Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaLuciaMaroclo2009.pdf: 1015261 bytes, checksum: 6818d5c27f1e4177015775a772152258 (MD5) Previous issue date: 2009-05-08 / Type 1 (T1R) and Type 2 (T2R) leprosy reactions are complications in the clinical management of leprosy patients because they can lead to neural damage and impairment, resulting in irreversible deformities and disabilities. This thesis, presented as research article/manuscript has investigated potential markers for the diagnosis and prognosis of leprosy reactions. In the first study, we evaluated a multicentric cohort of leprosy patients with single skin lesion which is considered the earliest clinical manifestation of the disease. In this study, at the moment of diagnosis a skin biopsy was collected for histopathology and for the investigation of Mycobacterium leprae DNA by polymerase chain reaction (ML-PCR). After diagnosis patients were treated with single dose of Rifampicin, Ofloxacin and Minocyclin (ROM) and were clinically monitored during 3 years .During follow up, around 15% of patients developed T1R. In multivariate analysis, age > 40 years and MLPCR positivity were associated with T1 manifestation. The second study aimed to identify potential circulating markers associated with leprosy reactions. Plasma levels of 27 cytokines/chemokines/growth factors were quantified by multiplex assay. A nested case control study compared the levels of these factors in leprosy patients with or without T1R and T2R. Leprosy patients were paired by sex, age group (+/- 5 years) and histopathological classification. Significant differences in plasma levels of CXCL10 (p=0.004) and IL6 (p=0.013) were observed in patients with T1R compared with controls without reaction. IL7 levels (p=0.039) and PDGF-BB (p=0.041) were increased in T2R and marginally significant for IL6 (p=0.05). This investigation indicated that CXCL10, IL6 and IL7 may represent potential plasma biomarkers of leprosy reactions. The third study investigated the influence of single nucleotide polymorphism (SNP) in the IL6 gene and the development of leprosy reactions. For this purpose a nested case control study was performed based on a cohort of 409 leprosy patients recruited in Goiânia-GO. After leprosy diagnosis patients were monitored during multidrug therapy regarding the appearance of leprosy T1R and T2R. Evidences of positive associations were observed for leprosy T2R and tag SNPs markers- rs 2069832 (p=0.002), rs 2069840 (p=0.027) and rs 2069845 (p=0.044). These IL6 gene tag SNPs capture information of the whole gene locus. Positive association with T2R was also seen for the functional variant of IL6 gene- tag SNP rs 1800795 (p=0.005). Additionally, IL6 plasma levels among TR2 patients and controls without reaction correlated with different IL6 genotypes. No association was observed between IL6 gene variants and leprosy T1R. The description of genetic predictive factors of leprosy reactions may contribute to the development of preventive strategies against these leprosy incapacitating events. / As reações hansênicas do tipo 1 (RT1) e do tipo 2 (RT2) representam complicações no manejo clínico dos pacientes com hanseníase pois podem causar dano neural e conseqüentemente deformidades e incapacidades irreversíveis. Esta tese, apresentada sob a forma de artigo/manuscrito, abordou a identificação de potenciais marcadores para o diagnóstico e prognóstico das reações hansênicas. O primeiro estudo investigou uma coorte multicêntrica de pacientes com lesão única de hanseníase paucibacilar que é considerada a manifestação clínica mais precoce da doença. No momento do diagnóstico os pacientes com lesão única foram submetidos à biópsia de pele para exame histopatológico e para detecção de DNA de Mycobacterium leprae por Reação em Cadeia da Polimerase (ML-PCR). Após o diagnóstico os pacientes foram tratados com dose única de ROM (Rifampicina, Ofloxacina e Minociclina) e acompanhados clinicamente por 3 anos, Durante o acompanhamento, em torno de 15% dos pacientes desenvolveu reação hansênica tipo 1. Em análise multivariada, idade >40 anos e positividade ao DNA do M. leprae por ML-PCR mostraram associação com a ocorrência de reação tipo 1. Visando identificar potenciais marcadores circulantes associados com hanseníase reacional, no segundo estudo, 27 citocinas/quimiocinas/fatores de crescimento plasmáticos foram quantificados simultaneamente por ensaio multiplex. Mediante estudo de casocontrole aninhado comparamos os níveis destes fatores em pacientes com RT1 e RT2 e em pacientes com hanseníase sem reação hansênica. Estes pacientes foram pareados por sexo, grupo etário (+/- 5 anos) e por classificação histopatológica. Diferença significativa nos níveis plasmáticos de CXCL10 (p=0,004) e de IL6 (p=0,013) foi observada em pacientes com RT1 comparados com controles sem reação. Níveis de IL7 (p=0,039) e PDGF-BB (p=0,041) estavam aumentados em pacientes com RT2 e o aumento do nível de IL6 foi marginalmente significativo (p=0,05). Esta análise dos biomarcadores plasmáticos indicou que CXCL10, IL6 e IL7 podem representar potenciais marcadores plasmáticos de reações hansênicas. O terceiro estudo avaliou a influência do polimorfismo de base única (single nucleotide polymorphim/SNP) no gene da IL6 e o desenvolvimento de reações hansênicas. Estudo tipo caso-controle aninhado foi desenvolvido a partir de uma coorte de 409 pacientes com hanseníase, recrutados em Goiânia-GO. Estes pacientes foram monitorados quanto à ocorrência de episódios reacionais tipo 1 e tipo 2 durante a poliquimioterapia. Foram observadas evidências positivas de associação entre RT2 e os marcadores do gene da IL6 tag SNP rs 2069832 (p=0,002), rs 2069840 (p=0,027) e rs 2069845 (p=0,044). Estes marcadores capturam a informação completa do lócus do gene da IL6. Também foi observada associação entre RT2 e a variante funcional do gene da IL6- rs 1800795 (p=0,005). Além disso, níveis plasmáticos de IL6 de pacientes de hanseníase com RT2 e controles sem reação correlacionaram com diferentes genótipos de IL6. Nenhuma associação foi observada entre variantes do gene da IL6 e RT1. A descrição de fatores genéticos preditivos de reações hansênicas pode contribuir para o desenvolvimento de estratégias preventivas contra estes eventos incapacitantes.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:24:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 taryana.pdf: 5876234 bytes, checksum: 626e6debe969770d6329c335e12d0cad (MD5) Previous issue date: 2006-08-24 / The Species Palicourea coriacea (Cham) K,Shum is a species little know, it is belonging to the Rubiaceae family, popularly known as douradinha. The popular use medicine in the therapy of kidneys illnesses. The popular name douradinha is associated with the color of the bracts and of the stem and the species occurs in Cerrado s Bioma, however in different environments. Studies about the genetic diversity and its distribution in natural populations of P. coriacea are of extreme importance for the definition of adequate strategies of handling and cultivation, however they do not exist in literature, studies of this nature. This work had as objective to evaluate the genetic structure from nine natural populations of P. coriacea, collected in States of Goiás and Bahia and to evaluate the genetic diversity of these populations through markers RAPD. The P. coriacea species presented one high level of genetic diversity, or heterozygosity waited by Nei (1972) that it varied between 0,259 and 0,338 in the populations, with equal on average value the 0,296. The AMOVA disclosed that 23% of the total variability is meeting each other between populations. Although the estimates of apparent gene flow (Nm) have disclosed values inferior to one, on the other hand, equal the 0,83. The analyses of Bayesian Statistics had disclosed to a value of f (FIS) equal the 0,98 suggesting the possibility of this species has behavior like autogamous species. The analyses of grouping of the populations using Bayesian and AMOVA statistics disclosed that it does not exist a correlation between geographic distance and genetic distance all the nine populations they grouping, eventually, not obeying its geographic origin. Then, the hypothesis previously formulated of that geographically next populations would be genetic next, was discarded for the results gotten for the Mantel test where it got a correlation of 0,155. In addition, this relatively high inter populations differentiation allows to recommend to a strategy ex situ of the genetic variability using the biggest possible number of populations. In what, the conservation says respect in situ must be taken in account characteristic genetic and demographic of this species considering that this fact implies in the possibility of a continuous evolution and in the development of new adaptable strategies. It is necessary to have conscience on the distribution of the genetic diversity of these areas with intention to not only promote polities for preservation of found natural populations in national parks, but yes to private preservation of the legal reserves and properties. / A espécie Palicourea coriacea (Cham.) K. Schum é uma espécie pouco conhecida cientificamente, pertencente à família Rubiaceae, popularmente conhecida como douradinha. É utilizada pela medicina popular na terapia de doenças renais. O nome popular douradinha está associado à cor das brácteas e do caule e a espécie ocorre no bioma Cerrado, porém em diferentes fitofisionomias. Estudos sobre a diversidade genética e sua distribuição em populações naturais de P. coriacea são de extrema importância para a definição de estratégias adequadas de manejo e cultivo, porém não existem, na literatura, estudos dessa natureza. Este trabalho teve como objetivo avaliar a estrutura genética de nove populações naturais de P. coriacea, coletadas nos Estados de Goiás e Bahia e avaliar a diversidade genética dessas populações utilizando marcadores RAPD. A espécie P. coriacea apresentou um alto nível de diversidade genética, ou heterozigosidade esperada de Nei (1972) que variou entre 0,259 e 0,338 nas populações, com um total geral igual a 0,296. A AMOVA revelou que 23 % da variabilidade total se encontram entre populações e 77 % se encontra dentro de populações. As estimativas de fluxo gênico aparente (Nm) foram inferiores a um, ou seja, igual a 0,83. As análises do índice de fixação (f) por abordagem bayesiana forneceram valores médio igual a 0,98 sugerindo a possibilidade dessa espécie se comportar como uma espécie autógama. As análises de divergência genética e padrão espacial das populações utilizando as matrizes de θB e ΦST par a par revelou que não existe uma correlação entre distância geográfica e distância genética todas as nove populações se agrupam aleatoriamente, não obedecendo a sua origem geográfica. Assim, a hipótese previamente formulada de que populações geograficamente próximas teriam que ser geneticamente próximas, foi descartada pelos resultados obtidos no teste de Mantel onde a correlação foi igual a 0,155. Assim essa diferenciação interpopulacional relativamente alta permite recomendar uma estratégia de amostragem para a conservação ex situ da variabilidade genética, utilizando o maior número de populações possível. No que diz respeito a conservação in situ, deve ser levado em conta características genéticas e demográficas dessa espécie, considerando que esse fato implica na possibilidade de uma evolução contínua e no desenvolvimento de novas estratégias adaptativas. É necessário ter conhecimento sobre a distribuição da diversidade genética destas áreas com o intuito de auxiliar nas políticas para preservação não somente de populações naturais encontradas em parques nacionais, mas também preservação das reservas legais e propriedades privadas.

La enfermedad más grave de la etapa larval de las abejas (Apis mellifera L.) es la loque americana, causada por la bacteria esporulada Gram (+) Paenibacillus larvae. Es muy contagiosa y posee problemas únicos para su prevención y control debido a que las esporas bacterianas mantienen su capacidad infectiva durante tiempo prolongado y sobreviven bajo condiciones ambientales adversas, no existiendo brotes estacionales ya que se manifiesta en cualquier época del año con la condición que haya cría presente en la colmena. La enfermedad tiene difusión mundial y aparece en la lista de enfermedades de la OIE (Office International des Epizooties - Organización Mundial de la Salud Animal), que incluye enfermedades transmisibles que son consideradas de impacto socio-económico y/o de importancia para la salud pública entre países y que influyen negativamente en el comercio internacional de animales y productos de origen animal. En la Argentina se la detectó por primera vez en 1989 y actualmente está ampliamente diseminada en todas las áreas productoras de miel. Con el objeto de estudiar la diversidad de Paenibacillus larvae se aplicaron procedimientos de microbiología clásica y de biología molecular para caracterizar una colección de 455 cepas del patógeno. El cepario de trabajo se conformó con 106 aislamientos obtenidos de larvas de abejas con síntomas de la enfermedad, con 307 cepas aisladas de mieles contaminadas de distintos orígenes geográficos, 21 cepas provistas por otros laboratorios y 21 cepas de Colecciones Internacionales. Se identificaron 54 aislamientos de restos larvales y/o escamas con síntomas clínicos de la enfermedad y 252 aislamientos de mieles provenientes de distintas localidades de la Argentina. A partir de material de panales con síntomas clínicos remitidos por investigadores de otros países, se obtuvieron 52 aislamientos conformados por 3 aislamientos de Alemania, 5 de Francia, 5 de Italia, 9 de N. Zelanda, 6 de Polonia, 11 de Sudáfrica, 4 de Suecia, 1 de Túnez y 8 de Uruguay. Adicionalmente se aislaron 18 cepas de mieles de Italia, 17 de mieles de EE.UU., 7 de mieles de Francia, 5 de mieles de España, 3 de mieles de Canadá, 2 de mieles de Sudáfrica, 1 de miel de Brasil, 1 de miel de Túnez y 1 de miel de Panamá conformando un total de 55 cepas obtenidas de mieles de otros países productores. Fueron recibidas como cultivo 42 cepas: 2 de Argentina, 2 de Bélgica, 2 de Chile, 2 de Japón, 3 de Inglaterra, 4 de República Checa, 10 de EE.UU. y 13 de origen desconocido. Si bien la colección estuvo integrada por un alto número de cepas provenientes de Argentina (n= 308) el trabajo se realizó también sobre un número considerable de cepas (n=147) de otros orígenes que resultó adecuado para los estudios de diversidad. Adicionalmente, con el fin de incluir controles, se emplearon 5 cepas de Colecciones Internacionales que en la actualidad se clasifican como Paenibacillus larvae pero que pertenecían a la anterior subespecie Paenibacillus larvae subsp. pulvifaciens (1 de EE.UU., 1 de Canadá, 1 de Francia y 2 de origen desconocido). Otras cepas de este grupo proveniente de EE.UU. fueron gentilmente cedidas por el Dr. D. P. Stahly para los estudios con el bacteriófago PPL1c del capítulo III. Se constituyó un segundo cepario con una colección de 282 aislamientos bacterianos de otras especies esporuladas aerobias conformado por 129 aislamientos de Bacillus cereus, 62 de Paenibacillus alvei, 52 de Bacillus megaterium, 8 de Bacillus mycoides, 6 de Bacillus subtilis, 6 de Lysinibacillus sphaericus, 5 de Bacillus thuringiensis, 5 de Brevibacillus laterosporus, 5 de Bacillus circulans, 2 de Bacillus licheniformis, 1 de Bacillus polymyxa y 1 de Bacillus pumilus. Adicionalmente, se emplearon 41 cepas recibidas de Colecciones Internacionales y pertenecientes a distintas especies de los géneros Paenibacillus, Bacillus, Brevibacillus, Lysinibacillus y Virgibacillus. En el Capítulo II se caracterizaron las 455 cepas de Paenibacillus larvae mediante técnicas microbiológicas. El agregado de ácido nalidíxico al medio de cultivo a una concentración final de 9 µg/ml resultó adecuado para la obtención de cultivos puros de Paenibacillus larvae evitando el sobredesarrollo del saprobio Paenibacillus alvei comúnmente presente en las larvas de abejas. Con respecto a los aislamientos provenientes de muestras de mieles, el agregado de la combinación de antibióticos ácido nalidíxico y ácido pipemídico al medio MYPGP permitió obtener colonias de Paenibacillus larvae y mayormente inhibió el desarrollo de otras especies esporuladas presentes en este tipo de muestras, ya que más del 80% de las muestras analizadas contenía más de una especie bacteriana resistente al tratamiento de shock térmico de 80 °C. Independientemente del origen geográfico y/o floral de las mieles analizadas aquí, las especies esporuladas aerobias encontradas con mayor frecuencia han sido Paenibacillus larvae, Paenibacillus alvei, Bacillus cereus, Bacillus megaterium y Bacillus pumilus. Paralelamente y, en menor proporción, se hallaron cepas de Brevibacillus laterosporus, Bacillus mycoides, Bacillus thuringiensis, Bacillus subtilis, Bacillus circulans, Paenibacillus polymyxa, Lysinibacillus sphaericus y Bacillus licheniformis. Mientras que Paenibacillus larvae y Paenibacillus alvei están asociados con enfermedades de las abejas, Bacillus cereus y Bacillus megaterium son especies ubicuas frecuentes en todo tipo de suelos, sus esporas sobreviven la distribución en polvos y aerosoles siendo vehiculizadas desde estos lugares a otros hábitats como las superficies florales. Paralelamente, Bacillus megaterium junto con Bacillus subtilis, Bacillus pumilus, Bacillus licheniformis, Bacillus cereus, Bacillus circulans y Paenibacillus alvei son las especies predominantes en los tractos digestivos de larvas, abejas adultas y heces de las mismas. También en este capítulo, se determinó que la configuración superficial de las esporas bacterianas vistas al MEB resultó coincidente con lo descripto por otros autores para cada una de las especies analizadas. En el capítulo III se demostró que el bacteriófago PPL1c resultó una herramienta útil para la identificación y diferenciación rápida de cepas de Paenibacillus larvae, como complemento de otras características fenotípicas. El fago mostró ser altamente específico a nivel de especie encontrándose un 98 % de cepas de Paenibacillus larvae susceptibles al mismo mientras que el resto de las especies de Paenibacillus, Bacillus, Brevibacillus, Lysinibacillus y Virgibacillus resultaron resistentes. En el capítulo IV se estableció que la técnica de rep-PCR resultó adecuada para determinar la variabilidad de las poblaciones de Paenibacillus larvae dónde se halló una alta homogeneidad genética. El empleo de los cebadores BOX y REP reveló la existencia de 4 perfiles de fingerprints a los cuales denominamos A, B, C y D respectivamente, mientras que las cepas de colección pertenecientes al ex. grupo pulvifaciens mostraron el perfil distintivo E. Cuando se emplearon los cebadores ERIC, con excepción de algunas cepas provenientes de Colecciones Internacionales, todos los aislamientos obtenidos de larvas y mieles presentaron un perfil ERIC-I coincidente con lo descripto también por otros investigadores y sólo se halló el perfil ERIC-II en cepas pigmentadas enviadas de la Colección del SAG. Mientras que el perfil ERIC-I es el de mayor distribución a nivel mundial, el perfil ERIC-II ha sido citado en Alemania, Finlandia, Suecia y Austria y, muy recientemente, en muestras de Canadá y Nueva Zelanda. Las cepas pertenecientes al perfil ERIC I estudiadas en esta tesis a su vez se subdividían en alguno de los 4 perfiles BOX (A, B, C o D) y presentaban colonias "típicas" de Paenibacillus larvae no pigmentadas, de color entre blanquecino y grisáceo y formas ligeramente rugosas en agar MYPGP y en agar Columbia suplementado con sangre ovina (Capítulo II). Por otra parte las cepas de colección del grupo ex pulvifaciens, analizadas aquí (n=5) presentaron un perfil ERIC–IV / BOX-E. Si bien en este trabajo no se encontró ningún representante del genotipo ERIC-II, a excepción de los cultivos enviados por el SAG, el mismo pudo haber pasado inadvertido en el análisis de mieles debido a la alta contaminación de las mismas con otras especies esporuladas Gram (+) que hizo imprescindible someter a las muestras a un shock térmico previo al aislamiento en medios semi-selectivos. En el capítulo IV también se concluyó que el gen 16S rRNA es polimórfico entre las especies esporuladas aerobicas comúnmente presentes en la miel, no obstante, no se detectaron polimorfismos a nivel intra-especie en las cepas de Paenibacillus larvae de distintas regiones geográficas cuando se emplearon las endonucleasas (Alu I, Msp I, Hae III, CfoI, Rsa I y Taq I). En cuanto a las comparaciones entre perfiles de rep-PCR y RFLP se observó que los 4 patrones de BOX-PCR observados (A, B, C y D) y los fingerprints ERIC-I y ERIC-II se correlacionaron con el perfil A obtenido por HaeIII, mientras que las cepas de colección que mostraron un perfil BOX-E y un perfil ERIC-IV se correlacionaron con el perfil B obtenido con la endonucleasa HaeIII. Lo mismo ocurrió con la enzima HinfI dónde las cepas pertenecientes a los perfiles ERIC-III y BOX-E mostraron un patrón B y las cepas con perfiles ERIC-I o ERIC-II y BOX-A, BOX-B, BOX-Cy BOX-D no presentaron un sitio de corte con esta endonucleasa. En el capítulo V se seleccionó un subconjunto de aislamientos de Paenibacillus larvae de distintos orígenes geográficos y perfiles de fingerprints para determinar la sensibilidad/ resistencia a tetraciclina y oxitetraciclina mediante las técnicas de CIM y de difusión en agar. La distribución de la sensibilidad por CIMs de la población bacteriana analizada varió entre 0,062 y 128 µg/ml de Tc sugiriendo una distribución bimodal con dos sub-poblaciones que claramente difirieron en su sensibilidad, con 76% de cepas S (CIM entre 0,062 y 2 µg/ml) y 24 % de cepas dentro del rango de la zona I y R. Las cepas I provenían en su mayoría de Argentina y las S cuyos valores de CIM resultaron los más bajos, de países europeos, lo cual es esperable dado que en casi toda la UE está prohibido el uso de antibióticos en apicultura, mientras que en países como EE.UU., Canadá y Argentina, entre otros, es usual el empleo de OTC para el control de loque americana en las colmenas afectadas. Al comparar las CIM obtenidas por E-test con las obtenidas por dilución en agar, en el caso de agar Iso-Sensi Test hubo concordancia de categoría del 100 %, encontrándose la misma proporción de cepas susceptibles y resistentes que por la técnica de dilución en agar; pero al emplear MYPGP hubo concordancia de categoría del 81,81 %. Se concluye entonces que la combinación de las tiras de E-Test con el agar ISO-Sensi Test representa una alternativa válida para determinar las CIM de tetraciclina en cepas de Paenibacillus larvae. Es importante destacar que todas las cepas de Paenibacillus larvae ensayadas mostraron un desarrollo confluente en Iso-Sensi test, el cual podría usarse también como medio alternativo para el desarrollo de las células vegetativas de este patógeno. Se obtuvieron las secuencias completas de los plásmidos pPL373, pPL374 y pPL395. Dichas secuencias se depositaron en el GenBank con los números de acceso KF 433938 para pPL373, KF 536616 para pPL374 y KF440690 para pPL395, provenientes de las cepas PL373, PL374 y PL395, respectivamente que presentaban resistencia a Tc y OTC. Hemos demostrado experimentalmente la transferencia del plásmido pPL374 en la cepa de Bacillus subtilis m351 y del plásmido pPL373 en la cepa de Bacillus subtilis GSY1104 mediante conjugaciones en medio líquido. Al examinar ambas cepas dadoras de Paenibacillus larvae PL373 y PL374 mediante la técnica de lisis in situ se observaron dos plásmidos de aproximadamente 5.000 bp y 8.000 bp, pero sólo el plásmido más pequeño era el que contenía el gen de resistencia a Tc. Luego de efectuar la secuenciación completa de los plásmidos más pequeños obtenidos de las cepas pPL373 y pPL374, respectivamente confirmamos que el gen de resistencia es el tetL y no el tetK como creímos en un principio y que ambos replican por el mecanismo de círculo rodante encontrado en pequeños plásmidos movilizables de alto número de copias presentes en bacterias Gram (+). Todos los experimentos de movilización por conjugación empleando la cepa PL395 que contiene un único plásmido de 5.000 bp denominado pPL395 resultaron infructuosos, no obstante el ADN plasmídico obtenido de la cepa PL395 si pudo transferirse por electroporación a una cepa de Paenibacillus larvae TcS. Los plásmidos pPL373 y pPL374 también pudieron transferirse por electroporación a la misma cepa de Paenibacillus larvae TcS. En todos los casos los plásmidos se mantuvieron en forma estable en sus respectivos aceptores. Los plásmidos más grandes contenidos en las cepas PL373 y PL374, podrían codificar para funciones conjugativas y, al coexistir en la misma cepa bacteriana aportarían a los plásmidos movilizables pPL373 y pPL374 las funciones conjugativas necesarias para su movilización por conjugación; por lo que se justifica estudiarlos en profundidad y secuenciarlos para clarificar los mecanismos de transmisión plasmídica de Paenibacillus larvae en la naturaleza. La presencia de plásmidos con secuencias muy similares aislados de bacterias Gram (+) provenientes de distintas zonas geográficas y de distintos nichos ecológicos (suelo, hábitats marinos, alimentos) de los géneros Bacillus, Paenibacillus, Sporosarcina, Lactobacillus y Bhargavaea nos sugieren que los genes mob presentes en dichos plásmidos pueden estar involucrados en una exitosa THG. El uso extensivo de Tc y OTC para el control de loque americana en algunos países de América pudo haber contribuido al incremento del número de cepas resistentes de Paenibacillus larvae, favoreciendo la transferencia de estos plásmidos entre cepas del mismo patógeno o desde o hacia otras especies de bacterias Gram (+) de los géneros Lactobacillus, Bacillus y Paenibacillus que pertenecen a la microbiota de la colmena (miel, tractos digestivos de abejas adultas y larvas, superficies florales y polen). El uso prolongado de tetraciclina en las colmenas afectadas por loque americana y otras enfermedades bacterianas estaría favoreciendo la ocurrencia de eventos de transferencia genética horizontal como se demostró en cepas del patógeno provenientes de EE.UU.

Submitted by Lara Oliveira (lara@ufersa.edu.br) on 2017-01-04T13:05:22Z No. of bitstreams: 1 CarinaML_TESE.pdf: 1476302 bytes, checksum: d8ce6c34270ba40b6a6e97b30bf6d975 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-01-24T14:44:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CarinaML_TESE.pdf: 1476302 bytes, checksum: d8ce6c34270ba40b6a6e97b30bf6d975 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T14:51:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarinaML_TESE.pdf: 1476302 bytes, checksum: d8ce6c34270ba40b6a6e97b30bf6d975 (MD5) Previous issue date: 2014-03-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The tall coconut palm is about 70% of the coconut farm in Brazil. Nonetheless the information about the genetic variability existing in Brazilian populations and their genetic relationships are still incipient. Microsatellite markers or SSR (Simple Sequence Repeats) and morphological markers are the techniques most suitable for studies of genetic diversity. Thus, knowledge of the variability and genetic structure in the giant coconut palm, it is necessary to direct the activities of conservation and use of germplasm in breeding programs of this species. The objectives of this study were: 1) to analyze the distribution of the genetic variability of the original population of Tall-Brazil-Praia-Forte ( GBrPF - PO), located on the north coast of Bahia, and four coming accesses this population; 2) levels of diversity and genetic relationships between two accesses tall coconut palm collected in Brazil and introduced seven accessions of different geographical regions, conserved in Banco Internacional de Coco for Latin America and the Caribbean (ICG - LAC). The accessions were analyzed using 25 SSR primers specific morphological descriptors and 16 of the list of IPGRI, 1995. Accesses tall- Brazil-Praia-Forte (GBrPF) are conserved in physical bases in Ceará (GBrPF-CE), Pará (GBrPF-PA ) and ICG - LAC, the latter two physical bases in Sergipe: one in the experimental field of the Betume in the city of Neópolis (GBrPF-CEB) and the other in the experimental field Itaporanga in the municipality of Itaporanga d'Ajuda (GBrPF-CEI) . The other accesses greens: tall-do-Brazil-Merepe (GBrMe), collected in the coastal Northeast, tall-Malaysia (GML), tall-Vanuatu (GVT), tall-West African (GOA), tall-Polynesia (GPY), tall-Rennel (GRL), tall-Tonga (GTG) and tall-Rotuma (GRT) introduced in different geographic regions of the world, too are conserved in the ICG - LAC in the experimental field of the Betume. Three studies from this research project will be presented. In the first study, we found 18 polymorphic primers, 91 alelos, with a mean of 5.05 alleles/locus. Genotypic indices indicate greater genetic variability of access GBrPF-PA, GBrPF-CE and GBrPF-CEB, the analysis of gene structure identified an allele sharing and access of the population, suggesting that accesses listed represent the genetic structure of the original population. The grouping (UPGMA) showed the formation of 14 groups, with the GBrPF-CEB and GBrPF-PA showed greater similarity to the original population accesses. In the second study, for the study of genetic relationships among accessions of tall coconut palm, 19 primers were polymorphic, detecting 125 alleles, with an average of 6.57 alleles/locus. Genotypic indices indicate greater genetic variability among accessions of coconut - derived giant introduced the Pacific region. The analysis of gene structure led to the formation of five groups and accessions collected in Brazil showed genetic relationship with the African access and the emergence of ecotypes giant coconut palm in Brazil. Cluster analysis by the Nearest Neighbor method formed two main groups. In group I, the accessions were grouped into three subgroups: Ia (GTG, GRT and GPY), Ib (GRL and GVT) and Ic (GML). In group II, the accessions were separated into two subgroups: IIa (GOA) and IIb (GBrMe, GBrPF),indicating that the genetic relationships of the accessions are based on ecogeographic regions. In the third work, the study of genetic diversity through morphological markers using techniques of univariate and multivariate genetic variability was observed among genotypes. The results of principal component analysis, obtained from 16 morphological characters shows that three components were needed, that the variance explained by them reached a minimum of 80% and the selection of six characters with the highest contribution to the study of diversity. UPGMA was formed by five groups. Group I meets the GVT and GML access; group II with GPY, GTG and GBrPF; group III and IV each with one access, GRT and GOA, respectively, while group V with GBrMe and GRL. Groups showed an inconsistency with respect to the origins of the accessions, probably due to the quantitative nature of those characteristics that are controlled by many genes, being affected by environmental factors. Diversity and genetic structure evaluations demonstrate the variability and genetic relations in giant coconut palm. These results will guide decisions about the activities of conservation and use of coconut germplasm in the country / O coqueiro-gigante representa cerca de 70% da exploração do coqueiro no Brasil. Apesar disso, as informações sobre a variabilidade genética existente nas populações brasileiras e suas relações genéticas ainda são incipientes. Os marcadores microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeats), e os marcadores morfológicos, são as técnicas mais indicadas para os estudos de diversidade genética. Assim, o conhecimento da variabilidade e da estruturação genética em coqueiro-gigante, torna-se necessário para direcionar as atividades de conservação e utilização do germoplasma nos programas de melhoramento da espécie. Os objetivos do presente estudo foram: 1) analisar a distribuição da variabilidade genética da população original de gigante-do-Brasil-da-Praia-do-Forte (GBrPF-PO), localizada do litoral norte do Estado da Bahia, e de quatro acessos procedentes dessa população; 2) os níveis de diversidade e as relações genéticas entre dois acessos de coqueiro-gigante coletados no Brasil e sete acessos introduzidos de diferentes regiões geográficas do mundo, conservados no Banco Internacional de Coco para a América Latina e Caribe (ICG- LAC).Os acessos foram analisados por meio de 25 primers SSR específicos e 16 descritores morfoagronômicos da lista do IPGRI, 1995.Os acessos de gigante-do-Brasil-da-Praia-Forte (GBrPF) são conservados em bases físicas no Ceará (GBrPF-CE), Pará (GBrPF-PA) e no ICG-LAC, este último em duas bases físicas em Sergipe: uma no campo experimental do Betume, no município de Neopólis (GBrPF-CEB) e a outra no campo experimental de Itaporanga, no município de Itaporanga d’Ajuda (GBrPF-CEI). Os demais acessos de coqueiro: gigante-do-Brasil-de-Merepe (GBrMe), coletado no litoral do Nordeste do país, gigante-da-Malásia (GML), gigante-de-Vanuatu (GVT), gigante-do-Oeste-Africano (GOA), gigante-da-Polinésia (GPY), gigante-de-Rennel (GRL), gigante-de-Tonga (GTG) e gigante-de-Rotuma (GRT) introduzidos de diferentes regiões geográficas do mundo, também estão conservados no ICG-LAC no campo experimental do Betume. Três trabalhos oriundos deste projeto de pesquisa serão apresentados. No primeiro trabalho, constatou-se 18 primers polimórficos, 91alelos, com media de 5,05 alelos/loco. Os índices genotípicos indicam maior variabilidade genética dos acessos GBrPF-PA, GBrPF-CE e GBrPF-CEB, a análise da estrutura gênica identificou um compartilhamento de alelos da população e dos acessos, sugerindo que os acessos coletados, representam a estruturação genética da população original. O agrupamento (UPGMA), evidenciou a formação de 14 grupos, tendo os acessos GBrPF-CEB e GBrPF-PA mostrado maior similaridade com a população original. No segundo trabalho, para o estudo das relações genéticas entre acessos de coqueiro-gigante, 19 primers foram polimórficos, detectando 125 alelos, com média de 6,57 alelos/loco. Os índices genotípicos indicam uma maior variabilidade genética entre os acessos de coqueiros-gigantes introduzidos oriundos da região do Pacífico. A análise da estrutura gênica levou a formação de cinco grupos e os acessos coletados no Brasil apresentaram relação genética com o acesso Africano e o surgimento de ecótipos de coqueiro-gigante no Brasil. A análise de agrupamento pelo método do Vizinho mais Próximo formou dois grupos principais. No grupo I, os acessos foram agrupados em três subgrupos: Ia (GTG, GRT e GPY), Ib (GRL e GVT) e Ic (GML). No grupo II, os acessos foram separados em dois subgrupos : IIa (GOA) e IIb (GBrMe, GBrPF). Indicando que as relações genéticas dos acessos são fundamentadas nas regiões ecogeográficas. O terceiro trabalho,o estudo da diversidade genética, por meio de marcadores morfoagronômicos utilizando técnicas de análises uni e multivariadas, foi observada variabilidade genética entre os acessos. Os resultados da análise dos componentes principais, obtidos a partir de 16 caracteres morfoagronômicos mostra que foram necessários três componentes, para que a variância por eles explicada atingisse um mínimo de 80% e a seleção de seis caracteres de maior contribuição para o estudo da diversidade. Pelo método UPGMA formou-se cinco grupos. O grupo I reúne os acessos GVT e GML; o grupo II com o GPY, GTG e GBrPF; o grupo III e IV com apenas um acesso cada, GRT e o GOA, respectivamente e o grupo V com o GBrMe e GRL. Os grupos apresentaram uma incoerência com relação às origens dos acessos, provavelmente devido à natureza quantitativa das características avaliadas, que são controladas por muitos genes, sendo afetadas por fatores ambientais. As avaliações da diversidade e da estruturação genética evidenciam a variabilidade e as relações genéticas existentes em coqueiro-gigante. Esses resultados permitirão orientar as decisões sobre as atividades de conservação e uso do germoplasma do coqueiro no país / 2017-01-04

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3476957 bytes, checksum: 7b79218599a11932aefca465d11aafc6 (MD5) Previous issue date: 2013-07-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The present work reports results from the research developed at the "International consortium for the sequencing of the genome and transcriptome of the common bean (Phaseolus vulgaris)" (Prosul/CNPq and CYTED) project conducted at Embrapa Rice and Beans (CNPAF) and the Federal University of Viçosa (UFV), which is composed of two distinct subprojects: Sequencing and characterization of the BACs-ends and Identification and development of SNPs markers in common bean . The dissert were structured in two chapters, each derived from their respective subprojects, containing the objectives and the main results presented below: Chapter 1- With the intention of amplifying and deepening the understanding about the P. vulgaris genome structure and composition, the goal of this study was to generate BAC-end sequences (BESs) from one BAC (Bacterial Artificial Chromosome) library and analyze the sequences for the presence of SSRs and genomic annotation. In total, 52,270 BESs were generated and processed equaling 32 Mbp (6.5%) of the P. vulgaris genome, with 39% of GC content. A total of 3,789 BES-SSRs were found, one for every 8.36 kb. Of these, 2,000 SSRs were appropriated for the development of molecular markers, of these 194 were evaluated and 40 were characterized for genetic and operational aspects. Of the 52,270 BESs, approximately, 2% contained sequences that encode transcription factors and 3% contained transposable elements. Through the comparison with the NCBI non-redundant protein database, it was possible to identify putative functions for 24,321 BESs, accounting for 46.53% of the total sequences analyzed. According to Gene Ontology (GO) terms functional categories were assigned to 19,363 BESs involved in biological process (52%), molecular function (65%) and cellular component (22%). This study allowed us to successfully identify BES-SSRs, highly polymorphic, searching for SSRs motifs of tri- to hexanucleotides, adding appropriate genetic features and with the potential to be used in the common bean genetic breeding programs. Additionally, the generated and processed BESs were integrated into the international project of common bean genome sequencing assisting in the composition and assembly of the genome. Chapter 2- The objectives of this study were to evaluate and compare the informativeness of 58 SSRs (24 SSRs-di dinucleotide microsatellites and 34 BES-SSRs tri- to hexanucleotide microsatellites) and 345 SNPs, as suited tools to P. vulgaris breeding programs. A germplasm set of 88 genotypes compounded of 55 breeding material and 33 landraces was evaluated, including eight biparental combinations derived from inter and intra-gene pool crosses. The SSRs-di displayed higher average of alleles/locus (9.916) and gene diversity (72.1%), exhibiting a superior capacity to distinguish the whole group of genotypes. Fourteen SSRs, out of the 58, with a considerable number of private alleles (over 14.93/locus) and high levels of gene diversity (84%), discriminated all 88 genotypes. The polymorphic SNPs, among inter (78.2%) and intra-gene pool (17.7%) combinations, were evaluated concerning their employment in genetic mapping. The approaches utilized to infer the genetic population structure presented correspondent results among all classes of markers, differentiating the genotypes within Andean and Mesoamerican gene pools. The SNPs, however, evidenced a superior (K = 2, FST = 0.895) competence to differentiate between the two gene pools. Furthermore, the SSRs-di distinguished, within Mesoamerican gene pool, the breeding material and the landraces germplasm (K = 3). Despite the high levels of linkage disequilibrium for both SSRs and SNPs, the latter yielded higher levels (84.92%). The linkage disequilibrium levels dropped when Andean and Mesoamerican genotypes were analyzed separately. The SSRs and SNPs distribution in P. vulgaris genome was abundant and random. Concerning the breeding program, SSRs and SNPs genotyping panels are now available, allowing the germplasm origin to be disclosed. In addition, a group of polymorphic SNPs, between several biparental populations, presents itself as an extension of such technology in the development of high-density genetic maps, with a substantial marker overlapping through crosses. This study contributes for the integration of genomic tools within breeding programs, connecting feasible and low cost techniques with efficient/wide genome sampling of the common bean. / Este trabalho apresenta resultados de pesquisas desenvolvidas no âmbito do Projeto Consórcio internacional para o sequenciamento do genoma e do transcriptoma do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris) (Prosul/CNPq e CYTED) conduzido na Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) e na Universidade Federal de Viçosa (UFV), sendo este composto por dois subprojetos distintos: Sequenciamento e caracterização das pontas de BACs e Identificação e desenvolvimento de marcadores SNPs em feijoeiro comum . A dissertação foi estruturada em dois capítulos, cada um derivado de um subprojeto, contendo os objetivos e os principais resultados apresentados a seguir: Capítulo 1- Com o intuito de ampliar e aprofundar o conhecimento sobre a estrutura e composição do genoma de P. vulgaris este estudo teve como objetivo sequenciar uma biblioteca BAC (Bacterial Artificial Chromosome) a partir de suas extremidades (BESs BAC-end sequences) e analisar as sequências quanto à presença de SSRs e a anotação genômica. Ao todo, 52.270 BESs foram geradas e processadas equivalendo a 32 Mpb (6,5%) do genoma de P. vulgaris, com conteúdo de GC estimado em 39%. Foram encontrados um total de 3.789 BES-SSRs, um a cada 8,36 kb. Destes, 2.000 foram adequados para o desenvolvimento de marcadores moleculares, dos quais 194 foram avaliados e 40 deles foram caracterizados quanto a aspectos genéticos operacionais. Das 52.270 BESs, aproximadamente 2% continham sequências que codificavam fatores de transcrição e 3% continham elementos transponíveis. Através da comparação com o banco de dados não-redundante de proteínas do NCBI, foi possível identificar funções putativas para 24.321 BESs, contabilizando 46,53% do total de sequências analisadas. Com base nos termos do Gene Ontology (GO), foram atribuídas categorias funcionais a 19.363 BESs inseridas em processos biológicos (52%), função molecular (65%) e componente celular (22%). Este estudo permitiu identificar com sucesso BES-SSRs altamente polimórficos, buscando motivos SSRs de tri- a hexanucleotídeos, agregando características genéticas adequadas e com potencial de serem utilizados no programa de melhoramento genético de feijoeiro comum. Adicionalmente, as BESs geradas e processadas foram integradas ao projeto internacional de sequenciamento do genoma de feijoeiro comum auxiliando na composição e montagem do mesmo. Capítulo 2- O objetivo desse estudo foi avaliar e comparar o poder de informação genética de um grupo de 58 marcadores SSRs (24 SSRs-di microssatélites dinucleotídeo e 34 BES-SSRs microssatélites tri- a hexanucleoídeo) e 345 SNPs para aplicações no melhoramento genético de P. vulgaris. Foram avaliados 88 genótipos representativos de 55 acessos melhorados e 33 variedades tradicionais, incluindo oito combinações biparentais composta por cruzamentos inter- e intra-pool gênico. Os SSRs-di apresentaram maior média de alelos por loco gênico (9,916) e revelaram maior diversidade genética média (72,1%), sendo o grupo de marcadores com o maior poder de discriminação genética entre indivíduos. Entre os 58 SSRs, 14 com uma elevada média de alelos privativos (14,93/loco) e diversidade genética (84%) possibilitaram a discriminação individual dos 88 genótipos. Os SNPs polimórficos entre cruzamentos biparentais, intra- (17,7%) e inter-pool gênico (78,2%), foram avaliados quanto à aplicação prática no mapeamento genético. As abordagens utilizadas para inferir a estrutura genética populacional apresentaram resultados similares entre os grupos de marcadores, discriminando os genótipos nos pools gênicos Mesoamericano e Andino, com a maior diferenciação genética (K = 2, FST = 0,895) apresentada pelos SNPs. Os SSRs- di possibilitaram discriminar dentro do pool gênico Mesoamenricano o germoplasma melhorado e tradicional (K = 3). O desequilíbrio de ligação testado para todos os marcadores foi elevado, sendo maior para os SNPs (84,92%), reduzindo significativamente quando avaliado separadamente para os genótipos Andinos e Mesoamericanos. A distribuição dos SSRs e SNPs foi ampla e aleatória em todo o genoma de P. vulgaris. Em termos de resultados práticos para o programa de melhoramento, neste estudo foram derivados painéis de genotipagem operacionais baseado em SSRs e SNPs com alto e eficiente poder de discriminação do germoplasma por origem. Adicionalmente, um conjunto de SNPs polimórficos entre diversas populações biparentais representa uma aplicação adicional dessa tecnologia para geração de mapas genéticos de alta densidade compreendendo uma proporção substancial de marcadores compartilhados entre cruzamentos. Esse estudo contribui para a integração crescente da genômica nos programas de melhoramento, aliando metodologias de genotipagem acessíveis e a baixos custos que permitem amostrar de modo eficiente e/ou amplo o genoma de feijoeiro comum.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T17:41:45Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 461198 bytes, checksum: 1983c9ff254d751fb9f67e35fbabb1fc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T17:41:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 461198 bytes, checksum: 1983c9ff254d751fb9f67e35fbabb1fc (MD5) Previous issue date: 2004-08-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Visando piramidar genes de resistência à ferrugem (Uromyces appendiculatus), antracnose (Colletotrichum lindemuthianum) e mancha-angular (Phaeoisariopsis griseola) em cultivar de feijão do tipo carioca, foram intercruzadas quatro isolinhas de feijoeiro-comum. As isolinhas foram obtidas por meio de retrocruzamento nos quais foi utilizado o cv. Rudá como genitor recorrente. As isolinhas continham os seguintes genes de resistência: linha ON-48-99 - genes Co-10 e Ur-ON provenientes do cultivar Ouro Negro, linha AB-74-1-18 - gene Co-6 proveniente do cultivar AB-136, linha TO- 41-5-6-24 - gene Co-4 proveniente do cultivar TO e linha AND-7-2-9-7-10 - gene Phg- 1 proveniente do cultivar AND 277. Após seleção para homozigose e avaliação das características altura de plantas, número de dias para floração, número de dias para maturação, produtividade de grãos, peso de 100 sementes, número de sementes por vagens, número de vagens por plantas, e da reação de resistência aos patótipos de Uromyces appendiculatus, Colletotrichum lindemuthianum e Phaeoisariopsis griseola, as isolinhas foram intercruzadas duas a duas. Em seguida, as plantas F 1 foram intercruzadas para obter os híbridos duplos. Os marcadores moleculares SCAR-F10 1150a , SCAR-BA8 560a , OPX11 550a , OPY20 830a , OPB03 1800r , OPAZ20 940a e OPH13 490a associados aos respectivos genes de resistência Ur-ON, Co-10, Co-6, Co-4 e Phg-1 proveniente foram utilizados para identificar as plantas contendo todos os genes de interesse as quais foram autofecundadas para obtenção de sementes F 2 . As sementes F 2 foram semeada em casa de vegetação, e as plantas F 2 foram genotipadas utilizando-se de marcadores moleculares ligados aos genes de resistência. A resistência das plantas foi também confirmada por inoculação dos patógenos. Na geração F 3 foi feita nova avaliação com os marcadores moleculares, selecionando-se apenas as plantas que apresentavam todas as marcas. Este procedimento foi também utilizado na geração F 4 . No final deste processo foi obtida uma população constituída de 40 famílias F 4 denominadas genericamente por ́Rudá R`. Paralelamente, foi feito o cruzamento de ́Rudá R` com o cv. Pérola, obtendo-se 30 famílias F 4 . Sementes das famílias F 4:5 foram multiplicadas para realização de experimento a campo. As famílias F 4:6 foram testadas quanto ao seu desempenho agronômico em ensaio em condição de campo e foram selecionadas 4 e 3 linhagens F 4:7 de cada população, respectivamente. Estas famílias foram avaliadas quanto à resistência a diferentes patótipos de U. appendiculatus, C. lindemuthianum e P. griseola. As inoculações feitas em famílias F 4:7 mostraram que as famílias R-127-10-14, R-97-13-5, R-97-13-6, R-127-4-13, P-33-5-1, P-49-8-2 e P-49-2- 2 se comportaram como resistentes a todos os patótipos de U. appendiculatus e C. lindemuthianum, e a cinco dos sete patótipos de P. griseola inoculados. As melhores familias serão avaliadas em uma rede de ensaio de Valor de Cultivo e Uso (VCU) para uma possível recomendação de um novo cultivar de feijão tipo carioca. A seleção de linhagens de feijão com grãos do tipo carioca, resistentes à ferrugem, antracnose e mancha-angular confirmam o grande potencial e a importância do uso da seleção assistida por marcadores moleculares em programas de piramidação de genes de resistência. / The objective of this work was to pyramid resistance genes to rust (Uromyces appendiculatus), anthracnose (Colletotrichum lindemuthianum) and angular leaf spot (Phaeoisariopsis griseola) in the "carioca-type" common bean cultivar Rudá. Four isolines were obtained in four backcross programs and intercrossed. The isolines contained the following resistance genes: isoline ON-48-99 - genes Co-10 and Ur-ON from cultivar Ouro Negro (ON), isoline AB-74-1-18 - gene Co-6 from cultivar AB 136, isoline TO-41-5-6-24 - gene Co-4 from cultivar TO and isoline AND-7-2-9-7-10 - gene Phg-1 from cultivar AND 277. After selection for homozygosis and evaluation of different quantitative, morphologic, and molecular characteristics, and for resistance to rust, anthracnose and angular leaf spot, the isolines were intercrossed. The F 1 plants were intercrossed to obtain the double hybrid. The molecular markers SCAR-F10 1150a , SCAR-BA8 560a , OPY20 830a , OPAZ20 940a , OPH13 490a , OPX11 550a and OPB03 1800r associated to the resistance genes were used to identify the plants containing all the genes of interest which were selfed to obtain the F 2 seeds. The F 2 seeds were sown, and the corresponding plants were selected with molecular markers linked to the resistance genes and resistance was confirmed by inoculation of the pathogens. The selection based on molecular markers was repeated in the F 3 and F 4 generations, only plants containing all the markers were selected. At the end of this process a population of 40 families was obtained and designated ́Rudá R`. In a parallel procedure, ́Rudá R` were crossed with cv. Pérola. Thirty F 4 families ( ́Rudá R` x Pérola) were obtained. Seeds of the F 4:5 families were multiplied and used for agronomic evaluation in preliminary field tests. Four and three lines were selected from populations ́Rudá R` and ́Rudá R` x Pérola, respectively. These lines were tested against different pathotypes of U. appendiculatus, C. lindemuthianum and P. griseola. The inoculations done in F 4:7 lines showed that the lines R-127-10-14, R-97-13-5, R-97-13-6, R-127-4-13, P-33-5-1, P-49- 8-2 and P-49-2-2 were resistant to all pathotypes of U. appendiculatus and C. lindemuthianum, and to five of the seven pathotypes of P. griseola tested. The lines are xstill being analyzed for quantitative characteristics in field trials. The best lines will be tested in an official trial to be released as new varieties of "carioca-type" bean. The selection of bean lines with "carioca-type" grains, resistant to rust, anthracnose and angular leaf spot confirm the power and importance of the use of marker assisted selection in breeding programs aiming to pyramid disease resistance genes.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 503594 bytes, checksum: 9404a8d4266a856855a02a401fdb8a03 (MD5) Previous issue date: 2010-07-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Wheat is one of the principal cereals in the world and is processed into a wide range of products. In recent decades researchers have shown concern over acquisition of cultivars with good baking quality, a characteristic which initially refers to the protein composition of the endosperm, composed principally of the proteins making up gluten. Various methodologies have been employed in the evaluation of this characteristic, including SDS-PAGE (polyacrylamide gel electrophoresis), SE-HPLC (size exclusion high performance liquid chromatography), baking tests and employment of genetic markers. In an attempt to compare the different existing methodologies and propose a strategy for wheat genetic improvement programs based on industrial quality, four different techniques were tests with 45 national cultivars. Six allele-specific markers were used for verification of the presence of the HMW subunits: Glu-D1-1d (5+10) and Glu-B1-2a (7+8), one LMW subunit: Glu-A3d, the presence or absence of 1B/1R translocation: by the presence of Glu-B1 (long arm of the wheat chromosome) or ω- secalin (gene of the short arm of rye) and puroindoline (Pinb-D1b). Also employed where SDS-PAGE, SE-HPLC and baking test methods. As a result of applying the markers, the presence in the genotypes observed was: 71% for subunit Glu-D1-1d (5+10), 16% for Glu-B1-2a (7+8), 60% for Glu-B1 (absence of translocation) and 8% for Pinb-D1b and Glu-A3d. The results of SDS-PAGE suggested a prevalence of the subunits 2* and 1 in chromosome 1A; 7+8, 7+9 and 17+18 in 1B; and 5+10 in 1D. The average values of SE-HPLC were 35.99% and 44.99% for the polymeric protein in protein (PPP) and unextractable polymeric protein (UPP), respectively, and 1.29 for the ratio between gliadins and glutenins (GLI/GLU), with significant variation among the genotypes (p≤0.05). The baking test also showed a significant difference (p≤0.05) between the cultivars under the same conditions. The UPP data were independent of the PPP percentage data, signifying that a portion of the unextractable polymeric protein (UPP) does not depend on the greater percentage of total polymeric proteins. However there was a positive correlation between the score of HMW subunits, evaluated by SDSPAGE, and the UPP values; this indicates that scoring has apparently been efficient in classifying the genotypes of greatest quality. The cultivars without translocation with rye also showed better results for UPP, PPP and GLI/GLU in relation to those possessing translocation. The GLI/LGU ratio is correlated with the specific volume of the bread, but apparently does not guarantee quality of the qualitative characteristics, which may indicate the action of gliadins in extensibility, but with a lack of structure in the gluten network. These results corroborate for the selection of HMW subunits 5+10, cultivars without translocation with rye, with high values of UPP and an appropriate GLI/GLU ratio with the objective of obtaining greater wheat baking quality. / O trigo é um dos principais cereais em todo o mundo, sendo processado para uma gama de produtos. Surgiu nas últimas décadas a preocupação dos pesquisadores com a obtenção de cultivares com boa qualidade de panificação, característica que refere-se primordialmente a constituição protéica do endosperma, composta principalmente pelas proteínas formadoras de glúten. Várias metodologias vêm sendo empregadas na avaliação dessa característica, dentre as quais, estão o SDS-PAGE (eletroforese em gel de poliacrilamida), SE-HPLC (cromatografia líquida de alta eficiência por exclusão molecular), teste de panificação e o emprego de marcadores genéticos. Buscando comparar as diferentes metodologias existentes e propor uma estratégia a programas de melhoramento de trigo voltados à qualidade industrial, testaram-se quatro diferentes técnicas em 45 cultivares nacionais. Usaram-se seis marcadores alelo-específicos direcionados à verificação da presença das subunidades de HMW: Glu-D1-1d (5+10) e Glu-B1-2a (7+8), uma subunidade de LMW: Glu-A3d, a presença ou ausência de translocação 1B/1R: pela presença de Glu-B1 (braço longo do cromossomo de trigo) ou de ω-secalin (gene do braço curto do centeio) e puroindolina (Pinb-D1b). Também foram empregadas as metodologias de SDS-PAGE, SE-HPLC e teste de panificação. Como resultado da aplicação de marcadores obteve-se presença nos genótipos de: 71% para subunidade Glu-D1-1d (5+10), 16% para Glu-B1-2a (7+8), 60% para Glu-B1 (ausência de translocação) e 8% para Pinb-D1b e Glu-A3d. Os resultados de SDS-PAGE apontam uma prevalência das subunidades 2* e 1 no cromossomo 1A; 7+8, 7+9 e 17+18 no 1B; e 5+10 no 1D. Enquanto, os valores médios de SE-HPLC foram de 35,99% e 44,99% para as frações de proteínas poliméricas totais (PPP) e não-extraíveis (UPP), respectivamente, e 1,29 para a relação entre gliadinas e gluteninas (GLI/GLU), com variação significativa entre os genótipos (p≤0,05). O teste de panificação também apontou diferença significativa (p≤0,05) entre as cultivares nas mesmas condições. Os dados de UPP foram independentes dos dados da proporção de PPP, significando que a porção de proteínas poliméricas não-extraíveis (UPP) não depende de maior proporção de proteínas poliméricas totais. Enquanto houve correlação positiva entre o escore dado às subunidades de HMW, avaliadas por SDS-PAGE, e os valores de UPP; isto indica que a pontuação aparentemente vem sendo eficaz em classificar os genótipos de melhor qualidade. As cultivares sem translocação com centeio também obtiveram melhores resultados para UPP, PPP e GLI/GLU em relação as que a possuem. A relação GLI/GLU está correlacionada ao volume específico dos pães, mas aparentemente não garantiu boa qualidade nas características qualitativas, o que pode indicar a ação de gliadinas na extensibilidade, mas com falha na estruturação da rede de glúten. Esses resultados corroboram para uma seleção a favor das subunidades 5+10 de HMW, de cultivares sem translocação com centeio, com alto valor de UPP e razão apropriada de GLI/GLU, quando se objetiva melhorar a qualidade de panificação do trigo.

Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-08T13:49:50Z No. of bitstreams: 2 Tese - Stella Cristina Dias Valdo - 2017.pdf: 4757114 bytes, checksum: 62d9148c9c6315952ac5a86bdb1f9417 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Rejected by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com), reason: Olhe o espaço a mais na citação: VALDO, S. C. D. Estudo de resistência à murcha-de-fusarium e identificação de QTLs em feijeiro-comum. 2017. 178 f. Tese (ESPAÇO A MAIS Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2017. on 2018-10-09T10:59:43Z (GMT) / Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-09T11:17:13Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Stella Cristina Dias Valdo - 2017.pdf: 4757114 bytes, checksum: 62d9148c9c6315952ac5a86bdb1f9417 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-09T11:41:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Stella Cristina Dias Valdo - 2017.pdf: 4757114 bytes, checksum: 62d9148c9c6315952ac5a86bdb1f9417 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T11:41:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Stella Cristina Dias Valdo - 2017.pdf: 4757114 bytes, checksum: 62d9148c9c6315952ac5a86bdb1f9417 (MD5) Previous issue date: 2017-04-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The common bean (Phaseolus vulgaris) crop plays an important role in the culture and economy of Brazil. It is cultivated in all Brazilian regions and is affected by several diseases like fusarium wilt which is caused by Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli (soil-born fungus). This disease brings significant losses in common bean culture and genetic resistance is the primary form of control. One of the core goals of breeding programs is the development of resistant cultivars, therefore the objectives of this work are: i) To select F. oxysporum f. sp. phaseoli resistant F5:7 lines resulted from the crossing between Ouro Branco X CNFP10132, under controlled field and environment conditions ii) To identify SSR markers and QTL-linked SNPs associated with the resistance of common bean to fusarium wilt using 92 recombinat inbred lines(RILs) resulted from the crossing between Ouro Branco x CNFP10132. In the first study, 140 lines, the breeders Ouro Branco and CNFP10132, BRS Esplendor (resistant) and BRS Supremo (susceptible) as controls were evaluated. Field trials were conducted in a center pivot area where natural infestation of the pathogen occurs. The treatments were evaluated in summer and winter crop and the experimental design used was 12x12 triple lattice. The two controlled environment trials were conducted in a completely randomized design. The treatments were inoculated by cutting and immersing the roots in a conidial suspension, which was adjusted to 1x106 conidia/ml for five minutes. The evaluation was performed using a scale of nine grades that represent the severity of the disease: 1 – absence of symptoms and 9 – over 75% of foliage with wilt symptoms. Data were submitted to analysis of variance and Scott-Knott test for both environments. The area under the disease progress curve (AUDPC) and genetic parameters were estimated for controlled environment tests. Significant differences were observed for crops and for controlled environment trials, indicating that environment influences directly the severity of the disease. Highly significant differences were found for lines in all environments evaluated, demonstrating the existence of genetic variability, which allows the selection of resistant lines resistant to fusarium wilt. Treatments were classified in different groups according to the Scott-knott test. When considering the lowest averages in field, controlled environment and AUDPC, the strains Ouro Branco x CNFP 10132.140, Ouro Branco x CNFP 10132.49, Ouro Branco x CNFP 10132.12, Ouro Branco x CNFP 10132.90 and Ouro Branco x CNFP 10132.48 were prominent and are candidates to produce a breeding program. Heritability estimates were high for all environments, mean of 85.48% for field and 95.47% for controlled environment. Therefore, selection for resistance to F. oxysporum f. sp. phaseoli of these lines, will be successful. In the second study it was extracted DNA from 92 lines and from genitors for genotyping with SSRs and SNPs. In order to obtain the localization of these markers, sequences of the primers were aligned to the andean genome of the common bean. The method of single marker (analysis of QTLs based on linear regression) was used to identify QTLs associated with fusarium wilt resistance. These markers were considered significant when brought up p-value <0.05. Ninety-three markers were linked to 104 QTLs associated with fusarium wilt resistance and among these, were considered significant in more than one environment PV 115, PV 251, BARC-PV-0004089, BARC-PV-0004548, BARC-PV-0003450, BARC-PV-0006051, BARC-PV-0003368 , BARC-PV-0005477 and BARC-PV-0004897. However only the BARC-PV-0003450 marker was highly significant in the two environment controled trials (p <0.001) and winter crop (p <0.01) and explained up to 21.5% of the phenotypic variance. Subsequently, the gene annotation was made considering the location of all markers that were significant at p <0.01 comprising 500 kb before and after the localization. 960 coded transcripts were annotated. It was observed in gene annotation that BARC-PV-0003450 marker is located on the chromosome 8, 338.54 kb distant of the gene Phvul.008G014700 which is associated with the putative protein RPP13 related to disease resistance, identified in Arabidopsis thaliana. This protein belongs to the third class of resistance genes that encloses the domain called Leucine-Rich Repeats (LRR). This domain is involved in the recognition of the pathogen by the host during the infection process. Therefore, this marker is suitable for marker- assisted selection aiming the development of cultivars resistant to fusarium wilt. / A cultura do feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris) tem importância cultural e econômica no Brasil. O feijoeiro-comum é cultivado em todas as regiões brasileiras e é acometido por várias doenças, como a murcha-de-fusarium, causada pelo fungo habitante de solo Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli. Esta doença causa significativas perdas na cultura e a principal forma de controle é a resistência genética. Desenvolver cultivares resistentes é um dos alvos dos programas de melhoramento, portanto os objetivos deste trabalho foram: i) selecionar linhagens resistentes obtidas de população F5:7 oriunda do cruzamento entre Ouro Branco e CNFP10132 para F. oxysporum f. sp. phaseoli, em condições de campo e de ambiente controlado e ii) identificar marcadores SSR e SNP's ligados a QTLs associados à resistência do feijoeiro-comum à murcha-de-fusarium utilizando 92 linhagens recombinantes endogâmicas (RILs) derivadas do cruzamento Ouro Branco x CNFP10132. No primeiro estudo 140 linhagens, os genitores Ouro Branco e CNFP10132, duas testemunhas BRS Esplendor (resistente) e BRS Supremo (suscetível) foram avaliados. Os ensaios de campo foram conduzidos em área de pivô central onde ocorre infestação natural do patógeno. Os tratamentos foram avaliados em duas safras (safra das águas e de inverno) em delineamento de látice triplo 12x12. Os dois ensaios em ambiente controlado foram conduzidos em delineamento inteiramente causalizado. As plantas foram inoculadas utilizando o método de corte de raiz e imersão destas na suspensão de conídios, que foi ajustada para 1x106 conídeos/mL durante cinco minutos. A avaliação foi feita utilizando uma escala de notas de nove graus que representam a severidade da doença: sendo 1 - ausência de sintomas e 9 - acima 75% da folhagem com sintomas de murcha. Os dados foram submetidos à análise de variância e teste de Scott-Knott para os ambos ambientes. Para os ensaios em ambiente controlado foram estimados área abaixo da curva do progresso da doença (AACPD) e parâmetros genéticos. Foram observadas diferenças significativas para safras e para ensaios de ambiente controlado, indicativo de que o ambiente influencia diretamente na severidade da doença. Foram encontradas diferenças altamente significativas para linhagens em todos os ambientes avaliados, evidenciando a existência de variabilidade genética, o que possibilita seleção de linhagens resistentes à murcha-de-fusarium. Ao considerar as menores médias em campo, ambiente controlado e ACCPD as linhagens Ouro Branco x CNFP 10132.140, Ouro Branco x CNFP 10132.49, Ouro Branco x CNFP 10132.12, Ouro Branco x CNFP 10132.90 e Ouro Branco x CNFP 10132.48 se destacaram e são candidatas para compor o programa de melhoramento. As estimativas de herdabilidade foram altas para todos os ambientes, média de 85,48% para campo e 95,47% para ambiente controlado. Portanto, a seleção para resistência à F. oxysporum f. sp. phaseoli dentre estas linhagens, será bem sucedida. No segundo estudo foi extraído o DNA de 92 linhagens e dos genitores para genotipagem com marcadores SSRs e SNPs. Para obtenção da localização destes marcadores as sequências dos primers foram alinhadas no genoma andino do feijoeiro-comum. O método de mapeamento por marcas simples (análise de QTLs por meio da regressão linear) foi utilizado para identificar QTLs associados à resistência à murcha-de-fusarium. Foram considerados marcadores significativos os que apresentaram p-valor<0,05. Noventa e três marcadores foram identificados ligados a 104 QTLs associados à resistência à murcha-de-fusarium. Dentre estes marcadores destaca-se os que foram significativos em mais de um ambiente PV 115, PV 251, BARC-PV-0004089, BARC-PV-0004548, BARC-PV-0003450, BARC-PV-0006051, BARC-PV-0003368, BARC-PV-0005477 e BARC-PV-0004897. Dentre os marcadores, somente o marcador BARC-PV-0003450 foi altamente significativo nos dois ensaios, em ambiente controlado (p<0,001) e na safra de inverno (p<0,01), e explicou até 21,5% da variância fenotípica. Foi feita a anotação gênica considerando a localização de todos os marcadores que foram significativos à p<0,01 e abrangeu 500 kb anterior e posterior à localização. Foram anotados 960 transcritos codificados. Ainda observou-se que o marcador BARC-PV-0003450 está localizado no cromossomo 8 distante 338,54 kb do gene Phvul.008G014700 o qual está associado à proteína putativa RPP13 relacionada com resistência à doenças, identificada em Arabidopsis thaliana. Esta proteína pertence à terceira classe de genes de resistência que engloba o domínio denominado de Repetições Ricas em Leucina (LRR; Leucine Rich Repeats). Este domínio está envolvido no reconhecimento do patógeno pelo hospedeiro durante o processo de infecção. Portanto há a possibilidade de selecionar linhagens resistentes à murcha-de-fusarium e identificar QTLs que possivelmente estão ligados aos marcadores utilizados

O câncer de mama é o carcinoma que mais acomete mulheres no Brasil. Os tratamentos disponíveis são recomendados a partir da análise de fatores de prognóstico como a classificação pelo sistema TNM, tipo histológico, status de receptores hormonais e marcadores de proliferação tumoral. No entanto, a classificação dos tumores de mama é muito variável e o poder prognóstico dos marcadores tumorais atuais ainda é limitado, levando muitas pacientes à terapia adjuvante desnecessária. Portanto, novos métodos de prognóstico mais sensíveis são necessários para melhorar a tomada de decisão na clínica oncológica de pacientes com câncer de mama. Do ponto de vista de ciência básica, as modificações transcricionais associadas à oncogênese e progressão do câncer de mama ainda são pouco conhecidas. Além da alteração na expressão de genes codificadores para proteínas, evidências recentes sugerem que RNAs não-codificadores (ncRNAs) podem ter um papel importante na transformação maligna. Este projeto teve como principais objetivos: i) investigar a expressão de ncRNAs intrônicos em amostras de adenocarcinoma de mama e ii) identificar assinaturas de expressão gênica associadas a características anatomo-patológicas e clínicas de tumores de mama com potencial aplicação clínica. Para isso, foram comparados os perfis de expressão gênica de 58 amostras de tecido tumoral de mama, com seguimento clínico conhecido, utilizando uma plataforma de microarranjos de cDNA, enriquecida em ncRNAs provenientes de regiões intrônicas de genes humanos conhecidos. 9 Durante o projeto foram testadas diferentes metodologias para análise da expressão gênica utilizando microarranjos de cDNA com uma ou duas cores. O desenho experimental das hibridizações incluiu a co-hibridização de cada microarranjo com alvos fluorescentes representando o transcritoma da amostra de tumor juntamente com um oligonucleotídeo referência complementar a uma região presente em todas as sondas de cDNA (RefOligo). Este desenho experimental permitiu a avaliação de duas abordagens de análise da expressão gênica: a primeira baseada nas intensidades diretas de cada transcrito (One-Color) e a segunda baseada em razões de expressão onde a intensidade de cada transcrito foi normalizada pelo oligonucleotídeo referência (RefOligo). A utilização direta das intensidades se mostrou mais reprodutível e sensível para a detecção de assinaturas de expressão correlacionadas com características das amostras de mama, e essa abordagem foi escolhida para as análises subseqüentes. Os dados provenientes dos experimentos de microarranjos revelaram níveis de expressão ubíqüos dos transcritos intrônicos nas amostras analisadas, extendendo para o câncer de mama a relevância do estudo desta classe de ncRNAs. Além disso, foi identificada uma assinatura contendo 95 transcritos, correlacionada com o status de expressão do receptor de estrogênio (REr), dos quais cerca de 15% correspondem a ncRNAs. Utilizando apenas amostras com seguimento clínico superior a 4 anos, foi identificada uma assinatura com 113 transcritos, dos quais cerca de 30% são ncRNAs intrônicos, capaz de distinguir com 100% de acurácia pacientes que desenvolveram metástase daqueles que permaneceram livres da doença. Além de contribuir com novos candidatos a marcadores de prognóstico no câncer de mama, este estudo aponta para a participação de ncRNAs intrônicos em complexas redes transcricionais, possivelmente modulando a expressão de genes codificadores para proteínas. A caracterização detalhada da função de ncRNAs com expressão correlacionada a características fenotípicas e clínicas dos tumores de mama deverá fornecer novas informações sobre as bases moleculares da tumorigênese e progressão desta neoplasia. / Breast carcinoma is the most frequently occurring cancer amongst women in Brazil. The treatments available for breast cancer are prescribed based on the results of prognostic factors, such as the TNM classification system, histological type, hormonal receptor status and tumoral markers for cell proliferation. Nevertheless, breast cancer classification can be variable and inconsistent, and the prognosis power of tumoral markers is still limited, resulting in many patients unnecessarily undergoing adjuvant therapy. Therefore, there is an urge for new prognosis methods that are more sensitive, as well as accurate, in order to improve treatment decisions for breast cancer patients. From a basic science perspective, transcriptional modifications associated with oncogenesis and breast cancer progression are still poorly understood. Beyond alterations of the expression of protein-coding genes, recent evidences suggest that non-coding RNAs (ncRNAs) might have an important role in malignant transformation. The main goals of this project are: i) to investigate the expression of intronic ncRNAs in breast cancer tissue and ii) to identify gene expression signatures correlated to anatomo-pathological and clinical characteristics of human breast tumors, with a potential clinical aplication. To achieve this, gene expression profiles of 58 breast tumor samples with clinical follow-up were compared using a microarray platform enriched in non-coding RNAs (ncRNAs) derived from intronic regions of known human genes. During this project different gene expression methodologies were tested for the analysis of one- or two-color cDNA microarrays. The experimental design included the co-hybridization of the microarrays with fluorescent targets representing the tumor sample transcriptome with a reference oligonucleotide that is complementary to a 12 common region present in all cDNA probes (RefOligo). This experimental design permited the evaluation of two gene expression analysis approaches: the first based on direct intensities of each transcript (One-Color) and the second based in expression ratios where the intensity of each transcript is normalized by the reference oligonucleotide (RefOligo). One-Color methodology has shown to provide a more reproducible and sensitive gene expression signatures correlated to the breast samples characteristics and, therefore, this approach was chosen for subsequent analysis. The data provided by the microarray experiments revealed that ubiquitous expression of intronic ncRNAs was observed, confirming the relevance of investigating the role of this class of ncRNAs in breast cancer. Furthermore, a gene expression signature comprising 95 transcripts and correlated to the estrogen receptor status of breast tumor samples was identified, from which approximately 15% are ncRNAs. Using only samples from patients with known follow-up, a signature of 113 transcripts was identified, of which 30% are ncRNAs. This gene expression signature was able to distinguish with 100% accuracy patients that developed metastasis from those that remained disease-free up to 4 years after surgery. Besides the contribution of new molecular prognostic markers for breast cancer, the present study indicates that intronic ncRNAs might play a role in complex transcriptional networks, possibly regulating the expression of protein-coding genes. The detailed caracterization of the functional roles of ncRNAs, whose expression levels are correlated to fenotypical and clinical characteristics of breast tumors, is likely to provide new insigths on the molecular basis of tumorigenesis and progression of this neoplasia.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-15T13:58:20Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Laura Pereira Passos - 2016.pdf: 6140952 bytes, checksum: 715de51ee1d8b3b7ffd295f5d7121216 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-15T13:58:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Laura Pereira Passos - 2016.pdf: 6140952 bytes, checksum: 715de51ee1d8b3b7ffd295f5d7121216 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-15T13:58:44Z (GMT). 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In this sense, this study aimed to: (i) develop a robust genetic map for common bean using SNP markers and the RIL (Recombinant Inbreed Lines) mapping population derived from Ruda × AND 277; (ii) characterize this RIL population and their parents about the reaction to common bacterial blight in field and greenhouse; and (iii) identifying genomic regions (major genes and/or QTL) that control the bacterial blight in this population. We used 393 individuals of the Ruda × AND 277 RIL population, evaluated for reaction to CBB in two field trials in Ponta Grossa - PR, in the rain growing season of 2012 and 2014 and in an inoculation test at the greenhouse, in Santo Antônio de Goiás - GO. The population was genotyped with 5,398 SNP markers and mapping was performed using the R-OneMap and MapDisto programs. Statistical analyzes were performed in the Genes program, and the Scott-Knott method was used for averages groupingin R platform. The QTL analysis was conducted in QTLCartographer program. Using the chi-square test (1:1), 2,062 markers were selected for mapping. Three genetic maps with high strengt, saturation and resolution were built. Statistical analysis showed that there is genetic variability for the CBB resistance in the population of RILs. The QTL analysis identified 10 QTLs linked to resistance of CBB in the Ruda × AND 277 RIL mapping population, in the chromosomes PV01, PV02, Pv07, Pv09 and PV11, based on results from evaluations carried out in the field and greenhouse. The maps constructed for this population have high strength and resolution and may be used for future work on integrative mapping. The statistical analysis evidenced the quantitative character of resistance to CBB in common bean and showed that the parent Rudá has the CBB resistance alleles. It is expected that the markers linked to these QTLs identified can be used in future studies of marker assisted selection. / O feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris) é cultivado no Brasil em vários locais e diversas condições edafoclimáticas. As doenças estão entre as principais causas de prejuízos na produtividade dessa leguminosa, sendo o crestamento bacteriano comum (CBC) a principal bacteriose que afeta essa cultura. A resistência ao CBC no feijoeiro-comum é uma característica complexa, quantitativa, que resulta da interação de vários genes. Os mapas Genéticos são ferramentas que otimizam a busca de locos associados a esse tipo de característica, e os marcadores moleculares mais utilizados disponíveis para esse tipo de estudo são os SNPs (Single Nucleotide Polymorphism). Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivos: (i) construir um mapa genético robusto para o feijoeiro-comum, utilizando marcadores SNP e a população de RILs (Recombinant Inbred Lines, ou linhagens endogâmicas recombinantes) derivada do cruzamento Rudá × AND 277; (ii) caracterizar esta população de RILs e seus genitores quanto à reação ao crestamento bacteriano comum, em campo e em casa de vegetação; e (iii) identificar regiões genômicas (genes de efeito principal e/ou QTLs) que controlam a reação ao crestamento bacteriano comum nesta população. Foram utilizados 393 indivíduos da população de RILs Rudá × AND 277, avaliados quanto à reação ao CBC em dois ensaios de campo em Ponta Grossa – PR, nas águas de 2012 e 2014, e em um ensaio de inoculação em casa de vegetação, em Santo Antônio de Goiás - GO. A população foi genotipada com 5.398 marcadores SNP e o mapeamento das RILs foi realizado utilizando os programas R-OneMap e MapDisto. As análises estatísticas foram realizadas no programa Genes, sendo o agrupamento de médias de Scott-knott realizado na plataforma R. A análise de QTL foi realizada no programa QTLCartographer. Por meio do teste de quiquadrado (1:1) foram selecionados 2.062 marcadores para o mapeamento. Foram construídos três mapas genéticos com elevada robustez, saturação e resolução. As análises estatísticas evidenciaram que há variabilidade genética para a característica de resistência ao CBC na população de RILs. A análise de QTL identificou 10 QTLs ligados à resistência ao CBC na população de RILs Rudá × AND 277 nos cromossomos Pv01, Pv02, Pv07, Pv09 e PV11 com base em dados obtidos a partir de avaliações em campo e casa de vegetação. Os mapas construídos para essa população apresentam elevada robustez e resolução e poderão ser utilizados para futuros trabalhos de mapeamento integrativo. As análises estatísticas evidenciaram o caráter quantitativo da resistência ao CBC em feijoeiro-comum e mostraram que o genitor Rudá possui alelos de resistência ao CBC. Espera-se que os marcadores ligados a esses QTLs identificados possam ser utilizados em futuros trabalhos de seleção assistida por marcadores.