Global ETD Search

11	Metagenomic Analyses of Glacier Ice / Metagenomanalysen von Gletschereis Simon, Carola 21 January 2009 (has links) No description available. 500 Naturwissenschaften allgemein Mathematics and Computer Science Gletscher Metagenomik Umweltgenbanken Screening-Strategien DNA-Polymerase Pyrosequenzierung phylogenetische Diversität metabolische Diversität psychrophil Glacier metagenomic DNA libraries screening strategies DNA polymerase pyrosequencing phylogenetic diversity metabolic diversity psychrophilic 42.3 WUV 000: Angewandte Mikrobiologie
12	Analysing Non-Desired Output Data from High Throughput Sequencers for the Identification of the Source of Contamination / Analys av oönskade utdata från högkapacitetssekvenserare för identifikation av kontamineringskällor Martinez Maldonado, Mayra Guadalupe January 2022 (has links) High-throughput Sequencing (HTS)-tekniker fortsätter att utvecklas snabbt, vilket ökar genomströmningen och minskar sannolikheten för fel. MGI Tech Co., Ltd. (MGI) är ett ledande HTS-varumärke som använder DNBSEQ-teknologi och finns i Center for Translational Microbiome (CTMR). MGI:s sequencers har en hög känslighet och det är viktigt att följa protokollen när proverna hanteras för att undvika introduktion av kontaminering. Detta projekt kommer att utforska tidigare genererade data vid CTMR för att fastställa hur och var i sekvenseringsprocessen kontaminering har introducerats. Data delas in i två huvudkategorier: primärdata, eller verkliga data (RD), och sekundära data, vidare uppdelad i Never Used Barcodes (NUB) och Non-Sequenced (NS). RD:n är sann mot provet, medan NUB och NS anses vara hämtade från bakgrundsbrus. RD, NUB och NS var föremål för taxonomiska analyser, på släkt- och artnivå, och streckkodsanalyser med hjälp av RStudio-gränssnittet för att identifiera och kontrastera de vanligaste i varje kategori. Dessutom var RD också föremål för dekontamineringsanalys på två databaser, VaMyGyn och KOLBIBAKT. Dekontaminering används för att identifiera förorenande arter i ett samhälle. Efter analysen fanns det inga starka bevis som tydde på laboratoriekontamination eller kontaminerade reagenser. Några av dessa NUB delade subsekvenser med RD barcodes, där antal reads för varje par var korrelerade mellan prover. Det kan vara en indikation på att RD barcoded med sekvenseringsfel blir inkorrekt tolkade som NUB. En djupare analys skulle krävas för att bekräfta det.CTMR är numera medveten om att kontaminering från laboratoriet, reagenser eller manipulation inte är orsaken till hämtning av bakgrundsljud. / High-throughput sequencing (HTS) technologies keep developing rapidly, increasing throughput and lowering probabilities of errors. MGI Tech Co., Ltd. (MGI) is a leading HTS brand that uses DNBSEQ technology and is present in the Centre for Translational Microbiome (CTMR). MGI’s sequencers have a high sensitivity and it is critical to follow the protocols when the samples are being handled to avoid introduction of contamination. This project will explore the previously generated data at CTMR to determine how and where in the sequencing process contamination has been introduced. Data is divided into two main categories: the primary data, or real data (RD), and secondary data, further divided into Never Used Barcodes (NUB) and Non-Sequenced (NS). The RD is true to the sample, while NUB and NS are considered background noise retrieved. The RD, NUB, and NS were subject to taxonomic analyses, at genus and species level, and barcode analyses using the RStudio interface to identify and contrast the most frequent in each category. Moreover, RD was also subject to decontam analysis on two databases, VaMyGyn and KOLBIBAKT. Decontam is used for the identification of contaminant species in a community. After the analysis, there was no strong evidence suggesting lab contamination or contaminated reagents. Some of the barcodes from NUB shared substrings with RD barcodes for which the amount of reads were correlated across samples. This may indicate that RD barcodes with sequencing errors are falsely identified as NUB, however, more analyses are needed to verify this. CTMR is now aware that contamination from the lab, reagents, or manipulation are not the causes for the background noise retrieval. high-throughput sequencing metagenomics MGI contamination molecular barcode högkapacitetssekvensering metagenomik MGI kontaminering DNA-streckkod
13	Characterization of metagenomically identified channelrhodopsins Oppermann, Johannes 13 April 2021 (has links) Kanalrhodopsine (ChRs), lichtgesteuerte Ionenkanäle, vermitteln phototaktische Reaktionen in beweglichen Algen und sind als optogenetische Werkzeuge zur Manipulation der Zellaktivität mittels Lichts weit verbreitet. Viele Kationen- und Anionen-leitende ChRs (CCRs und ACRs) wurden aus kultivierbaren Chlorophyten- und Cryptophytenarten identifiziert. Die meisten mikrobiellen Organismen kann jedoch nicht kultiviert werden, was zu einem unvollständigen Bild der ChR-Vielfalt führt. Die Metagenomik öffnet die Tür für Erkenntnisse über die Verteilung von ChRs in unkultivierten Organismen. Diese Arbeit beschreibt die biophysikalische Charakterisierung von zwei Gruppen metagenomisch identifizierter ChRs. Die MerMAIDs (Metagenomically discovered marine, anion-conducting, and intensely desensitizing ChRs) sind eine neue ChR-Familie und zeigen nahezu komplette Photostrom-Inaktivierung unter Dauerlicht. Die Photoströme lassen sich durch einen Photozyklus erklären, der zur Akkumulation eines langlebigen und nicht-leitenden Photointermediats führt. Ein konserviertes Cystein ist für dieses Phänomen entscheidend, da seine Substitution zu einer stark reduzierten Inaktivierung führt. Die Prasinophyten ChRs, die große carboxyterminale Domänen aufweisen, wurden in großen, marinen Viren identifiziert, die sie von ihren beweglichen und einzelligen Grünalgen-Wirten durch lateralen Gentransfer übernommen haben. Heterolog exprimiert, sind die viralen ChRs nur nach Ergänzung von Transportsequenzen und carboxyterminaler Kürzung funktional. Die Grünalgen- und viralen ChRs sind Anionen-leitend mit nicht-inaktivierenden Photoströmen, wenn sie in Säugetierzellen exprimiert werden, obwohl die viralen Vertreter weniger leitfähig und zytotoxisch sind. Nichtsdestotrotz repräsentiert diese ChR-Gruppe die ersten Grünalgen- und Virus-ACRs. Diese Arbeit zeigt eine breite Verteilung der ACRs unter marinen mikrobiellen Organismen und die Bedeutung der Funktionsmetagenomik bei der Entdeckung neuer ChRs. / Channelrhodopsins (ChRs) are light-gated ion channels mediating phototactic responses in motile algae and widely used as optogenetic tools to manipulate cellular activity using light. Many cation- and anion-conducting ChRs (CCRs and ACRs) have been identified from culturable chlorophyte and cryptophyte species. However, most microbial organisms cannot be cultured, resulting in an incomplete view of the diversity of ChRs. Metagenomics opens the door to gather insights on the distribution of ChRs in uncultured organisms. Here, the biophysical characterization of two groups of metagenomically identified ChRs is described. The MerMAIDs (Metagenomically discovered marine, anion-conducting, and intensely desensitizing ChRs) represent a new ChR family with near-complete photocurrent desensitization under continuous illumination. The photocurrents can be explained by a single photocycle leading to the accumulation of a long-lived and non-conducting photointermediate. A conserved cysteine is critical for this phenomenon, as its substitution results in a strongly reduced desensitization. The prasinophyte ChRs, harboring large carboxy-terminal extensions, were identified in marine giant viruses that acquired them from their motile and unicellular green algal hosts via lateral gene transfer. Expressed in cell culture, the viral ChRs are only functional upon the addition of trafficking sequences and carboxy-terminal truncation. The green algal and viral ChRs are anion-conducting and display non-desensitizing photocurrents when expressed in mammalian cells, though the viral representatives are less conductive and cytotoxic. Nonetheless, this group of ChRs represents the first green algal and viral ACRs. This thesis highlights a broad distribution of ACRs among marine microbial organisms and the importance of functional metagenomics in discovering new ChRs. Kanalrhodopsin ACRs Funktionelle Metagenomik Biophysik Optogenetik Elektrophysiologie Channelrhodopsin ACRs functional metagenomics Biophysics Optogenetics Electrophysiology 572 Biochemie 530 Physik 570 Biologie 535 Licht und verwandte Strahlung WE 5460 WE 2306 WF 3000 WD 2800 ddc:572 ddc:530 ddc:570 ddc:535
14	Identifikation von Genen und Mikroorganismen, die an der dissimilatorischen Fe(III)-Reduktion beteiligt sind / Isolation of Genes and Microorganisms Involved in Dissimilatory Fe(III)-Reduction Özyurt, Baris 21 January 2009 (has links) No description available. 500 Naturwissenschaften allgemein Mathematics and Computer Science Metagenomik dissimilatorische Fe(III)-Reduktion Dissimilatory iron reduction DIR dissimilatory oxido-reduction of iron dissimilatory iron(III) reduction metal reduction ferricironreduction microbial iron respiration bacterial respiration microorganisms for energy production dissimilatory iron reducing bacteria dissimilatory metal reducing bacteria DMRB energy production electricity energy transduction microbial electricity electron donor electron acceptor electron transfer carbon source carbohydrate mannit mannitol biofilm mineral mineral formation microbial degradation ribosomal proteins cytochromes hypothetical proteins enzymes oxidation reduction ferric iron iron oxide Fe(II) Fe(III) soluble iron insoluble iron ferric reductase activity iron mineral formation mineralisation <i>E. coli</i> Escherichia coli environmental microorganisms life in extreme environments uncultivable bacteria soil microbial ecology anaerobic growth anaerobic incubation environmental sequences environmental DNA DNA extraction functional screening metagenomic metagenome meta-genome microbial ecology environmental genomics soil metagenome BACs sequencing bioinformatics microbial communities 16S rRNA phylogenetics 30 42.30 42.30 58.30 42.49 58.30 42.13 RA W

Page generated in 0.06 seconds