Orientador: Carmen Sílvia Bertuzzo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-18T19:02:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bonadia_LucianaCardoso_D.pdf: 3915251 bytes, checksum: 0ec73a6295f4f385eff99d2de851f6c8 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A Fibrose Cística (FC) é uma doença autossômica recessiva letal com alta incidência na região sudeste brasileira. É causada por mutações no gene CFTR que codifica uma proteína que se localiza na membrana apical das células epiteliais das vias aeríferas, pâncreas, glândulas salivares e sudoríparas, intestino e aparelho reprodutor, constituindo um canal de cloro. O aumento da viscosidade do muco extracelular é responsável pela maioria das complicações clínicas relacionadas à FC, sendo o acometimento respiratório a principal causa de morbidade e mortalidade. Mais de 1500 mutações foram associadas à FC, divididas em seis classes de acordo com o efeito que causam na produção e atividade da proteína CFTR, sendo a F508del a mais frequente delas. Com o aumento do diagnóstico precoce e melhora da abordagem terapêutica, cada vez mais pacientes chegam à idade adulta. A atenção ao paciente deve acompanhar a mudança demográfica tendo em vista as necessidades específicas da idade sejam clínicas, psicológicas ou sociais. O objetivo desse projeto foi caracterizar uma amostra de pacientes adultos com hipótese diagnóstica de FC e correlacionar os aspectos clínicos, moleculares e fisiológicos. A caracterização clínica foi realizada por pesquisa de dados clínicos no arquivo médico dos pacientes; a molecular foi realizada por métodos de genotipagem como DHPLC, sequenciamento do DNA e MLPA e a fisiológica foi realizada por medidas de corrente intestinal por micro-câmara de Ussing. Foi observado que pacientes sem atividade da CFTR tendem a ser diagnosticados mais cedo. Houve associação entre as classes de mutação de CFTR e a atividade do canal e uma relação entre a gravidade da mutação/inatividade de CFTR e a idade ao diagnóstico, função pulmonar e gravidade avaliada por Escore de Shwachman. Houve associação entre a colonização crônica por Pseudomonas aeruginosa e a obstrução pulmonar avaliada por dados de espirometria. As principais contribuições desse estudo foram: implementação de um método pioneiro no Brasil que além de servir como ferramenta diagnóstica tem sido muito utilizado na pesquisa de novos fármacos para tratamento mutação-dirigidos; caracterização clínica, molecular e fisiológica dos adultos com hipótese diagnóstica de fibrose cística, um grupo de pacientes cada vez mais frequente no atendimento médico dessa doença / Abstract: Cystic Fibrosis (CF) is a lethal autosomal recessive disease with high incidence in Southeast Brazil. It is caused by mutations in the CFTR gene, which encodes a protein that is located in the apical membrane of epithelial cells of airway tract, pancreas, salivary and sweat glands, intestine and reproductive system, forming a chloride channel. The increasing of the viscosity of extracellular mucus is responsible for most clinical complications related to CF, with pulmonary impairment as a major cause of morbidity and mortality. More than 1500 mutations have been associated with CF, divided in six different classes according to the effect on CFTR protein production and activity, F508del being the most common type. With the increase of early diagnosis and improved therapeutic approach, more and more patients reach adulthood. The patient care should follow the demographic shift regarding the specific needs of the age are clinical, psychological or social. The aim of this study was to characterize a sample of adult CF patients with diagnosis of CF and to correlate the clinical, molecular and physiological features. Clinical characterization was obtained from archived medical records. Molecular characterization was performed by genotyping methods such as DHPLC, MLPA and sequencing and physiological characterization was performed by intestinal current measurements by micro-Ussing chamber. It was observed that patients in whom the CFTR channel does not show any residual activity tend to be diagnosed earlier. There was an association between the classes of CFTR mutation and the activity of the channel and a relationship of mutation severity/inactivity of CFTR with the age at diagnosis, lung function and severity score assessed by Shwachman-Kulczycki. There was an association between chronic colonization by Pseudomonas aeruginosa and pulmonary obstruction. The main contributions of this study were: implementation of a method pioneered in Brazil that serves as a diagnostic tool and has been used in researching new drugs for treatment of specifics mutation and clinical, physiological and molecular characterization of adults with cystic fibrosis, a growing group in medical care / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Ciências Médicas

Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T16:38:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Neves_MeirieledaSilvadas_M.pdf: 2620199 bytes, checksum: 70b2df72cfdb93196c91a87c813e12e9 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: O gênero Salmonella pertence à família Enterobacteriaceae que agrupa bacilos Gram-negativos, anaeróbios facultativos, fermentadores e geralmente flagelados. S. enterica é um dos patógenos de origem alimentar mais prevalente, sendo que infecções causadas por essa bactéria podem estar relacionadas a praticamente todos os tipos de alimentos. O trabalho foi proposto com o intuito de realizar a caracterização fenotípica e molecular de linhagens atenuadas de Salmonella enterica Typhimurium para genes codificadores de proteínas associadas ao nucleóide (NAPs Nucleoid associated Proteins). As características fenótipicas dos mutantes nulos de Salmonella enterica para os genes ihfA ou ihfB, codificadores das subunidades A e B de IHF, foram avaliadas através de crescimento in vitro, motilidade, sobrevivência frente ao estresse nutricional (sobrevivência em fase estacionária), sob condições ácidas, na presença de sais biliares e quanto à capacidade de invasão e sobrevivência em macrófagos (linhagem J774A.1). Testes de confirmação da atenuação e avaliação da capacidade de induzir proteção em caso de infecção por S. enterica foram realizados utilizando o modelo murino. Os mutantes não apresentaram diferença no crescimento in vitro e na capacidade de sobreviver na presença de sais biliares em comparação com a linhagem selvagem. As linhagens mutantes para os genes ihfA ou ihf ihf ihfB) apresentaram uma menor capacidade de sobrevivência sob condições ácidas quando comparadas com a linhagem selvagem. A motilidade dos mutantes simples também foi reduzida. Os mutantes simples e duplo apresentaram maior capacidade de sobreviver sob estresse nutricional quando comparados com a linhagem selvagem. O mutante para o gene ihfA e o duplo mutante apresentaram um aumento na capacidade de invadir macrófagos. ihf ihfB mostraram uma capacidade aumentada em sobreviver no interior de macrófagos quando comparadas com a linhagem selvagem. Os mutantes nulos viii de Salmonella enterica para os genes ihfA ou ihfB apresentam atenuação, em diferentes graus, quanto à virulência e apresentaram capacidade de induzir proteção no modelo murino de infecção por S. enterica. Esses resultados demonstram que essa proteína apresenta função relacionada com a virulência bacteriana, sendo um importante alvo de estudo na busca de linhagens atenuadas / Abstract: The genus Salmonella belongs to the Enterobacteriaceae family that comprises Gram-negative bacillus, facultative anaerobe, fermenting and generally flagellate. S. enterica is one of the most prevalent food-borne pathogen, and infections caused by this bacterium can be associated to almost all types of food. The work was proposed with the purpose of performing phenotypic and molecular characterization of attenuated strains of Salmonella enterica Typhimurium for genes encoding proteins associated with the nucleoid (NAPs - Nucleoid associated Proteins). The phenotypic characteristics of the null mutants of Salmonella enterica for genes ihfA or ihfB, encoding the A and B subunits of IHF, were evaluated by in vitro growth, motility, survival under nutritional stress (survival in the stationary phase), under acidic conditions, in the presence of bile salts and for the ability of invasion and survival in macrophages (J774A.1 strain). Attenuation tests and evaluation of the capacity to induce protection in case of infection by S. enterica were performed using the murine model. The mutants showed no difference in the in vitro growth and the ability to survive in the presence of bile salts in comparison with the wild type strain. The single mutant for ihfA or ihf ihf ihfB) showed decreased survival under acidic conditions when compared to the wild type strain. Motility of single mutants was also reduced. Single and double mutants showed higher ability to survive under nutritional stress when compared with the wild type strain. The mutant gene for ihfA and the double mutant showed an increased ability to invade ihf ihfB mutants showed an increased ability to survive within macrophages when compared with the wild type strain. Null mutants of Salmonella enterica for ihfA or ihfB genes exhibited attenuation, to varying degrees, for virulence and showed ability to induce protection in a murine model of infection by S. enterica. x These results demonstrate that this protein has function associated to bacterial virulence and is an important subject of study in search for attenuated strains / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestra em Genética e Biologia Molecular

A coleção de fungos do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo/USP compreende 1047 isolados de fungos, algas e actinomicetos de interesse médico e veterinário, que até o início deste estudo eram mantidos sob repiques sucessivos a cada três meses. Criada em 1925 pelo Prof. Dr. Floriano Paulo de Almeida e, a partir de 1953, mantida pelo Prof. Dr. Carlos da Silva Lacaz, a coleção necessitava de adequação de seu espaço físico e atualização nos métodos de preservação dos isolados. A reforma física foi realizada de acordo com as normas de biossegurança recomendadas pelo manual de procedimentos para manipulação de patógenos. Diversos estudos têm demonstrado que repiques sucessivos propiciam alterações nas características morfológicas, antigênicas, genéticas e de virulência de isolados fúngicos. Deste modo, foram aplicadas metodologias de preservação de longo prazo, como: liofilização, água destilada esterilizada, congelamento a -80ºC e em nitrogênio líquido (-196ºC). Foram selecionados 386 isolados, entre fungos dimórficos (213), filamentosos (hialinos e melanizados - 106) e leveduras (67), relacionados às infecções fúngicas mais prevalentes em nosso meio. Foram utilizados dois métodos de preservação para cada grupo de fungos: as leveduras foram submetidas à liofilização e congelamento em freezer -80ºC; e os fungos dimórficos e filamentosos preservados em água destilada esterilizada e no vapor de nitrogênio líquido. Esses isolados foram inicialmente avaliados quanto à caracterização morfológica e, após aplicação dos métodos de preservação, avaliou-se a viabilidade dos mesmos dentro de um período de dois anos, bem como a morfologia. As leveduras apresentaram 100% de viabilidade pelos dois métodos de preservação, mantendo suas características fenotípicas. Do mesmo modo, os dois métodos aplicados aos fungos filamentosos resultaram em elevados índices de viabilidade, com manutenção das características morfológicas. Em relação aos fungos dimórficos, a manutenção em nitrogênio líquido resultou em índices variáveis de viabilidade, dependendo do gênero avaliado. Do total de isolados do estudo, 75 foram submetidos também à identificação molecular por sequenciamento automatizado, após amplificação da região ITS do DNA ribossomal por PCR. A técnica molecular demonstrou, para alguns desses isolados, discordância na identificação das espécies quando comparada aos métodos fenotípicos. Os resultados deste estudo demonstraram que os repiques sucessivos não são recomendados para a preservação de fungos em coleções, por alterarem as características fenotípicas, bem como a capacidade de produzir esporos. As novas metodologias de preservação adotadas mantiveram a morfologia típica dos gêneros e espécies, permitindo ainda a viabilidade da maioria dos isolados estudados. A identificação molecular demonstrou ser importante ferramenta para autenticação dos isolados / The fungal culture collection from the Instituto de Medicina Tropical de São Paulo/USP comprises 1047 isolates of fungi, algae and actinomycetes with medical and veterinary relevance, which up to now have been preserved by subculturing every three months. Created in 1925 by Prof. Floriano Paulo de Almeida and maintained by Prof. Carlos da Silva Lacaz and his assistants since 1953, this fungal collection needed to be realocated to another area in 2007, as well as updated and revised as to its preservation methods. This new area was reformed according to safety procedures recommended in guidelines for pathogenic microorganisms manipulation. Several studies demonstrated that storage of fungi by subculturing may induce antigenic changes, phenotypic and genetic alterations, in addition to attenuation of virulence. The present study was aimed at utilizing more adequate methods of long-term preservation, such as lyophilization, sterile distilled water, and cryopreservation (freezing at -80°C and storage in liquid nitrogen [-196°C]). Three hundred eight six isolates consisting of dimorphic (213) and filamentous fungi (hyaline and melanized - 106), and yeasts (67) associated with the most prevalent fungal diseases in our setting were randomly selected. Two methods were applied for storage of each fungal group: yeasts were submitted to lyophilization and freezing at -80ºC; dimorphic and filamentous fungi were preserved in sterile distilled water and liquid nitrogen. All isolates were initially evaluated for their morphological features, submitted to the different methods of storage, and during a period of up to two years, reassessed for viability and morphological features. Yeasts showed 100% viability by the two applied preservation methods, maintaining their phenotypic characteristics. Similarly, the two methods applied to filamentous fungi resulted in high rates of viability, with maintenance of morphology. Regarding the dimorphic fungi, the preservation in liquid nitrogen resulted in variable rates of recovery, depending on the genus assessed. From all studied isolates, 75 were also submitted to molecular identification by sequencing after PCR amplification of the ITS region of the ribossomal DNA. This molecular technique showed, for some isolates, a lack of agreement in species identification when compared with the phenotypic methods. The new long-term storage methods used in the study preserved the typical genus and species morphology of the studied isolates, while resulting in high viability rates. The molecular identification proved to be an important tool for the authentication of isolates

O teste de exercício cardiopulmonar (TECP) (ou teste ergoespirométrico) é considerado o padrão-ouro para avaliação da potência aeróbia, contudo este teste demanda equipamentos sofisticados e profissionais especializados. O interesse pelo teste do degrau para avaliação da capacidade física em indivíduos com doenças pulmonares crônicas cresceu nos últimos anos devido à sua portabilidade. Entretanto, o uso do teste do degrau incremental (TDIM) para avaliação da capacidade física de indivíduos com asma permanece desconhecido. O objetivo deste estudo foi avaliar as respostas cardiopulmonares e metabólicas durante o TDIM em indivíduos com asma moderada a grave bem como avaliar sua reprodutibilidade nesta população. Cinquenta e quatro indivíduos com asma moderada a grave foram submetidos ao TECP e a dois TDIM em ordem aleatorizada. Os testes foram realizados em 2 dias não consecutivos com intervalo mínimo de 48 horas. No primeiro dia, os indivíduos realizaram avaliação do controle clínico da asma pelo Asthma Control Questionnaire (ACQ) e o teste TECP ou os 2 TDIM, de acordo com a aleatorização. Na segunda visita, os indivíduos foram submetidos aos 2 TDIM ou ao TECP de acordo com a aleatorização. Os dados dos pacientes foram analisados em subgrupos de acordo com o índice de massa corpórea (IMC) e divididos em eutróficos, sobrepeso e obesos. O desempenho no melhor TDIM (m-TDIM) foi comparado à resposta do TECP. Os valores de consumo de oxigênio no pico do exercício (VO2pico) obtidos no m-TDIM foram inferiores ao TECP (2.042±494; 1.749±434 ml/min, média±DP, respectivamente; p=0,01). Os limites de concordância do VO2pico entre o m-TDIM e TECP variaram de -786 a 201 ml/min. Não foi observada diferença nos indivíduos eutróficos com asma (EA) na maioria das variáveis analisadas, exceto no coeficiente respiratório (RER). Por outro lado, foi verificado que a maioria das variáveis obtidas no TDIM foram inferiores nos indivíduos com sobrepeso e obeso comparado ao TECP. Apesar dos valores inferiores observados no m-TDIM quando comparado ao TECP na análise com todos os indivíduos, o TDIM se mostrou reprodutível e apresentou um excelente coeficiente de correlação intraclasse para o número de degraus (0,88[0,79 - 0,93]), o VO2pico (0,93[0,88 - 0,96]) e a frequência cardíaca máxima (0,86 [0,76 - 0,92]). Os nossos resultados mostram que o TDIM induz a uma menor resposta do VO2 pico quando comparado ao TECP em indivíduos com asma moderada a grave independente do IMC. Contudo, o TDIM foi bem tolerado e reprodutível nesta população / The cardiopulmonary exercise test (CPET) is the gold standard to measure aerobic fitness; however, CPET is expensive and requires specialized equipment and a qualified operator. There is a growing interest in using step tests to assess exercise capacity in subjects with chronic lung diseases due to its portability. However, the use of modified incremental step test (MIST) to evaluate exercise capacity in subjects with asthma remains unknown. This study aims to evaluate cardiopulmonary and metabolic responses during MIST in adults with moderate to severe asthma. In addition, we investigated the reliability of the MIST in this population. Fifty-four adults with asthma performed a CPET and two MIST with pulmonary gas analysis on two separate days in a randomized order. The tests were performed in 2 non-consecutive days with a minimum interval of 48 hours. On the first day was evaluated the clinical control of asthma by the Asthma Control Questionnaire (ACQ) and the TECP or 2 TDIM, according to the randomization. At the second visit, the subjects were submitted to 2 TDIM or TECP according to the randomization. The subjects were allocated according to BMI (body mass index) in eutrophic, overweight and obese. The best MIST (b-MIST) was considered at the peak of the exercise for comparison with CPET. There was a difference in peak oxygen uptake (VO2peak) assessed by the CPET and the b-MIST (2,042±494; 1,749±434 ml/min, mean ± SD, respectively; p=0.01). The limits of agreement for VO2peak between the CEPT and the b-MIST with ranged from -786 to 201ml/min. MIST was reproducible and presented an excellent intraclass correlation coefficient (CCI [95% confidence interval]) for the number of steps (0.88[0.79 - 0.93]), VO2 (0.93[0.88 - 0.96]) and maximal heart rate (0.86 [0.76 - 0.92]). The MIST elicits a lower VO2peak than the CPET in subjects with moderate to severe asthma regardless the BMI. However, the MIST is well tolerated and reproducible in this population

A perda auditiva é uma característica importante da Síndrome de Stickler. Na literatura, poucos trabalhos têm caracterizado essa perda, e não há estudos do efeito de outros fatores de risco sobre a audição no Stickler. Realizou-se este trabalho com a finalidade de verificar o fenótipo clínico e audiológico de um grupo de 26 crianças, com idade média de cinco anos e sete meses, afetadas pela SS, no Hospital de Reabilitação de Anomalias Craniofaciais. Após análise dos dados dos exames clínico e audiológico, concluiu-se que 80,76% (IC 95%, 60, 65 – 93, 44) das crianças apresentaram perda auditiva, sendo 34,61% (IC 95%, 17, 21 – 55, 66), de perda sensorioneural associada à SS, tipicamente para altas freqüências; 11,53% (IC 95%, 2, 44 – 30, 15) de perda mista, e 34,61% (IC 95%, 17, 21 – 55, 66) de perda auditiva condutiva, que é comum nas crianças com SS, devido à presença da fissura de palato e outras anomalias craniofaciais, levando a uma disfunção da orelha média com o comprometimento da sensibilidade auditiva. O grau de perda auditiva variou de leve a grave. A análise estatística pelo teste de Fisher (p<0,05) não revelou qualquer efeito significativo da exposição das crianças a outros fatores de risco de perda auditiva sobre a perda sensorioneural, mostrando ser este tipo de perda auditiva característica da SS. Na impossibilidade da realização do exame genético molecular, o fenótipo clínico, associado à avaliação audiológica, pode sugerir o diagnóstico do tipo da SS. / Hearing loss is an important characteristic of the Stickler’s Syndrome. In literature, few studies have defined the characterization of this loss, and there are no studies about the effect of other risk factors of hearing in Sticker. This present work has been made with the purpose of verifying the clinical and audiological phenotype of a group of 26 children with average age of 5 years and 7 months, affected by SS, at the Hospital de Reabilitação de Anomalias Craniofaciais. After analyzing the data of the clinical and audiological exams, we concluded that 80.76% (IC 95%, 60,65 – 93,44) of the children have presented hearing loss, being 34.61% (IC 95%, 17,21 – 55,66) of sensorial neural loss, associated with SS, typically for high frequencies; 11.53% (IC 95%, 2,44 – 30,15) of mixed loss; and 34.61% (IC 95%, 17,21 – 55,66) of conductive hearing loss, which is common in children with SS, due to the presence of cleft palate and other craniofacial anomalies, leading to a disfunction of the mid ear, with harming of hearing sensibility. The degree of hearing loss has varied from mild to severe. The statistical analysis through Fisher’s test (p<0.05) didn’t reveal any significant effect of the exposition of children to other risk factors of hearing loss to the sensorial neural loss of SS. Due to the impossibility of the realization of the molecular genetic exam, the clinical phenotype, associated with the audiological evaluation, may suggest the diagnosis of the kind of SS.

Introdução: A dermatite atópica (DA) é uma enfermidade cutânea inflamatória de caráter crônico, na qual o prurido é constante, e com marcada xerose. Dermatose que geralmente se inicia na infância, e pode surgir em indivíduos com história pessoal ou familiar de asma, rinite alérgica e/ou DA. A pele com DA apresenta colonização por Staphylococcus aureus (S. aureus) em 80-100% dos casos, sendo responsável pela produção enterotoxinas, capazes de exacerbar a resposta inflamatória na DA. Nesta enfermidade, existem distintos subtipos de células apresentadoras de antígeno ou dendríticas (DC), tanto na pele quanto circulantes. As DC exercem papel relevante na inflamação da DA, em especial um subgrupo de células dendríticas mieloides (mDC), as chamadas células dendríticas inflamatórias epidérmicas (IDEC). Objetivo: Avaliar o fenótipo e a função das mDC (IDEC-like) em células mononucleares do sangue periférico (PBMC) na DA do adulto. Métodos: Foram selecionados 21 pacientes com DA (idades entre18 e 65 anos, sendo 13 homens e oito mulheres) e 21 controles (idades entre 21 e 41 anos, sendo oito homens e 13 mulheres), nos quais foram realizadas as avaliações fenotípica e funcional das mDC (IDEC-like) em PBMC. Para tal, foram analisadas as expressões de: Fc?RI, TNF, IFN-y, IL-10, CD36 e CD83 nas mDC, estimuladas com enterotoxina estafilocócica B (SEB), agonistas de TLR2 (Pam3CSK4), TLR4 (LPS) e de TLR7/8 (CL097) através da citometria de fluxo. Resultados: Os principais achados nos pacientes com DA foram: aumento da frequência de células IDEC-like frente ao estímulo com agonista de TLR2 (Pam3CSK4); aumento da frequência de IFN-y em condição não estimulada, e de IL-10 frente a estímulo com agonista de TLR7/8 (CL097) nesta população de células dendríticas. Conclusão: A caracterização das mDC circulantes na DA evidencia perfil pró-inflamatório em condição não estimulada, impactando na resposta imune adaptativa. O aumento significativo na frequência de células IDEC-like nos pacientes com DA sugere sua participação na perpetuação do processo inflamatório da DA / Introduction: Atopic dermatitis (AD) is an inflammatory skin disease with a chronic course, with constant pruritus and marked xerosis. It usually starts during childhood, and a personal or familial history of skin and/or respiratory allergy may be present. Around 80-100% of the patients show a cutaneous colonization of Staphylococcus aureus (S. aureus), which produces enterotoxins that may exacerbate the inflammatory response in AD. In this disease, there are distinct subtypes of antigen-presenting cells or dendrytic cells (DC), either circulating or present in the affected tissue. DC exert a relevant role in AD inflammation, especially a subgroup of myeloid cells (mDC), known as epidermal inflammmatory dendritic cells (IDEC). Objective: To evaluate the phenotype and function of mDC (IDEC-like) in mononuclear cells of the peripheral blood (PBMC) of adults with AD. Methods: Twenty-one adults with AD (age 18/65; male/female: 13/8) and 21 healthy controls (age 21/41; male/female: 8/13) were selected for the current study. Phenotypical and functional analysis of mDC (IDEC-like) of PBMC were performed, through the expression of Fc?RI ,TNF, IFN-y, IL-10, CD36 and CD83 in mDC, stimulated with enterotoxin B (SEB) and with agonists of TLR2 (Pam3CSK4), TLR4 (LPS) and TLR7/8 (CL097) by flow cytometry. Results: Main findings of AD patients included: elevation of IDEC-like cell frequency with TLR2 (Pam3CSK4) agonist, augmented unstimulated frequency of IFN-y, and of IL-10 with TLR7/8(CL097) agonist of this population of dendritic cells. Conclusion: Characterization of circulating mDC on AD shows proinflammatory profile in unstimulated conditions, therefore causing impact on the adaptive immune response. The significant increase in the frequency of IDEC-like cells in AD patients suggest a role in the maintenance of inflammation in AD

A predição da variância fenotípica é de grande importância para que os sistemas de produção de bovinos de corte consigam aumentar a rentabilidade otimizando o uso de recursos. Modelos mecanicistas dinâmicos do crescimento bovino vêm sendo utilizados como ferramentas de suporte à tomada de decisão em sistemas de manejo individual do gado. Entretanto, a aplicação desses modelos ainda fundamenta-se em parâmetros populacionais, sem qualquer abordagem para que se consiga capturar a variabilidade entre sujeitos nas simulações. Assumindo que modelos mecanicistas sejam capazes de simular o componente de desvio ambiental da variância fenotípica e considerando que marcadores SNPs possam predizer o componente genético dessa variância, esse projeto objetivou evoluir em direção a um modelo matemático que considere a variabilidade entre animais em seu nível genético. Seguindo conceitos de fisiologia genômica computacional, nós assumimos que a variância genética da característica complexa (i.e. produto do comportamento do modelo) surge de características componentes (i.e. parâmetros dos modelos) em níveis hierárquicos mais baixos do sistema biológico. Esse estudo considerou dois modelos mecanicistas do crescimento de bovinos - Cornell Cattle Value Discovery System (CVDS) e Davis Growth Model (DGM) - e ao questionar se os parâmetros de tais modelos mapeariam regiões genômicas que englobam QTLs já descritos para a característica complexa, verificou as suas interpretações biológicas esperadas. Tal constatação forneceu uma prova de conceito de que os parâmetros do CVDS e do DGM são de fato fenótipos cuja interpretação pode ser confirmada através das regiões genômicas mapeadas. Um método de predição genômica foi então utilizado para computar os parâmetros do CVDS e do DGM. Os efeitos dos marcadores SNPs foram estimados tanto para os parâmetros quanto para os fenótipos observados. Nós buscamos qual o melhor cenário de predição - simulações dos modelos com parâmetros computados a partir das informações genômicas ou predição genômica conduzida diretamente nos fenótipos complexos. Nós encontramos que enquanto a predição genômica dos fenótipos complexos pode ser uma melhor opção em relação aos modelos de crescimento, simulações conduzidas com parâmetros obtidos a partir de dados genômicos estão condizentes com simulações geradas com parâmetros obtidos a partir de métodos regulares. Esse é o principal argumento para chamar atenção da comunidade científica de que a abordagem apresentada nesse projeto representa um caminho para o desenvolvimento de uma nova geração de modelos nutricionais aplicados capazes de capturar a variabilidade genética entre bovinos de corte confinados e produzir simulações com variáveis de entrada específicas de cada genótipo. Esse projeto é a primeira abordagem no Brasil conhecida dos autores a usar genótipos Bos indicus para o estudo da aplicação de genômica integrada à modelos mecanicistas para o manejo e comercialização de animais na pecuária. / The prediction of phenotypic variance is important for beef cattle operations to increase profitability by optimizing resource use. Dynamic mechanistic models of cattle growth have been used as decision support tools for individual cattle management systems. However, the application of such models is still based on population parameters, with no further approach to capture between-subject variability. By assuming that mechanistic models are able to simulate environmental deviations components of phenotypic variance and considering that SNPs markers may predict the genetic component of this variance, this project aimed at evolving towards a mathematical model that takes between-animal variance to its genetic level. Following the concepts of computational physiological genomics, we assumed that genetic variance of the complex trait (i.e. outcome of model behavior) arises from component traits (i.e. model parameters) in lower hierarchical levels of biological systems. This study considered two mechanistic models of cattle growth - Cornell Cattle Value Discovery System (CVDS) and Davis Growth Model (DGM) - and verified their expected biological interpretation by asking whether model parameters would map genomic regions that harbors QTLs already described for the complex trait. This provided a proof of concept that CVDS and DGM parameters are indeed phenotypes whose expected interpretations may be stated by means of their mapped genomic regions. A method of genomic prediction to compute parameters for CVDS and DGM was then used. SNP marker effects were estimated both for their parameters and observed phenotypes. We looked for the best prediction scenario - model simulation with parameters computed from genomic data or genomic prediction on complex phenotypes directly. We found that while genomic prediction on complex phenotypes may still be a better option than predictions from growth models, simulations conducted with genomically computed parameters are in accordance with those performed with parameters obtained from regular methods. This is the main argument to call attention from the research community that this approach may pave the way for the development of a new generation of applied nutritional models capable of representing genetic variability among beef cattle under feedlot conditions and performing simulation with inputs from individual\'s genotypes. To our knowledge, this project is the first of this kind in Brazil and the first using Bos indicus genotypes to study the application of genomics integrated with mechanistic models for the management and marketing of commercial livestock.

NTRODUÇÃO: Neoplasias mucinosas primárias do ovário apresentam muitos pontos de controvérsias em relação ao seu padrão de diferenciação, sendo classificadas como tumores benignos, borderline e malignos.Elas também são classificadas em diferentes fenótipos, recentemente designadas como gastrointestinal e seromucinoso. Sua heterogeneidade tem produzido não somente dificuldades na classificação morfológica e no diagnóstico diferencial com neoplasias metastáticas, mas também na compreensão da patogênese e na interpretação imunoistoquímica. O fenótipo gastrointestinal tem sido pouco explorado em relação a possíveis diferenças entre os padrões de diferenciação gástrico e intestinal, desde que os dois são geralmente analisados juntos. Os tumores mucinosos borderline, considerado um estágio precoce da carcinogênese dos tumores mucinosos, são freqüentemente associados com pseudomixoma peritoneal (PMP), o qual foi recentemente relacionado a neoplasias mucinosas do apêndice cecal. O propósito deste estudo foi analizar os diferentes padrões morfológicos de apresentação dos tumores mucinosos do ovário e sua associação com o potencial de malignidade e o perfil imunoistoquímico. MATERIAL E MÉTODOS: Este estudo retrospectivo incluiu 72 tumores de 63 pacientes com diagnóstico patológico presumido de tumor mucinoso primário de ovário selecionados dos arquivos da Divisão de Patologia Cirúrgica da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, de 1996 a 2005. Todos as lâminas da população de pacientes foram revisadas e classificadas de acordo com os critérios da WHO. Marcação imunoistoquímica para produtos do gene de mucina (MUC1, MUC2, MUC5AC e MUC6), RE, RP, CK7, CK20, CA19.9 e CA125 foram feitos em tissue microarrays. RESULTADOS: Nossos resultados mostraram 28 tumores benignos, 35 borderline e 9 malignos distribuídos nos fenótipos: pilórico (11), intestinal (30), gastrointestinal (20), mülleriano (4) e misto (gastrointestinal e mülleriano) (7). Seis pacientes tinham PMP associados. O estudo imunoistoquímico foi realizado em 67 tumores. Os tumores pilóricos apresentaram-se mais freqüentemente como tumores benignos (72.7%) e tiveram um perfil imunoistoquímico diferente de MUC2 (p= 0.003) e CA19.9 (p= 0.04) quando comparado com o fenótipo intestinal. MUC1 foi mais expresso entre os tumores com diferenciação mülleriana (pura ou mista) (100%, p= 0.02) quando comparado aos tumores de outros fenótipos. Os receptores hormonais foram positivos somente no fenótipo mülleriano. Os tumores borderline foram mais freqüentes nos fenótipos intestinal e gastrointestinal (37.1% e 40%), e estavam associados a PMP em 25% dos casos. Todos os tumores ovarianos associados a PMP eram de tipo histológico borderline e com fenótipo intestinal. O perfil dos tumores borderline de tipo intestinal, mesmo nos casos sem PMP, foi distinto dos outros tumores mucinosos de tipo intestinal e caracterizado pela expressão XVII de MUC2 e CK20. A média de idade das pacientes com tumores borderline de tipo intestinal sem PMP foi menor que daquelas com PMP. CONCLUSÃO: O subgrupo de tumores mucinosos de ovário de fenótipo gastrointestinal é o mais freqüente, mas é hetetogênio e composto por uma população de células de tipos pilórico e intestinal que diferem entre si em relação ao potencial de malignidade e perfil imunoistoquímico. Os tumores de fenotipo intestinal são mais freqüentemente malignos e borderline. Os tumores ovarianos associados com PMP e provavelmente também a maioria dos tumores borderline de fenótipo intestinal, mesmo sem PMP, devem ser considerados como tumores secundários, quando uma origem em apêndice cecal parece a mais provável. / NTRODUCTION: Primary ovarian neoplasms of mucinous type carry many controversial points regarding their pattern of differentiation, classified as benign, borderline and malignant tumors. They are also classified into different morphological phenotypes, recently called as gastrointestinal and seromucinous. Their heterogeneity has produced not only difficulty into morphological classification and differential diagnostic with metastatic neoplasms, but also on understanding the pathogenesis and immunohistochemical interpretation. The gastrointestinal phenotype has been little explored with respect to possible differences between the gastric and intestinal morphological patterns of differentiation, since the two have generally been analyzed together. The mucinous borderline tumors, thought to be an intermediary stage of mucinous carcinogenesis, were frequently associated with pseudomyxoma peritonei (PMP), which was recently linked to appendiceal mucinous neoplasms. The purpose of the study was to analyze the different morphological patterns of presentation of mucinous ovarian tumors and their association with malignant potential and immunohistochemical profile. MATERIAL AND METHODS: This retrospective study included 72 tumors from 63 patients with pathological diagnosis of presumed primary mucinous ovarian tumor selected from the files of the Division of Surgical Pathology of University of Sao Paulo Medical School, from 1996 to 2005. All slides from the patient cohort were reviewed and classified according to WHO criteria. Immunohistochemical staining for mucin genes products (MUC1, MUC2, MUC5AC and MUC6), ER, PR, CK7, CK20, CA19.9 and CA125 were performed in tissue microarrays. RESULTS: Our results showed 28 benign, 35 borderline and 9 malignant tumors distributed in phenotypes: pyloric (11), intestinal (30), gastrointestinal (20), müllerian (4) and mixed (7) gastrointestinal and müllerian). Six patients had PMP associated. The immunohistochemical study was performed in 67 tumors. The pyloric tumors presented more frequently as benign tumors (72.7%) and had a differential immunohistochemical profile of MUC2 (p= 0.003) and CA19.9 (p= 0.04) when compared with intestinal phenotype. MUC1 was more expressed between tumors with müllerian differentiation (pure or mixed) (100%, p= 0.02) when compared with the others. The hormonal receptors were positive only in müllerian phenotype. Borderline tumors were more frequently of intestinal and gastrointestinal phenotypes (37.1% and 40%), and were associated to PMP in 25% of the cases. All ovarian tumors associated to PMP were of borderline histology and of intestinal type. The profile of intestinal borderline tumors, even in cases without PMP, was distinct from that of other primary mucinous tumors of the intestinal type and characterized by MUC2 and CK20 expression. The median age of patients with intestinal borderline tumors without PMP was lower than those with PMP. XIX CONCLUSION: The gastrointestinal subgroup of mucinous ovarian tumors is the more frequent, but it is heterogeneous and composed of pyloric, and intestinal cell population that differ regarding malignant potential and immunoprofile. The intestinal tumors are more frequently malignant and borderline. Ovarian tumors associated with PMP and probably most intestinal borderline tumors, even without PMP, should be considered as secondary tumor when the appendiceal origin seems the most probable.

Macrófagos (Mf) produzem PAF e PAF-R e eliminam partículas alteradas via CD36. Uptake de oxLDL requer associação CD36/PAF-R. Avaliamos isto na eferocitose. Bloqueio do PAF-R e de lipid rafts (LR) inibiu eferocitose. Esta induziu associação PAF-R/CD36 e destes com flotilina-1 (marca LR). Eferocitose induziu IL-10 e IL-12p40. Bloqueio do PAF-R inibiu mais IL-10 e inibição da COX-2 teve efeito similar, sugerindo que eferocitose depende da interação PAF-R/CD36 em LR e que isto induz prostanoides e perfil regulador. Mf adquirirem diferentes fenótipos. Estudamos a participação do PAF-R. Bloqueio do PAF-R antes dos estímulos (IFN-g/LPS, IL-4 ou IgG-SRBC/LPS) inibiu marcadores MCP-1, TNF-a, iNOS, receptor manose, arginase-1 e IL-10, mas não IL-12p40, sugerindo que PAF-R modula fenótipo de Mf. PAF e PAF-like são gerados por estressores oxidativos. Ativação do PAF-R induz imunossupressão sistêmica (IS). Mostramos que terapia fotodinâmica (PDT) in vitro gerou ligantes do PAF-R e in vivo inibiu reação de CHS em WT, mas não em PAF-R KO, sugerindo que PDT induz IS via PAF-R. / Macrophages (Mp) produce PAF and PAF-R and scavenge altered particles via CD36. oxLDL uptake requires association CD36/PAF-R. We analyzed that on efferocytosis. PAF-R and lipid rafts (LR) blockage inhibited efferocytosis. Efferocytosis induced association CD36/PAF-R and both with LR marker protein, and induced IL-10 and IL-12p40. PAF-R and COX-2 blockage inhibited more IL-10, suggesting that efferocytosis depends on PAF-R/CD36 interaction in LR and that this induces prostanoids and regulatory profile. Mp acquire different phenotypes. PAF-R participation in that was analyzed. PAF-R blockage before stimuli (IFN-g/LPS, IL-4 or IgG-SRBC/LPS) inhibited markers MCP-1, TNF-a, iNOS, mannose receptor, arginase-1 and IL-10, but not IL-12p40, suggesting that PAF-R modulates Mp phenotype. PAF and PAF-like are generated by oxidative stressors. PAF-R activation induces systemic immunosuppression (SI). We showed that photodynamic therapy (PDT) in vitro generated PAF-R ligands and in vivo inhibited CHS reaction in WT, but not PAF-R KO, suggesting that PDT induces SI via PAF-R.

Esta dissertação de mestrado aborda a controvérsia em torno de qual é o nível biológico no qual a seleção natural atua, com ênfase na proposta de Richard Dawkins do gene egoísta e nas questões que surgem em torno da mesma. Examina-se um panorama de questões de filosofia da biologia abordadas a partir do problema dos níveis nos quais a seleção natural atua. Esperamos que ao avaliar o impacto da teoria do gene egoísta na problemática evolutiva, consigamos compreender sua importância. O objetivo deste trabalho é filosófico, delineando as questões e clarificando alguns termos do debate, sem se propor a tomar partido por uma ou outra posição. O primeiro capítulo apresenta as origens históricas do debate, partindo do ponto de vista original de Charles Darwin no qual o indivíduo era a entidade efetivamente selecionada. Em seguida, buscamos entender como novas questões empíricas, em especial a busca de explicações biológicas para o altruísmo, conduziram a propostas de seleção de grupo. No segundo capítulo delineamos como o desenvolvimento da genética possibilitou que um novo nível de seleção fosse proposto: o gene, e acompanhamos a exposição de Dawkins sobre o ponto de vista do gene egoísta, em especial a partir de seus dois livros mais relevantes sobre o tema: O gene egoísta e O fenótipo estendido. O terceiro capítulo examina diversas aproximações filosóficas no contexto de resposta à pergunta: o que é uma unidade de seleção?. Nosso estudo é consistente com a tese de que as forças seletivas atuam simultaneamente em diversos níveis. / This Masters thesis studies the controversy over what is the biological level in which natural selection takes place. Emphasis is given to Richard Dawkins proposal of the selfish gene and to the issues that arise therefrom, which include many questions in the philosophy of biology. We hope that by assessing the impact that the theory of the selfish gene has had on the problems of evolution, one may understand its importance. The aim of this study is philosophical, raising questions and clarifying the terms of the debate, without taking side on one or another position. The first chapter presents the historical origins of the debate, starting with the original view of Charles Darwin that the individual is the entity that is effectively selected. We then set out to understand how new empirical problems, specifically the search for biological explanations for altruism, led to proposals of group selection. In the second chapter, we depict how the development of genetics allowed that a new level of selection be proposed: the gene. We analyze Dawkins exposition of the point of view of the selfish gene, especially in the two most important books on the subject: The selfish gene and The extended phenotype. The third chapter examines several philosophical approaches to the question what is a unit of selection?. Our study is consistent with the thesis that selective forces act simultaneously in different levels.