O interesse na aplicação de embalagens ativas para conservação de alimentos tem aumentado, bem como uma maior demanda por substâncias antimicrobianas naturais, devido à maior consciência dos consumidores quanto aos potenciais riscos à saúde ocasionados pelo consumo de compostos sintéticos. Entre os aditivos naturais, a própolis, por suas propriedades antibacteriana, antioxidante e antifúngica, tem despertado o interesse dos pesquisadores. Portanto, o objetivo deste trabalho foi investigar o efeito da adição do extrato etanólico de própolis (EEP) em filmes à base de gelatina plastificados com citrato de acetiltributila (CA) ou sorbitol (S), nas propriedades funcionais (propriedades mecânicas, solubilidade, permeabilidade ao vapor de água, parâmetros de cor e opacidade) e a atividade antimicrobiana dos filmes contra Staphylococcus aureus. Para a produção do EEP, 30g de resina de própolis (tipo 12) foram misturadas com 100mL de álcool etílico 80%, e a solução foi mantida sob agitação mecânica (500rpm, 30minutos) a 50ºC, e filtrada após 24horas sob refrigeração. Os filmes foram produzidos por casting com 2g de gelatina/100g de solução filmogênica, 30g de CA ou S/100g de gelatina, 35g de lecitina/100g de plastificante e o EEP nas concentrações de 0, 5, 40 ou 200g/100g de gelatina, e avaliados quanto às suas propriedades mecânicas (tração e perfuração), solubilidade em água (Sol), cor e opacidade, permeabilidade ao vapor de água (PVA), espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier (FTIR) e microscopia eletrônica de varredura, após acondicionamento (5 dias, UR = 58%, T = 25ºC). A atividade antimicrobiana dos filmes contra Staphylococcus aureus foi analisada pelo método da difusão em ágar. A incorporação de EEP causou variação na tensão (T) dos filmes com CA (58,7 a 66,4MPa), mas afetou mais intensamente os filmes com S (31,7 a 50,4MPa). Quanto à elongação (%), os filmes (CA e S) também apresentaram variações. Na perfuração, verificou-se que a adição de EEP não afetou significativamente a força máxima para ambos os plastificantes. Para a solubilidade em água, o filme com CA apresentou aumento significativo (Sol = 18,6%) para 200% de EEP, contudo, os filmes com S praticamente não variaram. Quanto à cor, para ambos os plastificantes estudados (CA e S) o aumento da concentração de EEP promoveu alterações significativas de L*, a*, b*, ΔE* e opacidade. As análises de PVA dos filmes (CA e S) mostraram que o aumento na concentração de EEP aumentou a propriedade de barreira dos filmes. Segundo a análise de FTIR, os filmes aditivados não apresentaram mudanças estruturais em relação ao controle, o que sugere que o EEP encontra-se disperso na matriz. As micrografias mostraram que a adição de EEP causou alterações, principalmente, nos filmes plastificados com S. A atividade contra S. aureus foi observada para os filmes (CA e S) com 40 e 200% de EEP, com aumento significativo do diâmetro de inibição em função do aumento da concentração de EEP. Os filmes mantiveram sua atividade antimicrobiana durante 177 dias de armazenamento. Estes resultados demonstraram a capacidade antimicrobiana dos filmes de gelatina aditivados com própolis, bem como sua estabilidade em função do tempo. / The interest in the use of active packaging for food conservation has increased, along with a higher demand for natural antimicrobial substances, due to higher consumer awareness of the potential health risks caused by synthetic compounds consumption. Among natural additives, propolis, has awaken the interest of the researchers for its antibacterial, antioxidant and antifungal properties. Thus, the aim of this work was to investigate the effect of the addition of an ethanolic propolis extract (EPE) to gelatin-based films plasticized with acetyltributyl citrate (AC) or sorbitol (S), on the functional properties (mechanical properties, solubility, water vapor permeability, color parameters and opacity) and the antimicrobial activity of the films against Staphylococcus aureus. For the EPE production, 30g for the propolis resin (type 12) were mixed with 100mL ethyl alcohol (80%), and the solution was maintained under mechanical stirring (500rpm, 30minutes) at 50°C, and filtered after 24hours under refrigeration. The films were produced by casting, using 2g of gelatin/100g of film forming solution, 30g of AC or S/100 g of gelatin, 35g of lecithin/100g of plasticizer and EPE in the concentrations of 0, 5, 40 or 200g/100g of gelatin, and evaluated for their mechanical properties (traction and puncture tests), water solubility (Sol), color and opacity, water vapor permeability (WVP), Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) and scanning electron microscopy, after storage (5 days, relative humidity = 58%, temperature = 25°C). The antimicrobial activity of the films against Staphylococcus aureus was analyzed by agar diffusion method. The EPE addition caused variation of the tensile strength (T) of the films with AC (58.7 a 66.4MPa), but affected more intensely the films with S (31.7 a 50.4MPa). The films (AC and S) also presented variations for the elongation (%). For the puncture force, the addition did not affect significantly the maximum force for any of the plasticizers. For the water solubility, the films with AC presented significant increase (Sol = 18,6%) for 200% of EPE, however the films with S did not vary. For both plasticizers studied (AC and S), the increase of EPE concentration promoted significant changes of the color parameters, L*, a*, b*, ΔE* and opacity. The WVP analysis of the films (AC and S) showed that the increase of the EPE concentration increased the barrier property of the films. According to FTIR analysis, the EPE addition in the films did not present structural changes compared to the control, suggesting that the EPE was disperse in the protein matrix. The micrographs showed that the EPE addition caused changes mainly in films plasticized with S. The activity against S. aureus was observed for the films containing 40 and 200% of EPE, with significant increase of inhibition diameter with increase of EPE concentration. The films kept their antimicrobial activities during 177 days of storage. These results demonstrated the antimicrobial capacity of gelatin-based films added of propolis, and their stability in time.

