Submitted by LIVIA MARIA GONÇALVES ROSSI null (liv.rossi@yahoo.com) on 2016-01-25T14:04:25Z No. of bitstreams: 1 TESE_HCV Multi-region_LIVIA ROSSI.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-01-25T17:23:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 rossi_lmg_dr_sjrp.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T17:23:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rossi_lmg_dr_sjrp.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) Previous issue date: 2016-01-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O vírus da Hepatite C (HCV) afeta cerca de 3% da população mundial. A cada ano, 3-4 milhões de novos casos são diagnosticados. A identificação de redes transmissão é complexa devido ao longo período de incubação, à falta de sintomas na fase aguda da doença e à heterogeneidade do HCV, que dificulta o estabelecimento de vínculos entre casos relacionados. Uma ampla caracterização das populações intra-hospedeiros pode ser realizada de forma eficiente através do sequenciamento de nova geração (NGS). Com base neste contexto, o sequenciamento de múltiplas regiões subgenômicas é uma solução às limitações impostas pela rápida evolução molecular do HCV. Variantes virais das regiões HVR1 e NS5A de 16 pacientes cronicamente infectados com o HCV, genótipos 1a e 1b, foram sequenciadas com a técnica de NGS. Os pacientes 1-7 compartilhavam fatores de risco, pertencendo ao mesmo grupo de usuários de drogas injetáveis, porém o parentesco genético desses casos não pode ser estabelecido com base apenas no sequenciamento da HVR1 (distância nucleotídica mínima entre 16-23). A amplificação de um fragmento maior (~450 pb), correspondente a um segmento da região NS5A, aprimorou a relação epidemiológica entre os pacientes 1-5, onde as distancias genéticas mínimas foram consideravelmente menores (9-13). Os pacientes 6 e 7 não compartilharam sequências com os outros cinco pacientes dessa rede, apresentando populações virais mais homogêneas. Adicionalmente, Median Joining Networks foram construídas para melhor analisar a variabilidade genética intra-hospedeiro. Em geral, observou-se que as sequências derivadas da NS5A formaram comunidades mais homogêneas e menos divergentes geneticamente. Assim, a tecnologia NGS e o sequenciamento das regiões subgenômicas HVR1 e NS5A podem ajudar a restaurar elos perdidos quando somente a região HVR1 é analisada, aprimorando portanto, a resolução de estudos de associação genética entre populações de HCV. / The hepatitis C virus (HCV) affects approximately 3% of the world's population. Each year 3-4 million new cases are diagnosed. The identification of transmission networks is complicated due to the characteristic long incubation period, the lack of symptoms during the acute phase of the disease and the heterogeneity of HCV, making it challenging to link related cases to a common source of infection. Extensive characterization of intra-host populations can be reliably archived using next generation sequencing (NGS) approaches. Sequencing of multiple and longer subgenomic regions has been proposed as an alternative to overcome the limitations imposed by the rapid molecular evolution of the HCV HVR1. Thus, the NS5A and HVR1 regions of 16 chronically infected individuals, genotypes 1a and 1b, were sequenced using a NGS platform. Patients 1-7 shared risk factors and belonged to the same injection drug users network. However, genetic relatedness could not be established based on the HVR1 sequences (minimal nucleotide distance ranging from 16-23). Amplification and sequencing of a larger PCR fragment (~450 bp) targeting the NS5A region reestablished lost epidemiological links between patients 1-5. The minimum genetic distances in those patients were considerable smaller than the HVR1 counterparts (9-13). Patients 6 and 7 displayed a rather homogeneous viral population and were clearly not sharing any sequences with all other five patients in this network. Additionally, Median Joining Networks analysis was carried out to further analyze the intrahost genetic variability of all seven patients. Overall, NS5A sequences were significantly less diverse than their HVR1 equivalents. Thus, NGS technology and use of both HVR1 and NS5A sequences might help restored otherwise lost links when the HVR1 region alone is analyzed, improving the resolution of HCV genetic relatedness studies. / CAPES: 33004153079P9

Orientador: Maria Inês M. C. Pardini / Banca: Giovanni Faria Silva / Banca: Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello / Resumo: A identificação dos diferentes genótipos e subtipos do VHC tem sido útil para o entendimento da evolução da doença e da epidemiologia do vírus em relação a fatores de risco. Atualmente, os métodos de genotipagem assim como a região do genoma viral a ser utilizada constituem temas de discussão. O presente trabalho teve por objetivo comparar a metodologia de hibridização reversa (kit comercial INNO-LiPAÒ v1.0) ao seqüenciamento direto das regiões 5'UTR, NS5B e core do genoma do VHC. Foram utilizadas 92 amostras de plasma de pacientes do Ambulatório de Hepatites da Disciplina de Gastroenterologia Clínica da Faculdade de Medicina de Botucatu (UNESP). Dentre as 92 amostras constituintes deste trabalho, 64 foram selecionadas aleatoriamente e 28 foram escolhidas segundo a genotipagem prévia realizada com o kit INNO-LiPAÒ v.1.0. Dentre estas 28 amostras escolhidas, 10 foram genotipadas como 1a/1b, 2 como 2, 2 como 5, 7 apenas como 1 e 7 foram inconclusivas para a genotipagem com o kit comercial. A genotipagem por seqüenciamento direto foi efetuada seguindo as etapas de: extração do RNA viral, transcrição reversa, amplificação das regiões 5'UTR, NS5B e 5'UTR-core por Nested-PCR, reação de marcação fluorescente e eletroforese em aparelho automático ABI 377 (Applied Biosystems). Todas as amostras puderam ser amplificadas para a região 5'UTR e 62 para NS5B. Para as 30 amostras que não puderam ser amplificadas para NS5B foi realizada a amplificação da região 5'UTR-core que se mostrou eficiente na amplificação de 28 (93%) das amostras. A análise de seqüência permitiu uma maior precisão na classificação viral. O seqüenciamento direto foi eficaz na solução de 100% dos resultados inconclusivos pela metodologia de hibridização reversa. Assim como já reportado na literatura o kit comercial INNO-LiPAÒ v.1.0 produziu resultados errôneos com... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The HCV genotypes and subtypes identification has been useful to understand the disease evolution and viral epidemiological regarding risk factors. Recently, the genotyping methods and viral genomic region used in viral typing have been very discussed in scientific community. The goal of this study was to compare the reverse hybridization methodology and sequencing of the HCV genomic regions 5'UTR, NS5B and core. Ninety-two plasma sample with viral RNA detected from patients assisted in the Department of Internal Medicine - Gastroenterology Division, Botucatu Medical School, University of São Paulo State - UNESP were used in this study. From these 92 samples, 64 were randomly selected and 28 choose according genotyping result by reverse hybridization. The genotyping by reverse hybridization were performed with INNO-LiPAÒ v.1.0, according manufacturer's instructions. To genotyping by sequencing viral RNA isolated from plasma samples was used as a source for RT-PCR amplification and automatic sequencing in ABI 377 sequencer (Applied Biosystems). All samples were amplified to 5'UTR genomic region and 62 to NS5B. From 30 samples that showed insucess in NS5B amplification, 28 (93%) were amplified to 5'UTR-core region with efficiency. The genotyping by sequencing allowed more precision in viral classification. The sequencing showed efficient in the resolution of the 100% of cases inconclusive by reverse hybridization. The genotyping by INNOLiPA Ò v.1.0 showed wrong results in relation of viral subtyping, corroborating previous results of the scientific literature. The sequencing also demonstrated at least a change of viral genotype when compared with INNO-LiPAÒ v.1.0, result that could influence the therapeutic decision, turning questionable the INNO-LiPAÒ v.1.0 efficiency to determine the viral genotypes, too. / Mestre

Orientador: Paula Rahal / Resumo: O vírus da Hepatite C (HCV) afeta cerca de 3% da população mundial. A cada ano, 3-4 milhões de novos casos são diagnosticados. A identificação de redes transmissão é complexa devido ao longo período de incubação, à falta de sintomas na fase aguda da doença e à heterogeneidade do HCV, que dificulta o estabelecimento de vínculos entre casos relacionados. Uma ampla caracterização das populações intra-hospedeiros pode ser realizada de forma eficiente através do sequenciamento de nova geração (NGS). Com base neste contexto, o sequenciamento de múltiplas regiões subgenômicas é uma solução às limitações impostas pela rápida evolução molecular do HCV. Variantes virais das regiões HVR1 e NS5A de 16 pacientes cronicamente infectados com o HCV, genótipos 1a e 1b, foram sequenciadas com a técnica de NGS. Os pacientes 1-7 compartilhavam fatores de risco, pertencendo ao mesmo grupo de usuários de drogas injetáveis, porém o parentesco genético desses casos não pode ser estabelecido com base apenas no sequenciamento da HVR1 (distância nucleotídica mínima entre 16-23). A amplificação de um fragmento maior (~450 pb), correspondente a um segmento da região NS5A, aprimorou a relação epidemiológica entre os pacientes 1-5, onde as distancias genéticas mínimas foram consideravelmente menores (9-13). Os pacientes 6 e 7 não compartilharam sequências com os outros cinco pacientes dessa rede, apresentando populações virais mais homogêneas. Adicionalmente, Median Joining Networks foram construídas para ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The hepatitis C virus (HCV) affects approximately 3% of the world's population. Each year 3-4 million new cases are diagnosed. The identification of transmission networks is complicated due to the characteristic long incubation period, the lack of symptoms during the acute phase of the disease and the heterogeneity of HCV, making it challenging to link related cases to a common source of infection. Extensive characterization of intra-host populations can be reliably archived using next generation sequencing (NGS) approaches. Sequencing of multiple and longer subgenomic regions has been proposed as an alternative to overcome the limitations imposed by the rapid molecular evolution of the HCV HVR1. Thus, the NS5A and HVR1 regions of 16 chronically infected individuals, genotypes 1a and 1b, were sequenced using a NGS platform. Patients 1-7 shared risk factors and belonged to the same injection drug users network. However, genetic relatedness could not be established based on the HVR1 sequences (minimal nucleotide distance ranging from 16-23). Amplification and sequencing of a larger PCR fragment (~450 bp) targeting the NS5A region reestablished lost epidemiological links between patients 1-5. The minimum genetic distances in those patients were considerable smaller than the HVR1 counterparts (9-13). Patients 6 and 7 displayed a rather homogeneous viral population and were clearly not sharing any sequences with all other five patients in this network. Additionally, Median Joining... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Aproximadamente 20% dos pacientes infectados pelo vírus da hepatite C (HCV) evoluem com clareamento viral espontâneo [3]. Variáveis como etnia e forma de contaminação tornam ainda mais difícil entender os fatores genéticos do hospedeiro que influenciam a evolução da hepatite C. Objetivo: Avaliar a relação entre o perfil de HLA e o clareamento espontâneo da infecção pelo vírus da hepatite C na população brasileira. Métodos: Foi realizada genotipagem dos HLAs -A, -B, -Cw, -DRB1 e -DQB1 em uma amostra de 135 pacientes infectados pelo HCV, sendo 45 pacientes com clareamento viral espontâneo (casos) e 90 pacientes com infecção crônica (controles). Os controles foram pareados por sexo, etnia (branco e não branco) e forma provável de contaminação (alta dose infectante ou baixa dose infectante). Foi realizada correção do p (pc) para múltiplas comparações usando a correção de Bonferroni. Resultados: quando analisamos os doentes em geral, nenhum alelo obteve significância estatística após a correção do p. Entretanto, uma nova associação protetora do HLA-DQB1*04 (p= 0,006; pc= 0,030) e uma associação protetora raramente descrita do HLA-DRB1*08 (p= 0,004; pc= 0,048) foram encontradas entre pacientes brancos, mas não entre não brancos. O alelo DRB1*11, previamente relatado em populações homogêneas, foi associado ao clareamento do HCV (p= 0,020) apenas entre pacientes com forma de contaminação provável por alta dose infectante. Conclusão: As bases imunogenéticas do clareamento do HCV diferem entre os grupos étnicos e as vias de contaminação. Mesmo em uma população etnicamente complexa como a brasileira é importante a realização de uma classificação étnica para parear os pacientes e para permitir uma análise estratificada para identificar diferentes associações para cada etnia. / Approximately 20% of Hepatitis C virus (HCV) infected individuals clear the virus [3]. The knowledge of host factors that influence the course of HCV infection is still limited. Factors such as ethnicity and route of infection make even more difficult to understand which host-dependent genetic factors influence the hepatitis C outcome. Aims: To investigate whether HLA alleles are associated with clearance of HCV infection in a highly admixed Brazilian population. Methods: HLA-A, -B, -Cw, -DRB1 and DQB1 genotyping were performed in a Brazilian cohort of 135 HCV infected subjects among which 45 cleared HCV infection (cases) and 90 had persistent viral infection (controls). Controls were matched by sex, ethnicity (withes and non whites) and expected route of infection (high infectious dose or low infectious dose). P-values were corrected for multiple comparisons using Bonferronis correction. Results: We didnt identify any significant association between HLA alleles and the outcome of HCV infection of all ethnic population. However, a new protective association of HLA-DQB1*04 (p= 0,006; pc= 0,030) and a rarely described protective association of HLA-DRB1*08 (p= 0,004; pc= 0,048) were found only among whites, but not among non whites patients. The DRB1*11 allele, previously reported in homogeneous population, was associated with HCV clearance (p= 0,020) only among patients with expected high-dose exposure. Conclusion: We conclude that the immunogenetic basis for HCV clearance differs between ethnic groups and route of infection. Even in an ethnically complex population it is important to establish an ethnic classification to match patients and homogenize groups and to allow stratified analysis to identify different associations for each ethnicity.

Contexto: A suplementação de ácido fólico (AF) melhora a função endotelial de indivíduos infectados pelo HIV em uso contínuo de terapia antirretroviral (TARV). A literatura não demonstra com clareza esse benefício em indivíduos coinfectados HIV-HCV. Introdução: Indivíduos infectados pelo HIV ou em coinfecção pelo HIV-HCV apresentam um conjunto de fatores de risco que podem levar a disfunção endotelial. Estudos demonstram que a administração de AF possui efeitos benéficos sobre a função endotelial de diferentes populações com risco cardiovascular, inclusive em HIV monoinfectados. Objetivo: Determinar o efeito da suplementação de AF por quatro semanas sobre a dilatação mediada (FMD) pelo fluxo da artéria braquial em indivíduos infectados pelo HIV ou HIV-HCV em uso contínuo de TARV. Delineamento: Ensaio clínico randomizado (ECR), controlado por placebo. Local: Ambulatório de doenças infecciosas do Hospital Universitário de Santa Maria. População: Foram avaliados 69 indivíduos com idade entre 18-50 anos, de ambos os sexos, infectados pelo HIV com ou sem coinfecção pelo HCV, em TARV e com carga viral indetectável há mais de seis meses. Excluíram-se participantes com diabetes mellitus, infarto agudo do miocárdio, revascularização miocárdica, ou acidente vascular encefálico prévios, com creatinina >1,5 mg/dL, diagnóstico clínico, ecográfico, endoscópico ou laboratorial de cirrose hepática, em uso de estatinas, fibratos, terapia de reposição hormonal, sulfonamidas, suplementos vitamínicos, ou AF nos últimos 30 dias. Adicionalmente foram excluídas mulheres grávidas, e participantes de outro ECR. Intervenção: Indivíduos alocados para o grupo intervenção receberam AF, 5 mg, via oral, em dose única diária, pela manhã, durante quatro semanas. Os participantes alocados para grupo placebo receberam orientação para seguir a mesma posologia, sendo os comprimidos indistinguíveis em cor, aroma, sabor, forma e tamanho. Desfechos: Utilizaram-se as variações nos níveis de homocisteína, vitamina B12 e na FMD, aferida por Doppler, na artéria braquial, obtidos na randomização e ao final do seguimento. Resultados: Realizou-se o rastreamento de 239 participantes, sendo 72 elegíveis, 69 randomizados e 68 acompanhados, entre outubro de 2012 e julho de 2013. Em indivíduos infectados pelo HIV houve aumento significativo nos níveis de AF (12,8 ng/ml) no grupo intervenção em comparação ao placebo (P<0,001), acompanhada de variação negativa de homocisteína (-1,9 umol/l) no grupo intervenção e aumento mínimo no grupo placebo (P<0,001). Não houve variação significativa na FMD (P=0,9). Entre indivíduos coinfectados por HIV-HCV, a variação nos níveis de AF foi decorrente da elevação no grupo intervenção (12,6 ng/ml) e redução no grupo placebo (-0,7 ng/ml) (P<0,001). Os níveis de homocisteína aumentaram no grupo placebo (4,6 umol/l) e diminuíram no grupo intervenção (-1,0 umol/l) (P<0,0003). Em relação ao FMD, houve tendência à redução percentual no grupo intervenção e aumento no grupo placebo (P=0,007). As variações de vitamina B12 não foram significativas, independente do status de infecção para HCV. Conclusão: Esse estudo demonstrou que a suplementação de AF por um curto período de tempo, esteve associada com redução de homocisteína sérica, mas não modificou a FMD da artéria braquial, aferida por Doppler, em indivíduos adultos infectados pelo HIV ou HIV-HCV em uso de TARV. / Context: The supplementation of folic acid (FA) improves endothelial function in HIV-infected individuals in continuous use of highly active antiretroviral therapy (HAART). The literature does not clearly show this benefit in coinfected HIV-HCV. Introduction: Individuals infected with HIV or HIV-HCV coinfected presents a set of risk factors that can lead to endothelial dysfunction. Studies show that FA management has beneficial effects on endothelial function in different populations with cardiovascular risk, including HIV monoinfected. Objective: To determine the effect of FA supplementation for four weeks on the mediated dilation (FMD) by brachial artery flow in patients infected with HIV or HIV-HCV continuous HAART. Design: Randomized clinical trial (RCT), placebo-controlled study. Location: Division of Infectious Diseases, University Hospital of Santa Maria. Population: A total of 69 subjects aged 18-50 years, of both sex, HIV or HIV-HCV infected, on HAART, with undetectable viral load for more than six months. Patients presenting with diabetes mellitus, acute myocardial infarction, coronary revascularization, or stroke prior, with creatinine >1,5 mg/dL, clinical diagnosis, ultrasound, endoscopic or laboratory evidence of liver cirrhosis, on statins, fibrates, hormone replacement therapy, sulfonamides, vitamin supplements, or FA in the last 30 days. In addition pregnant women were excluded, and participants in a RCT. Intervention: Subjects allocated to the intervention group received FA, 5 mg orally once daily in the morning for four weeks. Participants allocated to placebo group were instructed to follow the same dosage, being indistinguishable tablets in color, aroma, taste, shape and size. Outcomes: changes were used in the levels of homocysteine, vitamin B12 and FMD, measured by Doppler, in the brachial artery obtained at randomization and at the end of follow-up. Results: We carried out the screening of 239 participants, 72 eligible, 69 randomized and 68 accompanied, between October 2012 and July 2013. In HIV-infected patients there was a significant increase in the levels of FA (12.8 ng/ml) in the intervention group compared to placebo (P <0.001), accompanied by negative variation of homocysteine (1.9 umol/L) in the group intervention and minimal increase in the placebo group (P <0.001). There was no significant change in FMD (P = 0.9). Between individuals coinfected with HIV-HCV, the variation in FA levels was due to the increase in the intervention group (12.6 ng/ml) and reduction in the placebo group (-0.7 ng / ml) (P <0.001). Homocysteine levels increased in the placebo group (4.6 umol/L) and decreased in the intervention group (-1.0 umol/L) (P <0.0003). Regarding the FMD, there was a tendency to percentage reduction in the intervention group and increased in the placebo group (P = 0.007). Variations of B12 were not significant, independent of HCV infection status. Conclusion: This study showed that AF supplementation for a short term, was associated with reduced serum homocysteine, but did not change the FMD of the brachial artery, measured by Doppler in adults infected with HIV or HIV-HCV in HAART.

Contexto: A suplementação de ácido fólico (AF) melhora a função endotelial de indivíduos infectados pelo HIV em uso contínuo de terapia antirretroviral (TARV). A literatura não demonstra com clareza esse benefício em indivíduos coinfectados HIV-HCV. Introdução: Indivíduos infectados pelo HIV ou em coinfecção pelo HIV-HCV apresentam um conjunto de fatores de risco que podem levar a disfunção endotelial. Estudos demonstram que a administração de AF possui efeitos benéficos sobre a função endotelial de diferentes populações com risco cardiovascular, inclusive em HIV monoinfectados. Objetivo: Determinar o efeito da suplementação de AF por quatro semanas sobre a dilatação mediada (FMD) pelo fluxo da artéria braquial em indivíduos infectados pelo HIV ou HIV-HCV em uso contínuo de TARV. Delineamento: Ensaio clínico randomizado (ECR), controlado por placebo. Local: Ambulatório de doenças infecciosas do Hospital Universitário de Santa Maria. População: Foram avaliados 69 indivíduos com idade entre 18-50 anos, de ambos os sexos, infectados pelo HIV com ou sem coinfecção pelo HCV, em TARV e com carga viral indetectável há mais de seis meses. Excluíram-se participantes com diabetes mellitus, infarto agudo do miocárdio, revascularização miocárdica, ou acidente vascular encefálico prévios, com creatinina >1,5 mg/dL, diagnóstico clínico, ecográfico, endoscópico ou laboratorial de cirrose hepática, em uso de estatinas, fibratos, terapia de reposição hormonal, sulfonamidas, suplementos vitamínicos, ou AF nos últimos 30 dias. Adicionalmente foram excluídas mulheres grávidas, e participantes de outro ECR. Intervenção: Indivíduos alocados para o grupo intervenção receberam AF, 5 mg, via oral, em dose única diária, pela manhã, durante quatro semanas. Os participantes alocados para grupo placebo receberam orientação para seguir a mesma posologia, sendo os comprimidos indistinguíveis em cor, aroma, sabor, forma e tamanho. Desfechos: Utilizaram-se as variações nos níveis de homocisteína, vitamina B12 e na FMD, aferida por Doppler, na artéria braquial, obtidos na randomização e ao final do seguimento. Resultados: Realizou-se o rastreamento de 239 participantes, sendo 72 elegíveis, 69 randomizados e 68 acompanhados, entre outubro de 2012 e julho de 2013. Em indivíduos infectados pelo HIV houve aumento significativo nos níveis de AF (12,8 ng/ml) no grupo intervenção em comparação ao placebo (P<0,001), acompanhada de variação negativa de homocisteína (-1,9 umol/l) no grupo intervenção e aumento mínimo no grupo placebo (P<0,001). Não houve variação significativa na FMD (P=0,9). Entre indivíduos coinfectados por HIV-HCV, a variação nos níveis de AF foi decorrente da elevação no grupo intervenção (12,6 ng/ml) e redução no grupo placebo (-0,7 ng/ml) (P<0,001). Os níveis de homocisteína aumentaram no grupo placebo (4,6 umol/l) e diminuíram no grupo intervenção (-1,0 umol/l) (P<0,0003). Em relação ao FMD, houve tendência à redução percentual no grupo intervenção e aumento no grupo placebo (P=0,007). As variações de vitamina B12 não foram significativas, independente do status de infecção para HCV. Conclusão: Esse estudo demonstrou que a suplementação de AF por um curto período de tempo, esteve associada com redução de homocisteína sérica, mas não modificou a FMD da artéria braquial, aferida por Doppler, em indivíduos adultos infectados pelo HIV ou HIV-HCV em uso de TARV. / Context: The supplementation of folic acid (FA) improves endothelial function in HIV-infected individuals in continuous use of highly active antiretroviral therapy (HAART). The literature does not clearly show this benefit in coinfected HIV-HCV. Introduction: Individuals infected with HIV or HIV-HCV coinfected presents a set of risk factors that can lead to endothelial dysfunction. Studies show that FA management has beneficial effects on endothelial function in different populations with cardiovascular risk, including HIV monoinfected. Objective: To determine the effect of FA supplementation for four weeks on the mediated dilation (FMD) by brachial artery flow in patients infected with HIV or HIV-HCV continuous HAART. Design: Randomized clinical trial (RCT), placebo-controlled study. Location: Division of Infectious Diseases, University Hospital of Santa Maria. Population: A total of 69 subjects aged 18-50 years, of both sex, HIV or HIV-HCV infected, on HAART, with undetectable viral load for more than six months. Patients presenting with diabetes mellitus, acute myocardial infarction, coronary revascularization, or stroke prior, with creatinine >1,5 mg/dL, clinical diagnosis, ultrasound, endoscopic or laboratory evidence of liver cirrhosis, on statins, fibrates, hormone replacement therapy, sulfonamides, vitamin supplements, or FA in the last 30 days. In addition pregnant women were excluded, and participants in a RCT. Intervention: Subjects allocated to the intervention group received FA, 5 mg orally once daily in the morning for four weeks. Participants allocated to placebo group were instructed to follow the same dosage, being indistinguishable tablets in