A presença de DNA fetal livre de células no plasma materno possibilitou o surgimento de novas tecnologias para o diagnóstico pré natal não invasivo. Existem técnicas de genotipagem fetal já estabelecidas em investigações de sequências exclusivas fetais, mas a sua aplicação para a identificação humana em testes de paternidade ainda é pouco conhecida. A metodologia de genotipagem fetal não invasiva foi padronizada com o uso de três lócus InDels e iniciadores inserção-específicos. Entretanto, para que se alcance o poder satisfatório, é necessário investigar elevado número de lócus informativos. Para suprir a ausência de informações suficientes sobre lócus deste tipo, são descritas, no presente trabalho, as condições laboratoriais para PCR e as frequências alélicas de um conjunto de lócus InDels, ainda inéditos, em uma amostra representativa da população urbana brasileira, visando aumentar a robustez e a confiabilidade da genotipagem fetal não invasiva na investigação de paternidade. Foram selecionados 20 lócus, um em cada cromossomo. Em um dos lócus polimórficos foi encontrado um alelo novo, não registrado no banco de dados do NCBI. O poder de discriminação e o poder de exclusão dos 16 lócus polimórficos combinados (0,999 e 0,937, respectivamente) tiveram valores dentro do esperado para um conjunto com essa quantidade de lócus bialélicos. Alguns lócus apresentaram elevado número de indivíduos que não responderam à amplificação, indicando a necessidade de reajustes na padronização dos procedimentos laboratoriais e a possibilidade de variabilidade das sequências complementares aos iniciadores empregados, o que exigirá o sequenciamento completo das regiões. Para a maioria dos lócus, entretanto, os parâmetros forenses atingiram valores esperados e sugerem que podem ser úteis na composição de painel robusto e eficiente para ser usado na genotipagem fetal não invasiva. / The presence of cell-free fetal DNA in maternal plasma allows for new non-invasive prenatal diagnosis technologies to develop. Even though there are already well-established fetal genotyping techniques in fetal-exclusive sequence investigations, their application to human identification in paternity tests is not yet well-known. Non-invasive fetal genotyping methodology was previously standardized using three InDel loci and insertion-specific primers. However, in order to attain satisfactory power, it is necessary to investigate large number of informative loci. To compensate for the absence of sufficient information about this type of locus, this work describes the PCR conditions and determinates allelic frequencies for a set of unpublished InDel loci, in a representative group of Brazilian population, raising the robustness and reliability of non-invasive fetal genotyping in paternity investigation. We selected 20 loci, one in each chromosome. Not previously registered on NCBI database allele was found in one of the polymorphic loci. Discrimination and exclusion power of the 16 polymorphic loci combined (0.999 and 0.937, respectively) had expected values for an ensemble with such an amount of biallelic loci. Some loci showed many non-amplified individuals, vincing the need of corrections in the standardizing process and the possible variability of the complementary sequences to the primers used. However, for most loci, the forensic parameters reached the expected values and suggest that they may be useful in the more robust panel for utilization in non-invasive fetal genotyping.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-29T16:16:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_HepatitesPopulacaoCarceraria.pdf: 1561495 bytes, checksum: 40f865e192ed2cc8e955fe655c69b7ae (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-02T13:09:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_HepatitesPopulacaoCarceraria.pdf: 1561495 bytes, checksum: 40f865e192ed2cc8e955fe655c69b7ae (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-02T13:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_HepatitesPopulacaoCarceraria.pdf: 1561495 bytes, checksum: 40f865e192ed2cc8e955fe655c69b7ae (MD5) Previous issue date: 2015 / O comportamento de alto risco característico do público carcerário contribui para que neste haja elevada prevalência de doenças transmissíveis por via sexual ou parenteral. Atentando para as elevadas taxas de Hepatite B e C nos presídios, este estudo tem por objetivo identificar os principais fatores de risco, a prevalência destas doenças e os genótipos encontrados. Este estudo é do tipo transversal analítico. A amostra constitui-se de 313 presidiárias do Centro de Recuperação Feminino do estado do Pará (CRF-PA) que aceitaram participar deste estudo e que estavam em bom estado de saúde físico e mental. Foram colhidas amostras de sangue e aplicado um questionário sócio epidemiológico. A análise sócio epidemiológica demonstrou predominância da faixa etária de 25 a 34 anos (44,8%), estado civil de solteira (55%), escolaridade de ensino fundamental incompleto (68%) e renda familiar de 1 salário mínimo (65%). As variáveis de idade e escolaridade demonstraram correlação estatística significante com os marcadores de infecção pelo HBV. Fatores de risco como compartilhamento de material pérfuro-cortante, tatuagem, internação hospitalar, cirurgia dentária e não uso de preservativo apresentaram frequência elevada, sendo a variável de internação hospitalar estatisticamente associada aos marcadores de infecção pelo HBV. A sorologia, por meio do teste de ELISA, demonstrou que 3% foram reagentes para o HBsAg, 15% reagentes para o Anti-HBc, 23% reagentes para o Anti-HBs e 5% reagentes para o Anti-HCV. Na genotipagem das amostras verificou-se que, das 10 amostras positivas para o HBsAg, 4 amostras tiveram o genótipo indetectável, em 5 identificou-se o genótipo E (ainda não citado no Brasil), e em 1 o genótipo F (terceiro mais prevalente do país); das 17 amostras positivas para o Anti-HCV, 41,2% obtiveram genótipo indetectável, esta mesma porcentagem foi obtida para o genótipo 1, e em 17,6% das amostras verificou-se o genótipo 3, concordando com o padrão brasileiro descrito na literatura. / The characteristic of high-risk behavior from the prison public contributes for a high prevalence of diseases transmitted by sexual or parenteral route. Considering the high rates of hepatitis B and C in prisons, this study aims to identify the main risk factors, the prevalence of these diseases and the founded genotypes. This study is an analytical cross-sectional. The sample was composed of 313 inmates from the Female Recovery Center in the State of Pará, wich agreed to participate of this study and were in good physical and mental health. Blood samples were collected and applied a socio-epidemiological questionnaire. The socio-epidemiological analysis showed a predominance of the age group 25-34 years (44.8%), marital status single (55%), incomplete elementary school education (68%) and 1 minimum family wage (65% ). The variables of age and education showed a statistically significant correlation with markers of HBV infection. Risk factors such as cutting and piercing material sharing, tattoo, hospitalization, dental surgery and not condom use showed high frequency. The variable of hospitalization showed statistics association with markers of HBV infection. Serology by ELISA assay showed that 3% were positive for HBsAg, 15% reagents for Anti-HBc, 23% reagents for anti-HBs and 5% for anti-HCV. In the genotyping of samples was found wich from of 10 HBsAg positive samples, 4 samples had undetectable genotype, in 5 samples the genotype E was identified (still not mentioned in Brazil), and in 1 was identified the genotype F (third most prevalent the country) ; from the 17 positive samples for Anti-HCV, 41.2% had undetectable genotype, this same percentage was obtained for genotype 1, and in 17.6% of samples was found the genotype 3, in agreement with the Brazilian standard described in literature.

Orientador: José Paes de Oliveira-Filho / Resumo: Dermatosparaxia é uma enfermidade autossômica recessiva do tecido conjuntivo caracterizada clinicamente por fragilidade e hiperextensibilidade cutâneas. Estas características impedem que o animal seja mantido no sistema de criação, sendo descartado na maioria dos casos. Descrita em diversas espécies, a dermatosparaxia foi relatada também em algumas raças de ovinos. O polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) c.421G>T no gene ADAMTS2 (a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin type I motif, 2), em homozigose, é responsável pela enfermidade em ovinos da raça White Dorper. Recentemente a doença foi descrita no Brasil, contudo acredita-se que possa ter sido subdiagnosticada, uma vez que a enfermidade já foi descrita em diversos países. O objetivo desta pesquisa foi estimar a frequência alélica do SNP c.421G>T no gene ADAMTS2 em ovinos da raça White Dorper do estado de São Paulo a partir de uma metodologia diagnóstica que utilizasse a reação em cadeia da polimerase (PCR) seguida do sequenciamento direto da região desse SNP. Neste estudo, foram coletadas amostras de sangue para extração do DNA de 303 ovinos da raça White Dorper. Após a extração do DNA, realizou-se PCR para amplificar a região do SNP e, então, o sequenciamento genético para determinar sua presença no gene ADAMTS2. A frequência alélica do SNP na população estudada foi de 7,8%. Este resultado indica que as medidas de controle devem ser adotadas para prevenir a propagação do SNP c.421G>T no gene ADAMTS2 nos ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-15T19:20:49Z No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-15T19:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) Previous issue date: 2011-05-26 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A hanseníase é uma doença infecto-contagiosa crônica, causada pelo Mycobacterium leprae. Após o sequenciamento do genoma deste patógeno, inúmeros esforços têm sido feitos na busca por sequências repetitivas com potencial para diferenciar isolados de M. leprae. Atualmente, VNTRs têm sido utilizados com o objetivo de compreender a diversidade genética deste patógeno em áreas com alta prevalência da doença. Além disso, SNPs também têm contribuído para elucidar aspectos referentes à disseminação da hanseníase pelo mundo. Neste estudo, a variabilidade genética de 292 isolados de M. leprae oriundos de amostras clínicas de pacientes hansenianos das regiões norte, nordeste e sudeste do país foi avaliada utilizando 16 VNTRs e três SNPs. O polimorfismo dos diferentes VNTRs foi determinado através de MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) utilizando FLA (Fragment lenght analysis), enquanto que os SNPs foram analisados através de PCR-RFLP e/ou sequenciamento. O poder discriminatório dos 16 VNTRs foi de 0.999, sendo que as repetições de dinucleotídeos AT e o trinucleotídeo GAA21 apresentaram os maiores índices de discriminação alélica. Além da genotipagem de isolados de M. leprae de biópsias de pele, material de linfa fixado em lâmina de baciloscopia também foi utilizado como uma fonte alternativa para obtenção de DNA deste bacilo. Com relação à genotipagem por SNP, foi possível observar a predominância do genótipo 3, associado à população européia, em Rondônia, Rio de Janeiro e São Paulo. Já o genótipo 4, oriundo da África Ocidental, foi predominante em Pernambuco e Fortaleza. A presença dos diferentes genótipos e sua predominância em determinadas áreas corroboram com o processo de colonização do país que se reflete na atual composição étnica da população brasileira. Com base nos perfis obtidos através dos VNTRs e SNPs, foram identificados seis grupos geneticamente idênticos: quatro do Ceará, um de Rondônia e outro formado entre amostras de Minas Gerais e São Paulo. Nenhuma associação entre os pacientes enquadrados nos grupos da região norte e sudeste do país foi estabelecida. Todavia, foi possível observar que os grupos foram formados entre indivíduos oriundos de mesmo estado ou região geográfica. Com relação aos grupos formados entre as amostras do Ceará, associações entre o gênero masculino e o local de origem das amostras foram estabelecidas com base nos genótipos de M. leprae, sugerindo que estes seriam fatores de risco para a transmissão da hanseníase. Neste estudo, também foi possível avaliar amostras de pacientes com hanseníase recidiva para quatro VNTRs e os achados sugerem que estes pacientes foram re-infectados ou que houve mudança da população bacteriana durante a recidiva da doença. Os resultados comprovam que a genotipagem de M. leprae é uma ferramenta importante na elucidação de aspectos relativos à transmissão e disseminação da doença pelo mundo. / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae. After sequencing the genome of this pathogen, numerous efforts have been made to identify repetitive sequences with potential to differentiate isolates of M. leprae. Currently, VNTRs have been used in order to understand the genetic diversity of this pathogen in areas with high prevalence of leprosy. Another form of genetic polymorphism, namely single nucleotide polymorphisms (SNPs), elucidated aspects related to the spread of leprosy in the world. In this study, the genetic variability of 292 M. leprae isolates from clinical leprosy patients from the north, northeast and southeast of the country, were analyzed for composition of 16 VNTRs and three SNPs. The genetic variability of different VNTRs was evaluated by MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) using FLA (Fragment length analysis) while the SNPs were analyzed by RFLP-PCR and/or sequencing. The discriminatory power of 16 VNTRs was 0.999 and the AT dinucleotides and the GAA21 trinucleotide demonstrated the higher rates of allelic discrimination. In addition to the genotyping of isolates of M. leprae derived from skin biopsy samples, lymph fixed in ZN slides was also used as an alternative source to obtain DNA. By SNP typing, we observed the high prevalence of genotype 3, previously associated with Europeans, in the states of Rondônia, Rio de Janeiro and São Paulo. On the other hand, genotype 4, originating from Western Africa, was predominant in Pernambuco and Fortaleza. The presence of different genotypes and their prevalence in certain areas of Brazil is in accordance to the country’s history of colonization which reflects in the current ethnic composition of the population. Based on the VNTR and SNP profiles, six identical groups of two isolates each were identified: four from Ceará, one from Rondônia and another composed of samples from Minas Gerais and São Paulo. No association between patients from north and southeast of the country was established, however, most groups were composed by patients from the same state or geographic region. When performing an analysis of genotype similarity with patient data in groups from Ceará, we observed association of male gender and place of origin with M. leprae genotype grouping, suggesting these could be risk factors for transmission of leprosy. In this analysis, patients with leprosy relapse were also analyzed for four VNTRs and the results suggest the occurrence of re-infection or of bacterial population shift during disease relapse. The results of this study demonstrate that genotyping of M. leprae is an important tool to elucidate aspects of transmission and spread of disease in the world.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:49:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mariana Penha de Nadai Sartori.pdf: 1901445 bytes, checksum: b8d41cb1f38aa4dfcc9f35c781bbff06 (MD5) Previous issue date: 2012-03-09 / Human papillomavirus (HPV) is the most common sexually transmitted virus in the world, being a cause of genital warts (Low-Risk HPV) and cervical cancer (High-Risk HPV). The virus is found in sexually active adults and adolescents, however, it has been detected in girls victims of sexual violence or not. The worldwide incidence of HPV is increasing in girls and viral transmission modes are still not completely defined. Currently, HPV prevention is based on two available vaccines only for the age group 9-26 years old and there are no available vaccines or other prevention methods for patients under nine years old, since it is not considered a risk group by competent health authorities. There are no studies of the Espírito Santo state about the HPV prevalence in girls under 9 years old and therefore their importance is not established. Because of these reasons, the aim of this study was to detect HPV in girls under nine years old, as well as finding possible routes of transmission in order to provide information for the development of preventive practices for this risk group. A total of 43 samples extracted from girls under 9 years old were analyzed using PCR, RFLP and DNA sequencing methods for viral detection and typing. Human papillomavirus was detected in 13.9% of patients, mostly low risk genotypes. Clinical and personal evaluation suggested that girls were infected by horizontal transmission and via fomites. Due to our findings, we propose that HPV infection prevention through vaccination should be extended to girls under 9 years old, especially in specific high risk populations / O papilomavírus humano (HPV) é considerado a doença sexualmente transmissível prevalente mundialmente, sendo responsável por causar verrugas genitais (HPV de baixo risco) e o câncer de colo de útero (HPV de alto risco). O vírus é encontrado em adultos e adolescentes sexualmente ativos, entretanto, tem sido também detectado em meninas vítimas de violência sexual ou não. Em todo o mundo, a incidência do HPV vem aumentando em meninas e as formas de transmissão viral ainda não são totalmente conhecidas. Atualmente, a prevenção do HPV é baseada em dois tipos de vacinas, disponíveis somente para um grupo de indivíduos na idade entre 9 26 anos, não estando disponível nenhuma vacina ou outra forma de prevenção para pacientes abaixo de nove anos, uma vez que este grupo não é considerado um grupo de risco pelos órgãos de saúde pública. Não há estudos no estado do Espírito Santo relacionando a prevalência do HPV em meninas abaixo de nove anos de idade, portanto, a sua importância não é conhecida. Devido a estas razões, o objetivo da pesquisa foi detectar o HPV em meninas na faixa etária até nove anos, bem como determinar as possíveis vias de transmissão viral com o intuito de fornecer informações para o desenvolvimento de atitudes preventivas para esse grupo de risco. O DNA viral foi extraído de um total de 43 amostras de meninas na faixa etária estabelecida, e a análise molecular foi realizada através dos métodos de PCR, RFLP e sequenciamento para detecção e genotipagem viral. O papilomavírus humano foi detectado em 13,9% das pacientes, com prevalência dos genótipos virais de baixo risco para o desenvolvimento de neoplasias. A avaliação clínica e epidemiológica propõe que as meninas são infectadas por transmissão horizontal e via fômites. De acordo com nossos resultados, propomos que a prevenção da infecção do HPV através da vacinação deve compreender meninas com idade abaixo de 9 anos, especialmente nas populações de alto risco

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Cryptosporidium é um parasito coccídeo reconhecido por causar diarréia em humanos e animais em todo o mundo. O gênero compreende pelo menos 20 espécies confirmadas, sendo o C. hominis e C. parvum as principais espécies causadoras de criptosporidiose em humanos. Ferramentas moleculares têm sido desenvolvidas para detectar e diferenciar espécies/genótipos e subgenótipos de Cryptosporidium. O objetivo do trabalho foi avaliar a heterogeidade molecular de Cryptosporidium sp. obtidos de amostras clínicas provenientes dos municípios do Rio de Janeiro e de Salvador, através da PCR em tempo real e seqüenciamento automático. Foram analisadas 85 amostras, distribuídas em 3 grupos distintos, sendo 45 delas do município do Rio de Janeiro e 40 amostras provenientes de Salvador, Bahia. Todas as amostras foram positivas para Cryptosporidium sp. pelo método de coloração de Kinyoun a frio. O ensaio da PCR em tempo real combinou uma reação multiplex para a detecção do gênero Cryptosporidium e da espécie C. parvum e uma reação simples para a detecção de C. hominis. Na detecção do gênero Cryptosporidium foram utilizados par de primers e uma sonda TaqMan desenhados a partir do alinhamento de seqüências conservadas do gene 18S rRNA de várias espécies de Cryptosporidium disponíveis no GenBank. Para a detecção das espécies C. parvum e C. hominis foram utilizados primers e sondas específicos obtidos a partir de seqüências de cada espécie disponíveis no GenBank. A detecção do gênero Cryptosporidium através da sonda 18S rRNA, na reação duplex, foi visualizada em 63 de 85 amostras totais. Destas, a sonda TaqMan específica para C. parvum detectou 6 amostras e a sonda TaqMan específica para C. hominis detectou 42 amostras. Quinze amostras não puderam ser detectadas pelas sondas C. hominis ou C. parvum. Nos ensaios da PCR para o gene 18S, 31 amostras foram positivas e 27 delas sequenciadas. As análises filogenéticas confirmaram a presença de C. hominis, C. parvum e C. felis nas amostras estudadas. Na análise da topologia da árvore filogenética obtida por Neighbor Joining, observou-se-se que as sequências obtidas neste estudo se agruparam com espécies do gênero Cryptosporidium já descritas, com 99% ou 100% de similaridade. Conclui-se que os dois métodos utilizados são importantes ferramentas para o diagnóstico da criptosporidiose e diferenciação de C. hominis e C. parvum em investigações epidemiológicas, assim como avaliação da heterogeneidade molecular de Cryptosporidium sp / Cryptosporidium is a coccidia parasite known to cause diarrhea in humans and animals worldwide. The genus comprises at least 20 confirmed species, with C. hominis and C.parvum major species that cause cryptosporidiosis in humans. Molecular tools have been developed to detect and differentiate Cryptosporidium at the species/genotypes and subtype levels. The objective of this study was to evaluate the molecular heterogeneity of Cryptosporidium sp. clinical samples obtained from Rio de Janeiro and Salvador (Bahia), through real-time PCR and automatic sequencing. We analyzed 85 samples, distributed in three distinct groups, 45 of them in the city of Rio de Janeiro and 40 samples from Salvador. All samples were positive for Cryptosporidium sp. by modified Kinyoun acid-fast staining technique. The real-time PCR procedure combined a duplex reaction for the detection of Cryptosporidium species and C. parvum and a simple reaction for the detection of C. hominis. The detection of the genus Cryptosporidium have been used a pair of primers and TaqMan probe designed from the alignment of conserved sequences of the 18S rRNA gene of several species of Cryptosporidium available in GenBank. For the detection of species C. parvum and C. hominis were used specific primers and probes derived from sequences of each species available in the GenBank. Detection of Cryptosporidium sp. by 18S rRNA probe, in the duplex reaction, was visualized in 63 of 85 total samples. Of these, the C. parvum TaqMan probe detected 6 samples and the C. hominis TaqMan probe detected 42 samples. Fifteen samples could not be detected by C. hominis or C. parvum probes. In the 18S PCR assays, 31 samples were positive and 27 of them sequenced. Phylogenetic analysis confirmed the presence of C. hominis, C. parvum and C. felis. The analysis of the phylogenetic tree obtained by Neighbor Joining showed that the sequences obtained in this study were grouped with Cryptosporidium species described in the GenBank, with 99% or 100% similarity. Both methods are important tools for the diagnosis of cryptosporidiosis and differentiation of C. hominis and C. parvum in epidemiological investigations, as well as evaluation of Cryptosporidium sp. molecular heterogeneity

Submitted by Vasti Diniz (vastijpa@hotmail.com) on 2017-09-06T12:44:39Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1491913 bytes, checksum: 48f18b769a4ddee1245aef6c202388b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T12:44:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1491913 bytes, checksum: 48f18b769a4ddee1245aef6c202388b1 (MD5) Previous issue date: 2017-02-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Basal Cell Carcinoma (BCC) is a frequent neoplasm in humans and its main etiological factor is exposure to solar radiation. Although genetic and epigenetic changes can activate proto-oncogenes, inactivate tumor suppressor genes and repair mechanism genes, the cell has several mechanisms that contribute to the maintenance of genomic stability. Mutations in repair genes can lead to tumor progression and loss of genome integrity leading to the onset of cancer. Nucleotide excision repair (NER) is an important mechanism primarily used to repair injuries caused by UV. The objective of this study was to evaluate single nucleotide polymorphisms (SNP) of XPA and XPC genes and the risk of developing BCC. One hundred samples of paraffined tissue from patients from the State of Paraíba with histopathological diagnosis of BCC were analyzed for each polymorphism. The results were obtained by a newly developed genotyping method, the Dideoxy Unique Allele Specific - PCR, a method that presents high sensitivity and low cost. Graphpad Prism 6.01 software was used for the statistical analysis and application of Chi-square and Fisher's exact test. The SNP rs535425175 of the XPC gene showed a significant association with the BCC in the analyzed samples (X2 = 14.51 and P <0.005). Whereas the SNPs rs745769173 of the XPA gene and rs761106780 of the XPC gene are in the Hardy-Weinberg equilibrium, not showing any association with the neoplasia. The results suggest that the SNP rs535425175 of the XPC gene may be considered a risk factor associated with the development of BCC. / O Carcinoma Basocelular (CBC) é uma neoplasia frequente em seres humanos e seu principal fator etiológico é a exposição à radiação solar. Embora alterações genéticas e epigenéticas possam ativar proto-oncogenes, inativar genes supressores de tumor e genes do mecanismo de reparo, a célula apresenta vários mecanismos que contribuem para a manutenção da estabilidade genômica. Mutações em genes de reparo podem levar a progressão tumoral e à perda da integridade do genoma levando ao surgimento do câncer. O reparo por excisão de nucleotídeo (NER) é um importante mecanismo utilizado principalmente para reparar lesões causadas por UV. O objetivo deste trabalho foi avaliar polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) dos genes XPA e XPC e o risco de desenvolver CBC. Foram analisadas 100 amostras de tecido parafinado de pacientes do Estado da Paraíba com diagnóstico histopatológico de CBC para cada polimorfismo. Os resultados foram obtidos por um método de genotipagem recentemente desenvolvido, o Didesoxi Único Alelo Específico – PCR, método que apresenta alta sensibilidade e de baixo custo. O software Graphpad Prism 6.01 foi utilizado para as análises estatísticas e aplicação de teste Qui-quadrado e Exato de Fisher. O SNP rs535425175 do gene XPC apresentou associação significativa com o CBC nas amostras analisadas (X2=14,51 e P<0,005). Enquanto que os SNP rs745769173 do gene XPA e rs761106780 do gene XPC estão no equilíbrio de Hardy-Weinberg, não apresentando associação com a neoplasia. Os resultados sugerem que o SNP rs535425175 do gene XPC pode ser considerado um fator de risco associado ao desenvolvimento de CBC. Palavras-chaves: Carcinoma Basocelular, Família XP, Reparo por excisão de nucleotídeo, Polimorfismo de nucleotídeo único, Genotipagem. VII

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1309318 bytes, checksum: 2bf5ec79170b4c80eee708ade23f9897 (MD5) Previous issue date: 2010-06-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The grapevine is a perennial fruit of greater economic importance worldwide. Although not among the world's largest producer, Brazil has been showing a growing development in the industry, and production area has increased markedly with the renovation of the vineyards and new plantings. For the deployment and renewal of vineyards wine growers in Brazil have faced serious problems related to lack of plantlets with the genetic and phytossanitari quality tested by national especialisaded companies. Thus, the lack of a private or official certification program of plants, in order to prevent the spread of propagation material of dubious genetic and sanitary quality, has hindered the development of the national viticulture. The aim of this work was (I) the genetic caracterization (DNA fingerprinting) and the analysis of the genetic diversity of 27 grape varieties cultivated in Minas Gerais, Brazil, using SSR molecular markers; and (II) to identify and map the occurrence of viruses in the grapevine Core collection of EPAMIG Grape and Wine, which are used for production of grafted plants, and analyzing the evolution of viral titer of infected plants along the grape phenological cycle by means of DASELISA serological method. Among the 27 cultivars analyzed, 26 different SSR profiles were detected. In this work were identified 101 alleles in 7 loci analyzed with average of 14.43 alleles per locus, confirming the high power of these markers for genetic polymorphism detection. The expected heterozigosity ranged from 0.832 to 0.9205 with average 0.8873 while the observed heterozigosity ranged from 0.7692 to 1.000 with average of 0.8943. The high number of heterozygous individuals might be due the breeding selection followed by genotype maintenance through vegetative propagation. Grapes are known to be very sensitive to inbreeding depression and the higher performance is mainly observed in heterozygous individuals. The loci with highest polymorphisms content (PIC) were VVS2 (0.92), VVMD27 (0.918) and VrZAG62 (0.918) while the loci with lowest values of PIC were VVMD25 (0.832) and VrZAG79 (0.845). Considering the 7 loci analyzed the PI accumulation was very low (1.27 x 10-12) indicating the high efficiency of these loci for grapevine genotypes differentiation. The dendrogram showed four main groups and they were in agreement with the genetic similarity (pedigree) of these varieties. In the principal coordinate analysis, the group formed for 4 Americans varieties showed the highest level of genetic structuration. Despite no clear division was observed between vinifers and rootstocks groups during the structuration, the results indicates a tendency of clustering among the varieties belonging to the same group. Regarding the study of viruses plants of six canopy varieties ('Syrah', 'Chardonnay', 'Cabernet Sauvignon', 'Merlot', 'Bordo' and 'Niagara Rosada'), four rootstock varieties ('Traviú', '1103 Paulsen, 'I'AC 572' and 'IAC 766') and nine combinations of seedlings produced from grafted plants. Twelve 'Bordo' clones belonging to a clonal selection breeding program based of EPAMIG were also analyzed. The plants were tested for the following viruses: GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-6, GVA, GFkV and GFLV. Bordo clones had a high rate of infection with GLRaV-2, which was detected in 91.66% of samples. The GLRaV-1 were detected in two clones (3 and 17), whereas the GLRaV-3 were also detected in two clones (3 and 07). Analyzing mother plants and seedlings produced from them, from a set of 7 seven virus studied, only GLRaV-3 was detected, being present in Niagara Rosada mother plants and in two rootstocks ( IAC 572 and IAC 766 ). The variation in viral titer along the phenological cycle showed an increase in the concentration of viral particles of the three viruses analyzed (GLRaV-1, GLRaV-2, and GLRaV-3). / A videira é a frutífera perene de maior importância econômica a nível mundial. Apesar de não figurar entre os maiores produtores mundiais, o Brasil vem apresentando um crescente desenvolvimento no setor, e a área de produção tem aumentado acentuadamente com a renovação dos vinhedos e novos plantios. Para a implantação e renovação dos vinhedos, os viticultores brasileiros têm enfrentado sérios problemas relacionados à falta de mudas com qualidade genética e fitossanitária testadas por empresas nacionais especializadas. Assim, a inexistência de um sistema público ou privado de certificação de mudas, com a finalidade de impedir a difusão de material propagativo de qualidade genética e fitossanitária duvidosas, dificulta o desenvolvimento da viticultura nacional. Os objetivos desse trabalho foram (I) a identificação genética ( DNA fingerprinting ) e estudo da diversidade genética de variedades copa e de porta-enxerto de videira cultivados no estado de Minas Gerais, utilizando marcadores moleculares do tipo SSR, para dar suporte ao programa de certificação genética de mudas de videira da EPAMIG; e (II) identificar e mapear a ocorrência de viroses na coleção de plantas matrizes de videira do Núcleo Tecnológico EPAMIG Uva e Vinho, que são utilizadas para produção de mudas enxertadas e analisar a evolução da carga viral de plantas infectadas ao longo do ciclo produtivo das plantas. Os sete marcadores microssatélites utilizados permitiram a diferenciação de 26 genótipos entre as 27 variedades estudadas. Foram identificados 101 alelos com uma média de 14,43 alelos por locus, confirmando a eficiência dos marcadores para a detecção de polimorfismos genéticos. A heterozigosidade esperada variou de 0,832 a 0,9205, com média 0,8873, enquanto a heterozigosidade observada variou de 0,7692 a 1,000, com média 0,8943. O excesso de heterozigotos se explica pelo fato da seleção de indivíduos superiores para qualidade e produtividade em videira ter sido realizada precocemente durante o processo de melhoramento da cultura e perpetuado pela multiplicação vegetativa. Além disso, a videira é sensível à depressão endogâmica sendo as melhores performances obtidas com indivíduos heterozigotos. Os loci que apresentaram os maiores valores de conteúdo de informação polimórfica (PIC) foram VVS2 (0,92), VVMD27 (0,918) e VrZAG62 (0,918). Já os que apresentaram os menores valores foram o VVMD25 (0,832) e o VrZAG79 (0,845). Considerando os 7 loci analisados, a probabilidade de identidade atingiu um valor relativamente baixo (1,27 x 10-12), demonstrando uma grande eficiência dos loci utilizados para a diferenciação das variedades. A análise agrupou corretamente a maioria das variedades de acordo com o pedigree. Na análise das coordenadas principais, o grupo formado pelas 4 variedades copa americanas apresentou o maior nível de estruturação. Apesar de não ter ocorrido uma clara estruturação em relação aos grupos das viníferas e dos porta-enxertos, foi possível notar uma tendência de agrupamento das variedades pertencentes ao mesmo grupo. Em relação ao estudo das viroses, foram analisadas plantas matrizes de seis variedades copa, ( Syrah , Chardonnay , Cabernet Sauvignon , Merlot , Bordô e Niágara Rosada ), quatro variedades de porta-enxertos ( Traviú , 1103 Paulsen , I AC 572 e IAC 766 ) e 9 combinações de mudas enxertadas produzidas a partir das plantas matrizes. Foram também analisados 12 clones da variedade Bordô pertencentes a um programa de seleção clonal desenvolvido na EPAMIG. As plantas foram testadas para os seguintes vírus: GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-6, GVA, GFkV e GFLV. Os clones Bordô apresentaram uma alta taxa de infecção pelo GLRaV-2, que foi detectado em 91,66 % das amostras avaliadas. O GLRaV-1 foi detectado nos clones 3 e 17 e o GLRaV-3 nos clones 3 e 7. Analisando plantas matrizes e as mudas produzidas a partir delas, apenas o GLRaV-3 foi detectado, estando presente nas matrizes de Niágara Rosada, nos portaenxertos IAC 572 e IAC 766, e nas mudas Niágara Rosada/IAC 766 e Niágara Rosada/IAC 572. A análise da variação da carga viral ao longo do ciclo vegetativo evidenciou um aumento da concentração de partículas virais ao longo do ciclo vegetativo da videira para os 3 vírus analisados (GLRaV-1, GLRaV-2 e GLRaV-3).

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 525415 bytes, checksum: 988d62e0043ef473ad492ea9ce941239 (MD5) Previous issue date: 2006-09-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / In the genetic mapping in outbred populations not always it is possible to determine the linkage phase of the alleles. Thus, heterozygous individuals are discarded from these analyses due to the lack of information, once it is not possible, through their genotype, to distinguish the origin of their parental alleles. In this way, the main objective of this work was to propose the endosperm genotyping as a strategy to identify the allelic origin of those heterozygotes individuals. Initially, fragments from the endosperm representing 10, 25 and 50% of the corn seeds weight were extracted and the seeds were submitted to the germination test. The results suggest that the elimination of up to 50% of the endosperm did not affected the seed germination. The methodology of semiquantitative PCR was optimized to differentiate doses of the alleles in the mixtures of DNA derived from leaves of two maize inbred lines (L3 and L1113- 01). It was represented different allelic proportions observed in the endosperm of their reciprocal crosses, based on the maximum amount of endosperm that could be used for DNA extraction. SSR markers were generated by semiquantitative PCR technique and the amplified fragments were evaluated in both agarose gels treated with ethidium bromide and poliacrylamide gels using fluorescently labeled primers. Gel resolution using agarose did not allow the differentiation of the mixtures of parental DNAs. However, through the regression analysis and comparison of the band intensity corresponding to the same allele in the different mixtures, the initial concentration of each one of the alleles could be inferred. The requirement of an allelic pattern limited the use of this technique to QTL analysis in populations where at least one of the genitors is known. Although the resolution of poliacrylamide gels using fluorescent markers was more efficient in the endosperm genotyping, once it was allowed to differentiate the maternal origin of reciprocal hybrids seed´s. So, the strategy of endosperm genotyping using fluorescent SSR primer amplified by semiquantitative PCR allowed the determination of allelic origin in the heterozygous offspring derived from outbred populations, including these individuals in the QTL detection, and consequently, increasing the precision of this analysis. / No mapeamento genético e detecção de QTLs em populações exogâmicas nem sempre é possível a determinação da fase de ligação dos alelos. Assim, indivíduos heterozigotos são descartados dessas análises por serem não informativos, uma vez que não é possível, por meio do seu genótipo, distinguir a origem de seus alelos em relação aos dois genitores. Dessa forma, o objetivo principal deste trabalho foi propor a genotipagem do endosperma para identificar a origem alélica dos indivíduos heterozigotos. Inicialmente, fragmentos do endosperma representando 10, 25 e 50% do peso das sementes de milho foram retirados, sendo as sementes submetidas ao teste de germinação. Observou-se que a remoção de até 50% do endosperma não afetou a taxa de germinação das sementes. A metodologia de PCR semiquantitativo foi otimizada para diferenciar doses dos alelos nas misturas de DNA foliar de duas linhagens de milho (L3 e L1113-01), representando as diferentes proporções alélicas observadas no tecido endospermático dos seus cruzamentos recíprocos, tendo como base a quantidade máxima de endosperma que podia ser utilizada na extração do DNA. Marcadores SSR foram gerados pela técnica de PCR semiquantitativo, e os fragmentos amplificados foram avaliados tanto em gel de agarose tratado com brometo de etídio quanto em gel de poliacrilamida, usando-se primers fluorescentes. A resolução do gel de agarose não possibilitou a diferenciação das misturas dos DNAs parentais. No entanto, por meio da análise de regressão e da comparação da intensidade da banda correspondente a um mesmo alelo nas diferentes misturas, pôde-se inferir a concentração inicial de cada um dos alelos. A necessidade de um padrão de alelos limitou o uso dessa técnica nas análises de QTLs em populações nas quais pelo menos um dos genitores é conhecido. Já a resolução do gel de poliacrilamida utilizando marcadores fluorescentes foi mais eficiente na genotipagem de endospermas, uma vez que possibilitou a diferenciação da origem materna das sementes dos híbridos recíprocos. Assim, a estratégia de genotipagem do endosperma utilizando primers SSR fluorescentes amplificados pela técnica de PCR semiquantitativo possibilitou a determinação da origem dos alelos dos descendentes heterozigotos derivados de populações exogâmicas, permitindo a inclusão destes na detecção de QTLs e, conseqüentemente, aumentando a precisão das análises.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SergioRFA_TESE.pdf: 7822699 bytes, checksum: 8e76eaff31bfe4bd8789eb8d81e15701 (MD5) Previous issue date: 2013-12-20 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / O tropismo do M. leprae pela pele e nervos perif?ricos, confere ? hansen?ase caracter?sticas peculiares, tais como perda de sensibilidade e deformidades teciduais. Hipotetizamos que a susceptibilidade do hospedeiro ? gerida por um complexo conjunto de fatores diferentes, como aumento da express?o dos genes ERBB2, PARK2 e PACRG e/ou o ganho de atividade dos seus produtos g?nicos, em virtude de polimorfismos nesses genes. Outro fator que hipotetizamos estar contribuindo com a susceptibilidade ? hansen?ase, juntamente com os fatores gen?ticos, ? a exist?ncia de elementos de risco entre pessoas suscept?veis, tais como, co-morbidades e exposi??o prolongada ao pat?geno. Tamb?m hipotetizamos que a distribui??o desigual da doen?a em algumas ?reas populacionais, com forma??o de aglomerados, seja devido, a elevada densidade populacional de pessoas suscept?veis em ?reas de risco por tempo prolongado. Portanto, para comprovar essas hip?teses tem-se os seguintes objetivos: 1) Testar o envolvimento de polimorfismos nos genes ERBB2, PARK2 e PACRG com a hansen?ase em duas ?reas end?micas, mas com popula??es distintas; 2) Testar a rela??o de fatores de risco exposicionais e co-morbidades, dentre outros, com o aumento de susceptibilidade ? hansen?ase na popula??o do Rio Grande do Norte e 3) Avaliar se fatores como densidade demogr?fica e padr?o socioecon?mico e sanit?rio est?o contribuindo com a desigual distribui??o da doen?a em ?rea end?mica para a hansen?ase no estado do Rio Grande do Norte. Este estudo foi desenvolvido em 3 etapas: Foram genotipados marcadores no gene ERBB2 na popula??o de Bel?m/PA, usando uma abordagem familiar. Num segundo momento foram genotipados marcadores nos genes ERBB2, PARK2 e PACRG na popula??o do Rio Grande do Norte, usando uma abordagem caso-controle. Num terceiro momento, foi avaliada a distribui??o espacial da hansen?ase em Nova Cruz/RN. Foram feitas an?lises in silico, que apontaram para uma muta??o delet?ria no gene ERBB2 (rs1058808) e outra no gene PARK2 (rs1801334). Atrav?s de an?lise de modelagem molecular tamb?m foi encontrada uma muta??o potencialmente capaz de alterar a fun??o da prote?na ErbB2 (rs1801200). A genotipagem da popula??o de Bel?m/PA mostrou como fatores de risco dentre as fam?lias analisadas os polimorfismos rs2517956 e rs1058808 no gene ERBB2. Na genotipagem da popula??o do Rio Grande do Norte, encontramos como fatores de risco, os polimorfismos rs6915128 e rs1801334 para a hansen?ase per se e suas formas cl?nicas e rs1333955 para o ENH. Encontramos dois fatores de risco que justificaram a distribui??o desigual dos casos de hansen?ase na cidade de Nova Cruz/RN, a elevada densidade demogr?fica e o maior tempo de moradia de pessoas suscept?veis em ?reas de risco. Os genes PARK2, PACRG e ERBB2 participam da patog?nese da hansen?ase e, portanto s?o s?rios candidatos a alvos para agentes terap?uticos. Nesse estudo foi encontrado um SNP que tamb?m j? havia sido associado ao mal de Parkinson, e portanto, pode haver um compartilhamento funcional da parquina entre a hansen?ase e o Parkinsonismo. Nesse estudo tamb?m foi encontrado pela primeira vez associa??o entre variantes gen?ticas de ERBB2 e a hansen?ase