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Avaliação da influência da temperatura e do Ph na determinação sexual do tambaqui Colossoma macropomum (Cuvier, 1818)Morais, Irani da Silva de 12 September 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-09-12 / Não há. / A aquicultura é uma das atividades agropecuárias que mais cresce no Brasil e no mundo. Na Amazônia, possui grande potencial devido à importância natural dos peixes na alimentação das populações humanas locais, que sempre os tiveram em abundância e variedade. Nas últimas décadas, o crescimento dos centros urbanos, principalmente Manaus, e o aumento da pressão de captura sobre os estoques naturais foram fatores responsáveis pela diminuição da fartura de peixes na região. Dessa forma, a piscicultura vem crescendo para suprir essa demanda e com isso gerando emprego e renda para as comunidades rurais. Como consequência do cultivo, surge a necessidade de melhoria e rapidez no processo de criação de peixes, usando técnicas que viabilizem o cultivo em menor tempo e em maior eficiência (produção por área de cultivo). Com a finalidade de fornecer conhecimentos básicos que possam auxiliar o desenvolvimento de novas tecnologias para a piscicultura regional e nacional, o objetivo do presente trabalho foi avaliar a influência da temperatura e pH na determinação de machos e fêmeas de tambaqui. Para isso, os referidos fatores físicos foram controlados em laboratório e foram realizados dois experimentos independentes, um para pH (6,5, 7,5 – controle e 8,5) e outro para temperatura (26, 28 – controle e 30 ºC), com dois ensaios em cada um. As larvas de tambaqui (12 dpe) foram mantidas nos tratamentos até atingirem 4 cm de comprimento padrão, quando foram transferidas para tanques rede até alcançarem o tamanho de sexagem. Com base em avaliações histológicas das gônadas, o tratamento de pH ácido produziu mais machos que o tratamento controle (pH 7,5). A temperatura de 26 ºC mostrou-se inviável experimentalmente pela alta mortalidade dos animais. A temperatura mais elevada apresentou uma tendência em aumentar a proporção de machos no lote. O resultado do trabalho sugere que o pH ácido (6,5) pode influenciar na proporção de machos e fêmeas em tambaqui, com maior número de machos. Os dados certamente poderão contribuir para o avanço do conhecimento sobre a biologia do desenvolvimento do tambaqui, servindo de apoio às pesquisas aplicadas, como em estudos sobre efeitos do aquecimento global, evolutivos, ecologia da espécie e biotecnologia.
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Estudo da viabilidade de embriões bovinos pós-biópsia e da amplificação de todo o genoma: modelo experimental para a realização do diagnóstico pré-implantação (PGD)Polisseni, Juliana 29 August 2008 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-10-13T11:36:18Z
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Previous issue date: 2008-08-29 / O impacto da técnica de biópsia sobre o desenvolvimento embrionário posterior ainda foi pouco estudado e também não foi estabelecido um protocolo único e universal para o PGD. Outro ponto a considerar é a pequena quantidade de DNA genômico disponível para se realizar os estudos genéticos, pelo número reduzido de células obtidas pela técnica de biópsia. Metodologias que utilizam whole genome amplification (WGA) vêm sendo desenvolvidas. Utilizando este método é possível gerar microgramas de DNA partindo de pequenas quantidades de DNA. Então, o objetivo deste estudo foi avaliar o desenvolvimento de embriões bovinos submetidos à biópsia nos estádios de 8-16 células e o uso da técnica de amplificação de todo o genoma nos blastômeros retirados, para posterior identificação do sexo através do PCR. Um grupo de 706 complexos cumulus-ovócitos (CCOs) de bovinos foram maturados e fertilizados in vitro, em estufa incubadora a 38,8 °C, 95% de umidade e 5% de CO2. Os prováveis zigotos foram semi-desnudados e cultivados no meio CR2aa sob as mesmas condições da fertilização. No quarto dia após a fertilização, embriões bovinos com 8-16 células foram aleatoriamnte distribuídos entre dois grupos: controle (n=103) e biópsia (n=92). O número de células removidas correspondeu à quarta parte do embrião. Os blastômeros retirados foram submetidos à amplificação de todo o genoma seguido por PCR. Os embriões retornaram ao meio de cultivo para avaliação do desenvolvimento embrionário. Avaliou-se pelo teste do qui-quadrado a produção de blastocisto no oitavo dia de cultivo, a taxa de eclosão no décimo dia de cultivo, a eficiência da amplificação de todo o genoma e da identificação do sexo nos blastômeros removidos. O número de células embrionárias foi analisado por análise de variância ANOVA (Instituto SAS, Inc., Cary, NC, USA). A proporção de blastocisto no oitavo dia de cultivo foi avaliada pelo teste de Wilcoxon. Diferenças foram consideradas significantes se P<0,05. Um total de 92 embriões bovinos foi utilizado para realização da técnica de biópsia e apresentaram produção de blastocisto de 53,3%, com 44,9% de taxa de eclosão. Essas taxas foram semelhantes (P>0,05) às dos 103 embriões do grupo controle (66,0% e 42,6%, respectivamente). Não houve variação no número de células embrionárias entre os grupos e também não ocorreu diferença na proporção de blastocisto entre os grupos controle e biópsia no oitavo dia de cultivo (P>0,05). Os blastômeros retirados foram submetidos à amplificação de todo o genoma, com 98,2% de eficiência. Entretanto, só foi possível identificar o sexo em 59% das amostras. Conclui-se que a técnica de biópsia realizada em embriões bovinos de 816 células não afetou o desenvolvimento embrionário subseqüente nem a qualidade embrionária dos embriões. A utilização do kit de amplificação de todo o genoma mostrou-se eficiente nos blastômeros retirados, sendo possível identificar o sexo em mais da metade dos embriões. . / The impact of biopsy technique on posterior embryo development is still poorly studied and there is no single universally practiced protocol for implementing PGD. Another thing to consider is the small amount of genomic DNA available to perform the genetic study, due to the reduced number of cells obtained from the biopsy. Alternatively, methodologies using whole genome amplification (WGA) have been developed. Using these methods, it is possible to generate microgram quantities of DNA starting with a little genomic DNA. The aim of this study was to evaluate the effect of biopsy at 8-to 16-cell bovine embryos on subsequent development and WGA on removed blastomeres. A group of 706 complexes cumulus oocytes (CCOs) obtained from local slaughterhouse ovaries were matured and fertilized in vitro, in incubator at 38.8°C with 95% humidified air and 5% of CO2. The zygotes were semidenuded and cultured in CR2aa medium under the same conditions as with in vitro fertilization. On the fourth day after fertilization the 8-to 16-cell embryos were distributed randomly across two groups: control (n=103) and biopsy (n=92). The amount of cells removed cells was one-fourth the embryo of blastomeres. The removed blastomeres were submitted to whole genome amplification (WGA) followed by PCR. The embryos were returned to culture for development evaluation. The chisquare test was used for statistic evaluation of the results of blastocyst rate on the eight day after fertilization and hatching rate on tenth day between biopsy and control group, to test the WGA efficiency and to determine the sex proportion of biopsied samples submitted to PCR. The number of cell per embryo was analyzed by ANOVA with SAS (SAS Institute, Inc., Cary, NC, USA). The blastocyst proportion was evaluated with Wilcoxon test. Differences were considered significant if P<0.05. A total of 92 embryos were submitted to biopsy technique. The blastocyst production was 53.3%, with 44.9% of hatching rate. This rate was similar to control group (66.0% and 42.6%) found on 103 embryos. Overall, no impact was detected on embryo quality in blastocyst cell number between the two groups. The proportion of blastocyst in different stages of development on the 8th day did not differ among groups (P>0.05). Removed blastomeres were submitted to WGA, resulting in 98.2% of efficiency. However, only 59% of samples were sexed by PCR. In conclusion biopsy of 8-to 16-cell bovine embryos did not affect subsequent development. WGA was successful in removed blastomeres and was possible to determinate the sex in the samples.
