Células somáticas podem ser reprogramadas para um estádio pluripotente (iPS) adquirindo propriedades semelhantes às células-tronco embrionárias (CTE). O interesse nas células pluripotentes reside em sua capacidade de originar todos os tipos de células somáticas e germinativas, podendo ser aplicadas no tratamento de diversas doenças crônico-degenerativas. Desde sua primeira descrição, diferentes combinações de moléculas já foram utilizadas com sucesso para a geração de iPS. Entretanto, os mecanismos pelos quais a transdução de fatores específicos atuam na reprogramação celular não estão esclarecidos. Este trabalho teve como objetivo induzir a expressão do gene TCL1 em fibroblastos humanos e avaliar a ação deste gene no processo de reprogramação celular. Para tal, foram estabelecidas linhagens celulares de fibroblastos humanos com a expressão estável de TCL1 e essas células foram cultivadas em condições de pluripotência. Após a modificação, as células adquiriram morfologia sugestiva de colônias de células-tronco pluripotentes com marcação positiva para a proteína intracelular NANOG e com níveis de expressão gênica elevados de SOX2, MYC, NANOG, LIN28, TP53, CDH1 e reduzidos de SLUG, quando comparados com fibroblastos virgens. Com intuito de avaliar as alterações transcricionais decorrentes da inserção de TCL1 e do cultivo em condições favorecedoras da pluripotência, foram comparados os perfis de expressão gênica obtidos por microarray de diferentes bibliotecas, incluindo as células modificadas com TCL1, fibroblastos, CTE e iPS. A análise exploratória dos dados mostrou que a introdução de TCL1 modificou o perfil de expressão dos fibroblastos e as células resultantes adquiriram um perfil transcricional que se assemelhou mais com o perfil de células pluripotentes do que com o perfil das células somáticas de origem. A análise diferencial dos dados revelou que vias importantes para a reprogramação celular foram moduladas pela inserção de TCL1, como: Pluripotência de células-tronco embrionárias humanas, Sinalização Wnt/?-catenina e Regulação da transição epitelial-mesenquimal. Os resultados deste trabalho propõem que TCL1 interage com AKT1, aumentando sua atividade, que por sua vez ativa NANOG, acionando a maquinaria de pluripotência e, contribuindo assim, para a reprogramação celular / Somatic cells can be reprogrammed into pluripotent stage (iPS) acquiring properties similar to embryonic stem cells (ESC). The interest in pluripotent stem cells lies in their ability to originate all types of somatic and germ cells, and in their possible application in the treatment of various chronic and degenerative diseases. Since its first description, different combinations of molecules have been successfully used for the generation of iPS. However, the mechanisms by which the transduction of specific factors act on cell reprogramming remain unclear. This study aimed to induce the TCL1 gene expression in human fibroblasts and to evaluate its effect on the cell reprogramming process. We established human fibroblast cell lines with stable expression of TCL1 and cultured these cells under pluripotency conditions. After modification, the cells acquired a pluripotent stem cells-like morphology, stained positive for intracellular protein NANOG, expressed high levels of SOX2, MYC, NANOG, LIN28, TP53, CDH1, and reduced levels of SLUG, as compared to nontransduced fibroblasts. In order to evaluate the transcriptional changes resulting from the insertion of TCL1 and from the culture conditions favoring the pluripotency, we compared the gene expression profiles obtained by microarray among different libraries, including the TCL1 modified cells, fibroblasts, ESC and iPS. Exploratory data analysis showed that the introduction of TCL1 gene modified the expression profile of cells and the resulting fibroblasts acquired a transcriptional profile that resembled more to the profile of pluripotent cells than with the profile of the somatic cells. Differential data analysis revealed that pathways important for cell reprogramming were modulated by TCL1 insertion such as: Human embryonic pluripotent stem cell pathway, Wnt / ?-catenin signaling pathway, and Regulation of epithelial-mesenchymal transition. The results of this study suggest that TCL1 interacts with AKT1, increasing its activity, which in turn activates NANOG, triggering the machinery of pluripotency and thus contribute to cellular reprogramming.

