Made available in DSpace on 2014-06-12T16:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6583_1.pdf: 2036261 bytes, checksum: 2f9456a9138bbf6c7d3482c028af1558 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / O diabetes mellitus é um grave problema de saúde pública caracterizado por hiperglicemia crônica ocasionada pela ausência ou ineficiência da insulina nos tecidos-alvo. Muitas espécies de plantas têm sido usadas na medicina popular para tratar os sintomas da doença. Na etnofarmacologia, o chá da casca de Caesalpinia ferrea Martius Ext Tul tem sido usado no tratamento do diabetes. Nesse estudo, metabólitos secundários foram identificados e quantificados por HPLC. A fim de verificar a atividade antidiabética de C. ferrea, quatro grupos de ratos Wistar diabéticos induzidos por estreptozotocina (50mg/Kg) (n=7/grupo) foram tratados com o extrato aquoso da casca do caule de C. ferrea (EaCf) (300 e 450mg/Kg/dia), veículo e metformina (500mg/Kg/dia) durante 4 semanas. Mudanças no ganho de massa, no consumo de água e ração e nos parâmetros bioquímicos foram avaliadas. A expressão da proteína quinase B (Akt), da proteína quinase ativada por AMP (AMPK) e acetil-CoA carboxilase (ACC) foram determinadas no fígado e músculo esquelético dos animais usando Western blot. A avaliação da segurança de uso do EaCf foi verificada através dos ensaios de toxicidade aguda, subcrônica, crônica e reprodutiva. Para os ensaios de toxicidade aguda, o EaCf (2000mg/Kg) foi administrado em ratos Wistar de ambos os sexos (n= 5/grupo/sexo). Na toxicidade subcrônica, ratos Wistar machos (n=10/grupo) foram tratados durante 30 dias com o EaCf (300 e 1500mg/Kg/dia) e na crônica, o EaCf (300 e 1500mg/Kg/dia) foi administrado aos camundongos Swiss machos durante 90 dias. Ao final do tratamento foram realizadas análises bioquímicas, hematológicas, macro e microscópicas dos órgãos. Na toxicidade reprodutiva, o EaCf (300 e 1500mg/Kg/dia) foi administrado em ratas Wistar prenhes durante o período integral de gestação para avaliação dos parâmetros reprodutivos maternos e comportamentais da prole. O conteúdo de ácido gálico, catequina, epicatequina e ácido elágico quantificado por HPLC foi de 112,76; 17,75; 6,13 e 12,00mg/g. Os resultados ainda mostraram que EaCf reduziu os níveis glicêmicos e melhorou o estado metabólico geral dos animais diabéticos. A ativação da Akt foi observada no fígado e músculo esquelético dos animais tratados com conseqüente desativação da AMPK no músculo e ativação da ACC em ambos quando comparado aos não-tratados. Na toxicidade aguda, o tratamento não induziu nenhum sinal de toxicidade ou morte, e na subcrônica, não houve alterações macro e microscópicas dos órgãos e nem nos parâmetros hematológicos e bioquímicos, exceto a amilasemia observada. Na toxicidade crônica, houve reduções no ganho de massa corporal, nos níveis séricos de proteínas totais e albumina (em ambas as doses). Na dose de 1500mg/Kg, houve aumento da lactato desidrogenase, amilase e necrose do intestino delgado. Durante toda a gestação, houve redução no ganho de massa corporal (1500mg/Kg) e na prole foram observadas reduções na massa corporal no 1º e 4º dias de vida e no comprimento, no 21º dia de vida pós-natal (1500mg/Kg). Os resultados sugerem que EaCf apresenta atividade antidiabética e age, possivelmente, regulando a captação hepática e muscular de glicose via Akt. O tratamento crônico sugere toxicidade principalmente na maior dose, provavelmente pela ação dos taninos que comprometem a absorção de macronutrientes

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ariane_Castro_Mendes_Leao[1].pdf: 899082 bytes, checksum: 0b19f24baa0e56f0caae9f29a959bb7a (MD5) Previous issue date: 2006-12-15 / The common bean besides being one of the basic meals of brazilian´s population, it is one of the main products that provide protein in the nutritional diet from the society share which is economically less favorable. The identification of molecular markers linked to controlling genes of the protein content in common beans (Phaseolus vulgaris L.) is a very important tool to help breeding programs, raising the efficiency and agility. This way, this work was made with two main goals: a) to map SSR and RAPD markers linked to loci (QTLs) that control protein content in two generations of a segregating population of common beans and b) to compare detection procedures of markers linked to QTLs using the ANOVA method and the process of interval mapping. For that reason, 94 families were taken from the F2 generation and 90 families from the F2:3 generation derived from the cross of genitors CNFC 7812 e CNFC 8056. Results indicated that there is the possibility of identifying molecular markers related to protein content in common beans, utilizing both detection procedures. The ANOVA method identified a greater number of QTLslinked markers than the process of interval mapping in both generations. There was coincidence between the identified loci obtained with the two methods for each generation. Loci that were associated with protein content were different for the F2 and F2:3 generations. However, there was a stable detection of a genomic region of the linkage group 4, indicating a possible role of this region of the common bean genome in the control of seed protein content. The proportion of the trait s phenotypic variation explained by QTLs varied from 5,5% to 9,5%, considering both generation. / O feijão, além de se constituir um dos alimentos básicos da população brasileira, é um dos principais produtos fornecedores de proteína na dieta alimentar dos estratos sociais economicamente menos favorecidos. A identificação de marcadores moleculares ligados a genes controladores de teor de proteína em feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L.) é uma importante ferramenta para auxiliar os programas de melhoramento, aumentando sua eficiência e agilidade. Desta forma, este trabalho foi realizado com os objetivos: a) mapear marcadores SSR e RAPD ligados aos locos gênicos (QTLs) controladores de teor de proteína em duas gerações de uma população segregante de feijoeiro-comum e b) comparar os processos de detecção dos marcadores ligados aos QTLs utilizando o método de ANOVA e o método de mapeamento por intervalo. Para tanto, foram utilizadas 94 famílias da geração F2 e 90 famílias da geração F2:3 provenientes do cruzamento entre os genitores CNFC 7812 e CNFC 8056. Os resultados mostraram a possibilidade de identificar marcadores moleculares ligados ao teor de proteína em feijoeiro, utilizando ambos os métodos. O método de ANOVA identificou mais marcadores ligados a QTLs do que o processo de mapeamento por intervalo em ambas as gerações. Houve concordância entre os locos identificados pelos dois métodos para cada geração. Os locos que foram associados com o teor de proteína foram distintos para as gerações F2 e F2:3. Entretanto, houve uma detecção estável de uma região genômica do grupo de ligação 4, indicando um possível papel desta região do genoma do feijoeiro no controle do teor de proteína no grão. A proporção da variância fenotípica desta característica explicada pelos QTLs variou de 5,5% a 9,5%, considerando as duas gerações.

Made available in DSpace on 2015-04-11T14:02:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kellen Fabiane da Silva Pinage.pdf: 968503 bytes, checksum: 287e8546d1bf57097a18d1540c5cc374 (MD5) Previous issue date: 2007-09-21 / Protein structure prediction is a process in Molecular Biology by way of which the 3D structure of a protein is determined based on known structures of other proteins. This is an important process because the structure of a protein is a determinant factor for its function in the cell. Knowing a protein s structure allows scientists to describe the kind of activity that the protein performs in the cell and to develop drugs to treat diseases. The prediction process is based on similarity between the amino acid sequences that form proteins: the structure of a target protein is predicted by re-using knowledge on proteins whose structures are already determined and whose amino acid sequences are similar to the former s. Therefore, knowledge reuse occurs in the process of predicting protein structure, but without employing a domain ontology. In this work, we apply a technique of ontology-driven knowledge re-use in protein structure prediction aiming at improving the prediction process in its efficiency and in the quality of the obtained structures. An experiment has been carried out in which the technique was applied to predict the structure of 286 target sequences. There has been improvement as well as loss of quality of predicted structures, whereas a run time performance gain in 38% of the target structures was observed. / Predição de estrutura de proteína é um processo na Biologia Molecular pelo qual a estrutura 3D de uma proteína é determinada com base em estruturas já conhecidas de outras proteínas. É um processo importante porque a estrutura de uma proteína é um fator determinante para sua função na célula. Conhecendo a estrutura de uma proteína, os cientistas podem descobrir que tipo de atividade a proteína realiza na célula e criar drogas para combater doenças. O processo de predição é baseado na similaridade entre as seqüências de aminoácidos que formam proteínas: a estrutura de uma proteína alvo é predita reusando conhecimento de proteínas cujas estruturas já foram determinadas e suas seqüências de aminoácidos são similares à seqüência alvo. Portanto, reuso de conhecimento ocorre no processo de predição de estrutura de proteína, mas sem a utilização de uma ontologia de domínio. Neste trabalho, nós aplicamos uma técnica de reuso de conhecimento baseado em ontologia na predição de estrutura de proteína com o objetivo de melhorar o processo de predição em sua eficiência e qualidade das estruturas obtidas. Um experimento foi realizado no qual a técnica foi aplicada para predizer a estrutura de 286 seqüências alvo. Houve melhorias e perdas de qualidade das estruturas preditas, ao passo que um ganho de performance (tempo de execução) foi observado em 38% das seqüências alvo.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2016-11-22T16:54:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Raisa Melo Lima - 2016.pdf: 5394977 bytes, checksum: 7066675bd31ee0e72d9ecd420ea0d1e7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-11-30T15:46:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Raisa Melo Lima - 2016.pdf: 5394977 bytes, checksum: 7066675bd31ee0e72d9ecd420ea0d1e7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-30T15:46:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Raisa Melo Lima - 2016.pdf: 5394977 bytes, checksum: 7066675bd31ee0e72d9ecd420ea0d1e7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-10-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Paracoccidioidomycosis (PCM) is a systemic mycosis endemic in Brazil, where are recorded about 80% of cases worldwide, and has Paracoccidioides sp. as the etiologic agent. Malate synthase (MLS) is an important enzyme related to the fungal metabolism, once it is essential in the glyoxylate cycle, a secondary metabolic pathway of the citric acid cycle exclusive to microorganisms and plants. Its absence in humans makes this enzyme an interesting subject to study, mainly in rational drug design. From recent in vitro studies, several interacting proteins of MLS (receiver) were classified, but the modes of interaction and key regions involved in protein-protein interfaces (PPIs) have not yet been described. In this work, six (6) binding proteins (BPs) were selected to describe the IP's of MLS. Their tridimensonal structures, as well as MLS, were predicted by homology modeling using I-TASSER server, and subsequent molecular dynamics simulations (MD). The most common conformational modes of each protein were obtained by cluster analysis of the trajectories generated by MD. Molecular docking simulations using Gramm-X were then performed for the conformational modes of MLS against the BP's, resulting in a total of 36 complexes. Based on the higher frequency of some small fragments of proteins observed in the IPP's, 57 peptides with sizes between 5 and 20 residues, were initially selected from 5 regions of MLS which are considered more frequent in protein-protein interaction. FlexPepDock simulations were performed to optimize the atomic coordinates of the peptide complexed with MLS, and concomitantly, PepFOLD simulations were performed to evaluate the stability of each peptide in solution. Based on the lower energy score of peptides linked to MLS, and the stability of their structures in solution (MLS-free), 6 peptides were selected as promising ligands to MLS mode 1. The stability and patterns of interactions of these peptides were evaluated in detail. / A paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica endêmica no Brasil, onde são registrados cerca de 80% dos casos mundiais, e possui como agente etiológico o fungo Paracoccidioides spp. A Malato sintase (MLS) é uma importante enzima relacionada ao metabolismo fúngico, uma vez que é essencial no ciclo do glioxilato, uma via metabólica importante de produção de glicose para parede celular, sendo exclusiva de micro-organismos e plantas. Sua ausência em humanos a torna um alvo interessante de estudo, principalmente, no desenho racional de fármacos. A partir de recentes estudos in vitro, várias proteínas que interagem com a PbMLS (receptor) foram classificadas, porém os modos de interação e as regiões chaves envolvidas nas interfaces proteína-proteína (IPP’s), não foram ainda descritas. Neste trabalho, 6 (seis) proteínas ligantes (PL) foram selecionadas para verificar suas interações com PbMLS. As estruturas tridimensionais dessas proteínas, bem como de PbMLS, foram preditas por homologia, usando o servidor I-TASSER. Simulações de dinâmica molecular (DM) foram realizadas pelo programa GROMACS, e os modos das conformações mais representativas de cada proteína foram determinados baseando-se nas análises de agrupamentos a partir das trajetórias geradas por DM. Simulações de ancoragem molecular com GRAMM-X foram então realizadas entre os modos conformacionais de PbMLS contra os obtidos de PL’s, resultando num total de 36 complexos. Baseado na frequência maior de alguns pequenos fragmentos de proteínas, observados nas IPP’s, 57 peptídeos de tamanhos entre 5 e 20 resíduos de aminoácidos, foram inicialmente selecionados a partir de 5 regiões da PbMLS consideradas mais frequentes na interação proteína-proteína. Simulações com FlexPepDock foram realizadas para otimizar as coordenadas atômicas dos peptídeos complexados com MLS e, concomitantemente, simulações com PepFOLD foram realizadas para avaliar a estabilidade de cada peptídeo em solução. Com base nos mais baixos scores de energia dos peptídeos ligados a MLS bem como na estabilidade de suas estruturas não ligadas em solução , 5 peptídeos foram selecionados como promissores ligantes ao modo 1 de MLS. A estabilidade e os padrões de interações destes peptídeos são avaliados em detalhes.

O vírus respiratório sincicial humano (HRSV) é um dos agentes patogênicos respiratórios de grande importância clínica, tendo em vista que acomete 64 milhões de crianças por ano em todo o mundo. A resposta imune do hospedeiro e a variabilidade genética do HRSV podem interferir na produção de uma vacina eficaz, tal como a presença de quasispecies na população viral. O objetivo deste trabalho foi detectar quasispecies em amostras de HRSV e verificar se soros obtidos da criança na fase convalescente da doença e de sua respectiva mãe selecionam estes mutantes. Uma alteração não sinonímia foi detectada no gene F em um dos clones seqüenciados, enquanto duas alterações sinonímias e duas não sinonímias foram encontradas no gene G do HRSV, sendo as últimas no mesmo nucleotídeo. Um dos clones pré-selecionados com soro humano apresentou a mesma alteração não-sinonímia, encontrada na ausência de anticorpos no gene G. Os resultados sugerem que diferentes sequencias virais presentes em menor quantidade na população podem ser selecionadas pelo sistema imunológico do hospedeiro. / Human respiratory syncytial virus (HRSV) is one of the most important clinical respiratory pathogens, since 64 millions children in the world are infected by this agent every year. Host immunity and viral genetic variability are important factors to a vaccine development, besides quasispecies presence in the viral population. In this work, HRSV quasispecies were detected in clinical samples in absence and presence of human polyclonal serum collected by children in the convalescent phase and mother serum. A non-synonymy variation was found in the F gene in antibodies absence. Four mutations were found at HRSV G2 in polyclonal serum absence. Two were synonymy and two were non-synonymy variation, the last in the same nucleotide. A non-synonymy mutation was found in the G2 region in presence of polyclonal serum collected from child convalescent phase. This alteration was the same of the observed in absence of polyclonal serum so it is possible that host antibodies can selected different viral minority sequences present in the population.

INTRODUÇÃO: Injeções intravítreas de acetato de triancinolona são utilizadas no tratamento de uma série de doenças retinianas. Estudos in vitro demonstram toxicidade, mas não está ainda claro se está relacionada ao preservativo ácido benzílico. Recentemente, uma formulação sem preservativo (Triesence®) foi aprovada nos Estados Unidos da América para uso intraocular. Entretanto, não existem estudos avaliando os efeitos in vitro e in vivo desta formulação. OBJETIVOS: Avaliar os efeitos do Triesence® em culturas de células retinianas e em um modelo experimental animal. MÉTODOS: As culturas de células ARPE-­-19 e R28 foram tratadas por 24 horas com Triesence® em cristais (TRIc) nas doses de 1000, 500, 200 ou 100 g/mL, ou solubilizado (TRIs) nas doses de 1000, 500 ou 200 ?g/mL. O Triesence® foi solubilizado após a centrifugação da droga, descarte do sobrenadante contendo o veículo, e em seguida ressuspensão da droga em quantidade equivalente de dimetilsulfóxido (DMSO). A porcentagem de viabilidade celular (VC) foi avaliada em ensaio de exclusão com azul de tripan. O potencial de membrana mitocondrial, foi analisado com o ensaio JC1. A atividade da caspase-­-3/7 foi mensurada por ensaio com fluoróforos. Trinta coelhos borboletas (Oryctolagus Cuniculum) foram divididos em três grupos e receberam 3 quantidades diferentes de Triesence® intravítreo: 1, 4, ou 8 mg. Após a anestesia, o olho direito (OD) recebeu a droga, enquanto o olho esquerdo (OE) recebeu o mesmo volume de solução salina balanceada. Ao final de 30 dias, o eletrorretinograma (ERG) foi registrado. Após realização do ERG, os animais foram sacrificados e os olhos coletados para análise morfológica. Doze outros coelhos foram submetidos somente a análise morfológica após 7 dias da aplicação. OS ERGs foram registrados com o sistema RETIport (Roland Consult, Alemanha), com um estimulador Ganzfeld Q450 SC. O teste de postos com sinais de Wilcoxon foi utilizado para comparar as amostras relacionadas. Para estímulos escotópicos, o valor logarítmico das amplitudes médias da onda b foi relacionado ao valor logarítmico da intensidade luminosa de cada estímulo, e a amplitude máxima da onda b (Vmax), a intensidade luminosa necessária para se atingir 50% do valor do Vmax (k), e a inclinação da curva (n) foram analisados utilizando-­-se os testes estatísticos ANOVA e t de Student pareado bicaudal. Resumo RESULTADOS: TRIc causa diminuição significativa na viabilidade celular em todas as concentrações e linhagens testadas, o que é minimizado pela solubilização da droga. Mesmo o TRIs demonstrou aumento da regulação da caspase 3/7, indicativo de apoptose in vitro, mas não houve aumento da atividade no ensaio JC1. O ERG escotópico evidenciou uma queda estatisticamente significativa de aproximadamente 7% no Vmax no grupo recebendo 8 mg a droga, mas não houve alteração significativa nos parâmetros k ou n em nenhuma concentração testada. O ERG fotópico evidenciou amplitudes de onda b significativamente reduzidas nos grupos que receberam 4 ou 8 mg, mas não no que recebeu 1 mg. Observou-­-se redução na amplitude do flicker para 24 ou 30 Hertz (Hz) no grupo que recebeu 8 mg, e para 30 Hz no grupo que recebeu 4 mg. Não foram notadas diferenças nos ensaios Hematoxilina-­-Eosina (H&E), Tunnel, Fluoro-­-Jade B ou GFAP (proteína glial fibrilar ácida) entre retinas tratadas e controle após 30 dias. Entretanto, após 7 dias, observou-­-se marcação positiva para proteína glial fibrilar ácida nas células de Müller. CONCLUSÃO: TRIc causa uma diminuição significativa na viabilidade celular em culturas de células retinianas. Após solubilizada, a droga não causa este efeito ou tampouco altera-o. Mesmo o TRIs causa aumento dos níveis de caspase 3/7, sugerindo apoptose. No modelo experimental em coelhos, foram observadas alterações morfológicas e eletrorretinográficas após a injeção intravítrea de Triesence®. Células de Müller apresentaram expressão de GFAP após 7 dias, mas não após 30 dias, sugerindo ativação transitória deste tipo celular. Não foram encontrados sinais de necrose ou apoptose, mesmo nas doses mais elevadas. Os resultados do ERG sugerem toxicidade retiniana após aplicação intravítrea de 4 ou 8 mg de Triesence® (4 a 8 vezes a dose clínica terapêutica) / INTRODUCTION: Intravitreous triancinolone acetonide is used to treat various retinal disorders. In vitro studies show toxicity, but it is not clear if that is related to the preservative benzyl alcohol. Recently, a formulation without preservative (Triesence®) was approved for intraocular use. However, no in vitro or in vivo studies with this formulation have been reported in literature so far. OBJECTIVES: To evaluate the effects of the exposure of Triesence® on retinal cells in culture and on an in-­-vivo rabbit model. METHODS: ARPE-­-19 and R28 cell cultures were treated for 24 hours with 1000, 500, 200 or 100 ?g/mL of crystalline (TRIc) or 1000, 500 or 200 g/mL of solubilized (TRIs) Triesence®. The drug was solubilized by centrifuging it, discarding the supernatant containing the vehicle and then resuspending the pellet in an equivalent amount of Dimethyl sulfoxide (DMSO). Percentage of cell viability (VC) was evaluated by a trypan blue dye-­-exclusion assay. The mitochondrial membrane potential was analyzed with the JC-­-1 assay. The caspase-­-3/7 activity was measured by a fluorochrome assay. Thirty pigmented rabbits (Oryctolagus Cuniculum) were assigned to 3 different intravitreal drug concentrations of Triesence®: 1, 4 or 8 mg. The animals were anesthetized and the right eye (OD) received drug, while the left eye (OS) received balanced salt solution. After 30 days, electroretinogram (ERG) was recorded. ERGs were recorded with the RETIport system (Roland Consult, Germany) with a Ganzfeld Q450 SC stimulator. Wilcoxon signed rank test was used to compare related samples. After the ERG, the animals were euthanized and the eyes were collected for morphological analysis. Twelve other rabbits had histology only analysis after 7 days of injection. Dark-­-adapted b-­-wave mean amplitudes were plotted as log response versus log light intensity curves, and the maximum The mitochondrial membrane potential was analyzed with the JC-­-1 assay. The caspase-­-3/7 activity was measured by a fluorochrome assay. Thirty pigmented rabbits (Oryctolagus Cuniculum) were assigned to 3 different intravitreal drug concentrations of Triesence®: 1, 4 or 8 mg. The animals were anesthetized and the right eye (OD) received drug, while the left eye (OS) received balanced salt solution. After 30 days, electroretinogram (ERG) was recorded. ERGs were recorded with the RETIport system (Roland Consult, Germany) with a Ganzfeld Q450 SC stimulator. Wilcoxon signed rank test was used to compare related samples. After the ERG, the animals were euthanized and the eyes were collected for morphological analysis. Twelve other rabbits had histology only analysis after 7 days of injection. Dark-­-adapted b-­-wave mean amplitudes were plotted as log response versus log light intensity curves, and the maximum

Ao longo dos processos de imortalização e transformação maligna, as células adquirem inúmeras alterações genéticas, que são causadas por fatores endógenos e exógenos como agentes biológicos e a geração de espécies reativas de oxigênio. Neste trabalho, uma linhagem celular espontaneamente transformada foi clonada a partir de explantes de embriões de camundongos C57bl/6. Esta linhagem mostrou-se produtora de pigmento escuro; a análise citoquímica e ultraestrutural permitiu caracterizar a linhagem como tendo origem melanocítica. A linhagem, denominada Mgal3, mostrou-se tumorigênica quando implantada no tecido subcutâneo de animais singenéicos, apresentando capacidade de disseminação linfática, dando origem a metástases em linfonodos, o que permitiu caracteriza-la como uma linhagem de melanoma murino. O processo de transformação deste melanoma caracterizou-se pela expressão de genes retrovirais endógenos, com expressão do antígeno associado a melanoma (MAA), reconhecido pelo anticorpo monoclonal MM2-9B6; ausência de mutações nos exons 5 a 8 do gene supressor de tumor TP53; e, silenciamento do gene CDKN2a, que codifica duas proteínas que atuam em redes de supressão de tumores, p16INK4a e p19ARF. A perda de expressão de pelo menos um destes produtos gênicos parece associada a mecanismos epigenéticos, uma vez que o tratamento de Mgal3 com o inibidor de DNA metiltransferase 5-Aza-2-deoxicitidina, restaurou a transcrição de pelo menos um dos transcritos do gene CDKN2a. Da mesma forma, observamos que o gene LGALS3, que codifica a lectina animal galectina-3 também é silenciado nesta linhagem, mostrando que esta molécula não está associada à manutenção desta célula transformada em condições de cultivo. / A novel murine melanoma cell line named Mgal3 was generated from embryo explants. This cell line gave rise to metastatic tumors when injected subcutaneously in C57bl/6 mice. Tumor histogenesis was determined at the cytochemical (Fontana Masson staining), immunohistochemical (staining with anti-HMB45 and anti-S100) and ultrastructural levels. Mgal3 produces high amounts of retroviral C particles and was recognized by the mAb MM2-9B6, which reacts with a melanoma associated antigen derived from the envelope of the ecotropic retrovirus MelArv. No mutations were found in TP53 exons 5-8, however loss of CDKN2a expression was observed. Treatment of Mgal3 with the demethylating agent azadeoxycytidine indicated that at least one of the genes encoded at the CDKN2a locus was silenced by promoter hypermethylation. Furthermore, this cell line did not express the animal lectin, galectin-3. The galectin-3 gene promoter seemed to be hypermethylated, since treatment of Mgal3 with azadeoxycytidine led to the de novo expression of the lectin.

O exossomo é um complexo multiproteico conservado evolutivamente de archaea a eucariotos superiores que desempenha funções celulares essenciais tais como: atividade exoribonucleolítica 3\'→5\', regulação dos níveis de mRNA, maturação de RNAs estruturais e controle de qualidade de RNAs durante os vários estágios do mecanismo de expressão gênica. Em Archaea, o exossomo é composto por até quatro subunidades diferentes, duas com domínios de RNase PH, aRrp41 e aRrp42, e duas com domínios de ligação a RNAs, aCsl4 e aRrp4. Três cópias das proteínas aRrp4 e/ou aCsl4 se associam com o núcleo hexamérico catalítico do anel de RNase PH e completam a formação do complexo. A proteína PaNip7 é um cofator de regulação do exossomo da archaea Pyrococcus abyssi e atua na inibição do complexo enzimático ligando-se simultaneamente ao exossomo e a RNAs. Neste projeto, a reconstituição in vitro do exossomo da archaea Pyrococcus abyssi formado pela proteína de topo PaCsl4 foi obtida. Para tanto foram realizadas análises de interação proteica usando as técnicas de cromatografia de afinidade, gel filtração e SDS-PAGE. Em adição à formação da isoforma PaCsl4-exossomo, um fragmento peptídico correspondente à região C-terminal da PaNip7 foi sintetizado pelo método da fase sólida, purificado por RP-HPLC e o purificado foi caracterizado por LC/ESI-MS almejando realizar futuros experimentos de interação com o exossomo. / The exosome is a multiprotein complex evolutionarily conserved from archaea to higher eukaryotes that performs essential cellular functions such as: 3\'→5\' exoribonucleolytic activity, regulation of mRNA levels, maturation of structural RNAs and quality control of RNAs during the various stages of the gene expression mechanism. In Archaea, the exosome is composed of up to four different subunits, two with RNase PH domains, aRrp41 and aRrp42, and two with RNAs binding domains, aCsl4 and aRrp4. Three copies of the aRrp4 and/or aCsl4 proteins associate with the hexameric catalytic core of the RNase PH ring and complete the formation of the complex. The PaNip7 protein is a regulating cofactor of the Pyrococcus abyssi archaeal exosome and acts in the inhibition of the enzyme complex by binding simultaneously to the exosome and RNAs. In this project, the reconstitution in vitro of the Pyrococcus abyssi archaeal exosome formed by the PaCsl4 top protein was achieved. To this end protein interaction analyses were performed using affinity chromatography, gel filtration and SDS-PAGE techniques. In addition to the formation of the PaCsl4-exosome isoform, a peptide fragment corresponding to the C-terminal region of PaNip7 was synthesized by solid-phase method, purified by RP-HPLC and the purified peptide was characterized by LC/ESI-MS aiming to perform future binding experiments with the exosome.

Orientador: Jorg Kobarg / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T15:15:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_EdmarciaElisa_D.pdf: 15682912 bytes, checksum: e58bfe67bbf5f3bc0979ec28db650292 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: As proteínas Neks (NIMA-related kinases) representam uma família de 11 quinases humanas nomeadas Nek1 a 11 que compartilham 40 a 45% de identidade de sequência com o regulador mitótico NIMA identificado em Aspergillus nidulans. O sinergismo entre os mecanismos que dirigem a mitose é essencial para a adequada divisão celular e sua desregulação é correlacionada ao aparecimento de cânceres humanos. As Neks são essenciais para progressão do ciclo celular e por isso têm recebido especial atenção como alvos para terapia do câncer. A Nek7 humana, por sua vez, contribui para formação do fuso mitótico e biogênese dos centrossomos. Neste trabalho, nós revelamos a Nek7 como uma quinase multifuncional. Nossos estudos demonstraram um amplo espectro de proteínas de interações com a Nek7 humana, classificadas dentro de múltiplas categorias funcionais, sobretudo, da divisão celular. Alguns novos parceiros de interação também são seus potencias substratos e, ainda, localizam com a Nek7 em estruturas essenciais para a mitose e citocinese. Nós evidenciamos ainda, que através de mecanismos distintos, os domínios N- e C-terminal de Nek6 e Nek7 podem contribuir diferencialmente para a regulação e catálise e podem proporcionar a base estrutural para a independência funcional dessas quinases na sinalização celular. Além disso, usando estudos baseados microscopia confocal e RNAi (RNA interference), nós mostramos que o interactor de Nek7, a proteína RGS2, é necessária para organização e orientação do fuso mitótico. Células em metáfase suprimidas de RGS2 apresentaram fenótipos tais como: prisão na mitose; defeitos na tensão dos cinetocóros e alinhamento dos cromossomos; desorganização do fuso mitótico; perturbação na redistribuição de proteínas do polo do fuso envolvidas em nucleação; mal-orientação do fuso mitótico; e redução de microtúbulos dos ásteres e de dinâmica. Além disso, tanto a supressão quanto a superexpressão das formas selvagem e quinase dead de Nek7 prejudicaram o recutamento de ?-tubulina para o polo do fuso. Esses achados introduz a participação de RGS2 na mitose e indicam que esta pode atuar cooperativamente com Nek7 para a precisa organização e formação do fuso mitótico. Por fim, empregando biologia de sistemas, nós mostramos um compreensivo interactoma das Neks, destacando para um possível crosstalking de todos os membros da família nos processos de regulação de centríolos e mitose; função ciliar e ciliopatias; e resposta a dano de DNA / Abstract: The Neks (NIMA-related kinases) proteins represent a human kinases family named Nek1 to 11 that share 40 to 45% of sequence identity with the established NIMA mitotic regulator, identified in Aspergillus nidulans. The synergism of the mechanisms that drive mitosis is essential for proper cell division and its dysregulation is correlated with the occurrence of human cancers. The Neks are essential for cell cycle progression and therefore have received attention as targets for cancer therapy and other diseases. Human Nek7 contributes to mitotic spindle formation and centrosome biogenesis. Herein, we reveal Nek7 as a multifunctional kinase. Our proteomic studies have demonstrated a broad spectrum of interaction proteins of human Nek7 classified into multiple functional categories, especially, cell division. Some new interaction partners are also potential Nek7 substrates and localize in key structure during mitosis and cytokinesis. We also evidenced that, through different mechanisms, the N- and C- terminal domains of Nek7 and Nek6 can differentially contribute to the regulation and catalysis and provide the basis for a functional independence of Nek6 and Nek7 in cell signaling. Furthermore, using studies based in confocal microscopy and RNAi we showed the Nek7 interactor, RGS2 protein, is required for organization and orientation of the mitotic spindle. Metaphase cells RGS2-depleted showed phenotypes such as: arrest in mitosis; defects in tension kinetochores and alignment chromosomes; disruption of the mitotic spindle; disturbance in the proteins redistribution of the spindle pole involved in nucleation and microtubule dynamics; mitotic spindle misorientation; and astral microtubules reduction. Furthermore, the suppression or both overexpression of Nek7 wild type or kinase dead impaired the recruitment of ?-tubulin to the spindle pole. These findings introduce the involvement of RGS2 in mitosis and indicate that it may act cooperatively with Nek7 for proper mitotic spindle organization and formation. Finally, employing systems biology, we showed a comprehensive Neks interactome, highlighting for a possible crosstalking of all family members in centrioles and mitosis regulation; ciliary and ciliopathies function; and response to DNA damage / Doutorado / Bioquimica / Doutora em Biologia Funcional e Molecular

Orientador: Kleber Gomes Franchini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T03:49:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KosckyPaier_CarlosRoberto_D.pdf: 7798282 bytes, checksum: 043e551d51c3a8309982d9ff59835b10 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A via de sinalização da Calcineurina (Cn), uma fosfatase dependente de cálcio, desempenha papel chave no desenvolvimento, na hipertrofia e no remodelamento patológico do coração. A Calcineurina é negativamente regulada pelas Calsarcinas (CS), uma família de proteínas específicas do músculo estriado, que interagem diretamente com Cn. No entanto, os mecanismos moleculares de inibição de Cn por CS permanecem obscuros. Compreender a estrutura do complexo Cn:CS é fundamental para desvendar esse mecanismo de regulação. Neste trabalho foram combinados ensaios bioquímicos, crosslinking químico acoplado à Espectrometria de Massas (experimentos de MS / MS), análise mutacional e uma estratégia de modelagem computacional para a caracterização estrutural do complexo CnA:CS1 (isto é, constituído pela subunidade A de Cn e a isoforma 1 de CS, ambas murinas). O complexo recombinante foi submetido a crosslinking químico, tripsinizado e analisado por LC-MS/MS. Os dados obtidos foram utilizados em um docking in silico dos modelos de ambos os polipeptídeos, gerando várias poses para o complexo. As poses de menor energia de ligação foram agrupadas de acordo com semelhança estrutural e submetidas à simulação de dinâmica molecular. A superfície de interação identificada em CnA abrangeu as ?-hélices 1, 3 e loops vizinhos, enquanto a superfície correspondente de CS1 compreendeu os loops carboxiterminais das regiões Leu179-Phe185, Phe195-Ser199 e Thr250-Leu264. Notavelmente, a superfície de interação de CnA situa-se muito próxima à folha-? 14, o principal sítio de ligação do motivo PxIxIT do fator de transcrição NFAT, importante efetor da Calcineurina. Experimentos realizados com vários mutantes de CnA (FLAG- CnA) e CS1 (myc -CS1 ) foram utilizados para validar o modelo estrutural do complexo CnA:CS1. Os resíduos Lys40 (CnA) e Glu254 (CS1) foram identificados como críticos para a estabilidade do complexo. O modelo gerado neste estudo apoia a hipótese de que CS1 interage com um sítio alostérico para inibir a atividade de CnA / Abstract: Signaling by the calcium-dependent phosphatase calcineurin (Cn) plays key roles in regulating cardiac development, hypertrophy, and pathological remodeling. Cn binds to and is negatively regulated by calsarcins (CS), a family of muscle-specific proteins. However, the molecular mechanisms involved in the inhibition of Cn by CS remain unclear. Understanding the architecture and structure of Cn-CS complex is critical to unravel the regulation of Cn by CS. Here we combined biochemical assays, chemical crosslinking coupled to mass spectrometry experiments (MS/MS), mutational analysis and a modeling strategy for structural characterization of CnA-CS1 assembly. The MS/MS data obtained from the cross-linked peptides of both proteins were used to guide an in silico docking of their polypeptide models. The protein complex models with the smallest estimated binding energy were clustered according to structural similarity and submitted to molecular dynamics simulation. The interacting surface of CnA was mapped in a pocket between the 1st and 3rd ?-helixes and surrounding loops, while the corresponding surface of CS1 was mapped to the carboxyterminal loops within the Leu179-Phe185, Phe195-Ser199 and Thr250-Leu264 regions. Notably, the region of CnA that interacts with CS1 was found to be located in close proximity, but not coincident, to the ?-sheet 14, the main binding site for the PVIVIT sequence of NFAT. Experiments performed with several CnA (FLAG-CnA) and CS1 (myc-CS1) mutants were used to validate the structural model of the CnA-CS1 assembly. The Lys40 (CnA) and Glu254 (CS1) residues were identified as critical for the complex stability. The model that emerges from this study supports the notion that CS1 interacts with an allosteric site to inhibit the activity of CnA / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular