Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-23Bitstream added on 2014-06-13T20:54:11Z : No. of bitstreams: 1 jacob_tr_me_jabo.pdf: 729486 bytes, checksum: 4304febd044d7016287bf88e804083f7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A citricultura é uma atividade agro-industrial de suma importância para o Estado de São Paulo e para o Brasil. Com uma área plantada em torno de aproximadamente 1 milhão de hectares o país mantém a posição de maior produtor mundial de citros. Desse total, 77% encontram-se localizados na região Sudeste. O sistema citrícola representa 4,47% das exportações de produtos do agronegócio nacional, sendo que o suco de laranja concentrado representa 72% do valor dessas exportações. Entretanto, todo este potencial econômico vem sendo prejudicado por várias doenças dentre elas uma denominada Cancro Cítrico, a qual é causada por um fitopatógeno bacteriano denominado Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). Com o objetivo de analisar os feitos da interação entre essa bactéria e seu hospedeiro natural, utilizou-se a técnica de Análise da Transcrição Reversa em Tempo Real (qRT-PCR) para quantificar a expressão dos genes que compõem o SSTT, SSTQ, algumas ORFs hipotéticas e as quatro cópias do gene pthA. Para tanto, realizou-se um estudo prévio com 10 genes candidatos visando identificar os mais adequados para serem usados como genes de referência no processo de normalização de dados em experimentos dessa natureza. O experimento contou com quatro replicatas biológicas e duas replicatas técnicas. Com base nos resultados, verificou-se que os genes rpoB e rpoC parecem ser os mais indicados para a normalização de dados em experimentos de expressão gênica por qRT-PCR que envolvam analises intergrupos. A maioria dos genes que compõem o SSTT se mostraram induzidos quando a bactéria esteve em contato com seu hospedeiro, com destaque para os genes hrpXct e hrpB4, o que sugere que este sistema tenha um importante papel na patogenicidade dessa bactéria. Por outro lado, os resultados e o estudo da expressão gênica evidenciaram que... / The citrus is an agro-industrial activity of great importance for the State of São Paulo and Brazil. With a planted area around 1 million hectares the country maintains its position of world's leading producer of citrus. Of these, 77% are located in the Southeast. The citrus system represents 4.47% of national agribusiness exportation, being the orange juice concentrate responsible for 72% of the value of these exports. However, all this economic potential is being hampered by diseases among them one called citrus canker, which is caused by a phytopathogenic bacterium known as Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). With the aim of analyzing the achievements of the interaction between this bacterium and its natural host, we used the technique of Real- Time Reverse Transcription Analysis (qRT-PCR) to quantify the expression of genes that comprise the SSTT, SSTQ, some hypothetical ORFs and the four copies of the gene pthA. Thus, a preliminary study with 10 candidate genes were conducted to identify the most suitable ones for use as reference in the process of data standardization in such experiments. The experiment had four biological replicates and two technical replicates. Based on the results, it was found that the rpoB and rpoC genes seem to be the most suitable for the standardization of data in experiments of gene expression by qRT-PCR analysis involving intergroup. Most of the genes that comprise the SSTT was induced when the bacterium was in contact with its host, with emphasis on the genes... (Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-15Bitstream added on 2014-06-13T19:33:26Z : No. of bitstreams: 1 dallacqua_fc_me_jabo.pdf: 321125 bytes, checksum: 095ba41139dc507b26139c5c4897dd6c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As bactérias pertencentes ao gênero Xanthomonas constituem um dos grupos de fitopatógenos mais importantes na natureza, com capacidade de infectar aproximadamente 120 tipos diferentes de plantas monocotiledôneas e 270 dicotiledôneas. A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças dos citros. Restrita à Flórida, a mancha bacteriana dos citros, causada por Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), afeta principalmente o citrumelo ‘Swingle’. A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) é o agente causal das cancroses B e C, encontradas apenas na América do Sul. As técnicas mais utilizadas na diferenciação e caracterização dos patógenos bacterianos, hibridização DNA-DNA (DDH) e sequenciamento da região do DNA que codifica o RNA ribossomal 16S (rRNA 16S), são onerosas, trabalhosas, lentas e de