Dans un contexte mondial de prolifération de pathogènes résistants aux antibiotiques, il y a un réel besoin de nouvelles techniques de diagnostic microbiologique rapides et fiables. Ce travail de thèse vise à apporter une meilleure compréhension de la technique d’identification microbienne par diffusion élastique (ELS pour Elastic Light Scattering). Cette méthode phénotypique utilise la diffraction d’un faisceau de lumière cohérente sur une colonie microbienne directement sur son milieu de culture. L’image de diffraction alors obtenue est considérée comme la signature phénotypique du microorganisme étudié. Cette image est ensuite transformée au moyen de descripteurs mathématiques afin de la comparer à une base de données pré-calculée au moyen d’algorithmes d’apprentissage automatiques. Dans un premier temps, l’architecture optique de l’instrument a été modifiée afin de le rendre compatible avec les milieux de culture opaque très répandus en diagnostic clinique. Deux approches ont ensuite été proposées afin de modéliser l’interaction lumière/colonie microbienne. Une première approche d’optique géométrique par lancer de rayons nous a permis d’apprécier les besoins en termes d’ouverture numérique pour l’acquisition des images de diffraction selon le profil morphologique des colonies. La seconde approche basée sur la théorie scalaire de la diffraction a permis de mettre en évidence l’importance de la répartition de la biomasse à l’intérieur de colonies. En effet, les macrostructures résultantes de l’empilement des cellules microbiennes jouent un rôle majeur dans la formation des images de diffraction. Dans un second temps, une procédure systématique d’amélioration des performances de classification a été proposée. Elle combine une description plus fidèle des images de diffraction via la projection sur une base de Fourier-Bessel, une optimisation par recherche de grille sur les paramètres de l’algorithme d’apprentissage automatique supervisé et enfin l’application d’une méthode de réduction de dimensionnalité. Grâce à cela nous pouvons par exemple proposer un test Gram+/Gram-/Levures avec un taux de discrimination de plus de 98% sur une base de 15 espèces. Enfin, l’utilisation de l’illumination cohérente a également été étendue à la lecture d’antibiogrammes par analyse dynamique de speckle. / The current health situation across the world is of great concern. There is an urgent need for novel and innovative diagnostic methods that would speed up accurate treatments decisions and be of significant utility for public health in the fight against antibiotic resistance.This Ph. D. work aims to better understand the Elastic Light Scattering (ELS) method for microbial identification. This phenotypic technique is based on the elastic scattering of a coherent light beam by a microorganism colony growing on its culture plate. The resulting scattering pattern can be considered as the phenotypic signature of the microorganism. Then this image is translated using mathematical descriptors so that it can be compared to a database previously obtained using learning algorithms.Part of this work was dedicated to the improvement of the optical design so that the instrument can handle opaque culture media widely used in clinical diagnosis. Then two approaches were proposed to model the interaction between light and bacterial colonies. A first geometrical approach could help us, using ray tracing algorithms, to estimate the numerical aperture needed for the acquisition depending on the colonies morphologies. The second approach, based on scalar diffraction theory, highlighted the importance of the biomass distribution inside the colonies. Macro-structures resulting from cells arrangement play a great role in the scattering patterns formation indeed. In addition, the features extraction step from images using a Bessel-Fourier basis significantly improved the description accuracy. A systematic approach comprising the optimization of the learning algorithm and a dimensionality reduction technique was proposed. Great improvements of classification rates were achieved. Among them: a Gram+/Gram-/Yeasts discrimination at 98.1% was obtained over 15 species. Finally the use of coherent lighting for the reading of antibiotics susceptibility test by means of dynamic speckle analysis was introduced and showed promising results.

