Submitted by GABRIELLE VIEIRA null (gabriellevieir@gmail.com) on 2018-04-05T12:53:30Z No. of bitstreams: 1 Metabólitos secundários de fungos da Antártica com ação antimicrobiana em Xanthomonas spp.pdf: 8795008 bytes, checksum: 0df6b298004d2d27c6a56a8a8367648b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-04-05T14:02:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vieira_g_me_rcla.pdf: 8781866 bytes, checksum: e535d140907c0db6ece0255e817ca841 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-05T14:02:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vieira_g_me_rcla.pdf: 8781866 bytes, checksum: e535d140907c0db6ece0255e817ca841 (MD5) Previous issue date: 2018-02-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As bactérias do gênero Xanthomonas afetam culturas agrícolas de grande importância econômica no Brasil. O controle destas doenças realizado pela utilização de produtos químicos, entre outras práticas, causa impactos negativos na saúde e ao meio ambiente. Isso torna a busca de alternativas sustentáveis de combate a estas doenças cada vez mais importante. Uma possível alternativa aos produtos químicos que tem despertado grande interesse é a aplicação de metabólitos secundários. Suspeita-se que fungos que vivem em ambientes extremos como a Antártica podem produzir metabólitos secundários ainda desconhecidos. Dessa maneira, este projeto teve como objetivo principal investigar a potencial atividade de metabólitos secundários produzidos por 33 fungos isolados do solo contra três espécies de Xanthomonas economicamente importantes para a agricultura do país. Para tanto, foram utilizados fungos coletados em solo em expedição à Antártica (2013) no âmbito do INCT Criosfera, que estão preservados junto à Central de Recursos Microbianos da UNESP. Os extratos (n=66) foram testados contra Xanthomonas patogênicas das culturas de tomate (Xanthomonas euvesicatoria), frutas cítricas (Xanthomonas citri subsp. citri) e maracujá (Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae). Do total de extratos brutos submetidos a bioensaio contra os fitopatógenos, 18 (27,27%) apresentaram taxa de inibição ≥ 90%. Os extratos com potencial inibitório tiveram origem em fungos identificados por sequenciamento da região ITS4 e ITS5 como pertencentes ao filo Ascomycota, gênero Pseudogymnoascus. Alguns extratos ativos foram purificados utilizando diversas técnicas cromatográficas por fracionamento bioguiado como cromatografia por exclusão molecular, cromatografia em coluna em fase normal, cromatografia em coluna de fase reversa e cromatografia líquida de alta eficiência por interação hidrofílica. As frações obtidas foram testadas frente à Xanthomonas citri subsp. citri. Duas frações, obtidas por cromatografia líquida de alta eficiência, C2F2 e C2F5 apresentaram atividade inibitória contra o fitopatógeno. / Bacteria of the genus Xanthomonas affect agricultural crops of great economic importance in Brazil. Control of these diseases is made by the use of chemicals, among other practices, that causes negative impacts on human health and the environment. This makes the search for sustainable alternatives to combat these diseases increasingly important. A possible alternative to chemicals that have aroused great interest is the application of secondary metabolites. It is suspected that fungi living in extreme environments such as Antarctica may produce secondary metabolites as of yet unknown. Therefore this study had as main objective investigate the potential activity of secondary metabolites produced by 33 fungi isolated from the soil against three economically important Xanthomonas species. For this purpose fungi previously collected in the Antarctic expedition (2013) under the INCOS Criosfera and preserved at the Microbial Resource Center of UNESP were utillized. The extracts produced by the 33 isolates (n = 66) were tested against pathogenic Xanthomonas of tomato crops: Xanthomonas euvesicatoria; citrus: Xanthomonas citri subsp. citri; and of passion fruit culture, Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae. From the total of extracts submitted to bioassay against phytopathogens, 18 (27.27%) presented inhibition rate ≥ 90%. The extracts with inhibitory potential were produced by fungi identified through sequencing of the ITS4 and ITS5 regions as belonging to the Ascomycota phylum, genus Pseudogymnoascus. Some active extracts were purified using chromatography techniques by bioguided fractionation such as solid phase chromatography by molecular exclusion, normal phase column chromatography, reverse phase column chromatography, and high performance liquid chromatography by hydrophilic interaction . The fractions obtained by cromatography were tested for antibacterial activity in Xanthomonas citri subsp. citri. Two fractions, obtained by high performance liquid chromatography, C2F2 and C2F5, showed inhibitory activity against the phytopathogen. / FAPESP: 2015/20629-6.

