Proteins in Escherichia coli were compared in terms of essentiality, centrality, and conservation. The hypotheses of this study are: for proteins in Escherichia coli, (1) there is a positive, measureable correlation between protein conservation and essentiality, (2) there is a positive relationship between conservation and degree centrality, and (3) essentiality and centrality also have a positive correlation. The third hypothesis was supported by a moderate correlation, the first with a weak correlation, and the second hypotheis was not supported. When proteins that did not map to orthologous groups and proteins that had no interactions were removed, the relationship between essentality and conservation increased to a strong relationship. This was due to the effect of proteins that did not map to orthologus groups and suggests that protein orthology represented by clusters of orthologus groups does not accurately dipict protein conservation among the species studied.

Les méthodes d'apprentissage semi-supervisé constituent une catégorie de méthodes d'apprentissage automatique qui combinent points étiquetés et données non labellisées pour construire le classifieur. Dans la première partie de la thèse, nous proposons un formalisme d'optimisation général, commun à l'ensemble des méthodes d'apprentissage semi-supervisé et en particulier aux Laplacien Standard, Laplacien Normalisé et PageRank. En utilisant la théorie des marches aléatoires, nous caractérisons les différences majeures entre méthodes d'apprentissage semi-supervisé et nous définissons des critères opérationnels pour guider le choix des paramètres du noyau ainsi que des points étiquetés. Nous illustrons la portée des résultats théoriques obtenus sur des données synthétiques et réelles, comme par exemple la classification par le contenu et par utilisateurs des systèmes pair-à-pair. Cette application montre de façon édifiante que la famille de méthodes proposée passe parfaitement à l’échelle. Les algorithmes développés dans la deuxième partie de la thèse peuvent être appliquées pour la sélection des données étiquetées, mais également aux autres applications dans la recherche d'information. Plus précisément, nous proposons des algorithmes randomisés pour la détection rapide des nœuds de grands degrés et des nœuds avec de grandes valeurs de PageRank personnalisé. A la fin de la thèse, nous proposons une nouvelle mesure de centralité, qui généralise à la fois la centralité d'intermédiarité et PageRank. Cette nouvelle mesure est particulièrement bien adaptée pour la détection de la vulnérabilité de réseau. / Semi-supervised learning methods constitute a category of machine learning methods which use labelled points together with unlabeled data to tune the classifier. The main idea of the semi-supervised methods is based on an assumption that the classification function should change smoothly over a similarity graph. In the first part of the thesis, we propose a generalized optimization approach for the graph-based semi-supervised learning which implies as particular cases the Standard Laplacian, Normalized Laplacian and PageRank based methods. Using random walk theory, we provide insights about the differences among the graph-based semi-supervised learning methods and give recommendations for the choice of the kernel parameters and labelled points. We have illustrated all theoretical results with the help of synthetic and real data. As one example of real data we consider classification of content and users in P2P systems. This application demonstrates that the proposed family of methods scales very well with the volume of data. The second part of the thesis is devoted to quick detection of network central nodes. The algorithms developed in the second part of the thesis can be applied for the selections of quality labelled data but also have other applications in information retrieval. Specifically, we propose random walk based algorithms for quick detection of large degree nodes and nodes with large values of Personalized PageRank. Finally, in the end of the thesis we suggest new centrality measure, which generalizes both the current flow betweenness centrality and PageRank. This new measure is particularly well suited for detection of network vulnerability.

A problemática urbana sobre a qual nos debruçamos na presente pesquisa referese aos processos de degradação da vida dos habitantes da metrópole, não apenas material, mas, sobretudo, resultante do empobrecimento das possibilidades de apropriação dos lugares da cidade. Tal apropriação se reduz, dialeticamente, pelas estratégias de dominação do espaço, que impõem normas ao uso do espaço pelos habitantes como condição necessária a um espaço produto, condição e meio da acumulação capitalista. Todavia, a normatização da vida pelo regramento do uso do espaço não se realiza sem conflitos. A população urbana, nos momentos da vida cotidiana, transgride-a constantemente como meio de sobrevivência a uma cidade produzida sob a égide capitalista, que possui como centro a acumulação do capital, em detrimento da reprodução da vida. É nesta perspectiva de desvendar as estratégias de normatização do uso e as transgressões diante o processo de dominação do espaço que a pesquisa se insere, tratando de compreender a produção de um lugar na metrópole paulistana, que se apresenta contraditoriamente como um espaço de normatização e transgressão na medida em que se constituiu como uma centralidade na periferia. Esta reflexão se construiu a partir do conhecimento dos sujeitos que produziram o espaço da Favela Monte Azul - zona sul do município de São Paulo - destacando as ações de uma organização não governamental chamada Associação Comunidade Monte Azul, por entender seu papel de destaque na produção da singularidade desta favela diante as demais da metrópole. Para tanto, analisamos as bases de sua matriz discursiva, as estratégias e ações e, principalmente, as articulações entre os sujeitos existentes na favela por meio do processo de \"urbanização da favela\" e das atividades culturais - teatro. A hipótese orientadora da pesquisa fundamenta-se, portanto, na idéia de uma urbanização que aprofunda a degradação da vida, produzindo tensões e conflitos ainda mais violentos que podem impedir a reprodução das relações de produção, levantando \"barreiras\" ao processo de acumulação. Para não interromper o ciclo, uma das estratégias utilizadas é a dominação do espaço pela territorialização de instituições na periferia, que levam a cabo as normas elaboradas pela ordem distante (Estado/empresas privadas). Estas instituições, como as organizações não governamentais, tentam diluir as formas de organização e participação popular conforme introduzem a população às normas da cotidianeidade, isto é, às normatizações do uso através da legitimidade dada pela forma da propriedade e gestão dos serviços prestados. Contudo, essas mesmas instituições, na medida em que \"absorvem\" os conflitos, encontram-se em uma crise de sua própria reprodução. / The urban problematic into which we delve in this research is concerned with the process of degradation of metropolitan life resulting from shrinking possibilities of place appropriation in the city. This appropriation is dialectically constrained by the strategies of spatial domination, which impose rules to people\'s use of space as a necessary prerequisite to a space that is means, condition and product of capital accumulation. Nevertheless, the regulation of life through the control of spatial uses does not occur without contradiction. In everyday life, people are often violating these rules as a means of surviving in a city produced under capital\'s command and organized to meet the requirements of capital accumulation, instead of those of the reproduction of life. This research is, therefore, carried out with the aim of uncovering the strategies of regulation of uses and the transgressions that arise in the face of spatial domination, attempting to understand the production of a specific place in the city of São Paulo. This place presents itself contradictorily as a space of regulations and a space of transgressions, so long as it has become a centrality on the periphery. We derived such considerations from an understanding of the subjects that have produced the space of Monte Azul slum (southern area of the city of São Paulo), focusing on the actions of a non-governmental organization named Associação Comunidade Monte Azul (ACMA), which we considered to have a significant role in shaping the uniqueness of this place compared to others. We examined, therefore, the foundations of ACMA\'s discursive matrix, its strategies, its actions and the articulation of the subjects through the process of \"slum urbanization\" and through cultural activities (theatre). The guiding hypothesis of our research rests upon the assumption of an urbanization that intensifies the degradation of life, inevitably creating tensions and sparking ever more violent social conflicts that could pose threats to the reproduction of relations of production and erect barriers to accumulation. One of the strategies pursued in order to defend accumulation is the domination of space through the territorialization of institutions in the urban periphery. These institutions, such as non-governmental organizations, impose the rules set out by the distant order (State/corporations) and try to discourage collective participation and organization, all the while introducing people to the rules of everydayness, that is, to the regulation of uses through the legitimacy conferred by the type of propriety and management of the services offered. These very same institutions, though, as long as they \"internalize\" conflicts, find themselves sunk in a crisis of reproduction.

Este trabalho explora o uso da Análise de Redes Sociais (ARS) como ferramenta de grande valor, aquela que perpassa pelas mais variadas disciplinas, como protagonista do estudo em alguns casos, como coadjuvante em outros. Para a Ciência da Informação, a ARS vem sendo empregada em estudos bibliométricos, procurando responder a questionamentos que intrigam pesquisadores da área ou de outros segmentos do conhecimento. Assim, a ARS ocupa seu espaço como o objeto principal dos estudos, enfatizando-a como ferramenta e, também, pelo seu uso direto em pesquisas nas quais aparece, frequentemente em conjunto com a estatística. Dessa forma, a ARS é empregada, pensando em Ciência da Informação, em ambos os papéis: como protagonista, nas frentes que abordam sua história, seus métodos e suas métricas, e, como coadjuvante, contribuindo na análise de redes de coautoria através de suas métricas de centralidade, mostrando a fluência das informações, determinando a posição de autores com relação à colaboração e seus comportamentos em rede para áreas como a Ciência da Informação, a Educação e a Sociologia. Os gráficos e tabelas foram elaborados com o apoio dos programas Microsoft Excel e, fundamentalmente para as redes de interesse, o programa de uso livre Pajek. Este último, alimentado por programas em VBScript, possibilitou, através de seus recursos de geração de imagens representativas das redes, a confecção dos gráficos e o cálculo dos indicadores para cada uma das três redes. Para a obtenção dos dados de entrada, foram utilizados os mecanismos de busca pela expressão \"Social Networks\" nas bases ASSIA (Sociologia), ERIC (Educação) e LISA (Ciência da Informação) e, com o uso de seus mecanismos internos, a massa foi exportada e empregada como exemplo de bases viabilizando a aplicação e verificação da metodologia proposta nos moldes dos estudos realizados. / This dissertation explores the use of Social Network Analysis (SNA) as a valuable tool, which runs through the most varied disciplines, as a protagonist in same study cases, as an adjunct in other cases. For the Information Science, the SNA has been used in bibliometric studies, trying to answer questions that intrigue researchers in this field or other segments of knowledge. So, the SNA occupies its place as the main object of the studies, emphasizing it as a tool and also for its direct use in researches in which it appears, often in conjunction with the statistics. Thus, the SNA is used, concerning the Information Science, in both roles: as the protagonist, foremost addressing its history, its methods and metrics, and, as an adjunct, contributing for the analysis of networks of co-authorship through its centrality metrics, showing the flow of information, determining the position of the authors, related to their collaboration and their behaviors on the network, for areas of study such as Information Science, Education and Sociology. The graphs and charts were elaborated with the support of Microsoft Excel program and, fundamentally to the networks of interest, the program of free use called Pajek. The latter, powered by VBScript programs, enabled, through its resources of generating representative network images, the elaboration of the graphs and the calculation of the indicators for each one of the three networks. To obtain the input data, search engines were used by the expression \"Social Networks\" in ASSIA (Sociology), ERIC (Education) and LISA (Information Science) bases and, using its internal mechanisms, the mass was exported and used as an example of bases enabling the application and verification of the proposed methodology along the lines of the studies.

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Este trabalho tem como objetivo discutir as transformações que vêm ocorrendo no bairro de Pinheiros e mais especificamente no Largo da Batata, coração do bairro: verticalização, mudanças no padrão fundiário e substituição das classes sociais ali presentes vêm ocorrendo a partir do projeto de Reconversão Urbana do Largo da Batata e da Operação Urbana Faria Lima, iniciados na década de 1990. Nossa hipótese é a de que ocorre, a partir desses processos, uma redefinição da centralidade do bairro de Pinheiros, conformando-se como parte do eixo empresarial constituído no vetor sudoeste ao longo do fim do século XX e início do XXI. Por isso, propusemos discutir neste trabalho a produção do espaço do bairro ao longo da História, que constituiu o Largo da Batata como um centro de comércio popular e considerado degradado pelo poder público. Em seguida, analisamos a reprodução deste espaço, que se deu através dos processos de intervenção impostos pelo Estado aliado aos empreendedores imobiliários a favor da circulação e reprodução do capital contra aquele espaço dito degradado e improdutivo. Por fim, a partir da produção e reprodução do espaço do Largo da Batata, analisamos os movimentos de resistência e de luta pelo lugar que se gestaram recentemente contra as imposições do poder público e do capital e contra a gentrificação que ali foi verificada. Foi percebido que estes movimentos que se dão hoje na luta pelo uso do espaço do Largo nascem como contestação ao que o poder público esperava que aquele espaço se tornasse: um lugar neutro e vazio para que as pessoas não o utilizassem. Porém, o que vem acontecendo é, através da luta pelo lugar, a luta pelo direito à cidade e um combate à lógica vigente que move o urbano / This dissertation aims to analyze the changes that are taking place at Largo da Batata, in the heart of Pinheiros district in Sao Paulo City. Started in the 1990s, the Reconversão Urbana do Largo da Batata and the Operação Urbana Faria Lima were projects responsible for the verticalization of the buildings, changes in the land pattern and displacement of the lower social strata in the region. Regarding this process, our hypothesis is that a redefinition of Pinheiros centrality is currently happening, intensifying the integration of the district to the southwest vector business hub, established in the end of the 20th Century and beginning of the 21st. To reach our purpose, it was necessary to comprehend the spatial production of this neighborhood along the History, which set up Largo da Batata as a centre of popular commerce, regarded as deteriorated by the government. Afterwards, we analyze the spatial reproduction of this place, according to real estate developers interventions supported by the government, in order to guarantee the financial capital flow and its reproduction. Finally, regarding the contradiction in the Largo da Batata spatial production and reproduction, we analyze the social movements of resistance, that are fighting for this place against the public policies and great capital impositions, who are operating a gentrification. It was noticed that these social movements are creating an opposite force of government expectations: instead of establish an impartial and empty space, we can watch a popular fight for the place, a fight for the right to the city and a fight against the current logic of the urban space have been designed

O tema central desta tese se assenta no papel dos mega-eventos no processo de produção do espaço urbano do Rio de Janeiro desde o início do século XX, marcado pela produção da Paris dos Trópicos, até o momento atual inerente à produção da Cidade Olímpica. Os mega-eventos, configurando-se como verdadeiros espetáculos de ampla abrangência e visibilidade, são acompanhados de megaprojetos urbanos e induzem a diversas intervenções espaciais nas cidades, manifestadas materialmente através da construção de edificado, obras de infraestrutura, conquista de novos terrenos e ressignificações de usos e funções de áreas inteiras. Neste sentido, a partir de seus desdobramentos espaciais, compreende-se a importância que os mesmos possuem nos processos de fragmentação espacial, ao produzir parcelas do espaço valorizadas e vendidas enquanto solo urbano e, ainda, no reforço ou consolidação de áreas de centralidade, por induzir à concentração de investimentos e pessoas, e dinamizar o comércio, os serviços e os fluxos diversos no espaço intra-urbano da cidade, nossa escala de análise. Esta reflexão partiu da identificação do primeiro mega-evento realizado no Rio de Janeiro, a Exposição Nacional de 1908, seguida de outros cujas expressões concretas materializaram-se na cidade, impactando a estrutura urbana carioca em diferentes momentos, a saber: a Exposição Internacional de 1922, a Copa do Mundo de 1950, a Conferência das Nações Unidas sobre o Meio Ambiente e Desenvolvimento (Rio-92), os Jogos Pan-Americanos de 2007 e, uma vez que o Rio de Janeiro sediará os Jogos Olímpicos de 2016, nossa análise se estende à estruturação da cidade nos dias atuais, norteada pela realização desse megaevento. / The central theme of this thesis is based on the role of mega-events in the production of Rio de Janeiro´s urban space from the early twentieth century, marked by the production of the \"Paris of the Tropics\", to the current moment inherent in the production of the \"Olympic City\". Mega-events, configured as spectacles of broad scope and visibility, are accompanied by urban mega-projects and induce to various spatial interventions in the cities, expressed materially by building constructions, infrastructure, conquest of new lands and new uses and functions of entire areas. In this sense, from these spatial expressions, we understand the importance they have in the processes of spatial fragmentation, as long as they produce fractions of space valued and sold as urban land and, also, in strengthening or consolidating areas of centrality, inducing the concentration of people and investments, and boost commerce, services and the various flows in intra-urban space of the city, which is our scale of analysis. This reflection came from the identification of the first megaevent held in Rio de Janeiro, the 1908 National Exhibition, followed by others which concrete expressions materialized in the city and impacted at different times of the urban structure: the 1922 International Exhibition, the World Cup of 1950, the United Nations Conference on Environment and Development (Rio-92), the Pan-American Games in 2007 and, since Rio de Janeiro will host the forthcoming Olympic Games in 2016, our analysis extends to the impacts on the structure of the city in current days, guided by the realization of this mega-event.

Orientador: Maria Encarnação Beltrão Sposito / Banca: Nécio Turra Neto / Banca: Oscar Alfredo Sobarzo Miño / Resumo: As atuais formas de produção e de apropriação do espaço urbano têm acentuado a tendência de segregação socioespacial, promovendo alterações na vida urbana contemporânea e nas práticas socioespaciais dos citadinos. Como consequência, a redefinição das relações entre o público e o privado tem modificado o significado do que é a cidade enquanto lócus da diversidade e confronto entre as diferenças. Essa nova estruturação, marcada por novas práticas socioespaciais, tem gerado dinâmicas de fragmentação socioespacial, o que exige que se observe a articulação entre formas, conteúdos e valores, para se compreender as novas lógicas da produção desigual do espaço urbano e as dimensões do controle social que lhes são atinentes. Com base nestas premissas, esta pesquisa propõe-se a contribuir para o estudo da fragmentação socioespacial, a partir de duas cidades paulistas de porte médio: Marília e São Carlos. Recolheu-se elementos para avaliar em que medida os sujeitos autossegregados destas cidades optam por espaços residenciais fechados e pelo consumo seletivo da cidade, nos quais, estejam presentes aspectos de uma sociabilidade segmentada / Abstract: The current production forms and of appropriation of the urban space has accentuated the tendency of socio-spatial segregation, promoting alterations in the contemporary urban life and in the socio-spatial practices of the city dwellers. Also, the redefinition of the relation between the public and the private has changed the meaning of what is the city, while place of the diversity and confrontation among the differences. This new structuring, marked by new socio-spatial practices, has generated dynamics of socio-spatial fragmentation. This requires an examination the articulation between forms, contents and values, to understand the new logics of the unequal production of the urban space and the dimensions of the social control that are them concerning. Based on this, this research intends to contribute with the study of socio-spatial fragmentation, starting from two middle-size cities, located in São Paulo State: Marília and São Carlos. It was collected elements to evaluate in that measured the subjects self-segregated, in these cities, opt for residential spaces closed and for the selective consumption of the city where present aspects of a segmented sociability be. This research articulates to project: Diffuse Urbanization, Public Space and Urban Insecurity, supported by FAPESP / Mestre

A região do Butantã, fragmento da metrópole de São Paulo, vem passando por um importante processo de verticalização desde a década de 1990. Além de representar uma transformação no padrão de urbanização que se verificou no período anterior, indicando a passagem da produção para a reprodução do espaço, a verticalização no Butantã se expressa como o avançar de uma nova fronteira urbana. Este trabalho procura demonstrar como hipótese que o avanço dessa fronteira impõe ao Butantã a tendência de se integrar morfologicamente às áreas mais centrais e adensadas da metrópole paulistana e, principalmente, de se integrar economicamente ao eixo de valorização que se desdobra da centralidade que ficou conhecida como Vetor Sudoeste. Na esfera econômica, o processo de verticalização no Butantã representa uma frente de acumulação capitalista que se favorece da reserva de valor formada no período anterior ao da verticalização. Portanto, este trabalho tem como objetivo revelar, por meio de recomposição histórica, a constituição de uma situação geográfica permeada por um potencial de valorização e de discutir como a atuação do Estado e o processo de financeirização do setor imobiliário permitem hoje efetivar a valorização. / A fragment of São Paulos metropolis, the Butantãs zone is passing by an important verticalization process since the 1990s decade. The transformation from space production to space reproduction, indicated by a transformation in the urbanization pattern, the verticalization in Butantã is expressed as the new urban frontiers advancement. This researchs aim is to demonstrate that this frontiers advancement inflicts to Butantã a trend to integrate morphologically to the central and dense zones of the São Paulos metropolis, and mainly, to integrate economically to axis valuation that since centrality known as Vetor Sudoeste. In the economic sphere, verticalizations process in Butantã represents a front of capitalist accumulation favored by store value formed previously from verticalization. Therefore, this research aims to reveal, through historical recomposition, the constitution of a geographical situation permeated by a valuation potential and to discuss how the state acting and financializations process of real state allows today the valuation.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2014-09-11T11:50:01Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao Diego Americo Guedes.pdf: 971567 bytes, checksum: a39a61e190ff600e318da0dd24eb108c (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-11T11:50:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao Diego Americo Guedes.pdf: 971567 bytes, checksum: a39a61e190ff600e318da0dd24eb108c (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In this work we present and evaluate a modeling methodology that describes the creation of a topology for wireless mesh networks, and how this topology changes over time. The modeling methodology is based on network science, which is a multidisciplinary research area that has a lot of tools to help in the study and analysis of networks. In wireless mesh networks, the relative importance of the nodes is often related to the topological aspects, and data flow. However, due to the dynamics of the network, the relative importance of the nodes may vary in time. In the context of network science, the concept of centrality metric represents the relative importance of a node in the network. In this work we show also that the current centrality metrics are not able to rank properly the nodes in wireless mesh networks. Then we propose a new metric of centrality that ranks the most important nodes in a wireless mesh network over time. We evaluate our proposal using data from a case study of the proposed modeling methodology and also from real wireless mesh networks, achieving satisfactory performance. The characteristics of our metric make it a useful tool for monitoring dynamic networks. / Neste trabalho, apresentamos e avaliamos uma modelagem que descreve a criação de uma topologia para redes em malha sem fio e como essa se altera no tempo. A modelagem é baseada em ciência das redes (network science), uma área multidisciplinar de pesquisa que possui uma grande quantidade de ferramentas para auxiliar no estudo e análise de redes. Em redes em malha sem fio, a importância relativa dos nós é frequentemente relacionada a aspectos topológicos e ao fluxo de dados. Entretanto, devido à dinamicidade da rede, a importância relativa de um nó pode variar no tempo. No contexto de ciência de redes, o conceito de métricas de centralidade reflete a importância relativa de um nó na rede. Neste trabalho, mostramos também que as métricas atuais de centralidade não são capazes de classificar de maneira adequada os nós em redes em malha sem fio. Propomos então uma nova métrica de centralidade que classifica os nós mais importantes em uma rede em malha sem fio ao longo do tempo. Avaliamos nossa proposta com dados obtidos de um estudo de caso da modelagem proposta e de redes em malha sem fio reais, obtendo desempenho satisfatório. As características da nossa métrica a tornam uma ferramenta útil para monitoramento de redes dinâmicas.