Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 447525.pdf: 8523375 bytes, checksum: f1de0a2db10e3435b1a38c1f14c98be9 (MD5) Previous issue date: 2012-11-28 / Periodontitis has a bacterial etiology associated with the presence of a susceptible host. Immunogenetics factors have been studied in an attempt to explain the more aggressive disease, to establish diagnosis and to determine a more reliable prognosis. The present study had as objectives to evaluate the HLA-G polymorphisms (14 bp insertion/deletion and C/G +3142) and the cytokines profile (Th1 and Th2) in patients with chronic periodontitis, aggressive periodontitis and healthy controls. In relation to the 14 bp polymorphism, in chronic periodontitis patients, it was observed a significant increase in homozygous frequency for the deletion allele, when compared to controls. This same group presented a higher frequency of this allele, which was marginally not significant. Furthermore, no significant difference was observed between aggressive periodontitis patients and controls in relationship to the polymorphisms of 14 bp and C/G +3142.When haplotypes were estimated, an increased frequency of the deletion/G and decreased of the insertion/G was observed in chronic periodontitis patients compared to controls, but with no statistical difference. When evaluating serum cytokines concentration (IL-2, IL-4, IL-5, IL-10, TNF-α and IFN-γ), although no statistical difference could be seen between groups, a tendency to lower levels of IL-5 and IL-10 in aggressive periodontitis group was observed. Our results suggest that having HLA-G homozygosis for the deletion allele, yields three more times chance to present chronic periodontitis (OR = 3.07, 95% CI: 1.24-7.87), inferring a susceptibility role of this polymorphism in the pathogenesis of this condition. Yet considering the cytokine profiles, the aggressive periodontitis patients presented a tendency towards the Th2 profile, suggesting a contribution to the development of this exacerbated manifestation of the disease / A periodontite apresenta etiologia bacteriana associada ? presen?a de um hospedeiro suscet?vel. Fatores imunogen?ticos t?m sido estudados para tentar explicar as formas mais agressivas da doen?a, estabelecer um diagn?stico precoce e definir um progn?stico mais confi?vel. O presente estudo teve como objetivos avaliar os polimorfismos do gene HLA-G (inser??o e dele??o de 14 pb e C/G +3142) e o perfil de citocinas (Th1 e Th2) em pacientes com periodontites cr?nica, periodontite agressiva e controles saud?veis. Em rela??o ao polimorfismo de 14 pb foi observado, nos pacientes com periodontite cr?nica, um aumento significante na frequ?ncia de homozigotos para o alelo de dele??o, quando comparados aos controles. Este mesmo grupo apresentou a maior frequ?ncia deste alelo, o que foi marginalmente n?o significante. Al?m disso, nenhuma diferen?a significativa foi observada entre os pacientes com periodontite agressiva e os controles em rela??o aos polimorfismos de 14 pb e C/G +3142.Quando os hapl?tipos foram estimados, uma frequ?ncia aumentada do dele??o/G e diminu?da do inser??o/G foi observada nos pacientes com periodontite cr?nica comparados aos controles, mas sem diferen?a estat?stica. Com rela??o ? concentra??o s?rica de citocinas (IL-2, IL-4, IL-5, IL-10, TNF-α e IFN-γ), n?o foi verificada diferen?a significativa entre os grupos estudados, embora os achados revelaram uma tend?ncia a menores n?veis de IL-5 e IL-10 no grupo com periodontite agressiva. Nossos resultados sugerem em rela??o ao HLA-G, que os pacientes homozigotos para o alelo de dele??o, t?m 3 vezes mais chance de apresentar periodontite cr?nica (OR = 3.07, 95% CI: 1.24-7.87), inferindo um papel de suscetibilidade deste polimorfismo na patog?nese desta condi??o. J? os pacientes com periodontite agressiva, quando avaliados em rela??o ao perfil de citocinas, apresentaram uma tend?ncia direcionada ao perfil Th2, sugerindo uma contribui??o para o desenvolvimento da manifesta??o exacerbada da doen?a

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-04-17T14:02:19Z No. of bitstreams: 1 467447 - Texto Parcial.pdf: 81133 bytes, checksum: 8afb88e4faf756bfe1219d2e37648ae8 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T14:02:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 467447 - Texto Parcial.pdf: 81133 bytes, checksum: 8afb88e4faf756bfe1219d2e37648ae8 (MD5) Previous issue date: 2014-11-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The present study was developed in the area of concentration and Criminal Violence System in research-Criminal Legal Systems Contemporary line, aims to analyze the use of DNA in the criminal justice process. Divide the approach of the object in three parts in terms of truth, science and process, discussing points as the game rules in criminal proceedings, the right to defense, characteristic points of proportionality, called the real truth and its related technology genetic / scientific truth and deeper details of the characteristics, structure and function of DNA. Also, addressing himself particulars relating bodily interventions, the evaluation of