O sistema de secreção tipo IV (T4SS) da família de bactérias Xanthomonadaceae transfere efetores (X-Tfes) com a capacidade de matar outras bactérias, conferindo uma vantagem em comunidades bacterianas mistas para colonizar diferentes nichos como o solo ou as superfícies das plantas. Os X-Tfes possuem diferentes domínios putativos com atividades hidrolíticas contra componentes do envelope celular bacteriano do tipo: glicohidrolases, transglicosilases, amidases e lipases. Os X-Tfes por sua atividade biológica inata podem ocasionar dano intracelular para a bactéria que os produz. Para se proteger contra estas atividades, também são produzidas lipoproteínas com função inibitoria (X-Tfis) localizadas no periplasma. Os genes que codificam os X-Tfes e os X-Tfis estão organizados em operons, o que permite gerar os pares efetor/inibidor simultaneamente. Entre os potenciais X-Tfes do fitopatógeno Xanthomonas citri estão Xac1918 e Xac0574. Xac1918 é uma proteína com um domínio da superfamília da lisozima e um domínio conhecido como RTX (Repeats in Toxin) de ligação ao cálcio, enquanto Xac0574 tem um domínio da superfamília da lipase 3. Os seus possíveis inibidores, Xac1917 e Xac0573 respectivamente, apresentam um peptídeo sinal no N-terminal contendo o lipobox representativo das lipoproteínas. As proteínas Xac0574 e Xac0573 são monômeros em solução que formam um complexo estável 1:1, favorecido termodinamicamente (ΔG°= -12 Kcal/mol) com uma constante de dissociação de 2,45 nM, garantindo que a bactéria fique protegida contra os efeitos nocivos de Xac0574 quando é produzida intracelularmente. Xac0574 é uma fosfolipase A1, sem atividade lisofosfolipase, com a capacidade de hidrolisar os três fosfolipídios majoritários que compõem a membrana celular bacteriana, fosfatidilglicerol (PG), cardiolipina e fosfatidiletanolamina (PE), mostrando uma aparente preferência pelo último. A atividade enzimática de Xac0574 explica a forte inibição do crescimento celular em E. coli após da sua indução heteróloga, já que gera uma diminuição de quase 10 vezes da população celular comparada com a cultura não induzida com a mesma construção. Poroutro lado, Xac0573 inibe efetivamente a atividade enzimática de Xac0574 ao formar o complexo, além de não ter atividade fosfolipase nem lisofosfolipase. Foram produzidos cristais da Xac1918 e Xac0573 que difrataram com uma resolução de 3,0 e 2,5 Å, respectivamente. Porém, só foi gerado um modelo de Xac0573. Xac0573 está composta por duas folhas β antiparalelas com uma topologia característica de β sanduíche Com uma pequena hélice e duas voltas. Um alinhamento de homólogos de Xac0573 identificou nas extremidades da proteína as regiões conservadas, constituindo duas possíveis interfaces de interação que podem ser as responsáveis por bloquear o acesso dos fosfolipídios ao sítio catalítico ou impedir os rearranjos estruturais de Xac0574 que são necessários para a sua atividade enzimática. Adicionalmente, a topologia da Xac0573 é semelhante do domínio C2, conhecido em eucariotos como domínio de ligação ao lipídio e ao cálcio, e está envolvido em processos de sinalização de segundos mensageiros lipídicos, proteínas de trafego de membranas e mecanismos de fusão de membranas. Nossos resultados apontam para uma nova função biológica do domínio C2 como um inibidor enzimático intracelular em bactérias. / The type IV secretion system (T4SS) of the bacteria family Xanthomonadaceae transfers effectors (X-Tfes) with that can kill other bacterial cells, conferring an advantage to the bacterial community during colonization of different niches in the soil or on the plant surface. The X-Tfes possess different putative domains with hydrolytic activity against components of the bacterial cellular envelope, including glycohydrolase, transglycolase, amidase and lipase domain. The innate biological activity of X-Tfes can cause intracellular damage. Therefore, the bacteria that produce them also produce lipoproteins with inhibitor function (X-Tfis) located in the periplasm for their protection. The genes that code for X-Tfes and X-Tfis are organized in operons that allow for their simultaneous expression. Among the X-Tfes of the phytopathogen Xanthomonas citri are Xac1918 and Xac0574. Xac1918 is carries a lysozyme superfamily domain, as well as a domain known as RTX (Repeats in Toxic) predict to bind calcium, while, Xac0574 has a domain belonging to the lipase 3 superfamily. Their possible inhibitors, Xac1917 e Xac0573 respectively, carry an N-terminal signal peptide containing a lipobox found in bacterial lipoproteins. The Xac0574 and Xac0573 proteins are both monomers in solution, They can form a stable 1:1 complex, that is thermodynamically favored (ΔG°= -12 Kcal/mol) with a dissociation constant of 2,45 nM. This affinity ensure that the bacterium is protected against the harmful effects of Xac0574 when it is produced intracellularly. We show that Xac0574 is a phospholipase A1, without lisophospholipase activity, and is able to hydrolyze the three most common phospholipids found in the membranes of Gram negative bacteria, namely phosphatidylglycerol (PG), cardiolipin and phosphatidylethanolamine (PE), presenting an apparent preference for PE. The enzymatic activity of Xac0574 explains the strong inhibition of growth of E. coli cells after its heterologous induction: a nearly 10-fold decrease in the cell population is observed when compared to the non-induced culture with the same construct. On the other hand, Xac0573 effectively inhibits the enzymatic activity of Xac0574. Furthermore, Xac0573 does not possess when forming the complex, besides not having phospholipase nor lysophospholipase activity.Crystals of Xac1918 and Xac0573 were produced which diffracted with to resolution of 3.0 and 2.5 Å, respectively. However, we were able to resolve the structure of only Xac0573. Xac0573 is composed of two anti-parallel sheet that form a β-sandwich with three small helices. An alignment to Xac0573 homologs identified conserved regions at the ends of the protein that constitute two possible interfaces of interaction that may be responsible for blocking the access of the phospholipids to the catalytic site or impede the structural rearrangements of Xac0574 that are necessary for its enzymatic activity. Additionally, the topology of Xac0573 is similar to that to C2 domains, known in eukaryotes to bind lipids and calcium and to be involved in signaling processes mediated by lipid second messengers, membrane trafficking and membrane fusion mechanisms. Our results point to a new biological function of the C2 domain as an intracellular enzyme inhibitor in bacteria.

Made available in DSpace on 2016-04-04T18:29:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rosemarie Elizabeth.pdf: 975117 bytes, checksum: b92177ce882a77c11884e90b9344d9f0 (MD5) Previous issue date: 2006-03-03 / The present study analyzed several causes of psychosocial and environment issues (DSM IV revised axis) affecting the incidence of the major depression (axis I) in young women between 16 and 25 years old assisted at the psychiatric ambulatory unit of the State University of Londrina, UEL. At the first phase of this research, it was studied medical records in a descriptive manner. In the second phase, 32 depressive patients of this ambulatory, who were previously submitted to a structured clinical interview (clinical version Scid-I) and DSM-IV axis (psychosocial and environment issues), were selected for inclusion in the study. In the final phase, it was done a therapeutic group attendance composed only by four patients. The results emphasized the significance of the union in a collaborative research, as much as the presence of a holding environment, through the transitional space, which offered perspectives of continuity of the group therapy, with their expectative the cure of depression / O presente estudo investigou a determina??o de v?rios problemas pssicossociais e ambientais (eixo DSM-IV revisado) na incid?ncia da depress?o maior (eixo I), em mulheres jovens com idades entre 16 e 25 anos, atendidas no ambulat?rio de psiquiatria da Universidade Estadual de Londrina, UEL. Na primeira etapa desta pesquisa, foram analisados prontu?rios m?dicos de modo descritivo. Na segunda etapa, foram selecionadas 32 pacientes com depress?o maior, e que foram previamente submetidas ? entrevista cl?nica estruturada (Scid-I vers?o cl?nica) e eixo IV do DSM-IV (problemas pssicossociais e ambientais), para inclus?o no estudo. Na etapa final, foi realizada a consulta terap?utica em grupo, realizada somente em 04 pacientes. Os resultados enfatizaram a import?ncia da integra??o em uma pesquisa colaborativa, bem como a exist?ncia de um ambiente de holding , atrav?s do espa?o transicional oferecido com perspectivas de continuidade deste atendimento em grupo, tendo como expectativa a cura da depress?o

A necessidade de investimento em saneamento no Brasil é essencial, pois está vinculada à melhoria da qualidade de vida da sociedade. Os projetos de saneamento exigem altos investimentos e, para garantir a prestação dos serviços, é necessário um sistema complexo de infraestrutura. Os elevados custos envolvidos e a limitação de recursos financeiros fazem com que seja preciso estabelecer prioridades para execução de projetos de saneamento. Com efeito, o objetivo desta pesquisa é propor um modelo multicritério de decisão para apoiar decisões de hierarquia de projetos de abastecimento de água e esgotamento sanitário. A pesquisa abordada tem enfoque qualitativo, sendo também vista como metodológica, pois sua finalidade é envolver métodos e procedimentos adotados como científicos. Assim, traz como escopo apoiar e estruturar o processo de decisão em que são definidos: os elementos (intervenientes, alternativas potenciais, critérios, problemática); tipos de decisão em grupo; escolha dos métodos multicritérios (PROMETHEE II & GAIA e ELECTRE IV); modelagem de preferência; sistemas de apoio à decisão (D-SIGHT e ELECTRE III-IV); avaliação de resultados e análise de sensibilidade. Procura-se garantir que a pesquisa tenha caráter prático, razão por que foi realizada a aplicação numérica do modelo no contexto da bacia dos rios Piracicaba, Capivari e Jundiaí, região sudeste do Brasil. / The need of investment in water supply and sewage projects in Brazil is substantial to improve the quality of life. These projects require high investments and, mostly, to ensure the provision of these services it is necessary a complex infrastructure. Due to the high costs associated with the lack of resources, it is relevant to prioritize projects. Thus, the purpose of this research is to propose a multicriteria decision model to support decisions hierarchy of water supply and sewage projects. This work has a qualitative and methodological approach; the goal is to inquire a scientific procedure. The object is to structure the decision-making process defined by its main concepts (actors, potential alternatives, criteria, problems), group decision making; selection of multiple criteria methods (PROMETHEE II & GAIA, ELECTRE IV); preference modeling, decision support systems (D-SIGHT and ELECTRE III-IV), evaluation and sensitivity analysis. This study seeks a practical purpose, so the proposed model, is applied in the basin of Piracicaba, Capivari e Jundiaí. The contribution here to aid similar situations where is necessary to establish priorities of sanitation projects.

Novos agentes terapêuticos que preservem as células <font face=\"Symbol\">&#946 do pâncreas e o controle do peso são importantes para o diabetes melittus tipo 2 (DM-2), constituindo uma importante área de investimento farmacêutico. Com o objetivo de contribuir com a toxinologia comparada de venenos de répteis e com a eventual descoberta de novos agentes insulinotrópicos, o presente estudo realizou a prospecção de compostos hipoglicemiantes análogos à exendina-4 (isolada de lagartos Heloderma) ou inibidores da dipeptidil-peptidase IV (DPP-IV) no veneno da serpente Bothrops jararaca. A espectrometria de massas identificou uma K49 Fosfolipase A2 inédita neste veneno. Inibidores da DPP-IV não foram encontrados. Porém, a existência de frações polipeptídicas deste veneno sem similares estruturais descritos, sem efeito na pressão arterial média, imunologicamente similares à exendina-4 e com efeito hipoglicemiante e provável capacidade de ligação ao receptor do peptídeo glucagon-símile tipo 1, caracterizaram, pela primeira vez, a ação de veneno de serpente sobre o metaboloma. / New therapeutic agents that protect pancreatic <font face=\"Symbol\">&#946 cells and regulate body mass are important to diabetes mellitus type 2 (DM-2). The search for these agents is one of the main objectives of investments made by pharmaceutical industries. To contribute to the comparative toxinology studies of reptile venoms and to reveal new insulinotropic agents, the present investigation searched for hypoglycemiant compounds such as exendin-4 analogues (isolated from Heloderma lizards) or dipeptidyl-peptidase IV (DPP-IV) inhibitors in the venom of the snake Bothrops jararaca. The mass spectrometry analysis identified a novel K-49 Phospholipase A2 in this venom. DPP-IV inhibitors were not found. However, the existence of polypeptide fractions from this venom without structural similarity with reported compounds, without effect on mean arterial blood pressure and with immunological similarity with exendin-4 and probable ability to bind to glucagon-like peptide type 1 receptor, led to the first characterization of snake venom activity on metaboloma.

Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2018-06-05T14:40:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Schardosin, Janaina.pdf: 3840457 bytes, checksum: ffe3148238384650d2997e09aff27ed0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-05T14:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Schardosin, Janaina.pdf: 3840457 bytes, checksum: ffe3148238384650d2997e09aff27ed0 (MD5) Previous issue date: 2018-04-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O processo de humificação, conversão de resíduos orgânicos em húmus, é um fator importante na compreensão da dinâmica da matéria orgânica. A sua quantificação, é fundamental para o estudo da evolução química dessa substância. O objetivo deste trabalho foi caracterizar as amostras de ácidos húmicos (AHs) e quantificar o grau de humificação do solo e das frações físicas (por tamanho de partículas). As análises de Espectroscopias de Fluorescência de Raios X por Dispersão de Comprimento de Onda, Fluorescência na região do Visível, Espectroscopia Vibracional na região de Infravermelho e de Absorção na região do Ultravioleta e Vísivel, Espectrocospia Raman, acompanhadas das técnicas de Análise Térmica, Microscopia Eletrônica de Varredura com Canhão Eletrônico por Efeito de Campo e Espalhamento Dinâmico da Luz foram utilizadas. A quantificação do grau de humificação mostrou que AHs extraídos da profundidade (10- 20 cm) possuem estruturas aromáticas mais condensadas. A fração de AH que apresentou maior grau de humificação foi a extraída do solo com a adição de calagem, o que demonstra uma influência do calcário na aceleração do processo de humificação. O estudo das frações granulométricas do solo, determinou, com espectroscopia de infravermelho, os atributos orgânicos que estão associados as frações do solo e, que a maioria dos minerais presentes nas frações granulométricas, foram identificados como sendo caulinita, haloisita, quartzo e gibbsita. Já para o estudo da humificação dos AHs extraídos das frações granulométricas, a quantificação do grau de humificação, do maior para o menor, é procedente da fração silte, seguidos da fração argila e, por fim, a fração areia. / The humification process, conversion of organic waste into humus, is an important factor to understand the organic matter dynamics. Its quantification is vital for the study of this substance chemical evolution. This study aimed at characterizing humic acid (HA) samples and quantify the degree of soil humification and physical fractions (particle size). The analysis of Spectroscopies of wavelenght dispersive X-ray fluorescence, visible fluorescence, vibrational infrared region, ultraviolet and visible light absorption and Raman along with the techniques of Thermal Analysis, scanning electron microscopy with field effect gun and dynamic light scattering were employed. The humification degree quantification revealed that the HA extracted from the 10-20cm depth presented more polycondensed structures. The HA fraction that presented the highest humification degree was extracted from the soil with the addition of liming, which demonstrates the limestone influence in the acceleration of the humification process. The study of the soil granulometric fractions determined, with infrared spectroscopy, the organic properties that are associated to soil fractions and that most of the minerals present in the granulometric fractions, were identified as kaolinite, halloysite, quartz and gibbsite.The study of the humification in the HA extracted from the granulometric fractions quantified the humification degree and revealed the highest values in the silt fraction followed by the clay fraction and, finally, the lowest values were found in the sand fraction.

Made available in DSpace on 2016-04-25T19:20:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rosa Eliza da Silva.pdf: 532949 bytes, checksum: bf43bb5050e00f5bd27e278632dad898 (MD5) Previous issue date: 2008-05-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The object of this research is a group of priest and seminarians of the Catholic church in São Paulo (Brazil). 149 subjects are taken in this research. They were all under psychoterapic care of 12 experts in psychoterapy. All those twelve experts where individually interviewed about their clinical judgment on the psychological diagnostic of the subjects. For this purpose the group of subjects where reduced to 48 subjects(25 priests and 23 seminarians). At this point of the research the main objective was the clarification of the diagnostic of the 48 cases under study.A extense research work was undertaken in the case s files of all the subjects and the attention was concentrated in the psychosexual aspects of the subjects behaviour, because the incidence of this kind of behaviour was predominant.For this purpose the DSM IV TR of the American Psychiatry Association was taken as the main reference for the classification of the cases.The CID 10 was also taken under consideration. From a theoretical viewpoint, the concept of diagnostic was of psychoanalitic and psychodinamic nature. Two other main connections were made in order to explain the psychosocial condition of the subjects: first a connetion with the religiosity and, second, a connection with the psychosexual development of the subjects / O tema dessa dissertação é o diagnóstico de religiosos em atendimento psicoterapêutico. A pesquisa se fez a partir do levantamento de 149 prontuários de casos atendidos por 12 terapeutas, os quais foram individualmente entrevistados com o objetivo de clarificar a classificação do diagnóstico. Essa se fez com base no DSM IV-TR em correspondência com o CID 10. A novidade da pesquisa está na amostragem, toda ela constituída por presbíteros e seminaristas maiores da Igreja Católica. Desde o início se previa a incidência de comportamentos inadequados no campo da sexualidade, razão porque, já com base nos primeiros levantamentos de dados se decidiu dar relevo maior à discussão das prevalências psicossexuais mais freqüentes na população estudada. Do ponto de vista teórico, o conceito de diagnóstico psicológico foi elaborado na perspectiva da psicanálise. Nessa mesma linha foram feitas duas conexões importantes para a compreensão da problemática de pessoas de vida consagradas a Igreja. Uma foi a conexão com a religiosidade e a outra com a evolução da sexualidade e afetividade. Os resultados da pesquisa (os dados colhidos na amostragem) foram apresentados no capítulo I. O capítulo II se ocupou do quadro teórico. E finalmente no capítulo III se fez uma leitura analítica dos dados

A disfunção cardíaca é um dos principais desfechos da doença renal crônica, sendo que o eixo sistema renina angiotensina (SRA) é um mediador chave nessa condição. Estudos têm demonstrado que os inibidores da dipeptidil peptidase IV (IDPPIV), uma classe de drogas utilizadas no tratamento do diabetes tipo II, são capazes de exercer efeitos renoprotetores e cardioprotetores, entretanto, os efeitos dos IDDPIV sobre o tecido cardíaco frente a uma injúria renal ainda não foram descritos. Assim, esse estudo teve como objetivo investigar se a inibição da DPPIV atenua a disfunção e o remodelamento cardíaco em ratos com DRC e se esses efeitos se associam a alterações no SRA. Para este fim, ratos Wistar (N=37) com idade entre 2-3 meses, foram submetidos à nefrectomia 5/6 para indução da DRC. Após a cirurgia, os ratos foram randomizados em 2 grupos: Nx (tratados com veículo) e Nx + IDPPIV (tratados com sitagliptina - 200 mg/Kg/dia). Ratos submetidos à cirurgia fictícia foram utilizados como controles (sham). Como esperado, após oito semanas de seguimento, o grupo Nx apresentou acentuada disfunção renal. Por outro lado, nos ratos tratados com sitagliptina, a queda do ritmo de filtração glomerular (RFG) foi significativamente atenuada, bem como a creatinina sérica, albuminúria e pressão arterial caudal em relação ao grupo Nx. Curiosamente, tanto a atividade quanto a expressão proteica e gênica da DPPIV cardíaca estavam aumentadas em ratos Nx comparado aos ratos controles. As análises histológicas mostraram que os cardiomiócitos de ratos Nx apresentaram maior volume nuclear e fibrose intersticial cardíaca em relação ao sham. Por outro lado, nos ratos tratados com sitagliptina o volume nuclear dos cardiomiócitos e fibrose estavam reduzidos em relação aos ratos Nx. A função sistólica não se mostrou distinta entre os três grupos de ratos. Todavia, o tempo de relaxamento isovolumétrico (TRIV) foi maior em Nx do que em sham, como sugestivo de disfunção diastólica associada à DRC e o tratamento com sitagliptina foi capaz de atenuar o TRIV. A concentração de angiotensina II cardíaca estava aumentada nos ratos Nx em relação aos ratos sham e o tratamento com sitagliptina foi capaz de impedir sua elevação. Em conjunto, os nossos dados sugerem que a inibição da DPPIV em ratos com DRC atenua o remodelamento e a disfunção cardíaca, e que esses efeitos estão envolvidos ao menos em parte, com a redução nos níveis de angiotensina II. Esse é o primeiro trabalho a demonstrar a interação da DPPIV com o SRA intracardíaco em modelo de DRC, e abre portas para estudos envolvendo os mecanismos que levam a essa associação nas síndromes cardiorrenais / Cardiac dysfunction is one of the main outcomes of chronic kidney disease, with the axis system renin angiotensin (RAS) being a key mediator in this condition. Studies have shown that dipeptidyl peptidase IV (IDPPIV) inhibitors, a class of drugs used in the treatment of type II diabetes, are capable of exerting renoprotective and cardioprotective effects, however, the effects of IDDPIV on cardiac tissue against renal injury were not described. Thus, this study aimed to investigate whether inhibition of DPPIV attenuates cardiac dysfunction and remodeling in rats with CKD and whether these effects are associated with changes in RAS. For this purpose, Wistar rats (N = 37) aged 2-3 months were subjected to 5/6 nephrectomy for induction of CKD. After surgery, the rats were randomized into 2 groups: Nx (treated with vehicle) and Nx + IDPPIV (treated with sitagliptin - 200 mg/kg/day). Sham operated rats were used as controls. After eight weeks of treatment, we identified that the Nx group had marked renal dysfunction. On the other hand, in rats treated with sitagliptin, the decrease in RFG was significantly attenuated, as well as serum creatinine, albuminuria and caudal blood pressure in relation to the Nx group. Interestingly, both the activity and the protein and gene expression of the cardiac DPPIV were increased in Nx rats compared to the control rats. Additionally, histological analysis showed that the cardiomyocytes of Nx rats presented greater nuclear volume and cardiac interstitial fibrosis compared to sham. Conversely, in animals treated with sitagliptin the nuclear volume of cardiomyocytes and fibrosis were reduced in relation to Nx rats. Systolic function was not different among the three groups of rats. However, the isovolumic relaxation time (IVR) was higher in Nx than in sham, as suggestive of CKD-associated diastolic dysfunction and treatment with sitagliptin was able to attenuate IVRT. Cardiac angiotensin II levels were elevated in Nx rats relative to sham rats. Treatment with sitagliptin prevented their elevation. Taken together, data suggest that inhibition of DPPIV in rats with CKD attenuates remodeling and cardiac dysfunction, and that these effects are at least partially involved with the reduction in angiotensin II levels. This study is the first to demonstrate an interaction of DPPIV with the intracardiac RAS in a CKD model, and will help further studies focusing the mechanisms that lead this association in cardiorrenal syndromes

Depuis la fermeture de Phénix en 2010 le CEA ne possède plus de réacteur au sodium. Vus les enjeux énergétiques et le potentiel de la filière, le CEA a lancé un programme de démonstrateur industriel appelé ASTRID (Advanced Sodium Technological Reactor for Industrial Demonstration), réacteur d’une puissance de 600MW électriques (1500 MW thermiques). L’objectif du prototype est double, être une réponse aux contraintes environnementales et démontrer la viabilité industrielle :• De la filière RNR-Na, avec un niveau de sureté au moins équivalent aux réacteurs de 3ème génération, du type de l’EPR. ASTRID intégrera dès la conception le retour d’expérience de Fukushima ;• Du retraitement des déchets (transmutation d’actinide mineur) et de la filière qui lui serait liée.La sûreté de l’installation est prioritaire, aucun radioélément ne doit être rejeté dans l’environnement, et ce dans toutes les situations. Pour atteindre cet objectif, il est impératif d’anticiper l’impact des nombreuses sources d’incertitudes sur le comportement du réacteur et ce dès la phase de conception. C’est dans ce contexte que s’inscrit cette thèse dont l’ambition est le développement de nouvelles méthodes d’optimisation des cœurs des RNR-Na. L’objectif est d’améliorer la robustesse et la fiabilité des réacteurs en réponse à des incertitudes existantes. Une illustration sera proposée à partir des incertitudes associées à certains régimes transitoires dimensionnant. Nous utiliserons le modèle ASTRID comme référence pour évaluer l’intérêt des nouvelles méthodes et outils développés.L’impact des incertitudes multi-Physiques sur le calcul des performances d’un cœur de RNR-Na et l’utilisation de méthodes d’optimisation introduisent de nouvelles problématiques :• Comment optimiser des cœurs « complexes » (i.e associés à des espaces de conception de dimensions élevée avec plus de 20 paramètres variables) en prenant en compte les incertitudes ?• Comment se comportent les incertitudes sur les cœurs optimisés par rapport au cœur de référence ?• En prenant en compte les incertitudes, les réacteurs sont-Ils toujours considérés comme performants ?• Les gains des optimisations obtenus à l’issue d’optimisations complexes sont-Ils supérieurs aux marges d’incertitudes (qui elles-Mêmes dépendent de l’espace paramétrique) ?La thèse contribue au développement et à la mise en place des méthodes nécessaires à la prise en compte des incertitudes dans les outils de simulation de nouvelle génération. Des méthodes statistiques pour garantir la cohérence des schémas de calculs multi-Physiques complexes sont également détaillées.En proposant de premières images de cœur de RNR-Na innovants, cette thèse présente des méthodes et des outils permettant de réduire les incertitudes sur certaines performances des réacteurs tout en les optimisant. Ces gains sont obtenus grâce à l’utilisation d’algorithmes d’optimisation multi-Objectifs. Ces méthodes permettent d’obtenir tous les compromis possibles entre les différents critères d’optimisations comme, par exemple, les compromis entre performance économique et sûreté. / Since Phenix shutting down in 2010, CEA does not have Sodium Fast Reactor (SFR) in operating condition. According to global energetic challenge and fast reactor abilities, CEA launched a program of industrial demonstrator called ASTRID (Advanced Sodium Technological Reactor for Industrial Demonstration), a reactor with electric power capacity equal to 600MW. Objective of the prototype is, in first to be a response to environmental constraints, in second demonstrates the industrial viability of:• SFR reactor. The goal is to have a safety level at least equal to 3rd generation reactors. ASTRID design integrates Fukushima feedback;• Waste reprocessing (with minor actinide transmutation) and it linked industry.Installation safety is the priority. In all cases, no radionuclide should be released into environment. To achieve this objective, it is imperative to predict the impact of uncertainty sources on reactor behaviour. In this context, this thesis aims to develop new optimization methods for SFR cores. The goal is to improve the robustness and reliability of reactors in response to existing uncertainties. We will use ASTRID core as reference to estimate interest of new methods and tools developed.The impact of multi-Physics uncertainties in the calculation of the core performance and the use of optimization methods introduce new problems:• How to optimize “complex” cores (i.e. associated with design spaces of high dimensions with more than 20 variable parameters), taking into account the uncertainties?• What is uncertainties behaviour for optimization core compare to reference core?• Taking into account uncertainties, optimization core are they still competitive? Optimizations improvements are higher than uncertainty margins?The thesis helps to develop and implement methods necessary to take into account uncertainties in the new generation of simulation tools. Statistical methods to ensure consistency of complex multi-Physics simulation results are also detailed.By providing first images of innovative SFR core, this thesis presents methods and tools to reduce the uncertainties on some performance while optimizing them. These gains are achieved through the use of multi-Objective optimization algorithms. These methods provide all possible compromise between the different optimization criteria, such as the balance between economic performance and safety.

O trabalho aqui desenvolvido teve como objeto o estudo estrutural e funcional de várias proteínas do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv citri (Xac), dentre as quais se destacam as proteínas hipotéticas conservadas YaeQ e SufE, as proteínas RpfC, RpfF e RpfG envolvidas em quorum sensing e proteínas PilZ, FimX e PilB envolvidas na biogênese do pilus tipo IV. Para o desenvolvimento deste trabalho foram utilizadas diferentes técnicas incluindo: clonagem, expressão, purificação, desnaturação térmica, cristalografia, difração de raios-X, RMN, ensaios de 2-híbrido, produção de nocautes, mutação sítio dirigida, Western- e Far- Western, entre outras. Dentre os resultados mais importantes obtidos temos a determinação estrutural das proteínas YaeQ e PilZ pela técnica MAD. Em ambos os casos, as estruturas representaram topologias inéditas. Com base nos dados estruturais, mostramos que YaeQ pertence à família PD-(D/E)XK presente em endonucleases dependentes de magnésio, e a partir de ensaios funcionais obtivemos evidências que sugerem que YaeQ está envolvida em alguma via de reparo de DNA em Xac. A estrutura tridimensional de PilZ revelou uma inesperada variedade estrutural dentro da família PilZ e mostrou de forma clara porque ortólogos não interagem com o segundo mensageiro bacteriano, c-diGMP. A cadeia principal de PilZ foi assinalada por RMN e a estrutura secundária de PilZ em solução é consistente com aquela determinada por cristalografia. Duas proteínas que interagem com PilZ foram identificadas: PilB e FimX. Como PilZ, ambos exercem papéis na biogênese do pilus tipo IV (T4P). Mostramos que PilZ interage especificamente com o domínio EAL de FimX e que resíduos conservados na região do C-terminal de PilZ estão envolvidos na interação com PilB, mas não com FimX. Ensaios de mutação sítio dirigida mostraram que a Y22 de PilZ pode estar envolvida na regulação da interação de PilZ com FimX e com PilB. Apesar de PilZ não interagir com c-diGMP seu parceiro, FimX, interage. PilZ consegue interagir com PilB ao mesmo tempo em que interage com FimX, formando um complexo ternário que é independente da interação de FimX com c-diGMP. Com base em todos estes resultados propusemos possíveis mecanismos de ação de PilZ e FimX no controle da biogênese do T4P. Além dos resultados acima descritos, determinamos a estrutura de SufE e mostramos que esta aumenta a atividade cisteína dessulfarase de seu parceiro, SufS, em torno de 10 vezes, como ocorre com SufE-SufS de E.coli. Clonamos, expressamos, purificamos e fizemos ensaios de cristalização de algumas proteínas envolvidas no controle de quorum sensing em Xac. Tivemos êxito na cristalização do domínio HPT (histidina