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Sexagem de espermatozóides caninos em gradiente descontínuo de densidade : avaliação in vitroMothé, Gabriele Barros. January 2015 (has links)
Orientador: Fabiana Ferreira de Souza / Banca: Eunice Oba / Banca: Maria Isabel Mello Martins / Resumo: Apesar da citometria ser um método eficiente para sexagem espermática, nos cães pode ser considerada de difícil aplicação, em vista do alto custo da aplicação da técnica e da baixa recuperação espermática após a separação. Por esta razão, o presente trabalho visou avaliar a viabilidade espermática, a taxa de recuperação e a porcentagem de espermatozoides de cães contendo o cromossomo X ou Y após a centrifugação em três gradientes descontínuos de densidade e estudou três técnicas de extração de DNA espermático para determinar a % de células X ou Y pela PCR quantitativa (qPCR). Foram avaliadas 30 amostras de sêmen canino (10 cães) utilizando os protocolos de centrifugação em gradiente descontínuo de densidade (Percoll® - 30 a 90% associado ao Nycodenz® e Ficoll). Os espermatozoides foram avaliados pré e pós-centrifugação quanto à motilidade (CASA - Computer-Aided Semen Analyzer), concentração inicial e concentração recuperada, morfologia espermática, integridade das membranas plasmática e acrossomal, e função mitocondrial. Após a separação, as células foram submetidas a três protocolos de extração de DNA, um não comercial (fenol:clorofórmio, M1) isolado ou associado a um kit preparatório (M2) e dois comerciais com mini-colunas de extração (M3 e M4) e, posteriormente, à qPCR com os primers contra os genes SRY (AF_107021.1) e Fator IX (NM_001003323.2). O protocolo M1 recuperou maior concentração de DNA e com maior qualidade permitindo a execução da qPCR. Dentre os gradientes de densidade, o Ficoll manteve maior qualidade espermática após a centrifugação, embora o enriquecimento de X ou Y não tenha sido observado em nenhum dos métodos estudados. A extração de DNA utilizando o fenol:clorofórmio foi o método que extraiu maior quantidade e de maior qualidade para a aplicação na qPCR / Abstract: Despite cytometry to be an effective method for sperm sexing, in dogs can be considered of difficult application, given the high cost of the technical implementation and low sperm recovery after separation. Therefore, this study aimed to evaluate the sperm viability, recovery rate and the percentage of sperm dogs containing the X or Y after centrifugation three discontinuous density gradients. Furthermore, aimed to study three DNA extraction techniques for sperm cells to determine the percentage of bearing cells of the X or Y chromosome for quantitative real-time PCR (qPCR). Thirty samples (10 dogs) of canine semen were evaluated using centrifugation discontinuous density gradient protocols (Percoll® - 30 to 90% associated to Nycodenz® and Ficoll). The sperm were evaluated before and after centrifugation for motility (CASA - Computer Aided Semen Analyzer), initial concentration and recovered concentration, sperm morphology, integrity of plasma and acrosomal membranes, and mitochondrial function. After separation, the cells were subjected to three DNA extraction protocols, a non-commercial using phenol:chloroform (M1) alone or combined with a preparatory kit (M2) and two commercial with extraction mini-columns (M3 and M4). Next, the DNA samples were subjected to qPCR using two primers (SRY - AF_107021.1 and Factor IX - NM_001003323.2). M1 protocol recovered greater concentration of DNA with higher quality and allowing the execution of qPCR. Among the density gradients, Ficoll maintained higher sperm quality after centrifugation, although the X or Y enrichment was not observed in any of the studied methods / Mestre
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Filogeografia e diversidade genética dos cachalotes Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758 no Atlântico Sul OcidentalQuevedo, Tainã Coelho 21 August 2017 (has links)
Submitted by JOSIANE SANTOS DE OLIVEIRA (josianeso) on 2017-12-06T13:59:20Z
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Previous issue date: 2017-08-21 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / PROSUP - Programa de Suporte à Pós-Gradução de Instituições de Ensino Particulares / Os cachalotes, Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758, são amplamente distribuídos por todos os oceanos do mundo. Todavia, os machos e fêmeas têm diferenças marcadas em seu padrão de distribuição. Globalmente, estudos genéticos, ecológicos e de comportamento vocal comparando populações sugerem a existência de uma forte estrutura social matrilinear com alta filopatria das fêmeas nas regiões tropicais, sendo o fluxo gênico mediado pelos machos. As populações do oceano Atlântico Sul Ocidental (ASO) ainda são tidas como as menos pesquisadas e conhecidas. A fim de identificar possíveis unidades de manejo da espécie na região, o presente estudo apresentou a primeira análise da diversidade genética e a avaliação da potencial estruturação das populações de cachalotes ao longo do ASO, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial (DNAmt) de 565 pb obtidas de amostras coletadas na região. Além disso, objetivou-se também estabelecer as relações filogeográficas entre estas populações do ASO e as do resto do mundo. Para a realização deste estudo foram analisadas 58 amostras de cachalotes de três áreas geográficas na costa brasileira (nordeste =15, sudeste =3, sul = 36) e uma da costa argentina (n = 4), e comparadas com 1.577 sequências de outros oceanos, disponíveis publicamente no GenBank (Atlântico = 362, Índico = 159 e Pacífico = 1.056). Além disso, o sexo de 39 espécimes foi determinado molecularmente, a fim de se testar a existência de mais de uma população de cachalotes no ASO, a partir da detecção de fêmeas em áreas além do nordeste brasileiro. A análise das sequências do DNAmt revelou a existência de quatro grupos genéticos e sete haplótipos no ASO. As diversidades haplotípica (Hd) e nucleotídica (π) observadas para a espécie como um