Orientador: Ely Nahas / Banca: José Frederico Centurion / Banca: Wanderley José de Melo / Banca: Siu Mui Tsai / Banca: Regina Teresa Rosim Monteiro / Resumo: Os Organossolos são reconhecidos por seu alto conteúdo de matéria orgânica (MOS). Os micro-organismos e suas atividades são utilizados como indicadores biológicos da qualidade dos solos. Este trabalho objetivou comparar o Organossolo (H) com os Latossolos Vermelhos (cultivado com milho forrrageiro, LV-c; e de pastagem degradada, LV-p) utilizando-se os atributos microbiológicos, químicos e físicos nas estações verão e inverno. Foram avaliadas as populações de bactérias totais, esporuladas, Gram-negativas, actinobactérias, amônio-oxidantes, nitrito-oxidantes, desnitrificantes e dos fungos totais; as atividades e enzimas relacionadas aos ciclos do C, N e P, as análises químicas como MOS, umidade, carboidratos, proteína total, C orgânico solúvel (COS), P total, P orgânico, P inorgânico, P resina, K+, Ca2+, Mg2+, H+Al e a granulometria dos solos. Também foram calculadas a soma de cátions trocáveis (T), a soma das bases (SB) e o índice de saturação por bases (V%). O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados segundo esquema fatorial 3x2, sendo três solos e duas estações climáticas. Foi realizada a análise de variância e o teste de Scott-Knott para comparação entre médias e correlação linear simples entre as variáveis. A análise de correlação possibilitou demonstrar o efeito dos atributos químicos e granulométricos sobre as populações e atividades microbianas. As populações de micro-organismos, exceto bactérias amônio-oxidantes e nitrito-oxidantes, foram maiores no Organossolo do que no LV-c ou LV-p. Não houve diferença significativa entre as médias dos números de micro-organismos no LV-c e LV-p, exceto para bactérias esporuladas, amônio-oxidantes, nitrito-oxidantes. A população de bactérias esporuladas, a fração areia fina e grande parte das características químicas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Histosols are recognized for their high content of organic matter (SOM). Microorganisms and their activities are used as biological indicators of soil quality. This study aimed to compare Histosol (H) with Red Oxisols (cultivated with fodder corn, LV-c, and degraded pasture, LV-p) using the microbiological, chemical and physical attributes in summer and winter seasons. Populations of total bacteria, sporulating bacteria, Gram-negative bacteria, actinobacteria, ammonium-oxidizing, nitrite-oxidizing, denitrifying bacteria and total fungi were evaluated. We analyzed enzyme activities related to the cycles of C, N and P, the chemical analysis such as MOS, moisture, carbohydrates, total protein, soluble organic C (COS), total P, organic/inorganic P, P resin, K+, Ca2+, Mg2+, H+Al and soil particle size. It was also calculated the sum of exchangeable cations (T), the sum of bases (SB) and the index of base saturation (V%). The experimental design was completely randomized 3x2 factorial, in three soils and during two seasons. Analysis of variance and Scott-Knott test were conducted to compare averages and simple linear correlation among variables. Correlation analysis allowed to demonstrate the effect of the chemical and granulometric characteristics on microbial populations and activities. Populations of microorganisms, except ammonium-oxidizing and nitrite-oxidizing bacteria were higher in Histosol than in the LV-c or LV-p. There was no significant difference among the average numbers of micro-organisms in LV-c and LV-p, except for sporulating, ammonium-oxidizing and nitrite-oxidizing bacteria. The population of sporulating bacteria, the fraction of fine sand and a large part of the chemical characteristics (pH, P resin, Ca2+, K+, Mg2+, sum of bases, base saturation, total P and inorganic P) were increased in LV-c as... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Flávio Ruas de Moraes / Coorientador: Marcos Tavares Dias / Banca: Marco Antonio de Andrade Belo / Banca: Antônio Vicente Mundim / Banca: Sérgio Henrique Canello Schalch / Banca: Fabiana Garcia / Resumo: Os Potamotrygonidae são um grupo de raias endêmico da América do Sul e exclusivamente dulciaqüícolas. A família é representada por três gêneros: Potamotrygon, Paratrygon e Plesiotrygon e possui aproximadamente 20 espécies nominais, ocorrendo nas principais bacias hidrográficas do continente. São raros os estudos sobre à hematologia de peixes e os autores ainda adotam classificações diferentes entre eles. A variação morfológica dessas células em peixes é tão grande que é necessário um estudo aprofundado para diferenciá-las nas várias espécies. No sentido de contribuir para o preenchimento desta lacuna foram coletados 53 exemplares de quatro espécies de Potamotrygon e de cada animal foram colhidos 4 mL de sangue para realização da análise das variáveis hematológicas e bioquímicas séricas visando obter resultados que possam ser considerados representativos para as quatro espécies de Potramotrygon. Os valores foram próximos para as quatro espécies e os resultados com diferenças significativas entre Potamotrygon falkneri, P. motoro, P. orbigni e P. scobina ocorreram quanto ao número de eritrócitos, heterófilos, glicemia, triglicerídeos, colesterol, fósforo, albumina e potássio. Os exames parasitológicos mostraram a presença do crustáceo do gênero Dolops em 5,66% das raias coletadas e de hemogragarina em 33,96% do total. Não foram observados outros parasitos nos fragmentos de órgãos coletados para pesquisa. Os resultados mostram pouca interferência dos ambientes diferentes da bacia do rio Paraná, município de Porto Rico (PR) e do rio Piririm, município de Macapá (AP) nas variáveis avaliadas, apesar da diversidade geográfica / Abstract: Potamotrygonidae are a group of stingrays endemic to South America and exclusively freshwater. The family is represented by three genera: Potamotrygon, Paratrygon and Plesiotrygon and has approximately 20 nominal species, occurring in major river basins of the continent. Few studies on the hematology of fish and the authors still adopt different classifications among them. The morphological variation of these cells in fish is so great that a detailed study is necessary to differentiate them in the various species. We collected 53 specimens of four species of Potamotrygon and each animal were harvested 4 mL of blood to perform the analysis of serum biochemical and hematological variables in order to obtain results that can be considered representative, determining the values of hematological and biochemical blood for four species of Potamotrygon. The values were similar in all four species and results in significant differences Potamotrygon falkneri, P. motoro, P. orbigni and P. scobina occurred in the number of erythrocytes, heterophils, plasma glucose, triglycerides, cholesterol, phosphorus, albumin, and potassium. The parasitological tests showed the presence of crayfish in the genus Dolops 5.66% of rays collected and Haemogragarina sp. in 33.96% of the total. No other parasites were observed in organ fragments collected for study. The results show little interference from different environments of the Paraná river basin, municipality of Porto Rico (PR) and Piririm river, municipality of Macapá (AP) in the variables studied, despite the geographical diversity / Doutor

Orientador: Anderson Marliere Navarro / Banca: Fernando Barbosa Junior / Banca: Thaís Borges César / Resumo: As deficiências nos compostos antioxidantes podem acelerar a progressão da doença por HIV influenciando no aumento do estresse oxidativo, que tem sido relacionado tanto com o uso da terapia antirretroviral (TARV) quanto com a própria infecção pelo HIV. O selênio tem um papel importante na infecção pelo HIV, sobretudo devido ao seu envolvimento na regulação do estresse oxidativo. Seus efeitos são dependentes da sua forma química e concentração, destacando-se a importância da especiação química. O presente estudo buscou avaliar se a infecção pelo HIV e o tempo de uso da TARV estão associados com maior dano oxidativo, baixas concentrações de selênio e seus metabólitos e uma menor proteção antioxidante da glutationa e da glutationa peroxidase. Trata-se de um estudo transversal, constituído por 120 indivíduos de ambos os sexos agrupados em: Grupo Controle (GC), HIV negativo, n=40; Grupo 1 (G1) HIV positivos em uso de TARV há mais de 5 anos, n=40; e Grupo 2 (G2), HIV positivos em uso de TARV há menos de 5 anos, n=40. Foram avaliados o selênio plasmático, selênio eritrocitário e a selenometionina. Os parâmetros antioxidantes foram a concentração da glutationa e a atividade da glutationa peroxidase. O estresse oxidativo foi medido por meio do malondialdeído. Avaliou-se ainda a ingestão alimentar e antropometria. A análise atual indicou que os indivíduos do presente estudo possuem a ingestão de selênio adequada e que a ausência de deficiência de selênio plasmático está associada ao uso da TARV. Foi observado que a infecção pelo HIV e o uso da TARV influenciam no estresse oxidativo, que por sua vez promove um aumento na expressão das defesas antioxidantes, medidas pela glutationa e glutationa peroxidase. Em relação a selenometionina, é possível que o aumento na sua concentração esteja relacionado à forma química... / Abstract: The antioxidant components deficiencies may hasten the progression of HIV disease increasing the oxidative stress, which has been associated with both use of antiretroviral therapy (ART) and HIV infection. Selenium has an important role in HIV infection mainly due to its involvement in oxidative stress regulation. Its beneficial effects are dependent on their chemical form and concentration, highlighting the importance of selenium speciation. The present study aimed to evaluate whether HIV infection and ART time of use are associated with increased oxidative damage, low concentrations of selenium and its metabolites, and reduced antioxidant protection of glutathione and glutathione peroxidase. This is a cross-sectional study consisted of 120 individuals that were classified as: Control Group (GC), HIV negatives, n=40; Group 1 (G1), HIV positives under ART for more than 5 years, n=40; and Group 2 (G2), HIV positives under ART for less than 5 years, n=40. Plasma selenium, erythrocyte selenium and selemethionine were evaluated. The antioxidant parameters were glutathione concentration and glutathione peroxidase activity. Oxidative stress was measured by malondialdehyde. In addition, we evaluated the dietary intake and anthropometry. The current analysis indicated that the subjects in this study had adequate selenium ingestion and the absence of plasma selenium deficiency was associated with the use of ART. We observed that HIV infection and use of ART influence oxidative stress, which in turn promotes an increase of the expression of antioxidant defenses, measured by glutathione and glutathione peroxidase. About selenomethionine, it is possible that its concentration increase is related to the chemical form of the ingested selenium and that the use of ART contributes to its decrease. However, further studies are necessary to understand the influence of ... / Mestre

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2015-12-04T19:34:33Z No. of bitstreams: 1 RaniereFagundesDeMeloSilveira_TESE.pdf: 3512000 bytes, checksum: 19fe99baef9b0082648ee82a63fbf577 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2015-12-09T23:17:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RaniereFagundesDeMeloSilveira_TESE.pdf: 3512000 bytes, checksum: 19fe99baef9b0082648ee82a63fbf577 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-09T23:17:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RaniereFagundesDeMeloSilveira_TESE.pdf: 3512000 bytes, checksum: 19fe99baef9b0082648ee82a63fbf577 (MD5) Previous issue date: 2014-10-20 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / A prospec??o de polissacar?deos farmacologicamente ativos provenientes de subprodutos agr?colas ainda ? uma pr?tica pouco explorada no meio cient?fico. Dessa forma, este trabalho pretendeu ampliar o conhecimento relacionado ?s atividades farmacol?gicas de polissacar?deos extra?dos do sabugo de milho. A partir da farinha de sabugo de milho, um extrato polissacar?dico foi obtido ao combinar ondas de ultrassom em meio alcalino, e ao final do processo o produto foi denominado de EPSM. Esse extrato foi caracterizado fisico-quimicamente e, atrav?s de ensaios in vitro, foi avaliado como agente antioxidante, citot?xico, anticoagulante e imunomodulator. Os resultados indicaram que o EPSM apresentou significativa a??o quelante de metal, al?m de n?o apresentar efeito t?xico para c?lulas de linhagem normal, mas evidenciar efeito citot?xico contra as c?lulas tumorais HeLa, quando causou a morte celular por apoptose. Em adi??o, outros efeitos farmacol?gicos foram observados, o EPSM diminuiu a produ??o de ?xido n?trico (NO) por macr?fagos ativados, e estendeu o tempo de coagula??o sangu?nea quando avaliado pelo ensaio de APTT. Posteriormente, fra??es metan?licas, etan?licas e cet?nicas foram obtidas a partir do fracionamento dos polissacar?deos presentes no EPSM. Foram obtidas cinco fra??es metan?licas, seis fra??es etan?licas e duas cet?nicas; e todas avaliadas quanto ?s atividades antioxidante, citot?xica, anticoagulante e imunomodulat?ria. Dentre as fra??es, E1.4 exibiu significativo efeito qualante de metal, a??o t?xica em c?lulas HeLa por indu??o da apoptose, reduziu a produ??o de NO por macr?fagos ativados, e ampliou o tempo de coagula??o sangu?nea. Esses resultados sinalizaram que os polissacar?deos farmacologicamente ativos do EPSM estariam presentes na fra??o E1.4. A partir do fracionamento da E1.4 foram obtidas seis subfra??es polissacar?dicas com tamanhos distintos: -3; 3-10; 10-30; 30-50; 50-100 e +100 KDa. Cerca de 80% dos polissacar?deos de E1.4 apresentou tamanho inferior a 10 KDa, e todas as subfra??es apresentaram mais de 61% de a??car em suas composi??es qu?micas. Essas subfra??es exibiram diferentes composi??es monossacar?dicas, mas todas apresentaram xilose. As subfra??es evidenciaram distintos efeitos nos ensaios farmacol?gicos in vitro. As subfra??es de menor tamanho (< 30 KDa) demonstraram maior atividade quelante de metal e maior atividade citot?xica contra c?lulas tumorais. As intermedi?rias (entre 30 e 100 KDa) diminu?ram mais a produ??o de NO por macr?fagos ativados, mas a de maior tamanho (+100 KDa) modulou um maior n?mero de citocinas inflamat?rias, e demonstrou um maior efeito anticoagulante. Portanto, a an?lise conjunta dos resultados indica que os polissacar?deos farmacologicamente ativos do ESPM s?o heteroxilanas e foram concentrados nas subfra??es de E1.4, al?m disso, os efeitos farmacol?gicos dessas heteroxilanas dependem do seu tamanho molecular. / Prospecting pharmacological active polysaccharides from agricultural byproducts, such as corncobs, is an underexplored practice in the scientific community. Thus, this work aims to expand knowledge about pharmacological activities of polysaccharides extracted from corncobs. From corn cob flour a extract was obtained by ultrasound waves in an alkaline medium, and the end of the process the product was termed PECC (polysaccharidic extract from corncobs). This extract was physicochemical characterized and evaluated by in vitro assays as an antioxidant, cytotoxic, anticoagulant and imunomodulator agent. Results indicated significant activity metal chelating by PECC, and the use of PECC in cell culture cells showed no toxic effects to normal cell lines, but toxic action against HeLa tumor cells due promoting cell death by apoptosis. In addition, other pharmacological effects were observed, the PECC decreased nitric oxide (NO) production by activated macrophages, and prolonged blood clotting time through APTT assay. Then methanolic, ethanolic and ketone fractions were obtained from fractionation of PECC polysaccharides. Five methanolic fractions, six ethanolic fractions and two ketones were obtained; and all fractions were evaluated for antioxidant, cytotoxic, anticoagulant, immunomodulatory activities. E1.4 fraction exhibited significant metal chelating effect, a toxic action to induce apoptosis in HeLa cells, decreased NO production by activated macrophages, and extended blood clotting time. These results showed that the PECC pharmacological active polysaccharides would be present in the fraction E1.4. From fractionation of E1.4 polysaccharide six subfractions with different sizes were obtained: <3; 3-10; 10-30; 30-50; 50-100 and >100 KDa. About 80% of E1.4 polysaccharides had lower size to 10 KDa, and all the subfractions showed over 61% sugar in their chemical compositions. These subfractions exhibited different monosaccharide compositions, but xylose was presented in all of them. The subfractions exhibited distinct pharmacological effects in in vitro assays. Smaller subfractions (<30 KDa) had highest metal chelating activity and greater toxic action in tumor cells. The intermediate fractions (between 30-100 KDa) decreased more NO production of activated macrophages, for other side, the larger size (>100 KDa) modulated a greater number of inflammatory cytokines, and the had greatest anticoagulant effect. Therefore, when analyzing all the results together it is evident that the PECC pharmacological polysaccharides are heteroxylans, and were concentrated in E1.4 fraction, and heteroxilanas pharmacological effects depends on their molecular size. Thus, corncobs could be used as source from molecules with biotechnology potential

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2015-12-15T17:45:11Z No. of bitstreams: 1 HenriqueCesarDeJesusFerreira_DISSERT.pdf: 3079036 bytes, checksum: 669ef1f5f7345e06f0db2159cfbc3fcd (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2015-12-29T20:46:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 HenriqueCesarDeJesusFerreira_DISSERT.pdf: 3079036 bytes, checksum: 669ef1f5f7345e06f0db2159cfbc3fcd (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-29T20:46:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 HenriqueCesarDeJesusFerreira_DISSERT.pdf: 3079036 bytes, checksum: 669ef1f5f7345e06f0db2159cfbc3fcd (MD5) Previous issue date: 2014-09-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Muitas esp?cies se especializaram em viver nos mais variados ambientes existentes demonstrando a not?vel capacidade de adapta??o do mundo microbiano as mais diversas condi??es f?sico-qu?micas. Ambientes expostos ? radia??o natural e a metais s?o escassos ao redor do mundo, apresentando uma microbiota ainda desconhecida. Com um n?mero total estimado entre 4 e 6 x 1030 microrganismos na terra, estes constituem um enorme pool biol?gico e gen?tico a ser explorado. Abordagens metagen?micas, independentes de cultivo, proporcionam uma nova forma de acesso ao potencial gen?mico de amostras ambientais tornando-se uma importante ferramenta para elucida??o de fun??es ecol?gicas, bem como para identifica??o de novas esp?cies e biomol?culas. Neste trabalho, o material gen?tico ambiental de amostras de solo e ?gua do A?ude Boqueir?o de Parelhas-RN, sob influ?ncia de radia??o natural e da presen?a de metais, foi extra?do, pirosequenciado, e as sequ?ncias geradas foram analisadas atrav?s de programas de bioinform?tica (MG-RAST e STAMP). Perfis taxon?micos comparativos de ambas as amostras mostraram alta abund?ncia do Dom?nio Bacteria, seguida por uma pequena parcela atribu?da aos Dom?nios Eucaryota, Archaea e V?rus. Proteobacteria, Actinobacteria e Bacterioidetes foram os filos que mostraram maior domin?ncia em ambas as amostras. Importantes g?neros e esp?cies associados ? resist?ncia aos agentes estressores encontrados na regi?o foram observados. Sequ?ncias relacionadas ? replica??o e reparo do DNA, ao estresse oxidativo e estresse pelo calor e a resist?ncia a compostos t?xicos foram observadas, mostrando uma importante rela??o entre a microbiota e seu perfil metab?lico, influenciada pelas vari?veis ambientais regionais. Os resultados encontrados neste estudo adicionam valiosos e in?ditos dados sobre a composi??o de comunidades microbianas nestas regi?es. / Many species have specialized to live in the most varied existing environments showing the remarkable adaptability of the microbial world the most diverse physicochemical conditions. Environments exposed to natural radiation and metals are scarce around the world, presenting a microbiota still unknown. With a total number estimated between 4 and 6 x 1030 microrganisms on earth, they constitute an enormous biological and genetic pool to be explored. Metagenomic approach independent of cultivation, provides a new form to access to the potential genomic environmental samples becoming a powerful tool for the elucidation of ecological functions, metabolic profiles, as well as to identify new biomolecules. In this context, the genetic material of environmental soil and water samples from A?ude Boqueirao Parelhas-RN, under the influence of natural radiation and the presence of metals, was extracted, pirosequencing and the generated sequences were analyzed by bioinformatics programs (MG-RAST and STAMP). Taxonomic comparative profiles of both samples showed high abundance of Domain Bacteria, followed by a small portion attributable to Eucaryota Domains, Archaea and Viruses. Proteobacteria, Actinobacteria and Bacterioidetes phyla showed the greater dominance in both samples. Important genera and species associated with resistance to various stressors found in region were observed. Sequences related to oxidative and heat stress, DNA replication and repair, and resistance to toxic compounds were observed, suggesting a significant relationship between the microbiota and their metabolic profile, influenced by regional environmental variables. The results of this study add valuable and unpublished data on the composition of microbial communities in these regions

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2015-12-15T17:45:12Z No. of bitstreams: 1 SinaraCarlaDaSilvaAraujo_DISSERT.pdf: 1885448 bytes, checksum: b4a8226a4f1778e4f626da3394657f9a (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2015-12-29T20:51:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 SinaraCarlaDaSilvaAraujo_DISSERT.pdf: 1885448 bytes, checksum: b4a8226a4f1778e4f626da3394657f9a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-29T20:51:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SinaraCarlaDaSilvaAraujo_DISSERT.pdf: 1885448 bytes, checksum: b4a8226a4f1778e4f626da3394657f9a (MD5) Previous issue date: 2014-08-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Os microrganismos apresentam uma imensa diversidade gen?tica e est?o presentes em toda biosfera, no entanto cerca de 1% das esp?cies pode ser cultivada por t?cnicas laboratoriais padr?o. A metagen?mica tornou poss?vel o acesso direto ao genoma microbiano derivado de amostras ambientais, utilizando t?cnicas independentes de cultivo. A metodologia permite obter informa??o funcional de prote?nas, assim como a identifica??o de potenciais produtos com interesse biotecnol?gico e de novos recursos biol?gicos industrialmente explor?veis, a exemplo novas solu??es para impactos ambientais. ?reas contaminadas com petr?leo s?o caracterizadas por um grande ac?mulo de hidrocarbonetos e surfactantes s?o utilizados para sua biorremedia??o. Sendo assim, a abordagem metagen?nima foi utilizada para selecionar genes envolvidos no processo de degrada??o e biossurfacta??o de hidrocarbonetos. Em um trabalho anterior, o DNA ambiental (eDNA) foi extra?do de amostras de solo coletadas em duas diferentes ?reas (Caatinga e rio salino) do Rio Grande do Norte (Brasil), as bibliotecas metagen?micas foram constru?das e analisadas funcionalmente. Os clones capazes de degradar o ?leo foram avaliados quanto ? capacidade de sintetizar biossurfactante. O clone foi sequenciado e an?lise da sequencia revelou uma ORF com 897 pb, 298 amino?cidos e prote?na de peso molecular pr?ximo a 34 kDa. A busca por homologia no GenBank revelou similaridade com a sequ?ncia que codifica uma prote?na hipot?tica de representantes da fam?lia Halobacteriaceae, que foram mostradas recentemente como produtoras de biossurfactantes. A presen?a da sequ?ncia codificante inserida e do fen?tipo adquirido foram confirmadas. Primers foram desenhados e suas ORFs amplificadas por PCR. Em seguida, foram subclonadas em vetor de express?o pETDuet-1, contendo uma cauda de histidina, para express?o e posterior purifica??o da prote?na de interesse. Os testes foram realizados para confirma??o da atividade de biossurfactante e degrada??o de hidrocarbonetos e apresentaram resultados positivos. O ensaio de imunodetec??o (western blot) com a utiliza??o do anticorpo monoclonal Anti-His? confirmou a presen?a da prote?na ambiental. Esse estudo foi o primeiro a relatar uma poss?vel prote?na com atividade biossurfactante obtida a partir de uma abordagem metagen?mica. / The microorganisms have a vast genetic diversity and they are present throughout the biosphere, however, only about 1% of the species can be cultivated by traditional cultivation techniques. Within this diversity there is a huge pool genetic and biological being explored. The metagenomics has enabled direct access to microbial genome derived from environmental samples using independent methods of cultivation. The methodology enables to obtain functional information about the proteins, as well as identify potential products with biotechnological interest and new industrially exploitable biological resources, such as new solutions to environmental impacts. Oil-contaminated areas are characterized by a large accumulation of hydrocarbons and surfactants may be used for bioremediation. Thus, the metagenomic approach was used in this study in order to select genes involved in the degradation and hydrocarbon emulsification. In a previous work, the environmental DNA (eDNA) was extracted from soil samples collected from two different areas (Caatinga and Saline River) of Rio Grande do Norte (Brazil), the metagenomic libraries were constructed and functionally analyzed. The clone able to degrade the oil was evaluated for the ability to synthesize biosurfactants. The sequence analysis revealed an ORF with 897 bp, 298 amino acids and a protein with around 34 kDa. The search for homology in GenBank revealed sequence similarity with a hypothetical protein of representatives Halobacteriaceae family, who were recently shown as strains producing biosurfactants. The presence of the inserted coding sequence and the acquired phenotype was confirmed. Primers were designed and the ORF amplified by PCR. The ORF was subcloned into pETDuet-1 expression vector for subsequent purification of the protein of interest containing a histidine tail. The tests performed to confirm the biosurfactant activity and the ability of hydrocarbon degradation showed positive results. The immunodetection test (western blot) using the monoclonal AntiHis? confirmed the presence of the environmental protein. This study was the first to report a possible protein with biosurfactant activity obtained from a metagenomic approach

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-01-04T22:02:35Z No. of bitstreams: 1 LeonardoCapistranoFerreira_TESE.pdf: 3396619 bytes, checksum: bffb880b6907328ac1ce5051faaf28fd (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-01-07T21:08:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LeonardoCapistranoFerreira_TESE.pdf: 3396619 bytes, checksum: bffb880b6907328ac1ce5051faaf28fd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-07T21:08:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeonardoCapistranoFerreira_TESE.pdf: 3396619 bytes, checksum: bffb880b6907328ac1ce5051faaf28fd (MD5) Previous issue date: 2014-10-06 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / O desenvolvimento de doen?as complexas, como a pr?-ecl?mpsia, ? determinado por fatores ambientais e gen?ticos, al?m da poss?vel intera??o entre esses fatores. As doen?as hipertensivas da gravidez (DHGs) apresentam um amplo espectro cl?nico, que pode variar desde pr?-ecl?mpsia leve (hipertens?o e proteinuria) at? formas mais graves, como a ecl?mpsia (convuls?es) e s?ndrome HELLP (hem?lise, eleva??o das enzimas hep?ticas e plaquetopenia). O espectro cl?nico parece estar ligado a diferentes mecanismos patol?gicos. Este trabalho tem como objetivo identificar fatores (gen?ticos e ambientais) envolvidos no desenvolvimento das DHGs. Usando uma abordagem caso-controle, selecionamos um total de 1498 mulheres para os estudos epidemiol?gico e gen?tico, abrangendo 755 gr?vidas normotensas (controle); 518 pr?-ecl?mpsia; 84 eclampsia e 141 HELLP. As mulheres foram genotipados para 18 marcadores distribu?dos em cinco genes candidatos (FLT1, ACVR2A, ERAP1, ERAP2 e LNPEP). Como resultado das an?lises dos fatores ambientais, encontramos idade materna, paridade e o ?ndice de massa corporal pr?-gestacional como importantes fatores de risco associados ?s DHGs. As an?lises gen?ticas mostraram que os genes est?o associados de maneira fen?tipo-espec?fica: ACVR2A com pr?-ecl?mpsia precoce (rs1424954, p=0,002); FLT1 com s?ndrome HELLP (rs9513095, p=0,003), e ERAP1 com ecl?mpsia (rs30187, p=0,03). Nossos resultados sugerem que diferentes mecanismos gen?ticos, juntamente com fatores ambientais espec?ficos, contribuem na determina??o do espectro cl?nico das DHGs. Al?m disso, o refinamento fenot?pico parece ser um passo essencial na busca por genes de doen?as complexas / The development of complex diseases such as preeclampsia are determined by both environmental and genetic factors, but there is also interaction among these factors. Preeclampsia is a pregnancy-specific disorder characterized by de-novo hypertension and proteinuria after 20th week of gestation. There is a broad spectrum of clinical presentations related to hypertensive disorders of pregnancy (HDP) that can range from mild preeclampsia to eclampsia (seizures) or HELLP syndrome (Hemolysis, Elevation of Liver enzymes, Low Platelets). Those clinical outcomes might be linked to different pathological mechanisms. Our work aims to identify factors (i.e. genes and environmental) associated with the HDP?s clinical spectrum. Using a case-control approach, we selected a total of 1498 pregnant women for epidemiological and genetic studies, encompassing 755 normotensive (control); 518 preeclampsia; 84 eclampsia; and 141 HELLP. Women were genotyped for 18 SNPs across 5 candidate genes (FLT1, ACVR2A, ERAP1, ERAP2 and LNPEP). For the environmental factors, we found maternal age, parity status and pre-gestational body mass index as important risk factors associated with disease. Genes were associated in a phenotype-specific manner: ACVR2A with early preeclampsia (rs1424954, p=0.002); FLT1 with HELLP syndrome (rs9513095, p=0.003); and ERAP1 with eclampsia (rs30187, p=0.03). Our results suggest that different genetic mechanisms along with specific environmental factors might determine the clinical spectrum of HDP. In addition, phenotype refinement seems to be an essential step in the search for complex disease genes

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-01-13T13:01:42Z No. of bitstreams: 1 JoannaGardelValverdeGalvao_TESE.pdf: 4813874 bytes, checksum: 794cef0c5d96742ddc842b9b54b284cc (MD5) / Approved for entry into archive by Elisangela Moura (lilaalves@gmail.com) on 2016-01-15T15:01:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JoannaGardelValverdeGalvao_TESE.pdf: 4813874 bytes, checksum: 794cef0c5d96742ddc842b9b54b284cc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-15T15:01:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JoannaGardelValverdeGalvao_TESE.pdf: 4813874 bytes, checksum: 794cef0c5d96742ddc842b9b54b284cc (MD5) Previous issue date: 2014-10-10 / A leishmaniose visceral (LV) ? end?mica no Brasil, sendo a regi?o nordeste a que apresenta maior incid?ncia, apesar de nos ?ltimos 30 anos ter aumentado o n?mero de casos em outras regi?es do pa?s. A LV na Am?rica Latina ? resultante da infec??o por Leishmania infantum. No entanto, nem todas as pessoas infectadas desenvolvem doen?a; na verdade, a maioria apresenta resolu??o espont?nea da infec??o sem sintomas caracter?sticos de LV. Tradicionalmente a avalia??o do perfil imunol?gico tem sido realizada utilizando a reestimula??o de c?lulas mononucleares de sangue perif?rico em cultura. Esses estudos revelaram que pacientes com LV apresentavam inibi??o tanto da prolifera??o linfocit?ria quanto da resposta pr?-inflamat?ria anti-Leishmania. O presente trabalho teve por objetivo avaliar a resposta imune na LV sintom?tica, na cura p?s-tratamento e assintom?tica. Para isso, analisamos caracter?sticas imunofenot?picas relacionadas ? ativa??o, Treg e mem?ria de linf?citos, por citometria de fluxo, assim como a produ??o de citocinas ex vivo ou em cultura de sangue total. Para os volunt?rios com LV, foi realizado um estudo longitudinal com reavalia??o imunol?gicas aos 4 e 14 meses ap?s a cura cl?nica. O grupo controle incluiu pessoas provenientes de regi?o end?mica, sendo dividido em 2 grupos: Controle Positivo, formado por pessoas que apresentaram sorologia e?ou PCR anti-Leishmania positivos e Controle Negativo formado por pessoas com sorologia e PCR anti-Leishmania negativos. Durante a LV os linf?citos CD4 apresentam um maior perfil de ativa??o e mem?ria, al?m de serem maiores produtores de citocinas em cultura, quando comparado aos linf?citos CD8, contudo essa ativa??o n?o ? Leishmania espec?fica, visto que ocorreu tanto em aus?ncia (CD4+CD25+:10,60%, CD8+CD25+:5,36%; p<0,0001) quanto em presen?a de ant?genos sol?veis de Leishmania (SLA), (CD4+CD25+: 10,20%, CD8+CD25+:3,28%; p=0,0003). H? ativa??o de linf?citos durante a LV (CD4+CD69+: 4,9%), quando comparado aos grupos Controle Positivo (CD4+CD69+: 1,96% p=0,0045) e Negativo (CD4+CD69+: 1,35% p=0,0062), mas esta ativa??o tamb?m n?o ? Leishmania espec?fica. O perfil de ativa??o linfocit?ria permanece elevado mesmo 14 meses ap?s o fim do tratamento, por?m ap?s a cura a ativa??o ? Leishmania espec?fica (CD4+CD25+ em aus?ncia de SLA: 8,44%, presen?a de SLA: 10,70% p=0,0279). Linf?citos CD8+CD25+ foram capazes de produzir IFN-? em presen?a de ant?geno tanto em Controles Positivos (aus?ncia de SLA: 5,17%, presen?a de SLA: 9,52% p=0,0391) como em LV curados (Curado 4 meses: aus?ncia de SLA: 3,90%, presen?a SLA: 10,70% p=0,0098). C?lulas presentes no sangue total de pessoas com LV ativa s?o capazes de produzir IFN-? em resposta ao SLA (IFN-? em aus?ncia de SLA: 3,61 pg?mL e em presen?a de SLA: 44,26 pg?mL; p=0,0020), assim como LV recuperado (IFN-? em aus?ncia de SLA: 2,29 pg?mL e presen?a de SLA: 139,80 pg?mL; p=0,0005). Contudo o elevado n?vel de IL-10 parece estar inibindo a atividade pro-inflamat?ria de IFN-? e TNF-? em pacientes na fase sintom?tica. Contrariamente as demais citocinas pro-inflamat?rias, a cultura de sangue total do grupo LV ativa n?o apresentou produ??o de IL-2 Leishmania espec?fica (em aus?ncia de SLA: 2,42 pg?mL e em presen?a de SLA: 2,56 pg?mL). Com base nesses dados n?s conclu?mos que a restaura??o da ativa??o de linf?citos e a diminui??o da produ??o de IL-10, Leishmania espec?fica, est?o relacionados ? um perfil imunol?gico protetor. / Visceral Leishmaniasis (VL) is endemic in Brazil and the northeast region had the highest incidence of the disease , despite, in the last 30 years, it has spread to all geographic regions of the country. Leishmania infantum is the m ain etiological agent of VL in Latin America, Europe and North Africa. However, not all infected individuals develop the disease; in fact, the majority present spontaneous re solution of infection without symptoms. The evaluation of the immunological profil e has been mostly conducted stimulating, with Leishmania spp. antigen, peripheral blood mononuclear cells isolated from subjects with VL. These studies showed that VL patients had an inhibition of both, lymphocyte proliferation and proinflammatory response to Leishmania spp. antigen. Our study aimed to evaluate the immune response in active LV, cured post treatment and asymptomatic infection. To reach this aim, we analyzed immunophenotypic features related to activation, Treg and memory lymphocytes, by flow cytometry, as well as, evaluation of cytokine production, in ex vivo or in whole blood culture. In active VL volunteers, a longitu dinal study was conducted with reassessment at 4 and 14 months after clinical cure. The control group included individuals th at live d in endemic region and were either Positive Control, consisting of individuals with positive anti - L eishmania spp. serology and/or positive PCR for Leishmania ? spp. and Negative Control composed by individuals with negative anti - Leishmania antibodie s serology and negative PCR for Leishmania . During VL, CD4 lymphocytes showed greater activation and memory profile s and were the major source of cytokines in culture when compared to CD8 lymphocytes , and these were not Leishmania specific. There were act ivated lymphocytes during VL (CD4 + CD69 + :4.9%) when compared to control groups, Positive (CD4 + CD69 + :1.96%, p=0.0045) and Negative (CD4 + CD69 + :1.35%, p=0.006), on the other hand, this was non - specific activation. The lymphocyte activation profile remain ed el evated even 14 months post treatmen t. A fter clinical cure , the activation was Leishmania specific (CD4 + CD25 + absence of SLA: 8.4%, and presence of SLA: 10.7% p=0.0279). CD8 + CD25 + lymphocytes were able to produce Leishmania specific IFN - ? in both, Positive Controls (absence of SLA 5.2% and presence of SLA: 9.5%, p=0.0391) and Cured 4 month (absence of SLA: 3.9%; presence of SLA: 10.7% p=0.0098). Whole blood culture cells, of VL patients, were able to produce IFN - ?, by SLA stimulation (absence of SLA: 28.0 pg ?mL, and presence: 44.3 pg?mL p=0.0020) as well as recovered groups (absence of SLA 2.3 pg?mL and presence of SLA 139.8 pg?mL, p=0.0005). However, the high level of IL - 10 seem ed to inhibit pro - inflammatory activity of IFN - ? and TNF - ? during symptomatic dis ease . Unlike other pro - inflammatory cytokines, active VL group d id not produce Leishmania specific IL - 2 (absence of SLA 2.4 pg?mL and presence of SLA: 2.6 pg?mL). Based on these data we conclude that the restoration of lymphocyte activation and decreased i n IL - 10 Leishmania specific production were related to a protective immune profile.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-01-14T20:02:00Z No. of bitstreams: 1 GabrielPereiraFidelis_DISSERT.pdf: 2672661 bytes, checksum: d836949986a9f770a6728a0061945803 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-01-18T21:39:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 GabrielPereiraFidelis_DISSERT.pdf: 2672661 bytes, checksum: d836949986a9f770a6728a0061945803 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-18T21:39:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GabrielPereiraFidelis_DISSERT.pdf: 2672661 bytes, checksum: d836949986a9f770a6728a0061945803 (MD5) Previous issue date: 2014-12-12 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Polissacar?deos sulfatados (PS) da alga vermelha comest?vel Gracilaria birdiae foram obtidos atrav?s de cinco diferentes condi??es de extra??o (GB1: ?gua; GB1p: ?gua/prote?lise; GB1s: ?gua/sonica??o; GB1sp: ?gua/sonica??o/prote?lise; GB2s: NaOH/sonica??o; GB2sp: NaOH/sonica??o/prote?lise). O rendimento em massa seca (g) das extra??es aumentou na seguinte ordem: GB2sp>GB1sp>GB1p>GB2s>GB1s>GB1. A quantidade de PS extra?dos por cada condi??o, em contrapartida, aumentou em sequencia diferente: GB2sp>GB1p>GB1>GB1sp>GB1s>GB2s. Espectroscopia de infravermelho e eletroforese em gel de poliacrilamida em agarose demonstram que todas as condi??es extra?ram o mesmo polissacar?deo sulfatado. Al?m disso, com base nos dados referentes ? composi??o monossacar?dica de cada condi??o de extra??o pode-se pressupor que o uso de sonica??o fez com que se obtivesse outros polissacar?deos al?m dos PS. No teste de tempo de protrombina (PT), o qual avalia a via extr?nseca da cascata de coagula??o, nenhuma das amostras apresentou atividade anticoagulante at? uma concentra??o m?xima de 0,1 mg/mL. Por outro lado, no teste de tempo de tromboplastina parcial ativada (aPTT), cuja via da cascata de coagula??o avaliada ? a intr?nseca, todas os extratos de PS tiveram atividade positiva, com exce??o da condi??o GB2sp. A atividade anticoagulante no teste de aPTT diminuiu na seguinte sequencia: GB1sp>GB2sp>GB1p>GB1>GB1s>GB2s. O teste de capacidade antioxidante total (CAT) dos polissacar?deos sulfatados tamb?m sofreu influ?ncia das varia??es de acordo com condi??o de extra??o, visto que com Gb2s e Gb1 foram obtidos os menores valores de atividade quando comparado ?s demais condi??es de extra??o. No presente trabalho, conclui-se que as condi??es de extra??o de PS influenciam as atividades biol?gicas e na composi??o qu?mica dos PS obtidos e que portanto, o uso de uma condi??o em especial pode favorecer a obten??o de PS com uma atividade que se deseja em detrimento de outras. De acordo com os dados obtidos pode-se afirmar que NaOH/sonica??o/prote?lise foi a melhor condi??o para obter PS com atividade anticoagulante e antioxidante em Gracilaria birdiae / The sulfated polysaccharides (SP) from the edible red seaweed Gracilaria birdiae were obtained using five different condition extraction (GB1: Water; GB1p: Water/proteolysis; GB1s: Water/sonication; GB1sp: Water/sonication/proteolysis; GB2s: NaOH/sonication; GB2sp: NaOH/sonication/proteolysis. The yield (g) increased in the following order GB2sp>GB1sp>GB1p>GB2s>GB1s>GB1. However, the amount of SP extracted increased in different way GB2sp>GB1p>GB1>GB1sp>GB1s>GB2s. Infrared and electrophoresis analysis showed that all conditions extracted the same SP. In addition, monosaccharide composition showed that ultrasound promotes the extraction of other polysaccharides than SP. In the prothrombin time (PT) test, which evaluates the extrinsic coagulation pathway, none of the samples showed anticoagulant activity. While in the activated partial thromboplastin time (aPTT) test, which evaluates the intrinsic coagulation pathway, all samples showed anticoagulant activity, except GB2s. The aPTT activity decreased in the order of GB1sp>GB2sp>GB1p>GB1>GB1s>GB2s. Total capacity antioxidant (TCA) of the SP was also affected by condition extraction, since GB2s and GB1 showed lower activity in comparison to the other conditions. In conclusion, the conditions of SP extraction influence their biological activities and chemical composition. The data showed NaOH/sonication/proteolysis was the best condition to extract anticoagulant and antioxidant SPs from Gracilaria birdiae.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-02-05T23:00:04Z No. of bitstreams: 1 IsabelAndradeLopesDeSousa_DISSERT.pdf: 1629932 bytes, checksum: 69b762646403d829620b6a8a168e9988 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-02-16T21:49:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 IsabelAndradeLopesDeSousa_DISSERT.pdf: 1629932 bytes, checksum: 69b762646403d829620b6a8a168e9988 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-16T21:49:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IsabelAndradeLopesDeSousa_DISSERT.pdf: 1629932 bytes, checksum: 69b762646403d829620b6a8a168e9988 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / A cana-de-a??car ? uma planta monocotiled?nea cultivada em regi?es tropicais e subtropicais, sendo o Brasil o maior produtor mundial. Apesar de sua import?ncia econ?mica, muito pouco ? conhecido molecularmente sobre o processo de flora??o em cana-de-a??car. Este processo fisiol?gico pode promover uma perda de at? 60% na produtividade de a??car ou bioetanol. Desta forma, este trabalho teve como objetivo caracterizar um gene hom?logo ao gene que codifica a prote?na HINT1, identificado anteriormente em bibliotecas subtrativas de flora??o. An?lises gen?micas da estrutura g?nica e regi?o promotora permitiram observar que existem pelo menos dois genes distintos hom?logos ? HINT em cana-de-a??car. An?lises de bioinform?tica mostraram a conserva??o do dom?nio proteico caracter?stico da superfam?lia HIT e indicam uma rela??o filogen?tica associada ? localiza??o celular. Al?m disso, foi observada uma poss?vel rela??o com as prote?nas da fam?lia SBTILISIN-like por meio das informa??es dispon?veis em interatomas. Isto sugere que o gene HINT de cana-de-a??car pode estar relacionado ao desenvolvimento vegetal, havendo v?rias possibilidades de intera??es para a regula??o do processo de indu??o floral, pois as sequ?ncias presentes nas regi?es regulat?rias indicam que a express?o diferencial de HINT seria relacionada tanto com fatores clim?ticos presentes na regi?o Nordeste do Brasil quanto ? estresse bi?tico e fito-horm?nios. Al?m disso, os fen?tipos relacionados ao florescimento tardio indicam que a influ?ncia de HINT pode ocorrer devido ao ac?mulo de produtos na sua atua??o enzim?tica. Por estas caracter?sticas este gene pode ser utilizado como um marcador na sele??o de novos cultivares. / The sugarcane is a monocot plant grown in tropical and subtropical regions, with Brazil being the largest producer. Despite its economic importance, little is known about the molecular flowering process in sugarcane. This physiological process can promote a loss up to 60% in sugar or bioethanol. Thus, this work had as objective characterize a HINT1 homologous gene previously identified in subtractive libraries of flowering. Genomic analysis of gene and promoter region structure allowed the observation that there are at least two distinct genes homologous to HINT on sugarcane. Bioinformatics analyses showed the conservation of the characteristic protein domain of HIT superfamily and indicate a phylogenetic relationship associated to cell location. Moreover, a possible relation with the SBTILISIN-like protein family through the information available in interatomas was observed. This suggests that the HINT gene of sugarcane can be related to plant development, there are several possibilities of interactions in the regulation of floral induction process, because the sequences present in regulatory regions indicate that differential expression of HINT was related to with climatic factors in the Northeast region of Brazil as well as to biotic stress and phytohormones. Furthermore, the sugarcane phenotypes indicate that the influence of HINT may happen due to product accumulation of its enzymatic activity. For these characteristics this gene can be used as a marker in the selection of new varieties.