Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Rui Leite Pereira / Banca: Poliana Fernanda Gachetto / Resumo: A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro, porém o aumento de doenças na última década tem causado grandes prejuízos a toda a cadeia produtiva. A doença cancro cítrico, causada pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é um grave problema para o setor, não havendo até o momento método eficaz para o seu controle. Nesse estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de dois genótipos hospedeiros contrastantes à doença: laranja doce Pêra-Rio (PR) moderadamente resistente, e Lima Ácida Galego (LG), altamente suscetível, 24, 48 e 72 horas após a infecção com Xac, no intuito de identificar genes das plantas envolvidos na interação patógeno-hospedeiro. Foram encontrados 6.330, 3.478 e 6.795 genes diferencialmente expressos (GDEs) na espécie moderadamente resistente PR, 24, 48 e 72 horas após a inoculação com Xac, respectivamente, quando comparados com seus controles. Na espécie altamente suscetível Limão Galego foram identificados 1.491, 5.621 e 2.145 GDEs após 24, 48 e 72 horas da inoculação com Xac, respectivamente. Através do programa Blast2GO, genes e vias metabólicas de fotossíntese, sinalização celular, síntese hormonais, fatores de transcrição, entre outros, foram encontrados. Esse estudo revelou diferenças associadas à resistência e desenvolvimento a nível molecular em PR e LG em resposta ao cancro cítrico, demonstrando que na espécie moderadamente resistente há uma maior ativação dos mecanismos de defesa. Tais estudos podem ser utilizados para o desenvolvimento de plantas de citros com adequado nível de resistência ao cancro cítrico / Abstract: The citrus agribusiness is very important to the Brazilian economy, but the increase of diseases in the last decade has caused great economic losses to the sector. The citrus canker, caused by the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a serious disease that attacks all citrus species economically important worldwide and there is not an effective method for its control. In this study, RNASeq was used to analyze the transcriptional profiles of two contrasting citrus genotypes regarding citrus canker susceptibility: sweet orange Pêra Rio (PR), moderately resistant, and Mexican lime 'Galego' (ML), highly susceptible. Gene expression were performed in a HiScanSQ System (Illumina) using total RNA isolated from leaves collected 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, with leaves inoculated with water been used as control. It were found 6,330, 3,478 and 6,795 differentially expressed genes (DGEs) in moderately resistant PR specie at 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively, when compared with their controls. In the specie highly susceptible ML, it was identified 1,491, 5,621 and 2,145 DGEs after 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively. Through the program Blast2GO, genes and metabolic pathways related to photosynthesis, cell signaling, hormone synthesis, transcription factors, among others, were found as involved in plant defense. This study revealed differences at the molecular level between PR and ML in response to citrus canker, showing that in the specie moderately resistant there is a greater activation of host defense mechanisms. Such informations can be used for the development of citrus plants with an adequate level of resistance to citrus canker / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:56:16Z : No. of bitstreams: 1 jaciani_fj_me_jabo.pdf: 302453 bytes, checksum: 1fb27cbd11729232d8b900ef7c2e8c3c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A caracterização da estrutura genética de populações clonais de patógenos bacterianos tem sido feita, entre outros métodos, por “Southern blot” empregando-se como sondas seqüências de inserção ou genes avr. O presente trabalho objetivou o desenvolvimento de oligonucleotídeos iniciadores e sondas de DNA baseadas em genes de patogenicidade para estudo da diversidade genética de isolados de Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii e Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis. Observou-se a presença dos genes avrXacE1, avrXacE2 e lrp em todos isolados das subsp. citri e aurantifolii e a ausência do gene avrXacE2 no isolado da subsp. citrumelonis. Os perfis de restrição gerados por PCR-RFLP não revelaram polimorfismo nos genes amplificados e o uso de genes avr como sondas para “Southern blot” mostrou-se efetiva na diferenciação das espécies de Xanthomonas patogênicas a citros e na identificação de relativo polimorfismo entre isolados da mesma espécie. A diversidade haplotípica foi maior com o gene avrXacE1. Com exceção à sonda correspondente ao gene lrp, o número de haplótipos identificados (17) variou de acordo com a endonuclease utilizada em “Southern blot”. Os isolados da subsp. citri apresentaram um maior número de cópias dos genes avr em comparação com isolados das subsp. aurantifolii e citrumelonis. O estado de São Paulo, que adota uma campanha de erradicação do cancro cítrico, apresentou a menor diversidade haplotípica, provavelmente em decorrência do curto período em que o patógeno interage com o hospedeiro. / The genetic