resultados restritos, não permitindo a comparação dos resultados obtidos entre diferentes estudos laboratoriais. Por isso, a técnica de análise de sequências multilocus (MLSA), considerada rápida, barata e confiável, tem sido recomendada para a caracterização e delimitação de espécies de patógenos bacterianos, tais como as do gênero Xanthomonas, permitindo o estabelecimento das relações filogenéticas por meio de genes housekeeping. Portanto, o objetivo do trabalho foi caracterizar os isolados de Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C e Xacm) por meio da técnica MLSA. Foram utilizados 27 isolados de Xanthomonas patogênicas a citros, sendo quatro de X. citri subsp. citri (Xcc), três de X. fuscans subsp. aurantifolli B (Xfa-B), dezenove de X. fuscans subsp. aurantifolli C (Xfa-C) e um de X. alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm). Os genes atpD, dnaK e fusA foram utilizados como genes housekeeping e para a reação da PCR... / Bacteria belonging to the genus Xanthomonas are one of the main groups of phytopathogens in nature, capable to infecting about 120 different monocots and 270 dicots plants. Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of bacterial citrus canker, one of the major diseases of citrus. Restricted to Florida, citrus bacterial spot, caused by Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), affects mainly citrumelo 'Swingle'. Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) is the causal agent of canker B and C, found only in South America. The most widely used techniques for the differentiation and characterization of bacterial pathogens, DNA-DNA hybridization (DDH) and analysis of DNA sequences coding for small subunit ribosomal RNAs (16S rRNA), are costly, cumbersome, slow and give limited results, do not allowing the interlaboratorial comparisons of the results. Therefore, the technique of multilocus sequence analysis (MLSA), which is considered fast, cheap and reliable, has been recommended for characterization and delineation of species of bacterial pathogens, such as the genus Xanthomonas, allowing the establishment of phylogenetic relationships between them through housekeeping genes. Therefore, the objective of this study was to characterize strains of Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C and Xacm) using the MLSA technique. We used 27 strains of Xanthomonas pathogenic to citrus, being four Xcc, three Xfa-B, 19 Xfa- C and one Xacm. The PCR reaction was performed using the specific primers to amplify the atpD, dnaK and fusA genes. PCR products were purified, sequenced and the sequences were analyzed using the software CodenCode Aligner version 3.7.1. Phylogenetic analysis was performed using Maximum Likelihood based on the model of Tamura-Nei and using the software MEGA 5. Analyses ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-01-30Bitstream added on 2014-06-13T18:54:10Z : No. of bitstreams: 1 vantini_js_me_jabo_prot.pdf: 1997059 bytes, checksum: d7a4eb83f1290513e650d32a88072bd9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A citricultura vem sendo constantemente ameaçada pela bactéria gram negativa Xanthomonas axonopodis pv. Gitri (Xac-A) , causadora do cancro cítrico. Esta bactéria, quando em contato com uma planta hospedeira, lesiona folhas, frutos e ramos. Por outro lado, quando este patógeno infecta uma planta não-hospedeira provoca uma reação necrótica no sítio de infecção (reação de hipersensibilidade). Os diversos mecanismos de defesa da planta ao ataque do patógeno, incluem aqueles mediados por genes codificadores da produção de ácido salicílico, ácido jasmônico, fitoalexinas, proteínas PR, dentre outros. Neste trabalho investigou-se a expressão dos genes codificadores de Fenilalanina amônia liase (FAL), Aleno oxido sintase (AOS), Chalcona sintase (CHS) e J3-1,3-glucanase (PR-2) na interação Xanthomonas axonopodis pv. aurantifolii C (Xaa-C) / The production of citrus fruits has being constantly threatened by the gram negative bacterium Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac-A) , the citrus canker disease agent. This bacterium, when in contact with host plants, induce canker lesions on leaves, fruits and branches. On the other hand, when this pathogen infects a non-host plant a necrotic reaction is induced at the infection site as a hypersensitive-like reaction. Plant defense mechanisms to pathogen attack include induction of genes coding to salicylic acid, jasmonic acid, phytoalexines and PR proteins. The expression of resistance related genes phenylalanine ammonia Iyase (PAL), aliene oxide syntase (AOS), chalcone syntase (CHS) and 13-1,3-glucanase (PR-2) were investigated on the Xanthomonas axonopodis pv. aurantifolii C (Xaa-C)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-21Bitstream added on 2014-06-13T19:54:09Z : No. of bitstreams: 1 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf: 134881 bytes, checksum: 84233badecc0339e52b7d72626d23d35 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:24:40Z: cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:27:38Z : No. of bitstreams: 2 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf.txt: 18476 bytes, checksum: 1405a9b6f7a8979c25704a340a376633 (MD5) 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:33:15Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:43:29Z : No. of bitstreams: 2 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf.txt: 18476 bytes, checksum: 1405a9b6f7a8979c25704a340a376633 (MD5) 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:48:55Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:49:47Z : No. of bitstreams: 1 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-27T11:47:09Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-27T11:48:04Z : No. of bitstreams: 1 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) / Dentre as diversas doenças que ocorrem na citricultura, o cancro cítrico é uma das principais, considerada economicamente importante e com impactos diretos e indiretos no setor citrícola mundial. O agente causal do cancro cítrico é a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual afeta uma ampla gama de espécies e variedades de citros. A variedade de laranja doce Valência (Citrus sinensis) é considerada moderadamente suscetível ao cancro cítrico e a Rutaceae Kumquat (Fortunella spp.), por outro lado, é considerada altamente resistente. Objetivando gerar informações acerca dos mecanismos moleculares que resultam em diferenças quanto à suscetibilidade de plantas a patógenos, no presente estudo fez-se uso de uma nova plataforma de sequenciamento de transcriptoma (RNA-seq) para análise da expressão gênica de Valência e Kumquat após infecção por Xac nos tempos de 24, 48 e 72 horas. Foram identificados 2.953 e 4.111 transcritos induzidos em Valência e Kumquat, respectivamente. Dos transcritos reprimidos Kumquat apresentou 11.041 e Valência 1.930. Na comparação da expressão gênica temporal, Kumquat apresentou muitos transcritos induzidos em comum em todos os tempos de infecção, alguns deles relacionados à percepção de sinais (receptores do tipo quinase) e também envolvidos na defesa de plantas [(como proteínas relacionadas à patogênese (PRs)]. Foram identificados exclusivamente em Kumquat transcritos que codificam para a proteína germin, possivelmente envolvida na resposta de defesa à Xac. Nas comparações entre espécies, em Kumquat observou-se alta expressão de proteínas relacionadas à síntese de metabólitos secundários, como alcaloides e monoterpenos. Em Valência, nos tempos iniciais de 24 e 48 horas após a inoculação de Xac, observou-se alta expressão de cisteína proteinases, as quais comumente... / Among the various diseases that occur in Citrus spp., citrus canker is a serious disease, considered economically important with direct impact on the citrus sector. The causal agent of citrus canker is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), and it affects a wide range of Citrus spp.. Sweet orange Valencia Citrus sinensis is considered moderately susceptible to Citrus canker and the Rutaceae Kumquat Fortunella spp. is considered highly resistant. To understand the molecular mechanisms that distinguish plant resistance in plant pathogen interaction, the present study used a new transcriptome sequencing platform (RNA-seq) to analyze gene expression of Valencia and Kumquat after infection by Xac post 24, 48 and 72 hours. We identified 2,953 and 4,111 transcripts induced in Valencia and Kumquat, respectively. Among repressed transcripts Kumquat showed 11,041 and Valencia 1,930. In the comparison of temporal expression between the evaluated times, Kumquat presented many transcripts induced in common at all times of infection that are related to signal perception, as receptors kinase and plant defense proteins as pathogenesis related proteins (PRs). Were found exclusively in Kumquat transcripts that encode for protein Germin possibly involved in defense response to Xac. In the analysis between species, for Kumquat were found a high expression of proteins related to the synthesis of secondary metabolites, such as alkaloids and monoterpenes. These products may be mediated by biotic factors such as pathogen attack, so the high expression of genes related to metabolic production of these can be related to plant defense. Valencia presented at 24 and 48 hours high expression of cysteine proteinases. These are involved in reconstruction and degradation of proteins in response to different stimuli and also... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T19:02:43Z : No. of bitstreams: 1 facincani_ap_dr_jabo.pdf: 858313 bytes, checksum: ed1c0a29bbfb5d008f9e8ca583e52cf0 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A bactéria fitopatogênica Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, responsável por perdas significativas na citricultura nacional e mundial. Com a finalidade de se obter um primeiro mapa proteômico de referência da Xac, as bactérias foram cultivadas em dois meios não indutores de virulência (meios CN e TS8), e as proteínas foram digeridas com tripsina e analisadas pela tecnologia de MudPIT (Tecnologia de Identificação Multidimensional de Proteínas). Trinta e nove por cento de todas as proteínas preditas pelo genoma da Xac foram identificadas através de seus peptídeos, e estão distribuídas em todas as categorias funcionais. Além disso, 25% das proteínas designadas como hipotéticas conservadas do genoma foram identificadas. Outro objetivo deste trabalho foi analisar o perfil de expressão protéico durante a patogênese decorrente do contato Xac / The phytopathogenic bacteria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) is the causal agent of the citrus canker disease, which responds for important losses in national and worldwide citriculture. In arder to obtain the first proteomic reference map of Xac, the bacterium was grown on two non-inductive media for bacterial virulence (CN and TSB media) and proteins were proteolysed with trypsin and analyzed by MudPIT technology (Multidimensional Protein Identification Technology). Thirty nine per cent of ali predicted proteins from Xac genome were identified with their component peptides as belonging to ali functional categories. Besides, 25% of proteins described as conserved hypothetical in Xac's genome were identified. Another aim of this study was to analyze the proteome profile during Xac

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Retido.pdf: 19733 bytes, checksum: 6aad255badc436a06364517de2344ab6 (MD5) Previous issue date: 2014-12-17 / Universidade Federal de Minas Gerais / Citrus canker, caused by the bacteria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), is a disease that causes serious problems to the global citrus industry, especially to orange(Citrus sinensis). In this regard, this thesis describes the development of new methodologies for the diagnosis of citrus canker by volatile biomarkers or macromolecules produced by the C. sinensis-Xac association, as well, performed the chemical study of the wild strain of bacteria Xac searching to isolate and/or identify chemical compounds that may be associated to pathogenicity. The methods for diagnosis of citrus canker involved: dynamic headspace-GC-MS, HS-SPME/GC-MS and MALDI-TOF/MS. The main volatile biomarker identified by dynamic headspace-GC-MS was isoamyl benzoate and by HS-SPME/GC-MS aromatic compounds (benzaldehyde, phenyl methanol, methyl benzoate, 2-phenyl ethanol, benzyl acetate and ethyl benzoate) when N2 was used in the sample preparation, while without N2, benzothiazole and 2-ethylhexyl benzoate were the main biomarkers. The MALDI-TOF/MS technique was effective to differentiate statistically macromolecules produced by the healthy leaves of C. sinensis when in comparation to symptomatic leaves of citrus canker. The chemical study of Xac allowed the isolation or identification of 15 substances, some of them acting as signaling molecules in other bacteria with genomic similarity. Among the substances are: cyclo (Pro-Leu), cyclo (Pro-Val) and two diastereoisomers of cyclo (Pro-Phe), for which the relative configurations were determined, cyclo (Phe-Phe), quinolin-4-carboxaldehyde, fatty acid amides (octadecanamide, cis-9-octadecenamide, cis-13-docosenamide) and cis-11-methyl-2-dodecenoic acid (signaling molecule in X. campestris pv. campestris). According to several studies in literature, some of these compounds are involved in cell communication of some microorganisms or can be phytoxins released by the bacteria into the plant. / O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), é uma doença que provoca sérios problemas à citricultura mundial, principalmente à cultura da laranjeira, Citrus sinensis. Neste sentido, esta tese descreveu o desenvolvimento de novas metodologias para a diagnose do cancro cítrico por meio de biomarcadores voláteis ou macromoléculas produzidas por associação C. sinensis-Xac, bem como, realizou o estudo químico da linhagem selvagem da bactéria Xac buscando isolar e/ou identificar compostos químicos que de algum modo podem estar associados ao mecanismo de patogenicidade. As metodologias para diagnóstico do cancro cítrico envolveram: headspace dinâmico-GC-MS, HS-SPME/GC-MS e MALDI-TOF/MS. O principal biomarcador volátil identificado por headspace dinâmico-GC-MS foi o benzoato de isoamila e por HS-SPME/GC-MS foram identificados uma série de compostos aromáticos (benzaldeído, fenilmetanol, benzoato de metila, 2-feniletanol, acetato de benzila e benzoato de etila), quando utilizado N2 no preparo de amostra, enquanto que sem N2, benzotiazol e benzoato de 2-etilexila foram os principais biomarcadores identificados. A técnica MALDI-TOF/MS foi eficiente para diferenciar estatisticamente macromoléculas produzidas por folhas de C. sinensis sadias de folhas sintomáticas com cancro cítrico tanto de plantas em que o processo de infecção ocorreu artificialmente quanto naturalmente. O estudo químico de Xac levou ao isolamento e/ou identificação de 15 substâncias, algumas delas sinalizadoras em outras bactérias com similaridade genômica. Entre estas substâncias destacam-se: ciclo (Pro-Leu), ciclo (Pro-Val), dois diastereoisômeros de ciclo (Pro-Phe), às quais as configurações relativas foram determinadas, ciclo (Phe-Phe), quinolina-4-carboxaldeído, amidas de ácidos graxos (octadecanamida, cis-9-octadecenamida, cis-13-docosenamida) e o ácido 11-metil-cis-2-dodecenóico (sinalizador em X. campestris pv. campestris). De acordo com vários estudos existentes na literatura, alguns desses compostos são envolvidos na comunicação celular de diferentes micro-organismos ou podem ser fitotoxinas lançadas pela bactéria na planta.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-17Bitstream added on 2014-06-13T20:25:43Z : No. of bitstreams: 1 souza_se_dr_botfca.pdf: 819772 bytes, checksum: f7cd95ae9d4f5c4dc21861b150059d3e (MD5) / Em três povoamentos de Eucalyptus grandis na região norte do Estado de São Paulo, foi realizado um estudo com objetivo de conhecer a dinâmica espaço-temporal do cancro basal, quantificar os danos no volume e efeito na qualidade da madeira. Foram instaladas nove parcelas de 7500 m², com 1000 árvores de E. grandis, procedência Santa Rita do P. Quatro-SP, origem Coffs Harbour, dos plantios seminais em solos de areia franca AQ1, AQ3 (10 a 15% de argila) e textura franco-argila-arenosa LEm2 (26 a 35% de argila). As avaliações foram realizadas em nove mil árvores com idade de dois anos. A incidência foi monitorada individualmente de acordo com a presença ou ausência da doença e a severidade, mediante o uso de uma escala diagramática de notas. Foram feitas avaliações nos anos 2000, 2001 e 2002, o que gerou 26 mapas de evolução da doença. Os resultados permitiram concluir que: (1) A incidência média do cancro basal foi influenciado pelo tipo de solo AQ3 (0,25%), AQ1 (0,21%) e LEm2 (0,09%); (2) Os valores do índice de dispersão (ID) foram > 1, para os tamanhos de quadrat 2x4, 5x2, 5x4 e 5x10; os valores de log (A) = log (Vobs) e log de (b) = log (Vbin) foram maiores que 1 e diferentes de zero, sugerindo uma tendência à agregação independente do tipo de solo; (3) 54,6% dos focos foram unitários, indicando que o cancro basal inicia-se com focos de apenas uma árvore; 80,8% dos focos apresentam maior comprimento na direção entre as linhas de plantio do que na direção da linha; focos maiores ocorreram no solo AQ3, que apresentaram-se menos compactos; a disseminação do cancro nesses povoamentos parece ter sido via sementes através das mudas; 89,1% dos mapas apresentaram focos com tamanho médio inferior a 10 árvores, no solo AQ3 em 10,9% dos focos o tamanho variou entre 11 a 30 árvores e nenhum foco foi formado acima de 30 árvores;... / A study was carried out in three Eucalyptus grandis stands in the northern region of the State of São Paulo, in order to provide information on the spatio-temporal dynamics of eucalyptus canker, evaluate volume losses, and determine the effect of the disease on wood quality. Nine 7500 m² plots (10×100) containing 1000 E. grandis trees from Santa Rita do P. Quatro-SP (origin: Coffs Harbour), in seed plantations on soils classified as loamy sands, AQ1 and AQ3 (10 to 15% clay), and on a silty-clay-loam-textured soil, LEm2 (26 – 35% clay). Evaluations were made in nine thousand two-year-old trees. Incidence was monitored individually according to the presence or absence of the disease. Severity was evaluated through the use of a diagrammatic rating scale. Evaluations were made in 2000, 2001, and 2002, and 26 disease progress maps were generated. The results allowed us to conclude that: (1) The mean incidence of eucalyptus canker followed a trend that matched the soil types:AQ3 (0.25%), AQ1(0.21.