Made available in DSpace on 2015-03-26T13:28:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4626672 bytes, checksum: cec0577f99d59328f047b0362d4a1998 (MD5) Previous issue date: 2012-02-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The present study aimed to criticize, from the perspective of microbial risk assessment to human health, the Brazilian piece of regulation on agricultural use of biosolids (Conama Resolution 375/2006). The first chapter presents the results of field experiments involving the application of biosolids produced by sewage sludge drying in a greenhouse to grow vegetables eaten raw: 15 greenhouse experiments with lettuce, carrot and kale using biosolids with different levels of microbiological quality. The dilution effect from the mixing of biosolids containing 8.1 to 2x106 E.coli (g TS)-1 and 0.45 to 1.52 viable Ascaris eggs per g TS in the soil, resulted, nearly always, in the 'disappearance' of viable eggs of Ascaris and reductions of 1-3 log units of E. coli. The decay of E. coli in the soil during the growing period was intense, with Kb20 decay coefficients between 0.0283 and 0.1543 d-1, and reaching concentrations around 10 E. coli (g TS)-1, with a few exceptions, in less than 21 days after planting. The use of biosolids with up to 2x106 E. coli (g TS)-1 resulted in contamination levels well below the Brazilian microbiological standard for vegetables consumed raw (102 Ct.g-1). The second chapter involved the application of Quantitative Microbiological Risk Assessment (QMRA) methodology, whose models were formulated based on the results from the field experiments complemented with information from the literature. We have defined three classes of biosolids in terms of Salmonella, rotavirus, Cryptosporidium, Giardia and Ascaris lumbricoides and the risk of infection associated with these pathogens were estimated for three exposure scenarios: consumption of vegetables produced with biosolids, accidental ingestion of biosolids particles during its application in planting activities, and ingestion of particles of soil fertilized with biosolids in agricultural activities during cultivation. The results showed that the consumer‟s risk estimates were, in general, low. On the other hand, the risk estimates associated with occupational activities of biosolids application without any protection measures for workers were high. In turn, occupational hazards were shown to be controllable when allowing time to elapse between the last application of the biosolids in the soil and cultivation. It is concluded that the results point out aspects of the Resolution Conama 375/2006 ought to be revised, such as the restrictions on the use of the two classes of biosolids, as well as the very defining criteria of the microbiological quality of these classes. / O presente estudo teve como objetivo principal contribuir para a discussão crítica, sob a perspectiva da avaliação de risco microbiológico à saúde humana, da Resolução Conama 375/2006 que dispõe sobre o uso agrícola de biossólidos no Brasil. No primeiro capítulo são apresentados resultados de experimentos de campo de aplicação de biossólidos produzidos por secagem de lodo de esgoto em estufa no cultivo de hortaliças consumidas cruas: 15 experimentos em estufa com alface, cenoura e couve utilizando biossólidos com diferentes níveis de qualidade microbiológica. A aplicação de biossólidos contendo 8,1 a 2x106 E.coli.(gST)-1 e 0,45 a 1,52 ovos viáveis de Ascaris por g ST resultou, quase sempre, por simples efeito de diluição decorrente da incorporação dos biossólidos no solo, no desaparecimento‟ de ovos viáveis de Ascaris e em reduções de 1-3 unidades logarítmicas de E. coli. O decaimento de E. coli no solo durante o período de cultivo foi intenso, com coeficientes de decaimento Kb20 entre 0,0283 e 0,1543 d-1 e alcançando concentrações da ordem de 10 E. coli.(gST)-1 quase sempre em menos de 21 dias após o plantio. O uso de biossólidos com até 2x106 E. coli.(gST)-1 resultou em níveis de contaminação muito abaixo do limite estipulado pela Anvisa para hortaliças consumidas cruas (102 Ct.g-1). O segundo capítulo envolveu a aplicação da metodologia de Avaliação Quantitativa de Risco Microbiológico (AQRM), cujos modelos foram formulados com base nos resultados dos experimentos de campo complementados por informações de literatura. Foram definidas três classes de biossólidos em termos de Salmonella, rotavírus, Cryptosporidium, Giardia e Ascaris lumbricoides e estimados os riscos de infecção associados a esses patógenos e a três cenários de exposição: consumo de hortaliças produzidas com uso de biossólidos, ingestão acidental de partículas de biossólidos durante sua aplicação em atividades de plantio, e ingestão acidental de partículas de solo adubado com biossólidos em atividades de manejo agrícola durante o cultivo. Os resultados evidenciaram estimativas de risco ao consumidor, em geral, baixas. Por outro lado, as estimativas de risco ocupacional associadas a atividades de aplicação de biossólidos sem qualquer medida de proteção ao trabalhador foram elevadas. Por sua vez, os riscos ocupacionais mostraram-se controláveis por meio da observação de intervalos de tempo entre a incorporação de biossólidos ao solo e o cultivo. Conclui-se que os resultados permitem apontar aspectos da Resolução CONAMA 375/2006 que merecem revisão, como, por exemplo, as restrições impostas para os usos das duas classes de biossólidos, bem como a própria definição dos critérios de qualidade microbiológica definidores dessas classes.

Submitted by Élida Maeli Fernandes Quirino (maely_sax@hotmail.com) on 2018-05-15T19:05:55Z No. of bitstreams: 1 PEDRO LIMA FILHO - DISSERTAÇÃO PPGSA PROFISSIONAL 2015..pdf: 6434890 bytes, checksum: 9a4103b5aeb74beaec1a4cefac1a1429 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-15T19:05:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PEDRO LIMA FILHO - DISSERTAÇÃO PPGSA PROFISSIONAL 2015..pdf: 6434890 bytes, checksum: 9a4103b5aeb74beaec1a4cefac1a1429 (MD5) Previous issue date: 2015-06 / A cultura da melancia pode ser afetada por diversos patógenos que atuam no sistema radicular das plantas, comprometendo a absorção e o transporte de água e nutrientes, interferindo nos processos vitais para o seu desenvolvimento. Os experimentos foram conduzidos no CCTA/UFCG, Campus de Pombal. O primeiro avaliou o efeito de diferentes doses (0,14mL, 28mL, 56mL e 112mL/planta) do composto orgânico Bokashi no controle da podridão radicular ocasionada por Fusarium spp. em duas etapas simultâneas utilizando solo estéril e não estéril em casa de vegetação, as doses foram aplicadas semanalmente utilizandos e a cultivar ‘Crimson Sweet’ que foi semeada em vasos contendo seis kg de solo argiloso, constituído de seis tratamentos com cinco repetições. Foi avaliada a população microbiana total do solo, colhido a 0, 30, e 60 dias após o plantio da melancia e a uma profundidade de aproximadamente 10 cm e próximo ao sistema radicular além da incidência e severidade da podridão radicular, e matéria fresca seca da parte aérea das plantas. O segundo experimento em campo avaliou as duas melhores doses do composto orgânico ‘Bokashi, (112ml e 56ml) do experimento anterior e outras doses (224ml e 0ml), assim distribuídos (T1 112ml com Trichoderma, T2 112ml sem Trichoderma, T3 56ml com Trichoderma, T4 56ml sem Trichoderma, T5 224ml com Trichoderma, T6 224ml sem Trichoderma, T7 0ml com trichoderma, T8 0ml sem Trichoderma) totalizando 8 tratamentos e cinco repetições onde foram avaliadas a incidência e severidade a podridão radicular, além das características agronômicas da cultura como acúmulo de massa das plantas, e produção total dos frutos e fisiológica como taxa fotossintética (A), condutância estomática (gs), transpiração (E) e concentração intercelular de CO2 (Ci), No estudo em casa de vegetação os tratamentos com dose de 56ml de bokashi associado ao Trichoderma e o que utilizou dose de 112ml de bokashi obtiveram resultado significativo na redução da Incidência de patógenos fúngicos em melancieiras plantadas em solo não estéril e na severidade da podridão radicular causada por Fusarium spp em solo estéril. Em campo a dose 112ml de bokashi associado ao Trichoderma obteve redução tanto na incidência de patógenos fúngicos quanto na severidade da podridão radicular em melancieiras. O bokashi associado ao Trichoderma obteve melhor controle na incidência e severidade de podridão radicular em melancieira. O bokashi e Trichoderma não interferiram no crescimento e produção da melancieira. O Trichoderma interferiu de forma negativa