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Qualidade de vida na asma : relação com tabagismo, controle da doença, função pulmonar, eosinofilia, atopia e comorbidades

Santos, Vanessa Cristina Hartmann dos January 2018 (has links)
Asma é uma doença inflamatória crônica das vias aéreas. Estima-se que, no Brasil, existam aproximadamente 20 milhões de asmáticos. Além do impacto de morbimortalidade, a doença mal controlada acarreta efeitos socioeconômicos com abstenção ao trabalho, escola e custos à saúde, com necessidade de o paciente buscar a emergência e submeter-se a internações hospitalares. O tabagismo é sabidamente um fator de piora do controle da asma. Ele está associado tanto ao desenvolvimento da asma, como pior controle da doença, piora da gravidade da asma e aumento do declínio da função pulmonar. Objetivos: Comparar os grupos asma associada ao tabagismo e asma não tabagista considerando como desfecho primário a qualidade de vida pelo questionário Asthma Quality of Life Questionnaire (AQLQ) e como desfechos secundários: gravidade da asma, controle da asma, número de exacerbações, função pulmonar, número de eosinófilos no escarro e parâmetros laboratoriais séricos (IgE e eosinófilos). Realizar a comparação também em relação aos grupos: asma antes do tabagismo, asma após o tabagismo e asma não tabagista. Métodos: 88 pacientes asmáticos de 18 a 65 anos provenientes do Ambulatório de Asma do Hospital de Clínicas de Porto Alegre foram selecionados, classificados quanto à gravidade da asma segundo a Global Initiative for Asthma (GINA) e questionados quanto ao hábito tabágico, se fosse presente. Os pacientes realizaram os questionários Asthma Control Test (ACT) e AQLQ, bem como teste de função pulmonar completa (espirometria com broncodilatador, difusão de monóxido de carbono (CO), volumes pulmonares e teste de caminhada de 6 minutos) e coleta de hemograma e IgE. Setenta e três desses pacientes foram submetidos à análise de eosinófilos em escarro induzido. Resultados: Comparando-se grupo asma associada e não associada ao tabagismo, houve diferenças estatisticamente significativas para as seguintes variáveis: espirometria, capacidade de difusão de CO e escore de controle da asma (ACT), que demonstraram piores níveis no grupo asma associada ao tabagismo. Não houve diferenças estatisticamente significativas comparando grupos asma associada ao tabagismo e não associada ao tabagismo em relação a: qualidade de vida (avaliada pelo escore AQLQ), dosagem de IgE, eosinófilos sanguíneos e eosinófilos no escarro e distância percorrida no teste de caminhada. Todavia houve diferença na dessaturação no teste de caminhada, que esteve presente apenas em 4 pacientes do grupo asma associada ao tabagismo e em nenhum do grupo asma não associada ao tabagismo. Houve diferença estatisticamente significativa nos testes cutâneos por puntura, os quais foram mais positivos no grupo com asma não associada ao tabagismo. Conclusão: Diversas variáveis apresentaram resultados piores no grupo asma associada ao tabagismo (como função pulmonar, dessaturação no teste de caminhada de 6 minutos, escore no ACT), mas apesar desses achados, a avaliação dos pacientes por meio do AQLQ não mostra uma diferença estatisticamente significativa na ferramenta que avalia qualidade de vida entre os grupos, muito provavelmente porque é uma medida subjetiva e estimada do ponto de vista do paciente. A proporção de pacientes com asma de surgimento após o tabagismo foi de 31% entre os indivíduos tabagistas. / Asthma is a chronic inflammatory disease of the airways. It is estimated that, in Brazil, there are approximately 20 million asthmatics. In addition to the impact of morbidity and mortality, the disease with poor control causes socioeconomic effects with abstaining from work, school and health costs, with the need for the patient to seek emergency and hospital admissions. Smoking is known to worsen asthma control. It is associated with both the development of asthma, poorer control of the disease, worsening of asthma severity and increased decline in lung function. Objectives: To compare the asthma groups associated with smoking and non-smoking asthma, considering as primary outcome quality of life for the Asthma Quality of Life Questionnaire (AQLQ) and as secondary outcomes: asthma severity, asthma control, number of exacerbations, lung function, eosinophils number in the sputum and laboratory parameters (IgE and eosinophils). To perform the comparison also in relation to the groups: asthma before smoking, asthma after smoking and non-smoking asthma. Methods: 88 asthmatic patients aged 18-65 years, from the asthma outpatient clinic of the Hospital de Clínicas of Porto Alegre were selected, classified according to the severity of the asthma according to Global Initiative for Asthma (GINA) and questioned about the smoking habit if present. The patients performed the Asthma Control Test (ACT) and AQLQ questionnaires, performed complete lung function (bronchodilator spirometry, carbon monoxide (CO) diffusion, lung volumes and 6-minute walk test), collection of hemogram and IgE. Seventy three of these patients underwent eosinophils analysis in induced sputum. Results: The following variables were statistically significant: spirometry, CO diffusion capacity and asthma control score (ACT), which showed worse levels in the asthma group associated with smoking. There were no statistically significant differences comparing smoking and non-smoking asthma groups in relation to: quality of life (assessed by the AQLQ score), IgE dosage, blood eosinophils and eosinophils in the sputum and distance walked in the walk test. However, there was difference in desaturation in the walking test, which was present only in 4 patients in the asthma group associated with smoking and in none of the asthma group not associated with smoking. There was a statistically significant difference in skin prick tests, which were more positive in the group with non-smoking asthma. Conclusion: Several variables had worse outcomes in the smoking-associated asthma group (such as pulmonary function, desaturation in the 6-minute walk test, ACT score), but despite these findings, the patients' AQLQ score did not show a statistically significant difference a tool that assesses quality of life between the groups, most probably because it is a subjective measure and estimated from the patient's point of view. The proportion of patients with onset asthma after smoking was 31% among smokers.
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Avaliação do perfil inflamatório dos pacientes pediátricos com asma grave e sua correlação com o controle da doença e parâmetros funcionais / Evaluation of inflammatory patterns of children with severe asthma and

Eller, Miriam Cardoso Neves 04 June 2018 (has links)
Introdução: Os mecanismos fisiopatológicos da asma grave resistente ao tratamento (STRA) em crianças não está totalmente elucidado e parece diferir do observado em adultos, justificando investigações específicas neste grupo de pacientes. O escarro induzido é método útil para identificar fenótipos e endotipos de asma grave através de marcadores inflamatórios. O objetivo deste estudo foi investigar os padrões inflamatórios de crianças com STRA através escarro induzido e comparar com um grupo de crianças com asma grave que atingiram o controle. Métodos: Crianças (6-18 anos) com diagnóstico de asma grave (critério GINA) em tratamento a pelo menos 6 meses em um centro de referência foram avaliadas em um coorte prospectivo por 3 meses (3 visitas consecutivas). Foi averiguada técnica inalatória, adesão ao tratamento e investigado as principais comorbidades. Realizado coleta de escarro induzido para análise citológica e avaliação quantitativa de citocinas do sobrenadante, espirometria, pletismografia e medidas da FeNO. Após período de seguimento, os pacientes foram classificados em dois grupos: asma grave controlada e asma grave resistente ao tratamento conforme critérios da ATS/ERS. Resultados: Foram incluídos 40 pacientes (idade média 12,8 anos; 62,5% sexo masculino), sendo 13 (32,5%) classificados como STRA após o período de seguimento. A mediana do número de exacerbações foi maior e do escore de ACT menor nos pacientes STRA e esta diferença foi significativa. Não foram encontradas diferenças significativas: nos dados demográficos, nos parâmetros funcionais espirométricos e de pletismografia (CVF, VEF1, VEF/CV, FEF 25-75%, LTC, RV, RV/LTC, resistência e condutância das vias aéreas) e nos valores de FeNO quando comparado o grupo de pacientes controlados com o de STRA. O padrão inflamatório eosinofílico foi predominante nos dois grupos de pacientes, entretanto, o grupo STRA apresentou porcentagem proporcionalmente maior de neutrófilos no escarro comparados com o grupo de asma grave controlada, na visita 3 e também na visita 1 quando analisados retrospectivamente (p < 0,05). As medianas nos níveis das citocinas IL10, GM-CSF, INFy e TNFalfa no escarro foram significativamente maiores no grupo STRA quando comparado ao grupo controlado (p < 0,05) e o GM-CSF e TNF-alfa apresentaram correlação inversa com escore de ACT. Conclusão: Nesta coorte prospectiva, os parâmetros funcionais e a FeNO não discriminaram crianças com STRA dos que atingiram o controle. A presença de neutrófilos no escarro e das citocinas IL10, INFy e, particularmente, GM-CSF e TNFalfa podem ter para um papel na resistência ao tratamento da asma grave em crianças e adolescentes. Antagonistas específicos dessas citocinas podem no futuro representar uma estratégia na terapêutica / Background: The pathophysiological mechanisms of severe therapyresistant asthma (STRA) in children are not fully elucidated and seem to differ from findings in adults, thus justifying specific research on children. Induced sputum is useful for detecting phenotypes and endotypes of severe asthma via inflammatory markers. The aim of the present study was to investigate the inflammatory patterns of children with STRA by the induced sputum method and to compare them with a group of children who achieved control of severe asthma. Methods: A prospective cohort of children (6-18 years old) diagnosed with severe asthma (Global Initiative for Asthma - GINA criteria) and in treatment for at least 6 months at a reference center was assessed for 3 months (3 consecutive visits). Inhalation technique, adherence to treatment and main comorbidities were assessed. Induced sputum samples were collected for cytology analysis and quantitative assessment of cytokines in the supernatant; the participants were also subjected to spirometry, plethysmography and fractional exhaled nitric oxide (FeNO) measurements. At the end of follow-up, the patients were classified into two groups: controlled severe asthma and STRA according to the European Respiratory Society and American Thoracic Society (ERS/ATS) criteria. Results: Forty patients were included (average age 12.8 years old; 62.5% male); 13 (32.5%) were classified as STRA at the end of follow up. The median number of exacerbations was higher and the Asthma Control Test (ACT) score was lower in the STRA group; these differences were significant. Significant differences were not found relative to demographic data, spirometry and plethysmography function parameters [forced vital capacity (FVC), forced expiratory volume in the first second (FEV1), ratio of FEV1 to slow vital capacity (FEV1/SCV), forced expiratory flow at 25-75% of FVC (FEF 25-75%), total lung capacity (TLC), residual volume (RV), RV/TLC, airway resistance and conductance] and FeNO after comparison of the STRA and controlled asthma groups. The eosinophilic inflammatory pattern predominated in both groups; however, the STRA group showed a proportionally higher percentage of sputum neutrophils compared with the controlled asthma group at visit 3 and visit 1 upon retrospective analysis (p<0.05). The median sputum levels of the cytokines IL-10, GM-CSF, IFN-y and TNF-alpha were significantly higher in the STRA group compared with the controlled asthma group (p < 0.05); GM-CSF and TNF-? showed inverse correlations with ACT scores. Conclusion: In the analyzed prospective cohort, functional parameters and FeNO did not discriminate between children with STRA and children with controlled asthma. The presence of neutrophils and the cytokines IL-10, IFN-y and, more particularly, TNF-alpha and GM-CSF in the sputum might have a role in resistance to treatment for severe asthma among children and adolescents. Antagonists specific for these cytokines might represent a therapeutic strategy in the future
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Avaliação do perfil inflamatório dos pacientes pediátricos com asma grave e sua correlação com o controle da doença e parâmetros funcionais / Evaluation of inflammatory patterns of children with severe asthma and

Miriam Cardoso Neves Eller 04 June 2018 (has links)
Introdução: Os mecanismos fisiopatológicos da asma grave resistente ao tratamento (STRA) em crianças não está totalmente elucidado e parece diferir do observado em adultos, justificando investigações específicas neste grupo de pacientes. O escarro induzido é método útil para identificar fenótipos e endotipos de asma grave através de marcadores inflamatórios. O objetivo deste estudo foi investigar os padrões inflamatórios de crianças com STRA através escarro induzido e comparar com um grupo de crianças com asma grave que atingiram o controle. Métodos: Crianças (6-18 anos) com diagnóstico de asma grave (critério GINA) em tratamento a pelo menos 6 meses em um centro de referência foram avaliadas em um coorte prospectivo por 3 meses (3 visitas consecutivas). Foi averiguada técnica inalatória, adesão ao tratamento e investigado as principais comorbidades. Realizado coleta de escarro induzido para análise citológica e avaliação quantitativa de citocinas do sobrenadante, espirometria, pletismografia e medidas da FeNO. Após período de seguimento, os pacientes foram classificados em dois grupos: asma grave controlada e asma grave resistente ao tratamento conforme critérios da ATS/ERS. Resultados: Foram incluídos 40 pacientes (idade média 12,8 anos; 62,5% sexo masculino), sendo 13 (32,5%) classificados como STRA após o período de seguimento. A mediana do número de exacerbações foi maior e do escore de ACT menor nos pacientes STRA e esta diferença foi significativa. Não foram encontradas diferenças significativas: nos dados demográficos, nos parâmetros funcionais espirométricos e de pletismografia (CVF, VEF1, VEF/CV, FEF 25-75%, LTC, RV, RV/LTC, resistência e condutância das vias aéreas) e nos valores de FeNO quando comparado o grupo de pacientes controlados com o de STRA. O padrão inflamatório eosinofílico foi predominante nos dois grupos de pacientes, entretanto, o grupo STRA apresentou porcentagem proporcionalmente maior de neutrófilos no escarro comparados com o grupo de asma grave controlada, na visita 3 e também na visita 1 quando analisados retrospectivamente (p < 0,05). As medianas nos níveis das citocinas IL10, GM-CSF, INFy e TNFalfa no escarro foram significativamente maiores no grupo STRA quando comparado ao grupo controlado (p < 0,05) e o GM-CSF e TNF-alfa apresentaram correlação inversa com escore de ACT. Conclusão: Nesta coorte prospectiva, os parâmetros funcionais e a FeNO não discriminaram crianças com STRA dos que atingiram o controle. A presença de neutrófilos no escarro e das citocinas IL10, INFy e, particularmente, GM-CSF e TNFalfa podem ter para um papel na resistência ao tratamento da asma grave em crianças e adolescentes. Antagonistas específicos dessas citocinas podem no futuro representar uma estratégia na terapêutica / Background: The pathophysiological mechanisms of severe therapyresistant asthma (STRA) in children are not fully elucidated and seem to differ from findings in adults, thus justifying specific research on children. Induced sputum is useful for detecting phenotypes and endotypes of severe asthma via inflammatory markers. The aim of the present study was to investigate the inflammatory patterns of children with STRA by the induced sputum method and to compare them with a group of children who achieved control of severe asthma. Methods: A prospective cohort of children (6-18 years old) diagnosed with severe asthma (Global Initiative for Asthma - GINA criteria) and in treatment for at least 6 months at a reference center was assessed for 3 months (3 consecutive visits). Inhalation technique, adherence to treatment and main comorbidities were assessed. Induced sputum samples were collected for cytology analysis and quantitative assessment of cytokines in the supernatant; the participants were also subjected to spirometry, plethysmography and fractional exhaled nitric oxide (FeNO) measurements. At the end of follow-up, the patients were classified into two groups: controlled severe asthma and STRA according to the European Respiratory Society and American Thoracic Society (ERS/ATS) criteria. Results: Forty patients were included (average age 12.8 years old; 62.5% male); 13 (32.5%) were classified as STRA at the end of follow up. The median number of exacerbations was higher and the Asthma Control Test (ACT) score was lower in the STRA group; these differences were significant. Significant differences were not found relative to demographic data, spirometry and plethysmography function parameters [forced vital capacity (FVC), forced expiratory volume in the first second (FEV1), ratio of FEV1 to slow vital capacity (FEV1/SCV), forced expiratory flow at 25-75% of FVC (FEF 25-75%), total lung capacity (TLC), residual volume (RV), RV/TLC, airway resistance and conductance] and FeNO after comparison of the STRA and controlled asthma groups. The eosinophilic inflammatory pattern predominated in both groups; however, the STRA group showed a proportionally higher percentage of sputum neutrophils compared with the controlled asthma group at visit 3 and visit 1 upon retrospective analysis (p<0.05). The median sputum levels of the cytokines IL-10, GM-CSF, IFN-y and TNF-alpha were significantly higher in the STRA group compared with the controlled asthma group (p < 0.05); GM-CSF and TNF-? showed inverse correlations with ACT scores. Conclusion: In the analyzed prospective cohort, functional parameters and FeNO did not discriminate between children with STRA and children with controlled asthma. The presence of neutrophils and the cytokines IL-10, IFN-y and, more particularly, TNF-alpha and GM-CSF in the sputum might have a role in resistance to treatment for severe asthma among children and adolescents. Antagonists specific for these cytokines might represent a therapeutic strategy in the future
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Perfil microbiologico de pacientes com fibrose cistica / Microbiological profile of cystic fibrosis patients

Amalfi, Liliam Machado 28 February 2007 (has links)
Orientador: Antonio Fernando Ribeiro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-11T18:35:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Amalfi_LiliamMachado_M.pdf: 5120878 bytes, checksum: c21489142714302bf486eaaa938cf04c (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Considerando que a fibrose cística é a mais importante doença hereditária, potencialmente letal, incidente na raça branca, que a infecção pulmonar é reconhecida por ter o maior papel na morbimortalidade levando à morte prematura em 90% dos pacientes, e que a principal causa das exacerbações é as infecções recorrentes ou crônicas; torna-se fundamental para um centro de referência, o conhecimento do perfil microbiológico de seus pacientes. A correlação entre a exacerbação dos sintomas pulmonares e a contagem de colônias de bactérias na cultura rotina diagnóstica (CRD) serve para orientar o controle das infecções. Norteados por este fundamento, para o perfil microbiológico utilizaram-se resultados CRD do: Registro eletrônico do Paciente (REP), Arquivo do Laboratório de Microbiologia (ALM) e Prontuário do paciente (PP). As três bases dados pertencem à mesma casuística, sendo que os dois últimos foram utilizados para verificar a coerência entre os perfis e estudo da susceptibilidade. Estatística: x2, Fisher, Pearson, regressão linear, e, nível significância p<0.05 e IC 95%. Foram resgatados 38.480 registros do REP, referentes a 975 CRD's, 402 nos ALM's e 371 dos PP's. Foram isoladas: Pseudomonas aeruginosa em 80,9% REP (43% pertenciam ao morfotipo não mucóide), nos ALM em 70,8% (43% não mucóide) e em 100% dos PP (60,6% não mucóide) e; Staphylococcus aureus em (50,1% REP, 48% ALM, e em 55% PP). Microrganismos emergentes como Burkholderia cepacia em (3,69% REP, 1% ALM, e em 3,5% dos PP's), Strenotrophomonas maltophilia em (3% REP, 2,8% ALM e 1,6% PP). Observamos uma elevada prevalência dos P. aeruginosa, durante o 1° ano de vida (57%), diferença significante se comparadas aos resultados da Cystic Fibrosis Fundation e Consenso Europeu que relatam uma prevalência de 20% entre 0-5 anos. Em relação à prevalência da B. cepacia, foi utilizado o meio seletivo, elevando a prevalência para 13% no ano de 2003, e, se observados ao longo dos anos, o valor se assemelha aos demais estudos (3,6%). Em relação ao estudo de susceptibilidade antimicrobiana, foram encontradas 13 cepas de P.aeruginosa multidroga-resistente aos 5 antibióticos incluídos no estudo (3,23% CRD's em 3 pacientes). Das P.aeruginosa 13,4% foram sensíveis a todos os antimicrobianos (ALM). Foi possível observar resistência das cepas P. aeruginosa aos antibióticos freqüentemente utilizados como a Gentamicina (50%) e Amicacina (31%). As mesmas cepas foram sensíveis à Ceftazidima (45%), Ciprofloxacina (48,7%). Foram isoladas em 389 dos 402 CRD's (ALM), ambos morfotipos (mucóide e não mucóide) apresentando elevada sensibilidade a Ceftazidima, Imipenem e Amicacina (66,9, 56,3% e 60% respectivamente) e, dentre eles, o que apresentou maior eficácia e menor resistência foi a Ceftazidima (5,4%). As cepas de S. aureus apresentaram elevada sensibilidade (72,7% ALM e 100% PP) sendo que dos 183 antibiogramas somente 11 cepas (6% em 5 pacientes ALM) apresentaram-se Oxa-Resistente, apesar de uma prevalência elevada e persistente. O perfil microbiológico, utilizando REP, foi coerente com ALM e PP, sugerindo que dados eletrônicos podem se amoldar às perspectivas de futuras pesquisas, levando-se em consideração a necessidade de novos estudos e maior interação entre as equipes, ajustadas as correções de possíveis vieses / Abstract: Considering that the Cystic Fibrosis is the most important hereditary illness potentially lethal incident in Caucasoid, and the pulmonary infections has been recognized as having the greatest role in the morbid mortality, being cause of death in 90% of the patients, and the main exacerbations cause are the recurrent or chronic infection/ the knowledge in the microbiological profile from patients becomes basic for all reference centers. When infected, the treatment will depends of microorganisms characteristics (antimicrobial resistance and ambient conditions) and, the prognostic depends of the nutritionals and immunological conditions; The correlation between the exacerbation from pulmonary symptoms and the counting of bacteria colonies by the culture routine diagnosis (CRD), serves to guide and control the infections. Guided by this bedding, our objective was to delineate this profile, using the CRD results from: Electronic Patient Register (REP), Archives from Microbiology Laboratory (ALM) and Handbooks of Patient (PP). All the databases belong to the same casuistry, being ALM data and PP collected to verify if the electronic registers correspond to the findings and notations in these archives. For the statistical calculations: descriptive analysis, x2, fisher, correlation Pearson and linear regression and the significance were p <0, 05 and IC 95%. Were analyzed 975 CRD's results between 38.480 registers from REP (100 patients), 402 from ALM (100 patients) and 371(9 patients) from PP's. Were identified: Pseudomonas aeruginosa in 80,9% from REP (43.1% belonged to morphotype mucoid), from ALM in 70,8% (27.8% mucoid) and PP (51.4% mucoid); Staphylococcus aureus in (50.1% REP, 48% ALM, and in 55% PP). Emergent microorganisms as Burkholderia cepacia in (3.69% REP, 1% ALM, and in 3,5% of the PP's), Strenotrophomonas maltophilia in (3% REP, 2.8% ALM and 1.6% PP). In relation of microorganisms prevalence, we observed a high significant prevalence of the Pseudomonas aeruginosa during the first year life (57%), greater than the results from Cystic Fibrosis Foundation and European Consensus (20% of 0-5 yrs). In relation of Burkholderia cepacia prevalence, the selective media was used (year 2003), increasing the prevalence to 13%, if observed during a long period, it would be equivalent to found (3,6%). About antimicrobial susceptibility, 13 of P. aeruginosa multi-drugs resistant were found to all usual antibiotics (3,3% CRD of 3 patients). The P. aeruginosa, 13,4% were sensitive to all antimycrobiane. We observed a great resistance between P. aeruginosa against to usual antibiotics as Gentamicine (50%) and Amicacine (31%). The same cepas were sensitive to Ceftazidima (45%), Ciprofloxacin (48,7%). Of 389 CRD's (ALM), were simultaneously found the both morphotypes (mucoid and nonmucoid) that showed a high sensitive to Ceftazidima, Imipenem e Amicacin (66,9, 56,3% e 60%) and the more effective and less resistant was Ceftazidima (5,4%). The Staphylococcus aureus were high sensitive (72,7% ALM and 100% PP) and just 11 cepas in 183 (5,9%) were Oxa-Resistant in 5 patients, even thought the high and persistent prevalence. The microbiological profile of cystic fibrosis patient from REP corresponds to the results from ALM and PP, suggesting that the electronic register can be molder to the perspectives of future researches, with news studies on this subject, and to plan more interaction between teams to correct any possible vises to appropriate research / Mestrado / Saude da Criança e do Adolescente / Mestre em Saude da Criança e do Adolescente
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Relevância clínica da concentração do ácido hialurônico no escarro e em espécimes tumorais de pacientes portadores de carcinomas de pulmão / Clinical relevance of the hyaluronan levels in the sputum and tumoral tissues of lung cancer patients

Rangel, Maristela Peres 03 August 2012 (has links)
Introdução. O ácido hialurônico é um glicosaminoglicano não sulfatado presente na matriz extracelular. Vários estudos têm demonstrado que uma produção ou degradação aberrante dessa molécula tem influência no comportamento do câncer de mama, próstata, bexiga e pulmão. Desta forma, a dosagem do ácido hialurônico em tecidos e fluidos corporais como sangue, urina e escarro tem despertado grande interesse como rastreador de indivíduos de alto risco e marcador diagnóstico e/ou prognóstico da doença estabelecida. Objetivos. Verificar se há diferenças nos níveis de ácido hialurônico entre espécimes tumorais e não tumorais de câncer de pulmão, bem como seu impacto na sobrevida dos pacientes; verificar se diferenças encontradas nos tecidos estão também presentes no escarro; verificar se a dosagem do ácido hialurônico no escarro permite rastrear pacientes com câncer de pulmão entre pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica e voluntários saudáveis. Resultados. Houve uma elevação significativa nos níveis de ácido hialurônico nos espécimes tumorais em relação aos espécimes não tumorais, mesmo quando histologicamente categorizados. Não houve associação entre as concentrações do ácido hialurônico com características clínicas dos pacientes, porém houve impacto na sobrevida dos pacientes: pacientes com tumores contendo ácido hialurônico > 364,36 g/g apresentaram menor sobrevida global que pacientes cujos tumores evidenciaram ácido hialurônico < 364,36 ug/g. Demonstramos que pacientes com câncer de pulmão apresentam elevações altamente significativas da produção de ácido hialurônico no escarro independente das características clínicas dos pacientes, porém dependente do tipo histológico. Valores de ácido hialurônico >11,13ng/mg no escarro tem sensibilidade de 87% para rastreamento de pacientes com câncer de pulmão e voluntários saudáveis. Nesse grupo valores > 31,44ng/mg tem especificidade de 100% e sensibilidade de 51%. Houve exclusão com sensibilidade de 33% e especificidade de 100% de pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica em relação aos pacientes com câncer de pulmão para valores > 48,36ng/mg. Conclusão. Diferentes níveis de ácido hialurônico forma observados nos tumores e tecidos normais com impacto na sobrevida dos pacientes, tornando a dosagem do ácido hialurônico como promissor marcador prognóstico no câncer de pulmão. Diferenças observadas nos tecidos foram também constatadas no escarro, despontando a dosagem do ácido hialurônico como promissora no rastreamento de indivíduos com risco para câncer de pulmão / Introduction. Hyaluronan is an extracellular matrix non-sulfated glycosaminoglycan. Some have reported that its abnormal production and degradation can influence the behaviour of different types of tumours like breast, prostate, bladder and lung cancer. Therefore, hyaluronan quantitative analysis in tissues and body fluids like blood, urine and sputum has shown promise on the high risk patients screening and as diagnostic/prognostic marker of some diseases. Objectives. Verify if there are differences in the levels of hyaluronan in tumoral and non-tumoral lung cancer specimens, as well as its impact on the patients survival; verify if sputum samples present the same differences; verify the role of hyaluronan quantitative analysis in the screening of lung cancer patients between patients with chronic obstructive pulmonary disease and healthy volunteers. Results. Lung cancer tumoral specimens showed higher levels of hyaluronan when compared to non-tumoral specimens even when the specimens were histologically categorized. There was no correlation between hyaluronan levels and the patients clinical features, however, an impact in the patients survival was observed: patients with tumoral hyaluronan levels > 364,36 g/g had a lower survival rate than patients with < 364,36 ug/g. We have shown that lung cancer patients show an elevated production of hyaluronan in the sputum. This characteristic was independent of the clinical features but dependent of the histologic type. The hyaluronan quantitative analysis for the screening of lung cancer patients between healthy volunteers showed a sensitivity of 87% for hyaluronan levels >11,13ng/mg in the sputum. In this group levels > 31,44ng/mg showed 100% specificity and 51% sensibility. On a second group (lung cancer patients vs chronic obstructive pulmonary disease patients) levels of sputum hyaluronan > 48,36ng/mg showed 100% specificity to exclude chronic obstructive pulmonary disease patients from lung cancer patients. The sensibility for this cut-off point was 33%. Conclusion. Hyaluronan quantitative analysis in the tissues is a promising lung cancer prognostic marker considering the differences between hyaluronan levels on tumoral and nontumoral tissues. Not only this, but, the differences observed in the tissues were observed in the sputum as well. Hence, the hyaluronan quantitative analysis is a promising strategy in the screening of high risk individuals that might develop lung cancer
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Análise de interferentes na extração, amplificação e detecção de M. tuberculosis por reação de PCR em amostras de líquido pleural, escarro e lavado broncoalveolar / Analysis of interfering in the extraction, amplification and detection of M. tuberculosis by PCR reaction in pleural fluid, sputum and bronchoalveolar lavage samples

Carnevale, Gabriela Gaspar 21 October 2015 (has links)
Introdução: A tuberculose (TB) é uma das infecções mais prevalentes na humanidade, sendo o comprometimento pulmonar a principal causa de morbimortalidade. A cultura é o padrão de referência para diagnóstico, porém apresenta baixa sensibilidade. Das formas extrapulmonares, a TB pleural é a mais comum e apresenta diagnóstico confirmatório difícil por ser paucibacilar e conter interferentes intrínsecos na amostra. A reação em cadeia da polimerase (PCR), por amplificar o DNA da micobactéria, apresenta-se como teste mais sensível que a cultura, sendo positivo em amostras que apresentam a partir de 102 UFC/mL (unidades formadoras de colônia por mL) de M. tuberculosis (MTB). Entretanto, quando utilizada em amostras de escarro, lavado broncoalveolar e/ou líquido pleural pode ter seu desempenho comprometido pela presença de inibidores intrínsecos da amostra (variáveis pré-analíticas) e pelas técnicas de amplificação e detecção (variáveis analíticas) utilizadas na reação. Objetivo: Avaliar a influência de variáveis pré-analíticas (concentração de células, hemácias e proteínas) na detecção do DNA do M. tuberculosis em amostras de escarro, lavado broncoalveolar (LBA) e líquido pleural (LP), utilizando combinações de métodos de extração/detecção. Métodos: Amostras de escarro, lavado broncoalveolar e líquido pleural de pacientes não infectados pelo M. tuberculosis foram obtidas através de indução à expectoração, broncoscopia respiratória e/ou toracocentese, respectivamente, em volumes suficientes para o estudo. Para testar o limiar de detecção do M. tuberculosis, as amostras foram preparadas \"in vitro\" de maneira a conter concentrações variadas dos interferentes pré-analíticos e de UFC/mL da micobactéria. Para a técnica de PCR, o DNA foi extraído pelo método de extração QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) e pelo AMPLICOR® Respiratory Specimen Preparation (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) e amplificado e detectado por três métodos: 1) COBAS® TaqMan® MTB Test (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA); 2) MTB Q - PCR Alert Kit (Nanogen Advanced Diagnosis, Trezzano, Italy) e 3) \"in-house\" ou caseiro. Desta maneira, foram testadas as seguintes combinações: Extração Roche/detecção Roche (R/R); Extração Roche/detecção Nanogen (R/N); Extração Roche/detecção \"in house\" (R/IH); Extração Qiagen/detecção Roche (Q/R); Extração Qiagen/detecção Nanogen (Q/N) e Extração Qiagen/detecção \"in house\" (Q/IH). Resultados: Em amostras de escarro, a quantidade de células e de hemácias não interferiu na detecção do M. tuberculosis, com exceção do método de extração/detecção Roche. Nas amostras de LBA, médias e altas concentrações de células e altas concentrações de hemácias contribuíram para menor detecção do MTB quando utilizado o método de detecção Roche, enquanto que no líquido pleural, a concentração de hemácias foi a variável que mais interferiu na detecção do agente. Em ambas as situações a menor detecção foi obtida com a combinação Q/N. Conclusão: A qualidade pré-analítica das amostras biológicas recebidas no laboratório clínico pode interferir no desempenho diagnóstico dos testes moleculares. A escolha dos métodos de extração e detecção é de fundamental importância na sensibilidade analítica do teste, para garantia de melhores resultados, especialmente quando trabalhamos com amostras paucibacilares que contém potenciais inibidores da reação / Introduction: Tuberculosis (TB) is one of the most prevalent infections in humanity, and pulmonary compromise is the leading cause of morbidity and mortality. Culture is the reference standard for diagnosis, but has low sensitivity. Of the extrapulmonary forms, pleural TB is the most common and presents difficult confirmatory diagnosis due to be paucibacillary and to contain intrinsic interfering in the sample. The polymerase chain reaction (PCR), for amplifying DNA of the mycobacterium, appears as more sensitive test than the culture, with positive results from 102 CFU/ml (colony forming units per ml) of M. tuberculosis (MTB). However, when used in sputum samples, bronchoalveolar lavage and/or pleural fluid, this test can also have its performance compromised by the presence of intrinsic sample inhibitors (pre-analytical variables) and by the amplification and detection techniques (analytical variables) used in the reaction. Objective: To evaluate the influence of pre-analytical variables (concentration of cells, red blood cells and proteins) in DNA detection of M. tuberculosis from sputum, bronchoalveolar lavage (BAL) and pleural fluid (PF) samples by using combinations of extraction/detection methods. Methods: Samples of sputum, bronchoalveolar lavage and pleural fluid of patients not infected with M. tuberculosis were obtained by inducing sputum, respiratory bronchoscopy and/or thoracentesis, respectively, in sufficient volumes for the study. To test the detection threshold of M. tuberculosis, samples were prepared \"in vitro\" to contain variable concentrations of pre-analytical interfering and CFU/mL of mycobacteria. For PCR, DNA was extracted by two methods: the QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) and Respiratory Specimen Preparation Amplicor (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) and amplified and detected by three methods: 1) COBAS® TaqMan® MTB Test (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA); 2) MTB Q - PCR Alert Kit (Nanogen Advanced Diagnosis, Trezzano, Italy) and 3) \"in-house\". Thus, the following combinations were tested: Roche extraction and detection (R/R); Roche extraction and Nanogen detection (R/N); Roche extraction and \"in house\" detection (R/IH); Qiagen extraction and Roche detection (Q/R); Qiagen extraction and Nanogen detection (Q/N) and Qiagen extraction and \"in house\" detection (Q/IH). Results: In sputum samples, the amount of cells and red blood cells did not interfere with M. tuberculosis detection, an exception for Roche extraction/detection method. In BAL samples, medium and high cell concentrations and high concentrations of red blood cells contributed to lower detection of MTB when using the Roche detection method, while in the pleural fluid, the concentration of red blood cells was the variable that most interfered with the MTB detection. In both situations, the smallest detection was obtained with the combination Q/N. Conclusion: The pre-analytical quality of biological samples received in the clinical laboratory can interfere with the performance of molecular diagnostic tests. The choice for the extraction/detection methods is of fundamental importance in the analytical sensitivity of PCR, in order to guarantee better results, especially when working with paucibacillary samples containing potential reaction inhibitors
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Avaliação da acurácia diagnóstica da reação em cadeia da polimerase (PCR) para micobactérias no escarro induzido em pacientes com suspeita de tuberculose pulmonar

Paiva, Verônica da Silva January 2016 (has links)
Introdução: A tuberculose (TB) é uma doença infectocontagiosa causada pelo Mycobacterium tuberculosis (MTb) que apresenta cerca de 80% predileção pelo acometimento pulmonar. Amostras de escarro são necessárias para identificar este microrganismo e o escarro induzido (EI) tem sido um método alternativo de obtenção destas amostras, porém tem apresentado, frequentemente, resultados negativos. A cultura, considerada padrão áureo, é mais morosa em seus resultados, portanto menos útil para guiar o diagnóstico. A reação em cadeia da polimerase (PCR) é a metodologia mais comum para o diagnóstico rápido da TB e poucos estudos avaliaram seu papel nas amostras de EI. Objetivo: Determinar acurácia diagnóstica do PCR para microbactéria no EI de pacientes com suspeita de TB pulmonar e descrever características sócio demográficas, dados clínicos, radiológicos, comorbidades e hábitos comportamentais. Métodos: Estudo prospectivo. Pacientes internados e ambulatoriais maiores de 18 anos com sintomas respiratórios sugestivos de tuberculose pulmonar (PTB) foram convidados a participar. Os sujeitos foram entrevistados utilizando-se um questionário padronizado e o EI foi coletado. Foram obtidas três amostras para baciloscopia direta e cultura. Obteve-se uma quarta amostra para o teste de PCR. Resultados: Foram avaliadas 116 amostras de escarro induzido. A sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo da PCR foram de 95,2%, 48,4%, 29,0% e 97,9%, respectivamente. A área sob a curva ROC foi de 0,72 para o teste de PCR (P <0,0001). Conclusões: Embora a especificidade da PCR possa ser subestimada, se considerarmos a PCR mais sensível do que os métodos de cultura utilizados pensaram que esses testes positivos para PCR significam falsos positivos. Os resultados de PCR devem ser sempre interpretados cuidadosamente em conjunto com informações clínicas. / Introduction: Induced sputum (IS) is an alternative method of obtaining sputum, but IS smears are frequently negative. Culture is more time-consuming in its results, and less useful to guide the diagnosis. Polymerase chain reaction (PCR) is the most common methodology for rapid diagnosis of tuberculosis and few studies evaluated its role in IS samples. Objective: The objective of this study is to determine the diagnostic yield of PCR for TB compared with culture in IS samples. Methods: Prospective study. Inpatients and outpatients > 18 years with respiratory symptoms suggestive of PTB were invited to participate. Subjects were interviewed using a standardized questionnaire, and collected IS. Three samples were obtained for AFB smear and culture. A fourth sample was obtained for PCR test. Results: A total of 116 induced sputum samples were evaluated. The sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of PCR were 95.2%, 48.4%, 29.0%, and 97.9%, respectively. The area under the ROC curve was 0.72 for the PCR test (P<0.0001). Conclusions: Although the PCR specificity could be underestimated, if we consider PCR to be more sensitive than the culture method used, we thought that these PCR positive tests means false-positives. PCR results should always be interpreted carefully in conjunction with clinical information.
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Relevância dos proteoglicanos como biomarcadores prognósticos e preditivos em carcinomas não-pequenas células e seu impacto na carcinogênese pulmonar / Clinical relevance of matrix proteoglycans as predictors of lung cancer patients outcome

Rangel, Maristela Peres 12 December 2016 (has links)
Introdução. Os glicosaminoglicanos e os proteoglicanos são moléculas abundantes na matriz extracelular. Vários estudos têm demonstrado que uma produção ou degradação aberrante dessas moléculas tem influência no comportamento do câncer de mama, cólon e pâncreas. Outras proteínas como o solCD44 e a cofilina-1 também tem demonstrado influência direta na progressão dos tumores. Desta forma, a análise da expressão destas moléculas em tecidos e fluidos corporais tem despertado grande interesse como rastreador de indivíduos de alto risco e marcador diagnóstico e/ou prognóstico da doença. Objetivos. Conhecer o impacto do ácido hialurônico e dos proteoglicanos (biglicam, glipicam, perlecam, sindecam e versicam) na carcinogênese bem como seu impacto na sobrevida dos pacientes; verificar se a concentração de solCD44 e cofilina-1 presente no escarro de pacientes com câncer de pulmão permite rastreá-los entre pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica e voluntários saudáveis. Resultados. Uma associação significativa direta foi encontrada entre os tumores com alto percentual de expressão de AH e de microvasos no estroma tumoral. As concentrações de heparam e condroitim sulfato nas amostras tumorais foram mais elevadas quando comparadas às amostras não tumorais. Com exceção do sindecam, todos os outros proteoglicanos apresentaram uma expressão gênica significativamente menor nos tecidos tumorais e biglicam e versicam apresentaram associações com as características clinico patológicas. A expressão proteica de biglicam, perlecam e versicam foi significativamente maior no tecido normal do que nas áreas de estroma tumoral e de células tumorais. Pela análise de regressão de COX controlada para idade, tipo histológico e expressão gênica de biglicam, sindecam e glipicam obtiveram alta taxa de sobrevida os pacientes do sexo feminino com elevada expressão gênica de perlecam e menor risco de óbito em estadio T1, ausência de metástases nodais e expressão gênica de versicam. A Maristela Peres Rangel Tese de doutorado - USP concentração de cofilina demonstrou-se mais elevada no escarro de pacientes com câncer de pulmão quando comparado ao escarro de pacientes de alto risco e de voluntários saudáveis. A concentração de solCD44 também demonstrou-se mais elevada no escarro de pacientes com câncer de pulmão quando comparado ao escarro de pacientes de alto risco e de voluntários saudáveis. Através da curva ROC, a cofilina-1 presente no escarro foi capaz de distinguir os pacientes de alto risco dos pacientes com câncer de pulmão com área abaixo da curva de 0.69 e com um ponto de corte de 802.5 pg/mL a curva apresentou 60% de sensibilidade e 54% de especificidade. O solCD44 presente no escarro também foi capaz de distinguir os pacientes de alto risco dos pacientes com câncer de pulmão através da curva ROC com área abaixo da curva de 0.67 e com um ponto de corte de 65.8 pg/mL a curva apresentou 50% de sensibilidade e 84% de especificidade. Conclusão. A expressão do ácido hialurônico demonstrou ter correlação no processo de crescimento tumoral através da angiogênese. A análise biomolecular apontou a diminuição dos proteoglicanos no tecido tumoral e, portanto, estes podem ser potenciais biomarcadores prognósticos de câncer de pulmão. As análises feitas em escarro demonstraram que a elevada expressão proteica de solCD44 e da cofilina-1 no escarro nos pacientes com câncer de pulmão mostram-se como promissores alvos de detecção do CP / Introduction. The relationship between the extracellular matrix (ECM) components and cancer cells have an important role on cancer development and progression. Between the most important molecules present on the ECM are the glycosaminoglycans and their respective proteoglycans. Studies have reported that they have different behaviours when in the presence of malignant tissues and influence the development of breast, pancreas and colon cancers. Likewise, proteins as solCD44 and cofilin-1 also have shown direct influence in tumor progression. Regarding that, there is growing interest among scientists in analyzing the expression of these molecules in body fluids as a screening tool of high risk patients and as a diagnostic and prognostic lung cancer biomarker. Objectives. The aims of this study were to recognize the impact of hyaluronan and the proteoglycans (biglycan, glypican, perlecan, syndecan e versican) on lung cancer carcinogenesis as well as its impact on patient\'s survival; verify if the solCD44 e cofilina-1 concentrations in the sputum of lung cancer patients could distinguish them from patients with COPD and healthy volunteers. Results. A direct association was found between tumors expressing high amounts of hyaluronan and CD34 in tumoral stroma. Heparan and chondroitin sulphate concentrations were higher in tumor specimens when compared to normal lung tissue. All proteoglycans, in exception of syndecan, showed a lower expression in tumoral tissue and biglycan and versican showed association with the clinical pathological features. Protein expression of biglycan, perlecan and versican was higher in the normal tissue when compared to stroma and tumoral cells. COX regression controlled by age, histological types and gene expression of biglycan, syndecan e glypican demonstrated that female patients had higher survival rates with high gene expression of perlecan and the patients with T1 stage, lack of linfonode Maristela Peres Rangel Tese de doutorado - USP metastasis and gene expression of versican had lower risk of death. Cofilin-1 concentration was higher in the sputum of lung cancer patients when compared to a high risk group and healthy volunteers. Also, the solCD44 concentration was higher in the sputum of lung cancer patients when compared to a high risk group and healthy volunteers. ROC cruve analysis demonstrated that sputum cofilin-1 was capable to distinguish high risk patients from lung cancer patients with na area under the curve of 0.69 and with a cut off at 802.5 pg/mL the curve presented 60% de sensitivity and 54% specificity. Sputum solCD44 was also capable to distinguish high risk patients from lung cancer patients with na area under the curve of 0.67 and with a cut off at 65.8 pg/mL the curve presented 50% de sensitivity and 84% specificity. Conclusions. Hyaluronan expression showed a correlation with tumoral growth through angiogenesis processes. The biomolecular analysis demonstrated that matrix proteoglycans are potencial lung cancer prognostic biomarkers. Sputum analyses showed that solCD44 and cofilin-1 are potencial molecules in lung cancer detection
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Avaliação externa da qualidade das baciloscopias para tuberculose, realizadas nas unidades laboratoriais públicas no município de Belém (Pará)

BRITO, Michele Lima de 04 October 2010 (has links)
Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-05-20T22:15:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoExternaQualidade.pdf: 1231478 bytes, checksum: 697938e34b15b55d42339ba30568141f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-05-21T15:40:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoExternaQualidade.pdf: 1231478 bytes, checksum: 697938e34b15b55d42339ba30568141f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-21T15:40:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoExternaQualidade.pdf: 1231478 bytes, checksum: 697938e34b15b55d42339ba30568141f (MD5) Previous issue date: 2010 / A baciloscopia de escarro é o exame mais difundido para o diagnóstico e controle da Tuberculose (TB), por ser um método de simples execução e de baixo custo, porém possui baixa sensibilidade e especificidade. Para que a eficácia e eficiência deste método sejam atingidas, é necessário o estabelecimento e aplicações de normas padrão de execução e leitura de lâminas. Nesse sentido, é fundamental conhecer a qualidade do exame baciloscópico disponível em uma rede de laboratórios. O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade das baciloscopias para diagnóstico e controle da TB realizadas nas Unidades Laboratoriais (UL) pertencentes à rede pública de laboratórios do município de Belém, Pará, no ano 2007, 2008 e 2009. A avaliação foi dividida em três etapas, correspondentes ao ano de confecção das lâminas. Participaram 18 UL que enviaram, regularmente, ao Laboratório Central do Pará, todas as lâminas de baciloscopia confeccionadas por elas para a Avaliação Externa da Qualidade da Baciloscopia (AEQB), que utiliza o método de releitura cega dos esfregaços. Este método compreende uma avaliação técnica dos esfregaços, classificando-os como “Adequados” e “Inadequados”, além da análise de discordância de resultados Falso positivo (FP) e Falso negativo (FN). No período do estudo, 4.117 lâminas foram processadas pelas UL. Na 1ª etapa de avaliação, todas as 18 UL apresentaram lâminas que foram classificadas como inadequadas, sendo que este número diminuiu para 12 UL na 2ª etapa de avaliação e para seis UL na 3ª etapa. Em relação às discordâncias, 03 UL apresentaram discordâncias de FP e 03 UL de FN. Os resultados obtidos no estudo reforçam a necessidade de manter e expandir a AEQB para todas as UL que realizam baciloscopia na rede de laboratórios. / The sputum examination is the most widely used for diagnosis and control of tuberculosis (TB), as a method of simple execution, low cost, but has low sensitivity and specificity. For the effectiveness and efficiency of this method are met, it is necessary for the establishment and application of standard rules of execution and reading of slides. Thus, it is essential to know the quality of smear microscopy available in a laboratory network. The aim of this study was to evaluate the quality of sputum for diagnosis and control of TB conducted in Units Laboratory (UL) belonging to the public laboratories in Belém, Pará, in 2007, 2008 and 2009. The evaluation was divided into three stages, corresponding to the year of manufacture of the sputum blades. Participants UL 18 that sent regularly to the Central Laboratory of Para, all smear slides prepared by them for External Quality Assessment of Smear (AEQB), which uses the method of blind rereading of smears. This method involves a technical evaluation of the smears, describing them as "Adequate" and "Inappropriate", besides the analysis of discrepant results False Positive (FP) and false negative (FN). During the study period, 4117 samples were processed by UL. In the first stage of evaluation, all 18 UL had blades that were classified as inadequate, and this number decreased to 12 UL in the 2nd stage of evaluation and UL for six at the 3rd step. Regarding disagreements, disagreements had 03 UL 03 UL FP and FN. The results obtained in this study reinforce the need to maintain and expand AEQB for all UL performing smear in the network of laboratories.
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Análise de interferentes na extração, amplificação e detecção de M. tuberculosis por reação de PCR em amostras de líquido pleural, escarro e lavado broncoalveolar / Analysis of interfering in the extraction, amplification and detection of M. tuberculosis by PCR reaction in pleural fluid, sputum and bronchoalveolar lavage samples

Gabriela Gaspar Carnevale 21 October 2015 (has links)
Introdução: A tuberculose (TB) é uma das infecções mais prevalentes na humanidade, sendo o comprometimento pulmonar a principal causa de morbimortalidade. A cultura é o padrão de referência para diagnóstico, porém apresenta baixa sensibilidade. Das formas extrapulmonares, a TB pleural é a mais comum e apresenta diagnóstico confirmatório difícil por ser paucibacilar e conter interferentes intrínsecos na amostra. A reação em cadeia da polimerase (PCR), por amplificar o DNA da micobactéria, apresenta-se como teste mais sensível que a cultura, sendo positivo em amostras que apresentam a partir de 102 UFC/mL (unidades formadoras de colônia por mL) de M. tuberculosis (MTB). Entretanto, quando utilizada em amostras de escarro, lavado broncoalveolar e/ou líquido pleural pode ter seu desempenho comprometido pela presença de inibidores intrínsecos da amostra (variáveis pré-analíticas) e pelas técnicas de amplificação e detecção (variáveis analíticas) utilizadas na reação. Objetivo: Avaliar a influência de variáveis pré-analíticas (concentração de células, hemácias e proteínas) na detecção do DNA do M. tuberculosis em amostras de escarro, lavado broncoalveolar (LBA) e líquido pleural (LP), utilizando combinações de métodos de extração/detecção. Métodos: Amostras de escarro, lavado broncoalveolar e líquido pleural de pacientes não infectados pelo M. tuberculosis foram obtidas através de indução à expectoração, broncoscopia respiratória e/ou toracocentese, respectivamente, em volumes suficientes para o estudo. Para testar o limiar de detecção do M. tuberculosis, as amostras foram preparadas \"in vitro\" de maneira a conter concentrações variadas dos interferentes pré-analíticos e de UFC/mL da micobactéria. Para a técnica de PCR, o DNA foi extraído pelo método de extração QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) e pelo AMPLICOR® Respiratory Specimen Preparation (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) e amplificado e detectado por três métodos: 1) COBAS® TaqMan® MTB Test (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA); 2) MTB Q - PCR Alert Kit (Nanogen Advanced Diagnosis, Trezzano, Italy) e 3) \"in-house\" ou caseiro. Desta maneira, foram testadas as seguintes combinações: Extração Roche/detecção Roche (R/R); Extração Roche/detecção Nanogen (R/N); Extração Roche/detecção \"in house\" (R/IH); Extração Qiagen/detecção Roche (Q/R); Extração Qiagen/detecção Nanogen (Q/N) e Extração Qiagen/detecção \"in house\" (Q/IH). Resultados: Em amostras de escarro, a quantidade de células e de hemácias não interferiu na detecção do M. tuberculosis, com exceção do método de extração/detecção Roche. Nas amostras de LBA, médias e altas concentrações de células e altas concentrações de hemácias contribuíram para menor detecção do MTB quando utilizado o método de detecção Roche, enquanto que no líquido pleural, a concentração de hemácias foi a variável que mais interferiu na detecção do agente. Em ambas as situações a menor detecção foi obtida com a combinação Q/N. Conclusão: A qualidade pré-analítica das amostras biológicas recebidas no laboratório clínico pode interferir no desempenho diagnóstico dos testes moleculares. A escolha dos métodos de extração e detecção é de fundamental importância na sensibilidade analítica do teste, para garantia de melhores resultados, especialmente quando trabalhamos com amostras paucibacilares que contém potenciais inibidores da reação / Introduction: Tuberculosis (TB) is one of the most prevalent infections in humanity, and pulmonary compromise is the leading cause of morbidity and mortality. Culture is the reference standard for diagnosis, but has low sensitivity. Of the extrapulmonary forms, pleural TB is the most common and presents difficult confirmatory diagnosis due to be paucibacillary and to contain intrinsic interfering in the sample. The polymerase chain reaction (PCR), for amplifying DNA of the mycobacterium, appears as more sensitive test than the culture, with positive results from 102 CFU/ml (colony forming units per ml) of M. tuberculosis (MTB). However, when used in sputum samples, bronchoalveolar lavage and/or pleural fluid, this test can also have its performance compromised by the presence of intrinsic sample inhibitors (pre-analytical variables) and by the amplification and detection techniques (analytical variables) used in the reaction. Objective: To evaluate the influence of pre-analytical variables (concentration of cells, red blood cells and proteins) in DNA detection of M. tuberculosis from sputum, bronchoalveolar lavage (BAL) and pleural fluid (PF) samples by using combinations of extraction/detection methods. Methods: Samples of sputum, bronchoalveolar lavage and pleural fluid of patients not infected with M. tuberculosis were obtained by inducing sputum, respiratory bronchoscopy and/or thoracentesis, respectively, in sufficient volumes for the study. To test the detection threshold of M. tuberculosis, samples were prepared \"in vitro\" to contain variable concentrations of pre-analytical interfering and CFU/mL of mycobacteria. For PCR, DNA was extracted by two methods: the QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) and Respiratory Specimen Preparation Amplicor (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) and amplified and detected by three methods: 1) COBAS® TaqMan® MTB Test (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA); 2) MTB Q - PCR Alert Kit (Nanogen Advanced Diagnosis, Trezzano, Italy) and 3) \"in-house\". Thus, the following combinations were tested: Roche extraction and detection (R/R); Roche extraction and Nanogen detection (R/N); Roche extraction and \"in house\" detection (R/IH); Qiagen extraction and Roche detection (Q/R); Qiagen extraction and Nanogen detection (Q/N) and Qiagen extraction and \"in house\" detection (Q/IH). Results: In sputum samples, the amount of cells and red blood cells did not interfere with M. tuberculosis detection, an exception for Roche extraction/detection method. In BAL samples, medium and high cell concentrations and high concentrations of red blood cells contributed to lower detection of MTB when using the Roche detection method, while in the pleural fluid, the concentration of red blood cells was the variable that most interfered with the MTB detection. In both situations, the smallest detection was obtained with the combination Q/N. Conclusion: The pre-analytical quality of biological samples received in the clinical laboratory can interfere with the performance of molecular diagnostic tests. The choice for the extraction/detection methods is of fundamental importance in the analytical sensitivity of PCR, in order to guarantee better results, especially when working with paucibacillary samples containing potential reaction inhibitors

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