scientific evidence and the free-motivated conviction of the judge. Finally, treated of aspects involving the constitutionality and the proportionality of Law n? 12.654/12 - Law of criminal genetic identification - but also, its vicissitudes and gaps, pointing to the consequences that this legislative product can lead this historic moment Brazilian criminal procedure. / O presente trabalho, desenvolvido na ?rea de concentra??o Sistema Penal e Viol?ncia, na linha de pesquisa Sistemas Jur?dico-Penais Contempor?neos, ambiciona analisar o emprego do DNA no processo penal brasileiro. Divide-se a abordagem do objeto em tr?s partes na perspectiva da verdade, da ci?ncia e do processo, discutindo pontos como as regras do jogo no processo penal, o direito de defesa, pontos caracter?sticos da proporcionalidade, a chamada verdade real e sua tecnol?gica correlata verdade gen?tica/cient?fica, bem como detalhes mais aprofundados das caracter?sticas, estrutura e fun??o do DNA. Tamb?m, abordam-se particularidades atinentes as interven??es corporais, a valora??o da prova cient?fica e o livre convencimento motivado do julgador. Por ?ltimo, tratou-se de aspectos envolvendo a constitucionalidade e a proporcionalidade da Lei n?12.654/12, - lei de identifica??o gen?tica criminal - como tamb?m, suas vicissitudes e lacunas, assinalando para as consequ?ncias que este produto legislativo pode acarretar neste momento hist?rico processual penal brasileiro.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-05-14T11:12:13Z No. of bitstreams: 1 468517 - Texto Completo.pdf: 6892081 bytes, checksum: c5aa659f71c5093d831d4810c3ab482c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-14T11:12:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 468517 - Texto Completo.pdf: 6892081 bytes, checksum: c5aa659f71c5093d831d4810c3ab482c (MD5) Previous issue date: 2014-08-27 / The understanding of gene function in the externally visible characteristcs (EVC) expression has several uses in human population evolution studies or in forensic investigations. To this last, some effort has been done to discover an efficient and easy model for prediction of skin and eye color in humans. The obvious advantage of the prediction of such EVCs through the use of DNA is to be incorporated as routine in forensic labs and to be applied to police investigations. In our study we combined the genotyping of eight SNPs in pigment-related genes (rs4778138 - OCA2; rs12913832 - HERC2; rs16891982 - SLC45A2; rs8045560 - MC1R; rs1426654 - SLC24A5; rs2733832 - TYRP1; rs1042602 - TYR; rs916977 - HERC2) with different analytical approaches. Considering this SNP panel we evaluated allele frequencies from HAPMAP and ALFRED data obtained from subjects with High Melanin Content (HMC; from African populations), and Low Melanin Content (LMC; from European populations) and defined the alleles H (to predict HMC subjects) and alleles L (to predict LMC subjects). The cumulative distribution of alleles H and alleles L in two phenotypically different color groups of 134 South Brazilian subjects showed that 82% of HMC subjects (N = 61) had eight or more allele H and 100% of LMC subjects (N = 73) had less than eight allele H, with accuracy value of 96.3%. We performed other analyses using AUC (Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve), PGL (Calculation of Pathway Genetic Load), and GP (Genetic Probability) approaches. The AUC was 0.99 in predicting both HMC and LMC phenotypes; PGL showed the eight SNPs panel had 93% of concordance between genotype and HMC or LMC phenotypes; and GP approach showed 91% of concordance between prediction and HMC or LMC phenotypes. Our high-throughput genotyping technology combined with different analytical approaches reached very high accuracy to predict the extreme phenotypes of human pigmentation. We believe this forensic DNA phenotyping (FDP) technique would be particularly useful in cases in which the genetic profiles of crime scenes were not found in the DNA data banks or to help classify degraded cadavers skeletons, or biological clues of dismissed people. / A compreens?o da fun??o e express?o dos genes envolvidos nos tra?os externamente vis?veis (EVC; do ingl?s externally visible characteristics) t?m sido amplamente utilizada em v?rios estudos de evolu??o humana e investiga??es forenses. Para este ?ltimo prop?sito, v?rios esfor?os t?m sido feitos para descobrir um modelo eficiente e f?cil para a predi??o da cor da pele e dos olhos em seres humanos. A vantagem ?bvia da predi??o de tais EVCs, atrav?s da utiliza??o do DNA, ? sua incorpora??o na rotina em laborat?rios forenses, sendo assim aplicada em investiga??es policiais. Em nosso estudo, relacionamos o gen?tipo de oito SNPs em genes relacionados com a pigmenta??o (rs4778138 - OCA2; rs12913832 - HERC2; rs16891982 - SLC45A2; rs8045560 - MC1R; rs1426654 - SLC24A5; rs2733832 - TYRP1; rs1042602 - TYR; rs916977 - HERC2) com diferentes abordagens anal?ticas. Este painel de SNPs considerou as frequ?ncias al?licas obtidas de dados do HapMap e Alfred a partir de indiv?duos com Alto Conte?do de Melanina (HMC; do ingl?s High Melanin Content; a partir de popula??es