O vírus Oropouche (OROV) é um arbovírus que ocorre na região amazônica causando surtos de doenças febris agudas e que, ocasionalmente, podem ser associados a meningoencefalite. Aproximadamente 500.000 casos de Oropouche teriam ocorrido no Brasil. Entretanto, não existe vacina contra o OROV. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um modelo animal de infecção por OROV para estudar a patogênese da doença e um modelo para testar candidatas vacinais. Protótipo vacinal utilizando a proteína recombinante do nucleocapsídeo (N) de OROV (NrOROV), que é o principal antígeno viral, foi usado como potencial candidato para vacina. Neste estudo utilizou-se um modelo animal em camundongos Balb/c de 12 semanas de idade, inoculados intracerebralmente com 8x105 PFU de OROV, capaz de induzir 100% de letalidade após o terceiro dia da infecção. Altos títulos virais foram encontrados no cérebro e na medula espinhal dos animais. Surpreendentemente, 12 e 24 horas pós-infecção foi possível detectar vírus no fígado e baço (3 Log10 PFU/g) dos camundongos. Com este modelo foram testados os candidatos vacinais. Grupos de camundongos foram imunizados 3 vezes com OROV, OROV e FCA, NrOROV, NrOROV e FCA, NrOROV, Poli I:C e Montanide ISA 720. Após 3 imunizações, os animais foram desafiados com 10 LD50 de OROV e observados por 20 dias. Os animais imunizados com NrOROV e adjuvantes, não foram capazes de produzir anticorpos neutralizantes e adquirir imunidade protetora contra OROV enquanto que os imunizados com OROV apresentaram altos níveis de anticorpos neutralizantes e completa proteção in vivo. Ainda, os anticorpos produzidos pelos animais imunizados permitiram estudar o ciclo de replicação celular do OROV utilizando imunofluorescência. / Oropouche (OROV) is an arbovirus that occurs in the South American, Amazon region, producing outbreaks of acute febrile illness occasionally associated to meningoencephalitis. Approximately 500,000 cases of Oropouche have been reported in Brazil in the last 60 years. However, there is no available vaccine for OROV. We show here the development of an animal model of OROV suitable for studies on pathogenesis and vaccine testing. A vaccine prototype based on recombinant OROV nucleocapsid protein (NrOROV), an important viral antigen, was evaluated in the animal model. Initialy, we observed that all 12-week-old Balb/c mice inoculated intracerebrally with 8x105 PFU died after the third day of infection. Surprisingly, OROV genome was detectable in the liver as early as 12 hours post infection (pi) and in the spleen at 24 hours pi at 3 log10 PFU/g. Besides, high viral titers were found in brain and spinal cord. To test the NrOROV as a vaccine candidate, animals divided in 5 groups were immunized subcutaneously 3 times, two weeks apart with either OROV, OROV and Freud complete Adjuvant (FCA), NrOROV, NrOROV and FCA, NrOROV and Poly I:C and Montanide ISA 720. The experiment also included a group of naïve animals. After the third immunization, the animals were challenged with 10LD50 by intracerebral route and followed for 20 days. The animals immunized with NrOROV and adjuvants developed specific antibodies that were not able to neutralize the virus or confer protective immunity against OROV. Nevertheless, mice immunized with OROV showed high levels of neutralizing and protective antibodies. Despite the discouraging results with NrOROV as a vaccine, the mouse model is suitable to study pathogenesis, and to test other vaccines for OROV.

A síntese ribossomal é uma das maiores atividades em células eucarióticas. Este processo inicia-se no nucléolo e é finalizado após a exportação das subunidades 40S e 60S para o citoplasma. Três dos RNAs ribossomais de eucariotos (18S, 5.8S e 25S) são sintetizados como um transcrito primário de 35S, o qual é processado através de uma complexa e ordenada série de modificações nucleotídicas e clivagens endo e exonucleolíticas. Estas reações dependem de aproximadamente 170 proteínas, 80 small nucleolar RNAs e de seqüências no pré-rRNA. Os fatores trans-atuantes envolvidos no processamento podem ser agrupados como RNA-helicases, endonucleases, snoRNPs (small nucleolar ribonucleoprotein complexes) e exonucleases, que incluem o complexo exossomo. O exossomo de levedura é formado por 10 proteínas essenciais que atuam na maturação de rRNAs, snRNAs, snoRNAs, além da degradação de mRNAs incorretamente processados. A estrutura do exossomo de archaea foi descrita recentemente, mas ainda não existem muitas informações sobre a regulação deste complexo e sobre a participação de cofatores que interagem de forma transiente com o exossomo. Diante disso, este trabalho visou a caracterização funcional das proteínas que formam o anel de RNases PH em Saccharomyces cerevisiae, assim como a caracterização estrutural e funcional de possíveis cofatores do exossomo de Saccharomyces cerevisiae, Nop17p e Ylr022p, e do exossomo de Pyrococcus, Pab418p, Pab1135p e aNip7p. Os dados obtidos evidenciam que a atividade exonucleolítica do exossomo de levedura, assim como o de archaea, é dependente da formação de heterodímeros; Ylr022p, uma proteína de levedura com função não caracterizada, liga inespecificamente RNA in vitro, mas mais eficientemente alguns RNAs in vivo. Dentre as proteínas de archaea, Pab418p e aNip7p também ligam RNA, e como demonstrado aqui, aNip7p influencia significativamente a atividade do exossomo de archaea. / The synthesis of ribosomes is one of the major metabolic pathways in eukaryotic cells. This process starts in the nucleolus and ends with the export and final maturation of the ribosomal subunits 40S and 60S in the cytoplasm. Three eukaryotic ribosomal RNAs (18S, 5.8S and 25S) are synthesized as a 35S primary transcript (35S pre-rRNA), which is then processed by a complex and ordered series of nucleotide modifications and endo- and exonucleolytic cleavage reactions. These processing reactions depend on 170 proteins, 80 small nucleolar RNAs and specific pre-rRNA sequences. The trans-acting factors, that take part in the processing can be grouped as RNA-helicases, endonucleases, snoRNPs (small nucleolar ribonucleoprotein complexes) and exonucleases, including the exosome. The yeast exosome is composed of 10 essential proteins that function in the processing of rRNAs, snRNAs, snoRNAs and in the degradation of aberrant mRNAs. Recently, the archaeal exosome structure was determined, but no information is yet available on the regulation of the exosome function or on the possible role of the cofactors that transiently interact with it. The main goals of this work were the functional characterization of the protein components of the Saccharomyces cerevisiae exosome RNase PH ring, as well as the structural and functional characterization of the possible cofactors of that complex, Nop17p and Ylr022p. Since the recent characterization of the Pyrococcus exosome, the study of the archaeal exosome cofactors, Pab418p, Pab1135p and aNip7p, was also included in this work, in order to correlate the data on the complex of these different organisms. Our results show that the exonucleolytic activity of the yeast exosome is dependent on the heterodimers formation, as described for archaea. Although it is not clear how Nip7p affects the exosome function in yeast, aNip7p binds RNA and inhibits a-exosome activity in vitro. Yeast Ylr022p binds RNA inespecificaly in vitro, but coprecipitates specific RNAs more efficiently from total cell extracts. Its archaeal orthologue, Pab418p, also binds RNA, but does not affect significantly a-exosome function.

O Plasmodium vivax é a espécie causadora de malária de maior distribuição mundial e maior prevalência nas Américas. A complexidade do ciclo de vida do parasito e sua extensa diversidade antigênica têm dificultado a obtenção de uma vacina eficaz e inferem que seja pouco provável que este objetivo seja alcançado utilizando um único antígeno. Neste contexto, a combinação de regiões imunodominantes de antígenos de um ou mais estágios do ciclo de vida do Plasmodium pode ser uma estratégia com melhor prognóstico na indução de resposta imune protetora e duradoura contra a atividade parasitária. Este trabalho avaliou a imunogenicidade, em camundongos, de uma formulação vacinal composta pela mistura dos antígenos CSP, pré-eritrocítico e AMA-1, o qual é expresso em ambos os estágios, préeritrocítico e eritrocítico assexuado. A proteína quimérica yPvCSAllFL, que contém epítopos para células B da região central (repeats) das 3 variantes alélicas PvCSP-VK210, PvCSP-VK247 e PvCSP-P. vivax-like fusionados, e a yPvAMA-1 foram expressas com sucesso em leveduras Pichia pastoris e purificadas por métodos cromatográficos para a imunização de camundongos BALB/c e C57BL/6, na presença do adjuvante Poly(I:C), agonista de TLR3. Por ELISA, foram determinados os títulos de anticorpos, as subclasses de IgG e a avidez destes pelas proteínas indutoras, administradas isoladamente ou em combinação. A resposta de anticorpos anti-yPvCSAllFL mostrou ser linhagem dependente, tendo sido observado altos títulos de anticorpos IgG (106) em C57BL/6, os quais se mantiveram elevados por até 6 meses após a última dose. Os anticorpos anti-yPvCSAllFL, predominantemente IgG1, foram capazes de reconhecer proteínas representando as 3 variantes alélicas. No geral, a coadministração dos antígenos yPvCSAllFL e yPvAMA-1 não comprometeu a resposta de anticorpos individual. Utilizando este protocolo de vacinação não foi possível detectar resposta proliferativa de células TCD3+TCD4+ ou TCD3+TCD8+ específicas após a estimulação com yPvCSAllFL. Os índices de proliferação (8,31%) e o padrão de secreção das citocinas IFN-γ, IL-2, TNF-α e IL-10, associados à yPvAMA-1, sofreram redução com a coadministração de antígenos (6,33%) e alteração, com elevação de IL-2 em detrimento das demais citocinas. Os dados gerados no estudo das formulações vacinais apresentadas neste trabalho podem ser úteis para o desenvolvimento de uma vacina anti-P. vivax, principalmente por explorarem estratégias de combinação e fusão de antígenos. / Plasmodium vivax is the species of malaria more widely distributed worldwide and with higher prevalence in the Americas. The complexity of the parasite life cycle and its extensive antigenic diversity have hampered the achievement of an effective vaccine and infer that it is unlikely that this goal will be achieved using a single antigen. In this context, the combination of immunodominant regions of antigens of one or more stages of the Plasmodium life cycle can be a strategy with better prognosis at inducing protective and durable immune responses against this parasite. Our study assessed the immunogenicity of vaccine formulations consisting of mixture of antigens CSP, pre-erythrocytic and AMA-1, which is expressed in the both stages, pre-erythrocytic and erythrocytic asexual, in mice. The chimeric protein yPvCSAllFL, which contains B-cell epitopes of the central region (repeats) of the 3 allelic variants PvCSP-VK210, PvCSP-VK247 and PvCSP-P. vivax-like fused, and the yPvAMA-1 were successfully expressed in the yeast Pichia pastoris and purified by chromatographic methods for immunization of BALB/c and C57BL/6 mice in the presence of the adjuvant Poly(I:C), a TLR3 agonist. By ELISA, we determined the titles, IgG subclasses and the avidity of the antibodies to these proteins, administered alone or in combination. The immune response to yPvCSAllFL proved to be dependent on mouse strain, having been observed high titers of IgG antibodies (106) in C57BL/6, which remained high for up to 6 months after the last dose. Anti-yPvCSAllFL antibodies, predominantly IgG1, were able to recognize proteins representing the 3 allelic variants. In general, the co-administration of yPvCSAllFL and yPvAMA-1 antigens did not compromise the individual antibodies response. Using this vaccination protocol, we could not detect cell specific proliferative responses of TCD3+TCD4+ or TCD3+TCD8+ after stimulation with yPvCSAllFL. The proliferation (8.31%) and the pattern of secretion of cytokines IFN-γ, IL-2, TNF-α and IL-10, associated with the yPvAMA-1, were reduced during the co-administration (6.33%) and compensated by the elevation of IL-2. The data generated on the study of vaccine formulations presented in this thesis may be useful for the development of a vaccine anti-P. vivax, mainly by exploiting strategies of combination and fusion of antigens.

Tuberculose (TB) é um grave problema de saúde pública, sendo a segunda maior causa de morte entre doenças infecto contagiosas. Em 2014, 9,6 milhões de casos e, aproximadamente, 1,5 milhão de mortes foram reportados. O Programa Nacional de Controle da Tuberculose preconiza para o tratamento a administração simultânea de quatro medicamentos. Contudo, casos de tratamento inadequado favorecem o surgimento de cepas multirresistentes e extensivamente resistentes aos medicamentos disponíveis. Diante disso, torna-se urgente a necessidade de investigar novos alvos moleculares e desenvolver novos fármacos que sejam úteis e eficazes para o tratamento da infecção. As proteínas tirosina fosfatases (PTPs) constituem uma grande família de enzimas responsáveis pela hidrólise do fosfato ligado aos resíduos de tirosina em proteínas. A importância destas fosfatases reside no fato de estarem envolvidas na regulação de uma série de funções celulares, tais como crescimento, interação intercelular, metabolismo, transcrição, motilidade e resposta imune. A partir da análise do genoma do Mycabacteirum tuberculosis, foram identificadas duas proteínas tirosinas fosfatases (PtpA e PtpB), responsáveis pela sua sobrevivência nos macrófagos do hospedeiro. Ambas as enzimas têm sido exploradas como alvo molecular para o desenvolvimento de novos fármacos para a tuberculose. Nessa dissertação, as sequências gênicas que codificam para as enzimas PtpA e PtpB de M. tuberculosis foram clonadas com sucesso nos vetores de expressão. A expressão solúvel das proteínas permitiu o estabelecimento de um protocolo padronizado de purificação. Ensaios de cristalização foram conduzidos e cristais de proteínas obtidos tiveram os dados cristalográficos coletados. Para a enzima PtpB foi possível determinar a estrutura cristalográfica em alta resolução em complexo com um grupo fosfato no sítio catalítico. Essa estrutura foi então utilizada na etapa posterior de descoberta de novos candidatos a inibidores. Os trabalhos computacionais conduzidos incluíram uma combinação de estratégias para a identificação de pontos de interação relevantes para o processo de reconhecimento molecular e ligação bem como para a construção de modelos farmacofóricos 3D específicos para cada enzima. Esses dados foram utilizados para a seleção de um conjunto de 8 candidatos a inibidores da PtpA e 5 candidatos a inibidores da PtpB. Portanto, estudos de biologia molecular estrutural e química medicinal foram empregados com sucesso para o estabelecimento de uma plataforma produtiva dos alvos selecionados bem como para a seleção de novos candidatos a inibidores. / Tuberculosis (TB) is a serious public health problem and the second leading cause of death among infectious diseases. In 2014, 9.6 million cases, and approximately 1.5 million deaths were reported. The National Program for Tuberculosis Control recommends the simultaneous administration of four drugs as treatment for the disease. However, inadequate treatment determines the emergence of multidrug- and extensively-resistant strains to available drugs. Therefore, new molecular targets and drugs are urgently needed for the treatment of the infection. The protein tyrosine phosphatases (PTPs) are a large family of enzymes responsible for the hydrolysis of phosphate group bound to tyrosine residues in proteins. The importance of these molecules is related to the regulation of a number of cellular functions, including growth, intercellular interaction, metabolism, transcription, motility and immune response. Based on Mycabacteirum tuberculosis genome analysis, two protein tyrosine phosphatases (PTPA and PtpB) were related to mycobacterium survival in host macrophages. Both enzymes have been explored as a molecular target for the development of new drugs for TB. In this dissertation, the gene sequences encoding the enzymes PtpA and PtpB from M. tuberculosis were successfully cloned in expression vectors. The soluble expression of the proteins allowed the establishment of a standardized purification protocol. Crystallization assays were conducted, protein crystals were obtained, and crystallographic data were collected. We determine the crystallographic structure of PtpB in complex with a phosphate group in the catalytic site at high resolution. This structure was then used in the subsequent step for the discovery of new inhibitor candidates. Computational studies included a combination of strategies for identifying interaction points relevant to the process of molecular recognition and binding as well as the construction of 3D pharmacophore models specific for each enzyme. These data were used to select a set of 8 and 5 compounds as PtpA and PtpB inhibitor candidates, respectively. Therefore, structural molecular biology and medicinal chemistry studies have been successfully conducted for the establishment of a platform aimed to the production of the selected targets as well as for the selection of new inhibitor candidates.

Em eucariotos, o processamento de pré-rRNA depende de vários fatores como endonucleases, exonucleases, RNA helicases, enzimas modificadoras de rRNA e componentes de snoRNPs. Com o objetivo de caracterizar novas proteínas envolvidas no processamento de pré-rRNA, foi identificada a proteína Nop53p interagindo com a proteína nucleolar Nop17p a partir de uma varredura da biblioteca de cDNAs de Saccharomyces cerevisiae. A cepa condicional contendo a seqüência da ORF NOP53 sob controle do promotor de galactose não cresce em meio contendo glicose, indicando que Nop53p seja uma proteína essencial para a viabilidade celular. Os resultados deste trabalho demonstram que Nop53p está envolvida nas etapas iniciais de clivagem do pré-rRNA, assim como nas clivagens responsáveis pela formação dos rRNAs maduros 5.8S e 25S. Análise mais detalhada do processamento de pré-RNA por Northern blot e \"pulse-chase labeling\", revelou também que Nop53p afeta principalmente o processamento do rRNA intermediário 27S, que origina os rRNAs maduros 5.8S e 25S. Nop53p participa do processamento desses rRNAs afetando a poliadenilação dos precursores dos rRNAs 5.8S e 25S. Experimentos de co-imunoprecipitação de RNA com a proteína de fusão ProtA-Nop53p confirmaram o envolvimento de Nop53p no processamento do 27S rRNA, indicando que essa proteína possa ligar RNA diretamente. A capacidade de Nop53p de ligar RNA foi confirmada através de testes in vitro, enquanto que ensaios de co-imunoprecipitação de cromatina revelaram que Nop53p liga-se ao rRNA 5.8S durante a transcrição. Nop53p regula a função do exossomo através da sua interação direta com a subunidade exclusivamente nuclear deste complexo, Rrp6p. / In eukaryotes, the rRNA processing depends on several factors, such as, endonucleases, exonucleases, RNA helicases, rRNA modifying enzymes and components of the snoRNPs. With the purpose of characterizing new proteins involved in pre-rRNA processing, Nop53p was identified interacting with the nucleolar protein Nop17p in a two hybrid assay. The conditional yeast strain containing the sequence of the ORF NOP53 under the control of the galactose promoter cannot grow in medium containing glucose, indicating that the protein is essential for cell viability. The results of this work demonstrate that Nop53p is involved in the initial steps of pre-rRNA processing and in the cleavages responsible for the formation of the mature rRNAs 5.8S and 25S. A more detailed analysis of the pre-rRNA processing, by Northern blot and pulse-chase labeling, revealed that Nop53p affects the processing of the 27S precursor, that originates the rRNAs 5.8S and 25S. Nop53p participates in the processing of these RNAs by affecting the polyadenylation of the precursors of the rRNAs 5.8S and 25S. RNA co-imunoprecipitation assays with the fusion protein A-Nop53p confirmed the involvement of Nop53p in the processing of the 27S pre-rRNA, indicating that the protein may interact directly with the RNA. The capacity of Nop53p to bind RNA was confirmed by in vitro assays, while chromatin imunoprecipitation assays demonstrated that Nop53p binds the 5.8S rRNA co- transcriptionally. Nop53p regulates the function of the exosome by interacting directly with the exclusively nuclear subunit of the complex, Rrp6p.

Proteínas são heteropolímeros lineares essenciais à vida, responsáveis pela estruturação dos organismos e pela maioria dos processos bioquímicos que os mantêm vivos e permitem sua reprodução. Essa variedade de funções é refletida na diversidade estrutural encontrada no universo das proteínas, já que sua função é intrinsecamente ligada à sua rigorosa conformação espacial. A partir dos experimentos de Anfinsen (1973), ficou demonstrado que o enovelamento dessas moléculas (folding) se dá essencialmente por meio de um processo físico-químico guiado pela interação entre os aminoácidos da cadeia protéica e entre estes e o meio solvente, quando sob condições fisiológicas (temperatura, pressão, pH). O completo entendimento do mecanismo de folding tem também importância médica, pois várias doenças como mal de Alzheimer, diabetes tipo II, encefalite bovina espongiforme e várias formas de câncer estão relacionadas com falhas estruturais das proteínas. Neste trabalho, por meio de experimentação computacional por dinâmica molecular (DM) em diferentes condições térmicas, estudamos inicialmente o papel das pontes dissulfeto (S-S) e das ligações de hidrogênio (LH) na estabilidade da proteína. Em seguida, adotando exclusivamente o regime de alta temperatura (T = 448K) em combinação com simulações de longa duração (até ~100ns), no intuito de expandir a exploração do espaço configuracional, verificamos a premissa de que as forças entrópicas, geradas pelo efeito hidrofóbico, seriam dominantes no processo de busca pela estrutura nativa. Neste trabalho foi utilizada como um protótipo de proteína pequena e com pontes S-S, a toxina Ts Kappa (MM=3,8 Kda; pdb id: 1tsk), que é dotada de três pontes S-S. A estabilidade conformacional foi analisada por meio de uma série de simulações de DM em temperaturas crescentes e em duas situações: com e sem os cross-links S-S. Nossos resultados indicam que para incrementos nas temperaturas significativamente elevadas, como 50K acima da temperatura em que a estrutura nativa foi determinada por NMR (283K), a remoção das S-S não compromete a estabilidade conformacional da proteína. De fato, a ausência dos cross-links elimina certas restrições geométricas permitindo agora que diferentes combinações de LH sejam feitas, inclusive entre resíduos adjacentes à cisteína, os quais de certa forma substituem as pontes S-S em seus papeis conformacionais pois a estrutura nativa é essencialmente mantida. No segundo experimento o espaço configuracional foi varrido extensamente durante 100ns e à temperatura de 398K. No caso da Ts Kappa com suas pontes dissulfeto intactas, a desestruturação da proteína é limitada pelas fortes pontes covalentes S-S, mas com a remoção delas, a proteína se desnaturou completamente ao longo dos primeiros 50ns. Contudo, a partir deste ponto a cadeia desnaturada passou a seguir, de forma espontânea e sistemática, uma rota de re-estruturação em direção à nativa, com o reestabelecimento de todas suas estruturas secundárias. Ao redor de 100ns a cadeia atingiu um estado de grande identidade estrutural com sua correspondente estrutura nativa. Em conclusão, os presentes resultados corroboram as premissas de que o folding de proteínas ocorre por meio de um processo em duas etapas, temporalmente separadas: no início, as forças entrópicas são dominantes e são as que induzem a cadeia para a conformação nativa. Então, uma vez na vizinhança da estrutura nativa, as pontes de hidrogênio (agora protegidas da competição com o meio solvente), juntamente com um mais eficiente empacotamento estrutural das cadeias laterais devido às complementaridade estéricas das mesmas (e assim otimizando as interações de van der Waals), iniciam a etapa de estabilização energética da proteína. / Proteins are linear heteropolymers essential for life; they are responsible for many distinct functions as the structural components of organism, and for most of the biochemical processes to maintain a reproductive life. Such diversity of functions is correlated with the extremely large accessible conformational space, since function and spatial structure are interdependent. After Anfinsen experiments (1973), it becomes clear that the protein folding is essentially a physical-chemical process guided by interactions among the chain constituents (amino acid sequence) and interactions between the chain and the solvent, under physiological conditions (temperature, pressure, pH). Because miss-folded proteins are related with diseases (Alzheimer, type II diabetes, several forms of cancer, etc.) the full understanding of the folding mechanism has also significant medical interest. In this work, by means of molecular dynamics (MD) simulations under distinct thermal conditions, we first consider the role of disulfide cross-links (S-S) and hydrogen bonds (HB) with respect to the protein thermal stability. Then, using exclusively high temperature regime (T = 448K) combined with extended time simulations (up to ~100ns), in order to fully span of configurational space, we analyzed the hypothesis that the entropic forces, generated by the hydrophobic effect, are dominant in the search process for the native structure. The protein Ts Kappa was used a prototype for small proteins having S-S bridges (MM=3,8Kda; 3 S-S - pdb id: 1tsk). The thermal conformational stability was analyzed from a series of MD simulations under growing temperatures, using two distinct cases: with and without cross-links S-S. Our results suggest that for significant temperature increments, such as 50K above the temperature used in the Ts Kappa structure determination (by NMR at 283K), the thermal conformational stability of the proteins is not affected if the S-S bridges are removed. Indeed, cutting of the cross-links eliminates certain geometrical constraints, what permits the formation of new combinations of HB, which in some way take the place of the S-S bridges on its conformational role since the native structure is essentially maintained. In the second computational experiment, the configurational space was extensively swapped during 100ns at a fixed temperature T=398K. In the case with preserved S-S bridges, the structural unpacking is limited by the three covalent cross-links, but without the S-S bridges the protein denaturation was complete after 50ns. However, after this point the chain started spontaneous and systematically a configurational rote that finally, after about 100ns, reached a conformation very similar with the native (RMSD » 0.5nm), reestablishing all its secondary structure. Concluding, the present results corroborate the hypothesis that the protein folding is a process in two stages temporally separated: first, entropic forces are dominant and guide the chain into the native structure, and then, once in the native neighborhood, the HB (now protected from competition with the solvent), altogether with a more efficient structural specificity of the side chains (optimizing the van de Walls interactions), start the energetic stabilization of the protein.

Introdução: a disfunção de proteínas que atuam no controle do ciclo celular está diretamente relacionada ao processo inicial de tumorigênese. A expressão de ciclina A em tumores de mama está relacionada à menor sobrevida livre de doença (SLD) e também à menor sobrevida global (SG). Da mesma maneira, a reduzida expressão de p27 em tumores de mama está relacionada à pior prognóstico. Ambas as alteraçõestêm sido relacionadas com tumores de alto grau histológico, maior diâmetro no momento do diagnóstico e expressão de c-erb-B2. Não há dados referentes à resposta clínica destes tumores ao tratamento neoadjuvante. Objetivos: o objetivo deste estudo foi analisar as taxas de positividade de expressão de ciclina A e proteína p27 em tumores de mama localmente avançados, antes e após quimioterapia neoadjuvante com Docetaxel (75 mg/m 2 ) e Epirrubicina (60 mg/m 2 ), a relação delas com resposta ao tratamento, SLD e SG. Metodologia: foram incluídas 92 pacientes tratadas no período entre janeiro de 1998 e dezembro de 2004, com aplicação de pelo menos dois ciclos de quimioterapia neoadjuvante a cada 21 dias e submetidas à cirurgia para tratamento loco-regional. A análise da expressão deciclina A e p27 foi feita por meio de imunohistoquímica, tendo sido considerados positivos os casos com expressão acima de 30 e 50%, respectivamente. Resultados: a mediana do número de ciclos de quimioterapia neoadjuvante foi de três (variando entre 2 e 7) e do tempo de seguimento de 40 meses (11 - 100). Observamos positividade de ciclina A antes da quimioterapia em 27 pacientes (29,3%) e de p27 em 42 pacientes (45,7%). Após a quimioterapia, a positividade para ciclina A foi de16,3% (15 pacientes) e de p27 de 29,3% (27 pacientes). A expressão de p27 nãofoi preditiva de resposta clínica ou patológica, SLD e SG. As taxas de resposta clínica foram iguais nas pacientes com e sem expressão de ciclina A antes daquimioterapia e a resposta patológica também foi semelhante. A manutenção de expressão de ciclina A após a quimioterapia esteve associada à menor resposta clínica completa (6,7 x 27,3%, p = 0,04), mas não à resposta patológica. Também esteve relacionada à menor SLD (p = 0,006) e à menor SG (p = 0,003). Não observamos relação entre expressão de ciclina A e p27 com acometimento ganglionar, grau histológico, receptores hormonais e c-erb-B2, diâmetro tumoral e estadio clínico. Na análise multivariada,a idade de menos de 41 anos no diagnóstico, acometimento de dois ou mais gânglios axilares e a expressão de ciclina A após a quimioterapia foram os fatores relacionados á óbito pela doença. Conclusões: observamos que a manutenção de expressão de ciclina A em tumores de mama localmente avançados após a quimioterapia neoadjuvante está relacionada à pior SLD e SG. Estes achados podem ser explicados pelo fato da expressão desta proteína identificar um grupo de tumores com alto índice de proliferação e maior agressividade. No nosso estudo, a expressão de p27 não foi preditiva de resposta ao tratamento neoadjuvante, SLD ou SG. / Introduction: the dysfunction in proteins that act controlling role in the cell cycle is directly related to oncogenesis initial processes. Cyclin A high expression in breast tumors is related to poor Disease Free Survival (DFS) and Global Survival (GS). Breast tumors lacking p27 expression are also related to worse prognosis. Both are associated with high grade tumors, larger diameters at diagnosis and higher c-erb-B2 expression. There are no available data comparing these proteins to clinical response in neoadjuvant therapy setting. Objectives: the purpose of our study is analyze thepositivity rates of cyclin A and p27 expression in locally advanced breast cancer (LABC), before and after neoadjuvant chemotherapy (NCT) with Docetaxel (75 mg/m 2 ) and Epirrubicin (60 mg/m 2 ), their relation to treatment response, DFS and GS. Methods: ninety two patients were included between 1998 and 2004. They received at least two chemotherapy courses with 21 days intervals and were submitted to surgery, as local therapy, followed by radiotherapy if treated with breast conservative surgery. The expression ofcyclin A and p27 were evaluated through immunohistochemistry and only cases with expression higher than 30 and 50% (respectively) were considered positives. Results: the median chemotherapy cycle number was three (2 - 7) and the median follow-up time was 40 months (11 - 100). We observed cyclin A positivity before NCT in 27 patients (29,3%) and p27 in 42 (45,7%). After NCT, the positivity rates for cyclin A and p 27 were 16,3% (15 patients) and 29,3% (27 patients), respectively. The p27 expression wasnot predictive of clinical response, pathological response, DFS or GS. Cyclin A expression before chemo was also not predictive of clinical or pathological response. Expression of cyclin A after neoadjuvant therapy was associated to poorer clinical response (6,7 x 27,3%, p = 0,04) but not to pathological response. The maintenance of cyclin A expression after chemotherapy was also related to poor DFS (p = 0,006) and GS (p = 0,003). We were not able to findany relation between cyclin A and p27 expression and node status, histological grade, hormone receptors, c-erb-B2, tumor diameter and clinical staging. In multivariate analysis, age before 41 years, two or more positive lymph nodes and cyclin A expression were related to death by cancer. Conclusion: we concluded that p27 expression was not predictive of neoadjuvant response, DFS or GS. In contrary, the maintenance of cyclin A expression in LABC after neoadjuvant chemotherapy is predictive of worse prognosis, poor DFS and GS. This is probably due tothese tumors high proliferation and aggressiveness.

O pênfigo foliáceo inclui-se em um grupo de dermatoses autoimunes vésico-bolhosas da pele e mucosas reconhecido em alguns mamíferos, incluíndo os cães. Muitos autores acreditam que o pênfigo foliáceo (PF) é a dermatopatia autoimune mais frequentemente observada em caninos. Muitas podem ser as enfermidades caninas que devem ser incluídas no diagnóstico diferencial do pênfigo foliáceo, principalmente, a piodermite superficial (PS). A Proteína C Reativa (PCr) é conhecida como a principal proteína de fase aguda em cães. Nesses espécimes, a elevação da PCr tem sido observada em ampla variedade de condições mórbidas. A determinação da PCr tem sido proposta como um marcador inflamatório de algumas doenças autoimunes. O objetivo deste estudo foi determinar se a Proteína C Reativa pode ser utilizada como um marcador biológico precoce para diferenciar o pênfigo foliáceo da piodermite superficial em cães. Esta pesquisa constituiu um estudo clínico observacional prospectivo longitudinal, realizada em cães acometidos pelo PF ou PS. Foram incluídos 59 cães divididos em três Grupos I (Controle) com 31 animais, II (PF) e III (PS), cada um constituído por 14 cães. Submeteram-se, respectivamente, fragmentos cutâneos e soros de caninos, acometidos por PF ou PS, a exames histopatologicos e imunofluorescência direta (IFD) e à determinação de PCr e, também, a imunofluorescência indireta (IFI), utilizando-se para essa última coxins palmo-plantares a título de substrato. O grau de acometimento dos pacientes penfigosos (Grupo II) foi avaliado pelo PEFESI, durante período de até 90 dias, em diferentes momentos em que se realizou a IFI e a avaliação da PCr. Comparando-se os valores de IFD com aqueles da histopatologia obtiveram-se valores geral de concordância de 75% (9/12) e Índice Kappa de 0,77 (p<0,001) e, também, concordância dita substancial entre os dois métodos. Já, na IFI o valor de concordância foi de 100% (14/14), o de Kappa de 1,0 (p<0,001), com concordância considerada perfeita entre a IFI e a histopatologia. O Grupo II apresentou maior valor de mediana de PCr (37,4&micro;g/mL) quando comparado aos Grupos I, com 2,9 &micro;g/mL (p<0,0001) e III, com 3,8 &micro;g/mL (p=0,008). Não houve diferença entre os Grupos I e III (p=0,178). Considerando-se como ponto de corte um valor de PCr > 10,6&micro;g/mL, a chance de um animal estar acometido pelo PF é 5,5 vezes maior àquela de um cão não afetado, o que equivale a uma probabilidade pós-teste de 84,6%, conferindo um acréscimo de 34,6% na capacidade de diagnóstico do PF. Conclui-se que determinação de PCr é de inequívoca valia para o estabelecimento de diferenciação diagnóstica entre a casuística da contumaz piodermite superficial com quadros do pênfigo foliáceo canino / Pemphigus is included in a group of skin and mucous