Orientador: José Carlos Barbosa / Banca: Sílvio Aparecido Lopes / Banca: Eduardo Sanches Stuchi / Banca: Antônio Baldo Geraldo Martins / Banca: Rita de Cássia Panizzi / Resumo: A distribuição espacial do cancro cítrico em talhões com laranjeira 'Natal' enxertada em limoeiro 'Cravo' com 3 anos de idade foi estudada utilizando a geoestatística. Foram utilizados 13 talhões mapeados pelo Fundecitrus (Fundo de Defesa da Citricultura), com 595 ou 1080 plantas cada, infectados naturalmente com Xanthomonas citri subsp. citri, em uma única propriedade, no Estado de São Paulo. A severidade da doença em cada planta foi avaliada por meio de uma escala com os seguintes níveis: 0 - sem folhas com sintomas; 1 - de 1 a 5 folhas com sintomas; 2 - de 6 a 10 folhas com sintomas; 3 - de 11 a 20 folhas com sintomas; 4 - de 21 a 50 folhas com sintomas e 5 - > 50 folhas com sintomas. Nestes talhões, as coordenadas correspondentes à posição das plantas contaminadas foram obtidas com um GPS, permitindo mapear a doença no talhão. A distribuição espacial foi avaliada por ajuste de semivariogramas e interpolação dos dados por krigagem. A distribuição de plantas com cancro cítrico no talhão mostrou-se agregada, com raio de agregação de 30 a 45 m. Os mapas de krigagem mostraram que os focos da doença ocorreram mais frequentemente nos limites dos talhões. Quando a nota média de severidade da doença foi menor que 0,04, o semivariograma apresentou efeito pepita puro, indicando que não houve dependência espacial / Abstract: The spatial distribution of citrus canker in areas with orange 'Natal' grafted on 'Rangpur' lime with three years of age were studied using geostatistics. We used 13 plots mapped by Fundecitrus (Citrus Defense Fund), with 595 or 1080 individual plants, naturally infected with Xanthomonas citri subsp. citri that were on the same property in the State of São Paulo. Disease severity in each plant was assessed using a scale with the following levels: 0 - no leaf with symptoms, 1 - 1 - 5 leaves with symptoms; 2 - 6 -10 leaves with symptoms; 3 - 11 - 20 leaves with symptoms; 4 - 21 - 50 leaves with symptoms and 5 - > 50 leaves with symptoms. In these plots, the coordinates corresponding to the position of symptomatic of infected plants was obtained with a GPS, allowing mapping the symptomatic plants in the block. The spatial distribution was evaluated by fitting of semivariograms and kriging interpolation of the data. The distribution of plants with citrus canker in the block was aggregated, with aggregate radius of 30 - 45 meters. Kriging maps showed that the foci of diseased plants stood on the edge of the blocks. When the average grade of severity was less than 0.04, the semivariogram showed pure nugget effect, indicating that no spatial dependence / Doutor

Submitted by FLÁVIA CAMPOS FREITAS VIEIRA (flavia.camposfv@yahoo.com.br) on 2018-06-28T14:09:18Z No. of bitstreams: 1 Tese_Flávia_Vieira_2018.pdf: 8871588 bytes, checksum: e1ee1b7f2e2e7170f04d44c1a1e76d6a (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-06-29T18:42:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vieira_fcf_dr_jabo.pdf: 8871588 bytes, checksum: e1ee1b7f2e2e7170f04d44c1a1e76d6a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-29T18:42:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vieira_fcf_dr_jabo.pdf: 8871588 bytes, checksum: e1ee1b7f2e2e7170f04d44c1a1e76d6a (MD5) Previous issue date: 2018-06-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os citros são um grupo de espécies vegetais, com alto potencial produtivo, porém, acometido por várias doenças. Do gênero de bactérias Xanthomonas, três espécies são patogênicas a citros: Xanthomonas citri subsp. citri, agente causal do cancro cítrico, uma das doenças de maior preocupação da citricultura; X. fuscans subsp. aurantifolii tipos B e C, que causam a cancrose; e X. alfalfae subsp. citrumelonis, responsável por causar a mancha bacteriana dos citros. Diante disso, o objetivo desse trabalho foi a análise e descrição, em nível anatômico e ultraestrutural, dos processos de infecção de bactérias do gênero Xanthomonas, causadoras de doenças em citros, a correlação do fenótipo da interação XfaC-citros com o transcriptoma e a análise dos fatores de virulência das estirpes estudadas. O processo de infecção das estirpes Xac306, Xac636, Xac828, Xacm1510, XfaC1632 e XfaC1630 em lima ácida ‘Galego’ e/ou laranja doce ‘Hamlin’, foi avaliado em diferentes períodos de infecção, pelas técnicas de microscopia de luz e eletrônicas de varredura e transmissão. As seguintes características relacionadas a virulência das estirpes foram avaliadas: formação in vitro de biofilme, produção de goma, motilidade “swimming” e auto agregação celular. Os resultados mostraram que Xac306 é a estirpe mais agressiva dentre as demais, visto pelos sintomas e pela intensidade das alterações anatômicas no tecido de ‘Hamlin’ e ‘Galego’. O processo de infecção em lima ácida ‘Galego’ foi semelhante em todas as estirpes de Xanthomonas estudadas, pois induziram hiperplasia e hipertrofia, porém, em diferentes intensidades, sendo que as alterações provocadas pelas estirpes Xac828 e Xacm1510 não resultaram no rompimento da epiderme; todas as estirpes produziram goma, envolvendo as bactérias e favorecendo a colonização no ambiente intercelular. A microscopia de luz permitiu identificar alterações na anatomia de lima ácida ‘Galego’ infectada e a diferença de susceptibilidade entre as variedades de citros inoculadas com Xac306 e estirpes de XfaC. As microscopias eletrônicas de varredura e transmissão permitiram a identificação de aspectos em comum às estirpes, independente da variedade cítrica. A HR induzida por estirpes de XfaC foi caracterizada pela microscopia eletrônica de transmissão. Com a análise de microscopia, não foi possível estabelecer uma relação direta entre os testes de formação