Le Virus de l’Hépatite C (VHC) infecte 170 millions de personnes dans le monde mais aucun vaccin n’est encore disponible. Le processus d’entrée du VHC dans les hépatocytes représente une cible prometteuse pour le développement de stratégie thérapeutique et est finement régulé par un nombre par les deux glycoprotéines d’envelope du VHC, E1 et E2, assemblé sous la forme d’un hétérodimère incorporé à la surface des particules virales. Cependant, comment E1 et E2 dialoguent, modifient leurs conformations et se coordonnent mutuellement au cours de l’entrée reste encore à être définit. Dans ce travail, nous avons souhaité clarifier l’interrelation entre E1 and E2 au cours de l’entrée afin d’ouvrir la voie à de potentiels stratégies thérapeutiques. Nous avons tout d’abord examiné si une importante divergence génétique entre des hétérodimères E1E2 pouvait être liée à l’existence de fonctions particulières. Nous avons observé une spécialisation des E1E2 isolé des Lymphocytes B pour l’infection de ces mêmes cellules mais pas des hépatocytes, suggérant que de nouvelles fonctions peuvent émerger de la plasticité conformationel de E1E2. Dans un second temps, nous sommes parvenus à identifier un dialogue conservé entre E1 et le domaine III de E2 (E2 DIII), critique pour les processus d’attachement et de fusion du VHC. Nous avons aussi montré grâce à une approche bio-informatique l’existence d’une co-évolution très importante entre E1 et E2. Cette approche a également prédit de potentiel changement de conformations au sein de l’hétérodimère, suggérant que E2 est sans doute une protéine de fusion capable de se replier sur elle-même via le repliement de son domaine III et l’aide de E1. Ainsi, ces différents travaux soulignent l’implication de E1 et E2 au sein de dialogues fins et complexes, qui régulent à la fois les conformations et les fonctions de l’hétérodimère. Ainsi, cela suggère que l’hétérodimère E1E2 représente plutôt une unité fonctionnelle et structurale unique, plutôt que l’association de deux protéines aux fonctions distinctes. / Hepatitis C Virus (HCV) infects more than 170 million people worldwide but no vaccine is available yet. HCV entry may represent a promising target for therapies and is mediated by two envelope glycoproteins, E1 and E2, assembled as heterodimer onto the virus surface. However, how E1 and E2 dialog, structurally rearrange and act together during these steps remain poorly defined. In this work, we aimed to clarify the interrelation of E1E2 during virus entry, thus opening ways to potential new therapeutic strategies. We first investigated whether a strong genetic divergence between E1E2 heterodimers may highlight distinct functions. We observed that B-cell derived E1E2 were specialized for B-cell infection, suggesting that new functions can emerge from the E1E2 conformational plasticity. In a second approach, we identified a conserved dialog between E1 and the domain III of E2 that was critical for virus binding and fusion. Moreover, a computational model predicted a strong co-evolution between E1 and E2 as well as potential structural rearrangements, suggesting that HCV E2 is likely a fusion protein able to fold over via its domain III through the mediation of E1. Altogether, these different works highlight that E1 and E2 are involved in complex dialogs that regulate the heterodimer folding and functions, suggesting that E1E2 heterodimer is more likely a single functional protein entity than an association of two proteins with specific functions.

L’infection par le virus de l’hépatite B (VHB) reste un problème de santé publique avec plus de 880 000 décès chaque année dans le monde. Au stade chronique de l’infection virale B, des complications peuvent survenir comme la fibrose, la cirrhose et le carcinome hépatocellulaire. L'implication du VHB, de ses protéines ou de sa variabilité génétique dans la fibrose hépatique reste à élucider. Toutefois, des méta-analyses semblent montrer un lien statistiquement significatif entre la présence de la double mutation A1762T/G1764A dans le promoteur basal du core (PBC) du VHB et la fibrose sévère. C’est pourquoi nous avons orienté nos travaux de recherche selon deux axes : l’implication des mutations du PBC et de la région précore (PC) dans la sévérité des lésions hépatiques ainsi que le rôle des protéines HBc et HBe du VHB dans l’induction de la fibrogénèse. Dans un premier temps, deux études cliniques ont permis de confirmer l’association significative du double mutant PBC avec la fibrose sévère indépendamment du génotype viral. Nous avons également démontré un effet antagoniste de la mutation G1899A située dans la région PC vis-à-vis du double mutant PBC dans la sévérité de la fibrose. La deuxième partie de nos travaux a consisté à développer une technique innovante de production de protéines en utilisant la transduction de la lignée HepaRG par des vecteurs lentiviraux contenant la séquence de la protéine GFP (green fluorescent protein). En parallèle, nous avons synthétisé des particules lentivirales contenant les séquences sauvages et mutées du PBC et de la région PC, avec pour objectif de produire les protéines HBc et HBe dans les HepaRG. / The hepatitis B virus (HBV) infection remains a significant public health problem with more than 880 000 deaths every year worldwide. At the stage of chronic HBV infection, complications can occur such as fibrosis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. The role of HBV, its protein and its genomic variability in fibrosis are still unclear. Meta-analysis seems to indicate a strong link between the double mutation A1762T/G1764A detection in the basal core promotor (BCP) of HBV and the development of fibrosis. In this context, our work aimed to explore: i. the implication of BCP or precore (PC) regions mutations on the severity of fibrosis, and ii. the role of HBc and HBe proteins in fibrosis induction. For the first approach, our studies confirmed the association between the presence of the BCP double mutation and severe fibrosis, independently of the viral genotype. We also showed that the G1899A mutation in the PC region presents an antagonist effect regarding the double BCP mutant for fibrosis severity. In the second part of our work, we developed an innovative technology to produce protein via the transduction of HepaRG cells using lentiviral technology with a plasmid vector containing GFP (greenfluorescent protein) sequence. We also obtained lentiviral particles containing the wild and mutated sequences for the BCP and PC regions, in order to produce HBc and HBeprotein in HepaRG cells and to explore of the pathogenic role of BCP and PC mutants.

Hepatitis C infection is a global disease that causes an estimated 399,000 deaths per year. Treatment has improved dramatically in recent years through the development of direct acting antivirals that target specific regions of the Hepatitis C virus (HCV). Unfortunately the virus can have a preexisting resistance or become resistant to these drugs by mutations in the genes that code for the target proteins. These mutations are called resistance-associated substitutions (RASs). Since RASs can cause treatment failure for patients, resistance detection is performed in clinical practice to select the ideal regimen. Currently RASs are detected by using Sanger sequencing and a partly manual workflow that can discriminate the presence of a RAS if it is present in 15-20% of viruses in a patients blood. A new method with the capacity to detect lower ratios of RASs in HCV sequences was developed, which utilizes Pacific Biosciences’ (PacBio’s) sequencing and a bioinformatics analysis software called CLAMP. To validate this new approach, 123 HCV patient samples were sequenced with both methods and then analyzed. The RASs detected with the new method were congruent to what was found with the Sanger-based workflow. The new approach was also shown to correctly genotype the virus samples, identify any co-existing mutations on the same sequences, and detect if there were any mixed genotype infections in the samples. The new procedure was found to be a valid replacement for the Sanger based workflow, with the possibility to perform additional analyses and perform automated and time efficient RAS detection.

A doença hepática crônica causada pelo vírus da hepatite C (HCV) tornou-se, nos últimos anos, uma das principais comorbidades dos pacientes portadores do vírus da imunodeficiência humana (HIV) nos países desenvolvidos. Os pacientes coinfectados com HIV/HCV apresentam uma progressão mais rápida para a cirrose e as suas complicações que os pacientes monoinfectados com HCV. Embora os mecanismos responsáveis por esta evolução não estejam totalmente esclarecidos, a expressão da molécula de HLA-G, um HLA de classe Ib não clássico, que tem propriedades bem reconhecidas na regulação negativa da resposta imune, pode estar relacionada à progressão da doença hepática. Os objetivos deste trabalho foram analisar o perfil de expressão de HLA-G em tecido hepático de pacientes coinfectados HIV/HCV e identificar possíveis variáveis do hospedeiro, do HCV e do HIV que possam estar relacionadas com a expressão de HLA-G na biópsia hepática. Para isso, 57 amostras de biópsia hepática de pacientes coinfectados com HIV/HCV, nas quais a imuno-histoquímica para HLA-G foi realizada, foram analisadas retrospectivamente quanto à expressão desta molécula no tecido hepático. Avaliaram-se também outras características histopatológicas da biópsia como grau de fibrose, atividade inflamatória, deposição de ferro e gordura. Determinou-se o polimorfismo de inserção ou deleção de 14 pares de bases da região 3` não traduzida do exon 8 do gene do HLA-G, que está relacionada com a produção de RNA-mensageiro, em 43 destes pacientes, além do polimorfismo de IL-28B, relacionado com a resposta ao tratamento do HCV, em 44 deles. Características bioquímicas e virológicas, tanto do HIV quanto do HCV também foram avaliadas. O genótipo 1 do HCV foi o mais prevalente (87,75%), especialmente o subgenótipo 1a (60%). A expressão do HLA-G foi observada em 38 (66,7%) amostras de fígado, e foi mais frequente em estágios moderados e severos de fibrose do que em estágios mais leves (94,1% x 55%, P < 0,01). Não houve relação entre a expressão do HLA-G e os outros parâmetros estudados. Embora a progressão para a cirrose no contexto da coinfecção por HIV/ HCV seja um processo complexo, modulado por muitos factores, a associação da intensidade de fibrose com a expressão do HLA-G pode indicar que a expressão desta proteína desempenha um importante papel nos mecanismos que contribuem para a progressão da doença, por meio da regulação negativa da resposta imune contra o HCV na coinfecção pelo HIV. / Chronic liver disease induced by hepatitis C virus (HCV) infection has recently become one of the most common comorbidities in patients who are infected with the human immunodeficiency virus (HIV) in developed countries. HIV/HCV coinfected patients show faster progression to cirrhosis and its complications than the HCV monoinfected patients. Even though the responsible mechanisms for this evolution have not been entirely clarified yet, the expression of the HLA-G molecule, a HLA from the non-classic Ib class, with well-known properties of negatively regulating the immune response, may be related to the liver disease progression. The aims of the present work were to analyze the HLA-G expression profile in the liver micro ambience of HIV/HCV coinfected patients and to identify possible host factors, HIV or HCV, that may be related to the HLA-G expression on the liver biopsy. For this purpose, 57 liver biopsies of HIV/HCV coinfect patients, in which immunohistochemistry for HLA-G had been performed, were retrospectively analyzed according the HLA-G expression on the hepatic tissue. Other histopathological features in the liver biopsies, such as fibrosis degree, inflammatory activity, iron deposition and fat were also evaluated. The polymorphism of insertion or deletion in 14-base pairs of the 3`non-translated region of exon 8 of the HLA-G gene, which is related to the production of HLA-G messenger RNA, was evaluated in 43 of the patients. Also, the polymorphism of IL-28B, related to the response to HCV treatment, was evaluated in 44 of them. Biochemical and virological features of HIV and HCV were also evaluated. The HCV genotype 1 was the most prevalent (87.75%), especially the subgenotype 1a (60%). The expression of HLA-G was observed in 38 (66.7%) samples of the liver biopsies, and it was most frequent in moderate and severe stages of fibrosis than in the mild stages (94.1% x 55%, P < 0.01). There was no established relationship between HLA-G and other parameters studied. Although the progression to cirrhosis in the context of HIV/HCV coinfection is a complex process modulated by many factors, the association of HLA-G expression with the intensity of the liver fibrosis may indicate the protein expression play an important role in the mechanisms that contribute to the progression of the disease, through the negative regulation of the immune response against HCV setting of a coinfection with HIV.

Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.

O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade virológica da água de reúso produzida em uma das estações de tratamento de esgoto da cidade de São Paulo. Para tanto, foram coletadas concomitantemente 177 amostras de esgoto tratado (100L) e bruto (15L) e os vírus concentrados utilizando método Viradel-ultracentrifugação. Em seguida as amostras foram tratadas com Vertrel XF e os ácidos nucléicos extraídos para a detecção de adenovírus (HAdV), rotavírus (RV-A), norovírus e vírus da hepatite A (VHA). A detecção por PCR e/ou RT-PCR evidenciou RV-A (G1-G5), VHA e HAdV incluindo os da espécie F tanto no esgoto bruto quanto no tratado, no entanto norovírus não foram detectados em ambos os efluentes. A infectividade de RV-A e HAdV foi avaliada por cultivo celular e os rotavírus RV-A foram também quantificados por reação de imunoperoxidase direta. PCR em tempo real foi padronizada para quantificação de vírus não cultiváveis ou de difícil cultivo como os VHA. Com base nos resultados obtidos foi verificada a ocorrência e a distribuição anual de cada vírus nas águas de reúso. / The aim of the study was to evaluate the virological quality from one Sewage Treatment Plant in the state of São Paulo. From January/2005 to November/2006, 177 samples (15L) of raw sewage were collected at the entrance and another 177 (100L) at the end of treatment, twice a week. Viruses were concentrated by filtration through positively charged microporous filters, followed by ultracentrifugation. Virus concentrates were treated by using Vertrel-XF and the viral genomes extracted for detection of adenovirus (HAdV), rotavirus (RV-A), norovirus and hepatitis A virus (HAV). PCR and RT-PCR revealed RV-A (G1-G5), HAV and HAdV, including the enteric ones (species F) in sewage and treated wastewater samples. Norovirus was not detected in any samples. The infectivity of HAdV and RV-A was assayed by inoculating onto suitable cell line. Immunoperoxidase assay was used to calculate the rotavirus FFU/L in the samples. Real time-PCR was standardized for enumeration of non-cultivable virus. The occurrence and annual distribution of each virus in reuse water were analyzed.

O objetivo principal deste estudo foi avaliar fatores virais associados com a evolução para o carcinoma hepatocelular (CHC) em pacientes com hepatite B crônica. Para tanto caracterizamos os subgenótipos do HBV, investigamos a ocorrência de mutações nos genes pré-core/core do HBV associadas à presença de CHC avaliamos por análise filogenética a associação de linhagens virais com a ocorrência de CHC e por fim a associação de outros fatores de risco com o desenvolvimento de CHC. Foram incluídos 119 amostras de soro de pacientes com infecção crônica pelo HBV, destas amostras 60 pertencem ao grupo 1 (CHC), que são pacientes com diagnóstico confirmado de carcinoma hepatocelular e 59 amostras pertencem ao grupo 2 (sem CHC) que são pacientes com hepatite crônica sem detecção prévia de nódulos hepáticos. Foram obtidas informações acerca da idade, sexo e naturalidade. Além disso, os pacientes responderam a um questionário sobre fatores de riscos associados ao desenvolvimento de CHC. Foram realizados exames bioquímicos, sorológicos, determinação da carga viral, e amplificação por nested PCR e sequenciamento das regiões S/polimerase e pré-core/core do genoma viral para posterior caracterização dos genótipos/subgenótipos do HBV e pesquisa de mutações associadas com evolução da doença hepática. Em relação à idade e sexo não houve grande variação entre os grupos. Quanto à naturalidade a maioria era procedente da região sudeste, seguido pela região nordeste; e por fim seis pacientes eram procedentes de outros países. Com base no sobrenome dos pacientes avaliou-se também a frequência de etnia oriental na casuística estudada, que foi similar nos 2 grupos. O perfil sorológico HBeAg negativo foi o mais frequente nos dois grupos de pacientes, assim como níveis de carga viral abaixo de 2.000 UI/mL. Em relação aos exames bioquímicos foram observadas diferenças estatisticamente significantes nos níveis séricos de AFP (p= 0,0013), FA (p= 0,0003) e GGT (p= 0,005). Dentre os fatores de risco analisados neste estudo, o consumo de amendoim foi o único que apresentou significância estatística (p= 0,003). A região S/pol foi amplificada e sequenciada