Les Inuits sont le plus petit groupe autochtone au Canada. Les femmes inuites présentent des risques beaucoup plus élevés d’issues de grossesse défavorables que leurs homologues non autochtones. Quelques études régionales font état d’une mortalité fœtale et infantile bien plus importante chez les Inuits canadiens par rapport aux populations non autochtones. Des facteurs de risque tant au niveau individuel que communautaire peuvent affecter les issues de grossesse inuites. Les relations entre les caractéristiques communautaires et les issues de grossesse inuites sont peu connues. La compréhension des effets des facteurs de risque au niveau communautaire peut être hautement importante pour le développement de programmes de promotion de la santé maternelle et infantile efficaces, destinés à améliorer les issues de grossesse dans les communautés inuites. Dans une étude de cohorte de naissance reposant sur les codes postaux et basée sur les fichiers jumelés des mortinaissances/naissances vivantes/mortalité infantile, pour toutes les naissances survenues au Québec de 1991 à 2000, nous avons évalué les effets des caractéristiques communautaires sur les issues de grossesse inuites. Lorsque cela est approprié et réalisable, des données sur les issues de grossesse d’un autre groupe autochtone majeur, les Premières Nations, sont aussi présentées. Nous avons tout d'abord évalué les disparités et les tendances temporelles dans les issues de grossesse et la mortalité infantile aux niveaux individuel et communautaire chez les Premières Nations et les Inuits par rapport à d'autres populations au Québec. Puis nous avons étudié les tendances temporelles dans les issues de grossesse pour les Inuits, les Premières Nations et les populations non autochtones dans les régions rurales et du nord du Québec. Les travaux concernant les différences entre milieu rural et urbain dans les issues de grossesse chez les peuples autochtones sont limités et contradictoires, c’est pourquoi nous avons examiné les issues de grossesse dans les groupes dont la langue maternelle des femmes est l’inuktitut, une langue les Premières Nations ou le français (langue majoritairement parlée au Québec), en fonction de la résidence rurale ou urbaine au Québec. Finalement, puisqu'il y avait un manque de données sur la sécurité des soins de maternité menés par des sages-femmes dans les communautés éloignées ou autochtones, nous avons examiné les issues de grossesse en fonction du principal type de fournisseur de soins au cours de l'accouchement dans deux groupes de communautés inuites éloignées. Nous avons trouvé d’importantes et persistantes disparités dans la mortalité fœtale et infantile parmi les Premières Nations et les Inuits comparativement à d'autres populations au Québec en se basant sur des évaluations au niveau individuel ou communautaire. Une hausse déconcertante de certains indicateurs de mortalité pour les naissances de femmes dont la langue maternelle est une langue des Premières Nations et l’inuktitut, et pour les femmes résidant dans des communautés peuplées principalement par des individus des Premières Nations et Inuits a été observée, ce qui contraste avec quelques améliorations pour les naissances de femmes dont la langue maternelle est une langue non autochtone et pour les femmes résidant dans des communautés principalement habitées par des personnes non autochtones en zone rurale ou dans le nord du Québec. La vie dans les régions urbaines n'est pas associée à de meilleures issues de grossesse pour les Inuits et les Premières Nations au Québec, malgré la couverture d'assurance maladie universelle. Les risques de mortalité périnatale étaient quelque peu, mais non significativement plus élevés dans les communautés de la Baie d'Hudson où les soins de maternité sont prodigués par des sages-femmes, en comparaison des communautés de la Baie d'Ungava où les soins de maternité sont dispensés par des médecins. Nos résultats sont peu concluants, bien que les résultats excluant les naissances extrêmement prématurées soient plus rassurants concernant la sécurité des soins de maternité dirigés par des sages-femmes dans les communautés autochtones éloignées. Nos résultats indiquent fortement le besoin d’améliorer les conditions socio-économiques, les soins périnataux et infantiles pour les Inuits et les peuples des Premières Nations, et ce quel que soit l’endroit où ils vivent (en zone éloignée au Nord, en milieu rural ou urbain). De nouvelles données de surveillance de routine sont nécessaires pour évaluer la sécurité et améliorer la qualité des soins de maternité fournis par les sages-femmes au Nunavik. / Inuit are the smallest Aboriginal group in Canada. Inuit women are at much higher risks of adverse birth outcomes than their non-indigenous counterparts. Both fetal and infant mortality has been reported to be much higher among Canadian Inuit vs. non-indigenous populations in some regional studies. Both individual and community-level risk factors may affect Inuit birth outcomes. Little is known about the relationships between community characteristics and Inuit birth outcomes. Understanding the effects of community-level risk factors may be critically important for developing effective maternal and infant health promotion programs to improve birth outcomes in Inuit communities. In a postal code linkage-based birth cohort study based on the already linked stillbirth/live birth/infant death data files for all births in Quebec, from 1991 to 2000, we assessed the effects of community characteristics on Inuit birth outcomes. While appropriate and feasible, birth outcomes data on another major Aboriginal group, First Nations, are also presented. We first assessed individual- and community-level disparities and trends in birth outcomes and infant mortality among First Nations and Inuit versus other populations in Quebec. Then we studied trends in Inuit, First Nations and non-Aboriginal birth outcomes in the rural and northern regions of Quebec. Because there is limited and inconsistent evidence concerning rural versus urban differences in birth and infant outcomes for Indigenous peoples, we investigated birth and infant outcomes among Inuit, First Nations and French (the majority in Quebec) mother tongue groups by rural versus urban residence in Quebec. Finally, since there was a lack of data on the safety of midwife-led maternity care in remote or Aboriginal communities, we examined birth outcomes by primary birthing attendant type in two sets of remote Inuit communities. We found large and persistent disparities in fetal and infant mortality among First Nations and Inuit versus other populations in Quebec based on individual- or community-level assessments. There was also a disconcerting rise of some mortality outcomes for births to First Nations and Inuit mother tongue women and to women in predominately First Nations and Inuit communities, in contrast to some improvements for births to non-Aboriginal mother tongue women and to women in predominately non-Aboriginal communities in rural or northern Quebec. Living in urban areas was not associated with better birth and infant outcomes for Inuit and First Nations in Quebec despite universal health insurance coverage. Risks of perinatal death were somewhat but not significantly higher in the Hudson Bay communities with midwife-led maternity care as compared to the Ungava Bay communities with physician-led maternity care. Our findings are inconclusive, although the results excluding extremely preterm births are more reassuring concerning the safety of midwife-led maternity care in remote Aboriginal communities. Our results strongly indicate a need for improved socioeconomic conditions, perinatal and infant care for First Nations and Inuit peoples, no matter where they live (remote northern, rural or urban areas). Further routine surveillance data are needed for assessing the safety and improving the quality of midwife-led maternity care in Nunavik.

Ce mémoire concerne la modélisation mathématique de l’érythropoïèse, à savoir le processus de production des érythrocytes (ou globules rouges) et sa régulation par l’érythropoïétine, une hormone de contrôle. Nous proposons une extension d’un modèle d’érythropoïèse tenant compte du vieillissement des cellules matures. D’abord, nous considérons un modèle structuré en maturité avec condition limite mouvante, dont la dynamique est capturée par des équations d’advection. Biologiquement, la condition limite mouvante signifie que la durée de vie maximale varie afin qu’il y ait toujours un flux constant de cellules éliminées. Par la suite, des hypothèses sur la biologie sont introduites pour simplifier ce modèle et le ramener à un système de trois équations différentielles à retard pour la population totale, la concentration d’hormones ainsi que la durée de vie maximale. Un système alternatif composé de deux équations avec deux retards constants est obtenu en supposant que la durée de vie maximale soit fixe. Enfin, un nouveau modèle est introduit, lequel comporte un taux de mortalité augmentant exponentiellement en fonction du niveau de maturité des érythrocytes. Une analyse de stabilité linéaire permet de détecter des bifurcations de Hopf simple et double émergeant des variations du gain dans la boucle de feedback et de paramètres associés à la fonction de survie. Des simulations numériques suggèrent aussi une perte de stabilité causée par des interactions entre deux modes linéaires et l’existence d’un tore de dimension deux dans l’espace de phase autour de la solution stationnaire. / This thesis addresses erythropoiesis mathematical modeling, which is the process of erythrocytes production and its regulation by erythropeitin. We propose an erythropoiesis model extension which includes aging of mature cells. First, we consider an age-structured model with moving boundary condition, whose dynamics are represented by advection equations. Biologically, the moving boundary condition means that the maximal lifespan varies to account for a constant degraded cells flux. Then, hypotheses are introduced to simplify and transform the model into a system of three delay differential equations for the total population, the hormone concentration and the maximal lifespan. An alternative model composed of two equations with two constant delays is obtained by supposing that the maximal lifespan is constant. Finally, a new model is introduced, which includes an exponential death rate depending on erythrocytes maturity level. A linear stability analysis allows to detect simple and double Hopf bifurcations emerging from variations of the gain in the feedback loop and from parameters associated to the survival function. Numerical simulations also suggest a loss of stability caused by interactions between two linear modes and the existence of a two dimensional torus in the phase space close to the stationary solution.

[résumé trop long] / [résumé trop long]

Depuis 2013, le traitement « universel » est recommandé en France. Le moment de l’initiation thérapeutique est une question qui reste cependant d’actualité pour les patients se présentant en primo-infection. Cette thèse s’attache à étudier la prise en charge thérapeutique du VIH au stade de la primo-infection (PIV) sous différents angles :1) le suivi par les cliniciens des recommandations d’initiation des traitements antirétroviraux depuis 1996 en fonction de l’évolution de ces recommandations; 2) l’impact d’un traitement ARV transitoire en PIV sur la réponse immuno-virologique lors de la reprise du traitement et 3) l’identification de nouveaux biomarqueurs comme facteurs pronostiques de progression de l’infection VIH. La majorité des travaux présentés dans cette thèse repose sur les données de la cohorte ANRS PRIMO qui comporte environ 1 500 patients infectés par le VIH inclus en PIV entre juin 1996 et décembre 2013, dans 94 hôpitaux français. Tous les patients étaient naïfs de traitement antirétroviral à l'inclusion.La première partie de la thèse analyse la mise en œuvre des recommandations d’initiation du traitement ARV entre 1996 et 2010 par les médecins en France, dans deux situations distinctes : au stade chronique et lors de la primo-infection par le VIH-1. Nous avons montré que les recommandations d’initiation du traitement ARV étaient largement suivies. Néanmoins, il existe un effet d’inertie dans leurs applications lors des changements de recommandation. Il reste à améliorer le délai de mise sous traitement lorsque le taux de CD4 atteint le seuil recommandé. Au stade chronique, le traitement était plus fréquemment initié chez les patients présentant un critère d’initiation dès le diagnostic d’infection par le VIH (96%), que chez les patients qui atteignaient un critère d’initiation au cours du suivi (78%, p<0.001). Nous avons identifié comme facteurs de risque de ne pas être traité en phase chronique malgré une indication de traitement : une charge virale < 5log (versus >5), un plus faible niveau d’éducation et des conditions de vie précaires.L’impact de l’interruption d’un traitement antirétroviral initié en PIV sur la restauration des CD4 après reprise du traitement a été exploré en modélisant l’évolution des CD4 avec des modèles linéaires à effets mixtes avec intercept et pente aléatoires. Les patients qui avaient initié un traitement ARV pendant la phase chronique avaient une meilleure réponse immunologique que les patients reprenant un 2ème traitement après un traitement transitoire en PIV : à 36 mois, les gains en √CD4 cellules/mm3 et en pourcentage de CD4 étaient significativement plus élevés. Cependant, il s’agissait de différences modestes en termes cliniques, qui ne conduisent pas à recommander d’arrêter la recherche clinique sur les arrêts de traitement cherchant à induire des contrôleurs post traitement. Après un état des lieux des mécanismes complexes d’activation/inflammation du système immunitaire pendant la primo-infection nous avons cherché à identifier de nouveaux biomarqueurs prédictifs de l’évolution de l’infection. Le taux de sCD14 (marqueur d’activation monocyte/macrophage et marqueur indirect de translocation microbienne) au moment de la PIV a été identifié comme marqueur potentiel de prédiction du déclin des CD4 et du risque de mortalité d’origine cardio-vasculaire. En conclusion, bien que des progrès considérables aient été réalisés dans la prise en charge du VIH, d'autres études sont nécessaires pour optimiser et adapter le traitement au profil du patient dès les premiers stades de l’infection VIH. / In France, since 2013, HIV treatment has been recommended for all HIV-infected patients independently of their CD4 count. However, when to start anti-retroviral (ARV) treatment is still an issue. This thesis aims to explore the therapeutic management of HIV at the stage of PHI in different aspects: 1) we explored how physicians in France have applied the evolving guidelines for ART initiation since 1996 2) the impact of a transient ARV treatment at PHI on immuno-virological response during 2nd treatment and 3) identification of new biomarkers prognostic of HIV progression.Most of the work presented in this thesis is based on data from the ongoing ANRS PRIMO cohort that enrolled more than 1 500 HIV infected patients enrolled at PHI since June 1996 in 94 French hospitals. All patients were antiretroviral therapy naive at baseline.The first part of the thesis analyzes the implementation of the recommendations of ARV treatment initiation between 1996 and 2010 by physicians in France, in two distinct situations: in the chronic HIV-1 infection and during primary HIV-1 infection. We have shown that the recommendations of ARV treatment initiation were widely followed. Nevertheless, there was inertia in guidelines application when changes in the recommendations took place. The time to treatment when CD4 cell counts reach the threshold to treat can be improved. 96% of the patients initiated ART when they had a CD4 cell count below the threshold to treat at entry, while treatment was less timely initiated when the CD4 threshold was reached during active follow-up (78%, p <0.001).We identified as risk factors for not being timely treated in chronic phase despite an indication for treatment: a viral load <5log (versus> 5), a lower education level and poor living conditions.The impact of ARV interruption after a first treatment initiated at PHI on the CD4 count restoration after resumption was explored by modeling the evolution of CD4 cells with linear mixed effects models with random intercept and slope. Patients who initiated ARV treatment during the chronic phase had a better immune response than patients who initiated a second course treatment after a transient ART at PHI: at 36 months, the gains in √CD4 cells / mm3 and CD4 percentage were significantly higher. However, this difference was clinically modest and further research on treatment interruptions seeking to induce post-treatment controllers is still an issue but only in research settings and under close medical surveillance. After an overview of the complex mechanisms of activation / inflammation of the immune system during primary infection we sought to identify new predictive biomarkers of disease progression. The level of sCD14 (marker of monocyte/macrophage activation and an indirect marker of microbial translocation) at the time of PHI was identified as predictive marker of CD4 decline and of risk of cardio-vascular mortality. In conclusion, although considerable progress has been made in the management of HIV, further studies are needed to optimize and adapt the treatment to the patient profile in the early stages of HIV infection.

CONTEXTE : La France est caractérisée par l’existence de fortes disparités socioéconomiques et géographiquesde l’état de santé, le plus souvent objectivées par des indicateurs objectifs de morbidité et de mortalité. Ladistribution territoriale des mesures de santé perçue comme la qualité de vie liée à la santé (QdVLS) reste malconnue en population générale. Une meilleure connaissance de la répartition et des déterminants – en particuliercontextuels - de ces indicateurs subjectifs permettrait de mieux comprendre leur signification par rapport auxindicateurs objectifs et d’apprécier l’intérêt spécifique de leur suivi en population générale.OBJECTIFS : Les objectifs de cette recherche étaient [1] d’étudier l’existence de disparités spatiales de QdVLSdans la population française et d’analyser leur évolution dans le temps, [2] d’étudier les déterminants de laQdVLS à la fois individuels et contextuels dans le cadre d’une analyse multiniveau, et [3] d’évaluer lesassociations écologiques entre QdVLS et mortalité ultérieure à cinq ans d’intervalle.MATERIEL ET METHODES : Les données issues de deux enquêtes transversales nationales représentatives ont étéexploitées : l’enquête Décennale 2003 de l’Insee pour l’ensemble des travaux menés (N=22 743 [1 et 3] ; N=16 732 [2]) et l’enquête Sofres 1995 pour l’analyse de l’évolution temporelle de la QdVLS (N=3 243 [1]). Lequestionnaire utilisé dans les deux enquêtes était le SF-36. [1] Des modèles de régression linéaire multiple àeffets fixes avec recherche d’interactions ont été réalisés pour l’analyse de l’évolution temporelle. [2] L’analysemultiniveau des déterminants contextuels de la QdVLS s’appuyait sur des modèles à effets mixtes, afind’explorer une chaine causale incluant des déterminants aux niveaux individuel, du ménage, de l’unité urbaine etrégional, d’ordre démographique, socioéconomique ou intégrant la notion contextuelle plus complexed’attractivité (taux migratoire, désindustrialisation). [3] Les données de mortalité étaient issues de la statistiquenationale des décès élaborée annuellement par le CépiDc. Des modèles de régression binomiale négative ont étéréalisés pour l’analyse des associations écologiques au niveau régional entre QdVLS en 2003 et mortalitéultérieure (court terme [2003-2005] ; à 5 ans [2007-2009]) et en stratifiant sur le sexe, l’âge et les causesspécifiques de décès.RESULTATS PRINCIPAUX : [1] Une diminution significative de la QdVLS était observée entre 1995 et 2003affectant tous les groupes sociodémographiques et suggérant la possibilité d’un accroissement des disparités pourles catégories les plus fragiles de la population. [2] De fortes disparités régionales de QdVLS étaient retrouvées,persistant après ajustement sur les caractéristiques socioéconomiques individuelles. L’analyse multiniveaupermettait d’identifier des processus de médiation impliquant les variables contextuelles de désindustrialisation,le taux d’accroissement migratoire, le taux d’abstention aux élections, et les comportements liés à la santé. Desinteractions inter-niveaux et intra-régionales étaient identifiées. [3] Des associations écologiques significativesétaient retrouvées au niveau régional entre QdVLS et mortalité à cinq ans d’intervalle, persistant aprèsajustement sur le niveau socioéconomique. Des relations spécifiques étaient observées après stratification surl’âge, le genre, les causes spécifiques de décès ; le caractère prédictif de la QdVLS variait selon le délai plus oumoins court entre mesure de la QdVLS et mortalité. / BACKGROUND: Wide social and geographical disparities are reported in France for morbidity and mortalityindicators. Less is known regarding the spatial distribution in general population of self-rated health (SRH) andhealth-related quality of life (HRQoL). Improving the knowledge of the contextual determinants of HRQoLwould help towards a better understanding of their meaning and interest in general population when it comes tocompare with classical objective indicators.OBJECTIVES: The objectives were [1] to assess existing spatial disparities of HRQoL in French generalpopulation and to investigate their evolution in time, [2] to determine individual and contextual determinants ofHRQoL and [3] to explore the ecological associations between HRQoL and subsequent mortality five years later.METHODS: Data were drawn from two large representative cross sectional surveys: the Insee Decennial HealthSurvey led in 2003 (N=22 743 [study 1 and 3] ; N= 16 732 [2]) and the Sofres health survey led in 1995(N=3243 [1]).The MOS SF-36 questionnaire was used in both surveys. [1] Fixed effects linear models combinedwith interaction tests were used for assessing time trends. [2] Mixed effects linear models were used for themultilevel analysis, exploring a causal pathway including individual and macrolevel factors (household, urbanunit and region) assessing demographics, socioeconomics, and features related to the notion of areaattractiveness (deindustrialization, net migration rates). [3] Mortality data were drawn from the French nationalstatistics of mortality (CepiDc-Inserm). Negative binomial regression models were performed to identifyecological associations at the region level between HRQoL recorded in 2003 and subsequent mortality (shortterm [2003-2005]; 5-years later [2007-2009]), stratifying on age, gender and specific causes of death.MAIN RESULTS: [1] A significant decrease in HRQoL was observed between 1995 and 2003, affecting allsociodemographic categories and suggesting likely widening disparities in the most fragile categories. [2]Regional HRQoL disparities were found, persisting after adjusting on socioeconomic individual characteristics.Multilevel analysis showed some evidence for mediation involving contextual factors like deindustrialization,net migration rates, voter abstention rate and health-related behaviors. Cross-level interactions were found aswell. [3] Significant ecological associations were identified at the region level between HRQoL and mortalityfive years later, persisting after adjusting on deprivation. Specific relationships were observed after stratifying onage, gender, specific causes of death; the predictive ability of HRQoL for mortality was varying depending onthe mortality period considered for analysis.CONCLUSIONS: Our results highlight the interest in assessing HRQoL at the population level and in exploringthe contextual determinants at play. Systematic inclusion of validated and multidimensional HRQoLquestionnaires should be supported in national surveys, so as to improve our knowledge of long term temporaltrends in HRQoL, to promote an increased use of contextual multilevel analyses using such data, and eventuallyto help better identifying sub-groups at risk and optimizing public health interventions.

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Génératrice depuis le VIe siècle de notre ère de crises épidémiques récurrentes en Occident, la peste a profondémentmarqué l’histoire des sociétés européennes, tant sur le plan biologique que culturel, économique et politique. Sil’histoire des épidémies qu’elle a engendrées est aujourd’hui relativement bien connue, un certain nombre de questionssur ses caractéristiques épidémiologiques passées demeurent pour partie irrésolues. En particulier, le caractère sélectifou non de la mortalité par peste à l’égard de l’âge, du sexe et de l’état de santé préexistant des individus faitactuellement débat. À partir d’une approche anthropobiologique, le présent travail se propose de contribuer à cettediscussion. Il livre les résultats de l’étude d’un corpus de 1090 squelettes provenant, d’une part, de quatre sitesd’inhumation de pestiférés de la fin du Moyen Âge et du début de l’époque moderne et, d’autre part, de deuxcimetières paroissiaux médiévaux utilisés hors contexte épidémique. Cette étude révèle en premier lieu l’existenced’une signature démographique commune aux séries en lien avec la peste. Leur composition par âge et par sexe,distincte de celle caractérisant la mortalité naturelle, est au contraire en adéquation avec la structure théorique d’unepopulation vivante préindustrielle. L’examen de divers indicateurs de stress suggèrent par ailleurs que les victimes dela peste jouissaient, à la veille de leur décès, d’un meilleur état de santé que les individus morts en temps normal. Lesrésultats obtenus concourent à démontrer que les facteurs causals de ces lésions squelettiques, d’accoutuméresponsables d’une diminution des chances de survie, n’eurent au contraire qu’une influence mineure, si ce n’est nulle,sur le risque de mourir de l’infection à Yersinia pestis. Ce travail livre in fine un faisceau d’arguments convergents quitendent à prouver que les épidémies de peste anciennes furent à l’origine d’une mortalité non sélective, la maladiefrappant indistinctement les individus des deux sexes, de tous âges et de toutes conditions sanitaires. / From the 6th century onwards, plague caused recurring mortality crises in the Western world. Such epidemics hadprofound biological, cultural, economic and political impacts on European societies. Some aspects of the history ofplague epidemics are currently well known, but many questions remain unanswered, such as the preciseepidemiological pattern of the disease in ancient times. It is unclear whether plague killed people indiscriminately orwhether this disease was selective with respect to age, sex and health. This research contributes to this debate.It consists of an anthropological and paleopathological study of skeletal remains of 1090 individuals, including plaguevictims from four medieval and post-medieval burial grounds, and individuals from two parochial cemeteries in useduring periods of normal mortality. Results from the four plague-related assemblages reveal a peculiar demographicsignature. Age and sex distribution differs clearly from what is expected in non-epidemic periods, when it is shown tocorrespond closely to the demographic structure of the living population. Moreover, the study of various non-specificskeletal stress markers shows that plague victims were in a better health before they passed away than people who diedin non-epidemic periods. The results demonstrate that individuals who suffered stress and disease had a reducedchance of survival in non-epidemic periods, whereas they were not at a higher risk to die during plague epidemics.This study provides evidence that plague was not selective, and that it killed regardless of sex, age, and pre-existing health.

L’abeille mellifère (Apis mellifera) est une espèce clé dans son aire d’origine tant pour les services écosystémiques rendus que pour les productions apicoles. Toutefois, ses populations sont soumises à différents facteurs de stress biotiques responsables de mortalités importantes. Dans les îles du Sud- Ouest de l’Océan Indien (SOOI) la sous-espèce d’abeille endémique est A. m. unicolor. Toutefois, aucune étude n’avait été réalisée sur sa pathosphère et ce n’est que depuis 2010 où l’ectoparasite Varroa destructor a envahi certaines de ces îles, menaçant cette sous-espèce, que de premières études ont été conduites. Dans ce travail de thèse, nous avons réalisé un état des lieux général de la santé des cheptels d’abeilles grâce à des enquêtes épidémiologiques descriptives dans la majorité des îles : La Réunion, Maurice, Rodrigues, Madagascar et les Seychelles. Nous avons pu montrer des faciès épidémiologiques assez similaires entre les îles, marqués par une dominance de Nosema ceranae particulièrement dans les petites îles (80-100%) et la présence de 3 virus : BQCV (4-89%), CBPV (2-51% excepté à Rodrigues) et DWV (4-40% excepté à La Réunion). D’autres agents pathogènes n’ont été retrouvés que sur certains territoires comme Aethina tumida, Braula pretoriensis, Acarapis sp. ou Melissococcus plutonius. L’analyse de la diversité génétique réalisée sur les 3 virus a montré une proximité des souches virales au sein du SOOI. Les enquêtes réalisées dans un contexte sans varroa ont montré une bonne santé des colonies avec une absence de signes cliniques. Les mortalités constatées n’ont concernées que les territoires envahis par varroa : Madagascar, Maurice, La Réunion. Varroa semble donc être le principal responsable des mortalités aiguës de colonies dans la zone bien avant les autres agents pathogènes ou les causes environnementales. Son impact sur les populations d’abeilles et in fine sur les écosystèmes indigènes sera à évaluer dans les années futures. / The honeybee (Apis mellifera) is a key species in its native range for both ecosystem services offerred and for bee products. However, its populations are subject to various biotic stressors responsible for significant mortalities. In the South-West Indian Ocean region the endemic bee subspecies is A. m.unicolor. However, no studies had been carried out on its pathosphere and it is only since 2010 where the ectoparasite Varroa destructor invaded some of these islands, threatening this subspecies, that first studies were conducted. In this thesis work, we carried out a general inventory of the health of honeybee herds through descriptive epidemiological surveys in the majority of islands: Réunion, Mauritius, Rodrigues, Madagascar and Seychelles. We were able to show quite similar epidemiological facies between islands, characterized by a dominance of Nosema ceranae especially in small islands (80-100%) and the presence of 3 viruses: BQCV (4-89%), CBPV (2- 51% except in Rodrigues) and DWV (4-40% except in Reunion). Other pathogens have only been found in certain territories such as Aethinatumida, Braula pretoriensis, Acarapis sp. or Melissococcus plutonius. The analysis of the genetic diversity carried out on the 3 viruses showed a proximity of viral strains within the SOOI. Surveys conducted in a context without varroa showed good colony health with no clinical signs. The observed mortalities concerned only the territories invaded by varroa: Madagascar, Mauritius, Reunion. Varroa therefore appears to be the main cause of acute colony mortality in the area long before other pathogens or environmental causes. Its impact on bee populations and ultimately on native ecosystems will be evaluated in future years.

Cette recherche vise à décrire l’association entre certaines variables démographiques telles que l’âge de la mère, le sexe, le rang de naissance et le statut socio-économique – représenté par l’indice de Pampalon – et l’hypotrophie fœtale au Québec. L’échantillon est constitué de 127 216 naissances simples et non prématurées ayant eu lieu au Québec entre le 1er juillet 2000 et le 30 juin 2002. Des régressions logistiques portant sur le risque d’avoir souffert d’un retard de croissance intra-utérine ont été effectuées pour l’ensemble du Québec ainsi que pour la région socio-sanitaire (RSS) de Montréal. Les résultats révèlent que les enfants de premier rang et les enfants dont la mère était âgée de moins de 25 ans ou de 35 ans et plus lors de l’accouchement ont un risque plus élevé de souffrir d’hypotrophie fœtale et ce dans l’ensemble du Québec et dans la RSS de Montréal. De plus, les résultats démontrent que le risque augmente plus la mère est défavorisée. Puisque l’indice de Pampalon est un proxy écologique calculé pour chaque aire de diffusion, les intervenants en santé publique peuvent désormais cibler géographiquement les femmes les plus à risque et adapter leurs programmes de prévention en conséquence. Ainsi, le nombre de cas d’hypotrophie fœtale, voire même la mortalité infantile, pourraient être réduits. / This study describes the association between demographic variables such as the mother’s age, the child’s gender and birth order, and the socio-economic status – that can now be assessed by the Pampalon Index – with intrauterine growth restriction (IUGR) in the province of Quebec. The analyses are based on a sample of 127,216 singletons and term births that occurred in the province of Quebec between July 1st, 2000 and June 30th, 2002. Logistics regressions on the risk of having suffered from IUGR were produced for the entire province of Quebec and for the health region of Montreal. In the province of Quebec and in the health region of Montreal, the results reveal that the risk of IUGR is higher for first-born infants, and for infants whose mother was under 25 years of age or aged 35 years and older. Moreover, the risk of IUGR increases with poverty. Since the Pampalon Index is calculated for each dissemination area, public health interventions can now target the most vulnerable women and reduce the number of IUGR cases or even infant mortality.