schon in geringen Konzentrationen Effekte. Clenbuterol regulierte in unserem Modell jedoch die Rezeptoranzahl nach 72-stündiger Agonisten-Zugabe nicht herunter, was im Kontrast zu bisherigen Ergebnissen steht und zelltypabhängig zu sein scheint. info:eu-repo/classification/ddc/636.089 ddc:636.089 info:eu-repo/classification/ddc/630 ddc:630
17	Utvecklingen av marknadsvärdet för svenska frekvenshållningsreserver 2024–2030 : En prognos för utvecklingen av marknadsvärdet för frekvenshållningsreserverna FCR-N, FCR-D upp och FCR-D ned på den svenska balansmarknaden mellan 2024 och 2030 / The Development of the Market Value of Swedish Frequency Containment Reserves 2024–2030 : A forecast for the development of the market value for the frequency containment reserves FCR-N, FCR-D up and FCR-D down in the Swedish balancing market between 2024 and 2030 Ludvig, Aldén, Gustav, Espefält, Gabriel, Gabro January 2024 (has links) I takt med en ökad andel variabel förnybar elproduktion i Sveriges energimix blir elnätets flexibilitet allt viktigare för att upprätthålla en stabil elförsörjning. Detta arbete undersöker framtida prognoser för priser och volymer på de svenska frekvenshållningsreserverna FCR-N, FCR-D upp och FCR-D ned fram till år 2030. Prognoser för sådan utveckling är viktiga för elmarknadens aktörer och deras beslut att investera i flexibilitetsresurser. SARIMAX-modeller utvecklades baserade på historisk data och antaganden om framtida utvecklingar, vilka i sin tur grundades på en intervju med en branschexpert samt aktuella kartläggningar och rapporter. Resultaten visar på en markant nedåtgående pristrend. För FCR-N prognostiseras priserna sjunka med 367 % från 2024 till 2030, från 29 euro/MW till 5 euro/MW. FCR-D upp förväntas följa en liknande trend med ett prisfall på 325 %, från 20 euro/MW år 2024 till 4 euro/MW år 2030. Den kraftigaste prisnedgången prognostiseras för FCR-D ned, där priserna beräknas rasa med över 1900 % under samma period - från 61 euro/MW år 2024 till endast 3 euro/MW år 2030. Vad gäller volymer visar prognoserna på en relativt stabil utveckling kring upphandlingsplanerna, med en viss ökning för FCR-D ned på 44 % från 2024 till 2030. Den pågående etableringen av batterilager förutses ha stor påverkan genom att öka konkurrensen och pressa priserna nedåt. De låga prisnivåerna 2030 kan dock göra det utmanande att motivera investeringar enbart baserat på intäkter från FCR-marknader. Vidare diskuteras modellernas begränsningar samt behovet av framtida forskning kring batteriteknik, råvaruaspekter och avancerade simuleringsmodeller för att bättre förstå marknadsdynamiken. / As the share of variable renewable electricity production increases in Sweden's energy mix, the flexibility of the power grid becomes increasingly important to maintain a stable electricity supply. This study aims to forecast prices and volumes of the Swedish frequency containment reserves FCR-N, FCR-D up, and FCR-D down until 2030. Forecasts of such developments are important for electricity market participants and their decisions to invest in flexibility resources. SARIMAX models were developed based on historical data and assumptions about future developments, which in turn were based on an interview with an industry expert as well as current reports. The results indicate a significant downward price trend. For FCR-N, prices are forecasted to decrease by 367% from 2024 to 2030, dropping from 29 euros/MW to 5 euros/MW. FCR-D up is expected to follow a similar trend with a 325% price drop, from 20 euros/MW in 2024 to 4 euros/MW in 2030. The sharpest price decline is forecasted for FCR-D down, where prices are estimated to plummet by over 1900% during the same period - from 61 euros/MW in 2024 to only 3 euros/MW in 2030. Regarding volumes, the forecasts show a relatively stable development around the procurement plans, with a certain increase for FCR-D down by 44% from 2024 to 2030. The ongoing establishment of battery storage is expected to have a major impact by increasing competition and putting downward pressure on prices. However, the low price levels in 2030 may make it challenging to justify investments based solely on revenues from FCR markets. Furthermore, the limitations of the models are discussed, as well as the need for future research on battery technology, raw material aspects, and advanced simulation models to better understand market dynamics. FCR frequency containment reserves FCR-N FCR-D up FCR-D down upregulation downregulation variable renewable energy VRE power grid power system flexibility electricity supply stable forecast electricity market SARIMAX time series modeling data price volume market value energy storage battery storage battery park batteries competition time series flexibility resource flexibility service risk system effect future scenarios scenario balancing market volume development investment decisions scenario analysis uncertainty management sensitivity analysis competitive situation commodity prices technology development policy impact capacity expansion profitability calculations risk management FCR frekvenshållningsreserver FCR-N FCR-D upp FCR-D ned uppreglering nedreglering variabel förnybar energiproduktion VRE elnät kraftsystem flexibilitet elförsörjning stabil prognos elmarknad SARIMAX tidsseriemodellering data pris volym marknadsvärde energilagring batterilager batteripark batterier konkurrens tidsserie flexibilitetsresurs flexibilitetstjänst risk systemeffekt framtidsscenarier scenario balansmarknad volymutveckling investeringsbeslut scenarioanalys osäkerhetshantering känslighetsanalys konkurrenssituation råvarupriser teknologiutveckling policypåverkan kapacitetsutbyggnad lönsamhetsberäkningar riskhantering Energy Systems Energisystem

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