Resumo: Para o presente estudo foram utilizadas 3.202 primeiras lactações, de vacas da raça Holandesa pertencentes a quatro fazendas da região Sudeste, registradas semanalmente, com o objetivo de verificar a influência da estrutura de dados de produção de leite no decorrer da lactação, sobre os parâmetros genéticos estimados por modelos de regressão aleatória. Foram testados quatro arquivos contendo estruturas diferentes de dados. O arquivo de controles semanais (CS) contava com 122.842 controles, o arquivo mensal (CM) com 30.883 controles, o bimestral (CB) com 15.837 controles, e por fim, o arquivo de controles trimestrais (CT) continha de 12.702 controles. O modelo utilizado foi o de regressão aleatória, e como aleatórios foram considerados os efeitos genético aditivo e o de ambiente permanente de animal. A ordem das funções de covariância para estes dois efeitos foi de sexta ordem para efeito genético aditivo e de sétima ordem para o efeito de ambiente permanente, com variâncias residuais heterogêneas a estrutura de variâncias residuais foi modelada por meio de uma "step function" O modelo teve como efeito fixo os grupos de contemporâneos (GC) comuns para todos os arquivos de dados. Os GC foram compostos por fazenda, mês e ano do controle,e como co-variável a idade da vaca ao parto (regressão linear e quadrática) e o número de dias em lactação (regressão fixa para a média populacional). Todos os arquivos de dados estudados foram analisados incluindo arquivo de genealogia composto por 4.380 animais com 3202 mães e 228 touros. As estimativas de herdabilidades para produção de leite apresentaram tendências semelhantes entre os arquivos de dados analisados, com maior semelhança entre os bancos CS, CM e CB. As estimativas de herdabilidade para produção de leite no dia do controle (PLDC) do banco CT apresentou pequenas diferenças, em relação aos demais... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: To this study the first 1293 Holstein dairy lactation registered weekly were used, having cows belonging to four farms in the Southeast region of Brazil, aiming verify the milk production data structure influence during lactation under genetic parameters estimated by random regression models. Four files with different data structures were tested. The week control files (CS) counted with 122,842 controls; the month files (CM), 30,883 controls; the bimestrial (CB) had 15,837 controls and finally the quarterly (CT) had 12,702 controls. It was used the random regression model and, as random, the genetic additive and the animal permanent environmental effects were considered. The covariance function to these two effects was the sixth grade to the genetic effect additive and the seventh grade to the permanent environmental effect, having heterogeneous residual variances, and the residual variance structure was modeled by a "step function". The model had as the fixed effect the contemporaneous groups (GC) commons to all data set, GC were compounded by farm, month, and year of control. The co-variable was the cow age at birth (linear and quadratic regression) and the milking days (fixed regression to the population average). All evaluated data files presented genealogy file composed by 4,380 animals having 1,416 mothers and 228 bulls. The estimate of heritability presented tendencies similar among the analyzed data, having the higher similarity CS, CM and CB. The CT presented small differences in the estimate of heritability when compared to the others. The CB data file presented all the analyzed genetic parameters estimative with the same tendency and magnificence of the CS and CM, allowing the milk control in a CB structure, random regression model in genetic evaluations speaking. The genetic values (VG) to partial milking period production were predicted (MRA100, MRA200, MRA300 e MRA90_305) ...(Complete abstract click electronic access below) / Orientadora: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientadora: Lenira El Faro Zadra / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Doutor

Nesse trabalho, são investigadas as propriedades dinâmicas de modelos da mecânica estatística na criticalidade. Inicialmente, trabalhando com modelos de spin e utilizando os conceitos de persistência global e de dimensão anômala da magnetização inicial, mostramos que o modelo de Baxter-Wu não está na mesma classe de universalidade dos modelos de Potts com quatro estados e de Ising com interação de três spins em uma direção, todos bidimensionais. Na segunda parte da tese, estudamos o fenômeno de crescimento da superfície gerada pela deposição segundo as regras que definem os autômatos celulares probabilísticos propostos por Grassberger (modelos A e B). Esses dois autômatos não pertencem à classe de universalidade de Domany-Kinzel e apresentam novos expoentes críticos, cuja origem se deve à conservação de paridade. Determinamos o expoente de crescimento beta w, válido em tempos curtos, assim como os outros expoentes críticos associados ao crescimento de superfície (alfa e z). Nossas estimativas se comparam bem com os resultados obtidos a partir de razões de inteiros propostas por Jensen para os expoentes beta, ni paralelo e ni perpendicular. Finalmente, investigamos a transição de fase entre o estado helicoidal e o estado desordenado (random coil) da polialanina e do fragmento