africanas), e Baixo Conte?do de Melanina (LMC; do ingl?s Low Melanin Content; a partir de popula??es europeias) e definiu os alelos H (para predizer os HMC) e alelos L (para predizer os LMC). A distribui??o cumulativa dos alelos H e L nos dois grupos com caracter?sticas de pigmenta??o fenotipicamente distintas, dos 134 indiv?duos da nossa popula??o, mostrou que 82% dos indiv?duos HMC (N = 61) tinham oito ou mais alelos H e 100% dos indiv?duos de LMC (N = 73) tinham menos de oito alelo H, com o valor de precis?o de 96,3%. Outras abordagens como AUC (do ingl?s; Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve), c?lculo de PGL (do ingl?s; Pathway Genetic Load) e GP (do ingl?s; Genetic Probability) foram realizadas. A an?lise AUC foi de 0,99 tanto para a predi??o fenot?pica dos HMC quanto LMC; as an?lises PGL, para o painel com 8 SNPs, teve 93% de concord?ncia gen?tipo-fen?tipo nos HMC ou LMC; e a abordagem GP mostrou 91% de concord?ncia para predi??o dos fen?tipos HMC e LMC. Nossa tecnologia de genotipagem de alto rendimento, combinada com diferentes abordagens anal?ticas, chegou a uma precis?o muito alta para predizer os fen?tipos extremos de pigmenta??o humana. Acreditamos que esta t?cnica de fenotipagem forense pelo DNA (FDP; do ingl?s forensic DNA phenotyping), seria particularmente ?til nos casos em que os perfis gen?ticos de locais de crime n?o fossem encontrados no bancos de dados de DNA ou para ajudar a classificar cad?veres degradados, esqueletos, ou vest?gios biol?gicos de pessoas desaparecidas.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-07-15T14:17:46Z No. of bitstreams: 1 472306 - Texto Completo.pdf: 801698 bytes, checksum: 626a3d4510251f50c8f5b4a071c6c979 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-15T14:17:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 472306 - Texto Completo.pdf: 801698 bytes, checksum: 626a3d4510251f50c8f5b4a071c6c979 (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / Insular populations have always been the subject of interest for ecological and genetic studies. The insular Cavia intermedia is one of the rarest mammals in the world, with an average census size of about 40 individuals, corroborated by an extremely low genetic diversity and effective population size (Ne). Here, we used restricted site-associated DNA sequencing (RAD-seq) to obtain genome wide sequence data of C. intermedia and its continental sister species, C. magna to study their molecular diversity and demographic history. We have generated approximately 10 millions of useable reads of 300 bp for 20 individuals each of both species. However, both using the Cavia porcellus draft genome as a reference or de novo approaches and applying stringent filters for quality and missing data, only about a hundred loci could be used. This final dataset generated widely different molecular diversity and divergence time values between methods of analyses, some compatible with the previous studies (e.g., Ne ~60 for C. intermedia) but some with significantly larger values. We suggest that to obtain a high quality and very informative dataset it would be necessary to significantly increase the sequence data as well as apply other assembly approaches. / Popula??es insulares sempre tem sido objeto de interesse para estudos gen?ticos e ecol?gicos. A esp?cie insular Cavia intermedia ? um dos mam?feros mais raros no mundo, com um tamanho de censo populacional de aproximadamente 40 indiv?duos, corroborado por uma diversidade gen?tica e tamanho populacional efetivo (Ne) extremamente baixos. Aqui, n?s usamos sequenciamento de DNA associado a s?tios de restri??o (no ingl?s, RAD-seq) para obter dados de sequencias ao longo do genoma de C. intermedia e sua esp?cie-irm? continental, C. magna, para estudar sua diversidade molecular e hist?ria demogr?fica. N?s geramos um total de 10 milh?es de reads de 300 bp para 20 indiv?duos de cada esp?cie. Entretanto, mesmo usando o genoma de Cavia porcellus como refer?ncia ou abordagem de novo e aplicando filtros rigoroso para qualidade e dados faltantes, apenas uma centena de loci puderam ser usados. Este conjunto final de dados gerou valores de diversidade molecular e tempo de diverg?ncia amplamente diferentes entre os m?todos de an?lise, alguns compat?veis com estudos anteriores (e.g., Ne ~60 para C. intermedia) mas alguns com valores significativamente maiores. N?s sugerimos que para obter um conjunto de dados de alta qualidade e muito informativo seria necess?rio aumentar significativamente os dados de sequ?ncia bem como aplicar outras abordagens de montagem.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-08-24T11:48:55Z No. of bitstreams: 1 473894 - Texto Completo.pdf: 1659057 bytes, checksum: 383308bc4b42bc590384f39d9acfbe42 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-24T11:48:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 473894 - Texto Completo.pdf: 1659057 bytes, checksum: 383308bc4b42bc590384f39d9acfbe42 (MD5) Previous issue date: 2015-03-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The Galapagos fur seal, Arctocephalus galapagoensis, shows one of the most restricted species distribution range under the Otariidae family, with its distribution restricted to northwest of Galapagos Islands. Among the major threats to the conservation of Galapagos fur seals was the exploitation, that almost drove the species to extinction in the early nineteenth century due to the high economic and subsistence value of its skin and blubber. Currently, the species faces frequents events of El Ni?o that affect the base of the food chain in the equatorial Pacific Ocean, consequently the predatory and top predatory species like the fur seals. Both hunting and El Ni?o events led the species to Red List of Endangered Species of International Union for Conservation of Nature, indicating a ?50% of population in the last 30 years. However, until now, there are no studies related to conservation problems and genetic variability and how genetic variability is represented in the space along the distribution range of Galapagos fur seal. To access the information about genetic diversity, population structure and demographic oscillation as well as how genetic variability is represented in the space we used molecular techniques applying two kinds of markers: a mitochondrial marker (control region, maternal inheritance) and nuclear marker (18 microsatellites loci, bi parental inheritance). The fur seals were sampled in the three major Galapagos fur seals colonies: Cape Hammond (Fernandina Island), Banks Bay (Isabela Island) and Cape Marshall (Isabela Islands). Our results showed that there is a strong female natal fidelity with 33.9% of mtDNA occurring among partitioned colonies. In this sense, this natal philopatry, was converted in fine-scale matrilineal population structure. In the other hand, the population structure inferred by nuclear loci was week. This suggests that males are the main responsible by gene flow among sampled localities, even in a highly mobile species like Galapagos fur seal. Here we discuss the importance of natal philopatry and fine-scale matrilineal population structure of Galapagos fur seal species and their implications for management and conservation in the one of the most representative wildlife sanctuaries, the Galapagos archipelago. / O lobo-marinho-de-Gal?pagos, Arctocephalus galapagoensis, apresenta uma das mais restritas distribui??es geogr?ficas dentro da fam?lia Otariidae, distribuindo-se especialmente ? regi?o noroeste das Ilhas Gal?pagos. Entre as principais amea?as ? conserva??o da esp?cie est? a ca?a, respons?vel pela quase extin??o da esp?cie no in?cio do s?culo XIX, devido ao alto valor econ?mico e de subsist?ncia da pele e gordura destes animais; e tamb?m os recorrentes eventos do fen?meno El Ni?o, o qual afeta toda a base da cadeia tr?fica do Pac?fico equatorial e, por consequ?ncia, as esp?cies predadoras e de topo de cadeia tr?fica como o lobo-marinho-de-Gal?pagos. Tanto a ca?a, quanto os recorrentes eventos de El Ni?o, levaram a esp?cie ? Lista Vermelha de Esp?cies Amea?adas de Extin??o da Uni?o Internacional para a Conserva??o da Natureza (do ingl?s IUCN), indicando que houve ?50% de redu??o populacional observada nos ?ltimos 30 anos. No entanto, at? o momento, n?o h? estudos que verificaram poss?veis efeitos dos problemas mencionados sobre a variabilidade gen?tica da esp?cie, nem como esta variabilidade est? representada espacialmente ao longo da ?rea de distribui??o do lobo-marinho-de-Gal?pagos. Para obter as informa??es de diversidade gen?tica, estrutura??o populacional e para verificar poss?veis oscila??es demogr?ficas, bem como verificar como a variabilidade est? distribu?da no espa?o n?s utilizamos de t?cnicas moleculares, aplicando o uso de dois tipos de marcadores de DNA: um mitocondrial (mtDNA - de heran?a exclusivamente materna), atrav?s da aplica??o de parte da regi?o controladora, e outro nuclear (heran?a bi-parental), atrav?s da aplica??o de 18 loci de microssat?lites de DNA em amostras coletadas nas tr?s maiores col?nias da esp?cie: Cabo Hammond (Ilha Fernandina), Ba?a Banks (Ilha Isabela) e Cabo Marshall (Ilha Isabela). Verificamos com nossos resultados que mesmo as col?nias analisadas estando distante cerca de 70 Km h? uma forte fidelidade das f?meas ao s?tio de nascimento, com 33,9% da varia??o no mtDNA estando particionada entre col?nias. Por outro lado, a estrutura populacional inferida atrav?s dos loci nucleares foi fraca. Nossos resultados al?m de mostrar uma forte fidelidade das f?meas ao s?tio de nascimento, mostrou que os machos s?o os principais respons?veis pelo fluxo g?nico e que a fidelidade ao s?tio de nascimento das f?meas pode ser convertida em estrutura??o gen?tica espacial em fina escala, mesmo em esp?cies que apresentam alta capacidade de deslocamento como ? o caso de diversas esp?cies de pin?pedes e, em especial, o lobo-marinho-de-Gal?pagos. Neste sentido, discutimos tamb?m neste estudo a import?ncia da filopatria natal e consequente estrutura??o gen?tica em fina escala para o manejo e conserva??o do lobo-marinho-de-Gal?pagos, neste que um dos maiores e mais representativos santu?rios da vida silvestre, o arquip?lago de Gal?pagos.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-11-27T13:31:20Z No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-27T13:31:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The hoary fox (Lycalopex vetulus) is the smallest Brazilian canid and an endemic species of the Cerrado biome, including adjacent transitional areas harboring open habitats. Recent studies reported some evidence suggesting a potential hybridization process between L. vetulus and L. gymnocercus in a contact zone that has likely been formed recently. Using microsatellite and mtDNA markers, we investigated the influence of historical processes on the population structure of L. vetulus, as well as the occurrence of hybridization between this species and L. gymnocercus. For these purposes, tissue and blood samples from animals representing most of the hoary fox distribution were obtained (n = 61), as well as from L. gymnocercus (n = 30) sampled in their contact zone and adjacent areas. Our results showed high levels of genetic diversity for L. vetulus (haplotype diversity: Hd = 0.98 and expected heterozygosity: He = 0.81) and different population scenarios with each of the molecular marker types, suggesting male-mediated gene flow. We also observed a south-north partition, with no haplotype sharing between these regions. This pattern is similar to the one observed in a sympatric canid (Cerdocyon thous) and in various other Atlantic Forest vertebrates, raising the hypothesis that species occurring in open habitats may undergo equivalent vicariant processes. Six individuals caught in the contact zone showed signs of mixing with L. gymnocercus in the composition of their microsatellite genotypes, five of which presenting introgressed mtDNA haplotypes from the same species. These results support the inference of hybridization between these canids, likely induced by anthropogenic effects (i.e. deforestation in the Atlantic Forest). Our study illustrates how the fragmentation and alteration of natural habitats can play an important role in the genetic composition of wild populations, and should provide useful data for the design of conservation strategies on behalf of both species. / A raposinha-do-campo (Lycalopex vetulus) ? o menor dos can?deos brasileiros sendo end?mica do bioma Cerrado, por?m podendo ser encontrada tamb?m em ?reas de transi??o adjacentes. Estudos recentes investigaram as rela??es filogen?ticas entre as esp?cies do g?nero Lycalopex e indicaram que L. vetulus ? a esp?cie mais basal deste grupo, cuja diversifica??o ocorreu h? apenas 1 milh?o de anos. Al?m disso, obtiveram evid?ncias que sugerem a ocorr?ncia de um potencial processo de hibrida??o entre L. vetulus e L. gymnocercus em uma zona de contato rec?m-formada. Usando dados de microssat?lites e DNA mitocondrial, investigamos a influ?ncia dos processos hist?ricos nos padr?es de estrutura populacional de L. vetulus, bem como a ocorr?ncia de hibrida??o entre esta esp?cie e L. gymnocercus. Com este objetivo, foram obtidas amostras de tecido e sangue provenientes de animais que representam a maior parte da distribui??o de L. vetulus (n = 61), bem como amostras de L. gymnocercus (n = 30) oriundas da zona de contato entre ambas as esp?cies e ?reas adjacentes. Nossos resultados mostraram altos n?veis de diversidade gen?tica para L. vetulus (diversidade haplot?pica: Hd = 0,98 e heterozigosidade esperada: He = 0,81) e diferentes cen?rios populacionais de acordo com o marcador molecular utilizado, o que sugere um fluxo g?nico influenciado pelos machos e filopatria das f?meas. Observou-se tamb?m uma parti??o norte-sul entre dois grupos filogeogr?ficos, n?o existindo o compartilhamento de hapl?tipos entre essas regi?es. Este padr?o ? semelhante ao observado em outra esp?cie simp?trica de can?deo (Cerdocyon thous) e em v?rios outros vertebrados da Floresta Atl?ntica, levantando a hip?tese de que tamb?m esp?cies que ocorrem em habitats abertos possam ser afetadas por processos vicariantes equivalentes. Seis indiv?duos capturados na zona de contato mostraram sinais de mistura com L. gymnocercus na composi??o de seu gen?tipo, com cinco destes apresentando hapl?tipos de mtDNA compartilhados. Estes resultados suportam a exist?ncia de hibrida??o entre estas esp?cies, provavelmente induzida por efeitos antropog?nicos (desmatamento na Mata Atl?ntica). Nosso estudo ilustra como a fragmenta??o e a altera??o de habitats naturais pode afetar a constitui??o gen?tica de popula??es nativas, fornecendo dados ?teis para o delineamento de estrat?gias de conserva??o para as duas esp?cies.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T17:33:41Z No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T17:33:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T17:33:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) Previous issue date: 2017-03-10 / The bees give a great contribution in maintaining genetic variability of plants from the Cerrado. Tabebuia aurea is a species of the family Bignoniaceae typical of the Cerrado, having large sized bees as its main pollinator. The dispersal of pollen by bees has been well-studied and genomic techniques can facilitate this type of study. This work aimed to develop strategies for the extraction and amplification of DNA from pollen grains of Tabebuia aurea. For this purpose, we collected pollen grains of bee legs caught in Parque Nacional de Bras??lia ??? DF, which subsequently underwent two different techniques of WGA (Whole Genome Amplification). The WGA amplification products were used to amplify 15 microsatellite loci, which were used for characterization of the genetic diversity of the pollen grains. The amplified fragments were separated by capillary electrophoresis in an automatic sequencer and the results were analyzed using the program Geneious. Twenty-two trees were evaluated and the characterization of the allelic diversity was held for groups of pollen grains, each containing 20 grains, from 31 bees; single pollen grains were also evaluated. The WGA technique OmnPlex was the one that produced the largest amount of genomic DNA allowing the amplification of different microsatellite loci. Using the DNA obtained by this technique as a template, all groups of pollen grains showed high rate of polymorphism with 10 or more alleles per locus. In addition, it was observed that most of the bees carry pollen from only one donor, indicating that bees remain for a long time in the same tree. / As abelhas d??o uma grande contribui????o na manuten????o da variabilidade gen??tica de plantas do Cerrado. Tabebuia aurea ?? uma esp??cie da fam??lia Bignoniaceae, t??pica do Cerrado, tendo as abelhas de grande porte como seu principal polinizador. A dispers??o de gr??os de p??len por abelhas vem sendo bastante estudada e as t??cnicas da gen??mica podem facilitar esse tipo de estudo. Este trabalho teve como objetivo desenvolver estrat??gias para a extra????o e amplifica????o de DNA de gr??os de p??len de Tabebuia aurea. Para isto, foram coletados gr??os de p??len das patas de abelhas capturadas no Parque Nacional de Bras??lia ??? DF, que posteriormente foram submetidos a duas t??cnicas diferentes de WGA (Whole Genome Amplification). Os produtos da amplifica????o WGA foram utilizados para amplificar 15 locos microssat??lites, os quais foram usados para caracteriza????o da diversidade al??lica dos gr??os de p??len. Os fragmentos amplificados foram separados por eletroforese capilar em um sequenciador autom??tico e os resultados foram analisados utilizando o programa Geneious. Foram avaliadas 22 ??rvores e a caracteriza????o da diversidade al??lica foi realizada para conjuntos de gr??os de p??len, cada um contendo 20 gr??os, provenientes de 31 abelhas; foram avaliados tamb??m gr??os de p??len ??nicos. A t??cnica WGA OmnPlex foi aquela que produziu a maior quantidade de DNA gen??mico permitindo a amplifica????o espec??fica dos diferentes locos microssat??lites. Utilizando o DNA obtido por essa t??cnica como molde, todos os grupos de gr??os de p??len apresentaram alta taxa de polimorfismo com 10 ou mais alelos por loco, al??m disso, observou-se que a maioria das abelhas carregavam gr??os de p??len de apenas um doador, indicando que as abelhas permanecem por muito tempo em uma mesma ??rvore.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2018-04-10T13:05:43Z No. of bitstreams: 1 FabioCorreiaCarneiroDissertacao2018.pdf: 2306587 bytes, checksum: ed2572dbb41a30ee1c54682a411c833d (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2018-04-10T13:06:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FabioCorreiaCarneiroDissertacao2018.pdf: 2306587 bytes, checksum: ed2572dbb41a30ee1c54682a411c833d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-10T13:06:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FabioCorreiaCarneiroDissertacao2018.pdf: 2306587 bytes, checksum: ed2572dbb41a30ee1c54682a411c833d (MD5) Previous issue date: 2018-02-20 / Protease inhibitors have a broad biotechnological application, which goes since the development of several drugs to your utilization as a bioinsecticide, antifungal and as an antibacterial agent. However, those are found in small quantities in their natural sources, which unfeasible it utilization in industrial scale. Therefore, the heterologous production ends up as a method that allows the increase of scale production of those proteins. The Inga laurina Trypsin Inhibitor (ILTI) previously characterized showed an inhibitory effect in proteases extracted from the midgut of insects, besides reducing its larval developments by up to 84%, therefore, boing a candidate to be used as a potential bioinsecticide. Thus, the present work aimed at the heterologous production of ILTI in Komagataella phaffii (Pichia pastoris), followed by the optimization of the culture modes in a bioreactor with the objective of maximizing the production of the recombinant protein. For this, the gene that codifies ILTI were cloned in the expression vector pPIC9K, followed by your insertion on the strain GS115 by electroporation. PCR analysis showed that the recombinant vector was integrated into the genome of the yeast, and all the clones obtained had MutS genotype. The expression was performed for 96 hours by adding 0.5% methanol. An analysis of the proteins on the supernatant of the recombinant strain culture, by SDS-PAGE, confirmed the production of a protein with a size close to 20 KDa. Data from MALDI-TOF confirmed that the obtained protein is, in fact, the recombinant ILTI. Furthermore, inhibitory assays showed that the produced protein had activity against trypsin. Thus, culture in bioreactors was performed to optimize the production of this heterologous protein. In order to increase its expression, fed-batch was performed where on the batch phase the biomass production was favored, and the feeding phase was programmed to continuously supply methanol, based on the methanol specific consumption and its specific growth velocity, using methanol as carbon source. During the fermentations, 351.27 UIT were obtained in the extract of crude fermentation broth, and a specific activity of 2.07 UIT/mg protein. Although widely used as a host for the production of heterologous proteins, studies of the production of protease inhibitors in K. phaffii are still very limited. Until the moment, there is no report in the optimization of the production of serine protease inhibitors in K. phaffii, making this study pioneering and essential for the beginning of scaling up the process of this technology. / Os inibidores de protease possuem uma ampla aplica????o biotecnol??gica que vai desde o desenvolvimento de diversos f??rmacos at?? sua utiliza????o como bioinseticidas, antif??ngicos e como agentes antibacterianos. Por??m, estes s??o encontrados em pequenas quantidades nas suas fontes naturais, o que inviabiliza sua utiliza????o em escala industrial. Sendo assim, a produ????o heter??loga acaba sendo um m??todo que permite o aumento da escala de produ????o dessas prote??nas. O inibidor de tripsina de Inga laurina (ILTI) foi caracterizado previamente e mostrou possuir efeito inibit??rio em proteases extra??das do trato digestivo de insetos, al??m de diminuir em at?? 84% seu desenvolvimento larval, sendo, portanto, um candidato a ser utilizado como um poss??vel bioinseticida. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo a produ????o heter??loga do inibidor ILTI, em Komagataella phaffii (Pichia pastoris), seguido da otimiza????o dos modos de cultivo em biorreator com o objetivo de maximizar a produ????o da prote??na recombinante. Para isso, o gene que codifica o ILTI foi clonado no vetor de express??o pPIC9K seguindo de sua inser????o na cepa GS115 por eletropora????o. An??lises de PCR mostraram que o vetor recombinante foi integrado ao genoma da levedura e que todos os clones obtidos possu??am gen??tipo MutS. A indu????o da express??o foi realizada durante 96 horas por meio da adi????o de metanol ?? 0,5%. A an??lise de prote??nas presentes no sobrenadante da cultura da cepa recombinante, por meio de SDS-PAGE, confirmou a produ????o de uma prote??na com tamanho pr??ximo a 20 KDa. Dados obtidos em MALDI-TOF confirmaram que a prote??na obtida ?? de fato ILTI recombinante. Al??m disso, ensaios inibit??rios mostraram que a prote??na produzida possui atividade contra tripsina. Dessa forma, cultivo em biorreatores foram realizados com a finalidade de otimizar a produ????o dessa prote??na heter??loga. A fim de aumentar sua express??o foram realizadas bateladas alimentadas, onde durante a fase de batelada foi favorecida a produ????o de biomassa, e a fase de alimenta????o programada para fornecer metanol de forma cont??nua, com base nos dados de velocidade espec??fica de consumo de metanol e velocidade de crescimento espec??fica nesta fonte de carbono. Ao longo das fermenta????es realizadas foi obtido 351,27 UIT no extrato bruto do caldo fermentado e uma atividade espec??fica de 2,07 UIT/mg de prote??na. Apesar de ser amplamente utilizada como hospedeira para a produ????o de prote??nas heter??logas, estudos da produ????o de inibidores em K. phaffii ainda s??o muito limitados. At?? o momento n??o existem relatos de otimiza????o da produ????o de inibidores de serinoproteases em K. phaffii, sendo esse estudo pioneiro e essencial para o in??cio do processo de escalonamento dessa tecnologia.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2018-04-16T14:40:02Z No. of bitstreams: 1 FernandaNomiyamaFigueiredoDissertacao2018.pdf: 2178476 bytes, checksum: 23f38c14567d00ff189eaef20f904495 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2018-04-16T14:40:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FernandaNomiyamaFigueiredoDissertacao2018.pdf: 2178476 bytes, checksum: 23f38c14567d00ff189eaef20f904495 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-16T14:40:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandaNomiyamaFigueiredoDissertacao2018.pdf: 2178476 bytes, checksum: 23f38c14567d00ff189eaef20f904495 (MD5) Previous issue date: 2018-03-06 / Klebsiella pneumoniae is one of the main bacterial agents that may cause infections related to health care assistance. K. pneumoniae frequently carries the resistance gene K. pneumoniae carbapenemase (KPC). Currently, tigecycline can be considered one of the last therapeutic options for KPC, but reports of tigecycline-resistant KPC isolates are on the rise, being indicated as most common mechanism the increased AcrAB-TolC efflux pump system expression. However, molecular tigecycline resistance mechanisms associated to AcrAB-TolC still remains obscure. Thus, the main goal of this study was to verify if tigecycline resistance can be related to the presence of mutations in the regulatory genes of AcrAB-TolC, AcrR and RamR. Therefore, 32 K. pneumoniae isolates were used, identification and antibiogram performed using Vitek 2 systems. The minimum inhibitory concentrations were confirmed using E-test. Primers were designed in order to verify mutations within AcrR and RamR genes. PCR analysis showed that the mutations found within these genes were transversions (94% for AcrR and 90% for RamR) and transitions (6% for AcrR and 10% for RamR). Nevertheless among the mutations, no distinction between tigecycline susceptible and resistant isolates was found. Some of the transversions caused change in the amino acid encoding 6 in AcrR and 15 in RamR. Presence of these types of mutations evaluation can be seen as the first bacterial resistance study step, as it may be caused by oxidative damage for bacterial DNA, frequently caused by antibiotic selective pressure. Tigecycline resistance found in this study`s clinical isolates may be associated to alterations in another genes that can trigger mechanisms associated to this antibiotic. / Klebsiella pneumoniae consiste em um dos principais agentes bacterianos causadores de infec????es relacionadas ?? assist??ncia ?? sa??de (IRAS). K. pneumoniae carrega frequentemente o gene de resist??ncia K. pneumoniae carbapenemase (KPC). Atualmente, a tigeciclina pode ser considerada uma das ??ltimas op????es terap??uticas para KPC, mas os relatos de isolados de KPC resistentes a tigecilina est??o em ascens??o, sendo a hiperexpress??o da bomba de efluxo AcrAB-TolC indicado como mecanismo mais comum. No entanto, os mecanismos moleculares de resist??ncia ?? tigeciclina associada ao AcrAB-TolC permanecem obscuros. Desta forma o objetivo deste trabalho foi verificar se a resist??ncia a tigeciclina pode estar relacionada ?? presen??a de muta????es nos genes ArcR e RamR, reguladores de AcrAB-TolC. Para tanto, 32 isolados de K. pneumoniae foram utilizados, sendo a identifica????o e o antibiograma feitos utilizando o sistema Vitek 2. A confirma????o das concentra????es inibit??rias m??nimas (CIMs) foram realizadas por E-test. Iniciadores foram desenhados para verifica????o de muta????es nos genes (AcrR e RamR). As an??lises por PCR mostraram que as muta????es encontradas nos genes AcrR e RamR foram substitui????es por transvers??o (94% e 90% para AcrR e RamR respectivamente) e transi????o (6% e 10% para AcrR e RamR respectivamente), por??m n??o foi identificada distin????o da presen??a de muta????es entre isolados sens??veis e resistentes a tigeciclina. Algumas tranvers??es ocasionaram mudan??a na codifica????o do amino??cido, sendo 6 em AcrR e 15 em RamR. A avalia????o da presen??a desses tipos de muta????es consiste em um primeiro passo para o estudo da resist??ncia bacteriana, j?? que pode ser causada por dano oxidativo ao DNA bacteriano, frequentemente ocasionado por press??o seletiva dos antibi??ticos. A resist??ncia a tigeciclina encontrada nos isolados cl??nicos do presente estudo, provavelmente pode estar associada a altera????es em outros genes desencadeadores de mecanismos de resist??ncia a tigeciclina.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 400369.pdf: 971329 bytes, checksum: 1483a37f92af0668689b279951d26ae3 (MD5) Previous issue date: 2008-03-24 / A principal ?rea de reprodu??o das baleias jubarte no Oceano Atl?ntico Sul Ocidental est? no Banco dos Abrolhos, na costa brasileira. A diversidade gen?tica e a hist?ria demogr?fica da popula??o de jubartes brasileiras de duas localidades geogr?ficas (Banco dos Abrolhos, n = 235; Praia do forte, n = 39) foi investigada usando dez locos de microssat?lites. Microssat?lites foram tamb?m usados para avaliar a exist?ncia de diferencia??o gen?tica entre essa popula??o e duas baleias da ilha Ge?rgia do Sul. A popula??o brasileira apresentou um alto n?vel de diversidade al?lica (A = 12.1) e uma elevada heterozigosidade m?dia observada (HO = 0.735), de acordo com outras ?reas de reprodu??o estudadas no Hemisf?rio Sul. Apesar da popula??o brasileira de baleias jubarte ter sido reduzida durante a ca?a comercial bottleneck gen?tico n?o foi detectado com os diferentes procedimentos usados. Nossos dados n?o evidenciaram uma diferencia??o temporal ao longo dos anos e diferencia??o gen?tica entre as baleias das duas localidades da ?rea de reprodu??o brasileira e entre essas jubartes e aquelas duas da ilha Ge?rgia do Sul n?o foi encontrada. Em adi??o, uma f?mea amostrada nas proximidades da ilha Ge?rgia do Sul apresentou uma poss?vel rela??o m?e-filha com uma f?mea do banco dos Abrolhos. Os dados obtidos atrav?s desse estudo n?o forneceram evid?ncia para associa??o baseada em parentesco dentro dos grupos sociais. Nossos resultados suportam a homogeneidade gen?tica da popula??o brasileira de baleias jubarte e corrobora os dados de DNA mitocondrial, que sugerem a regi?o das ilhas Ge?rgia do Sul/Sandu?che do Sul como principal ?rea de alimenta??o para essa popula??o.