nas análises fisiológicas da melancieira, para a taxa fotossintética, condutância estomática, transpiração e concentração intercelular de CO2. Os tratamentos que utilizaram dose de 112ml e 56ml de bokashi sem a presença do Trichoderma foi a que apresentou um melhor incremento para taxa fotossintética e condutância estomática respectivamente, evidenciando a importância do bokashi no intuito de melhorar a resposta fisiológica da planta. / The culture of watermelon can be affected by various pathogens that act on the root system of plants, affecting the absorption and transport of water and nutrients, interfering in the processes vital to their development.The experiments were conducted in the CCTA / UFCG, Campus de Pombal. The first evaluated the effect of different doses (0,14mL, 28ml, 56ml and 112mL / plant) of Bokashi organic compound in the control of root rot caused by Fusarium spp. in two simultaneous steps using sterile soil and non-sterile in greenhouse doses were applied weekly using the watermelon cultivar 'Crimson Sweet' that was sown in pots containing six kilograms of clay soil, made up of six treatments with five repetitions. We evaluated total soil microbial population, collected at 0, 30, and 60 days after planting watermelon and to a depth of about 10 cm and close to the root system beyond the incidence and severity of root rot, dry and fresh matter of watermelon. The second field experiment evaluating the top two doses of organic compost 'Bokashi, (112ml and 56ml) of the previous experiment and other doses (224ml and 0ml), distributed as follows (with Trichoderma 112ml, 112ml without Trichoderma, with Trichoderma 56ml, 56ml without Trichoderma, with Trichoderma a 224ml, 224ml without Trichoderma, 0ml with Trichoderma, 0ml without Trichoderma) totaling eight treatments and five replications which were assessed the incidence and severity of root rot and the agronomic characteristics of culture as a mass accumulation of plants, photosynthetic rate (a), stomatal conductance (gs), transpiration (E) and intercellular CO2 concentration (Ci), fresh and dry matter of shoot and total production of fruits. In the study of greenhouse treatments with 56ml dose of Bokashi associated with Trichoderma and what used dose of 112ml of Bokashi achieved significant results in reducing fungal pathogens incidence in watermelon planted in non-sterile soil and severity of root rot Fusarium spp in sterile soil. In the field dose of 112ml Bokashi associated with Trichoderma achieved a reduction in both the incidence of fungal pathogens as the severity of root rot in watermelon. Bokashi associated with Trichoderma got better control the incidence and severity of root rot in watermelon.

Made available in DSpace on 2017-07-10T18:01:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Edela M dos Santos Boufleuer.pdf: 1243031 bytes, checksum: 7e08e3f33bb967a1e04093cb724e3762 (MD5) Previous issue date: 2015-08-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The work aimed to characterize the bacterial diversity and profile of antimicrobial resistance in fish breeding with different densities. Water samples were collected in four points (amount, input, output, and downstream) of nurseries of three fish breeding, each composed of a different stocking density (4 fish by squared meter, 8 fish by squared meter, 10 fish by squared meter). The parameters analized to determine water quality were dissolved oxygen, temperature, water pH, electrical conductivity, phosphorus, ammonia, biochemical oxygen demand, chemical oxygen demand and organic matter. Heterotrophic mesophilic bacteria were isolated as well as their total amount was determined. Subsequently, the identification of isolated species was carried out and then subject ted to qualitative analysis of front resistance profile to seven commercial antibiotics. The set of physical and chemical variables were summarized in three main components by main component analysis. In the first main component (ammonia, phosphorus, organic matter, water temperature and dissolved oxygen), there was a greater amount in the breeding ground than what was expected, where as the dissolved oxygen was higher than downstream. The second main substance (nitrite) showed a difference if compared to the inside of the breeding grounds, being higher than downstream. The interaction between breeding sites and densities, as well as the main density effect were not significant in the first two components. The third component (electrical conductivity) varied significantly between the sites, making it possible to notice that the amount was lower, and it experienced a signify cant raise inside the breeding ground sand went on to an intermediate value downstream. Concerning the values of density, it was possible to realize that the electrical conductivity was higher in the tanks which had the highest concentration of fish. From the 407 that were isolated, 55 bacterial species were recognized and identified, being part of eleven different families. The Enterobacteriaceae family was the one that prevailed among the evaluated densities, followed by Alcaligenaceae. The stocking density of 4 fish by squared meter presented significant statistical differences, with lower frequence of families. A great amount of resistant bacteria was observed, and their resistance was mainly to ampicillin and erythromycin, while fewer than 15% of the isolated were resistant to chloramphenicol and gentamicin. Among the isolated that were analyzed, 96% showed multiple antimicrobial resistance index higher or equal 0,2. The intensification of systems promoted the increase of bacteria concentration, there wasn't relation to the physical and chemical variables was identified a variety of bacterial species and there was high rate of resistance and multidrug resistance to antimicrobials tested. / O trabalho teve o objetivo de caracterizar a diversidade bacteriana e o perfil de resistência a antimicrobianos em pisciculturas com diferentes densidades. Foram coletadas amostras de água em quatro pontos (montante, entrada, saída e jusante) de viveiros de três pisciculturas, cada uma composta por uma densidade de estocagem diferente (4 peixes/m2, 8 peixes/m2 e 10 peixes/m2). Os parâmetros analisados para qualidade da água foram oxigênio dissolvido, temperatura, pH, condutividade elétrica, pH, fósforo, amônia, demanda bioquímica de oxigênio (DBO), demanda química de oxigênio (DQO e matéria orgânica. Também foram isolados e feito a contagem total de bactérias mesófilas heterotróficas. Posteriormente, foi realizada a identificação das espécies isoladas, em seguida submetidas a análise qualitativa do perfil de resistência frente a sete antibióticos comercial. O conjunto de variáveis físicas e químicas foi sumarizado em 3 componentes principais pela análise de componentes principais (ACP). No primeiro componente principal (amônia, fósforo, matéria orgânica e temperatura da água e oxigênio dissolvido) foi identificado valores superiores dentro do viveiro, ao passo que o oxigênio dissolvido foi superior a jusante. O segundo componente principal (nitrito), apresentou diferença em relação ao interior dos viveiros, sendo superior a jusante. Interação entre locais e densidade, bem como efeito principal da densidade não foram significativos no dois primeiros componentes. Já o terceiro componente (condutividade elétrica) variou significativamente entre os locais, observando que foi inferior a montante, sofreu uma elevação significativa no interior dos viveiros e passou a um valor intermediário a jusante. Para as densidades, a condutividade elétrica foi superior nos tanques que apresentaram maiores concentrações de peixes. Dos 407 isolados, identificou-se 55 espécies bacterianas pertencentes a 11 famílias distintas. A família Enterobacteriaceae foi a que predominou dentre as densidades avaliadas, seguida da alcaligenaceae. A densidade de estocagem 4 peixes/m2 apresentou diferenças estatísticas significativa, com menor freqüência de famílias. Observou-se elevado número de bactérias resistentes principalmente à ampicilina e eritromicina, enquanto que menos de 15% dos isolados foram resistentes a gentamicina e cloranfenicol. Dentre os isolados analisados, 96% apresentaram índice de múltipla resistência a antimicrobianos (MAR) maior ou igual a 0,2. A intensificação dos sistemas promoveu o aumento da concentração bacterias, sem relação com as variáveis físicas e químicas, foi identificado uma diversidade de espécies bacterianas e houve alto índice de resistência e multirresistência aos antimicrobianos testados.

Made available in DSpace on 2017-07-10T19:23:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alexandre_ Carvalho de Moura.pdf: 1339346 bytes, checksum: c6c44c93413060ef90d9799424d1bb5d (MD5) Previous issue date: 2015-02-24 / wastewater use in agricultural soils has been adapted as an important pratice for agriculture. Due to the reduction of the availability of the quality of water resources is becoming increasingly important to add value to the use of water. The swine wastewater is rich in organic matter, composed of various elements of chemical origin, physical and biological. Its addition in soil and water resources without previous studies and knowledge of its components, can cause changes in the soil, contamination of surface and groundwater, biology changes in these environments, as well as the contribution and accumulation of groups of microorganisms in the environment, including pathogens. Most studies on swine wastewater, mainly in Brazil, are restricted to its physical and chemical components, evaluating its impact directly on the ground, water bodies or in plant productivity. Few studies focus on the microbial composition of this type of waste and especially on the risk of environmental contamination by pathogenic microorganisms or even on the impact of this element in the soil microbial community. Thus these animal manure may have an important role as initiators of infectious diseases in animals and humans. Thus, this thesis consists of two papers. In the first article, a study was done to check the bacterial composition present in swine wastewater, and to verify the possibility of eliminating these microorganisms through the main anaerobic treatment systems used in Brazil. It was evaluated in particular pathogenic microorganisms of gastrointestinal origin of the pigs and microbial environmental markers. The wastewater samples were taken from pig farms that use bio-manure storage tanks and digesters as treatment methods for the waste. The results clearly showed the presence of biomarkers and pathogens in swine wastewater. Despite the possibility of decrease of certain microbial groups throughout the stages of the treatment process, no elimination of pathogens in either treatment systems. Thus, demonstrates the possibility of the spread of pathogens and microorganisms in the environment. In the second paper, the objective was to evaluate the effect of application of swine wastewater associated with mineral fertilizer in agriculture, after a long time of application of swine wastewater in the soil microbial community. Thus, samples were collected from soils after 18 production culture cycles, with the application of wastewater from pig farms and assessed the quantitative effects (basal respiration, microbial biomass and metabolic quotient) and qualitative (DGGE, biodiversity indices, correlation between the chemical conditions and soil microbial activity) in the soil microbial community. The results showed that the application of swine wastewater, especially after long time and in higher concentrations, can change the dynamics of soil microbial community, impacting the dump site. The results of these studies show the need for further studies to apply this type of waste in agricultural soils, in order to minimize the risk of environmental contamination and/ or spread of pathogens. / A utilização de água residuária em solos agrícolas vem sendo praticada como importante opção para agricultura. Devido à redução na disponibilidade de recursos hídricos, a reutilização de água residuária vem ganhando espaço na agricultura com a agregação de valor para o uso de água. A água residuária da suinocultura é rica em matéria orgânica, composta por diferentes elementos de origem química, física e biológica. Sua adição no solo e recursos hídricos, sem estudos prévios e conhecimento de seus componentes, pode provocar contaminação de águas superficiais e subterrâneas, alterações da biologia destes ambientes, bem como o aporte e acúmulo de grupos de microrganismos no ambiente, incluindo patógenos. A maior parte dos estudos sobre água residuária da suinocultura, principalmente no Brasil, se restringe aos seus componentes físicos e químicos, avaliando seu impacto diretamente sobre o solo, corpos d´agua ou na produtividade vegetal. Poucos estudos se concentram na composição microbiana deste tipo de resíduo e principalmente sobre o risco de contaminação ambiental por microrganismos patogênicos ou mesmo sobre o impacto deste elemento na comunidade microbiana do solo. Desta forma estes dejetos animais podem apresentar importante papel como iniciadores de doenças infecciosas em animais e seres humanos. Este trabalho de tese é constituído de dois artigos. No primeiro artigo, foi feito um estudo para verificar a composição bacteriana presente na água residuária da suinocultura, bem como verificar a possibilidade de eliminação destes microrganismos através dos principais sistemas de tratamento anaeróbicos utilizados no Brasil. Foram avaliados em especial os microrganismos patogênicos, de origem gastrointestinal dos suínos e bioindicadores microbianos. As amostras de água residuária utilizadas foram provenientes de granjas que utilizavam de sistemas anaeróbicos com esterqueiras e biodigestores no tratamento do resíduo. Os resultados obtidos mostraram claramente a presença de coliformes, mesofilos aeróbios, bolores e leveduras, enterococos e patógenos na água residuária da suinocultura. Apesar da possibilidade de decréscimo de determinados grupos microbianos ao longo das etapas dos processos de tratamento, não houve eliminação de patógenos em nenhum dos dois sistemas de tratamento, o que pode possibilitar a disseminação de microrganismos e patogenos no meio ambiente. No segundo artigo, o objetivo foi avaliar o efeito da aplicação da água residuária da suinocultura associada a adubação mineral, em área agrícola, após longo tempo de aplicação, na comunidade bacteriana do solo. Assim, foram coletadas amostras de solo com 18 ciclos de produção, com aplicação de água residuária de suinocultura e avaliados os efeitos quantitativos (respiração basal, biomassa microbiana e quociente metabólico) e qualitativos (DGGE) na comunidade bacteriana do solo. Os resultados mostraram que a aplicação de água residuária da suinocultura, principalmente após longo tempo e em concentrações maiores, pode alterar a dinâmica da comunidade bacteriana do solo, impactando no local de despejo. Os resultados dos artigos mostram a necessidade de maiores estudos para aplicação deste tipo de resíduo na agricultura, a fim de minimizar os riscos de contaminação ambiental e ou disseminação de patógenos.

O objetivo geral do estudo foi avaliar os fatores de risco associados com práticas de manejo e a qualidade higiênica do leite cru, e caracterizar o nível de conhecimento e opiniões de produtores de leite sobre controle de mastite e qualidade do leite. Os objetivos específicos foram avaliar os fatores de risco associados com a qualidade higiênica do leite, determinar o efeito do tipo de agente causador de mastite sobre a qualidade do leite cru, e avaliar a associação entre o nível de conhecimento dos produtores e a contagem de células somáticas (CCS) do leite de tanque. O presente estudo foi dividido em três experimentos. No experimento 1, para avaliação de práticas de manejo associadas à qualidade higiênica do leite cru em rebanhos leiteiros, foram selecionados 120 rebanhos de acordo com a média geométrica da contagem bacteriana total (CBT) de 10 amostras de leite/ rebanho coletadas durante dois meses consecutivos, para compor dois grupos: 60 com alta CBT (1,11x104 UFC/mL) e 60 com baixa CBT (4,4x103 UFC/mL). Após a seleção, amostras de leite foram coletadas uma vez por semana durante dois meses para determinação da CBT, contagem do leite com incubação preliminar (CIP), contagem do leite pasteurizado (CLP), contagem de coliformes (CC), CCS e de concentrações de gordura, proteína e sólidos totais. Após a realização das análises, 63 rebanhos foram selecionados e visitados para aplicação de questionário sobre: a) informações gerais de manejo do rebanho; b) manejo de ordenha; c) procedimentos de limpeza de equipamento de ordenha e utensílios; d) programa de controle da mastite; e) condições de limpeza do úbere. Para o experimento 2, o nível de conhecimento e as opiniões dos produtores de leite sobre mastite e qualidade do leite, foram avaliados em 63 rebanhos selecionados e distribuídos de acordo com as médias geométricas da CCS (8 coletas semanais consecutivas durante dois meses) em três grupos: a) baixa CCS: ≤ 250.000 céls/mL(n = 16); b) média CCS: >250.000 ≤ 400.000 céls/mL (n = 24); c) alta CCS: > 400.000 céls/mL(n = 23). Nos rebanhos selecionados, foram aplicados questionários aos responsáveis pelo manejo do rebanho, com questões sobre: características socioeconômicas, conhecimentos a respeito de CCS, CBT e mastite e comportamentos dos produtores com relação a práticas de prevenção da mastite. No experimento 3, para avaliação da associação entre patógenos causadores de mastite e qualidade do leite, foram selecionados 90 rebanhos com base na CCS do tanque de 10 amostras/ rebanho coletadas durante dois meses consecutivos, para compor os seguintes grupos: a) ≤ 250.000 céls/mL (n = 30); b) >250.000 ≤ 600.000 céls/mL (n = 30); c) >600.000 céls/mL (n = 30). As amostras do leite de tanque foram coletadas, a cada 15 dias por um período de 3 meses, para determinação da contagem de Staphylococcus aureus, contagem de Streptococcus agalactiae, contagem de estafilococos coagulase-negativa, contagem de estreptococos ambientais, contagem de Escherichia coli, contagem de coliformes totais, CBT, CCS e de concentrações de gordura, proteína e sólidos totais. A alta quantidade de matéria orgânica presente na válvula de saída do tanque de expansão é um fator de risco para a qualidade higiênica do leite cru; o uso do desinfetante de tetos pré e pós-ordenha são práticas de manejo que reduzem a contagem dos principais indicadores de qualidade higiênica do leite e a prática de ordenha com o bezerro ao pé da vaca está associada ao aumento de CBT, CIP e CC. Outros fatores socioeconômicos como ter o leite como principal atividade econômica na propriedade, o tipo de ordenha utilizada no rebanho, o uso de métodos para detecção de mastite e o conhecimento das exigências legais de CCS e CBT foram fatores associados à CCS do leite de tanque. Adicionalmente, altas contagens de Streptococcus agalactiae reduzem a qualidade do leite de tanque por estarem correlacionadas com o aumento de CCS. / The overall objectve of this study was to evaluate risk factors associated with management practices and hygienic raw milk quality, and to caracterize the farmer\'s knowledge and opinions about mastitis control and milk quality. The specific objectives were to evaluate the risk factors associated with hygienic milk quality, to determine the effect of mastitis pathogens on raw milk quality and to assess the association between framers knowledge about mastitis control and somatic cell count (SCC) of bulk tank. Therefore, we proposed three experiments. For experiment 1, to evaluate management practices associated with hygienic quality of raw milk in dairy farms, 120 dairy herds were selected according to the geometric mean of the total bacterial count (TBC) from 10 milk samples collected during two consecutive months, which were distributed in two groups: high TBC (1.11 x104 CFU / mL, n = 60) and low TBC (4.4 x103 CFU / mL, n = 60). After selection of herds, milk samples were collected weekly for two months to perform analyzes of TBC, preliminary incubation count (PIC), laboratory pasteurization count (LPC), coliform count (CC), somatic cell count (SCC) and fat, protein and total solids concentrations. After laboratory analysis, 63 herds were visited for on-farm data collection by a questionnaire about: a) general aspects of farm management; b) milking management; c) milking equipment and utensils cleaning procedures; d) mastitis control; e) udder cleaning conditions. For experiment 2, to evaluate the knowledge and opinions of dairy farmers about mastitis control and milk quality, 63 herds were selected and distributed according to geometric means of SCC (8 weekly milk sampling during two consecutive months) into three groups: a) low SCC: ≤ 250,000 cells / mL (n = 16); b) medium SCC: >250,000 ≤ 400,000 cells / mL (n = 24); c) high SCC:> 400,000 cells / mL (n = 23). Previously formulated questionnaires were submitted to the herd manager, with questions about the following topics: socioeconomic characteristics, knowledge about SCC, TBC, mastitis and mastitis prevention practices. For experiment 3, to evaluate the association between mastitis pathogens, SCC and TBC, 90 herds were selected based on the SCC of 10 milk samples collected during two consecutive months, to compose the following groups: a) ≤ 250,000 cells / mL (n = 30), b) >250,000 ≤ 600,000 cells / mL (n = 30), c)> 600,000 cells / mL (n = 30). Bulk Tank milk samples were collected every 15 days for a period of three months, for Staphylococcus aureus count, Streptococcus agalactiae count, coagulase-negative staphylococci count, environmental streptococci count, Escherichia coli count, coliform count, TBC, SCC and fat, protein and total solids concentrations. The high amount of organic matter in the bulk tank outlet valve is a risk factor for the raw milk hygienic quality, the use of pre and post teat dipping is associated with a reduction of major indicators of raw milk hygienic quality and the presence of suckling calves before milking was associated with increased TBC, PIC and CC. Other social and economical factors, such as the milk as main economic activity in the farm, type of milking procedures used, the use of methods for mastitis detection and knowledge about legal requirements for SCC and TBC were correlated with CCS in bulk tank milk. Additionally, high Streptococcus agalactiae counts is associated with reduced bulk tank milk quality because of increased SCC.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-24T19:12:52Z No. of bitstreams: 1 jessicadoamaralbastos.pdf: 1006529 bytes, checksum: b3c22bd9504dc4480527e616b99836a2 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-27T17:56:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 jessicadoamaralbastos.pdf: 1006529 bytes, checksum: b3c22bd9504dc4480527e616b99836a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-27T17:56:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 jessicadoamaralbastos.pdf: 1006529 bytes, checksum: b3c22bd9504dc4480527e616b99836a2 (MD5) Previous issue date: 2009-08-03 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Periodontite crônica (PC) é uma doença inflamatória causada por bactérias Gram negativas que causam destruição dos tecidos de suporte do dente e tem sido considerada fator de risco não tradicional para a doença renal crônica (DRC). No presente estudo, realizado em portadores de PC, a frequência dos principais patógenos periodontais identificados em pacientes com DRC foi comparada com os detectados em indivíduos sem doença sistêmica. Foram avaliados 19 indivíduos com PC e sem evidências de doença sistêmica (grupo controle), 25 pacientes com PC e com DRC em estágio pré-dialítico (grupo pré-diálise) e 22 pacientes com PC e DRC em terapia renal substitutiva (grupo TRS). A gravidade da PC baseou-se na profundidade de sondagem (PS) e no nível de inserção clínica (NIC). O estadiamento da DRC baseou-se nos critérios do Kidney Disease Outcome Quality Initiative. A filtração glomerular (FG) foi estimada pela equação do Modified Diet in Renal Disease e a identificação dos microrganismos na placa subgengival foi realizada pela técnica de reação em cadeia da polimerase. Entre os microrganismos identificados, a C. albicans e P. gingivalis foram mais frequentes, respectivamente, nos pacientes em TRS (72,7% e 100%) e pré-diálise (52% e 94,7%) do que nos pacientes sem doença sistêmica (26,3% e 72,2% ), p< 0,05. Nos pacientes com PC e DRC, tanto nos estágios pré-dialíticos quanto em TRS, a presença de P.gingivalis, T.denticola e C. albicans se associou com níveis mais elevados de NIC comparativamente aos indivíduos sem doenças sistêmicas. Também observou-se maior gravidade da PC nos pacientes com DRC tanto nos estágios pré-dialíticos quando sujeito a tratamento dialítico. Nos pacientes com DRC, a PC é mais grave e se associa com maior frequência de C. albicans e P.gingivalis. / Chronic periodontitis (CP) is a destructive inflammatory disease of the supporting tissues of the teeth caused by Gram-negative bacterias and has been considered as a non traditional risk factor for chronic kidney disease (CKD). In this study, done in patients with CP, the frequency of the main periodontal pathogens were compared in patients with CKD and health individuals. Material and Methods: Ninetheen with no evidence of systemic disease (control group) with CP, 25 patients with CP and CKD not yet on dialysis (pre-dialysis group), and 22 patients with CP and CKD on dialysis (RRT group) were studied. The severity of the CP was based on probing pocket depth (PPD) and clinical attachment level (CAL). CKD was defined and staged as recommended by Kidney Disease Outcome and Quality Initiative. The glomerular filtration rate was estimated with the equation of Modified Diet in Renal Disease. The polymerase chain reaction was used in the identification of oral microrganisms. Candida albicans and Porphyromonas gingivalis were more frequently identified in patients with CP and CKD in RRT (72,7% and 100%) and in the pre-dialysis stages (52% and 94,7%) than in health individuals (26,3% and 72,2%) (p <0,05). In patients with elevated CP and CKD, in the pre-dialysis and RRT groups, the presence of P.gingivalis, T.denticola e C. albicans was associated with elevated index of CAL measurements comparing to the individuals without no evidence of systemic disease. It was also observed that the CP was more severe in the CKD patients than in the health controls. In patients with CKD, the CP is more severe and is due more frequently to Candida albicans and Porphyromonas gingivalis.

El gen OCP3 codifica un factor de transcripción de la familia Homeobox. En trabajos anteriores se ha demostrado que la pérdida de función de este gen en Arabidopsis thaliana causa un notable incremento de la resistencia a infecciones por hongos necrotrofos como Botrytis cinerea o Plectosphaerella cucumerina. Además esa resistencia es dependiente de la correcta señalización mediada por ácido jasmónico (JA), una de las fitohormonas más ampliamente relacionadas con el establecimiento de las respuestas defensivas en plantas junto con el ácido salicílico (SA). A través del balance entre las señalizaciones de estos dos reguladores (JA y SA), la planta es capaz de disparar la respuesta defensiva más apropiada dependiendo del tipo de patógeno que la ataca. Así pues, el estudio de las interrelaciones entre JA y SA y los componentes que transducen las respectivas señales es de gran utilidad para desentramar la compleja red de regulación que compone la respuesta inmune de las plantas. Mediante el estudio de dobles mutantes, se ha demostrado un nuevo papel de OCP3 en la interconexión entre SA y JA en respuesta a Pseudomonas syringae e Hyaloperonospora arabidopsidis, dos patógenos de tipo biotrofo. Además se propone a OCP3 como un nuevo componente de la denominada Resistencia Sistémica Inducida (ISR). Existe cierto grado de solapamiento entre las respuestas de las plantas frente a estreses bióticos y abióticos. La identificación de los componentes comunes a estas dos rutas es de gran valor para conocer cómo las plantas se adaptan ante situaciones de estrés diferentes. Mediante un rastreo por doble híbrido en levadura, se identificaron cuatro proteínas que interaccionan con OCP3. Todas ellas están implicadas en la señalización mediada por ABA, una fitohormona que regula, entre otros procesos, la respuesta frente al estrés hídrico. En el presente trabajo se aportan numerosas evidencias que indican que OCP3 regula el cierre estomático promovido por ABA, y con ello la tolerancia a / Ramirez Garcia, V. (2008). Análisis funcional del gen OCP3 [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/4683 / Palancia

[ES] De entre los patógenos emergentes presentes en agua, las bacterias del género Helicobacter son de las más alarmantes, ya que se encuentran directamente relacionadas con el cáncer gástrico y hepatobiliar y su epidemiología aún no está clara. Se ha planteado que H. pylori puede ser adquirida por diferentes vías de transmisión, entre las que se destaca el agua. Se ha demostrado su capacidad de supervivencia frente a los tratamientos comunes de desinfección de aguas. Por todo ello, en esta tesis se ha investigado la presencia de células viables, y por tanto infectivas, de H. pylori en aguas potables y de riego, mediante la mejora y la optimización de técnicas de cultivo y moleculares. Este trabajo se inició con la búsqueda de un medio de cultivo óptimo. Se obtuvieron resultados muy positivos con el medio de cultivo Agar Dent con sulfato de polimixina B, independientemente del origen de la muestra. Seguidamente, se desarrolló un método de pre-tratamiento con Propidium Monoazide y PEMAXTM para la detección y cuantificación de células de H. pylori viables, por PCR. Se confirmó que el PMA a una concentración de 50 µM y un periodo de incubación de 5 minutos sería la metodología óptima de tratamiento antes del análisis mediante qPCR. A continuación, se analizaron 20 muestras de agua residual. Mediante la técnica de cultivo, fue posible la detección de 4 colonias sospechosas de Helicobacter spp. y H. pylori, cuya identificación fue confirmada mediante amplificación y posterior secuenciación. La técnica DVC-FISH indico la presencia de células viables de Helicobacter spp. en 15 (75%) de las muestras. Respecto a la detección de células de H. pylori, mediante DVC-FISH y FISH, estos microorganismos se observaron en 10 (50%) y 11 (55%) de las 20 muestras analizadas, respectivamente. La técnica qPCR determino la presencia de H. pylori en las muestras, con un porcentaje de detección del 60%. Finalmente, mediante metagenómica de secuenciación dirigida, se analizó el microbioma de 16 muestras de aguas residuales. Los filos dominantes de las muestras analizadas fueron Proteobacteria, seguido de Bacteroidetes y Firmicutes. H. pylori se detectó en 6 muestras de aguas residuales. Además, se detectaron otras especies de Helicobacter spp., como H. hepaticus, H. pullorum y H. suis. Igualmente, mediante PCR se identificó el gen cagA en 5 muestras de agua residual y una de agua potable. Respecto el genotipo vacAs1, se observó en 4 muestras de agua residual; el genotipo vacAm1, se identificó en una muestra de agua potable y 2 de agua de riego. En las biopelículas analizadas, 2 fueron positivas para el tipo vacAm1, y otros dos para el gen de resistencia pbp1A. Del mismo modo se analizaron 45 muestras de heces. No se observaron colonias sospechosas en Agar Dent selectivo. Mediante qPCR se evidenció H. pylori en 41 muestras (45,56%). Fue posible cuantificar 10 muestras directas y 18 enriquecidas, con concentraciones entre 3,39*103 y 2,61*103 UG/mL, las restantes presentaban niveles superiores al umbral de fiabilidad (>35 ciclos). Por DVC-FISH se observaron células viables de H. pylori en 26 (57,78%) de las 45 muestras directas. La identificación de mutaciones en el 23S rDNA, de la resistencia a la claritromicina, mostro que el 37,79% de las muestras de heces presentaban células de H. pylori potencialmente resistentes. Mediante secuenciación dirigida y posterior análisis bioinformático se identificó H. pylori en 13 muestras directas y 13 muestras enriquecidas, y otras especies como H. hepaticus y H. pullorum. Por último, se evaluó la capacidad de H. pylori para formar biopelículas y su resistencia frente a los tratamientos comunes de desinfección. Se analizaron 27 biopelículas procedentes del sistema de distribución de agua potable para detectar la presencia de H. pylori mediante qPCR. El porcentaje de detección fue del 23%, siendo posible la cuantificación en 5 muestras, con concentraciones entre 7,32*101 y 1,16*101 unidades genómicas/mL. Los resultados obtenidos en esta Tesis confirman la existencia de células viables de H. pylori y otros Helicobacter spp. en aguas residuales tras su tratamiento, lo que significa un riesgo potencial para la Salud Pública. De igual forma se demuesta su presencia en muestras de heces, proporcionando un punto de partida para el estudio del riesgo que puede suponer para el ser humano la trasmisión fecal-oral de estas especies. Este trabajo también demuestra la capacidad de H. pylori de formar biopelículas y su resistencia frente a tratamientos comunes de desinfección y confirma su existencia en sistemas de distribución de agua potable. / [CAT] D'entre tots els patògens emergents presents en aigua, els bacteris del gènere Helicobacter són dels més alarmants, ja que es troben directament relacionats amb el càncer gàstric i hepatobiliar i la seua epidemiologia encara no és clara. S'ha plantejat que H. pylori es pot transmetre per diferents vies de transmissió, entre les quals destaca l¿aigua. S'ha demostrat la seua capacitat de supervivència enfront dels tractaments comuns de desinfecció d'aigües. Per tant, en aquesta tesi s'ha investigat la presència de cèl·lules viables, i per tant infectives, d' H. pylori en aigües potables i de reg, mitjançant la millora i l'optimització de tècniques de cultiu i moleculars. Aquest treball es va iniciar amb la cerca d'un cultiu òptim. Es van obtenir resultats molt positius amb el mitjà de cultiu Agar Dent amb sulfat de polimixina B, independentment de l'origen de la mostra. Seguidament, es va desenvolupar un mètode de pretractament amb Propidium Monoazide i PEMAXTM per a la detecció i quantificació exclusiva de cèl·lules d' H. pylori viables per PCR. Es va confirmar que el PMA a una concentració de 50 µM i un període d'incubació de 5 minuts seria la metodologia òptima de tractament abans de l'anàlisi mitjançant qPCR. A continuació, es van analitzar 20 mostres d'aigua residual. Mitjançant la tècnica de cultiu, va ser possible la detecció de 4 colònies sospitoses d' Helicobacter spp. i H. pylori, la identificació de la qual va ser confirmada mitjançant amplificació i posterior seqüenciació. La tècnica DVC-FISH va demostrar la presència de cèl·lules viables d' Helicobacter spp. en 15 (75%) de les mostres, sense necessitat d'un pas previ d'enriquiment. Respecte a la detecció de cèl·lules d' H. pylori, mitjançant DVC-FISH i FISH, aquests microorganismes es van observar en 10 (50%) i 11 (55%) de les 20 mostres analitzades, respectivament. La tècnica qPCR determinà la presència d' H. pylori a les mostres amb un percentatge de detecció del 60%. Finalment, mitjançant metagenòmica de seqüenciació dirigida, es va analitzar el microbioma de 16 mostres d'aigües residuals. Els talls dominants de les mostres analitzades van ser Proteobacteria, seguit de Bacteroidetes i Firmicutes. H. pylori es va detectar mitjançant aquesta tècnica en 6 mostres d'aigües residuals. A més, es van detectar altres espècies d' Helicobacter spp., com H. hepaticus, H. pullorum i H. suis. Igualment mediant PCR es va identificar el gen cagA en 5 mostres d'aigua residual i una d'aigua potable. Respecte al genotip vacAs1, es va observar en 4 mostres d'aigua residual; el genotip vacAm1, es va identificar en una mostra d'aigua potable i 2 d'aigua de reg. En les biopel·lícules analitzades, 2 van ser positives per al tipus vacAm1, i altres dos per al gen de resistència pbp1A. De la mateixa manera es van analitzar 45 mostres de femta. No es van observar colònies sospitoses en Agar Dent selectiu. Mitjançant la tècnica qPCR es va demostrar la presència d'H. pylori en 41 mostres (45,56%). Va ser possible quantificar 10 mostres directes i 18 enriquides, amb concentracions d'entre 3,39*103 i 2,61*103 UG/ml, les restants presentaven nivells per damunt del llindar de fiabilitat (>35 cicles). Mitjançant DVC-FISH es van observar cèl·lules viables d' H. pylori en 26 (57,78%) de les 45 mostres directes. La detecció de mutacions en el 23S rDNA, específiques de la resistència a la claritromicina, va indicar que el 37,79% de les mostres de femta presentaven cèl·lules d' H. pylori potencialment resistents. Mitjançant seqüenciació dirigida i posterior anàlisi bioinformàtica es va identificar H. pylori en 13 mostres directes i 13 mostres enriquides, i altres espècies com H. hepaticus i H. pullorum. Finalment, es va avaluar la capacitat d' H. pylori per a formar biopel·lícules i la seua resistència enfront dels tractaments comuns de desinfecció. Es van analitzar 27 biopel·lícules procedents del sistema de distribució d'aigua potable per a detectar la presència d' H. pylori mitjançant qPCR. El percentatge de detecció va ser del 23%, sent possible la quantificació en 5 mostres corresponents a concentracions d’entre 7,32*101 i 1,16*101 unitats genòmiques/ml. Els resultats obtinguts en aquesta Tesi confirmen la presència de cèl·lules viables d' H. pylori i altres Helicobacter spp. en aigües residuals després del seu tractament, la qual cosa suposa un risc potencial per a la Salut Pública. D'igual forma, s'evidencia la seua presència en mostres de femta, proporcionant un punt de partida per a l'estudi del risc que la transmissió fecal-oral d'aquestes espècies pugui suposar per als humans. Aquest treball també demostra la capacitat d' H. pylori de formar biopel·lícules i la seua resistència enfront als tractaments comuns de desinfecció, i confirma la seua presència en sistemes de distribució d'aigua potable. / [EN] Among all the emergent pathogens in water, bacteria of the Helicobacter genus are among the most disturbing, as they are directly related to gastric and hepatobiliary cancer and their epidemiology is still unclear. It has been suggested that H. pylori can be acquired through different transmission routes, among which water stands out. Its ability to survive against common water disinfection treatments has been demonstrated. In addition, H. pylori can form insoluble biofilms, which favors its resistance to the different disinfection and potabilization treatments. Therefore, in this thesis has investigated the presence of viable cells, and therefore potentially infective, of H. pylori in drinking and irrigation waters, through the improvement and optimization of culture and molecular techniques. This work began with the development of an optimal culture medium. Positive results were obtained with the culture medium Agar Dent with polymyxin B sulfate. Subsequently, a pretreatment method with Propidium Monoazide and PEMAXTM was developed for the exclusive detection and quantification of viable H. pylori cells by PCR. It was confirmed that PMA at a concentration of 50 µM and an incubation period of 5 minutes, would be the optimal treatment methodology before analysis by qPCR. A total of 20 wastewater samples, aseptically collected at the outlet of the biological reactor and after disinfection treatment, were then analyzed. Using the culture technique, it was possible to detect 4 suspicious colonies of Helicobacter spp. and H. pylori, whose identification was confirmed by amplification and subsequent sequencing. DVC-FISH technique demonstrated the presence of viable Helicobacter spp. cells in 15 (75%) of the samples. Regarding the detection of H. pylori cells, by DVC-FISH and FISH, these microorganisms were observed in 10 (50%) and 11 (55%) of the 20 samples analyzed, respectively. The qPCR technique determined the presence of H. pylori in the samples with a detection rate of 60%. Finally, using deep-amplicon sequencing, the microbiome of 16 wastewater samples was analyzed. The dominant phylum in the samples analyzed were Proteobacteria, followed by Bacteroidetes and Firmicutes. H. pylori was detected by this technique in 6 wastewater samples. In addition, others Helicobacter spp., such as H. hepaticus, H. pullorum and H. suis were detected. PCR technique was used to identify the cagA gene in 5 wastewater samples and one drinking water sample. Regarding the vacAs1 genotype, it was observed in 4 samples of wastewater; the vacAm1 genotype, was identified in one drinking water sample and 2 irrigation water samples. In the biofilms analyzed, 2 were positive for the vacAm1 type, and two for the resistance gene pbp1A. Likewise, 45 stool samples were analyzed. No suspicious colonies were observed on selective Dent Agar. The qPCR technique demonstrated the presence of H. pylori in 41 samples (45.56%). It was possible to quantify 10 direct samples and 18 enriched samples, with concentrations between 3.39*103 and 2.61*103 GU/mL, the remaining samples had levels above the reliability threshold (>35 cycles). DVC-FISH showed viable H. pylori cells in 26 (57.78%) of the 45 direct samples. Detection of 23S rDNA mutations specific for clarithromycin resistance indicated that 37.79% of stool samples had potentially resistant H. pylori cells. Through Deep-amplicon sequencing and subsequent bioinformatics analysis, H. pylori was identified in 13 direct samples and 13 enriched samples, as well as other species such as H. hepaticus and H. pullorum. Finally, the ability of H. pylori to form biofilms and their resistance to common disinfection treatments was evaluated. Twenty-seven biofilms from the drinking water distribution system were also tested for the presence of H. pylori by qPCR. The detection rate was 23%, being possible the quantification in 5 samples corresponding to concentrations between 7.32*101 and 1.16*101 GU/mL. / Esta Tesis Doctoral ha sido posible gracias a las ayudas de carácter predoctoral: “Ayuda de conselleria para la contratación de personal investigador en formación -Irene Hortelano Martin (determinación del riesgo para el consumidor de la presencia de H. pylori y otros helicobacters patógenos en aguas de consumo mediante técnicas moleculares y metagenómica) (ACIF/2016/150) Generalitat Valenciana (2016-2019). Y a la financiación de los proyectos: “Helicobacter pylori y otros helicobacters patógenos en aguas y alimento: Desarrollo y aplicación de herramientas moleculares dirigidas a la evaluación del riesgo para el consumidor (REF. AGL2014-53875-R)”. Ministerio de Economía y Competitividad, España. “Determinación del riesgo para la salud pública debido a la presencia de H. pylori en agua y alimentos: Detección (AICO/2018/273)”. Generalitat Valenciana (2018-2020). / Hortelano Martín, I. (2021). Determinación del riesgo para el consumidor de la presencia de H. pylori y otros Helicobacter spp. patógenos en aguas de consumo mediante técnicas moleculares y metagenómica [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/178942 / TESIS

A cana-de-açúcar, é atualmente a cultura mais plantada no estado de São Paulo, apresentando grande importância no setor agrícola. Assim como qualquer outra cultura, é hospedeira de uma série de patógenos que podem limitar sua produção. A bactéria fastidiosa Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) é o agente causal do raquistismo-das-soqueiras (RSD) em canade- açúcar cujo o principal sintoma é a redução acentuada do crescimento observada em plantas adultas. Essa doença é de difícil diagnose pois a evolução dos sintomas é lenta devido à natureza fastidiosa da bactéria. Lxx pode ser considerada como um endófíto obrigatório que cresce a níveis patogênicos nos tecidos da planta dependendo de estímulos bióticos e abióticos. Devido à importância da cultura e aos danosoCasionados pela Lxx, este trabalho apresentou dois enfoques principais: o primeiro foi o desenvolvimento de um protocolo para quantificação de Lxx em tecido de cana-de-açúcar por meio da técnica de PCR quantitativo em tempo real; o segundo foi o estudo da interação entre cana-de-açúcar e Lxx, em busca de uma melhor compreensão da evolução desse processo através da identificação de proteínas que apresentaram alteração em abundância ao longo do tempo em função da colonização pela bactéria em duas variedades de cana (RB835486 e SP80-3280) e em seguida enfatizando o sistema antioxidante nesta relação. Para isso, foram desenvolvidos primers específicos para detecção de Lxx que permitiram quantificar baixos níveis bacterianos em tecido foliar, revelando diferenças entre variedades segundo a cinética do crescimento bacteriano. Plantas com diferentes títulos bacterianos obtidas mediante inoculação artificial ou não foram submetidas à análise proteômica por meio da técnica de 2D-DIGE, uma vez que para o RSD, os danos estão relacionados à alta colonização de Lxx em seus tecidos. Os resultados alcançados com o sequenciamento de proteínas que apresentaram alteração em abundância revelaram que, em plantas da variedade RB835486 observou-se repressão de proteínas da via de estresse oxidativo e metabolismo primário, em contraste com a variedade SP80-3280, que apresentou aumento da abundância de proteínas relacionadas à via de estresse oxidativo, ambas para o mesmo tratamento, em plantas não inoculadas artificialmente. Já em plantas inoculadas com Lxx foram identificadas alteração na abundância de proteínas relacionadas ao crescimento da planta, ciclo celular, vias de sinalização celular e hormonal, esses resultados são consistentes com o principal sintoma da doença, o raquitismo, pois indica que as alterações temporais observadas na expressão de proteínas relacionadas com o aumento do título de Lxx in planta podem resultar em alterações do equilíbrio hormonal e menor crescimento da planta. Alguns resultados observados com a análise bioquímica corroboram com os dados acima descritos, pois a variedade RB835486 apresentou uma resposta precoce ao estresse oxidativo e mostrou maior controle do crescimento bacteriano, o que pode estar relacionado ao balanço de ERO\'s (espécies reativas de oxigênio) utilizadas pelo metabolismo como sinalizador celular na interação planta-patógeno. Em contraste, a variedade SP80-3280, em sua maioria, apresentou indução da atividade de enzimas antioxidantes mais tardiamente, momento em que a bactéria Lxx apresentou os maiores títulos de crescimento. / Sugarcane is currently the most grown crop in the state of São Paulo, with great importance in the agricultural sector. Like every crop, sugarcane is host to a number of pathogens that may limit its production. The fastidious bacterium Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) is the causal agent of ratoon stunting in sugarcane (RSD), which the main symptom is a sharp reduction in growth observed in adult plants, this disease is difficult to diagnose because the evolution is slow due to nature of fastidious bacteria. Lxx can be considered as an obligatory endophyte that grows at pathogen levels in plant tissues depending on biotic and abiotic stimuli. Due to the importance of culture and the damage caused by the Lxx, this work presents two main approaches: the first one was the development of a protocol for the quantification of Lxx in sugarcane tissue by quantitative real time PCR; the second one was to study the interaction between sugarcane and Leifsonia xyli subsp. xyli aiming to a better understanding of the evolution of this process, identifying alterations in abundance of proteins over time depending on the bacterial colonization in the two varieties of sugarcane (RB835486 and SP80-3280) and then, emphasizing the antioxidant system in this relationship. Thus, we developed specific primers that enabled Lxx quantification at low bacterial levels in leaf tissue. The assay showed differences among sugarcane varieties according to the kinetics of bacterial growth. Plants that presented different titers of bacteria were obtained by artificial inoculum or not were selected to proteomic analysis by 2D-DIGE technique, since for RSD, the damage is related to high colonization in plant tissues. The identification of sugarcane proteins revealed that for variety RB835486 were observed a repression of stress proteins and proteins related to primary metabolism, in contrast with SP80-3280 variety, which it was identified high abundance of proteins of oxidative stress pathway, in not inoculated plants, for both varieties. However in inoculated plants it was identified a change in the abundance of proteins related to plant growth, cell cycle, cell signaling and hormonal pathways. These results corroborate with the main symptom of the disease, ratton, and suggest that temporal changes in expression of sugarcane cited proteins by increasing title of Lxx can result in hormonal imbalance and the decrease of plant growth. The major part of biochemistry analyzes corroborate with previous data obtained in proteomic approach. The RB835486 variety showed an early response to oxidative stress and suggests a greater control of bacterial growth in its tissues, which may be related to the balance of ERO\'s in signaling metabolism in plant pathogen interaction. While the SP80-3280, showed a later induction of antioxidant enzymes, when the bacterium Lxx had the highest titer of bacteria.

A citricultura destaca-se dentro do agronegócio brasileiro gerando dividendos diretos com exportações e empregos, e indiretos com arrecadação de impostos. No entanto, ainda padece com problemas fitossanitários, com destaque para o HLB (Huanglongbing, HLB, ex-greening), que nos últimos dez anos tem dizimado pomares e provocado o abandono da cultura por muitos produtores. Causada no Brasil pelas bactérias Candidatus Liberibacter asiaticus e Ca. Liberibacter americanus, é uma doença sistêmica, restrita aos vasos do floema, e induz ao aparecimento de sintomas semelhantes àqueles causados por deficiência de nutrientes em folhas e ramos, frutos com tamanhos reduzidos e assimétricos e coloração amarelada das plantas, tornando-as economicamente inviáveis. A transmissão da doença acontece naturalmente pelo inseto Diaphorina citri, e artificialmente por meio de borbulhas contaminadas. Todas as variedades de citros e rutáceas próximas são comprovadamente suscetíveis ao HLB; entretanto, há diferenças marcantes entre níveis de suscetibilidade entre os genótipos, como Poncirus trifoliata, que apresenta certa resistência ou tolerância à doença. Os mecanismos de patogenicidade de Ca. Liberibacter spp. e a resposta molecular da planta à infecção ainda não estão bem definidos e o estudo da ativação dos mecanismos de defesa da planta induzidos por hormônios vegetais é um importante foco na elucidação deste complexo patossistema. Diante deste panorama, este estudo propôs avaliar o perfil de expressão de genes associados às vias do jasmonato e do etileno em plantas de Citrus sinensis L. Osb. (suscetível) e Poncirus trifoliata (L.) Raf. (resistente ou tolerante) em resposta à infecção pelas duas espécies de bactérias causadoras do HLB no Brasil, separadamente. Os perfis transcricionais dos genes avaliados não foram estatisticamente distintos, mas mereceram destaque os genes de biossíntese e metabolismo de jasmonato LOX2, AOC3 e JMT, os genes sinalizadores da via de jasmonato JAZ2 e MYC2, o gene de biossíntese de etileno SAM1, os receptores de etileno ETR1, ERS1 e EIN4, o regulador negativo de etileno CTR1, o regulador positivo da sinalização de etileno EIN2, os fatores de transcrição EIN3, EIL1, ERF1, ERF2, ERF/AP2, uma MAPkinase MAPK6 e uma proteína PR PR-4. Estes resultados mostram que as vias sinalizadas por jasmonato e etileno são modificadas pelas bactérias Ca. Liberibacter spp. No entanto, não foi possível comprovar a importância destas vias na resposta diferencial de genótipos suscetível e resistente/ tolerante de citros ao HLB. / The citrus industry stands out in the Brazilian agribusiness generating direct and indirect jobs and significant revenues. However, the citrus crop faces several diseases, especially the HLB (Huanglongbing, ex-greening), which, in the last ten years, have caused severe losses to growers. In Brazil, HLB is caused by the bacteria Candidatus Liberibacter asiaticus and Ca. Liberibacter americanus, which are restricted to the phloem and induce symptoms similar to those caused by nutrient deficiency in citrus leaves and branches. Fruits are of reduced size and asymmetrical, and the plants tend to show overall yellowing. These symptoms altogether lead to the economical death of the plant. Transmission of the pathogens occurs naturally by the Asian citrus psyllid Diaphorina citri, or by contaminated buds. All citrus varieties and relatives are considered susceptible to HLB; however, there are clear differences in levels of susceptibility among genotypes. Poncirus trifoliata, for instance, exhibits some resistance or tolerance to the disease. The mechanisms involved in the pathogenesis of Ca. Liberibacter spp. and the molecular responses of the hosts to the infection are still unknown, but emphasis has been given to the defense mechanisms induced by plant hormones in order to try to elucidate the interactions of such complex pathosystem. Based on this scenario, this study aimed to evaluate the expression profile of Citrus sinensis (L.) Osb. (susceptible) and Poncirus trifoliata (L.) Raf. (resistant or tolerant) genes associated with the jasmonate and ethylene pathways in response to infection by both species of Ca. Liberibacter spp. causing HLB in Brazil, separately. The transcriptional profiles did not differ statistically, for the evaluated genes, including those in the jasmonate biosynthesis and metabolism (LOX2, AOC3 and JMT), signaling pathway (JAZ2 and MYC2), biosynthesis of ethylene (SAM1), ethylene receptors (ETR1, ERS1 and EIN4), negative regulator of ethylene (CTR1), positive regulator of ethylene signaling (EIN2), transcription factors (EIN3, EIL1, ERF1, ERF2, ERF/AP2), a MAPkinase (MAPK6) and a PR protein (PR-4). These results suggest that the jasmonate and ethylene pathways exhibit some modulation caused by the bacteria Ca Liberibacter spp. However, it does not seem that these pathways are relevant for the differential response of susceptibility or resistance/ tolerance of the citrus genotypes to HLB.