La vigne est une culture pérenne sensible à de nombreux bioagresseurs et sur laquelle il est nécessaire de réaliser de nombreux traitements pesticides, susceptibles de causer des problèmes environnementaux, de santé humaine et d’apparition de résistance au sein des populations de bioagresseurs. Aujourd’hui, il est indispensable de développer des stratégies nouvelles de lutte contre les bioagresseurs, plus raisonnées mais permettant de conserver une viticulture compétitive. L’utilisation de produits de biocontrôle semble, en ce sens, être une approche prometteuse permettant d’allier agriculture durable et intensive.Deux écoproduits généralistes à fort potentiel ont été identifiés, comme possédant des actions intéressantes sur les principales maladies cryptogamiques de la vigne. Le premier est un extrait naturel de plante, sans action fongicide directe mais capable de stimuler efficacement et de façon systémique les défenses de la plante. Le second, quant à lui, est un microorganisme qui possède une forte action antagoniste fongicide, mais aussi la capacité à stimuler les défenses de plante. Dans un premier temps, des études en conditions contrôlées ont mis en évidence l’efficacité des deux actifs pour inhiber le développement de diverses souches d’Erysiphe necator, Plasmopara viticola, Botrytis cinerea et Botryosphaeriaceae. En parallèle, des expérimentations au vignoble, ont confirmé le fort potentiel de ces produits de biocontrôle, avec des bonnes efficacités, particulièrement stable avec l’extrait naturel. Ces différentes études nous ont permis d’identifier et d’élaborer des stratégies d’utilisation pour ces deux produits de biocontrôle. / Grapevine is a perennial crop sensitive to many fungal pathogens that require numerous pesticide treatments. However, its uses lead to environmental, human health and fungicide resistance problems. Developing sustainable pest management strategies while keeping a good wine quality is of major importance. In this sense, the use of bio-pesticides products seems to be a promising approach to combine sustainable and intensive agriculture.Two generalist bio-pesticides of great potential have been preliminary identified, forits actions on major fungal diseases of grapevine. The first one is a natural plant extract, with no direct fungicide action but able to systemically stimulate plant defenses. The second one is a microorganism showing strong antagonist fungicide actions, and important ability to stimulate plant defenses. First, the studies conducted in controlled conditions have demonstrated the effectiveness of both products in the suppression of various isolates of Erysiphe necator, Plasmopara viticola, Botrytis cinerea and Botryosphaeriaceae. In parallel,the good efficiencies of these products have been confirmed during vineyard assays. This was especially well demonstrated for the natural extract. As a whole, these studies confirm thepotential of these two products as promising bio-pesticides, of which the strategy of application have been further defined.

En procédure civile, la connaissance des actes du procès par les parties est essentielle ; des garanties importantes y sont attachées, à commencer par le respect du principe du contradictoire. Une difficulté se pose, toutefois : il est malaisé de déterminer si une partie a eu connaissance de l’acte qui lui a été communiqué. Toute la question est alors de savoir comment le droit s’accommode de cette difficulté. À cette fin, deux modèles contraires peuvent être dégagés. Dans le premier, formaliste, il est fait le choix de favoriser la connaissance des actes du procès par les parties en amont, pour pouvoir se désintéresser de leur connaissance effective en aval, tous les moyens ayant été mis en oeuvre pour y parvenir. Dans le second, réaliste, on se désintéresse de la façon dont les actes du procès sont portés à la connaissance des parties, mais, par la suite, on prête beaucoup d’intérêt à la connaissance que les parties en ont réellement eue. L’étude révèle que le droit du procès civil reposait initialement sur un modèle à dominante formaliste, mais que ce modèle a évolué, particulièrement au cours des dix dernières années. Sous l’influence des soucis contemporains de rationalisation des coûts de la justice et de protection accrue des droits fondamentaux des parties, le formalisme du droit du procès civil s’est tempéré. Faudrait-il qu’il le soit davantage ? Ce travail ne plaide ni pour la subversion du modèle classique, ni pour son rétablissement. Plutôt, c’est une évolution nuancée du droit qui est suggérée, proposant d’exalter le formalisme lorsque la sécurité juridique l’exige, sans renoncer à tirer profit de règles l’atténuant quand cela s’impose. / In civil law procedures, the parties’ knowledge of the acts of the trial is essential; it guarantees that certain principles, such as the adversarial principle, will be respected. However, a difficulty arises: it is hard to determine whether a party has in fact become aware of the act which was communicated to him. The question is to determine whether the law can accept such a difficulty. To this end, two divergent models can be provided. In the formalistic one, the choice is made to favor the knowledge of the acts of the trial beforehand, in order to be able to become disinterested in their actual knowledge afterwards, all the means having been implemented to carry this out. In the realistic one, the way in which the acts of the trial are brought to the parties' attention is neglected, but thereafter, there is a resurgent focus on the knowledge the parties have genuinely had. The study reveals that the law of civil trial was initially based on a predominantly formalistic model, but this model has evolved, especially during the last decade. Under the influence of contemporary concerns in order to rationalize justice costs and increase the protection of the parties' fundamental rights, the formalism of civil lawsuit has been tempered. Should it be even more moderate? This work neither pleads for the subversion of the classical model nor for its reinstatement. Instead, it is a nuanced evolution of the law which is suggested. It suggests to promote formalism when legal certainty requires it, without sacrificing the benefit of lightening the rules when it is necessary.