color, aroma, taste, shape and size. Outcomes: changes were used in the levels of homocysteine, vitamin B12 and FMD, measured by Doppler, in the brachial artery obtained at randomization and at the end of follow-up. Results: We carried out the screening of 239 participants, 72 eligible, 69 randomized and 68 accompanied, between October 2012 and July 2013. In HIV-infected patients there was a significant increase in the levels of FA (12.8 ng/ml) in the intervention group compared to placebo (P <0.001), accompanied by negative variation of homocysteine (1.9 umol/L) in the group intervention and minimal increase in the placebo group (P <0.001). There was no significant change in FMD (P = 0.9). Between individuals coinfected with HIV-HCV, the variation in FA levels was due to the increase in the intervention group (12.6 ng/ml) and reduction in the placebo group (-0.7 ng / ml) (P <0.001). Homocysteine levels increased in the placebo group (4.6 umol/L) and decreased in the intervention group (-1.0 umol/L) (P <0.0003). Regarding the FMD, there was a tendency to percentage reduction in the intervention group and increased in the placebo group (P = 0.007). Variations of B12 were not significant, independent of HCV infection status. Conclusion: This study showed that AF supplementation for a short term, was associated with reduced serum homocysteine, but did not change the FMD of the brachial artery, measured by Doppler in adults infected with HIV or HIV-HCV in HAART.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-10-20T18:58:59Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thais Augusto Marinho - 2012.pdf: 1266028 bytes, checksum: cd93decbadceaf3e44ca429c0702442e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-10-20T20:08:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thais Augusto Marinho - 2012.pdf: 1266028 bytes, checksum: cd93decbadceaf3e44ca429c0702442e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-20T20:08:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thais Augusto Marinho - 2012.pdf: 1266028 bytes, checksum: cd93decbadceaf3e44ca429c0702442e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Hepatitis C represents an important public health problem. Although acute hepatitis C virus (HCV) infection is often asymptomatic, 50 to 85% of these cases progress to chronic disease, and can lead to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Accidents involving contaminated sharps occur in recyclable waste collectors as a result of contact with glass, ferrous sharp, needles and syringes, demonstrating, thus, the increased risk of these professionals in acquiring infections by the parenteral route, such as hepatitis C. There is currently very little data on HCV infection among recyclable waste collectors. This study aimed to investigate the epidemiological and molecular profile of the hepatitis C virus infection among recyclable waste collectors in Goiânia, Goiás. A total of 431individuals were interviewed for socio-demographic characteristics and risk factors for HCV infection. Blood samples were collected and sera were tested for the presence of antibodies to HCV (anti-HCV) using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and immunoblot. All samples were submitted to HCV RNA detection by polymerase chain reaction (PCR) with primers complementary to the conserved area of the 5’ non-coding (NC) region of HCV. Positive HCV RNA samples were genotyped by direct sequencing analysis of the NS5B region of viral genome, followed by phylogenetic analysis. The HCV infection prevalence was 1.6% (95% CI: 0.6-3.6) in recyclable waste collectors in Goiânia-GO. In a multivariate analysis, history of sexually transmitted disease was independently associated with this infection, while the variables history of blood transfusion and number of sexual partners showed an association with a borderline P value (p = 0.05 and p = 0.07, respectively). Viral RNA was detected in five of the seven anti-HCV positive samples, and the genotype 1, subtypes 1a (n = 1), 1b (n = 2) and 1a/1b (n = 2) were identified in the study population. Although the HCV infection prevalence found among recyclable waste collectors in Goiânia-GO is similar to that observed in local blood donors (1.4%), this population is in risk to HCV by sexual and parenteral transmission. / A hepatite C representa um importante problema de saúde pública. Apesar da infecção aguda pelo vírus da hepatite C (HCV) ser geralmente assintomática, 50 a 85% dos casos evoluem para cronicidade, podendo desenvolver cirrose hepática e carcinoma hepatocelular. Acidentes com objetos perfurocortantes contaminados podem ocorrer em catadores de materiais recicláveis como consequência do contato com vidros, materiais ferrosos pontiagudos, agulhas e seringas, evidenciando-se, assim, o risco aumentado desses profissionais em adquirir infecções por via parenteral, como a hepatite C. São escassos os trabalhos sobre a infecção pelo HCV em catadores de materiais recicláveis. O presente estudo teve como objetivo investigar o perfil soroepidemiológico e molecular da infecção pelo vírus da hepatite C em catadores de materiais recicláveis em Goiânia, Goiás. Um total de 431 indivíduos foi entrevistado sobre características sociodemográficas e fatores de risco para infecção pelo HCV. Amostras de sangue foram coletadas e os soros testados para detecção de anticorpos para o HCV (anti- HCV), por ensaio imunoenzimático (ELISA) e immunoblot. Todas as amostras foram submetidas à detecção do RNA viral por reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores complementares as região 5’ não codificante (NC) do HCV. As amostras RNA-HCV positivas foram genotipadas por sequenciamento direto da região NS5B do genoma viral, seguido de análise filogenética. A prevalência da infecção pelo HCV em catadores de materiais recicláveis em Goiânia-GO foi de 1,6% (IC 95%: 0,6–3,6). Pela análise multivariada, história de doença sexualmente transmissível foi independentemente associada a esta infecção, enquanto as variáveis história de transfusão e número de parceiros sexuais apresentaram associação marginal (p = 0,05 e p = 0,07, respectivamente). O RNA viral foi detectado em cinco das sete amostras anti- HCV positivas, sendo identificado o genótipo 1, subtipos 1a (n=1), 1b (n=2) e 1a/1b (n=2) na população estudada. Apesar da prevalência da infecção pelo HCV em catadores de materiais recicláveis em Goiânia-GO ser semelhante a observada previamente em doadores de sangue (1,4%), a referida população mostrou-se em risco transmissão sexual e parenteral do HCV.

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L’indoléamine-2,3-dioxygénase (IDO) est une enzyme du catabolisme du tryptophane suspectée de jouer un double rôle lors des infections en contribuant aux défenses innées de l’hôte et en régulant la réponse immunitaire. IDO est exprimée au cours de l’infection par le virus de l’hépatite C (VHC). Cependant, les mécanismes moléculaires conduisant à l’expression de IDO lors de l’hépatite C et l’impact de IDO sur la réplication virale et sur la réponse immunitaire ne sont pas connus. Dans ce travail de thèse, nous avons montré que le VHC stimule l’expression de IDO dans les hépatocytes.L’expression de IDO était transitoire et coïncidait avec l’expression des interférons (IFNs) de types I et III et avec la transcription de gènes stimulés par les IFNs. L’expression de IDO était également augmentée dans les hépatocytes exposés à la présence de lymphocytes T CD4+ activés et producteurs d’IFN-γ. L’expression hépatique de IDO diminuait la réplication virale, ce qui suggère que IDO limite la diffusion du VHC dans le foie au cours de l’hépatite C. Grâce à des expériences de silencing, nous avons montré que IDO contribue à l’effet antiviral de l’IFN-α sur le VHC. L’expression de IDO était régulée par l’activation des facteurs de transcription IRF-1 et STAT-1 dans les hépatocytes infectés par le VHC. En plus de son effet antiviral sur le VHC, l’expression hépatique de IDO inhibait significativement la prolifération des lymphocytes T CD4+ activés, suggérant un rôle immunorégulateur de IDO au cours de l’hépatite C. Nos données suggèrent donc que IDO joue un double jeu lors de l’hépatite C, en limitant la réplication virale et en régulant la réponse immunitaire adaptative de l’hôte. Notre travail ouvre la voie à des expérimentations in vivo et à des études cliniques visant à préciser la place des inhibiteurs pharmacologiques de IDO dans l’arsenal thérapeutique contre le VHC. / Indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO) is a tryptophan-catabolizing enzyme that plays a dual role during infectious diseases by contributing to the innate defenses against pathogens and by regulating the immune response. IDO is expressed in patients with hepatitis C virus (HCV) infection. However, the molecular mechanism of IDO induction in HCV infection and its role in the antiviral immune response remain unknown. Using primary human hepatocytes, we have shown that HCV infection stimulates IDO expression. IDO gene induction was transient and coincided with the expression of type I and type III interferons (IFNs) and IFN-stimulated genes (ISGs) in HCV-infected hepatocytes. IDO expression was also stimulated when the hepatocytes were incubated with IFN-γ-secreting CD4+ T cells. Expression of IDO prior to HCV infection significantly impaired HCV replication in hepatocytes, suggesting that IDO limits the spread of HCV in the liver. By using siRNA-mediated IDO knockdown experiments, we have shown that IDO contributes to the IFN-α-antiviral effect on HCV replication. IDO expression was regulated by IRF-1 and STAT-1 in HCV-infected hepatocytes. Hepatic IDO expression also had a significant inhibitory effect on CD4+ T cell proliferation, suggesting an immunoregulatory role of IDO during HCV infection. Our data suggest that hepatic IDO plays a dual role during HCV infection by retarding viral replication and also regulating host immune responses. This work paves the way for in vivo experiments and clinical studies aiming to determine the relevance of pharmacological inhibition of IDO during HCV infection.

Infectant près de 185 millions d’individus dans le monde, le virus de l’hépatite C (VHC) est une cause importante d’hépatite virale chronique, qui mène éventuellement à la cirrhose et au carcinome hépatocellulaire. Dans les pays développés, la principale cause d’infection chez les enfants est la transmission de la mère à l’enfant (TME) durant la grossesse ou lors de l’accouchement et qui se produit dans <10% des cas. L’évolution de l’hépatite C lors de la grossesse est mal comprise, on observe une augmentation de la charge virale au 3e trimestre de la grossesse qui redescend suite à l’accouchement. Cette diminution s’accompagne d’une augmentation significative des marqueurs sériques d’inflammation du foie et d’une détérioration de la fonction hépatique chez une proportion importante des femmes infectées. Le développement de modèles de culture in vitro a permis de reconnaître l’implication de la réponse humorale neutralisante anti-VHC dans la progression clinique de l’hépatite C. Par contre, l’impact des anticorps (AC) neutralisants et non-neutralisants dans la pathologie de l’hépatite C en grossesse reste un sujet peu étudié. Dans cette étude, nous avons mis en évidence que la pression sélective exercée par les réponses neutralisantes anti-VHC menait à une diversification de la quasiespèce du VHC chez les femmes mono-infectées ou co-infectées par le VIH. Cette diversification est associée à une fréquence réduite de TME et à des niveaux d’inflammation hépatique plus faible chez les patientes mono-infectées uniquement. Chez les patientes co-infectées, la diversification de la quasiespèce et la présence de réponses neutralisantes ne suffisent pas à diminuer les risques de TME. Nous proposons également un rôle pour les anticorps (AC) non-neutralisants dans l’exacerbation de l’inflammation hépatique chez les femmes ne présentant pas de réponses neutralisantes anti-VHC. Cette inflammation pourrait être reliée à la cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC), dont le rôle dans le contrôle de la virémie reste à déterminer. Les différentes avenues entreprises afin d’élaborer un essai permettant de quantifier la réponse ADCC spécifique au VHC seront exposées dans cet ouvrage. Cette étude a ainsi contribué à mieux comprendre le rôle des réponses humorales neutralisantes et l’implication probable de l’ADCC dans la pathogénèse de l’hépatite C en grossesse. / Almost 185 million people worldwide are infected with hepatitis C virus (HCV) and are at risk of developing cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In developed countries, the major cause of infection in children is mother-to-child transmission (MTCT), which occurs in <10% of cases during pregnancy or at delivery. For reasons that remain poorly understood, HCV viral load increases in the third trimester of gestation and decreases following delivery. This situation is often followed by elevated serum markers of liver inflammation and by an exacerbation of hepatic pathology in an important fraction of infected women. The development of in vitro culture models enabled the recognition of the implication of humoral immune responses in the clinical evolution of hepatitis C. Nonetheless, the impact of neutralizing antibodies (AB) and non-neutralizing AB in the pathology of hepatitis C in pregnancy has been under-investigated. In this study, we report evidence that the selective pressure exerted by the neutralizing responses against HCV is responsible for the diversification of HCV quasispecies in HCV mono-infected women and women co-infected with HCV and HIV. This diversification was associated with a reduced frequence of MTCT and with reduced hepatic inflammation in mono-infected patients only. In co-infected patients, quasispecies diversification and the presence of neutralizing antibodies are not sufficient to reduce the risk of MTCT. We also propose a role for non-neutralizing AB in the exacerbation of hepatic inflammation in women without neutralizing activity against HCV. The elevated hepatic inflammation could be linked to the antibody dependent cellular cytotoxicity (ADCC), the role of which has yet to be defined in the control of HCV viremia. In the aim of elaborating a quantitative assay to measure ADCC specific for HCV, different approaches have been tested and will be presented in this monograph. This study has contributed to a better understanding of the role of neutralizing humoral responses and the likely implication of ADCC in the pathogenesis of hepatitis C in pregnancy.