peptídico PTH(1-34), que corresponde aos resíduos 1 a 34 da região aminoterminal do hormônio das paratireóides. Nosso cálculo, que leva em conta as interações entre todos os átomos da molécula, está baseado em uma abordagem de tempos curtos. Os resultados dessa análise indicam que a transição helix-coil das polialaninas e do PTH(1-34) é de segunda ordem e apontam para uma classe de universalidade para a transição helix-coil em homopolímeros e proteínas (partindo de um estado helicoidal). / In this work we investigated dynamic properties of statistical mechanical models at criticality. At first, using the concepts of global persistence and anomalous dimension of initial magnetization, we showed that the Baxter-Wu model does not belong to the same universality class as 4-state Potts model and Ising with multispin interaction in one direction. In the sequence, we studied the roughening behavior generated by deposition governed by rules defined by probabilistic cellular automata proposed by Grassberger (A and B models). Those models are known do not belong to the Domany-Kinzel universality class. They are characterized by different exponents which are related to the parity conserving (PC). We estimated the growth exponent beta w, in short-time regimen, such as, other critical exponents associated to the surface growth (alpha and z). Our results are in good agreement with those expected for parity conserving universality class. At last we studied the phase transition between the completely helical state and the random coil of the polyalanine, such as, for the 34-residue human parathyroid fragment PTH(1-34). Our short-time simulations of the helix-coil transition are based on a detailed all-atom representation of proteins. The results indicate that helix-coil transition in polyalanine and PTH(1-34) is a second-order phase transition and suggest a universality class to the helix-coil transition in homopolymer and (helical) proteins.

Muito em função da dificuldade de se observar o dia-a-dia dos conselheiros nas empresas, acadêmicos e profissionais se questionam sobre a importância dessas estruturas de governança corporativa (GC) quando o assunto é propriedade dos números contábeis. Nesse sentido, esta tese, além de discutir extensivamente e traçar um panorama geral acerca da configuração desses conselhos no Brasil ao longo dos últimos cinco anos, estuda de que forma essas e outras estruturas de GC se associam com medidas de qualidade da informação contábil das firmas brasileiras. Diferentemente do que se encontra na literatura existente, a pesquisa em tela buscou compreender o ambiente dos conselhos de administração (CAs) e Fiscais (CFs) de modo mais amplo, avaliando de forma agregada 35 características estruturais, de remuneração e de composição desses órgãos, considerando suas inter-relações e implicações quando da associação destas com variáveis que medem as propriedades informacionais contidas no lucro. Para tanto, analisou-se, em média, cerca de 325 empresas por ano, compreendendo análise de 19.487 currículos de conselheiros de administração e fiscais efetivos no país, além da análise das outras variáveis de governança, tais como avaliação formal de conselheiros, frequência de reuniões, tipos de contrato de remuneração e outras. Posteriormente, utilizou-se a técnica de Análise Fatorial para estabelecer constructos subjacentes e não correlacionados entre si, de modo que os coeficientes estimados nas regressões posteriores fossem reportados de forma mais consistente do que se construídos com um número limitado de variáveis individuais. Cinco fatores representam mais de 80% da variância dos dados, sinalizando que características como idade, formação básica em administração, contabilidade e/ou economia, remuneração, board interlocking e tamanho do conselho formam um agregado parcimonioso de características que representam a maior parte da diversidade subjacente dos conselhos brasileiros. Destarte, após análise de simultaneidade dos modelos, testou-se as associações existentes entre as propriedades dos números contábeis e os fatores de GC por intermédio de modelos de regressão múltipla estimados pelo método OLS, e de modelos de regressão logística, controlados por setor, tamanho das empresas, adesão aos níveis diferenciados de governança, emissão de ADR, presença de CF permanente instalado, estrutura de propriedade e outros. Os resultados indicam uma associação inversa e significante entre a proporção dos membros que participam de outros CAs e os níveis de persistência, sinalizando que empresas com CAs formados por membros dedicados tendem a reportar, na média, lucros mais persistentes. A remuneração variável é positivamente relacionada com a persistência dos lucros reportados sugerindo que a remuneração dos conselheiros é influenciada pela substância econômica dos resultados divulgados e com o conservadorismo contido no lucro sinalizando para redução do conservadorismo contábil na medida em que a remuneração variável dos conselheiros aumenta. A idade também mostrou ser fator relevante para explicar os níveis de conservadorismo e de gerenciamento de resultados das firmas, sinalizando tendência de maior grau de conservadorismo e menor grau de gerenciamento de resultados por parte dos conselheiros mais velhos. Adicionalmente, não foi possível afirmar que o conselho fiscal afeta de forma positiva o monitoramento da qualidade dos lucros reportados no mercado de capitais brasileiro / In view of the difficulty of observing the day-to-day activities of members of oversight board and board of directors, academics and professionals wonder about the importance of corporate governance (CG) structures when the subject is the propiety of accounting numbers. In this sense, besides discussing extensively and tracing an overview of the configuration of these boards in Brazil over the past five years, I also study how these and other CG structures are associated with proxies of accounting information of Brazilian firms. Contrary to what has been found in the existing literature, I seek to understand the environment of the board of directors (BoD) and oversight board (OB) more broadly, evaluating in an aggregate way 35 variables of structural, remuneration and composition characteristics of these boards, considering their interrelations and implications when associated with variables that measure the informational properties contained in earnings. For that, I analyze, on average, 325 companies per year and 19,487 résumés of the members of these boards, in addition to analyzing other variables such as their attendance at meetings, compensation contracts, board interlocking and others. Later, I use factor analysis to establish underlying constructs not correlated with each other, so that the estimated coefficients in subsequent regressions are reported more consistently than if built with a limited number of individual variables. Five factors represent more than 80% of the variance of the data, signaling that characteristics such as age, basic training in business administration, accounting and/or economics, board compensation, board size and interlocking form a thrifty aggregate of characteristics that represent most of the underlying diversity of Brazilian boards. Thus, after analysis of simultaneity, I test the existing associations between the earnings quality and factors of CG through multiple regression models estimated by OLS and logistic regression models, controlled by sector, firm size, adherence to the different levels of corporate governance, issuance of ADRs, presence of a permanent OB, ownership structure and others. The results indicate a significant inverse association between the proportion of members who participate in other BoDs and persistence levels of earnings, signaling that companies with BoDs formed by dedicated members tend to report, on average, more persistent earnings. The variable pay for board members is positively related to earnings persistense suggesting that the board members compensation is influenced by the economic substance of the disclosed results and with accounting conservatism signaling a decrease in accounting conservatism when the remuneration of these members increases. The age of members also proved to be a relevant factor to explain the levels of conservatism and earnings management of firms, signaling a trend toward greater levels of conservatism and a lesser levels of earnings management of when these boards are formed of older members. Additionally, it was not possible to affirm that the oversight board has a positive effect on the quality of monitoring accounting information reported in the Brazilian capital market.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-12-02T12:15:37Z No. of bitstreams: 1 Rodrigo Lenadro Braga Coitinho.pdf: 431687 bytes, checksum: 3510e17dbd6224b39b136428e9bf81c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-02T12:15:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigo Lenadro Braga Coitinho.pdf: 431687 bytes, checksum: 3510e17dbd6224b39b136428e9bf81c4 (MD5) Previous issue date: 2009-02-02 / The essential oils are promising alternative for the management of Sitophilus zeamais in stored maize. In this investigation, toxicity, repellency and persistence of essential oils in stored maize were evaluated using S. zeamais. The oil’s LC50s from leaves of Piper hispidinervum, Eugenia uniflora, Cinnamomum zeylanicum, eugenol compound, Piper marginatum, Schinus terebinthifolius and Melaleuca leucadendron and green fruits of S terebinthifolius, in the tests of contact and ingestion were estimated at 1.0; 11.6; 14.2; 14.8; 21.1; 57.7, 75.8 and 98.8 μL/40g maize, respectively. In fumigation tests for adults, the LC50s ranged from 94.7 to 0.53 μL/L of air and the toxicity ratios ranged from 178.7 to 2.0. In the fumigation for larvae with 7 to 14 days of age, only eugenol did not differ from control concerning number of adults emerged. In larvae with 7 to 21 days, the oils of green fruits from S. terebinthifolius and P. hispidinervum showed the best performance in relation to the control. Percentages of repellency varied between 97.4 (P. marginatum and C. zeylanicum) to 81% (P. hispidinervum). In the initial storage period (after impregnation), mortality of S. zeamais ranged between 93.8 (P. hispidinervum, Melaleucaleucadendron and eugenol) to 100% (E. uniflora, green fruits of S. terebinthifolius and P. marginatum). From 30 days, mortality generally decreased, except for P. marginatum (92.2%). According to the regression equations adjusted for the number of S. zeamais emerged throughoutthe storage period, there was no statistical significance for the oils of S. terebinthifolius and P. marginatum and control. For the average, the oil from P. marginatum was the most persistent, providing emergency of only 0.30 insects differing from the other oils and the control. / Os óleos essenciais constituem alternativa promissora para o manejo de Sitophilus zeamais em milho armazenado. Neste trabalho avaliou-se a toxicidade, a repelência e a persistência de óleos essenciais em milho armazenado, utilizando-se S. zeamais. As CL50s dos óleos de folhas de Piper hispidinervum, Eugenia uniflora, Cinnamomum zeylanicum, composto eugenol, Piper marginatum, Schinus terebinthifolius, e Melaleuca leucadendron e de frutos verdes de S terebinthifolius, nos testes de contato e ingestão, foram estimadas em 1,0; 11,6; 14,2; 14,8; 21,1; 57,7; 75,8 e 98,8 μL/40g de milho, respectivamente. Nos testes de fumigação para adultos, as CL50s variaram entre 94,7 a 0,53 μL/L de ar e as razões de toxicidade estiveram entre 178,7 a 2,0. Na fumigação para larvas de 7 a 14 dias de idade, apenas o eugenol não diferiu da testemunha, quanto ao número de adultos emergidos. Em larvas com 7 a 21 dias, os óleos de frutos verdes de S. terebinthifolius e de P. hispidinervum apresentaram o melhor desempenho, em relação à testemunha. As percentagens de repelência variaram entre 97,4 (P. marginatum e C. zeylanicum) a 81% (P. hispidinervum). No período inicial de armazenamento (logo após a impregnação), asmortalidades de S. zeamais variaram entre 93,8 (P. hispidinervum, Melaleuca leucadendron e eugenol) a 100% (E. uniflora, frutos verdes de S. terebinthifolius e P. marginatum). A partir dos 30 dias, as mortalidades, de um modo geral, decresceram, com exceção de P. marginatum(92,2%). De acordo com as equações de regressão ajustadas para o número de S. zeamais emergidos em todo o período de armazenamento, não houve significância estatística para os óleos de S. terebinthifolius e de P. marginatum e testemunha. Em relação à média geral, o óleo de P. marginatum foi o mais persistente, proporcionando emergência de apenas 0,30 insetos, diferindo dos demais óleos e da testemunha.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This study was conducted to evaluate the tillering dynamics, forage production, and use potential of digitgrass subjected to four defoliation intensities: Very High (25 cm), High (35 cm), Medium (45 cm), and Low (55 cm), evaluated in two periods of the year (higher and lower insolation) from January 2015 to January 2016. A randomized-block design with four replicates was adopted and measures repeated over time. Increasing defoliation frequencies increased the number of tiller generations, tiller appearance and mortality rates, aerial tiller density, and forage use potential and reduced tiller survival rate, daily stem production, daily leaf senescence, total daily production, and net daily accumulation of forage. Daily leaf production was lower at the Very High frequency as compared with the other frequencies. In the period of lower insolation, daily leaf senescence and tiller appearance and mortality rates were higher, while survival rate, balance, aerial tiller density, daily stem production, net daily accumulation of forage, and forage use potential were lower. Basal tiller density increased as the defoliation densities were elevated, with higher values observed during the period of greater insolation at the Very High and High frequencies. The Very High defoliation frequency did not provide good plant development, whereas the Low frequency led to increased stem production. The defoliation frequencies and times of the year evaluated here do not change the population stability of digitgrass plants when irrigated, thus ensuring its persistence. Higher defoliation frequencies result in greater tiller renewal in digitgrass. The High and Medium defoliation frequencies are more suitable for the defoliation of digitgrass, promoting a larger proportion of leaves in relation to stems. / O objetivo com este trabalho foi avaliar a dinâmica do perfilhamento, produção de forragem e potencial de utilização do capim faixa-branca submetido a quatro frequências de desfolhação: Muito Alta (25 cm), Alta (35 cm), Média (45 cm) e Baixa (55 cm), avaliadas em duas épocas do ano (maior e menor insolação) no período de janeiro de 2015 a janeiro de 2016. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados, com quatro repetições e medidas repetidas no tempo. A elevação na frequência de desfolhação aumentou o número de gerações de perfilhos, taxas de aparecimento e mortalidade de perfilhos, densidade populacional de perfilhos aéreos e o potencial de utilização da forragem e reduziu a taxa de sobrevivência de perfilhos, produção diária de colmo, senescência diária de folhas, produção total diária e o acúmulo líquido diário líquido de forragem. A produção diária de folhas foi menor na frequência muito alta em relação às outras frequências. Na época de menor insolação a senescência diária de folhas, as taxas de aparecimento e mortalidade de perfilhos foram maiores, em contrapartida, a taxa de sobrevivência, balanço, densidade populacional de perfilhos aéreos, produção diária de colmos, acúmulo líquido diário de forragem e o potencial de utilização de forragem foram menores. A densidade populacional de perfilhos basais aumentou com elevação das frequências de desfolhação e foi maior na época de maior insolação nas frequências muito alta e alta. A frequência de desfolhação muito alta não proporcionou um bom desenvolvimento da planta, enquanto que a frequência baixa apresentou elevada produção de colmos. As frequências de desfolhação e épocas do ano avaliadas não alteram a estabilidade da população de plantas do capim faixa-branca, quando irrigado, garantindo assim sua persistência. Maiores frequências de desfolhação resultam em maior renovação de perfilhos do capim faixa-branca. As frequências de desfolhação alta e média são mais indicadas para a desfolhação do capim faixa-branca, promovendo uma melhor proporção de folhas em relação a colmos. / São Cristóvão, SE

Submitted by Timur Khalid Bokari (timur@bokari.de) on 2018-11-10T12:09:40Z No. of bitstreams: 1 Final_FGV.pdf: 1889839 bytes, checksum: 92c26b5dbe778b14335b5aed691a3d78 (MD5) / Approved for entry into archive by Josineide da Silva Santos Locatelli (josineide.locatelli@fgv.br) on 2018-11-12T11:26:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Final_FGV.pdf: 1889839 bytes, checksum: 92c26b5dbe778b14335b5aed691a3d78 (MD5) / Approved for entry into archive by Isabele Garcia (isabele.garcia@fgv.br) on 2018-11-12T12:34:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Final_FGV.pdf: 1889839 bytes, checksum: 92c26b5dbe778b14335b5aed691a3d78 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-12T12:34:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Final_FGV.pdf: 1889839 bytes, checksum: 92c26b5dbe778b14335b5aed691a3d78 (MD5) Previous issue date: 2018-10-16 / Esta tese analisa o desempenho de fundos mútuos de ações de mercados emergentes durante o período de janeiro de 2005 a dezembro de 2017. O objetivo é preencher a lacuna metodológica da literatura de mercado desenvolvida presente em estudos recentes. Na primeira parte, a análise de performance demonstra que os alfas são positivos e estatisticamente significativos. Assim, encontro evidência de que os fundos mútuos geraram retornos anormais durante todo o período amostral, embora a análise por subperíodos produza resultados menos claros, havendo subperíodos em que os alfas são negativos ou positivos. Além disso, mostro que a relação de despesas, cargas front-end e back-end têm impactos negativos sobre os alfas, como esperado. Na segunda parte, a análise de persistência de performance mostra que os spreads entre os fundos com performance mais alta e mais baixa são positivos durante os diferentes períodos de investimento, em outras palavras, os fundos com melhor performance continuam superando seus pares inferiores nos períodos subsequentes. Portanto, encontro evidências de persistência de performance em períodos de investimento de até um ano. Os resultados também mostram que mesmo os fundos com performance mais baixa foram, em média, capazes de gerar alfas positivos ao longo de diferentes períodos de espera. / This thesis analyzes the performance of emerging markets equity mutual funds during the period from January 2005 until December 2017. The main objective is to fill the existing methodological gap between the literatures on developed markets and emerging markets funds. In the first part, I analyze fund performance and show that alphas are positive statistically significant on average. Thus, I find evidence that mutual funds generated abnormal returns over the entire sample period, yet the sub-period analysis shows there have been periods of positive and negative significant alphas. In addition, I show that the expense ratio, front-end, and back-end loadings have negative impacts on alphas as expected. In the second part, the performance persistence analysis shows that spreads between the top and bottom performing funds are positive throughout different holding periods. In other words, better performing funds keep outperforming their bottom peers in subsequent periods. Hence, I find evidence for performance persistence across holding periods of up to one year. The results also show that even bottom performing funds were on average able to generate positive alphas throughout different holding periods.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:42:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Elen_Silveira_Nalerio.pdf: 599740 bytes, checksum: f430564f38cd6d98d1788d137e38ed1e (MD5) Previous issue date: 2009-11-17 / Listeria monocytogenes is the causative agent of listeriosis which may cause a range of diseases from gastroenteritis, meningitis and death. In fact, disease outcome can be related to strain serotype/lineage thus molecular analyses has demonstrated that L. monocytogenes is a highly diverse species which can be grouped into three lineages. Whole-genome microarray can be employed to study phylogenetic relationships among Listeria strains either species or serotype level, in addition to demonstrate differences on their virulence potential and/or environmental adaptation. The aim of this study was the whole genome comparison of L. monocytogenes strains from different origins. Ninety-nine L. monocytogenes strains from different geographical origins (Brazil, Denmark, Austria, Ireland, USA and unknown), including clinical strains (humans and animals), food and food industries strains were analysed. DNA from all strains were competitively hybridized on to a L. monocytogenes DNA microarray based on the whole-genome sequence L. monocytogenes