Cette thèse s'intéresse à la production et au partage cohérent de connaissances distribuées dans le domaine des sciences de la vie. Malgré l'augmentation constante des capacités de stockage et de calcul des infrastructures informatiques, les approches centralisées pour la gestion de grandes masses de données scientifiques multi-sources deviennent inadaptées pour plusieurs raisons: (i) elles ne garantissent pas l'autonomie des fournisseurs de données qui doivent conserver un certain contrôle sur les données hébergées pour des raisons éthiques et/ou juridiques, (ii) elles ne permettent pas d'envisager le passage à l'échelle des plateformes en sciences computationnelles qui sont la source de productions massives de données scientifiques. Nous nous intéressons, dans le contexte des plateformes collaboratives en sciences de la vie NeuroLOG et VIP, d'une part, aux problématiques de distribution et d'hétérogénéité sous-jacentes au partage de ressources, potentiellement sensibles ; et d'autre part, à la production automatique de connaissances au cours de l'usage de ces plateformes, afin de faciliter l'exploitation de la masse de données produites. Nous nous appuyons sur une approche ontologique pour la modélisation des connaissances et proposons à partir des technologies du web sémantique (i) d'étendre ces plateformes avec des stratégies efficaces, statiques et dynamiques, d'interrogations sémantiques fédérées et (ii) d'étendre leur environnent de traitement de données pour automatiser l'annotation sémantique des résultats d'expérience ``in silico'', à partir de la capture d'informations de provenance à l'exécution et de règles d'inférence spécifiques au domaine. Les résultats de cette thèse, évalués sur l'infrastructure distribuée et contrôlée Grid'5000, apportent des éléments de réponse à trois enjeux majeurs des plateformes collaboratives en sciences computationnelles : (i) un modèle de collaborations sécurisées et une stratégie de contrôle d'accès distribué pour permettre la mise en place d'études multi-centriques dans un environnement compétitif, (ii) des résumés sémantiques d'expérience qui font sens pour l'utilisateur pour faciliter la navigation dans la masse de données produites lors de campagnes expérimentales, et (iii) des stratégies efficaces d'interrogation et de raisonnement fédérés, via les standards du Web Sémantique, pour partager les connaissances capitalisées dans ces plateformes et les ouvrir potentiellement sur le Web de données. Mots-clés: Flots de services et de données scientifiques, Services web sémantiques, Provenance, Web de données, Web sémantique, Fédération de bases de connaissances, Intégration de données distribuées, e-Sciences, e-Santé. / This thesis addresses the issues of coherent distributed knowledge production and sharing in the Life-science area. In spite of the continuously increasing computing and storage capabilities of computing infrastructures, the management of massive scientific data through centralized approaches became inappropriate, for several reasons: (i) they do not guarantee the autonomy property of data providers, constrained, for either ethical or legal concerns, to keep the control over the data they host, (ii) they do not scale and adapt to the massive scientific data produced through e-Science platforms. In the context of the NeuroLOG and VIP Life-science collaborative platforms, we address on one hand, distribution and heterogeneity issues underlying, possibly sensitive, resource sharing ; and on the other hand, automated knowledge production through the usage of these e-Science platforms, to ease the exploitation of the massively produced scientific data. We rely on an ontological approach for knowledge modeling and propose, based on Semantic Web technologies, to (i) extend these platforms with efficient, static and dynamic, transparent federated semantic querying strategies, and (ii) to extend their data processing environment, from both provenance information captured at run-time and domain-specific inference rules, to automate the semantic annotation of ``in silico'' experiment results. The results of this thesis have been evaluated on the Grid'5000 distributed and controlled infrastructure. They contribute to addressing three of the main challenging issues faced in the area of computational science platforms through (i) a model for secured collaborations and a distributed access control strategy allowing for the setup of multi-centric studies while still considering competitive activities, (ii) semantic experiment summaries, meaningful from the end-user perspective, aimed at easing the navigation into massive scientific data resulting from large-scale experimental campaigns, and (iii) efficient distributed querying and reasoning strategies, relying on Semantic Web standards, aimed at sharing capitalized knowledge and providing connectivity towards the Web of Linked Data.

Cette thèse porte sur la construction médiatique de « l’affaire de la burqa » (2009-2010) et la problématisation scientifique de « l’affaire du foulard » (1989-2004) en France. Ces débats s’inscrivent dans une actualité marquée par l’émergence de projets d’interdiction du voile islamique dans les crèches (2008-2015), sorties scolaires (2007-2013), entreprises et universités (2013-2015). Des faits divers aux lois, les affaires du foulard et de la burqa mettent au jour la conversion des débats médiatiques en affaires nationales, nous informant alors sur la construction d’un agenda juridique autour des signes de l’islam. Au regard de ce contexte, ce travail interroge la manière dont la mise en visibilité médiatique accrue du voile participe à la reconfiguration des espaces publics. Dans une approche sémiotique en communication, appuyée sur les méthodes d’analyse de l’image et des discours, ce travail conjugue l’étude de « l’affaire de la burqa » dans la presse et « l’affaire du foulard » dans les revues en SHS. L’articulation des arènes médiatique et scientifique se fait dans une perspective de recherche « archéologique » consistant à lire l’actualité (« affaire de la burqa ») à la lumière d’un savoir scientifique sédimenté durant vingt ans de publication en SHS sur « l’affaire du foulard ». Cette étude démontre que « l’affaire du foulard » a inauguré une problématique au sujet de la visibilité islamique, tandis que « l’affaire de la burqa » a posé une question inédite sur la spatialité des signes de l’islam. Ce travail a mis au jour deux paradigmes d’analyse (visibilité-spatialité) devenus aujourd’hui centraux pour la recherche en SHS portant sur le voile ou le fait religieux islamique sous le prisme des médias. / This thesis focuses on the media construction of the "burqa affair" (2009-2010) and the scientific problematization of the "headscarf affair" (1989-2004) in France. These public debates are part of media and scientific current events marked by the emergence of many projects banning the Islamic veil in nurseries (2008-2015), school trips (2007-2013), enterprises and universities (2013-2015). From news stories to laws, headscarf and burqa affairs reveals the conversion of media controversies into national issues, informing us about building a legal agenda around the signs of Islam. Given this context, this work examines how the increased media setting of Islamic veils visibility takes part in the redefinition of public spaces. In a semiotics approach, based on methods of image and discourse analysis, this work combines the study of the "burqa affair" through the press and the "headscarf affair" through the Humanities and Social Sciences journals. The articulation of mediatic and scientific arenas is approached from an "archaeological" perspective consisting of reading recent news events ("burqa affair") in the light of a scientific-knowledge sedimented during twenty years of HSS publications on "headscarf affair". This study demonstrates that the "headscarf affair" has opened a problematic view in relation to the Islamic visibility, while the "burqa affair" has set a new question on the spatiality of the signs of Islam. This work has enable to update two analytical paradigms – visibility and spatiality – that became central to contemporary research in HSS regarding the issue of the veil or Islam through the prism of the media.

Notre questionnement trouve sa source dans la mise en place, dans le cadre de la réforme du lycée de 2010, de l'enseignement d'exploration Méthodes et Pratiques Scientifiques (MPS) en Seconde. Cet enseignement pluridisciplinaire, visant à initier les élèves à la démarche scientifique dans le cadre d'un projet, a conduit les enseignants de mathématiques, à interroger et à modifier leurs pratiques. Nous proposons d'analyser ces changements sous l'angle des ressources et du travail des enseignants sur ces ressources. Nous mobilisons les cadres théoriques de la double approche didactique et ergonomique (Robert, 2010a ; Rogalski, 2010) et de l'approche documentaire du didactique (Gueudet et Trouche, 2010). Notre recherche est conduite à partir du suivi de professeurs de mathématiques impliqués en MPS et engagés dans différents collectifs disciplinaires et pluridisciplinaires. Ce suivi est complété par des entretiens avec les collègues des autres disciplines. Nous avons aussi effectué une étude sur l'offre des ressources disponibles pour l'un des thèmes proposés. Cette étude s'inscrit dans le programme de recherche ReVEA (Ressources Vivantes pour l'Enseignement et l'Apprentissage), soutenu par l'ANR. Notre thèse propose de montrer l'impact des ressources et de leur manque depuis la compréhension de la tâche prescrite jusqu'à la tâche effective, ainsi que celui des différents collectifs dans lesquels le professeur de mathématiques est impliqué. Elle questionne également les effets de ce travail sur le développement professionnel concernant en particulier la conception et la mise en œuvre de séances fondées sur des démarches d'investigation. / Our questioning emerges from the establishment of a new teaching, called Scientific Methods and Practices (MPS), as part of the French high school reform in 2010. This multidisciplinary teaching, which aims to initiate pupils to a scientific approach, leds mathematics teachers to question and to change their practices. We propose to analyze these changes in terms of resources and the way teachers work on these resources. We retain two approaches: the double approach didactic and ergonomic of the teaching practices (Robert, 2010a; Rogalski, 2010) and the documentational approach of didactics (Gueudet et Trouche, 2010). Our research is conducted from observations of mathematics teachers involved in MPS and engaged in different disciplinary and multidisciplinary collectives. These observations are supplemented by interviews with colleagues in other disciplines. We also performed a study of resources available for one of the themes proposed. This study is part of the research program ReVEA (Living Resources for Teaching and Learning), supported by the ANR. Our thesis aims to show the impact of resources and lack of resources from understanding the prescribed task to the effective task, and also the impact of the different collectives in which the mathematics teacher is involved. It questions as well the effects of this work on professional development, especially regarding the inquiry-based science teaching.

Résumé: Les récentes études scientifiques sur le climat tendent à démontrer que la hausse du niveau de la mer menace l'existence de petits États insulaires, notamment dans le Pacifique et les Caraïbes. La possibilité que le territoire d'un État soit inondé ou rendu inhabitable est une situation sans précédent qui pose de nouvelles questions au regard du droit international. En effet, le droit international envisage la disparition d'une entité étatique uniquement par annexion, fusion ou succession d'État. Le droit n'envisage donc pas la disparition pure et simple d'une entité étatique. Dans le cadre de ce mémoire, nous avons adopté une démarche exploratoire visant à découvrir s'il était possible qu'un État disparaisse juridiquement pour des raisons climatiques et quelles seraient les conséquences qui en découleraient, notamment sur le lien de nationalité des ressortissants. Nous analyserons les différents scénarios envisagés par la littérature pour permettre à l'État de maintenir une existence en dépit de la disparition de son territoire. Nous constaterons qu'il est fort probable que l'État ne réponde plus aux critères énoncés par le droit international et perde de ce fait son statut et ses prérogatives étatiques, mais qu'il pourrait demeurer sujet de droit international en vertu de la présomption de continuité et par le biais de la reconnaissance internationale. Ceci nécessite de revoir le concept d'État en droit positif.||Abstract:Recent scientific studies on climate change show that sea level rise threatens the existence of small island states, especially in the Pacific and Caribbean. The disappearance of a state territory or its inhabitability is an unprecedented situation that raises new questions in international law. Indeed, international law does not foresee the disappearance of a state without it being replaced by annexion, fusion or succession of another state. In this master thesis we tried to find out if it is possible for a state to disappear legally for climatic reasons and what would be the consequences of such disappearance, notably on the nationality of its citizens. We will analyse the different scenarios proposed by the literature to maintain statehood despite the disappearance of territory. We will see that it is possible that even in case of loss of statehood and its prerogatives, such entities could remain subject of international law through the presumption of continuity and the continued recognition of other states. This would mean that the concept of state as it exists today would have to be reviewed.

Mémoire en recherche-création, associé à un programme de maîtrise individualisé dirigé en cotutelle. Département de physique et département de communication. / Les milieux de production et de diffusion des savoirs sont marqués par une omniprésence des modalités visuelles de représentation, et la physique n’y fait pas exception. Ce mémoire de recherche-création en physique et communication explore la place et le fonctionnement de l’image, et de la relation texte-image, dans des dispositifs de médiation des connaissances appartenant à cette discipline scientifique. Après un retour historique sur la notion de temps en physique, je poursuis en dirigeant l’attention vers les images du temps objectif tout particulièrement. Le temps objectif, par la pluralité de ses compréhensions et représentations en physique, mais aussi par sa relation particulière aux images que l’on assume atemporelles, s’arrime bien aux motifs de ce travail. Huit manuels de physique standards sont analysés pour comprendre et catégoriser les types et les fonctions des images. Pour ce faire, j’effectue d’abord une analyse sémiotique des images. Avec les résultats, je développe une classification de six catégories d’images, ce qui me permet d’ordonner et de mettre en valeur leur richesse sémiotique. J’analyse ensuite les textes (titres et passages textuels référant aux images) par deux méthodes : 1) une analyse quantifié avec l’écriture d’un programme Python qui automatise la recherche de mots clés et 2) une lecture proche de ces textes pour en soutirer la façon dont les auteurs qualifient leurs images. J’incorpore une dimension créative supplémentaire à ma démarche en réalisant deux visualisations des concepts et thèmes émergents de l’analyse. Je propose ainsi une interprétation des résultats par une carte des images du temps objectif et une image qui aborde l’ambiguïté du discours des auteurs, la subordination du langage textuel ainsi que la négociation du statut de l’image entre modalité de représentation dévaluée et dispositif de présentation objectif. Tout au long de ce travail, j’intègre les questionnements de ma recherche dans ma propre démarche, en produisant de nombreuses figures pour analyser et interpréter les concepts, ce qui me permet d’expérimenter moi-même avec le visuel en tant que modalité de production de savoirs. À travers la poursuite d’une meilleure compréhension du fonctionnement épistémologique des images en physique, je propose des pistes méthodologiques pour travailler au croisement d’une science naturelle, de la communication et la culture visuelle. / Knowledge production and dissemination environments are marked by the omnipresence of visual modes of representation, and physics is no exception. This research-creation project in physics and communication explores the place and functioning of the image, and of the text-image relationship, in knowledge mediation devices belonging to this scientific discipline. After a historical overview on the concept of time in physics, I continue by directing attention to the images of objective time in particular. Objective time, by the plurality of its understandings and representations in physics, but also by its particular relationship to images that we assume to be timeless, fits well with the reasons for this work. Eight standard physics textbooks are analyzed to understand and categorize the types and functions of images. To do this, I first perform a semiotic analysis of the images. With the results, I develop a classification of six categories of images, which allows me to order and highlight their semiotic richness. I then analyze the texts (titles and text segments referring to the images) by two methods: 1) a quantified analysis with the writing of a Python program which automates the research of keywords and 2) a close reading of these texts to extract the way in which the authors qualify their images. I incorporate an additional creative dimension to my approach by making two visualizations of the concepts and emerging themes of the analysis. I thus propose an interpretation of the results by a map of objective time images and an image that addresses the ambiguity of the authors’ discourse, the subordination of textual language as well as the negotiation of the status of the image between devalued representation mode and device objective presentation. Throughout this work, I integrate the questions of my research into my own approach, producing numerous figures to analyze and interpret the concepts, which allows me to experiment with the visual as a modality of knowledge production. Through the pursuit of a better understanding of the epistemological functioning of images in physics, I propose methodological tracks to work at the intersection of natural science, communication and visual culture.

La France s’inscrit dans une vision idéalisée de la criminalistique dont la force probante apporterait les réponses incontestables au procès pénal. Cette croyance est historique et s’appuie sur les travaux des pionniers français qui ont ouvert la voie à ce que d’aucuns ont appelé, par abus de langage, l’apport de la preuve scientifique. Mais le paysage de la criminalistique n’est pas aussi simple que les acteurs au procès pénal le supposent. Le système criminalistique existant, la formation des intervenants, la connaissance de la valeur informationnelle de la trace avec sa vie juridique comme sa traçabilité scientifique, parfois soumise à un cadre normatif extérieur au droit, sont autant de domaines rarement abordés. À travers les différentes matières composant la criminalistique, en percevoir le contenu et leur puissance scientifique, mais également leurs limites, apportent un éclairage particulier de ce qu’est l’interprétation des résultats analytiques en France, et ce qu’elle devrait être quel que soit le moment judiciaire qu’exige le déroulement de la procédure pénale. Cette présentation met en exergue l’existence de la réalisation d’actes scientifiques souvent négligés et qui vient relativiser la notion d’examens scientifiques et d’expertises pourtant sacralisés par le droit et la jurisprudence. Cette étude de la criminalistique dans le procès pénal, met en évidence la perception qu’en ont les acteurs, la compréhension réciproque difficile avec les experts, mais également celles d’organismes plus institutionnels, montrant que les intérêts sont parfois divergents entre une vision comptable de la justice et celle de la recherche de la vérité, pourtant inscrite dans les textes. Une présentation de la perception comme de la mise en œuvre de la criminalistique en droit comparé à travers la procédure et la jurisprudence accusatoires donne un éclairage sur des débats juridiques qui frappent à la porte de notre système inquisitoire par l’introduction toujours plus engagée du contradictoire. Mieux comprendre les sciences introduites au procès pénal et les rendre accessibles devrait donner aux acteurs une capacité de discernement et d’interprétation plus pertinente, notamment pour les juges qui doivent à partir de toutes ces connaissances, indices et réponses scientifiques en construire la preuve pénale. / France believes in an idealized vision of forensic science, the probative force of which would provide incontestable answers to the criminal trial. This belief is historical and is based on the work of the French pioneers who paved the way for what some have called, by abuse of language, the contribution of scientific proof. But the forensic landscape is not as simple as the actors in the criminal trial assume. Existing forensic systems, training of stakeholders, knowledge of the informational value of the trace with its legal life as well as its scientific traceability, sometimes subject to a normative framework outside the law are all rarely dealt with. Through the various subjects of forensic science, by perceiving their content and their scientific power, but also by their limitations, they shed particular light on the interpretation of analytical results in France and what it should be the judicial time required for the conduct of criminal proceedings. This presentation highlights the existence of the realization of scientific acts often neglected and that relativizes the notion of scientific examinations and expert appraisals yet sacred by law and jurisprudence. This study of criminalistic in the criminal trial highlights the perception of the actors, the difficult mutual understanding with the experts, but also those of more institutional administrations, showing that the interests are sometimes divergent between an accounting vision Justice and the search for truth, which is nevertheless inscribed in the texts. A presentation of the perception as well as the implementation of forensic science in comparative law through accusatory procedure and jurisprudence sheds light on legal debates that strike the door of our inquisitorial system by the increasingly engaged introduction of contradictory. A better understanding of the sciences introduced into the criminal process and making them accessible should give the actors a more relevant capacity for discernment and interpretation, in particular for judges who must draw up the criminal proof from all these scientific knowledge, answers and evidences.

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L'arthrose (OA) est l’atteinte la plus répandue chez les animaux de compagnie et se manifeste par l'apparition de douleurs chroniques et d'incapacités fonctionnelles. En l’absence de remède, des composés comme les produits de santé naturels (PSN) ont gagné en popularité. Cette revue systématique, enregistrée sur PROSPERO (CRD42021279368), avait pour objectif d'examiner les preuves d’efficacité analgésique des PSN et de diffuser correctement les conclusions sur leur potentiel thérapeutique. Quatre bases de données bibliographiques ont été consultées pour identifier les études testant leur efficacité sur l'OA canine et féline, naturelle ou induite. Après sélection des résultats de recherche, les données de qualité et d’efficacité ont été extraites à l’aide d’une grille d’évaluation originale basée sur les directives ARRIVE, CONSORT et l’outil d’évaluation CAMARADES. Ces grilles ont été préalablement validées : validation apparente, de contenu (interne / externe) et de construit (reproductibilité, répétabilité, sensibilité). Un consensus de 3 évaluateurs, de niveau d’expertise différent, était obligatoire pour chaque score attribué aux données extraites. La méta-analyse montre des preuves solides d’efficacité des suppléments et des diètes thérapeutiques enrichies d’acides gras en oméga-3 dans le traitement de l’OA, et le cannabidiol présente des preuves prometteuses. Les formulations de sulfate de glucosamine/chondroïtine ne présentent toutefois aucun intérêt et ne doivent plus être recommandées dans la prise en charge thérapeutique de cette maladie articulaire dégénérative des animaux de compagnie. Les résultats obtenus soulignent un manque évident de preuves pour supporter la recommandation d’utilisation de nombreux nutraceutiques et dénotent la nécessité de mettre en place des procédures normalisées de bonne pratique clinique pour de futurs essais. / Osteoarthritis (OA) is the most common disease in pets and manifests itself as chronic pain and functional disability. In the absence of a cure, compounds such as natural health products (NHPs) have gained popularity. This systematic review, registered on PROSPERO (CRD42021279368), aimed to examine the evidence for analgesic efficacy of NHPs and to properly disseminate findings on their therapeutic potential. Four bibliographic databases were searched to identify studies testing their efficacy in natural and induced canine and feline osteoarthritis. After selection of the search results, quality and efficacy data were extracted using an original evaluation grid based on the ARRIVE and CONSORT guidelines and the CAMARADES evaluation tool. The grids were previously validated: face, content (internal/external) and construct (reproducibility, repeatability, sensitivity) validation. A consensus of three evaluators, with different levels of expertise, was required for each score assigned to the extracted data. The meta-analysis shows strong evidence of efficacy in OA for omega-3 enriched supplements and therapeutic diets, while cannabidiol shows promising evidence. Glucosamine/chondroitin sulphate formulations are of no value and should no longer be recommended for the therapeutic management of OA in pets. The results highlight a clear lack of evidence to support the recommendation for use of many nutraceuticals and indicate the need for standardised good clinical practice procedures for future trials.

Cette thèse vise à documenter la façon dont des groupes d'étudiants du collégial appréhendent la controverse sociotechnique portant sur la fluoration de l'eau potable. Aux fins de la production des données, ces jeunes ont été invités à délibérer dans le cadre de deux entretiens de groupe (focus groups) dont le point de départ était la lecture d'une vignette présentant des données susceptibles de soutenir l'une ou l'autre des positions envisageables, soit son acceptation ou son refus. L'analyse des discours élaborés lors de ces entretiens a été réalisée selon une approche interactionniste et avec les outils proposés, entre autres, par Potter (1996) et Billig (1996). Elle a rendu possible, dans un premier niveau d'analyse, le repérage des ressources discursives et des procédés rhétoriques qu'ils ont mobilisés pour construire leur discours. Dans le cadre d'un deuxième niveau d'analyse, elle a permis de repérer les ressources discursives et les procédés rhétoriques mobilisés pour évoquer et configurer la problématique du bien commun. L'analyse soutient que ces étudiants sont capables de s'approprier une controverse sociotechnique comme celle de la fluoration de l'eau potable, d'en dégager les principaux enjeux et de soutenir une position en évoquant des arguments associés à la problématique du bien commun.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2008-2009 / Cette étude s'intéresse aux acteurs de la médiation scientifique au Québec. Plus particulièrement, elle cherche à comparer les perceptions de la science et des scientifiques qu'ont les journalistes, I~s journalistes scientifiques, les communicateurs scientifiques et les hybrides (ceux qui partagent leur temps entre des contrats de journalisme et de communication). Si, au départ, nous cherchions à opposer les journalistes aux trois autres groupes quant à leurs perceptions de la science et des scientifiques ainsi que du rôle de médiateur qu'ils sont appelés à jouer, l'analyse des données issues d'une double collecte (entrevue et sondage) nous invite plutôt à reconsidérer l'hypothèse de départ. L'héritage historique du journalisme scientifique, les transformations caractérisant le milieu du journalisme et de la communication de même que la précarisation du travail qui en découle amènent les professionnels du milieu à puiser tantôt dans des procédés relevant du journalisme, tantôt dans ceux plus proches de la communication. Ainsi, plutôt que d'opposer le journalisme et la communication scientifique, nous proposons de considérer les professions touchant la médiation de la science sur un continuum, les journalistes à une extrémité, les communicateurs à l'autre et les journalistes scientifiques et les hybrides, entre les deux.