Il existe actuellement différents modèles d’adaptation dyadique à la maladie cancéreuse. Cette adaptation est associée à de nombreux facteurs et est le résultat d’un processus complexe. La communication apparait comme l’un des principaux facteurs de l’adaptation dyadique. La littérature rapporte qu’un certain nombre d’interventions ont été développées et testées, mais il n’existe actuellement pas de consensus quant à leur contenu optimal.Dans ce contexte, ce travail de thèse a porté sur l’optimisation de la communication et du coping dyadique par le développement d’une intervention psycho-oncologique dyadique. La première partie de ce travail établit, d’une part, un état des lieux de la littérature portant sur l’adaptation de la famille et des proches et, d’autre part, un état des lieux des interventions destinées aux proches, à la dyade et à la famille. La deuxième partie de ce travail est axée sur le développement d’une intervention dyadique brève centrée sur la communication à propos de la maladie. Cette intervention s’appuie sur un manuel d’intervention. Cette intervention a été évaluée par le biais d’une étude contrôlée et randomisée menée auprès de patients en cours de traitement et de leurs proches aidants.Cette intervention avait pour objectif de renforcer l’expression mutuelle des stress liés à la maladie et de renforcer la formulation de demandes d’aide réciproques pour faire face à ces stress. Les résultats de cette étude ont montré des effets positifs significatifs pour les patients et leurs proches sur leur capacité perçue à communiquer à propos de la maladie et sur leur adaptation dyadique. Ces résultats impliquent qu’une intervention dyadique brève peut déjà être efficace pour les patients et leurs proches. Ils impliquent également que renforcer la manière dont les patients et leurs proches communiquent est aussi important que de les accompagner dans la résolution de problèmes concrets. Les tailles d’effets de l’intervention étaient, néanmoins, plus grandes pour les patients. Le contenu de l’intervention et les critères de recrutement pourraient ainsi être modifiés afin d’augmenter l’effet sur la communication des proches. L’amélioration de la prise en charge dyadique nécessite, par ailleurs, la conception d’autres études interventionnelles multidimensionnelles qui évaluent, notamment, le transfert de compétences dans la vie quotidienne. / Patients and their close ones have to face many cancer-related stressors. One of these close ones frequently becomes a caregiver and gives specific support to the patient. The dyadic adaptation to cancer is associated with many factors and is the result of a complex process. Communication appears to be one of the main factors of this dyadic adaptation. The literature reports number of dyadic interventions, but there is currently no consensus on their optimal content.In this context, this thesis work focused on optimizing communication and dyadic coping through the development of a dyadic psycho-oncological intervention. The first part of this work establishes, on the one hand, an inventory of the literature on the adaptation of the family and close ones and, on the other hand, an inventory of the interventions intended for close ones, patient-caregiver dyad and patient’s family. The second part of this work focuses on the development of a brief dyadic intervention designed to improve supportive dyadic communication. This intervention was tested through a randomized controlled trial. The intervention was effective on patients and their caregivers, especially on their perceived dyadic communication self-efficacy and dyadic coping. These intervention effects were larger for patients than caregivers. / Doctorat en Sciences psychologiques et de l'éducation / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La maladie de Parkinson est la seconde pathologie neurodégénérative la plus fréquente après la maladie d’Alzheimer. Elle se manifeste par une mort progressive et continue des neurones dopaminergiques de la voie nigro-striée, accompagnée de troubles moteurs et non moteurs lourdement handicapants. La maladie de Parkinson touche près de 6,3 millions de personnes dans le monde, avec une répartition homogène sur l’ensemble de la planète. Il existe plusieurs thérapeutiques permettant de diminuer les symptômes des malades, dont les plus efficaces sont la dopa-thérapie et la stimulation cérébrale profonde. Toutefois, à ce jour, aucune stratégie visant à protéger les neurones dopaminergiques de la dégénérescence n’a démontré son efficacité chez l’humain. En parallèle, un nombre grandissant d’études montre le potentiel cytoprotecteur d’une illumination proche infrarouge. Récemment, plusieurs études ont démontré le potentiel neuroprotecteur de cette gamme de lumière sur des modèles rongeurs de la maladie de Parkinson. L’objectif du présent travail est de confirmer ce potentiel et d’optimiser son efficacité afin de préfigurer l’essai clinique à venir. Pour ce faire, avec les modèles MPTP souris et 6-OHDA unilatéral rat, nous avons étudié la faisabilité d’une illumination intracérébrale chronique, l’influence de la longueur d’onde, de la fenêtre temporelle de traitement (pré-, post-traitement), de la quantité globale d’énergie optique apportée (continu vs discontinu, nombre de flashs lumineux, énergie d’un seul flash), de la durée d’un flash et de la puissance optique appliquée sur l’efficacité thérapeutique. Nous démontrons ici la faisabilité d’une illumination intracérébrale chronique et son potentiel neuroprotecteur. Nous montrons par ailleurs que les longueurs d’onde 670 et 810 nm protègent toutes deux les neurones dopaminergiques dans nos modèles d’étude. Nous montrons une mise en place rapide des mécanismes de protection (< 20 min), et un maintien dans le temps pendant au moins 48 heures. De plus, nous observons qu’une illumination discontinue est préférable à une illumination continue. La quantité globale d’énergie optique appliquée semble ne pas avoir de rôle significatif sur l’efficacité du traitement. En revanche, il existe un seuil bas pour la puissance optique, qui semble régie par un effet « tout-ou-rien ». L’efficacité thérapeutique est également liée à la durée d’un flash lumineux, par « un effet en cloche », Tous ces résultats sont en adéquation avec la littérature scientifique qu’ils confirment et complètent. Couplés aux travaux sur primates non humains de mon équipe d’accueil, ils serviront de base de travail à la conception du futur essai clinique. / Parkinson’s disease is the second most common neurodegenerative disease, after Alzheimer disease. It is characterized by a slow, continuous death of dopaminergic neurons in the nigrostriatal pathway, followed by severe motor and non-motor symptoms. Parkinson’s disease affects 6.3 million peoples, with a homogeneous distribution worldwide.There are several symptomatic strategies applied in clinic, such as the dopa-therapy (gold standard) and the deep brain stimulation. However, theses therapeutical approaches are not neuroprotective. Indeed, to date, there is no strategy able to effectively slow or rescue the course of the disease. Alternatively, a growing number of studies show the cytoprotective potential of a near infrared illumination. Recently, several studies showed the neuroprotective potential of these wavelengths in rodent models of Parkinson disease.The aim of this work is to confirm and optimize the efficacy of a near infrared treatment in Parkinson’s disease, as the first step for the future clinical trial.We used the MPTP mice and the 6-OHDA unilateral rat models to assess the feasibility and the effectiveness of an intracerebral chronical illumination. We also measured the influence of the wavelength, the time window (pre-, post-treatment), the global optical energy delivered (continuous vs discontinuous, number of flashs, energy of one flash), the duration of one flash and the optical power on the therapeutical efficacy.We demonstrate here the feasibility of an intracerebral chronical illumination and its neuroprotective potential. We show that the 670 and 810 nm wavelengths both protect the dopaminergic cells in the rodent models, and produce a quick activation of the protective mechanisms (< 20 min). The neuroprotective effect stays effective at least 48 hours after the illumination. Moreover, we show that a discontinuous illumination seems better than a continuous one. The global optical energy delivered has no significant influence on the efficacy. In contrast, the optical power has an everything-or-nothing effect. The therapeutic efficacy is also flash duration dependent (bell effect).All these results confirm and complete the scientific literature. Together with the work on non-human primates from my team, these results will be useful to design the future clinical trial.

Cette thèse part de la proposition d\'une rencontre possible entre psychanalyse et génétique médicale par le biais des soins offerts aux enfants porteurs de syndromes génétiques, notamment le syndrome de l\'X fragile. Nous avons trouvé dans les recherches en épigénétique une voie de rapprochement de ces différents champs du savoir. L\'idée selon laquelle l\'environnement est capable de modifier l\'expression des gènes représente la rupture d\'un certain déterminisme génétique autrefois accepté, et ouvre un espace où penser la singularité. Notre travail propose d\'élargir le concept d\'environnement, en y considérant la relation de l\'enfant avec l\'Autre, lieu du langage, comme opérateur de marques sur son corps : marques symboliques, constituées dès le tout début de la rencontre de l\'infans et de ceux qui s\'occupent de lui. C\'est justement dans cet espace d\'échange avec l\'Autre qu\'a lieu l\'émergence d\'un sujet. Nous avons opté pour les concepts de sujet et de transfert pour soutenir l\'articulation de la clinique psychanalytique et de la génétique médicale en ce qui concerne le traitement. Nous avons donc exposé trois cas cliniques issus de notre pratique, d\'enfants traversés par le diagnostic de l\'X fragile afin d\'illustrer de quelle manière les conceptions de sujet et de transfert se reflètent dans la clinique. Tenant compte que la psychothérapie est également prise comme objet d\'étude de l\'épigénétique, et qu\'elle est donc considérée comme un environnement capable de provoquer, voire de renverser des marques épigénétiques, l\'enjeu de notre travail repose sur la proposition suivante : et pourquoi pas la psychanalyse également ? La psychothérapie psychanalytique, ancrée sur le transfert, ne peut-elle pas, elle aussi, laisser des marques sur le petit patient / The current thesis assumes a possible encounter between psychoanalysis and medical genetics based on the treatment applied to children carrying genetic syndromes such as the Fragile X Syndrome. Epigenetic studies are a way to approximate different knowledge fields. The assumption that the environment is able to change gene expression strays from the genetic determinism we once believed and opens the way for us to reason about singularity. The proposition in the present study lies on expanding the concept of environment, by taking into consideration the relation between the child and the Other in the environment in question, as well as the place of language as the operator marking the childs body. These symbolic marks start emerging in the first encounter between the infans and caregivers. The subject emerges precisely 3 within an environment of exchanges that is set with the Other. The concepts of subject and transference were chosen to support the treatment articulation between psychoanalytic clinic and medical genetics. Thus, the present study reports three clinical cases followed by the authors, which involved children diagnosed with fragile X syndrome. These cases illustrate how the aforementioned concepts affect the clinical practice. Since psychotherapy has also been taken as the object of epigenetic studies, and as it is considered an environment able to cause, and even reverse, epigenetic marks, the current study relies on the following proposition: why not psychoanalysis as well? Can the psychoanalytic psychotherapy, anchored in the concept of transference, leave marks on the little patient too?

La récente réingénierie des études de soignants paramédicaux en général et celle de MK en particulier (en 2015), introduit une nouvelle dimension dans les cycles de formation : le raisonnement clinique. Défini par Higgs (2008) comme « processus de pensée et de prise de décision qui permet au clinicien de prendre les actions les plus appropriées dans un contexte spécifique de résolutions de problèmes de santé », celui-ci vise à développer et évaluer chez les apprenants leur capacité à lier des savoirs concernant la situation de la personne malade (bio-psycho et social) et des savoirs professionnels, techniques, cognitifs et relationnels. En s’intéressant au processus d’institutionnalisation du raisonnement clinique, cette thèse interroge les processus d’enseignement (notamment des tuteurs de stage) et d’apprentissage de cette pratique par les futurs MK, notamment à partir des différentes séquences proposées. Le raisonnement clinique fait appel à une pluralité de schèmes au sens de Pastré (2011) mobilisés par les apprenants pour analyser un problème de santé et construire un projet de soin pour la personne malade. La compréhension de la mobilisation de tous ces schèmes, le modus operandi des étudiants en situation d’apprentissage du raisonnement clinique occupe une place centrale dans cette thèse inscrite clairement dans une didactique professionnelle. Réalisée à partir d’observations de terrain, de séances d’apprentissage filmées, d’entretiens et d’hétéroconfrontations (N=20) auprès de patients, tuteurs libéraux et étudiants stagiaires, cette recherche a permis de catégoriser par une méthode qualitative d’analyse de contenu, à l’aide du logiciel N’Vivo, les 5 portraits des triades patient/tuteur/étudiant en s’appuyant, entre autres, sur les ressources mobilisées (Piot, 2009) et les configurations de tutorat (Kunegel, 2011). Nous tentons ensuite de repérer des grandes lignes de force ou de divergence entre les différents portraits. Le raisonnement en kinésithérapie serait un outil favorable à l’incorporation de savoirs théoriques abstraits mobilisés en situation pratique avec les patients, qui sont adaptés et incorporées par chacun. Il est un outil de bricoleur, un fil rouge qui permet l’adaptation au patient et dont les tuteurs cherchent à s’émanciper pour leur pratique de « la vraie vie », dans un style qui leur est propre, au sein du genre kinésithérapique. La première séance serait un moment d’étonnement voire d’éblouissement pour l’étudiant. Le patient est un tiers totalement intégré dans le processus de la séance, qui par sa fonction de médiation, aide à l’intégration des savoirs et à l’apprentissage du raisonnement clinique. Nous proposons une modélisation de celui-ci en co médiation. / The recent re-engineering of paramedic studies in general and of MK in particular (En 2015) introduces a new dimension in the training cycles: the clinical Rai-ringing. Defined by Higgs (2008) as "a process of thought and decision-making that allows the clinician to take the most appropriate actions in a specific context of health problem solving", the beneficial aims to develop and evaluate among AP-stakeholders their ability to link knowledge about the situation of the sick person (bio-psycho and social) and professional, technical, cognitive and relational knowledge. By focusing on the process of institutionalizing clinical reasoning, this inter-Roge thesis processes teaching (especially tutors of internship) and learning this practice by the future MK, especially from the different proposed sequences. Clinical reasoning uses a plurality of patterns in the sense of Pastré (2011) Mobili-Con by learners to analyze a health problem and build a care project for the sick person. The understanding of the mobilization of all these patterns, the modus-Randi of students in learning situation of clinical reasoning occupies a central place in this thesis clearly enshrined in a professional didactics. Based on field observations, filmed learning sessions, interviews and hétéroconfrontations (N = 20) with patients, liberal tutors and student interns, this research has allowed to categorize by a qualitative method Content analysis, using the No Vivo software, the 5 portraits of the patient/tutor/student triad based, among other things, on the resources mobilized (2009) and the tutoring configurations (Kunegel, 2011). We can then try to identify the main lines of force or divergence between the different portraits. The reasoning in physiotherapy would be a favourable tool for incorporating abstract theoretical knowledge mobilized in practical situations with patients, which are adapted and incorporated by each. It is a handyman's tool, a red thread that allows adaptation to the patient and whose tutor seeks to emancipate himself or herselffor the practice of "real life", in a style of his own, within the genus Kinésithérapique. The first session would be a moment of astonishment or even amazement for the student. The patient is a third party totally integrated into the process of the session, which through its function of mediation, helps the integration of knowledge and the learning of clinical reasoning. We propose a modeling of it in co- mediation.

Cette recherche a pour objet de préciser de divers points de vue le passage problématique de l'état d'étudiant en mathématiques à celui de professeur de mathématiques. Nous examinons ce passage en nous appuyant sur une étude clinique de la formation dispensée au fil de plusieurs années à l'IUFM d'Aix-Marseille, depuis l'entrée en première année afin de préparer le CAPES, jusqu'à la prise en main d'une classe de collège ou de lycée en deuxième année. L'univers mathématique auquel les élèves professeurs sont confrontés, tant en première qu'en deuxième année, se révèle pour eux plein d'embûches à propos de questions souvent inattendues pour l'observateur extérieur, mais que révèlent les dispositifs de la formation observée. Celle-ci constitue un facteur crucial, qui va forcer les élèves professeurs à reconnaître, à assumer et à affronter la problématicité des situations rencontrées dans leur vie professionnelle. Presque toujours, les difficultés que signalent les élèves professeurs, d'une très grande variété, sont des révélateurs des difficultés rencontrées par la profession : elles mettent au jour un univers professionnel chaotique et lacunaire dans lequel le déni de la problématicité est monnaie courante, et où la construction de réponses « idionomes », non questionnées, foisonne. La formation des jeunes professeurs apparaît ainsi indissociable d'une évolution du métier à laquelle elle peut contribuer par la diffusion, dans la profession où ils entrent, des praxéologies professorales co-construites dans la formation.

Modélisation des usages des dispositifs TICE dans l'éducation spécialisée des enfants et des adolescents ainsi que dans l'insertion des adultes victimes d'exclusion.<br />Notre approche clinique de l'informatique met l'ordinateur au service de la pédagogie et du transfert et donc, dans sa finalité, au service du sujet. Il s'agit de rompre avec les pratiques traditionnelles d'aide et d'éducation qui dérivent trop souvent sur des logiques de domination et d'assistance donc d'aliénation. Nous avons tenté de créer un environnement humain et technologique offrant à des personnes en difficulté un cadre favorisant l'autonomie et l'émancipation, ce qui nous paraissait la seule voie d'insertion véritablement stable.

La simplification des algorithmes diagnostiques a entrainé une augmentation de la suspicion d'une embolie pulmonaire (EP). Sa prévalence est passée de 50% à moins de 20%. L'évocation du diagnostic peut être gênée par la coexistence d'une Broncho Pneumopathie Chronique Obstructive (BPCO). La 1ère étape de prise en charge d'un patient suspect d'EP est l'évaluation de la probabilité clinique, par exemple par le score de Genève. Nous montrons qu'en revenant au résultat de ce score, le clinicien prédit le risque de décès et de ré-hospitalisation dans les 3 mois que le patient ait - ou n'ait pas- d'EP. Ces résultats devraient permettre d'aider à décider d'un traitement ambulatoire ou d'une hospitalisation. De plus, nous montrons que l'existence d'une BPCO est associée à une modification de la présentation clinique de la Maladie Veineuse Thrombo-Embolique (MVTE): alors que ratio dans la population sans BPCO est de 2 Thromboses Veineuses Profondes (TVP) pour une 1 EP, ce rapport s'inverse dans la population de patients souffrant de BPCO. Ce point est critique car nous montrons par ailleurs que les patients BPCO avec MVTE présentent une moins bonne évolution que les patients sans BPCO, avec une augmentation du nombre de décès et de complication hémorragique pendant les 3 mois de suivi. En se concentrant sur les patients avec BPCO, il apparait que ceux se présentant initialement avec une EP sont plus à risque de mourir et de saigner dans les 3 mois de suivi par rapport aux patients BPCO avec TVP. Il est donc indispensable de trouver un traitement protégeant efficacement les patients BPCO avec EP d'une récidive embolique, mais sans augmenter le risque hémorragique

Dans cette thèse, nous nous sommes attaché à mieux comprendre le travail réel des auditeurs légaux, par opposition à celui qui leur est prescrit. Pour cela, nous avons adopté le cadre conceptuel et la démarche clinique de l'ergonomie de l'activité, et avons accompagné, chez leurs clients, 7 équipes d'audit d'un « Big Four ». Au total, 455 heures d'observation ont ainsi été réalisées, et 31 auditeurs ont été interviewés. Selon nos analyses, les comptes à certifier ne constituent pas, contrairement à ce que l'on pourrait croire, le principal objet du travail accompli par ces professionnels. Ce travail porte en fait essentiellement sur diverses formes de peur, consiste à gérer de multiples contradictions, et à ne rien laisser paraître de tout cela. Ce qu'il cache est au moins aussi important que ce qu'il révèle. Dans une perspective girardienne, l'audit légal tient ainsi plus du rite que de la science, et les auditeurs peuvent être vus comme des pharmakoi modernes : des boucs émissaires.

Les manifestations comportementales de dépendance à l'environnement renvoient à des concepts fondamentaux tels que le libre-arbitre et l'autonomie de l'homme. Ces phénomènes sont paradoxalement peu étudiés dans la littérature, mais leurs définitions particulièrement discutées et contrastées. Par l'analyse des données empiriques et leur confrontation aux performances des épreuves de l'examen neuropsychologique, les visées de ce travail étaient de contribuer à préciser les définitions sémiologiques de ces manifestations ainsi que d'examiner leurs interprétations théoriques. Sous l'influence des modèles cognitivistes, les phénomènes de dépendance à l'environnement ont été attribués à l'altération de processus inhibiteurs, fréquemment postulés pour être sous la dépendance du contrôle exécutif. La présente thèse suggère que ce point de vue est perfectible, car il néglige ce qui fonde la spécificité du fonctionnement humain en situation d'interaction. Par conséquent, si ce travail s'inscrit résolument dans le champ de la neuropsychologie clinique, il s'inspire de postulats théoriques issus de la sociologie et de la psychologie sociale. Cinq études expérimentales ont été menées auprès de trois groupes de patients neurologiques, porteurs de lésions cérébrales frontales, sous-corticales et postérieures. Des perturbations spécifiquement associées à l'atteinte des structures cérébrales antérieures sont rapportées. Ce travail contribue ainsi à fonder une distinction entre deux concepts historiques de la clinique neuropsychologique, désignés sous les termes de « syndrome frontal » et de « syndrome dysexécutif ».