EGD-e. DNA labeling and hybridization protocol were followed according to Dorrell et al., (2001). Data acquisition, processing and comparative phylogenomics were performed as previously described by Stabler et al. (2006). Comparative phylogenomics clustered the L. monocytogenes strains into two central clades which is representative of the two main lineages of this species. In addition each of these clades were divided into two further subclades. Clade formation was independent of the geographical origin of strains with the exception of the clade containing persistent strains (strains that persist in food-processing environment), where none of the Brazilian strains were present. It was found 18 specific genes for lineage I strains (1/2a and 1/2c serotypes). These genes are related to carbohydrate metabolism, two component regulatory system, ABC transporter complex and bvrB and bvrC genes. Significantly all persistent strains clustered together in the same lineage I clade. We achieved a set of unique genes belonging exclusively to L. monocytogenes persistent strains pointing to be responsible for its adaptation profile. The genes are involved in stress resistance and are related to carbohydrate transport and metabolism, environmental information processing, signal transduction mechanisms, cell surface protein, amino acid transport and metabolism, nucleotide transport and metabolism, translation, cell wall biogenesis, replication, recombination and repair, transport of small molecules similar to ABC transporter, metabolism of lipids and unknown function. Interestingly from 14 virulence listed genes most of them were present in all studied L. monocytogenes strains with exception of inlE and inlG genes. These findings indicate that genetic variability of L. monocytogenes strains point to niche adaptation instead virulence differentiation despite of different origins. Persistent strains clustered suggesting genetic origin to survival in this environment. / Listeria monocytogenes é o agente causador da listeriose, uma infecção severa que pode cursar com sintomas que variam desde gastroenterites, meningites e até mesmo a morte. De fato, o desenvolvimento da doença pode ser relacionado a determinados sorotipos/linhagens das cepas de Listeria. Análises moleculares dos diferentes sorotipos/linhagens de L. monocytogenes, demonstraram que esta espécie é amplamente diversa, a qual pode ser agrupada em três linhagens. O estudo completo de genomas, baseado na técnica de microarray, pode ser empregado para estudar a relação filogenética entre cepas de Listeria tanto em nível de espécie, quanto em nível de sorotipo. Não obstante, a técnica de microarray visa evidenciar as diferenças no potencial patogênico e/ou adaptativo das cepas. O objetivo deste estudo foi a comparação filogenética entre cepas de L. monocytogenes isoladas de diferentes fontes. Foram analisadas 99 cepas de L. monocytogenes de diferentes origens geográficas (Brasil, Dinamarca, Áustria, Irlanda, Estados Unidos da América e fontes desconhecidas), incluindo cepas clínicas (humanas e animais), de alimentos e de indústrias alimentícias. O DNA das cepas teste foi hibridizado em DNA microarrays de L. monocytogenes baseado em seqüências do genoma de L. monocytogenes EGD-e. Os protocolos para marcação e hibridização do DNA seguiram as recomendações de Dorrell et al., (2001). A aquisição de dados, o processamento e as comparações filogenômicas foram realizadas conforme previamente descrito por Stabler et al. (2006). Comparações filogenômicas agruparam as cepas de L. monocytogenes em dois clades centrais, os quais são representativos das duas principais linhagens desta espécie. Além disso, cada um destes clades foram subdivididos em mais dois sub-clades. A formação dos clades foi independente da origem geográfica das cepas, com exceção do clade contendo cepas persistentes (cepas que persistem no ambiente de processamento de alimentos), onde nenhuma cepa Brasileira esteve presente. Foram identificados 18 genes específicos para as cepas da linhagem I (sorotipos 1/2a e 1/2c). Esses genes são relacionados ao metabolismo de carboidratos, sistema regulatório two component, complexo de transporte ABC e aos genes bvrB e bvrC. A grande maioria das cepas persistentes se agrupou no mesmo clade pertencente à linhagem I. Foi obtido um conjunto de genes únicos pertencentes exclusivamente às cepas persistentes de L. monocytogenes, os quais sugerem serem os responsáveis pelo perfil adaptativo destas cepas. Os genes são envolvidos em resistência ao estresse e são relacionados ao transporte e metabolismo de carboidratos, processamento de informação ambiental, mecanismos de transdução de sinais, proteína de superfície celular, transporte e metabolismo de aminoácidos, transporte e metabolismo de nucleotídeos, tradução, biogênese de parede celular, replicação, recombinação e reparo, transporte de pequenas moléculas similar ao transportador ABC, metabolismo de lipídios e de função desconhecida. Dos 14 genes de virulência listados a maioria deles esteve presente em todas as cepas de L. monocytogenes estudadas, com exceção dos genes inlE e inlG. Estes dados sugerem que, apesar das distintas origens de isolamento, a variabilidade genética das cepas de L. monocytogenes é direcionada para adaptação ambiental, ao invés da diferenciação visando virulência.

Infecção persistente por tipos oncogênicos de papilomavírus humano (HPV) é considerada como o principal fator de risco para desenvolvimento de carcinoma invasivo do colo uterino (CCU) e de lesões intraepiteliais cervicais (SIL). Fatores genéticos do hospedeiro, como o polimorfismos de genes HLA (human leukocyte antigen), também têm sido implicados na suscetibilidade a estas patologias e à infecção por (HPV), como observado em diversos estudos caso-controle. Neste estudo investigou-se em uma coorte de mulheres (Ludwig-McGill cohort) se a variabilidade dos genes HLA-DRB1 e -DQB1 influenciam na história natural das infecções por HPV e no risco de SIL. A tipificação de DRB1 e DQB1 foi realizada em 620 amostras provenientes de um estudo epidemiológico prospectivo. A positividade para HPV foi testada em amostras da mesma paciente coletadas a cada 4 meses, obtidos durante o primeiro ano de seguimento, enquanto os resultados de citologia perfazem os 2 primeiros anos de seguimento. Infecções persistentes de curta ou longa duração foram definidas como 2 e 3 resultados consecutivos positivos para o mesmo tipo de HPV, respectivamente. As associações foram estimadas através de razões de chance e intervalos de confiança de 95%, ajustadas para potenciais fatores de confusão. Os resultados obtidos indicam que a prevalência da infecção por HPV e o risco de persistência variam dependendo do haplótipo HLA. O haplótipo DRB1*0301-DQB1*0201 mostrou-se protetor contra a infecção por HPV, e DRB1*1102-DQB1 *0301 contra infecções persistentes. Já os haplótipos DRB1*1601-DQB1*0502 e DRB1 *0807-DQB1*0402 foram fatores de risco para infecções persistentes por HPV. Não foi observada uma forte concordância entre risco de infecção por HPV e risco de SIL associados a determinado HLA, em parte porque o número de pacientes com SIL foi um fator limitante neste estudo. Um risco aumentado de SIL, independente da infecção por HPV, foi associado com DRB1*0301 e DR12. Portadoras de DR4 e DQB1*0601 tiveram uma maior probabilidade de desenvolver SIL e HSIL, respectivamente. Uma associação negativa entre o alelo DQB1*0301 e HSIL foi verificada. Análise do dimorfismo na posição 86 da cadeia β de HLA-DR mostrou que valina nesta posição tem um efeito protetor para prevalência e persistência de infecção por HPV, e maior risco de SIL no grupo com infecções transitórias por HPV. Em outra análise, investigamos a distribuição de grupos alélicos de DRB1 em uma série independente de amostras provenientes de pacientes com CCU. Observamos um risco diminuído de desenvolvimento de CCU associado a DR3. Por outro lado, DR4 e DR8/12 mostraram-se fatores de risco para o CCU nesta população. Estes resultados sugerem que o polimorfismo de HLA desempenha um papel na história natural das infecções por HPV, SIL e CCU. Também analisamos respostas linfoproliferativas em pacientes com CCU, contra peptídeos derivados de E6 e E7 de HPV16. As respostas positivas foram mais freqüentes contra peptídeos de E6 do que E7. Não observamos resposta contra um peptídeo ou região em particular. Parte desta diversidade nas respostas linfoproliferativas pode ser relacionada com o polimorfismo de genes HLA e seu papel na seleção de epítopos. / Persistent infection with oncogenic human papillomavirus (HPV) is the major risk factor for the development of malignant lesions in the uterine cervix. Host factors have also been implicated in the pathogenesis of these diseases. Associations between human leukocyte antigen (HLA) polymorphisms and cervical cancer, precursor lesions or HPV infections have been reported by case-control studies in several populations. This study investigated through cohort analysis if human leukocyte antigen (HLA)-DRB1 and DQB1 variability is related to human papillomavirus (HPV) infection and squamous intraepithelial lesions (SIL) prevalence and persistence. HLA-DRB1 and DQB1 genes were typed in 620 samples from the Ludwig-McGill cohort. HPV positivity was tested in specimens collected every 4 months during the first year of follow-up. Persistent and long-term infections were defined as at least 2 or 3 consecutive positive results for the same HPV type, respectively. Analysis of SIL included data obtained during the two first years of follow-up. The magnitudes of associations were estimated by unconditional logistic regression analysis adjusted for potential confounders. Certain HLA alleles and haplotypes were associated with HPV either HPV prevalence or persistence. The DRB1*0301-DQB1*0201 haplotype was associated with a lower risk for HPV infection and DRB1*1102-DQB1*0301 for HPV persistence. DRB1*1601-DQB1*0502 and DRB1*0807-DQB1*0402 were associated with a increased risk for persistent HPV infection. It was not observed a strong concordance between the associations verified for HPV prevalence/persistence and SIL, possibly due to the limited number of SIL specimens. A higher risk for SIL, independent of HPV infection, was observed for DRB1*0301 and DR12. DR4 and DQB1*0601 carriers showed a higher frequency of SIL and HSIL, respectively. A negative association between DQB1*0301 and HSIL was verified. Valine at position 86 of the DRβ chain was associated with reduced risks of HPV positivity and persistence, as compared to glycine carriers. However, valine carriers had a higher risk of SIL if transiently infected by HPV. We also analyzed an independent sample of patients with invasive cervical, and a protective effect was observed for DR3. On the other hand, DR4 and DR8/12 were associated with a higher risk for cervical cancer in this population. Our results suggest that HLA class II polymorphisms and pocket 1 profile are involved in clearance and maintenance of HPV infection and the risk of SIL and CCU, consistent with the hypothesis that genetic background is important in the natural history of HPV infections and associated lesions. We also analyzed lymphoproliferative responses against HPV16 E6 and E7 peptides, in patients with invasive cervical cancer. Lymphoproliferative responses were more frequent for E6 peptides than for E7 peptides. The responses were not restricted to a particular peptide, which is expected based on HLA variability observed among patients.

Este trabalho apresenta o desenvolvimento de um Framework de persistência que utiliza banco de dados objeto-relacional como mecanismo de persistência. Tendo por objetivo usar os conceitos de orientação a objetos descritos na norma SQL:2008, conceitos como: objeto (atributos e métodos), herança, agregação, composição, referências (REF) e estruturas multivaloradas (arrays e multiset). Para tanto se desenvolveu e formalizou (XSD) um arquivo XML que representa um esquema de objetos através da norma SQL:2008. Da mesma forma definiu-se um conjunto de anotações Java, com o intuito de facilitar a utilização e configuração do Framework, o qual é chamado de O-ODBM (Object Object-Relational Database Management). / Persistent Frameworks have been used to aid developers, managing all access to DBMS. This kind of tool maps objects from OO applications to relational databases. Besides, allow developers to persist objects without solid knowledge about DBMSs and specific languages, making better the developers productivity, mainly when different DBMS is used. On the other hands, since 1999 the SQL specification has introduced new features to manipulate objects in relational databases which since then has been called Object-Relational Database (ORDB). At present, many DBMS offer resources to manipulate objects in database, but the most of the application developers just map class to relations tables, failing to exploit the strength of O-R model. The lack of the tools that aid the project of database contributes to this situation. Considering the vantages of use of the persistent frameworks and the ORDBs, this article introduces the O-ODM (Object-Object Database Mapping) a persistent framework for relational object databases.

Orientador: Thiago Sanna Freire Silva / Resumo: As paisagens são a expressão da interação dinâmica entre processos naturais e atividades humanas. A região do Litoral Norte do Estado de São Paulo apresenta uma grande diversidade de fitofisionomias do bioma Mata Atlântica, e um rico patrimônio material e imaterial, em função da histórica interação do homem com a natureza. São inúmeros os vetores que agem simultaneamente sobre essa paisagem, resultando em efeitos cumulativos que transformam sua multifuncionalidade e multidimensionalidade. Este estudo objetivou a compreensão dos vetores de mudanças na paisagem do Litoral Norte do Estado de São Paulo. A transformação histórica da paisagem na área de estudo foi investigada buscando compreender a modificações dos cenários paisagísticos na sua integridade desde o início da colonização europeia na região de estudo. Através desta revisão histórica, demonstramos que a política econômica impulsionou investimentos em instalações tecnológicas e de acesso a região, que influenciaram no aumento das taxas de crescimento populacional, resultando num rápido crescimento das áreas urbanas após meados do século XX. O segundo capítulo quantificou as mudanças físicas da paisagem, através de séries históricas de imagens da série de satélites Landsat, utilizando o algoritmo Random Forests para classificação supervisionada do uso e cobertura da terra. Pudemos então, demonstrar que a região apresenta tendência a uma dicotomia no uso da terra, entre o uso urbano e a conservação ambiental. Entre 1985 e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Landscapes are an expression of the dynamic interaction between natural environments and human activities. The Northern Coast of São Paulo State has a high diversity of Atlantic Forest vegetation types, and the Serra do Mar mountain range has a rich material and immaterial heritage due to ancient human-nature interactions. There are several different driving forces of change acting together over these landscapes, resulting in a cumulative effect over time. Our study sought to understand the causes and consequences of landscape change in the Northern Coast of São Paulo state, from 1985 to present. We described the land use history and landscape changes since the Europeans arrived in the region, during the XVI century. We identified that national economic policies and interests have led to investment in improved access and technological development, which in turn influenced migration to the region and resulted in fast urban expansion. In the second chapter, we have shown that land use change in the Northern Coast of São Paulo poses a dichotomy between two main land cover change trajectories over 30 years: forest persistence and fast urban growth. We found only 100 km² (8%) of forest disturbance within the State Parks, while dense urban settlements grew 167% outside the park, replacing mainly rural land uses. To identify and understand the driving forces of change in the region, we used Partial Least Squares - Path Modelling to model the relation between driving forces and lands... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor