Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-21T05:42:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 195293.pdf: 376023 bytes, checksum: 385be035780c7915c2f93813bb9d872c (MD5)

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-21T07:38:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 190708.pdf: 1203767 bytes, checksum: 476a33b37e262bc8eabf659f27b8d289 (MD5) / O Trypanosoma rangeli, assim como o T. cruzi, são protozoários hemoflagelados, parasitas de uma grande variedade de mamíferos domésticos e silvestres, incluindo humanos, numa ampla extensão da América do Sul e Central. Apesar da aparente apatogenicidade para mamíferos, o T. rangeli determina reações sorológicas cruzadas com T. cruzi, dificultando desta forma o diagnóstico sorológico da doença de Chagas. Uma grande heterogeneidade intra-populacional destes parasitas foi comprovada pelas marcantes diferenças no comportamento biológico tanto em hospedeiros vertebrado como invertebrados e, mais recentemente, por vários marcadores moleculares. Nesse sentido, o presente estudo avaliou comparativamente os espaçadores ITS-1 e ITS-2 que flanqueiam a subunidade 5,8S do gene do RNA ribossomal (rRNA) entre diferentes cepas de T. rangeli isoladas de hospedeiros e origens geográficas distintas. Tendo revelado um baixo nível de variabilidade de ambos os espaçadores entre as cepas estudadas, os resultados revelaram a existência de polimorfismos de mononucleotídeos (SNP's) na subunidade 5,8S do gene do rRNA. Apesar da observação que o espaçador ITS-1 demonstrou-se menos polimórfico que o ITS-2, não foi possível realizar nenhuma inferência epidemiológica. A inclusão de seqüências homólogas do gene do rRNA de cepas de T. cruzi e Leishmania sp. demonstrou a possível utilização deste marcador na diferenciação interespecífica de tripanosomatídeos.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-21T16:19:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 202333.pdf: 3239923 bytes, checksum: 183f5c1614e5718a56e46b2b07869aa4 (MD5) / O presente estudo teve como objetivo verificar a eficácia da PCR no diagnóstico da Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) em pacientes do Estado de Santa Catarina comparando com a microscopia e intradermorreação. Duas formas de preservação das amostras e de extração de DNA foram testadas: imprinted em papel de nitrocelulose (NP) e imersão em etanol 70% (EB). A extração do imprinted em papel de nitrocelulose (NP) foi realizada por eluição e a imersão em etanol 70% (EB) pelo método do fenol-clorofórmio. As amostras foram analisadas por PCR, utilizando oligonucleotídeos direcionados a região conservada do minicírculo do DNA cinetoplástico (kDNA). A microscopia detectou a presença de Leishmania sp. 80% das 55 amostras analisadas enquanto a PCR detectou a presença de Leishmania sp. em 74,5% das 55 amostras e em 75,5% de 45 amostras de pacientes submetidos ao Teste de Montenegro. A extração de DNA pelo fenol-clorofórmio das amostras EB mostrou-se mais eficiente quando comparada com a extração por eluição das amostras NP. Além disso, a PCR-RFLP foi empregada para a identificação das espécies de Leishmania das amostras de pacientes. A maioria das amostras foi identificada como L. (Viannia) braziliensis. Este trabalho sugere o uso da PCR para a confirmação dos casos de ACL onde a microscopia ou intradermorreação sejam negativas e mostra a predominância de L. (V.) braziliensis como espécie causadora da LTA em SC.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-21T16:24:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / As ostras podem funcionar como excelentes bioindicadores ambientais; por serem animais que se alimentam por filtração, têm uma alta capacidade de bioacumular em seus tecidos, diversos compostos como: hidrocarbonetos derivados do petróleo, metais pesados e microrganismos patogênicos. Sendo assim, podem tornar-se potenciais veículos de transmissão de doenças humanas, entre elas, gastroenterites e hepatite A, sendo que a contaminação não provoca alterações aparentes no desenvolvimento destes moluscos mantendo, também, inalterados o sabor e a aparência dos mesmos.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-21T17:12:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 202341.pdf: 549888 bytes, checksum: c1446e37648bb8bbaffad047c703e965 (MD5) / Os compostos fenólicos (CF) são substâncias presentes numa grande variedade de plantas. Eles podem atuar nos vegetais como antioxidantes, antimicrobianos, fotorreceptores, atraentes visuais e repelentes de predadores. Muitos estudos mostraram que os CF possuem inúmeras

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Produção. / Made available in DSpace on 2012-10-22T06:17:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / O desenvolvimento da biotecnologia derrubou as fronteiras do conhecimento entre os continentes, alcançando resultados e avanços consideráveis em todos os campos de atuação, destacando-se principalmente a agricultura, onde os avanços biotecnológicos têm contribuído significativamente para abrir caminhos para uma agricultura moderna e altamente rentável. Portanto nas últimas décadas verificou-se uma preocupação crescente com questões ambientais em todo o mundo, principalmente decorrentes do acelerado decréscimo da diversidade biológica causado pela degradação do meio ambiente. Neste trabalho destacam-se o desenvolvimento da biotecnologia, seus impactos ambientais e impactos potenciais sobre a agricultura, especialmente no estado do Paraná nos últimos cinco anos. A abordagem metodológica foi fundamentada na teoria apresentada por BOGDAN e BIKLEN (1984) que defendem uma pesquisa qualitativa onde o investigador é o instrumento principal. Os resultados desta análise apontam para uma dificuldade na mensuração dos impactos ambientais causados pela evolução da biotecnologia agrícola, uma vez que a pesquisa, o cultivo, a manipulação, a industrialização ou a comercialização de produtos geneticamente modificados não é judicialmente autorizado no estado do Paraná. Entretanto pode-se concluir que a biotecnologia acarreta impactos potenciais, alguns desses benéficos ao meio ambiente e outros danosos, por isso essa é uma questão ampla e polêmica que traz inúmeros desafios à agricultura paranaense. The biotechnology development overthrowing the knowledge border between the continents, obtaining the results and notable advances in all fields of activities. They are detached especially in the agricultural field, where the biotechnological advances have contributed significantly to open the way to a modern and high profitable agriculture. Nevertheless in the last decades was verified a crescent preoccupation with the environment questions in all around the world, principally current of the diversity deceleration by the environment degradation, allied with short time profit business and no sustentative practice of natural recourse use. This work is detached the biotechnology development, the biotechnology environment impacts associated with the potentials impacts on the agriculture, especially the Paraná State - Brazil during the five later years. The methodology was based on the theory of BOGDAN e BIKLEN (1984) which says that on the qualitative research the investigator is the principal instrument. In such case the annalist results indicate to a difficult computation of the environment impacts originated by the biotechnology agricultural evolution, once time the biotechnology isn't totally discharged in the Paraná State to the research because the culture, the manipulation, the industrialization nor the genetically modification products commercialization are legal. However in conclusion, the biotechnology represents potential impacts, some positives and others negatives. That's why this discussion is polemic and brings a real challenge to the Paraná State's agriculture.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia / Made available in DSpace on 2012-10-20T15:17:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Neste trabalho foram padronizadas as técnicas de produção de anticorpos monoclonais contra o vírus rábico e a reação em cadeia da polimerase utilizando somente um iniciador específico em condições de baixa estringência, com o objetivo de caracterizar o pseudogene de amostras de vírus rábico isoladas em Santa Catarina. Foram identificados vinte clones produtores de anticorpos antirábicos, mas apesar desta identificação, não foi possível obter um que se mantivesse estável. Problemas de contaminação da cultura também foram detectados o que impediu a manutenção dos clones e a produção de anticorpos, impossibilitando a caracterização antigênica. A caracterização do pseudogene viral foi realizada através da "low stringency single-specific primer - polimerase chain reaction" (LSSP-PCR). Para tanto, a transcrição reversa (RT) do RNA viral foi realizada utilizando-se os mesmos iniciadores específicos dirigidos para a amplificação via PCR do pseudogene viral (G+ e L-). Após a definição das condições ideais para a amplificação do pseudogene, foi padronizada a LSSP-PCR utilizando-se o iniciador G+, o qual apresentou o melhor padrão informativo para a análise de variabilidade deste gene. Um total de 12 amostras de campo isoladas de bovinos no Estado de Santa Catarina e uma amostra padrão de vírus rábico foram analisadas pela LSSP-PCR. A análise dos resultados obtidos pelo coeficiente de similaridade de Dice e unweighted pair group method analysis (UPGMA) revelou a existência de uma importante variabilidade de seqüência entre as amostras estudadas, mas não permitiu uma clara separação das amostras quanto a sua origem geográfica.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-19T09:31:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 189143.pdf: 1250491 bytes, checksum: 1967bb12041c2f7b78ff0e110744f526 (MD5) / Os aromas estão entre os mais valiosos constituintes de alimentos, bebidas fármacos e cosméticos. As leveduras do vinho, em especial a levedura Hanseniaspora guilliermondii, têm-se mostrado boas produtoras de acetoína, um potencializador de aromas. Em face disso, o presente trabalho tem como objetivo o estudo da produção de acetoína por Hanseniaspora guiliermondii em processo fermentativo batelada alimentada, buscando manter a concentração de glicose no meio de crescimento entre 30 e 12 g.L-1. Para tanto foram realizados diversos experimentos em batelada e batelada alimentada com o propósito de aumentar a concentração de acetoína no meio de cultura. No primeiro ensaio em frascos agitados as concentrações de acetoína ficaram em torno de 330 mg.L-1, Nos ensaios realizados em batelada a concentração de acetoína alcançou 366 mg.L-1 resultados semelhantes aos encontrados na literatura. Posteriormente foram realizados ensaios em batelada alimentada, onde o primeiro ensaio foi realizado com solução de alimentação constituída unicamente de glicose concentrada, e um segundo ensaio foi realizado usando glicose concentrada com nutrientes. Foi realizado também um ensaio para verificar a influência da aeração na produção do composto em estudo. No primeiro ensaio com alimentação sem nutrientes obteve-se uma produção de 380 mg.L-1, sendo que no segundo ensaio foi obtido uma produção de 572 mg.L-1, e no ensaio onde se verificou a influência da aeração a produção de acetoína chegou a mais de 1g.L-1, este último bem maior aos citados pela literatura.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-27Bitstream added on 2014-06-13T20:06:24Z : No. of bitstreams: 1 marques_prbo_dr_araiq.pdf: 4997400 bytes, checksum: 50b1c9938cecf19005aa5445118122d5 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho descreve estudos de construção de biossensores modificados com DNA para detecção de vírus da hepatite C. Utilizaram-se como superfície eletródica substratos de ouro oriundos de CDs graváveis, já descritos na literatura. O procedimento de construção deste tipo específico de eletrodo foi modificado e esta modificação foi avaliada por meio de técnicas eletroquímicas, de microscopias de varredura eletrônica de fluorescência. Duas propostas de imobilização foram avaliadas, sendo: a construção de monocamadas auto organizadas com moléculas de ácido mercaptopropiônico, com posterior ligação de material biológico via metodologia biotina estreptavidina e a construção de monocamadas a partir de moléculas de DNA modificadas com grupamentos tióis. As metodologias foram comparadas e a que fez uso do DNA tiolado foi escolhida para efetuar os procedimentos de imobilização, que foram então otimizados. Para monitorar o sinal de hibridização do genossensor, dois métodos foram estudados, sendo: detecção via oxidação da base nitrogenada guanina e detecção via interação do material genético com indicadores eletroanalíticos, sendo este último o que apresentou melhores resultados sendo selecionado. Como indicadores foram avaliados os corantes azul de metileno e azul de meldola e os compostos de cobre Cu(NO3)2(en)2 e Cu(NO3)2(NN)2, que foram caracterizados e avaliados por técnicas eletroanalíticas e espectrofotométricas. Estes foram estudados frente aos processos de interação com o material genético nativo e degradado, por meio do método da razão molar. O azul de metileno e o Cu(NO3)2(en)2 apresentaram forte interação com o DNA de Calf Thymus, com constantes de interação de 1,5 x 10 4 e 1,0 x 10 5 L mol -1. Estes foram utilizados como indicadores eletroanalíticos na etapa de hibridização, sendo eficientes para detecção de genótipos da hepatite C em amostras amplificadas de soro sanguineo. / This paper describes a studies of biosensors modified DNA construction for hepatitis C virus detection. It was used gold from recordable CDs as a electrodic substrates just described in the literature. The procedure of construction of this particular electrode was modified and this modification was evaluated using electrochemical, scanning electron microscopy and fluorescence techniques. Two detention proposals were evaluated: first, the construction of self assembly monolayers with mercaptopropionic acid and subsequent binding of biological material by streptavidin biotin method and second, the construction of monolayers from molecules of DNA modified with thiol groups. The methods were compared and the DNA thiol was chosen to perform the detention procedures, which were then optimized. To monitoring the hybridization signal genosensor, two methods were studied,: guanine oxidation detection and interaction of genetic material with electroanalytical indicators, the latter being the one with better results, and selected. As indicators were evaluated the methylene blue and meldola blue dye, and copper compounds Cu(NO3)2(en)2 and Cu(NO3)2(NN)2, which were characterized and evaluated by spectrophotometric and electroanalytical techniques. These coumpounds were studied before the interaction process with the native and degraded material by the molar ratio method. The methylene blue and Cu(NO3)2(en)2 showed strong interaction with the Calf Thymus DNA with constant of 1.5 x 10 4 and 1.0 x 10 5 L mol -1. These were used as indicators of hybridization in electroanalytical step and they were efficient for detection of hepatitis C genotypes in amplified blood serum samples.

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-01-29Bitstream added on 2014-11-10T11:58:48Z : No. of bitstreams: 1 000773281_20150701.pdf: 797370 bytes, checksum: 434b28b11c8cac6876c6e828292d965f (MD5) Bitstreams deleted on 2015-07-01T11:47:24Z: 000773281_20150701.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-01T11:48:07Z : No. of bitstreams: 1 000773281.pdf: 6334511 bytes, checksum: ac228b59d3dede16f09efc26274c2ef6 (MD5) / O sistema toxina-antitoxina ParE-ParD é um sistema bacteriano de morte póssegregacional codificado numa ampla gama de hospedeiros. ParE é uma proteína pequena, de aproximadamente 12 kDa codificada pelo gene parE. ParD é uma antitoxina de cerca de 9 kDa, codificada pelo gene parD, capaz de complexar com ParE e neutralizá-la. Estudos têm mostrado o envolvimento da enzima DNA girase no processo de morte celular pela ParE, entretanto, não se tem disponível na literatura nenhuma evidência de inibição desta proteína sobre a atividade da topoisomerase IV. Embora encontrada numa ampla diversidade de microorganismos, ParE não possui função celular totalmente elucidada e seu mecanismo de citotoxicidade permanece ainda desconhecido. Com base na estrutura primária da proteína ParE de E. coli e nos escassos dados disponíveis para esta toxina, peptídeos miméticos foram racionalmente projetados visando compreender o mecanismo de inibição de ParE sobre a atividade da DNA girase, bem como, avaliar a ação destes miméticos na atividade da Topoisomerase IV e da Topo II humana. Estas sequências peptídicas foram sintetizadas pela metodologia de fase sólida, purificadas e analisadas por cromatografia líquida de alta eficiência e caracterizadas por espectrometria de massas. A capacidade de inibição destes peptídeos miméticos sobre a atividade das topoisomerases foi testada por ensaios de eletroforese em gel. Os peptídeos que apresentaram melhores resultados de inibição sobre a atividade das topoisomerases foram o ParERM3 e o ParEC3, projetados para conter os resíduos de aminoácidos L61-R100 e L69-R100, respectivamente, presentes na porção C-terminal da estrutura da proteína ParE de Escherichia coli. A sequência “LNIES” (L101 a S105), quando presente nos peptídeos miméticos atenuou a toxicidade dos mesmos frente às topoisomerases, provavelmente por interferir na interação peptídeo-topoisomerase. Embora não existam... / The toxin-antitoxin system ParE-ParD is a bacterial system of post-segregational death encoded in a wide range of hosts. ParE is a small protein of approximately 12 kDa encoded by parE gene. ParD is an antitoxin about 9 kDa, encoded by the parD gene, able of complexing with ParE and neutralize it. Studies have shown the involvement of the enzyme DNA gyrase in the cell death process by ParE, however, is not available in the literature any evidence of inhibition of this protein on the activity of topoisomerase IV. Although found in a wide variety of micro-organisms, the ParE function has not been fully elucidated and its cytotoxic mechanism remains unknown. Based on the primary structure of the E. coli ParE and the limited data available for this toxin, mimetic peptides were rationally designed aiming at understanding the mechanism of inhibition of ParE on the activity of DNA gyrase, as well as on the topoisomerase IV and human topoisomerase II activities. These peptides sequences were synthesized by solid phase methodology, purified and analyzed by high performance liquid chromatography and characterized by mass spectrometry. The ability of these mimetics to inhibit the activity of topoisomerases was tested by electrophoresis on agarose gel. The peptides that showed better results on the inhibition activity of topoisomerases were ParERM3 and ParEC3 , designed to contain the L61-R100 and L69-R100 amino acids sequence, respectively, found of the C-terminal portion of the ParE structure of Escherichia coli. The LNIES sequence (L101 to S105), when present in the mimetic peptides, attenuated the toxicity of the peptides on topoisomerases activity, probably by interfering in the topoisomerase - peptide interactions. Despite the absence of data in the literature regarding the toxicity of ParE protein on the topo IV and human topo II activities, the peptides ParERM3 and ParEC3 showed better inhibitory activity on these enzymes when compared...