autoimmune vesicobullous dermatoses recognized in some mammals, including dogs. Many authors believe that pemphigus foliaceus (PF) is the autoimmune skin disease most often observed in dogs. Many must be the canine diseases considered in the pemphigus foliaceus differential diagnosis, especially the superficial pyoderma (SP). The C-Reactive Protein (CRP) is known as a major acute phase protein in dogs. The CRP increase has been observed in a wide variety of morbid conditions in dogs. The determination of CRP has been proposed as an inflammatory marker of some autoimmune diseases. This study aimed to determine whether C-Reactive Protein can be used as an early biomarker to differentiate pemphigus foliaceus of superficial pyoderma in dogs. An observational prospective longitudinal clinical study was undertaken including dogs affected by PF or PS. Fifth nine dogs were divided into three groups: Group I (Control) with 31 animals and II (PF) and III (SP), consisting of 14 dogs each. Dogs affected by PF or SP had skin fragments submitted to histopathological examination and direct immunofluorescent reaction (DIF). The blood sera were used to determine the CRP concentration, and also to perform the indirect imunofluorescent reaction (IIF) using canine footpad as substrate. The pemphigus patients (Group II) clinical involvement degree was evaluated by PEFESI, over a period of 90 days, moments in which IFI and evaluation of CRP took place. Comparing the DIF values with the histopathology there was an agreement of 75% (9/12) with a Kappa index of 0.77 (p <0.001) which means a degree of substantial arrangement between the two methods. Considering IIF, the agreement value was 100% (14/14) with Kappa index of 1.0 (p<0.001), showing perfect arrangement between the IIF and the histopathology. Group II showed higher CRP median (37.4 mg / mL) compared to Groups I, with 2.9 mg / mL (p <0.0001) and III with 3.8 mg / mL (p = 0.008 ). There was no statistic difference between groups I and III (p = 0.178). Considering CRP> 10,6&micro;g / mL as a cutoff value, the chance of an animal having PF is 5.5 times higher than not to be, which is equivalent to a post-test probability of 84,6%, giving a 34.6% increase in the PF diagnostic capability. It concludes that determination of CRP is unequivocal asset for the establishment of diagnostic differentiation between the common superficial pyoderma to canine pemphigus foliaceus

Introdução: O hábito alimentar da população mudou para alimentos mais industrializados, que são ricos em conservantes que por si só podem ser carcinogênicos. A alimentação é um importante fator epidemiológico e tem sido associado com o processo da tumorigênese, principalmente no câncer da mama. A literatura é pobre em estudos que estudaram a concentração de água, gorduras e proteínas de forma isolada e separadamente na composição do tecido mamário e do tumor de mama. Os achados descritos são apenas do indivíduo como um todo, somaticamente. Objetivos: este estudo visa a quantificação de água, gorduras e proteínas no tecido mamário normal e tecido mamário tumoral. Metodologia: Foram recrutadas 18 voluntárias portadoras de câncer de mama que foram submetidas a mastectomia como base de seu tratamento para o câncer e não terem recebido qualquer tipo de terapia antineoplásica previamente. De cada peça cirúrgica foi colhida duas amostras, sendo uma de tecido mamário normal e uma do tecido tumoral. As amostras foram armazenadas a -80°C. Primeiramente as amostras foram pesadas. Na sequencia foi feito a dosagem de água total pelo método de secagem em estufa. A gordura foi dosada pelo método de extração a frio utilizando clorofórmio e metanol. As proteínas foram dosadas por leitura por espectrofotometria de massa. Resultados: O grupo Tumor mostrou maior concentração de água que o grupo Controle, porém esta diferença não foi significante (p=0,14). Em relação ao conteúdo de gordura, este foi maior no grupo Controle, porém sem significância (p=0,09). Quanto ao conteúdo proteico, observouse que foi maior também no grupo Controle, e do mesmo modo, não alcançou significância, com p=0,09. Conclusões: O estudo mostrou que não existe diferença significativa nas concentrações dos macronutrientes estudados no tecido mamário normal e no tecido tumoral, embora ocorra tendência de que o tecido mamário normal apresente menor concentração de água que o tecido tumoral. Observou-se também a tendência de que os percentuais de gordura e proteínas são maiores no tecido normal da mama. / Introduction: The feeding habits of the population moved from natural to more industrialized foods that have higher concentration of preservatives, some of which may be carcinogenic themselves. Food is an important epidemiological factor and has been associated with the process of tumorigenesis, breast among them. The literature is poor in studies that show the percentages of water, proteins and fat in breast tumors. Objectives: This study aims to quantify proteins, fats and water in normal breast and breast tumor tissue. Methodology: Eighteen volunteers with breast cancer were recruited. They should have had not received any type of anticancer therapy and have had a mastectomy as treatment for breast cancer. From each surgical specimen a sample from normal breast tissue and a sample from the tumor were taken. These samples were stored at -80°C until the assays were performed. We first weighted the samples end proceed the assays determining total water through a kiln drying method. Fat was determined by the cold extraction method using chloroform and methanol and proteins were determined by mass spectrometry. Results: Although the Tumor group showed a higher concentration of water compared to Control group, it did not reached significance (p=0,14). The fat content analysis did not showed significance between the two groups either, in spite of the higher concentration seen in Control group (p=0,09). Also, the protein content in Control group was higher than in the Tumor group, but not sufficient to reach significance (p=0,09). Conclusions: The study showed a trend that a higher concentration of water is found in tumor breast tissue, whereas a trend that fat and proteins is found in higher concentration in normal breast tissue.