%), and LEm2 (0.09%); (2) The ID values were > 1 for quadrat sizes equal to 2×4, 5×2, 5×4, and 5×10; The log (A) = log (Vobs) and log (b) = log (Vbin) values were higher than 1 and different from zero, suggesting a tendency for aggregation, regardless of soil type; (3) 54.6% of the foci were single-unit, indicating that eucalyptus canker starts with single-tree foci; 80.8% of the foci had greater lengths between planting rows than along the rows; larger foci occurred in the AQ3 soil, which were less compact; canker dissemination in those stands seemed to have occurred via seeds through the seedlings; 89.1% of the maps had foci with mean sizes smaller than 10 trees in the AQ3 soil; in 10.9% of the foci the size ranged between 11 and 30 trees, and no focus formed at sizes above 30 trees; the ICF and ICFNU values were not close nor very far from ...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-11Bitstream added on 2015-04-09T12:47:55Z : No. of bitstreams: 1 000819171.pdf: 838247 bytes, checksum: f1e561d853897a249f8e074228f1a112 (MD5) / O Cancro Cítrico é uma importante doença que afeta diversas espécies de citros. Tal doença resulta da infecção pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), transmitida pela água, contato ou propagação de folhas infectadas. Estudos comparativos têm mostrado que uma das características mais intrigantes do gênero Xanthomonas é a extraordinária plasticidade do genoma e sua arquitetura altamente mosaica. Isso se deve principalmente a rearranjos genômicos envolvendo diversas ilhas genômicas (GI), sequências de Inserção (IS), e alguns eventos de inserção de profagos. A anotação de IS de alta qualidade em conjunto com a genômica comparativa revelaram um transposon completo da família TN3 no genoma de Xanthomonas citri (ISXax2), contendo diversos genes passageiros efetores do SSTT, incluindo a altamente conservada transglicosilase lítica de mureína (mlt), uma proteína auxiliar do SSTT. Inserção aleatória de transposons foi utilizada para gerar o mutante cromossomal XacΔmltB e mutação sítio-dirigida foi utilizada para gerar o mutante plasmidial XacΔmlt. Usando ISXax2 de Xac como exemplo demonstramos que a cópia plasmidial de mltB (mlt) era funcional e requerida para gerar sintomas in vivo. Ensaios de transposição demonstraram taxas para ISXax2 com uma frequência de cerca de 1.65 x 10-5. Neste estudo nós usamos uma mistura de abordagens experimentais e de bioinformática para elucidar o papel e comportamento desse potencial elemento transponível no plasmídeo de Xac. Demonstramos que a estrutura completa foi capaz de sofrer transposição e que Cassetes de Inserção Móveis (MICs) contendo efetores TAL também poderiam ser mobilizados. Estes resultados mostram forte evidência que em Xac e espécies relacionadas, genes de virulência e patogenicidade podem se espalhar através de um mecanismo de transposição do tipo TN3, usando para tanto plasmídeos conjugativos como vetores intercelulares. Propomos ... / Citrus canker (CC) is an important disease affecting many citrus species. It can result from infection by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) and can be transmitted by water, contact or propagation of infected leaves. Comparative studies have shown that one of the most intriguing features within the Xanthomonas genus is the extraordinary genome plasticity and highly mosaic architecture. This is largely the consequence of genomic rearrangements involving several genomic islands (GI), insertion sequences (IS), and few prophages insertion events. High quality IS annotation coupled with comparative genomics revealed a complete transposon of the Tn3 family in the Xanthomonas citri genome (ISXax2), with several T3SEs passenger genes, including a highly conserved lytic murein transglycosylase (mlt), a helper protein of the T3SS. Random transposon insertion was used to generate XacΔmltB and site directed mutagenesis was used to generate the XacΔmlt mutant. Using ISXax2 from Xac as an example we demonstrated that the plasmid copy of mltB (mlt) was indeed functional and required to generate symptoms in vivo. Transposition assays showed transposition rates for ISXax2 with a frequency of about 1.65 x 10-5. In this study we have used a mixture of bioinformatic and experimental approaches to address the role and behavior of such potentially transposable element. We showed that the entire structure was capable of transposition and that MICs (Mobile Insertion Cassettes) containing TAL effectors could also be mobilized. These results provide strong evidence that, in the case of Xac and closely related species, pathogenicity and virulence genes can be spread by a Tn3-like transposition mechanism, using conjugative plasmids as intercellular vectors. We propose that this process is a key agent to modulate the bacterial virulence and the host-specificity in this group of plant pathogens

