Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-06T12:18:04Z No. of bitstreams: 1 barbarademeloquintela.pdf: 10528211 bytes, checksum: 7f9e15f4d69049b28b676fffca2ef945 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-06T20:20:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 barbarademeloquintela.pdf: 10528211 bytes, checksum: 7f9e15f4d69049b28b676fffca2ef945 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-06T20:20:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 barbarademeloquintela.pdf: 10528211 bytes, checksum: 7f9e15f4d69049b28b676fffca2ef945 (MD5) Previous issue date: 2015-03-20 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O desenvolvimento de modelos matemáticos da resposta imunológica permite que os mecanismos desse sistema de defesa possam ser melhor compreendidos. O objetivo principal deste trabalho é a representação de diferentes escalas da interação entre patógeno e hospedeiro durante infecção e tratamento para auxiliar o estudo desses elementos através do estabelecimento do acoplamento de modelos matemáticos distintos. São apresentados dois exemplos de acoplamento. No primeiro um modelo em que o processo de inflamação local no pulmão é descrito por Equações Diferenciais Parciais (EDP) enquanto um sistema de Equações Diferenciais Ordinárias (EDO) é utilizado para representar a resposta sistêmica. A simulação de diferentes cenários permite a análise da dinâmica de diversas células do sistema imune na presença de um patógeno (bactéria). Foi mostrado através da análise de resultados qualitativos do acoplamento de modelos que a ação da resposta sistêmica é essencial para eliminação das bactérias. No segundo exemplo, um conjunto de equações diferenciais ordinárias representando uma infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) é acoplado a um sistema de equações diferenciais parciais que foi desenvolvido para representar a dinâmica intracelular. Esse exemplo permitiu o estudo da replicação do HCV sob efeito de terapia com uso de drogas do tipo DAAs (Direct Acting Anti-virus) e foi validado comparando-se a dados experimentais. Os resultados reforçam que a partir dessas representações utilizando acoplamentos de modelos computacionais novas análises matemáticas e simulações de outros cenários podem ser realizadas em um espaço de tempo razoável, auxiliando o estudo do complexo sistema imune e o desenvolvimento de tratamento de infecções. / The development of mathematical models of the immune response allows a better understanding of the multifaceted mechanisms of this defense system. The main purpose of this work is to represent different scales and aspects of the host-pathogen interaction during infection and treatment by the coupling of distinct mathematical models. Two examples are defined. On the first example the local tissue inflammation processes are described by Partial Differential Equations (PDEs) whereas a system of Ordinary Differential Equations (ODEs) is used as a model for the systemic response. The simulation of distinct scenarios allows the analysis of the dynamics of different immune cells in the presence of a bacteria. It was shown with the qualitative analysis of the results of the coupled model that the systemic response is essential to eliminate the bacteria. In the second example a set of ordinary differential equations representing infection of the hepatitis C virus (HCV) is coupled to a set of partial differential equations that was developed to represent intracellular dynamics. That example allowed the study of HCV replication under therapy using direct acting antiviral drugs (DAAs) and was validated comparing to experimental data. The results support that with the coupling of computational models, other mathematical analysis and simulations could be performed, in a reasonable time frame, aiding to the study of the complex immune system and the development of treatment to infections.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The data presented in this thesis resulted from the gross and histopathological interpretation of lesions found in cattle slaughtered for human consumption. The survey for lesions in slaughtered cattle was started in 2011. During the two years of the M.Sci. program the survey was focus in parasitic lesions, which were reported and discussed in the M.Sci. dissertation. The remaining lesions are included in the present thesis and were surveyed in a prospective study (2011-2016) carried out at the Laboratório de Patologia Veterinária at the Universidade Federal de Santa Maria (LPV-UFSM). The purpose of the study describe the gross and microscopical morphology lesions found in cattle in slaughterhouses in order to help veterinary meat inspectors and pathologists alike in identifying lesions found in the carcass and viscera of cattle at meat inspection. During the survey, 540 lesions were observed in cattle at slaughterhouses from different locations in the State of Rio Grande do Sul, Brazil. Seventeen of those were toxic lesions; 65 were neoplastic; 117 were parasitic and 164 were classified as sundry, which included, among others, lesions provoked by improper proceedings during the slaughter (so called technopathies ), lesions with little or no clinical importance. The current study resulted in four scientific papers which are included in the thesis: (1) Atypical cases of actinomycosis in cattle; (2) Granulomatous lesions found in cattle slaughtered for meat production; (3) Mixed apocrine adenocarcinoma of the tail in a cow and (4) Tumors found in cattle from slaughterhouses. / Esta tese envolveu o estudo das lesões macro e microscópicas encontradas em bovinos abatidos para consumo e é o resultado de colheita e interpretação de lesões iniciadas em 2011. Durante o período de mestrado (2012-2014) realizou-se o levantamento das lesões parasitárias, que foram abordadas na Dissertação. As demais lesões serão abordadas nesta tese. Esse estudo prospectivo (2011-2016) foi realizado no Laboratório de Patologia Veterinária da Universidade Federal de Santa Maria (LPV-UFSM) e teve como objetivo descrever macro e microscopicamente as lesões de bovinos encontradas em abatedouros frigoríficos, a fim de auxiliar médicos veterinários responsáveis pelo serviço de inspeção, bem como patologistas veterinários, a identificar lesões encontradas em carcaças e vísceras dos bovinos abatidos. Durante esse período, 540 lesões foram observadas em bovinos de abatedouros frigoríficos de diferentes regiões do Rio Grande do Sul. Dessas, 17 foram lesões de origem tóxica; 65 neoplásicas; 117 parasitárias; 177 infecciosas e 164 foram classificadas como outras lesões , que incluíam lesões ocasionadas por falhas durante o abate (tecnopatias), lesões sem significado clínico importante, entre outras. Este estudo resultou em quatro trabalhos científicos: (1) Actinomicose atípica em bovinos; (2) Lesões granulomatosas encontradas em bovinos abatidos para consumo; (3) Mixed apocrine adenocarcinoma of the tail in a cow e (4) Tumores em bovinos encontrados em abatedouros frigoríficos. Esses quatros trabalhos estão anexados a esta tese.

Orientador: Jane Megid / Resumo: Foi realizada uma campanha de vacinação contra a cinomose no período de 2013 a 2014, em bairros periféricos da região de Botucatu, SP, a fim de imunizar os cães contra cinomose devido às elevadas taxas de morbimortalidade, ampla disseminação e prognóstico reservado da enfermidade. O objetivo do presente estudo foi analisar a situação de saúde dos cães por meio da avaliação da soropositividade para agentes infecciosos, verificar a proteção induzida contra parvovirus canino pela vacina comercial utilizada e o perfil de práticas de guarda responsável dos tutores.Foram realizados os testes sorológicos de reação de imunofluorescência indireta, soroaglutinação microscópica, soroneutralização e inibição da hemaglutinação, respectivamente, para: Toxoplama gondii e Ehrichia canis; Leptospira spp.; Virus Canino da Cinomose (CDV) e Parvovirus canino (CPV). A avaliação da parasitemia por E. canis foi realizada por meio da PCR. A proteção vacinal induzida contra parvovirose foi avaliada por meio da soroconversão de anticorpos anti- CPV. Foi observada sororreatividade nos testes sorológicos para Lepstospira spp. (43,33%), T.gondii (52,97%), E. canis (72,14%), CDV (17,24%) e CPV (91,86%). A parasitemia por Ehrlichia canis foi confirmada em 13,33% das amostras. O aumento percentual médio da soroconversão foi de 1545,65%. Maior percentual de práticas de guarda responsável foi observada entre os tutores que afirmaram conhecer a cinomose e entre os que confirmaram realização de vacina antirrábi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A vaccination campaign against canine distemper was carried out between 2013 and 2014, in peripheral districts of the Botucatu region, SP, aiming to immunize dogs against distemper due to the high rates of morbidity and mortality, widespread dissemination and reserved prognosis of the disease. The objective of the present study was to analyze the participating dogs health status by seropositivity evaluation for infectious agents, to verify the induced protection against Canine Parvovirus by the commercial vaccine used during the campaign and the profile of responsible pet ownership practices of the tutors. The following tests of indirect immunofluorescence, microscopic sero-agglutination, seroneutralization and haemagglutination inhibition were performed for: Toxoplasma gondii, Leptospira spp., Canine Canine Virus (CDV) and Canine Parvovirus (CDV). Indirect immunofluorescence reaction and PCR were performed for ehrlichiosis. . Vaccine protection induced against parvoviruses was evaluated by seroconversion of antibodies to Canine Parvovirus. Seroreactivity was observed in the serological tests performed with the following percent of positivity: Leptospira spp. (43.33%), T. gondii, (52.97%), E. canis (72.14%), CDV (17.24%%) and CPV (91.86%%). Ehrlichia canis was detected in 13.33% (28/210) of the samples by PCR in blood. The mean percentage variation of seroconversion was 1545.65%. A higher proportion of responsible pet ownership practices was observed among the tutors who conf... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Objetivos: El objetivo general fue analizar el grado de cumplimiento de las recomendaciones de prevención de la infección del sitio quirúrgico en una muestra representativa de hospitales del Sistema Nacional de Salud Español. Los objetivos específicos fueron: analizar la calidad formal de los protocolos, evaluar la adecuación del contenido de los protocolos a las recomendaciones científicas publicadas; analizar la adecuación de la profilaxis antibiótica y la suplementación de oxígeno en una muestra de historias clínicas y valorar las actuaciones realizadas por el servicio de anestesia para evitar la hipotermia quirúrgica en pacientes intervenidos durante más de dos horas con anestesia general. Metodología: Se revisaron 58 de un total de 84 protocolos de 21 hospitales públicos clasificados en grandes, medianos y pequeños. Se evaluaron 973 historias clínicas para valorar la profilaxis antibiótica y 316 para la suplementación de FIO2. La calidad formal se valoró mediante 10 criterios correspondientes a 7 atributos relacionados con la claridad estructural, manejabilidad, documentación, revisión programada, fiabilidad, flexibilidad y proceso multidisciplinar. La calidad de contenido fue analizada mediante recomendaciones basadas en evidencia para prevenir infecciones del sitio quirúrgico a realizar en la fase preoperatoria, intraoperatoria y postoperatoria propuestas por los organismos CDC; NQF y NICE. La higiene de manos fue evaluada de acuerdo a las recomendaciones de la OMS para el personal sanitario. Resultados: Ningún documento cumple todos los criterios, 30 cumplen las páginas numeradas y 28 la fecha de edición/actualización/publicación, ninguno cumple la revisión por expertos. Los protocolos de preparación de piel y mucosas cumplen en 12/14 las recomendaciones de ducha o baño con jabón o jabón antiséptico por lo menos la noche anterior o el día de la intervención y el uso de un agente antiséptico apropiado para la preparación de la piel . Ninguno cumple la recomendación de la eliminación del vello con maquilla eléctrica de cortar con cabeza de un solo uso, ni la de no usar hojas de afeitar para eliminar el vello o maquinilla rasuradora. En el análisis de la profilaxis antibiótica se comprobó que cumple ocho de las once recomendaciones, siendo las de mayor cumplimiento en orden de frecuencia la administración de dosis única, lo cumplen todos, no usar vancomicina de forma rutinaria y momento de administración en la fase inicial de la anestesia 16/16 respectivamente, y dar una dosis adicional cuando la operación sea más larga que la vida media del antibiótico administrado en 15/16. La suplementación de oxígeno del 80% de 316 historias clínicas evaluadas solo una cumplía el registro de la suplementación durante y después de la intervención. En las actuaciones para el mantenimiento de la normotermia no fue realizada la monitorización de la temperatura en 15 de los 21 hospitales del estudio. Los protocolos de la higiene de manos cumplen las recomendaciones de lavarse las manos después de sacarse los guantes estériles o no estériles 13/17 documentos, y antes y después del contacto con cada paciente y después de entrar en contacto con fluidos corporales, membranas mucosas, piel lesionada, o gasas para heridas lo indican 12/17 respectivamente. Conclusiones: Prevenir la infección quirúrgica es una buena práctica recomendada internacionalmente. Los documentos evaluados presentan una gran variabilidad entre hospitales con oportunidades de mejora evidentes. Las actuaciones para prevenir la infección en herida quirúrgica, uno de los efectos adversos de la atención sanitaria más frecuentes, presentan múltiples e importantes fallos. Se identifica una clara necesidad de mejorar la planificación del proceso asistencial estudiado de cara a alcanzar mejores resultados en cuanto a la calidad y seguridad del paciente. Priorizar estos esfuerzos pueden ser útiles para disminuir los efectos indeseados de las infecciones del sitio quirúrgico. / Objectives: The general objective was to analyze the degree of compliance with the recommendations for the prevention of surgical site infection in a representative sample of hospitals in the Spanish National Health System. The specific objectives were to analyse the formal quality of the protocols, assessing the adequacy of the content of protocols with the published scientific recommendations. The adequacy of antibiotic prophylaxis and oxygen supplementation were analysed in a sample of medical records. Similarly actions taken in patient´s anesthesia to prevent hypothermia in surgical patients undergoing surgery longer than two hours under general anesthesia were also evaluated. Methodology: We reviewed 58 of a total of 84 protocols of 21 public hospitals classified into large, medium and small. 973 medical records were evaluated to assess the antibiotic prophylaxis and supplementation with 316 FIO2. Formal quality was evaluated using 10 criteria corresponding to 7 attributes related to the structural clarity, usability, documentation, scheduled review, reliability, flexibility and multidisciplinary processes. The quality of content was analyzed by evidence-based recommendations for preventing surgical site infections in the preoperative, intraoperative and postoperative phase proposed by the CDC organizations; NQF and NICE. Hand hygiene was evaluated according to WHO recommendations for health care workers. Results: No document met all the quality criteria, 30 met numbered pages and 28 the date of edition/update/publication. None of them met the peer review criteria. With regards to protocols for skin and mucous preparation, 12 out of 14 fulfilled the recommendations to shower or bath with soap or antiseptic soap, at least the night before or the day of surgery, and the use of an appropriate antiseptic agent for skin preparation. None met the recommendations to use electrical hair removal with disposable head, and none recommended against the use of razors to remove hair. In the analysis of antibiotic prophylaxis it was found that all of them fulfilled eight of the eleven recommendations. The highest compliance (16/16) were for single dose administration, the recommendation against routine use of vancomycin, the administration in the initial phase of anaesthesia. A high compliance (15/16) was also found to give an additional dose when the operation was longer than the half-life of the antibiotic administered. Oxygen supplementation at 80% was evaluated in 316 clinical records. Only one of them included the supplementation during and after surgery. Actions for the maintenance of normothermia and monitoring of temperature was not conducted in 15 of the 21 hospitals. The protocols of hand hygiene met the recommendations to wash hands after removing sterile or non-sterile gloves in 13/17 documents, before and after each patient contact ,and after contact with body fluids, mucous membranes, broken skin, or wounds. Conclusions: The documents reviewed present a great variability between hospitals with obvious opportunities for improvement. Actions to prevent infection in surgical wounds, one of the most common healthcare side effects, revealed important failures. A clear need to improve the planning of the studied care process towards reaching better results in terms of quality and patient safety is identified. Giving high priority to these efforts may be useful to reduce the unwanted effects of surgical site infections.

Nas últimas décadas, pesquisadores vêm atribuindo crescente importância à ocorrência de agentes patogênicos para a conservação de animais selvagens. Epizootias em carnívoros selvagens na África e América do Norte levaram a declínios significativos nas populações afetadas. Por outro lado, animais selvagens podem agir como reservatórios para agentes que afetam o homem e animais domésticos. O objetivo deste estudo foi pesquisar a exposição de carnívoros selvagens e de animais domésticos da região da RPPN SESC Pantanal a patógenos importantes para a conservação dos carnívoros selvagens e para o homem. Para isto, entre 2002 e 2006, 76 carnívoros selvagens (43 cachorros-do-mato, Cerdocyon thous, 13 guaxinins, Procyon cancrivorous, oito lobos-guarás, Chrysocyon brachyurus, quatro jaguatiricas, Leopardus pardalis, sete suçuaranas, Puma concolor e um cachorro-vinagre, Speothos venaticus) foram capturados e tiveram amostras sangüíneas coletadas. Também foram amostrados 103 cães domésticos em comunidades humanas localizadas ao norte da RPPN e 27 cavalos utilizados no interior da reserva. Para os carnívoros (selvagens e domésticos) foi realizado sorodiagnóstico para o vírus da cinomose (soroneutralização), parvovírus (HI), raiva (SFIMT) e Leptospira spp. (MAT), além do diagnóstico direto para Leishmania spp., através da PCR. A sorologia para Leptospira spp. também foi realizada nos eqüinos. Dentre os carnívoros selvagens, 21 de 75 animais testados apresentaram título >= 8 de anticorpos para o vírus da cinomose, 70 de 76 apresentaram título >= 80 de anticorpos para o parvovírus, 4 de 76 apresentaram título >= 10 UI/ml de anticorpos para o vírus da raiva, 32 de 75 apresentaram título >= 100 de anticorpos para Leptospira spp. e 7 de 21 foram positivos para Leishmania spp. Dentre os cães domésticos, foram diagnosticados 65 positivos à sorologia para o vírus da cinomose dos 79 indivíduos testados, 98 de 102 para o parvovírus, 27 de 102 para o vírus da raiva e 18 de 103 para Leptospira spp. Para Leishmania spp., 20 de 70 foram positivos. As amostras dos animais positivos para Leishmania foram identificadas como pertencentes ao sub-gênero Viannia, sendo duas delas identificadas especificamente como Leishmania (V.) braziliensis. Vinte de 27 cavalos foram positivos sorologicamente para Leptospira spp. Os resultados obtidos indicam que os carnívoros selvagens e cães domésticos foram expostos aos cinco agentes pesquisados, demonstrando a presença destes na região. Isto indica que os carnívoros selvagens da região podem ser ameaçados pela presença dos patógenos que comumente circulam nas populações de cães domésticos. Também demonstram que agentes zoonóticos circulam nestes animais na região. No entanto, nem a mortalidade de carnívoros selvagens em decorrência de doenças nem o papel dos animais selvagens como reservatórios de agentes zoonóticos puderam ser claramente demonstrados. Apesar disto, é evidente a necessidade de implementação de medidas preventivas visando evitar a transmissão de patógenos aos carnívoros selvagens, como vacinação e controle populacional dos cães domésticos, e de um sistema de vigilância para as leishmanioses, para a raiva e para a leptospirose, aliado a um programa de educação em saúde na comunidade de São Pedro de Joselândia e adjacências. / In the last decades, researchers have been giving growing importance to the occurrence of pathogens for the conservation of wild animals. Epizootics in wild carnivores in Africa and North America have led to declines in the affected populations. On the other hand, wild animals may act as reservoirs to pathogens that affect humans and domestic animals. The purpose of this study was to assess the exposure of wild carnivores and domestic animals from the Northern Pantanal region to pathogens that are important for the conservation of wild carnivores and for men. From 2002 to 2006, 76 wild carnivores (43 crab eating foxes, Cerdocyon thous, 13 raccoons, Procyon cancrivorous, eight maned wolves, Chrysocyon brachyurus, four ocelots, Leopardus pardalis, seven pumas, Puma concolor, and one bush dog, Speothos venaticus) were captured and blood samples were collected. Additionally, 103 domestic dogs and 27 horses from the same area were also sampled. Serological tests were performed for wild carnivores and domestic dogs for CDV (SN), CPV (HI), rabies virus (SFIMT) and Leptospira spp. (MAT), along with PCR for Leishmania spp. MAT was also performed for horses. Among wild carnivores, 21 of 75 tested animals had titers >= 8 for CDV antibodies, 70 of 76 had titers >= 80 for CPV antibodies, 4 of 76 had titers >= 10 UI/ml for rabies virus antibodies, 32 of 75 had >= 100 for Leptospira spp. antibodies, and 7 of 21 were positive for Leishmania spp. Among domestic dogs, 65 of 79 animals tested positive for serology for CDV, 98 of 102 for CPV, 27 of 102 for rabies virus and 18 of 103 for Leptospira spp. For Leishmania spp., 20 of 70 were positive. Positive samples for Leishmania spp. were identified as belonging to the sub-genus Viannia. Two of these were identified to the species level as Leishmania (V.) braziliensis. Twenty of 27 horses were serologically positive for Leptospira spp. These results indicate that wild carnivores and domestic dogs were exposed to all five tested pathogens, showing their presence in the region. This indicates that wild carnivores in the region may be threatened by pathogens that commonly circulate among domestic dog populations. It also demonstrates that zoonotic agents circulate among the wild carnivore population in the region. However, neither a greater mortality of wild carnivores due to infectious diseases nor their role as reservoirs of zoonosis have been clearly demonstrated. Nevertheless, the need to act to prevent the transmission of pathogens to wild carnivores, through vaccination of domestic dogs and population control, is evident. The implementation of a surveillance system for rabies, leishmaniasis and leptospirosis, together with a health education program in the human community, would also be very important.

A suinocultura brasileira representa uma importante atividade econômica para o país, o qual ocupa lugar de destaque na produção e exportação de carne suína no mundo. O destaque do país na produção de suínos, deve-se a melhorias na sanidade, manejo, produção integrada e, principalmente, no aprimoramento gerencial dos produtores. O primeiro artigo consistiu em determinar a frequência e a distribuição das doenças infecciosas (DI) diagnosticadas através de exame de necropsia e histopatologia em suínos nas fases de crescimento e terminação ao longo de 12 anos (2005-2016) no sul do Brasil. Foram avaliados 1906 laudos anatomopatológicos de suínos nas fases de crescimento/terminação, dos quais as DI corresponderam a 75,6% (1441 casos) do total. As infecções por circovírus suíno tipo 2 (PCV2) foram as mais frequentes, contabilizando 51,3% (739/1441) dos casos, seguidas por DI que afetam o sistema respiratório (30,1% dos casos). Dentre essas, destacam-se a influenza suína A (15,1%; 218/1441) e pneumonias bacterianas (15%; 216/1441). O diagnóstico de influenza exibiu uma frequência elevada entre os anos de 2010 a 2013, totalizando 43,1% (167/387) dos casos. Após este período, ambas DI respiratórias exibiram caráter endêmico. As DI que afetam o sistema digestório totalizaram 10,5% (151/1441) dos diagnósticos, com as seguintes condições: enterocolite por Salmonella spp. (43,7%; 66/151), enteropatia proliferativa por Lawsonia spp. (41,7%; 63/151) e colite por Brachyspira spp. (14,6%; 22/151). Além dessas, as polisserosites e meningites bacterianas representaram 5,8% (84/1441) e 2,3% (33/1441) dos casos diagnosticados, respectivamente. O segundo artigo descreve três surtos de doença por circovírus suíno tipo-2 (PCVD) com lesões envolvendo musculatura esquelética. Em um curso clínico de 7 a 10 dias, 92 suínos apresentaram apatia, emagrecimento e diarreia. Ainda, cerca de 30 dos suínos afetados, apresentavam dificuldade de locomoção, fraqueza muscular, paresia de membros pélvicos e decúbito permanente. Quatro suínos exibiram palidez em músculos esqueléticos dos membros pélvicos, torácicos e dorso-lombares. As lesões microscópicas observadas consistiam de miosite necrótica granulomatosa, predominantemente, em membros pélvicos e torácicos, e em menor intensidade nos músculos dorso-lombares. No exame imuno-histoquímico para PCV2 observou-se marcação multifocal acentuada, predominantemente, no citoplasma e núcleos de macrófagos, linfócitos e células gigantes multinucleadas, além de marcação discreta no citoplasma no citoplasma de fibras necróticas da musculatura esquelética. As amostras de músculo esquelético foram positivas na reação em cadeia de polimerase para PCV2 e a ampliação exibiu 99% de identidade com sequências pertencentes ao genótipo PCV2b. / Brazilian pig farms represent an important economic activity for the country, which occupies a prominent place in the production and export of pork in the world. The country's prominence in pork production is due to improvements in sanitation, management, integrated production and, mainly, in the managerial improvement of the producers. The first study aimed to determine the frequency and distribution of infectious diseases (ID) diagnosed through necropsy and histopathology examination in growing-finishing swine along 12 years (2005-2016) in Southern Brazil. A total of 1906 anatomopathological exams performed in growing-finishing swine were evaluated, of which ID accounted for 75.6% (1441 cases) of the total. Porcine circovirus type 2 (PCV2) infections were the most frequent, accounting for 51.3% of the cases (739/1441), followed by respiratory system ID (30.1% of the cases). Among these, the main conditions were swine influenza (15.1%; 218/1441) and bacterial pneumonia (15%; 216/1441). Influenza diagnosis had a higher frequency between 2010 and 2013, accounting for 43,1% (167/387) of the cases. After this period, both respiratory ID had an endemic occurrence. Digestive system ID accounted for 10.5% (151/1441) of the diagnosis, with the main conditions diagnosed: Salmonella spp. enterocolitis (43.7%; 66/151), Lawsonia spp. proliferative enteropathy (41.7%; 63/151) and Brachyspira spp. colitis (14.6%; 22/151). Besides these, polyserositis and bacterial meningitis represented, respectively, 5.8% (84/1441) and 2.3% (33/1441) of the cases diagnosed. The second study describes three outbreak of porcine circovirus disease (PCVD) with the involvement of skeletal muscle. In a clinical course of 7 to 10 days, 92 pigs had apathy, weight loss and diarrhea. Approximately 30 of these 92 pigs had stiff gait, muscle weakness, hind limb paresis, and recumbency. 4 pigs necropsied presented pale discoloration from hind and thoracic limbs, as well from dorsal lumbar skeletal muscles. The microscopical lesions consisted of granulomatous necrotizing myositis mainly of hind and thoracic limbs, and mildly from dorsal lumbar muscles. Immunohistochemistry exam for PCV2 revealed marked multifocal intracytoplasmic and intranuclear staining predominantly in macrophages, lymphocytes and multinucleated giant cells, with a lower amount in the cytoplasm of necrotic fibers of the skeletal muscle. Affected muscle samples were polymerase chain reaction– positive for PCV2 and the amplicon exhibited 99% identity with sequences belonging to the PCV2b genotype.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Muitos estudos já demonstraram a aplicabilidade da reação em cadeia da polimerase (PCR) para o diagnóstico da leishmaniose visceral canina (LVC), cujo agente etiológico no Brasil é a Leishmania (Leishmania) chagasi. Um dos maiores obstáculos para a implementação desta técnica é a falta de padronização. Centenas de trabalhos foram publicados até o momento sobre o diagnóstico por PCR das leishmanioses, mas poucos foram realizados com a finalidade de comparar a eficiência dos diversos protocolos disponíveis. O objetivo deste trabalho foi comparar a sensibilidade de quatro métodos de PCR para o diagnóstico da LVC. As técnicas foram primeiramente testadas usando DNA purificado de promastigotas cultivados e em seguida em amostras coletadas de cães infectados pelo método do swab conjuntival. Todos os métodos de PCR utilizados neste trabalho apresentam duas etapas: amplificação seguida de hibridização ou de uma nova amplificação (nested ou semi nested). Dois dos métodos (kDNA PCR-Hibridização e kDNA snPCR) utilizam iniciadores endereçados aos minicírculos do cinetoplasto (kDNA) e os outros dois métodos apresentam como alvo a região codificante (LnPCR) e intergênica não codificante (ITS1 nPCR) dos genes do RNA ribossômico (RNAr). Quando foi utilizado DNA purificado de L. (L.) chagasi o kDNA snPCR apresentou a melhor sensibilidade detectando até 10 fg enquanto que os outros métodos detectaram até 100 fg. Estes resultados não se correlacionaram bem com os obtidos de cães infectados através do swab conjuntival. Dois grupos de 23 cães foram usados. No Grupo 1 o DNA foi extraído dos swabs pelo método do fenol-clorofórmio e no Grupo 2 por fervura. Para os cães do grupo 1 os métodos mais eficientes foram os baseados em alvos de kDNA. O kDNA PCR-Hibridização detectou parasitas em 22/23 cães (95,6%) e em 40/46 amostras (86,9%), considerando as conjuntivas direita e esquerda. O kDNA snPCR foi positivo para 21/23 cães (91,3%) e para 40/46 amostras (86,9%). As positividades destes métodos foram significativamente superiores as obtidas pelos métodos com alvos nos genes de RNAr (p<0,05). O método LnPCR obteve resultado positivo em 17/23 cães (73,9%) e em 30/46 amostras (65.2%). Já o ITS1 nPCR conseguiu detectar os parasitas em 16/23 cães (69,6%) e 28/46 (60,9%) das amostras. No grupo 2 o método kDNA PCR-Hibridização também mostrou melhor desempenho detectando parasitas em 18/23 cães (78,3%) e em 31/46 amostras (67,4%), resultado significativamente superior (p<0.05) aos outros três métodos. As positividades dos métodos kDNA snPCR e LnPCR foram abaixo do esperado e estes ensaios parecem ter sofrido algum tipo de inibição relacionada ao processo de extração de DNA. A maior sensibilidade dos métodos baseados em minicírculos de kDNA descrita por outros pesquisadores foi confirmada neste estudo. O kDNA PCR-Hibridização mostrou a melhor sensibilidade entre os métodos avaliados, entretanto a escolha do melhor método vai depender do tipo de informação requerida com o diagnóstico. Como um todo, nossos resultados apóiam a aplicabilidade do método do swab conjuntival para diagnóstico da LVC. / Many studies have demonstrated the applicability of Polymerase chain reaction (PCR) for diagnosis of canine visceral leishmaniasis (CVL). The disease in Brazil is caused by Leishmania (Leishmania) chagasi. A major concern in the development and implementation of PCR for Leishmania ssp. diagnosis is the lack of standardization. Many works on PCR diagnosis of leishmaniasis have been published, but very few studies have compared different protocols. The aim this work was to compare the sensitivities of four PCR methods for CVL diagnosis. The comparison was firstly accomplished using DNA purified from cultured promastigotas and then using samples collected from infect dogs by the conjunctival swab procedure. All PCR methods presented two steps: a first amplification followed by hybrization or a new amplification (nested or semi nested). Two of the methods (kDNA PCR-Hibridization and kDNA snPCR) used primers addressed to kinetoplast minicircles and the other two methods to the coding (LnPCR) and intergenic noncoding regions (ITS1 nPCR) of the ribosomal rRNA genes. The assessment using purified DNA of L. (L.) chagasi demonstrated that the kDNA snPCR showed the best sensitivity detecting up 10 fg while all other methods detected up to 100 fg. These results did not correlate well with those obtained from infected dogs by the conjunctival swab procedure. Two groups of 23 dogs were used. In Group 1 the DNA was extracted from cotton swabs by phenol-chloroform and in Group 2 by boiling. In the Group 1 the most efficient methods were those based on kDNA targets. The kDNA PCR-Hybridization was able detect parasites in 22/23 dogs (95.6%) and in 40/46 samples (86.9%), considering the right and the left conjunctivas. The kDNA snPCR was positive for 21/23 dogs (91.3%) and for 40/46 samples (86.9%). The positivities of kDNA based methods were significantly higher than the positivities obtained by the two methods based on ribosomal rRNA genes (p<0.05). The method LnPCR was able to detect parasites in 17/23 dogs (73.9%) and 30/46 (65.2%) samples. The ITS1 nPCR was positive for 16/23 dogs (69.6%) and 28/46 (60.9%) samples. In Group 2 the kDNA PCR-Hybridization also showed the best performance. It was able to detected parasites in 18/23 dogs (78.3%) and 31/46 samples (67.4%), significantly higher (p<0.05) than the other three methods. The positivities of two methods, kDNA snPCR, and LnPCR, were below than the expected and these assays seem to be undergone some kind of inhibition related to DNA extraction procedure. The higher sensitivity of the minicircle kDNA based assays reported by others was confirmed in this study. The kDNA PCR-Hybridization showed the best sensitivity among the assays evaluated, however the choice of the best method will depend on the kind of information needed with the diagnosis. As a whole, our results support the applicability of the conjuntival swab procedure for CVL diagnosis.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:54:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LAYS KAROLINA SOARES DA CRUZ.pdf: 1634341 bytes, checksum: a948efcc44d98427594741f6c63b8d9d (MD5) Previous issue date: 2012-10-01 / This study aimed the evaluation of a possible interference of the construction of the Cana Brava hydroelectric power plant on the cases of zoonoses in the municipalities of Cavalcante, Colinas do Sul and Minaçu, which are under its direct influence. The occurrence of zoonoses, demographic conditions, morbidity, fauna of medical importance and the use of soil were taken into consideration in the three counties mentioned above. The information was obtained from existing official sources as DATASUS, IBGE, SINAN, IBAMA, INPE, PROBIO, and Naturae. The results were analyzed through statistic tests (ANCOVA). It was identified that morbidity rates have increased from 1995 to 2007 in the three municipalities, which is equivalent to the previous and posterior period of the installation of the power plant construction. According to DATASUS, 982 cases of Dengue Fever, 1 case of Chagas Disease, none of Yellow Fever, 234 cases of LTA, 4 cases of LV, and 17 cases Malaria were diagnosed in the three counties from 2001 to 2011. Two vectors of Dengue Fever, 7 vectors of Yellow Fever, 3 vectors of LTA, and 3 vectors of Malaria were found in the area. Two hosts of Chagas Disease, three of Yellow Fever, 1 of LTA, 2 of LV and 1 of Malaria were also found. The profile of the use of the soil shows the intensification of farming and cattle raising activities in the three counties along the years. The research presented some restrictions, mainly on the divergence of data and trends that were made public by numerous agencies. Although the acquired results of this research show some changes on the impact of diseases that appear in the region, these estimates and figures may show patterns of normality. The information obtained may not be sufficient to prove a linkage between the construction of the Cana Brava hydroelectric power plant and the status and trends of zoonoses in the three municipalities. / Este trabalho teve como objetivo fazer uma avaliação da possível interferência do processo de implantação da UHE Cana Brava nos casos de zoonoses nos municípios de Cavalcante, Colinas do Sul e Minaçu, que compõe sua área de influência direta. Foram considerados dados relativos à ocorrência de zoonoses, condições demográficas, morbidade, fauna de importância médica e o perfil de uso do solo dos três municípios. As informações analisadas foram extraídas das fontes oficiais existentes, DATASUS, IBGE, SINAN, IBAMA, INPE, PROBIO e Naturae. As análises dos resultados foram feitas por meio de teste estatístico (ANCOVA). Foi identificado que as taxas de morbidade dos três municípios se comportaram de maneira crescente, entre 1995 e 2007, que compreende período anterior e posterior à instalação do empreendimento. Foram diagnosticados 982 casos de Dengue, 1 caso de Doença de Chagas, 0 de Febre Amarela, 234 de LTA, 4 de LV e 17 de Malária nos três municípios entre 2001 e 2011 segundo DATASUS. Na área foram encontrados 2 vetores de Dengue, 7 vetores de Febre Amarela, 3 vetores de LTA e 3 vetores de Malária. Também foram encontrados 2 reservatórios de Doença de Chagas, 3 reservatórios de Febre Amarela, 1 reservatório de LTA, 2 reservatórios de LV e 1 reservatório de Malária. O perfil de uso do solo mostra a intensificação das atividades agropecuárias ao longo dos anos nos três municípios. O trabalho apresentou algumas limitações, principalmente acerca da divergência dos dados divulgados pelos diversos órgãos. Embora os resultados obtidos no presente trabalho mostrem algumas alterações no perfil de doenças que ocorrem na região, estes números podem estar dentro dos padrões de normalidade. As informações obtidas não são suficientes para provar uma ligação entre a instalação da UHE Cana Brava e o perfil de zoonoses dos três municípios.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao Priscila Capriles.pdf: 11456267 bytes, checksum: 5add21ce6ff9ebf894b553efdf4c5125 (MD5) Previous issue date: 2007-03-15 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Quase 100 anos após a descoberta do Trypanosoma cruzi, agente etiológico da doença de Chagas, não existem tratamentos efetivos para esta doença tanto em sua fase aguda quanto crônica. Neste trabalho é apresentado um estudo em grande escala das proteínas preditas a partir de seqüências genômicas de T. cruzi, através de técnicas de bioinformática e modelagem comparativa, visando investigar e discutir os seguintes aspectos: (i) quais seqüências podem ter suas estruturas tridimensionais (3D) geradas e qualificadas por técnicas de modelagem comparativa, usando o workflow MHOLline; (ii) associar a estes modelos protéicos uma classificação enzimática (EC), através da ferramenta ECNGet (desenvolvida neste trabalho); (iii) através desta associação enzimática aos modelos, usá-los para inferir possíveis funções biológicas às suas seqüências alvos originalmente anotadas como hipotéticas, e/ou sugerir uma possível reanotação de seqüências; (iv) investigar dentre as enzimas com estruturas 3D geradas quais possuem similaridades (ortologias) com enzimas humanas (genoma de Homo sapiens); (v) determinar quais das enzimas identificadas fazem parte de alguma via metabólica representativa depositada em bancos de dados específicos. Dentre as enzimas de T. cruzi consideradas como alvos moleculares para o tratamento da doença de Chagas, as cisteíno proteases têm sido extensivamente estudadas experimentalmente. Neste presente estudo, as isoformas 1 e 2 da cruzipaína foram investigadas por simulações de dinâmica molecular (DM), nas temperaturas de 25°C e 37°C, tendo como controle a papaína, enzima representativa da família C1 de cisteíno proteases. Analisando 20.679 seqüências protéicas preditas a partir de CDS (Seqüência Codificante) não redundantes do genoma de T. cruzi (cepa CL Brener), 4.719 seqüências foram associadas a proteínas de membrana e foram gerados 2.786 modelos estruturais protéicos. Destes modelos, 1.888 foram associados a um EC, dos quais aproximadamente 79,5% foram classificados como tendo uma qualidade suficientemente boa para serem usados em estudos de desenho racional de fármacos baseado em estrutura, através de métodos de modelagem molecular. Dos 1.876 modelos enzimáticos com, pelo menos, uma sub-subclasse enzimática, foram identificadas 99 seqüências possivelmente análogas a enzimas humanas, 1.776 como similares e 1 bifuncional como análoga/similar. Também foi possível detectar um subgrupo de 10 modelos considerados como prováveis enzimas específicas de T. cruzi em relação a H. sapiens, não descartando possíveis relações destas seqüências com outros organismos. Nos estudos de DM realizados, o principal resultado obtido indica que a presença de resíduos ácidos na posição 158 (numeração da papaína) no sítio catalítico, pode induzir uma reorganização estrutural, suscetível a variações de temperatura, dos resíduos catalíticos em cisteíno proteases da família da papaína. Esta reorganização estrutural gera uma conformação semelhante à apresentada pela tríade catalítica (ASP/HIS/SER) em serino proteases.

Introdução: O risco de transmissão de agentes infeciosos por transfusão sangüínea é maior nos países em desenvolvimento. A hemoterapia na América Latina, embora tenha conquistado grandes avanços tecnológicos e políticos nos últimos anos, ainda apresenta diversos problemas que comprometem a qualidade dos resultados dos testes de triagem sorológica de doadores. A confiabilidade dos resultados emitidos pelos laboratórios que realizam testes de triagem sorológica de bancos de sangue pode ser determinada através de programas de avaliação externa, utilizando multipainéis específicos. Objetivos: Objetivou-se produzir multipainéis específicos para programas de avaliação externa em testes de triagem sorológica de bancos de sangue e determinar a qualidade dos resultados obtidos em 21 centros de referência da América Latina. Resultados: A seleção criteriosa da matéria-prima e a caracterização das amostras foram etapas importantes na determinação das características dos soros que constituíram os Multipainéis. Foram analisados os resultados de 5 programas, realizados no período de 1997 a 2000. A média da taxa de resultados falso-negativos (RFN) foi de 0,7% para anti-HIV, 2,89% para HBsAg, 4% para anti-H Bc, 10,7% para anti-HTLVI/II, 1,07% para anti-HCV, 3,22% para doença de Chagas e 6,25% para Sífilis. A média da taxa de resultados falsopositivos (RFP) variou de 0,73% para doença de Chagas a 5,28 % para antiHCV. Os resultados foram analisados sob diversos prismas, o desempenho de cada centro de referência, a concordância nos resultados das amostras, os \"kits\" utilizados e os parâmetros. Conclusão: Um programa sistemático como o aqui apresentado mostrou pontos importantes dentro do processo de triagem sorológica e auxiliou a elucidar algumas causas de erros. Houve uma melhora gradativa na qualidade dos resultados obtidos nos programas, do ano de 1997 para 1999. Quanto maior a proporção de amostras positivas, maior é a chance de laboratórios cometerem erros, como foi observado no multipainel do quinto programa, que teve aumento da taxa de RFN e RFP, evidenciando a existência de falhas no processo. A participação contínua nesses programas pareceu ser importante para o monitoramento das atividades realizadas no processo de triagem sorológica de doadores. / Background: In developing countries, the risk of acquiring infectious disease through blood transfusion is higher than developed countries. Although in the last 10 years, blood safety has improved in Latin America in terms of technology and politics, several problems remained unsolved that compromise the quality of the results obtained by the laboratories that perform infectious diseases screening tests. Externai evaluation program, using specific multipanel, may be an important tool to evaluate a laboratory that perform serological screening tests. Externai quality control program for blood bank serological test had not been previously performed in Latin America. Objectives: To develop the technology to produce panel of sera reactive to blood born infectious diseases and to determine the quality of the results of 21 reference centers of Latin America. Results: The criteria to select the raw material and to characterize the sample were important to determine the overall quality of the pane!. Using the Multipanel, tive Externai Quality Control programs were organized during 1997 to 2000 with 21 reference laboratories in 16 countries in Latin America. The mean rate of the false negative results was 0,7% for ant-HIV test, 2.89% for HBsAg, 4% for ant-HBc, 10.7% for ant-HTLVI/II, 1.07% for ant-HCV, 3.22% for Chagas diseases, and 6.25% for Syphilis. The mean rate of false positive results varied from 0.73% for Chagas diseases to 5.28% to ant-HCV. The results were also analyzed in terms of performance of each reference center and by the manufacture of the kits used. Conclusion: The program could provide clues about sources of common errors and was an important tool to validate the laboratory screening processo The quality of the results improved from the 1 st to the 4th programo The chance of doing errors was higher, when the proportion of positive samples were higher, as observed in the 5th program that registered elevated index of false positive and false negative results. The continuing participation in this kind of program seemed to be important to monitor the activities performed by the blood bank screening laboratory.