Made available in DSpace on 2017-07-21T20:00:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lilian Prione.pdf: 1165937 bytes, checksum: d73d6916708640fa9af6db139db8b8c2 (MD5) Previous issue date: 2014-02-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Herbicides are widely used to increase crop production and account for 35% of all agrochemicals applied annually. After application, the herbicides can remain in the soil as hazardous residues. Mesotrione, (2-[4-methylsulfonyl-2-nitrobenzoyl]1,3-cyclohenanedione), is the active ingredient of Callisto, an herbicide commonly used in corn. Pantoea ananatis CCT 7673, an Enterobacteria isolated from water, has been previously cited as mesotrione-degrading strain. The aim of this study was to evaluate the influence of mesotrione and Callisto as oxidative stress-inducing agents for cellular metabolism of Pantoea ananatis CCT7673 and identify possible mechanisms of tolerance. SOD, CAT and GR activities were evaluated in non-denaturing PAGE and CAT, GR and GST in spectrophotometer. Also, the rates of malonaldehyde (MDA), superoxid and peroxide hydrogen (H2O2) were measured in a spectrophotometer. Minimal medium with no herbicide (MM) was used as control. Lipid peroxidation, superoxide and peroxide hydrogen quantification and SOD, CAT, GR and GST activities were analyzed before and after degradation of mesotrione. The herbicide proved to be the cause of oxidative stress, according to peroxide hydrogen data. Unexpectedly, the rates of lipid peroxidation (MDA) and GR showed to be lower in the presence of the herbicide when compared to the control, with no changes in bacterial growth. The activity of GST was higher in mesotrione treatment in comparison to control and Callisto, during and after degradation. These results suggest that this enzyme may be related to the mesotrione degradation, probably by cometabolism. The rates of lipid peroxidation were shown to be lower in the presence of the herbicide compared to the control, with no changes in growth rates when exposed to herbicide. P. ananatis CCT 7673 showed changes in the saturation of membrane lipids. These changes may interfere with herbicide entry into the cell. These characteristics may be associated with a level of phenotypic plasticity in P. ananatis CCT 7673, making this an interesting bacterium for studies of herbicide tolerance and evolution of microbiota in environments subjected to different degrees of selective pressure model. / Herbicidas são amplamente utilizados para aumentar a produção agrícola e são responsáveis por 35% de todos os agrotóxicos aplicados anualmente. Após a aplicação, os herbicidas podem permanecer no solo como resíduos perigosos. O mesotrione (2 - [ 4 - metilsulfonil - 2 - nitrobenzoil ] 1,3- cyclohenanedione ) é o ingrediente ativo de Callisto, um herbicida utilizado no milho . Pantoea ananatis CCT 7673, é uma enterobactéria isolada de água e foi previamente caracterizada como linhagem degradadora do mesotrione. Os objetivos deste trabalho foram o avaliar a influência do mesotrione e Callisto como agentes indutores de estresse oxidativo para o metabolismo celular de Pantoea ananatis CCT7673, bem como identificar possíveis mecanismos de tolerância a estes herbicidas. As atividades enzimáticas de SOD, CAT e GR foram avaliadas em PAGE não desnaturante e de CAT, GR e GST em espectrofotômetro. Além disto, as taxas de malondialdeído (MDA), radical superóxido e peróxido de hidrogênio (H2O2) foram medidas em espectrofotômetro. Todas as análises foram realizadas antes e após a degradação do mesotrione. Meio mínimo sem herbicida (MM) foi utilizado como controle. O herbicida provou ser agente causal do estresse oxidativo pelos dados de peróxido de hidrogênio. Inesperadamente, as taxas de MDA e GR mostraram-se inferiores nos tratamentos com herbicida em relação ao controle, sem alteração no crecimento bacteriano. A atividade de glutationa-S-transferase foi maior no tratamento com mesotrione em comparação com o controle e Callisto, durante e após a degradação. Estes resultados sugerem que essa enzima pode estar relacionada com o processo de degradação do mesotrione, provavelmente por cometabolismo. As taxas de peroxidação lipídica mostraram ser menores na presença do herbicida em comparação com o controle, sem mudanças na taxa de crescimento Quando exposta ao herbicida, P. ananatis CCT 7673 apresentou alterações na saturação de lipídios de membrana. Estas mudanças podem interferir na entrada do herbicida na célula. Tais características podem estar associadas a um nível de plasticidade fenotípica em P. ananatis CCT 7673, tornando essa bactéria um modelo interessante para estudos de tolerância a herbicidas e evolução de microbiotas em ambientes submetidos a diferentes graus de pressão seletiva.

Made available in DSpace on 2017-07-21T20:00:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Murilo Delgobo.pdf: 2288840 bytes, checksum: d9ce3a086e9ee92b92ac76ac76264e04 (MD5) Previous issue date: 2014-02-21 / Brown-Spider’s venom (Loxosceles sp.) is presented as a complex mixture of toxins, able to induce skin necrosis with gravitational spreading, intense inflammatory response, edema induction and increase in vascular permeability in vivo. Recently, the biotechnological potential of the toxins was explored by its use in clinical test, in the study of inflammatory response, as a research tool in cell biology, as a biopesticide and in immunotherapy, through the production of antiserum. In this context, immunotherapy is broadly spread through the production of vaccines, available for the treatment of deleterious reactions developed in accidents. In the present work, we investigated if immunological tolerance induction to dermonecrotic recombinant toxin (LiRecDT1) and its mutated form (LiRecDT1 H12A), through its oral administration, could modulate inflammatory and deleterious responses triggered by dermonecrotic toxin. For this purpose, an oral tolerance protocol was designed, consisting in the administration of 10 μg of LiRecDT1 and LiRecDT1 H12A three times in a week, for three weeks. Adult Swiss mice were further immunized, and oral tolerance induction was observed by reduction in serum levels of IgG antibody anti-toxin when compared with control group. It was observed that mice tolerant to LiRecDT1 H12A present a reduction in paw edema, caused by the injection of 6 μg of dermonecrotic toxin in plantar surface hind paw. Mice tolerized with LiRecDT1 and challenged with 50 μg of dermonecrotic toxin, exhibited higher survival, when compared to control group. This effect was not observed in mice tolerized to LiRecDT1 H12A. The present findings suggested that oral tolerance induction to LiRecDT1 H12A was able to alleviate inflammatory responses triggered by dermonecrotic toxin in paw edema and oral tolerance to LiRecDT1 increase survivability in challenge. The results shown that LiRecDT1 and LiRecDT1 H12A can be explored as a tool in the induction and study of oral tolerance phenomena. The generation of T regulatory cells (Tregs) and following involvement of immunosuppressive cytokines might take part in the modulation of immune response. / O veneno de aranha-marrom (Loxosceles sp.) apresenta-se como uma mistura complexa de toxina, capazes de causar necrose com espalhamento local, intensa resposta inflamatória, indução de edema e aumento da permeabilidade vascular in vivo. Recentemente, o potencial biotecnológico das toxinas foi explorado através de seu uso em análises clínicas, no estudo da resposta inflamatória, como ferramenta de pesquisa na biologia celular, como biopesticidas e na imunoterapia, através da produção de anti-soro. No presente trabalho, foi investigado se a indução de tolerância imunológica à toxina dermonecrótica recombinante (LiRecDT1) e sua forma mutada (LiRecDT1 H12A), através de sua administração oral, poderia modular as respostas inflamatórias e deletérias causadas pela toxina dermonecrótica. Para tal, foi desenvolvido um protocolo para indução de tolerância oral, consistindo na administração de 10 μg de LiRecDT1 e LiRecDT1 H12A três vezes por semana, durante três semanas. Camundongos Swiss fêmeas adultas foram posteriormente imunizadas, e a indução de tolerância foi confirmada pela diminuição nos níveis de anticorpos IgG anti-toxina em relação ao grupo controle, resultado que aponta a obtenção de sucesso na indução de tolerância imunológica. Observou-se que animais tolerantes a LiRecDT1 H12A apresentaram uma diminuição no edema desenvolvida na pata, causado pela aplicação de 6 μg de LiRecDT1 na superfície plantar traseira. Animais tolerizados com LiRecDT1 e desafiados com 50 μg intraperitoneal de toxina dermonecrótica apresentaram maior índice de sobrevivência, quando comparados ao grupo controle. Esse efeito não foi observado em animais tolerizados com LiRecDT1 H12A. Os dados obtidos no presente trabalho sugerem que a indução de tolerância oral à LiRecDT1 H12A é capaz de atenuar o desenvolvimento da resposta inflamatória no edema de pata, enquanto a tolerância oral a LiRecDT1 foi capaz de aumentar a sobrevivência em animais desafiados com LiRecDT1. Os resultados demonstram que as toxinas LiRecDT1 e LiRecDT1 H12A podem ser exploradas como ferramenta na indução e estudo da tolerância oral. A geração de células T regulatórias (Tregs) e subsequente participação de citocinas imunossupressoras devem estar envolvidas na modulação da resposta imune.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 408010.pdf: 324019 bytes, checksum: a134e04c894f3ac9eaae510c195117e6 (MD5) Previous issue date: 2008-11-20 / Para avaliar as duas vers?es do gene SOD2 que codifica para a prote?na super?xido dismutase dependente de mangan?s na sepse, n?s determinamos a freq??ncia do polimorfismo de nucleot?deo simples (SNP) 47C>T em pacientes criticamente doentes com sepse (n=356) e sem sepse (n=173), e tamb?m investigamos as freq??ncias genot?picas nos desfechos adversos ? sepse (choque s?ptico e mortalidade) no grupo de pacientes s?pticos. N?s comparamos os portadores do alelo 47C (gen?tipos 47CC+47CT) com homozigotos 47TT e demonstramos uma associa??o estatisticamente significativa entre os portadores do alelo 47C e a ocorr?ncia de choque s?ptico no subgrupo de pacientes s?pticos (p=0.025). Na an?lise ajustada de regress?o log?stica bin?ria, incorporando o SNP 47C>T e os principais preditores cl?nicos, n?s mostramos que somente o escore SOFA [p<0.001, OR=9.107 (95%CI=5.319-15.592)] e o alelo 47C [p=0.011, OR=2.125 (95%CI=1.190-3.794)] foram significativamente associados com o desfecho de choque s?ptico. Nossos resultados e nossa hip?tese sugerem que a mais alta freq??ncia de portadores do alelo 47C em pacientes s?pticos com desfecho desfavor?vel ? provavelmente explicada por um efeito no estresse celular.

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2012-10-25T14:03:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DiagnosticoCitologicoMolecular.pdf: 701891 bytes, checksum: 1fd18558ff7e2c6eacda50e75a158382 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2012-10-25T18:00:16Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DiagnosticoCitologicoMolecular.pdf: 701891 bytes, checksum: 1fd18558ff7e2c6eacda50e75a158382 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-25T18:00:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DiagnosticoCitologicoMolecular.pdf: 701891 bytes, checksum: 1fd18558ff7e2c6eacda50e75a158382 (MD5) Previous issue date: 2010 / O HPV (Papilomavírus humano) foi apontado pela OMS (Organização Mundial de Saúde - WHO) como principal fator de risco para o desenvolvimento do câncer de colo uterino, tornando-se assim um importante e gravíssimo problema de saúde pública, especialmente nos países subdesenvolvidos ou em desenvolvimento. A precocidade das atividades sexuais, múltiplos parceiros e sexo casual, o tabagismo, a imunossupressão (por exemplo, na população de pacientes aidéticos), gravidez, doenças sexualmente transmissíveis prévias como herpes e clamídia, além do não cumprimento das medidas já adotadas como prevenção de Doenças Sexualmente Transmissíveis (DST), como por exemplo, o simples uso de preservativos, está reconhecidamente associado à incidência da infecção por HPV. Essa pesquisa teve como objetivo avaliar o desempenho diagnóstico das metodologias de citologia convencional (Exame de Papanicolau) em relação à citologia em base líquida, além de determinar a prevalência dos genótipos 16 e 18 do HPV em mulheres sem efeito citopático compatível com HPV e relacionar a presença de quadros inflamatórios, associados ou não ao HPV, com dados epidemiológicos como idade, escolaridade, condição sociocultural de mulheres provenientes do município de Barcarena – Pará – Brasil. Para tanto, participaram deste estudo, voluntariamente, 50 mulheres atendidas na Unidade de Saúde de Barcarena – Pará, através de campanha para coleta de Exame de Papanicolau como método de prevenção de câncer do colo do útero. Estas mulheres receberam informações referentes a todos os procedimentos realizados pelo corpo de saúde deste estudo e aos resultados desta pesquisa e somente após as voluntárias terem assinado o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido, as mesmas foram incluídas para as coletas de amostras. As análises e os resultados dos testes de citologia de base líquida e convencional foram realizados segundo a Classificação de Bethesda e revisados cegamente por dois citopatologistas. Para a análise estatístca foi utilizado o teste exato de Fisher e o "Screening Test" visando determinar a especificidade/ sensibilidade dos métodos, considerando significativo o valor de p ≤ 0,05. Como resultado, observamos que o uso da citologia de base líquida tem demonstrado uma série de vantagens em relação à citologia convencional. No diagnóstico molecular (PCR) foram observadas ocorrências de HPV dos tipos 16 e 18 em 10% das mulheres atendidas. Dentre os casos que apresentaram PCR positivo para os tipos 16 ou 16/18 a maioria das mulheres tinham 27,4 anos de idade em média; com maior escolaridade; que exercem atividades domésticas e rurais; e com ocorrências de co-infecção por agentes infecciosos causadores de outras doenças sexualmente transmissíveis. Os resultados obtidos neste estudo reforçam a importância da manutenção de campanhas gratuitas de prevenção do câncer de colo do útero como uma medida preventiva no combate desta doença, principalmente no Estado do Pará onde, provavelmente, o perfil epidemiológico da doença está associado às grandes distâncias que as mulheres de comunidades ribeirinhas têm que percorrer para realizar este exame de forma gratuita; ao tipo de atividade econômica da região; ao preconceito local ainda existente com o exame; e ao grau de dificuldade de implementação de ações efetivas de retorno das pacientes às consultas médicas após a obtenção do resultado do exame e mesmo o encaminhamento para diagnóstico molecular dos casos positivos para lesões do tipo ASC-H e NIC I, II e III. / HPV (human papillomavirus) was appointed by the WHO (World Health Organization - WHO) as the main risk factor for developing cervical cancer, thus becoming an important and very serious public health problem, especially in underdeveloped countries or under development. The early sexual activity, multiple partners and casual sex, smoking, immunosuppression (eg, the population of AIDS patients), pregnancy, sexually transmitted diseases like herpes and chlamydia prior, in addition to non-compliance with the measures already taken to prevent Sexually Transmitted Diseases (STDs), such as the simple use of condoms is admittedly associated with the incidence of HPV infection. This research aimed to evaluate the diagnostic performance of the methodologies of conventional cytology (Pap test) compared to liquid based cytology, and to determine the prevalence of genotypes 16 and 18 of HPV in women without HPV cytopathic effect compatible with and relate to presence of inflammatory conditions, or not associated with HPV, with epidemiological data such as age, education, socio-cultural condition of women from the municipality of Barcarena - Pará - Brazil. To do so, in this study voluntarily, 50 women attended at the Health Unit Barcarena - Brazil, through the campaign to collect Pap test as a method of preventing cancer of the cervix. These women were informed about all procedures performed by the body of this health study and the results of this search and only after the volunteers have signed the Deed of Consent, they were included for sampling. The analysis and test results of liquid based cytology and conventional were performed according to the Bethesda Classification and reviewed blindly by two pathologists. For the analysis statistic was used Fisher's exact test and the "Screening Test" to determine the specificity / sensitivity of the methods, considering the significant value of p ≤ 0.05. Our results indicate that the use of liquid based cytology has demonstrated a number of advantages over conventional cytology. In molecular diagnostics (PCR) were observed occurrences of HPV types 16 and 18 in 10% of women attended. Among the cases that were PCR positive for types 16 and 16/18 most of the women were 27.4 years old on average, with more schooling, performing household chores and rural areas, and with instances of co-infection by infectious agents cause other sexually transmitted diseases. The results of this study reinforce the importance of maintaining free campaigns to prevent cervical cancer as a preventive measure in combating this disease, especially in Pará State, where, probably, the epidemiological profile of disease is associated with the large distances that women in river communities have to travel to perform this test free of charge, the type of economic activity in the region, the local bias still exists with the test, and the degree of difficulty of implementing effective return of patients to medical appointments after obtaining the test result and the same routing for molecular diagnosis of positive cases for type lesions ASC-H and CIN I, II and III.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T11:53:59Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_ReconstrucaoModelagemSilico.pdf: 1615944 bytes, checksum: fd70334c4cf9d3608beb1b9294e63cdf (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T16:33:29Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_ReconstrucaoModelagemSilico.pdf: 1615944 bytes, checksum: fd70334c4cf9d3608beb1b9294e63cdf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T16:33:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_ReconstrucaoModelagemSilico.pdf: 1615944 bytes, checksum: fd70334c4cf9d3608beb1b9294e63cdf (MD5) Previous issue date: 2016-04-04 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A modelagem matemática in silico baseada em restrições é uma abordagem adotada pela Biologia de Sistemas para analisar redes metabólicas. A bactéria Gram-positiva Exiguobacterium antarticum B7 é um extremófilo capaz de sobreviver em ambientes frios como gelo glacial e permafrost. A capacidade de adaptação ao frio desses micro-organismos vem despertando grande interesse biotecnológico. Um fator importante para o entendimento do processo de adaptação ao frio está relacionado à modificação química de ácidos graxos que constituem a membrana celular das bactérias psicotróficas. A finalidade é manter a fluidez da membrana para evitar o congelamento da bactéria. Neste trabalho, a via metabólica de biossíntese de ácidos graxos da bactéria E. antarticum B7 foi reconstruída a partir do genoma anotado disponível. As ferramentas de software KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) e RAST (The Rapid Annotation Server) foram utilizadas para gerar o modelo preliminar da rede. O passo seguinte foi a etapa de cura manual baseada na combinação de informações genômicas, bioquímicas e fisiológicas disponíveis em diversos bancos de dados e literatura especializada. Durante este processo, as enzimas FabZ e DesK, responsáveis por adicionar insaturações na cadeia carbono-carbono ao longo da síntese de ácidos graxos, foram identificadas no genoma, entretanto de forma truncada. O fluxoma da via metabólica foi definido com a descrição das rotas das principais reações, desde o metabólito de entrada, o Acetil-CoA, até o produto final, o ácido Hexadecenóico. A modelagem computacional foi feita com o uso do software MATLAB® juntamente com toolboxes e funções específicos para biologia de sistemas. A quantificação de metabólitos produzidos pela via foi realizada por meio do método baseado em restrições Análise de Balanço de Fluxos (ABF). Para avaliar a influência da expressão gênica na análise do fluxoma, o método ABF foi calculado usando os valores de log2FC obtidos na análise transcriptoma a 0ºC e 37ºC. A via de biossíntese de ácido graxos possui um total de 13 rotas identificadas pelo método Modo Elementar, quatro das quais apresentam caminhos para a produção de ácido hexadecenóico. A via reconstruída demonstrou a capacidade da E. antarcticum B7 em produzir moléculas de ácidos graxos. Sob a influência do transcriptoma, o fluxoma foi alterado, estimulando a produção de cadeia curta em ácidos graxos. Os modelos obtidos contribuem para um melhor entendimento da adaptação bacteriana a ambientes frios. / Mathematical modeling in silico based restrictions is an approach adopted by systems biology to analyze metabolic networks. The Gram-positive bacterium Exiguobacterium antarticum B7 is an extremophile organism able to survive in cold environments as glacial ice and permafrost. The ability of these microorganisms of adaptation to cold attracts great biotechnological interest. An important factor for the understanding of cold adaptation process is related to the chemical modification of fatty acids constituting the cell membrane of psicotrophic bacteria in order to maintain membrane fluidity to avoid freezing ofthe bacteria. In this work, the metabolic pathway of fatty acid biosynthesis of the bacterium E. antarticum B7 was rebuilt from its annotated genome. The software tools KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) and RAST (The Rapid Annotation Server) were used to generate a preliminary network model. The next step was to cure manually the genomic, biochemical and physiological informations available in different databases and specific literature. During this process, the FabZ and DesK enzymes responsible for adding carbon-carbon unsaturations in the fatty acid chain during synthesis have been identified in the genome, though in a truncated form. The fluxome metabolic pathway was defined, describing the routes of the main reactions since the first monomer, Acetyl-CoA, to the final product, the Hexadecenoic acid. A computational modeling was done using the software MATLAB® with toolboxes and specific tools for systems biology. The quantification of metabolites produced via was performed by the method constraint-based Flux Balance Analysis (FBA). To evaluate the influence of the gene expression in the fluxome analysis, the FBA method was also calculated using the log2FC values obtained in the transcriptome analysis at 0ºC and 37ºC. The fatty acid biosynthesis pathway showed a total of 13 elementary flux modes, four of which showed routes for the production of hexadecenoic acid. The reconstructed pathway demonstrated the capacity of E. antarcticum B7 to produce fatty acid molecules. Under the influence of the transcriptome, the fluxome was altered, promoting the production of short-chain fatty acids. The calculated models contributes to better understand the bacterial adaptation at cold environments.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-10-16T16:43:20Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DiversidadeGeneticaVirus.pdf: 2666031 bytes, checksum: 0eb48188dc5b10a91f92e1af4690c594 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-16T17:39:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DiversidadeGeneticaVirus.pdf: 2666031 bytes, checksum: 0eb48188dc5b10a91f92e1af4690c594 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-16T17:39:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DiversidadeGeneticaVirus.pdf: 2666031 bytes, checksum: 0eb48188dc5b10a91f92e1af4690c594 (MD5) Previous issue date: 2015 / O Vírus Linfotrópico de células T Humano do tipo 1 (HTLV-1) é um Deltaretrovírus que foi isolado pela primeira vez a partir de uma amostra de sangue de um paciente afro-americano com linfoma cutâneo de células T, em meados de 1970; o linfoma foi posteriormente classificado como leucemia/linfoma de células T do adulto (LLcTA) doença severa que acomete os linfócitos T. Posteriormente, o vírus também foi associado à paraparesia espática tropical/mielopatia associada ao HTLV, (PET/MAH), de caráter crônico e progressivo que causa danos principalmente ao nível da medula espinhal torácica. Sua diversidade genética varia de acordo com a região estudada, e sua taxa de mutação é muito baixa (cerca de 1% a cada mil anos) se comparada a de outros vírus. O objetivo deste trabalho foi verificar a diversidade genética do HTLV-1 na região metropolitana de Belém, bem como a freqüência dos seus genótipos e a comparação das amostras obtidas com as sequências disponíveis em bancos de dados como o GenBank. Foram utilizadas amostras de sangue coletadas de pacientes atendidos pelo NMT/UFPA entre o período de janeiro de 2010 à dezembro de 2013. Em seguida, tais amostras foram submetidas à extração do DNA e à amplificação da região PX do HTLV, utilizando-se oligonucleotídeos inciciadores específicos, a partir da técnica de PCR em duas etapas: interna e externa (Nested-PCR). As amostras positivas, posteriormente, foram submetidas à digestão enzimática da enzima TaqI, para que pudéssemos identificar e diferenciar os HTLV 1 e 2. Em seguida, foi realizada a amplificação da região 5’LTR também por Nested-PCR das amostras positivas, que, posteriormente, foram submetidas ao seqüenciamento genético. Utilizando o método de máxima verossimilhança, foi construída uma árvore filogenética para a visualização do agrupamento em clados das sequências em questão. Uma análise bayesiana (relógio molecular) para a visualização do perfil evolutivo das amostras também foi realizada. Os testes identificaram 78 amostras positivas para HTLV-1, destas, 44 foram sequenciadas. O genótipo aA foi frequente em 100% das amostras; os diferentes subtipos obtiveram a seguinte taxa de diversidade e mutações por sítio por ano: a- 2.10 -3; b- 2,69 . 10 -2; c- 6,23 . 10 -2; d- 3,08 . 10 -2; e- 6 . 10 -2; f- 1,78 . 10 -3; g- 2,2 . 10 -2 mutações por sítio por ano. Foi revelada então uma baixa diversidade genotípica e uma alta estabilidade genética entre as amostras positivas para HTLV-1 na região. / The human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is a DELTARETROVIRUS which was first isolated from a blood sample of a patient with african american cutaneous T-cell lymphoma, in the mid 1970s; Hodgkin was later classified as leukemia / lymphoma adult T-cell (LLcTA) severe disease that affects T lymphocytes Subsequently, the virus was also associated with tropical spastic paraparesis / HTLV-associated myelopathy (HAM / TSP), character chronic and progressive causing damage mainly at the thoracic spinal cord. Their genetic diversity varies according to the region studied, and its mutation rate is very low (about 1% per thousand years) compared to other viruses. The objective of this study was to assess the genetic diversity of HTLV-1 in the metropolitan area of Belém, as well as the frequency of genotypes and the comparison of samples obtained with the sequences available in databases such as GenBank. We used blood samples collected from patients enrolled in the NMT / UFPA between the period January 2010 to December 2013. Then these samples were subjected to DNA extraction and amplification of HTLV PX region, using oligonucleotides inciciadores specific, from the PCR in two steps: internal and external (nested PCR). Positive samples then were subjected to enzymatic digestion of TaqI enzyme so that we could identify and differentiate the HTLV 1 and 2. Next, we performed amplification of the 5 'LTR region also by nested PCR positive samples, which, then were subjected to genetic sequencing. Using the method of maximum likelihood, we constructed a phylogenetic tree for the group display in clades of sequences in question. A Bayesian analysis (molecular clock) to visualize the evolutionary profile of the samples was also performed. The tests identified 78 samples positive for HTLV-1, of these, 44 were sequenced. The aa genotype was common in 100% of samples; the different subtypes had the following range rate and mutations per site per year: a- 2.10 -3; b- 2,69 . 10 -2; c- 6,23 . 10 -2; d- 3,08 . 10 -2; e- 6 . 10 -2; f- 1,78 . 10 -3; g- 2,2 . 10 -2 changes per site per year. It was then revealed a low genotypic diversity and a high genetic stability of the samples positive for HTLV-1 in the region.

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2015-10-14T12:58:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-10-15T13:46:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-15T13:46:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) Previous issue date: 2004 / Aborda isolamento de microssatélites de espécies madeireiras no contexto da sustentabilidade genética no manejo florestal com o objetivo de isolar e caracterizar uma bateria de marcadores microssatélites para espécies arbóreas da Floresta Amazônica: Jacaranda copaia, Bagassa guianensis e Dipteryx odorata. Estes estudos vem sendo realizados como parte do projeto Dendrogene, e as análises genéticas populacionais posteriores fornecerão subsídios para conservação e manejo sustentável destas espécies.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-22T12:46:48Z No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_ImunorreatividadeReceptoresNeutrofinas.pdf: 1743935 bytes, checksum: 3c7e92ab21ea4d9b4e1bd1f0ef0d56d3 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-27T12:07:20Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_ImunorreatividadeReceptoresNeutrofinas.pdf: 1743935 bytes, checksum: 3c7e92ab21ea4d9b4e1bd1f0ef0d56d3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-27T12:07:20Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_ImunorreatividadeReceptoresNeutrofinas.pdf: 1743935 bytes, checksum: 3c7e92ab21ea4d9b4e1bd1f0ef0d56d3 (MD5) Previous issue date: 2015-08-21 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Neurotrofinas são fatores de crescimento expressos por células do Sistema Nervoso, tanto durante o desenvolvimento quanto na vida adulta. O Fator de Crescimento Nervoso (NGF, do inglês- Nerve Growth Factor), o Fator Neurotrófico derivado do Cérebro (BDNF- do inglês- Brain-derived Neurotrophic Factor), Neurotrofina-3 (NT-3) e Neurotrofina-4/5 (NT-4/5), desempenham inúmeras funções relacionadas a maturação e resposta do tecido nervoso à patologias, como o Acidente Vascular Encefálico (AVE). Nesta condição, o aumento da expressão das neurotrofinas pode interferir no grau de neurogênese na Zona sub-ventricular (SVZ), bem como redirecionar a corrente migratória das Células-tronco Neurais Adultas (CTNAs) para a região isquêmica. A presença dos receptores de neurotrofinas p75NTR e TrkA, em CTNAs da SVZ, indica que eles podem participar na regulação da neurogênese nessa região. Neste trabalho, descrevemos a influência de uma isquemia experimental, através de uma microinjeção do peptídeo vasconstritor Endotelina-1, restrita ao estriado adjacente à SVZ; sobre o padrão de imunoreatividade para os receptores p75NTR e TrkA em diferentes tempos de sobrevida. Foi analisado o padrão histopatológico do estriado isquêmico e a citoarquitetura da SVZ, seguidos de análises imunoistoquímicas para os receptores. Inúmeras células p75NTR + foram encontradas na SVZ contra e ipsilateral ao sítio de injeção, ocorrendo uma redução de imunorreatividade no primeiro e terceiro dia após a isquemia. Raríssimas células TrkA+ foram encontradas na SVZ de ambos os grupos, porém, observamos inúmeros terminais axonais TrkA+ na SVZ ipsilateral a isquemia. Logo, após o processo isquêmico, houve espessamento da SVZ, concomitante à redução da imunorreatividade para o p75NTR e surgimentos de terminais axonais TrkA+. / Neurotrophins are growth factors expressed by cells of the nervous system both during development and in adulthood. The Nerve Growth Factor (NGF, the English- Nerve Growth Factor), brain-derived neurotrophic factor (English- BDNF- of Brain-Derived Neurotrophic Factor), Neurotrophin-3 (NT-3), Neurotrophin-4/5 ( NT-4/5), have many functions related to aging and response of nervous tissue to the pathology such as vascular accident (CVA). In this pathology, the increase of the neurotrophin expression can interfere with the degree of neurogenesis in the sub-ventricular zone (SVZ) and redirect the rostral migratory flow of Adult Neural Stem Cells (CTNAs) to the ischemic region. The presence of neurotrophin receptors TrkA and p75NTR in the CTNAs of SVZ indicates that they may participate in the regulation of neurogenesis in this region. Here we describe the influence of an experimental ischemia by microinjection of a vasconstritor Endothelin-1 peptide, which is restricted to the striatum adjacent SVZ; on the pattern of immunoreactivity for TrkA and p75NTR receptors in different survival times. The histopathological pattern of ischemic striatum and the cytoarchitecture of the SVZ, followed by immunohistochemical analysis to the receptors were analyzed. Numerous p75NTR + cells were found in the ipsilateral SVZ and against the injection site, with had a reduction in immunoreactivity at first and third day after ischemia. Few TrkA + cells were found in SVZ of both groups, however, many TrkA + axonal terminals were saw in the ischemic ipsilateral SVZ. Soon after the ischemic process, there was thickening of the SVZ, the concomitant reduction in immunoreactivity for p75NTR and TrkA + arisings of axonal terminals.

Submitted by Daniele Amaral (daniee_ni@hotmail.com) on 2016-09-15T12:52:47Z No. of bitstreams: 1 TeseALL.pdf: 6666981 bytes, checksum: 706c82c0c9656012bd6e5a239f13e404 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-16T19:50:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseALL.pdf: 6666981 bytes, checksum: 706c82c0c9656012bd6e5a239f13e404 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-16T19:50:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseALL.pdf: 6666981 bytes, checksum: 706c82c0c9656012bd6e5a239f13e404 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-16T19:50:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseALL.pdf: 6666981 bytes, checksum: 706c82c0c9656012bd6e5a239f13e404 (MD5) Previous issue date: 2015-08-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Enamel formation is a two-step complex process by which proteins are first secreted to forming an extracellular matrix, followed by massive protein degradation simultaneously with the completion of mineralization. Excessive exposure to fluoride can disrupt this process and drive to a condition known as dental fluorosis. Recently it has been reported that genetic factors may influence the responses of mineralized tissues to fluoride, a phenomenon observed in A/J and 129P3/J mice strain. The present study aimed to map the protein profile of mouse enamel. Enamel matrix samples were obtained from A/J and 129P3/J mice and analyzed by two-dimensional electrophoresis and liquid chromatography, coupled to mass spectrometry. A total of 120 proteins were identified, from which 113 are well characterized, both experimentally and functionally. Seven proteins were classified as uncharacterized proteins. After functional enrichment, 9 proteins were significantly related to the terms "odontogenesis and tissue biomineralization”. Surprisingly, the COL1A1 and COL1A2 protein were found on secretory stage enamel of both strains. Protein interaction analysis showed interaction between the ENAM and other types of collagen. Another interesting finding was the possibility of uncharacterized sequence Q8BIS2 be an extracellular matrix protein involved on degradation of matrix proteins. These findings suggest that collagen is present on dental enamel and it seems to have a role in amelogensis. Furthermore, the existence of an new enzyme could be the key to elucidation of the mechanisms involved in the enamel biomineralization and the genetic susceptibility to dental fluorosis. / O desenvolvimento do esmalte dentário é um processo complexo no qual as proteínas da matriz do esmalte interagem para conduzir a deposição e o crescimento dos cristais de hidroxiapatita. Fatores como a exposição excessiva ao fluoreto podem atrapalhar esse processo, resultando em uma patologia conhecida como fluorose dentária. Recentemente tem sido relatado que fatores genéticos podem influenciar as respostas dos tecidos mineralizados ao fluoreto, fenômeno observado nas linhagens de camundongos A/J, tida como susceptível e 129P3/J, tida como resistente. Neste sentido, este estudo objetivou mapear as proteínas do esmalte de incisivos de camundongos A/J e 129P3/J, a fim de que se possa melhor entender os mecanismos moleculares envolvidos na patogênese da fluorose dentária. Para isso, amostras de matriz de esmalte foram obtidas de camundongos das linhagens A/J e 129P3/J e analisadas por eletroforese bidimensional e cromatografia liquida, associadas a espectrometria de massas. Foi identificada um total de 120 proteínas, das quais 113 são proteínas bem caracterizadas, tanto experimentalmente quanto funcionalmente, e 7 proteínas que foram classificadas como proteínas não caracterizadas. Após enriquecimento funcional utilizando ferramentas de bioinformática, verificou-se que 9 proteínas estavam significativamente relacionadas aos termos “odontogênese e biomineralização de tecidos”. Dentre essas, as proteínas COL1A1 e COL1A2 chamaram atenção, uma vez que o colágeno não é associado à amelogênese. As proteínas estavam presentes no esmalte em fase de secreção de ambas as linhagens, e, além disso, a análise de interação in silico mostrou a existência de interação física entre a enamelina e outros tipos de colágeno. Outro achado interessante foi a possibilidade da sequência não caracterizada Q8BIS2 ser uma proteína extracelular da matriz envolvida na degradação das proteínas de matriz. Em conclusão, os resultados levam a crer que o colágeno está presente no esmalte e é provável que tenha participação na amelogênese. Além disso, a existência de uma enzima ainda não caracterizada pode ser a chave para elucidação dos mecanismos envolvidos na biomineralização bem como na susceptibilidade genética à fluorose dentária. / 2008/03489-2 e 2009/53852-9

Made available in DSpace on 2015-03-03T15:19:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AndreaLO.pdf: 448824 bytes, checksum: 4a360d0db40a607834f5c380870bc7f5 (MD5) Previous issue date: 2009-02-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The genome of all organisms is subject to injuries that can be caused by endogenous and environmental factors. If these lesions are not corrected, it can be fixed generating a mutation which can be lethal to the organisms. In order to prevent this, there are different DNA repair mechanisms. These mechanisms are well known in bacteria, yeast, human, but not in plants. Two plant models Oriza sativa and Arabidopsis thaliana had the genome sequenced and due to this some DNA repair genes have been characterized. The aim of this work is to characterized two sugarcane cDNAs that had homology to AP endonuclease: scARP1 and scARP3. In silico has been done with these two sequences and other from plants. It has been observed domain conservation on these sequences, but the cystein at 65 position that is a characteristic from the redox domain in APE1 protein was not so conservated in plants. Phylogenetic relationship showed two branches, one branch with dicots and monocots sequence and the other branch with only monocots sequences. Another approach in order to characterized these two cDNAs was to construct overexpression cassettes (sense and antisense orientation) using the 35S promoter. After that, these cassettes were transferred to the binary vector pPZP211. Furthermore, previously in the laboratory was obtained a plant from nicotiana tabacum containing the overexpression cassette in anti-sense orientation. It has been observed that this plant had a slow development and problems in setting seeds. After some manual crossing, some seeds were obtained (T2) and it was analyzed the T2 segregation. The third approach used in this work was to clone the promoter region from these two cDNAs by PCR walking. The sequences obtained were analyzed using the program PLANTCARE. It was observed in these sequences some motives that may be related to oxidative stress response / O genoma de todos os organismos est? sujeitos a les?es que podem ser causados por fatores end?genos e ambientais. Uma vez no genoma, as les?es podem levar a forma??o e ac?mulo de muta??es, as quais podem ser prejudiciais ao desenvolvimento do organismo. As vias de reparo de DNA s?o um mecanismo que permite o organismo detectar e corrigir essas les?es ou minimizar seus efeitos. V?rias vias de reparo de DNA s?o conhecidas e bem caracterizadas em animais e microorganismos. Em plantas, as vias de reparo ainda n?o s?o bem caracterizadas, mas muitas pesquisas t?m revelado a participa??o de todas as vias conhecidas no reparo do genoma das plantas, sendo os modelos mais estudados Arabidopsis thaliana e Oriza sativa. A via de reparo de interesse deste trabalho ? a via de BER, a qual apresenta v?rias prote?nas atuando no reparo do DNA. Por?m, a classe de prote?nas da via BER focadas s?o as AP endonucleases, respons?veis pela hidr?lise do s?tio AP. Este trabalho teve como objetivo caracterizar dois cDNAs de cana-de-a??car: scARP1 e scARP3, hom?logos a AP endonucleases de A.thaliana e identificados num trabalho de data-mining do projeto SUCEST. Para tanto, foram constru?dos cassetes de super-express?o, contendo o cDNA scARP1 sob o controle do promotor forte 35S. Al?m disso, anteriormente no laborat?rio foi obtido uma planta de icotiana tabacum contendo o cassete de super-express?o (35S+scARP1) em orienta??o anti-senso. Foi analisado o desenvolvimento desta planta, e foram obtidas tamb?m algumas sementes (T2) desta planta. Estas sementes foram germinadas e analisadas quanto ? presen?a do cassete de super-express?o e desenvolvimento. Al?m disso, para estes dois genes foram clonados as regi?es promotoras por PCR walking. Os fragmentos obtidos foram clonados, sequenciados e, analisados por meio do programa PLANTCARE. Os motivos encontrados nessas regi?es dos genes de cana-de-a??car foram comparados com potenciais regi?es promotoras das plantas de Arabidopis, O. sativa e S. bicolor. Estas an?lises mostraram a presen?a de diferentes motivos relacionados ? respostas ao estresse oxidativo