O objetivo deste trabalho foi o de avaliar o desenvolvimento de portaenxertos de citros Poncirus trifoliata, índices de ataque de cancro cítrico causado por Xanthomonas axonopodis pv. citri e controle dessa doença com pulverizações cúpricas em dois viveiros, um convencional e outro orgânico, artificialmente inoculados, no Centro de Formação da EMATER, situado no município de Montenegro/RS, no Estado do Rio Grande do Sul. Para controle do cancro cítrico foram testadas pulverizações cúpricas em diferentes concentrações e freqüências utilizando-se calda bordalesa no viveiro orgânico e oxicloreto de cobre no viveiro convencional. Foram avaliados: o crescimento do diâmetro do caule dos portaenxertos; a produção de matéria seca da parte aérea e a contagem do número de lesões de cancro cítrico presentes em folhas e ramos. Com os dados obtidos foi possível verificar que os tratamentos cúpricos não controlaram o cancro cítrico; ambos os viveiros, convencional e orgânico proporcionaram desenvolvimento semelhante aos porta-enxertos; e, com pequenas variações, o cancro cítrico se desenvolveu com igual intensidade nos dois viveiros.

Orientador: Henrique Ferreira / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Franklin Behlau / Banca: Luís Octávio Regasini / Resumo: O cancro cítrico asiático, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das doenças mais importantes dos Citrus e de ocorrência mundial. Esta doença constitui um grande risco para a citricultura brasileira uma vez que os sintomas podem diminuir o valor de mercado das frutas, e, por vezes, até impedir a sua comercialização. Neste trabalho determinamos a influência da temperatura no crescimento e fisiologia de Xac, com especial atenção à temperatura da morte bacteriana e sua influência sobre a competência infecciosa da bactéria. Descobrimos que a taxa de crescimento de Xac é de forma geral influenciada por altas temperaturas. Notamos uma diminuição do crescimento quando bactérias foram submetidas a temperaturas superiores àquela considerada ótima para cultivo controlado (30 ºC). Bactérias expostas a temperaturas de até 37 ºC foram perfeitamente competentes para infectar o hospedeiro citros, além de recobrarem perfil de crescimento padrão quando retornadas a temperatura de 30 ºC. Tratamentos com temperaturas superiores a 40 ºC promovem alterações fisiológicas irreversíveis e acima de 42 ºC não foi possível resgatar células capazes de induzir sintomas de cancro cítrico, sendo, pois, designadas temperatura de morte. Temperaturas diferentes de 30 ºC promoveram aumento de tamanho celular, sugestivo de perturbação de processos essenciais de replicação/segregação cromossômica e/ou divisão celular. Para investigar a influência do tratamento térmico em tais processos, submetemos linhagens de Xac com marcação para centrômero e septo bacterianos a tratamentos com diferentes temperaturas, seguindo-se avaliação por microscopia de fluorescência. Tratamento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Asiatic citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is one of the most important Citrus diseases and occurs worldwide. This disease poses a major risk to the Brazilian citrus industry since the symptoms may decrease the market value of the fruit, and restrict its commercialization. In this work we have determined the influence of temperature on growth and physiology of Xac, with special attention to the temperature of bacterial death and its influence on the bacterial infectious competence. We have found that the growth rate of Xac was generally affected by high temperatures. We have noticed a decrease of bacterial growth when exposed to temperatures higher than that considered optimal for controlled cultivation (30 ºC). Bacteria exposed to temperatures up to 37 ºC were fully competent to infect the citrus host, and regain ability to grow when temperature was returned to 30 ºC. Treatments at temperatures above 40 ºC promote irreversible physiological chances. Above 42 ºC it has not been possible to recover viable cells that could produce symptoms of citrus canker, and therefore, it was designated death temperature. Temperatures different from 30 ºC caused an increase in cell size, suggesting disturbance on essential biological processes, as chromosomal replication/segregation and/or cell division. To investigate the influence of heat treatment in such processes, we have submitted mutant Xac strains, marked for bacterial centromere and septum, to treatments at different temperatures, followed by fluorescence microscopy analysis. Treatment at 37 ° C for 6 hours did not affect... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre