Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MariaAGD.pdf: 3831855 bytes, checksum: 0abe0a10e359f22bab7ed834fa8e296a (MD5) Previous issue date: 2009-02-26 / Sugarcane is one of the most important products of the world and Brazil is responsible for 25 % of the world production. One problem of this culture at northeast of Brazil is the early flowering. In our laboratory, it has been made before four subtractive libraries using early and late flowering genotypes in order to identify messages related to the flowering process. In this work, two cDNAs were chosen to make in silico analysis and overexpression constructs. Another approach to understand the flowering process in sugarcane was to use proteomic tools. First, the protocol for protein extraction using apical meristem was set up. After that, these proteins were separated on two bidimensional gels. It was possible to observe some difference for some regions of these gels as well as some proteins that can be found in all conditions. The next step, spots will be isolated and sequence on MS spectrometry in order to understand this physiological process in sugarcane / A cana-de-a??car ? uma das mais importantes culturas mundiais e atualmente o Brasil representa um dos maiores produtores de cana-de-a??car no ranque mundial. Sabendo-se da import?ncia da cana-de-a??car nos dias atuais, principalmente em rela??o ao biocombust?vel e do problema causado pela flora??o precoce a esta cultura na regi?o Nordeste, foi realizada uma an?lise in silico de dois cDNAs:, 14-3-3 like protein e Protein kinase C inhibitor-like (PKCI), envolvidos no processo de flora??o da cana-de-a??car, utilizando ferramentas gen?micas. Foi escolhido o cDNA PKCI para a constru??o de cassetes de super-express?o de modo a ser caracterizado o papel deste cDNA no processo de flora??o. Outra abordagem utilizada nesse trabalho foi de analisar prote?nas totais de ?pices meristem?ticos de variedades precoce e tardia em g?is uni e bidimensionais. Os resultados mostraram que existem algumas prote?nas que podem ser caracter?sticas de uma das variedades, e em outras foi observado uma express?o diferencial

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaHSO.pdf: 1397021 bytes, checksum: 1db8d16eef2d0b39d08b8b794e469761 (MD5) Previous issue date: 2009-02-26 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Esp?cies reativas de oxig?nio (EROs) s?o produtos do metabolismo celular capazes de reagir com biomol?culas, como prote?nas, lip?deos e ?cido nucl?ico. Essas rea??es podem causar modifica??es delet?rias para a c?lula. Fotossensibilizadores como o azul de metileno (MB), s?o capazes de produzir EROs, como o oxig?nio singlete (1O2), uma das formas mais reativas do oxig?nio molecular. O 1O2 ? capaz de oxidar guaninas, gerando les?es no DNA, como 7,8-dihydro-8-oxoguanine (8-oxoG), o mais frequente produto da oxida??o, que durante a replica??o pode emparelhar com adenina levando ? muta??es. Foi de interesse desse estudo, caracterizar a citotoxicidade, o potencial mutag?nico e o padr?o de express?o prot?ica, durante o estresse oxidativo induzido pelo MB, usando como modelo cepas de Escherichia coli proficiente em reparo e deficientes em MutY-Glicosilase, uma enzima de reparo envolvida na corre??o de pares 8-oxoG:Adenina. Essas cepas foram tratadas com MB em presen?a ou aus?ncia de luz. O crescimento, sobreviv?ncia, a taxa de mutag?nese e padr?o de s?ntese prot?ica, foram analisados. O tratamento afetou o crescimento bacteriano, induzindo morte celular, mutag?nese, e mudan?as no padr?o de s?ntese prot?ica em ambas as cepas. Entretanto a cepa deficiente em MutY mostrou uma maior sensibilidade em rela??o a cepa proficiente. Adicionalmente, a cepa deficiente em MutY apresentou um padr?o de express?o prot?ica diferenciado quando comparado com a cepa proficiente. Esses resultados sugerem o envolvimento da MutY na corre??o de les?es de DNA n?o caracterizadas e que a aus?ncia de MutY induz altera??es no padr?o de express?o prot?ica

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2018-06-20T14:04:44Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Betânia Severino da Silva Maranhão - 2016.pdf: 1589818 bytes, checksum: 6614dffb36081f61317f02e41ca0a355 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-06-27T10:35:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Betânia Severino da Silva Maranhão - 2016.pdf: 1589818 bytes, checksum: 6614dffb36081f61317f02e41ca0a355 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-27T10:35:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Betânia Severino da Silva Maranhão - 2016.pdf: 1589818 bytes, checksum: 6614dffb36081f61317f02e41ca0a355 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-10-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Cleft lip and / or palate are birth defects easily recognizable and widely incidents in the human population. The clefts have a complex etiology involving genetic and environmental factors. They are found in approximately 1 in 700 births and have substantial impact on people's lives. Require always, surgery, dental, speech therapy, psychological and cosmetic. Clefts are recognized as a result of a wide rate of developmental disorders. Approximately 2/3 of the cases are not associated with any other abnormality and are called "non syndromic." The etiology of non syndromic oral clefts remains unknown. Preliminary studies suggest the involvement of a variety of genes and / or loci and environmental factors seem to play an important role in the genesis of such cases. Advances in molecular and quantitative analysis provide new opportunities to identify genes and gene-environment interactions relevant to the etiology of this common defect and representative birth. In this study, we analyzed a set of 80 cases of cleft lip and / or palate of non syndromic cases of patients of Associação de Combate as Deformidades Faciais (REFACE), collecting epidemiological and clinical data and biological sample for DNA extraction. The analysis was performed by Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) of IRF6 and GRHL3 genes. This study finds only one individual with a duplication of a genomic region of the gene GRHL3, emphasizing the necessity of a larger sample and different geographical regions. / Fissuras de lábio e/ou palato (FL/P) são defeitos de nascimento facilmente reconhecíveis e amplamente incidentes na população humana. As fissuras têm uma etiologia complexa, envolvendo fatores genéticos e ambientais. São encontradas em aproximadamente 1 em 700 nascimentos e têm substancial impacto na vida das pessoas. As fissuras, de modo geral, acontecem com maior frequência nos homens do que nas mulheres, numa taxa de 2:1. Requerem, sempre, intervenções cirúrgicas, dentárias, fonoaudiológicas, psicológicas e cosméticas. Aproximadamente 2/3 dos casos não estão associadas a qualquer outra anomalia e são chamadas nãosindrômicas (FL/PNS). A etiologia da FL/PNS permanece desconhecida. Estudos preliminares sugerem a participação de uma variedade de genes e/ou loci, bem como fatores ambientais na etiologia desses defeitos congênitos. O gene IRF6 (interferon regulador factor 6) é consistente na sua contribuição como causa das fissuras orais dentre um grande numero de genes candidatos. Mutações nesse gene causam uma forma dominante da síndrome de van der Woude, a qual inclui FL/P, e marcadores polimorficos nesse gene estão fortemente associados a FL/P. Recentemente, o gene GRHL3 foi identificado como um outro gene associado à causa da síndrome de van der Woude. Dessa forma, passou a ser um novo gene candidato as FL/PNS. No presente trabalho, coletamos dados epidemiológicos, ambientais e amostra biológica (sangue periférico) de 80 casos de FL/PNS atendidos na Associação de Combate às Deformidades Faciais (REFACE) da cidade de Goiânia, GO. Investigamos variações nos genes IRF6 e GRHL3, mediante a técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA). Os resultados mostraram uma duplicação no exon 4 do gene GRHL3 em quatro indivíduos portadores de fissura de lábio e palato não aparentados. Nenhuma variação foi detectada no gene IRF6. Esse é o primeiro relato de uma microduplicação no gene GRHL3 em indivíduos com FL/PNS. Esses resultados são preliminares e enfatizam a necessidade de aplicação de outros métodos que comprovem esse achado, além de uma maior amostragem e de investigações adicionais no estudo da etiologia das fissuras orais não sindrômicas.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-03T12:48:47Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karinne Evaristo de Deus - 2014.pdf: 3544531 bytes, checksum: a66cafd69f531c94042afb6432fd61cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-03T15:28:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karinne Evaristo de Deus - 2014.pdf: 3544531 bytes, checksum: a66cafd69f531c94042afb6432fd61cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-03T15:28:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karinne Evaristo de Deus - 2014.pdf: 3544531 bytes, checksum: a66cafd69f531c94042afb6432fd61cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-06-30 / Drought is a major cause for reduced productivity in the cultivation of upland rice farming in many regions of the world. One of the consequences of the drought is the production in excess of reactive oxygen species (ROS), causing a series of oxidative damage to various biomolecules with subsequent cell death. With the function of protecting structures and functioning of cells from the damaging effects of ROS, a complex antioxidant system is activated in plants. This system consists of: (1) lipid soluble membrane-associated and tocopherols; (2) reducing water soluble compounds such as ascorbate (ASA) and glutathione (GSH) and (3) antioxidative enzymes, and superoxide dismutase (SOD) considered as a major enzymes of the antioxidant defense system. The present study aimed to evaluate the SOD in activity level via spectrophotometric method and level of gene expression via qPCR in two genotypes of upland rice (Oryza sativa japonica), Douradão and BRS Primavera, with contrasting for drought tolerance characteristics, watching the leaf and root tissue, two stages of plant development (vegetative and reproductive), grown under optimal water conditions and water deficit (100% and 50% water in the vessels), respectively. The results revealed a differential pattern of SOD activity in different tissues and developmental stages in tolerant and sensitive genotypes, and for the tolerant genotype that activity was increased only in leaf / root and vegetative/reproductive tissue, as was sensitive the leaf / reproductive and reproductive/ root. Regarding gene expression, we also observed a very different pattern of regulation in tolerant and sensitive genotypes. The CuZnSOD1, CuZnSOD4, and MnSOD genes, expression was significantly (p≤ 0.05) increased in the tolerant, the first in leaves and roots off the reproductive stage, the second vegetative stage only in leaves and the third gene in the two tissues and plant developmental stages. As for the sensitive only FeSOD1 gene had highlighted with increased expression in roots at the reproductive stage. Certainly, the different patterns of induction level of activity and / or gene expression of SOD in plants of upland rice, should be strongly considered to elucidate the cellular mechanisms of drought tolerance, aiming to support improvement programs to develop cultivars more efficient and better suited to prone areas with water deficiency. / A seca é uma das principais causas para redução da produtividade na cultura do arroz de terras altas em muitas regiões agrícolas do mundo. Uma das consequências da seca é a produção, em excesso, de espécies reativas de oxigênio (EROs), podendo causar uma série de danos oxidativos a diversas biomoléculas com consequente morte celular. Com a função de proteger estruturas e funcionamento das células dos efeitos prejudiciais das EROs, um complexo sistema antioxidativo é ativado nas plantas. Esse sistema é constituído de: (1) lipídeos solúveis e tocoferóis associados à membrana; (2) compostos redutores solúveis em água, tais como ascorbato (ASA) e glutationa (GSH), e (3) enzimas antioxidativas, sendo a superóxido dismutase (SOD) considerada como uma das principais enzimas do sistema de defesa antioxidativo. O presente estudo teve como objetivo avaliar a SOD, em nível de atividade via método espectrofotométrico e em nível de expressão gênica via qPCR, em dois genótipos de arroz de terras altas (Oryza sativa japonica), Douradão e BRS Primavera, com características contrastantes para tolerância à deficiência hídrica, contemplando parte aérea e tecido radicular, dois estádios de desenvolvimento das plantas (vegetativo e reprodutivo), cultivadas sob condição hídrica ótima e de deficiência hídrica (100 % e 50 % de água nos vasos), respectivamente. Os resultados revelaram um padrão diferencial de atividade da SOD nos diferentes tecidos e estádios de desenvolvimento nos genótipos tolerante e sensível, sendo que para o genótipo tolerante essa atividade foi aumentada somente em tecido foliar fase vegetativa e radicular fase reprodutiva, enquanto no sensível foi foliar e radicular estádio reprodutivo. Quanto à expressão gênica, também observou um padrão bastante diferenciado de regulação nos genótipos tolerante e sensível. Os genes Cu/ZnSOD1, Cu/ZnSOD4 e MnSOD apresentaram expressão significativamente (p ≤ 0,05) aumentada no tolerante, sendo o primeiro em folhas e raízes do estádio reprodutivo, o segundo estádio vegetativo somente em folhas e para o terceiro gene nos dois tecidos e estádios de desenvolvimento da planta. Já para o genótipo sensível somente o gene FeSOD1 apresentou destaque com aumento da expressão em raízes no estádio reprodutivo. Certamente, os diferentes padrões de indução em nível de atividade e/ou expressão gênica da SOD, em plantas de arroz de terras altas, devem ser fortemente considerados para elucidar os mecanismos celulares de tolerância à seca, objetivando subsidiar programas de melhoramento para desenvolvimento de cultivares mais eficiente e mais bem adaptada às áreas propensas à deficiência hídrica.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_marcia_magalhaes_mata.pdf: 1998479 bytes, checksum: c18127c54931180d99c33eb9ceb106cd (MD5) Previous issue date: 2013-06-24 / L. monocytogenes is the etiologic agent of listeriosis, a severe food-borne disease. This pathogen has also variable ability to adhere to food-processing surfaces. Thus, the aims of this study was at first to evaluate the influence of the temperature (04-10-25-37°C) and time of incubation (24-48-168h) on the formation of attached cells by L. monocytogenes strains of diverse origins, serotypes and lineages using a colorimetric microtitre plate method. After this, comprehensive proteomics experiments using label-free 1D- liquid chromatography/tandem mass spectrometry (1D-LC/tandem MS) were performed to determine if the global proteomic responses of L. monocytogenes strains (Siliken and F2365) is altered markedly as attached cells compared to its planktonic state when growth media and temperature are the same. Our results showed that attached cells produced by different origins of L. monocytogenes did not change significantly when subjected to experimental conditions, unlike what was observed with attached cells produced by different serotypes and lineages of L. monocytogenes, which were clearly affected by environmental conditions.such as temperature and time of incubation. The ability of lineage II and serotype 1/2a and 1/2b to form large amount of attached cells when compared with the others in specific conditions indicates that risks from Listeria adherence must be taken seriously in sensitive food environments in order to find safer alternatives to prevent contamination and further dissemination of listeriosis. Only 8 proteins demonstrated substantial changes in common between both strains and temperatures in attached cells compared to their planktonic counterparts. They are: GroEL, DnaK, PtsH, PdxS, Pgi, RpsB, RpsD, and RpsP. Moreover, it was observed that the cell surface protein BapL abundance, though low, was not enhanced in attached cells suggesting its role in adherence could be a generalized contribution to the cell wall hydrophobicity. Interestingly, our experiment suggest that at 25°C the attached cells in both strains undergo flagella synthesis repression. Also, Sig B Regulon can be associate with an enhanced general stress response occurs in lineage II Strain (Siliken) but not in lineage I Strain (F2365) and could relate to the consequences of attachment. The temporal survey-based approach demonstrates clearly that high coverage represents a powerful means to investigate dynamic responses in L. monocytogenes from a functional genomics perspective / L. monocytogenes é o agente etiológico da listeriose, uma doença severa de origem alimentar. Esse patógeno também é capaz de se aderir a uma grande variedade de superfícies do processamento de alimentos. Sendo assim, os objetivos deste estudo foram primeiramente, avaliar a influência da temperatura (04-10-25 e 37°C) e tempo de incubação (24-48-168h) na formação de células aderidas de cepas de L. monocytogenes de diferentes origens, sorotipos e linhagens utilizando o método colorimétrico em placas de microtitulação. Após, experimentos de proteômica abrangentes que não utilizam marcadores, como a Cromatografia líquida de 1D/ espectrometria de massa em tandem (1D-LC/tandem MS) foram realizadas para determinar se o perfil proteico global de células planctônicas e de células aderidas de cepas de L. monocytogenes (Siliken e F2365) foi alterado significativamente quando os meios de crescimento e de temperatura de incubação foram os mesmos. A partir dos resultados obtidos verificou-se que as células aderidas formadas por L. monocytogenes de diferentes origens não sofreram alterações significativas quando submetidas às condições experimentais, diferentemente do que foi observado com as células aderidas formadas por L. monocytogenes de diferentes sorotipos e linhagens, as quais foram claramente afetadas pelas condições do ambiente. A habilidade da linhagem II e dos sorotipos 1/2a e 1/2b de formar grande quantidade de células aderidas quando comparadas com as demais, em condições específicas, indica alto risco de contaminação e disseminação da listeriose, bem como a sobrevivência e persistência deste micro-organismo no ambiente. Com base na análise proteômica, apenas oito proteínas demonstraram alterações substanciais em comum entre ambas as cepas e temperaturas em células aderidas comparadas com suas respectivas células planctônicas. São elas: GroEL, DnaK, PtsH, PdxS, Pgi, RpsB, RpsD, and RpsP. Verificou-se também que a abundância da proteína de superfície celular BapL, embora baixa, não foi aumentada em células aderidas sugerindo que o seu papel na adesão pode ser uma contribuição generalizada para a hidrofobicidade da parede celular. De forma muito interessante, nosso experimento sugere que células aderidas a 25°C por ambas as cepas levam a uma síntese de repressão flagelar. E ainda, Sig B Regulon pode estar associado com o aumento em geral da resposta ao estresse ocorrido na cepa de linhagem II (Siliken) mas não na cepa de linhagem I (F2365) o que pode estar relacionado com as consequências da adesão. A técnica utilizada no experimento demonstrou claramente que com alta abrangência é possível estudar proteomas bacterianos representando assim uma ferramenta poderosa para investigar respostas dinâmicas em L. monocytogenes através de uma perspectiva de genômica funcional.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:10:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 claudio carlos.pdf: 4222908 bytes, checksum: 9eff1b9f349ce5868c10ca1d5b440898 (MD5) Previous issue date: 2009-10-21 / The larynx is a structure of the upper aerodigestive tract responsible for the production of sounds as well as protecting the lower airways and helping during the normal act of swallowing. Any pathology which affects the larynx can impose several challenges that disrupt its normal physiological function, and consequently and directly resulting in reduction of the patient s quality of life. Among the different diseases that affect the larynx, cancer is one of the most serious. The squamous cell carcinoma (SCC) of the larynx is a multifactorial disease, influenced by environmental factors and individual behavioral, habits, and susceptibility. The current study describes the molecular and genetic assessment of 20 patients with the squamous cell carcinoma of the larynx. In summary, the study strategy included the analyses of the genetic polymorphism of codon 72 of the TP53, the detection and genotyping of HPV genome, assessing genomic instability (MIS and LOH) and random chromosomal imbalances using PCR and CGH approaches. Regarding to the polymorphism of the TP53 gene, arginine homozygous genotypes (p53AA) and arginine-proline heterozygous genotypes (p53PA) were found in 65% (13/20) and 35% (7 / 20) of cases, respectively. HPV genome was found in association with tumor cells in 20% of SCC cases. HPV 16, 11, and 45 were the genotypes identified. Moreover, co-infection of HPV 11 and 45 was also observed. Both samples found positive for HPV genome were associated with p53AA at the TP53 gene. Our results corroborated the data published in the literature that described an increased susceptibility to the virus-induced carcinogenesis of the larynx in arginine homozygous genotypes. Here in we report genomic instability for a panel of 8 microsatellite markers distributed in 5 chromosomes. One locus (D8S135) was found in homozygous for all cases. On the other hand, RH-92600 was not included in the analysis mainly because it was also found homozygous for most cases. We found 76.2% (244/320) of informative loci. Thus the mean frequency of MIS was 9.0% (22/244) and LOH was 6.1% (15/244). The frequency of MIS was found higher than the LOH, suggesting that the tumorigenesis of SCC of the larynx follows a mechanism of mutator phenotype. Using CGH, chromosomal gains were observed in 1q21qter. On the other hand, chromosomal losses occurred in chromosome 3p21p28, 11q23, 16p16, 16q12, 17p13pter and 22q13. The techniques of comparative genomic hybridization have improved the understanding of genetic alterations in squamous cell carcinoma of the larynx, especially for characterizing the relationship between early precursors of laryngeal carcinomas, as well as to identify genomic regions that may contain oncogenes and tumor suppressor genes involved in the tumorigenesis of this anatomical site. / A laringe é uma estrutura tubular do trato aero digestivo com a principal função de formação de sons, além de estar relacionada com a proteção das vias aéreas inferiores e deglutição dos alimentos. Qualquer patologia que acomete este órgão pode ocasionar diversos problemas em sua função fisiológica normal, com influência plena e direta no decréscimo da qualidade de vida do indivíduo. Das diversas doenças que afetam a laringe, o câncer apresenta-se como uma das mais graves. O carcinoma de células escamosas da laringe apresenta-se como uma doença multifatorial e epigenética sendo influenciada por fatores ambientais, comportamentais e inerentes ao indivíduo. Este estudo avaliou 20 indivíduos portadores do carcinoma das células escamosas da laringe. Dentre dos parâmetros avaliados, destacam-se o polimorfismo do códon 72 do gene do gene TP53, a detecção e genotipagem do genoma de HPV, a instabilidade genômica (LOH e MIS) e alterações cromossômicas não balanceadas. Em relação ao polimorfismo de TP53, os resultados foram 65% (13/20) de homozigotos (TP53AA) e 35% (7/20) de heterozigotos (TP53PA). Em 20% dos pacientes foi observada a presença de genoma HPV associada às células tumorais, tendo sido genotipados os subtipos virais HPV 16 em uma amostra e HPV 11 e 45 na outra amostra, caracterizando uma co-infecção. Os dois casos positivos para HPV apresentaram genótipo homozigoto (TP53AA) para o gene TP53. Os resultados deste estudo corroboram os dados publicados na literatura pertinente, que correlacionam a susceptibilidade aumentada para CEC da laringe em indivíduos homozigotos para TP53Arg e a maior susceptibilidade destes à carcinogênese vírus-induzida. A instabilidade genômica foi avaliada utilizando um painel de 8 marcadores de microssatélites distribuídos em 5 cromossomos diferentes. Os loci D8S135 e RH-92600 foram considerados não informativos, pois se apresentaram homozigotos na maioria dos casos, enquanto que 76,2% (244/320) loci foram informativos. Contudo, a freqüência de MIS foi de 9% (22/244) e a freqüência de LOH de 6,1% (15/244). A freqüência observada de MIS foi maior do que a freqüência de LOH, sugerindo que o carcinoma das células escamosas da laringe segue o mecanismo fenótipo mutante . A hibridação genômica comparativa mostrou que a principal região cromossômica que apresentou ganhos foi em 1q21qter, enquanto que as perdas cromossômicas ocorreram em 3p21p28, 11q23, 16p16, 16q12, 17p13pter e 22q13. As técnicas de hibridação genômica comparativa têm contribuído para melhorar a compreensão das alterações genéticas no carcinoma das células escamosas da laringe, sobretudo para a caracterização da relação entre estágios precursores de câncer laríngeo, assim como, para a identificação de regiões genômicas que podem conter oncogenes e genes supressores tumorais.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:10:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lilian CARLA CARNEIRO Tese.pdf: 936824 bytes, checksum: e49c7ff122a0392ea9e5120fd05064ed (MD5) Previous issue date: 2010-05-31 / A small cryptic plasmid isolated from Salmonella enterica Enteritidis called pVCM04 was sequenced and characterizated. pVCM04 is a 3583 pb circle molecule that showed no homology with other plasmids deposited in the GenBank. 12 ORF with more than 50 aminoacids were predicted using the ORF finder program. ORF1 and ORF2 showed homology with replication proteins of different plasmids. ORF 3-5 showed homology with mobilization proteins present in several plasmids; the others seven ORF showed no homology with genes deposited in GenBank. The pVCM04 possess a region with more than 500 pb that is not associated with none of the predicted proteins. This region is organizated in a G+C rich, A+T rich and two repeat direct sequences. The second repeat direct sequence contains a region of DnaA box connection (TTTACAC). This region is probably associated to the replication origin theta type. The phylogenetic relationship among replicase and mobilization deduced protein showed highest similarity of replicase proteins than mobilization proteins. Conjugation experiments showed that the pVCM04/pUC18 fusion not have a good ability to transfer, the plasmid stability test showed that the cells lost 60% of pVCM04/pUC18 on the first day of cultivation. The characterization suggests that the pVCM04 probably would be a cryptic plasmid from fusion of different ancestral plasmid. / Um pequeno plasmídeo críptico isolado de Salmonella enterica Enteretidis denominado pVCM04 foi sequênciado e caracterizado. O pVCM04 é uma molécula circular com 3583 pb a qual não apresenta homologia com outros plasmídeos depositados no GenBank . 12 ORF ( Open Read Frame ) com mais de 50 aminoácidos foram preditas usando o programa ORFinder. A ORF1 e a ORF2 apresentaram homologia com proteínas de replicação de diferentes plasmídeos. As ORF 3, 4 e 5 apresentaram homologia com proteínas de mobilização presente em vários plasmídeos; as outras sete ORF não apresentaram homologia com genes depositados no GenBank . O pVCM04 possui uma região, com mais de 500 pb, que não está associada a nenhuma das proteínas preditas. Esta região está organizada em uma sequência rica em G+C, A+T e duas sequências repetidas diretas. A segunda sequência repetida direta contém uma sequência de ligação para a proteína DnaA (TTTACAC). Esta região está provavelmente associada com a origem de replicação do tipo theta. As relações filogenéticas para as proteínas deduzidas replicase e de mobilização mostraram maior similaridade para proteínas replicase do que para proteínas de mobilização. Experimentos de conjugação evidenciaram que a fusão pVCM04⁄pUC18 não possui uma boa capacidade de transferência; o teste de estabilidade plasmidial demonstrou que as células perdem 60% do pVCM04⁄pUC18 no primeiro dia de cultivo. A caracterização do pVCM04 sugere que este plasmídeo provavelmente seja um plasmídeo críptico oriundo de diferentes ancestrais.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:10:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 antonio marcio.pdf: 1664898 bytes, checksum: a51767c9c1070efdc7346160e72afa12 (MD5) Previous issue date: 2009-10-20 / Head and neck cancer arises in the oral cavity and nearby regions, larynx, pharynx, including oropharynx, nasopharynx, and hipopharynx. Extensive epidemiologic studies have revealed that chronic tobacco smoking and alcohol consumption as the two main risk factors associated with the multifactorial etiology of head and neck cancers. Additionally, nutritional status, HPV infection, and genetic polymorphism were also related with the disease. A frequently studied polymorphism in Squamous Cell Carcinoma (SCC) of head and neck is a G-to-C SNP (Single Nucleotide Polymorphism) at codon 72 in the p53 gene, which codes for an Arg or Pro (Arginine or Proline) in P53 protein. In order to investigate the distribution and potential association of that SNP in SCC, biological samples were obtained from 331 cases of head and neck SCC from Araújo Jorge Hospital and 271 healthy control individuals from Goiânia (Brazil) population. DNA was isolated and subsequently used for PCR amplification to genotype cases and controls with respect to their p5372 SNP. Additionaly, a meta-analysis was carried out using 29 relevant case-control studies that used p5372 SNP genotyping in SCC of the head and neck. Allelic frequencies for cases were 73.3% and 27.7% for Arg and Pro, respectively. On the other hand, control allelic frequencies were 74.2% and 25.8% for Arg and Pro, respectively (p = 0.119). Genotypic frequencies were 56.8% Arg/Arg, 32.9% Arg/Pro, and 10.3% Pro/Pro for all cases. The control genotypic frequencies were 61.3% Arg/Arg, 25.8% Arg/Pro and 12.9% Pro/Pro (p = 0,137). According to the current data and meta-analysis, no association between p5372 SNP and the development of SCC of the head and neck was found. Although, the homozygous genotype Arg/Arg was found as an important oncogenic risk factor associated with the carcinoma of the oropharynx. / O câncer de cabeça e pescoço ocorre nas regiões da cavidade oral, da faringe (orofaringe, nasofaringe e hipofaringe) e da laringe. Aspectos epidemiológicos evidenciam a etiologia multifatorial das neoplasias de cabeça e pescoço, destacando, o tabagismo e o etilismo crônicos como principais fatores de risco, seguidos dos aspectos nutricionais, infecções pelo HPV e polimorfismos genéticos. No contexto dos polimorfismos genéticos tem-se o gene p5372(RP). O objetivo do presente estudo foi estabelecer a associação entre o polimorfismo do gene p53, no códon 72 (Arginina/Prolina), e o câncer de cabeça e pescoço. O estudo contou com 602 participantes, divididos em: 331 pacientes com câncer de cabeça e pescoço provenientes do Hospital Araújo Jorge (grupo caso) e 271 indivíduos saudáveis selecionados randomicamente na população da cidade de Goiânia/GO (grupo controle). As amostras foram processadas e o DNA foi isolado para a avaliação molecular, por PCR, do polimorfismo do gene p5372(RP). Realizou-se também uma meta-análise com 29 estudos do tipo caso-controle de avaliação do referido polimorfismo em câncer de cabeça e pescoço. As frequências alélicas, dos 602 participantes para p53Arg e p53Pro, foram, respectivamente, 73,3% e 26,7% no grupo caso e 74,2% e 25,8% no grupo controle (p = 0,119). As frequências genotípicas foram, para o grupo caso, 56,8% Arg/Arg, 32,9% Arg/Pro e 10,3% Pro/Pro; e para o grupo controle, 61,3% Arg/Arg, 25,8% Arg/Pro e 12,9% Pro/Pro (p = 0,137). A meta-análise agrupou 29 estudos sobre o polimorfismo de p5372(RP) em câncer de cabeça e pescoço e não indicou nenhum tipo de correlação entre as variáveis consideradas. Os dados da presente avaliação e da meta-análise sugerem ausência de correlação entre o polimorfismo do gene p5372(RP) e o risco de desenvolver o câncer de cabeça e pescoço. Por outro lado, ao estratificar os dados por sítio anatômico, o genótipo Arg/Arg se revelou como um importante fator de risco oncogênico para o desenvolvimento do câncer da orofaringe quando comparado com os outros genótipos.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:10:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese final Karlla.pdf: 1794329 bytes, checksum: 2a2d0436bd4d9a7eeebe61077580e8f9 (MD5) Previous issue date: 2009-03-27 / Alpha thalassemia is a syndrome resulting from disturbances in the synthesis of alpha globin chain that forms the tetramer of the hemoglobin molecule. Alpha thalassemia is classified into four types according to the number of alpha genes affected: silent carrier (-α/αα), alpha thalassemia trait (--/αα or -α/-α) Hemoglobin H disease (-- /-α), and fetalis hydrops (--/--). The decrease in synthesis of alpha globin causes inadequate production of hemoglobin resulting in hypochromic and microcytic anaemia. Also it causes accumulation of beta chains, inside the erythrocytes, resulting in formation of beta chain tetramer of hemoglobin called Hb H. Clinically the individual with thalassemia can be asymptomatic or present severe anemia. Asymptomatic forms of thalassemia, silent carrier and alpha thalassemia trait, are more difficult to diagnose because of the inclusions bodies of Hb H are not always present. In these situations it is necessary to research the molecular characterization of the genotype and confirming the presence of alpha thalassemia. This is mainly because the diagnosis by conventional methods, although important, is limited and imprecise. This study evaluated some of the traditional laboratory methods in the detection of alpha thalassemia and associated molecular characterization of the more prevalent deletion forms α3,7 and α4,2. For confirmation and characterization of alpha thalassemia, new oligonucleotides were designed. By conventional PCR technique, using 3.7F/KGB01 primers it was possible to detect the deletion α3,7, differentiating the normal genotype (αα/αα), the heterozygote (-α3,7/αα), and homozygous (-- α3,7/- α3,7). Although it was designed to detect the deletion α3,7, this primers also identified the deletion α4,2 when in homozigose (-α4,2/- α4,2). The primers KGB04/KGB05 detected the deletion α4,2, but without differentiating between the heterozygous and homozygous genotype. The most prevalent deletion founded was the α4,2 (20.0%) which represents 9.2% in the homozygous form (- α4,2/-α4,2). The deletion α3,7 in the heterozygous form was detected in 12.3% of patients. The data demonstrate that the importance of molecular detection for alpha thalassemia is not limited only to the definition of the genotype, but also confirmation of the presence in patients with abnormal erythrogram values, with regular erythrogram values, with values closed to the boundary values and in neonates. / A talassemia alfa é uma síndrome resultante de distúrbios na síntese da cadeia da globina alfa que formam o tetrâmero da molécula da hemoglobina. A talassemia alfa é classificada em quatro tipos de acordo com o número de genes alfa afetado: portador silencioso (-α/αα); traço alfa talassêmico (--/αα ou - α/-α); doença de hemoglobina H (--/-α) e hidropsia fetal (--/--). A diminuição na síntese de globina alfa causa a produção inadequada de hemoglobina que resulta em anemia microcítica e hipocrômica. Causa também o acúmulo de cadeias do tipo beta, no interior do eritrócito, pela falta de balanceamento com a síntese da globina alfa afetada. O resultado deste desbalanceamento é a formação de tetrâmeros de cadeias beta denominados Hb H. Clinicamente o indivíduo portador de talassemia alfa pode ser assintomático ou apresentar anemia severa. As formas assintomáticas da talassemia alfa, o portador silencioso e o traço alfa talassêmico, são mais difíceis de diagnosticar, pois os corpúsculos de Hb H nem sempre estão presentes. Para estas situações faz-se necessária a investigação molecular visando a caracterização do genótipo e a confirmação da presença da talassemia alfa. Este fato se deve principalmente porque o diagnóstico através de métodos clássicos não moleculares, apesar de importantes, é limitado e impreciso. O presente trabalho avaliou alguns dos métodos laboratoriais clássicos na detecção de talassemia alfa e associou a caracterização molecular das formas delecionais mais prevalentes α3,7 e α4,2. Para a confirmação e caracterização da talassemia alfa, foram desenhados novos oligonucleotídeos. Através da técnica convencional da PCR, utilizando o par de oligonucleotídeos 3.7F/KGB01 foi possível detectar a deleção α3,7, diferenciando o genótipo normal (αα/αα), do heterozigoto ( α3,7/αα) e do homozigoto ( α3,7/ α3,7). Apesar de ter sido desenhado para detectar a deleção α3,7, este par também permitiu detectar a deleção α4,2 quando em homozigose ( α4,2/ α4,2). Utilizando o par KGB04/KGB05 foi possível detectar a deleção α4,2, porém sem diferenciar entre o genótipo heterozigoto e homozigoto. A deleção mais prevalente encontrada foi a α4,2 (20,0%) sendo que destas podemos afirmar que 9,2% estão na forma homozigótica ( α4,2/ α4,2). A deleção do tipo α3,7 na forma heterozigótica foi detectada em 12,3% dos pacientes. Os dados obtidos revelam que a importância da detecção molecular para talassemia alfa não se restringe apenas na definição do genótipo, mas também na detecção deste tipo de talassemia em pacientes que apresentam: quadros hematológicos alterados, quadros hematológicos normais, mas com valores próximos aos valores limítrofes e em neonatos.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ariane_Castro_Mendes_Leao[1].pdf: 899082 bytes, checksum: 0b19f24baa0e56f0caae9f29a959bb7a (MD5) Previous issue date: 2006-12-15 / The common bean besides being one of the basic meals of brazilian´s population, it is one of the main products that provide protein in the nutritional diet from the society share which is economically less favorable. The identification of molecular markers linked to controlling genes of the protein content in common beans (Phaseolus vulgaris L.) is a very important tool to help breeding programs, raising the efficiency and agility. This way, this work was made with two main goals: a) to map SSR and RAPD markers linked to loci (QTLs) that control protein content in two generations of a segregating population of common beans and b) to compare detection procedures of markers linked to QTLs using the ANOVA method and the process of interval mapping. For that reason, 94 families were taken from the F2 generation and 90 families from the F2:3 generation derived from the cross of genitors CNFC 7812 e CNFC 8056. Results indicated that there is the possibility of identifying molecular markers related to protein content in common beans, utilizing both detection procedures. The ANOVA method identified a greater number of QTLslinked markers than the process of interval mapping in both generations. There was coincidence between the identified loci obtained with the two methods for each generation. Loci that were associated with protein content were different for the F2 and F2:3 generations. However, there was a stable detection of a genomic region of the linkage group 4, indicating a possible role of this region of the common bean genome in the control of seed protein content. The proportion of the trait s phenotypic variation explained by QTLs varied from 5,5% to 9,5%, considering both generation. / O feijão, além de se constituir um dos alimentos básicos da população brasileira, é um dos principais produtos fornecedores de proteína na dieta alimentar dos estratos sociais economicamente menos favorecidos. A identificação de marcadores moleculares ligados a genes controladores de teor de proteína em feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L.) é uma importante ferramenta para auxiliar os programas de melhoramento, aumentando sua eficiência e agilidade. Desta forma, este trabalho foi realizado com os objetivos: a) mapear marcadores SSR e RAPD ligados aos locos gênicos (QTLs) controladores de teor de proteína em duas gerações de uma população segregante de feijoeiro-comum e b) comparar os processos de detecção dos marcadores ligados aos QTLs utilizando o método de ANOVA e o método de mapeamento por intervalo. Para tanto, foram utilizadas 94 famílias da geração F2 e 90 famílias da geração F2:3 provenientes do cruzamento entre os genitores CNFC 7812 e CNFC 8056. Os resultados mostraram a possibilidade de identificar marcadores moleculares ligados ao teor de proteína em feijoeiro, utilizando ambos os métodos. O método de ANOVA identificou mais marcadores ligados a QTLs do que o processo de mapeamento por intervalo em ambas as gerações. Houve concordância entre os locos identificados pelos dois métodos para cada geração. Os locos que foram associados com o teor de proteína foram distintos para as gerações F2 e F2:3. Entretanto, houve uma detecção estável de uma região genômica do grupo de ligação 4, indicando um possível papel desta região do genoma do feijoeiro no controle do teor de proteína no grão. A proporção da variância fenotípica desta característica explicada pelos QTLs variou de 5,5% a 9,5%, considerando as duas gerações.