fosfotransferase) da proteína chave deste sistema, RpfC / The aim of the project was to perform structural and functional studies of different Xanthomonas axonopodis pv citri (Xac) proteins including the hypothetical proteins YaeQ and SufE; RpfC, RpfF and RpfG involved in the quorum sensing and PilZ, FimX and PilB that play roles in type IV pilus (T4P) biogenesis. Several experimental techniques were employed including cloning, expression and purification of recombinant proteins, thermal denaturation, protein crystallography, X-ray diffraction, NMR, two-hybrid assays, Western- and Far-Western Blotting assays, site direct mutagenesis, and the production of Xac knockouts strains. The most important results include the determination of the three-dimensional crystal structures of PilZ and YaeQ using the MAD technique. In both cases, the structures reveled new protein topologies. The comparison of the YaeQ structure with others deposited in public databases revealed that YaeQ proteins represent a new variation within the PD-(D/E)XK magnesium dependent endonucleases superfamily. Functional assays suggest that YaeQ may be envolved in DNA repair in Xac. The PilZ three-dimensional structure revealed an unexpected structural variation within the PilZ domain superfamily and showed why PilZ orthologs are not able to bind the important bacterial second messenger, c-diGMP. We assigned the PilZ main chain by NMR and used this information to demonstrate that the PilZ secondary structure in solution is consistent with the PilZ crystal structure. We identified two proteins that interact with PilZ: PilB and FimX. As with PilZ, both PilB and FimX are involved in T4P biogenesis. PilZ binds specifically to the EAL domain of FimX and the conserved residues located in the PilZ unstructured C-terminal region contribute to binding with PilB but not with FimX. Site direct mutagenesis studies showed that PilZ residue Y22 is necessary for its capability to interact with both PilB and FimX. Although PilZ does not bind c-diGMP, her partner, FimX, does. We present evidence that PilZ can bind simultaneously to FimX and PilB, forming a ternary complex that is independent of c-diGMP. These results allow us to propose possible mechanisms by which PilZ and FimX control T4P biogenesis. Other results obtained during this period include the resolution of the crystal structure of the SufE protein from Xac using the molecular replacement technique. We show that SufE induces a 10-fold increase in the cysteine desulfurase activity of SufS, similar to that observed for the SufE-SufS complex from E. coli. Several proteins involved in quorum sensing and c-di-GMP signaling were cloned, expressed and submitted to crystallization trials. Crystals of the HPT (histidine phophotransferase) domain) of the RpfC sensor histidine kinase were obtained

Fímbrias do tipo IV estão associadas a diversos fenótipos em bactérias gram-negativas, e o presente estudo consistiu na caracterização da fímbria Pil e investigação de seu papel na adesão bacteriana de isolados de EPEC atípica. Por PCR e RT-PCR foram investigadas a presença e a funcionalidade do operon Pil e os resultados demonstraram que este está sendo transcrito somente nos isolados BA558 e BA956. Os genes pilS e pilV foram clonados em vetor de expressão para obtenção das proteínas Pil recombinantes e produção de anticorpos policlonais. A análise qualitativa dos testes de inibição da adesão utilizando os soros anti-PilS e anti-PilV juntos demonstraram que o isolado BA558 apresentou mudança de fenótipo de adesão. Esses resultados nos permitem concluir que o operon Pil está funcional em BA558 e BA956, e a expressão da fímbria Pil nessas cepas não está relacionada à formação de biofilme e autoagregação, porém a proteína fimbrial PilS juntamente com a adesina PilV parecem exercer uma função acessória importante na interação de BA558 às células HEp-2. / Type IV fimbriae are associated with several phenotypes in gram-negative bacteria. The aim of this study was the characterization of the Pil fimbria and its role in the interaction of atypical EPEC isolates in bacterial adhesion. Using PCR and RT-PCR, we investigated the presence and functionality of the pil operon genes. The results showed that these genes are transcribed only in the BA558 and BA956 isolates. The pilS and pilV genes were cloned into an expression vector for recombinant proteins and polyclonal antibodies production. Qualitative analysis of the adherence inhibition assays using both rabbit sera changed to localized-like the phenotype of BA558 isolate adhesion. Together, these results allow us to conclude that the Pil operon is functional only in the BA558 and BA956 isolates and that the expression of Pil fimbriae in aEPEC is not related to biofilm formation and autoaggregation but, the fimbrial PilS protein together with PilV adhesin seem to play an important accessory function in the interaction between the BA558 and epithelial cells in vitro.