INTRODUÇÃO: Os mecanismos moleculares que levam ao desenvolvimento do hiperparatireoidismo primário (pHPT) ainda são desconhecidos. No entanto, alguns genes parecem ter seu papel definido na oncogênese das paratireóides, como os genes PRAD1 e MEN-1 que apresentam expressão aumentada em adenomas de pacientes com pHPT em relação ao tecido normal. Outro achado importante é a expressão aumentada do gene HRPT2 em carcinomas de paratireóide familiares ou não. A distinção entre hiperplasia, adenoma e carcinoma é difícil pelas limitações técnicas dos exames histo-patológicos atuais. Assim, este estudo tem como objetivo central identificar genes que possam servir como marcadores diferenciais entre hiperplasia, adenoma e carcinoma em pacientes com pHPT, com o intuito utilizá-los de forma auxiliar no diagnóstico diferencial destas condições. MÉTODOS: Foram empregadas três metodologias: 1) utilização de clones obtidos no Projeto Genoma Humano do Câncer (HCGP) que foram fixados em membrana e hibridizados com sonda ora de adenomas (n = 2) ora de carcinoma (n = 1). 2) utilização de membranas comerciais (Atlas© cDNA Expression Array Human Oncogene/Tumor Suppressor, Human Cancer 1.2. BD Biosciences Clontech. Palo Alto, USA) contendo respectivamente 190 e 1176 genes conhecidos, utilizadas como substrato para hibridização com sondas de adenoma e carcinoma. 3) desenvolvimento da técnica de RDA (Representational Difference Analysis) para obtenção de fragmentos de cDNA diferencialmente expressos que foram clonados e seqüenciados para posterior análise. Os genes diferencialmente expressos, entre adenoma e carcinoma obtidos nas três metodologias tiveram sua expressão confirmada por RT-PCR em tecidos de paratireóide de pacientes portadores de pHPT, entre eles: hiperplasias, adenomas e carcinomas. RESULTADOS: foram escolhidos para confirmação por PCR os genes: IRF-1, RAF, TIMP-3, NOTCH-2 e bFGF, cuja expressão nas membranas mostrou-se aumentada nos adenomas e os genes IGF-1-R, PTK7 e RET, cuja expressão mostrou-se elevada nos carcinomas. Dois genes tiveram sua expressão diferencial confirmada. O gene IRF-1, apresenta expressão diminuída nas três condições estudadas (hiperplasia, adenoma e carcinoma) quando comparada à expressão do tecido normal. O gene PTK7, confirmou sua expressão aumentada nas amostras de carcinomas quando comparadas às hiperplasias e aos adenomas. DISCUSSÃO: Os dois genes que apresentaram sua expressão diferencial confirmada, IRF-1 e PTK7, não foram , até o momento, descritos como coadjuvantes no aparecimento e progressão tumoral nas paratireóides. Nossos achados associaram o gene supressor tumoral IRF-1 ao aparecimento de alterações morfológicas e funcionais nas paratireóides, uma vez que sua expressão nos tecidos acometidos por hiperplasia, adenoma ou carcinoma é sensivelmente menor que aquela encontrada nos tecidos normais, sugerindo que este gene tenha importante papel nos eventos iniciais de tumorigênese desta glândula. Por outro lado, expressão aumentada de PTK7 já foi descrita em tumores malignos de diversos tecidos. Embora seus mecanismos de ativação e ação permaneçam desconhecidos, nossos achados corroboram os da literatura e sugerem que este gene participe dos mecanismos moleculares de transformação celular nas paratireóides / INTRODUCTION: The molecular mechanisms to the development of primary hyperparathyroidism (pHPT) are still unknown. Otherwise, several genes as PRAD1 and MEN-1 seem to play a role in parathyroid oncogenesis and are highly expressed in adenomas of pHPT patients when compared to normal glands. Another important data is the increased expression of HRPT2 in familiar and non-familiar parathyroid carcinomas. The distinction among hyperplasia, adenoma and carcinoma is a difficult task because there are limits in histopathologic parathyroid analysis in our days. This study has as main goal to identify genes that might help to distinguish hyperplasias from adenomas and both from carcinomas in pHPT patients. METHODS: Three techniques were employed: 1) clones from Human Cancer Genome Project (HCGP) fixed in membranes and hybridized with adenomas or carcinoma probes; 2) commercially available membranes (Atlas© cDNA Expression Array Human Oncogene/Tumor Suppressor, Human Cancer 1.2. BD Biosciences Clontech. Palo Alto, USA) which contain 190 and 1176 identified genes that were employed as substrate to hybridization with adenomas (n = 2) and carcinoma (n = 1) probes; 3) RDA technique (Representational Difference Analysis) in order to obtain differentially expressed cDNA fragments what in other steps were cloned and sequenced for further analysis. The genes, obtained from the three methods, that were differentially expressed between adenomas and carcinomas had their expression evaluated by RT-PCR in parathyroid tissues from patients bearing pHPT caused by hyperplasias, adenomas or carcinomas. RESULTS: genes chosen for PCR analysis: IRF-1, RAF, TIMP-3, NOTCH-2 and bFGF, whose expressions in the membrane were increased in adenomas and the genes IGF-1-R, PTK7 and RET, whose expression in the membrane were increased in carcinomas. Two genes had their differential expression confirmed. The IRF-1 had a decreased expression in the three situations of pHPT (hyperplasia, adenoma and carcinoma) when compared to its expression in the normal gland. The gene PTK7 confirmed its increased expression in samples obtained from carcinomas when compared to hyperplasias or to adenomas. DISCUSSION: The two genes whose differential expressions were confirmed, IRF-1 and PTK7, have not been described till this moment as coadjutants in the beginning or progression of parathyroid tumors. Our results associate the tumor suppressor gene IRF-1 to the origin of morphological and functional disturbs in parathyroid, because its expression in hyperplasia, adenoma or carcinoma of this gland were clearly lower in these conditions when compared to normal tissues, thus suggesting an important role of this gene in early steps of parathyroid oncogenesis. On the other hand, increased expression of PTK7 has already been described in malignant tumors of several tissues. Although their mechanisms of activation and action remain unknown, our results reinforce the literature data and suggest that this gene shares the molecular mechanisms of cell transformation in parathyroids

