Introdução: Resistência aos antirretrovirais pode limitar opções de tratamento, principalmente em pacientes com acúmulo de falhas terapêuticas, o que pode comprometer resultados clínicos. Objetivos: caracterizar o perfil de mutações na transcriptase reversa e protease do HIV-1 de pacientes em falha ao tratamento. Secundariamente, avaliar associação entre mutações e número de falhas terapêuticas, associação entre mutações e subtipos do HIV-1 e apresentar a evolução temporal da prevalência dos subtipos do HIV-1, no estado do Pará, ao Norte do Brasil. Método: Estudo transversal, no qual se avaliam genotipagens, entre janeiro de 2004 a dezembro de 2013, com dados obtidos de formulário de solicitação do exame padronizado pela RENAGENO e de impressos dos resultados, ambos arquivados em quatro serviços de atendimento especializados. Foram incluídos os testes realizados por laboratório da RENAGENO, em maiores de 18 anos, e o primeiro exame daqueles que o realizaram em mais de um momento, totalizando 377 amostras. As mutações são descritas de acordo com o banco de dados de resistência do HIV da Universidade de Stanford (http://hivdb.stanford.edu), estimam-se suas prevalências e avaliam-se mutações de resistência de acordo com o número de falhas no momento da genotipagem, bem como diferenças de mutações entre subtipos B e não-B do HIV-1. Resultados: A mutação M184V foi a mais prevalente (80,1%), seguida da K130N (40,6%) e TAM. Em pacientes multiexperimentados previamente à genotipagem, resistência a ZDV, d4T e TDF foi associada às mutações M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q e T69D; bem como resistência a todos os IP/r associou-se às mutações principais M46I, V82A, L90M, I54V, I84V, M46L e L76V. O subtipo B é o predominante no Pará (90,7%) e diferenças de prevalência de mutações entre subtipos ocorreram entre as mutações L63P e A71T versus subtipo B, enquanto as mutações L76V, M36I, K20R, L10V, L89M e F53L associaram-se ao subtipo não-B. Conclusão: A seleção de mutações de resistência do HIV-1 relacionada aos antirretrovirais é similar ao descrito em literatura. O acúmulo de falhas ao tratamento favorece a emergência de mutações, o que reforça o monitoramento de falha virológica, seguida de genotipagem para minimizar o impacto de resistência. Estudos adicionais de epidemiologia molecular são necessários para avaliar melhor a questão da prevalência de subtipos de HIV-1 no estado e possíveis associações com mutações de resistência do HIV-1. / Introduction: Resistance to antiretroviral treatment can limit treatment options, especially in patients with accumulation of therapeutic failures, which may compromise clinical outcomes. Objectives: characterizing the profile of mutations in the protease and reverse transcriptase of HIV-1 patients in the treatment failure. Secondarily to evaluate the association between mutations and the number of treatment failures, association between mutations and subtypes of HIV-1 and present the temporal evolution of the prevalence of subtypes of HIV-1 in the state of Pará in northern Brazil. Method: cross-sectional study in which genotyping is evaluated between January, 2004 and December, 2013 with data obtained from the standardized application form for the examination RENAGENO and printed the results, both filed in four specialty care services. We included those by laboratory RENAGENO in 18 years and the first examination in those who underwent more than one time, totaling 377 samples. Mutations are described according to the database of HIV resistance at Stanford University (http://hivdb.stanford.edu), estimated their prevalence and resistance is evaluated according to the number of failures at the time of genotyping as well as differences between mutations and subtype B and non-B HIV-1. Results: The M184V mutation was the most prevalent (80.1%), followed by K130N (40.6%) and TAM. In patients who received at least three treatments prior to genotyping, resistance to ZDV, d4T and TDF was associated with mutations M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q and T69D; well as resistance to all PI / r was associated with the major mutations M46I, V82A, L90M, I54V, I84V M46L and L76V. HIV-1 subtype B was the most prevalent (90.7%) and there were differences between subtypes B versus mutations: L63P and A71T were more frequent in the subtype B, whereas mutations L76V, K20R, L10V, L89M and F53L were in non-B subtypes. Conclusion: The selection of resistance mutations in HIV-1 related to antiretroviral is similar to that described in the literature. The accumulation of failures to treatment favors the emergence of mutations, reinforcing the monitoring and evaluation of virologic failure by genotyping to minimize the impact resistance. Additional molecular epidemiological studies are needed to better assess the issue of prevalence of subtypes of HIV-1 in the state and possible associations with resistance mutations in HIV-1.

xii, 107 p. : ill. (some col.) A print copy of this thesis is available through the UO Libraries. Search the library catalog for the location and call number. / Non-muscle myosin II generates contractile forces for processes such as cytokinesis, motility, and polarity. Contractility requires assembly of myosin molecules into bipolar mini-filaments through electrostatic interactions between coiled-coil tail domains of the heavy chains. Analyses of myosin II from various organisms have revealed "assembly domains" within the C-terminal portion of the tail domain that mediate filament formation. However, it has been unclear precisely how assembly domains interact with one another, or otherwise contribute to tail-tail interactions, to form the bipolar mini-filament structure. To understand tail domain interactions, we first identified a 90-residue region (1849-1940) of the Drosophila non-muscle myosin II tail domain that was necessary and sufficient for filament formation, using salt-dependent solubility and a novel fluorescence energy transfer assay. We identified residues within this "assembly domain" that were critical for filament assembly by analyzing the effect of point mutations. We found that single point mutations in specific positively charged regions completely disrupt filament assembly. Surprisingly, none of the negatively charged regions within the assembly domain are required for assembly. Most of the mutations in positively charged residues that disrupted filament assembly clustered within a 15-residue segment (1880-1894) that appears to form a critical interaction surface. Using this information, along with known geometrical constraints and electrostatic calculations, we constructed a structural model of the bipolar mini-filament. This model features one favored anti-parallel tail overlap and multiple slightly less stable alternative overlaps. The ability of the positive segment to interact with multiple negative regions explains the lack of required negatively charged residues in the assembly domain. To our knowledge, this structural model of the non- muscle myosin II bipolar filament is consistent with all physical observations and provides a framework for understanding the detailed mechanism by which this fundamental cellular structure is generated. This dissertation contains previously published and unpublished co-authored material. / Committee in charge: Tom Stevens, Chairperson, Chemistry; Kenneth Prehoda, Advisor, Chemistry; J. Andrew Berglund, Member, Chemistry; Christopher Doe, Member, Biology; Karen Guillemin, Outside Member, Biology

Submitted by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-06-28T17:57:16Z No. of bitstreams: 1 cp076202.pdf: 353215 bytes, checksum: 02f0b3e82f46b91b291d72431aa09667 (MD5) / Approved for entry into archive by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-06-28T17:57:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cp076202.pdf: 353215 bytes, checksum: 02f0b3e82f46b91b291d72431aa09667 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T17:57:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cp076202.pdf: 353215 bytes, checksum: 02f0b3e82f46b91b291d72431aa09667 (MD5) Previous issue date: 2008

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-28. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:28Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00284.pdf: 1210351 bytes, checksum: 9468c9b00f4f6d4853d0e556a03096c4 (MD5) / Introdução: a falha ao HAART torna importante o desenvolvimento de novos fármacos que alvejam diferentes passos do ciclo de vida do HIV-1. O Enfuvirtide (T20) é um peptídeo sintético que mimetiza a região HR2 da gp41 do HIV-1, impedindo sua fusão e entrada na célula hospedeira. A presença de mutações de resistência primária ao T20 pode levar a falta de resposta virológica sustentada (RVS) em indivíduos em falha terapêutica ao HAART. Objetivos: genotipar a gp41 do HIV-1 de indivíduos considerados respondedores e não respondedores ao T20; verificar se a presença de mutações de resistência primária poderia interferir na RVS; correlacionar o status RVS com aspectos virais, imunológicos e tropismo. Metodologia: DNA genômico do baseline (antes do tratamento), 6 e 12 meses após o tratamento com T20, foi purificado utilizando QIAamp DNA Mini kit (Qiagen®, Valencia, Califórnia, USA). Todos pacientes receberam terapia otimizada mais T20 no inicio. 506 pb referentes as regiões HR1 e HR2 da gp41 foram amplificados por PCR “nested”. A PCR “nested” da região V3 para estudo do tropismo viral amplificou 654 pb. A PCR foi purificada utilizando Montage® PCR Centrifugal Filter Devises (Millipore®). As PCRs purificadas das regiões V3 e gp41 foram sequenciadas no ABI Prism 3130 Genetic Analyser (Applied Biosystems, Ca, USA) com o kit comercial BigDye® Terminator Cycle Sequencing versão 3.1 (Applied Biossystems, Foster City. Califórnia, USA). Iniciadores da segunda etapa da PCR “nested” foram utilizados para sequenciar. Resultados: sete indivíduos apresentavam um perfil de resposta ao T20 por 12 meses, 4 por pelo menos 6 meses e dois não responderam entre 6 e 12 meses. A média de idade foi de 44,92 ± 5,39, sendo 46,16% do sexo feminino e 53,84% do masculino. Dos 13 pacientes analisados, 12 pertencem ao subtipo B e 1 ao F1. Oito pacientes apresentaram o correceptor R5 e cinco o X4. Não foram encontradas mutações nas posições 36 a 45 da HR1 em 12 meses. Tivemos a N42S, que é responsável pela diminuição da susceptibilidade ao T20. De um total de 59 aminoácidos analisados na HR1, observamos 18,64% de trocas e na região HR2, 38,88%. Na HR1 no período de 8 meses ou mais em relação ao baseline, não encontramos modificações nas posições 36 a 45. De um total de 59 aminoácidos analisados, observamos 15,25% de trocas e na HR2, 36,11%. Verificamos a E137K sem a presença da N43D, que causou resistência. Verificamos a S138T como mutação de primaria com persistência de 12 meses sem a N43D e a falta de resposta ao tratamento. Na contagem de T CD4+, não encontramos diferença estatística entre as médias dos diferentes grupos (ANOVA – p=0,1). As cargas virais após 6 meses foram indetectáveis (<50 copias/mL) em 69,23% dos pacientes. Houve queda de carga viral do baseline para 6 meses (p=0.034), assim como para 6 meses e 8 meses ou mais. O uso do medicamento teve interferência significativa quando comparados o baseline e 6 meses (p=0.004) e entre o baseline e 12 meses (p=0.022), mas entre 6 e 12 meses a interferência não foi significativa, mostrando que após 6 meses ela permanece sustentada. Entre as variáveis, indivíduos respondedores e genótipo R5 houve alto valor de similaridade (76.98). Ocorreu agrupamento entre as duas amostras dos respondedores com genótipo X4 com as mutações 306, 311 e 320, que o caracterizam. Discussão: em relação ao tropismo, 38,47% dos pacientes que estudamos apresentaram correceptor X4 após alguns anos de infecção e múltiplos esquemas HAART. Este resultado mostra concordância com a literatura, que descreve uma taxa média de 50%. A N42S, observada em nosso estudo é relacionada com diminuição da susceptibilidade da droga. Apesar disso, somente um dos pacientes não respondeu ao tratamento, não obtendo ganho imunológico. Conclusão: o tropismo dos vírus HIV-1 na maioria dos indivíduos que responderam ao T20 está fortemente associado com o R5, que não causa progressão rápida. A presença da S138T foi suficiente para a falta de resposta ao T20, sem associação com a N43D. Mostramos evidente RVS e recuperação imunológica com o T20, mas que não foi suficiente para retirar estes indivíduos do risco de doenças oportunistas. Nosso estudo evidenciou a importância de iniciar o resgate quando a contagem de linfócitos T CD4+ está acima de 200 células/mm3. / Introduction: the failure to HAART becomes important to development of new drugs that target different steps of the life cycle of HIV-1. The Enfuvirtide (T20) is a synthetic peptide that mimics the HR2 region of gp41 of HIV-1, preventing its fusion and entry into the host cell. The presence of primary resistance mutations to T20 can lead to lack of sustained virologic response (SVR) in people in the HAART failure. Objectives: to genotype the gp41 of HIV-1 subjects considered responders and nonresponders to T20; verify the presence of primary resistance mutations could influence the SVR, SVR status correlate with aspects of viral, immunological and tropism. Methodology: genomic DNA from baseline (before treatment), 6 and 12 months after treatment with T20, was purified using QIAamp DNA Mini kit (Qiagen ®, Valencia, California, USA). All patients received optimal therapy more T20 at the beginning. 506 bp referring to the HR1 and HR2 regions of gp41 were amplified by PCR nested. PCR nested the V3 region to study viral tropism amplified 654 bp. The PCR was purified using Montage ® PCR Centrifugal Filter Devises (Millipore ®). The PCRs of purified V3 and gp41 regions were sequenced in ABI Prism 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, CA, USA) with commercial kit BigDye ® Terminator Cycle Sequencing version 3.1 (Applied Biossystems, Foster City. California, USA). Initiators of the second stage of PCR nested were used for sequencing. Results: seven patients had a higher response to T20 for 12 months, 4 for at least 6 months and two did not respond between 6 and 12 months. The average age was 44.92 ± 5.39, and 46.16% female and 53.84% male. Of the 13 patients analyzed, 12 belong to subtype B and 1 to F1. Eight patients had the coreceptor R5 and five the X4. There were no mutations at positions 36 to 45 of HR1 in 12 months. We acquired the N42S, which is responsible for decreased susceptibility to T20. From a total of 59 amino acids analyzed in HR1, we observed 18.64% of change and in HR2 region, 38.88%. In HR1 within 8 months or more compared to the baseline, we found no changes in positions 36 to 45. From a total of 59 amino acids analyzed, we observed 15.25% of change and in HR2, 36.11%. We checked the E137K without the presence of N43D, which caused resistance. We checked the S138T mutation as the primary persistence of 12 months without the N43D and the lack of response to treatment. On the count of CD4 + T cells, we found no statistical difference between the means of different groups (ANOVA - p = 0.1). The viral loads after 6 months were undetectable (<50 copies / mL) in 69.23% of patients. There was a decrease in viral load baseline to 6 months (p = 0.034) and for 6 months and 8 months or more. The use of the drug had significant interference when compared to baseline and 6 months (p = 0.004) and between baseline and 12 months (p = 0.022), but between 6 and 12 months the interference was not significant, showing that after 6 months it remains sustainable. Among the variables, responders and R5 genotype, there were high value of similarity (76.98). There was a grouping between the two samples of responders with X4 genotype with mutations 306, 311 and 320 which characterize it. Discussion: regarding tropism, 38.47% of the patients studied had correceptor X4 after a few years of infection and multiple HAART regimens. This result shows agreement with the literature, which describes an average rate of 50%. The N42S, observed in our study is associated with decreased drug susceptibility. However, only one patient did not respond to treatment, without increase of his immune. Conclusion: the tropism of HIV-1 in the majority of people who responded to the T20 is strongly associated with the R5, which causes rapid progression. The presence of S138T was sufficient for the lack of response to T20, but no association with N43D. It was clearly shown SVR and immune recovery with the T20, but that was not enough to remove these people from the risk of contracting opportunistic diseases. Our study showed the importance of starting the rescue when the count of CD4 + T cells are above 200 cells/mm3. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-07-13T11:47:34Z No. of bitstreams: 1 Taíse Lima de Oliveira Cerqueira Estudo... 2016.pdf: 4519247 bytes, checksum: 571b6a53cf6e9f3fb58c96cdf62cacb8 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-07-13T11:55:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Taíse Lima de Oliveira Cerqueira Estudo... 2016.pdf: 4519247 bytes, checksum: 571b6a53cf6e9f3fb58c96cdf62cacb8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-13T11:55:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Taíse Lima de Oliveira Cerqueira Estudo... 2016.pdf: 4519247 bytes, checksum: 571b6a53cf6e9f3fb58c96cdf62cacb8 (MD5) Previous issue date: 2016 / CNPq / FAPESB / Fundação Gonçalo Moniz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / INTRODUÇÃO: Hipotireoidismo Congênito (HC), é uma das doenças metabólicas mais comuns na infância com incidência de 1:3.000 a 1:4.000 recém-nascidos. Um grupo de doenças relacionadas às alterações no desenvolvimento da tireoide, denominadas disgenesias tireoidianas (DT), responsabiliza-se por aproximadamente 85% de todos os casos de HC, sendo sua patogênese pouco conhecida. OBJETIVOS: Geral: Caracterização clínica e genética de pacientes com HC diagnosticados com disgenesia tireoidiana. Específicos: 1. Caracterizar clínica dos indivíduos com HC em acompanhamento na APAE/Salvador (Associação de Pais e Amigos dos Excepcionais); 2. Avaliar a existência de associação entre malformações tireoidianas e malformações cardiacos; 3. Pesquisar polimorfismos e mutações nos genes candidatos: PAX8, TSH-R, NKX2.5 e HES1, em pacientes diagnosticados com disgenesia tireoidiana; 4. Pesquisar o gene TSH-R numa coorte de pacientes com HC diagnosticados no programa de triagem neonatal da França. METODOLOGIA: Até o ano de 2016, 1.188 crianças foram diagnosticadas com HC e 773 estão em acompanhamento. Duzentos e dezoito crianças confirmadas com HC foram caracterizadas clinicamente através de testes de função da tireoide (TT4 e TSH), ultrassonografia e cintilografia, seguidas de dosagem de tireoglobulina. Toda a região codificantes dos genes PAX8, TSH-R, NKX2.5 e HES1 incluindo íntrons e éxons foram amplificados a partir do DNA genômico através da PCR (Reação em cadeia da Polimerase) utilizando-se técnicas padrão seguida de Sequenciamento direto. RESULTADOS: Sessenta e três pacientes foram diagnosticados com DT e 155 com glândula tópica normal. Hipoplasia representou 33,4% dos casos de DT, agenesia 19%, ectopia 27% e hemiagenesia 20,6%. Altos concentrações de TSH no teste do pezinho foram detectados no grupo das agenesias seguido das hipoplasias. Na análise genética/molecular, 31 (49,2%) dos pacientes foram identificados com o polimorfismo p.D727E em heterozigose e 4 (6,4%) em homozigose, no gene TSH-R; 4/63 pacientes tiveram o polimorfismo p.P52T em heterozigose; 14/63 apresentaram a variante polimórfica p.N181N e 2/63 apresentaram a substituição sinônima conhecida p.L645L, todos no gene TSH-R. o polimorfismo p.Glu21 foi encontrado em 54% dos pacientes e p.Gln181 encontrado em 1 paciente no gene NKX2.5. Nenhuma alteração foi encontrada no gene HES1, bem como em PAX8. CONCLUSÕES: Este é o primeiro estudo realizado na população de HC no Estado da Bahia. Análises clínicas revelaram um padrão distinto entre os subgrupos da DT quando comparados com glândula normal; 6 polimorfismos já descritos foram encontrados em dois genes candidatos. Nenhuma mutação patogênica foi encontrada. A descrição fenotípica é essencial para a correta avaliação genética e os mecanismos nela implicados, além de utilizados para predição da gravidade do HC. A identificação de novos genes ou eventos moleculares que controlam a função tireoidiana pós-natal seria de grande utilidade no esclarecimento das DT. Palavras-chave: / INTRODUCTION: Congenital hypothyroidism (CH), is the most common metabolic diseases in childhood with incidence of 1: 3000-1: 4000 newborns. A group of diseases related to alterations in the development of the thyroid, called thyroid dysgenesis (TD), is responsible for approximated 85% of all HC cases, and the majority has unknown pathogenesis. OBJECTIVES: General: clinical and genetic characterization of CH patients diagnosed with TD. Specific: 1. CH clinical characterization in individuals followed at APAE/Salvador; 2. evaluating the association between thyroid abnormalities and other abnormalities or syndromes; 3. search polymorphisms and mutations in known candidate genes for TD: PAX8, TSH-R, NKX2.5 and HES1; 4. XX METHODS: Until the year 2016, 1.188 children were diagnosed for CH and 773 were actually follow in APAE-Salvador. A continuous series of 218 children with confirmed HC were characterized clinically through thyroid function tests (TT4 and TSH), thyroid ultrasound and scintigraphy, followed by serum thyroglobulin measurement. The entire coding region of the candidate genes (PAX8, TSH-R, NKX2.5 and HES1), including exon/intron boundaries, was amplified from genomic DNA by polymerase chain reaction (PCR) using standard techniques, followed by direct sequencing. Results: Sixty-three patients were diagnosed with DT and 155 with in situ thyroid gland (ISTG). Hypoplasia represented 33,4% of all cases of DT, agenesis (19%), ectopy (27%) and hemiagenesis (20,6%). The higher screening TSH levels was in the agenetic group followed by hypoplasia. In the genetic/molecular analysis, 31 (49,2%) patients were identified with a polymorphism of TSH-R gene (p.D727E); 4/63 patients had a heterozygous p.P52T; 14/63 patients showed p.N187N polymorphic variants of the gene; and 2/63 patients presented a known p.L645L synonimous substitution. The polymorphism p.Glu21was found in 54% of patients, and p.Gln181 found in only one patient in the NKX2.5 gene. None alteration was detected in HES1 gene. CONCLUSIONS: This is the first CH population-based study in State of Bahia, Brazil. Clinical analysis revealed distinct hormonal patterns in DT subgroup when compared with ISTG, with only 6 known polymorphisms identified in few cases of TD in TSH-R, PAX8, NKX2.5 and HES1 genes. No mutation was found in a candidate genes studied. A detailed description of phenotype might be essential to target the correct genetic and mechanism implicated, and useful to predict CH severity. The identification of additional genes or molecular events controlling early postnatal thyroid function would be helpful.

A Fibrose cística é uma doença autossômica recessiva que tipicamente se manifesta por doença pulmonar obstrutiva crônica, insuficiência exócrina do pâncreas e elevada concentração de eletrólitos no suor. É causada por mutações no gene Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator (CFTR). A disfunção da CFTR causa obstrução principalmente das vias aéreas e dos ductos pancreáticos. O curso e a gravidade da manifestação pulmonar não estão sempre diretamente relacionados ao genótipo especifico da CFTR, sugerindo uma forte ação de genes modificadores ou de variantes intragênicas, que podem influenciar na gravidade do fenótipo associado. Objetivo: Este estudo propôs caracterizar clínica e geneticamente uma amostra de pacientes com fibrose cística no Hospital Universitário João de Barros Barreto (Pará, Brasil) e estabelecer uma possível associação da variante p.M470V com a gravidade da doença respiratória. Metodologia: Um questionário clínico e epidemiológico foi aplicado para coleta de dados dos pacientes em dois momentos distintos. O DNA foi extraído e realizado seqüenciamento direto dos éxons: 11, 12, 18, 19, 21 e 22 utilizando sequenciador automático ABI Prism – 3130 (Applied Biosystems). Resultados: Foram coletados dados clínicos de 135 pacientes, porém o estudo genético só foi possível em 125 destes. A média de idade dos pacientes estudados foi de 15,44 ± 11,8 anos (mediana: 13 anos) e ao diagnóstico foi de 10,00 ± 9,6 anos (mediana: 7 anos), onde 56,3% eram do sexo masculino e 82,2% pardos. Ao diagnóstico 94,8% dos pacientes eram sintomáticos: respiratórios (92,6%), digestivos (34,9%) e 32,6% desnutridos. Pseudomonas aeruginosa (37,4%) e Staphylococcus aureus (49,63%) foram os microorganismos mais frequentes do trato respiratório. O éxon 11 foi o que apresentou uma maior prevalência de alterações patogênicas e não patogênicas. A frequência alélica da mutação p.F508del foi 14,8% e da p.M470V foi 56,4%. O estudo não demonstrou associação de p.M470V isoladamente com gravidade de doença respiratória, porém a mutação p.F508del mostrou associação com pior evolução radiológica e infecção por P aeruginosa. Conclusão: O estudo revelou um diagnóstico tardio nesta amostra, e não esclareceu o papel da variante p.M470V na evolução da doença respiratória da FC. / Cystic fibrosis is an autosomal recessive disease that typically manifests as chronic obstructive pulmonary disease, exocrine pancreatic insufficiency, and a high concentration of electrolytes in sweat caused by mutations in the gene Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator (CFTR). The dysfunction of CFTR causes obstruction, especially of the airways and pancreatic ducts. The course and severity of pulmonary manifestations are not always directly related to the specific CFTR genotype, suggesting a strong action of modifying genes and of intragenic variants, which may influence the severity of the associated phenotype. Objective: This study aimed to clinically and genetically characterize a sample of patients with cystic fibrosis in the Hospital Universitário João de Barros Barreto (Pará, Brazil) and establish a possible association of the variant p.M470V with the severity of respiratory disease. Methods: A clinical and epidemiological questionnaire was applied to collect data from patients two different times. DNA was extracted and direct sequencing of exons 11 , 12 , 18 , 19 , 21 and 22 was performed using an automated sequencer ABI Prism - 3130 (Applied Biosystems). Results: Clinical data of 135 patients were collected; however, the genetic study was only possible in 125 of these. The mean age of patients was 15.44 ± 11.8 years (median: 13 years) and, at diagnosis, was 10.00 ± 9.6 years (median: 7 years), where 56.3% were male, the majority brown (82.2%). At diagnosis 94.8% of patients were symptomatic: respiratory (92.6%) , digestive (34.9%) ,and 32.6% malnourished. Pseudomonas aeruginosa (37.4%) and Staphylococcus aureus (49.63%) were the most frequent microorganisms of the respiratory tract. Exon 11 accounted for the majority of the variants found. The allelic frequency of p.508del mutation was 14.8% and of p.M470V was 56.4%. The study showed no association of p.M470V with severity of respiratory disease, but the p.F508del mutation was associated with worsening radiological evolution and P aeruginosa infection. Conclusion: The study revealed a delayed diagnosis in this sample, and did not clarify the role of p.M470V in respiratory disease.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A doença de Parkinson (DP) é uma das desordens neurodegenerativas mais comuns associada ao envelhecimento, alcançando 2% aos 70 anos. É uma doença caracterizada pela degeneração progressiva de neurônios dopaminérgicos nigrais nos gânglios basais e pela presença de inclusões protéicas citoplasmáticas denominadas corpúsculos e neuritos de Lewy nos neurônios sobreviventes. A etiologia da DP é pouco conhecida, sendo considerada, na maioria dos casos, idiopática. Conhecimentos alcançados nos últimos 15 anos sobre a base genética da DP demonstram, claramente, que os fatores genéticos desempenham um importante papel na etiologia desta desordem. Neste trabalho, rastreamos mutações nos genes que codificam proteínas participantes de vias metabólicas mitocondriais (Parkin, PINK1 e DJ-1) em 136 pacientes brasileiros com manifestação precoce da DP, através do sequenciamento automático e da técnica de MLPA. Avaliamos a presença de variantes de sequência por meio do sequenciamento dos exons 1 a 12 do gene Parkin e dos exons 1 a 8 do gene PINK1. Em Parkin foram identificadas três mutações patogênicas ou potencialmente patogênicas, ambas em heterozigose: p.T240M, p.437L e p.S145N. Em PINK1 não encontramos variantes de ponto patogênicas. Através da técnica de MLPA investigamos alterações de dosagem nos genes Parkin, PINK1 e DJ-1. Identificamos cinco alterações no gene Parkin em quatro pacientes: uma duplicação heterozigota do exon 4 no paciente PAR2256, uma deleção heterozigota do exon 4 no probando PAR2099, uma deleção homozigota do exon 4 na paciente PAR3380 e um probando heterozigoto composto (PAR2396) com duas alterações, uma duplicação do exon 3 e uma deleção dos exons 5 e 6. No gene PINK1 identificamos uma deleção heterozigota do exon 1, que nunca foi descrita na literatura, em um paciente (PAR2083). Não encontramos alteração quantitativa no gene DJ-1. Neste estudo obtivemos uma frequência total de mutações patogênicas (pontuais e de dosagem) nos genes estudados de 7,3%, sendo 6,6% no gene Parkin e 0,7% no gene PINK1. / Parkinson's disease (PD) is one of the most common neurodegenerative disorders associated with aging, reaching 2% at age 70. It is a disease characterized by progressive degeneration of nigra dopaminergic neurons in the basal ganglia and the presence of cytoplasmic protein inclusions known as Lewy bodies and neurites in surviving neurons. The etiology of PD is poorly understood, being considered, in most cases, idiopathic. Knowledge achieved in the last 15 years about the genetic basis of PD clearly shows that genetic factors play an important role in the etiology of this disorder. In this study, we screened mutations in genes that encode proteins participating in mitochondrial metabolic pathways (Parkin, PINK1 and DJ-1) in 136 Brazilian patients with early onset PD, through automatic sequencing and MLPA technique. We evaluated the presence of sequence variants by means of sequencing of exons 1 to 12 of Parkin gene and exons 1 to 8 of PINK1 gene. In Parkin gene were identified three pathogenic or potentially pathogenic mutations, both in heterozygous state: p.T240M, p.437L e p.S145N. In PINK1 gene we did not find pathogenic point mutations. Through the MLPA technique we investigated dosage changes in Parkin, PINK1 and DJ-1 genes. We identified five exon rearrangements in Parkin gene in four patients: a heterozygous duplication of exon 4 in patient PAR2256, a heterozygous deletion of exon 4 in proband PAR2099, a homozygous deletion of exon 4 in patient PAR3380 and a compound heterozygote (PAR2396) with two changes, a duplication of exon 3 and a deletion of exons 5 and 6. In PINK1 gene we identified a heterozygous deletion of exon 1, which has never been described in literature, in one patient (PAR2083). We found no quantitative change in DJ-1 gene. In this study, we obtained an overall frequency of pathogenic mutations (sequence and dosage) in the genes studied of 7.3%, being 6.6% in Parkin gene and 0.7% in PINK1 gene.

A obra O vendedor de passados, do escritor angolano José Eduardo Agualusa, tem como enredo um homem que tem o estranho ofício de comercializar passados. Os clientes normalmente costumam procurá-lo por questões de ordem financeira e social, tendo os novos passados a função de apresentá-los melhor à sociedade. A trama ganha novos contornos com a chegada de um estrangeiro que se coloca á disposição do vendedor para que este lhe atribuísse a identidade que considerasse a melhor. Questões referentes à identidade e suas implicações emergem. O processo, que a princípio parecia simples, torna-se cada vez mais obscuro. A memória atua como um dos fatores de maior interferência no procedimento, atribuindo a ele maior complexidade. As experiências do indivíduo também sofrem mutações com o procedimento de compra. E por fim, a identidade do sujeito sofre modificações com a obtenção de um novo passado. Tais questões que surgem em decorrência do peculiar comércio de passados serão foco de estudo da presente dissertação / The book The book of chameleons, by the Angolan writer José Eduardo Agualusa, has as story a man who has the estrange job of selling pasts. The costumers generally use to look for him because of financial and social issues, the new pasts have the function of introduce them better for the society. The story obtains new forms when a foreigner arrives. He doesnt tell de seller who is he, instead of that, he puts himself as a white paper for the seller tell him who he would be. Issues concerned to identity and its implications become very present. The process, which in the beginning seemed to be simple, become more and more complex. The memory acts as one of the factors of major interference on the procedure, making it more difficult. The persons experiences also changes because of the new past. And the identity has also modifications in the end. Such issues, that occur because of the different shopping of pasts will be focus of research in the present dissertation

One of the defining features of cancer is cell migration: the tendency of malignant cells to become motile and move significant distances through intervening tissue. This is a necessary precondition for metastasis, the ability of cancers to spread, which once underway permits more rapid growth and complicates effective treatment. In addition, the emergence and development of cancer is currently believed to be an evolutionary process, in which the emergence of cancerous cell lines and the subsequent appearance of resistant clones is driven by selection. In this thesis we develop minimal models of the relationship between motility, growth, and evolution of cancer cells. These should be simple enough to be easily understood and analysed, but remain realistic in their biologically relevant assumptions. We utilise simple simulations of a population of individual cells in space to examine how changes in mechanical properties of invasive cells and their surroundings can affect the speed of cell migration. We similarly examine how differences in the speed of migration can affect the growth of tumours. From this we conclude that cells with a higher elastic stiffness experience stronger resistance to their movement through tissue, but this resistance is limited by the elasticity of the surrounding tissue. We also find that the growth rate of large lesions depends weakly on the migration speed of escaping cells, and has stronger and more complex dependencies on the rates of other stochastic processes in the model, namely the rate at which cells transition to being motile and the reverse rate at which cells cease to be motile. To examine how the rates of growth and evolution of an ensemble of cancerous lesions depends on their geometry and underlying fitness landscape, we develop an analytical framework in which the spatial structure is coarse grained and the cancer treated as a continuously growing system with stochastic migration events. Both the fully stochastic realisations of the system and deterministic population transport approaches are studied. Both approaches conclude that the whole ensemble can undergo migration-driven exponential growth regardless of the dependence of size on time of individual lesions, and that the relationship between growth rate and rate of migration is determined by the geometrical constraints of individual lesions. We also find that linear fitness landscapes result in faster-than-exponential growth of the ensemble, and we can determine the expected number of driver mutations present in several important cases of the model. Finally, we study data from a clinical study of the effectiveness of a new low-dose combined chemotherapy. This enables us to test some important hypotheses about the growth rate of pancreatic cancers and the speed with which evolution occurs in reality. We test a moderately successful simple model of the observed growth curves, and use it to infer how frequently drug resistant mutants appear in this clinical trial. We conclude that the main shortcomings of the model are the difficulty of avoiding over-interpretation in the face of noise and small datasets. Despite this, we find that the frequency of resistant mutants is far too high to be explained without resorting to novel mechanisms of cross-resistance to multiple drugs. We outline some speculative explanations and attempt to provide possible experimental tests.

Submitted by Nadia Maria Poloni null (nadiapoloni@gmail.com) on 2016-04-16T00:04:34Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Nadia Poloni - completa.pdf: 1931593 bytes, checksum: e8e92f6dc3b3aa46033959f97f62b795 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-04-18T12:53:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 polani_nm_me_ilha.pdf: 1931593 bytes, checksum: e8e92f6dc3b3aa46033959f97f62b795 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-18T12:53:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 polani_nm_me_ilha.pdf: 1931593 bytes, checksum: e8e92f6dc3b3aa46033959f97f62b795 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O fungo ascomiceto, Pyricularia oryzae, tem distribuição mundial como patógeno do arroz, mas recentemente emergiu como patógeno causando a brusone do trigo no Brasil. Os grupos de fungicidas estrobirulinas e triazóis tem sido intensivamente utilizados para manejo de doenças do trigo há cerca de três décadas. Há relato de resistência de P. oryzae do trigo a estrobirulinas no Brasil e a ineficácia dos fungicidas triazóis aponta para um cenário semelhante. Os triazóis, inibidores da desmetilação de esteróis (DMI), inibem a biossíntese de ergosterol e possuem como alvo a enzima 14α-demetilase, codificada pelo gene cyp51. Em nosso estudo, determinamos as distribuições de frequência da sensibilidade de 180 isolados de P. oryzae do trigo amostrados de sete estados do Centro-Sul do Brasil, com base na EC50 a tebuconazol e epoxiconazol. Descrevemos, também, a presença de mutações no gene cyp51A e reconstruímos sua filogenia reticulada para esclarecer a relação evolutiva entre haplotipos. Relatamos que todas as populações de P. oryzae amostradas se mostraram insensíveis aos fungicidas testados, comparando-se com as doses recomendadas para o manejo da doença no campo. Com base na sequência do gene cyp51A de P. oryzae do trigo, foram detectados oito haplotipos distintos. Foram encontradas sete mutações não-sinônimas, que podem estar correlacionadas com a resistência à DMI's. / The fungus ascomycete Pyricularia oryzae has worldwide distribution as rice pathogen, but it has recently emerged as pathogen causing wheat blast in Brazil. The strobirulin and azole fungicides have been intensively used for management of wheat diseases in the last three decades. The report of resistance of P. oryzae from wheat to strobirulins in Brazil and the inefficiency of azole fungicides indicates a similar scenario. The triazoles represented sterols demethylation inhibitor fungicides group (DMI), characterized by inhibiting the biosynthesis of ergosterol and their target is the 14α-demethylase enzyme, encoded by the cyp51 gene. We determined the azole sensitivity frequency distributions of 180 isolates of P. oryzae of wheat sampled in seven states of the south-central Brazil, based on the EC50 of tebuconazole and epoxiconazole. We described the presence of mutations in the cyp51A gene and built their reticulate phylogeny to identify the evolutionary relationship among haplotypes. We reported that all P. oryzae populations sampled were insensitive to the azoles when compared to the recommended doses for the management of the disease in the field. Based on the sequence of cyp51A gene from P. oryzae of wheat, eight distinct haplotypes were detected. We found seven non-synonymous mutations that could be correlated with resistance to DMI's.