O genoma humano varia entre os indivíduos não somente na forma de sequência, mas também estruturalmente. Originalmente, organismos diploides possuem duas cópias de cada região autossômica, uma por cromossomo. Entretanto, com o avanço das técnicas moleculares de identificação do DNA, foram descritas sequências que se repetem em diferentes regiões do genoma em número maior ou menor do que as duas cópias esperadas. Essas variantes são denominadas copy number variants (CNVs) e definidas como segmentos genômicos, geralmente maiores do que 1 kilobase (kb), que variam em número de cópias em comparação com o genoma de referência. As CNVs podem contribuir para a variabilidade do risco entre os indivíduos na etiologia de doenças complexas. Nesse contexto, o Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença autoimune com forte componente genético, caracterizada por inflamação crônica e produção de autoanticorpos. Estudos de associação genômica em larga escala (GWAS) identificaram vários loci associados ao LES que contribuem para a susceptibilidade à patogênese. Entretanto, as pesquisas atuais com CNVs e LES focalizam apenas a análise individual de algumas variantes. O objetivo do presente trabalho foi conduzir o primeiro estudo de CNVs em larga escala em pacientes com LES. A detecção de CNVs foi feita por ensaio de Hibridação Genômica em arrays, utilizando a plataforma Affymetrix GeneChip® CytoScan HD em amostra de 23 pacientes com LES. Foram identificadas 406 CNVs distribuídas em todos os cromossomos, exceto no Y. A média foi de 18 CNVs por paciente. As deleções foram mais frequentes do que as duplicações, 311 e 95, respectivamente. O perfil de CNVs revelou 269 CNVs envolvendo genes, 152 CNVs únicas e 59 regiões de CNVs (CNVRs). Nove CNVs identificadas não haviam sido descritas em bancos de dados de variantes estruturais. Adicionalmente, encontramos CNVs em cinco genes previamente associados com LES: CFHR4, CFHR5, STAT4, MECP2 e HLA-DPB2. CNVs nestes genes foram reportadas em pacientes com LES pela primeira vez. O conhecimento das CNVs associadas com LES e autoimunidade podem contribuir para o entendimento da etiologia da doença. Em conclusão, o presente estudo foi o primeiro delineamento em larga escala de CNVs do genoma completo em pacientes com LES. / The human genome varies between individuals not only at the sequence level but also structurally. Originally, diploid organisms have two copies of each autosomal region, one per chromosome. Advances in molecular-based techniques for DNA identification enabled the description of many repeated sequences with higher or lower copy number than that two copies expected. Those sequences are termed copy number variants (CNVs) and are defined as genomic segments, usually greater than 1 kilobase (kb) in size, ranging in copy number when compared to reference genome. CNVs can contribute to risk variability among individuals in complex diseases etiology. In this context, Systemic Lupus Erythematosus (SLE) is an autoimmune disease with strong genetic component and is characterized by chronic inflammation and autoantibodies production. To date, genome-wide association studies (GWAS) have identified several loci associated with SLE that contribute to pathogenesis susceptibility. However, current CNVs studies associated with SLE focus only in few variants analysis. The aim of the present study was to conduct the first genome-wide CNVs study in SLE patients. CNVs detection was performed by high-resolution array Genomic Hybridization Assay, using the Affymetrix GeneChip® CytoScan HD platform, in 23 SLE patients samples. We identified 406 CNVs distributed in all chromosomes, except Y. The average was 18 CNVs per patient. Deletions were more frequent than duplications, 311 and 95, respectively. CNV profile showed 269 CNVs overlapped by genes, 152 unique CNVs and 59 CNV regions (CNVRs). Nine CNVs were never described in structural variants databases. We found CNVs in five genes previously associated with SLE: CFHR4, CFHR5, STAT4, MECP2 and HLA-DPB2. CNVs in these genes were reported in SLE patients for the first time. Knowledge of CNVs associated with SLE risk and autoimmunity could also improve our understanding of disease etiology. In conclusion, the present study was the first effort to search for CNVs in whole genome of SLE patients.

Submitted by William Justo Figueiro (williamjf) on 2015-06-12T12:24:30Z No. of bitstreams: 1 4.pdf: 2382758 bytes, checksum: 4c6120c8307739a15287afe6bbb8a4e0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-12T12:24:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4.pdf: 2382758 bytes, checksum: 4c6120c8307739a15287afe6bbb8a4e0 (MD5) Previous issue date: 2010-06 / UNISINOS - Universidade do Vale do Rio dos Sinos / PRÓ SINOS - Consórcio Público de Saneamento Básico da Bacia Hidrográfica do Rio dos Sinos / COMITESINOS - Comitê de Gerenciamento da Bacia Hidrográfica do Rio dos Sinos / FNMA - Fundo Nacional de Meio Ambiente do Ministério do Meio Ambiente / SEMA - Secretaria Estadual de Meio Ambiente do Rio Grande do Sul / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho fundamentou-se no monitoramento de um sistema composto de três Biofiltros Aerados Submersos (BAS)multi-estágio, aplicado ao pós-tratamento de efluente de reator anaeróbio alimentado com mistura de lixiviado de aterro sanitário e esgoto doméstico, sendo testados três diferentes meios suporte: tampas e gargalo de garrafa PET, pedra britada nº4 e anéis Pall, sendo denominados BAS 1, 2 e 3. Os BAS são reatores com biomassa fixa, de forma que os microrganismos se aderem ao meio suporte formando biofilme. Neste sentido, este trabalho objetivou verificar a ocorrência de microbiota nitrificante no período de partida do sistema, convencionado em 90 dias. Foi avaliada a presença de bactérias nitrificantes através de técnicas de reação em cadeia da polimerase (PCR) e técnica do número mais provável (NMP), visando a quantificação dos microrganismos, especificamente Nitrosomonase Nitrobacter. A presença destes foi confirmada pelos resultados das análises físico-químicas e pela técnica de NMP.A contagem de bactérias do gênero Nitrosomonas para os 3 BAS apresentou um perfil semelhante com valores entre 7,8 x 101 e >1,6 x 105(BAS1); 7,8 x 101e 1,6 x 105(BAS2) e 2,4 x 101e 9,2 x 104(BAS3). O mesmo comportamento foi observado para bactérias do gênero Nitrobacter, cujos valores variaram entre: < 1,8 x 101e 1,6 x 104(BAS1); 1,8 x 101e 2,4 x 103(BAS2); 1,7 x 01e 3,5 x 103 (BAS3). As contagens de bactérias do gênero Nitrobacter apresentaram-se menores em todos os reatores. Os teores de nitrato avaliados no efluente mostraram a ocorrência de um acréscimo na concentração ao longo do período monitorado em todos os reatores apresentando os seguintes valores: 74 a 922 mg/L (BAS 1), 95 a 910 mg/L (BAS 2) e 33 a 910 mg/L (BAS 3), o que pode ser relacionado com o aumento da presença de bactérias nitrificantes, conforme resultados do NMP. As análises de PCR, entretanto, foram prejudicadas possivelmente pela presença de substâncias inibidoras dificultando a amplificação. Neste estágio toda a matéria orgânica facilmente biodegradável já havia sido consumida pelo pré-tratamento anaeróbio a jusante dos BAS, permanecendo no afluente aos BAS apenas matéria orgânica recalcitrante, o que dificultou o desenvolvimento de um biofilme adequado e possivelmente a amplificação do DNA das bactérias nitrificantes presentes no sistema. Esta pesquisa é parte de dois projetos amplos, o Programa de Apoio ao Ensino e a Pesquisa Científica e Tecnológica em Engenharias (Pró-Engenharias) e o Plano Sinos, que tem por objetivo estruturar o Plano de Bacia para o Rio dos Sinos. A importância deste trabalho vai de encontro com a necessidade de se desenvolverem alternativas que busquem melhorar a qualidade das águas residuárias lançadas na Bacia Hidrográfica do Rio dos Sinos. / his work was based on the monitoring of a system formed by three multi-stage Submerse Aerated Biofilters (BAS), applied to the post-treatment of effluent of the anaerobic reactor fed with mixture of landfill leachate and domestic sewage, being tested three different support media: lids and necks of PET bottles, broken stone nº4 and Pall rings, being denominated BAS 1, 2 and 3. The BAS are reactors with fixed biomass, in a way that the microorganisms adhere to the support media forming biofilm. In this way, this work had as objective to verify the occurrence of nitrifying microbiota in the set-off period of the system, established in 90 days. The presence of nitrifying bacteria was evaluated through polymerase chain reaction techniques (PCR) and technique of the most probable (NMP), seeking the quantifying of the microorganisms, specifically Nitrosomonas and Nitrobacter. The presence of these was confirmed by the results of the physical-chemical analysis and by the NMP technique. The counting of the bacteria of the Nitrosomonas gender for the 3 BAS presented a similar profile with values between 7,8 x 101 and >1,6 x 105(BAS1); 7,8 x 101 and 1,6 x 105(BAS2) and 2,4 x 101 and 9,2 x 104(BAS3). The same behavior was observed for bacteria of the Nitrobacter gender, which values vary between: < 1,8 x 101 and 1,6 x 104(BAS1); 1,8 x 101 and 2,4 x 103(BAS2); 1,7 x 101 and 3,5 x 103 (BAS3). The counting of bacteria of the Nitrobacter gender presented themselves lower in all the reactors. The levels of nitrate evaluated in the effluent showed the occurrence of an increase in the concentration during the monitored period in all the reactors presenting the following values: 74 to 922 mg/L (BAS 1), 95 to 910mg/L (BAS 2) and 33 to 910 mg/L (BAS 3), which can be related to the increase of the presence of nitrifying bacteria, according to the results of the NMP. The analysis of PCR, however, was harmed possibly by the presence of hindering substances making the amplification difficult. In this stage all the easily biodegradable organic matter had already been consumed by the anaerobic pre-treatment previously to the BAS, remaining in the affluent to the BAS only recalcitrant organic matter, which hindered the development of an adequate biofilm and possibly the amplification of the DNA of the nitrifying bacteria present in the system. This research is part of two more ample projects, the Teaching Aid Program and the Scientific and Technological Research in Engineering (Pro-Engineering) and the Sinos Plan, which has as objective to structure the Basin Plan for the Sinos River. The importance of this work meets the necessity of developing alternatives which seek to improve the quality of the wastewater thrown in the Hydrographic Basin of the Sinos River.

Submitted by Silvana Teresinha Dornelles Studzinski (sstudzinski) on 2015-07-08T14:34:31Z No. of bitstreams: 1 Matheus Vicenzo Lehnen.pdf: 7507080 bytes, checksum: 1036a30adcb3840ea0e5fcb545f29987 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-08T14:34:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Matheus Vicenzo Lehnen.pdf: 7507080 bytes, checksum: 1036a30adcb3840ea0e5fcb545f29987 (MD5) Previous issue date: 2012-05 / Milton Valente / Nos dias atuais, os componentes eletrônicos estão cada vez mais potentes e com mais dispositivos integrados e há a necessidade de uma dissipação térmica mais eficiente. Os atuais ventiladores e dissipadores de calor usando ar como fluido de trabalho estão ficando obsoletos. Por este motivo, torna-se necessário o desenvolvimento de um sistema mais eficiente. Existem três técnicas principais em estudo nesta área: resfriamento líquido, trocadores de calor compostos por microcanais e jatos sintéticos como transmissores de quantidade de movimento ao fluido. Entretanto, a análise em pequena escala encontra limitações experimentais de modo que uma abordagem por Dinamica de Fluidos Computacional (Computational Fluid Dynamics – CFD) é mais recomendável para caracterizar e validar o desempenho dos jatos sintéticos. O objetivo principal deste trabalho é realizar uma análise fluidodinâmica de jatos sintéticos e caracterizar a troca térmica de jatos sintéticos colidindo sobre uma superfície aquecida, através de simulação numérica. A flexibilidade da aproximação numérica também possibilita o estudo da sensibilidade do design a vários parâmetros físicos e geométricos, tais como o número de Reynolds, a frequência do atuador, o número de Prandtl, a distância da placa aquecida ao orifício da cavidade, o formato do orifício do atuador, a profundidade da cavidade e a espessura da placa do orifício. Os resultados caracterizam o efeito dos parâmetros físicos e geométricos de interesse na formação do jato e na dissipação térmica. O conhecimento agregado neste estudo permitiu determinar uma correlação para o número de Nusselt em função da frequência adimensional – o número de Strouhal – do número de Reynolds, do número de Prandtl e da distância adimensional da superfície aquecida ao orifício. Assim, é possível prever o comportamento de tais jatos sobre a superfície aquecida, e assim contribuir para os atuais estudos nesta linha de pesquisa. Os resultados apresentados tem então aplicação em estudos posteriores, de maior complexidade de design com atuadores combinados com trocadores de calor de aletas, coolers e micro canais, resultando em avanços na área de resfriamento de microchips. / Current electronic components are becoming ever more potent and densly integrated, which requires further increases in the efficiency of heat dissipation. With current fan-based heat dissipation techniques with air as the working fluid becoming outdated, there is a pressing need to develop more eficient methods to cope with demand. So far, three techniques have been the primary focus of studies in this area: liquid cooling, microchannel heat exchangers and synthetic jets used to promote increased momentum transfer. Analysis of such devices at the small physical scale of electronic components is somewhat problematic in experimental form so that a computational fluid dynamics (CFD) approach is recommended. The main objective of this study is thus to utilize a CFD approach to establish the performance characteristics of a synthetic jet impacting against a heated surface. The flexibility of a numerical approach also allows the examination of the sensibility of the design with respect to several physycal and geometric parameters such as Reynolds number, pulsing frequency, jet orifice shape and size, cavity size and distance between the heated surface and the device. Such results, provide insight in the effect of physical and geometric parameters in the jet formation and heat dissipation. The combined knowledge of this study allowed the development of a practical correlation for the Nusselt number based on the Strouhal number (normalized pulsing frequency), Reynolds number, Prandtl number and the distance between the heated surface and the synthetic jet. This result allows improved predictions of a jet impacting against a heated surface and, consequently, adds an important contribution to other studies in this area. It is expected that the results presented here will be the starting point for further work, in which increasingly complex geometries such as actuators combined with heat exchangers equipped with fins, coolers or microchannels are examined to further improve the knowledge in the field of electronic cooling.

Made available in DSpace on 2016-04-27T16:57:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Denise Di Giovanni Lamberti.pdf: 4455175 bytes, checksum: fa007c3d4c5617401e0560cdf8fd916d (MD5) Previous issue date: 2014-05-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study investigated knowledge on natural number, offered and achieved by the teachers-students in the discipline Construction of the logic-mathematical knowledge, in a specialized course, semipresential, "Psychopedagogy with a classroom focus", held by the first time in 2011, in the city of Regente Feijó-SP. This is a case study with a documentary character of a qualitative nature which analyzed the course s schedule content, the textbook, the video classes and the responses written by the teachers-students of the investigated discipline. The discipline was analyzed on the knowledge concerning the natural number, by several theoretical contributions and the schedule content by only one of them. The study revealed the course s multiplicity characteristics, setting the teacher s base knowledge required for teaching action, also showing limitations. It considered that the allocated time for the discipline focused on mathematics education should be higher so that it includes reflection and relationship among treated subjects and teacher practices, for the development of necessary knowledge for the teaching occupation. From theoretical frameworks, that seek to the continuous search of knowledge development of teaching occupation on: natural number, number sense, algebraic thinking, psychopedagogic action, learning and constructivism, this study brings contributions to the investigated discipline and to the course, in varied perspectives, with a common goal: the communities establishment where interlocutors (students, teachers, researchers, tutors) can study and reflect on the subject, practice and reflect on the practiced, finally learn and learn how to learn, developing professionally, individually and collectively. This study falls in the Capes Teaching Area / Este trabalho investigou conhecimentos relativos ao número natural, oportunizados e atingidos pelas professoras-alunas na disciplina Construção do conhecimento lógico-matemático, de um curso de especialização, semipresencial, Psicopedagogia com foco em sala de aula , realizado pela primeira vez em 2011, na cidade de Regente Feijó-SP. Trata-se de um estudo de caso de caráter documental de natureza qualitativa que analisou o ementário do curso, o livrotexto, as videoaulas e respostas escritas pelas professoras-alunas da disciplina investigada. A disciplina foi analisada quanto aos conhecimentos relativos ao número natural, por diversos aportes teóricos e o ementário por um só deles. O estudo revelou a multiplicidade de características do curso, configurando o conhecimento base do professor necessário à ação docente, mostrando também limitações. Considerou que o tempo destinado à disciplina voltada à educação matemática deva ser maior para que esta contemple a reflexão e o relacionamento entre assuntos tratados e práticas dos professores, para desenvolvimento de conhecimentos necessários à atividade profissional docente. A partir de referenciais teóricos, que visam à busca contínua de desenvolvimento de saberes profissionais docentes sobre: número natural, senso numérico, pensamento algébrico, atuação psicopedagógica, aprendizagem e construtivismo, este estudo traz contribuições à disciplina investigada e ao curso, em variadas perspectivas, com um objetivo comum: a constituição de comunidades onde interlocutores (alunos, professores, pesquisadores, tutores) possam estudar e refletir sobre o estudado, praticar e refletir sobre o praticado, enfim aprender e aprender a aprender, desenvolvendo-se profissionalmente, individual e coletivamente. Esta pesquisa se insere na Área Ensino da Capes

Made available in DSpace on 2016-04-27T17:13:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marco Aurelio Munhoz Cano.pdf: 6746661 bytes, checksum: 9a79e3a7f035e62ed2328874b896bcd2 (MD5) Previous issue date: 2007-05-16 / Made available in DSpace on 2016-08-25T17:25:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Marco Aurelio Munhoz Cano.pdf.jpg: 3970 bytes, checksum: 6e21b5431b4f389d5af3c5384a9cbb79 (MD5) Marco Aurelio Munhoz Cano.pdf: 6746661 bytes, checksum: 9a79e3a7f035e62ed2328874b896bcd2 (MD5) Previous issue date: 2007-05-16 / The present dissertation focuses some relations between the influence of Pythagoras in Old Greece and the historical approach of the Pythagorean Theorem worked by Mathematics teachers during the elementary and high schools, following the National Curricular Parameters (PCNs) exigencies and giving emphasis to the connected aspects to science, magic and philosophy in the teaching/learning process of Mathematics. We know that the Mathematics did not evolve of a linear form and logically organized and was developed following different ways in several cultures, where the Mathematics pattern today accepted and used in the present work have originated with the Greek civilization, in approximately the period of 700 B.C. to 300 A.C. Although the historical Pythagoras existence has raised doubts for many, it s important to recognize that his works, activities and concepts throughout the years, even surrounded by myths and legends, had exerted deep influences in the Greek culture. At the first moment of the work, it was necessary a historical and legendary inventory on the Pythagoras life and work. At the second moment, we analyze four didactic books in the historical context and collate these analyses with the curricular proposals, specially the National Curricular Parameters (PCNs). We had as a target public the students of 5. and 7. series of elementary school (particular net S.C.S.), 3. series of high school (municipal net S.C.S.) and students from the National Service of Industrial Learning (SENAI Almirante Tamandaré S.B.C.). With that experiment, it was possible to evidence some advantages in relation to the adopted approach concerning to the importance of the historical aspects in the teaching / learning process of Mathematics. Nobody will contest that the Mathematics teacher must have knowledge of his subject. But the transmission of this knowledge through education depends on his understanding of how this knowledge was originated, of which the main motivations for its development and which were the reasons of its presence in the school curricula. To detach these facts is one of the main objectives of the Mathematics History. (Ubiratan D. Ambrósio) / A presente dissertação focaliza algumas relações entre a influência de Pitágoras na Antiga Grécia e a abordagem histórica do Teorema de Pitágoras trabalhado pelos professores de Matemática durante o ensino fundamental e médio, seguindo os requisitos dos Parâmetros Curriculares Nacionais (PCNs) e dando ênfase aos aspectos relacionados à ciência, magia e filosofia no processo ensino/aprendizagem da Matemática. Sabemos que a Matemática não evoluiu de forma linear e logicamente organizada e desenvolveu-se seguindo caminhos diferentes nas diversas culturas, onde o modelo de Matemática hoje aceito e utilizado no presente trabalho originou-se com a civilização grega, no período aproximadamente de 700 a.C. a 300 d.C. Embora a existência histórica de Pitágoras seja por muitos colocada em xeque, é importante reconhecer que suas doutrinas, trabalhos, atividades e conceitos ao longo dos anos, mesmo envoltos por mitos e lendas, exerceram profundas influências na cultura grega. No primeiro momento do trabalho, fez-se necessário um levantamento histórico e lendário sobre a vida e obra de Pitágoras. No segundo momento, analisamos quatro livros didáticos no contexto histórico e confrontamos estas análises com as propostas curriculares, especialmente os Parâmetros Curriculares Nacionais (PCNs). Tivemos como público-alvo os alunos da 5ª e 7ª série do ensino fundamental (rede particular S.C.S.), 3ª série do ensino médio (rede municipal S.C.S) e alunos do Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial (SENAI Almirante Tamandaré S.B.C.). Com esse experimento, foi possível constatar algumas vantagens em relação ao enfoque adotado sobre a importância dos aspectos históricos no processo ensino/aprendizagem da Matemática. Ninguém contestará que o professor de Matemática deve ter conhecimento de sua disciplina. Mas a transmissão desse conhecimento através do ensino depende de sua compreensão de como esse conhecimento se originou, de quais as principais motivações para o seu desenvolvimento e quais as razões de sua presença nos currículos escolares. Destacar esses fatos é um dos principais objetivos da História da Matemática. (Ubiratan D Ambrósio)

O gênero Phytomonas está associado a enfermidades devastadoras em plantações de interesse econômico, enquanto que outros vegetais parasitados não apresentam nenhum dano aparente. A seqüência-consenso de um agrupamento de ESTs de P. serpens determinado anteriormente apresentou alta similaridade com indolpiruvato descarboxilases (IPDCs) de fitobactérias e putativas piruvato/indolpiruvato descarboxilases de Leishmania spp. A enzima IPDC está na via de biossíntese do ácido 3-indolil acético, um dos hormônios vegetais mais importantes. Verificamos que o gene IPDC está presente em diversos isolados de Phytomonas, em múltiplas cópias (cerca de 104 cópias em P. serpens e 200 cópias em P. françai), contíguas e concentradas em uma banda cromossômica. Análises filogenéticas e amplificações por PCR com oligonucleotídeos degenerados apontam o clado Phytomonas-Leishmania como grupo-irmão de IPDCs de fitobactérias, sugerindo um processo de transferência horizontal anterior à separação dos tripanossomatídeos do clado que também inclui Leptomonas, Herpetomonas e Crithidia. / The genus Phytomonas is associated to devastating diseases in commercially important crops, whereas in other plant species no apparent damage is observed. The consensus sequence of one group of ESTs of P. serpens previously determined showed high similarity with indolepyruvate decarboxylases (IPDCs) from phytobacteria and putative pyruvate/indolepyruvate decarboxylases of Leishmania spp. The enzyme ipdC participates in the biosynthetic pathway of the indole-3-acetic acid, one of the most important plant hormones. We found that the IPDC gene is present in several Phytomonas isolates, in multiple copies (about 104 copies in P. serpens and 200 copies in P. françai, in tandem and concentrated in one chromosomal band. The phylogenetic analyses and data of PCR amplifications with degenerated primers point the clade Phytomonas-Leishmania as a sister group of IPDCs of phytobacteria, suggesting a process of horizontal gene transfer prior to the separation of the trypanosomatid clade that also includes Leptomonas, Phytomonas, Herpetomonas, Leishmania and Crithidia.

As malformações cardíacas congênitas (MCCs) são as malformações mais comuns ao nascimento, representando uma importante causa de morbidade e mortalidade em recém-nascidos. Nos últimos anos, estudos utilizando testes citogenômicos têm permitido elucidar e compreender melhor as causas das MCCs. O objetivo geral desse estudo foi investigar a presença de CNVs em amostras de tecido obtidas post-mortem de portadores de malformações cardíacas congênitas sindrômicas; e os objetivos específicos consistiram em avaliar a frequência das CNVs, destacando as mais relevantes, comparar a presença de CNVs nos diferentes tecidos e realizar a correlação genótipo-fenótipo. Para isso, foram estudados um total de 52 casos de natimortos e recém-nascidos provenientes do Serviço de Verificação de Óbitos - FMUSP. Amostras de DNA extraídas da pele, diafragma e do coração foram avaliadas utilizando o kit AmpFlSTR® MiniFiler(TM) PCR Amplification (Life Technologies(TM), USA) e a técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) com diferentes kits (MCR-Holland, Holanda). A técnica de FISH foi utilizada para a confirmação dos resultados obtidos em um dos casos estudados. Foram encontradas CNVs relevantes em 21 casos, incluindo trissomia do 18 (10 casos), trissomia do 21 (4 casos), trissomia do 13 (2 casos), trissomia do 16 (1 caso), monossomia do X em mosaico (1 caso), dup 4p16 (1 caso), dup 11q25 (1 caso) e del GATA4 éxon 6 (1 caso). A análise genômica se mostrou eficiente na investigação das bases genômicas e na caracterização das diferentes malformações em amostras post-mortem de portadores de MCC sindrômicas / Congenital heart defects (CHDs) are the most common birth defect and represent an important cause of morbidity and mortality in newborns. In recent years, studies using cytogenomic tests have enabled an improved understanding of the causes of CHD. The general objective of this study was to investigate the presence of CNVs in post-mortem tissue samples from patients with congenital syndromic cardiac malformations; and the specific objectives were to evaluate the frequency of CNVs, highlighting the most relevant ones, to compare the presence of CNVs in the different tissues and to perform the genotype-phenotype correlation. For this, a total of 52 stillbirth and newborn cases from the Death Verification Service (SVO), FMUSP were investigated. DNA samples from skin, diaphragm and heart tissues were evaluated using an AmpFlSTR® MiniFiler(TM) PCR Amplification Kit (Life Technologies(TM), California, USA) and Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) with different kits (MCRHolland, Amsterdam, The Netherlands). FISH was used to confirm the results of one of the studied cases. The results showed relevant copy number variations (CNVs) in 21 cases, including trisomy 18 (10 cases), trisomy 21 (4 cases), trisomy 13 (2 cases), trisomy 16 (1 case), mosaic monosomy X (1 case), dup 4p16 (1 case), dup 11q25 (1 case) and del GATA4 exon 6 (1 case). Genomic analysis was found to efficiently identify the genomic basis of, and characterize, various malformations found in postmortem samples from syndromic CHD carriers

INTRODUÇÃO: Os defeitos cardíacos congênitos (DCC) são um grupo de anormalidades estruturais mais prevalentes ao nascimento e uma das principais causas de morbidade e mortalidade infantil. Os fatores genéticos são importantes na etiologia dos DCC. Estudos têm mostrado a contribuição da variação no número de cópias (CNV) na gênese das malformações cardíacas. A deleção 22q11.2 é a causa mais comum de microdeleção humana e está relacionada com defeito cardíaco (DCC) conotruncal. O MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) é um método eficaz para detectar microdeleções/microduplicações em pacientes com DCC. OBJETIVO: Detectar a presença da variação no número de cópias gênicas em pacientes portadores de cardiopatia conotruncal pela técnica de MLPA e associar ao fenótipo do paciente. MÉTODOS: Foram avaliados 39 pacientes (23 do sexo masculino, 16 do sexo feminino) com idade entre 2 dias e 19 anos (mediana de 6 anos), todos com cardiopatia conotruncal, a maioria dos pacientes (56%) apresentavam tetralogia de Fallot. Avaliação clínica e laboratorial foi realizada em todos os pacientes. O cariótipo foi normal em todos pacientes. MLPA foi realizada com os kits P064, P036/P070 e P250. RESULTADOS: Foram detectadas CNVs em sete pacientes: deleção 22q11.2, duplicação 22q11.2, duplicação 15q11.2, duplicação 20p12.2, deleção 19p, duplicação 15q e duplicação 8p23.2 com duplicação 10p12.31. As cardiopatias encontradas nestes pacientes foram: dupla via de saída de ventrículo direito (2), coartação da aorta, tetralogia de Fallot (3) e transposição de grandes artérias. Os achados clínicos extracardíacos encontrados nestes pacientes foram dismorfismo facial, dente neonatal, atrofia e displasia cerebral, atresia duodenal, dificuldade de aprendizado, insuficiência velofaríngea, aplasia de timo, refluxo gastroesofágico, hérnia umbilical, asma, infecções de vias aéreas frequente, déficit de crescimento e somente três apresentavam retardo no desenvolvimento neuropsicomotor (dup 15q11.2, dup 15q, del 22q11.2). As características clínicas foram compatíveis com o relatado na literatura associado com a microdeleção/microduplicação encontrada. Nenhuma destas alterações foram herdadas de seus pais testados em seis casos. CONCLUSÃO: O uso do MLPA possibilitou a detecção de CNVs em pacientes com DCC. O diagnóstico precoce das CNVs em pacientes com DCC auxilia na prevenção de morbidade e diminuição da mortalidade nestes pacientes, contudo em um país com regiões com poucos recursos laboratoriais genéticos uma avaliação clínica minuciosa em todo paciente com DCC é imprescindível para direcionar qual melhor exame deve ser realizado / INTRODUCTION: Congenital heart defects (CHD) are a group of structural abnormalities most prevalent birth and a major cause of infant morbidity and mortality. Genetic factors are important in the etiology of CHD. Studies have shown the contribution of copy number variation (CNV) in the genesis of cardiac malformations. The deleletion 22q11.2 is the most common cause of human microdeletion and is related conotruncal cardiac defect (DCC). The MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) is an effective method to detect microdeletions/micoduplications in patients with CHD. PURPOSE: Detect the presence of gene copies number variation in the patients with conotruncal heart defect by MLPA technique and associate the phenotype of the patient. METHODS: 39 patients (23 males, 16 females) aged 2 days old - 19 years old (median= 6 years old) with conotruncal cardiac defect were evaluated. Tetralogy of Fallot was more prevalent heart defect (56%). All patients were evaluated clinical and laboratory. Karyotypes were normal in all pacients. MLPA was performed with the P064, P036/P070 and P250 kits. RESULTS: CNVs were detected in seven patients: 22q11.2 deletion, 22q11.2 duplication, 15q11.2 duplication, 20p12.2 duplication, 19p deletion, 15q duplication and 8p23.2 duplication with 10p12.31 duplication. The congenital heart defect found in these patients were: double outlet right ventricle (2), coarctation of the aorta, tetralogy of Fallot (3) and transposition of the great arteries. Clinical findings in these patients were facial dysmorphism, neonatal tooth, brain atrophy and dysplasia, duodenal atresia, learning disabilities, velopharyngeal insufficiency, thymic aplasia, gastroesophageal reflux, umbilical hernia, asthma, frequent infections of the airways , failure to thrive, and only three had delayed psychomotor development (dup 15q 11.2, dup 15q, del 22q11.2) The clinical features were consistent with those reported in the literature associated with the microdeletion /microduplication found. None of these alterations were inherited from six parents tested. CONCLUSIONS: MLPA was effective to detect CNVs in patients with CHD. Early diagnosis of CNVs in patients with CHD assists in preventing morbidity and decreased mortality in these patients, however, in a country with regions with few genetic laboratory resources a thorough clinical evaluation in all patients with CHD is essential to direct which should be further analyzed performed

Esta tese consiste em um estudo descritivo da morfofonologia e da morfossintaxe da língua Arara, pertencente à família linguística Karib. O objetivo principal consiste em compreender como as categorias gramaticais de Tempo, Aspecto e Modo (TAM) interagem com as categorias de pessoa e número no predicado verbal. Certos morfemas de pessoa, assim como de número são selecionados por determinadas propriedades de TAM da sentença. Para dar conta do entendimento completo da interação entre essas categorias, as análises da presente tese incluíram propriedades gerais das interfaces morfofonológica e morfossintática que atuam nas formas e distribuição dos morfemas. Além disso, foram descritas algumas propriedades semântico-pragmáticas. Os morfemas estão sujeitos aos processos alomórficos comuns à língua como assimilação da sonoridade e da nasalidade, além de ablaut. Alomorfes supletivos também foram identificados, bem como morfemas portmanteau. Foram apresentados morfemas de tempo (passados - imediato, médio, distante - e futuro), aspecto (imperfectivo, iterativo, imperfectivo passado e resuntivo) e modo (imperativo, hortativo, vetativo, permissivo, admonitivo, interrogativo, intencional, frustrativo). As flexões de pessoa nos tempos e aspectos mencionados interagem com hierarquia de pessoa em verbos transitivos e com duas classes de verbos intransitivos. Verbos transitivos são afixados por duas séries de prefixos pessoais, A e O, enquanto cada classe de verbo intransitivo é afixada por apenas uma das séries de morfemas morfologicamente semelhantes aos morfemas encontrados em verbos transitivos, SA ou SO. Já os prefixos pessoais que ocorrem com as flexões de modo apresentam paradigmas menores, dos quais fazem parte um restrito conjunto de pessoas. As flexões de número, por sua vez, consistem em morfemas distintos que ocorrem com determinadas flexões de TAM. Apenas na terceira pessoa do passado distante e na terceira do passado médio são selecionados morfemas específicos. Deste modo, o plural é marcado por diferentes morfemas no mesmo paradigma. Também foram abordadas as construções não verbais, nas quais a categoria de TAM é expressa por partículas e morfemas de tempo nominal quando a cópula está ausente e por meio dos morfemas anteriormente investigados quando a cópula verbal itxi está presente. A metodologia empregada consistiu em realizar análises coerentes com a estrutura interna da língua, a partir do embasamento de conceitos analíticos provenientes da literatura de viés tipológico funcionalista e histórico-comparativo. Foram utilizados dados atuais, provenientes de trabalho de campo, que consistem em textos e sentenças. Palavras-chave: Esta tese consiste em um estudo descritivo da morfofonologia e da morfossintaxe da língua Arara, pertencente à família linguística Karib. O objetivo principal consiste em compreender como as categorias gramaticais de Tempo, Aspecto e Modo (TAM) interagem com as categorias de pessoa e número no predicado verbal. Certos morfemas de pessoa, assim como de número são selecionados por determinadas propriedades de TAM da sentença. Para dar conta do entendimento completo da interação entre essas categorias, as análises da presente tese incluíram propriedades gerais das interfaces morfofonológica e morfossintática que atuam nas formas e distribuição dos morfemas. Além disso, foram descritas algumas propriedades semântico-pragmáticas. Os morfemas estão sujeitos aos processos alomórficos comuns à língua como assimilação da sonoridade e da nasalidade, além de ablaut. Alomorfes supletivos também foram identificados, bem como morfemas portmanteau. Foram apresentados morfemas de tempo (passados - imediato, médio, distante - e futuro), aspecto (imperfectivo, iterativo, imperfectivo passado e resuntivo) e modo (imperativo, hortativo, vetativo, permissivo, admonitivo, interrogativo, intencional, frustrativo). As flexões de pessoa nos tempos e aspectos mencionados interagem com hierarquia de pessoa em verbos transitivos e com duas classes de verbos intransitivos. Verbos transitivos são afixados por duas séries de prefixos pessoais, A e O, enquanto cada classe de verbo intransitivo é afixada por apenas uma das séries de morfemas morfologicamente semelhantes aos morfemas encontrados em verbos transitivos, SA ou SO. Já os prefixos pessoais que ocorrem com as flexões de modo apresentam paradigmas menores, dos quais fazem parte um restrito conjunto de pessoas. As flexões de número, por sua vez, consistem em morfemas distintos que ocorrem com determinadas flexões de TAM. Apenas na terceira pessoa do passado distante e na terceira do passado médio são selecionados morfemas específicos. Deste modo, o plural é marcado por diferentes morfemas no mesmo paradigma. Também foram abordadas as construções não verbais, nas quais a categoria de TAM é expressa por partículas e morfemas de tempo nominal quando a cópula está ausente e por meio dos morfemas anteriormente investigados quando a cópula verbal itxi está presente. A metodologia empregada consistiu em realizar análises coerentes com a estrutura interna da língua, a partir do embasamento de conceitos analíticos provenientes da literatura de viés tipológico funcionalista e histórico-comparativo. Foram utilizados dados atuais, provenientes de trabalho de campo, que consistem em textos e sentenças. / This dissertation is a descriptive study on the morphophonology and morphosyntax of the Arara language, a member of the Karib linguistic family. The main goal of the study is to understand how the grammatical categories of Tense, Aspect and Mood (TAM) interact with the marking of person and number on the predicate. Some person morphemes as well as number morphemes are selected by certain TAM properties of the sentence. To account for the full understanding of the interactions, the analyses include general morphophological processes and morphosyntactic aspects to which these morphemes are subject. In addition, some semantic-pragmatic properties are described. Morphemes are subject to processes of assimilation of sonority and nasality, as well as ablaut. There are also some suppletive allomorphs and portamanteau morphemes. TAM suffixes mark tense: three degrees of past (immediate, medial, distant) and future; aspects - imperative, iterative, imperfect used only in the distant past, resumptive; and mood - imperative, hortative, vetitive (prohibitive), permissive, admonitive, interrogative, intentional and frustrative. When inflected for these tense and aspect categories, the person prefixes of the verbs interact with a person hierarchy in transitive verbs and with two classes of intransitive verbs. Transitive verbs can be inflected with two sets of different personal prefixes, A and O, while each class of intransitive verbs can be inflected by one of the personal prefixes that are similar to the ones found with the transitive verbs, either the SA or SO series of prefixes. Personal prefixes of verbs inflected for all the mentioned moods form smaller paradigms, which are composed by a restricted number of person markers. Regarding the number category, there are distinct morphemes that occur with certain TAM inflections. Specific number morphemes occur only with the third person of the distant past and the third person of the medial past. In this way, the plural is marked by different suffixes in the same paradigm. Non-verbal constructions are also addressed. In these constructions, the TAM category is expressed by particles and morphemes of nominal tense when the copula is absent or by TAM morphemes if the verbal copula itxi is in the predication. The methodology employed is to perform analyses consistent with the internal structures of the language. These analyses are based on analytical concepts from typological funcionalist and historical-comparative literature. We used data from fieldwork, which consists of texts and sentences.

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