in vitro de biofilme, produção de goma e motilidade “swimming” das estirpes. A análise dos dados de transcriptoma revelou que a resposta de defesa de laranja ‘Hamlin’ contra XfaC foi uma resposta rápida e eficiente que levou a indução de HR, que em última instância, conteve a infecção pela morte celular programada no local da infecção. Esse trabalho ampliou o conhecimento da área sobre o comportamento de diferentes estirpes de Xanthomonas causadoras de doenças em citros, fornecendo informações sobre sua interação com o hospedeiro suscetível e a resposta de defesa de XfaC em interação incompatível. / Citrus are a diverse group of plant species, with high yield potential, but affected by several diseases. The bacteria genus Xanthomonas has three species pathogenic to citrus: Xanthomonas citri subsp. citri, causal agent of citrus canker, one of the most important diseases of citrus crop; X. fuscans subsp. aurantifolii types B and C, causing citrus cancrosis; and X. alfalfae subsp. citrumelonis, which causes citrus bacterial spot. Therefore, the goal of this work was to analyze and describe, at the anatomical and ultrastructural level the infectious processes of Xanthomonas causing diseases in citrus, the correlation of the XfaC-citrus interaction phenotype with the transcriptome and the comparative analysis of virulence related factors, in order to elucidate morphophysiological traits of host-pathogen interaction. The infection process of Xac306, Xac636, Xac828, Xacm1510, XfaC1632 and XfaC1630 strains in 'Galego' Mexican lime and 'Hamlin' sweet orange were evaluated at different points of infection by light microscopy and scanning and transmission electron microscopy. The following virulence related characteristics of the strains were evaluated: in vitro biofilm formation, gum production, swimming motility and cellular auto aggregation. The results showed that Xac306 is the most aggressive strain among the others, due to the intensity of the symptoms and anatomical alterations in 'Hamlin' and 'Galego' tissue. The infection process in the susceptible host ('Galego' Mexican lime) was similar for all Xanthomonas strains studied, since they induced hyperplasia and hypertrophy, however in different intensities, and the alterations caused by Xac828 and Xacm1510 strains did not result in epidermis rupture; all strains produce gum, involving bacteria and assisting colonization in the intercellular environment. Light microscopy was able to identify anatomical alterations in 'Galego' Mexican lime infected tissue and the susceptibility differences between citrus varieties inoculated with Xac306 and XfaC strains. The scanning and transmission electron microscopies was able to identify common traits to the strains, regardless of the citrus variety. The HR induced by XfaC strains was characterized by transmission electron microscopy. We could not stablish a direct relation between the in vitro biofilm formation, gum production and "swimming" motility of the strains with the microscopy analysis. The transcriptome analysis revealed that 'Hamlin' defense response against XfaC is a quick and effective response that led to an HR induction, which ultimately contained the infection, by programmed cell death at the site of infection. This work expanded our knowledge about the behavior of different Xanthomonas strains causing citrus diseases, providing information on its interaction with the susceptible host and the defense response of XfaC in an incompatible interaction.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-06T19:37:11Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1317937 bytes, checksum: b57d780dc1e2676fc7d25c235e76b1b5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-06T19:37:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1317937 bytes, checksum: b57d780dc1e2676fc7d25c235e76b1b5 (MD5) Previous issue date: 2005-12-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / As linhagens resultantes de intensos processos seletivos, antes de sua recomendação como cultivares, passam por criteriosas avaliações de campo na busca de informações precisas sobre seu comportamento agronômico e produtivo. Além dos ensaios de campo, as linhagens são avaliadas quanto à reação a doenças, em especial, as de reconhecida importância e maior potencial de causar perdas. Por outro lado, a pressão de seleção exercida tem levado à redução da base genética da soja no Brasil. Neste enfoque, os objetivos do trabalho foram: conhecer o desempenho agronômico e a reação ao cancro-da-haste de linhagens selecionadas; e avaliar a existência de diversidade genética entre e dentro de populações, após vários ciclos de seleção. Na realização do estudo foram, inicialmente, avaliadas cinco populações no primeiro ensaio (1998/99), sendo as linhagens mais promissoras reavaliadas em um segundo ensaio de campo (2001) e também quanto à reação ao cancro-da-haste (casa-de-vegetação). As análises univariadas indicaram diferenças entre as linhagens e entre as populações. As populações IV e V, oriundas do cruzamento de Coker 6738 x FT Cristalina RC4F 4 e Agratech 550 x FT Cristalina RC4F 4 foram as mais divergentes e também as de melhor potencial produtivo. Os resultados da análise discriminante foram concordantes com os observados nos estudos univariados e confirmaram as populações IV e V como as mais divergentes do grupo avaliado. Indicaram, ainda, que a seleção realizada reduziu a variabilidade genética dentro de populações, sendo que a seleção privilegiou linhagens similares aos genitores e padrões mais adaptados à região em que se realizou a seleção. Com a avaliação da reação ao cancro-da-haste foram identificadas linhagens que agregam boa produtividade e resistência a esta doença. As estimativas de correlação indicaram que avaliações aos 10 e 20 dias após a inoculação são suficientes para identificação de plantas com reação de resistência. / Before being recommended as cultivars, the lines resulting from intense selective processes undergo careful field evaluations aiming at precise information on their agronomic and productive behaviour. Besides field assay, the lines are evaluated on reaction to diseases, especially those of recognized importance and greater loss potential. However, such selection pressure has led to a reduction of the soybean genetic base in Brazil. Focusing on this issue, this work aimed to: understand the agronomic performance and stem canker reaction of the selected lines; and evaluate the existence of genetic diversity among and within populations after various selection cycles. Five populations were initially evaluated in the first assay (1998/99), with the most promising lines being re-evaluated in second field assay (2001) as well as for stem canker reaction (greenhouse). The univariate analyses showed differences among the lines and among the populations. Populations IV and V, derived from Coker 6738 x FT Cristalina RC4F 4 and Agratech 550 x FT Cristalina RC4F 4 crosses were the most divergent and showed the best productive potential, as well. The discriminant analysis results were in agreement with those observed in the xiunivariate analysis studies and confirmed populations IV and V as the most divergent in the group evaluated. The results also showed that selection carried out reduced the genetic variability within the populations, favoring lines similar to parents and controls more adapted to the region where the selection was conducted. Stem canker reaction evaluation identified lines that combine good productivity and resistance to this disease. The correlation estimates indicated that evaluations at 10 and 20 days after inoculation are sufficient to identify disease resistant – plants.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-01Bitstream added on 2014-06-13T18:54:08Z : No. of bitstreams: 1 tezza_rid_me_jabo.pdf: 2155126 bytes, checksum: 33a07381689b0811f980f19b4c0fc487 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com o seqüenciamento completo do genoma do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), em 2002, inúmeras possibilidades de estudo foram viabilizadas, dando margem à busca de novas formas de controle do cancro cítrico, baseadas em alvos moleculares. Estudos dessa natureza têm mostrado a existência de genes que somente são expressos quando a bactéria está se desenvolvendo in planta. Sabe-se que essa regulação é dependente da região promotora e sua identificação pode possibilitar avanços significativos na busca do controle dessa doença. Apesar do crescente avanço das técnicas experimentais in vitro em biologia molecular, identificar um número significante de promotores ainda é uma tarefa difícil e dispendiosa. Os métodos computacionais existentes enfrentam a falta de um número adequado de promotores conhecidos para identificar padrões conservados entre as espécies. Logo, um método para predizê-Ios em qualquer organismo procariótico ainda é um desafio. O Modelo Oculto de Markov é um modelo estatístico aplicável a muitas tarefas em biologia molecular. Entre elas, predição e mapeamento de seqüências promotoras no genoma de um procarioto. Neste trabalho, estudou-se o mapeamento in silico de promotores gênicos de todo o genoma da Xac e em 68% dos genes a localização de um promotor foi indicada. A análise comparativa com dados experimentais de proteômica mostrou que 72% das proteínas expressas identificaram-se com elementos desta lista de promotores, o que corresponde a 27% do total de genes do genoma. À partir destes dados foi possível levantar um rol de informações sobre estes candidatos a promotores incitando a novos estudos moleculares. / With the complete genome sequencing of the phytopathogen Xanthomonas axonopodis pv. Citri (Xac), in 2002, several study possibilities were made practical and then creating the search of new citrus canker control ways, based in molecular aims. This kind of studies has shown the genes existences that are only expressed when the bacteria are developing itself in plant. It has been known that this regulation is promoter region dependent and its identification can allow significant advances in the search of this disease control. Although increasing advance of in vitro experimental techniques in molecular biology, identifying a meaningful number of promoters is still a hard and expensive task. The existents computer science methods face the need of a proper number of known promoters to identify conserved patterns among the species. Therefore, a method to predict them in any prokaryote organism is still a challenge. The Hidden Markov Model (HMM) is a statistic model applicable in many tasks in molecular biology. Among them, prediction and mapping of the promoters sequences in prokaryotic genome. In this work, which has studied the genic promoters in silico mapping of the whole Xac genome, in 68% of the genes the promoter localization was indicated. The proteomic experimental data comparative analysis showed that 72% of the expressed proteins identified with elements from the promoters list, which corresponds 27% of the genome genes total. According to these data it was possible to generate an information roll about these promoters candidates inciting new molecular studies.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-09-23Bitstream added on 2014-06-13T19:23:56Z : No. of bitstreams: 1 rosa_j_dr_jabo.pdf: 2608907 bytes, checksum: b7b01ebc553dff94742210a39847a17e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundecitrus / A distribuição espacial do cancro cítrico em talhões com laranjeira ‘Natal’ enxertada em limoeiro ‘Cravo’ com 3 anos de idade foi estudada utilizando a geoestatística. Foram utilizados 13 talhões mapeados pelo Fundecitrus (Fundo de Defesa da Citricultura), com 595 ou 1080 plantas cada, infectados naturalmente com Xanthomonas citri subsp. citri, em uma única propriedade, no Estado de São Paulo. A severidade da doença em cada planta foi avaliada por meio de uma escala com os seguintes níveis: 0 - sem folhas com sintomas; 1 - de 1 a 5 folhas com sintomas; 2 - de 6 a 10 folhas com sintomas; 3 - de 11 a 20 folhas com sintomas; 4 - de 21 a 50 folhas com sintomas e 5 - > 50 folhas com sintomas. Nestes talhões, as coordenadas correspondentes à posição das plantas contaminadas foram obtidas com um GPS, permitindo mapear a doença no talhão. A distribuição espacial foi avaliada por ajuste de semivariogramas e interpolação dos dados por krigagem. A distribuição de plantas com cancro cítrico no talhão mostrou-se agregada, com raio de agregação de 30 a 45 m. Os mapas de krigagem mostraram que os focos da doença ocorreram mais frequentemente nos limites dos talhões. Quando a nota média de severidade da doença foi menor que 0,04, o semivariograma apresentou efeito pepita puro, indicando que não houve dependência espacial / The spatial distribution of citrus canker in areas with orange 'Natal' grafted on ‘Rangpur’ lime with three years of age were studied using geostatistics. We used 13 plots mapped by Fundecitrus (Citrus Defense Fund), with 595 or 1080 individual plants, naturally infected with Xanthomonas citri subsp. citri that were on the same property in the State of São Paulo. Disease severity in each plant was assessed using a scale with the following levels: 0 - no leaf with symptoms, 1 – 1 - 5 leaves with symptoms; 2 – 6 -10 leaves with symptoms; 3 – 11 - 20 leaves with symptoms; 4 – 21 - 50 leaves with symptoms and 5 - > 50 leaves with symptoms. In these plots, the coordinates corresponding to the position of symptomatic of infected plants was obtained with a GPS, allowing mapping the symptomatic plants in the block. The spatial distribution was evaluated by fitting of semivariograms and kriging interpolation of the data. The distribution of plants with citrus canker in the block was aggregated, with aggregate radius of 30 - 45 meters. Kriging maps showed that the foci of diseased plants stood on the edge of the blocks. When the average grade of severity was less than 0.04, the semivariogram showed pure nugget effect, indicating that no spatial dependence

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Franklin Behlau / Resumo: As bactérias pertencentes ao gênero Xanthomonas constituem um dos grupos de fitopatógenos mais importantes na natureza, com capacidade de infectar aproximadamente 120 tipos diferentes de plantas monocotiledôneas e 270 dicotiledôneas. A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças dos citros. Restrita à Flórida, a mancha bacteriana dos citros, causada por Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), afeta principalmente o citrumelo 'Swingle'. A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) é o agente causal das cancroses B e C, encontradas apenas na América do Sul. As técnicas mais utilizadas na diferenciação e caracterização dos patógenos bacterianos, hibridização DNA-DNA (DDH) e sequenciamento da região do DNA que codifica o RNA ribossomal 16S (rRNA 16S), são onerosas, trabalhosas, lentas e de resultados restritos, não permitindo a comparação dos resultados obtidos entre diferentes estudos laboratoriais. Por isso, a técnica de análise de sequências multilocus (MLSA), considerada rápida, barata e confiável, tem sido recomendada para a caracterização e delimitação de espécies de patógenos bacterianos, tais como as do gênero Xanthomonas, permitindo o estabelecimento das relações filogenéticas por meio de genes housekeeping. Portanto, o objetivo do trabalho foi caracterizar os isolados de Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C e Xacm) por meio da técnica MLSA. Foram utilizados 27 isolados de Xanthomonas patogênicas a citros, sendo quatro de X. citri subsp. citri (Xcc), três de X. fuscans subsp. aurantifolli B (Xfa-B), dezenove de X. fuscans subsp. aurantifolli C (Xfa-C) e um de X. alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm). Os genes atpD, dnaK e fusA foram utilizados como genes housekeeping e para a reação da PCR... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bacteria belonging to the genus Xanthomonas are one of the main groups of phytopathogens in nature, capable to infecting about 120 different monocots and 270 dicots plants. Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of bacterial citrus canker, one of the major diseases of citrus. Restricted to Florida, citrus bacterial spot, caused by Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), affects mainly citrumelo 'Swingle'. Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) is the causal agent of canker B and C, found only in South America. The most widely used techniques for the differentiation and characterization of bacterial pathogens, DNA-DNA hybridization (DDH) and analysis of DNA sequences coding for small subunit ribosomal RNAs (16S rRNA), are costly, cumbersome, slow and give limited results, do not allowing the interlaboratorial comparisons of the results. Therefore, the technique of multilocus sequence analysis (MLSA), which is considered fast, cheap and reliable, has been recommended for characterization and delineation of species of bacterial pathogens, such as the genus Xanthomonas, allowing the establishment of phylogenetic relationships between them through housekeeping genes. Therefore, the objective of this study was to characterize strains of Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C and Xacm) using the MLSA technique. We used 27 strains of Xanthomonas pathogenic to citrus, being four Xcc, three Xfa-B, 19 Xfa- C and one Xacm. The PCR reaction was performed using the specific primers to amplify the atpD, dnaK and fusA