La tagatose-1,6-biphosphate aldolase de Streptococcus pyogenes est une aldolase qui fait preuve d'un remarquable manque de spécificité vis à vis de ses substrats. En effet, elle catalyse le clivage réversible du tagatose-1,6-bisphosphate (TBP), mais également du fructose-1,6-bisphosphate (FBP), du sorbose-1,6-bisphosphate et du psicose-1,6-bisphosphate, quatre stéréoisomères, en dihydroxyacétone phosphate (DHAP) et en glycéraldéhyde-3-phosphate (G3P). Aldolase de classe I, qui donc catalyse sa réaction en formant un intermédiaire covalent obligatoire, ou base de Schiff, avec son susbtrat, la TBP aldolase de S. pyogenes partage 14 % d’identité avec l’enzyme modèle de cette famille, la FBP aldolase de muscle de mammifère. Bien que le mécanime catalytique de la FBP aldolase des mammifères ait été examiné en détails et qu’il soit approprié d’en tirer des renseignements quant à celui de la TBP aldolase, le manque singulier de stéréospécificité de cette dernière tant dans le sens du clivage que celui de la condensation n’est toujours pas éclairci. Afin de mettre à jour les caractéristiques du mécanisme enzymatique, une étude structurale de la TBP aldolase de S. pyogenes, un pathogène humain extrêmement versatile, a été entreprise. Elle a permis la résolution des structures de l’enzyme native et mutée, en complexe avec des subtrats et des inhibiteurs compétitifs, à des résolutions comprises entre 1.8 Å et 2.5 Å. Le trempage des cristaux de TBP aldolase native et mutante dans une solution saturante de FBP ou TBP a en outre permis de piéger un authentique intermédiaire covalent lié à la Lys205, la lysine catalytique. La determination des profils pH de la TBP aldolase native et mutée, entreprise afin d'évaluer l’influence du pH sur la réaction de clivage du FBP et TBP et ìdentifier le(s) résidu(s) impliqué(s), en conjonction avec les données structurales apportées par la cristallographie, ont permis d’identifier sans équivoque Glu163 comme résidu responsable du clivage. En effet, le mode de liaison sensiblement différent des ligands utilisés selon la stéréochimie en leur C3 et C4 permet à Glu163, équivalent à Glu187 dans la FBP aldolase de classe I, d’abstraire le proton sur l’hydroxyle du C4 et ainsi d’amorcer le clivage du lien C3-C4. L’étude du mécanimse inverse, celui de la condensation, grâce par exemple à la structure de l’enzyme native en complexe avec ses substrats à trois carbones le DHAP et le G3P, a en outre permis d’identifier un isomérisme du substrat G3P comme possible cause de la synthèse des isomères en C4 par cette enzyme. Ce résultat, ainsi que la decouverte d’un possible isomérisme cis-trans autour du lien C2-C3 de la base de Schiff formée avec le DHAP, identifié précedemment, permet de cerner presque complètement les particularités du mécanisme de cette enzyme et d’expliquer comment elle est capable de synthétiser les quatres stéréoisomères 3(S/R), 4(S/R). De plus, la résolution de ces structures a permis de mettre en évidence trois régions très mobiles de la protéine, ce qui pourrait être relié au rôle postulé de son isozyme chez S. pyogenes dans la régulation de l’expression génétique et de la virulence de la bactérie. Enfin, la résolution de la structure du mutant Lys229→Met de la FBP aldolase de muscle en complexe avec la forme cyclique du FBP, de même que des études cristallographiques sur le mutant équivalent Lys205→Met de la TBP aldolase de S. pyogenes et des expériences de calorimétrie ont permis d’identifier deux résidus particuliers, Ala31 et Asp33 chez la FBP aldolase, comme possible cause de la discrimination de cette enzyme contre les substrats 3(R) et 4(S), et ce par encombrement stérique des substrats cycliques. La cristallographie par rayons X et la cinétique enzymatique ont ainsi permis d'avancer dans l'élucidation du mécanisme et des propriétés structurales de cette enzyme aux caractéristiques particulières. / Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes is a class I aldolase that shows a lack of stereospecificity that is rare in enzymes in general, and in aldolases in particular. This aldolase catalyzes the reversible cleavage of tagatose-1,6-bisphosphate (TBP), fructose-1,6-bisphosphate (FBP), sorbose-1,6-bisphosphate and psicose-1,6-bisphosphate, four stereoisomers, in dihydroxyacetone phosphate (DHAP) and glyceraldehyde-3-phosphate (G3P). A class I aldolase, the aldolase TBP S. pyogenes shares 14 % identity with the model enzyme of this family, mammalian FBP aldolase. Although the catalytic mechanism of the class I FBP aldolase has been examined in detail and it is appropriate to infer information as to the class I TBP aldolase, the singular lack of specificity of the latter enzyme both in the direction of cleavage and condensation is still not elucidated. To better comprehend the characteristics of the enzymatic mechanism, a structural study of the TBP aldolase of S. pyogenes, an extremely versatile human pathogen, has been undertaken. It has allowed the resolution of high resolution structures of the native and mutated enzyme in complex with subtrates and competitive inhibitors. These same structures allowed us to gain information as to the active site of the enzyme in general and the catalytic residues in particular. TBP aldolase native and mutated soaked in a saturated solution of FBP or TBP also trapped an iminium intermediate covalenty bound to Lys205, the Schiff base-forming lysine. The determination of the pH profiles of the native and mutated enzyme, carried out to assess the influence of pH on FBP and TBP cleavage and identify the residue(s) involved, in conjunction with the structural data provided by crystallography, identified unequivocally Glu163, corresponding to Glu187 in FBP aldolase, as the residue responsible for substrate cleavage. The substantially different binding mode of the ligands, according to the stereochemistry of their C3 and C4 carbons, indeed allows Glu163 to abstract the proton in C3-OH and thus initiate C3-C4 bond cleavage. The study of the inverse mechanism, the condensation one, using for instance the crystallographic structure of native TBP aldolase in complex with DHAP and G3P, its three carbons substrates, has led us to believe that a possible isomerism of the G3P substrate was the reason for the synthesis of both C4 isomers by this enzyme. This result, as well as the discovery of a possible cis-trans isomerism around the C2-C3 bond of the Schiff base formed with DHAP, identified previously, almost completely elucidated the features of this enzyme`s mechanism. In addition, these structures have highlighted three highly mobile regions of the protein, which may be related to the role of its isozyme in the regulation of gene expression and virulence in S. pyogenes. Lastly, the resolution of the structure of the FBP aldolase mutant Lys229 → Met in complex with the cyclic form of FBP, as well as crystallographic studies of the corresponding mutant in TBP aldolase, Lys205→Met and ITC experiments, allowed the identification of two particular residues, Ala31 and Asp33 in FBP aldolase, as responsible for this enzyme discrimination against 3(R) 4(S) substrates, by steric hindrance of the cyclic substrates. X-ray crystallography, enzyme kinetics and isothermal calorimetry thus enabled advances in the elucidation of the mechanism and structural properties of this enzyme with singular characteristics.

Les triacylglycérols d'algues (TAG) représentent une source prometteuse de biocarburants. Les principales étapes de la synthèse des acides gras et du métabolisme du TAG des algues ont été déduites de celles des plantes terrestres, mais on en sait peu sur les sources de carbones et d’énergie intervenant dans la synthèse de lipides de réserve. Nous avons donc étudié la synthèse des acides gras chez l’algue modèle Chlamydomonas reinhardtii en utilisant une combinaison d'approches génétiques, biochimiques et microscopiques. Plus précisément, j'ai d'abord examiné la localisation subcellulaire de gouttelettes de lipides dans des cellules d'algues exposées à une forte lumière, conditions où une plus grande quantité de pouvoir réducteur est produite. J'ai ensuite contribué à mettre en évidence que la bêta-oxydation des acides gras est un processus peroxysomal, et que pendant une carence en azote réalisée en conditions photoautotrophe, des mutants dépourvus de la malate déshydrogénase 2 peroxysomale (mdh2) accumulent 50% plus TAG que les souches parentales. Ces résultats nous ont permis de mettre en évidence l'importance du contexte redox cellulaire sur la synthèse lipidique. Cette étude a également permis de révéler l’existence d'un échange d’énergie entre le peroxysome et le chloroplaste. Enfin, en caractérisant des mutants déficients dans la dégradation des acides aminés à chaîne ramifiée (BCAA), j'ai montré que le catabolisme des BCAAs joue un double rôle dans la synthèse de TAG en fournissant des précurseurs carbonés et de l'ATP. L'ensemble de ces travaux ouvert de nouvelles pistes pour l'amélioration génétique future de souches d'algues pour la production de biocarburants. / Algal triacylglycerols (TAG) represent a promising source for biofuel. The major steps for fatty acid synthesis and TAG metabolism have been deduced based on that of land plants, but little is known about carbon and energy sources. To address this question, we investigated fatty acid synthesis in algal cells using a combination of genetic, biochemical and microscopic approaches in the model microalga Chlamydomonas reinhardtii. Specifically, I first examined subcellular localization of lipid droplets in algal cells exposed to high light, a condition favoring production of reducing power. Secondly, I contributed to put on evidence that the beta-oxidation of fatty acids is a peroxisomal process, and that during photoautotrophic nitrogen starvation, knock-out mutants of the peroxisomal malate dehydrogenase 2 (mdh2) made 50% more TAG than parental strains, highlighting the importance of cellular redox context on lipid synthesis. This study also revealed for the first time the occurrence of an energy trafficking pathway from peroxisome to chloroplast. And finally, by characterizing mutants defected in degradation of branched-chain amino acids (BCAAs), I showed that BCAA catabolism plays a dual role in TAG synthesis via providing carbon precursors and ATP. Taken together, this work highlighted the complex interplay between carbon and energy metabolism in green photosynthetic cells, and pointed future directions for genetic improvement of algal strains for biofuel productions.

Le thème de la faim est récurrent dans les littératures du monde entier. primordial, originel, ce thème, dont le champ lexical est souvent convoqué pour attester de l'importance des pulsions humaines, ne fait pourtant l'objet, jusqu'à présent, que de peu d'intérêts de la part des spécialistes de la littérature générale comparée tout comme, d'ailleurs, de la part des philosophes. il s'agit donc d'établir un corpus représentatif des typologies d'écriture de la faim, de proposer une ou plusieurs taxinomie(s) pour, ensuite, approfondir l'analyse critique des différents discours de la faim par plusieurs topiques portant sur l'identité des affamés, les mythes de la faim, la mystique,le jeûne, l'humour de la faim ou bien encore les conséquences particulières de la faim lorsqu'elle est instrumentalisée par un pouvoir politique. cette large analyse critique des différents discours de (et sur) la faim doit permettre d'envisager la crédibilité et les éléments structurants de ce qui pourrait être désigné comme une ‘ontologie de la faim' au sens d'une refondation des rapports de l'homme et de son environnement. le corpus d'œuvres n'est pas restreint à une époque ou à une zone géographique particulière. il s'agit de puiser tout autant dans les littératures anciennes, classiques, modernes, postmodernes que contemporaines dans la mesure où la faim n'est pas l'apanage d'un temps ou d'une civilisation particuliers mais une donnée brute, première et native de l'humain. / The theme of hunger is recurrent in the literatures of the entire world. Primordial, original, this theme, which the lexical field is often summoned to attest to the importance of human impulses, is not yet a subject of great interest on the part of literary scholars General and compared, as well as from the philosophers. The purpose of this work is therefore to establish a representative pattern of writings of the hunger, to define typologies of hunger, to provide one or more taxonomy (s) to then deepen the critical analysis of various speeches from hunger by several topics as the identity of the hungry man, hunger myths, mysticism and fasting, the humour of the hunger, the particular consequences of hunger when it is manipulated by a political power, the ethics of starvation, etc. This broad critical analysis of the different discourses of hunger should allow to consider the credibility and the structuring elements of what could be called an "ontology of hunger" in the sense of a radical reform and rebuilding of the reports of the man and his environment. The references used in this work are not restricted to a time or a particular geographical area. We’ll tap as much in ancient literatures, classical, modern, postmodern, contemporary as well as technical studies because hunger is not the prerogative of a time or a particular civilization but raw, first and original data of the human being. / O tema da fome é quase sistemático nas literaturas do mundo inteiro. Primordial, original, esse assunto (cuja léxico é bastante utilizado como campo metafórico para descrever as pulsões humanas, (amor, paixão, ódio, etc.)foi, portanto, pouco examinado e são poucas as estudas que se focalizam sobre este tema, seja literárias ou filosóficas.O alcance da tese é descrever essa "terra desconhecida" e propor uma taxinomia dos famintos assim que, depois de pesquisar a identidade dos famintos, os mitos da fome, a mística dela, o humor e as consequências sobre a política, o poder e os aspectos jurídicos, elaborar um ontologia da fome ou, pelo menos, os primeiros elementos desse ontologia que poderia liderar uma mudança importante sobre a origem do sentido ética da fome.