com sucesso em 58 amostras (28 do grupo 1 e 30 do grupo 2). Entre as 58 amostras analisadas 4 genótipos e 8 subgenótipos do HBV foram identificados, sendo o subgenótipo A1 o mais frequente nos dois grupos. Não se observou diferença estatisticamente significante na distribuição dos subgenótipos entre os dois grupos de pacientes. Na topologia da árvore filogenética construída com sequências do HBV isoladas dos pacientes incluídos neste estudo e sequências disponíveis no GenBank não se observou padrões de agrupamento associados com o perfil clinico do paciente (com e sem CHC). Foram obtidas sequências de boa qualidade da região précore/ core em 44 amostras, sendo 20 amostras do grupo 1 e 24 do grupo 2. Diversas das mutações investigadas foram identificadas na região précore/ core, as quais foram avaliadas estatisticamente para verificar a existência de diferença na frequência das mesmas entre os grupos de pacientes estudados. Entre as mutações identificadas se destacaram com significância estatística as seguintes mutações: T1768A (p= 0,006), a combinação das mutações C1766T + T1768A (p= 0,043) e G1888H (p= 0,05). Na análise de regressão logística simples foi possível identificar que a chance de um paciente do grupo 2 desenvolver CHC aumenta 14,7 vezes na presença de infecção por cepas do HBV com a mutação T1768A, enquanto que a infecção com cepas do HBV que albergam a mutação G1888H reduz tal chance 2,5 vezes / The aim of this study was to evaluate viral factors associated with the progression to hepatocellular carcinoma (HCC) in patients with chronic hepatitis B. For this goal, we characterized HBV subgenotypes, investigated the occurrence of mutations in pre-core/core genes associated with progression to HCC, characterized HBV strains through phylogenetic analyzes and evaluated risk factors associated with HCC. Were included 119 serum samples from patients with chronic HBV infection that were classified in 2 groups: 60 patients with confirmed HCC diagnosis (group 1) and 59 patients with advanced hepatitis B liver disease without the detection of nodular liver lesions and without HCC (group 2). Data about the age, sex and geographic precedence were obtained from medical records. The patients also answered a questionnaire on risk factors for developing HCC. Biochemical, serological and viral load testing were performed in all samples. Moreover, S/polymerase and precore /core regions of HBV DNA were amplified by nested PCR and sequenced by Sanger method. Sequences were analyzed to identify HBV genotypes and subgenotypes and to detect mutations in the precore/core gene. Patient\'s age and sex did not differ between the two groups. Most of the patients came from the Southeast region, followed by the Northeast region; and six patients were from other countries. Based on the patient\'s surname, they were evaluated concerning Eastern ethnicity, which was similar in the 2 groups. Most of the patients included in this study were HBeAg negative and showed viral load bellow 2,000 IU/mL. Concerning the biochemistry assays, statistically significant differences in serum levels of AFP (p = 0.0013), AP (p = 0.0003) and GGT (p = 0.005) were found. Among the risk factors analyzed in this study, peanut consumption was the only one statistically significant (p = 0.003). The S/pol region was successfully amplified and sequenced in 58 samples (28 from Group 1 and 30 from Group 2). Among the 58 samples analyzed, 4 genotypes and 8 subgenotypes were identified, subgenotype A1 was the most frequent in both groups and there was no statistically significant difference in the distribution of them between the two groups. In the phylogenetic tree topology built with HBV sequences isolated from patients included in this study and sequences available in GenBank, it was not observed any clustering associated with the clinical profile of the patients (with or without HCC). Sequences of good quality from pre-core/core region were obtained from 44 samples, 20 from group 1 and 24 from group 2. These sequences were analyzed and several mutations were found among which stood out with statistical significance: T1768A (p = 0.006) C1766T + T1768A (p = 0.043) and G1888H (p = 0.05). In addition to the comparative analysis, the changes were subjected to a simple logistic regression analysis which found that the chance of a patient in group 2 developed HCC increases 14.7 times in the presence of HBV infection strains with the T1768A mutation, while infection with HBV strains harboring the mutation G1888H reduces this chance by 2.5 times

O objetivo foi desenvolver e avaliar uma metodologia simplificada para detecção de vírus entéricos humanos em lodo de esgoto. O método foi baseado em eluição viral com solução protéica, seguida de ultracentrifugação. Alguns parâmetros foram avaliados (tempo e pH de eluição, condições de clarificação e purificação). A seguir, foi aplicado à pesquisa de adenovírus, vírus da hepatite A e norovírus em amostras colhidas ao longo de 12 meses em duas ETEs do estado de São Paulo. Amostras pareadas de esgoto foram também examinadas como referência da presença viral. A detecção viral por PCR, RT-PCR e PCR em tempo real, revelou a presença de adenovírus, incluindo os entéricos (espécie F) e vírus da hepatite A tanto nas esgoto como no lodo de ambas as ETEs. Norovírus não foram detectados. Vírus infecciosos não foram detectados no lodo submetido ao tratamento químico (ETE A). Parte dos vírus presentes na água de esgoto ficaram retidos no lodo e análises estatísticas revelaram que o tratamento químico adotado na ETE A é eficiente para a inativação viral. / The aim was to develop and evaluate a simplified methodology for detection of human enteric viruses in sewage sludge. The method was based on viral elution with protein solution, followed by ultracentrifugation. Several parameters were evaluated, including time and elution pH, clarifying and purifying conditions. The method was applied to the detection of adenoviruses, hepatitis A virus and noroviruses in sewage sludge samples collected for twelve months at two sewage treatment plants in Sao Paulo state. Raw sewage samples were also collected as a reference for viral presence. PCR, RT-PCR and Real-Time PCR revealed the presence of adenoviruses, including the enteric ones (species F) and hepatitis A virus found both in sewage and sludge. Noroviruses were not detected in any samples. Cell culture infectious viruses were not detected in the sludge subjected to chemical treatment (STP A), and statistical analyses revealed the efficiency of this treatment for virus inactivation.

Introdução e objetivos: A infecção crônica pelo VHC é considerada um grave problema de saúde pública mundial. O perfil epidemiológico vem mudando desde 1992 com a obrigatoriedade da pesquisa sorológica em doadores de sangue. Atualmente o uso de drogas ilícitas injetáveis é o fator de risco mais importante. Em muitos casos o mecanismo de contaminação não é identificado sendo definido como forma esporádica. O presente trabalho avaliou aspectos demográficos e epidemiológicos de pacientes com infecção crônica pelo VHC, em acompanhamento no ambulatório de Hepatologia do Serviço de Gastroenterologia da Divisão de Clínica Médica II do Hospital das Clínicas da FMUSP. Pacientes e métodos: Foram entrevistados 700 de um total de 1.112 pacientes adultos, no período de outubro de 2001 a novembro de 2003 (49% homens, 51% mulheres). Após a assinatura do termo de consentimento esclarecido, todos os pacientes foram submetidos à entrevista com questionário elaborado para este estudo, abrangendo aspectos demográficos, fatores de risco e uso de bebida alcoólica. O diagnóstico da infecção pelo VHC foi realizado através de teste sorológico Elisa de terceira geração e pesquisa do RNA viral através da reação em cadeia da polimerase. A determinação do genótipo do VHC foi realizada em 540 amostras de soro através do sequenciamento da região 5\' UTR. A biópsia hepática foi analisada em 470 pacientes e estadiada segundo critérios das Sociedades Brasileiras de Patologia e Hepatologia. Resultados: Não houve diferença significante entre a média de idade de homens e mulheres (49 ± 12,2 anos e 51 ± 12,5, respectivamente). 60% cursaram até o ensino fundamental, 19,7% o ensino médio e 12,4% o superior. 1% dos pacientes tem ocupações ligadas ao setor primário da economia, 8% ao setor secundário e 52% ao setor terciário. 62% foram classificados como brancos e 67% como católicos. 60% referiram relacionamento estável monogâmico. Em 68,5% dos casos o diagnóstico foi estabelecido através de exames de rotina e em 19,4% durante doação de sangue. O principal fator de risco para infecção foi a realização de hemotransfusão antes de 1993 (46,4%). 10% dos pacientes referiram uso de drogas injetáveis e 3%, apresentavam ambos os fatores. Em 42% dos casos o mecanismo de infecção foi considerado como forma esporádica. O genótipo 1 foi responsável por 70% das infecções seguidas pelo genótipo 3 (25%). Grau leve de fibrose classificado como 0 ou 1 foi encontrado em 48,7% dos pacientes, estádio 2 em 18,5%, estádio 3 em 12,3% e estádio 4 (cirrose) em 20,4% dos casos. A análise multivariada mostrou que os fatores de risco para desenvolvimento de cirrose foram: uso de álcool(> 60g/dia, odds ratio 2.01), raça branca (odds ratio 2,2) e idade acima de 55,8 anos (odds ratio 2,2). Conclusões: A infecção crônica pelo VHC foi caracterizada por alta freqüência de formas esporádicas e predominância dos genótipos 1 e 3. Na maioria dos casos o diagnóstico da infecção foi realizado através de exames de rotina. Consumo de álcool acima de 60 g/dia, raça branca e idade acima de 55,8 anos foram fatores de risco para a progressão para a cirrose / Background and aims: Hepatitis C virus infection is considered a world-wide serious public health problem. Since 1992, the epidemiological profile of the infection has changed with the systematic serological testing in blood donors. Nowadays the use of illicit intravenous drugs remains one of the most important risk factor. Nevertheless, in a variable percentage of cases, the mechanisms of contamination can not be identified and those cases are referred as sporadic forms. The current work was aimed at evaluating the demographic and epidemiological profile of HCV infection in outpatients attending the Hepatology branch of the Division of Gastroenterology of University of São Paulo School of Medicine teaching hospital. Patients and methods: From October 2001 and November 2003, 700 out of 1.112 adult patients were enrolled in this study (49% men, 51% women). After the written informed consent was obtained, all patients were interviewed, using standardized questionnaire for collecting data about demographic data, risk factors and alcohol use. Routine serological testing for HCV was performed using third-generation ELISA assays and circulating HCV-RNA was detected by polymerase chain reaction. HCV genotyping was performed in 540 subjects by sequencing of the 5\' UTR region. Liver biopsy slides from 470 patients were available for the assessment of the degree of fibrosis, which was performed according to the criteria of the Brazilian Societies of Pathology and Hepatology Results: There was no significant difference between the mean age of men and women (49 ± 12.2 years and 51 ± 12.5, respectively). 60% had completed no more than basic education, 19.7% had finished high school and 12.4% had graduated from university. 1% worked in activities of the primary sector of economy, 8% in the secondary and 52% in the tertiary one. 62% were caucasian descendants. 67% were catholic. 70% were born in the Southeastern region of Brazil and 97% lived in the State of São Paulo. 60% declared to have a monogamic relationship in the last 6 months. In 68.5% the diagnosis of HCV infection was established by routine check-up tests and in 19.4% during blood donation. The major risk factor for HCV infection was blood transfusion before 1993 (46.4%). 10% of the patients were intravenous drug users, and 3% had both risk factors. In 42% of the cases, the mechanism of infection was considered sporadic. Genotype 1 was found in 70% of the cases, followed by genotype 3 (25%) and genotype 2 (2.7%). Liver fibrosis stage 0 or 1 was found in 48.7%, stage 2 in 18.5%, stage 3 in 12.3% and stage 4 (liver cirrhosis) in 20.4% of cases. Linear regression multivariate analysis showed that risk factors for developing liver cirrhosis were: alcohol abuse (> 60g/day, odds ratio 2.01), caucasian origin (OR 2.2) and age > 55.8 year old (OR 2.2). Conclusions: HCV infection profile in this cohort was characterized by a high frequency of sporadic forms and predominance of genotypes 1 and 3. The infection was diagnosed in most of the cases by routine check-up tests. Heavy alcohol use, caucasian origin and older age were risk factors for progression to cirrhosis

O presente estudo avaliou materiais de 50 pacientes com cirrose hepática pelo vírus da hepatite C (VHC) que foram submetidos ao transplante hepático no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de São Paulo no período de 1993 a 2004, sendo divididos em dois grupos: Grupo 1 (33 pacientes com cirrose pelo VHC) e Grupo 2 (17 pacientes com cirrose pelo VHC com carcinoma hepatocelular). Nosso objetivo foi estudar a ocorrência da infecção oculta pelo VHB em pacientes com cirrose pelo VHC com ou sem CHC através do estudo molecular do genoma viral (DNA do VHB) no soro, tecido hepático tumoral e não tumoral pela utilização da técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), pelos métodos in house e em tempo real. Todos os pacientes eram HBsAg negativos, possuíam soroteca e bloco de explante hepático em parafina, não apresentando concomitância com doenças hepáticas colestáticas, metabólicas e autoimunes. Foram avaliados os prontuários por um único pesquisador no sentido de coletar informações tais como: sexo, idade, dados de exames laboratoriais bioquímicos, sorológicos, ?fetoproteína e coagulação; além de dados clínicos tais como ascite e encefalopatia hepática para cálculos de índices prognósticos da cirrose (Child e MELD). Todo o material de explante hepático teve o Escore de Ishak e a Classificação das Sociedades Brasileiras de Patologia e Hepatologia para hepatites crônicas avaliados, assim como a Classificação de Edmondson e Steiner para os que apresentassem CHC. A técnica de PCR in house para detecção do DNA do VHB no soro e em tecido hepático tumoral e não tumoral apresentou negatividade em todas as amostras. Na técnica de PCR em tempo real apenas um caso do grupo 2 foi positivo no soro (sexo masculino, 66 anos, Anti-HBC total isolado e CHC); no tecido hepático tumoral no grupo 2 tivemos dois casos com resultados indeterminados e no tecido hepático não tumoral também do grupo 2, tivemos dois casos indeterminados. O grupo 1 não apresentou positividade para nenhuma das técnicas utilizadas. Concluímos que entre nossos pacientes com ou sem carcinoma hepatocelular associados à cirrose hepática pelo VHC, a infecção oculta pelo VHB foi muito baixa, provavelmente devido à baixa prevalência da infecção pelo VHB na nossa população / This study evaluated serum and liver tissue samples from 50 patients with liver cirrhosis due to hepatitis C virus (HVC) that underwent liver transplant at the Hospital das Clínicas - University of São Paulo School of Medicine during the period of 1993 to 2004, divided into two groups: Group 1 (33 cirrhotic patients due to HCV) and Group 2 (17 cirrhotic patients due to HCV with hepatocellular carcinoma - HCC). Our aim was to study the occurrence of occult HBV0 infection in cirrhotic patients due to HCV with or without HCC through the molecular study of HBV DNA in the serum, tumoral liver tissue and non tumoral liver tissue by the polymerase chain reaction (PCR) techniques using in house and real time PCR. All the patients were HBsAg negative, having previous serum samples frozen at -20ºC and liver tissue explanted in paraffin, without presenting concomitant cholestatic, metabolic and autoimmune liver diseases. The following variables were collected: gender, age, biochemical and coagulation laboratory tests and HBV serology (HBsAg, anti-HBc total, anti-HBs). Among the clinical data, ascites and encephalopathy were collected for the Child and MELD prognostic indexes. In the explanted liver tissue the Ishak\'s Score, The Brazilian Society of Pathology and Hepatology Classification for chronic hepatitis, and Edmondson and Steiner Classification for HCC were applied in the liver tissue. All samples with or without tumoral liver tissue and serum were negative for HBV DNA using in house PCR technique. By the real time PCR technique only one case from Group 2 was HBV DNA positive in serum (male, 66, isolated anti-HBc total positive and HCC). In the tumoral and non-tumoral liver tissues there were two indeterminated HBV DNA cases among Group 2 patients. All samples for Group 1 patients were negative for HBV DNA using both techniques. In conclusion, our study has shown the extremely low occult hepatitis B virus infection among the HCV cirrhotic patients with or without HCC, maybe due to the low HBV past infection among the Southeastern Brazilian population