A demanda por carne de frango vem crescendo globalmente, assim como as exigências com relação à qualidade microbiológica do produto final. Associa-se a frequência de Campylobacter spp. em aves às enterites em humanos. O principal reservatório do agente é o trato digestivo de animais de diversas espécies, como aves de corte. Campylobacter spp. possui ampla diversidade genotípica e fenotípica, e apresentam diversos mecanismos de virulência para se aderir e colonizar o epitélio intestinal no hospedeiro. Apesar de o controle sanitário e biossegurança implementados nas granjas refletirem na redução de contaminação das carcaças no matadouro-frigorífico, esses procedimentos não eliminam o Campylobacter completamente das aves, podendo comprometer a qualidade microbiológica do produto final e propiciar casos de toxinfecção de origem alimentar aos consumidores. Esse trabalho tem como objetivo verificar a ocorrência de seis genes de virulência de Campylobacter jejuni em amostras de carcaças de frango e em casos de campilobacteriose em humanos. Foram avaliadas 50 amostras de C. jejuni, das quais 25 eram de origem aviária, provenientes da coleção do Centro de Diagnóstico e Pesquisa em Patologia Aviária (CDPA - UFRGS), e 25 eram de origem humana, cedidas pela Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ). A técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para detecção dos genes iam, flaA, cdtA, cdtB, cdtC e wlaN. Das amostras analisadas, 92% (23/25) de origem humana e 88% (22/25) de origem aviária foram positivas para o gene cdtB, 44% (11/25) de origem humana e 84% (21/25) de origem aviária para o gene cdtA; 20% (5/25) de origem humana e 80% (20/25) de origem aviária para o gene flaA; 48% (12/25) de origem humana e 76% (19/25) de origem aviária para o gene cdtC; 16% (4/25) de origem aviária para o gene wlaN e 12% (3/25) de origem humana e 4% (1/25) de origem aviária foram positivas para o gene iam. Em nenhuma das amostras pesquisadas de origem humana (0/25) foi observado o gene wlaN. Com este trabalho concluiu-se que os genes pesquisados podem estar presentes em cepas de C. jejuni provenientes de carne de frango e nas cepas isoladas de casos de infecção alimentar em humanos. Ainda assim, conforme os resultados apresentados, o gene cdtB teve maior frequência nas amostras provenientes de origem humana e aviária. / The demand for poultry meat has increased globally, as well as the microbiologic requirements of the final product. The frequency of Campylobacter spp. in poultry meat has been related to enteritis in humans. The digestive tract of several animals’ species, as poultries, is the main reservatory of the agent. Campylobacter spp. has a wide genotypic and phenotypic diversity, and, in addition to that, it presents several virulence factors which allow to adhere and colonize the intestinal epithelium of the host. Although good hygienic and biosecurity practices employed at poultry farms help to reduce the carcass contamination, these procedures do not completely eliminate Campylobacter spp. at the slaughterhouses and it may affect the microbiologic quality of the final product, which may cause alimentary toxinfection cases. This study aims to verify the occurrence of six virulence genes of Campylobacter jejuni from poultry carcasses samples and campylobacteriosis cases in humans. 50 samples of C. jejuni were evaluated, of which 25 were originated from poultry collected at the Centro de Diagnóstico e Pesquisa em Patologia Aviária (CDPA - UFRGS), and 25 were originated from human samples of the Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ). Polymerase chain reaction (PCR) technique was employed to detect the following genes: iam, flaA, cdtA, cdtB, cdtC and wlaN. In the samples analyzed, 92% (23/25) from human origin and 88% (22/25) from poultry for cdtB gene; 44% (11/25) from human origin and 84% (21/25) from poultry for cdtA gene; 20% (5/25) from human origin and 80% (20/25) from poultry for flaA gene; 48% (12/25) from human origin and 76% (19/25) from poultry for cdtC gene; 16% (4/25) from poultry for wlaN and gene 12% (3/25) from human origin and 4% (1/25) from poultry were positive for iam gene. This study concludes that the researched genes may be present in Campylobacter from poultry meat origin and from isolates of human cases of alimentary toxinfection. However, according to the results found, the cdtB gene had a higher frequency in samples of human and avian origin.