structure of clonal populations of bacterial pathogens has been characterized, among other methods, by Southern blot using insertion sequences or avr genes as probes. The present work aimed the development of DNA primers and probes based on pathogenicity genes to study the genetic diversity of Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii, and Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis strains. The presence of avrXacE1, avrXacE2 and leucine rich protein (lrp) genes was observed in all citri and aurantifolii strains, as well as the absence of the avrXacE2 gene in citrumelonis isolate. The restriction profiles generated by PCR-RFLP did not show polymorphism in the amplified genes and the use of avr genes as Southern blot probes showed to be effective to differentiate Xanthomonas species pathogenic to citrus and to identify a relative polymorphism between strains belonging to the same species. The haplotype diversity was higher with the avrXacE1 gene. Excepting the probe corresponding to lrp gene, the number of haplotypes identified (17) varied according to the endonuclease used on Southern blot. The strains of the citri species presented a higher number of copies of the avr genes compared to aurantifolii and citrumelonis. The state of São Paulo, that adopts a campaign of eradication of the citrus canker, presented the smaller haplotype diversity, probably as result of the short period where the pathogen interacts with the host.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:51:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissSPS.pdf: 975208 bytes, checksum: 4bc88b44a9d4c83578ef8910f2124419 (MD5) Previous issue date: 2003-02-14 / Citrus canker is one of the main threats to the sanity of orange groves in the production region of the State of Sao Paulo, known as Citrus Belt. This disease has caused the elimination of million of trees and losses to the whole citrus production chain. Despite the official measures to canker eradication, growers can prevent having the disease in their groves adopting simple measures, recommended by FUNDECITRUS Fund for Citriculture Defense. These measures could be standardized and implemented in the citrus farms using approaches and tools for quality management by means of a management system upon which a phytossanitary quality certificate for citrus canker prevention can be established. This certificate could contribute do the to the reduction of the risks of occurrence and to the reduction of costs for the canker prevention and eradication. Besides that, the phytossanitary quality certificate could originate the establishment of a quality and origin certificate for the orange produced in the Citrus Belt, aiming the valuation of the state citriculture in internal and foreign orange markets, following the recent trends of quality certification of agro-food products and companies. The model for citrus canker prevention management system is proposed from a survey of quality certification systems in agrofood chains and the ISO 9000:2000 standards, SQF 2000 code and IFP Integrated Fruit Production system guidelines. A survey with 64 growers has been conducted to evaluate the adoption of prevention measures recommended by FUNDECITRUS and the growers´ perception of the prevention measures and of an eventual phytossanitary quality certificate for citrus canker prevention. / O cancro cítrico é uma das principais ameaças à sanidade dos pomares de laranja na região produtora do Estado de São Paulo, conhecida como Cinturão Citrícola. Esta doença tem levado à erradicação de milhões de árvores e perdas significativas para toda a cadeia produtiva da laranja. Além das medidas oficiais para erradicação do cancro, os produtores de laranjas podem se prevenir de ter a doença em seus pomares por meio de medidas simples, recomendadas pelo FUNDECITRUS Fundo de Defesa da Citricultura. Estas medidas podem ser padronizadas e implementadas nas propriedades utilizando abordagens e ferramentas para gestão da qualidade por meio de um sistema de gestão a partir do qual que pode ser estabelecido um certificado de qualidade fitossanitária para a prevenção do cancro cítrico. Este certificado poderia contribuir para reduzir os riscos de incidência e os custos de prevenção e erradicação do cancro. Além disto, poderia dar origem ao estabelecimento de um certificado ou selo de qualidade e origem para a laranja produzida no Cinturão Citrícola de modo a valorizar a citricultura paulista no mercado interno e externo de frutas in natura , acompanhando as tendências recentes de certificação da qualidade de produtos e empresas agroalimentares. O modelo para o sistema gestão da prevenção do cancro cítrico é proposto a partir de um levantamento de sistemas de certificação da qualidade em cadeias agroalimentares, tomando-se, como base, as normas ISO 9000:2000, o código SQF 2000 e as diretrizes para a PIF Produção Integrada de Frutas. Uma pesquisa tipo survey junto a 64 produtores foi realizada com a finalidade de avaliar a adoção das medidas de prevenção recomendadas pelo FUNDECITRUS e a percepção dos mesmos em relação ao cancro cítrico, às medidas de prevenção e a um possível certificado de qualidade fitossanitária para a prevenção do cancro.

Submitted by LUCAS DA SILVA SANTOS null (lucasagronomia@hotmail.com) on 2016-08-17T14:28:47Z No. of bitstreams: 1 TESE_LUCAS_DA_SILVA_SANTOS.pdf: 1614569 bytes, checksum: 1ae054426f67fd403ba21c04ee0b54e3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-08-18T14:07:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santos_ls_dr_jabo.pdf: 1614569 bytes, checksum: 1ae054426f67fd403ba21c04ee0b54e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-18T14:07:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santos_ls_dr_jabo.pdf: 1614569 bytes, checksum: 1ae054426f67fd403ba21c04ee0b54e3 (MD5) Previous issue date: 2016-05-24 / Dentre as doenças que acometem a cultura do meloeiro, o cancro-da-haste, causado por Didymella bryoniae, atualmente é considerada a principal doença para a cultura, provocando perdas econômicas substanciais. Nesse contexto, o uso de cultivares resistentes, aparece como medida ideal e estratégica no manejo integrado dessa doença. Para se obterem cultivares resistentes, é preciso identificar as melhores fontes de resistência, ter um método de avaliação da resistência eficiente, rápido e prático, e conhecer a herança genética dessa característica. Para tanto, o trabalho teve os seguintes objetivos: a) avaliar a reação de acessos de meloeiro a D. bryoniae; b) testar métodos e tempos (dias após a inoculação) para a avaliação da reação de genótipos de meloeiro ao referido patógeno e c) determinar os valores das capacidades geral (CGC) e específica de combinação (CEC) de seis genótipos de meloeiro, a fim de avaliar o potencial desses como genitores para uso em programas de melhoramento, visando obtenção de linhagens com resistência a D. bryoniae. O trabalho dividiu-se, portanto, em três etapas, sendo a primeira o estudo da reação dos genótipos, a segunda a avaliação de métodos e dias após a inoculação, na severidade do cancro-da-haste nos genótipos e, a terceira estudar o potencial de genitores para uso em programas de melhoramento, visando obtenção de linhagens com resistência a D. bryoniae. Os experimentos foram conduzidos no Setor de Olericultura e Plantas Aromático-Medicinais e no Laboratório de Fitopatologia do Departamento de Fitossanidade, na Faculdade de Ciências Agrárias (UNESP-FCAV) – Câmpus de Jaboticabal. Pela reação, observou-se que os acessos AC-29, C160, Charentais Fom 1, PI 420145, PI 482398 e PI 532830 são resistentes a D. bryoniae, constituindo-se como importantes fontes de genes visando o desenvolvimento de cultivares resistentes. Em relação aos métodos de avaliação, pela maior rapidez, praticidade e eficiência, o método II pode ser uma ótima alternativa na avaliação da resistência e, a avaliação pode ser feita em oito dias após a inoculação. Quanto ao estudo da determinação dos valores das capacidades geral e específica de combinação de seis genótipos de meloeiro, os acessos PI 420145 e PI 482398 apresentaram estimativas negativas e significativas de CGC. Os cruzamentos JAB-11 x PI 420145, JAB-11 x PI 482398, JAB-20 x PI 140471, JAB-20 x PI 420145 e JAB-20 x PI 482398 apresentaram as melhores estimativas de CEC e podem resultar em linhagens altamente resistentes ao cancro-da-haste. / Among the diseases that affect the melon crop, the gummy stem blight, caused by Didymella bryoniae, is currently considered the most important and causal agent of substantial losses. In this context, the use of resistant appears as an advisable strategy in the integrated management of the disease. In the process to obtain resistant cultivars, it is necessary primarily to identify reliable sources of resistance and use an appropriate method to effectively evaluate the plant-pathogen interaction; the methodology must be fast, convenient and compatible with the genetic inheritance of this characteristic. Under this viewpoint, the present work had the following objectives: a) evaluation of melon accesses for resistance to D. bryoniae. b) adjustment of methodology, including the appropriate time (days after inoculation) to the evaluate the reaction of melon genotypes to the pathogen; c) estimation of the effects of general combining ability (GCA) and specific combining ability (CEC) in a diallel cross among six lines of muskmelon to provide basic information for their use as parents in breeding programs toward the development of line with resistance to D. bryoniae. The experiments were conducted in the Setor de Olericultura e Plantas Aromático-Medicinais e no Laboratório do Departamento de Fitossanidade, na Faculdade de Ciências Agrárias (UNESP-FCAV) – Câmpus de Jaboticabal. The results regarding the reaction to gummy stem blight identified the access AC-29, C160, Charentais Fom 1, PI 420145, PI 482398 and PI 532830 as resistant to D. bryoniae and thus indicated as important sources of genes for the development of resistant cultivars. Considering the two methods of evaluation and their particularities (expended time, convenience and efficiency), Method II was considered the most indicated to evaluate the resistance reaction; it allows the removal of plants from the humid chamber three days after inoculation. Results from the diallel analysis showed the accesses PI 420145 and PI 482398 with negative and significant estimates of GCA; the crosses JAB-11 x PI 420145, JAB-11 x PI 482398, JAB-20 x PI 140471, JAB-20 x PI 420145 and AB-20 x PI 482398 showed the best estimates of CEC. Negative estimates of both GCA and CEC are in the desirable direction of resistance.

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-06. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:50:52Z : No. of bitstreams: 1 000867494.pdf: 2824283 bytes, checksum: eca1ac740652972fac0629df5914e07d (MD5) / A bactéria Gram-negativa Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, doença ainda sem método curativo que gera grande impacto econômico na produção de laranja. Estudos moleculares envolvendo patossistemas, como o Xac-citros, vêm ganhando espaço no auxílio do entendimento sobre os processos fitopatogênicos. Diante disto, o objetivo do presente trabalho foi investigar a expressão dos genes exsF e exsG de Xac e o efeito dos seus nocautes na patogenicidade de Xac em limoeiro cravo (Citrus limonia Osbeck), bem como obter as proteínas por eles codificadas e utilizá-las em ensaios iniciais de cristalização. Na análise da expressão destes genes, foi utilizada a técnica de PCR em tempo real (qRT-PCR), onde foi avaliada a expressão dos mesmos em Xac inoculada em folhas de limoeiro cravo coletadas em três tempos após a inoculação (48, 72 e 120 h) comparada com a expressão em Xac inoculada em meio de cultura. Já para a produção do mutante duplo de Xac apresentando os genes exsF e exsG nocauteados, foi utilizada a técnica de mutação sítio-dirigida por PCR utilizando o vetor suicida pOK1 e a estratégia de troca alélica. Para a produção das proteínas ExsF e ExsG recombinantes foi utilizada a expressão heteróloga em E. coli através do uso do vetor de expressão pET SUMO e os ensaios iniciais de cristalização foram realizados utilizando-se kits comerciais e não comerciais. A análise da expressão dos genes exsF e exsG revelou que estes foram induzidos, cerca de 10 vezes mais, após 72 horas de infecção da Xac em folhas de limoeiro cravo, em comparação com a Xac multiplicada em meio de cultura. Os ensaios de patogenicidade utilizando o mutante duplo de Xac Δ3135/3136 revelaram que este foi avirulento em folhas de limoeiro cravo, em contraste com a linhagem 306 selvagem, que elicitou os sintomas de cancro cítrico. Além disso, a mutação reduziu a capacidade de multiplicação... / The Gram-negative bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, disease that causes a significant economic impact on the orange production. Molecular studies involving pathosystems like Xac-citrus have been used to as an approach to understand the pathogenic processes. Therewith, the objective of this study was to investigate the expression of exsF and exsG Xac genes and the effect of its silencing in Xac pathogenicity in Rangpur lime (Citrus limonia Osbeck) leaves and also get the proteins coded by them and use it in initial tests of crystallization. The real-time PCR (qRT-PCR) technique was used in the analysis of gene expression.The in planta expression of exsF and exsG genes were evaluated in Xac isolated from Rangpur lime leaves collected at 48, 72 and 120 h after inoculation compared to Xac growing in NA culture. For the production of Xac double mutant having the ExsF and exsG genes silenced, the site-directed mutagenesis technique by PCR using the suicide vector pOK1 was used. For the production of ExsF and ExsG recombinant proteins, the E. coli heterologous expression in the pET SUMO expression vector was used. Finally, the initial crystallization trials were performed using commercial and non-commercial kits. The gene expression analysis showed that the exsF and exsG genes were induced about 10-fold more after 72 hours of Xac infection in Rangpur lime leaves, compared with the Xac grown in the culture medium. The functional assays performed with the Xac Δ3135/3136 double mutant showed that it was avirulent on Rangpur lime leaves, in contrast to the wild type strain Xac 306. Moreover, the mutation reduced the multiplication of the bacteria in planta. The mutation also affected the biofilm production, that was reduced in the mutated strain. Through the heterologous expression assays and protein purification it was possible to obtain only the ExsG protein, soluble and pure enough to be ...

Orientador: Henrique Ferreira / Coorientador: José Belasque Junior / Banca: Jesus Aparecido Ferro / Banca: Nelson Arno Wulff / Resumo: Dentre as diversas doenças que ocorrem na citricultura, o cancro cítrico é uma das principais, considerada economicamente importante e com impactos diretos e indiretos no setor citrícola mundial. O agente causal do cancro cítrico é a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual afeta uma ampla gama de espécies e variedades de citros. A variedade de laranja doce Valência (Citrus sinensis) é considerada moderadamente suscetível ao cancro cítrico e a Rutaceae Kumquat (Fortunella spp.), por outro lado, é considerada altamente resistente. Objetivando gerar informações acerca dos mecanismos moleculares que resultam em diferenças quanto à suscetibilidade de plantas a patógenos, no presente estudo fez-se uso de uma nova plataforma de sequenciamento de transcriptoma (RNA-seq) para análise da expressão gênica de Valência e Kumquat após infecção por Xac nos tempos de 24, 48 e 72 horas. Foram identificados 2.953 e 4.111 transcritos induzidos em Valência e Kumquat, respectivamente. Dos transcritos reprimidos Kumquat apresentou 11.041 e Valência 1.930. Na comparação da expressão gênica temporal, Kumquat apresentou muitos transcritos induzidos em comum em todos os tempos de infecção, alguns deles relacionados à percepção de sinais (receptores do tipo quinase) e também envolvidos na defesa de plantas [(como proteínas relacionadas à patogênese (PRs)]. Foram identificados exclusivamente em Kumquat transcritos que codificam para a proteína germin, possivelmente envolvida na resposta de defesa à Xac. Nas comparações entre espécies, em Kumquat observou-se alta expressão de proteínas relacionadas à síntese de metabólitos secundários, como alcaloides e monoterpenos. Em Valência, nos tempos iniciais de 24 e 48 horas após a inoculação de Xac, observou-se alta expressão de cisteína proteinases, as quais comumente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among the various diseases that occur in Citrus spp., citrus canker is a serious disease, considered economically important with direct impact on the citrus sector. The causal agent of citrus canker is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), and it affects a wide range of Citrus spp.. Sweet orange Valencia Citrus sinensis is considered moderately susceptible to Citrus canker and the Rutaceae Kumquat Fortunella spp. is considered highly resistant. To understand the molecular mechanisms that distinguish plant resistance in plant pathogen interaction, the present study used a new transcriptome sequencing platform (RNA-seq) to analyze gene expression of Valencia and Kumquat after infection by Xac post 24, 48 and 72 hours. We identified 2,953 and 4,111 transcripts induced in Valencia and Kumquat, respectively. Among repressed transcripts Kumquat showed 11,041 and Valencia 1,930. In the comparison of temporal expression between the evaluated times, Kumquat presented many transcripts induced in common at all times of infection that are related to signal perception, as receptors kinase and plant defense proteins as pathogenesis related proteins (PRs). Were found exclusively in Kumquat transcripts that encode for protein Germin possibly involved in defense response to Xac. In the analysis between species, for Kumquat were found a high expression of proteins related to the synthesis of secondary metabolites, such as alkaloids and monoterpenes. These products may be mediated by biotic factors such as pathogen attack, so the high expression of genes related to metabolic production of these can be related to plant defense. Valencia presented at 24 and 48 hours high expression of cysteine proteinases. These are involved in reconstruction and degradation of proteins in response to different stimuli and also... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Helen Alves Penha / Banca: Fabrício José Jaciani / Banca: Flávia Maria de Souza Carvalho / Resumo: O cancro cítrico tem como agente causal a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), que afeta diferentes espécies de citros economicamente importantes. É uma doença ainda sem método curativo, e pela sua relevância e dano econômico, faz-se necessário o entendimento em termos moleculares da interação Xac-citros para o desenvolvimento de estratégias que controlem a doença. O objetivo do presente trabalho foi investigar os efeitos da deleção da ORF XAC0024 presente no genoma da Xac isolado 306, que codifica uma proteína hipotética conservada e que apresenta vários domínios putativos, entre eles o domínio peptidase M23. A hipótese é que esta proteína pode estar envolvida com a patogenicidade e/ou virulência da bactéria. Para obter o mutante ΔXAC0024 foi utilizada a técnica de mutagênese sítio-dirigida, seguida de recombinação homóloga com o vetor suicida pOK1. O mutante ΔXAC0024 foi analisado em relação às características de patogenicidade, crescimento in vivo e in vitro, capacidade de autoagregação, produção de biofilme e produção de goma xantana. O teste de patogenicidade e a curva de crescimento in vivo foram realizados em limão cravo utilizando o método de infiltração por seringa para a inoculação da bactéria. Os sintomas do desenvolvimento da doença foram registrados por fotografia digital até o 25º dia após a inoculação (dai) e a curva de crescimento in vivo também foi determinada até o 25º dai. A curva de crescimento in vitro e a agregação célula-a-célula foram analisa... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The bacteria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a disease that affects different species of economically important citrus. There is no a curative method for this disease, and do to its relevance and economic damage, it is necessary to understand at molecular level the Xac-citrus interaction in order to develop strategies to control the disease. The objective of this study was to investigate the effects of the deletion of the ORF XAC0024 present in the genome of Xac strain 306, which encodes a conserved hypothetical protein and has several putative domains, including peptidase M23 domain. It is hypothesized that this protein may be involved in the pathogenicity and / or virulence of the bacterium. For the ΔXAC0024 mutant was used for site-directed mutagenesis technique, followed by homologous recombination with the suicide vector pOK1. The ΔXAC0024 mutant was analyzed in relation to pathogenicity characteristics, growth in vivo and in vitro, self-aggregation capacity, biofilm production and production of xanthan gum. The pathogenicity test and in vivo growth curves were performed on Rangpur lime using syringe-infiltration method for the inoculation of bacteria. Symptoms of the disease development were recorded by digital photography to the 25° day after inoculation (dai) and in vivo growth curve was also determined to give the 25°. The growth curve in vitro and cell-to-cell aggregation were analyzed in liquid culture medium NB. Biofilm p... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Henrique Ferreira / Coorientador: Alexandre Morais do Amaral / Banca: Maurício Bacci Junior / Banca: Maria Teresa Marques Novo Mansur / Banca: José Belasque Júnior / Banca: André Rodrigues / Resumo: A citricultura é uma das atividades mais importantes do setor agrícola brasileiro. Ainda assim, a incidência de doenças como o cancro cítrico afeta sobremaneira a produtividade dos pomares. Seu agente etiológico, a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é capaz de infectar todas as espécies cultivadas, não havendo cura para plantas afetadas. Assim, dados a respeito de seus processos biológicos básicos poderiam auxiliar a vislumbrar soluções para esta enfermidade. Assim, visamos com este trabalho obter informações sobre a formação do septo em Xac, processo do qual participa a proteína ZapA e cujas perturbações têm alto potencial de interferência na multiplicação da bactéria e, portanto, em seu controle. Três estratégias foram utilizadas para esta determinação: 1) estudo de interactantes de ZapA através de ensaio de duplo-híbrido em leveduras; 2) análise do perfil de expressão global de um mutante produzindo cópias extras de ZapA, com a identificação de vias possivelmente por ela influenciadas; e 3) disrupção de ZapA e XAC3407, para averiguar sua interferência no estabelecimento de infecção in planta, sendo XAC3407 um possível novo componente septal a ser descrito em Xanthomonas spp. Embora aparentemente os resultados não apontem para um envolvimento direto entre ZapA e a expressão do fenótipo virulento de Xac, os processos celulares nos quais esta proteína parece atuar diretamente são bastante variados, incluindo aqueles relativos à percepção de estresse, regulação da montagem do flagelo, citoesqueleto e biossíntese de componentes do envelope celular. Todos estes elementos são discutidos caso a caso neste trabalho, na tentativa de que possam lançar luz no conhecimento acerca da biologia básica de Xac / Abstract: Citriculture is one of the most important activities of Brazilian agricultural sector. Even though, the incidence of diseases such as citrus canker affects drastically the orchards productivity. Its etiologic agent, the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is able to infect all citric cultivars, without any treatment to the diseased plants until now. That's the reason why new data concerning the basic biological processes of Xac can be enormously useful to provide insight on its control. What we sought with this work was to assess new information on Xac's septum formation, a process where the protein ZapA is involved and which impairment has a high potential for disturbing the bacterium growth and, consequently, be useful for control purposes. Three approaches were used for us to reach these goals: 1) the study of ZapA interactants by an yeast-two-hybrid assay; 2) analysis of the expression profile of a mutant strain with extra copies of ZapA, allowing the identification of biochemical pathways possibly influenced by this protein; and 3) depletion of ZapA as well as of XAC3407, to assess its interference during infection establishment in planta, being XAC3407 a possible new septal component to be described in Xanthomonas spp. Although our data seems not to support any involvement of ZapA in the virulent phenotype of Xac, the protein-protein interactions and pathways in which it is enrolled are as broad as stress perception, flagellum assembly regulation, cytoskeleton and cell envelope biosynthesis. All these elements are discussed in this work in the hope that it may shed light on the current knowledge of Xac's basic biology / Doutor

Orientador: Leila Trevisan Braz / Coorientador: Margarete Camargo / Banca: Rita de Cássia Panizzi / Banca: Pablo Forlan Vargas / Banca: José Branco de Miranda Filho / Banca: Dilermando Perecin / Resumo: Dentre as doenças que acometem a cultura do meloeiro, o cancro-da-haste, causado por Didymella bryoniae, atualmente é considerada a principal doença para a cultura, provocando perdas econômicas substanciais. Nesse contexto, o uso de cultivares resistentes, aparece como medida ideal e estratégica no manejo integrado dessa doença. Para se obterem cultivares resistentes, é preciso identificar as melhores fontes de resistência, ter um método de avaliação da resistência eficiente, rápido e prático, e conhecer a herança genética dessa característica. Para tanto, o trabalho teve os seguintes objetivos: a) avaliar a reação de acessos de meloeiro a D. bryoniae; b) testar métodos e tempos (dias após a inoculação) para a avaliação da reação de genótipos de meloeiro ao referido patógeno e c) determinar os valores das capacidades geral (CGC) e específica de combinação (CEC) de seis genótipos de meloeiro, a fim de avaliar o potencial desses como genitores para uso em programas de melhoramento, visando obtenção de linhagens com resistência a D. bryoniae. O trabalho dividiu-se, portanto, em três etapas, sendo a primeira o estudo da reação dos genótipos, a segunda a avaliação de métodos e dias após a inoculação, na severidade do cancro-da-haste nos genótipos e, a terceira estudar o potencial de genitores para uso em programas de melhoramento, visando obtenção de linhagens com resistência a D. bryoniae. Os experimentos foram conduzidos no Setor de Olericultura e Plantas Aromático-Medicinais e ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among the diseases that affect the melon crop, the gummy stem blight, caused by Didymella bryoniae, is currently considered the most important and causal agent of substantial losses. In this context, the use of resistant appears as an advisable strategy in the integrated management of the disease. In the process to obtain resistant cultivars, it is necessary primarily to identify reliable sources of resistance and use an appropriate method to effectively evaluate the plant-pathogen interaction; the methodology must be fast, convenient and compatible with the genetic inheritance of this characteristic. Under this viewpoint, the present work had the following objectives: a) evaluation of melon accesses for resistance to D. bryoniae. b) adjustment of methodology, including the appropriate time (days after inoculation) to the evaluate the reaction of melon genotypes to the pathogen; c) estimation of the effects of general combining ability (GCA) and specific combining ability (CEC) in a diallel cross among six lines of muskmelon to provide basic information for their use as parents in breeding programs toward the development of line with resistance to D. bryoniae. The experiments were conducted in the Setor de Olericultura e Plantas Aromático-Medicinais e no Laboratório do Departamento de Fitossanidade, na Faculdade de Ciências Agrárias (UNESP-FCAV) - Câmpus de Jaboticabal. The results regarding the reaction to gummy stem blight identified the access AC-29, C160, Charentais Fom 1... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: O cancro cítrico doença causada pela bactéria gram negativa Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), representa muitos prejuízos para citricultura brasileira e mundial. Em 2002, a Xac teve todo seu genoma seqüenciado. Uma biblioteca de mütantes foi constituída e os mutantes foram analisados por inoculação in planta, deste modo tres mutantes foram selecionados por apresentarem diferenças nos sintomas, quando comparados com a estirpe selvagem Xac. Os genes nocauteados nos mutantes codificam três proteínas diferentes: DGTP pirofosfato tiamina sintase, envolvida na biossíntese de vitamina B 1, a subunidade E da enzima PHA sintase, que atua na síntese de polihidroxialcanoatos. que acumulados na forma de grânulos intracelulares constituem substâncias de reserva da célula, e podem formar biopolímeros e, ainda o terceiro gene nocauteado, que codifica uma proteína hipotética. As curvas de crescimento revelaram que o mutante da DGTP pirofosfohidrolase tiamina sintase não se desenvolve na planta hospedeira. O mutante da PHA sintase cresce menos que a Xac selvagem nos dois primeiros dias de avaliação, já o mutante da proteína hipotética sofre uma fase de declínio a partir do oitavo dia de avaliação experimental. A subunidade E da PHA sintase da Xac, gene codificador desta proteína foi donado em vetor de expressão e a proteína recombinante foi produzida em E.coli na forma solúvel. / Abstract: The citric canker disease caused for the bacterium gram negative Xantlzomonas axonopodis pv. citri (Xac), presents many damages for Brazilian and world-wide citriculture. In 2002, aiming to know the mechanisms of attack of the disease, the Xac had alI its sequenced genome. A library of mutants was constituted and the mutants had been analyzed by inoculation in plant, three mutants had been isolated for not to show differences in the symptoms when compared with the wild lineage Xac. The mutants codify three different proteins: DGTP pyrophosphate tiamine synthase involved in biosynthesis B 1 vitamin; enzyme PHA synthase subunit E that is involved in the synthesis of polyhydroxyalkanoate, in the intracellular granule f01111, they constitute substances of reserve of the cell an can still to form biopolymer; and hypothetical proteins. The profile of growth of the wild Xac and the mutated Xacs in the three cases of the mutants had been evaluated in order to compare the profile of growth of the bacterial wild and mutant during the infection in citric host. The growth curves showed that the mutant of the DGTP pyrophosphate tiamine synthase does not develop the disease in the host plant. The PHA synthase grows less than the wild Xac in the first days of evaluaction, however the mutant of the hypotetical, shown a decline period for eighth day of the experimental evaluaction. The subunit E the PHA synthase of the Xac, the code gene of this protein was cloned in expression vector and the recombinant protein was produced in E.coli in the soluble form. / Orientador: Julio Cezar Franco de Oliveira / Coorientadora: Maria Ines Tiraboschi Ferro / Banca: João Martins Pizauro Junior / Banca: Roberto Willians Noda / Mestre