Les symbioses rhizobienne et mycorhizienne à arbuscules sont deux endosymbioses racinaires jouant des rôles importants dans le développement des plantes en améliorant leur nutrition minérale. Les lipo-chitooligosaccharides (LCOs), produits par les bacteries Rhizobia et les champignons mycorhiziens, sont essentiels pour l'établissement de la symbiose rhizobienne et stimulent la mycorhization. Chez la légumineuse Medicago truncatula, trois récepteurs-like kinase à motifs lysin (LysM), LYR3, NFP et LYK3 sont impliqués dans la perception des LCOs. Le travail présenté a eu pour objectif la caractérisation biochimique de ces récepteurs et leurs applications potentielles. Les orthologues de LYR3 de M. truncatula ont été clonés et se sont tous révélés, à l'exception de celui du lupin, capables d'établir une interaction d'affinité élevée avec les LCOs mais pas avec les chitooligosaccharides de structure apparentée. Afin de mieux comprendre les bases moléculaires de la reconnaissance des LCOs, des échanges de domaine entre les protéines LYR3 de lupin et de Medicago ont été effectués et ont révélé l'importance du troisième domaine LysM dans l'interaction. L'exploitation des capacités de reconnaissance des LCOs par LYR3 à des fins biotechnologiques a été évaluée à l'aide de récepteurs chimériques constitués du domaine extracellulaire de LYR3 et du domaine kinase des récepteurs immunitaires AtCERK1 et EFR. Il est apparu que LYR3 peut être utilisé pour élaborer des récepteurs chimériques mais leur mode d'activation reste à optimiser. Enfin l'étude des deux récepteurs symbiotiques NFP et LYK3 suggère qu'ils sont régulés par phosphorylation suite au traitement par les signaux symbiotiques. L'ensemble de ce travail apporte un éclairage nouveau sur les mécanismes de perception des LCOs et sur les modifications associées à leurs récepteurs qui en résultent. / Arbuscular mycorrhization and rhizobial nodulation are two major root endosymbioses which play important roles in plant development by improving their mineral nutrition. Produced by Rhizobia bacteria and mycorrhizal fungi, lipo-chitooligosaccharides (LCOs) were shown to be essential for the formation of the rhizobial symbiosis and to have stimulatory effects on mycorrhization. In the legume Medicago truncatula three lysin motif (LysM) receptor-like kinases LYR3, NFP and LYK3 have been shown to be involved in LCO perception. Here work is presented aimed at the biochemical characterization and application of these important receptor proteins. Cloned from several legume species orthologs of M. truncatula LYR3, except from lupin, were shown to bind LCOs with high affinity, but not structurally-related chitooligosaccharides (COs). Domain swaps between the lupin and Medicago proteins were used as a tool to decipher the molecular basis of LCO recognition and revealed the importance of the third LysM domain for LCO binding. The possibility of exploiting the LCO-binding capacity of LYR3 in biotechnology, through the composition of chimeric receptors, was investigated by combining together the extracellular domain of LYR3 protein with the kinases of Arabidopsis thaliana immune receptors, AtCERK1 and EFR. The results suggest that LYR3 could be used for constructing biologically active chimeric proteins whose mode of activation needs to be improved. Finally studies on the two LysM symbiotic receptors NFP and LYK3 suggest that they are regulated by changes in their phosphorylation after symbiotic treatments. Together this work brings light on the mechanisms underlying LCO perception and the modifications that receptors undergo after their treatment with LCO.

Les normes procédurales sont susceptibles d'affecter les stratégies mises en place par les parties à un litige. Nous étudions leur impact sur le volume des contentieux et sur le montant des dépenses engagées par les parties afin de gagner le procès. Ces deux composantes du coût social des litiges sont au coeur des défis que les pays développés doivent relever pour garantir l'effectivité des règles de droit substantiel. Nos travaux portent en particulier sur les règles de preuve, et nous mettons l'accent sur l'opposition entre les règles civilistes et celles de common law.Après avoir défini les contours et les enjeux de notre sujet dans l'introduction générale, nous développons un plan en deux parties. La première partie porte sur le comportement des parties lorsque celles-ci ont la possibilité de parvenir à un accord. Des modèles stratégiques et optimistes sont développés pour appréhender les décisions d'aller en justice et de négocier. La seconde partie est centrée sur le processus de production de preuves qui précède l'audience finale. Nous utilisons des modèles de recherche de rente pour analyser les incitations des parties à engager des dépenses.Les résultats suggèrent que les règles de preuve ont un impact considérable sur le coût social des contentieux. Nous montrons que le volume des litiges en France et aux Etats-Unis peut s'expliquer par les différentes règles de preuve s'appliquant dans ces deux pays. Notre analyse révèle également que les règles de preuves constituent un déterminant majeur du coût privé des litiges et des stratégies de défense des défendeurs. / Procedural rules are likely to affect the strategies of the parties in a dispute. We study their impact on the volume of litigation and on the amount of legal expenses incurred by parties to win the trial. These two components of the social cost of litigation are at the heart of the challenges that must be addressed by developed countries to guarantee the effective enforcement of the substantive law. Our works relate more specifically to rules of proof, and the emphasis is given on the opposition between civilian and common law rules. After defining the scope and the stakes of the thesis in the general introduction, we develop a plan in two parts. Part I studies parties' behavior when they have the possibility to negotiate to avoid a trial. Strategic and divergent expectations models are developed to apprehend parties' decisions to sue and to settle. The second Part is oriented toward the evidence production process preceding the final hearing. We use rent-seeking models to analyze parties' incentives to engage legal expenditures.The results suggest that rules of proof have a substantial effect on the social cost of litigation. We show that the volume of litigation in the US and in France can be explained by the various rules of proof prevailing in these two countries. Moreover, our analysis reveals that the rules of proof constitute a major determinant of the private cost of litigation and of defendant's defense strategies.

La Politique étrangère et de sécurité commune (PESC) est la politique de l'Union Européenne qui suscite le moins d'intérêt et le moins d'attention dans la doctrine de droit de l'Union Européenne. Ce statut d'enfant-perdu de la doctrine s'explique aisément : la Politique étrangère et de sécurité commune multiplie les singularités, et en tout premier lieu celle d'être généralement présentée comme étant la politique intergouvernementale par excellence de l'Union européenne. La PESC présente également la singularité d'être une politique opérationnelle. Plus de trente opérations civiles et militaires ont ainsi été menées au-delà des frontières de l'Union européenne. La PESC présente également la singularité d'être une politique opérationnelle. Plus de trente opérations civiles et militaires ont ainsi été menées au-delà des frontières de l'Union européenne depuis 2003 et le recours aux mesures restrictives ne faiblit pas. De la même manière, la conduite et la réussite de telles opérations a nécessité tant la mise sur pied d'institutions, d'organes et d'agences que l'établissement d'une base industrielle et technologique de défense et d'un marché intérieur de la défense. Le développement et l'affermissement de cette politique opérationnelle de l'Union européenne ne se sont cependant pas faits sans l'intervention des institutions européennes. Le Parlement, la Commission européenne et la Cour de justice de l'Union européenne exercent, au contraire, un contrôle politique, financier et juridictionnel toujours plus poussé sur cette politique. C'est alors la fin de la singularité de la Politique étrangère et de sécurité commune, laquelle tend à devenir comme les autres et à s'inscrire en cohérence avec le modèle d'intégration de l'Union européenne. / The Common Foreign and Security Policy (CFSP) is the EU policy, that arouses the least interest and attention in the doctrine of law of the European Union. This lack of consideration can easily be explained : the Common Foreign and Security Policy is peculiar is numerous ways, and first and foremost it is specific for being the quintessential intergovernmental policy of the European union. CFSP also presents the difference of being an operational policy. More than thirty civil and military operations have been carried out beyond the borders of the European Union since 2003 and the use of restrictive measures is not weakening. In the samie vein, the conduct and success of such operations required the development of institutions, bodies and agencies as well as the establishment of an European Defence Technological and Industrial Base and the creation of an internal market of defense. However, this operational policy of the European Union could not have been developed and strengthened without intervention of European institutions. The Parliament, the European Commission and the Court of justice of the European Union exercise more and more elaborate political, financial and judicial control over this policy. On this las aspect, the Common Foreign and Security Policy tends to become an European policy like any other and be consistent with the model of integration of the European Union.

Les phytoplasmes sont des bactéries phytopathogènes, sans paroi, qui appartenant à la classe des Mollicutes. Ils ne peuvent pas etre cultivés in vitro et sont limités à des tubes du phloème. Ils provoquent des centaines de maladies chez de nombreuses espèces végétales dans le monde entier, ce qui conduit à des pertes de récolte importantes. Les phytoplasmes sont transmis naturellement par des insectes suceurs de sève dans laquelle ils se multiplient. Ils induisent des symptômes graves, notamment le jaunissement, la croissance limitée, déclin, ainsi que des anomalies des fleurs et des fruits. L'infection par le phytoplasme du stolbur, en particulier, affect fortement la morphologie florale. Dans la tomate, deux isolats différents du phytoplasme du stolbur, nommé C et PO, induisent des symptômes différents. La tomate infectée par le phytoplasme du stolbur PO montrent des malformations florale telles que les sépales hypertrophiés, les pétales et les étamines avortées ce qui conduit à la stérilité. En revanche, la tomate infecté par le phytoplasme du stolbur C ont de petites feuilles de tomate en retrait, mais les fleurs presque normale, et produisent des fruits. Nous avons précédemment montré que SlDEF, un gène impliqué dans la formation des pétales est réprimé dans des plantes de tomate infectée par le stolbur phytoplasme PO. Toutefois, l'expression de son facteur de transcription, codée par le gène FA, est resté stable ou voir légèrement augmentée. Nous avons donc émis l'hypothèse que la répression de SlDEF pourrait être dû à une méthylation de l'ADN. Pour tester cette hypothèse, nous avons étudié l'expression des gènes de méthylases et de déméthylases. Ils étaient en général réprimés dans les tomates infectées par le phytoplasme du stolbur PO, ce qui était en accord avec l'hypothèse De plus, nous avons étudié les voies de défense activée chez les tomates infectées par le phytoplasme du stolbur. Pour se défendre, les plantes utilisées des molécules de signalisation comme l'acide salicylique (SA), l'acide jasmonique (JA) et d'éthylène (ET). Nous avons étudié l'expression de 21 gènes de défense dépendants SA / JA / ET, des gènes de biosynthèse et les facteurs de transcription chez les tomates infectées par les phytoplasmes du stolbur C et PO. Nous avons également étudié l'effet de la pré-activation des voies de SA et JA sur la production des symptômes. Nos résultats montrent clairement que les voies de défense ont été activées différemment dans les tomates infectés par le phytoplasme du stolbur C et PO. En effet, les voies de défense dépendantes de SA, ET et JA ont été activées chez les tomates infectées par le phytoplasme du stolbur C alors que seulement les voies dépendantes SA et ET ont été activés dans les tomates infectées par stolbur PO . En outre, la pré-activation de la voie de défense dépendante SA par l'application de BTH modifie légèrement l'évolution des symptômes de maladies causées par le phytoplasme du stolbur PO / Phytoplasma are cell wall-less, phytopathogenic bacteria belonging to the class Mollicutes. They have not been cultured in vitro and are restricted to the phloem sieve tubes. They cause hundreds of diseases in many plant species worldwide, resulting in important crop losses. Phytoplasmas are naturally transmitted by sap-sucking insects in which they multiply. They induce severe symptoms including yellowing, restricted growth, decline, as well as major flowers and fruits abnormalities.The stolbur phytoplasma infection, in particular, has been reported to strongly affect floral morphology. In tomato, two different isolates of stolbur phytoplasma, named C and PO, induce different symptoms. The stolbur PO phytoplasma-infected plants show abnormal flower development such as hypertrophied sepals, and aborted petals and stamens leading to sterility. In contrast, stolbur C phytoplasma-infected tomato have small indented leaves but nearly normal flowers, and produce fruits. We have previously shown that SlDEF, one gene involved in petal formation, was repressed in stolbur PO phytoplasma-infected tomato. However, the expression of its transcription factor, encoded by the gene FA, was unchanged or slightly up-regulated. So we hypothesized that SlDEF repression could be due to DNA methylation. To test this hypothesis, we studied the expression of DNA methylases and demethylases genes. They were in general down-regulated in stolbur PO infected tomato, which was in agreement with the hypothesis. However, the regulation of SlDEF expression could not be firmly correlated to the DNA methylation status of its promoter region. In addition, we studied the plant defense pathways activated in stolbur phytoplasma-infected tomato. To defend themselves, plants used signalling molecules like Salicylic acid (SA), Jasmonic acid (JA) and Ethylene (ET). We studied the expression of 21 SA/JA/ET regulated defense and biosynthesis genes including transcription factors in stolbur C and PO phytoplasma-infected tomato as compared to healthy ones. We also studied the effect of pre-activation of SA and JA mediated defense pathways on symptom production. Our results clearly showed that defense pathways were activated differently in stolbur C and PO phytoplasma-infected tomato. Indeed, SA ET and JA dependant pathways were activated in stolbur C-infected tomato while only SA and ET dependant pathways were activated in stolbur PO-infected plants. In addition, pre-activation of SA-dependent defense pathway by application of BTH slightly modify the evolution of disease symptoms caused by stolbur PO phytoplasma whereas no effect was observed after treatment with an analogue of JA.

La diversité génétique intra-spécifique constitue le potentiel adaptatif des espèces et, à ce titre, elle est donc indispensable pour l'évolution de celles-ci. Chez les vertébrés, les gènes du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) sont une composante essentielle de quoi permet de faire face aux parasites en initiant une réponse immunitaire. La pression de sélection exercée par les parasites et la sélection sexuelle via le choix du partenaire devraient donc agir sur la diversité génétique du CMH. Cependant, la distinction empirique des pressions sélectives agissant sur la diversité génétique du CMH en milieu naturel nécessite de suivre un grand nombre individus tout au long de leur vie et d'effectuer leur génotypage. Le premier objectif de cette thèse a donc été développer et appliquer un protocole de génotypage chez la marmotte Alpine (Marmota marmota), sur quatre loci du CMH décrits précédemment. Ceci permet par la suite d'étudier, dans une population de marmottes Alpines vivant en milieu naturel, si les caractéristiques génétiques du CMH influencent (1) le choix de partenaire, (2) la présence et/ou l'abondance de trois espèces de parasites intestinaux et (3) leur survie juvénile. Ce travail a fourni une méthode appropriée pour la détermination de génotypes fiables sur un grand nombre d'échantillons en utilisant des techniques de séquençage de nouvelle génération. Ensuite, nous avons constaté l'existence d'un choix de partenaire basé sur le CMH mais aussi sur les caractéristiques de l'ensemble du génome. Par la suite, nous avons mis en évidence le faible rôle du CMH sur la présence et abondance de trois espèces de parasites intestinaux. Finalement, nous avons constaté que l'association entre la survie juvénile et les caractéristiques génétiques du CMH et de l'ensemble du génome ont changé au cours des vingt-trois ans de suivi de la population. Dans l'ensemble, cette thèse présente une approche intégrée de l'étude des rôles du CMH sur une population contemporaine de marmottes Alpines / Intra-specific genetic diversity represents the true potential of adaptation of species and is thus essential for evolutionary change. In vertebrates, the genes of the major histocompatibility complex (MHC) play a critical role in vertebrate disease resistance by initiating immune response. The selective pressure carried out by parasites and sexual selection via mate choice are supposed to maintain the extreme diversity found in the MHC. Yet, empirical differentiation of selective pressures acting on MHC in the wild requires individually based monitoring of a large number of individuals and genotyping them. The aim of this thesis was firstly to develop and apply a genotyping protocol in Alpine marmots (Marmota marmota) to genotype four previously described MHC loci. This allows subsequently to evaluate, in a wild population of Alpine marmots, if MHC characteristics play a role (1) on mate choice, (2) on the presence and/or abundance of three intestinal parasite species and (3) on juvenile survival. This work provided a suitable method to reliably genotype large number of individuals using next-generation sequencing techniques. Then, we found evidences for female mate choice based on MHC but also on neutral genetic characteristics. Subsequently, we evidenced the weak role of MHC characteristics on the presence and abundance of three intestinal parasites. Finally, we found evidences for a change of the effect of genetic diversity at both MHC and neutral loci on juvenile survival during the 23-year monitoring study. Overall, this thesis comprises an integrated approach for the study of the roles of MHC in a contemporaneous population of Alpine marmots

Le clivage est un mécanisme de défense dans lequel les représentations positives et négatives de soi-même et d’autrui sont séparées afin d’éviter de ressentir l’anxiété. Les stresseurs interpersonnels provoqueraient des comportements impulsifs chez les individus ayant une propension au clivage élevée. Ceci dit, les processus cognitifs associés à la propension au clivage sont inconnus. La capacité de résistance à l’interférence proactive est la capacité de résister à l’intrusion en mémoire de travail de pensées impertinentes pour la tâche en cours. Ainsi, cette capacité pourrait jouer un rôle important dans la gestion de représentations et être diminuée par les stresseurs de nature interpersonnelle. La présente étude avait pour but de vérifier l’hypothèse voulant que la résistance à l’interférence proactive diminue dans une condition d’exclusion sociale et que cet effet soit augmenté par la propension au clivage. L’échantillon comprenait 131 individus provenant d’une population non-clinique. D’abord, ils ont complété un questionnaire mesurant la propension au clivage. Ensuite, ils ont été assignés aléatoirement à une condition soit d’exclusion sociale, soit d’inclusion sociale. Finalement, ils ont effectué une tâche de résistance à l’interférence proactive. Dans la condition d’exclusion, les participants commettent davantage d’erreurs sur les cibles négatives non récentes que sur les cibles négatives récentes à la tâche de résistance à l’interférence proactive. Aucune interaction n’a été obtenue entre la propension au clivage et les conditions sociales. Conséquemment, les processus cognitifs associés à la propension au clivage demeurent inconnus, mais des pistes d’explication sont explorées du point de vue méthodologique pour les recherches futures. / Splitting refers to a defense mechanism by which the positively and negatively charged representations of self and others are separated in order to protect oneself from several anxiety. Interpersonal stresses play a major role in triggering impulsive behaviors among individuals with a high splitting usage. However, the cognitive processes associated with the usage of splitting are unknown. Resistance to proactive interference is the ability to resist memory intrusions from irrelevant previously learned information. This cognitive ability might, thus, play an important role in regulating representations and be decreased by interpersonal stress. It is hypothesized that the resistance to proactive interference would decrease during social exclusion and this effect would be function of splitting use frequency. The sample consisted of 131 nonclinical individuals from student and general population. They completed a self-report splitting questionnaire. Then, they were randomly assigned to rejection or inclusion conditions on an interpersonal task. Finally, they performed a resistance to proactive interference task. In the rejection condition, the error rate on negative probes trials was higher than recent negative probes trials. Splitting usage did not interact with social condition in predicting the error rate in the resistance to proactive interference task. Consequently, the cognitive processes associated to splitting usage remain unknown but explanations are explored in a methodological view for future researches.

Choisya ternata est une plante ornementale souvent touchée par la maladie de la pourriture racinaire provoquée par Phytophthora. Cette maladie peut induire de pertes allant jusqu’à 80 %, ce qui implique l’utilisation intensive de produits phytosanitaires. Afin de limiter l’utilisation de ces produits toxiques, une meilleure connaissance des acteurs de la défense des plantes est nécessaire. Pour cela, les objectifs de cette thèse sont I) d’identifier les espèces du genre Phytophthora pathogènes de C. ternata, II) d’étudier des acteurs de défense au niveau racinaire et III) de développer une approche de lutte alternative aux phytosanitaires. L’identification des espèces de Phytophthora par l’amplification et le séquençage de la région ITS, montre la présence de Phytophthora parasitica dans la production de C. ternata en pépinière. Ils mettent aussi en évidence, pour la première fois en France et chez Choisya, la présence de Phytophthora tropicalis. Deux cultivars de C. ternata sont utilisés pour étudier les acteurs de la défense racinaire contre P. parasitica, Aztec pearl (moins sensible à la pourriture racinaire) et Goldfinger (plus sensible). Les arabinogalactane-protéines (AGPs) sont des glycomolécules de la paroi cellulaire qui constitue une barrière physique face aux pathogènes. Des études ont montré le rôle des AGPs dans l’interaction plante-pathogène et plus particulièrement avec les oomycètes. Toutefois, le rôle des AGPs racinaires de Choisya dans l’interaction avec P. parasitica n’est pas étudié. Nos résultats montrent des différences biochimiques au niveau de la composition monosaccharidique des AGPs racinaires d’Aztec pearl en comparaison avec les AGPs de feuilles de ce cultivar et les AGPs de feuilles et de racines de Goldfinger. Contrairement aux autres fractions, ces AGPs n’ont pas augmenté la croissance du mycélium de P. parasitica. Ces résultats suggèrent que l’oomycète n’est pas capable de dégrader cette fraction pour l’utiliser comme une source d’énergie. Pendant l’infection de la plante par P. parasitica, ces AGPs peuvent freiner la pénétration du pathogène, et par conséquent diminuer la sévérité de la maladie. Les plantes ont aussi développé des molécules chimiques nommées métabolites secondaires (MS) capables de les protéger contre leurs agresseurs. Des études ont montré que la partie foliaire de Choisya est riche en MS tels que les alcaloïdes dont plusieurseffets pharmacologiques sont connus. Cependant, leur composition racinaire et leur rôle dans la protection de la plante contre P. parasitica ne sont pas élucidés. Nos résultats montrent que les racines des deux cultivars sont riches en alcaloïdes furoquinoliques. Certains alcaloïdes sont présents en plus grande quantité chez Aztec pearl, mais suite à l’inoculation de zoospores de P. parasitica cette différence n’est plus détectable. De plus, l’extrait contenant les alcaloïdes totaux d’Aztec pearl ont été capables d’inhiber la croissance du mycélium de l’oomycète, contrairement à l’extrait issu de Goldfinger. Ces résultats montrent le rôle potentiel des alcaloïdes furoquinoliques dans la protection de la plante contre cet oomycète. / Choisya ternata is an ornamental plant that suffers from root rot disease due to Phytophthora. This disease can lead to severe production losses (up to 80 %), which require intensive use of phytosanitary products. A better understanding of plants defenses in required in order to reduce the use of these products. Therefore, the objectives of this thesis are I) identifying Phytophthora spp. pathogens of C. ternata, II) studying roots defense actors and III) developing an alternative control approach. Phytophthora spp. identification by ITS region amplification and sequencing highlighted the presence of Phytophthora parasitica on Choisya. Furthermore, Phytophthora tropicalis was identified for the first time in France and on Choisya culture. Two C. ternata cultivars were used to study the plants root defense actors against P. parasitica, Aztec pearl (less susceptible to root rot) and Goldfinger (more susceptible to root rot). Arabinogalactan proteins (AGPs) are glycomolecules of the cell wall which constitutes a physical barrier to pathogens. Studies showed the role of AGPs in the plant-pathogen interaction and more specifically in the case of oomycetes. However, Choisya root AGPs role in the interaction with P. parasitica is not studied. Our results showed biochemical differences in the monosaccharide composition of Aztec pearl root AGPs and the other AGPs fractions (Aztec pearl leaves and Goldfinger roots and leaves). Contrary to other fractions Aztec pearl root AGPs did not increase P. parasitica mycelium growth. These results suggest that oomycete was not able to degrade this fraction and use it as energy source. When P. parasitica infects the plant, these AGPs may be able to slow the infection and reduce disease severity. Plants have also developed chemical molecules known as secondary metabolites (SM) capable of protecting them against attackers. Studies showed that C. ternata leaves are rich with SM as alkaloids that have many pharmacological activities. Nevertheless, roots alkaloids composition and role in plant protection are not studied. Our results showed that roots of the two cultivars are riche with furoquinoline alkaloids. Some these alkaloids were more concentrated in Aztec pearl. But after inoculation with P. parasitica zoospores, the difference was not detectable anymore. Moreover, the total alkaloids extract of Aztec pearl inhibited P. parasitica mycelium growth, unlike the extract of Goldfinger. Another strategy of plants protection is the use of beneficial soil microorganisms that limits pathogens development and stimulate plant defenses. These microorganisms are known as biological control agents (BCA) and are sometimes used in horticulture as an alternative control strategy. In our study, treatments of C. ternata by different BCA were evaluated by a developed real time PCR (qPCR) targeting ypt1 and by symptoms annotation. This evaluation showed that combined treatments by Glomus intraradices with Gliocladium catenulatum and G. intraradices with Trichoderma atroviridae (respectively mycorrhizal fungi and filamentous fungi) offer a better protection against P. parasitica.

Le lin, principale plante à fibres cultivée en France possède un intérêt industriel pour la qualité de ses fibres. Les cultures de lin sont régulièrement attaquées par un champignon tellurique, Fusarium oxysporum f. sp. lini (Fol), responsable des plus grandes pertes dans les cultures de lin. Les PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) sont des bactéries réputées pour leurs capacités à améliorer la croissance et le développement des plantes, mais également pour leur pouvoir compétiteur au sein de la rhizosphère et leur aptitude à induire une réponse immunitaire chez les plantes. Parallèlement, l’utilisation de SDP (Stimulateur des Défenses des Plantes), molécules capables d’éliciter les mécanismes de défenses des plantes est une autre alternative pour limiter l’utilisation des pesticides. Dans le cadre de ce projet mené sur deux variétés de lin, Aramis et Mélina, il a pu être montré que Fol induisait un remodelage de la paroi au niveau des racines et des tiges, impliquant les hémicelluloses et les pectines, seulement deux jours après inoculation avec le champignon. L’utilisation de la souche ATCC 6633 de Bacillus subtilis comme agent de biocontrôle a permis de réduire de façon significative l’apparition des symptômes de la fusariose. Il a également été montré qu’en plus d’avoir un effet fongicide sur Fol, cette bactérie est capable d’induire l’expression de deux gènes de défense (Pathogenesis-Related) codant pour une β-(1,3)-glucanase (PR-2) et codant pour une chitinase-like (CTL-10), de gènes impliqués dans la voie des phénylpropanoïdes (PHENYLALANINE AMONIA LYASES, PAL-3 et PAL-4) et dans le remodelage pariétal (PECTIN METHYLESTERASE-3, PME-3) au niveau racinaire. Des analyses biochimiques ont également permis de montrer que B. subtilis provoque des modifications se traduisant par un renforcement pariétal au niveau des tiges chez les deux variétés. Enfin, l’association de la PGPR avec une molécule élicitrice (pregnénolone sulfate) a eu un effet synergique sur l’expression de gènes de défense. / In France, flax (Linum usitatissumum) is a principal fibers crop. Fusarium oxysporum f sp lini (Fol), a soil-borne fungus, is responsible for the major losses in crop yield. PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) are known for their abilities to promote plant growth and health. These bacteria are also good competitors in the rhizosphere and can induce a plant defense response. The use of compounds able to elicit plant defense mechanisms is also an alternative to limit the use of pesticides. In this project, it has been shown that F. oxysporum f. sp. lini induces only two days after inoculation cell wall remodeling in the root and the stem involving hemicelluloses and pectins on two flax varieties, Aramis and Mélina, . The use of the Bacillus subtilis strain ATCC 6633 as biocontrol agent significantly reduced fusarium wilt appearance. In addition to its antifungal effect against Fol, this bacteria is able to induce the expression of two Pathogenesis-Related genes coding for a β-(1,3)-glucanase (PR-2) and a chitinase-like (CTL-10), genes involved in the phenylpropanoid pathway (PHENYLALANINE AMONIA LYASES, PAL-3 and PAL-4) and also in cell wall remodeling (PECTIN METHYLESTERASE-3, PME-3) in the root. Biochemical analyses show that B. subtilis causes modifications resulting in cell wall reinforcement in the stem in both varieties. Finally, the association of B. subtilis with an elicitor (pregnenolone sulfate) had a synergistic effect on the expression of defense-related genes.