Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica / Made available in DSpace on 2012-10-20T17:50:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 202092.pdf: 3182704 bytes, checksum: 4b7b7b04c090e8aeee3a18e534c04976 (MD5) / Este trabalho apresenta a elaboração de um Sistema Computadorizado para Análise e Classificação Citogenética, que constitui uma nova metodologia para reduzir o viés da análise citogenética clínica. Tal sistema foi implementado visando dois objetivos específicos: o reconhecimento automático dos cromossomos através de uma única cena e a análise da leucemia pró-mielocítica aguda. Para alcançar o primeiro objetivo, aplicou-se técnicas de processamento digital de imagens, visando extrair as características de área, fator de forma, distância Euclidiana e correlação linear de Pearson, com mais precisão. Através destas características, foi possível a identificação automática dos cromossomos homólogos, atingindo 63,04% de índice de acerto quando utilizadas imagens de 276 cromossomos, as quais foram obtidas de diferentes laboratórios. Para atingir o segundo propósito, foi desenvolvido um novo método de prolongamento das extremidades do eixo médio extraído dos cromossomos, baseando-se na técnica de extrapolação pelos mínimos quadrados. Desta forma, foi possível detectar a translocação t(15,17) que caracteriza a leucemia e, para apresentar o grau de analogia com a doença, utilizou-se o enfoque lógico-combinatório. Os resultados demonstraram um bom desempenho do sistema, obtendo índices entre 63,73 a 99,70% de semelhança com o rearranjo cromossômico, quando utilizadas imagens de células leucêmicas e valores abaixo de 17,30% com o uso de imagens de células normais. Logo, através deste estudo, foi possível comprovar que é possível o reconhecimento automático dos cromossomos através de uma única cena e obter uma ferramenta que permite detectar com maior precisão o rearranjo característico da leucemia pró-mielocítica aguda, oferecendo ao citogeneticista condições para a detecção do rearranjo cromossômico com maior eficiência e confiabilidade.

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-09. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:24Z : No. of bitstreams: 1 000847289_20151210.pdf: 109983 bytes, checksum: 0805da618c3e8c3448f6b9e2d227a33b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-11T11:22:37Z: 000847289_20151210.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-11T11:23:16Z : No. of bitstreams: 1 000847289.pdf: 738165 bytes, checksum: af1a367e9d0c1700d0efba7690754147 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos B, também conhecidos como supernumerários, são considerados elementos dispensáveis ao organismo. Porém, alguns estudos têm apresentado evidências de uma possível funcionalidade destes cromossomos extras. São encontrados em muitas espécies de eucariotos, entre elas, Astatotilapia latifasciata, ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B. Os ciclídeos têm sido muito utilizados como organismos modelo para estudos genéticos e genômicos. Análises genômicas em larga escala prévias envolveram sequenciamento por next generation (Illumina HiSeq sequencing) de genomas sem cromossomo B (B-) e com cromossomo B (B+) de A. latifasciata e uma forma variante do gene hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) foi identificada. Esta sequência apresenta um alto número de cópias e características de retrogene no cromossomo B. Diante disso, foi objetivo do presente trabalho compreender a organização genômica, identificar os mecanismos de retro-inserção e fazer análises de expressão desta sequência, possibilitando um melhor entendimento da origem, evolução e possíveis efeitos deste cromossomo na espécie estudada. A partir de análises de bioinformática foram identificadas cópias variantes do gene hnRNP Q-like no genoma B+ e as regiões mais representativas foram selecionadas, de acordo com o grau de mutações, para demais estudos. Análises de fragmentos sequenciados e qPCR confirmaram que o gene possui maior número de cópias e ausência de íntrons no cromossomo B. Evidências de resquícios de domínios da transcriptase reversa de elementos transponíveis sugerem que o gene foi retroinserido no cromossomo B. Dados de qPCR em cDNA mostraram que, apesar de possuir mais cópias no genoma B+, o gene hnRNP Q-like não é diferencialmente expresso nos genomas B+ e B- / B chromosomes, also known as supernumerary, are considered dispensable elements to organisms. However, some studies have presented evidences of a possible functionality of this extras chromosomes. They are observed in many eukaryote species, such as in the African cichlid, Astatotilapia latifasciata, which might have one or two B chromosomes. Cichlids have been used as model organisms to genetics and genomics studies. Previous genomic analyses based on next generation sequencing (Illumina HiSeq sequencing) were realized in the whole genome without B chromosome (B-) and with B chromosomes (B+) of A. latifasciata and a variant form of hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) gene was identified. This sequence presented a high copy number and characteristics of a retrogene in B chromosomes. Thus, the aim of this study consists in comprehend genomic organization, identify retroinsertion mechanisms and perform expression analyses of the hnRNP Q-like gene, making it possible a better understanding of origin, evolution and possible effects of this chromosomes in the studied species. Bioinformatics analyses identified variant copies of hnRNP Q-like gene in B+ genome and the higher and lower variable regions of the gene were selected, based in mutation rates, for further analysis. Analyses from sequenced fragments and qPCR confirmed gene has a higher number of copies and do not present introns in B chromosome. Evidences of transposable element relics with reverse transcriptase domains suggest gene was retroinserted in B chromosome. The data of qPCR in cDNA showed that the hnRNP Q-like gene is not differentially expressed in both genomes (with and without B chromosome)

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-20. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:39Z : No. of bitstreams: 1 000849919.pdf: 1764719 bytes, checksum: cc1c24d4e6a06602b8ef15a77cbefe66 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo, foram analisadas citogeneticamente cinco espécies de peixes pertencentes ao gênero Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e Trichomycterus sp., provenientes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas as técnicas de citogenética clássica (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e cito-moleculares (Hibridação Fluorescente in situ - FISH com sondas de DNAr 5S e 18S e o snDNA U2). Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=54 cromossomos com variações em sua fórmula cariotípica. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus e Trichomycterus cf. mimonha apresentaram seu cariótipo com 34m + 12sm + 8st e Trichomycterus sp. apresentou 36m + 10sm + 8st, além da ocorrência de cromossomos supranumerários. As espécies também revelaram diferenças em relação ao tamanho dos dois primeiros pares cromossômicos do cariótipo, onde Trichomycterus sp. e T. diabolus apresentaram o primeiro e segundo metacêntrico de tamanho semelhante e maiores em relação aos demais cromossomos, enquanto em T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e T. iheringi apenas o primeiro metacêntrico foi considerado o maior par. O bandamento C evidenciou blocos heterocromáticos instersticiais nos pares 2, 3, 7, 8, 19 e 23 de T. iheringi e no par 18 de T. diabolus, sendo que as demais espécies apresentaram blocos centroméricos de diferentes tamanhos espalhados por quase todo o cariótipo. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S, com exceção de T. zonatus e Trichomycterus sp. que apresentaram marcações centroméricas no primeiro par e em um pequeno metacêntrico, respectivamente. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou resultados mais diversos, sendo detectado um par para... / In the present study five species of fish from the genus Trichomycterus were analyzed cytogenetically, including T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and Trichomycterus sp., collected at different Brazilian basins. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, and U2 snDNA probes). All species showed diploid number of 2n = 54 chromosomes with variations in karyotype formula. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus and Trichomycterus cf. mimonha presented their karyotype with 34m + 12sm + 8st and Trichomycterus sp. presented 36m + 10sm + 8st, besides the occurrence of supernumerary chromosomes. The species also reveals differences in relation to the size of the first two chromosome pairs of the karyotype, where Trichomycterus sp. and T. diabolus presented the first and second metacentric with similar size and larger than the other chromosomes, while in T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and T. iheringi only the first metacentric was considered the largest pair. The constitutive heterochromatin showed interstitial blocks in pairs 2, 3, 7, 8, 19 and 23 in T. iheringi and the par 18 in T. diabolus and the other species presented centromeric blocks with different sizes spread throughout the greater part of the karyotype. NORs were identified in only one chromosome pair and were coincident with the fluorescent in situ hybridization using probes of 18S rDNA, except for T. zonatus and Trichomycterus sp. that showed additional centromeric signals on the first pair and other small metacentric, respectively. FISH using the probes of 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with one chromosome pairs detected in T. diabolus, two pairs in T. iheringi, T. zonatus and three ...

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-25. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:22Z : No. of bitstreams: 1 000847907.pdf: 435955 bytes, checksum: 28562835fdb8912e96dfb94f7a160314 (MD5) / Introdução: A infertilidade é definida como a incapacidade de um casal obter uma gravidez ou parto de um bebê vivo. Ela não é exclusiva da mulher, mas sim do casal, e os fatores mais comuns associados são de origem genética, como alterações dos cromossomos, incluindo também causas hormonais, anatômicas, infecciosas, imunológicas, entre outras. A definição dos tipos de alterações cromossômicas presentes em um casal com dificuldades reprodutivas é de fundamental importância para sua vida reprodutiva. Objetivo: Verificar a importância das diferentes alterações cromossômicas na etiologia da infertilidade e discutir a indicação do cariótipo nos casos de dificuldades reprodutivas. Metodologia: Estudo retrospectivo de dados de 832 indivíduos, atendidos na Faculdade de Ciências/ UNESP, Bauru, no período de Janeiro de 2005 a Dezembro de 2012, referentes a estudos cromossômicos (cariótipo de sangue periférico e abortos espontâneos) e anamnese. Resultados: Dos 832 casos, 431 foram avaliados através dos cariótipos de sangue periférico e 514 através de seus cariótipos de abortos espontâneos; 113 foram avaliados tanto pelos cariótipos de sangue como pelos cariótipos de seus abortos. A frequência das alterações cromossômicas em sangue periférico foi de 5,6%, e de 32,5 % em abortos espontâneos. Não houve correlação estatística entre ocorrência das alterações cromossômicas, sexo, idade e número de abortos. Conclusões: Na população estudada observou-se que as alterações cromossômicas são importantes na etiologia da infertilidade. As alterações cromossômicas numéricas nos abortos são as mais frequentes; contudo, sua ocorrência pode ser maior devido a possível superestimação dos cariótipos normais pela contaminação de material materno. Para prevenção de malformações congênitas, ambos os membros do casal relacionados a problemas reprodutivos devem realizar o estudo cromossômico / Introduction: Infertility is defined as the inability of a couple of getting pregnant or give birth to a live baby. It is not only related to women, but also to the couple, and the most common factors associated are genetic, such as chromosome abnormalities as well as hormonal, anatomical, infectious and immunological causes, among others. The definition of the types of chromosomal abnormalities present in a couple with reproductive difficulties is of fundamental importance to their reproductive life. Objective: To assess the importance of different chromosomal abnormalities in the etiology of infertility and discuss the indication of the karyotype in cases of reproductive difficulties. Methodology: Karyotypes of peripheral blood and miscarriages (Chromosomal studies) and anamnesis of 832 individuals attended at the Faculdade de Ciências/ UNESP, Bauru, from January 2005 to December 2012 were assessed retrospectively. Results: Of the 832 cases, 431 were evaluated by peripheral blood karyotypes and 514 through their karyotypes of miscarriages; 113 were evaluated both by karyotypes of both blood and abortions. The frequency of chromosomal abnormalities in peripheral blood was 5.6%, and 32.5% in spontaneous abortions. There was no statistical correlation between occurrence of chromosomal abnormalities, sex, age and number of abortions. Conclusions: Chromosomal abnormalities are important in the etiology of infertility within the population studied. The numerical chromosomal abnormalities in abortions were the most common; however, its occurrence may be higher due to possible overestimation of normal karyotypes by contamination of maternal material. Aiming the prevention of congenital malformations, both couple members presenting reproductive problems should perform a chromosome study

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-26Bitstream added on 2014-06-13T19:12:50Z : No. of bitstreams: 1 bardella_vb_me_sjrp.pdf: 973541 bytes, checksum: 2642d082f6fe5ee2cb77ab3b60832684 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os heterópteros apresentam a meiose cística nos túbulos seminíferos. Esses possuem o cisto espermatogonial envolto pelas células císticas, as quais desenvolvem a função de nutrição das células em divisão celular. Quanto às características citogenéticas, esses insetos apresentam cromossomos holocinéticos, baixa variabilidade cariotípica e meiose invertida dos cromossomos sexuais. No presente trabalho foram caracterizadas as células císticas quanto a sua localização, ultraestrutura e citogenética e, também, foram analisados os aspectos citogenéticos de quatro espécies do gênero Triatoma. Foram utilizadas as técnicas de microscopia eletrônica de transmissão, citogenética convencional (orceína e AgNOR), bandamento C CMA3/DAPI e a técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH), com sonda de DNAr 45S de Drosophila melanogaster. Os resultados indicaram que a célula cística envolve um cisto espermatogonial e apresenta um grande núcleo com invaginações citoplasmáticas. Em todas as espécies foram observados vários graus de ploidia da célula cística. Triatoma infestans e T. infestans melanosoma apresentaram vários blocos heterocromáticos com a periferia CMA3 + e o interior DAPI+. Associada às bordas dos blocos heterocromáticos foram observados os segmentos de DNAr 45S, além da presença de vários nucléolos em cada núcleo. Triatoma matogrossensis, T. rubrovaria e T. brasiliensis apresentaram apenas um bloco heterocromático com as mesmas características, com exceção de T. brasiliensis, que apresentou em algumas células vários blocos CMA3 + dispersos. Nessas espécies foi observado apenas um nucléolo com similaridade na localização dos sítios de DNAr. Quanto aos aspectos citogenéticos, todas as espécies apresentaram 2n = 20A + XY, com decréscimo do tamanho relativo dos cromossomos. Em T. infestans melanosoma os cromossomos foram... / Heteroptera, or true bugs, exhibit meiosis in their seminiferous tubules. They posses the spermatogonial cysts that are enclosed by cyst cells, which develop the nutritional function of the cells during cell division. In terms of cytogenetic characteristics, these insects possess holokinetic chromosomes, low karyotype variability, and inverted meiosis in the sex chromosomes. In this study, cyst cells from four species of the genus Triatoma were characterized by their location, superstructure, and cytogenetic makeup. Electronic transmission microscopy techniques were used, as well as conventional cytogenetic techniques (Orcein and AgNOR), C-banding with CMA3 and DAPI banding, and Fluorescence in situ Hybridization (FISH) with a 45S DNA probe of Drosophila melanogaster. The results indicated that the the spermatogonial cyst is enclosed by the cyst cell, and that the cyst cell possesses a large nucleus with cytopasmic invaginations. In all species studied, varying degrees of ploidy were observed in the cyst cells. Triatoma infestans and T. infestans melanosoma presented with various heterochromatic blocks, with CMA3 + at the periphery and DAPI+ at the interior. Segments of rDNA 45S were found along the edges of the heterochromatic blocks, along with the presence of various nucleoli in each nucleus. Triatoma matogrossensis, T. rubrovaria and T. brasiliensis presented with only one heterochromatic block with the same characteristics (with the exception of T. brasiliensis, which presented with various dispersed CMA3 + blocks). In these species, only one nucleolus that was similar to the localization of the rDNA sites was found. All species presented with 2n = 20A + XY, with a decrease in size relative to the chromosomes. In the case of T. infestans melanosoma, the chromosomes were split into groups based on their relative sizes. The heterochromatin of this species presented... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-21Bitstream added on 2014-06-13T21:03:45Z : No. of bitstreams: 1 domingues_cef_dr_botib.pdf: 8383595 bytes, checksum: 12825237e7433888847a69be2e9616ba (MD5) / A gagueira é uma doença comum que afeta a fluência da fala, caracterizada por repetições ou prolongamentos frequentes de sons, sílaba, palavras, ou por hesitações, ou interrupções no fluxo normal da fala. Trata-se de uma doença que tipicamente surge na infância em crianças com idade entre dois e quatro anos, com taxa de incidência estimada em torno de 5% da população. No entanto devido à elevada taxa de recuperação espontânea, estima-se uma prevalência de 1% na população em geral. Apesar do envolvimento de fatores ambientais, o fator genético é determinante para o desenvolvimento da doença. Algumas evidências que sustentam essa relação são: agregação familial, estudos com gêmeos e envolvendo adoções e, relações de consanguinidade em famílias com diversos afetados. Entretanto, trata-se de uma doença complexa na qual a identificação exata do tipo de herança é difícil de ser determinada uma vez que não seguem as leis de Mendel. Este estudo teve como principal finalidade realizar análises de ligação em 43 famílias brasileiras do Estado de São Paulo, não relacionadas, portadoras de gagueira desenvolvimental persistente a fim de identificar regiões cromossômicas com possíveis genes candidatos; Para as análises de ligação, inicialmente foi realizada a genotipagem de todas as famílias através de chips específicos para essa finalidade contendo 6056 marcadores SNP. Posteriormente, para o refinamento do mapa de ligação foram utilizados marcadores microssatélites polimórficos marcados com fluoróforos e analisados em sequenciador automático capilar. Para as estimativas das frequências alélicas destes marcadores na população brasileira foram utilizados amostras do grupo controle, não relacionadas, previamente selecionadas. Apenas duas famílias (BRPD_47 e BRPD_50) sob o padrão de herança dominante... / Stuttering is a common disease that affects the fluency of speech, and is characterized by frequent repetitions or prolongations of sounds, syllables, or words, or by interruptions in the normal flow of speech. The disorder typically begins in children aged two to four years, and has an estimated incidence rate of around 5% of the population. Due to the high rate of spontaneous recovery, the estimated prevalence of the disorder is 1% in the general population. Despite the involvement of environmental factors, genetic factors have been shown to be critical to the development of the disease. Evidence supporting genetic factors include twin studies, adoption studies, family clusters of stuttering, and consanguineous relations in families with many cases of the disorder. However stuttering is a complex disorder in which the identification of the exact type of inheritance is difficult to determine because it does not follow Mendelian laws. The main goal of this study was to perform a genome-wide linkage analysis in 43 unrelated families from the Brazilian state of São Paulo, which had multiple cases of persistent developmental stuttering, in an effort to identify chromosomal regions containing possible causal genes, Linkage analysis was initially performed by genotyping of all families with chip-based methods that assayed 6056 sNP markers. Subsequent refinement of linkage locations used polymorphic microsatellite markers analyzed by capillary electrophoresis unsing an automated DNA sequencer. Unrelated normal Brazilian samples were used as a control group to estimate the allele frequencies of these markers in this population. Two families (BRPD_47 and BRPD_50) showed significant evidence for linkage in the region of chromosome 10q21 under a dominant inheritance model. Combining these two families produced... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1613.pdf: 2733672 bytes, checksum: 5d28936faff68884f2e78dbc12f2ebcb (MD5) Previous issue date: 2007-04-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Chromosomes of distinct species of Triportheus (Characiformes, Characidae) from different hydrographic basins in Brazil, as well as in Argentina, were analyzed in the present work. Triportheus nematurus, from Piracicaba River (São Paulo State, Brazil), was analyzed for the first time, using conventional cytogenetic techniques, base-specific fluorochromes and physical mapping of 18S rDNA and 5S rDNA. The diploid number found in all species was 2n= 52 chromosomes, in both males and females. Females presented a pair of quite differentiated heteromorphic chromosomes, characterizing a ZZ/ZW sex chromosome system. The Z chromosome is the largest in the karyotype, bearing constitutive heterochromatin at pericentromeric and telomeric regions. The W chromosome is mostly heterochromatic, showing a heterogeneous heterochromatin, composed of GC- and AT-rich regions The Ag-NORs were equivalent to 18S rDNA sites detected through fluorescent in situ hybridization. The 5S rDNA is syntenic and adjacent to 18S rDNA site, characterizing an uncommon situation amongst fishes. The results obtained in T. nematurus agree with previous studies in this group, reinforcing the basal condition of the system ZZ/ZW in the phylogeny of this genus, prior to speciation events. Besides T. nematurus, other seven species/populations of Triportheus were analyzed by FISH with 18S and 5S rDNA probes. The results confirmed the presence of 18S sites on the W chromosome in all Triportheus species herein studied, even when Ag-NORs showed to be inactive. The 5S rDNA sites, not reported in this group so far, were always located on short arms of a single chromosomal pair, close to centromeres. The only exception was T. auritus, which presented ten 5S rDNA sites. Two distinct T. nematurus populations (Piracicaba River SP and Paraná River Argentina) presented synteny between 18S and 5S ribosomal genes, located on short arm of a NOR-bearing chromosomal pair. A probe for whole chromosome painting (WCP), specific to the Z chromosome of T. nematurus (Piracicaba River), was obtained by microdissection, followed by unspecific amplification via DOP-PCR (Degenerate Oligonucleotide Primed-PCR). Fluorescent in situ hybridization with such probe was performed in Triportheus species, as well as in other Characidae species belonging to genus closed to Triportheus. In male specimens of Triportheus, both Z chromosomes (1st large metacentric pair) presented conspicuous marks over their whole extension. In females, the Z chromosome showed the same pattern observed in males while the W chromosome bears only a subtle signal on the short arm, or on the long arm close to centromere, according to species. Therefore, the region of the W chromosome with homology to Z chromosome is relatively small. All the other Characidae species analyzed presented no positive signals after hybridization using Z chromosome of Tirportheus nematurus as a probe, even in those apparently closely related to this genus. Thus, these results stress out, positively, that the ZZ/ZW system should actually correspond to a synapomorphy shared by Triportheus species, likely to be unique to this Characidae group. / No presente estudo foram analisados os cromossomos de distintas espécies de Triportheus (Characiformes, Characidae), de diferentes bacias hidrográficas do Brasil, assim como da Argentina. Triportheus nematurus, proveniente do rio Piracicaba - SP, foi analisada pela primeira vez, utilizando técnicas de estudo convencionais, fluorocromos base-específicos e o mapeamento físico dos sitos de rDNA 18S e de rDNA 5S. O número diplóide encontrado foi de 2n=52 cromossomos, tanto em machos como em fêmeas. As fêmeas apresentaram um par de cromossomos heteromórficos bem diferenciados, caracterizando um sistema de cromossomos sexuais do tipo ZZ/ZW. O cromossomo Z é o maior do complemento, com a ocorrência de heterocromatina constitutiva nas regiões pericentromérica e teloméricas. O cromossomo W é em grande parte heterocromático, evidenciando heterocromatina heterogênea, composta por regiões GC- e AT-ricas. As Ag-RONs, em concordância com os sítios de rDNA 18S, detectados pela hibridação fluorescente in situ. O rDNA 5S, mostra uma localização sintênica e adjacente ao rDNA 18S, caracterizando uma situação pouco freqüente entre os peixes. Os resultados obtidos em T. nematurus concordam com estudos prévios nesse grupo, reforçando a condição basal do sistema ZZ/ZW na filogenia do gênero, provavelmente pré-datando os eventos de especiação. Além de T. nematurus, mais sete espécies/populações de Triportheus foram analisas por FISH com sondas de rDNA 18S e 5S. Os resultados confirmaram a presença de sítios 18S no cromossomo W em todas as espécies de Triportheus aqui analisadas, mesmo nos casos onde as Ag-RONs mostraram-se inativas. Os sítios de rDNA 5S, que ainda não tinham sido descritos para o grupo, encontram-se sempre localizados no braço curto de um só par de cromossomos, adjacentes ao centrômero. A única exceção ocorreu em T. auritus, que apresentou 10 sítios de rRNA 5S. Duas populações distintas de T. nematurus (rio Piracicaba SP e rio Paraná Argentina) apresentaram sintenia dos genes ribossomais no braço curto de um par cromossômico correspondente ao portador de Ag-RONs. Uma sonda para pintura cromossômica total (WCP - Whole Chromosome Painting), específica do cromossomo Z de T. nematurus (rio Piracicaba), foi obtida por intermédio de microdissecção, seguida por amplificação inespecífica por DOP-PCR (Degenerate Oligonucleotide Primed-PCR). Hibridações fluorescentes in situ, utilizando-se esta sonda, foram realizadas em espécies/populações de Triportheus, assim como em espécies de outros gêneros da família Characidae filogenticamente próximos de Triportheus. Nos espécimes machos de Triportheus, os dois cromossomos Z (1º par metacêntrico grande) apresentaram uma forte marcação em toda sua extensão. Nas fêmeas, o cromossomo Z (1o metacêntrico grande) mostra o mesmo padrão observado nos machos e o cromossomo W se apresenta apenas com sutil marcação no braço curto ou no braço longo, em uma região adjacente ao centrômero, conforme a espécie. Assim sendo, a região do cromossomo W que mantém homologia com o cromossomo Z é relativamente pequena, demonstrando a grande diferenciação desse cromossomo ao longo da evolução do sistema ZZ/ZW no grupo. Todas as demais espécies de Characidae testadas não apresentaram sinais positivos de hibridação com a sonda do cromossomo Z de Triportheus, mesmo sendo relativamente próximas desse gênero. Assim sendo, esses resultados reforçam, de modo mais positivo, que o sistema ZZ/ZW deve de fato corresponder à uma sinapomorfia entre as espécies de Triportheus, aparentemente exclusiva desse grupo de Characidae

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2198.pdf: 3921778 bytes, checksum: fdcf7021aa70d6a2c02b293338344fb3 (MD5) Previous issue date: 2008-12-19 / The Loricariidae Family is the second largest family of fresh water fish with approximately 700 species. Among the Loricariidae, the Ancistrini tribe distinguishes itself with 217 valid species distributed in the neotropical region. The catfish of this group measure an average of 15 centimeters in length and have moveable evertible odontodes in the operculum region. Cytogenetic studies have been made in only 10% of the species. In this study, fifteen species, two of the genus Lasiancistrus and thirteen of the genus Ancistrus were cytogenetically analyzed. Besides the classic analyses of cytogenetic, the technique of fluorescent in situ hybridization (FISH) was used to locate the regions of rDNA 5S and 18S in seven species of the genus Ancistrus. The results showed diploid numbers of 2n=34, 40, 42, 50, 52 and 54 chromosomes. In the species of the genus Lasiacistrus, the diploid number was 2n=54 chromosomes, and there were simple NORs and some small blocks of constitutive heterochromatin. There were no chromosomic differences observed between males and females but there were distinct cytotypes among the species. The results are compared with analyses made with other genera of the Ancistrini group. In the genus Ancistrus diversity of species and chromosomic variation is surprising. In the species Ancistrus cuiabae chromosomic polymorphism and rDNA 18S were observed. The event that is probably responsible for this chromosomic polymorphism was a pericentric inversion. In four species of distinct populations chromosomic heteromorphism and constitutive heterochromatin were verified, thus suggesting that two populations possess XX/XY and ZZ/ZW sexual chromosomes. The nucleolar organizing regions (NORs) that appeared in the presence of silver nitrate were simple in all the species, located in the terminal and interstitial region of the chromosomes. With the FISH technique it was possible to confirm the data obtained with AgNOR in seven species. In respect to rDNA 5S the results were very diversified with only one pair of chromosomes marked, in Ancistrus sp 06; two pairs in A. sp 04, A. sp 08 and A. sp 13; three pairs in A. cuiabae, A. claro and A. cf. dubius. The cístrons observed in rDNA 5S and 18S were syntenic in four of the seven species analyzed. Using technique of C band it was possible to verify the blocks of constitutive heterochromatin were few in number and small in size in the species with diploid numbers 2n=50 to 54, but were bigger and stained in an evident manner in the species with chromosomic polymorphisms, sexual chromosomes and 2n=34 to 42 chromosomes. Besides the highly variable diploid number, the Ancistrini tribe has simple and multiple sexual chromosomes systems. In this study we confirmed the occurrence of chromosomic polymorphism, of rDNA 18S and of constitutive heterochromatin in new species. For the first time fluorescent in situ hybridization was done in the Ancistrini tribe and it confirmed the diversity existent, especially in the genus Ancistrus, which is the most derived of the tribe. With these results it was to infer that the species of the genus Ancistrus with diploid numbers 2n=50 to 54 chromosomes are more primitive than the others founded in the Baixada Cuiabana with intense sedimentation. New analyses, using molecular techniques could help in understanding the phylogeny and evolution of this diversified group of Loricariidae. / A família Loricariidae é a segunda maior família de peixes de água doce com aproximadamente 700 espécies. Dentre os Loricariidae, a tribo Ancistrini se destaca com 217 espécies válidas na região neotropical. Os cascudos deste grupo medem cerca de 15 cm e possuem odontodes móveis que se invertem na região do opérculo. Estudos citogenéticos são verificados em apenas 10% das espécies até o presente. Neste trabalho, duas espécies do gênero Lasiancistrus e treze do gênero Ancistrus foram cariotipadas. Além da análise de citogenética clássica, também foi utilizada a técnica de hibridação in situ fluorescente (FISH) para localizar as regiões de rDNA 5S e 18S em 7 espécies do gênero Ancistrus. Os resultados evidenciaram uma variação dos números diplóides de 2n=34, 40, 42, 50, 52 e 54 cromossomos nas espécies analisadas. Nas espécies do gênero Lasiancistrus o número diplóide foi de 2n=54 cromossomos, RONs simples e pequenos blocos de heterocromatina constitutiva. Neste mesmo gênero não foram observadas diferenças cromossômicas entre machos e fêmeas, apenas citótipos distintos entre as espécies. Os resultados são discutidos com análises realizadas em outros gêneros do grupo Ancistrini. No gênero Ancistrus foi observado uma diversidade de citótipos e espécies. Na espécie Ancistrus cuiabae se observou um polimorfismo cromossômico e de rDNA 18S. O provável evento responsável por este polimorfismo foi uma inversão pericêntrica. Em duas outras espécies de Ancistrus de distintas populações foram verificados heteromorfismos cromossômicos e de heterocromatina constitutiva, sugerindo a ocorrência de cromossomos sexuais XX/XY e ZZ/ZW. As regiões organizadoras de nucléolos foram simples para todas as espécies, localizadas nas regiões terminais e intersticiais dos cromossomos. Com a técnica de FISH e sonda de rDNA 18S foi possível confirmar os dados obtidos com AgRON em sete espécies. Quanto ao rDNA 5S os resultados foram bastante diversificados, com apenas um par de cromossomos marcados, em Ancistrus sp 06, dois pares em A. sp 04, A. sp 08 e A. sp 13 e três pares nas espécies A. cuiabae, A. sp 01, A. claro e A. cf. dubius. Os cístrons de rDNA 5S e 18S foram sintênicos em quatro das sete espécies analisadas. Através da técnica de banda C foi possível verificar que os blocos de heterocromatina constitutiva são poucos e pequenos nas espécies com números diplóides 2n=50 a 54, maiores e bem evidentes nas espécies com 2n=34 a 42 cromossomos e com polimorfismos ou com prováveis cromossomos sexuais. Além do número diplóide bastante variável, a tribo Ancistrini possui sistemas de cromossomos sexuais simples e múltiplos; e, neste trabalho, evidenciando também a ocorrência de polimorfismo cromossômico, de rDNA 18S e de heterocromatina constitutiva. Realizadas pela primeira vez na tribo Ancistrini, as análises com hibridação in situ fluorescente confirmam a diversidade existente, especialmente no gênero Ancistrus, o mais derivado da tribo. Através destes resultados foi possível inferir que a estrutura cariotípica das espécies do gênero Ancistrus com números diplóides 2n=50 a 54 cromossomos parece ser mais primitiva que aquela das demais espécies encontradas na Baixada Cuiabana e de locais com sedimentação mais intensa. Novas análises, utilizando-se de técnicas moleculares poderão auxiliar na compreensão da filogenia e evolução deste diversificado grupo de Loricariidae.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2828.pdf: 14647874 bytes, checksum: 8fb4ecaf07755c78ec51b1069a9943aa (MD5) Previous issue date: 2010-01-29 / Universidade Federal de Sao Carlos / Cyphocharax nagelii, Cyphocharax modestus, and Steindachnerina insculpta were the curimatid species analyzed in the present work. The objectives for all species were to identify sequences that could be used as chromosomal markers, to infer on the active mechanisms in their chromosomal evolution and of the family Curimatidae, and to determine indirectly the nucleotide composition of chromosomal regions. Additionally, the present work also aimed to analyze the B chromosome of C. nagelii, investigating the mitotic and meiotic behavior of this element and making inferences on its origins and evolution. The encountered diploid number was of 2n=54 with meta- and submetacentric chromosomes, corroborating the karyotypic macrostructure of the family Curimatidae. B chromosomes were detected in C. nagelii and analyses indicated that this element is potentially stable during mitosis. The presence of B chromosomes in other curimatid species suggests that this element represents an additional karyotypic differentiation mechanism. In the analyses of metaphase I cells of C. nagelii, the B chromosome behaved as a univalent, indicating possible segregation instability of this element. The C-banding technique evidenced heterochromatin blocks in the pericentromeric region of all chromosomes of the complement, as well as a few telomeric blocks, in the three studied species (B chromosomes in C. nagelii are heterochromatic). No chromosomal heteromorphisms regarding size, morphology, or C-banding pattern that could be associated with the presence of sex chromosomes were found in any of the three curimatid species. Microdissection of the B chromosome and consequent in situ hybridization with the produced probe showed that these elements share many mutual sequences, but the same does not occur with chromosomes of complement A of C. nagelii, C. modestus, or S. insculpta. The use of the base-specific CMA3/DAPI fluorochromes, silver nitrate staining, and 18S rDNA probes allowed the identification of 45S rDNA sites. These sites are present in an autossome pair in the three studied species, as well as in most curimatids. In C. nagelii and C. modestus, the 5S rDNA region is present in chromosome pairs 3 and 20; in S. insculpta only pair 3 contained the 5S rDNA gene. The presence of 5S rDNA in the third pair of the three described species points to a possible conserved location of this gene. A size difference was seen between the 5S rDNA sites, probably owing to the presence of two quantitavely different clusters of this ribosomal sequence. The B chromosomes of C. nagelii do not support 5S or 18S rDNA sequences and were not differentially marked by DAPI or CMA3. The hypothesis that karyotypic evolution in curimatids involves rearrangements of the centric fission/fusion and pericentric inversion type was suggested. Telomeric DNA sequences (TTAGGG)n were used in C. nagelii. The chromosomes of complement A as well as of complement B showed signs in the telomeric region. Furthermore, at least two autosome pairs exhibited telomeric sequences in an interstitial position, thus corroborating the hypothesis of centric fission/fusion evolution combined with pericentric inversion for the family Curimatidae. / Cyphocharax nagelii, Cyphocharax modestus e Steindachnerina insculpta, foram as espécies de curimatídeos analisadas no presente trabalho. Nas três espécies investigadas, os objetivos foram identificar sequências que pudessem ser usadas como marcadores cromossômicos, inferir sobre os mecanismos atuantes na evolução cromossômica destas espécies e paralelamente na família Curimatidae e ainda, determinar indiretamente a composição nucleotídica de regiões cromossômicas. Além disso, também foi objetivo do presente trabalho a análise do cromossomo B de C. nagelii, procurando investigar o comportamento mitótico e meiótico deste elemento e fazer inferências sobre sua origem e evolução. O número diplóide encontrado foi 2n=54 com cromossomos meta- ou submetacêntricos, corroborando a macroestrutura cariotípica da família Curimatidae. Foi detectada a presença de cromossomos B em C. nagelii, e as análises indicaram que este elemento seria mitoticamente estável. A presença de cromossomos B em outras espécies de curimatídeos sugere que este elemento represente um mecanismo de diferenciação cariotípica adicional. Nas análises de células metafásicas I de C. nagelii, o cromossomo B comportou-se como um univalente, indicando uma possível instabilidade segregacional desse elemento. A técnica de bandamento C, evidenciou blocos de heterocromatina na região pericentromérica de todos os cromossomos do complemento, e alguns blocos teloméricos, nas três espécies estudadas; os cromossomos B de C. nagelii são heterocromáticos. Nas três espécies de curimatídeos não foram encontrados heteromorfismos cromossômicos, quanto ao tamanho, morfologia ou padrão de bandamento C, que pudessem estar associados à presença de cromossomos sexuais. A microdissecção cromossômica do B e a conseqüente hibridação in situ com a sonda produzida, mostraram que estes elementos compartilham muitas seqüências entre si, mas, o mesmo não ocorre com os cromossomos do complemento A de C. nagelii ou de C. modestus e S. insculpta. O uso dos fluorocromos base-específicos CMA3/DAPI, impregnação por nitrato de prata e sondas de rDNA 18S, permitiram a identificação dos sítios de rDNA 45S. Estes sítios estão presentes em um par de autossomos nas três espécies estudadas, assim como na maioria dos curimatídeos. Em C. nagelii e em C. modestus a região de rDNA 5S, está presente nos pares cromossômicos 3 e 20; em S. insculpta apenas o par 3 continha o gene de rRNA 5S. A presença de rDNA 5S no par 3 das três espécies descritas, aponta para uma possível localização conservada desse gene. Foi constatada uma diferença de tamanho entre os sítios de rDNA 5S, devido provavelmente a presença de dois clusters quantitativamente diferentes desta seqüência ribossômica. Os cromossomos B de C. nagelii não comportam seqüências de rDNA 5S ou 18S e não foram marcados diferencialmente pelo DAPI ou CMA3. A hipótese de que a evolução cariotípica nos curimatídeos envolveria, rearranjos do tipo fissão/fusão cêntrica e inversão pericêntrica, foi sugerida. Seqüências de DNA telomérico (TTAGGG)n foram utilizadas em C. nagelii. Os cromossomos do complemento A, bem como os cromossomos B mostraram sinais na região telomérica. Além disso, pelo menos dois pares autossômicos mostraram seqüências teloméricas na posição intersticial, corroborando a hipótese de evolução por fissão/fusão cêntrica e inversão pericêntrica para família Curimatidae.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissWSS.pdf: 515117 bytes, checksum: 52e40005397c190fb4fad0e716b3bec9 (MD5) Previous issue date: 1996-09-27 / Down syndrome is usually due to meiotic nondisjunction leading to trisomy 21.The origin of nondisjunction in trisomy 21 has so far been studied using cytogenetic heteromorphisms and DNA polymorphisms. Short sequence repeats have recently been described as an abundant class of DNA polymorphisms in the human genome, which can be typed using the Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification. Analysis of these polymorphisms may provide a more accurate understanding of the meiotic stage of nondisjunction in trisomy 21 than that previously provided by chromosomal heteromorphisms. The following DNA polymorphisms located in pericentromeric region of human chromosome 21. Were typed D21S13E, D21S16 and D21S120. The other polymorphism studied was HMG14-GT2 which map to the terminal band 21q22.3. In the present stud such markers were used in order to the determine the parental origin and the meiotic stage of the additional chromosome 21 in 32 cases of Down syndromy. Seven families were informative showing that nondisjunction ocurred in meiosis I and three were from maternal origin using HMG14-GT2 polymorphism. In the other molecular systems the families are not informatives. / A trissomia do cromossomo 21, mais conhecida como síndrome de Down, geralmente resulta da falta de disjunção cromossômica durante a meiose. A origem da não disjunção vem sendo estudada através do uso de heteromorfismos citogenéticos e pelo estudo dos polimorfismos de DNA. Pequenas seqüências repetitivas foram descritas como uma classe abundante de polimorfismos de DNA no genoma humano as quais podem ser tipadas através da técnica de reação de polimerase em cadeia (PCR). A análise destes polimorfismos provê um conhecimento maior sobre a origem e o estágio meiótico da não disjunção. Neste trabalho foram utilizados os marcadores D21S13E, D21S16 e D21S120, localizados na região pericentromérica do cromossomo 21, além do HMG14-GT2, localizado na região 21q22.3, para estudar a origem e o estágio meiótico da não disjunção do cromossomo 21 extra em 32 famílias com um filho portador de síndrome de Down. Entre estas, 7 famílias (22%) foram informativas, mostrando que a não disjunção ocorreu na meiose I, e 3 casos foram de origem materna, comprovados através do estudo do sistema HMG14-GT2. Para os outros sistemas moleculares estudados no presente trabalho, nenhuma família se mostrou informativa.