Les interactions protéine-protéine sont souvent contrôlées par de petits domaines protéiques qui régulent les chemins de signalisation au sein des cellules eucaryotes. Les domaines PDZ sont parmi les domaines les plus répandus et les plus étudiés. Ils reconnaissent spécifiquement les 4 à 10 acides aminés C-terminaux de leurs partenaires. Tiam1 est un facteur d'échange de GTP de la protéine Rac1 qui contrôle la migration et la prolifération cellulaire et dont le domaine PDZ lie les protéines Syndecan-1 (Sdc1), Caspr4 et Neurexine. Des petits peptides ou des molécules peptidomimétiques peuvent potentiellement inhiber ou moduler son activité et être utilisés à des fins thérapeutiques. Nous avons appliqué des approches de dessin computationnel de protéine (CPD) et de calcul d'énergie libre par simulations dynamique moléculaire (DM) pour comprendre et modifier sa spécificité. Le CPD utilise un modèle structural et une fonction d'énergie pour explorer l'espace des séquences et des structures et identifier des variants protéiques ou peptidiques stables et fonctionnels. Nous avons utilisé le programme de CPD Proteus, développé au laboratoire, pour redessiner entièrement le domaine PDZ de Tiam1. Les séquences générées sont similaires à celles des domaines PDZ naturels, avec des scores de similarité et de reconnaissance de pli comparables au programme Rosetta, un outil de CPD très utilisé. Des séquences contenant environ 60 positions mutées sur 90, ont été testées par simulations de DM et des mesures biophysiques. Quatre des cinq séquences testées expérimentalement (par nos collaborateurs) montrent un dépliement réversible autour de 50°C. Proteus a également déterminer correctement la spécificité de la liaison de quelques variants protéiques et peptidiques. Pour étudier plus finement la spécificité, nous avons paramétré un modèle d'énergie libre semi-empirique de Poisson-Boltzmann ayant la forme d'une énergie linéaire d'interaction, ou PB/LIE, appliqué à des conformations issues de simulations de DM en solvant explicite de complexes PDZ:peptide. Avec trois paramètres ajustables, le modèle reproduit correctement les affinités expérimentales de 41 variants, avec une erreur moyenne absolue de 0,4~kcal/mol, et donne des prédictions pour 10 nouveaux variants. Le modèle PB/LIE a ensuite comparé à la méthode non-empirique de calcul d'énergie libre par simulations alchimiques, qui n'a pas de paramètre ajustable et qui prédit correctement l'affinité de 12 complexes Tiam1:peptide. Ces outils et les résultats obtenus devraient nous permettre d'identifier des peptides inhibiteurs et auront d'importantes retombées pour l'ingénierie des interactions PDZ:peptide. / Small protein domains often direct protein-protein interactions and regulate eukaryotic signalling pathways. PDZ domains are among the most widespread and best-studied. They specifically recognize the 4-10 C-terminal amino acids of target proteins. Tiam1 is a Rac GTP exchange factor that helps control cellmigration and proliferation and whose PDZ domain binds the proteins syndecan-1 (Sdc1), Caspr4, and Neurexin. Short peptides and peptidomimetics can potentially inhibit or modulate its action and act as bioreagents or therapeutics. We used computational protein design (CPD) and molecular dynamics (MD) free energy simulations to understand and engineer its peptide specificity. CPD uses a structural model and an energy function to explore the space of sequences and structures and identify stable and functional protein or peptide variants. We used our in-house Proteus CPD package to completely redesign the Tiam1 PDZ domain. The designed sequences were similar to natural PDZ domains, with similarity and fold recognition scores comarable to the widely-used Rosetta CPD package. Selected sequences, containing around 60 mutated positions out of 90, were tested by microsecond MD simulations and biophysical experiments. Four of five sequences tested experimentally (by our collaborators) displayed reversible unfolding around 50°C. Proteus also accurately scored the binding specificity of several protein and peptide variants. As a more refined model for specificity, we parameterized a semi-empirical free energy model of the Poisson-Boltzmann Linear Interaction Energy or PB/LIE form, which scores conformations extracted from explicit solvent MD simulations of PDZ:peptide complexes. With three adjustable parameters, the model accurately reproduced the experimental binding affinities of 41 variants, with a mean unsigned error of just 0.4 kcal/mol, andgave predictions for 10 new variants. The PB/LIE model was tested further by comparing to non-empirical, alchemical, MD free energy simulations, which have no adjustable parameters and were found to give chemical accuracy for 12 Tiam1:peptide complexes. The tools and insights obtained should help discover new tight binding peptides or peptidomimetics and have broad implications for engineering PDZ:peptide interactions.

Corps rêvés est un recueil graphique sur la corporéalisation, un terme que j’utilise pour désigner l’action d’être ou de se sentir être un corps, dans un contexte où les idées de dépassement du corps et de projection vers le futur sont omniprésentes – ce que je nomme les imaginaires posthumains. Le recueil se présente sous la forme de onze livrets autonomes, mais interreliés et qui peuvent être lus dans l’ordre souhaité, dans un désordre orchestré. Le Préambule, cependant, sert de guide pour l’entrée dans la lecture. Cette thèse invite le·a lecteur·ice à un plongeon en plein milieu des corps, des rêves, du posthumain et d’un long processus de recherche-création par l’écriture et le dessin. Mêlant fiction, autofiction, écrits phénoménologiques, théoriques et dessins (dont une grande partie à l’aquarelle), j’explore différents “je”, assumant une posture située, et autant de manières de faire corps, de se corporéaliser. Je convoque des matières, des corps, humains ou non, vivants ou non, des lieux, des mémoires, des éléments – eau, air, feu, terre – qui m’aident à figurer, discuter, imaginer certaines corporéalisations. Je fais appel à une littérature sur le posthumain, des perspectives post-humanistes, phénoménologiques, mais aussi littéraires et graphiques. Je convoque également des théories de la communication médiatique qui m’aident à concevoir les différents livrets comme des milieux, c’est-à-dire des lieux d’émergence de ma thèse. L’idée de milieu parle autant du processus que du contenu. Les rêves sont aussi des milieux ; ce sont eux qui articulent et donnent matière aux intuitions du recueil. Ils sont matérialisés par les fonds de couleur à l’aquarelle sous-tendant tous les textes et dessins. Ces fonds changent de couleur pour rappeler les différents états de mes rêves, comme les impressions colorées laissées sur la peau d’un poulpe en plein rêve. Je vous invite en eaux troubles, en plein brouillard, dans le récit d’une chercheuse-créatrice qui éprouve son corps le plus souvent par la douleur et la fatigue chronique de la fibromyalgie. Ceci n’est pas central, mais constitue plutôt une trame de fond du recueil, tout comme les imaginaires posthumains. Bien que ma posture puisse être qualifiée de queer et phénoménologique, je prends soin de feinter les (mes) éventuelles tentations de la catégoriser. C’est qu’à la manière des furtifs imaginés par Alain Damasio--ces êtres insaisissables par le regard humain, je tente par tous les moyens de rester en perpétuel mouvement, vivante et, surtout, de ne pas me laisser enfermer par mes propres discours. Enfin, ce recueil graphique s’intéresse aussi à ce que son élaboration fait à mon corps. En faisant advenir certains corps, j’ai transformé le mien profondément, et les traces de cette transformation toujours en cours sont présentes à travers les pages colorées de Corps rêvés. / Corps rêvés is a collection of graphic booklets about corporealization, a term that I am using to express the action of being a body, or feeling oneself being a body, in a context where the ideas of going beyond the body and of projection towards the future are omnipresent (what I call posthuman imaginaries). This collection is presented in the form of eleven interrelated yet self-contained booklets, which can be read in the desired order, an orchestrated disorder. The Preamble, however, serves as a guide for the entrance into the reading. This thesis invites the reader to a dive in the middle of bodies, dreams, the posthuman and a long process of research-creation through writing and drawing. Mixing fiction, autofiction, phenomenological and theoretical writings and drawings (a large part of which is done in watercolor), I explore different «I», assuming situated postures as many ways of making a body, of being corporealized. I call upon different materialities, human and non-human, living and non-living, places, memories, elements - water, air, fire, earth - which help me to figure, discuss, imagine certain corporealizations. I call upon a literature on the posthuman, post-humanist and phenomenological perspectives, but also literary and graphic. I also call upon literature on the media that helps me to conceive the different booklets as media, i.e. places of emergence of my thesis. The idea of medium speaks as much about the process as about the content. Dreams are also media; they are the ones which articulate and give substance to the intuitions of the collection. They are materialized by the watercolors grounding all the texts and drawings. These backgrounds change color to recall the different states of my dreams, like the colored impressions left on the skin of an octopus in full dream. I invite you into troubled waters, in the middle of a fog, into the story of a researcher-creator who experiences her body most often through the chronic pain and fatigue of fibromyalgia. This detail is not central, but it constitutes a sort of background to the collection, as the posthuman imaginaries do. Although my posture can be qualified as queer and phenomenological, I take care to feint the (my) possible temptations to categorize it. Like the furtives imagined by Alain Damasio (these beings in perpetual movement, elusive to the human gaze), I try by all means to remain in movement, alive and, above all, not to let myself be locked up by my own discourses. Finally, this graphic collection is also interested in what its elaboration does to my body. By making certain bodies come to life, I have profoundly transformed mine, and the traces of this ongoing transformation are present throughout the colorful pages of Corps rêvés.

Ce mémoire vise à discuter de la démarche artistique entreprise au sein du projet La matérialité du geste : un parcours de construction. Je porte d'abord un regard sur mon parcours dans le domaine des arts afin de saisir la continuité de mon approche sur les plans conceptuel et méthodologique. Trois champs de connaissance ressortent dans mon parcours : l'architecture, le métier d'art et les arts visuels. Par conséquent, le cadre théorique aborde ces trois domaines tout en soulignant la pertinence de la culture de l'artisanat comme un lieu de convergence de mes intérêts artistiques. En plus des questions liées au travail artisanal, l'influence de quelques enjeux présents dans la démarche de Nelson Felix sur le projet est prise en compte, notamment la réversibilité et la temporalité. Finalement, je traite de la méthode utilisée dans le projet. Cette méthode est principalement centrée sur le dessin, la pratique artisanale, la réversibilité et la grille. La matérialité du geste opère dans l'entrecroisement de différents domaines des arts où le travail artisanal favorise une expérience intime du phénomène artistique.

Ce texte accompagne le livre d'artiste Là où je ne suis pas, oeuvre résultant de ma recherche-création à la maîtrise en arts visuels (2007-2010). Le livre présente des dessins et un texte poétique relatant mon voyage vers l'état de solitude. J'emploie l'image de la maison pour représenter la solitude, ce lieu intime qui est l'objet de ma quête. J'ai choisi la forme du livre car l'objet sert de refuge, celui où l'on peut s'enfuir par l'imaginaire. Et trouver la solitude dans le défilement des pages. C'est par le pouvoir évocateur de la poésie et de la schématisation, de l'absence et du silence que je définis mon sujet. Par les détours que j'emprunte, j'affirme l'importance de ce qui n'est pas montré.

[pt] Esta tese se propõe a refletir a postura de Jacques Derrida diante das obras de arte ditas visuais. Partindo de uma invisibilidade na fonte de todo visível, Derrida problematiza a estrutura hierárquica do pensamento estético, abrindo uma outra abordagem artística não sobre, mas em torno das obras. O famoso tema de um abalo desconstrutivo no pensamento metafísico da presença desdobra-se, neste trabalho, na in-visibilidade do traço do desenho e na espectralidade da imagem cinematográfica. / [fr] Cette thèse vise à penser le point de vue de Jacques Derrida vis-à-vis les oeuvres d art visuels. En partant d une invisibilité à la source du visible, Derrida met en question la structure hiérarchique de la pensée esthétique en ouvrant une autre approche, non pas sur les images, mais autour d elles. Le célèbre thème du choc déconstrutif dans la pensée métaphysique de la présence est traité, ici, dans l in-visibilité du trait du dessin et dans la spectralité de l image cinematographique.

Cette recherche porte sur la comparaison des niveaux de développement de trois épreuves cognitives de type piagétien: l'Épreuve des Concentrations portant sur la comparaison de rapports numériques, l'Épreuve des Coffrets portant sur un problème de logique propositionnelle, et Vues Orthogonales Codées portant sur la reproduction par dessin, à l'aide de codes, de formes géométriques tridimensionnelles. Les deux premières sont de nature logico-arithmétique, la dernière géométrique. Elles sont toutes les trois soumises à365 jeunes adultes de secondaire IV. Les données sont traitées conjointement par une analyse de Rasch, afin de vérifier l'ordre de difficulté des items et leur unidimensionnalité, et une analyse structurale, afin de décrire des niveaux de développement pour les items des trois épreuves. Des critères de niveaux sont déterminés, permettant de modéliser le développement cognitif sous forme de niveaux d'appréhension de plus en plus complexes des composantes d'une tâche cognitive.

Je m’intéresse aux femmes et à la résistance qu’elles imposent aux conditionnements en matière de beauté qui leur sont infligés par la société occidentale. Dissidence est le résultat de deux années de recherches et créations portant sur l’exploration de cette forme résistance. La dissidence est l’action ou l’état d’une personne qui cesse d’obéir à une communauté, à une autorité établie. Ce type de refus existe chez les femmes en regard aux normes imposées par les diverses industries gérant le domaine de la mode. C’est d’ailleurs autour de ces notions que je définis ma démarche artistique et mon corpus de dessins.

Cette thèse, qui présente les sculpteurs actifs à Florence à l’époque des deux derniers grands-ducs de la dynastie des Médicis, Cosme III (1670-1723) et Jean-Gaston (1723-1737), est une étude de synthèse permettant de situer les sculpteurs dans un contexte social et historique. Elle considère le métier de sculpteur sous tous ses aspects : la formation, les conditions de vie et de travail, le statut social, l’organisation des ateliers, la répartition du travail entre les différents collaborateurs, le processus de création des sculptures et des décors sculptés, ainsi que le rôle essentiel du dessin dans l’élaboration et l’exécution de ces sculptures. En arrivant au pouvoir, Cosme III voulut donner un nouvel essor à la sculpture florentine et prit de nombreuses initiatives dans cette direction : il transforma l’enseignement, développa la production d’objets de luxe au sein de la Galleria dei Lavori et facilita le travail des sculpteurs de nombreuses manières, offrant à la plupart d’entre eux des pensions, des charges officielles et des ateliers. Les sculpteurs étaient certes nombreux, mais la vie artistique s’articulait en réalité autour de quelques figures majeures. Le plus important était Giovanni Battista Foggini, installé dans le célèbre atelier des sculpteurs de cour situé Borgo Pinti. Il cumula les fonctions de Premier sculpteur et d’architecte de la Galleria dei Lavori, dirigeant ainsi une très vaste équipe d’assistants et de collaborateurs. Notre recherche est fondée sur un ample dépouillement d’archives et sur l’étude de dessins préparatoires. Un volume d’annexe comprend un répertoire des sculpteurs ainsi que la transcription de nombreux documents inédits. / This thesis, presenting sculptors active in Florence at the time of the last two grand dukes of the Medici dynasty, Cosimo III (1670-1723) and Gian Gastone (1723-1737), is a synthetic study which situates these sculptors in their historical and societal contexts. The work takes into account all the aspects of the profession: the training, in Rome and in Florence, the living and working conditions, the social status, the organisation of the workshops, the creative process, the division of work among the specialists, as well as the important role of drawing in designing and executing the works. When Cosimo III came into power, he decided to bring about a revival in Florentine sculpture and rapidly took many initiatives in this direction: he reformed artistic education, developed the production of luxury artefacts within the Galleria dei Lavori and facilitated the work of sculptors in many ways, offering many of them monthly pensions, official functions and locations for workshops. Even though the period saw a significant number of sculptors working in Florence, artistic life actually centred around a limited number of major figures. Giovanni Battista Foggini, the most important, was settled in the famous sculpture workshop located in Borgo Pinti. At the height of his long career, Foggini was First sculptor as well as Architect of the Galleria dei Lavori, hence managing a vast team of collaborators, assistants and craftsmen. The research is based on a thorough analysis of the archives related to the period as well as an extensive study of the preparatory drawings. A volume of appendices contains a repertory of the sculptors and also the transcription of many unpublished documents.

Depuis quelques temps, on note que les objets d’apparence artisanale symbolisent souvent des qualités écologiques telles que des matériaux naturels et une fabrication éthique. Les visées de l’étude ont été d’explorer les perceptions à l’égard des objets à caractère artisanal et cela, en vue de reconnaître quelles qualités écologiques sont attribuées à ces derniers, tout en tentant de comprendre les raisons qui se cachent derrière ces associations. Une étude auprès d’usagers a permis d’explorer l’ensemble des qualités pouvant être liées à ce type d’objet, en considérant plus précisément le rapport entre les qualités écologiques leur étant accordées et leur durée de vie projetée. Pour ce faire, au cours d’entretiens individuels, des thèmes comme l’appréciation à long terme, la signification et la considération de la diversité culturelle ont été examinés. Les résultats montrent entre autres que les objets à caractère artisanal sont caractérisés comme étant composés de matériaux naturels et sains pour la santé des usagers. Leur usure est reconnue comme éveillant les représentations quant à leur « histoire », alors que leur originalité leur confère une « âme ». Enfin, car ils sont considérés comme ayant été fabriqués par des créateurs autonomes, ces objets sont associés à des conditions de travail éthiques et sont perçus comme étant capables de faire tourner l’économie locale. Les renseignements recueillis peuvent informer les théories et la pratique en design industriel quant à la disposition des objets à caractère artisanal à être appréciés par les usagers, de leur durée de vie projetée et du désir de les entretenir et de les léguer. Ce projet constitue un premier répertoire des perceptions entourant ce type d’objet, un champ de recherche encore très peu documenté, malgré qu’il s’inscrive à l’intérieur d’un contexte environnemental et social bien actuel. Les résultats obtenus contribuent à leur façon à la perspective d’une conception, d’une fabrication et d’une consommation davantage viables. / In these days, artisanal-looking objects often symbolize ecological qualities such as natural materials and ethical production. The aims of the study were to explore perceptions towards artisanal looking objects and that, in order to recognize what ecological qualities are attributed to them, while trying to understand the reasons behind these associations. A study of users allowed to explore all the qualities that can be associated with this type of object, considering specifically the relationship between these environmental qualities and their planned lifespan. To do so, topics such as long-term appreciation, meaning and consideration of cultural diversity were examined during individual interviews. Results show that artisanal-looking objects are caracterized as objects being made of materials that are natural and safe for users. As well, their patina stimulates the perception of having a « story », and their originality gives the perception of the object having « soul ». Lastly, because they are considered as being made by independent designers, these objects are associated with ethical working conditions and are perceived as having the capability to drive the local economy. Among other things, the information gathered can inform theory and practice in the field of industrial design on the ability of artisanal-looking objects to be appreciated. Information can also shed light on their planned lifespan in regard to user’s level of emotional attachment, and on the desire of users to preserve and to bestow them upon future generations. This project stands as a first inventory of perceptions pertaining to this type of object, a field of research not yet well documented although it is in line with the current environmental and social context. The obtained results, therefore, contribute to the ongoing project of a more sustainable design, production and consumption.

Alors que la parabole du Fils Prodigue fut un support aux vives controverses religieuses du XVIe siècle qui touchèrent Anvers, les productions artistiques (peintures, gravures, dessins) restituèrent une image plus consensuelle de cette histoire. Au lieu de matérialiser les nombreuses exégèses théologiques (contradictoires) sur le message du Christ, les artistes préférèrent puiser dans la culture profane (comme les pièces de théâtre) et mettre l’accent sur la scène de la dissipation avec les courtisanes ou insister sur des détails triviaux.Cette thèse étudie les nombreuses raisons qui les ont conduits à de tels choix (poids de la censure, recherche d’une vaste clientèle, flatterie du spectateur…) et analyse les choix de mise en scène, épisode par épisode. Elle démontre comment les ateliers d’artistes ont reproduit des formules répétitives ; comment les choix iconographiques favorisèrent tour à tour la méditation spirituelle, la délectation visuelle ou les pensées condescendantes envers autrui. / While the parable of the Prodigal Son was a support in the deep religious controversies which affected Antwerp during the 16th century, the artistic productions (paintings, prints and drawings) gave back a more consensual image of this history. Instead of representing the numerous contradictory theological exegeses about the message of Christ, the artists preferred to drawn their inspiration from profane culture (as plays) and to emphasize the scene of the waste with the courtesans or to insist on everyday and coarse details.This thesis studies the numerous reasons which led them to such choices (weight of censorship, search for a vast clientele, flattery of the spectator…) and analyses the choices of setting, episode by episode. It demonstrates how artist studios reproduced repetitive formulae and how the iconographic choices facilitated alternately the spiritual meditation, the visual enjoyment or the condescending thoughts to others.