Os vírus influenza A (VIA) e circovírus suíno tipo 2 (PCV2) são os agentes etiológicos da influenza suína (IS) e da circovirose suína (CS), respectivamente. Estas doenças têm um impacto econômico significativo na suinocultura mundial. Adicionalmente, o VIA pode ser transmitido entre animais e humanos, sendo por isso, importante para a saúde pública. O presente trabalho teve o objetivo de pesquisar a ocorrência desses vírus em suínos de abate no sul de Moçambique. As amostras foram coletadas em um abatedouro na cidade da Matola, nos períodos de dezembro de 2014 a fevereiro de 2015 e dezembro de 2015 a fevereiro de 2016. Os materiais e métodos aplicados e resultados obtidos estão apresentados em dois artigos científicos. O primeiro relata a infecção pelo VIA associada à caracterização anatomopatológica e imuno-histoquímica (IHQ) das lesões pulmonares. Foram avaliados 457 pulmões de suínos, e amostras de 38 (8.3%) pulmões, que apresentaram áreas de consolidação, foram coletadas e submetidas ao exame histopatológico e IHQ para a detecção de antígenos do VIA, PCV2 e Mycoplasma hyopneumoniae. Antígenos do VIA foram detectados em 32/38 (84.3%) dos pulmões com pneumonia através da IHQ, e os suínos positivos eram provenientes dos distritos de Matutuine (5/32), Moamba (2/32), Namaacha (21/32), Boane (3/32) e Cidade da Matola (1/32). Todos os pulmões com pneumonia foram negativos no exame de IHQ para PCV2 e M. hyopneumoniae. O segundo artigo teve o objetivo de detectar lesões histológicas, antígenos e DNA de PCV2 em linfonodos mesentéricos de suínos e realizar a caracterização filogenética de isolados de PCV2 circulantes no sul de Moçambique. Foram coletados aleatoriamente 111 linfonodos mesentéricos de suínos de abate provenientes de nove distritos do sul de Moçambique. As amostras foram submetidas ao exame histopatológico, IHQ e reação em cadeia da polimerase (PCR). Uma amostra positiva para PCV2 na PCR de cada distrito (n=9) foi selecionada aleatoriamente e submetida ao sequenciamento da região aberta de leitura ORF2. DNA de PCV2 foi detectado em 53.8% (62/111) das amostras e em 73.8% de granjas dos nove distritos. No exame de IHQ, linfonodos mesentéricos de seis suínos positivos para PCV2 na PCR apresentaram antígenos desse vírus associados à depleção linfoide e infiltrado de histiócitos e células gigantes multinucleadas. Na análise filogenética, sequências dos isolados dos distritos de Namaacha, Moamba e Maputo ficaram agrupadas no genótipo PCV2d-2; as sequências de isolados dos distritos de Manhiça e Matola, no genótipo PCV2d-1; enquanto os isolados dos distritos de Boane, Matutuine, Chibuto e Xai-Xai, no genótipo PCV2b-1A/B. Os resultados do trabalho permitem concluir que o VIA e PCV2 circulam na população suína em vários distritos da região sul de Moçambique. / Influenza A virus (IAV) and porcine circovirus type 2 (PCV2) are the etiological agents of swine influenza (SI) and porcine circovirus associated diseases (PCVAD) respectively. These diseases represent a significant economic impact on pig production worldwide. In addition, IAV can be transmitted between animals and humans with consequences for public health. The objective of this study was to investigate the occurrence of these viruses in slaughter pigs in Southern Mozambique. Samples were collected in a slaughterhouse in Matola city, from December 2014 to February 2015 and December 2015 to February 2016. The materials and methods applied and the results obtained are presented in two manuscripts. The first article reports IAV infection in pigs and characterize the anatomopathological and immunohistochemical features of the associated lung lesions. Lungs from 457 slaughtered pigs were evaluated grossly, and samples from 38 (8.3%) of these that presented pulmonary consolidation were collected and examined for histopathology and immunohistochemistry (IHC) for the presence of IAV, PCV2 and Mycoplasma hyopneumoniae antigens. IAV antigens were detected in 32/38 (84.3%) of pneumonic lungs, and positive pigs were from Matutuine district (5/32), Moamba district (2/32), Namaacha district (21/32), Boane district (3/32) and Matola City (1/32). All lung samples were immunohistochemically negative for PCV2 and M. hyopneumoniae. The second article aimed to detect histological lesions, PCV2 antigens and DNA and perform phylogenetic analysis of PCV2 strains circulating in Southern Mozambique. At slaughter, mesenteric lymph nodes were collected from 111 randomly selected pigs from nine districts of Southern Mozambique. Samples were submitted to histopathological examination, IHC and polymerase chain reaction (PCR). One PCV2 PCR positive sample from each district (n=9) was randomly selected in order to obtain sequences covering the ORF2 region. PCV2 DNA was detected in 53.8% (62/111) of the samples and 73.8% of the farms from all nine districts. PCV2 antigen was detected by IHC in six lymph nodes that were positive for PCV2 by PCR and antigens were associated with lymphoid depletion and infiltrate of histiocytes and multinucleated giant cells. Phylogenetic analysis demonstrated that three sequences from Maputo, Namaacha and Moamba were grouped with PCV2d-2, two sequences from Manhiça and Matola were grouped as PCV2d-1, and four sequences from Boane, Matutuine, Chibuto, and Xai-Xai were closely related to PCV2b-1A/B genotypes. The results of this study indicate that IAV and PCV2 circulate in the swine population in several districts of the southern region of Mozambique.

Orientador: Tereza Cristina Cardoso da Silva / Banca: Roberto Gameiro de Carvalho / Banca: Luiz Eduardo Corrêa Fonseca / Banca: Andrea Fontes Garcia / Banca: Lídia Luciana Ravagnani / Resumo: O Brasil possui um dos maiores rebanhos de bovinos mundialmente. Estes animais estão expostos constantemente a agentes virais causadores de patologias. Dentre estes, o herpesvírus bovino 1 (BHV1) e 5 (BHV5) apresentam grande importância epidemiológica. O BHV1 causa infecções respiratórias e genitais, enquanto que o BHV5 meningoencefalite. As proteínas de membrana presentes nos herpesvírus os tornam capazes de infectar as células do hospedeiro. Com afinidade a distintas células, desenvolvem sua capacidade de infecção, apresentam mecanismos de sobrevivência à morte celular programada e a resposta imunológica. As interações vírus-hospedeiro são fundamentais no entendimento de aspectos relacionados a transmissão viral, capacidade de infecção e progressão da doença. Para este fim, se faz necessário compreender elementos fundamentais, como a modulação da função mitocondrial e a replicação do BHV, bem como os níveis de apoptose nas células do hospedeiro. De igual importância, é indispensável entender o comportamento de genes apoptóticos que estão relacionados à infecção por BHV5 e seus envolvimentos na viabilidade celular. Estes achados contribuem para o entendimento da imunopatogenia do BHV, auxiliam a evitar a disseminação destes agentes e são de grande valia para o desenvolvimento de vacinas / Abstract: Brazil has one of the largest cattle hers worldwide. These animals are constantly exposed to pathological viral agents. Bovine herpesvirus 1 (BHV1) and BHV5 have great epidemiological importance. BHV1 is causative agent of respiratory and genital infections, while BHV5 causes meningoencephalitis. Herpesvirus membrane proteins allow them to infect the host cells. They present affinity to different types of cells, develop mechanisms to survive programmed cell death, and immune response. Virus-host interactions are essential to understand aspects related to viral transmission, capacity of infection and disease progression. To this end, it is necessary to understand the fundamental elements related to the modulation of mitochondrial function and replication of BHV, as well as apoptosis levels in the host cells. It is crucial to understand the behavior of apoptotic genes related to BHV5 infection and cell viability. These findings contribute to understanding the BHV immunopathogenesis, help to prevent the spread of these agents, and are of great value to the development of vaccines / Doutor

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:57:09Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 4581267 bytes, checksum: ee0162884ca679c7419566551d00aa4a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-10T12:08:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 4581267 bytes, checksum: ee0162884ca679c7419566551d00aa4a (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-10T12:08:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 4581267 bytes, checksum: ee0162884ca679c7419566551d00aa4a (MD5) Previous issue date: 2010 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Poucas informações estão disponíveis até o momento sobre os vírus do sorogrupo Gamboa (Bunyaviridae, Orthobunyavirus), desta forma, foi realizado, neste trabalho, estudo filogenético dos membros do sorogrupo Gamboa entre si e com outros orthobunyavírus ao nível gene Gn (M-RNA), além de infecção experimental em pintos recém nascidos da espécie Gallus gallus domesticus com a cepa Be AN 439546 do Vírus Gamboa (VGAM), e estudo sorológico em aves, outros animais silvestres e humanos de Tucuruí – Pará. A análise filogenética dos vírus do sorogrupo Gamboa demonstrou que esses vírus são geneticamente mais relacionados com membros do grupo Turlock e menos com os do grupo Simbu, e foram distribuídos em dois clados distintos (I e II), que estão de acordo com a atual classificação sorológica, de modo que o clado I inclui o complexo Gamboa e o clado II o complexo Alajuela. A cepa Be AN 439546 do VGAM apresentou tropismo pelo pulmão e fígado de pintos recém nascidos experimentalmente infectados, sendo a replicação viral nesses órgãos confirmada por imunohistoquímica, o que demonstra que o VGAM replica-se nessa ave. A detecção de anticorpos inibidores da hemaglutinação contra o VGAM e a confirmação por teste de neutralização em plasma de aves silvestres reforça a hipótese de que esses animais constituem o principal hospedeiro de amplificação no ciclo de manutenção do VGAM. Estudos moleculares do genoma completo dos vírus do sorogrupo Gamboa, assim como sobre a ecoepidemiologia do vetor e dos hospedeiros (principalmente aves), para o ciclo de replicação dos vírus, são importantes para confirmar as informações já existentes sobre esses vírus. / Presently, little information on Gamboa serogroup viruses (Bunyaviridae, Orthobunyavirus) is available. Thus, in this work, it was performed a comparative phylogenetic study on the members of the Gamboa serogroup and with other orthobunyaviruses to the level of the gene Gn (M-RNA); an experimental infections in the domestic bird (Gallus domesticus) using the strain Be AN 439546 of the Gamboa Virus (GAMV); and a serologic study using the Hemagglutination Inhibition (HI) test in serum samples of wild animals and humans collected in Tucuruí - Pará. The phylogenetic analysis of Gamboa group viruses demonstrated that they are genetically closely related to group Turlock viruses and less related to the Simbu group viruses. The group Gamboa viruses were distributed in two clades (I and II), that it is in agreement with the current serologic classification; the clade I correspond to the Gamboa complex and the clade II to the Alajuela complex. The strain Be AN 439546 presented tropism for chikens lung and liver, with viral replication in this organs confirmed by detection of viral antigens by immunohistochemistry. These results, demonstrate that this bird species is a susceptible host for GAMV replication. The detection of HI antibodies against GAMV, confirmed by neutralization tests were found in wild bird plasmas and reinforces the hypothesis that these animals constitute the main amplification hosts in the maintenance cycle of GAMV. Full length genome studies of the Gamboa serogroup viruses, as well as on the ecoepidemiology of their vectors and potential vertebrate hosts are needed to generate new data and to reinforce the understanding of the information already existent on those viruses.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T16:43:01Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosGenes.pdf: 2189382 bytes, checksum: c2c98617b43c03be9d1706ad6571449a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T15:40:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosGenes.pdf: 2189382 bytes, checksum: c2c98617b43c03be9d1706ad6571449a (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T15:40:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosGenes.pdf: 2189382 bytes, checksum: c2c98617b43c03be9d1706ad6571449a (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / No presente estudo foram investigadas as freqüências dos polimorfismos nos genes FAS e FASL em um grupo de 198 indivíduos soropositivos para o HIV-1 e 191 indivíduos controles soronegativos, com o objetivo de avaliar a ocorrência de uma possível associação entre os polimorfismos nestes genes e a infecção pelo HIV-1. A identificação dos alelos A e G do polimorfismo -670 FAS foi realizada por meio da técnica de PCR, utilizando seqüências de iniciadores específicos e posterior digestão enzimática (RFLP) com a enzima MvaI. A identificação dos alelos A e G do polimorfismo -124 FASL, bem como T e delT do polimorfismo -169 FASL foi realizada através da técnica de ACRS, seguido de RFLP com as endonucleases de restrição FokI e HincII, respectivamente. As análises das freqüências alélicas e genotípicas dos polimorfismos analisados não mostraram qualquer diferença significativa entre soropositivos e soronegativos. A análise da quantificação dos linfócitos T CD4⁺ entre os portadores dos diferentes genótipos do polimorfismo -670 FAS revelou uma associação significativa, sugerindo que o estado de portador do alelo G, em homo ou heterozigose, nos indivíduos infectados pelo HIV-1 pode ser um fator de proteção à depleção destas células no curso da infecção pelo HIV-1. As associações entre o número de linfócitos TCD8⁺, a carga viral plasmática e os polimorfismos analisados não foram estatisticamente significantes. Desse modo, pode-se sugerir, que o polimorfismo -670 do gene FAS, influencie na apoptose dos linfócitos T CD4⁺ no curso da infecção pelo HIV-1, assim, faz-se necessário estudos adicionais visando confirmar ou não esta associação, uma vez que a identificação desse polimorfismo pode ser, no futuro, uma importante ferramenta a ser utilizada no acompanhamento da infecção. / The present study investigated the frequency of the polymorphisms in the FAS and FASL gene in a sample of 198 HIV-1 seropositives individuals and 191 healthy control individuals, in order to evaluate the occurrence of a possible association between the polymorphisms and HIV-1 infection. The A and G alleles identification of the -670 FAS polymorphism was performed through a PCR followed by restriction endonucleases analyses (RFLP), with the enzyme MvaI. The identification of A and G alleles of -124 FASL polymorphism, T and delT of the -169 FASL polymorphism was performed using ACRS assay, followed by RFLP with the restriction endonucleases FokI and HincII, respectively. The analysis of allele and genotype frequencies of polymorphisms examined did not show any differences between seropositives and seronegatives individuals. The analysis of the quantification of CD4⁺ T lymphocytes from individuals with different genotypes of -670 FAS polymorphism showed a significant association, suggesting that the state of carrier of the G allele in homo or heterozygosity in HIV-1 individuals infected may be a protection factor from depletion of these cells in the course of HIV-1 infection. Associations between the FAS and FASL genes polymorphisms and the number of CD8⁺ T-cells and plasma viral load were not statistically significant. These findings suggest that the -670 FAS gene polymorphism, influences the apoptosis of CD4⁺ T lymphocytes in the course of HIV-1 infection, thus it is necessary further studies to confirm or not this association since that the identification of this polymorphism may be in the future, an important tool to be used in monitoring the infection.

Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Paola J. Scarin Provazzi / Banca: Carolina Colombelli Pacca / Banca: Tatiana Rabachini / Resumo: Os papilomavírus são vírus de DNA circular fita dupla com diâmetro de aproximadamente 55 nm e forma icosaédrica. São não envelopados e podem induzir tumores epiteliais escamosos em diferentes localizações anatômicas. Eles pertencem à família Papillomaviridae e possuem um genoma de cerca de oito mil pares de bases, protegidos por proteínas do capsídeo. Mais de 200 tipos diferentes de papilomavírus humano (HPV) foram identificados e classificados em dois grupos distintos, alto risco e baixo risco, dependendo de sua associação com o desenvolvimento de câncer. A integração genômica do HPV é um mecanismo de infecção viral persistente, que eventualmente se desenvolve na fase de cancerização. Trata-se de um processo tipicamente aleatório, e pode ocorrer em qualquer local no DNA da célula hospedeira. Em alguns casos, a integração pode contribuir para o desenvolvimento do carcinoma cervical, que é precedido por lesões precursoras como neoplasia intraepitelial cervical ou lesões intraepiteliais escamosas. As infecções crônicas pelo HPV podem ser facilitadas pela coinfecção com o HIV, o que reduz a probabilidade de eliminação espontânea do HPV. Com base nisso, foi investigada a presença do HPV, bem como o seu genótipo em 80 amostras, coletadas em dois anos diferentes, de 40 pacientes coinfectadas com HIV. Como resultado, foi observada a presença do HPV em 59 amostras (73,75%) na qual, os tipos de alto risco foram predominantemente detectados (59,3%). Os tipos mais frequentes foram HPV56... / Abstract: Papillomaviruses are circular double-stranded DNA viruses with a size of about 55 nm and icosahedral form. They are non-enveloped and may induce squamous epithelial tumors in different anatomical locations. They belong to the family Papillomaviridae and have a genome of about eight thousand base pairs, protected by capsid proteins. More than 200 different types of human papillomavirus (HPV) have been identified and classified into two distinct groups, high risk and low risk, depending on their association with the development of cancer. The genomic integration of HPV is a mechanism of persistent viral infection, which eventually develops in the cancerization phase. It is a typically random process, and can occur anywhere in the DNA of the host cell. In some cases, the integration may contribute to the development of cervical carcinoma, which is preceded by precursor lesions such as cervical intraepithelial neoplasia or squamous intraepithelial lesions. Chronic HPV infections can be facilitated by HIV coinfection, which reduces the likelihood of spontaneous HPV elimination. Based on this, we investigated the presence of HPV and its genotype in 80 samples collected in two different years from 40 patients coinfected with HIV. As a result, it was observed the presence of HPV in 59 samples (73.75%) in which the high risk types were predominantly detected (59.3%). The most frequent types were HPV56 (17%) followed by HPV16 (15.3%). The results were correlated with the risk factors associated with HPV/HIV coinfection presented by the patients. In this analysis, HIV viral load was associated with the occurrence of cervical lesions (p=0.045). Thus, it can be concluded that the higher frequency of HPV56 and HPV16 highlights the importance of including type 56 in HPV vaccines since the monitoring of patients infected with HPV56 could contribute to a better prognosis for HPV 14 infection. The ... / Mestre

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-01-26T10:51:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thainara Calixto da Paz - 2016.pdf: 1536674 bytes, checksum: 9a527593418c3d06cd5b9029999ee4b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-01-26T10:52:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thainara Calixto da Paz - 2016.pdf: 1536674 bytes, checksum: 9a527593418c3d06cd5b9029999ee4b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-26T10:52:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thainara Calixto da Paz - 2016.pdf: 1536674 bytes, checksum: 9a527593418c3d06cd5b9029999ee4b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-12-05 / Human adenoviruses (HAdVs) may cause several clinical syndromes, and are a major cause of respiratory and acute gastroenteritis (AGE), especially among children. However, data on viral load, in more than one type clinical sample obtained from the same child, are still scarce. The aims of the present study were to evaluate the frequency of the HAdV, to determine the load viral in clinical samples, and to proceed molecular characterization of positive samples from children up to five years of age in association with symptomatology. For this, 200 children attended at Hospital Materno Infantil in Goiânia, Goiás; between March 2014 ad July 2015. One fecal and one nasopharyngeal swab sample was obtained from each child. The clinical samples (fecal and nasopharyngeal swabs) were submitted the DNA extraction by a commercial kit (Qiagen-Hilden, Alemanha), and screened by RT-qPCR (TaqMan) assay, with specific primers and probe targeting the hexon region of HAdV genome. The global frequency of HAdVs was 21% (42/200). Positivity in swabs was 9.5% (19/200), and in fecal samples 16% (32/200). Among the symptomatic children (n=129), 21% were positive in fecal samples (22/105) and 9.2% (10/108) in swab samples. Futhermore, 4.5% (9/200) were positive in both clinical samples. High viral loads were observed in both fecal and nasopharyngeal swab samples from symptomatic and asymptomatic children, and major positivity was found in symptomatic children with high load viral. High viral loads were observed in samples from symptomatic and asymptomatic children. Major positivity and load viral was found betwenn symptomatic children. HAdV types 3 of species B and 41 of HadV F species were detected. We hope that the data obtained can help in a better understanding of the pathogenesis of HAdV in children. / Os adenovírus humanos (HAdVs) são importantes agentes causadores de gastroenterite aguda e doença respiratória, principalmente entre as crianças menores de cinco anos de idade. Dados sobre a carga viral, em mais do que um tipo de amostra clínica obtida de um mesmo indivíduo durante a infecção, ainda são escassos. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a frequência do HAdVs, determinar a carga viral em amostras clínicas, e proceder a caracterização molecular de amostras positivas de crianças até aos cinco anos de idade, em associação com a sintomatologia. Foram incluídas no estudo amostras de 200 crianças atendidas no Hospital Materno Infantil de Goiânia, Goiás; entre março de 2014 e julho de 2015. Uma amostra fecal e um swab nasofaringeano foram obtidos de cada criança. As amostras foram submetidas a extração, utilizando kit comercial (RNA mini-kit, Qiagen), e triadas por ensaio RT-qPCR (TaqMan, Life Technologies), com iniciadores e sonda específicos para a região codificadora do hexon. Foi observado índice global de positividade para HAdVs de 21% (42/200), o índice de positividade nas fezes foi 16% (32/200) e em swab foi de 9,5% (19/200). Entre as crianças sintomáticas (n=129), 21% foram positivas em amostras fecais (22/105) e 9,2% (10/108) em amostras de swabs. Ainda, 4,5% (9/200) foram positivas em ambas as amostras clínicas. Cargas virais elevadas foram observadas em amostras de crianças sintomáticas e assintomáticas, maior positividade foi encontrada em crianças sintomáticas com maiores cargas virais. Foram detectados HAdV tipos 3 da espécie B e 41 da espécie F de HadV. Esperamos que os dados obtidos possam auxiliar em um melhor entendimento da patogenia dos HAdV na população infantil.

Os Influenzavirus podem ser classificados de acordo com suas glicoproteínas externas hemaglutinina (HA) e neuraminidase (NA), ambas apresentando alta variabilidade genética e antigênica. No presente estudo foi realizada análise molecular do gene HA, do vírus influenza A (IA) em amostras colhidas de crianças e lactentes com sintomatologia respiratória atendidas no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo (USP), durante os anos de 1995 a 2006. Um total de 3.009 amostras foram analisadas por duplex RT-PCR e 4,38% (n=132) foram positivas, sendo 12,1% (n=16) Influenza B e 87,9% (n=116) IA, das quais 9% (n=9) eram H1N1, 91% (n=91) eram H3N2 e 13,8% (n=16) não foram subtipadas. A região HA1 do gene HA de 39 amostras foi sequenciada e as sequências comparadas com as cepas vacinais e circulantes dos respectivos anos. A região de ligação ao receptor foi conservada em todas as amostras e foram verificadas alterações de aminoácidos principalmente nos sítios antigênicos e arredores. No geral, as cepas vacinais foram compatíveis com as circulantes em São Paulo. / The Influenzavirus can be classified according to their external glycoproteins hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA), both showing high genetic and antigenic variability. In the present study was carried out molecular analysis of the HA gene of influenza A (IA) in samples harvested from children and infants, with respiratory symptoms attended at University Hospital, University of Sao Paulo (USP), during the years 1995 to 2006. A total of 3,009 samples were analyzed by duplex RT-PCR and 4.38% (n = 132) were positive, being 12.1% (n = 16) Influenza B and 87.9% (n = 116) IA, where which 9% (n = 9) were H1N1 and 91% (n = 91) were H3N2 and 13.8% (n = 16) did not subtyped. The HA1 region of HA gene of 39 samples were sequenced and the sequences compared with vaccine strains and circulating strains in those years. The receptor-binding region was conserved in all samples and aminoacid changes were observed mainly in the antigenic sites and surroundings. Overall, the vaccine strains were consistent with those circulating in Sao Paulo.

O parvovírus canino (CPV-2) e o coronavírus canino (CCoV-II) são considerados os principais patógenos responsáveis pela gastroenterite viral aguda em cães filhotes, causando, em alguns casos a alta morbidade e mortalidade, sobretudo em função da capacidade de potencializar infecções por outros agentes. Esses vírus estão distribuídos mundialmente na população canina, sendo responsáveis por diversos surtos em muitos países, sobretudo onde ocorre grande concentração de animais, como em abrigos e canis. O CPV-2 e o CCoV-II foram identificados a partir da década de 1970 e desde então, têm sido detectados em animais clinicamente saudáveis, assim como em cães que apresentam vômitos e diarreia severa. A presente tese tem como objetivo a identificação desses agentes na população canina do Brasil, sendo constituída de dois capítulos distintos: Capítulo 1- Caracterização de cepas de parvovírus canino circulantes no Brasil entre 2008 e 2010 e o Capítulo 2 - Caracterização do coronavírus canino pantrópico no Brasil. No Capítulo 1, foram analisadas amostras de fezes de 144 cães pela reação em cadeia da polimerase (PCR) para CPV-2, 29,2% (42/144) das amostras foram positivos. Das 42 amostras positivas, 71,4% (30) dos cães tinham sinais de gastroenterite hemorrágica. O sequenciamento de 583 pb do gene VP2 das amostras positivas, identificaram 78,6% (33/42) como CPV-2c, 19% (8/42) como CPV-2b e 2,4% (1/42) como tipo de 2a. A análise filogenética dos CPV-2 encontrados nas amostras brasileiras mostrou que elas são muito semelhantes às de outros países e o CPV-2c tornou-se predominante no Brasil. No Capítulo 2, foram analisadas amostras de órgãos de cinco cães jovens pela transcrição reversa (RT-PCR) para os genes M e S de CCoV-II, sendo que três cães foram positivos para CCoV-II e CPV-2, um foi positivo apenas para CCoV-II e um para o CPV-2 e o outro foi negativo para todos os agentes pesquisados. O sequenciamento dos produtos de amplificação identificou que eles eram CPV-2c e CCoV-IIa. A análise filogenética dos CCoV-IIa circulantes na população canina da região Sul do Brasil mostrou que são semelhantes aos encontrados em outros países. No entanto, os espécimes brasileiros tendem a agrupar-se em um único clado, sugerindo um ancestral comum. Os sinais clínicos e lesões causados pela nova variante de CPV-2 e do subtipo pantrópico CCoV-II foram muito semelhantes entre si, sendo de grande importância a inclusão do diagnóstico diferencial entre esses dois agente virais. Esta foi a primeira caracterização do subtipo CCoV-IIa em cães no Brasil. A detecção e caracterização do CPV-2 e do CCoV-II, que estão circulando atualmente, são essenciais para o entendimento da evolução viral e para o desenvolvimento de medidas de controle e prevenção. / Canine parvovirus (CPV-2) and canine coronavirus (CCoV-II) are considered the major pathogens causing acute viral gastroenteritis in puppies, in some cases with high morbidity and mortality, especially in terms of ability to potentiate infections by other agents. These viruses are distributed worldwide being responsible for outbreaks in many countries, especially where there is high concentration of animals, such as shelters and kennels. The CPV-2 and CCoV-II were identified from the late 1970 and since then have been detected in clinically healthy animals, as well as in dogs with vomiting and severe diarrhea. This work aims the identification of these agents in the canine population of Brazil, comprised by two distinct chapters: Chapter 1- Typing of canine parvovirus strains circulating in Brazil between 2008 and 2010, and Chapter 2- Characterization of pantropic canine coronavirus in Brazil. In chapter 1, stool samples of 144 dogs were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) for CPV-2, 29,2% (42/144) of them were positive. Of the 42 positive samples, 7,4% (30) of the dogs had signs of hemorrhagic gastroenteritis. The sequencing of 583 bp VP2 gene of the positive samples identified 78,6% (33/42) as CPV-2c, 19% (8/42) as CPV-2b and 2,4% (1/42) as type 2a. Phylogenetic analysis of CPV-2 found in the canine population of Brazil, has shown that they are very similar to those of other countries and CPV-2c has become prevalent in Brazil. In Chapter 2 organ samples of five puppies were analyzed by reverse transcription (RT-PCR) for CCoV-II M and S genes, of wich three dogs were positive to CCoV-II and CPV-2, one was positive only to CCoV-II and one for CPV-2 and the other was negative for all the agents searched. The sequencing of the amplification products identified that they were CPV-2c and CCoV-IIa. Phylogenetic analysis of circulating CCoV-IIa in canine population in southern Brazil showed that they are similar to those found in other countries. However, the Brazilian specimens tend to group together in a single clade, suggesting a common ancestor. Clinical signs and injuries caused by the new CPV-2 variant and of pantropic subtype of CCoV-II are very similar to each other, being of great importance for the diagnosis including the differential diagnosis of these two viral agents. This was the first characterization of subtype CCoV-IIa in dogs in Brazil. The detection and characterization of CPV-2 and CCoV-II, that are currently circulating, are essential to understanding the viral evolution and to the development of more effective control and prevention measures.

As doenças associadas ao circovírus suíno (DACS) causam impacto econômico negativo nos sistemas de criação de suínos no mundo todo. As perdas incluem tratamento da doença, mortalidade, bem como diminuição no desempenho dos animais. Uma das manifestações mais relevantes das DACS é a síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS). O principal agente patogênico na causa da SMDS é o circovírus suíno tipo 2 (PCV2), no entanto, estudos observacionais e experimentais demonstraram que outros agentes estão envolvidos na patogênese e manifestação dos sinais clínicos. O sequenciamento de alto desempenho aliado a metagenômica são ferramentas que tornam possível a identificação da microbiota total de uma determinada amostra, independentemente de cultivo dos microrganismos. Visando contribuir para o conhecimento dos possíveis vírus envolvidos na SMDS, o presente trabalho realizou o sequenciamento genético de alto desempenho de soros de suínos e posterior análise do metagenoma resultante. Foram utilizadas amostras de soro coletadas em 2008, de 16 suínos com sinais clínicos da SMDS, entre 80 e 100 dias de idade, em uma granja no interior do Rio Grande do Sul. Os dados revelaram sequências virais de PCV2, parvovírus suíno tipo 1 a 6 (PPV1-6), torque teno vírus de suínos (TTSuV) tipo 1b, k2a e k2b e vírus de DNA circular de fita simples codificador de proteína associada a replicação (CRESS). A ocorrência de PCV2, PPV1-5 e TTSuV já foi descrita em suínos com SMDS, portanto este estudo reforça resultados anteriores. O PPV6 foi recentemente descrito na China, Europa e Estados Unidos, e os estudos não relacionaram o vírus com nenhuma doença específica de suínos. Os CRESS já foram identificados em todos os continentes, em vários tipos de amostras, incluindo fezes de suínos, mas sem nenhuma conexão com doenças de animais. Portanto, este é o primeiro relato de PPV6 e CRESS em suínos apresentando sinais de SMDS. Porém estudos posteriores são necessários para poder atribuir relação entre PPV6 e CRESS no desenvolvimento da SMDS. / Porcine circovirus associated disease (PCVAD) is one of the causes of negative economic impact on pig farming systems described worldwide. Losses include expenditures with treatment, increased mortality rates, and decreased productivity. One of the most relevant manifestations of PCVAD is the post-weaning multisystemic wasting syndrome (PMWS). The main pathogen present in PMWS is porcine circovirus type 2 (PCV2). However, observational and experimental studies have shown that other agents may be involved in the pathogenesis and clinical manifestation. High-throughput sequencing combined with metagenomics analyses make it possible to identify the total microbiota in a given sample, regardless of microorganism culture. In order to contribute to the knowledge of the viruses involved in PMWS, the present study carried out the high-throughput sequencing of swine sera and subsequent analysis of the resulting metagenome. Sixteen serum samples collected in 2008 on a farm in Rio Grande do Sul, from 80 and 100 days old pigs with clinical signs of PMWS, were examined. Data revealed viral sequences of PCV2, porcine parvovirus type 1 through 6 (PPV1-6), torque teno sus virus (TTSuV) types 1b, k2a and k2b and circular replication-associated protein (Rep) encoding single-stranded (CRESS) DNA viruses. The occurrences of PCV2, PPV1-5 and TTSuV have already been described in pigs with PMWS, so this study reinforces previous results. PPV6 was recently described in China, Europe and the United States, and the studies did not correlate the virus to any specific disease. CRESS DNA viruses have been identified on all continents in various types of samples, including swine feces, but without any connection to animal diseases. The present study is the first report of PPV6 and CRESS in pigs presenting PMWS signals. However, further studies are necessary to be able to attribute the relationship between PPV6 and CRESS in the development of SMDS.