genes. PCR products were purified, sequenced and the sequences were analyzed using the software CodenCode Aligner version 3.7.1. Phylogenetic analysis was performed using Maximum Likelihood based on the model of Tamura-Nei and using the software MEGA 5. Analyses ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by LEILA CRISTIANE DELMADI (leila.delmadi@unemat.br) on 2018-02-16T19:25:10Z No. of bitstreams: 1 TESE FINAL_Leila Cristiane Delmadi 08_02_18.pdf: 4391349 bytes, checksum: e4b70ce78d01a2f04c5de286b9ee9c47 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Lucia Martins Frederico null (mlucia@fca.unesp.br) on 2018-02-19T11:36:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 delmadi_lc_dr_botfca.pdf: 4391349 bytes, checksum: e4b70ce78d01a2f04c5de286b9ee9c47 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-19T11:36:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 delmadi_lc_dr_botfca.pdf: 4391349 bytes, checksum: e4b70ce78d01a2f04c5de286b9ee9c47 (MD5) Previous issue date: 2017-06-02 / A espécie florestal Tectona grandis (Teca) é nativa do sudeste asiático, possui grande porte, rápido crescimento, produtora de madeira nobre e valorizada por sua beleza, resistência e durabilidade. No Brasil, surgiu como uma alternativa substituta a outras espécies, como o mogno (Swietenia macrophylla) e a cerejeira (Torresea acreana). A presente pesquisa teve como objetivo investigar a condição fitossanitária da teca em frutos e, testar a resistência de três diferentes clones à doenças fúngicas. Os objetivos específicos foram: i) avaliar frutos de teca de 3 procedências (Alta Floresta/MT, Cáceres/MT e Botucatu/SP) quanto a presença de patógenos; ii) testar a resistência de 3 clones (S0, S1 e S3) de T. grandis aos patógenos: Olivea tectonae, Fusarium oxysporum e Ceratocystis fimbriata em condições controladas; iii) elaborar uma escala diagramática com folhas adultas de T. grandis, para avaliação da ferrugem causada pelo fungo O. tectonae; iv) testar a resistência de 3 clones de teca (S0, S1 e S3) à doenças fúngicas em plantio de campo. Os experimentos foram conduzidos no Laboratório de Patologia Florestal - FCA/UNESP-Botucatu e também na Fazenda Experimental da UNESP em São Manoel/SP. Como resultados para o teste com frutos, obteve-se: Procedência Alta Floresta/MT, 13,33% de Aspergillus sp.; 3,33% de Colletotrichum sp. e Alternaria sp.; 1,66% de Septoria sp. e Penicillium sp.. Para os frutos procedentes de Cáceres/MT, 61,66% para o patógeno Fusarium sp., 8,33% com Penicillium sp., 1,66% com Arthrosporium sp. e Cunninghamella sp. Quanto a procedência Botucatu/SP, 21,66% com Aspergillus sp., 23,33% com Alternaria sp., 8,33% com Fusarium sp., 10% com Penicillium sp., 5% para Nigrospora sp. e 3,33% com Ovularia e Humicola. O experimento em condições controladas, com o fungo Olivea tectonae foi realizado com a pulverização de uma suspensão de esporos em concentração de 2,42 x 105 urediniósporos/mL-1. Observou-se que o período latente foi de 5 dias e, na análise de severidade o clone S0 apresentou um número de 59,4 pústulas/3cm², S1 com 86,6 e S3 com 88,1 pústulas/3cm². A inoculação dos fungos Fusarium oxysporum e Ceratocystis fimbriata foi feita com a introdução de um disco de cultura micelial em uma abertura feita no caule da planta a 10 cm do colo. Com a inoculação do F. oxysporum os resultados médios das lesões encontradas no caule, foram: S0 com 8,25 cm, S1 com 8,77 cm e S3 com 11,25 cm de lesão. Já com a inoculação do C. fimbriata as médias das lesões se deram, conforme segue: S0 com 13,2 cm, S1 com 15,3 cm e S3 com 14,8 cm de lesão. Não houve diferença significativa entre as médias nos clones testados. Para a elaboração da escala diagramática, foram determinados 7 níveis de severidade em função da distribuição da amostra para as folhas adultas (N0 = 0%; N1 = 2,5%; N2 = 5%; N3 = 10%; N4 = 20%; N5 = 40% e N6 = 80%). Com a adoção da escala proposta, a totalidade dos avaliadores apresentou melhor precisão, com R² = 0,93 em comparação ao resultado obtido sem o uso da escala (R² = 0,88). O plantio em campo se deu com a introdução de 4.274 mudas de teca, divididas em 3 clones distintos (S0, S1 e S3). Foram identificadas as doenças fúngicas com ocorrência natural, ferrugem e cancro, causadas respectivamente, pelos fungos: O. tectonae e Neofusiccocum parvum. Não houve diferença estatística entre os clones para nenhum dos patógenos avaliados. Conclui-se com isso, que nas condições em que foi instalado o experimento, os clones testados não apresentaram resistência horizontal as doenças acima descritas. / The forest species Tectona grandis (Teak) is native to Southeast Asia, has large, rapidly growing producer of noble wood and valued for its beauty, strength and durability. In Brazil, it emerged as a replacement alternative to other species, such as mahogany (Swietenia macrophylla) and Cherry tree (Torresea acreana).The present research had as objective to investigate the phytosanitary condition of teak fruits and to test the resistance of three different clones to fungal diseases. The specific objectives were: i) to evaluate teak fruits from 3 provenances (Alta Floresta/MT, Cáceres/MT and Botucatu/SP) in the presence of pathogens; ii) to test the resistance of 3 clones (S0, S1 and S3) of T. grandis to pathogens: Olivea tectonae, Fusarium oxysporum and Ceratocystis fimbriata under controlled conditions; iii) to elaborate a diagrammatic scale with adult leaves of T. grandis, to evaluate the rust caused by the fungus O. tectonae; iv) to test the resistance of 3 teak clones (S0, S1 and S3) to fungal diseases in field planting. The experiments were conducted at the Laboratory of Forest Pathology - FCA/UNESP/Botucatu and also at the experimental farm of UNESP in São Manoel/SP. As results for the fruit test, we obtained: Provenance Alta Floresta/MT, 13.33% of Aspergillus sp.; 3.33% of Colletotrichum sp. and Alternaria sp.; 1.66% of Septoria sp. and Penicillium sp.. For fruits from Cáceres/MT, 61.66% for the pathogen Fusarium sp., 8.33% with Penicillium sp., 1.66% with Arthrosporium sp. and Cunninghamella sp. As for Botucatu/SP, 21.66% with Aspergillus sp., 23.33% with Alternaria sp., 8.33% with Fusarium sp., 10% with Penicillium sp., 5% for Nigrospora sp. and 3.33% with Ovularia and Humicola. The control under controlled conditions with fungus Olivea tectonae was carried out by spraying a suspension of spores in a concentration of 2,42 x 105 uredynopores/ml-1. It was observed that the latent period was 5 days and in the severity analysis clone S0 presented a number of 59,4 pustules/3cm², S1 with 86,6 and S3 with 88.1 pustules/3cm². The inoculation of fungi Fusarium oxysporum and Ceratocystis fimbriata was made with the introduction of a mycelial culture disc into an opening made in the plant stem at 10 cm from the colon. With the inoculation of F. oxysporum the average results of the lesions found in the stem were: S0 with 8,25 cm, S1 with 8,77 cm and S3 with 11,25 cm of lesion. With the inoculation of C. fimbriata, the mean of the lesions were as follows: S0 with 13,2 cm, S1 with 15,3 cm and S3 with 14,8 cm of lesion. There was no statistical difference between the clones tested. For the elaboration of the diagrammatic scale, 7 levels of severity were determined as a function of the sample distribution for the adult leaves (N0 = 0%, N1 = 2,5%, N2 = 5%, N3 = 10%, N4 = 20%, N5 = 40% and N6 = 80%). With the adoption of the proposed scale, all the evaluators presented better accuracy, with R² = 0,93 compared to the result obtained without the use of the scale (R² = 0,88). Field planting occurred with the introduction of 4.274 teak seedlings, divided into 3 distinct clones (S0, S1 and S3). Fungal diseases with natural occurrence, rust and cancer, caused respectively by fungi: O. tectonae and Neofusiccocum parvum. There was no statistical difference between the clones for any of the evaluated pathogens. It was concluded that, under the conditions in which the experiment was installed, the clones tested did not show horizontal resistance to the diseases described above.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV15MA178.pdf: 2032529 bytes, checksum: d36174da2f4f90500f36e5d936e28749 (MD5) Previous issue date: 2015-07-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The production of apples (Malus domestica Borkh) is threatened by various diseases, as well as by quarantine diseases. In 2012, the Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento - MAPA confirmed cases of European Canker (Neonectria ditissima) in the southern states of Brazil. The European canker can cause death of seedlings and fruit damage and production losses. This study aimed to characterize the morphological and physiological diversity of isolates associated with the European Canker in the counties of Água Doce/SC and Vacaria/RS in culture media and evaluate the effects of fungicides in apple seedlings inoculated. Four experiments were conducted: (1) Morpho-physiological characterization of isolates and observations of conidia; (2) In vitro fungicides efficiency; (3) Aggressiveness of isolates in fruits; and (4) Efficiency of fungicides, in a controlled environment isolated and mixed field, in inoculated seedlings with the pathogen. The morpho-physiological evaluations were made based on mycelial growth and Mycelial Index Growth Speed (MIGS) in culture media, structure formation, coloration of the colonies and production, type and time of spore germination. For the fungicides effectiveness test, doses in ppm was incorporated into malt agar culture and mycelial growth was evaluated at seven days. The aggressiveness of the isolates was tested in fruits of cvs. Gala and Fuji inoculated in injury. Experiments with fungicides, alone or in mixture, were performed on seedlings cv. Gala three years old, treated, inoculated through injury after 24 hours and incubated for 72 hours in the dark and then planted in pots and in the field. The isolates had higher mycelial growth on the PDA, colonies with diameters of 60 mm, forming groups with an average of 35.56 (G1), 52.71 (G2) and an average of 62.67 mm (G3). The MIGS was greater than 4.0 mm in PDA. The sporulation was more abundant in the media SNAY followed by the PDA and AM and the predominant color mycelium in PDA was beige and central pigmentation of brown colonies with borders in shades of beige. Spores were macro type (63,5x10,1, 62.3 x 10.6 and 59.7 x 10.3 μm in PDA, SN and AM) and micro (35.4 x 4.8, 35,2x5 2 and 34.8 x 5.2 μm in PDA, SN and AM). Germination of conidia was observed from 16 hours in a fungal suspension. The mycelial growth was lower in tebuconazole and methyl thiophanate fungicides in vitro assay to seven days. The isolates were aggressive in cvs. Gala and Fuji. The tebuconazole and methyl thiophanate fungicides used alone reduced the cancer lesions. Fosetyl-Al, methyl thiophanate and potassium phosphite mixture, reduced lesion size and mixing captan, methyl thiophanate and potassium phosphite delayed the early onset of symptoms at 15 days according to the average size of the lesions. The incidence of lesions was above 65% at 45 days after inoculation of the seedlings / A produção de maçãs (Malus domestica Borkh) é ameaçada por várias doenças, bem como pelas doenças quarentenárias. Em 2012, o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento - MAPA confirmou casos de cancro europeu (Neonectria ditissima) nos estados do sul do Brasil. O cancro europeu pode causar a morte de mudas e danos e perdas de produção de frutos. Este trabalho teve como objetivos caracterizar a diversidade morfo-fisiológica de isolados associados ao cancro europeu nos municípios de Água Doce/SC e Vacaria/RS em meios de cultura e avaliar os efeitos de fungicidas em mudas de macieira inoculadas. Quatro experimentos foram realizados: (1) Caracterização morfo-fisiológica dos isolados e observações de conídios; (2) Eficiência de fungicidas in vitro; (3) Agressividade dos isolados em frutos; e (4) Eficiência de fungicidas, isolados em ambiente controlado e em mistura a campo, em mudas inoculadas com o patógeno. As avaliações morfo-fisiológicas foram feitas com base no crescimento micelial e Índice de Velocidade de Crescimento Micelial (IVCM) em meios de cultura, formação de estruturas, coloração das colônias e produção, tipo e tempo de germinação dos conídios. Para ensaio de eficiência dos fungicidas, doses em ppm foram incorporados em meio de cultura ágar malte e o crescimento micelial foi avaliado aos sete dias. A agressividade dos isolados foi testada em frutos das cvs. Gala e Fuji com inoculação em ferimento. Os experimentos com fungicidas, isolados ou em mistura, foram realizados em mudas da cv. Gala de três anos de idade, tratadas, inoculadas através de ferimento após 24 hs e incubadas por 72 hs no escuro e posteriormente plantadas em vasos e a campo. Os isolados tiveram o maior crescimento micelial no meio BDA, com colônias de diâmetro maior de 60 mm, formando-se grupos com médias de 35,56 (G1), 52,71 (G2) e média de 62,67 mm (G3). O IVCM foi maior que 4,0 mm no meio BDA. A esporulação foi mais abundante no meio SNAY seguido do BDA e AM e a coloração micelial predominante no meio BDA foi de tons de bege e pigmentação central das colônias marrom com bordas em tons de bege. Os conídios foram do tipo macro (63,5x10,1, 62,3 x 10,6 e 59,7 x 10,3 μm em BDA, SN e AM) e micro (35,4 x 4,8, 35,2x5,2 e 34,8 x 5,2 μm em BDA, SN e AM). A germinação dos conídios foi verificada a partir de 16 hs em suspensão de conídios. O crescimento micelial foi menor nos fungicidas tebuconazole e tiofanato metílico no ensaio in vitro aos sete dias. Os isolados foram agressivos nas cvs. Gala e Fuji. Os fungicidas tebuconazole e tiofanato metílico utilizados isoladamente reduziram as lesões do cancro. Fosetil-Al, tiofanato metílico e fosfito de potássio em mistura, reduziram o tamanho das lesões e a mistura de captana, tiofanato metílico e fosfito de potássio atrasou o início do aparecimento dos sintomas em 15 dias de acordo com a média do tamanho das lesões. A incidência das lesões foi acima de 65% aos 45 dias após a inoculação das mudas

Submitted by JELENA PURIC (jelena0puric@gmail.com) on 2018-04-16T12:39:06Z No. of bitstreams: 1 Jelena Puric Dissertação de Mestrado.pdf: 2830343 bytes, checksum: 555cfd034f96e02e12c50107d2077d5f (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezada Jelena, Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: 1) A folha de aprovação está em local errado. No arquivo enviado, está em primeiro lugar, antes da capa. O correto de acordo com as normas vigentes é que a folha de aprovação venha após a ficha catalográfica (que o seu arquivo também não tem) e venha antes do Resumo. 2) Falta a ficha catalográfica, que deve ser solicitada pelo site da biblioteca da Unesp de Rio Claro e inserida após a folha de rosto no arquivo pdf e no verso da folha de rosto na versão impressa. O documento enviado não foi excluído. Para revisá-lo e realizar uma nova tentativa de envio, acesse: https://repositorio.unesp.br/mydspace Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP on 2018-04-16T14:20:27Z (GMT) / Submitted by JELENA PURIC (jelena0puric@gmail.com) on 2018-04-16T14:31:14Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Jelena Puric.pdf: 2938364 bytes, checksum: b7379106bbe1a2cdf5ce930d5337096b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-04-16T18:28:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 puric_j_me_rcla.pdf: 2383486 bytes, checksum: e2cb2e6c5d3d71426040a339c65c55ce (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-16T18:28:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 puric_j_me_rcla.pdf: 2383486 bytes, checksum: e2cb2e6c5d3d71426040a339c65c55ce (MD5) Previous issue date: 2018-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve como objetivo obter extratos contendo metabólitos secundários de fungos filamentosos isolados de sedimentos marinhos da Antártica e avaliar sua potencial atividade antibacteriana em Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas euvesicatoria e Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae (bactérias fitopatogênicas que causam doenças em cítricos, pimenta e tomate, e maracujá, respectivamente). Entre os 90 extratos brutos intracelulares e extracelulares obtidos a partir de fungos, 19 mostraram a capacidade de impedir o crescimento de X. citri subsp. citri e X. euvesicatoria in vitro e 22 mostraram a capacidade de dificultar o crescimento de X. axonopodis pv. passiflorae in vitro. Os extratos extracelulares inibiram em média 97,12% de X. citri subsp. citri, 95,94% de X. euvesicatoria e 96,58% de X. axonopodis pv. passiflorae a 3,0 mg / mL. / This work aimed to obtain extracts containing secondary metabolites from filamentous fungi isolated from marine sediments from Antarctic and assess their potential antibacterial activity on Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas euvesicatoria and Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae (phytopathogenic bacteria causing diseases in citrus, pepper and tomato, and passionfruit, respectively). Among the 90 raw intracellular and extracellular extracts obtained from fungi, 19 showed the ability to hamper the growth of Xanthomonas citri subsp. citri and X. euvesicatoria in vitro and 22 showed the ability to hamper the growth of X. axonopodis pv. passiflorae in vitro. The extracellular extracts inhibited on average 97,12% of Xanthomonas citri subsp, 95,94% of X. euvesicatoria and 96,58% of X. axonopodis pv. passiflorae at 3,0 mg/mL.