L’objet de cette recherche est d’analyser le principe de complémentarité, de montrer la spécificité de la notion et d’en étudier la mise en œuvre à la lumière de la pratique de la Cour Pénale Internationale (CPI) afin de mettre en évidence les obstacles juridiques et politiques. Selon l’article 1er du Statut de Rome, la Cour est complémentaire des juridictions pénales nationales pour le crime de génocide, les crimes contre l’humanité, les crimes de guerre et le crime d’agression. Dans le cadre de ce principe, les juridictions nationales ont la priorité mais la compétence de la Cour prend le relais lorsqu’un État ne dispose pas des moyens techniques ou juridiques nécessaires pour juger et punir les auteurs desdits crimes ou bien s’il mène un procès truqué. Dès lors, le régime de complémentarité vise à mettre fin à l’impunité à l’égard des personnes impliquées dans les crimes les plus graves qui touchent l’ensemble de la Communauté internationale. Le Statut de Rome, notamment par les dispositions de son article 17, indique comment mettre en œuvre la complémentarité selon les critères de recevabilité qui sont l’incapacité, le manque de volonté et la gravité. Les articles 18 et 19, pour leur part, fournissent le mécanisme de décision préjudicielle sur la recevabilité et la contestation. Par ailleurs, le rôle du Conseil de sécurité face à la complémentarité est aussi considéré comme un élément essentiel pour bien comprendre l’effectivité et l'impact juridique de cette Cour. En effet, les pouvoirs que le Statut de Rome et le chapitre VII de la Charte des Nations Unies confèrent au Conseil lui permettent de saisir la CPI, de suspendre son activité, d’imposer aux États de coopérer avec la Cour, ou encore de qualifier un acte de crime d’agression, et ceci bien que l'indépendance de l’enquête et du procès soit l’épine dorsale de toute la justice pénale, si celle-ci veut être efficace. / The purpose of this research is to analyse the principle of complementarity, to show the specific character of the notion and to study its implementation in the light of the practice of the International criminal court (ICC) in order to highlight the political and legal obstacles. In accordance with Article 1, the Court is complementary to national criminal jurisdictions for crime of genocide, crimes against humanity, war crimes, and crime of aggression. Under this principle, national jurisdictions have priority over ICC but the Court’s jurisdiction takes over when a State lacks the technical or legal means, which are necessary to try and punish the perpetrators of such crimes, or if a rigged trial took place. Therefore, complementarity aims to bring an end to impunity for those responsible for the most serious crimes of international concern. The Rome Statute, namely with the provisions of Article 17, indicates how to implement complementarity according to the criteria for admissibility which are inability, unwillingness and seriousness. Articles 18 and 19, for their part, provide the mechanism of preliminary ruling regarding admissibility and challenge. Furthermore, the role of the Security Council regarding complementarity is also considered as essential to understand the effectiveness and the legal impact of this Court. Powers which are conferred under the Rome Statute and chapter VII of the United Nations Charter allow the Security Council to refer a situation to the ICC, to suspend an ICC investigation, to require States to cooperate with the ICC, or to qualify a crime as aggression, and this despite the fact that the independence of the investigation and of the trial is the backbone of criminal justice ensuring it is efficient.