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Estudo in vivo da susceptibilidade de bactérias Gram-positivas após procedimentos químico-cirúrgico e medicação intracanal pelo método de reação de cadeia de polimerase baseado em DNA e RNA / In vivo study of the susceptibility of Gram-positive bacteria after chemosurgical preparation and intracanal medication by RNA and DNA-based polymerase chain reaction

Lais Cunha Prado 05 March 2015 (has links)
Este estudo identificou a presença e a viabilidade de Streptococcus spp., Propionibacterium acnes e Enterococcus faecalis antes e após os procedimentos endodônticos, utilizando o método de reação de cadeia de polimerase (PCR) baseado em RNA ribossômico (rRNA) e seus respectivos genes (rDNA). Foram coletadas amostras de 20 dentes com infecção primária antes (S1) e após o preparo químico-cirúrgico (S2), e depois do emprego do Ca(OH)2 como medicação intracanal (S3). DNA e RNA foram extraídos da mesma amostra de canal radicular e utilizados como moldes para reação de PCR com iniciadores específicos para a região 16S rRNA das espécies analisadas. Streptococcus espécies foram detectados em 20% e 25% das amostras S1 utilizando os métodos baseados em rRNA e rDNA, respectivamente; enquanto P. acnes foi detectado apenas pela análise de rRNA, estando presente em 10% das amostras S1. Após o preparo químico-cirúrgico, Streptococcus spp. foram detectado em 10% das amostras S2 quando se utilizou rDNA, porém não foi detectado pelo método baseado em rRNA, indicando ausência de células viáveis. Por outro lado, P. acnes foi detectado por ambos os métodos nas amostras S2, com prevalência de 10% e 5% quando se utilizou rRNA e rDNA como molde para PCR, respectivamente. Nas amostras S3, P. acnes foi a única espécie detectada nos ensaios baseados em rRNA, presente em 10% dos casos, enquanto o método baseado em rDNA falhou em detectar essa espécie. Por sua vez, E. faecalis não foi detectado em nenhuma amostra pelos métodos utilizados. Portanto, concluise que a suscetibilidade bacteriana aos procedimentos endodônticos varia entre as espécies Gram-positivas. Enquanto Streptococcus spp. foram suscetíveis, P. acnes persistiu ativo em canais radiculares após o preparo químico-cirúrgico e medicação intracanal. Esses dados sugerem que há necessidade de novas estratégias para a eliminação de espécies resisitentes ao tratamento endodôntico. / This study identified the presence and viability of Streptococcus spp., Enterococcus faecalis and Propionibacterium acnes before and after endodontic procedures, using the polymerase chain reaction (PCR) based on ribosomal RNA (rRNA) and their genes (rDNA ). Samples of 20 teeth with primary infection were collected before (S1) and after chemical-surgical preparation (S2), and after Ca(OH)2 as temporary dressing (S3). DNA and RNA were extracted from the same root canal sample and used as templates for PCR with specific primers for 16S rRNA region of the analyzed species. Streptococcus species were detected in 20% and 25% of the S1 samples using methods based on rRNA and rDNA, respectively; while P. acnes was only detected by analysis of rRNA, present in 10% of the samples S1. After chemicalsurgical preparation, Streptococcus spp. were detected in 10% of S2 samples when using rDNA as template, but they were not detected by the method based on rRNA, indicating the absence of viable cells. Furthermore, P. acnes was detected by both methods in samples S2, with a prevalence of 10% and 5% when using as template rRNA and rDNA for PCR, respectively. In S3 samples, P. acnes was the only species detected in assays based on rRNA, present in 10% of cases, while the rDNA-based method failed to detect this species. E. faecalis was not detected in any sample by the methods used. Therefore, it is concluded that bacterial susceptibility to endodontic procedures may vary among Gram-positive species. While Streptococcus spp. were susceptible, P. acnes persisted active in root canals after chemicalsurgical preparation and dressing. These data suggest the need for new strategies to eliminate resisitant species to endodontic treatment.
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Caracterização genotípica de amostras de Clostridium perfringens provenientes de suínos através da eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) / Genotypic characterization of Clostridium perfringens from swine by pulsed field gel electrophoresis (PFGE)

Thaís Sebastiana Porfida Ferreira 30 January 2007 (has links)
Clostridium perfringens é um importante patógeno envolvido em doenças entéricas dos animais domésticos e quadros de toxinfecção alimentar em humanos. Embora as infecções causadas por C. perfringens biotipo C e A em suínos sejam amplamente estudadas, existem poucos relatos que descrevem as reais correlações genéticas existentes na cadeia epidemiologia das clostridioses para esta espécie animal, assim como a transmissão do agente através da fêmea lactante, e a eliminação e perpetuação do agente no momento do abate. O presente estudo teve como objetivo o isolamento e a caracterização genotípica através da eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) de cepas de C. perfringens isoladas a partir de fezes e de carcaças de suínos no momento do abate, fezes de fêmeas suínas e seus leitões e de amostras de farinha de carne e ossos. Foi ainda realizada a comparação dessas cepas com cepas isoladas a partir de leitões com enterite. A freqüência de isolamento do agente em carcaças, em fezes de leitões terminados e a partir de farinha de carne e osso foram, 44,2%, 52,5%, e 32,2% respectivamente. De acordo com a reação em cadeia pela polimerase (PCR) foram detectadas somente as toxinas alfa e beta 2, sendo esta ultima detectada somente nos casos de enterite. Por meio da PFGE as amostras foram caracterizadas em 97 perfis genéticos com um alto índice discriminatório. As amostras isoladas de carcaça apresentaram alta similaridade em relação às de origem fecal, os isolados de farinha de carne apresentaram perfis similares aos obtidos em isolados de fezes de fêmeas, leitões sadios e leitões com enterite. E os isolados de leitões com e sem enterite apresentaram baixa similaridade em relação aos isolados de fêmeas. / Clostridium perfringens is an important enteric disease pathogen of domestic animals and foodborne diseases of human beings. Although infections caused by C. Perfringens type C and A in swine are well studied, just few reports describe genetic relationship among strains in the epidemiological chain of Swine Clostridioses, as well as the transmission of the microorganism by the nursing female its elimination and maintenance at slaughterhouses. The aim of the present study was the isolation and genotypic characterization by Pulsed-Field gel eletrophoresis (PFGE), of C. Perfringens strains from feces and carcasses from at slaughterhouse pigs, feces from sows and their piglets, and samples of meat and bone meal. The microorganism isolation frequencies in carcasses, finishing pig feces, and meat and bone meal were 44.2%, 52.5%, 32.2%, respectively. According to Polymerase Chain Reaction (PCR) assay, only the alfa and beta 2 toxins were detected; whereas beta 2 toxin was detected barely in cases of enteritis. By means of the PFGE assay techinique the samples were characterized in 97 genetic profiles with a high discriminatory level. Strains from carcasses samples presented high similarity to strains from fecal origin. strains from meat and bone meal samples showed similar profiles to strains from sow feces samples; of sows, assimptomatic piglets and piglets with enteritis. And strains isolated from piglets (assimptomatic and with enteritis) presented low similarity to strains from sow feces samples.
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Determinação da incidência e caracterização molecular do poliomavírus humano BK em pacientes submetidos a transplante renal / Incidence and molecular characterization of human polyomavirus BK in patients undergoing renal transplantation

Renato dos Reis Oliveira 08 April 2013 (has links)
Atualmente é reconhecida a importância clínica dos poliomavírus, especialmente a morbidade relacionada à infecção por BKV em pacientes submetidos a transplante renal. Apesar de já bem estabelecidas no exterior, existem em nosso meio poucas informações disponíveis sobre a incidência do poliomavirus BK nestes pacientes. O principal objetivo deste estudo foi o de determinar a incidência do poliomavírus BK em amostras sequenciais de urina e plasma de pacientes submetidos a transplante renal da Unidade de Transplante Renal do HC-FMUSP. Outros objetivos foram a genotipagem dos vírus circulantes, o sequenciamento da região VP1 do vírus para avaliar se a origem da infecção no receptor é oriunda do doador e ainda a investigação se rearranjos na região NCCR do BKV estariam associados a evolução para viremia. Os resultados mostraram que a densidade de incidência do BKV em receptores de transplante renal é de 8,1 casos de viruria por 100 receptores/mês e, entre os receptores virúricos, a densidade de incidência de viremia foi de 3,5 casos observados por cada 100 receptores/mês. A distribuição dos genótipos do BKV entre os receptores mostrou predomínio do genótipo I, em sua maioria pertencentes ao subgrupo Ia. Foram identificados os genótipos III e IV, considerados raros no exterior. A origem da infecção pelo BKV parece não ser exclusiva do doador, podendo estar relacionada à reativação de vírus do próprio receptor. Houve predomínio das formas arquetípicas de NCCR do BKV no sangue, sugerindo que formas rearranjadas do vírus não são uma condição para evolução para viremia. Outros estudos que incluam a análise sorológica, imunossupressão e dados clínicos devem ser elaborados para sustentar tais resultados / Currently, the clinical importance of polyomaviruses, especially the morbidity related to BKV infection in renal transplant patients, is well recognized. Although established abroad, in Brazil there is a lack of information available about the incidence of polyomavirus BK in these patients. The main objective of this study was to determine the incidence of BK polyomavirus in sequential samples of urine and plasma of patients undergoing renal transplantation at the Renal Transplant Unit of HCFMUSP. Other objectives were genotyping of circulating viruses, sequencing of VP1 region of the virus to assess the source of BKV infection from the donor and determine if BKV NCCR gene rearrangements would be associated with progression to viremia. The results showed that the incidence of BKV viruria in kidney transplant recipients was 8.1 cases per 100 receptors/month and, within the positive viruria receptors, the incidence of viremia was 3.5 cases per 100 receptors/month. The distribution of genotypes of BKV among recipients showed a predominance of genotype I, mostly belonging to subgroup Ia. Genotypes III and IV, which are considered rare abroad, were identified. The origin of BKV infection seems not to be exclusively from donor, and may be related to reactivation of BKV from the receptor. There was a predominance of archetypal forms of the NCCR BKV in the blood, suggesting that rearranged forms of the virus are not a mandatory condition for progress to viremia. Other studies including a serological analysis, immunosuppressant schedules and clinical data should be undertaken to sustain such results
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Determinação do RNA-VHC no sêmen de pacientes cronicamente infectados pelo vírus da Hepatite C / Determinations of the RNA-HCV in semen from chronically patients infected by the hepatitis C vírus

Ana Carolina de Oliveira Santos 16 April 2009 (has links)
Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.
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Instabilidade genômica em carcinoma basocelular humano revelada através da análise de sequências repetitivas / Genomic instability in baseal cell carcinoma revealed by repetitive sequences analysis

Capitanio, Juliana Silva 15 December 2009 (has links)
O CBC é o câncer mais comum hoje, causado pela UV que ao atingir a pele origina mutações no DNA que se não reparadas podem levar a tumorigênese. Este estudo avalia seqüências repetitivas (microssatélites e RAPD) na busca de marcadores moleculares e de genes envolvidos no surgimento deste tipo de tumor. Os padrões foram obtidos por PCR utilizando como molde DNA genômico de tumores, pele normal e leucócitos. Foram avaliados 34 tumores. Alterações nos microssatélites foram correlacionadas com o CBC esclerodermiforme e nos RAPD (OPB-08) com tumores micronodulares. Alterações de microssatélites e RAPDs apresentam correlação com o maior número de lesões em um mesmo paciente. Indicando um acompanhamento mais atento de pacientes mais alterados. A busca de novos genes envolvidos no CBC identificou DENND1A no cromossomo 9, putativamente menos expresso em cânceres de pele, porém com relação indeterminada com a carcinogênese e BANP/SMAR1, supressor tumoral que atua na via do p53, afeta a transcrição da ciclina D1 e inibe a sinalização da via TGFb promovendo a carcinogênese / BCC is the most common cancer today, caused by UV that generates mutation on the DNA of skin cells, which if not repaired may lead to tumorigenesis. This study evaluates repetitive sequences (microsatellites and RAPD) searching for molecular markers and genes involved in the development of this tumor. The patterns were obtained by PCR using as template genomic DNA from 34 tumors, normal skin and leucocytes. Microsatellite alterations are correlated with sclerosing BCC and RAPDs with micronodular BCC (OPB-08). Alterations in microsatellites and RAPD are correlated with an increase in the number of tumors in a patient. This indicates a more careful follow up for the more altered patients. The search for new genes involved with BCC identified DENND1A on chromosome 9, putatively less expressed in skin cancers, whose relation to carcinogenesis is undetermined and BANP/SMAR1, a tumor suppressor acting on the p53 pathway, affecting cyclin D1 transcription and inhibiting TGFb signaling pathway, promoting carcinogenesis
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Caracterização  sorológica e molecular da infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) em doadores de sangue do Estado do Amazonas / Characterization of Hepatitis C Virus infection in Amazon blood donors, Brazil

Silva, Kátia Luz Tôrres 06 January 2009 (has links)
Na prática hemoterápica em todo mundo, a triagem e o diagnóstico da infecção pelo HCV continua sendo um desafio. Desta forma, considerando as variáveis genéticas do vírus da Hepatite C e as variáveis populacionais de cada região, o conhecimento mais profundo da realidade da epidemiologia molecular do vírus da Hepatite C na população de doadores de sangue em regiões específicas se torna cada vez mais imprescindível. Desta forma, este estudo visou realizar a caracterização sorológica e molecular da infecção pelo Vírus da Hepatite C (HCV) em doadores de sangue do Estado do Amazonas a fim de subsidiar conhecimentos para interpretação dos diferentes perfis laboratoriais e clínicos, além de contribuir para o conhecimento das rotas de transmissão e da epidemiologia da infecção do Amazonas. Foram estudados 154 doadores de sangue do Estado do Amazonas com sorologia repetidamente reativa para anti-HCV. Foram realizados testes sorológicos por ELISA e Imunoblot, testes de detecção de RNA viral plasmático por Nested PCR, determinação da carga viral e genotipagem do vírus por sequenciamento. O estudo foi realizado no período de setembro de 2005 a abril de 2007 quando o índice de descarte por anti-HCV reativo foi de 0,37%. Foi observado que 50% dos casos de Imunoblot indeterminado apresentaram positividade no Nested PCR indicando a presença de RNA plasmático. A carga viral baixa foi um fator limitante para a determinação do genótipo viral pelo método de sequenciamento de algumas amostras. A freqüência de casos presumidos de clearance viral plasmático na amostra estudada foi de 18,8%. O genótipo mais prevalente do HCV nos doadores do Estado do Amazonas foi o genótipo 1 (87,5%) seguido do genótipo 3 (12,5%). Considerando as nuances da história natural da Hepatite C e os diversos momentos clínicos que os doadores possam se encontrar devem ser adotadas mudanças de condutas do acompanhamento dos doadores sororeativos para anti-HCV no banco de sangue do Amazonas e no fluxograma de diagnóstico da infecção. / The screening and diagnostic of HCV infection continue to be a challenge on the hemotherapic practice because the unique characteristics of each population and the molecular variability of the virus. The aim of this study was to characterize the serologic and molecular profile of 154 anti-HCV+ Amazon blood donors from the Amazon Hematology and Hemoterapy Foundation. Screening for anti HCV antibody was performed using ELISA and recombinant Imunoblot assay. Seropositive samples were assessed further with Nested PCR, viral load and genotyping techniques. In the study period, 2005-2007 the anti-HCV discard rate was 0,37%. We observed that 50% of the indeterminate Immunoblot cases showed HCV RNA presence in plasma by Nested PCR. The most prevalent genotype between subjects of this study was genotype 1 (87,5%), followed by genotype 3 (12,5%). The presumed plasma clearance frequency was 18,8%. The low viral load was a determinant critical factor to the genotype determination in some samples. Considering the different stages of the HCV natural infection different conducts may be adopted with inclusion of molecular testes as the first option for confirmation to the follow up of the positive anti-HCV blood donors in the Amazon blood bank and in the algorithm of the infection diagnostic, saving resources and providing a better counseling for the reactive donors.
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Diagnóstico molecular de Leishmaniose Tegumentar Americana: identificação de espécies de Leishmania por SSUrDNA PCR e G6PD PCR / Molecular diagnosis of American Cutaneous Leishmaniasis: identification of Leishmania species by SSUrDNA PCR and G6PD PCR

Lima, Ana Carolina Stocco de 17 August 2010 (has links)
A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) representa um sério problema de saúde pública. No Brasil muitas espécies são reconhecidas como patogênicas para o homem, portanto o diagnóstico diferencial é necessário para compreender o perfil epimemiológico da LTA em áreas endêmicas. Com o objetivo de identificar espécies de Leishmania utilizando ferramentas moleculares, cinquenta e três biópsias de pele de pacientes com LTA, fixadas em formalina e incluídas em parafina dos Estados do Pará (N=33) e Maranhão (20) foram submetidos a diferentes protocolos da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para a identificação dos agentes causadores. Biopsias foram desparafinizadas e o DNA foi extraído usando o protocolo de fenol-clorofórmio, quantificado e submetido a reações de PCR, com base na sequência de nucleotídeos codificadora do RNA que compõe a subunidade menor do ribossomo (SSUrDNA) e da enzima Glicose 6-Fosfato Desidrogenase (G6PD). O alvo G6PD foi utilizado tanto em reações de PCR convencional (cPCR), como de PCR quantitativo (qPCR). As reações de cPCR e Nested PCR SSUrDNA apresentaram resultado positivo para o gênero Leishmania em 40 (83,3%) das amostras submetidas. Vinte e sete desses produtos de PCR foram sequenciados, sendo 17 identificados como L.(L.) amazonensis e 10 como L.(Viannia) sp. A cPCR G6PD identificou 9 amostras como L.(V.) braziliensis , sendo 7 do Maranhão (36%) e 2 do Pará (6%). O DNA de L.(Viannia) sp. foi quantificado em quatro amostras do Maranhão através da reação de qPCR G6PD, mesmo esse alvo sendo de cópia única. Esses resultados indicam que sequências especificas de Leishmania sp. presentes em múltiplas cópias devem ser escolhidas para a aplicação de cPCR em DNA provindo de amostras parafinadas,uma vez que é freqüente casos de LTA com baixo parasitismo e consequentemente, pequenas concentrações de DNA. E ainda a cPCR SSUrDNA pode ser um bom alvo para estudos diagnósticos e epidemiológicos.A qPCR G6PD permitiu a detecção, identificação e quantificação de L. (Viannia) sp. em uma única etapa de amplificação em quatro amostras que presentaram resultados positivos somente na Nested ou Semi-Nested PCR, demonstrando uma maior sensibilidade oferecida pela q PCR / American Cutaneous Leishmaniasis (ACL) presents a serious problem of public healthy. In Brazil many species are recognized as pathogenic to humans, therefore differential diagnostic is necessary to understand the epidemiological profile of ACL in endemic areas. Fifty-three paraffinembedded skin biopsies of ACL patients from Pará (N=33) and Maranhão (20) States, were submitted to different protocols of polymerase chain reaction (PCR) for identification of their causative agents. Biopsies were deparaffinized and DNA were extracted using phenol-chloroform, quantified and submitted to PCR reaction, using small subunit coding sequence (SSUrDNA) and enzyme glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD). The target of G6PD was used both in conventional PCR reactions (cPCR) and quantitative PCR (qPCR). The reactions of cPCR and Nested PCR SSUrDNA showed positive result for the genus Leishmania in 40 (83.3%) of the samples. Twenty-seven positive samples were submitted to sequencing and 10 were identified as L. (Viannia) sp. and 17 as L. (L.) amazonensis. The G6PD PCR identified 9 samples as L. (V.) braziliensis, 2 from Pará (6%) and 7 from Maranhão (35%).Four samples were quantified in G6PD qPCR, even this is a single copy. These results indicate that specific sequences from Leishmania sp. present in multiple copies should be chosen in relation to those from unique copies in paraffin-embedded tissues, once is frequent cases of ACL with low parasitism, consequently small DNA concentrations and that SSUrDNA can be a good target to diagnostic and epidemiologic studies of ACL. The qPCR allowed the detection and identification of L. (Viannia) sp. in a single round of amplification in four samples that when showed positive results only in the Nested or Semi Nested cPCR suggesting a higher sensitivity offered by qPCR
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Caracterização  sorológica e molecular da infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) em doadores de sangue do Estado do Amazonas / Characterization of Hepatitis C Virus infection in Amazon blood donors, Brazil

Kátia Luz Tôrres Silva 06 January 2009 (has links)
Na prática hemoterápica em todo mundo, a triagem e o diagnóstico da infecção pelo HCV continua sendo um desafio. Desta forma, considerando as variáveis genéticas do vírus da Hepatite C e as variáveis populacionais de cada região, o conhecimento mais profundo da realidade da epidemiologia molecular do vírus da Hepatite C na população de doadores de sangue em regiões específicas se torna cada vez mais imprescindível. Desta forma, este estudo visou realizar a caracterização sorológica e molecular da infecção pelo Vírus da Hepatite C (HCV) em doadores de sangue do Estado do Amazonas a fim de subsidiar conhecimentos para interpretação dos diferentes perfis laboratoriais e clínicos, além de contribuir para o conhecimento das rotas de transmissão e da epidemiologia da infecção do Amazonas. Foram estudados 154 doadores de sangue do Estado do Amazonas com sorologia repetidamente reativa para anti-HCV. Foram realizados testes sorológicos por ELISA e Imunoblot, testes de detecção de RNA viral plasmático por Nested PCR, determinação da carga viral e genotipagem do vírus por sequenciamento. O estudo foi realizado no período de setembro de 2005 a abril de 2007 quando o índice de descarte por anti-HCV reativo foi de 0,37%. Foi observado que 50% dos casos de Imunoblot indeterminado apresentaram positividade no Nested PCR indicando a presença de RNA plasmático. A carga viral baixa foi um fator limitante para a determinação do genótipo viral pelo método de sequenciamento de algumas amostras. A freqüência de casos presumidos de clearance viral plasmático na amostra estudada foi de 18,8%. O genótipo mais prevalente do HCV nos doadores do Estado do Amazonas foi o genótipo 1 (87,5%) seguido do genótipo 3 (12,5%). Considerando as nuances da história natural da Hepatite C e os diversos momentos clínicos que os doadores possam se encontrar devem ser adotadas mudanças de condutas do acompanhamento dos doadores sororeativos para anti-HCV no banco de sangue do Amazonas e no fluxograma de diagnóstico da infecção. / The screening and diagnostic of HCV infection continue to be a challenge on the hemotherapic practice because the unique characteristics of each population and the molecular variability of the virus. The aim of this study was to characterize the serologic and molecular profile of 154 anti-HCV+ Amazon blood donors from the Amazon Hematology and Hemoterapy Foundation. Screening for anti HCV antibody was performed using ELISA and recombinant Imunoblot assay. Seropositive samples were assessed further with Nested PCR, viral load and genotyping techniques. In the study period, 2005-2007 the anti-HCV discard rate was 0,37%. We observed that 50% of the indeterminate Immunoblot cases showed HCV RNA presence in plasma by Nested PCR. The most prevalent genotype between subjects of this study was genotype 1 (87,5%), followed by genotype 3 (12,5%). The presumed plasma clearance frequency was 18,8%. The low viral load was a determinant critical factor to the genotype determination in some samples. Considering the different stages of the HCV natural infection different conducts may be adopted with inclusion of molecular testes as the first option for confirmation to the follow up of the positive anti-HCV blood donors in the Amazon blood bank and in the algorithm of the infection diagnostic, saving resources and providing a better counseling for the reactive donors.
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Instabilidade genômica em carcinoma basocelular humano revelada através da análise de sequências repetitivas / Genomic instability in baseal cell carcinoma revealed by repetitive sequences analysis

Juliana Silva Capitanio 15 December 2009 (has links)
O CBC é o câncer mais comum hoje, causado pela UV que ao atingir a pele origina mutações no DNA que se não reparadas podem levar a tumorigênese. Este estudo avalia seqüências repetitivas (microssatélites e RAPD) na busca de marcadores moleculares e de genes envolvidos no surgimento deste tipo de tumor. Os padrões foram obtidos por PCR utilizando como molde DNA genômico de tumores, pele normal e leucócitos. Foram avaliados 34 tumores. Alterações nos microssatélites foram correlacionadas com o CBC esclerodermiforme e nos RAPD (OPB-08) com tumores micronodulares. Alterações de microssatélites e RAPDs apresentam correlação com o maior número de lesões em um mesmo paciente. Indicando um acompanhamento mais atento de pacientes mais alterados. A busca de novos genes envolvidos no CBC identificou DENND1A no cromossomo 9, putativamente menos expresso em cânceres de pele, porém com relação indeterminada com a carcinogênese e BANP/SMAR1, supressor tumoral que atua na via do p53, afeta a transcrição da ciclina D1 e inibe a sinalização da via TGFb promovendo a carcinogênese / BCC is the most common cancer today, caused by UV that generates mutation on the DNA of skin cells, which if not repaired may lead to tumorigenesis. This study evaluates repetitive sequences (microsatellites and RAPD) searching for molecular markers and genes involved in the development of this tumor. The patterns were obtained by PCR using as template genomic DNA from 34 tumors, normal skin and leucocytes. Microsatellite alterations are correlated with sclerosing BCC and RAPDs with micronodular BCC (OPB-08). Alterations in microsatellites and RAPD are correlated with an increase in the number of tumors in a patient. This indicates a more careful follow up for the more altered patients. The search for new genes involved with BCC identified DENND1A on chromosome 9, putatively less expressed in skin cancers, whose relation to carcinogenesis is undetermined and BANP/SMAR1, a tumor suppressor acting on the p53 pathway, affecting cyclin D1 transcription and inhibiting TGFb signaling pathway, promoting carcinogenesis
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Métodos moleculares aplicados ao diagnóstico da tuberculose bovina / Molecular methods applied to the bovine tuberculosis diagnosis

Ana Paula Macedo Ruggiero 26 March 2004 (has links)
A tuberculose é uma das principais preocupações da Organização Mundial da Saúde, principalmente após o surgimento da AIDS que alavancou os índices da doença, sendo considerada a principal causa de morte por um único agente. Além do M. tuberculosis, agente responsável pela doença em humanos, outra manifestação importante é a tuberculose em bovinos causada pelo M. bovis, que também apresenta importância epidemiológica, devido à transmissão para o homem pela ingestão de alimentos contaminados, e a escassez de dados com relação à sua prevalência na população. Programas de controle da doença nos rebanhos bovinos existem em todo o mundo, e os maiores índices da doença encontram-se nos países em desenvolvimento. Estes programas estão baseados na identificação dos animais positivos, por meio de testes de tuberculina e sacrifício dos mesmos. Lesões encontradas em exames post-mortem podem ser submetidas a estudos bacteriológicos para o isolamento e identificação do agente e histopatológicos para a caracterização da lesão, os quais demandam meses para a sua conclusão. Com o advento da biologia molecular, novos métodos são propostos para a diminuir o tempo do diagnóstico de meses para poucos dias. Com o intuito de proporcionar um panorama das novas metodologias moleculares, como a técnica de PCR, empregadas no diagnóstico da tuberculose bovina, realizou-se uma revisão bibliográfica, apresentando as vantagens e dificuldades das mesmas. Apesar dos avanços alcançados com estas técnicas, a padronização de métodos viáveis para a rotina de diagnóstico laboratorial ainda não foi obtida, sendo essencial o investimento em pesquisas com o objetivo de solucionar estas barreiras. / Tuberculosis is one of the main concern of World Health Organization, especially after the appearance of the AIDS that increased the rate of this disease that is the principal cause of death by one unique agent. Besides the tuberculosis caused by M. tuberculosis in human being, the disease caused by M. bovis in man shows epidemiological importance by its transmission trough contaminated food and the requirement of datas about its prevalence in human being. Control programs of bovine tuberculosis are present worldwide and the major rates of the disease are found in developing countries. This programs are based on test-and-slaughter, defined by the application of tuberculin test to cattle and slaughter of positive animals. Tuberculous lesions founded at post mortem inspection can be analyzed by bacteriological methods for isolation and identifying of the agent and histopathological examination that both require several days to conclusion. After the advent of molecular biology, new methods have been proposed to reduce the time of diagnostic from moths to few days. With the meaning to provide an overview of the new molecular methods applied to the bovine tuberculosis diagnosis, as PCR method, a review as carried out showing those advantages and difficulties. Although the advances reached by these techniques, the standardization of viable methods to the routine laboratory diagnosis couldn?t be reached and the investment in researches is essential to solve these barriers.

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