Les méthodes classiques d'analyse d'images satellites sont inadaptées au volume actuel du flux de données. L'automatisation de l'interprétation de ces images devient donc cruciale pour l'analyse et la gestion des phénomènes observables par satellite et évoluant dans le temps et l'espace. Ce travail vise à automatiser la cartographie dynamique de l'occupation du sol à partir d'images satellites, par des mécanismes expressifs, facilement interprétables en prenant en compte les aspects structurels de l'information géographique. Il s'inscrit dans le cadre de l'analyse d'images basée objet. Ainsi, un paramétrage supervisé d'un algorithme de segmentation d'images est proposé. Dans un deuxième temps, une méthode de classification supervisée d'objets géographiques est présentée combinant apprentissage automatique par programmation logique inductive et classement par l'approche multi-class rule set intersection. Ces approches sont appliquées à la cartographie de la bande côtière Guyanaise. Les résultats démontrent la faisabilité du paramétrage de la segmentation, mais également sa variabilité en fonction des classes de la carte de référence et des données d'entrée. Les résultats de la classification supervisée montrent qu'il est possible d'induire des règles de classification expressives, véhiculant des informations cohérentes et structurelles dans un contexte applicatif donnée et conduisant à des valeurs satisfaisantes de précision et de KAPPA (respectivement 84,6% et 0,7). Ce travail de thèse contribue ainsi à l'automatisation de la cartographie dynamique à partir d'images de télédétection et propose des perspectives originales et prometteuses. / Classical methods for satellite image analysis are inadequate for the current bulky data flow. Thus, automate the interpretation of such images becomes crucial for the analysis and management of phenomena changing in time and space, observable by satellite. Thus, this work aims at automating land cover cartography from satellite images, by expressive and easily interpretable mechanism, and by explicitly taking into account structural aspects of geographic information. It is part of the object-based image analysis framework, and assumes that it is possible to extract useful contextual knowledge from maps. Thus, a supervised parameterization methods of a segmentation algorithm is proposed. Secondly, a supervised classification of geographical objects is presented. It combines machine learning by inductive logic programming and the multi-class rule set intersection approach. These approaches are applied to the French Guiana coastline cartography. The results demonstrate the feasibility of the segmentation parameterization, but also its variability as a function of the reference map classes and of the input data. Yet, methodological developments allow to consider an operational implementation of such an approach. The results of the object supervised classification show that it is possible to induce expressive classification rules that convey consistent and structural information in a given application context and lead to reliable predictions, with overall accuracy and Kappa values equal to, respectively, 84,6% and 0,7. In conclusion, this work contributes to the automation of the dynamic cartography from remotely sensed images and proposes original and promising perpectives

Les forêts tropicales représentent un ‘hotspot’ de diversité avec un nombre considérable d’espèces qui coexistent jusqu’à une échelle locale fine. Plus particulièrement, 16 000 espèces d’arbres coexistent en Amazonie, 1 800 en Guyane française et entre 120 et plus de 200 espèces d’arbres par hectare. Cependant, le maintien de cette diversité face aux changements globaux actuels et à venir (qu’ils soient anthropiques ou climatiques…) est incertain. Avant de pouvoir prédire l’évolution de la diversité face aux changements globaux, un travail fondamental est nécessaire afin de comprendre les processus d’assemblage des communautés, processus qui maintiennent cette diversité. Ce travail est réalisé depuis de nombreuses années en écologie et reste d’actualité vu l’absence de consensus quant à l’importance relative des processus d’assemblage. Cette thèse s’inscrit dans la continuité de ce travail fondamental en utilisant une approche intégrative innovante, qui aborde de manière multi-échelle trois types de diversité : diversité taxonomique, fonctionnelle et phylogénétique. Nos résultats questionnent sur l'importance du filtrage environnemental quant aux propriétés hydrologiques et chimiques des sols, et sur celle des interactions biotiques dans l’assemblage de la communauté étudiée. Par ailleurs, nos résultats suggèrent que les distributions d’espèces puissent être influencées par la dynamique forestière en lien avec les chutes d’arbres et donc avec la disponibilité en lumière. Enfin, nous avons mis en évidence l’importance de la limitation de dispersion. / Tropical forests are a biodiversity hotspot, with the coexistence of numerous species until a fine spatial scale. Particularly, 16.000 tree species coexist in Amazonia, 1.800 in Frenche Guiana and between 120 and more than 200 tree species per hectare. However, there are some uncertainties in maintaining diversity in regard to global changes. Hence before predicting the diversity evolution face of global changes, fundamental studies are needed to understand which assembly processes are involved in the maintenance of diversity. These fundamental studies still relevant given the lack of consensus on the relative importance of assembly processes. This thesis is a continuation of these fundamental studies, using innovative integrative approach, at multi-scale, to address three types of diversity: taxonomic diversity, functional and phylogenetic. Our results challenge the importance of environmental filtering for hydrological and chemical properties of soils, versus the importance of biotic interactions on community assembly. Furthermore, our results suggest that species distributions could be affected by forest dynamics related to falling trees and therefore by light availability. Finally, we have highlighted the importance of dispersal limitation on community assembly.

La ressource forestière en Guyane occupe une place maîtresse au sein de la région et est encore majoritairement préservée, mais la filière bois parvient difficilement à valoriser la biodiversité locale en raison de l’hétérogénéité de la ressource. Identifier les essences à planter demain représente aujourd’hui un enjeu à la fois environnemental, économique et social pour la Guyane. Bagassa guianensis Aubl. et Cordia alliodora (Ruiz & Pav.) Oken. vont à l’encontre des modèles usuels en associant vitesse de croissance et qualité du bois et sont identifiées comme prometteuses pour la plantation. Dans un premier temps, l’étude de la dynamique de croissance des deux espèces révèle un modèle écologique singulier, à la fois pionnières et longévives. La variabilité de l’infradensité dans l’arbre est l’élément clé qui permet un tel développement, favorisant une croissance rapide dans les premières années tout en assurant la longévité de l’individu. Dans une seconde partie, l’analyse d’un large panel de propriétés du bois (retrait, module, durabilité) en lien avec le développement de l’arbre confirme les qualités technologiques des deux espèces et permet l’émergence de résultats novateurs tels que le rôle des extractibles sur le retrait, le contrôle de la croissance grâce aux variations d’infradensité, l’évolution des traits foliaires au cours de l’ontogénie ou encore la mise en place de contrefil dans l’arbre pour assurer son maintien. La connaissance acquise vis-à-vis du mode de développement de ces deux espèces et des facteurs influençant la qualité de leur bois permet aujourd’hui de définir avec plus de précision le cadre d’un projet de plantation et les conditions de son succès. Les résultats de cette étude permettent finalement d’orienter la recherche de nouvelles espèces d’avenir pour la plantation en Guyane. / The forests of French Guiana occupy a central part of the region’s potential resource base, but as yet remain almost completely unexploited. This stems from the forestry industry struggling to valorize wood stocks of a high diversity with an extremely heterogeneous distribution. Indeed, identifying essences for future propagation is an issue of both environmental and socio-economic importance for the region. Bagassa guianensis Aubl. and Cordia alliodora (Ruiz & Pav.) Oken. go against conventional models, in that they display the life history characteristics of rapid growth and wood of high quality, and thus are species of high potential for future plantations. Firstly, our study of growth characteristics reveals a defined strategy half way between long-lived species and pioneer species. It is the variability of basic density of wood which is a key trait allowing for such a development, favoring rapid growth in initial years whilst allowing for tree longevity. Secondly, the analysis of a range of wood properties (shrinkage, modulus of elasticity, durability) in relation to tree growth confirms the technologic quality of the two species. It also enables the emergence of new results like the effect of extractives on wood stability, the control of growth as a result of basic density variation, the evolution of leaf traits throughout tree development or the improvement of trunk maintenance thanks to interlocked grain. The knowledge gained in relation to the developmental traits of these two species, and to the quality of their wood allows for the elaboration of plantation projects and what will be required for their success. The results of this study can orientate future studies on novel species for commercialization in French Guiana.

Cette thèse a pour but d’étudier l'influence de l'hétérogénéité des forêts de terre ferme en Guyane sur l'organisation des communautés de moyens et grands vertébrés. Nous avons, d'abord, choisi une espèce modèle afin de déterminer une méthode adéquate d'estimation d'abondance prenant en compte la détection imparfaite et l'immigration temporaire des espèces, et de tester l'effet des conditions environnementales à différentes échelles d'analyse. Puis, partant du constat que les biais dus à la détection dans l'estimation d'abondance pouvaient être importants, nous avons déterminé l'importance relative des conditions environnementales et des traits biologiques des espèces sur la probabilité de détection. A partir de ce cadre d'étude, nous avons étudié la composition et les diversités alpha et beta en utilisant de façon complémentaire les métriques taxonomique, fonctionnelle, et phylogénétique pour déterminer le rôle relatif de l'environnement et de la contingence historique dans l'organisation des communautés, et de tester l’hypothèse des refuges forestiers. Enfin, en descendant dans l'échelle d'analyse, nous avons tenté de démêler l'effet de l'environnement et des interactions interspécifiques sur la cooccurrence des espèces, et utilisé les traits fonctionnels des espèces pour tester le lien entre cooccurrence et similitude fonctionnelle. Cette thèse met en avant les rôles prépondérants de la contingence historique et de la facilitation dans, respectivement, la structuration de la diversité régionale et les processus d’assemblages locaux des communautés de moyens et grands vertébrés en Guyane. / The main objective of this thesis was to study the influence of Guianan terra firme rainforests types on medium- and large-sized vertebrates community organization. First, we choose a model species which permitted to develop an appropriate abundance estimation method which take into account the imperfect detection and temporary immigration of mobile species, and to test environmental conditions effects at different spatial scales of analysis. Second, given that bias due to animal detection can be important in the abundance estimation, we determinated the relative role of environmental conditions and species biological traits on detection probability. From this methodological framework, we studied then processes of community organization, by identifying the main determinants involved in community organization, using composition and alpha and beta diversities, and, in a complementary manner, three metrics (taxonomic, functional, and phylogenetic). We sought from these general framework to determinate the relative role of environmental conditions and historical contingency, responsible for the current community organization, and to test the forest refugia hypothesis. Finally, we downscaled the analysis to determinate, and tried to disentangle the effects of environmental conditions and interspecific interactions on species co-occurrence. We used then functional traits to test the relationship between species co-occurrence and similarities.This thesis highlights the important role of historical contingency and facilitation in the structure of regional diversity and the local assembly processes of medium- and large-sized vertebrates, respectively, in French Guiana.

La faible représentation de la biodiversité dans les modèles de végétation a longtemps été un obstacle à la compréhension et à la projection des processus écosystémiques. La forte biodiversité des forêts tropicales, leur rôle clé dans les cycles biogéochimiques globaux, ainsi que leur vulnérabilité aux perturbations anthropiques directes et indirectes, amplifient les difficultés et enjeux de ces questions de recherche. En particulier, l'augmentation prédite de la fréquence et de l'intensité des sécheresses pourrait impacter la structure et composition floristique de ces forêts, comme dors et déjà observé au cours d'expériences naturelles et artificielles. Cette thèse explore ces questions de recherche à travers deux approches complémentaires, de modélisation et de mesures écophysiologiques. Dans le premier chapitre, je décris un simulateur de croissance forestière individu-centré et spatialement-explicite, TROLL, qui intègre les progrès récents en physiologie des plantes. Les processus sont paramétrés à l'aide de traits fonctionnels espèce-spécifiques, pour une forêt tropicale amazonienne. Une régénération forestière est simulée, et validée par des observations faites en Guyane française. La sensibilité du modèle à plusieurs paramètres globaux clés est évaluée. Enfin, l'influence de la variation de la richesse et composition spécifiques sur les propriétés écosystémiques est explorée. La réponse des forêts tropicales à la sécheresse est mal connue, empêchant la représentation pertinente des processus en jeu dans les modèles de végétation. Les chapitres 2 à 5 de cette thèse ont ainsi pour but de documenter la tolérance à la sécheresse et sa diversité dans une forêt amazonienne. Une méthode récente et rapide de détermination d'un trait de tolérance des feuilles à la sécheresse, le potentiel hydrique des feuilles au point de perte de turgescence (ptlp), est validée et utilisée, permettant de quantifier pour la première fois un tel trait de tolérance à la sécheresse dans une forêt amazonienne à l'échelle de la communauté. Ce jeu de données permet l'exploration des déterminants de la tolérance à la sécheresse des feuilles, à travers les espèces d'arbres, les tailles des individus, les stades de succession, les expositions à la lumière, ainsi que les lianes. La variabilité de ptlp observée suggère une large diversité de réponses à la sécheresse au sein des communautés de plantes amazoniennes. Ceci est confirmé par le suivi direct du flux de sève au cours d'une saison sèche sur divers arbres de canopée. Enfin, je discute les implications de ces résultats pour le développement des futurs modèles de végétation. / A great part of uncertainties in our current understanding and projections of the carbon cycle lies in the vegetation compartment. The problem of biodiversity representation in vegetation models has long been an impediment to a detailed understanding of ecosystem processes. The high biodiversity of tropical forests, their disproportionate role in global biogeochemical cycles, together with their vulnerability to direct and indirect anthropogenic perturbations, amplify the relevance of this research challenge. In particular, the predicted increase in drought intensity and frequency in the tropics may impact forest structure and composition, as already observed in natural and artificial experiments. This thesis explores how new advances in modelling and ecophysiology should help improve our understanding of these processes in the future. In the first chapter, I describe an individual-based and spatially-explicit forest growth simulator, TROLL, that integrates recent advances in plant physiology. Processes are linked to species-specific functional traits parameterized for an Amazonian tropical rainforest. This model is used to simulate a forest regeneration, which is validated against observations in French Guiana. Model sensitivity is assessed for a number of key global parameters. Finally, we test the influence of varying the species richness and composition on ecosystem properties. Tropical forest response to drought is not well understood, and this hampers attempts to model these processes. In chapters 2 to 5 I aimed at documenting drought-tolerance and its diversity in an Amazonian forest. A rapid method of determination of a leaf drought tolerance trait, the leaf water potential at turgor loss point (ptlp), was validated and applied to a range of plant species. We established the first community-wide assessment of drought tolerance in an Amazonian forest. These results inform on the drivers and determinants of leaf drought tolerance, across tree species and lianas, tree size, successional stages, light exposition, and seasons. Variability in ptlp among species indicates the potential for a range of species responses to drought within Amazonian forest communities. This is further confirmed by direct monitoring of whole-plant water use on diverse canopy trees during a marked dry season. Finally, I discuss the implications of these results to increase the dialogue between the vegetation modeling community and ecology, to enhance model's predictive ability, and to inform policy choices.

Thèse en cotutelle / Thesis under joint supervision / Les Peuples autochtones à travers le monde sont disproportionnellement touchés par le diabète. Parmi ces peuples, les Cris d’Eeyou Istchee et les Pekuakamilnuatsh, au Québec (Canada), ainsi que les Parikwene, en Guyane française (France), recourent à leur médecine locale pour soigner cette maladie. En 173 entrevues semi-dirigées, 208 participants venant de ces communautés et/ou travaillant dans leurs services de santé ont décrit ces médecines. Une méthode de recherche mixte, combinant des analyses thématiques à des statistiques multivariées, est développée pour analyser ces descriptions. Ces analyses ont montré que les participants cris, ilnu et parikwene décrivent leurs médecines en lien avec le diabète tant par les différents éléments du monde naturel, que les pratiques et coutumes locales qui en découlent, que les concepts les liant au territoire. Les pharmacopées à base animales et végétales font parties des thèmes les plus discutés. Plus de 381 espèces (109 animaux, 267 plantes, cinq lichens et champignons) lient les systèmes médicinales et alimentaires ensemble via des notions associées au bien-être ou aux propriétés organoleptiques. Au Québec, là où la population autochtone est plus impliquée dans les services de santé, il existe un rapprochement de la description des médecines locales entre le secteur de la santé et ses usagers. De façon générale, la place de l’alimentation dans les médecines locales ne peut être négligée dans le contexte du diabète. De plus, ces médecines sont indissociables du territoire qui offre un espace de guérison, de subsistance, et de continuité culturelle. Cela renvoie, in fine, à des questions importantes sur la reconnaissance des droits autochtones et des droits fonciers. / Indigenous Peoples around the world are disproportionately affected by diabetes. Amongst them, the Cree of Eeyou Istchee and the Pekuakamilnuatsh, from Québec (Canada), and the Parikwene, from French Guiana (France), resort to their local medicines to treat this disease. In 173 semi-structured interviews, 208 participants from these communities and/or working in their healthcare services described these medicines. A mixed-methods research approach, combining thematic analyses with multivariate statistics, was developed to analyse these descriptions. These analyses showed that Cree, Ilnu and Parikwene participants described their medicines related to diabetes through different elements of the natural world, the local practices and customs which result from them, as well as concepts linking them to the Land. Animal and plant-based pharmacopoeias are among the most discussed topics. In total, more than 381 species cited, including 109 animals, 267 plants, as well as five lichens and mushrooms, link the local dietary and medicinal systems together via notions associated with well-being or their organoleptic properties. In Québec, where Indigenous Peoples are more involved in their healthcare services, the representation of local medicines is much closer between healthcare workers and users. In general, the place of food in local medicines cannot be neglected in the context of diabetes. In addition, these medicines are inseparable from the Land which offers a space for healing, subsistence, and cultural continuity. This brings up important questions about the recognition of Indigenous rights and land rights.

Descendant d’esclaves, Félix Éboué est né dans le milieu de la petite bourgeoisie de Cayenne (Guyane) en 1884. Il termine ses études secondaires à Bordeaux puis ses études supérieures à Paris : il sort diplômé de l’École coloniale en 1908. A sa demande, il est affecté en Oubangui-Chari (colonie de l’AEF). Il reste en brousse vingt deux ans avant de devenir administrateur en chef (1931). Il est ensuite nommé à différents postes : secrétaire général de la Martinique (1932-1934), secrétaire général du Soudan français (1934-1936), gouverneur de la Guadeloupe (1936-1938), gouverneur du Tchad (1938-1940). A l’été 1940, il choisit le camp de la Résistance avec de Gaulle. Le ralliement du Tchad donne au chef de la France libre un territoire français en Afrique, d’une importance stratégique capitale. En novembre 1940, de Gaulle le nomme gouverneur général de l’AEF à Brazzaville et Compagnon de la Libération. Jusqu’à février 1944, grâce à sa maîtrise de l’administration coloniale, il gère les hommes et les ressources de l’AEF pour le plus grand profit de la France libre et des Alliés. Épuisé et malade, il décède au Caire en mai 1944.La mémoire d’État s’empare de sa mémoire pour en faire rapidement une icône : il entre au Panthéon en mai 1949. Mais, Félix Éboué ne se réduit pas à son mythe : s’il est un personnage emblématique de la IIIe République, il est un homme ancré dans son époque par son appartenance à des réseaux de pouvoirs et par ses idées. Sa spécificité est d’avoir espéré réformer le système colonial et d’avoir cru qu’il était possible de lutter contre le préjugé de couleur, contre le racisme au nom des valeurs de la République. S’il fut un pionnier, c’est par le domaine du sport qui était pour lui un outil par excellence de l’intégration et d’épanouissement de l’individu. / Descendant of slaves, Felix Eboue was born in the middle of the lower middle class of Cayenne (Guiana) in 1884. He finished high school in Bordeaux and his graduate studies in Paris: he graduated from the “Ecole coloniale” in 1908. At his request, he was assigned in Oubangui-Chari (AEF colony). It remains in the bush twenty two years before becoming Chief (1931). He was appointed to various positions: Secretary General of Martinique (1932-1934), Secretary General of the French Sudan (1934-1936), governor of Guadeloupe (1936-1938), governor of Chad (1938-1940). In the summer of 1940, he chose the side of the Resistance with de Gaulle. The rallying Chad gives the leader of Free France, a French territory in Africa, a strategic importance. In November 1940, de Gaulle appointed Governor General of the AEF in Brazzaville and Companion of the Liberation. Until February 1944, thanks to his mastery of the colonial administration, he manages people and resources of the AEF for the benefit of Free France and the Allies. Exhausted and ill, he died in Cairo in May 1944. The memory State seizes his memory to make an icon rapidly enters the Pantheon in May 1949. But Felix Eboue is not limited to the myth: it is an iconic character of the Third Republic, he is a man rooted in his time by his membership in networks of power and ideas. Its specificity is to be hoped reform the colonial system and have believed it was possible to fight against the prejudice of color against racism on behalf of the values of the Republic. If he was a pioneer, this is the sport that was for him an ideal tool for the integration and development of the individual.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-03-05T21:17:38Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DiversidadeEspeciesComplexo.pdf: 1354054 bytes, checksum: 488a49ce72ef48a66321024a1866b930 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-03-11T14:42:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DiversidadeEspeciesComplexo.pdf: 1354054 bytes, checksum: 488a49ce72ef48a66321024a1866b930 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-11T14:42:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DiversidadeEspeciesComplexo.pdf: 1354054 bytes, checksum: 488a49ce72ef48a66321024a1866b930 (MD5) Previous issue date: 2009 / O complexo de espécies M. brevicaudata possui distribuição reconhecida para o Norte da América do sul e compreende três espécies descritas ‐ M. brevicaudata, M. glirina, e M. palliolata ‐ e duas não descritas, reconhecidas em estudos prévios. A delimitação de espécies baseada somente em caracteres morfológicos é complicada, de forma que diversos táxons nominais já foram associados ao grupo e diversos arranjos taxonômicos foram propostos. Os poucos estudos baseados em dados moleculares que incluíram espécimes do complexo brevicaudata revelaram altas taxas de divergência genética. Este trabalho buscou elucidar a sistemática do complexo de espécies M. brevicaudata através do estudo dos padrões de variação morfológica e genética. Para tal, desenvolvemos análises filogenéticas baseadas em dois genes mitocondriais: citocromo b e 16 S rDNA. Adicionalmente, estudamos a morfologia externa e craniana dos espécimes, investigando a existência de congruência entre a variação genética e morfológica. As análises morfológicas foram, em geral, congruentes com as moleculares, as quais indicaram os mesmos clados em todas as análises filogenéticas. Foram formalmente reconhecidas nove espécies para o complexo. Monodelphis brevicaudata, M. palliolata e M. glirina são consideradas espécies válidas; M. touan é revalidado da sinonímia de M. brevicaudata e duas espécies novas são descritas e nomeadas; a espécie M. domestica provou ser intimamente relacionada a espécimes do grupo brevicaudata, sendo aqui considerada como integrante do referido grupo; duas espécies reconhecidas como distintas permanecem sem uma descrição formal; M. maraxina é sinonimizada com M. glirina. Foi observado dimorfismo sexual para as espécies estudadas, sendo que para as duas espécies estatisticamente testadas (teste T de student), M. glirina e M. sp. nov. “Trombetas”, os machos apresentaram crânios significativamente maiores que as fêmeas. Rios de grande porte parecem ter participado na diferenciação genética e estruturação filogeográfica das espécies. O padrão filogeográfico encontrado sugere ao menos dois centros de diversificação para o grupo, um no escudo das Guianas, envolvendo as espécies ao norte do rio Amazonas, e outro no escudo brasileiro, envolvendo M. glirina e M. domestica. / Short‐tailed opossums of the Monodelphis revicaudata complex inhabit northern South America, and comprise three described species ‐ M. brevicaudata, M. glirina, and M. palliolata ‐ and two undescribed forms already recognized in prior studies. Species delimitation based solely on morphological features is difficult, and because of that many nominal taxa have been associated with this species complex, and several taxonomic arrangements have been proposed. Previous molecular phylogenetic studies using specimens of this species complex revealed substantial genetic divergence rates. The present study aims to elucidate the systematics of the M. brevicaudata species complex through the analyses of molecular and morphological characters. We performed phylogenetic analyses on two mitochondrial genes (cyt b and 16S), studied the external and cranial morphology, and investigated whether observed genetic variation is congruent with morphological differences. Our morphological results were generally concordant with the molecular results. We recognize nine species in the species complex. M. brevicaudata, M. palliolata, and M. glirina are considered valid species; M. touan is re‐established from the synonymy of M. brevicaudata and two new species are described and named; the species M. domestica proved to be closely related to specimens of the M. brevicaudata complex, and thus are considered as part of that group; we also recognized two new species without formallly naming them; M. maraxina is considered a synonym of M. glirina. Sexual dimorphism is observed in the species, and in two species males showed skulls significantly larger than females. Major rivers seem to have played an important role in generating genetic differentiation and phylogeographical structure of the species. The phylogeographical pattern suggests at least two diversification centers for the group, one in the Guiana shield, comprising species ranging north of the Amazon river, and another in the Brazilian shield, comprising M. glirina and M. domestica.

Cette recherche s’attache à l’étude d’une institution britannique, à son rôle et son organisation depuis la fusion, en 1968, du Commonwealth Office et du Foreign Office, jusqu’à l’année 1985.Il s’agit ainsi de voir comment le Foreign and Commonwealth Office (FCO) fonctionne et comment il a su évoluer au gré du temps, du changement de la place de la Grande-Bretagne dans le monde, et des conflits internationaux. Ainsi, on peut se demander quelles influences le contexte a eu sur l’institution en elle-même. Dès lors, une place particulière est accordée à l’Europe, la ‘relation spéciale’ avec les États-Unis et la décolonisation.La politique étrangère britannique semble aujourd’hui être principalement dans les mains du pouvoir politique : du ministre des Affaires étrangères (Foreign Secretary), et du Premier ministre. Quelle place le FCO occupe-t-il alors, et quelles relations entretient-il avec le pouvoir politique ?Il s’agit ainsi de considérer la place du FCO au sein des différents acteurs internes et externes de la politique étrangère britannique en analysant trois cas concrets : une réorganisation interne de l’institution (la fusion de 1968), une gestion de crise (l’indépendance retardée de la Guyane britannique, 1953-1966), et une négociation d’accord en temps de paix (l’échec des négociations de la Convention des Nations unies sur le droit de la mer, 1973-1982).Ce travail de recherche tente ainsi d’offrir une interprétation allant au-delà du fonctionnement interne de l’institution. Il s’agit de mettre en relation le Foreign and Commonwealth Office et le pouvoir politique, et ainsi d’étudier les pouvoirs et influences du FCO tout en s’attachant à des périodes clés à l’orée de changements. / This research work is devoted to the study of a key British institution, its function and its organization, from the merger of the Commonwealth Office and the Foreign Office in 1968, until 1985.Of particular interest is the way the changing role of Britain in the world and international conflicts bear upon the functioning and the evolution of the FCO. The point is to assess to what extent the context influences the institution itself.British foreign policy seems to be mostly determined by the Foreign Secretary and the Prime Minister. It is therefore well worth gaging what the function of the FCO is, and its relationship with the holders of political power.The role of the FCO as one of the internal and external agents of British foreign policy is assessed here, through three cases: the internal reorganization of the service in 1968, the management of a crisis – the postponements of independence for Guiana from 1953 to 1966, and the failure of a negotiation in peacetime – the United Nations Convention on the Law of the Sea from 1973 to 1982.Beyond the internal functioning of the institution, this research work strives to offer an interpretation of the changes. The relationship between the FCO and the holders of political power, the real power and influence of the FCO are under consideration, in particular during key moments of particular significance for the institution.

La distribution de l'abondance des espèces en un site, et la similarité de la composition taxonomique d'un site à l'autre, sont deux mesures de la biodiversité ayant servi de longue date de base empirique aux écologues pour tenter d'établir les règles générales gouvernant l'assemblage des communautés d'organismes. Pour ce type de mesures intégratives, le séquençage haut-débit d'ADN prélevé dans l'environnement (" ADN environnemental ") représente une alternative récente et prometteuse aux observations naturalistes traditionnelles. Cette approche présente l'avantage d'être rapide et standardisée, et donne accès à un large éventail de taxons microbiens jusqu'alors indétectables. Toutefois, ces jeux de données de grande taille à la structure complexe sont difficiles à analyser, et le caractère indirect des observations complique leur interprétation. Le premier objectif de cette thèse est d'identifier les modèles statistiques permettant d'exploiter ce nouveau type de données afin de mieux comprendre l'assemblage des communautés. Le deuxième objectif est de tester les approches retenues sur des données de biodiversité du sol en forêt amazonienne, collectées en Guyane française. Deux grands types de processus sont invoqués pour expliquer l'assemblage des communautés d'organismes : les processus "neutres", indépendants de l'espèce considérée, que sont la naissance, la mort et la dispersion des organismes, et les processus liés à la niche écologique occupée par les organismes, c'est-à-dire les interactions avec l'environnement et entre organismes. Démêler l'importance relative de ces deux types de processus dans l'assemblage des communautés est une question fondamentale en écologie ayant de nombreuses implications, notamment pour l'estimation de la biodiversité et la conservation. Le premier chapitre aborde cette question à travers la comparaison d'échantillons d'ADN environnemental prélevés dans le sol de diverses parcelles forestières en Guyane française, via les outils classiques d'analyse statistique en écologie des communautés. Le deuxième chapitre se concentre sur les processus neutres d'assemblages des communautés.[...] / Integrative patterns of biodiversity, such as the distribution of taxa abundances and the spatial turnover of taxonomic composition, have been under scrutiny from ecologists for a long time, as they offer insight into the general rules governing the assembly of organisms into ecological communities. Thank to recent progress in high-throughput DNA sequencing, these patterns can now be measured in a fast and standardized fashion through the sequencing of DNA sampled from the environment (e.g. soil or water), instead of relying on tedious fieldwork and rare naturalist expertise. They can also be measured for the whole tree of life, including the vast and previously unexplored diversity of microorganisms. Taking full advantage of this new type of data is challenging however: DNA-based surveys are indirect, and suffer as such from many potential biases; they also produce large and complex datasets compared to classical censuses. The first goal of this thesis is to investigate how statistical tools and models classically used in ecology or coming from other fields can be adapted to DNA-based data so as to better understand the assembly of ecological communities. The second goal is to apply these approaches to soil DNA data from the Amazonian forest, the Earth's most diverse land ecosystem. Two broad types of mechanisms are classically invoked to explain the assembly of ecological communities: 'neutral' processes, i.e. the random birth, death and dispersal of organisms, and 'niche' processes, i.e. the interaction of the organisms with their environment and with each other according to their phenotype. Disentangling the relative importance of these two types of mechanisms in shaping taxonomic composition is a key ecological question, with many implications from estimating global diversity to conservation issues. In the first chapter, this question is addressed across the tree of life by applying the classical analytic tools of community ecology to soil DNA samples collected from various forest plots in French Guiana. The second chapter focuses on the neutral aspect of community assembly.[...]