Este trabalho debate o significado da liberdade de expressão à luz da teoria política normativa e da instrumentalidade dessa liberdade para a política democrática. Como instrumento da democracia, a liberdade de palavra costuma ser justificada com base na sustentação de dois objetivos: primeiramente, o de promover um debate público robusto e diversificado; em segundo lugar, o de ser um veículo para a realização da igualdade política. Os defensores da perspectiva que aqui analisamos chamada de coletivista-- afirmam que a realização desses objetivos só é possível se a liberdade de expressão é institucionalizada 1)levando em conta não só os interesses expressivos dos indivíduos (seu direito de falar), mas também os interesses expressivos do demos (o interesse a ter acesso a um conjunto diversificado de discursos); e, 2) superando o entendimento da liberdade de expressão como liberdade que se garante exclussivamente contra o Estado. Ao abrir as portas para a discussão de problemas como o estabelecimento de mecanismos de acesso aos meios de comunicação de massa, o poder corrosivo do dinheiro sobre a deliberação pública e os efeitos de expressões de ódio sobre a igualdade política, a teoria coletivista sobre a liberdade de expressão dá ensejo a uma reflexão sobre os diversos significado da igualdade na arena pública. / This thesis debates the significance of freedom of speech as a problem of normative political theory and as an instrument of democratic politics. Under this light, free speech is commonly justified as a way toward two specific goals: promoting a strong and diversified public deliberation and promoting political equality among the citizens. The perspective we consider here --called collectivistsays that unless we are prepeared to consider free speech not only as a negative liberty, but as a positive one, and thet unless free speech is understood not only as as a right of individuals (interest in speaking), but also as right of the community (interest in hearing diverse points of view), its goals will not be achievable. Discussing themes like acces to the media, the corrosive moneys effects on public deliberation and the effects of hate speech on political equility, the collectivist theory reflects on the meanings equiality at the political forum.

Oligodendroglial tumours originate from oligodendrocytes usually arising in the white matter and could be classified into grade-II oligodendrogliomas (OD) and anaplastic oligodendrogliomas (AOD, grade-III) according to the 2016 World Health Organization (WHO) grading scheme. ODs1 could be diagnosed by pathological and immunohistochemical analyses, however recent evidence suggests that they could be better diagnosed on the basis of defined genetic entities, such as the combined loss of chromosome 1p and 19q arms and IDH mutation. 1p/19q co-deletion is molecular hallmark of ODs and is clinically associated with better prognosis, response to chemo/radio-therapy and overall survival. Typical oligodendroglial histological features are strongly associated with 1p/19q loss and IDH mutation, which is critically important as diagnostic point of view. The examining of exclusive molecular signatures and transcriptome expression profiles added to histological class could compliment the classification of OD subtypes. In this regard, microRNAs (miRNAs, miRs) profiles could serve classifier signatures for tumour subsets. MiRNAs are 22nt short non-coding RNAs which are expressed endogenously and regulate diverse cellular process through negative control on gene expression at the posttranscriptional level by direct or imperfect interaction with their target mRNAs. MiRNAs are involved in regulating human tumorigenesis acting as either tumour suppressors or oncogenes. During the passage of tumorigenesis miRNA expression level is significantly increased or decreased compared to corresponding normal tissue. The same is observed with their mRNAs. Therefore, transcriptome profiling of human tumours could identify signatures associated with progression, diagnosis, prognosis and response to therapy. However, until recently the information regarding the expression of miRNAs and mRNA in oligodendroglial tumours is scarce. In this study we performed miRNA and mRNA differential expression profiling between grade II and grade III ODs using microarray based expression profiling platforms (723 transcripts and 41,000 genes, respectively). 7 cases for OD grade-II, and 7 for AOD grade-III, and 15 non neoplastic white matter (nnWM) samples were used after microdissection with no previous history of treatment. We performed a systematic evaluation of miRNAs and mRNAs expressions and determined miRNAs and putative target genes that are differentially expressed in grade III AOD, but not in grade II OD and in non-neoplastic white matter (nnWM). 1 ODs when used with ,,s\" will represent both OD and AOD. 50 miRNAs were overexpressed and 43 were down regulated in AOD-III, whereas 7 miRNAs showed significant reduction in expressions in OD-II group. 3 miRNAs were commonly down regulated in comparisons of both groups. The hsa-miR-23a was strongly upregulated and hsamiR-27a was strongly downregulated in AOD-III. The functions of hsa-miR-23a and hsa-miR- 27a were tested in human adult fibroblasts for cell proliferation assay and apoptosis detection. Cells treated with pre-miR-23a and pre-miR-27a showed 20% reduction in cell proliferation as compared with controls. Further, the functional relevance of miRNAs to their target mRNAs was validated for each group, using real time qPCR. 10 key-miRNAs from AOD were subjected to validation by qPCR. We were able to confirm 7 miRNAs (p? 0.05). Among these, 5 miRs (miR- 193a-3p, miR-24, miR-27a, miR-30a-5p and miR-30c) showed reduced expression whose target genes (CCND1, HDAC2, PDGFA and RAB-26) were upregulated. Whereas, 2 miRNAs likewise miR-301b and miR-378 were overexpressed whose target genes BCL2, FGF2, CD44 and PPP4R4 confirmed by qPCR (p? 0.05). Bioinformatics based gene ontology (GO), and networking analysis revealed that differential expression and targets are attributed to differentiation of embryonic stem cells, cell adhesion, angiogenesis and neurogenesis, resistance to apoptosis, protein-protein interactions and cell proliferation. It was possible to identify and validate miRNAs and their mRNA-targets potentially involved in the progression of oligodendrogliomas particularly in grade III-AOD. Collectively, this analysis provides new insights to malignant progression of oligodendroglial tumours and could compliment WHO-2016 diagnosis scheme and may provide predictive outcome in patients as well as decision to therapy. / Oligodendrogliomas originários de oligodendrócitos que geralmente surgem na substância branca podendo ser classificados em grau oligodendroglioma (II-OD), e anaplastic oligodendrogliomas (grau III-AOD). Os ODs2 podem ser diagnosticados por análises patológicas e imuno-histoquímicas, porém evidências recentes sugerem que poderiam ser melhor diagnosticados com base em assinaturas moleculares, como a deleção combinada dos cromossomas 1p e 19q - marcadores moleculares dos OD associados clinicamente a um melhor prognóstico, resposta à terapia e melhor sobrevida. As características histológicas típicas dos oligodendrogliomas também estão fortemente associadas à deleção de 1p/19q, que é criticamente importante como ponto de vista diagnóstico. Assim, os subtipos de gliomas podem ser fortemente diferenciados não somente em relação ao seu perfil histológico mas também com base em seu perfil de expressão genica e suas assinaturas moleculares exclusivas. Os microRNAs (miRNAs, miRs) emergiram como assinaturas moleculares para os diferentes graus. Os miRNAs são RNAs não codificantes, contendo em torno de 22 nucleótidos. São expressos endogenamente e regulam diversos processos celulares através do controle negativo da expressão gênica em nivel pós-transcricional e por interacção directa ou imperfeita com o RNAm-alvo. Os miRNAs estão envolvidos na regulação da tumorigenese humana atuando como supressores de tumour ou oncogenes. Durante o processo da tumorigenese o nível de expressão dos miRNAs é aumentado ou diminuído significativamente em comparação com tecido normal correspondente. O perfil de expressão de miRNA de tumores humanos poderia identificar assinaturas associadas com progressão, diagnóstico, prognóstico e resposta à terapia. Contudo, até recentemente a informação sobre a expressão de miRNAs em oligodendrogliomas é escassa. Neste estudo, avaliamos o perfil de expressão diferencial de miRNA e RNAm em ODs graus II e III usando plataformas de perfis de expressão baseadas em microarray (723 transcritos e 41.000 genes, respectivamente). Foram utilizados 14 casos de ODs microdissecados, sendo 7 OD grau II, e 7 AOD grau III (anaplasicos) sem histórico prévio de tratamento, além de 15 amostras de substancia branca não neoplásica (nnSB). Por meio de avaliações sistemáticas foram determinados miRNAs e mRNAs expressos em AOD grau III, mas não em OD grau II e em substancias brancas não neoplásicas (nnSB). 2 ODs when used with ,,s\" will represent both OD and AOD. Assim, foram encontrados 50 miRNAs com alta expressão e 43 miRNAs com baixa expressão em AOD-III, enquanto que 7 miRNAs apresentaram expressões reduzidas no grupo OD-II. Na comparação entre os dois grupos, 3 miRNAs apresentaram baixa expressão. A hsa-miR-23a mostrou alta expressão e a hsa-miR-27a apresentou uma diminuição de expressão importante em AOD III. A atividade dos hsa-miR-23a e hsa-miR-27a foram testadas em células de fibroblastos adultos humanos usando ensaios de proliferação celular e detecção de apoptose. As células tratadas com pre-miR-23a e pre-miR-27a mostraram 20% redução de proliferação celular em comparação com os controles. Para cada grupo, a relevância funcional dos miRNAs e seus mRNAs alvos foi validada utilizando qPCR. Dos 10 miRNAs submetidos a validação em grau III, foi possivel confirmar 7 miRNA(p<0,05). Entre esses, 5 miRs (miR-193a-3p, miR-24, miR- 27a, miR-30a-5p e miR-30c) mostraram expressão reduzida, cujos genes alvos (CCND1, HDAC2, PDGFA e RAB-26) apresentavam alta expressão. Enquanto que, 2 miRNAs como miR-301b e miR-378 apresentaram alta expressão cujos genes alvo BCL2, FGF2, CD44 e PPP4R4 foram confirmados por qPCR (p<0,05). Ferramentas de bioinformática (Gene Ontology) e a análises em rede revelaram que a expressão diferencial e os alvos são atribuídos à diferenciação de células-tronco embrionárias, adesão de celular, angiogênese e neurogênese, resistência à apoptose, interações proteína-proteína e proliferação celular. Foi possível identificar e validar miRNAs e RNAm-alvos potencialmente envolvidos na progressão de oligodendrogliomas. Coletivamente, esta análise fornece novos achados relacionados a progressão maligna de tumores oligodendrogliais e poderia facilitar o diagnóstico preciso e mais restritivo, o desfecho preditivo em pacientes, bem como auxiliar na decisão da terapia.

Neste trabalho desenvolvemos um novo algoritmo para clustering para dados de expressão gênica. As abordagens tradicionais utilizam um conjunto de dados na forma de uma tabela de duas dimensões, onde as linhas são os genes e as colunas são as condições experimentais. Nós utilizamos uma estrutura de três dimensões, acrescentando fatias de tempo. Implementamos nosso algoritmo e testamos com conjuntos de dados sintéticos e dados reais, usando índices de validação para comparar os resultados obtidos pelo nosso algoritmo com os resultados produzidos pelo algoritmo TriCluster. Os resultados mostraram que o nosso algoritmo é bom para dados de expressão gênica em três dimensões e pode ser aplicado a dados de outros domínios / In this study we developed a new clustring algorithm for gene expression data. Previous solutions use a dataset in the form of a table, where the rows are the genes and the columns are the experimental conditions. We used a three-dimensional structure adding time-slices. We implemented this algorithm and tested it with synthetic and real data, using validation index to compare our results with the results obtained by the TriCluster algotithm. Results show that our solution is good for three dimensional gene expression data and can be employed to other domains

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-11T17:48:37Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Daniel Lúcio Rodrigues Dutra.pdf: 623819 bytes, checksum: e27c559cf8e657f3868f5417b83e9c4d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-11T17:48:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Daniel Lúcio Rodrigues Dutra.pdf: 623819 bytes, checksum: e27c559cf8e657f3868f5417b83e9c4d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2006-07-11 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / The main objective of this work was to isolate the ORFs CV0867 (sodB2) e CV2504 (sodB1) of C. violaceum and induce their expression in Escherichia coli cells harboring sod genes, to evaluate the increase in SOD activity in the recombinant cells exposed to oxidative stress conditions. The sodB1 gene was isolated by PCR, using specific primers, and cloned into pGEM ® -T Easy vector. The amplification reaction could not be optimized for the second set of primers, specific for sodB2 gene. In an attempt to obtain a vector suitable for the regulated heterologous expression of SOD, some strategies were proposed for the construction of vectors with expression under the control of a sterically repressed promoter – srp. The sodB1 gene was then subcloned into vectors pCR4-SRP and pUC-SRP, derived from pCR ® 4-TOPO ® e pUC72, respectively, both developed during this project. However, the obtaining of recombinant clones was not possible. Despite the fact that SOD is not a toxic protein for the cell, we tested the hypothesis of the lethality of recombinant clones caused by the overexpression of SOD. Thus, amy and pfu genes were cloned into pUC-SRP, although the clones harboring the gene of interest could not be obtained. We concluded that the expression mechanisms of pUC-SRP and pCR4-SRP vectors may have caused deletery effects to the host cells, and that modifications in their structure should be made for the minimizing of heterologous expression levels, reducing the risk of toxicity for the clones. / O principal objetivo do trabalho foi isolar as regiões estruturais dos genes sod correspondentes às ORFs CV0867 (sodB2) e CV2504 (sodB1) de C. violaceum e expressá- las em células de Escherichia coli portando os genes sod, para avaliar o incremento da atividade de SOD nas células recombinantes submetidas a condições de estresse oxidativo. O gene sodB1 foi isolado via PCR, utilizando iniciadores específicos, e clonado em vetor pGEM ® -T Easy. Para sodB2, não conseguiu-se otimizar a reação de amplificação. Com o intuito de obter um vetor para expressão heteróloga regulada de SOD foram traçadas estratégias para a construção de vetores com expressão controlada por um promotor estericamente regulado - srp. O gene sodB1 foi então subclonado nos vetores pCR4-SRP e pUC-SRP, derivados de pCR ® 4-TOPO ® e pUC72, respectivamente, ambos desenvolvidos a partir deste trabalho. No entanto, não foi possível a obtenção de clones recombinantes. Apesar de SOD não ser uma proteína tóxica para a célula, testou-se a hipótese de que a superexpressão desta proteína seria a causa da letalidade dos clones recombinantes. Assim, foram clonados os genes amy e pfu em pUC-SRP. Porém, mais uma vez não foram obtidos clones portando os genes de interesse. Conclui-se então que os mecanismos de expressão do vetor pUC-SRP, bem como de pCR4-SRP, devem ter ocasionado efeitos deletérios às células hospedeiras, e que alterações na sua estrutura devem ser feitas no sentido de minimizar os níveis de expressão heteróloga, reduzindo assim o risco de produção de toxicidade para os clones.