Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les éléments Alu sont les retrotransposons les plus prolifiques chez l'humain avec plus d'1 million de copies occupant plus de 10% du génome. Afin de contrecarrer l'expansion des rétro-éléments, les organismes ont développés différents mécanismes pour préserver l'intégrité de leurs génomes. Le plus proéminent, également utilisé pour lutter contre la réinsertion d'ADN viral dans le génome hôte, est l'édition de l'ARN. Chez les mammifères, la plus courante est la déamination de l'adénine en inosine catalysée par la famille de protéine ADAR dont Les principales cibles sont les éléments Alu chez l'humain. L'édition des éléments Alu conduit à leur séquestration dans le noyau des cellules, mute leurs promoteurs internes, cible de l'ARN polymérase III (POLIII), et leurs queues poly-A, prévenant ainsi leur future rétrotransposition. Dans la première partie de cette étude, l'analyse de données de séquençage haut-débit révèle que ~40% des éléments Alu sont reconnus par POLIII, qu'ils sont présents en tant que petits ARN dans le cytoplasme et le noyau des cellules, que certain d'entre eux sont associés à la chromatine, et que la transcription des éléments Alu est un phénomène courant dans les tissus somatiques qui concorde avec l'expression d'éléments LINE1 fonctionnels. Ceci suggère que la rétrotransposition peut être un mécanisme normal dans la plupart des tissus humains. Enfin, l'analyse de l'expression des éléments Alu et LINE1 chez la souris montre que la transcription de rétrotransposons n'est pas spécifique de l'humain. Dans la seconde partie de cette étude, une nouvelle méthode a été développée pour explorer l'impact de l'édition de l'ARN sur le transcriptome en identifiant les ARN édités par séquençage haut-débit. Dans un premier temps, un anticorps ciblant ADAR a été utilisé pour extraire les ARN associés aux protéines de l'édition. Cette méthode n'étant pas suffisamment efficace, une autre stratégie, qui extrait directement les ARN contenant de l'inosine, a été développée : dans un premier temps, l'ARN est fixé à des billes magnétiques par leurs extrémités 3', ensuite, les billes sont traitées au glyoxal/acide borique et à la RNAse T1 pour libérer la région 5' des ARN contenant une ou plusieurs inosines, et enfin, les ARN libérés sont séquencés par séquençage haut débit. En utilisant cette méthode, 1822 sites d'éditions ont été identifiés dans l'ARN de cerveau de souris, incluant 28 nouveaux sites présents dans des séquences codantes qui conduisent à des mutations non-synonymes des futures protéines. Des sites d'éditions ont aussi été observés pour la première fois dans les ARN ribosomaux, les snoRNA et les snRNA.

Ce travail a pour ambition de faire mieux connaître l'importance de la bibliophilie dans la création littéraire de 1830 à 1920. De la mise en scène du bibliophile, à la mise en livre d'une poétique, étudier les pratiques littéraires bibliophiles, c'est éclairer des processus d'écriture et la production conséquente de livres dont la matérialité fait sens. Une première partie étudie la transformation de la bibliophilie d’une collection comme une autre à une méthode d’écriture, par l’analyse des origines d’une pratique bibliophile littéraire et de ses figures comme Charles Nodier ou le Bibliophile Jacob. Entre pratique en société et lyrisme de l’objet, la bibliophilie se définit peu à peu au miroir de sa propre caricature. Une seconde partie s’intéresse à la bibliophilie comme source littéraire et mythique : entre bibliothèque réelle et bibliothèque imaginaire, la bibliophilie – « véritable machine à exploiter le temps » pour Pierre Louÿs – transforme en profondeur le rapport à la matérialité du livre chez des écrivains comme Marcel Schwob, Remy de Gourmont ou Alfred Jarry. Une troisième partie s'intéresse plus particulièrement à l’objet livre et à ses conditions de production et de réception. Des expériences de Mallarmé et de Charles Cros à celles d’Apollinaire et de Blaise Cendrars il semble bien qu’à une poétique nouvelle doive correspondre un objet livre nouveau – entre expérimentation (typo)graphique et tradition bibliophile. / This work aims to help understand the importance of bibliophilia within literary creation between 1830 and 1920. From the publicising of the bibliophile to the publishing of poetry, to study bibliophilic literary practices is to shed light on both the writing process and the resulting production of books whose materiality is meaningful. A first part studies the beginnings of a bibliophilic literary practice and its figures, such as Charles Nodier or Bibliophile Jacob, to highlight the evolution of bibliophilia from a mere collection among others to an original writing process. Torn between social experience and lyricism of the object, bibliophilia progressively defines itself in response to its own caricature. A second part considers bibliophilia as a literary and mythical source: bringing real and imaginary libraries together, bibliophilia deeply changes the relationship to the materiality of books amongst writers such as Marcel Schwob, Remy de Gourmont or Alfred Jarry. A third part takes a closer look at the book as an object and at the conditions of its production and reception. From Mallarmé and Charles Cros' experiences to those of Apollinaire and Blaise Cendars, it appears that a new type of literature needs a new type of book, the combined result of (typo)graphic experimentation and bibliophilic tradition.

À partir d’un corpus composé d’une quarantaine de tragédies parues en Normandie entre 1566 et 1640, mettant presque toutes en scène des actes de cruauté exercés par des représentants d’altérités exacerbées, ce mémoire de doctorat étudie les particularités scénographiques qui transparaissent dans ces textes, en mettant en évidence la similitude des éléments décrits dans les didascalies internes et dans les rares indications scéniques des œuvres avec les pratiques de l’Hôtel de Bourgogne telles qu’elles sont définies par le Mémoire de Mahelot. Après un rappel des formes et des événements dramatiques joués dans la province, la thèse poursuit par une étude des pratiques éditoriales rouennaises. Une fois établie l’historiographie des guerres de religion et des règnes d’Henri IV et Louis XIII, la thèse observe la manière dont le théâtre normand est contaminé par la production parisienne en voie de normalisation classique, puis disparaît progressivement, ainsi que les scénographies signifiantes qui le caractérisent ou comment leur sens est dévoyé pour célébrer une unité politique, pour laisser place au palais à volonté des drames parisiens. / Based on a corpus composed of about forty tragedies published between 1566 and 1640 in Normandy, most of which staging acts of cruelty carried out by strongly antagonistic protagonists, this doctorate thesis studies the specific stage designs shown out through those texts. Thus throwing into prominence the existing similarities between the components described in the internal stage directions, the few stage indications of the works, and the practices at the hotel de Bourgogne such as defined in the Mémoire de Mahelot. After recalling the shapes and the dramatic events performed in the province, the thesis goes on studying the editorial practices in Rouen. Historiography of wars of religion and Henri IVth and Louis XIIIth reigns once established, it observes how the Norman theatre is being corrupted by the Parisian production on its move to classical normalization, and then gradually vanishes as well as the meaningful stage designs, demonstrating then how their meaning is being perverted in order to celebrate a political unity, to make way for “palais à volonté” in the Parisian dramas.

Le texte du Bellum ciuile n'a pas fait l'objet, en France, d'une nouvelle édition ou d'une traduction complète depuis celle parue à la CUF entre 1927 et 1930. Ce phénomène est d'autant plus surprenant qu'à la fin du XXème siècle et au début du XXIème siècle ont été réalisées des éditions en langue anglaise, allemande et italienne. La présente thèse tente donc de pallier ce manque en proposant une édition, une traduction et un commentaire du livre II de la Pharsale. Après une brève présentation des éléments d'introduction au texte qui touchent à l'auteur, à son œuvre ainsi qu'à des spécificités du livre II de la Pharsale, le premier tome de ce travail est consacré à l'histoire du texte de Lucain. Il apparaît que la tradition manuscrite du Bellum ciuile est complexe et qu'il n'est pas possible d'établir de stemma classant les manuscrits. Bien plus, la contamination manifeste de la tradition manuscrite ne signifie pas que l'état général du texte tel qu'il a été conservé est bon : au contraire, il existe de très nombreux passages obscurs dans le texte de Lucain. Le texte établi dans le présent travail ne repose donc pas uniquement sur la tradition directe de la Pharsale : il s'appuie également sur une vaste étude de la tradition indirecte et surtout sur la consultation des nombreuses conjectures qui ont été formulées pour tenter de mieux comprendre le texte de Lucain. Le texte latin et sa traduction sont suivis, dans un second volume, d'un commentaire linéaire. Celui-ci regroupe des discussions philologiques sur l'établissement du texte, mais aussi des considérations littéraires et stylistiques ainsi que des explications visant à éclaircir les allusions savantes du poète. / Lucan's epic has not been edited nor translated in France since Bourgery's edition published between 1927 and 1930. This fact is surprising considering that English, German and Italian scholars did such a work at the end of the 20th century and at the beginning of the 21st century. These two present volumes try to compensate this lack in contemporary French scholarship by furnishing a new edition, translation and commentary of Bellum ciuile's book 2. The first volume begins with an introduction to Lucan, to his epic and to some of the distinctive features of book 2, followed by an history of Lucan's text transmission. Pharsalia's textual tradition is complex and it is not possible to make a stemmatic recension fo the manuscripts. Moreover, the obvious contamination of Lucan's tradition does not imply that we are facing a well transmitted text : quite the opposite, many lines of the Bellum ciuile are certainly corrupted. The text established in this work doesn't rely on nothing but manuscripts of Pharsalia : I used as well the indirect tradition and, most importantly, the numerous conjectures made since the 15th century to improve the understand of Lucan's text. In the second volume of this work, the Latin text and its translation are followed by a line by line commentary. It is composed by critical discussion about text establishment, comments about stylistics and explanations of all the allusions made by the poet.

Porté par l'élan de reconquête des âmes qui anime la Réforme catholique, Antoine Godeau (1605-1672) élabore une ample œuvre poétique spirituelle dont les Poësies chrestiennes, publiées pour la première fois en 1633, sont une manifestation exemplaire. Devenu évêque de Grasse en 1636, il n'aura de cesse de mettre ses talents de poète au service de l'édification de ses lecteurs. Le recueil que nous éditons dans sa dernière version (1660) consiste en une pastorale lyrique et catholique à destination des mondains. Le pasteur polygraphe cultive une diversité des formes, des tons et des sujets pour assurer la transmission des dogmes chrétiens et donner accès à la Bible. Le recueil, par ses changements d'orientation nombreux, assume une fonction expérimentale, en devenant le laboratoire de l'ensemble de l'œuvre lyrique et pastorale de Godeau. La poétique godélienne de la pastorale lyrique repose sur la conciliation de l'enthousiasme divin et de la raison, de la grâce et de la beauté. La paraphrase des Écritures offre tout particulièrement l'occasion au poète d'explorer les possibilités d'une rencontre du Calvaire et du Parnasse et d'interroger la spécificité d'une langue poétique classique en formation, en associant la douceur et la clarté. La poésie apparaît comme le medium par excellence pour insinuer les vérités chrétiennes dans le cœur du fidèle. La conversion religieuse des topiques littéraires profanes prépare le lecteur mondain à entendre le discours énergique du poète prédicateur. Ce dernier tempère son anthropologie augustinienne en promouvant une vie mondaine tournée vers Dieu, selon l'idéal de l'honnêteté chrétienne. Les codes d'écriture mondains spiritualisés par le poète témoignent d'un souci constant d'accommodation du discours de conversion à un public désireux d'être édifié par le delectare. / Antoine Godeau (1605-1672) first published the Poësies Chrestiennes in 1633 in the context of the Catholic Reformation which encouraged spiritual revival. This lyric collection is emblematic of his comprehensive poetic and spiritual work. Godeau became the Bishop of Grasse in 1636 and devoted his poetic gifts to enlightening the readers. This new edition is the latest version of the Poësies Chrestiennes (1660), which is pastoral Catholic verse addressed to the socialites of the time. The versatile poet expressed himself in various forms, registers and topics to convey the Christian dogma and the Bible. The content and the purpose of the book fluctuated. The Poësies chrestiennes was thus a field for experimentation : it became Antoine Godeau's laboratory for all his pastoral and lyric work. The poet defined the principles of a poetry which was based on the conciliation of divine enthusiasm and reason, a poetry where grace and beauty met. The paraphrase of the Scriptures was an opportunity to explore the conciliation of Parnassus and Calvary, as well as the specificity of a classical poetic language in the making, endowing it with gentleness and clarity. Poetry appeared to be the ideal way to instill Christian truths in the heart of the faithful. The religious conversion of secular literary rhetoric prepared the layman to hear the poet-preacher’s vigorous speech. Antoine Godeau tempered his Augustinian anthropology by promoting a life both wordly and pious, in chime with the ideal of Christian “honnêteté”. The poet spiritualized profane aesthetics, which showed his unrelenting desire to adapt his conversion discourse to a public eager to be edified by the “delectare”.

Cette thèse traite du processus de valorisation des quotidiens nationaux d’informations générales sur le double marché de la presse (lecteurs et annonceurs) en s’intéressant au rôle de l’activité d’édition dans la création de valeur. L’analyse de l’activité des « travailleurs de la presse » (rédacteurs, secrétaires de rédaction, direction des journaux, personnel des régies publicitaires, etc.) vise à décrire la production d’un bien hybride, à la fois informationnel et publicitaire, dont les caractéristiques finales résultent d’opérations de qualification et d’évaluation des contenus, et d’opérations rédactionnelles et techniques transformant des projets éditoriaux en produits édités. L’observation du travail éditorial et des usages des dispositifs d’édition dans les rédactions de presse quotidienne montre l’existence d’un processus de rationalisation de l’activité de conception et de fabrication du journal. Les directions cherchent à maîtriser ce processus pour accroître leur contrôle de l’édition et de la valorisation des quotidiens mais la rationalisation industrielle ne garantit pas la rentabilité des entreprises dans un marché des biens informationnels en mutation. Pour faire face aux incertitudes liées à la valorisation des journaux, les éditeurs agissent sur le positionnement éditorial des titres et sur le travail d’édition effectué par les rédactions, tout en engageant le développement de structures rédactionnelles « plurimédias ». L’activité d’édition des contenus est au cœur de la chaîne de valeur du journal, mais l’évolution des pratiques culturelles et la transformation du paysage médiatique engendrent une remise en cause des modèles économiques des entreprises de presse et bousculent les pratiques de travail dans les rédactions comme les représentations des métiers qui s’y exercent. / This thesis deals with the process of valorization of national daily newspapers on the two-sided market of the press (readers and advertisers) and considers the role of the edition activity in the creation of value. The analysis of the activity of “press workers” (writers, editors, managers, commercials in advertising agencies) aims at describing the production of an hybrid good, both informational and advertising, of which final characteristics result from operations of qualification and valuation of contents, and from editorial and technical operations that transform editorial projects into edited products. The observation of editorial work and edition systems uses in daily press newsrooms shows a process of rationalization of the conception and production of newspapers. Editors want to master this process in order to reinforce their control of edition and valorization of newspapers, but industrial rationalization does not guarantee firms profitability in a changing market of informational goods. To face uncertainty of newspapers valorization, editors take action on the editorial position of papers and on the work of edition done by editorial staff, and they engage the development of cross-media newsrooms. The activity of contents edition is at the heart of the value chain of newspaper, but the evolution of cultural practices and the transforming media landscape put in question business models of newspapers and challenge work practices as well as representations of occupations in newsrooms.

Les éléments Alu sont les retrotransposons les plus prolifiques chez l’humain avec plus d’1 million de copies occupant plus de 10% du génome. Afin de contrecarrer l’expansion des rétro-éléments, les organismes ont développés différents mécanismes pour préserver l’intégrité de leurs génomes. Le plus proéminent, également utilisé pour lutter contre la réinsertion d’ADN viral dans le génome hôte, est l’édition de l’ARN. Chez les mammifères, la plus courante est la déamination de l’adénine en inosine catalysée par la famille de protéine ADAR dont Les principales cibles sont les éléments Alu chez l’humain. L’édition des éléments Alu conduit à leur séquestration dans le noyau des cellules, mute leurs promoteurs internes, cible de l’ARN polymérase III (POLIII), et leurs queues poly-A, prévenant ainsi leur future rétrotransposition. Dans la première partie de cette étude, l’analyse de données de séquençage haut-débit révèle que ~40% des éléments Alu sont reconnus par POLIII, qu’ils sont présents en tant que petits ARN dans le cytoplasme et le noyau des cellules, que certain d’entre eux sont associés à la chromatine, et que la transcription des éléments Alu est un phénomène courant dans les tissus somatiques qui concorde avec l’expression d’éléments LINE1 fonctionnels. Ceci suggère que la rétrotransposition peut être un mécanisme normal dans la plupart des tissus humains. Enfin, l’analyse de l’expression des éléments Alu et LINE1 chez la souris montre que la transcription de rétrotransposons n’est pas spécifique de l’humain. Dans la seconde partie de cette étude, une nouvelle méthode a été développée pour explorer l’impact de l’édition de l’ARN sur le transcriptome en identifiant les ARN édités par séquençage haut-débit. Dans un premier temps, un anticorps ciblant ADAR a été utilisé pour extraire les ARN associés aux protéines de l’édition. Cette méthode n’étant pas suffisamment efficace, une autre stratégie, qui extrait directement les ARN contenant de l’inosine, a été développée : dans un premier temps, l’ARN est fixé à des billes magnétiques par leurs extrémités 3’, ensuite, les billes sont traitées au glyoxal/acide borique et à la RNAse T1 pour libérer la région 5’ des ARN contenant une ou plusieurs inosines, et enfin, les ARN libérés sont séquencés par séquençage haut débit. En utilisant cette méthode, 1822 sites d’éditions ont été identifiés dans l’ARN de cerveau de souris, incluant 28 nouveaux sites présents dans des séquences codantes qui conduisent à des mutations non-synonymes des futures protéines. Des sites d’éditions ont aussi été observés pour la première fois dans les ARN ribosomaux, les snoRNA et les snRNA. / The Alu repeats comprise more than 10% of the human genome. They spread in the genome by retrotransposition. As a response to this invasion, organisms developed mechanisms to preserve the integrity of their genome, such as RNA editing. The most abundant type of editing in mammals is A-to-I editing where the ADAR proteins transform adenosine into inosine and targets mainly Alu elements in human. Editing of the Alu elements leads to their sequestration in the nucleus and mutates their internal POLIII promoter and their poly-A tail, thus preventing their subsequent transposition. In the first part of this study, we challenged the view that Alu elements are dormant occupant of the genome by characterizing their activity. Deep-sequencing data analyses revealed that ~40% of Alu elements can bind POLIII, they present a definite localization in the cell and associate with chromatin and polysomes, and that Alu elements transcription is a widespread phenomenon in normal tissues which correlates with functional LINE1 elements expression. This suggested that Alu element retrotransposition may be a natural mechanism in most normal human tissues. Further analyses showed that SINE and LINE expression in somatic tissues was not exclusive to human but also occurs in mouse. Finally, attempts were made to identify tissue specific insertions in the human genome resulting from retrotransposition events. In the second part of this study, a new method was developed to understand the full impact of RNA editing on transcriptomes by characterizing the edited RNA in a high-throughput fashion. First, immunoprecipitation was attempted to pull-down RNA associated with the editing enzymes ADARs. Since this method was inefficient, another approach purifying directly the edited RNA was developed. First, the RNA was sequestered on magnetic beads. Then an inosine specific cleavage based on RNAseT1 treatment of RNA protected with glyoxal and borate allowed the separation of the edited RNA from the total RNA. Finally, deep sequencing was used to identify edited RNA. 1,822 editing sites were found in mouse brain RNA by this method, including 28 new editing sites modifying the coding sequences of genes and editing in rRNA, snoRNA and snRNA which were never observed before.

Le virus de la maladie de Marek (GaHV-2), est un "-herpèsvirus induisant des lymphomes T chez le poulet. L’étude des pri-miARN des régions RL à partir des miR-M4, -M11, M31 et -M1 a montré des initiations de transcription dispersées et internes aux longs pri-miARN initialement décrits. Les tests de fonctionnalité des régions en amont ont permis de conclure quant à l’absence d’activité promotrice suggérant une régulation par le prmiR-M9M4, caractérisé dans cette étude, ou par le prMeq. Le gène de 7,5 kpb d’un ARNlnc (ERL, Edited Repeat Long) épissé et antisens à ces transcrits a été caractérisé. Une hyper-édition A-en-G des transcrits ERL par ADAR1 a été mis en évidence. Principalement lié au cycle lytique, l’édition indique une répression fonctionnelle durant cette phase. Les régulations de l’expression d’ADAR1 chez l’humain, positives par la voie de réponse aux interférons et négatives par SOCS1, ont été validées chez le poulet. L’inhibition de SOCS1 par le gga-miR-155 et son orthologue viral mdv1-miR-M4-5p a été montré fonctionnelle chez le poulet comme chez l’humain et mène à une surexpression d’ADAR1 lors de l’activation des voies de réponse aux interférons. / Marek’s disease virus (GaHV-2) is an "-herpesvirus that induces T-cell lymphoma in chickens. In this study, we have shown that some pri-miRNAs, which are specific of miR-M4, -M11, M31 et -M1, initiated at dispersed transcription start sites. They are located in internal positions from previously described pri-miRNAs but upstream sequences lack promoter activity, indicated a potential regulation by the upstream prmiR-M9M4, characterised during this study, or the prMeq. The 7.5 kbp gene of the ERL (Edited Repeat Long) lncRNA, which is alternatively spliced et antisense of these pri-miRNAs was defined. An extensive A-to-G hyperediting of it sequence was observed strongly linked to the lytic phase, indicated a functional repression during this phase. We showed that, like the human one, the chicken ADAR1 expression was positively controlled by the IFN response pathway et negatively by the suppressor of cytokine signaling 1 (SOCS1). Like the human et murine miR-155-5p, the chicken gga-miR-155-5p et the GaHV-2 analog mdv1-miR-M4-5p deregulate this pathway by targeting et repressing expression of SOCS1, leading to the upregulation of ADAR1.

La thèse traite la réception de l’air italien à Paris 1687 et 1715. Elle est structurée en deux parties : la première est consacrée à l’analyse des recueils d’airs italiens, manuscrits et imprimés, produits et circulant à Paris entre les deux siècles la seconde, à la pratique des airs dans le contexte du théâtre parisien (Comédie Italienne, Comédie Française et Opéra) entre la mort de LuIIy (1687) et celle de Louis XIV (1715). En complément du travail de réflexion, on présente le catalogue du corpus étudié. Le corpus choisi place l’air italien du dernier quart du siècle au cœur du phénomène de la réception et de son impact sur le monde théâtral parisien. Le travail d'identification des sources, pour la plupart anonymes, montre qu’il s’agit d’extraits d’opéras. Quant au périmètre géographique des sources, l’axe Versailles-Paris a paru comme le plus logique pour suivre la circulation d’un répertoire apanage dans un premier temps des élites et ensuite, en conséquence de la décentralisation artistique qui investit la cour à la fin du règne de Louis XIV, touchant davantage la ville. L’analyse des œuvres représentées aux deux Comédies ci à l’Opéra à la fin de règne en illustre les modalités d’appropriation par les interprètes, les poètes et les compositeurs, renfermant ainsi le cercle idéal du parcours de l’air d’opéra italien de sa scène d’origine à celle d’accueil. La continuité dans la pratique des airs italiens sur la scène parisienne en ces décennies témoigne de l’intérêt grandissant du public pour ce répertoire, anticipant les Goûts réunis et l’inclinaison pour la musique italienne de la Régence / The study concerns the reception of Italian airs in Paris between 1687 and 1715. It consists of two parts: the first one is devoted to the analysis of French volumes containing Italian airs, manuscript and printed, circulating in Paris among the two centuries; the second one concerns the performance of the repertoire of Italian airs in Parisian theatres (Comédie Italienne, Comédie Française and Opera) between the death of Lully (1687) and the death of Louis XIV (1715). As a complementary part of this work, a catalogue of the sources has also been constituted. The documentary corpus consists of Italian airs of the last quarter of the l7th century as the core of the reception of the Italian repertoire and of its impact on the Parisian theatrical world. The identification of the sources, mainly anonymous at the beginning, shows that the airs are Italian opera excerpts. As far as the geographical area concerned. the axis Versailles-Paris appeared as the most appropriate for following the circulation of this repertoire: firstly known by the élite (aristocracy. collectors), it subsequently reached Paris as the consequence of the artistic decentralization from the court to the city at the end of the reign of Louis XIV. The analysis of the Italian airs sung at the Comédie Italienne, the Comédie Française and the Opera show how performers, poets and composers seized this repertoire, closing the ideal cercle of the path of the Italian opera excerpt from its originary stage to the French stage. The continuity of this practice in Parisian theatres during several decades shows the growing interest of the public for this repertoire, anticipating the Goûts réunis and the inclination towards Italian music of the Regency