todo no ASO foram Hd = 0,6824 e π = 0,002296, respectivamente. Os testes de neutralidade seletiva não sugeriram mudanças significativas no tamanho efetivo e nem expansão populacional recente da espécie no ASO. Os resultados das análises de variância molecular (AMOVA) revelaram que entre 9,14% (ΦST) e 12,31% (FST) da variação genética observada deve-se a diferenças entre as populações. Contudo, essa diferenciação geográfica só foi significativa entre as populações do nordeste e sudeste-sul do Brasil, as quais possuíam altos índices de fixação entre si (nordeste e sudeste-sul do Brasil: FST = 0,1089; ΦST = 0,1378; nordeste do Brasil e Argentina: FST = -0,1076; ΦST = -0,0512; sudeste-sul do Brasil e Argentina: FST = 0,0742; ΦST = 0,1206; P<0,00001). A população do nordeste do Brasil apresentou a diversidade genética mais baixa do estudo (Hd = 0,5128 e π = 0,001796), quando comparada com as populações do sudeste-sul (Hd = 0,6659 e π = 0,002482), e Argentina (Hd = 0,8333 e π = 0,002043). A costa sudeste-sul do Brasil apresentou três haplótipos exclusivos num total de sete, enquanto a costa da Argentina apresentou um haplótipo particular. Apenas a região sudeste-sul apresentou um grupo genético exclusivo, sugerindo que a distribuição da variação genética é melhor compreendida com a existência de três grupos ao longo do ASO (nordeste, sudeste-sul e Argentina), os quais seriam considerados diferentes unidades de manejo. Em relação a comparação mundial entres as populações de cachalotes, foram recuperados 39 haplótipos e quatro grupos genéticos, sendo que apenas o oceano Pacífico apresentou um grupo genético exclusivo. A AMOVA revelou que entre 8,89% (FST) e 16,39% (ΦST) da variação genética observada deve-se a diferenças entre as populações do mundo. A AMOVA indicou que há diferenciação geográfica entre o ASO e os demais oceanos, os quais possuíam altos índices de fixação entre si (ASO e Atlântico Norte: FST = 0,1837; ΦST = 0,3142; Atlântico Sul Ocidental e Índico: FST = 0,0898; ΦST = 0,1661; Atlântico Sul Ocidental e Pacífico: FST = 0,1140; ΦST = 0,0757; P<0,00001). A amostra unificada do oceano ASO não apresentou haplótipos exclusivos. Entretanto, os indivíduos da região sudeste-sul do Brasil compartilharam seis dos seus sete haplótipos com a população do oceano Pacífico. Dos 39 cachalotes com sexo determinado molecularmente nove eram machos e 30 fêmeas, tendo sido encontradas 18 fêmeas na região sul, fora da região tropical, sugerindo que há pelo menos mais de uma população reprodutiva no ASO. Estes resultados, aliados as diferenças de variabilidade genética e ao pouco compartilhamento de haplótipos entre as populações estudadas, sugere que os cachalotes do sudeste-sul do Brasil seriam uma unidade de manejo, potencialmente isolada em termos reprodutivos das demais. Contudo, o DNAmt é um marcador matrilinear e apresenta exclusivamente a história evolutiva das fêmeas. Desta forma, a continuidade destes estudos, incluindo novas amostras e marcadores nucleares, será fundamental para a identificação de reais unidades de manejo da espécie no ASO e principalmente em águas brasileiras. / Sperm whales, Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758, are widely distributed throughout the world's oceans. However, males and females have marked differences in their distribution pattern. Worldwide studies on genetics, ecology and vocal behavior comparing populations suggested the existence of a strong matrilineal social structure with female high philopatry in tropical regions, and gene flow mediated by males. The populations of the southwestern Atlantic Ocean (SWA) are still considered the least known and studied. In order to identify possible management units of the species in the SWA, the present study presented the first analysis of the genetic diversity and the evaluation of the potential structuring of the sperm whale populations along the SWA, using sequences from the mitochondrial DNA control region (mtDNA) of 565 bp obtained from samples collected in the region. In addition, it was also aimed to establish the phylogeographic relationships among these SWA populations and those of the rest of the world. Fifty-eight sperm whales from three geographic areas on the Brazilian coast (northeast = 15, southeast = 3, south = 36) and one from the coast of Argentina (n = 4) were analyzed and compared with 1577 sequences from other oceans and available in GenBank (Atlantic = 362, Indian = 159 and Pacific = 1056). In addition, the sex of 39 specimens was molecularly determined in order find females outside of the northeastern coast of Brazil, which would confirm the existence of more than one sperm whale population in the SWA. The analysis of mtDNA sequences revealed the existence of four genetic groups and seven haplotypes in SWA. The haplotype (Hd) and nucleotide (π) diversities observed for the species as a whole in SWA were Hd = 0.6824 e π = 0.002296, respectively. The selective neutrality tests did not suggest significant changes in the effective population size or recent population expansion for the species in SWA. The results of the molecular analysis of variance (AMOVA) revealed that between 9.14% (ΦST) and 12.31% (FST) of the genetic diversity variation observed are due to differences between populations. However, this geographical differentiation was only significant between the populations of northeast and southeast-south Brazil, which had the highest fixation index between them (northeast and southeast-south Brazil: FST = 0.1089, ΦST = 0.1378; northeast Brazil and Argentina: FST = - 0.1076; ΦST = - 0.0512; southeast-south of Brazil and Argentina: FST=0.0742; ΦST=0.1206; P<0.00001). The population of northeastern Brazil had the lowest genetic diversity of the study (Hd = 0.5128 and π = 0.001796), when compared to the southeast-south populations (Hd = 0.6659 and π = 0.002482), and Argentina (Hd = 0.8333 and π = 0.002043). The southeast-south coast of Brazil presented three exclusive haplotypes in a total of seven, while the coast of Argentina presented a particular haplotype. Only the samples from the southeast-south region of Brazil presented an exclusive genetic group, suggesting that the distribution of the genetic variation is better understand with the existence of three groups of sperm whales along the SWA (northeast of Brazil, southeast-south of Brazil and Argentina), which could be considered as different management units. Regarding the worldwide genetic structure of sperm whales, 39 haplotypes and four genetic groups were recovered, and only the Pacific Ocean presented an exclusive genetic group. AMOVA revealed that between 8.89% (FST) and 16.39% (ΦST) of the observed genetic variation was due to differences among the populations of the world. AMOVA indicated that there is a geographical differentiation between the SWA and the other oceans, which had high indexes of fixation between them (SWA and North Atlantic: FST = 0.1837, ΦST = 0.3142, SWA and Indian Ocean: FST = 0.0898; ΦST = 0.1661; SWA and Pacific: FST = 0.11140; ΦST = 0.0757; P<0.00001). The unified sample of the SWA did not present exclusive haplotypes. However, individuals from the southeast-south of Brazil only shared six of seven haplotypes with the population of the Pacific Ocean. From 39 sperm whales with sex molecularly determined, nine were males and 30 females, 18 females were found in the southern region, outside the tropical region, suggesting that there are at least more than one reproductive population in WSA. These results, together with the differences in genetic variability and the lack of sharing of haplotypes among the studied populations, suggest that sperm whales from southeast-south of Brazil would be a management unit, potentially isolated, in reproductive terms, from the others. However, mtDNA is a matrilineal marker and exclusively presents the evolutionary history of females. In this context, the continuity of these studies, including new samples and nuclear markers, will be fundamental for the identification of real units of management of the species in the SWA and particularly in Brazilian waters.
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Fatores que afetam a viabilidade e a proporção do sexo de embriões bovinos produzidos in vitro em programa de sexagem comercial /Alonso, Rodrigo Vitorio. January 2008 (has links)
Orientador: Silvia Helena Venturoli Perri / Banca: José Fernando Garcia / Banca: José Antônio Visintin / Resumo: O crescente avanço da produção in vitro de embriões bovinos intensificou a utilização de outras biotecnologias da reprodução tais como a micro-manipulação embrionária e o diagnóstico genético pré-implantacional, sendo a identificação do sexo embrionário utilizada na rotina comercial de laboratórios de produção in vitro. O objetivo deste trabalho foi avaliar as interações de diferentes fatores sobre a taxa de mortalidade embrionária e a proporção do sexo de embriões bovinos submetidos ao processo de sexagem. Foi realizado levantamento no banco de dados da Transfix - Transplante de Embriões Ltda, Patrocínio Paulista / Brasil, referente a 4.650 embriões produzidos in vitro e sexados entre 2005 e 2007. Os embriões foram submetidos à micro-manipulação pela técnica de micro-aspiração, e as biópsias à reação em cadeia pela polimerase (PCR). Somente as fêmeas foram transferidas para receptoras previamente sincronizadas. O diagnóstico de gestação e a determinação do sexo fetal foram realizados por ultra-sonografia. As variáveis foram classificadas de acordo com o sexo dos embriões (macho, fêmea e indeterminado), cinco laboratórios (A, B, C, D e E), seis raças bovinas (Nelore, Brahman, Girolando, Simental, Holandês e Jersey), estágio embrionário (MO, BI, BL, BX e BE), qualidade embrionária (1, 2 e 3) e qualidade da biópsia ("dentro do padrão" e "fora do padrão"). As análises estatísticas foram realizadas pelos testes 2 de associação, 2 de aderência para proporção 1:1 e pela análise de regressão logística com o método de Hosmer-Lameshow utilizando o procedimento logístico (PROC LOGISTIC) programa computacional SAS. A PCR apresentou eficiência de 93,3%, acurácia de 93,2% e taxa de machos e fêmeas de 52,9% e 47,1%, respectivamente. A taxa de mortalidade dos embriões... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Crescent progress of in vitro bovine embryo production has improved the use of other reproductive biotechnologies, as embryo micromanipulation and preimplantation genetic diagnosis, being embryo sexing used in commercial routine of in vitro embryo production laboratories. The present study aimed to evaluate the interactions among different factors on the mortality rate and sex ratio of in vitro produced bovine embryos. A survey was performed in the Transfix - Transplante de Embriões Ltda, Patrocínio Paulista / Brazil data base, referring to 4.650 in vitro produced bovine embryos sexed during years 2005/2007. Embryos were submited to the biopsy by the microaspiration technique, and biopsies to the polymerase chain reaction (PCR). Only female embryos were transferred to synchronized recipients. Pregnancy diagnosis and fetal sex determination were carried out by ultrasound. The variables were classified according embryo sex (male, female and indeterminate), five laboratories (A, B, C, D and E), six bovine breeds (Nellore, Brahman, Girolando, Simmental, Holstein and Jersey), embryo stage (MO, EB, BL, XB and HB), embryo quality (1, 2, and 3) and biopsy quality ("standard" and "non standard"). The statistical analysis was carried out by association 2 test, 2 for 1:1 ratio and logistic regression analysis with Hosmer- Lameshow method using logistic procedure (PROC LOGISTIC) of SAS package. The PCR showed 93.3% efficiency, 93.2% accuracy and male and female ratio of 52.9% and 47.1%, respectively. Mortality rate of biopsied embryos was 10.3% and pregnancy rate was 31.7%. Although no significant differences were observed between male and female ratio, indeterminate embryos possess greater possibility to die after micromanipulation. For quality 2 and 3 embryo mortality rate after biopsy was 3.19 and 11.37 fold higher, respectively, than for quality 1 embryo. For those whose biopsy... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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DETERMINAÇÃO PRÉ-NATAL DO SEXO PELA ANÁLISE DE DNA FETAL LIVRE EM PLASMA MATERNOMartins, Keller Gabriel 04 August 2017 (has links)
Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2017-11-10T16:06:34Z
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Previous issue date: 2017-08-04 / The determination of fetal sex using maternal plasma is a noninvasive prenatal
diagnostic test (NIPDT), offered to pregnant women, especially those with an increased risk
of having children with conditions X-linked inheritance. Because it is a non-invasive
technique, it presents a greater advantage over other methods of invasive prenatal diagnosis
such as amniocentesis, cordocentesis and biopsy of chorionic villi. The use of cell free fetal
DNA (cffDNA) in maternal plasma has become a promising alternative for the diagnosis of
noninvasive and early sex determination. The porpuse this study is to conduct a qualitative
test in pregnant women with gestational age ranging from 6 to 20 weeks using the
noninvasive prenatal test for the early sex determination of fetal by the real time PCR
technique. Twenty-one healthy pregnant women, over 18 years of age, single gestation and
attended at the Gynecology and Obstetrics Clinic of the Unigen Laboratory belonging to the
Private Health Care Network of the City of Goiânia-GO were selected. After venous blood
collection, plasma was separated and frozen (-20 ° C). The material to be analyzed followed
the laboratory of the company Qiagen® located in São Paulo, SP, where DNA extraction and
purification were performed using fully automated equipment (QIAcube®, with the
QIAamp® DNA Micro kit, using the protocol "Purification of viral nucleic acids from large
body-fluid samples", according to the manufacturer's specifications), and then the quantitative
PCR technique (Rotor-Gene® Qiagen) was run for specific Y-sequence amplification. Of the
21 pregnant women selected, two participants aborted and were excluded from the study. The
results showed that, in the 19 cases analyzed, comparing the results of qPCR with fetal sex
determined by ultrasonography (USG), 7/19 (36.8%) pregnancies with positive results for the
Y chromosome (determining the male sex) and 11/19 (57.9%) pregnancies with a negative
result for the Y chromosome (determining the female sex) and only one gestation (5.3%)
presented false-negative results for males. The analysis of the concordance index, between the
results of the qPCR and the USG, found a concordance of 0.89. These results confirmed a
good sensitivity and specificity of the method for the gestation period studied (mean of 12
weeks), indicating that this procedure should be used in the medical routine as an auxiliary
tool in cases where fetal sexing becomes necessary for health fetal and/or decreased parents
anxiety. / A determinação do sexo fetal utilizando o plasma materno é um teste de diagnóstico
pré-natal não invasivo (DPIN), oferecido as gestantes, principalmente para aquelas com risco
aumentado de terem crianças com doenças ligadas ao sexo. Por se tratar de uma técnica não
invasiva, apresenta-se com maior vantagem sobre outros métodos de diagnóstico pré-natal
invasivos como a amniocentese, cordocentese e a biópsia de vilosidades coriônicas. O
diagnóstico pré-natal (DPN) tem sido importante no acompanhamento de gestações com
anormalidades fetais, além de permitir um planejamento mais adequado para o parto e de
cuidados neonatais específicos. Dessa forma, o DPN tem sido estabelecido na prática
obstétrica moderna e integra um conjunto de procedimentos para identificar uma
anormalidade no feto durante a gravidez. Diversas pesquisas têm buscado a utilização de
novas tecnologias para o diagnóstico pré-natal não invasivo (DPNI). O uso de DNA fetal livre
(cffDNA) no plasma materno passou a ser uma alternativa promissora para diagnóstico do
sexo não invasivo e precoce. O objetivo do presente trabalho é realizar um estudo qualitativo
em pacientes gestantes, com idade gestacional variando de 6 a 20 semanas utilizando o teste
pré-natal não invasivo para a determinação precoce do sexo fetal pela técnica de qPCR.
Foram selecionadas 21 gestantes saudáveis, maiores de 18 anos e gestação única e atendidas
em clínica de ginecologia e obstetrícia do Centro de Diagnóstico Clínico UNIGEN
pertencente à Rede Privada de Atendimento à Saúde da Cidade de Goiânia-GO. Após a coleta
de sangue venoso, houve a separação e o congelamento do plasma (-20°C). O material a ser
analisado seguiu para o laboratório da empresa Qiagen® localizado em São Paulo-SP, onde
foram realizadas a extração e purificação do DNA utilizando equipamento automatizado
(QIAcube®, com o kit QIAamp® DNA Micro, empregando-se o protocolo “Purification of
viral nucleic acids from large body-fluid samples”, conforme especificações do fabricante), e
em seguida foi ralizada a técnica de PCR quantitativa (Rotor-Gene® Qiagen) para
amplificação de sequência Y específica. Das 21 gestantes selecionadas, duas participantes
abortaram, sendo dessa forma excluídas do estudo. Os resultados revelaram que dos 19 casos
analisados, ao comparar os resultados da qPCR com o sexo fetal determinado pela
ultrassonografia (USG), 7/19 (36,8%) gestações com resultados positivos para o cromossomo
Y (determinando o sexo Masculino) e 11/19 (57,9%) gestações com resultado negativo para o
cromossomo Y (determinando o sexo Feminino) e apenas uma gestação (5,3%) apresentou
resultado falso-negativo para o sexo masculino. A análise do índice de concordância, entre os
resultados da qPCR com a USG foi de 0,89. Esses resultados confirmaram uma boa
sensibilidade e especificidade do método para o período de gestação estudado (média de 12
semanas), indicando que este procedimento deve ser utilizado na rotina médica como
ferramenta auxiliar nos casos onde a sexagem fetal torna-se necessária para tratamento fetal
e/ou diminuição da ansiedade dos pais.
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Expressão gênica diferencial em embriões bovinos produzidos in vitro com espermatozóides sexados por gradiente de densidade ou por citometria de fluxoLucio, Aline Costa de [UNESP] 15 July 2011 (has links) (PDF)
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Previous issue date: 2011-07-15Bitstream added on 2014-06-13T18:46:17Z : No. of bitstreams: 1
lucio_ac_dr_jabo.pdf: 8403632 bytes, checksum: 32d25390bda4a085595ac038827009d8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo do presente estudo foi verificar se existem diferenças no desenvolvimento de embriões produzidos com sêmen sexado por centrifugação em gradiente de densidade e por citometria de fluxo e também quantificar a expressão relativa de genes importantes para o desenvolvimento embrionário. Após a sexagem os espermatozóides foram submetidos a produção de embriões in vitro. Foram avaliadas as taxas de clivagem e blastocisto para verificar a influência do método de sexagem no desenvolvimento in vitro de embriões. Os blastocistos foram coletados nos dias 7 e 8 de desenvolvimento, e submetidos a extração de RNA para a avaliação da expressão de genes relacionados a qualidade do embrião: AKR1B1, COX2, IGF2R, PLAC8 (desenvolvimento de placenta e reconhecimento da gestação), MnSOD e GPX1 (estresse oxidativo), SCL2A1 (metabolismo) e TP53 (apoptose). Os resultados não mostraram diferenças no desenvolvimento in vitro de embriões (taxas de clivagem e blastocisto) produzidos com sêmen sexado. Em relação ao padrão de expressão, a citometria de fluxo reduz os níveis de mRNA dos genes AKR1B1(P=0,023), COX2 (P=0,016). A centrifugação em gradiente de densidade aumentou os níveis de transcritos dos genes PLAC8 (P=0,007), MnSOD (P=0,013) e GLUT1 (P=0,028). Ambas as técnicas reduzem os níveis de expressão do gene TP53 (P<0,05). A técnica de sexagem por citometria de fluxo altera a expressão de genes envolvidos no processo de implantação, prejudicando o nascimento de uma cria viável. A sexagem produz embriões que não possuem alterações prejudiciais em genes envolvidos no reconhecimento da gestação e formação da placenta, os quais são muito importantes para o processo de implantação; aumenta o padrão de expressão dos genes envolvidos no processo de resposta da célula ao estresse... / The purpose of this work was evaluate differences on development of embryos produced in vitro using sorted semen by density gradient centrifugation and flow cytometry, and differences in relative abundance of important genes for embryo development. Cleavage and blastocyst rates were used to evaluate the influence of the sorting procedure on embryo development. Blastocysts of day 7 and 8 of development were collected, and expression levels quantification AKR1B1, COX2, IGF2R, PLAC8, MnSOD, GPX1, SCL2A1 and TP53, genes related to embryo quality were evaluated. The results showed no differences between the experimental groups in terms of embryo development (cleavage and blastocyst rates). In the expression pattern, flow citometry methodology reduced mRNA abundance of AKR1B1 (P=0.023) and COX2 (P=0.016). Density gradient centrifugation increased the transcripts levels of PLAC8 (P=0.007), MnSOD (P=0.013) and GLUT1 (P=0.028). Both sorting process reduced mRNA of TP53 (P<0.05). Flow citometry affects the expression pattern of genes involved in pregnancy recognition and placenta formation, resulting in poor quality embryo. Density gradient centrifugation methodology do not alter the expression of genes involved in embryo implantation, increases the expression pattern of genes related to oxidative response and metabolism, resulting in viable embryos. These results suggesting that density gradient centrifugation can be an alternative to flow citometry, for produce viable embryos
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Sexagem de espermatozóides bovinos por centrifugação em gradiente de densidade contínuo de Percoll e OptiPrep /Resende, Max Vitória. January 2007 (has links)
Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Lia de Alencar Coelho / Banca: Claudia Lima Verde Leal / Banca: César Roberto Esper / Banca: Gilson Helio Toniollo / Resumo: Os objetivos deste trabalho foram de facilitar os procedimentos de formação de gradientes de- densidade de Percoll e OptiPrep para separação de espermatozóides X; avaliar a eficiência da sexagem de espermatozóides X, a viabilidade espermática e integridade do acrossoma e do DNA após a centrifugação nestes gradientes e avaliar taxa de clivagem e blastocisto durante a produção in vitro de embriões. Para isso, doses de sêmen de touros foram descongeladas e cerca de 40 milhões de espermatozóides foram colocados sobre cada gradiente de densidade compostos por Percoll ou OptiPrep com três camadas que variaram entre 1.11 Og/mL a 1.123g/mL em tubos de poliestireno de 15mL. Centrifugou-se o gradiente a 500xg por 15 min a 22°C. Os sobrenadantes foram aspirados e recuperados para verificação da viabilidade espermática e integridade do acrossoma, fragmentação do DNA, produção in vitro de embriões, avaliação da eficiência da sexagem pela reação em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real (qPCR) e sexagem dos embriões pela PCR. A porcentagem de espermatozóides vivos com acrossoma intacto diminuiu (P<0,05) após a centrifugação nos gradientes de densidade, mas não influenciou, de modo geral, a produção in vitro de embriões (taxa de clivagem e blastocistos) utilizando estes espermatozóides centrifugados. Não foi detectada fragmentação do DNA dos espermatozóides nas amostras centrifugadas. Os resultados demonstraram que o Percoll enriqueceu as amostras com espermatozóides X (62% de fêmeas, P<0,05). No OptiPrep e grupo Controle a porcentagem de fêmeas foi de 47,1 e 48,7%, respectivamente. Estes resultados foram confirmados pela qPCR do DNA dos espermatozóides, com uma subestimação apenas no Percoll. Foi possível realizar a sexagem, por uma metodologia mais simples, facilitando o procedimento de centrifugação em gradiente de densidade e sem provocar danos aos espermatozóides. / Abstract: The objectives of this work were to facilitate the procedures of formation of density gradients of Percoll and OptíPrep for separation of X-bearing bovine spermatozoa; to evaluate the efficiency of sexing and viability of acrosome integrity and DNA after centrifugation in these gradients and to assess the cleavage and blastocyst rate during in vitro production of embryos. For this, frozen-thawed spermatozoa (20 to 40 millions) were deposited on each density gradient composed of Percoll or OptiPrep with three layers that varied between 1.110g/mL to 1.123g/mL, in 15mL polystyrene tubes. The tubes were centrifuged at 500xg for 15 min at 22oC. Supernatants were carefully aspirated and sediments recovered for verification of sperm quality, DNA fragmentation, in vitro fertilization of embryos, evaluation of the efficiency of sexing by real time polymerase chain reaction (qPCR) and sexing of embryos by PCR. Percentage of live spermatozoa with intact acrosome decreased (P<0.05) after centrifugation in density gradients, however, it not influence, in general, the production of embryos in vitro (cleavage and blastocyst rates) using these centrifuged sperm. No sperm DNA fragmentation was detected in centrifuged samples. The results of embryo sexing by PCR showed deviation to female in the Percoll group (62%, P<0.05). In the OptiPrep and Control group the percentage of females was 47.1 and 48.7%, respectively. These results were confirmed by qPCR of DNA of spermatozoa, with an underestimation only in the Percoll group. It was possible the sexing, by a simple approach, facilitating the process of the centrifugation in density gradient and without damage to sperm. / Doutor
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Variação morfométrica entre os sexos, variabilidade genética e inferência de expansão histórica de Pygoscelis antarcticus, nas ilhas Shetland do Sul, AntárticaBrummelhaus, Jaqueline 21 November 2013 (has links)
Submitted by Silvana Teresinha Dornelles Studzinski (sstudzinski) on 2015-11-30T11:09:24Z
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Previous issue date: 2013-11-21 / UNISINOS - Universidade do Vale do Rio dos Sinos / O pinguim-antártico (Pygoscelis antarcticus) tem suas populações distribuídas principalmente nas Ilhas Sandwich do Sul, Georgia do Sul e Shetlands do Sul e na região da Península Antártica. Algumas de suas características são o baixo dimorfismo sexual, a monogamia e o comportamento filopátrico. Esta tese tem como objetivos: 1) quantificar o dimorfismo sexual através de medidas morfológicas, testar uma função discriminante e avaliar o dimorfismo sexual entre duas áreas de reprodução distantes (Ilhas Rei George e Elefante, Shetlands do Sul); 2) caracterizar a distribuição espacial da variabilidade genética populacional entre colônias de reprodução nas Ilhas Rei George e Elefante, através de marcador mitocondrial. Na avaliação do dimorfismo sexual de tamanho, através de caracteres morfológicos, foi encontrado que machos são 6 a 9,4% maiores que as fêmeas e a equação discriminante formulada classifica corretamente 80,6% das aves. Não foi encontrada diferença no dimorfismo sexual entre as colônias de reprodução das Ilhas Rei George e Elefante. Mesmo sendo uma alternativa na determinação sexual, as equações discriminantes devem ser usadas com cautela em locais diferentes do que foram produzidas por causa dos erros de classificação. Quando equações discriminantes das Ilhas Deception e Rei George foram testadas para os dados da Ilha Elefante, obteve-se apenas 67,7% e 71% de acerto. Desta forma, a abordagem molecular é uma opção eficiente na resolução de dúvidas relacionadas à sexagem. Quanto à variabilidade genética com uso de marcador mitocondrial, foram encontrados 38 haplótipos para 61 indivíduos analisados, sendo apenas dois compartilhados nas colônias e todos os demais são exclusivos. Os valores de FST e da AMOVA revelam que a divergência entre as populações é baixa e que a maioria da variação genética (98,3%) ocorreu dentro das populações. Isso poderia ser justificado por um alto fluxo gênico entre as populações, mas não corrobora com o comportamento filopátrico da espécie. Os testes de neutralidade e de expansão demográfica apontam para uma evolução neutra e possibilidade de expansão, que ocorreu há mais de dois milhões de anos atrás e no último um milhão de anos o tamanho efetivo populacional manteve-se constante. Os resultados ressaltam a ocorrência de uma expansão populacional a partir de uma população geneticamente homogênea e a manutenção do tamanho efetivo em longa escala de tempo pode ter amplamente contribuído para a falta de estruturação genética entre as colônias recentes de pinguim-antártico. / Chinstrap penguin (Pygoscelis antarcticus) has their populations distributed mainly in South Sandwich, South Georgia and South Shetlands Islands, and the Antarctic Peninsula. This specie presents low sexual dimorphism, monogamy and philopatric behavior. This thesis aims to: 1) to evaluate sexual dimorphism among males and females and among two breeding areas (King George and Elephant Islands) using morphological characters and to obtain a discriminant function based on the characters that best identify the sex of Chinstrap penguins; 2) to determine the spatial structuring of population genetic variation among breeding colonies at King George and Elephant Islands, using mitochondrial control region. In the assessment of sexual dimorphism using morphological characters, were found that males were 6 to 9.4% larger than females and discriminant equation formulated correctly classifies 80.6% of the birds. There was no difference in sexual dimorphism between the breeding colonies of King George and Elephant Islands. However, the discriminant function should be used with caution in different locations than are produced because penguins may be misclassified. When discriminant equations from Deception and King George Islands were tested for Elephant Island data, we obtained only 67.7% and 71% accuracy. Where there is doubt in the field, it would be interesting to apply molecular sexing technique. For genetic variability using mitochondrial control region, were found 38 haplotypes for 61 individuals analyzed, only two were shared in the colonies and all others are exclusive. FST and AMOVA values revealed that the divergence between populations is low and that most of genetic variation (98.3%) occurred within populations. This could be explained by a high gene flow among populations, but does not corroborate with the philopatric behavior of this specie. The neutrality tests and Mismatch distribution point to a neutral evolution and possibility of expansion, which occurred more 2 Mya and the last 1 Mya, the effective population size remained constant. The results show the occurrence of a population expansion from a genetically homogeneous population and maintenance of effective size in long time scale can have widely contributed to the lack of genetic structuring among the current colonies of Chinstrap penguin.
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Produ??o in vivo e identifica??o do sexo de embri?es h?bridos Equus caballus X Equus asinus / In vivo production and sex determination of hybrid embryos Equus caballus x Equus asinusSilva, Paula Cardoso de Almeida 06 November 2015 (has links)
Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2016-10-17T16:03:22Z
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Previous issue date: 2015-11-06 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Embryo transfer and other biotechnologies are intensivelyused for equine reproduction and other species as well. Even though there is an expansion of the mule market and an increase in the number of animals, researches working with reproduction of these animals are still scarce. The aim of this study was to evaluate aspects of embryo transfer, embryo morphology and gender identification of hybrid (horses x donkeys) embryos, checking either their similarity or divergence with the characteristics already known of equine embryos. Attempts of embryo collection on Day 6 -9 after OV were performed in mares previously bred with a P?ga donkey. The embryo recovery rates, the characteristics related to age, morphology and embryonic diameter were evaluated. After these assessments, a group of embryos was cut using an adapted technique, where, the cutting process was carried out with the aid of an ophthalmic scalpel blade. The resulting biggest cut portion was used for embryo transfer, and the smallest parts and the others whole embryos to determination of the embryo gender. Data were analyzed using Fisher's exact test, with 5% significance, except the daily growth of embryos, which was analyzed by linear regression. The overall embryo recovery rate was 55,9% (71/127), and for each group D6, D7, D8 and D9, was 57,1% (28/49), 51% (25/49), 63% (15/24) 60% (3/5), respectively. The developmental stage of the collected embryos were, morula: 18.3% (13/71); early blastocysts: 26,8% (19/71); blastocyst: 29,6% (21/71); and expanded blastocysts: 25,3% (18/71). The measured diameter revealed that the size of the embryos ranged from 147 to 1688?m, the mean diameter of all collected embryos was 438,04?m, and according to different groups, the average size (smallest and largest diameter) of embryos were D6 (n = 29) - 183,4?m (147 - 253?m), D7 (n = 24) - 463,2?m (168 - 886?m), D8 (n = 15) - 727,2?m (422 - 1224?m ) and D9 (n = 3) - 1350,6?m (844 - 1688?m), and daily growth rate was 312,7?m. After the section, the 23 embryos were transfered, only one recipient mare was diagnosed as pregnant at 15 days after ovulation, however after 30 days the embryo was lost. The efficiency of the sex identification by PCR using the primers SRY and ZFX / ZFY was 85,9% (61/71), being 55,7% (34/61) determined as female: and 39,3% (27/61) as male. Embryo transfer has shown to be favorable to aid mule reproduction, whereas the recovery rate and the characteristics of the embryos are similar to equine embryos. Altough, the methodology used to section of embryos had unable the gestational development, the most part of the biopsy derived cutting allowed sexing of the embryos / A transfer?ncia de embri?es e outras biotecnologias reprodutivas s?o cada vez mais utilizadas para a produ??o de equinos e de outros animais, entretanto, mesmo com a expans?o do mercado de muares e com crescimento do n?mero de animais, as pesquisas relacionadas com a produ??o desses animais ainda s?o raras. O presente estudo avaliou as caracter?sticas relacionadas ? transfer?ncia de embri?es, a morfologia e a identifica??o do sexo de embri?es h?bridos (muares), verificando sua semelhan?a ou diverg?ncia com as caracter?sticas j? conhecidas em equinos. Foram realizadas colheitas de embri?es provenientes do cruzamento de ?guas com um jumento P?ga, nos dias 6, 7, 8 e 9 ap?s a ovula??o, a taxa de recupera??o embrion?ria, e as caracter?sticas relacionadas com a idade, morfologia e di?metro embrion?rio foram avaliadas para os diferentes dias. Ap?s essas avalia??es, uma parte dos embri?es coletados foi seccionada, com uma t?cnica adaptada onde o corte foi realizado com o aux?lio de uma l?mina de bisturi oftalmol?gico. A maior por??o resultante do corte foi destinada para transfer?ncia de embri?es e a menor parte, juntamente com os embri?es inteiros, foram utilizados para verificar a efici?ncia dos primers SRY e ZFX/ZFY, na an?lise molecular para a determina??o do sexo dos embri?es. Os dados foram analisados pelo teste Exato de Fisher, com 5% de signific?ncia, exceto o crescimento di?rio dos embri?es que foi analisado atrav?s da regress?o linear. A taxa de recupera??o embrion?ria total foi de 55,9% (71/127), e para os diferentes dias de colheita D6, D7, D8 e D9, foi 57,1% (28/49), 51% (25/49), 63% (15/24), 60% (3/5), respectivamente. Os embri?es coletados apresentavam-se nos seguintes est?gios de desenvolvimento, m?rulas: 18,3% (13/71); blastocistos iniciais: 26,8% (19/71); blastocistos: 29,6% (21/71); e blastocistos expandidos: 25,3% (18/71). O di?metro mensurado revelou que o tamanho dos embri?es variou entre 147 - 1688?m, a m?dia do di?metro de todos os embri?es recolhidos foi de 438,04?m, e de acordo com os diferentes dias de colheita, o tamanho m?dio (maior e menor di?metro) dos embri?es foi de: D6 (n = 29) ? 183,4?m (147 - 253?m), D7 (n = 24) ? 463,2?m (168 - 886?m), D8 (n = 15) ? 727,2?m (422 - 1224?m) e D9 (n = 3) ? 1350,6?m (844 ? 1688?m), e a taxa de crescimento di?ria foi de 312,7?m. Ap?s a sec??o e transfer?ncia de 23 embri?es, apenas uma receptora foi diagnosticada como gestante aos 15 dias, mas aos 30 dias, o embri?o tinha sido absorvido. A identifica??o do sexo atrav?s da t?cnica de PCR, utilizando os primers SRY e ZFx/ZFy foi de 85,9% (61/71), sendo determinado f?meas: 55,7% (34/61) e machos: 39,3% (27/61). A transfer?ncia de embri?es ? favor?vel para auxiliar na produ??o de muares, a taxa de recupera??o e as caracter?sticas dos embri?es s?o semelhantes aos embri?es equinos. A metodologia de sec??o dos embri?es, inviabilizou o desenvolvimento gestacional, entretanto a biopsia oriunda do corte permitiu a sexagem da maioria dos embri?es coletados.
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