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-12T14:20:39Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Ramon Barros Baptista.pdf: 691769 bytes, checksum: ddf8f469023b77ce72d2178dc9fadfe4 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-12T14:20:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Ramon Barros Baptista.pdf: 691769 bytes, checksum: ddf8f469023b77ce72d2178dc9fadfe4 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-02-17 / Amazonian fishes exhibit a variety of strategies related to oxygen uptake in response to shortages of gas into water, related to their lifestyle and evolution. The Astronotus ocellatus is a species of extreme tolerance to hypoxia and some of their physiological, biochemical and molecular techniques could be evaluated in this study. Under conditions of severe hypoxia (0.5 mgO2 / L) the hematological parameters are primary responses and were adjusted to increase and make more efficient the carrying of oxygen to tissues, observed by the increase of hematocrit, the number of circulating erythrocytes and hemoglobin concentration. Furthermore, increased glucose demonstrated its importance in the supply of carbohydrate metabolism, especially in anaerobic glycolysis, in times of shortage of oxygen. Another strategy, and perhaps most important in increasing tolerance to hypoxia of the species was widespread suppression of metabolism evidenced by the reduction in activity of enzymes MDH and CS in tissues such as liver, heart and brain, as well as reducing glycolytic enzyme LDH in the brain. Increased expression of HIF-1α and VEGF genes in conditions of severe hypoxia revealed the importance of these, respectively, in the transcription of specific target genes related to hypoxia and increased vascularity of tissues, facilitating the transport of oxygen through the blood. As the oscar experiencing situations of daily fluctuation in oxygen levels in their natural habitat, an important strategy in the face of these periodic events is rapid and adequate recovery after hypoxic stress, observed in this work through the reorganization of hematological parameters, the enzymatic machinery and transcription of essential genes for the resumption of oxygen. / Os peixes amazônicos apresentam inúmeras estratégias ligadas à captação de oxigênio em resposta aos períodos de escassez deste gás no meio aquático, as quais estão relacionadas à sua evolução e estilo de vida. O Astronotus ocellatus é uma espécie de extrema tolerância à hipóxia e algumas de suas respostas fisiológicas, bioquímicas e moleculares puderam ser avaliadas neste trabalho. Em condições de hipóxia severa (0,5 mgO 2 /L) os parâmetros hematológicos são respostas primárias que se ajustaram para aumentar e tornar mais eficiente o carreamento de oxigênio aos tecidos, observado através do aumento do hematócrito, do número de eritrócitos circulantes e da concentração de hemoglobina. Além disso, o aumento da glicose demonstrou sua importância no abastecimento do metabolismo de carboidratos, principalmente da glicólise anaeróbica, em períodos de escassez de oxigênio. Outra estratégia, e talvez a mais importante no aumento da tolerância desta espécie à hipóxia, é a supressão generalizada do metabolismo, evidenciada por meio da redução na atividade das enzimas MDH e CS em tecidos como fígado, coração e cérebro, além da redução da enzima glicolítica LDH no cérebro. O aumento da expressão dos genes HIF-1α e VEGF em condições de hipóxia severa revelou a importância destes genes, respectivamente, na transcrição de genes alvo específicos relacionados à hipóxia e no aumento da vascularização dos tecidos, facilitando o transporte de oxigênio através do sangue. Como o acará-açu vivencia situações de flutuação diária nos níveis de oxigênio em seu habitat natural, uma importante estratégia diante destes eventos periódicos é sua recuperação rápida e adequada após o estresse hipóxico, observada neste trabalho através da reorganização dos parâmetros hematológicos, da maquinaria enzimática e da transcrição de genes essenciais durante a retomada de oxigênio.

Orientador: Renée Laufer Amorim / Banca: Antonio Carlos Alessi / Banca: Kellen de Sousa Oliveira / Resumo: A próstata canina pode desenvolver espontaneamente lesões proliferativas, associadas com a idade, inflamação e os hormônios, tais como: a hiperplasia prostática benigna (HPB), a atrofia inflamatória proliferativa (PIA) e o carcinoma prostático (CaP). Consequentemente, o cão pode ser usado para o estudo do processo carcinogênico da próstata no homem. Alterações na expressão gênica, proteica e na função do PTEN e TP53 foram detectadas nas lesões pré-neoplásicas e neoplásicas da próstata humana. A super-expressão da oncoproteína MDM2 e a perda de marcação nuclear do receptor andrógeno (AR) foram correlacionados com progressão tumoral e ineficiência ao tratamento anti-andrógeno do CaP no homem. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi avaliar a expressão proteica de PTEN, MDM2, p53 e AR para determinar seu papel no processo carcinogênico da próstata canina e validar os resultados obtidos pelo grupo de pesquisa com a técnica de hibridação genômica comparativa (CHG) nesses genes. Com isso, foi construído um microarranjo de tecido (TMA), com 74 amostras da glândula prostática canina, divididas em 18 HPB, 22 PIA, 19 CaP e 15 próstatas de tecido normal. A técnica de imuno-histoquímica para os anticorpos PTEN, MDM2, p53, e AR, foi realizada pelo método de peroxidase e DAB. O PTEN, p53 e AR apresentaram perda de marcação nuclear nos carcinomas prostáticos quando comparados com o tecido prostático normal. Na oncoproteína MDM2, o tecido normal obteve marcação nuclear e citoplasmática discreta enquanto no CaP, mais de 85% das amostras apresentaram super-expressão citoplasmática/nuclear. A perda de marcação nuclear do PTEN, p53 e AR, e o ganho da expressão de MDM2 também foi relatado no CaP do homem, sugerindo que existem semelhanças nas alterações moleculares da rede PTEN/MDM2/p53 e AR em ambas as espécies no processo de carcinogênese prostática. Por conseguinte, a espécie cão é um ... / Abstract: The canine prostate may spontaneously develop prostatic proliferative lesions, associated with aging, inflammation and hormones, such as: benign prostatic hyperplasia (BPH), proliferative inflammatory atrophy (PIA) and prostatic carcinoma (PCa). Consequently, the dog can be used for the study of carcinogenesis process in the prostate of men. Changes in PTEN and TP53 gene and protein expression and function were detected in preneoplasic and neoplasic lesion of human prostate. MDM2 oncoprotein overexpression and loss of nuclear staining of androgen receptor (AR) were correlated with tumor progression and inefficiency antiandrogen treatment of PCa in men. In this context, the aim of this study was to evaluate PTEN, MDM2, p53 and AR protein expression to determine their role in carcinogenic process of the canine prostate. We built a tissue microarray (TMA), with 74 samples of canine prostate, divided into 18 BPH, PIA 22, 19 PCa and 15 prostates of normal tissue. The immunohistochemistry was carried for PTEN, MDM2, p53, and AR antibodies with peroxidase method and DAB. The PTEN, p53 and AR showed loss of nuclear staining in canine prostate carcinoma compared with normal prostate tissue. MDM2 oncoprotein, in normal tissue was discrete cytoplasmic and we observed nuclear staining in CaP, while more than 85% of the samples showed cytoplasmic/nuclear overexpression. The loss of nuclear staining of PTEN, p53 and AR, and the gain of MDM2 expression was also reported in human PCa, suggesting that there are similarities in the molecular alterations of PTEN/MDM2/p53 network and AR in both species in the process prostate carcinogenesis. Therefore, the dog is a potential model for the study of molecular signaling pathways as PTEN/MDM2/p53 and AR involved in human PCa / Mestre

Orientador: Maria Célia Bertolini / Co-orientador: Fernanda Barbosa Cupertino / Banca: Ian Malavazi / Banca: Márcia Eliana da Silva Ferreira Balieiro / Resumo: O fungo filamentoso Neurospora crassa é um organismo modelo amplamente utilizado para estudos de diversos aspectos da biologia dos eucariotos. Nosso laboratório tem utilizado este fungo para estudar os mecanismos moleculares e bioquímicos envolvidos na regulação do metabolismo de glicogênio. A avaliação de uma coleção de linhagens mutantes individualmente nocauteadas em genes que codificam fatores de transcrição permitiu identificar várias proteínas potencialmente envolvidas na regulação do metabolismo de glicogênio do fungo N. crassa. Dentre as proteínas, o fator de transcrição FLBC foi identificado como uma possível proteína regulatória do metabolismo de glicogênio. A linhagem mutante apresentou alterações no perfil de acúmulo de glicogênio e na expressão do gene gsn em relação à linhagem selvagem, quando submetidas a estresse térmico. Estudos preliminares realizados anteriormente em nosso laboratório mostraram severas alterações morfológicas na linhagem flbCKO, como reduzida capacidade de conidiação, com a presença de poucos microconídios, formação de hifas aéreas reduzidas, morfologia das extremidades das hifas alterada, aspecto e morfologia alterados das colônias e produção acentuada do pigmento melanina, indicando que a proteína FLBC desempenha importante papel no desenvolvimento do fungo. O fator de transcrição FLBC, objeto de estudo deste trabalho, é uma proteína homóloga às proteínas FlbC e FLE1 dos fungos Aspergillus nidulans e Podospora anserina, respectivamente, ambas envolvidas nos processos de conidiação e desenvolvimento dos fungos. O objetivo deste trabalho foi realizar uma caracterização funcional detalhada deste fator de transcrição em N. crassa. Análises de expressão gênica mostraram níveis elevados do transcrito flbC durante o crescimento vegetativo do fungo e após a indução do desenvolvimento assexual. A linhagem nocaute mostrou uma desregulação... / Abstract: The filamentous fungus Neurospora crassa is a model organism widely used for studies of several aspects of the biology in eukaryotes. We have been studying the molecular and biochemical mechanisms involved in glycogen metabolism regulation in this fungus. The screening of a knocked-out strains set in genes encoding transcription factors has identified many proteins likely involved in the regulation of glycogen metabolism in the fungus N. crassa. Among the proteins, the transcription factor FLBC was identified as a regulatory protein of the glycogen metabolism. The mutant strain showed changes in the glycogen accumulated and in the gsn gene expression when compared to the wild-type strain under heat stress. Preliminary studies carried out in our laboratory showed severe morphological changes in the strain flbCKO, such as reduced ability to conidiate, presence of a few microconidia, reduced production of aerial hyphae, altered morphology of hyphae tips, changes in the colonies morphology and high production of the pigment melanin, suggesting that FLBC plays an important role in the fungus development. The transcription factor FLBC, object of study in this work, is the Aspergillus nidulans and Podospora anserina FlbC/FLE1 homologous protein, respectively, both involved in conidiation and fungal growth. The purpose of this study was to perform functional characterization of this transcription factor in N. crassa. Analysis of gene expression showed high levels of the transcript flbC during vegetative growth and after induction of asexual development. The knockout strain presented a misregulation in the accumulation of reserve carbohydrate (glycogen and trehalose) during vegetative growth accumulating higher levels of both carbohydrates as compared to the wildtype strain. Analysis of gene expression in the strains wild-type and flbCKO showed that gdn (encoding for debranching enzyme) and gpn (encoding glycogen phosphorylase) genes are... / Mestre

Submitted by FERNANDA DA SILVA VON PORSTER (fdsvporster@univates.br) on 2015-08-10T17:52:45Z No. of bitstreams: 3 license_text: 21244 bytes, checksum: 51d48429f9b12e63f6b08237f8c0eabe (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) 2015HenriqueSulzbachdeOliveira.pdf: 1900803 bytes, checksum: b661d7808a3792bd808f143d5dd8e7a3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Lisboa Monteiro (monteiro@univates.br) on 2015-08-17T20:07:59Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_text: 21244 bytes, checksum: 51d48429f9b12e63f6b08237f8c0eabe (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) 2015HenriqueSulzbachdeOliveira.pdf: 1900803 bytes, checksum: b661d7808a3792bd808f143d5dd8e7a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-17T20:07:59Z (GMT). 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As amostras foram coletadas por endoscopia digestiva alta, sendo o diagnóstico de H. pylori realizado através do teste rápido de urease, com posterior confirmação pelo exame anatomopatológico de rotina. O RNA total foi extraído e purificado para posterior síntese de DNAc (DNA complementar) e análise por qPCR (Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real). O algoritmo NormFinder foi utilizado para a análise do gene de referência. Para análise estatística dos genes de interesse foram utilizados os testes de Mann-Whitney e Kruskal-Wallis seguido pelo teste de comparações múltiplas de Dunn. Das 100 amostras coletadas, 19% foram classificadas como normal, 46% como gastrite crônica não ativa, 27% como gastrite crônica ativa e 8% como metaplasia intestinal. Todas as amostras positivas para H. pylori apresentaram inflamação ativa, de acordo com o exame anatomopatológico. Utilizou-se como gene normalizador o SDHA, que foi classificado como mais estável em relação ao ACTB, GAPDH, B2M e HPRT1. A expressão do TNF-α foi significativamente superior nos grupo H. pylori Positivo (p < 0,0001, teste de Mann-Whitney) e Gastrite Crônica Ativa (p < 0,01, Teste de Kruskal-Wallis seguido pelo teste de comparações múltiplas de Dunn). No entanto, não foi detectada diferença na expressão gênica do NFKΒ1 e do p38α entre os grupos. Pode-se concluir que a presença de H. pylori pode estar relacionada ao aumento na expressão do TNF-α, demonstrando a sua influência no processo inflamatório do tecido gástrico. Apesar de não ter sido encontrada alteração na expressão do NFKΒ1 e do p38α em nível de RNAm, estudos adicionais devem ser realizados para verificação da influência destes genes nesta via. / Helicobacter pylori infects about 50% of the world’s population, causing chronic gastritis and other forms of cellular damage. The relationship between inflammation and cancer is well known. Pathogenic stimuli induce the expression of tumor necrosis factor alpha (TNF-α), which, in turn, induce other mediators responsible for inflammation response and cell proliferation. The present study aimed to evaluate the gene expression of TNF-α, NFKB1 and p38α in human gastric mucosa and investigate the H. pylori influence in the expression of these genes in a population of Vale do Taquari, Rio Grande do Sul, Brazil. The samples were collected by upper endoscopy and the H. pylori diagnosis was performed through rapid urease test and histological analysis. The total RNA was extracted and purified for subsequent cDNA synthesis and qPCR analysis. The NormFinder algorithm was used for reference gene analysis. For the statystical analysis of the studied genes were used the Mann-Whitney test and the Kruskal-Wallis test followed by the Dunn’s test for multiple comparisons. From the 100 samples collected, 19% were classified as normal, 46% as non-active chronic gastritis, 27% as active chronic gastritis, and 8% as intestinal metaplasia. All samples positive for H. pylori demonstrated active inflammation, according to hystological analysis. SDHA was classified as the most stable gene when compared to ACTB, GAPDH, B2M and HPRT1, being chosen to be used as reference gene for qPCR normalization. The TNF-α expression was significantly higher in the H. pylori (p < 0,0001, Mann-Whitney’s test) and the Active Chronic Gastritis groups (p < 0,01, Kruskal Wallis test followed by Duncan’s multiple comparisons test). However, it wasn’t detected any difference in NFKΒ1 and p38α expression in the studied groups. It can be concluded that the presence of H. pylori can be related to TNF-α upregulation, demonstrating its influence in the inflammatory response of the gastric tissue. Although it has not been found changes in the NFKΒ1 and p38α expression at mRNA levels, additional studies are needed to verify the influence of these genes in this pathway.