A Programação Concorrente tornou-se uma forma popular de desenvolvimento de software. Este paradigma de desenvolvimento e essencial para construir aplicações com o intuito de reduzir o tempo computacional em muitos domínios como, por exemplo, previsão tempo, processamento de imagem, entre outros. Estes programas têm novas características como a comunicação, a sincronização e o não determinismo, que precisam ser considerados durante a atividade de teste. O teste de software e uma atividade que busca garantir a qualidade por meio da identificação de falhas no produto. O Teste de Mutação e um critério de teste que se baseia nos enganos que podem ser cometidos pelos desenvolvedores de software. Porém, o teste de mutação não pode ser aplicado em programas concorrentes da mesma maneira como e aplicado em programas sequenciais por causa das particularidades presentes nos programas concorrentes. Um problema de aplicar o teste de mutação nesse contexto e o comportamento não determinístico das aplicações. Este trabalho investiga a definição do teste de mutação para programas concorrentes implementados em MPI (Message Passing Interface), os quais realizam comunicação e sincronização por meio de troca de mensagens. Para isso, defeitos típicos nesse domínio foram considerados, buscando modelar operadores de mutação para tratar os aspectos de comunicação e sincronização dessas aplicações. Também foi proposto um procedimento para dar suporte a análise comportamental dos mutantes. As idéias foram implementadas em uma ferramenta de teste chamada ValiMPI Mut / Concurrent programming became a popular paradigm for software development. This paradigm is essential to build applications which aim to reduce the computational time in many areas, such as, weather forecast, image processing, among others. These programs present new features such as communication, synchronization, and nondeterminism, which must be considered during the testing activity. Software testing is an activity that looks to ensure quality by identifying faults in the product. Mutation Testing is a criterion based on the most common mistakes that might be made by software developers. However, the mutation testing cannot be applied in concurrent programs the same way as applied in sequential ones due to the peculiarities present in concurrent programs. One of the problems in applying mutation testing in this context is the non-deterministic behavior. This work investigates the definition of mutation testing for concurrent programs implemented in MPI (Message Passing Interface), which perform communication and synchronization using message passing. For this, typical faults in this area were considered in order to model mutation operators addressing the aspects of communication and synchronization of these applications. Also, we are proposing a new procedure to support the behavioral analysis of the mutants. The ideas were implemented in a testing tool called ValiMPI Mut

A colibacilose aviária caracteriza-se como uma infecção extra-intestinal secundária a outros agentes. É responsável por grandes perdas econômicas na criação de aves comerciais, sendo sua prevenção fundamental para minimizar prejuízos. O objetivo deste estudo foi atenuar cepas virulentas de Escherichia coli aviárias, por indução de mutagênese química. Foram selecionadas nove (09) cepas pertencentes à coleção de cultura do Laboratório de Ornitopatologia da FMVZ-USP. Todas as cepas estudadas foram resistentes à eritromicina, lincomicina, oxaciclina, penicilina, tiamulina e tilmicosin e sensíveis ao ácido nalidíxico, cloranfenicol, ciprofloxacina, colistina, enrofloxacina, florfenicol e gentamicina. Ocorreram resistências nas amostras analisadas de 33,33%, 22,22%, 11,11%, 55,55%, 66,66%, 77,77%, 33,33%, 22,22%, 22,22% e 33,33%, respectivamente, a amoxacilina, a ampicilina, a doxaciclina, a espectiomicina, a estreptomicina, a lincomicina-espectiomicina, a neomicina, a rifampicina, a tetraciclina e ao trimetropin-sulfa. Induziu-se resistência a estreptomicina ou rifampicina ou ácido nalidíxico como marcadores. Não houve o desenvolvimento de resistências a outros antimicrobianos testados, após a exposição a substância mutagênica. Os resultados da amplificação dos genes por PCR, mostraram que todas as cepas foram negativas para papC, cnf e astA e todas foram positivas para iuc e irp2. Duas cepas foram positivas para os genes vat, cinco para iss, quatro para o gene tsh, uma para cvi/cva, duas para sfaI e uma para astA. Após o uso da substância mutagênica duas cepas apresentaram reações negativas para os genes tsh, cvi/cva e sfaI e uma cepa para o gene astA. No teste de AFLP verificaram-se diferenças em similaridade de bandas em oito (08) das nove (09) cepas, quando comparadas com a amostra tratada com a substância mutagênica, sendo que este indice variou de 40% a 96,3%. Embora no teste de patogenicidade em pintinhos de um dia de idade não tenha ocorrido diferenças significativas na mortalidade nos diferentes grupos estudados, houve alteração de patogenicidade em cinco cepas expostas à substância mutagênica. Ocorreram reduções significativas em relação ao escore de lesões quando os grupos foram comparados (p<0,05), indicando atenuação pela substância mutagênica. / The avian colibacillosis is characterized as an extraintestinal infection which is secondary to other agents. It is responsible for considerable economic loss in the breeding of commercial birds, making its prevention essential to reducing damages. The aim of this study was to attenuate viral strains of avian Escherichia coli, using chemical mutagenesis induction. Nine (09) strains were selected from the culture collection of the Ornitopathology Laboratory of the School of Veterinary Medicine of the University of São Paulo. All analyzed strains were resistant to erythromycin, lincomicin, oxacillin, penicillin, tiamulin and tilmicosin and they were sensitive to nalidixic acid, chloramphenicol, ciprofloxacin, colistin, enrofloxacin, florfenicol and gentamicin. The analyzed samples presented the following resistance levels: 33.33%, 22.22%, 11.11%, 55.55%, 66.66%, 77.77%, 33.33%, 22.22%, 22.22% and 33.33% to, respectively, amoxicillin, ampicillin, doxycycline, spectinomycin, streptomycin, lincomycin-spectinomycin, neomycin, rifampicin, tetracycline and trimethoprim-sulfa. The resistance to streptomycin or rifampicin or nalidixic acid was induced as a marker. There was no development of resistance to other tested antimicrobials after the exposure to the mutagenic substance. The results of the PCR gene amplification showed that all strains were negative for papC, cnf and astA and they were all positive for iuc and irp2. Two strains were positive for the vat genes, five for iss, four for the tsh gene, one for cvi/cva, two for sfaI and one for astA. After using the mutagenic substance, two strains presented negative reactions for the tsh, cvi/cva and sfaI genes and one strain for the astA gene. In the AFLP test, differences were found for band similarity in eight (08) out of nine (09) strains, when compared with the samples treated with the mutagenic substance and this rate varied from 40% to 96.3%. Although the pathogenicity test in one-day-old chicks did not present significant differences in the mortality rate in the different analyzed groups, there was a pathogenicity alteration in five strains exposed to the mutagenic substance. There were significant reductions regarding the lesion scores when the groups were compared (p<0,05), indicating an attenuation due to the mutagenic substance.

Orientadores: Christine Hackel, Juergen K. V. Reichardt, Maricilda P. Mello / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T00:27:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferraz_LucioFabioCaldas_D.pdf: 2604031 bytes, checksum: c313be68a5b9599e035866a8ee12ef8c (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O hormônio androgênico di-hidrotestosterona (DHT) possui fundamental importância na diferenciação sexual masculina e no desenvolvimento e manutenção da próstata. Duas enzimas atuam diretamente na concentração deste andrógeno nas células: 1) com uma função anabólica, a enzima 5&#945;-redutase tipo 2 (gene SRD5A2) é responsável pela síntese de DHT ao converter testosterona (T) em 5&#945;-di-hidrotestosterona e 2) com uma função catabólica, a enzima 3&#946;- hidroxi desydrogenase/&#61472;&#916;5-&#916;4-isomerase de esteróides tipo 2 (gene HSD3B2) é responsável pela degradação do DHT, além de contribuir para síntese indireta de testosterona por uma via anabólica. Isto exposto, cenários distintos se apresentam considerando as atividades deficientes dessas enzimas: i) a deficiência congênita da enzima 5a-redutase tipo 2 conduz a uma forma específica de pseudohermafroditismo masculino (PHM) no qual a conversão de T em DHT está nula ou defeituosa, inviabilizando a virilização normal da genitália externa em indivíduos com cariótipo 46,XY e ii) em razão das propriedades bifuncionais da enzima 3&#946;-HSD2, tanto na via de síntese quanto de degradação de andrógenos, sua deficiência congênita pode conduzir a quadros clínicos distintos de ambigüidade genital. No adulto, mutações somáticas que afetem sua atividade enzimática podem contribuir para a manifestação do câncer de próstata, pelo acúmulo do DHT. O presente trabalho aborda as duas enzimas esteroidogênicas envolvidas com o metabolismo da DHT, buscando caracterizar mutações germinativas e/ou somáticas que conduzem a deficiências enzimáticas relacionadas a diferentes condições clínicas. Com relação à deficiência em 5a-redutase tipo 2, investigou-se a presença de mutações germinativas no gene SRD5A2 em amostras de DNA 20 pacientes de sexo genético masculino com suspeita de deficiência em 5&#945;-redutase tipo 2, pertencentes a 18 famílias brasileiras, por meio de sequenciamento direto dos produtos de PCR dos cinco exons do gene e de suas regiões flanqueadoras. Foram identificadas alterações moleculares em 18 desses pacientes, compreendendo tanto mutações não anteriormente referidas na literatura (G158R, del642T, 217_218insC e IVS3+1G>A), como mutações recorrentes já descritas em outros grupos étnicos ou em indivíduos de outras regiões geográficas. Os resultados detalhados, bem como a discussão, acham-se apresentados no Capítulo III.1, sob a forma de artigo publicado. (...continua) / Abstract: The androgenic hormone dihydrotestosterone (DHT) has fundamental relevance in normal male sexual differentiation and in prostate development and maintenance. Two enzymes act directly on the regulation of DHT concentration at cellular level: 1) with an anabolic function the steroid 5&#945;-reductase type 2 enzyme (SRD5A2 gene) leads to DHT synthesis by converting testosterone (T) in 5&#945;-dihydrotestosterone and 2) with a catabolic pathway the 3&#946;-hydroxysteroid dehydrogenase/&#916;5-&#916;4-isomerase type 2 enzyme (HSD3B2 gene) is responsible for DHT degradation, besides contributing to indirect synthesis of testosterone in an anabolic pathway. Thus, different scenarios can be considered regarding the deficiencies in the activities of these enzymes: i) congenital steroid 5&#945;-reductase type 2 enzyme deficiency leads to a specific form of male pseudohermaphroditism (MPH), where the conversion of T into DHT is defective or inexistent, preventing normal virilization of the external genitalia in individuals with a 46,XY karyotype; and ii) due to the bi-functional properties of the 3&#946;-HSD2 enzyme, either at synthetic or degradation androgen pathways, its congenital deficiency can lead to distinct manifestations of genital ambiguity. Furthermore, in the adult, somatic mutations that affect 3&#946;-HSD2 enzymatic activities could contribute to prostate cancer manifestation, due to DHT accumulation. The present work approaches these two steroidogenic enzymes involved with the DHT metabolism, aiming to characterize germinal and/or somatic mutations leading to enzymatic deficiencies related to different clinical conditions. Concerning the steroid 5&#945;- reductase type 2 deficiency, we screened for germinal mutations on SRD5A2 gene in DNA samples of 20 patients from 18 Brazilian families with suspected SRD5A2 deficiency, by directly sequencing of the PCR products from the five exons and flanking regions of the gene. Molecular alterations were detected in 18 of these patients, comprising either mutations not previously reported in the literature (G158R, del642T, 217_218insC e IVS3+1G>A) as well as recurring mutations already described in other ethnical groups or in individuals from other geographical regions. The detailed results and corresponding discussion are presented at Chapter III.1, as a published paper. (¿to be continued) / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

O objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição genotípica e mutações no genoma do vírus da hepatite B (VHB) em um grupo de pacientes co-infectados pelo VHB e vírus da imunodeficiência humana (HIV). Foram incluídos pacientes AgHBs +/HIV+ , atendidos em um ambulatório de referência para pacientes infectados pelo HIV, na cidade de São Paulo. Para a detecção dos marcadores sorológicos para infecção pelo VHB utilizou-se técnica de ELISA através de kits comerciais. A detecção do DNA-VHB foi realizada através de nested-PCR e sua quantificação foi realizada por COBAS AMPLICOR. De acordo com a literatura, a infecção pelo VHB no Brasil varia de 0,4 a 8,5%. Os genótipos de VHB, as mutações na região do core, BCP, pré-core e na região da polimerase foram determinados por seqüenciamento. Cinqüenta e nove pacientes foram incluídos neste estudo e cinqüenta e seis pacientes relatavam uso prévio de lamivudina ou tenofovir. A presença do DNA-VHB foi detectada em 22 pacientes AgHBs positivos. A identificação dos genótipos foi realizada em 16 pacientes e a distribuição dos genótipos do VHB foi: A (12-75%); G (2-13%), D (1-6%) e F (1-6%). Em 10 dos pacientes com viremia presente para DNA-VHB, foram observadas mutações na região da polimerase (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) e no gene do envelope (sI195M, sW196L, sI195M/sE164D). Mutações na região do BCP (A1762T, G1764A) e do pré-core (G1896A) foram identificados em quatro pacientes. Em conclusão, entre os pacientes analisados observou-se uma alta prevalência de mutações associadas a resistência à lamivudina e associadas a resistência a anti-HBs. O genótipo G, raramente descrito em nosso meio, foi também observado nesse grupo de pacientes. / The objective of this study was to evaluate the genotype distribution and genomic mutations of hepatitis B virus (HBV) among a group of HIVHBV co-infected patients from an AIDS outpatient clinic in São Paulo. HBV serological markers were detected by commercially available enzyme immunoassay kits. HBV DNA was detected by using an in-house nested PCR and quantified by COBAS AMPLICOR. HBV genotypes, basal core promoter (BCP) / pre-core / core region and surface / polymerase genes mutations were determined by sequencing. Among the 59 patients included in this study, 56 reported previous use of lamivudine or tenofovir. According to the literature HBV infection in Brazil varies from 0,4 to 8,5%. HBV DNA was detected in 16/22 patients and the genotypes distribution was A (n=12, 75%); G (n=2, 13%); D (n=1, 6%), and F (n=1, 6%). In 10 patients with viremia, lamivudine-resistance mutations in the polymerase gene (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) were found, accompanied by changes in the envelope gene (sI195M, sW196L, and sI195M/sE164D). Mutations in the BCP and pre-core regions were identified in 4 patients. In conclusion, genotype G, rarely seen in Brazil, was observed in this group of patients. A high prevalence of mutations associated with lamivudine-resistance accompanied by mutations associated with anti-HBs resistance was also found among these patients.

Introdução: A Leucemia Mielóide Aguda (LMA) é uma neoplasia complexa e heterogênea do tecido hematopoético, causada por mutações, desregulação da expressão gênica e modificações epigenéticas. Vários marcadores moleculares têm sido descritos para LMA, auxiliando a estratificação dos pacientes em grupos de risco. Recentemente, mutações em DNMT3A foram identificadas em 22.1% dos pacientes com LMA, estando independentemente associadas com pior prognóstico. Objetivos: Determinar a freqüência de mutações somáticas no gene DNMT3A e principais translocações cromossômicas em uma amostra de pacientes com LMA, correlacionando com dados clínicos Métodos: Foram pesquisadas, em 82 amostras de medula óssea de portadores de LMA atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre, RS, Brasil, para mutações somáticas no gene DNMT3A por seqüenciamento e principais transcritos de fusão por RT-PCR. Resultados: A freqüência de mutações no gene DNMT3A foi de 8%(6) sendo 3 do tipo R882H. A freqüência relativa dos transcritos de fusão oriundos das translocações t(8;21), t(15;17), t(9;11) e inv16, respectivamente foram: 6,1%(5), 14,6% (12), 0%(0) e 2,4%(2). Conclusão: A descoberta de mutações recorrentes no gene DNMT3A e sua possível implicação prognóstica pode ser um instrumento valioso para a tomada de decisões terapêuticas. Que nos conste, este é o primeiro estudo sobre a presença de mutações somáticas do gene DNMT3A em portadores de LMA no Brasil. Embora em uma amostra relativamente pequena, a freqüência encontrada destas mutações foi inferior à relatada para pacientes caucasianos, sugerindo uma possível variação etnico-geográfica. / Introduction: Acute Myeloid Leukemia (AML) is a complex and heterogeneous neoplasm hematopoietic tissue, caused by mutations, dysregulation of gene expression and epigenetic modifications. Several molecular markers have been described for AML, helping to classify patients into risk groups. Recently, mutations in DNMT3A were identified in 22.1% of patients with AML and these independently associated with poor prognosis. Aims: Determine the frequency of somatic mutations in the gene DNMT3A and major chromosomal translocations in a sample of patients with AML, correlating with clinical data. Methods: We investigated in 82 samples of bone marrow or peripheral blood of patients with AML treated at the Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Brazil, for somatic mutations in DNMT3A gene by sequencing and major fusion transcripts by RT-PCR. Results: The frequency of mutations in the DNMT3A gene was 8%(6) 3 being type R882H. The relative frequency of fusion transcripts arising from translocation t(8;21), t(15;17), t(9;11) and inv16, respectively were: 6,1%(5), 14,6% (12), 0%(0) and 2,4%(2). Conclusion: The discovery of recurrent mutations in the DNMT3A gene and its possible prognostic implications can be a valuable tool for making treatment decisions. From what we have recorded, this is the first study on the presence of somatic mutations of the DNMT3A gene in patients with AML in Brazil. Although in a relatively small sample, the frequency of these mutations was found lower than that reported for Caucasian patients and similar to that observed in Asian patients, suggesting a possible ethno-geographic variation.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-07-07T12:21:24Z No. of bitstreams: 1 Joseilme Fernando Gouveia.pdf: 4012962 bytes, checksum: 43c23a4011cc51d8a1e89ae1f1915c96 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-07T12:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joseilme Fernando Gouveia.pdf: 4012962 bytes, checksum: 43c23a4011cc51d8a1e89ae1f1915c96 (MD5) Previous issue date: 2010-01-15 / We have investigated the rate of substitution of advantageous mutations in populations of haploid organisms where the rate of recombination can be controlled. We have verified that in all the situations recombination speeds up adaptation through recombination of beneficial mutations from distinct lineages in a single individual, and so reducing the intensity of clonal interference. The advantage of sex for adaptation is even stronger when deleterious mutations occur since now recombination can also restore genetic background free of deleterious mutations. However, our simulation results demonstrate that evidence of clonal interference, as increased mean selective effect of fixed mutations and reduced likelihood of fixation of small-effect mutations, are also present in sexual populations. What we see is that this evidence is delayed when compared to asexual populations. / Nós investigamos a taxa de substituição de mutações vantajosas em populações de organismos haplóides, assumindo que o mecanismo de recombinação está fixo, com a ocorrência de mutações benéficas e deletérias. Propomos um modelo de população finita de indivíduos em que permitiu a recombinação com taxa r e quantificamos o sexo no modelo. Verificamos que o sexo e a recombinação aumentam a taxa de adaptação por permitir a recombinação das mutações originalmente benéficas em linhagens distintas da população e, assim, reduz a intensidade da interferência clonal. A vantagem do sexo é maior até quando ocorrem mutações deletérias, pois a recombinação possui um papel importante, porque eliminam as mutações deletérias com maior eficiência. Porém, nossos resultados de simulação demonstram também a ocorrência de evidências da interferência clonal em populações sexuadas. Observamos que, comparando a população sexuada com a assexuada, a interferência clonal ocorre para taxas mais elevadas de mutação benéfica. Notamos claramente a redução no ritmo de crescimento da taxa de fixação das mutações benéficas juntamente com o aumento do efeito médio seletivo das mutações que se fixam. E determinamos as distribuições que melhor descrevem a distribuição do efeito seletivo das mutações benéficas que conseguem se fixar em uma população.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Different forms of isolated GH deficiency (IGHD) have an autosomal recessive mode of inheritance. The most common one (type IB) is often caused by bi-allelic mutations in the GHRH receptor (GHRHR) gene (GHRHR). Although heterozygous carriers of GHRHR mutations appear normal, the small size of most of the families and the fact that stature is a complex and polygenic trait prevented so far a careful analysis of their phenotype. To test the hypothesis that heterozygosity for a GHRHR mutation may be associated with a mild phenotype, we studied large Brazilian kindred with familial IGHD (Itabaianinha cohort). In this population, GHD is caused by a homozygous null mutation of the GHRHR. Adults and children with GHD have severe short stature, reduced lean mass, increased % fat mass, increased waist to hip (W/H) ratio, increased total and LDL-cholesterol and C-reactive protein (CRPus), increased systolic blood pressure, and increased insulin sensitivity. We studied 77 adult subjects (age 25-75) heterozygous for the mutation (WT/MT) and compared them with age and sex-matched controls homozygous for the wild-type allele (WT/WT) from the same population. Genotyping was performed by denaturing gradient gel electrophoresis from genomic DNA. We found no difference in adult height; blood pressure and standard deviation score for serum IGF-I between the two groups. Body weight, body mass index, skin folds, waist, hip, lean and fat mass were all reduced in WT/MT subjects. %FM and W/P ratio were similar in the two groups. Fasting insulin and in HOMAIR were lower in WT/M than in WT/WT. The other biochemical parameters (total and fractionated cholesterol, triglycerides, Lp (a), CRPus) were not different between the two groups. Our data shows that heterozygosity for a null GHRHR mutation is not associated with reduction in adult stature or reduction in serum IGF-I, but it causes a parallel decline in fat and lean mass, and an increase in insulin sensitivity. Heterozygosis for a null GHRHR mutation is not associated with reduction in adult stature or in serum IGF-I, but is causes changes in body composition and increase in HOMAIR. These effects do not seem to be modulated by changes circulating IGF-I. / Diferentes formas de Deficiência Isolada do Hormônio do Crescimento (DIGH) são de herança autossômica recessiva. A mais comum (tipo IB) é freqüentemente causada por mutações bi-alélicas no gene do receptor de GHRH (GHRHR). Embora portadores heterozigotos da mutação do gene do GHRHR pareçam normais, o tamanho pequeno da maior parte das famílias e o fato que a estatura é um complexo determinado por características poligênicas levaram-nos a analisar cuidadosamente a hipótese de um fenótipo para a heterozigose. Para testar a hipótese de que a heterozigose para uma mutação do GHRHR poderia estar associado a um fenótipo intermediário foi estudada uma extensa família com DIGH familial (Coorte de Itabaianinha/Sergipe). Nesta população a DIGH é causada por uma mutação nula em homozigose do gene do receptor do GHRHR. Os adultos e crianças com DIGH têm severa baixa estatura, massa magra reduzida e aumento de: percentagem (%) de massa gorda (% MG), cintura, relação cintura/quadril, Colesterol total, LDL Colesterol, Proteína C Reativa alta sensibilidade (PCRas) e a diminuição do Modelo Homeostático do Índice de Resistência à Insulina (HOMAIR). Nós estudamos 76 indivíduos adultos entre 25 e 75 anos de idade heterozigotos (WT/MT) para esta mutação e comparamos pareados para a idade e sexo com 77 indivíduos controles homozigotos para o alelo normal (WT/WT) da mesma população. O DNA genômico foi genotipado através da técnica de Eletroforese em gel com gradiente de desnaturação (DGGE). Não foi encontrada nenhuma diferença entre os indivíduos na altura dos adultos e níveis séricos de IGF-I entre os dois grupos. O peso, o índice de massa corpórea (IMC), dobras cutâneas, circunferência da cintura e quadril e massa magra (MM) estavam reduzidos no grupo de indivíduos WT/MT. A % de MG e a relação cintura/quadril foram semelhantes entre os dois grupos. A insulina e o HOMAIR foram mais baixos no grupo WT/MT. Os outros parâmetros bioquímicos (colesterol total e frações, Triglicérides, Lipoproteína (a) (LP (a)), Proteína C Reativa alta sensibilidade (PCRas) não foram diferentes entre os dois grupos. Em conclusão, a heterozigose para uma mutação nula no gene do receptor do GHRH não é associada com redução da estatura final nem nos níveis séricos de IGF-I, mas, causa alterações na composição corporal e aumento do HOMAIR. Estes efeitos parecem não ser modulados por alterações nas concentrações séricas de IGF-I).

Submitted by Natalia de Souza Gonçalves (natalia.goncalves@ufpe.br) on 2016-09-19T13:06:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Mestrado-André-Severino-da-Silva-FINAL-2016 digital ok.pdf: 968681 bytes, checksum: 7aa8797460dde7f9b350d87b19110eee (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T13:06:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Mestrado-André-Severino-da-Silva-FINAL-2016 digital ok.pdf: 968681 bytes, checksum: 7aa8797460dde7f9b350d87b19110eee (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / FACEPE / Compostos com núcleo pirimidínico têm grande potencial e importância farmacológica para a saúde humana, pois apresentam várias propriedades biológicas como atividade anti-inflamatória, antitumoral, bioherbicida, entre outras. Este trabalho busca analisar os efeitos genotóxicos dos compostos 4-Amino-2-(fenil)-6-(m-nitrofenil)-5-carbonitrila-pirimidina (5a), 4-Amino-2-(fenil)-6-(p-nitrofenil)-5-carbonitrila- pirimidina (5b) e 4-Amino-2-(fenil)-6-(p-anisil)-5-carbonitrila-pirimidina (5c), obtidos por síntese, por meio do teste SMART (Teste de Mutação e Recombinação Somática) e Ensaio Cometa em Drosophila melanogaster. Para o Ensaio Cometa, larvas de D. melanogaster da linhagem Oregon-R foram expostas por 24 horas aos compostos 5a, 5b e 5c, nas concentrações 0,39, 0,78, 1,56 e 3,12 mg/mL, e ao solvente (grupo controle negativo), além de um grupo controle positivo (Ciclofosfamida 1 mg/mL). Para a análise microscópica dos possíveis danos genéticos causados pelos compostos foram observadas as células da hemolinfa (hemócitos) de larvas. No processo metodológico do SMART, larvas de D. melanogaster foram expostas às concentrações 0,04, 0,09, 0,19, 0,39, 0,78, 1,56 e 3.12 mg/mL dos compostos 5a e 5b, além dos grupos controle negativo (tratado apenas com o solvente) e controle positivo (tratado com mitomicina 1mg/mL). Foi estabelecida uma curva de sobrevivência de acordo com o nascimento dos indivíduos adultos para verificar a citotoxicidade dos compostos. As manchas e pelos mutantes das asas dos indivíduos adultos tratados foram analisadas em microscópio óptico e comparados aos resultados do grupo controle negativo. Os resultados indicaram que não houve diferenças significativas entre os grupos tratados e os controles negativos, tanto para o teste SMART, quanto para o Ensaio Cometa. No teste SMART, as curvas de sobrevivência mostraram que os compostos 5a e 5b, não apresentaram toxicidade para os drosofilídeos testados. Podendo-se concluir, assim, que nas condições experimentais testadas em D. melanogaster os compostos não apresentaram atividade tóxica nem mutagênica, o que contribui para o uso dos compostos pirimidínicos aqui investigados na composição de novos fármacos para o tratamento da saúde humana. / Compounds of the core pyrimidine have great potential and pharmacological importance to human health and the environment and therefore exhibit different biological properties as anti-inflammatory, antitumor, bioherbicide among others. This work intent to analyze the genotoxic effects of the compounds 4-Amino-2-(phenyl)-6-(m-nitrophenyl)-5-carbonitrile-pyrimidine (5a) 4-Amino-2-(phenyl)-6-(p-nitrophenyl)-5-carbonitrile-pyrimidine (5b) and 4-Amino-2-(phenyl)-6-(p-anisyl)-5-carbonitrile-pyrimidine (5c) obtained by chemical synthesis using the SMART (Somatic Mutation and Recombination Test) and Comet Assay in Drosophila melanogaster. For SMART, D. melanogaster larvae were exposed to concentrations of 0.04, 0.09, 0.19, 0.39, 0.78, 1.56 and 3.12 mg/mL of the compounds 5a and 5b, and a negative control group treated only with the solvent. A survival curve was established in accordance with the birth of adults in order to check the cytotoxicity of the compounds. The spots and the mutants were analyzed by light microscopy and the results of the groups treated were compared to the negative control group. During the methodological process of the Comet Assay, larvae of D. melanogaster Oregon-R strain were exposed for 24 hours to the compounds 5a, 5b and 5c, at the concentrations 0.39, 0.78, 1.56 and 3.12 mg/mL, and to the solvent (the negative control group). To microscopic analysis of possible genetic damage caused by the compounds, were observed cells from the hemolymph (hemocytes) of larvae. The results indicated that in both tests there were no significant difference between the treated groups and the negative control. It leads us to conclude that the tested compounds showed neither toxic effect, nor mutagenic activity in D. melanogaster over the experimental conditions in D. melanogaster model.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:25:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Viviane_Kopp_Luz.pdf: 1878214 bytes, checksum: 773673ed91b567de63552267f5779d03 (MD5) Previous issue date: 2011-07-02 / The existence of variability is essential for successful breeding. The use of mutagens can increase the mutation frequency, enabling the development of variation for traits of interest. The occurrence of low temperatures is a common stress in rice cultivation in temperate regions, therefore the tolerance to low temperatures is a desirable feature of Brazilian rice genotypes grown in the South, where low temperatures affect the germination and crop establishment causing reductions in the grain yield. This work aimed to identify mutants of rice genotypes for traits of agronomic importance and to evaluate the low temperature stress tolerance of genotypes on germination stage. In stage germination, 400 M3 families and control genotypes BRS Querência, BR IRGA 409 and Nourim Mochi, were subjected to treatments with different temperatures (13 C and 25 C) and compared for their relative performance, measured by the coleoptile, root and shoot length. To evaluate the traits of agronomic importance, M3 rice seeds were sown in the experimental field at Embrapa Clima Temperado. The experimental design was a completely randomized block with four replications. Seven traits of agronomic importance were evaluated: length of main panicle in cm, weight of main panicle in g; grain mass of the main panicle in g, length of flag leaf, in cm, width of flag leaf, in cm, plant height, in cm, and stem length, in cm. The results indicate that the ethylmethanesulfonate mutagen (EMS) was effective in generating mutants of rice for six of the traits, except for the character length of the flag leaf, which did not show increase in genetic variability. The induction of mutation was also efficient in generating genetic variability for tolerance to low temperatures at the stage of germination, but the results also indicated the occurrence of a large number of deleterious mutations, affecting negatively the performance of the mutant families. / A existência de variabilidade é fundamental para o sucesso do melhoramento genético. O uso de agentes mutagênicos pode incrementar a freqüência de mutação, possibilitando o desenvolvimento de variação para as características de interesse. A ocorrência de baixas temperaturas é um estresse comum na cultura do arroz em regiões temperadas, portanto a tolerância a baixas temperaturas é uma característica desejável em genótipos brasileiros de arroz cultivados no sul do país, onde as temperaturas baixas prejudicam a germinação, o estabelecimento da lavoura e diminuem o rendimento de grãos. Este trabalho teve como objetivo identificar genótipos mutantes de arroz para características de importância agronômica e avaliar a tolerância ao estresse por baixas temperaturas no estádio germinativo. No estádio germinativo 400 famílias M3 e as testemunhas BRS Querência, BR IRGA 409 e Nourim Mochi, foram submetidas a tratamentos com diferentes temperaturas (13 C e 25 C) e comparados quanto ao seu desempenho relativo, medido pelo comprimento do coleóptilo, comprimento de raiz e comprimento de parte aérea. Para avaliação dos caracteres de importância agronômica, sementes de arroz da geração M3 foram semeadas em campo experimental na Embrapa Clima Temperado. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos completamente casualizados com quatro repetições. Foram avaliados sete caracteres de importância agronômica: comprimento da panícula principal, em cm; peso da panícula principal, em g; massa de grãos da panícula principal, em g; comprimento da folha bandeira, em cm; largura da folha bandeira, em cm; estatura de planta, em cm, e comprimento de colmo, em cm. Os resultados indicam que o agente mutagênico etilmetanosulfonato (EMS), foi eficiente na geração de mutantes de arroz para seis dos caracteres avaliados, exceto para o caráter comprimento da folha bandeira, onde não foi verificado incremento da variabilidade genética. A indução de mutação também foi eficiente em gerar variabilidade genética para tolerância a baixas temperaturas no estádio de germinação, porém os resultados também indicaram a ocorrência de um grande número de mutações deletérias, afetando de forma negativa o desempenho das famílias mutantes.

Orientadores: Carlos Eduardo Steiner, Carmen Silvia Bertuzzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T18:18:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlin_MarceloPaschoalete_M.pdf: 1614647 bytes, checksum: 62e5b428719069b2b173ab2baf51970f (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A transformação de glicogênio em glicose acontece através de reações químicas realizadas por enzimas específicas e uma deficiência em uma delas leva ao acúmulo de glicogênio, resultando em distúrbios hereditários conhecidos como doenças de depósito de glicogênio (GSD, da sigla em inglês), ou glicogenoses. A glicogenose tipo I (GSDI), responsável por mais de 90% dos casos, é causada pela deficiência de G6Pase, enzima chave na homeostase da glicose sanguínea. Seu complexo enzimático é constituído por duas subunidades (catalítica e translocase) que determinam os subtipos Ia e Ib. A GSDIa, também conhecida como doença de von Gierke, é a mais comum das GSDI com 80 a 90% dos casos e corresponde a uma deficiência na sub-unidade catalítica da G6Pase. A GSDIb é a segunda forma mais prevalente e mais grave. É resultante da deficiência da glicose-6-fosfato translocase que transporta a glicose-6-fosfato para o lúmen do retículo endoplasmático, onde a unidade catalítica da G6Pase está situada. Em ambas, a deficiência enzimática é o resultado de mutações genéticas nos genes que codificam estas enzimas, conhecidos respectivamente como G6PC e G6PT1. O diagnóstico bioquímico é recomendável caso se queira desvendar e recomendar modalidades de tratamento, porém não fornece informação suficiente para a determinação do subtipo envolvido. Para essa diferenciação é necessário análise enzimática da G6Pase. Como essa enzima não é expressa em tecidos como fibroblastos ou linfócitos, sua aferição só é possível por procedimento cirúrgico, através de biópsia hepática. Nesse contexto, a clonagem do cDNA do G6PC e G6PT1 possibilitou o rastreamento de mutações responsáveis pelos subtipos Ia e Ib, o que permite a alternativa de um diagnóstico menos invasivo baseado em técnicas de biologia molecular através de amostras de sangue. No presente estudo, treze pacientes com sintomas clínicos sugestivos de GSDIa e Ib foram investigados através do sequenciamento genético. Foram detectadas para o gene G6PC cinco alterações, incluindo, três mutações de ponto (G68R, R83C e Q347X) e dois polimorfismos (c.511G>A e c.1176T>C), todos previamente descritos. Já para o gene G6PT1 foram encontradas quatro alterações: uma mutação de ponto conhecida (G149E), uma inserção do tipo frameshift inédita na literatura especializada (c.1338_1339insT) e dois polimorfismos (c.1287G>A e c.1076-28C>T). A frequência das mutações em nosso meio é semelhante à observada na literatura, na qual a mutação R83C também é a mais frequente. Além disso, o presente estudo acrescentou a descrição de uma nova mutação. A pesquisa de ambos os genes deve ser considerado na investigação dessa condição para definir os subtipos envolvidos, pois no caso de ausência de alterações no gene 6PC, sugere-se o rastreamento no gene G6PT1. O estudo molecular dessa condição abre a possibilidade do diagnóstico precoce que é importante para estabelecer um tratamento correto aos pacientes, evitando o surgimento de complicações tardias e melhorando a qualidade de vida. Além disso, contribui para o aconselhamento genético adequado do casal podendo confirmar a estimativa do isco entre os próximos filhos e, eventualmente, permitir diagnóstico pré-natal por nálise de mutação / Abstract: Glucose transformation into glycogen is mediated by specific enzymes and a deficiency in one of them may cause glycogen accumulation, resulting in hereditary disorders known as glycogen storage diseases (GSD), or glycogenosis. Glycogenosis type I (GSDI), responsible for more than 90% of cases, is caused by deficiency of the glucose-6-phosphatase (G6Pase), the key enzyme in blood glucose homeostasis. Its enzyme complex consists of two subunits (catalytic and transporter) that determine subtypes Ia and Ib. GSDla, also known as von Gierke disease, is the most common GSDI responsible for 80 to 90% of cases and corresponds to a deficiency in the catalytic subunit of G6Pase. GSDIb is the second most prevalent but also the most severe, resulting from deficiency of lucose-6- phosphate translocase that transports glucose-6-phosphate into the lumen of the endoplasmic reticulum, where the catalytic unit of G6Pase is located. In both types, enzymatic deficiency results from genetic mutations in the genes that codify these enzymes, known as G6PC and G6PT1. Biochemical essay for GSDI is useful to confirm the diagnosis and to recommend treatment, however it does not allow the determination of the disease subtype. For this differentiation, enzymatic analysis of G6Pase is necessary. Since this enzyme is not expressed in tissues such as fibroblasts or lymphocytes, activity determination is only possible by liver biopsy. In this context, the cDNA cloning of G6PC and G6PT1 allowed the screening of mutations responsible for subtypes Ia and Ib, which gives the alternative of a less invasive diagnosis based on molecular biology techniques, using blood samples. In this study, thirteen patients with clinical symptoms suggestive of GSDIa and Ib were investigated through genetic sequencing. Five changes were detected in G6PC, including three known point mutations (G68R, R83C and Q347X) and two polymorphisms (c.511G> A and c.1176T>C). Concerning the G6PT1 gene, four changes were found: a known point mutation (G149E), a novel frameshift insertion (c.1338_1339insT) and two polymorphisms (c.1287G>A and c.1076-28C>T). The frequency of mutations in this population is similar to that observed in the literature, in which R83C is also the most frequent. Additionally, this study added a description of a new mutation. As result of this study, molecular analysis of both genes should be considered in he investigation of individuals with this GSDI in order to define the subtypes involved. Molecular analysis of G6PC and G6PT1 genes enable the achievement of positive diagnosis of GSDIa and Ib, securely without the need for liver biopsy. It also allows the differentiation of types and subtypes, which is not possible by the biochemical diagnosis. Finally, the identification of the mutation provides an additional tool for the genetic counseling (and eventually prenatal diagnosis) of the parents and other family members / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas